3B6PA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and inhibitor ions (sodium and zinc)
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
b'GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase
total genus 73
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6pA01
3VQ7A 1JL2A 1SKSA 1L3VA 3HM9A 2PZSA 1RCHA 4FK2A 3HP6A 3MXJA 4WE1A 5FRNA 4CEBA 2B4JA 5CYMA 1HNIA 3ZT3A 4FLVA 1TKZA 4CK1A 1RILA 1JKHA 4N41A 2JLEA 4IFVA 4DF8A 2QXFA 5FDLA 4DFPA 1JLEA 3ISNC 3QO9A 4KO0A 3SQ4A 1UA1A 3LALA 2VWJA 4KHUA 1C1BA 3I0SA 1TKTA 1UOCA 5D3GA 4OKKA 1BL3A 3SQ2A 1FKOA 3SQ1A 1HYVA 4F8RA 1D8YA 3IRXA 3QIOA 1BI4A 3QEWA 4B3OA 3V6DA 1HYSA 3QLHA 4FJ8A 2BGGA 1T8EA 3OYEA 3DMJA 1JLAA 3L2RA 4CJEA 4YNQA 4FXDA 2IDOA 3TAEA 1WSIA 3VQBA 1KFSA 3M8RA 1RBSA 2IS3A 1IKVA 2YKMA 3SPZA 2HHXA 5KTQA 4KREA 2XY8A 4DFMA 3PX4A 2PYLA 3OYKA 4KFBA 4B9TA 3OS1A 3AA2A 3CG7A 3L3UA 3KLEA 2HVHA 1VSDA 3KK3A 4DLEA 1U47A 1JLFA 2BANA 2FBVA 4C8OA 3TARA 1WNSA 2DFHA 4KKOA 3PO4A 2IGIA 4O55A 2PYJA 1VRUA 1B92A 3DLBA 1L3SA 1LWEA 4W5OA 4E3SA 1QTMA 4E7JA 4DSEA 3ZSWA 3NF6A 4E89A 1WSFA 3NF8A 1NJZA 4CIEA 4FJ5A 1VK0A 1LV5A 3AO2A 2HHQA 3TAQA 4BDZA 2DFEA 2HHSA 5J2QA 3TWHA 3C6TA 4RW4A 1NKCA 1DTTA 1VSFA 5HBMA 4FLUA 3SV4A 4E7HA 1BHLA 2YHAA 1RTIA 3AVCA 3RRHA 1BIZA 1Q9XA 1IH7A 2HNYA 1XHZA 4IKFA 1BGXT 1TK5A 4BE0A 1MU2A 3C95A 1U4BA 3HPHA 4M3ZA 3F9KA 4IDKA 4CF2A 1CZ9A 1BIUA 2OPSA 1S5JA 3NGYA 1U48A 3PUFA 1A5VA 1ZBFA 4N56A 1T05A 3KIOA 5E41A 4CJFA 2YNIA 4DSKA 3VQQA 3ZSVA 4FYDA 4G1QA 1NKBA 1IKYA 1VSEA 3DM2A 4BACA 3QNNA 2OA8A 3DRPA 3HSTB 4AILC 4B9SA 2E6MA 3OVNA 4Z4FA 4M3YA 4CGIA 3WNFA 3NAEA 2B6AA 4AH9A 4QCLA 3O3FA 3S3OA 1RT1A 3LAKA 3KK2A 4KI6A 2BE2A 1WN7A 5HRSA 4ELTA 4EP4A 2YNFA 3DOLA 3EYZA 3VQPA 1A5XA 2O4IA 4HUFA 5CZ1A 3G0ZA 4AHTA 4CHZA 3VQ8A 4KHNA 3P5JA 3D0PA 1B9FA 1S1VA 1QS4A 4M42A 1CXQA 4O0JA 1G15A 4LD0A 4DFJA 3K5MA 1L5UA 1KRPA 1KLNA 4KAZA 2VG6A 2HNZA 4E7LA 4DWIA 5J1EA 4NCAA 4CEFA 2HNDA 3NF9A 2HW3A 4DS4A 3CFOA 1RDAA 1I3AA 3WNHA 3PX0A 4CF1A 4DFKA 1KSPA 4J2BA 4CFAA 1EETA 3K57A 3TAPA 1D9DA 3O3GA 1TAUA 4CEOA 3AVFA 1IG9A 1TK0A 4ELVA 1HNVA 5C25A 3LZJA 2KFZA 2D0CA 