3AA2A

A52i e. coli rnase hi
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
b'KQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAIIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa2A00
4Z4IA 3LDSA 3SQ4A 2AJQA 2O4IA 3CYMA 4BWMA 1IH7A 4CF2A 3KLEA 3SV4A 4HUFA 4XIUA 4FLYA 4DLEA 3QNOA 3QERA 1QHTA 3NGYA 3ASMA 3VQAA 4CJTA 4CJPA 3DLBA 3BDPA 5HRSA 1NK7A 2GBZA 4LH4A 1G15A 1BIUA 3DM2A 4CJSA 3QO9A 4HUEA 5J2MA 4FYDA 4CF1A 3O3HA 1VK0A 3M8RA 1X9WA 1SKRA 1L3SA 3LWLA 3ZSRA 1IG9A 3RRGA 1BI4B 2P5GA 2YHAA 3HP6A 5K14A 2Z1IA 1I3AA 3NH0A 3K5NA 1LW2A 3ZT2A 2I5JA 1LWEA 3KLHA 1RTDA 4E1MA 4CIEA 4CGIA 2G8WA 1C0TA 4JS4A 4BACA 4DS5A 3OYNA 3QIOA 1RBSA 1NK0A 2PYJA 3CM5A 1W9HA 3P5JA 3V1OA 4HCBA 3HT3A 1VSKA 2NUBA 3AVKA 1IKXA 3NFAA 3CFPA 1BGXT 2VWJA 3VN5A 3K5LA 1C0MA 4J2EA 2DFFA 3M8PA 4IKFA 1KSPA 4W5RA 2A1RA 1EKEA 4HTUA 2DFHA 2YNGA 3AO5A 1NJZA 5HBMA 3HVTA 5HRRA 2ITGA 2OPPA 3VQBA 3OYIA 4K8ZA 4AHCA 1NKCA 2ZQBA 1CLQA 3HL8A 3C95A 4AHTA 3SUQA 4CEBA 2KZZA 4FK0A 4CJEA 1NK8A 2PYLA 4CF9A 4LSNA 4B9LA 1VSEA 2E6LA 4ZHRA 4OVLA 4F4KA 3LALA 1RTJA 1XWLA 3V1QA 3KJVA 4CEAA 4W5TA 2O4GA 2Y1IA 1XI1A 1BCMA 2ATQA 3OYAA 1D9FA 1WSHA 4LH5A 1FK9A 2VG6A 2YNFA 2D0AA 2DFEA 3AVJA 3LANA 4JLHA 4B9TA 1U45A 1JKHA 4M3YA 4B8AB 3MEEA 4DTJA 4JRQA 3QEPA 4Z0UA 1WSJA 4KB0A 3TAPA 1RT1A 1RTIA 5CZ1A 1JLEA 4J2AA 1UWBA 4PA1A 2KFZA 4OPJA 1RDAA 3ZT4A 4FLTA 3VQ6A 5KGXA 4DTRA 1BISA 1CZBA 4OLBA 2E6MA 3DLGA 4CGHA 3QEXA 3B6PA 3SNNA 1L5UA 5CYMA 1KVBA 2JGUA 5E41A 3KD1E 1O1WA 1RBRA 4IFVA 3QESA 3OY9A 1BCOA 4MFBA 4QOZB 4KRFA 3VQ7A 5HLFA 1XHXA 2P5OA 4HCCA 3G0ZA 4DTNA 3AA5X 4OKJA 3VQDA 4FJGA 3OVNA 4KB1A 2GUIA 1VSJA 4B08A 1U04A 3TANA 3TAQA 3HPOA 4UQGA 4NYNA 1S1TA 1JXEA 3HPHA 3SPYA 4CECA 1UA1A 3DLKA 4CF0A 3PX4A 1TKXA 3U3GA 1VSLA 5C42A 4FVMA 2OPQA 2HVHA 4AILC 4CESA 3HM9A 1NK5A 1LAVA 2Z1HA 1ZYQA 3NCIA 4C8KA 2BE2A 3NHGA 3EY1A 1IKWA 3VQPA 3QEVA 2DTUA 4E7JA 1BI4A 4CCHA 4FXDA 1RT7A 4FJHA 1QS4A 1SUQA 3LAMA 3H08A 3HXMA 1TKTA 4KPYA 1S6PA 1A5WA 1NK4A 1Q9XA 3VQCA 4YNQA 2PZSA 3F9KA 2IC3A 3DI6A 3M8QA 4KO0A 1TK0A 4M3RA 4M3XA 3V9WA 3SI6A 3OYDA 4H8KA 2HHVA 