3R1XA

Crystal structure of 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase from klebsiella pneumoniae
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
295
structure length
295
Chain Sequence
SNAMTARYIAIDWGSTNLRAWLYQGEECLESRQSEAGVTRLNGRSPAAVLAEITQHWRDGATPVVMAGMVGSNVGWKIAPYLPLPAAFSDIGQQLTAVGDNIWIIPGLCVSRDDNHNVMRGEETQLLGARALAPSSVYVMPGTHCKWVLADRRQIHDFRTVLTGELHHLLLQLSLVGAGLPPQETSAAAFAAGLQRGINNPAVLPQLFEVRASHVLGALPREQVSEFLSGLLIGAEVATLSDTFAGQQAISLVAGSSLTSRYQQAFAAIGREVSAVAGDTAFQTGIRSIAYAVAN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae
publication title Structure of 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase from Klebsiella pneumoniae.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase
total genus 93
structure length 295
sequence length 295
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.58: 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase.
pdb deposition date 2011-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05035 DGOK 2-keto-3-deoxy-galactonokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.300 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r1xA01
3.30.420.310 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r1xA02
3R1XA 3T69A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1KA 4JRPA 4NCBA 3T69A 2W42A 5M1PA 1I3AA 4I9QA 2RKIA 3CM5A 1VSFA 4EIAA 3BEXA 4DKWA 2HHTA 5M1NA 4KHQA 4QOZB 4DR1K 3L2QA 3TAEA 2QWQA 5C15A 4CJLA 2F96A 4FSVA 4IOAL 4RWTA 4WE1A 1RDDA 2X74A 4RTFD 2Q97A 3JSMA 3NVKA 4BWMA 5AQKA 3L2RA 4KTZA 2P9KB 3NGIA 3RSEA 1DTTA 2A40A 4M3ZA 3K5LA 3AV9A 3DI6A 5BPLA 5EU7A 4B1YB 3HZ6A 3FZHA 1KVBA 4DCHA 4B3SK 2UYTA 3AO2A 3E01A 5H1SQ 1JJ2M 3IDHA 3ZT4A 4CIFA 1ATSA 4DHYA 3V1RA 4LSLA 3VENA 2KFZA 1ILYA 3AO3A 3K5NA 5T7BA 1OH8A 4CBUA 2ETJA 3BGRA 4ISEA 1SAZA 5CYMA 1A5WA 3VESA 3WNGA 1SQKA 4CJRA 1YJNN 3O3HA 3BP8A 5FROA 1KFSA 4BR4A 1HPMA 1VAZA 4LFAK 4IDKA 4HCBA 1RDBA 2OYQA 4F3TA 4JKBA 3MN9A 3G0ZA 1QHAA 