3AA4A

A52v e.coli rnase hi
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
LKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAVIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 51
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa4A00
3NDKA 1TKZA 3NFAA 4CGIA 5HP1A 1KSPA 1DTQA 1EXQA 2OPRA 5KTQA 2FBVA 4E19A 1J54A 1NK6A 3O3FA 1S1WA 4E3SA 4HVJA 2Z1GA 4KREA 3MXJA 2KZZA 1RT7A 4CK1A 5E41A 4FJGA 1X1PA 3IRXA 3RR7A 3MAQA 4B9MA 1YTAA 2FBYA 1WNSA 4KHYA 3T1AA 4PUOA 2IS3A 5KGWA 1TL1A 5HRSA 3QINA 2YNGA 1TL3A 1SV5A 3AVCA 1WSHA 3K5OA 3TAEA 4FZZA 3ZT3A 1BQNA 3QIOA 2QXFA 3HO1A 2Z1JA 2B4JA 2YHBA 1GOAA 1RBRA 3M8PA 3VN5A 4B8AB 4CHZA 3DLHA 5HRNA 5J2PA 4B9UA 1FK9A 2XO7A 2IGIA 3QNNA 5I42A 3HT3A 2QKKA 3JYTA 4Z4HA 1KTQA 4FLYA 3MXIA 2BGGA 1XI1A 1HYVA 3EZ5A 3U6FA 5K14A 1HNVA 1RDDA 2KW4A 4OPKA 3V4IA 4H8KA 4AILC 4KHUA 3QEIA 3PY8A 4OKEA 2VWKA 3RMDA 3KK3A 1HMVA 3QETA 4PA1A 3VQQA 4KTZA 3DLGA 4CEAA 4DMNA 4KHWA 4LH5A 3ZT2A 4CHPA 3DLBA 2E4LA 3V1QA 5CZ2A 3LAKA 3TAQA 4CF9A 1FXXA 3TANA 3OYDA 4DQSA 3K57A 1NK8A 1Z25A 2G8KA 1U49A 1KFSA 3B6PA 3AVMA 1B92A 3HPHA 3KKSA 4JRQA 3ZSRA 4CECA 1KFDA 3NH1A 1K6YA 1Q8IA 4CHYA 2HHXA 1RDCA 3CQ8A 3OYHA 2OYQA 3LZIA 1S5JA 3U3YA 3TABA 2GUIA 1BIZA 5JS1A 5C42A 3MXMA 4B8CA 1BQMA 4L8RB 4PWDA 4ZTFA 4KO0A 4B9TA 1RT2A 1L3SA 1KLMA 1BIUA 1NK5A 4OGCA 1X9MA 1JLQA 2P1JA 3HM9A 3QLHA 3SYZA 3VQDA 3MEDA 4CHNA 3V9WA 3LPTA 1BI4B 2WONA 3OJSA 1CXUA 3PO5A 3G0ZA 2X74A 5T7BA 5HRPA 3KLEA 1SL2A 2KFNA 3SUOA 4O4GA 3L2RA 4AHVA 4Y1CA 4CJQA 5CZ1A 1HYZA 1LAWA 4DTUA 4LSNA 3VA0A 1A5VA 3TAPA 3HPGA 4FLXA 3DMJA 2KFZA 2P5GA 4DTNA 1BL3A 1HYSA 3AO4A 1HQUA 2OZSA 1KVBA 1RT5A 3D45A 4GW6A 4O0JA 1IKWA 3JSMA 4YNQA 3LP2A 3VA3A 1VSLA 2ETJA 4Y1DA 5HRRA 3NH2A 2A1SA 1IKXA 4RW7A 3TAMA 4FLTA 4M3RA 4JS5A 2ZQBA 4CFCA 2DY4A 1DLOA 1VSIA 4IG3A 1U47A 4N41A 1ITGA 2BANA 4JS4A 3SUQA 4KTWA 4I9QA 4DU1A 5D3GA 2JGUA 4LSLA 3HVRA 1NK0A 4AHCA 1TGOA 3B6OA 4NYNA 3K5LA 3OYMA 3SUPA 4EZ9A 3P83D 3SI6A 2G8FA 1C0UA 1CLQA 3OYNA 1S1TA 3DRPA 1ASVA 3NGYA 4CJPA 4M3XA 3P1GA 1D5AA 1WAJA 2R7YA 4FM2A 4DS5A 1JLAA 3OYCA 1KVCA 3PUFA 3LWLA 4W5TA 4B9SA 