4CHYA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chyA00
2Y1JA 4NCGA 3V9XA 2FBYA 4W5RA 3VQ9A 3OS1A 2YKMA 4CJFA 1Z25A 2BANA 3OY9A 3L2QA 2X78A 2BE2A 3BGRA 1BISA 1S1TA 4NYFA 3WNGA 1JLFA 4BWMA 1IO2A 1NK6A 3ULDA 3CFPA 4KHQA 3NGYA 1C1AA 3OYLA 3LP3A 2D0BA 4ID1A 2XY6A 1HNIA 3H08A 3OYJA 1KFSA 4KHWA 2D5RA 3OYDA 3L3VA 3DLEA 4H4OA 4YNQA 2VWKA 1EKEA 4RW8A 4HTUA 1VSMA 3NF8A 4N5SA 1BQMA 3M8RA 3I0SA 4AILC 3RR7A 1ZBHA 3ALYA 4HVJA 4FXDA 1EP4A 2YHAA 4CF9A 4CFBA 3OYNA 3RMBA 5I3UA 3KD5E 4RG8A 2X74A 4WE1A 1QSYA 2XY8A 3OJSA 4EP5A 1TKDA 4O44A 1LV5A 4BACA 2G8FA 4M3WA 1L3UA 3L2WA 4K8XA 4FW2A 4IG3A 3AV9A 4KREA 4AHVA 2EX3A 2RKIA 4M41A 2PYLA 2XRIA 2YNHA 3HSTB 3L3UA 2OA8A 1B9DA 1UWBA 1LWFA 1VRTA 3KLIA 1SV5A 1TKXA 2WONA 3O3HA 3O3FA 3OYGA 4KHYA 3AVFA 2E6LA 3VQ5A 4F4KA 5KTQA 3LWLA 4B8AB 1WAJA 3O4QA 4LSLA 2ATQA 3ZSOA 1UAXA 1RBTA 4BE0A 1LAWA 4O4GA 5CYQA 3AO4A 4E7IA 3IS9A 3EZ5A 2WOMA 4DTJA 3SCXA 4CEBA 1CXQA 3HVRA 3AA5X 1IKYA 3TARA 4J2DA 2HHTA 2HNYA 4FJMA 3D45A 1RBUA 4HCBA 3CM6A 3LDSA 1RBSA 5D3GA 4YFUA 4CK1A 1R0AA 2I5JA 2YV0X 1KTQA 1DTTA 3MXJA 3V4IA 1RDCA 1W0HA 1TVRA 4FVMA 4C8MA 3NCIA 3PY8A 2KTQA 3U3GA 4FJIA 3HL8A 4O0IA 4DLEA 4F3OA 4DMNA 1A5XA 1XWLA 3CYMA 3LANA 3QEVA 4KHSA 2DY4A 4I2QA 3HPOA 4CIFA 4GMJB 1LWEA 4CEQA 3C95A 4RW6A 1JLQA 2YNIA 4RW9A 3WNFA 2G8UA 3AO3A 4KPYA 3I8DA 4FJNA 4CEOA 1S6PA 4M3XA 1ASUA 4ELTA 1BCMA 3SV4A 1L3TA 4PQUA 3AO1A 1I39A 1RTHA 4CJPA 3K5MA 2E6MA 3BDPA 4IDKA 3S9HA 4FZZA 3HXMA 3AVGA 4OLBA 3T1AA 2GV9A 2ETJA 3AVIA 3NBPA 4W5QA 4KTWA 2P5OA 3VQ6A 2XO7A 2OYQA 1S6QA 3NF7A 4OGCA 3F73A 1GOBA 4QAGA 4FK0A 2RPIA 3ZT0A 4KKOA 1QQCA 1LAVA 4CF2A 4I9QA 5CZ2A 1D9FA 4MFBA 4KO0A 4CERA 5FROA 4W5OA 3EYZA 4JRQA 2G8KA 3QETA 2VG5A 4CK3A 3LZIA 4HCCA 1UOCA 4CECA 4DQPA 4E7HA 3M8SA 1KLNA 4KB1A 2O4GA 2QK9A 3T19A 3PX4A 4M3UA 1A5VA 3VQ7A 1QSLA 4DTUA 1I3AA 4IFYA 4KRFA 3WNEA 3OYFA 1UA1A 1WLJA 3MEGA 2F8TA 3OS2A 4DSEA 3QESA 1CLQA 4FCYA 1TGOA 1X9SA 1TAUA 1ZBLA 1BGXT 4DS5A 1BIUA 1C1CA 3RRHA 1J5OA 4LY7A 3V81A 4CEZA 4E89A 4B3OA 1HYSA 5KGXA 4CGHA 3KTQA 2HHWA 1WSEA 3ITHA 1VSJA 