3CFOA 1LV5A 3NDKA 1RILA 3QEWA 3PX6A 1VSDA 4O5BA 3ZSZA 1FKOA 2YNHA 3I0RA 4YFUA 3ZSVA 4DSKA 4FJ7A 2HB5A 1GOCA 1Q9YA 4N41A 4AHSA 1X1PA 5T7BA 4RW9A 4CEFA 3LZJA 4TSXA 4HUGA 3V4IA 4E89A 4JS5A 3V9SA 4DWIA 3TR8A 3FFIA 2RKIA 2QK9A 4OGCA 3RR8A 1ZBHA 3A2FA 2Z1GA 4NYFA 3NGIA 3IS9A 4B9NA 2PY5A 1TV6A 3M8SA 4DTPA 4KI6A 1VSMA 3AO1A 3SZ2A 4DSLA 3NF9A 3HYFA 4O44A 2QKKA 3VQQA 4QAGA 4Y1DA 4L8RB 3O3FA 1RNHA 3TABA 1QQCA 1SL1A 3JYTA 2VG5A 4IFYA 1JL1A 2RN2A 3L2VA 4QCLA 1TKZA 1UAXA 4CJ5A 4DQRA 4ZTFA 1JXBA 1S1UA 4BE2A 4FCYA 1KLNA 4LSLA 4Q5VA 3P83D 4CJUA 4FK4A 1RBUA 4EZ9A 1ASVA 4KAZA 3I0SA 1S9GA 2Z1JA 3DRPA 3V6DA 2HHWA 2KQ2A 4HHTA 4PUOA 4CHQA 1F21A 4FW2A 3C6UA 5JS2A 4Z4HA 4FLWA 1NK9A 3HK2A 1ZBLA 4E7LA 1Q8IA 4DU1A 4DTXA 4IG0A 3AA3A 3S9HA 1WSFA 4I2QA 3UIQA 5SZTA 4AHVA 4OJRA 3QNNA 2HNYA 3L3VA 1A5VA 3DOKA 4DF8A 4FZXC 1WSGA 3HVRA 3AVHA 4DSIA 3S3OA 1S1WA 1VSIA 3ITHA 4O4GA 4FZYA 4CFDA 4EP5A 2HHUA 2OA8A 2KFNA 4DFJA 4FJLA 1UA0A 3CQ8A 1L3VA 3VA0A 5CY4A 1LWFA 4PQUA 1JLBA 3NGZA 1RT6A 5J2QA 1ZBIA 3L2WA 4FK2A 1CXUA 5J2PA 2EHGA 1WAFA 4O55A 3K5OA 4CGDA 3ZSXA 4CEEA 4BE1A 1HQEA 2XY7A 3PO4A 3LWMA 4K8XA 4CJKA 4FLUA 2D0CA 4FJ8A 1SL2A 3ISNC 3CG7A 5DMRA 3OYBA 3RMDA 4BDZA 1TK5A 2YV0X 3OYCA 2XO7A 4FJJA 1VSHA 1RDBA 1ASUA 4FM1A 1X9SA 2HMIA 2A1SA 3C94A 3RRHA 5KGWA 3ALYA 3AO4A 3NF8A 3ZSWA 1S6QA 4CGFA 4DTSA 3P1GA 1JLCA 3V81A 2G8HA 3SQ0A 3AVNA 4ELVA 1S1VA 4CGJA 3SJJA 1JLFA 1VRTA 4N47A 2B5JA 3LP2A 4OPKA 3MECA 3RTVA 2IOCA 2HHXA 3QLHA 3ZSOA 3VQ5A 3PUFA 2XHBA 4DU3A 1T03A 4F3TA 3WNFA 1NOZA 1KTQA 2OPSA 4LD0A 3OYHA 3KKRA 4I9QA 1HPZA 1KVAA 4C8LA 1WAJA 4DQIA 4IG3A 4CEQA 2BANA 4CJ4A 5FDLA 4B9SA 2B6AA 4ID5A 3T3FA 1BHLA 4RW4A 4RW6A 3TI0A 1S9EA 4I2PA 3DLEA 4CK1A 1JL2A 3T1AA 3QETA 1U49A 1U48A 1TL1A 4KHWA 4ICLA 3AA2A 1KLMA 4CEZA 4KHYA 4CE9A 3THVA 4CJ3A 2W42A 4KKOA 3OYMA 3MAQA 4E3SA 2IS3A 1IO2A 2E4LA 2FBTA 3AO2A 3IG1A 4I9LA 3WNGA 3DLHA 1XC9A 5HP1A 4NCGA 3QEIA 2X74A 1W0HA 1SV5A 1VRUA 2IAJA 3DLRA 3EYZA 3V1RA 4KTWA 3I8DA 3VQ9A 2OZMA 4RG8A 3KD5E 3OS0A 2D0BA 4FJXA 1HNIA 3HPGA 3KKSA 5KI6A 4DS4A 3S3NA 3LPUA 1Z26A 1U4BA 2R7YA 5I42A 1NJXA 