The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
93
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sequence length |
295
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structure length |
295
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Chain Sequence |
SNAMTARYIAIDWGSTNLRAWLYQGEECLESRQSEAGVTRLNGRSPAAVLAEITQHWRDGATPVVMAGMVGSNVGWKIAPYLPLPAAFSDIGQQLTAVGDNIWIIPGLCVSRDDNHNVMRGEETQLLGARALAPSSVYVMPGTHCKWVLADRRQIHDFRTVLTGELHHLLLQLSLVGAGLPPQETSAAAFAAGLQRGINNPAVLPQLFEVRASHVLGALPREQVSEFLSGLLIGAEVATLSDTFAGQQAISLVAGSSLTSRYQQAFAAIGREVSAVAGDTAFQTGIRSIAYAVAN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
2-oxo-3-deoxygalactonate kinase
|
| publication title |
Structure of 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase from Klebsiella pneumoniae.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae
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| molecule tags |
Transferase
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| total genus |
93
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| structure length |
295
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| sequence length |
295
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
2.7.1.58: 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase. |
| pdb deposition date | 2011-03-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05035 | DGOK | 2-keto-3-deoxy-galactonokinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3T69 A; 3R1X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2NZT A; 4KI4 A; 1IKX A; 1J9A A; 1NNE A; 1RT2 A; 3QO9 A; 5AQS A; 3QNN A; 2O4G A; 1TYQ A; 3KLF A; 2P9S A; 3KWG A; 4FZY A; 1VQ4 N; 4J2B A; 4BGB A; 4O8K A; 3PX4 A; 3L2V A; 2X6S A; 3G71 N; 4B3R K; 4CZG A; 3KK3 A; 1NG9 A; 3RRH A; 1IKV A; 4FLW A; 4BWJ A; 4A2B A; 4BRO A; 3A5N C; 1VAZ A; 5E41 A; 1QTM A; 1JXB A; 4H03 B; 4CHP A; 1IG9 A; 1JXE A; 1BOT O; 1XHX A; 1IBL K; 3P1G A; 4Q0B A; 2QKK A; 3FZH A; 5GAD P; 4DV4 K; 4DG1 A; 4B9N A; 1IJJ A; 1GLL O; 3AA3 A; 1WLJ A; 3LAM A; 4E1J A; 2E6M A; 3ZT2 A; 3THX B; 3C94 A; 4DWI A; 2KZZ A; 3WEE B; 3GBT A; 5M1Q A; 3IAY A; 4IXC A; 3VF6 A; 5TKY