2AJQA 5CY4A 3MEDA 3CFOA 3HT3A 1TK0A 2Z1GA 4CJVA 3PUFA 3ZSWA 1A5WA 1KVBA 3DLRA 3MEEA 5KGWA 3KLGA 1Q8IA 4DU4A 2G8WA 1EX4A 3LALA 1ASWA 1JXEA 4FJ9A 2HW3A 2QKBA 4BDYA 3V9ZA 1WSFA 3C94A 3EY1A 4M3ZA 2Z1IA 2FBXA 2ZQBA 3AO2A 1VSDA 5FRNA 2BGGA 4CEEA 4KB0A 4CJEA 3NH1A 4FM0A 3C6UA 1HRHA 2OPQA 3CFRA 4JRPA 3RMDA 3AVAA 4KFBA 1UA0A 2VG7A 1TKZA 1BI4B 4GVMA 4FM1A 1ZBIA 4FJ5A 1S5JA 3PV8A 5HROA 2HVIA 3S3NA 1LWCA 2P51A 4FJHA 4BE1A 1JLCA 1J9AA 4AHSA 1IH7A 4B9TA 2KFNA 2Y1IA 3MXMA 4N76A 3QIOA 5I42A 1JLGA 2DFEA 5KI6A 4AHTA 1TKTA 3KK2A 4BE2A 1NOYA 4JLHA 1GOCA 4ID5A 2DTUA 4CJ5A 3K5OA 3DLGA 3HPGA 1KFDA 4I2PA 4IG0A 4E19A 4EP4A 4DTSA 1RDAA 1RT1A 4CJ3A 4Z4CA 3VQPA 3DOKA 5HRSA 5J1EA 1L3SA 4QCLA 5HRNA 3T3FA 1NKBA 5HRRA 2NUBA 4DTXA 4O5BA 4CF1A 3SNNA 3K57A 2G8VA 2A1SA 3S3OA 1TK5A 3NH2A 4FLYA 3ISNC 3L8BA 4B9MA 2PZSA 4KI4A 4CEFA 3KK1A 1Z26A 1U04A 4C8LA 1DLOA 3G10A 3VQEA 4CE9A 3SPZA 4LH5A 1RT4A 4J2AA 2HHVA 4FJGA 2IC3A 1W9HA 3SQ0A 2KQ2A 4CESA 2IDOA 3DM2A 1RILA 4DSKA 4CFCA 5HLFA 1SKSA 1NKEA 1QSSA 3KIOA 4DQRA 1TV6A 1D9DA 3AVLA 4CGDA 3TAQA 3M8PA 4CGJA 4Y1CA 2Z1HA 1IG9A 1HNVA 4QOZB 4FK2A 4N41A 1TL3A 1JLAA 2YHBA 4F8RA 4J2EA 2HHXA 1KVCA 1FKPA 1NJXA 1SKRA 4FJ8A 4LH4A 3QO9A 4RW4A 2VWJA 3ZSYA 1FK9A 5HRPA 1XI1A 1QTMA 4C8OA 3SQ2A 3QNOA 1HYZA 3KLHA 4IKFA 3DI6A 3P83D 3VQCA 3RTVA 1SL2A 3LAKA 1NOZA 1RBVA 2VG6A 4E0DA 1U47A 1KSPA 5EU7A 4M42A 2BDPA 4AHRA 3IG1A 4CJUA 1FXXA 3A2FA 4Q5VA 2GUIA 3AO5A 2Z1JA 2PYJA 1KVAA 3OYHA 3VN5A 3LPTA 4LD0A 2RN2A 1HQUA 4OKEA 5JS2A 3V9SA 1NJYA 2EHGA 2KW4A 4W5TA 4J2BA 4Q0BA 3LZJA 4OPJA 4FLVA 4DF8A 1VK0A 3QEWA 4KAZA 5HP1A 4DWIA 3OJUA 4JS4A 3NH0A 2YNFA 2A1RA 3AVMA 3K5LA 2DFHA 1Y97A 3TAFA 3QEPA 1WSIA 2F96A 2HB5A 4Z4HA 3C6TA 3AVJA 1RT6A 4OKJA 3SJJA 1C0UA 1KRPA 5CZ1A 3KK3A 3RMAA 3PO4A 1F21A 2P1JA 4N56A 3HM9A 4CK2A 4DTNA 1CXUA 3ZSQA 3NAEA 1T05A 5T7BA 3TAMA 4FM2A 4I7FA 3V6DA 4CHQA 3SUQA 3HJFA 4DSFA 1T7PA 1JL2A 4OJRA 4KTQA 5JS1A 4CHYA 4BDZA 1YVUA 3AVKA 4BWJA 4W5NA 3M8QA 4DTMA 4F2SA 1YT3A 1S1VA 3B6PA 1WN7A 4H8KA 3VQAA 1X9MA 1YTAA 4B9VA 3CQ8A 3MECA 3NF6A 4N47A 