3R1XA

Crystal structure of 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase from klebsiella pneumoniae
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
295
structure length
295
Chain Sequence
SNAMTARYIAIDWGSTNLRAWLYQGEECLESRQSEAGVTRLNGRSPAAVLAEITQHWRDGATPVVMAGMVGSNVGWKIAPYLPLPAAFSDIGQQLTAVGDNIWIIPGLCVSRDDNHNVMRGEETQLLGARALAPSSVYVMPGTHCKWVLADRRQIHDFRTVLTGELHHLLLQLSLVGAGLPPQETSAAAFAAGLQRGINNPAVLPQLFEVRASHVLGALPREQVSEFLSGLLIGAEVATLSDTFAGQQAISLVAGSSLTSRYQQAFAAIGREVSAVAGDTAFQTGIRSIAYAVAN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase
publication title Structure of 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase from Klebsiella pneumoniae.
pubmed doi rcsb
source organism Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae
molecule tags Transferase
total genus 93
structure length 295
sequence length 295
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.58: 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase.
pdb deposition date 2011-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05035 DGOK 2-keto-3-deoxy-galactonokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.300 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r1xA01
3.30.420.310 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r1xA02
3T69A 3R1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NZTA 4KI4A 1IKXA 1J9AA 1NNEA 1RT2A 3QO9A 5AQSA 3QNNA 2O4GA 1TYQA 3KLFA 2P9SA 3KWGA 4FZYA 1VQ4N 4J2BA 4BGBA 4O8KA 3PX4A 3L2VA 2X6SA 3G71N 4B3RK 4CZGA 3KK3A 1NG9A 3RRHA 1IKVA 4FLWA 4BWJA 4A2BA 4BROA 3A5NC 1VAZA 5E41A 1QTMA 1JXBA 4H03B 4CHPA 1IG9A 1JXEA 1BOTO 1XHXA 1IBLK 3P1GA 4Q0BA 2QKKA 3FZHA 5GADP 4DV4K 4DG1A 4B9NA 1IJJA 1GLLO 3AA3A 1WLJA 3LAMA 4E1JA 2E6MA 3ZT2A 3THXB 3C94A 4DWIA 2KZZA 3WEEB 3GBTA 5M1QA 3IAYA 4IXCA 3VF6A 5TKYA 3BGRA 3GG4A 3NCIA 1S1TA 4DSLA 4H0OA 4CZFA 5DM7L 1JLQA 2DTUA 1GLAG 2YNHA 5HOOA 3RR8A 2RHKA 4DV5K 3HPGA 3TABA 1VSEA 4GV3A 4EAHD 3C6TA 4YFUA 1NGEA 5AFUH 3RSEB 3Q7BA 1HYSA 5JS1A 4JD2A 2RF2A 3CCMN 4DS4A 3VF2A 2HSTA 3EKSA 3K59A 2GWJA 3KHYA 4DSEA 1N34K 1DT9A 2W40A 3ENOA 1NJZA 1WSFA 4H0YB 1NJIO 3SPYA 1GLBG 1VQNN 2QW9A 3FFIA 2QXFA 4WF9L 5HRRA 3S3OA 4MO5A 3N4PA 4E1MA 