A; 3BGR A; 3GG4 A; 3NCI A; 1S1T A; 4DSL A; 4H0O A; 4CZF A; 5DM7 L; 1JLQ A; 2DTU A; 1GLA G; 2YNH A; 5HOO A; 3RR8 A; 2RHK A; 4DV5 K; 3HPG A; 3TAB A; 1VSE A; 4GV3 A; 4EAH D; 3C6T A; 4YFU A; 1NGE A; 5AFU H; 3RSE B; 3Q7B A; 1HYS A; 5JS1 A; 4JD2 A; 2RF2 A; 3CCM N; 4DS4 A; 3VF2 A; 2HST A; 3EKS A; 3K59 A; 2GWJ A; 3KHY A; 4DSE A; 1N34 K; 1DT9 A; 2W40 A; 3ENO A; 1NJZ A; 1WSF A; 4H0Y B; 1NJI O; 3SPY A; 1GLB G; 1VQN N; 2QW9 A; 3FFI A; 2QXF A; 4WF9 L; 5HRR A; 3S3O A; 4MO5 A; 3N4P A; 4E1M A; 4FWO A; 4FLT A; 3ZSX A; 1RTD A; 3GL1 A; 1U47 A; 1TKZ A; 3H45 C; 4GKK K; 1NGH A; 2V52 B; 1BG3 A; 3TAM A; 4DTJ A; 3ID8 A; 4HVJ A; 4CZJ A; 4EHT A; 5AR0 A; 3ZSV A; 4NCB A; 3VEX A; 1QVG M; 2FSN A; 4CJT A; 2PYL A; 2QWN A; 4JEP A; 3SK3 A; 4I6M B; 3CHW A; 4J8F A; 3QEI A; 1CXQ A; 4H4O A; 1W9H A; 1FW6 A; 3PO5 A; 1HRH A; 4C8O A; 4AM6 A; 4JK7 A; 4DSK A; 1RT1 A; 3SUN A; 3D2E B; 1HYZ A; 2OPS A; 4L3Q A; 1KQS M; 3UB5 A; 3BZK A; 2JGU A; 3LDP A; 3OYC A; 4A2A A; 4W5Q A; 1FK9 A; 3W3D A; 4KFB A; 5EU7 A; 4WQ5 C; 3ENH A; 2O8C B; 1Z26 A; 1JLA A; 1FKP A; 4DQ8 A; 4FWN A; 4DR1 K; 4IOA L; 1CZA N; 1RBR A; 1VQ5 N; 3PO4 A; 1OVY A; 4E19 A; 3HVR A; 3AVJ A; 3QML A; 4CFD A; 4E3S A; 1ZC6 A; 5BRE A; 5FPD A; 3ZSO A; 3I33 A; 3AO4 A; 1HJR A; 5EOY A; 2QI2 A; 5AZI A; 4ICL A; 1KFD A; 4LF6 K; 1SL0 A; 3OS0 A; 3HK2 A; 5FPE A; 3TAP A; 4B3M K; 5GAH P; 3HRG A; 2HW3 A; 3WNE A; 1UAX A; 3R1X A; 3SCX A; 3HPO A; 2D0A A; 4A5B A; 3CC4 N; 3AVN A; 1RDU A; 2O8B B; 2E2O A; 5HRN A; 4HHT A; 4WQ5 A; 5I42 A; 4H5R A; 3D2F B; 4Z4F A; 4CJ4 A; 4CJF A; 5EX5 A; 1U6Z A; 3K2P A; 3RWU A; 4DTR A; 3UIQ A; 3K5O A; 1UA0 A; 4IWV A; 2A41 A; 3CIP A; 4CER A; 4L8R B; 2HHT A; 3MEE A; 3MX5 A; 1CZB A; 4FK2 A; 4W5O A; 3VF4 A; 3ZYY X; 1JCG A; 2P9N B; 4IJN A; 4CJ5 A; 1NJY A; 1VQ9 N; 3QIO A; 1TK0 A; 3U4L A; 1KVA A; 1C1A A; 3L4I A; 4M3X A; 3V6D A; 4M45 A; 1NGA A; 1T3V A; 1V4T A; 1L3V A; 4C8L A; 1NMD A; 1NOZ A; 2OCE A; 1U48 A; 4BE2 A; 4DQP A; 4WFN L; 4JKC A; 4FOI A; 4CGH A; 4ILH A; 5GIP A; 2Z1H A; 3IDH A; 4N41 A; 3K5N A; 4CJP A; 2ZF5 O; 5TKW A; 4BAC A; 3C7N B; 1TKD A; 1RBS A; 3ZSR A; 2VCP A; 5CHI A; 3MDQ A; 3AA2 A; 5C25 A; 4E7J A; 4IG0 A; 4DR7 K; 2KFN A; 1RT7 A; 3SQ2 