3C0BA 4CZGA 2Q36A 1VQNN 5C12A 4PL8A 1C0MA 5C25A 4FZYA 2I7PA 2HB5A 3PY8A 3QLHA 3R6MA 4BC3A 1KRPA 2GV9A 4O55A 1Z25A 3HSCA 2NRHA 3N4QA 1CZBA 1KSPA 3DRRA 4DR4K 2UXBK 1TK5A 2P9IA 4UY8O 4CVNE 4KO0A 4WYBA 4CJUA 3I56N 3PIOL 1S72N 1BA1A 2Z1IA 5ADXH 3HOTA 4FJKA 5BN8A 1VSMA 1HNVA 4GVMA 2FSJA 3C7NB 2QXFA 3F9MA 1UWBA 1JL1A 4X64K 3O8MA 3ZSRA 1BA0A 4DTUA 4WF9L 3V6DA 1NK6A 2OA8A 4BGAA 1IKVA 1KVAA 2QXLA 2ZF5O 4F8RA 1ASVA 5C24A 4M7YA 1WUAA 4CEAA 1SV5A 3SAGA 5E26A 5ADXA 5AQUA 5EVZA 3T1AA 2F8TA 3CJCA 2E1ZA 3RMAA 1YF5L 3NH0A 3QNOA 1X3MA 4KB0A 1BU6O 2UUCK 4LF6K 2NRTA 4B1XB 1JLAA 2IAJA 1RDAA 1EETA 2QWMA 1NGGA 4DS5A 2HMIA 1JLCA 2FXUA 3O80A 3THYB 4IEEA 1LW0A 3P1GA 3M8RA 1NGCA 2GEMA 1W0HA 4E89A 4W5NA 3EN9A 2YKNA 4BE2A 3WQUA 4DG1A 1JXBA 4BRMA 4G1QA 2A1RA 1R0AA 2FC0A 2Q0UA 4L3QA 1NK0A 2EWSA 4DR5K 1XHXA 1XMQK 1XHZA 4WFBL 4FM1A 3WEEA 1JXEA 4BRNA 3H6EA 3OYKA 3ZSVA 3AO5A 1TV6A 1BL3A 4CECA 3CM6A 3OYBA 5GIOA 4JV5K 1TL1A 1U49A 1LWEA 3D6RA 3NBPA 3TSQA 4FJLA 3QB0A 1S22A 3HVTA 1TVRA 3IKMA 3J7ZO 4EZ6A 4PWDA 3D0PA 3KLFA 3M3ZA 3V9UA 3G4SN 1VSIA 3P4IA 2NRWA 4BRDA 3CJ7A 4CGIA 3LP2A 2Z1GA 4CF1A 4DSIA 3CMEN 2IOCA 3K5OA 4B8CA 2A41A 4DB3A 4KHWA 1VSHA 3GL1A 4DSLA 3PX6A 4I2QA 3HP9A 3BF3A 4CCHA 3CCUN 2PFUA 4GMJB 3RSEB 2OCEA 4NCAA 2G8KA 1S1VA 1QQMA 2O8FA 3D2EB 5HRRA 2F4VK 4FWNA 2P9PB 3DLBA 3THXA 3MN5A 4CF0A 5IT9O 5LMNK 4CJTA 5HP1A 2V7YA 4KHNA 1J53A 2UU9K 2P1JA 2O8EB 2VG5A 5I42A 1L3TA 4YOUA 1JLFA 3KIOA 1LAWA 4HUGA 4CJVA 3S3MA 1Z6RA 3OYNA 4BRAA 4M41A 2HW3A 2HSTA 3S9HA 4H8KA 3RMCA 5AZIB 5GAGP 4CFAA 1J6ZA 5FPDA 5BN9A 3RR8A 3HT3A 4FLYA 1VQON 4FPAA 1MU2A 3FFKB 2G8HA 1U04A 2DFEA 2PY5A 3I33A 2WONA 4DMNA 3W3DA 4CD1A 2OPSA 2DFFA 2KZZA 2I7NA 5B8HA 1XNQK 1NJIO 4WFNL 3VGMA 4JS4A 3CCQN 1JCGA 3G25A 3AVHA 1ASWA 1HR0K 1ZBLA 4IDHA 4C8OA 1DLOA 2RE2A 3DRSA 2Q31A 4BQLA 2UUAK 1NWKA 4BC2A 1T6DA 4IOXA 2YJEA 5M1OA 3OS0A 1S6QA 3PO5A 3MX2A 2CH6A 3OYEA 3FZKA 2OTJN 1QSYA 2IVPA 1IKYA 3WNFA 4OKEA 4LC9B 2FF6A 2PAVA 2OPPA 4FWMA 4LF8K 5HROA 5KQDA 