2XY7A 2LSNA 5HBMA 4Z0UA 2X6NA 1X1PA 3NF9A 4CEDA 1VRUA 2OZMA 3TI0A 3ZSZA 1QS4A 1VSLA 1QE1A 4CJTA 2FC0A 3ZCMA 3SI6A 3KLFA 4ELUA 3SQ4A 4DS4A 4CF0A 2G8HA 3OVNA 3RRGA 1RBRA 1Q9YA 3DYAA 4MQ3A 4TSXA 4E7LA 1TAQA 4DTRA 1SL1A 3AVNA 3AA4A 4CHPA 4DQQA 4CHZA 4B8CA 1DTQA 1RT3A 1XC9A 1BHLA 3QERA 4IBNA 1NK4A 1B92A 1QHTA 4XIUA 3HK2A 1CZ9A 3ZSXA 3VA0A 2X6SA 5J2QA 3PO5A 4CEAA 3QEIA 3CG7A 2D0AA 3OYKA 3V9UA 1RDDA 1B9FA 1NJZA 1RT5A 1U4BA 1BI4A 3SUPA 5DMRA 4G1QA 3VQ8A 3WNHA 2HMIA 2B4JA 2RF2A 3VQ4A 1FKOA 3HYFA 1HMVA 3V1RA 4DTOA 3SQ1A 3KKRA 5J2PA 1C0TA 1HYVA 1N6QA 4KI6A 4CGGA 2OPPA 3QINA 4ZTFA 1N5YA 2E4LA 4FZXC 3B6OA 4CGIA 2GBZA 1O1WA 3DRSA 4I9LA 5K14A 3TR8A 4CJ4A 3NHGA 3TAEA 1XHZA 1U48A 1S9EA 1J54A 3OYCA 2Q3SA 5KRSA 3JYTA 4FK4A 1RDBA 3QLHA 3SV3A 1C0MA 3DOLA 3DLHA 3HVTA 1K6YA 1G15A 2QKKA 4DU3A 3E01A 1JKHA 3P5JA 3ZT4A 4OGEA 4FJXA 4ZTJA 4HUGA 2HNZA 1C6VA 4DG1A 4K8ZA 3OYBA 4C8KA 1JLEA 3JSMA 3ZT3A 2KFZA 4DTPA 2IS3A 3TAPA 1SKWA 3F9KA 3MXIA 3DMJA 4PWDA 3LPUA 3O4NA 3SUOA 4PY5A 4Z4IA 3L2UA 3OYIA 4CJSA 3MAQA 3PX0A 2JLEA 2IOCA 3LAMA 3G0ZA 4CFDA 3NGIA 3QIPA 3VQBA 3OYAA 2R7YA 4E7JA 2KZZA 4ZHRA 1S9GA 3I0RA 1HPZA 2ITGA 1HJRA 1Q9XA 4E3SA 1ITGA 4DFMA 4B9NA 1IKXA 2O4IA 4RW7A 2YKNA 5DK5A 2F8SA 4FLZA 2OPRA 3ZSRA 3OYEA 3SZ2A 3SPYA 1YTUA 2ZE2A 4CIEA 5SZTA 3QEXA 4CCHA 3RWUA 1NK7A 4DF4A 1TK8A 4E1MA 5SWMA 3DRRA 1S1WA 3THVA 1EXQA 3P1GA 3KLEA 1RTJA 3HPHA 4FLXA 1VSIA 3NFAA 3V9WA 1RT2A 3TAGA 4FW1A 2XY5A 2HHSA 4DU1A 4M3YA 1SUQA 4FJLA 5KRTA 1MU2A 4CHOA 3O3GA 4Z4GA 1GOAA 1JLBA 3HP9A 3ZT1A 4CJWA 4HUEA 4DFJA 5J2MA 4CHNA 1BL3A 1VSEA 2ZD1A 4DQSA 4DSIA 2HNDA 1VSHA 3V1QA 4Y1DA 1NK9A 4FJ7A 4FLUA 3TANA 4B9UA 2P5GA 1NJWA 1T8EA 4EZ9A 4KV8A 4FZYA 4FLWA 1KCFA 4CFAA 2W42A 4HHTA 4OPKA 3CM5A 1RCHA 2D0CA 1L3VA 4LSNA 4O55A 3K2PA 5FDLA 4CJKA 4HUFA 2IAJA 1D5AA 4M3TA 2OZSA 4CIGA 3SYZA 4PA1A 3TABA 3AA3A 3VA3A 4Z4FA 3V1OA 1JXBA 2FBTA 4DSJA 2YNGA 4O0JA 3NDKA 1NK5A 4DFKA 4R5PA 3S3MA 1ZBUA 1WSHA 1HQEA 4CJRA 4CJLA 4FJKA 4E1NA 4B9LA 1KLMA 3D0PA 4IFVA 5J2NA 3RMCA 2FBVA 1T03A 4KHNA 2IGIA 5C25A 3K5NA 3IAYA 1JL1A 