A; 4NYN A; 5LJW A; 1FJG K; 3VTH A; 4IG3 A; 2ZD1 A; 1BGX T; 4FPB A; 4Y1D A; 3OS2 A; 4IBN A; 1WUA A; 5FRN A; 2E8A A; 3U6F A; 3D7E O; 1JL1 A; 2LSN A; 4BRL A; 4JK9 A; 4DR4 K; 3ATV A; 3F5T A; 1QZ6 A; 1KLN A; 3TI0 A; 4LF8 K; 2UXB K; 3KLG A; 3T7Z A; 3WXJ A; 4WYB A; 2P51 A; 4MQ3 A; 1BDG A; 2IAJ A; 2QA4 N; 4AM7 A; 1NK4 A; 4ID5 A; 1NKE A; 3SQ0 A; 3VEV A; 2HND A; 3VN5 A; 1N8R O; 4J2E A; 2YCH A; 3DYA A; 3I56 N; 3JXU A; 1RDA A; 2QWR A; 3PSF A; 4FWQ A; 1HNX K; 3OYG A; 1WSJ A; 1YAG A; 4K43 A; 3P4I A; 3VQ6 A; 4DR6 K; 1VSF A; 5JVG L; 2G8K A; 4CCH A; 4A5A A; 4FK0 A; 2FC0 A; 1OKJ A; 3MXI A; 2W41 A; 3R9P A; 3NGY A; 4W5N A; 4LF9 K; 3THW A; 3CQY A; 2BDP A; 4KAZ A; 3PV8 A; 5CYM A; 4FYD A; 4DR5 K; 3ZCM A; 4IFE A; 4YDU C; 3NH2 A; 3QEW A; 4HUF A; 3DOK A; 3SJH A; 3CCL N; 4MLH A; 3A8Y A; 4AHR A; 5IWA K; 2A1S A; 4CEQ A; 2P9S B; 3MMV A; 3K5M A; 3O80 A; 2P9K A; 3N4Q A; 1D9F A; 3CCE N; 1ZBH A; 1BIZ A; 2YHW A; 1S1X A; 4C8K A; 1S3X A; 2XY8 A; 4H0T B; 3PY8 A; 3RTV A; 3U9Z A; 4N5S A; 5JS2 A; 5KRT A; 2BUP A; 3DOL A; 4BR0 A; 3J7A P; 4ZTF A; 2CGJ A; 4C8N A; 2V7Z A; 5AQU A; 2JLE A; 3O3F A; 4FJL A; 4G1Q A; 2O8E A; 5FLX O; 2JWL A; 3H46 O; 1HQU A; 4RW7 A; 4OLA A; 3P39 A; 1XNQ K; 1LW2 A; 3LDN A; 3KK7 A; 1WNS A; 2YV0 X; 1QSS A; 4KHN A; 3QIP A; 1G15 A; 4DTP A; 1NKC A; 4YDU A; 2ITM A; 4EZ6 A; 1W97 L; 1D4X A; 1O13 A; 1IKY A; 1X9S A; 2NRX A; 4DV0 K; 1D8Y A; 3T69 A; 2F8S A; 4IDK A; 1U4B A; 5CZ2 A; 5HRP A; 1TKX A; 3VQE A; 5AQI A; 3O08 A; 5HL7 L; 4O55 A; 3IFR A; 1WB9 A; 4QS9 A; 1B92 A; 3EY1 A; 2GWK A; 3QFP A; 4AHC A; 3K58 A; 4M3W A; 4RW4 A; 3ZEU A; 1D5A A; 3KKR A; 1HNZ K; 5H1S Q; 4ID1 A; 3O9U A; 3TSQ A; 3J7Z O; 4I9L A; 2WBN A; 3LAK A; 4DTM A; 3EE9 A; 2IIR A; 4DV6 K; 3LAN A; 3WT0 A; 3ZT4 A; 4DMN A; 1IV0 A; 4O5B A; 1T7P A; 2QK9 A; 1Q8I A; 4JD2 B; 1QQM A; 4Z94 A; 3LP3 A; 3QFU A; 1VRT A; 1YJW N; 5KRS A; 4Y0W A; 5AFU A; 1ZBI A; 2KLA A; 1TGO A; 1Q9X A; 1S5J A; 2HHW A; 1ASW A; 2Q0R A; 1GOC A; 1RT4 A; 3PUF A; 1MWK A; 4TSX A; 5KQ8 A; 3VQ7 A; 3LPU A; 3CCJ N; 4B1X B; 5C2F A; 3RVC A; 5BRF A; 2NRH A; 4KH5 A; 1LAW A; 4BRQ A; 2FSJ A; 1ASV A; 4JS5 A; 4HCB A; 1N32 K; 3AVF A; 2XRI A; 4M3Z A; 3P31 A; 4NLC A; 4U7B A; 1S1V A; 