4CHYA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chyA00
3QINA 3RTVA 3SPZA 2IOCA 3O4NA 4KPYA 1S1VA 4FK4A 1TGOA 3ZSWA 3IS9A 1TK5A 2VWJA 1X9MA 2XRIA 1GOBA 2ITGA 3M8QA 1ASVA 3I0RA 1JXEA 5CZ2A 4I2PA 4W5NA 5HBMA 5KRSA 1A5WA 2HNYA 2G8FA 4KAZA 1HNIA 4OPJA 1LAVA 3AA5X 3KKSA 3M8PA 4CF1A 4DG1A 4CJEA 3HT3A 3CQ8A 4DTXA 1B9FA 4OKJA 4CEOA 3HO1A 3O4QA 2XY7A 1X1PA 3OYEA 1L3UA 1ZYQA 2HHSA 3SQ0A 3TAEA 3K5LA 3HVRA 2BDPA 4CFDA 3RMAA 1J54A 3RRGA 1BHLA 1GOCA 1UAXA 4G1QA 2IGIA 4B8CA 3S9HA 3HPOA 4KV8A 4N56A 3G0ZA 1NKCA 4F3TA 1TAQA 1D9DA 4CGJA 1KRPA 2WOMA 1CXQA 1WN7A 3WNHA 1I39A 4XIUA 3RRHA 4DSKA 3M8RA 3LWMA 1NK0A 3SZ2A 4DU4A 4FJ7A 1C0MA 3TAQA 4KHWA 1SV5A 3WNFA 4AHVA 1VSFA 1F21A 4KREA 2G8IA 2X6SA 3VQEA 3OS1A 1S6QA 2HVHA 3VQ6A 4BDZA 3VQ8A 5SWMA 5HLFA 4O0JA 4CJRA 4CJTA 1BI4B 2X74A 4CFCA 4L8RB 2QKKA 1WSEA 3K5NA 1RT7A 3SQ4A 2OZSA 1Y97A 4CEBA 1UA1A 3AVLA 4FJKA 2ATQA 1U45A 1BQMA 4AHCA 1KVAA 3I0SA 3SYZA 4Z4HA 1L3SA 1RDDA 3THVA 1B9DA 4Z4CA 1XC9A 4HCCA 1UA0A 2IC3A 3SPYA 1RTDA 2RN2A 3U6FA 1T03A 4CFAA 4RG8A 4EP4A 5C25A 3QERA 4C8KA 3BDPA 1FXXA 5CZ1A 1L3VA 4C8MA 3C95A 3AVNA 4IG3A 4WE1A 4BWMA 1SL0A 4CERA 1HPZA 4IG0A 4KTWA 4DTNA 4KTZA 3HVTA 3SJJA 2E4LA 3CFRA 1S1UA 1C6VA 4ELTA 1VSEA 3F9KA 4E89A 2FC0A 4CJWA 3OYKA 1TKZA 3K5MA 1JLBA 3QETA 2D0AA 4CK1A 3CG7A 4TSXA 4CJ3A 3KTQA 1ASWA 2BGGA 4FVMA 2HW3A 3KK3A 1NKEA 4H4OA 4FJNA 4EZ9A 1JKHA 1TKXA 3QNOA 4DTUA 1T8EA 4JS5A 2YNGA 4FYDA 3LPUA 1RBRA 4CHPA 1KFSA 3NBPA 2GBZA 3NDKA 3DI6A 1VSHA 3JYTA 4AILC 4CF8A 2XO7A 3ALYA 1T7PA 3AVFA 1BIUA 3P1GA 1R0AA 4CECA 3DLKA 2JLEA 4CEZA 1YTAA 3C6UA 5FDLA 4CHNA 5HP1A 4B9VA 4KFBA 5SZTA 4HHTA 4FLYA 3ZCMA 3L2UA 3V4IA 3OY9A 4AHTA 2YV0X 3NCIA 2HHWA 3HL8A 1LWEA 2RF2A 1JL2A 1RNHA 3AVJA 2RPIA 1XHZA 4FCYA 1BIZA 4F3OA 4LY7A 4O0IA 3RR7A 1T05A 1TL3A 4E19A 4PQUA 4DMNA 2OPQA 3VQAA 3OYCA 4RW7A 5FRNA 4W5QA 4DTSA 2QKBA 4KTQA 4CJKA 3OYDA 3P5JA 4ZTJA 2EX3A 3DM2A 4OKKA 3AVMA 4CF9A 1KFDA 4DSIA 1HYSA 3VQ5A 1JLGA 1DTTA 3AA2A 1JLCA 3HM9A 3HXMA 1HJRA 4I7FA 4CIEA 4JRQA 3QEIA 1QQCA 4Z4EA 1BQNA 4Y1DA 1RBTA 4N47A 1RTHA 