1IKVA 4OLAA 4AHCA 4CJQA 5C42A 4M3RA 4JS5A 3NE6A 4F2RA 1SL0A 1REVA 1IKWA 3VQQA 4NCBA 4C8NA 3OS0A 1VSKA 1NKCA 4PUOA 3KKSA 1J53A 1NK0A 1ZBFA 4F3TA 4Z4EA 4FYDA 1X9WA 4L8RB 5FRMA 4DFPA 3LP0A 1LW0A 4NCAA 4CF8A 3DRPA 4KHUA 3U3YA 1WSGA 1RTDA 3K58A 2JGUA 3FFIA 3L2RA 2QXFA 2PY5A 1RTIA 1RNHA 1U45A 4BDPA 4ELVA 2OPSA 1TL1A 4AH9A 3VQDA 3ASMA 3KJVA 1EETA 1NK8A 3AVHA 3PX6A 2G8IA 1BCOA 1WNSA 4B08A 4ICLA 4DLGA 1ASVA 3IRXA 2KZMA 3AVBA 3HP6A 1BIZA 4OVLA 3ZSVA 3NGZA 3L2VA 1ZYQA 4OKKA 2B6AA 5E41A 3RR8A 4NYNA 4M45A 4FJJA 2HVHA 1WSJA 3KD1E 3DLBA 4B9SA 1VSFA 3ZT2A 3QNNA 3UIQA 2HHQA 3TWHA 1C1BA 5CYMA 4AHUA 1S1XA 3LP1A 3HO1A 1S1UA 4DSLA 4KTZA 3K59A 3AVCA 2DFFA 4FLTA 4DQIA 3LWMA 4E7KA 1L5UA 3OYMA 1U49A 1XHXA 1CZBA 2XHBA 2HHUA 1LW2A 3DLKA 4UQGA 4GW6A 1D8YA 3LP2A 3SUNA 2B5JA 1BQNA 4H4MA 3U6FA 1WAFA 1RT7A 4CGFA 3AA2A 5C24A 4EZ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJ7A 2FBYA 4W5RA 3C6AA 3OS1A 3OY9A 1Z25A 2BANA 3L2QA 4NYFA 2QA4N 4LF8K 3OYLA 3LP3A 1HNIA 4KH5A 2D5RA 1N8RO 3D2FB 1VSMA 1VQON 1BQMA 3I0SA 4NLCA 4FXDA 4CF9A 2YHAA 3KD5E 4RG8A 2X74A 5GAEP 3OJSA 4O44A 5GINA 1L3UA 3F2KA 3L2WA 5FPEA 2QWQA 3MN6A 3L3UA 2OA8A 4OX9K 1BUPA 4FWQA 4B1WB 1TKXA 4F4KA 4GNIA 1QQOA 3TSUA 2ATQA 2YHWA 3ZSOA 1UAXA 1LAWA 4ILHA 4E7IA 3SCXA 3QBWA 3R8EA 3CJ7A 3AA5X 1IKYA 4CD3A 1RBSA 5D3GA 4YFUA 4K0KK 4PKHA 1DTTA 2E1ZA 3R9PA 3NCIA 3R1XA 4FJIA 3BF1A 3DJCA 2RE2A 3HPOA 3CCLN 4GMJB 2UXBK 2GX9A 4RW9A 3WNFA 3WQUA 1S6PA 4CEOA 1YJNN 4ELTA 4PQUA 1I39A 2E6MA 3HXMA 3NBPA 3CMAN 5AQSA 3VQ6A 4CBUA 2XO7A 2P5OA 3F73A 1GOBA 1HKBA 1QQCA 2CH6A 1OH7A 3HK2A 1GLBG 5KPZA 1GLCG 4CK3A 4CECA 3A5OC 2O4GA 1A5VA 3VQ7A 1QSLA 4AM7A 4H5TA 4KRFA 4B1ZA 3WNEA 1QHAA 4UY8O 3H3NO 4BG9A 2I7NA 1ZBLA 1BGXT 1C1CA 4BC4A 4FWLA 4KH4A 1HYSA 5KGXA 2YHYA 1WBDA 3O4WA 1WSEA 3ITHA 1VSJA 4GVEA 2V51B 3CFOA 1I94K 4JKEA 3DLRA 3HTVA 3TTFA 5KGWA 3ATUA 1IJJA 4BQLA 5DM7L 1ASWA 2P9KB 1U2VA 4BDYA 2VQFK 1WSFA 3C94A 3EY1A 3R6MA 4M3ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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