3L2QA 3AA3A 1EKEA 3VQDA 3NBPA 4OGEA 4DS5A 4DTUA 1SL2A 4I2QA 4PA1A 4FJHA 4FK4A 3CM5A 1ZBLA 1N5YA 4H4OA 2HB5A 4KTZA 1RBTA 5J2NA 1KTQA 3H08A 3OS0A 1B9DA 3KLFA 4AHRA 1L3UA 3KD1E 4FZYA 3AVJA 3O3HA 3OYHA 3KTQA 2GUIA 4F4KA 3T3FA 2F8SA 4EZ9A 2X6NA 4Z0UA 5HRPA 3PY8A 1DLOA 3C94A 3DLKA 3AV9A 1IO2A 4H4MA 1RDBA 3NHGA 4DTRA 3T1AA 4GMJB 4CGFA 1T7PA 4FJIA 1RT4A 1J54A 3VQEA 2G8KA 1RT3A 1JLQA 2YV0X 1VRTA 1NKEA 2B5JA 3RMBA 1BQNA 3C6UA 4CK2A 2I5JA 1GOAA 1TL1A 4JS5A 3DLHA 1CZBA 3LWMA 2FBYA 4BDYA 1ZBIA 4CEEA 4FM1A 3QETA 2PY5A 2YNGA 4C8NA 4CJ5A 3T19A 3P83D 3TABA 4OPJA 3U6FA 2P5GA 4FK0A 4KHSA 4LSLA 2LSNA 3RRGA 5JS1A 2IOCA 3DRRA 4KTWA 4B9NA 4CECA 4CIFA 4CF0A 3M8QA 2HHTA 1XHXA 4CJSA 4FJ7A 4PUOA 1RTJA 1X9WA 3LWLA 2OPRA 3AVMA 1D9FA 1S1UA 4RW7A 1R0AA 3DLGA 2G8HA 4KB1A 4KHWA 4Y1DA 3M8SA 2Z1HA 4JRPA 3L2VA 4QAGA 1JLGA 3HPOA 3L2WA 4DU3A 2DFFA 4LH4A 3AVKA 4CJQA 3KLHA 1TL3A 5J2MA 4FJGA 4EZ6A 1NJWA 4Q0BA 3DLEA 5C42A 3SNNA 4MFBA 4CK3A 3QNOA 3L8BA 4NYFA 1QE1A 3AVAA 5KRTA 1A5WA 5I42A 3ASMA 1U04A 4IFYA 2WOMA 3VQ6A 3ZSZA 1HYZA 2XRIA 3V4IA 4CEAA 1C1CA 1WSJA 4FJNA 3NF7A 2P5OA 1NK9A 4FJKA 4OLBA 1I39A 3ZT2A 4AHVA 5CZ2A 3RWUA 1LWCA 3AVGA 3BGRA 3G10A 4LY7A 5HRRA 4BDPA 3SJJA 3MXIA 2HVIA 2XY5A 3ZSQA 5SWMA 3OYFA 3DOKA 1WAJA 4C8MA 3QEXA 1BCOA 3QEIA 3SQ0A 2G8WA 1BISA 1C0UA 4DF4A 1W9HA 5K14A 1X1PA 1ZBUA 3B6OA 2RKIA 3A2FA 4DSFA 3NH0A 3TANA 1QSLA 3SPYA 4OGCA 3V9SA 2BDPA 1RNHA 2NUBA 4E1MA 3LP1A 3NGIA 1X9SA 3NCIA 4DSIA 3SYZA 1EP4A 3QERA 3V81A 4J2DA 4CF9A 1EXQA 3OYAA 1VSMA 1VSHA 4HTUA 1UA0A 1HQUA 3OJUA 4KRFA 2AJQA 1CLQA 4IBNA 3ITHA 3V1OA 4DTSA 4Z4HA 2ITGA 4Z4GA 1NK5A 3HVRA 4DSLA 2F8TA 4UQGA 2HMIA 2HHWA 1RT7A 4NCGA 3UIQA 4LSNA 2W42A 3CQ8A 4DLGA 3QESA 1RTHA 3VQAA 3OYCA 1KLMA 1ZYQA 4HCBA 1TKXA 4M3XA 4CGDA 4O0IA 4W5RA 1LAVA 3VQCA 1SUQA 3OYNA 2A1SA 4DQPA 4ELUA 2RN2A 4KPYA 1U45A 4KB0A 2R7YA 1UAXA 1WSEA 2D5RA 4LH5A 4CGHA 1QHTA 4FVMA 5T7BA 4DQIA 4KTQA 3L3VA 3AVNA 3EZ5A 5DMRA 3AO3A 2Z1GA 1GOCA 2G8FA 2Y1IA 2YNHA 2WONA 3OYIA 4FJMA 4HVJA 3RR8A 3LP3A 3MEDA 2Z1JA 3SUPA 4M3UA 2G8IA 3LANA 1KCFA 1WSGA 1BCMA 4DTOA 4N76A 1RDDA 4HCCA 3RTVA 4E7IA 4B9VA 