3AA2A

A52i e. coli rnase hi
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
KQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAIIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa2A00
2IAJA 1HPZA 4DSLA 3SYZA 4NYNA 4OLBA 3M8SA 3A2FA 3TWHA 4FLVA 4KI6A 3NF7A 4KFBA 3AVIA 1RDCA 2FC0A 4BWJA 4B9LA 2F8SA 3HK2A 1SL1A 1S1WA 1VSJA 2Z1HA 3LPUA 4FLXA 3VQQA 3IAYA 2KTQA 1F21A 5CZ1A 1RT1A 4B9NA 4M42A 3FFIA 1L5UA 4CERA 1RBUA 2VG5A 4H8KA 3F9KA 1RDBA 4I7FA 4CF0A 5C25A 4AH9A 4CF2A 2HHUA 1C0UA 4E7LA 3LAMA 1R0AA 4W5TA 3QINA 4IDKA 1VSIA 5HROA 1U45A 1TVRA 1LWFA 1WSJA 5DMRA 4QAGA 3JSMA 3C94A 2DFEA 4WE1A 2W42A 5FDLA 3OYJA 1KFDA 1J53A 3ZSXA 1QS4A 2EX3A 3LZIA 2XY7A 4IG3A 3SPZA 1LWCA 5JS2A 2JLEA 1C0TA 2YNFA 1ITGA 1FKPA 3AVLA 3IRXA 3ZT2A 1TL3A 4BE0A 1S1XA 3I8DA 4CEEA 3OJSA 1RT2A 3S9HA 1SL2A 4RW7A 1VSEA 5HRSA 4PUOA 4E0DA 5KRSA 1Q8IA 3O3HA 3DLHA 1IKYA 3MXIA 4DSKA 3OYEA 4FJMA 1S9GA 1UOCA 5HRNA 5C42A 3VQEA 3PO5A 3DRSA 4YFUA 3ULDA 1Z25A 3V1QA 4C8KA 1LW2A 1WSGA 3PUFA 3QEIA 4NCGA 3RMAA 4MQ3A 5D3GA 4DLGA 4DFKA 4YNQA 1KVCA 4N47A 3VQ6A 3MXMA 1X9WA 3V1OA 2JGUA 2XY5A 2G8UA 4NCAA 1WSIA 4AHTA 5I42A 5K14A 2O4GA 4DQQA 5I3UA 1NJYA 4FK4A 1BGXT 1X1PA 1IG9A 2PY5A 2O4IA 1TAQA 4C8MA 3OVNA 3RRHA 3SZ2A 3ZSZA 3T19A 4E7KA 2G8FA 4FJNA 4EZ6A 4M3TA 4IKFA 2HHQA 3HM9A 4CJLA 4AHVA 2OPSA 2ZE2A 3HYFA 2GUIA 1CXUA 5T7BA 3DMJA 4C8NA 2RN2A 5FRMA 3CYMA 3ZSWA 2HNZA 1RTHA 2ITGA 4DU4A 4DTXA 1EKEA 3OYCA 1NJXA 3MEDA 3WNFA 3HO1A 3HP9A 3ALYA 2VG6A 4B9MA 2X78A 4LSLA 1VRUA 3AO1A 3WNEA 4CCHA 4CEBA 3DI6A 4F3TA 1RCHA 4JLHA 3VN5A 4CJQA 3UIQA 2VG7A 2AJQA 1XHXA 2HHXA 1JLGA 3CFOA 4CHZA 2DFHA 4E7JA 4DTRA 1BI4A 4CFAA 2EHGA 3TAPA 3RR7A 5E41A 2HNDA 4B9SA 4RG8A 3VQBA 3G10A 4KTWA 3KK1A 4DU1A 2OZSA 4HVJA 1QSSA 3AO5A 4M3ZA 3KLIA 3LP3A 3CM5A 1CZBA 1BIUA 1RBTA 1KLMA 2YNHA 3BGRA 1VRTA 4DG1A 4E1NA 3V9UA 1ZYQA 3BDPA 3CQ8A 4C8LA 4F3OA 3SV4A 4FJ7A 1TKXA 3S3NA 4LSNA 4BE1A 2PYLA 3V6DA 2P51A 3PX6A 3RMCA 2HVIA 3C6TA 3SCXA 3ITHA 1U49A 2D0CA 4O0JA 1QSYA 1JLQA 1CXQA 1IKWA 1UA1A 4FJIA 1BL3A 1IO2A 4ELUA 1A5VA 1I39A 4DQRA 2BE2A 3VA3A 1BI4B 1VSHA 4B8AB 