3KJVA 1L5UA 4KRFA 3AGRA 3RR7A 4Y0WA 4YNQA 1Z05A 1NOYA 3ZEUB 4F2RA 1NU0A 3U3GA 4CHZA 4EHTA 1Q9YA 1N8RO 3NGZA 4CF8A 2YCHA 3B8AX 3WQTA 3P5JA 4EFHA 4KV8A 1IO2A 4BR9A 3SAHA 3SJHA 3VQ7A 2B4JA 2RN2A 4BACA 3VQAA 4DUYK 4XH1A 3KD1E 5E84A 5AQJA 3VEOA 5AQFA 3S3NA 3CXCM 3DLHA 1LWCA 3IUCA 3L2UA 4FK0A 1GLJO 5SWMA 2Z1JA 1BGXT 3AA5X 5CYQA 1T03A 5F2RA 3K9JA 1YAGA 1LCUA 4M3YA 4DWIA 3CCVN 1CXUA 1HYVA 3R9PA 4DTJA 2ASOA 4BR2A 3SI6A 2BDPA 3OYLA 3SBTA 4YOTA 3D7EO 4CK2A 4O0JA 2QTDA 1VQKN 2NRVA 4CIGA 1KXPA 2ZWHA 4JD2B 1EKEA 3TAQA 5AZJB 1EP4A 4BROA 4FO0A 4E3SA 1TYQB 4FWQA 3TAFA 2JGUA 2QKBA 1DEJA 1KLNA 4WQ5C 4H5WA 2HOEA 1IKWA 1RDWX 4HWIA 1KAXA 5FRNA 1ZBHA 1RNHA 2WFBA 3TSPA 4DV2K 3VQ8A 4A62A 1QVGM 5JS2A 4BR7A 4CEEA 4WQ5A 4DUZK 5AFUH 2HNYA 1DKGD 1LWFA 3NFAA 3CIPA 3KWIA 4RW7A 2NLXA 4K43A 1JL2A 2A6AA 3O3FA 1GLDG 4FZZA 1BCOA 3UB5A 3OJSA 5CR4A 4BRQA 5DM6L 1KC8O 1VQ4N 4O8UA 2QEXN 2RHKA 3TTFA 3UKUA 5AQYA 3MCAB 4PKHA 4AHCA 1D9DA 1YHQN 2VWJA 3I8DA 3MEEA 4CJQA 5AFUA 4CGGA 1RDCA 1BI4B 3TSUA 3KLEA 2FSNA 1L3UA 1XWLA 3PSFA 4KHSA 4KH6A 4JKGA 3O9TA 3OA9A 1SUQA 3AVLA 1S9EA 3C6UA 3IRXA 2VGNA 3T19A 4U7BA 2O8DA 2P9SA 2BUPA 3H08A 3OBYA 1KFDA 1SKRA 1HPZA 3S41A 4HCCA 2D0PA 2QWLA 1RBSA 1HQUA 4CJEA 5C42A 2CGKA 4IOCL 2HF3A 1I39A 3F73A 1WSEA 4FLTA 3DYAA 1BWFO 4I6MA 4H0VB 4JI2K 5LJVA 1SL0A 3A5MC 1NMDA 3DLRA 4K8ZA 1JLEA 3VERA 2VQEK 4Q0BA 3DXKA 1NK7A 1N36K 1KVCA 1NGJA 2QWRA 3H1QA 4FLUA 4CEOA 5KPZA 4DSKA 1TK8A 4OPJA 5DM7L 4DS4A 5J2QA 1HYSA 1IKXA 4FJ7A 3WUHA 5J2PA 4LFCK 3A5OC 4ICLA 1D5AA 5KGWA 3LZIA 4A61A 3J81O 4KKOA 3QBWA 1U2VB 1X9JA 1E4GT 2IGIA 4DQPA 4YDUC 3GG4A 3LAMA 1Y64A 4A57A 1YI2N 4OLAA 2OPQA 1RTHA 3VQDA 2YNFA 4ILJA 4DLGA 4J2AA 4FWKA 4C23A 4B3OA 4R5PA 1P8ZA 2X6NA 1HJRA 4YDUA 1FJGK 4DFPA 2Q2RA 5CHIA 3LP1A 4E19A 3IS9A 4Z0UA 4A5BA 4GKKK 5AQWA 3VEZA 1KAYA 1F21A 4IJNA 4FJNA 1NG9A 4JHDA 2HHXA 3Q7CA 3E9OA 2NRRA 3ULEA 2O8CA 3CPEA 4O5BA 4BREA 3O6WA 1NK8A 1UA0A 4JAXA 3ATVA 4M42A 2IS3A 3THWB 4FJ5A 3CD6N 2HVIA 1C1CA 4EP5A 