3WXI A; 4EP5 A; 1BI4 A; 3BEX A; 2V7Y A; 2HB5 A; 2IDO A; 3SMP A; 2HMI A; 4BVO A; 4LSL A; 2ASM A; 4FJJ A; 2KQ2 A; 1QSL A; 2VQE K; 4H0P A; 1NMN A; 4FCY A; 4FM1 A; 3KIO A; 4OX9 K; 3MX2 A; 4Z4G A; 4LC9 B; 1T44 A; 3L2R A; 2UUC K; 2Z1G A; 1XQS C; 2UXD K; 3WXM B; 2HF3 A; 1SL1 A; 3VQ9 A; 1K6Y A; 2HHS A; 3CCQ N; 1WBB A; 4W5R A; 1GLE G; 4JI6 K; 3QDK A; 3DMJ A; 4U67 L; 3AV9 A; 3VGM A; 3E9O A; 4X64 K; 1J53 A; 3PLA A; 1C0G A; 3H3O B; 4CEE A; 3CPW M; 3G10 A; 1NGJ A; 3LP2 A; 1VQM N; 1NK6 A; 5CE3 A; 5EY4 A; 4AHT A; 3S41 A; 1NGG A; 2ZJP L; 3IG1 A; 4FLY A; 1JLF A; 4CEF A; 2NRW A; 1RDD A; 4C8M A; 5AZI B; 4W5T A; 3NFA A; 4BRE A; 3VEO A; 2I5J A; 1N5Y A; 4KI6 A; 1NGC A; 1JL2 A; 1TL1 A; 1SL2 A; 4BQZ A; 3DRS A; 4KHP K; 4JN4 A; 4BRI A; 3VQC A; 3HJF A; 1U04 A; 1RTJ A; 3CXC M; 4DFK A; 3B6P A; 3B6O A; 3ZSY A; 3CC7 N; 3MWT A; 3VQQ A; 1HLU A; 3SPZ A; 2PY5 A; 4DB3 A; 1X9W A; 4N76 A; 4BRF A; 4F3O A; 2P5G A; 4DSI A; 4DTX A; 2I7N A; 3CI5 A; 3EZW A; 3RMA A; 2G8F A; 3FZF A; 4GKJ K; 4C1N K; 1B9D A; 3L3V A; 1SQK A; 1S22 A; 4JKH A; 4B8A B; 3VEY A; 3KD5 E; 1GLC G; 1WOQ A; 4YOR A; 1NM1 A; 2W6L A; 4ILG B; 3NE6 A; 4IEI A; 4DR3 K; 3M1F A; 3GOI A; 4O8U A; 3C65 A; 1B9F A; 2CGK A; 3E66 A; 2HOE A; 4BVP A; 3MN5 A; 5EVZ A; 3TWH A; 1BA0 A; 2QWL A; 3P38 A; 1EWR A; 5AQN A; 4CW7 B; 4LSN A; 4FZZ A; 1BIS A; 3HTV A; 2EWS A; 1H1V A; 4IJA A; 4DV1 K; 3CJ7 A; 4XEI A; 5AQR A; 3OYF A; 4YOT A; 3DXK A; 2G8I A; 1CXU A; 2YKM A; 1TVR A; 1N6Q A; 3ZT1 A; 4CHQ A; 3GE1 A; 1BCM A; 2E5L K; 2Q2R A; 1QQN A; 3RRG A; 3HST B; 2F7T A; 3HT3 A; 3WNH A; 1J6Z A; 3LAL A; 4BRG A; 1OH6 A; 5M1F A; 1QSY A; 1S72 N; 2ZM6 K; 4WQ4 C; 2I7P A; 1EO1 A; 3H1Q A; 3V9U A; 4FW1 A; 5AQT A; 1TV6 A; 4CHO A; 4BR7 A; 2HHH K; 3SBG A; 1J54 A; 2DFH A; 4YHH K; 1DLO A; 1RIL A; 1RTH A; 3IMX A; 2Y1I A; 3E9L A; 4OJR A; 1ILY A; 1L3S A; 1VSD A; 4CD3 A; 3CFO A; 4BG9 A; 2GEL A; 1JJ2 M; 1C1B A; 3UE5 A; 3THW B; 3VTI A; 5SWM A; 2YJF A; 2P1J A; 1HPZ A; 5LL6 Z; 3CC2 N; 3HPH A; 1Y64 A; 5AQK A; 4BDY A; 2HNY A; 1RFQ A; 4XH1 A; 4WQ4 A; 3AVK A; 3KVG A; 3S9H A; 5GIN A; 2P9K B; 3DLK A; 3TTF A; 1IO2 A; 2X6N A; 1JLB A; 1XMO K; 1YF5 L; 2F4V K; 1J5E K; 2NNW A; 1G99 A; 4OVL A; 4CIG A; 4BRA