3OYJA 1XC9A 1JXBA 4K8XA 3AVBA 1T03A 3IAYA 4FLZA 3LPTA 5SZTA 4Q5VA 1QSYA 3MECA 4H8KA 3OY9A 3K2PA 4N47A 4FLYA 1UWBA 1K6YA 1QSSA 5JS2A 2XO7A 4DU4A 3NH1A 3HXMA 4FLTA 2VWKA 3K58A 3QEVA 1SL1A 1S6QA 2Q3SA 3TR8A 1C1AA 4CEQA 4AHCA 3ZSOA 4B8AB 4CEDA 3SZ2A 4CGJA 4OPKA 3JYTA 3ZT0A 3LAMA 3WNGA 3NH2A 4FJ9A 3OYDA 3DLRA 1YVUA 2E4LA 4DTXA 2X6SA 1NOYA 1C0MA 3HK2A 4ID1A 1L3TA 2D0AA 3KLIA 4N5SA 2ATQA 4NYNA 3OS2A 3S3MA 1YTUA 1S1TA 4QOZB 3IG1A 4CIGA 1ASWA 1RT2A 2OPQA 3KKRA 4MQ3A 4FM2A 4B8CA 3SV3A 1SL0A 4KI4A 1QQCA 4CHNA 3U3GA 2G8VA 2X74A 1J5OA 4FM0A 3E01A 3LZIA 1XWLA 4EP5A 2OPPA 1NJXA 1TAQA 4AHSA 2X78A 1WLJA 4CE9A 3SUNA 3OYMA 4CCHA 4CJRA 4W5QA 5I3UA 4I9QA 5FROA 3PX6A 3VN5A 1JL1A 2HHUA 4YFUA 4CJTA 1J9AA 3DYAA 2DTUA 2P51A 3PV8A 4C8LA 2VG5A 3RR7A 4B9LA 2F96A 4Z4CA 1Q8IA 1BQMA 3FFIA 3K5OA 4E7KA 4OLAA 3ZT1A 1VSIA 1RDCA 4DTNA 3K5LA 3BDPA 4M3WA 4Z4EA 1WSHA 1CXUA 1YTAA 2ZQBA 3AA4A 4BE1A 3V1QA 3OYBA 3V9XA 1S9EA 2KW4A 3AVHA 1O1WA 4E19A 4W5TA 3CM6A 3NGZA 1RBRA 3ZSRA 4O5BA 4CJVA 2A1RA 1C0TA 3VQ9A 4HUEA 3KD5E 4KHYA 4GVMA 5HLFA 2FBXA 3AA5X 3TI0A 1HMVA 4TSXA 4CJUA 3KLGA 3K59A 4CJKA 1SKWA 1SKRA 4F2RA 4CJ3A 2XY6A 3VQ5A 3TAFA 1S9GA 3LP2A 4BWMA 3CYMA 1KVCA 4AHUA 5HRNA 1RBUA 3KKSA 3HT3A 1VSKA 5FRMA 2EX3A 1RTDA 3DI6A 4DMNA 2G8UA 3MEGA 4BE2A 3DRSA 2XY7A 4ZHRA 5HROA 3ALYA 4HHTA 4CHPA 1NJYA 4CFDA 4FLXA 3HO1A 2KZMA 3AVIA 4ICLA 4RW9A 3B6PA 2RPIA 4FW1A 4C8KA 3SUOA 4E1NA 4DU1A 1NK0A 4PWDA 4I7FA 4IG3A 4CHYA 3AO4A 4DTJA 4IG0A 4HUGA 5KRSA 1LAWA 1LWFA 3SI6A 3OJSA 4FJLA 4FZXC 2RF2A 4NCBA 4M3RA 3K5NA 1KVBA 3I0RA 4DQSA 3ZSXA 1BI4B 4CFBA 3THVA 4DQQA 3SUQA 4F3OA 1Z26A 3NDKA 3QIPA 3WNEA 2YKNA 1Q9YA 2Z1IA 2ZD1A 4CESA 4B9MA 4DG1A 3JSMA 1IKWA 3HVTA 4OVLA 3V1RA 2KFNA 1SV5A 3LPUA 1FXXA 1NOZA 4BWJA 1U49A 4W5NA 4CEZA 3TAMA 1JXEA 4KV8A 4M45A 3RMDA 3S3NA 4ZTJA 2DY4A 3SCXA 1N6QA 4ID5A 5HP1A 1J53A 5EU7A 1WAFA 4I2PA 4FLWA 2IAJA 3ULDA 4CJLA 4FJJA 4R5PA 4F3TA 4CJPA 5KGXA 1X9MA 3O4QA 4RG8A 1ZBHA 5KI6A 4O4GA 3MXMA 2VG7A 3VA3A 4FCYA 1C6VA 4FW2A 4JS4A 3HYFA 3LDSA 2FC0A 4CJ4A 4K8ZA 3OYGA 1S1XA 3LP0A 2OYQA 3PO5A 2KZZA 3V9WA 3HL8A 1D5AA 3QINA 4M3TA 1TVRA 1DTQA 