3TWHA 3HJFA 1C1AA 1T8EA 2XY7A 3LWMA 3WNHA 1XC9A 4FM1A 1J5OA 2PZSA 3MECA 2OPPA 1U4BA 3ZSOA 1WN7A 1S1VA 4FYDA 1EETA 1ZBFA 4CGJA 1QSSA 4DQPA 4B9NA 4E7LA 3H08A 4FCYA 3V1OA 3E01A 3ZSWA 2Z1IA 1XHZA 4FK0A 4DS4A 2BE2A 1WLJA 3IG1A 4H4MA 2LSNA 4G1QA 4IG0A 3QO9A 1T03A 3L3VA 4C8MA 3QESA 1BCMA 1LV5A 1NOYA 5KRSA 4FJIA 4PQUA 3L2WA 4BWJA 1ZBUA 4CFDA 3PX4A 1TK5A 4N76A 4KB1A 4N47A 1ZBHA 2D0CA 4ZTJA 4JLHA 4FK4A 2DTUA 4FJMA 3TAFA 1QSLA 4DSFA 4CF0A 3T3FA 4J2EA 3BDPA 4CJ3A 4EP5A 4CJWA 3O3GA 3T19A 2Z1HA 3QEPA 3OYFA 3VQCA 4CFAA 5FRNA 4KAZA 3WNGA 4E7JA 3OS2A 1RCHA 1L3TA 3L8BA 1CZ9A 4CIEA 4CEEA 3RMBA 3AO1A 3AA2A 3OYJA 1ASUA 1JLGA 3AA3A 1RDAA 3DLRA 2YHAA 3ISNC 4M3UA 2I5JA 4IDKA 4BDPA 2RKIA 3WNFA 3V6DA 4DFPA 2GBZA 1RBTA 2PYJA 1VSHA 4DTOA 3OYIA 1YT3A 1RDBA 3OYAA 1U45A 1VRTA 1VSEA 4C8OA 2HNYA 2IC3A 2DFEA 4FJ8A 1TAUA 1Q9YA 4K8XA 3KK2A 4Q0BA 2ZE2A 1BI4A 1I3AA 3C6UA 3HSTB 4B08A 1SKSA 1N6QA 1RBSA 1ASWA 3CG7A 2W42A 1TK8A 1RT6A 1J53A 1NK9A 2HHWA 4DTJA 4DSLA 3KLGA 1C1CA 3RR8A 4M3ZA 1GOBA 1LWCA 3DI6A 3K5MA 2HB5A 3CFRA 4F3OA 1KCFA 1W0HA 3NGIA 4E0DA 1FKPA 3KLIA 3VQ7A 4AHRA 4BDYA 2BDPA 2YV0X 4J2AA 4M3WA 2KZMA 1RBUA 3DLKA 2Y1IA 3C94A 3KIOA 4Z4CA 4UQGA 2HHSA 1S9EA 4MFBA 1NK4A 1YTUA 4F2RA 2KTQA 3L2VA 4CGFA 2G8UA 2OA8A 1VSFA 4RW6A 3ZCMA 2FBTA 4OKJA 4CK3A 4FLUA 1VSJA 4CEOA 4CEZA 4KRFA 4LY7A 4Z4IA 4KB0A 4N56A 3SPYA 4FJXA 2HNDA 2ITGA 2F8TA 4B9VA 2HVIA 2IOCA 4RW8A 3K59A 4W5NA 1BCOA 3OYKA 1RTJA 2JLEA 1NKEA 3OYLA 4HCCA 3DRRA 4BACA 2A1RA 4B3OA 1LAVA 1U48A 2F8SA 1ZBLA 4OLBA 4CEDA 4CJSA 2O4GA 2YNFA 1YVUA 1D9FA 4DSKA 1S6PA 2X78A 4CF2A 1HNIA 4KHSA 3VQEA 1IO2A 3RWUA 4FJLA 4IBNA 4RW4A 4N5SA 3THVA 4NYFA 4IKFA 3VQ6A 5I3UA 1BGXT 4CEFA 4OLAA 3K2PA 4NCGA 4CF1A 3RRHA 1NKCA 1LWEA 3LP3A 4DG1A 4JRPA 1X9WA 3RMAA 4H4OA 4O55A 3VQPA 1VRUA 2VG5A 3AVAA 3F9KA 1RILA 2GV9A 3NGZA 4DQIA 4CGGA 4NCAA 1O1WA 3LPUA 1WAFA 2RPIA 1TKXA 3V9ZA 1G15A 1L5UA 4BWMA 3TARA 4QCLA 1JXEA 4CGDA 3MEGA 1Y97A 1WSJA 2E6LA 1RTIA 4CJFA 2D0AA 1HPZA 2O4IA 3OYEA 2DFFA 3I8DA 1UWBA 5DK5A 4M3YA 3HPOA 3C6TA 1RT4A 4E7HA 2XY5A 4CE9A 1MU2A 4KI6A 4OJRA 4QOZB 4I9LA 3EY1A 1NJWA 4KHNA 