3QNNA 3TAFA 4ELVA 5SWMA 4KREA 3VQ4A 1RT4A 4HUGA 4DTNA 1L3VA 1JLAA 4O5BA 5KGXA 3MAQA 3CFPA 4EP4A 4FLUA 3K2PA 2WONA 4FLWA 2PZSA 1HYVA 1O1WA 3OYDA 2XRIA 3TR8A 5EU7A 4JS4A 4UQGA 1T8EA 1QHTA 4B8CA 3K5LA 4CFDA 3PX4A 4GW6A 4KHWA 4B08A 4BE2A 3M8QA 1YT3A 3MXJA 4FVMA 3SQ4A 1REVA 3EY1A 3HPGA 1HYZA 4G1QA 3EZ5A 4J2EA 4LY7A 3JYTA 4CJ4A 5JS1A 4JRQA 4LH5A 4DTOA 4L8RB 2YKNA 1VSLA 4Z4HA 3NF8A 1YVUA 1C6VA 1K6YA 3DLBA 2HHWA 4Z4GA 2GBZA 1NOYA 3KKSA 1XI1A 1RT3A 2D0AA 4CESA 4CHPA 4QCLA 4CFBA 4KHSA 3RR8A 3OYMA 3WNGA 4CJRA 4Q5VA 4E7HA 4KV8A 3AVMA 2RPIA 3TABA 3WNHA 4KHUA 4ICLA 4FLYA 1ASWA 1HNVA 4OGEA 4KKOA 4KAZA 1L3TA 3IS9A 3LPTA 4Q0BA 1DTQA 2YHAA 3QEPA 1RTDA 3VQ5A 4N56A 4CGDA 4NCBA 1WSFA 1QE1A 4H4OA 2XO7A 2I5JA 3O3GA 2ETJA 3KJVA 1WAFA 2RKIA 4FZXC 3ZSQA 1GOAA 1ASUA 1HNIA 3ZT4A 3ZSVA 1Z26A 3L2UA 4H4MA 2WOMA 4Z4EA 5CYQA 3OYBA 2QXFA 3QIPA 4CGIA 4XIUA 4JS5A 4BWMA 1KSPA 2QKBA 3KLGA 3TAMA 4CK1A 1D5AA 4FJXA 4I9LA 3SUPA 3RMDA 4HUFA 4DF8A 3K5MA 1WSEA 4KTZA 1LW0A 1LAVA 1RNHA 1RTJA 4RW8A 4K8XA 3VQ9A 4CGFA 4CIEA 4B3OA 3LP1A 3AVJA 2YV0X 4FJGA 4FXDA 4DMNA 3KD1E 3NBPA 3O4QA 3ZSRA 4ZHRA 2KQ2A 1NKEA 4TSXA 3NF9A 3OY9A 3LWMA 1Q9YA 3G0ZA 4OJRA 2OZMA 1BHLA 2F96A 1RBRA 4EZ9A 3OYAA 2KFNA 4FW2A 3HVTA 2IGIA 3ZCMA 3NCIA 4KHYA 4CJEA 3D0PA 1TKZA 1MU2A 1SKRA 4M3UA 4BDPA 3D45A 3L2WA 3SQ0A 1L3UA 2BDPA 3SJJA 4CEAA 2OA8A 3K59A 4FJ5A 5CZ2A 1N6QA 4ELTA 5C24A 4RW9A 1C1CA 3DRRA 3F73A 1G15A 3RWUA 3OYFA 5J2MA 1GOCA 4KB1A 3K58A 3ZT0A 3AO2A 4CHNA 1BQNA 5CY4A 4E89A 3KIOA 4F8RA 4FJHA 4AHCA 1NK0A 3C95A 4OGCA 1S1VA 3V9WA 4HUEA 3OYLA 2YNGA 1KFSA 1NK4A 3SUQA 4BDZA 1A5WA 3I0RA 3S3MA 1LWEA 4FZYA 4FJ8A 3ZT1A 4O0IA 1C1AA 4LH4A 2G8KA 4N41A 3DLRA 1IKVA 3NDKA 5J2NA 3AV9A 2E6LA 4F4KA 4N5SA 2IDOA 1W9HA 2A1RA 2XY8A 3I0SA 1S1UA 4DFMA 1UWBA 1BCMA 3LP0A 1U48A 4OPJA 3DOKA 1JLCA 1RTIA 2ZQBA 1IKXA 3AVKA 4PA1A 4CJPA 4CHOA 5J2PA 2DY4A 3NE6A 3VQ7A 1NOZA 3SQ2A 4OKEA 4C8OA 3K57A 1BCOA 3SUOA 2P5GA 3OS0A 2HMIA 2FBVA 4E19A 3OYHA 3OS1A 3NH1A 2XHBA 2E4LA 4IG0A 3HPOA 3QEWA 4OPKA 3V9ZA 2HHTA 2Z1GA 4CK3A 3K5OA 1LV5A 3QESA 4M45A 4HHTA 4KHNA 4DSJA 3KLEA 3VQCA 