4FWOA 4FLTA 3ZSXA 1RTDA 3GL1A 1U47A 1TKZA 3H45C 4GKKK 1NGHA 2V52B 1BG3A 3TAMA 4DTJA 3ID8A 4HVJA 4CZJA 4EHTA 5AR0A 3ZSVA 4NCBA 3VEXA 1QVGM 2FSNA 4CJTA 2PYLA 2QWNA 4JEPA 3SK3A 4I6MB 3CHWA 4J8FA 3QEIA 1CXQA 4H4OA 1W9HA 1FW6A 3PO5A 1HRHA 4C8OA 4AM6A 4JK7A 4DSKA 1RT1A 3SUNA 3D2EB 1HYZA 2OPSA 4L3QA 1KQSM 3UB5A 3BZKA 2JGUA 3LDPA 3OYCA 4A2AA 4W5QA 1FK9A 3W3DA 4KFBA 5EU7A 4WQ5C 3ENHA 2O8CB 1Z26A 1JLAA 1FKPA 4DQ8A 4FWNA 4DR1K 4IOAL 1CZAN 1RBRA 1VQ5N 3PO4A 1OVYA 4E19A 3HVRA 3AVJA 3QMLA 4CFDA 4E3SA 1ZC6A 5BREA 5FPDA 3ZSOA 3I33A 3AO4A 1HJRA 5EOYA 2QI2A 5AZIA 4ICLA 1KFDA 4LF6K 1SL0A 3OS0A 3HK2A 5FPEA 3TAPA 4B3MK 5GAHP 3HRGA 2HW3A 3WNEA 1UAXA 3R1XA 3SCXA 3HPOA 2D0AA 4A5BA 3CC4N 3AVNA 1RDUA 2O8BB 2E2OA 5HRNA 4HHTA 4WQ5A 5I42A 4H5RA 3D2FB 4Z4FA 4CJ4A 4CJFA 5EX5A 1U6ZA 3K2PA 3RWUA 4DTRA 3UIQA 3K5OA 1UA0A 4IWVA 2A41A 3CIPA 4CERA 4L8RB 2HHTA 3MEEA 3MX5A 1CZBA 4FK2A 4W5OA 3VF4A 3ZYYX 1JCGA 2P9NB 4IJNA 4CJ5A 1NJYA 1VQ9N 3QIOA 1TK0A 3U4LA 1KVAA 1C1AA 3L4IA 4M3XA 3V6DA 4M45A 1NGAA 1T3VA 1V4TA 1L3VA 4C8LA 1NMDA 1NOZA 2OCEA 1U48A 4BE2A 4DQPA 4WFNL 4JKCA 4FOIA 4CGHA 4ILHA 5GIPA 2Z1HA 3IDHA 4N41A 3K5NA 4CJPA 2ZF5O 5TKWA 4BACA 3C7NB 1TKDA 1RBSA 3ZSRA 2VCPA 5CHIA 3MDQA 3AA2A 5C25A 4E7JA 4IG0A 4DR7K 2KFNA 1RT7A 3SQ2A 4NYNA 5LJWA 1FJGK 3VTHA 4IG3A 2ZD1A 1BGXT 4FPBA 4Y1DA 3OS2A 4IBNA 1WUAA 5FRNA 2E8AA 3U6FA 3D7EO 1JL1A 2LSNA 4BRLA 4JK9A 4DR4K 3ATVA 3F5TA 1QZ6A 1KLNA 3TI0A 4LF8K 2UXBK 3KLGA 3T7ZA 3WXJA 4WYBA 2P51A 4MQ3A 1BDGA 2IAJA 2QA4N 4AM7A 1NK4A 4ID5A 1NKEA 3SQ0A 3VEVA 2HNDA 3VN5A 1N8RO 4J2EA 2YCHA 3DYAA 3I56N 3JXUA 1RDAA 2QWRA 3PSFA 4FWQA 1HNXK 3OYGA 1WSJA 1YAGA 4K43A 3P4IA 3VQ6A 4DR6K 1VSFA 5JVGL 2G8KA 4CCHA 4A5AA 4FK0A 2FC0A 1OKJA 3MXIA 2W41A 3R9PA 3NGYA 4W5NA 4LF9K 3THWA 3CQYA 2BDPA 4KAZA 3PV8A 5CYMA 4FYDA 4DR5K 3ZCMA 4IFEA 4YDUC 3NH2A 3QEWA 4HUFA 3DOKA 3SJHA 3CCLN 4MLHA 3A8YA 4AHRA 5IWAK 2A1SA 4CEQA 2P9SB 3MMVA 3K5MA 3O80A 2P9KA 3N4QA 1D9FA 3CCEN 1ZBHA 1BIZA 2YHWA 1S1XA 4C8KA 1S3XA 2XY8A 4H0TB 3PY8A 3RTVA 3U9ZA 4N5SA 5JS2A 5KRTA 2BUPA 3DOLA 4BR0A 3J7AP 4ZTFA 2CGJA 4C8NA 2V7ZA 5AQUA 2JLEA 3O3FA 4FJLA 4G1QA 2O8EA 5FLXO 2JWLA 3H46O 1HQUA 4RW7A 4OLAA 3P39A 1XNQK 1LW2A 3LDNA 3KK7A 1WNSA 2YV0X 1QSSA 4KHNA 3QIPA 