4M3TA 3K5NA 3V9XA 1ZYQA 2OPSA 3DYAA 4DF8A 1SUQA 3O4NA 4QAGA 3QNOA 2Y1JA 1SKWA 2IAJA 1B9DA 4DLGA 2OPQA 3AVGA 3AO2A 2B5JA 3LP1A 4OGEA 4J2DA 3OS0A 4CEBA 3HL8A 4C8KA 1WSIA 4Q5VA 3ULDA 1D8YA 1KRPA 3KD1E 2XHBA 4FW2A 1BHLA 4IFYA 2NUBA 4GVMA 4DFMA 3DOKA 2G8WA 4DFJA 2PY5A 2RN2A 3S9HA 3AVIA 3ZT1A 2D0BA 3OY9A 3SJJA 3CFPA 3AVKA 3TI0A 4DQRA 3FFIA 1QSYA 3M8QA 4ICLA 1T05A 4OVLA 3QEXA 4CJEA 4Z0UA 2QK9A 4E7KA 4LH4A 4W5QA 2PYLA 2YNHA 4IFVA 2HMIA 4C8LA 3M8SA 3LALA 4W5RA 1UA1A 4CESA 1HJRA 1S6QA 1TVRA 3TR8A 3L2UA 4F3TA 4K8ZA 4FM0A 2X6NA 1NOZA 2QKBA 2XRIA 1HRHA 5CY4A 4FJHA 4LD0A 4Z4EA 4RG8A 2ZD1A 3KD5E 1QE1A 2HHTA 1ZBIA 1IH7A 3RTVA 3L2QA 3S3NA 4AHTA 2X6SA 3NF8A 2HNZA 5J2NA 3KKRA 3MEEA 4BE1A 4FJNA 1JLEA 5HLFA 1F21A 1NJYA 4GMJB 3DRSA 3DOLA 5C24A 5HROA 5CYMA 1RT1A 2ATQA 2VWJA 1SL1A 4CCHA 4KHQA 4BE0A 1CZBA 1TK0A 1D9DA 3AVLA 4CJ4A 3VQ5A 1RTDA 4E1MA 4CJ5A 3KLHA 4FZYA 4FJ7A 3IS9A 3OJUA 5KI6A 4F2SA 1VK0A 4HTUA 4KKOA 3O4QA 3ZSYA 3OS1A 1JL2A 2P51A 4CIGA 4XIUA 1XHXA 3SCXA 4Z4FA 3LP0A 3AV9A 3SQ1A 1L3VA 4NCBA 3VQ9A 3ZSVA 4KPYA 1JLBA 1QTMA 1JKHA 3AO5A 1W9HA 3ASMA 3NF7A 4ID5A 1LW2A 5SZTA 3D0PA 4FLWA 4KTQA 4FJKA 3V9SA 4EP4A 1REVA 3F73A 3C95A 3SNNA 3V1RA 2YKNA 4FVMA 3OYGA 3A2FA 3QERA 3CM6A 1RTHA 4BE2A 1EX4A 1XWLA 3HVTA 4DSEA 2XY6A 2FBXA 3ALYA 1QQCA 1J9AA 1JL1A 2G8VA 3AVJA 4R5PA 4F8RA 4DSJA 4M41A 4ZHRA 4CJRA 4C8NA 4DWIA 3QEWA 1C1BA 2G8HA 3V9UA 4CHQA 1KVAA 4CJVA 1B9FA 4WE1A 3TAGA 4CIFA 1T7PA 1TAQA 5DMRA 3AVBA 3NHGA 4FK2A 4O0IA 1VSKA 4CJTA 3KLFA 1SKRA 4KFBA 4RW9A 2HW3A 1UOCA 3S3OA 3G10A 4CHOA 3EYZA 2OZMA 5KRTA 5C25A 2B6AA 4ID1A 4FLZA 4AH9A 4BDZA 3PX6A 3QEVA 3KTQA 4E7IA 4CEQA 4FJ9A 1U04A 3AA4A 4EZ6A 2D5RA 3CM5A 3K58A 5J2QA 4HUFA 3M8RA 4E1NA 3SPZA 2EHGA 4AHSA 3V81A 1NKBA 4KV8A 3VQBA 3RMCA 2XY8A 2WOMA 5FDLA 4DLEA 3LANA 3SZ2A 1L3UA 1IG9A 4FJJA 1QHTA 4ELUA 3NF6A 3KJVA 4DU3A 3DM2A 1WSFA 5FROA 3I0RA 4W5OA 3L3UA 4PY5A 3ZSXA 3CYMA 1BISA 4O5BA 1WSGA 4F4KA 2IDOA 3NCIA 3QIPA 5EU7A 1S1UA 3SV3A 1S9GA 3NBPA 4MQ3A 2EX3A 2DFHA 4CFBA 1VSDA 4J2BA 3LAMA 4HCBA 2HHVA 2F96A 4TSXA 4DTPA 4YFUA 4HUGA 1SL0A 4CJKA 3BGRA 3O3HA 1C6VA 4FLVA 1FKOA 