1RT2A 5KRTA 3RMAA 4M42A 1C0UA 1YTUA 1BIZA 3SUOA 4OLAA 1HNVA 2JLEA 5DK5A 2Y1JA 3ZSQA 1T7PA 4DSJA 5HRPA 3RWUA 1S5JA 1YVUA 4IDKA 4E1NA 1HMVA 1RCHA 3AVCA 3KIOA 4KHUA 4MQ3A 4E7IA 3S3MA 1D9DA 4CK3A 4F2RA 1LWCA 1RT3A 4F8RA 2KTQA 3K59A 4DQQA 4NCBA 3CFRA 4F2SA 4CERA 2X6SA 4CGGA 3TAEA 2P51A 5FRNA 4Q0BA 1HYSA 3AVIA 1IKVA 4CJFA 4BDPA 1NJYA 4M41A 3U6FA 1QTMA 4DG1A 4NCAA 3OYLA 3HP9A 4KREA 3RMCA 1HQUA 3NF7A 3NF6A 4HVJA 2ZE2A 3MXIA 1Y97A 4CJQA 4CFBA 1EX4A 1FKPA 3AVMA 4FM0A 4R5PA 2GV9A 3RMBA 1SKWA 2XRIA 4FZZA 2DY4A 4E7HA 1JLQA 3VA3A 4CHOA 4DTOA 4H4MA 2RPIA 3KLIA 3U3YA 1FXXA 1RT4A 4BDYA 3SUNA 4CHYA 1U47A 2FBXA 1YTAA 2IDOA 2FBYA 4WE1A 1TL3A 4GVMA 3T19A 4CJVA 3NH2A 2P1JA 4DFPA 1RTHA 4CIFA 1WNSA 3OYEA 3TARA 3ZCMA 1MU2A 3AV9A 3D0PA 3G10A 1BQMA 4LY7A 2HHQA 2LSNA 3PV8A 2BDPA 5EU7A 1CZ9A 1B92A 1K6YA 5I3UA 4CJLA 5KRSA 4EP4A 3OJUA 4FLXA 4DFKA 3ZT1A 4M3UA 4ZTJA 3D45A 4FLZA 2G8IA 3SQ2A 3AVGA 4IBNA 4CK2A 3EZ5A 4FJKA 4C8OA 4DU4A 2ETJA 4W5OA 3IAYA 1DTQA 3O4NA 1B9FA 2HHSA 4BWJA 2IGIA 3SYZA 1LAWA 2FBVA 4KFBA 4Z4CA 3OYJA 1CXQA 4C8NA 3SV3A 2QXFA 3C6TA 4M45A 4DTMA 3LZIA 4DSFA 5HROA 1BQNA 1TGOA 4GMJB 1EXQA 2G8FA 4KTQA 2OPRA 3AVFA 4KHNA 1J5OA 4O0IA 2XY8A 2X78A 4G1QA 3VQEA 4Z4FA 4EZ6A 1X9MA 4M3WA 2YKNA 4CHNA 4H4OA 2XY6A 1A5XA 1GOBA 5CYQA 4W5QA 4FLVA 3SQ1A 4KHQA 1ZBFA 4OKEA 2OZSA 1RDCA 3IRXA 3O4QA 4DMNA 1ZBUA 1TAUA 1QSSA 4GW6A 4FJMA 4N76A 1D5AA 3AVBA 1EETA 3E01A 3NE6A 1HYZA 4ELTA 5C25A 1RBVA 2HNZA 3TAGA 4JRPA 3NBPA 3B6OA 1SL0A 2F8SA 1BL3A 2RF2A 3DRRA 1DTTA 3KK1A 3OYFA 1EP4A 1NJWA 4KI4A 5KTQA 1LW0A 1Z25A 1C1AA 3LPTA 2YHBA 4CHPA 4E7KA 1TK8A 4J2DA 4DQPA 1KFDA 3V9ZA 3TAMA 4C8MA 3OYGA 1WSIA 2WOMA 4DTUA 3ZT0A 1VSFA 3SPZA 3MEDA 4E0DA 1KRPA 4DF4A 1C1BA 4E19A 3DYAA 1KFSA 2YKMA 1NOYA 1SKSA 3KLFA 3L2RA 3SCXA 4OKKA 1YT3A 3DOLA 4CF8A 4CIGA 4BE0A 4B9VA 5J1EA 4I7FA 2WONA 1ITGA 3JSMA 4KV8A 1GOAA 3VQ8A 3WNEA 3V9UA 1T05A 3ULDA 1RDDA 3K5MA 3DMJA 5SWMA 3V9XA 1WN7A 4J2BA 4B9UA 4KTZA 1DLOA 4CFCA 3O3GA 3OS1A 2G8UA 4M3TA 4FM2A 3KTQA 2OYQA 4CJWA 3SUPA 4AH9A 1TVRA 4FJ9A 3QIPA 2HVIA 3HJFA 1JLAA 4N56A 1S1XA 1WSEA 2B4JA 1QE1A 