1G15A 4DTPA 1NKCA 4YDUA 2ITMA 4EZ6A 1W97L 1D4XA 1O13A 1IKYA 1X9SA 2NRXA 4DV0K 1D8YA 3T69A 2F8SA 4IDKA 1U4BA 5CZ2A 5HRPA 1TKXA 3VQEA 5AQIA 3O08A 5HL7L 4O55A 3IFRA 1WB9A 4QS9A 1B92A 3EY1A 2GWKA 3QFPA 4AHCA 3K58A 4M3WA 4RW4A 3ZEUA 1D5AA 3KKRA 1HNZK 5H1SQ 4ID1A 3O9UA 3TSQA 3J7ZO 4I9LA 2WBNA 3LAKA 4DTMA 3EE9A 2IIRA 4DV6K 3LANA 3WT0A 3ZT4A 4DMNA 1IV0A 4O5BA 1T7PA 2QK9A 1Q8IA 4JD2B 1QQMA 4Z94A 3LP3A 3QFUA 1VRTA 1YJWN 5KRSA 4Y0WA 5AFUA 1ZBIA 2KLAA 1TGOA 1Q9XA 1S5JA 2HHWA 1ASWA 2Q0RA 1GOCA 1RT4A 3PUFA 1MWKA 4TSXA 5KQ8A 3VQ7A 3LPUA 3CCJN 4B1XB 5C2FA 3RVCA 5BRFA 2NRHA 4KH5A 1LAWA 4BRQA 2FSJA 1ASVA 4JS5A 4HCBA 1N32K 3AVFA 2XRIA 4M3ZA 3P31A 4NLCA 4U7BA 1S1VA 3WXIA 4EP5A 1BI4A 3BEXA 2V7YA 2HB5A 2IDOA 3SMPA 2HMIA 4BVOA 4LSLA 2ASMA 4FJJA 2KQ2A 1QSLA 2VQEK 4H0PA 1NMNA 4FCYA 4FM1A 3KIOA 4OX9K 3MX2A 4Z4GA 4LC9B 1T44A 3L2RA 2UUCK 2Z1GA 1XQSC 2UXDK 3WXMB 2HF3A 1SL1A 3VQ9A 1K6YA 2HHSA 3CCQN 1WBBA 4W5RA 1GLEG 4JI6K 3QDKA 3DMJA 4U67L 3AV9A 3VGMA 3E9OA 4X64K 1J53A 3PLAA 1C0GA 3H3OB 4CEEA 3CPWM 3G10A 1NGJA 3LP2A 1VQMN 1NK6A 5CE3A 5EY4A 4AHTA 3S41A 1NGGA 2ZJPL 3IG1A 4FLYA 1JLFA 4CEFA 2NRWA 1RDDA 4C8MA 5AZIB 4W5TA 3NFAA 4BREA 3VEOA 2I5JA 1N5YA 4KI6A 1NGCA 1JL2A 1TL1A 1SL2A 4BQZA 3DRSA 4KHPK 4JN4A 4BRIA 3VQCA 3HJFA 1U04A 1RTJA 3CXCM 4DFKA 3B6PA 3B6OA 3ZSYA 3CC7N 3MWTA 3VQQA 1HLUA 3SPZA 2PY5A 4DB3A 1X9WA 4N76A 4BRFA 4F3OA 2P5GA 4DSIA 4DTXA 2I7NA 3CI5A 3EZWA 3RMAA 2G8FA 3FZFA 4GKJK 4C1NK 1B9DA 3L3VA 1SQKA 1S22A 4JKHA 4B8AB 3VEYA 3KD5E 1GLCG 1WOQA 4YORA 1NM1A 2W6LA 4ILGB 3NE6A 4IEIA 4DR3K 3M1FA 3GOIA 4O8UA 3C65A 1B9FA 2CGKA 3E66A 2HOEA 4BVPA 3MN5A 5EVZA 3TWHA 1BA0A 2QWLA 3P38A 1EWRA 5AQNA 4CW7B 4LSNA 4FZZA 1BISA 3HTVA 2EWSA 1H1VA 4IJAA 4DV1K 3CJ7A 4XEIA 5AQRA 3OYFA 4YOTA 3DXKA 2G8IA 1CXUA 2YKMA 1TVRA 1N6QA 3ZT1A 4CHQA 3GE1A 1BCMA 2E5LK 2Q2RA 1QQNA 3RRGA 3HSTB 2F7TA 3HT3A 3WNHA 1J6ZA 3LALA 4BRGA 1OH6A 5M1FA 1QSYA 1S72N 2ZM6K 4WQ4C 2I7PA 1EO1A 3H1QA 3V9UA 4FW1A 5AQTA 1TV6A 4CHOA 4BR7A 2HHHK 3SBGA 1J54A 2DFHA 4YHHK 1DLOA 1RILA 1RTHA 3IMXA 2Y1IA 3E9LA 4OJRA 1ILYA 1L3SA 1VSDA 4CD3A 3CFOA 4BG9A 2GELA 1JJ2M 1C1BA 3UE5A 3THWB 3VTIA 5SWMA 2YJFA 2P1JA 1HPZA 5LL6Z 3CC2N 3HPHA 1Y64A 5AQKA 4BDYA 2HNYA 1RFQA 4XH1A 4WQ4A 3AVKA 