A; 5KI6 A; 3L0Q A; 4RW6 A; 4CZL A; 3CQX A; 5CZ1 A; 3WXK A; 2FF6 A; 1BO5 O; 3ZET A; 3I8B A; 4NYF A; 5J2P A; 2O8E B; 2X74 A; 2YHX A; 2UYT A; 4DSF A; 3ZSZ A; 5CR4 A; 3DLL L; 2KFZ A; 5BPL A; 1SKS A; 1S9E A; 4LY7 A; 4HTU A; 3KLH A; 2XHB A; 3NGZ A; 2D1K A; 3O4N A; 4XH5 A; 5BR9 A; 3SAF A; 2A6A A; 4HUG A; 4GV9 A; 4F4K A; 4JS4 A; 4CEC A; 1N33 K; 4CFC A; 3TAG A; 5M1N A; 3SNN A; 4H5W A; 4JI4 K; 5B8H A; 2VG5 A; 3NH1 A; 2VWK A; 4LF7 K; 3AAQ A; 4FJ7 A; 4XH4 A; 4CFA A; 3I0R A; 2ZJQ L; 1TK8 A; 4PHT X; 1UWB A; 4CF2 A; 2WUS A; 4LFC K; 3M5R A; 3ZEU B; 1X1P A; 2VWB A; 1T05 A; 4H5V A; 4FJH A; 3VPZ A; 2GUP A; 3A2F A; 4JI7 K; 3ASM A; 4QOZ B; 1LWC A; 2GEM A; 3F9M A; 2O8D B; 4KTW A; 5GIO A; 3AO1 A; 4CGF A; 1A5W A; 4ISF A; 2FBT A; 4PKH A; 4OPK A; 1EP4 A; 5E84 A; 4DS5 A; 3OYK A; 4YOW A; 4CF1 A; 1HNW K; 2A1R A; 4CJS A; 2BE2 A; 2R7Y A; 2QWM A; 2NUB A; 1VQ7 N; 3PX6 A; 3HSC A; 3AVC A; 3ALY A; 4IFV A; 4PL7 A; 1ATR A; 1Q82 O; 1NJX A; 4CEO A; 3CER A; 3K5L A; 1CZ9 A; 4CEA A; 3VEN A; 3KWI A; 3QIN A; 4OKJ A; 3ATU A; 4IZ9 A; 2G8W A; 4IOX A; 3TAE A; 4KRF A; 4FJX A; 4GNI A; 3BY5 A; 4B1Z A; 3CJA A; 4IDH A; 2YKN A; 3SLC A; 4DFJ A; 2O8F B; 2EHG A; 3FZL A; 4CHY A; 3R3L A; 1BI4 B; 4N56 A; 4UY8 O; 4DKW A; 4KH6 A; 4NB4 A; 3VGL A; 5AQQ A; 3O9R A; 4ELT A; 1BCO A; 5F2R A; 1RT6 A; 4JRQ A; 5D3G A; 1DTQ A; 1LV5 A; 4RCH A; 4FWL A; 4FLU A; 1J5O A; 3LDO A; 5J2N A; 4AHS A; 2WOM A; 4DF4 A; 5EXW A; 3WNG A; 4B9T A; 4FJ5 A; 1Z25 A; 3ITH A; 1BL3 A; 2KW4 A; 3AVL A; 1T03 A; 4CEZ A; 4BRC A; 4WFA L; 4IKF A; 4K8Z A; 3ZSQ A; 3TTC A; 4PQU A; 1X3M A; 1IBM K; 2HHX A; 4FVU A; 3BP8 A; 1DEJ A; 3EYZ A; 2P9U A; 1NLV A; 3LPT A; 4V19 S; 4BE0 A; 5LY3 A; 2P9P A; 1NJW A; 4FLZ A; 2QKB A; 2WC9 A; 2YNG A; 3LZJ A; 3VMF B; 5AQG A; 3T1H K; 2G8H A; 3ZT3 A; 4DU4 A; 2NLX A; 3NVK A; 4BRH A; 3G6E N; 1JLE A; 3SAH A; 3NGI A; 3VA3 A; 3JYT A; 4O44 A; 3NF8 A; 1K8A O; 2IVP A; 3P5J A; 2WFB A; 1I3A A; 5KTQ A; 3L2Q A; 1IBK K; 2QEX N; 1A5V A; 3ULE A; 3M8R A; 2DFE A; 4FWK A; 4BRM A; 1HX1 A; 4FSV A; 3TR8 A; 2HMP A; 1ATS A; 4A57 A; 1YVN A; 2QWQ A; 3OYE A; 3SV3 A; 3QBX A; 5AQO A; 4B1U B; 5ELZ A; 3KJV A; 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