3RR8A 2B5JA 3U3YA 4C8OA 4ID1A 1NK5A 2W42A 2KFNA 4FLUA 4F2SA 3DLGA 1JLQA 4FJMA 3KIOA 4B9NA 1WAJA 1LWCA 4E7IA 1RT4A 4FJGA 2KQ2A 1HNVA 4DF8A 1HQEA 3G10A 3AVBA 4NCBA 1NKBA 2DFFA 4NYFA 3QIPA 2OZMA 3I8DA 4F8RA 4H8KA 4FM2A 3M8SA 2HB5A 2JGUA 2OPRA 3RMCA 4FJIA 1DLOA 2XY6A 1KLNA 3ZT0A 4CK3A 1JXBA 1Z25A 4ICLA 2BANA 2XHBA 4FK2A 1W9HA 4FW1A 1VSIA 1QTMA 4KI6A 1EETA 2FBXA 3HP6A 4DSFA 3TANA 2KZZA 3MEEA 2YNHA 4FLZA 4M3YA 1WSIA 3MEDA 3CM5A 3L2RA 5KGXA 3VQBA 4FLVA 4J2EA 1C0UA 1U48A 4OLAA 3E01A 2ZD1A 3MECA 2KW4A 4ELVA 4N76A 3L2WA 4FLWA 2YHAA 1LW2A 2RKIA 3IG1A 4CJ4A 3SUNA 5K14A 1NK9A 4PA1A 1X9WA 1YTUA 4FXDA 5CY4A 4CJLA 1HQUA 3L3VA 3AVKA 5C42A 5I42A 1JLEA 5HRSA 1SL1A 2P5OA 2DY4A 4FJLA 3LAKA 1QE1A 4I9LA 3S3NA 1LV5A 2Y1IA 1IKXA 2FBTA 5C24A 1VSDA 1ITGA 4MFBA 3ZT1A 4DTPA 4M42A 1K6YA 1TVRA 5FRMA 5FROA 1S9GA 2WONA 1KVCA 2YKNA 4CJFA 3VQPA 3ZSXA 4KHSA 4NCGA 5HRRA 1RDBA 5J2NA 4RW8A 3KD1E 1QSSA 4CF0A 3B6OA 4Z0UA 3D0PA 3TARA 1TKTA 1WNSA 4ID5A 4JS4A 3TABA 1RT5A 3TAPA 1WSHA 1UWBA 1ZBFA 3L2QA 4J2BA 1FK9A 3NGYA 4HVJA 2X78A 3KLHA 4CF2A 5J2QA 3RMDA 4DQIA 5HRPA 3VQ4A 3V9WA 4CFBA 3QEPA 1SKWA 1BISA 3RMBA 3OYJA 2NUBA 3T19A 3O3GA 4KHNA 2Z1GA 4E7KA 4IBNA 1CZBA 4CEAA 1NJWA 3OS2A 4E1NA 1VSMA 3B6PA 4AH9A 4DFPA 2IAJA 4IFVA 4EP5A 3HYFA 5T7BA 1QHTA 3AVIA 1CLQA 3ZSOA 1VK0A 1NK8A 4J2DA 1S5JA 3VQDA 1QSLA 4CJVA 3EZ5A 1ZBLA 4FZYA 1EX4A 3PO4A 1REVA 2DTUA 3A2FA 3CM6A 3KK1A 3ULDA 1VSJA 1SL2A 4E0DA 3LWLA 3DOLA 3LP1A 4BWJA 4DSLA 4DQSA 3QEVA 3LZIA 2Y1JA 3SNNA 3PO5A 2HHXA 2AJQA 1X9SA 2HNDA 1C1AA 3SV3A 1IO2A 3UIQA 1BL3A 3VA0A 5E41A 3HJFA 4DLGA 2B4JA 4J2AA 3RWUA 2ZE2A 4BE2A 3TAFA 4E7JA 4BACA 1TL1A 1EXQA 3ZT3A 3OYIA 4QOZB 3SUQA 4F2RA 4DQRA 3F73A 3T1AA 4CHQA 4M41A 3NHGA 4KHUA 3DRSA 3VQ9A 4GVMA 2VG6A 3OJUA 1Q9XA 1RILA 1RTIA 4CGIA 2A1RA 3KK2A 2O4IA 1D9FA 4CJQA 4DFMA 1YT3A 3QEWA 1C0TA 4FJ8A 3OJSA 3TAGA 2F8SA 3ISNC 3MXJA 3LPTA 3LAMA 4KB0A 1RDCA 1WSGA 2D5RA 4KB1A 3NAEA 1NOZA 2PZSA 4NCAA 4C8LA 5DK5A 3V6DA 1JLAA 2HHVA 3AO4A 3ZT4A 3OYHA 1NJZA 2OA8A 4B9SA 4MQ3A 3L8BA 4CK2A 3SQ2A 4ZTFA 1C1BA 1JLFA 