3HP9A 4HUEA 1S1XA 1NJZA 4OPJA 5SWMA 2HHUA 3NH0A 4CJLA 3SUNA 4FXDA 3IAYA 4CK2A 5FRMA 1RNHA 2FC0A 2P5OA 1QS4A 4DTXA 1C0MA 1WSEA 4I2QA 4CERA 3PV8A 4DSIA 2G8IA 4I2PA 4OKKA 4CJUA 1UA0A 3DLEA 3AVFA 4DFKA 1HQEA 4HHTA 3HYFA 2AJQA 1RBVA 1EKEA 4O44A 1A5XA 1JXBA 4M45A 3HXMA 3AVHA 4I7FA 4FZXC 3ZSZA 2Q3SA 3ITHA 5J2MA 1LWFA 1Z26A 1C0TA 3ZSQA 4M42A 5HBMA 3S3MA 1NK7A 3SQ0A 3PO4A 4FJ5A 3RRGA 1VSMA 3LZJA 5JS2A 4B9LA 3AO3A 4DTSA 3OVNA 3CFOA 1TKTA 1I39A 3U3GA 3OYBA 4DU4A 3HK2A 1IKYA 1Q9XA 4ELTA 2HVHA 3VQ8A 3SQ2A 2VG7A 1R0AA 1JLCA 2HHQA 3KK1A 3PX0A 3AA5X 4DTMA 1EP4A 5CYQA 2RF2A 1A5WA 1UAXA 4E89A 4DF4A 3P5JA 1TKDA 4KI4A 3I0SA 3LDSA 2E6MA 2VG6A 1LW0A 3SQ4A 3AVNA 3VQAA 4ELVA 1JLFA 1CXQA 3ZT4A 1X9SA 4DTRA 2YNIA 1KLNA 1IKVA 1N5YA 4AHUA 4FW1A 5KGXA 3NAEA 1GOCA 3HP6A 1RT3A 2KQ2A 3NF9A 3ZT0A 1DTTA 1NJXA 3SV4A 3WNEA 4CF8A 3UIQA 1TV6A 5J1EA 4CGHA 4DQQA 2YKMA 3VQ4A 3NE6A 4Z4GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G25A 3VERA 5HP1A 2H3GX 1DTQA 2OPRA 5KTQA 1J54A 2QWLA 1S1WA 1RT7A 3IMXA 1X1PA 3ZETB 1GLBG 2FBYA 1WNSA 5AQXA 3O4WA 5HRSA 3QINA 1TL3A 3AVCA 1WSHA 4JKEA 3ZT3A 3HO1A 3M1FA 3TU5A 2B4JA 1GOAA 3M8PA 5HRNA 3HT3A 2QKKA 3JYTA 3WXKA 3EZ5A 1VQNN 3AY9A 1HNVA 2P9LA 1RDDA 2KW4A 2QWMA 5ELZA 4OPKA 2JWKA 3L4QA 1VQ9N 4JHDA 3QETA 2W6LA 3VQQA 4KTZA 3H1VX 3ZT2A 4CHPA 2FXUA 2NRXA 5CZ2A 1U2VA 3TANA 3TSQA 4DR5K 5AFUH 1U49A 3O1WA 3HPHA 3ZSRA 4CECA 1KFDA 3NH1A 4CHYA 3CQ8A 4U7BA 1HX1A 5C2DA 3TABA 5AZIB 2NZTA 4B9TA 1L3SA 1KLMA 1NK5A 4B3MK 2QM1A 4JI2K 2P1JA 3SYZA 3FZLA 5BPNA 4PHTX 5FPNA 3LM9A 3FE1A 2VQEK 3SUOA 4AHVA 4DV4K 5CZ1A 5CR4A 4LSNA 3TAPA 3CD6N 3HPGA 1V4SA 3DMJA 5BPMA 2UUCK 2OZSA 4BC2A 4LF7K 3D45A 1NGBA 4BRCA 3GBTA 4RW7A 4FLTA 4CZKA 1T6DA 4CFCA 1VSIA 4IG3A 1Q18A 4I9QA 4LSLA 1NK0A 1TGOA 3B6OA 2YI1A 3P83D 3SI6A 1C0UA 1S1TA 3NGYA 1ASVA 2KHOA 5GAEP 3BZKA 2O8CA 2GTDA 2R7YA 1KVCA 3VGKA 2XY7A 3LWMA 1XC9A 1J5OA 4NXMK 1IV0A 3ZSOA 1EETA 5C2FA 4BRKA 4FCYA 3V1OA 3E01A 3FR0A 4FK0A 4DS4A 4G9ZA 1WLJA 4HCBA 2DPNA 3UKUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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