3KVGA 3S9HA 5GINA 2P9KB 3DLKA 3TTFA 1IO2A 2X6NA 1JLBA 1XMOK 1YF5L 2F4VK 1J5EK 2NNWA 1G99A 4OVLA 4CIGA 4BRAA 5KI6A 3L0QA 4RW6A 4CZLA 3CQXA 5CZ1A 3WXKA 2FF6A 1BO5O 3ZETA 3I8BA 4NYFA 5J2PA 2O8EB 2X74A 2YHXA 2UYTA 4DSFA 3ZSZA 5CR4A 3DLLL 2KFZA 5BPLA 1SKSA 1S9EA 4LY7A 4HTUA 3KLHA 2XHBA 3NGZA 2D1KA 3O4NA 4XH5A 5BR9A 3SAFA 2A6AA 4HUGA 4GV9A 4F4KA 4JS4A 4CECA 1N33K 4CFCA 3TAGA 5M1NA 3SNNA 4H5WA 4JI4K 5B8HA 2VG5A 3NH1A 2VWKA 4LF7K 3AAQA 4FJ7A 4XH4A 4CFAA 3I0RA 2ZJQL 1TK8A 4PHTX 1UWBA 4CF2A 2WUSA 4LFCK 3M5RA 3ZEUB 1X1PA 2VWBA 1T05A 4H5VA 4FJHA 3VPZA 2GUPA 3A2FA 4JI7K 3ASMA 4QOZB 1LWCA 2GEMA 3F9MA 2O8DB 4KTWA 5GIOA 3AO1A 4CGFA 1A5WA 4ISFA 2FBTA 4PKHA 4OPKA 1EP4A 5E84A 4DS5A 3OYKA 4YOWA 4CF1A 1HNWK 2A1RA 4CJSA 2BE2A 2R7YA 2QWMA 2NUBA 1VQ7N 3PX6A 3HSCA 3AVCA 3ALYA 4IFVA 4PL7A 1ATRA 1Q82O 1NJXA 4CEOA 3CERA 3K5LA 1CZ9A 4CEAA 3VENA 3KWIA 3QINA 4OKJA 3ATUA 4IZ9A 2G8WA 4IOXA 3TAEA 4KRFA 4FJXA 4GNIA 3BY5A 4B1ZA 3CJAA 4IDHA 2YKNA 3SLCA 4DFJA 2O8FB 2EHGA 3FZLA 4CHYA 3R3LA 1BI4B 4N56A 4UY8O 4DKWA 4KH6A 4NB4A 3VGLA 5AQQA 3O9RA 4ELTA 1BCOA 5F2RA 1RT6A 4JRQA 5D3GA 1DTQA 1LV5A 4RCHA 4FWLA 4FLUA 1J5OA 3LDOA 5J2NA 4AHSA 2WOMA 4DF4A 5EXWA 3WNGA 4B9TA 4FJ5A 1Z25A 3ITHA 1BL3A 2KW4A 3AVLA 1T03A 4CEZA 4BRCA 4WFAL 4IKFA 4K8ZA 3ZSQA 3TTCA 4PQUA 1X3MA 1IBMK 2HHXA 4FVUA 3BP8A 1DEJA 3EYZA 2P9UA 1NLVA 3LPTA 4V19S 4BE0A 5LY3A 2P9PA 1NJWA 4FLZA 2QKBA 2WC9A 2YNGA 3LZJA 3VMFB 5AQGA 3T1HK 2G8HA 3ZT3A 4DU4A 2NLXA 3NVKA 4BRHA 3G6EN 1JLEA 3SAHA 3NGIA 3VA3A 3JYTA 4O44A 3NF8A 1K8AO 2IVPA 3P5JA 2WFBA 1I3AA 5KTQA 3L2QA 1IBKK 2QEXN 1A5VA 3ULEA 3M8RA 2DFEA 4FWKA 4BRMA 1HX1A 4FSVA 3TR8A 2HMPA 1ATSA 4A57A 1YVNA 2QWQA 3OYEA 3SV3A 3QBXA 5AQOA 4B1UB 5ELZA 3KJVA 4M3UA 1D9DA 3ENBA 3LDSA 2Y1JA 2ASOA 4DCHA 3HOSA 1W2BM 1O1WA 3M8SA 4FJGA 1HKBA 1LWFA 1Q7YO 3OW2M 3KLEA 1YJNN 4IO9L 2D0PA 3VERA 3DLEA 3AO2A 3FZMA 5MLCQ 3PSIA 2ZQBA 3AA4A 3SQ1A 4BC2A 4CJKA 3BUZB 3CMAN 3QEPA 1T8EA 2A5XA 4GVMA 1NOYA 4JK8A 3VEWA 5JVHL 3RMDA 1RBUA 3SAGA 3HYFA 2ZWHA 3MCPA 2JWKA 5F1XA 4MO4A 3LWMA 2BH1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T69 A;  3R1X A; 
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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