1RDAA 4W5OA 3NH1A 3OYBA 1EP4A 2R7YA 5EU7A 3QESA 3O3HA 3AO3A 1NJXA 2B6AA 4LH4A 3C6TA 1XWLA 3VQCA 1HYVA 4FM1A 1S1TA 1EKEA 4M3RA 4M3XA 3EYZA 4PWDA 1TK8A 4B9MA 1S1XA 4E1MA 1FKPA 2DFHA 4O5BA 3SQ1A 4I9QA 2KTQA 4Q0BA 1WSFA 1IKWA 4W5TA 4OPKA 2XY5A 3QEXA 4Q5VA 1FKOA 2D0BA 1A5VA 3V1OA 3SV4A 5J2MA 4FJHA 4HUGA 4FJ5A 2VG7A 3S3OA 4KRFA 3NF9A 4AHRA 4JRPA 3QO9A 4KO0A 3KD5E 2PY5A 2X6NA 1SKRA 2OPSA 3DOKA 5I3UA 4Z4IA 3DMJA 1J53A 3SUOA 3DLHA 1ZBIA 1RT3A 5CYQA 3EY1A 1KLMA 3KLFA 4FZZA 2HHQA 1NK7A 1VRTA 3DLEA 4KKOA 4CGDA 1ASUA 4DFKA 4PUOA 1IH7A 3K59A 1U47A 2P1JA 4KHQA 4HUFA 4E7LA 1ZBUA 2G8VA 3NH0A 3HK2A 1KCFA 1NK4A 1VSLA 3V9UA 2HMIA 2PYJA 3BGRA 1CZ9A 1MU2A 3PY8A 4KI4A 2O4GA 4M3WA 2Q3SA 4O55A 4R5PA 3DLBA 4HUEA 4I2QA 4DU1A 4DFJA 1JL1A 5J2PA 1O1WA 3NF6A 1NOYA 1UOCA 3PUFA 3C94A 1L3TA 4NYNA 3SUPA 4BE0A 1WSJA 2YNIA 4AHUA 4M3TA 4UQGA 2KFZA 3PX0A 4LSNA 3LZJA 3OVNA 1YVUA 3LP0A 3HP9A 4CGGA 4HTUA 5D3GA 2P5GA 3TWHA 4RW6A 1U4BA 2GUIA 3L3UA 4GMJB 1RT2A 2HHTA 3AV9A 3OYNA 4M3UA 4N41A 1NK6A 1N5YA 2IS3A 4CESA 3KLGA 3LALA 1B92A 1BCMA 1N6QA 1BI4A 3HPGA 4DTMA 4CJPA 3V81A 2YHBA 3ITHA 2OPPA 3V1QA 4ZHRA 3K58A 4PY5A 1KVBA 1S6PA 4FM0A 3NF7A 4HCBA 4OGEA 2QK9A 4Z4GA 3IRXA 4CIFA 1VRUA 3KKRA 3NH2A 3AO1A 4EZ6A 3CYMA 1BCOA 4B3OA 2HHUA 4O44A 3CFPA 4CEEA 2GV9A 1RT6A 4CE9A 4FLXA 2KZMA 3DRPA 5KRTA 4FW2A 5JS2A 4CIGA 1RBSA 3WNGA 1QS4A 3H08A 3OYGA 3L2VA 3QNNA 3SI6A 4FJ9A 1D5AA 4DQQA 2EHGA 1DTQA 3NF8A 5KTQA 2G8KA 4KHYA 1U04A 2VG5A 3D45A 1IKVA 4CHOA 2P51A 3HSTB 4DLEA 2F96A 1ZBHA 2YKMA 3ASMA 4DU3A 4CJUA 4JLHA 2HNZA 4FJJA 2G8HA 1G15A 4K8ZA 3VQQA 3P83D 2LSNA 4W5RA 5HROA 5HRNA 4B8AB 3KLEA 2BE2A 4DSJA 1Q8IA 1LAWA 1IG9A 4CCHA 1WLJA 1HYZA 3V9ZA 1KTQA 4YFUA 4IDKA 3MXIA 1A5XA 5KI6A 4E3SA 3S3MA 2G8WA 1I3AA 3FFIA 1D8YA 4OVLA 3ZSRA 2FBYA 3ZSQA 4DTOA 4CHZA 4CJ5A 3PX4A 3NGIA 1GOAA 3MAQA 2E6LA 1XHXA 2ETJA 3QIOA 1QSYA 2I5JA 4O4GA 3DRRA 3LP2A 3ZSYA 3JSMA 3QLHA 3KJVA 1TAUA 3V9SA 4IFYA 3AVCA 2Z1HA 3T3FA 1RTJA 3DYAA 3LANA 4OKEA 4Y1CA 4DF4A 1W0HA 4DS5A 3TR8A 4B9TA 3DLRA 4DTJA 3WNEA 2ZQBA 4QAGA 3OYFA 3VA3A 4OLBA 