1B9DA 3FR0A 3H45C 2W41A 2A42A 4OGCA 2XY6A 1XC9A 1KTQA 2F9WA 2ZGYA 1RTJA 4F2SA 1RT1A 3QO9A 5JLFA 3GDQA 3VEXA 3ULDA 3BY5A 1XC3A 4WQ4C 3CCMN 5CY4A 2H3GX 2KQ2A 4DU3A 4EAHD 4AILC 3PX0A 4CGJA 3AARA 3OYMA 5E41A 5KRTA 3CC4N 4ILHA 1XMOK 1ZYQA 1HKGA 4OGEA 3VQQA 1RDUA 4I9LA 4WQ4A 1BUPA 2P9NB 1JLGA 3ZLJA 3EY1A 3TANA 2G8WA 3RVCA 3AVKA 3TTCA 3U4LA 1GLLO 2YHWA 4B1VA 1ATRA 1WSFA 4YORA 1BHLA 3C65A 1C0UA 4LD0A 1S1UA 1EQYA 3CMAN 1B9FA 4BRPA 3CJ9A 1WN7A 3QERA 3TU5A 3HPHA 2E5LK 4A59A 3KKRA 4CFDA 4CBWA 3HO1A 3K0SA 3M5RA 2VWBA 3BUZB 2O8BB 3OYCA 2I5JA 4NXMK 4FL9A 4LF5K 2OTLN 3CQ8A 3LANA 3AGKA 3CCEN 1VSJA 1L3SA 2VG6A 3LAKA 3VF4A 2XO7A 3LP3A 4OKJA 3VEWA 1OVQA 2KLAA 4CEQA 2OPRA 1KLMA 4X66K 4Z4FA 3SMSA 4BWJA 2PYJA 4BRIA 3ZETB 1RBVA 1Q86O 5FPMA 5GINA 4H5NA 4IBNA 4BQZA 3HJFA 3OYAA 3VQ9A 3NAEA 2QM1A 4CHNA 2B5JA 2O8DB 2W40A 1P90A 4ISGA 4Z4GA 2NRXA 4MLHA 4FVUA 1ZBUA 1U4BA 1U47A 3WXMB 1EXQA 3PSIA 1U6ZA 4CI6A 2Y1JA 1G99A 2B6AA 2P5OA 2Z1HA 3N4PA 4FWRA 3OY9A 3ZSQA 2Q1NA 4BRFA 5AQMA 4KH5A 4JKEA 3MN6A 3GOIA 4E1NA 1S9GA 1D4XA 3L0QA 3DAWA 3H1VX 3BDPA 4B9LA 4FWLA 4B1UB 3QESA 5J1EA 3CCSN 4QS9A 1BISA 3FLCO 3QICA 1HYZA 1VHXA 4Q5VA 4ID1A 1KQSM 1TAUA 3J8AA 1BOTO 4AQYK 2YV0X 3AO4A 3WXJA 2IVNA 3QINA 3K59A 1K8KB 1SL2A 4GV6A 4MLEA 1GLFO 4M45A 3HPOA 4DTXA 4FYDA 4X65K 1QVFM 3QEPA 3VGLA 4KB1A 1Z26A 3DMJA 1VQ5N 3CC7N 3NF8A 4R79A 4JI8K 1WNSA 4PUOA 4CK3A 4JI5K 2NRZA 3DOLA 3RRGA 1NOZA 3KHYA 1HMVA 2HBKA 3MDQA 4CIEA 1T3VA 3HYFA 3DLKA 2P51A 4I7FA 1E4FT 5EOYA 3ID6A 2BTFA 2E8AA 2WTUA 2Y1IA 4QCLA 1N5YA 2UXDK 3NDKA 4JKAA 4DR7K 4GV3A 3H3OB 1D8YA 3VOVA 1IV0A 2YHYA 4DFMA 5A2QO 1RTIA 3K5MA 2D1KA 1YJWN 3AVGA 4AHSA 4B9TA 1NBWA 1LW2A 3AVIA 4OO1J 4ZTFA 4BG9A 1YTAA 3OS1A 4V19S 5EX5A 4LSNA 3AA4A 1QZ6A 3QFPA 2WC9A 3HVRA 3I0RA 1RT6A 3O4NA 4CGHA 2BGGA 3PO4A 3ZSZA 4OPAA 3ZSYA 3Q7BA 1CXQA 2YJFA 1NGIA 2ASMA 4H0XB 4U67L 3HM8A 1YIJN 4DTSA 3C95A 4CJKA 3O1WA 3LWMA 5GAEP 3MWTA 1T44A 4HTUA 1JKHA 4FCYA 4ELVA 3EKUA 4B9QA 2D5RA 3M6GA 3NGYA 1RBUA 1S6PA 