4CEDA 3BGRA 1XHZA 3LAKA 2D5RA 3KK3A 2BGGA 1C6VA 1REVA 3K58A 1TAQA 1D8YA 3HO1A 3MXJA 1HJRA 1JLGA 1N5YA 5CZ2A 2G8VA 3AA4A 4FJNA 3PY8A 4Z4GA 4RW8A 1I39A 1WLJA 3CM6A 2KZMA 4N5SA 4AHUA 3LP3A 3L2QA 3LP0A 1L3UA 3AO3A 4M3ZA 4B9MA 3VQ4A 4RW7A 5HRNA 1HRHA 4Y1CA 2XY5A 3L2UA 1ASWA 2VG7A 4KHSA 3OYKA 2HNDA 1NK6A 3KK2A 1HYVA 4Z4EA 2F8TA 4FW1A 3K57A 4FJIA 3OS2A 3NH1A 1QSLA 1RBTA 1QSYA 3MXMA 4F3OA 1B9DA 1IKYA 4B8CA 3HSTB 4PWDA 2YNIA 1KVCA 1N6QA 2F96A 3PX0A 4O0JA 4OGEA 3RR7A 5JS1A 2ZD1A 3OJSA 2G8KA 4FJ5A 1J53A 3AVLA 4CFAA 1KCFA 4DQSA 1NKEA 2EX3A 3L3UA 5D3GA 2QKBA 4ELUA 3TWHA 1NKBA 1L3TA 5J2NA 2FC0A 2KW4A 4B3OA 4CHZA 1J54A 5FROA 3MEGA 5FRMA 4W5NA 4CJRA 1TKDA 3WNHA 5C24A 4DSEA 2X6NA 3ZT3A 3PO5A 1UOCA 2VWKA 4CEOA 1T8EA 3K2PA 3QINA 4DFMA 1RT5A 3F73A 4PY5A 2Q3SA 4DLGA 2HW3A 3AVAA 3KLGA 3L8BA 2HHTA 1R0AA 3ZSYA 4AHRA 3TAFA 1C1CA 1J9AA 3LP1A 4ID1A 3DRSA 3NAEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z4IA 3K9KA 3VEXA 4BWMA 3PIPL 1OH6A 1OVQA 3SV4A 3QNOA 4XIUA 3QERA 4DLEA 3ASMA 3H1QA 4LF4K 5HRSA 4LH4A 3DAWA 3DM2A 5HL7L 4UY8O 3E9LA 1X9WA 2P9PB 2W40A 2GELA 4AM7A 1KC8O 5BR9A 3HP6A 2Z1IA 1LW2A 1LWEA 5BRHA 3OBYA 4DS5A 3QIOA 3VEYA 2ASPA 5FPDA 4KHPK 3NFAA 1GLLO 3VN5A 1C0MA 4YY3K 4ISGA 4JI3K 2A1RA 1ATNA 5HBMA 3HVTA 1GLDG 3OYIA 1CLQA 3C95A 2NRTA 3QICA 1NK8A 1VHXA 4CF9A 4B9LA 4B1VA 5EOYA 4ZHRA 1K73O 3CC7N 3BP8A 4CEAA 3W3DA 2QWOA 2O4GA 3OYAA 3T1HK 2YNFA 4JLHA 1U45A 4BRFA 4JRQA 2NRZA 5CZ1A 1JLEA 4OLBA 1CZBA 2E6MA 3SNNA 3CC2N 5E41A 3UKUA 1BCOA 3SMSA 5HLFA 3CERA 3G0ZA 3AA5X 4OKJA 3VQDA 1QZ6A 4ISFA 4KB1A 2GUIA 4FWSA 3TSUA 4C1NK 4UQGA 4CECA 1UA1A 5AZJB 3SAHA 2BTFA 5KPRA 1VSLA 2F7TA 4H0XB 4OPHA 1P8ZA 4JEPA 4IEEA 3J8AA 3GDQA 3OW2M 3NCIA 1NGHA 3H3OB 3QEVA 3D6RA 2PBDA 2PZSA 4DR5K 3MK6A 2HHVA 4X62K 4K0KK 1LV5A 4IDHA 1Q7YO 4H5WA 3PX6A 5AQTA 4O5BA 1NGDA 4DSKA 3ZSVA 4C1NI 1IBKK 3VGLA 4AHSA 4JD2B 3V4IA 2D4WA 4PKGA 2P9SB 1NGEA 3FFIA 2FLOA 2RKIA 2QK9A 1XNRK 4DR4K 4MLHA 1ZBHA 3U9ZA 4CW7B 2I7PA 4DTPA 3W0LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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