1GOBA 2Q3SA 1WSHA 1U47A 4W5QA 3P5JA 4DTSA 2IOCA 4CJTA 1FK9A 4CJSA 1TK8A 4CK2A 1ZBFA 2ZD1A 1N5YA 1QSLA 4HTUA 1T05A 1TGOA 1S1TA 3ISNC 2LSNA 5J2QA 2B5JA 3ZSOA 1RBVA 3MEGA 4W5RA 4CE9A 3QNOA 2OPPA 1DLOA 3B6PA 1ZBHA 1B9DA 3HXMA 4Y1DA 2VWJA 1X9MA 4F2RA 4FW1A 5HRPA 2NUBA 4CEFA 1HJRA 3MEEA 3VA0A 1NK9A 2P5OA 2X6NA 3V9XA 3S3OA 3PX0A 4FM1A 1W0HA 4DSFA 1VK0A 5CYMA 3NH2A 2DFFA 2D0BA 1L3SA 4HCBA 2YNIA 1S9EA 4DQSA 2G8VA 3KTQA 2OYQA 4KB0A 3AVCA 3CFRA 4M3YA 2E6MA 4FM0A 4FK0A 3AA5X 3T3FA 4N76A 4IFVA 3VQPA 1XC9A 1ASVA 2YHBA 2A1SA 4CHQA 2RF2A 3AVHA 2HB5A 3VQDA 3QLHA 1TL1A 4Y1CA 1TKTA 3DOLA 1Q9XA 2R7YA 1J5OA 1J9AA 3M8RA 1RDAA 3NGIA 1S5JA 1HRHA 3HL8A 4O44A 4DLEA 3V81A 3HT3A 1WNSA 3AVNA 3MECA 4CHYA 3AVFA 3OYKA 3NAEA 2FBTA 1A5XA 1JLFA 3H08A 3V4IA 4J2DA 4CEDA 3LP2A 4QOZB 4AILC 4M3RA 4CGJA 2YKMA 4W5OA 2KW4A 5KGWA 2FBYA 4NYFA 1J54A 3TAGA 5FROA 1B92A 4DSEA 1B9FA 3AO4A 4AHRA 4E3SA 3TANA 2Z1IA 3KLFA 2G8IA 3AA4A 4DTPA 4DU3A 3NHGA 4M3XA 3QEXA 3SUNA 4PWDA 3AVAA 1DTTA 5HP1A 4I2QA 1SUQA 2P1JA 4CJUA 2Y1IA 1D9DA 2B6AA 3TI0A 3DLKA 1QQCA 3L2RA 3DLGA 3LWLA 3L3VA 2G8HA 4FJLA 4Z0UA 1BQMA 2HVHA 4CFCA 2BGGA 4K8ZA 1S6QA 1EETA 3ASMA 4OVLA 3VQAA 3NGYA 4CJWA 4RW4A 3PV8A 3P1GA 1NKBA 1JLEA 2HHVA 1T03A 3ZSYA 1T7PA 1QTMA 4DSIA 4FJJA 3SV3A 3E01A 1VSFA 1JKHA 3RMBA 1LAWA 4FM2A 1NJWA 1SV5A 4FLTA 4DTUA 3LDSA 1NK6A 1SKWA 4FK2A 3L3UA 4PY5A 1VSKA 4CJFA 1EX4A 4KI4A 1RBSA 4DS5A 4O4GA 4KO0A 3LZJA 1ZBUA 1ZBIA 1Y97A 3LANA 1UAXA 3NGZA 4FZZA 1NK7A 4OLAA 1X9SA 3HP6A 4M41A 4DWIA 4E1MA 4FJKA 2X6SA 3TARA 3AVBA 3LALA 3KK2A 1JL1A 4BACA 4FLZA 1FKOA 3AA3A 3QIOA 4I2PA 3THVA 2DTUA 3L2VA 4B9TA 3QETA 3ZT3A 1RDDA 4CECA 2KZMA 2PYJA 1RT7A 4AHSA 4KPYA 4CF9A 1WAJA 3AA2A 2IC3A 1VSDA 1KTQA 4J2AA 3QERA 3RRGA 4DQPA 1IH7A 4RW6A 4DS4A 5HBMA 3AO3A 3NFAA 4DQIA 3U6FA 1NJZA 2ATQA 1KLNA 4CF1A 4FCYA 3NH0A 4ZTFA 1TKDA 1KRPA 4E7IA 5KRTA 1NKCA 5KI6A 4JRPA 3SNNA 4I9QA 1WN7A 4DTJA 4OKJA 3SPYA 3PO4A 3OYNA 2XY6A 1UA0A 4B9UA 2QKKA 4EP5A 4IFYA 1WLJA 2OPRA 2VWKA 3VQ8A 1RT6A 3EYZA 2Y1JA 3OS2A 5HLFA 2IS3A 1VSMA 1RILA 4GVMA 4LD0A 1U04A 3T1AA 3OJUA 1S6PA 3LAKA 4MFBA 