4FJXA 3AO5A 3OYAA 2E6MA 4CGHA 2DFEA 3V1RA 3ZT2A 3NGZA 4E7HA 4BE1A 4FK0A 4F4KA 1IKYA 4AHSA 2FBVA 3AA4A 3K5OA 4N5SA 3K57A 4YNQA 3AVAA 1L5UA 1VSKA 1C1CA 4H4MA 2YNFA 4Z4FA 5KGWA 4OGCA 4B08A 1WAFA 4CEFA 3TI0A 4BDYA 1LW0A 4FLTA 4ELUA 1RT1A 3PX6A 3AVHA 1Z26A 4CJSA 3PV8A 4B9UA 3OYMA 4CEDA 3O3FA 4CHYA 1RCHA 3NE6A 1HMVA 3VN5A 1U49A 1RBUA 2QXFA 4CEQA 1SKSA 3KLIA 1J5OA 4DWIA 5J1EA 3CFOA 4K8XA 4DQPA 3ZSVA 4LSLA 4C8NA 3LDSA 2A1SA 2OYQA 2VWKA 2XY8A 1HRHA 3NFAA 1CXUA 4LD0A 1NJYA 4DS4A 3TAMA 3LP3A 1XI1A 3HPHA 2G8UA 4RW4A 4GW6A 5DMRA 3AO2A 2IDOA 4IKFA 5JS1A 4FZXC 4CGFA 2F8TA 3OYLA 4BDPA 3AA3A 3U3GA 4M3ZA 4LH5A 3MXMA 1KSPA 1LWFA 1SUQA 4OJRA 3OS0A 1TK0A 3MEGA 1S1WA 2HVIA 3AVGA 4B9LA 1J9AA 2PYLA 1S9EA 5CYMA 1BGXT 4RW9A 3VQ7A 4DSEA 1TKDA 3SCXA 2Z1JA 4QCLA 4M45A 1TV6A 3ZSZA 2D0CA 4DTRA 3K2PA 1RBVA 3IAYA 3V9XA 2Z1IA 1Q9YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QINA 1D4XA 4FK4A 3ZSWA 4B9QA 2VWJA 2XRIA 3MCAB 1ASVA 1DEJA 4A5AA 4LFAK 2CH6A 4K25A 1BU6O 4JN4A 3KKSA 1GLBG 4DG1A 2YHXA 1B9FA 3VGLA 3HO1A 1ZBSA 3SQ0A 3K5LA 3RRGA 3RMAA 1YUWA 2IGIA 2GX9A 4M7YA 3U9DA 5HOOA 1W7AA 5AJ3K 4N56A 3WXMB 2W40A 1KRPA 3WNHA 3N4PA 3M8RA 4DU4A 4JEPA 1C0MA 3P31A 3VQEA 3VQ6A 3OBYA 5AQLA 5HLFA 3SBTA 4DB3A 4L8RB 2QKKA 1KD1O 1Y97A 5GINA 4CEBA 1ZC6A 3AVLA 2ATQA 1U45A 3SYZA 3I0SA 2OANA 2O8BA 2IC3A 5C0YA 3TTDA 5EXWA 3CJ7A 3U6FA 1Q18A 1T03A 4C8KA 4IG3A 4JI5K 4B1XB 4DTNA 3H1QA 4KTZA 3MDQA 2E4LA 4H03B 2FLOA 1C6VA 1VSEA 4E89A 3A0IX 3K5MA 3VEZA 4CJ3A 3N4QA 2HW3A 1E3MA 4H5WA 1NKEA 4MLHA 2E1ZA 4GY2B 3E9OA 5M1FA 5BRDA 4CJ7A 1VSHA 3SAHA 3JYTA 2XO7A 4AILC 4BR5A 3UKRB 1R0AA 3A5LC 4CECA 5HP1A 3E9LA 3FFKB 5SZTA 3DAWA 2UUAK 2YV0X 1JL2A 1RNHA 4FCYA 3RR7A 2OPQA 3R9PA 4H0PA 3OYDA 3P5JA 2E8AA 4ZTJA 4OKKA 4CF9A 1KFDA 5BPMA 3QEIA 4CIEA 1MDUB 4JRQA 4BR9A 1SZ2A 2B5JA 4ID1A 3O1WA 2W42A 1NK5A 3DLGA 4FPAA 3VGKA 4M7XA 1LWCA 4NLCA 2KQ2A 2VWBA 4NCBA 4GKKK 2V52B 3HZ6A 3QIPA 3I55N 2JGUA 2OPRA 2FSNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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