3F73A 1REVA 3TAGA 3NFAA 3RMAA 1XI1A 1YT3A 5C24A 4B9UA 4DSJA 1Y97A 4CGGA 2HHVA 1LW2A 2D0BA 3O4NA 4DTPA 4GW6A 2QKKA 5CYQA 3D45A 4J2EA 1NK8A 4L8RB 3I8DA 5J2PA 3ZSYA 2E6LA 4J2AA 4JRQA 1S6PA 2KTQA 3AVLA 1NK7A 4Y1CA 1S1WA 1LW0A 2YHBA 1HQEA 1KFDA 4O44A 3ZT4A 3HJFA 3HPGA 1HJRA 1KVAA 4OKJA 1RBVA 2IC3A 4OJRA 4CFCA 5KGWA 1F21A 2OZMA 3AO5A 1IKXA 1RT6A 1RT5A 3KK1A 4ZTFA 1GOBA 4KHQA 2ZE2A 4FJXA 1HRHA 1ASVA 3ZCMA 2OZSA 5CY4A 3NE6A 3M8PA 2O4GA 3L2UA 2QKBA 3MEEA 4JLHA 3CFRA 2XHBA 1FK9A 4PY5A 4PQUA 5DK5A 2KQ2A 3VQ4A 3V9UA 4I9LA 1TV6A 1W0HA 4CERA 4CF8A 1Z25A 4CJWA 4XIUA 3KJVA 3QEPA 4CHOA 2GV9A 4DQRA 2P1JA 2EHGA 1TGOA 2ETJA 2QK9A 3MAQA 3VA0A 1FKPA 4RW6A 4DTMA 4RW8A 1ITGA 4F2SA 1JLCA 1NK6A 3CFPA 3OYLA 1JLBA 3P1GA 1TK8A 1VSJA 4M41A 3IS9A 3S9HA 1EX4A 4E0DA 2JGUA 4Z4IA 3U3YA 1HPZA 3AO1A 1TKDA 3HP9A 1NK4A 3RMCA 2FBTA 2GBZA 4B08A 1ASUA 4CHQA 4FZZA 3V9ZA 2Y1JA 4OKEA 3EY1A 1VSLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YJEA 3VQ7A 3BUZB 3HM9A 5F1XA 3T7ZA 3G6EN 2EWSA 5CYMA 1HNIA 4A5BA 3GL1A 4CZEA 1KAZA 4CK1A 2JLEA 1Q81O 2QXFA 3ISNC 4KO0A 3I0SA 1ZC6A 3AAPA 4OKKA 1BL3A 1FKOA 4BRQA 5B8HA 3SQ1A 2FSJA 3V6DA 1HYSA 4CVNE 3DXKA 2BGGA 3DMJA 1YJWN 1WSIA 1KFSA 3CPWM 2IS3A 2YKMA 5CHIA 2FF3B 3PX4A 2PYLA 3OYKA 1NMDA 3KLEA 5AQSA 1YJNN 1U47A 1JLFA 2FBVA 3PLAA 3GG4A 3OA9A 4BG8A 4O55A 4HWIA 2PYJA 1B92A 3DLBA 1LWEA 4E7JA 1XNQK 3NF6A 1NJZA 4GKKK 4CIEA 3VGKA 4BDZA 3IUCA 2HHSA 3WXIA 5J2QA 3TWHA 1NKCA 5HBMA 4FLUA 4E7HA 2E1YA 4FPBA 2HNYA 1QQOA 5A2QO 3K9KA 3F9KA 4CF2A 1BIUA 3PUFA 1T05A 1ZBFA 5E41A 2YHYA 1OH5A 1I94K 4CJFA 4FYDA 1NKBA 2RE2A 4H5TA 3D2EB 4NXMK 4AILC 3KVGA 4CGIA 5C12A 4GY2B 3O3FA 4MO4A 3KK2A 4EAHD 2NRHA 3H46O 4JD2B 4ELTA 2YNFA 3EYZA 2P9SA 4JI5K 4BRGA 3CPEA 3VQ8A 4CHZA 1S1VA 1CXQA 2GEMA 4O0JA 2O8FB 3C7NB 4LD0A 4PHTX 4BC4A 3K5MA 4DFJA 2HHHK 4KAZA 2HNZA 4E7LA 4DWIA 5J1EA 4CEFA 1Q18A 2HNDA 3O4WA 4QS7A 4CF1A 3TAPA 5E84A 3CI5A 4CEOA 5C25A 2KFZA 1HJOA 3L2QA 5IT9O 4WFAL 3VQDA 3HI0A 4DTUA 4FJHA 2UXCK 4FWRA 5EOYA 4O8KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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