5DK5A 4DFPA 3QO9A 3DRPA 4CIGA 4CF8A 1U4BA 4B9VA 3B6OA 2F8TA 4CJ5A 4R5PA 4Z4FA 3C6UA 3NF6A 3V9SA 4Z4CA 3SI6A 1EP4A 3KK3A 1SKSA 3KKRA 5HRRA 1TK5A 3U3YA 4M3WA 3CM6A 4KHQA 4KRFA 1HYSA 1TK0A 1RT5A 3P83D 4CGHA 4DTMA 3HVRA 3DYAA 4AHUA 2B4JA 3AVGA 1XHZA 1BISA 4OKKA 4F2SA 1D8YA 4Z4IA 4DFJA 1BIZA 2KZZA 1YTUA 3O3FA 3TAQA 4ZTJA 1NK5A 1HQUA 4FJ9A 4CGGA 1TV6A 1JL2A 1FXXA 4ID1A 3IG1A 4CJKA 2HW3A 1CZ9A 1HMVA 1I3AA 3L2QA 3OYIA 3TAEA 1XWLA 5KTQA 4J2BA 1SL0A 4GMJB 4KTQA 4FYDA 5FRNA 3U3GA 2HNYA 1JXEA 2KFZA 1TAUA 5J1EA 1JXBA 3DLEA 3KLHA 1YTAA 1C1BA 1KCFA 3CG7A 3L8BA 2HHSA 4HCCA 1ZBLA 1KVAA 1NK8A 4BDYA 4CEQA 3PY8A 4O55A 1HQEA 1KVBA 4ID5A 2BANA 4CEOA 3O4NA 4W5NA 2QK9A 2OPQA 3HSTB 4IBNA 4CIFA 3QEVA 4PQUA 3DM2A 2X74A 3OYGA 2Z1JA 1D9FA 3SQ1A 4DF4A 2GV9A 1EXQA 4CJ3A 1JLBA 4CJVA 2D5RA 2FBXA 4CEZA 2G8WA 3V1RA 3KD5E 3K5NA 3HJFA 3M8PA 5SZTA 3RTVA 1C0MA 3HPHA 1CLQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SYZA 2O8DA 4KFBA 1HKCA 1RDCA 4B3MK 2A3ZA 2ZF5O 5AQFA 1SL1A 4DV3K 3VGKA 5AQNA 3IAYA 5CZ1A 4BRQA 2BH1A 5AFUA 4CERA 1RBUA 2VG5A 1SQKA 4CF0A 4AH9A 4CF2A 1VSIA 5HROA 1U45A 4M7XA 1TUUA 1NWKA 3C6HA 2DFEA 4WE1A 2W42A 5FDLA 3OYJA 1KFDA 3LZIA 2XY7A 2JLEA 3AVLA 3I8DA 4CEEA 2ASOA 1HNXK 2V52B 4PUOA 5KRSA 3OYEA 2P9IA 3VQEA 4YFUA 3ULDA 3RMAA 2QTDA 4MQ3A 4DLGA 3MXMA 2ZGZA 5BPMA 3W0LA 3UKUB 2G8UA 4NCAA 3N4QA 5I42A 5K14A 4DQQA 4X66K 4FK4A 2O4IA 1NGJA 4WQ5C 3RRHA 4E7KA 3ZSZA 4M3TA 4FJNA 2HHQA 5T7BA 1KAYA 3WXKA 1T6DA 1RTHA 2ITGA 4DU4A 4DTXA 1NJXA 1NGFA 3MEDA 4JHDA 3NVKA 5KPTA 3R9PA 4AM6A 2X78A 4KH5A 3WNEA 3AO1A 5AQGA 1XC3A 4BR2A 4ISFA 4CZHA 3UIQA 4H5VA 4GY2B 1GLDG 5BR8K 3AAPA 1JLGA 2DFHA 4DTRA 1BI4A 2EHGA 4FPBA 1ATSA 1YXQA 3SAFA 1RDUA 3FGUA 3L4QA 3H45C 4JKDA 2NRRA 3IUCA 3BDPA 3ZEUB 3S3NA 4LSNA 1IBMK 2PYLA 3PX6A 1U49A 3ITHA 3CPWM 1QSYA 2D4WA 1CXQA 1BL3A 2D1KA 1OH6A 4ELUA 3FZHA 4DQRA 4H0VB 3VQ4A 4FLUA 2WONA 3ZLJA 1O1WA 4DKWA 1T8EA 4B8CA 1WB9A 1T44A 4B08A 4BE2A 3U4LA 2VCPA 1NNEA 4B1VA 4BRMA 1HPMA 3DAWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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