2FLOA 3VQPA 2P5GA 3GBTA 1QHTA 4EP4A 4QAGA 4LF9K 4CJWA 3AVCA 4DV6K 4AF1A 3CC2N 1JCFA 2HHWA 3V1OA 4OX9K 2BE2A 3ASMA 3I8BA 3L4IA 4KBOA 3M8SA 2KKZA 3EL2A 3HTVA 3KK1A 4DU4A 3SYZA 4JK9A 5FRMA 4JI1K 4CF9A 1G15A 4BRKA 4CZLA 4CGDA 3MK6A 1S3XA 1CZAN 1DGKN 3ZCMA 3ZT1A 1W2BM 5KRSA 1HNZK 4KI6A 3ZSXA 3QEWA 2XY7A 3EYZA 3RMBA 5HRPA 4Y1DA 2D0AA 1E3MA 3AA3A 2GWKA 1M90O 4BY9C 3FE1A 4ILGB 4YOYA 4Z94A 4YFUA 1J5OA 1NK5A 1QSSA 3SPZA 3U8XA 3DWLA 2HVHA 3PLAA 3BZKA 4JRQA 1LAVA 5C2FA 2V52B 3BF1A 3CFPA 3M1FA 2RF2A 1EX4A 4CZEA 2CGJA 4CZKA 1NGDA 2P9IB 1QQCA 4ISFA 2E20A 2P9UA 2HF4A 4K42A 5BPMA 3QFUA 4CJ5A 2KW4A 3P83D 1J54A 3OYJA 4O4GA 2ZJRL 2E2QA 1CZ9A 4B1ZA 2PZSA 1MDUB 3R3LA 4KH4A 2O4GA 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3VTHA 2HBLA 4MFBA 1ASUA 3AAPA 4BRHA 5K14A 4H5TA 3T7ZA 2HHUA 4E7KA 1VSKA 4B08A 4JKCA 1RCHA 2AJQA 3TAGA 3V9ZA 1T7PA 3DLEA 1OH6A 1C0FA 5AQTA 4FJMA 4H03B 5SZTA 4YOVA 1WOQA 3SUPA 3TWHA 4HHTA 3V9SA 1RT5A 3KLIA 1NJXA 5LY3A 1ESVA 2ZE2A 5BREA 3C6HA 1WBDA 4DQIA 4FOEA 2AP1A 3BZCA 1RILA 4FXDA 4M3UA 1QS4A 3ENOA 5AR0A 4JKHA 5BRHA 1IJJA 4C8LA 4MO4A 4FWSA 3VQ4A 3SLCA 3DOKA 2WUSA 5ELZA 1SL1A 5JVHL 3ZT0A 5KQ8A 3L2WA 3SBGA 2KHOA 4H4MA 4JKFA 4XEIA 4HUFA 4BRGA 1I94K 3LPUA 3R1XA 2GUPA 4JNEA 4LF4K 3VQ6A 4FJJA 4CJ4A 5J2MA 4NYFA 4KTWA 2NZTA 1QSLA 1BIUA 4IO9L 2G8FA 4C8KA 4FJGA 2ZQBA 3NH1A 2BH1A 1HX1A 1HKBA 3C7NA 2EX3A 4WFAL 1GLEG 3VMFB 1N34K 3JXUA 3RTVA 5FLXO 5LJWA 3B6OA 3MXJA 4Y1CA 1WSGA 1ATNA 4BRLA 1XI1A 3DLLL 5C10A 5TKYA 4CZMA 4DF8A 5I9EB 4CEDA 3NF7A 4PQUA 3AO1A 1HLUA 1X9WA 4CJ3A 4QS8A 3EKSA 3SK3A 4BGBA 4CF2A 1U48A 1B92A 4DQSA 3SV4A 2A1SA 3QBXA 3VQBA 1YJ9N 2HNZA 1V4TA 3L3VA 3LDPA 1IBLK 3THYA 1Q82O 1NGHA 3LL3A 1GLBG 3OTOK 2JWKA 4KHYA 4FVMA 2G8VA 3L3UA 4CHPA 3CI5A 4EHUA 1SS6A 2V7ZA 3OYHA 5HBMA 2E6LA 4PL7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3R1X A;  3T69 A; 
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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