3B6PA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and inhibitor ions (sodium and zinc)
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase
total genus 73
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6pA01
4E19A 2BE2A 4KHYA 4YNQA 3ULDA 4KB1A 1VSFA 4H4OA 4PWDA 4JRQA 3TAFA 1RDDA 3L8BA 3SPYA 4CE9A 4B9TA 2HVHA 1TAQA 4B3OA 3VA3A 3OYNA 2PY5A 4E1NA 2R7YA 1IH7A 2PYJA 5FDLA 3VQPA 3MECA 3LANA 1KSPA 3KD1E 2HHWA 1VSMA 4M3ZA 4DTMA 4CHYA 4IBNA 3LPTA 1YTAA 3HVRA 3HL8A 4KTQA 2JGUA 3I8DA 4IFYA 4KO0A 1BHLA 4CJLA 5I42A 3RR8A 4C8NA 4Z4IA 2HVIA 3EYZA 3MXMA 4TSXA 4CHZA 4NYFA 4FK4A 4HHTA 3AVLA 3C6TA 4RW4A 4BWJA 4C8KA 4DG1A 4FLYA 3CM5A 2F8TA 4CGIA 2QK9A 1ZBHA 3MEDA 2AJQA 1LWEA 3QLHA 4FJ8A 2O4IA 4FJ5A 2HHSA 1JKHA 3NH0A 3OJSA 1Z25A 3LWLA 3SCXA 3MAQA 1HPZA 3KIOA 4F2RA 2GUIA 1BI4A 3NFAA 4FLXA 3QNOA 2HHTA 4DTSA 4DF4A 2F96A 3HSTB 3OVNA 3V1QA 3KJVA 3NCIA 2G8WA 4KHSA 4M3XA 1C0UA 4KKOA 1RTIA 1WSJA 2DFFA 4DS4A 5CZ1A 2XY6A 3NDKA 3V9UA 2EHGA 4Z4EA 4Z4GA 3KLGA 4M3RA 3V4IA 4XIUA 1FXXA 2JLEA 1RBSA 2GV9A 3HYFA 3SQ2A 3CM6A 3TAMA 5HBMA 2E4LA 3OJUA 1J54A 2A1SA 3HPHA 3RWUA 3O4NA 3PY8A 2YNGA 4CEBA 4EZ6A 4NCAA 4KHNA 2D0CA 4CJPA 2DFEA 3KLHA 3DYAA 2Y1JA 1QTMA 4FM1A 2KZZA 4FVMA 3TAQA 4W5QA 2OZSA 4DU1A 3IRXA 4B9NA 3PO5A 3AO5A 4GMJB 3U3GA 1U49A 1NOZA 3NF6A 4CGFA 2QXFA 3LAKA 2G8UA 2RF2A 1L5UA 4Z4CA 2ETJA 4CFCA 1NKBA 3DLRA 1ASWA 1WSEA 3G10A 4DSFA 3AA2A 1LWCA 2XY5A 3NE6A 1C1BA 3LPUA 1VSDA 3V6DA 4J2BA 4K8XA 4LY7A 4DS5A 1IKVA 1Q9XA 1EXQA 1WLJA 2Z1JA 2Z1IA 4E7KA 3VQ6A 1HRHA 3D45A 1JL2A 4O44A 4CEOA 1X9SA 3LP0A 4KREA 1LAVA 4R5PA 1GOBA 3VQ9A 4DTJA 1A5VA 1LW2A 4CF2A 4BE2A 4DTUA 3B6OA 4FJMA 1RCHA 3OS1A 3AO2A 1WNSA 4CJ5A 2G8HA 1U4BA 1NKCA 2O4GA 3V1OA 4E7LA 4KB0A 4DFJA 4EZ9A 1CXUA 1QSLA 3ZSYA 3DRRA 2HNYA 4CGGA 3CFOA 4FJ7A 4OKEA 2D0AA 5E41A 1G15A 4C8LA 1RDCA 4CEEA 3HM9A 1ZYQA 5FROA 4CJWA 2E6LA 4CJKA 1RTHA 4O4GA 5KRSA 3V9XA 3DLBA 3AVIA 4KPYA 4FLZA 2XY8A 3RRGA 4CEZA 3ZSZA 1S1VA 4W5TA 4HUEA 4AILC 2EX3A 4FW1A 1S5JA 4CJFA 3AA5X 2OPPA 3K5OA 4DLGA 3H08A 1EP4A 4J2DA 4F4KA 4AHUA 1IKYA 3AVAA 4FLUA 5SZTA 4W5NA 1J5OA 3C94A 4FJIA 4KHUA 4DQQA 1NK5A 3T3FA 3KLIA 4CERA 3ITHA 3QIPA 1WN7A 3KD5E 2OPRA 2Z1GA 5DMRA 3KK3A 4O55A 4CHOA 4IDKA 1DTQA 1I39A 2ATQA 3OYIA 4B9UA 4M3WA 3ZSRA 2KQ2A 3K2PA 3L2WA 4DU4A 3RMBA 2HMIA 2OA8A 1QQCA 4FK2A 1TKXA 4NYNA 3AV9A 2FBTA 1VSLA 1K6YA 2YKMA 3OYKA 1BGXT 5CYQA 4NCGA 4FJKA 4OKKA 1L3VA 1A5XA 3I0SA 3S9HA 4CJTA 3LZJA 1L3UA 3K57A 3QEWA 4OLBA 1EETA 1Z26A 4ELTA 4FM0A 3SQ4A 4ELUA 1RT2A 1XWLA 4GW6A 4E7HA 1CZBA 1Y97A 3RTVA 3ISNC 1NK8A 2IGIA 4M3YA 4ZTFA 3OYJA 1I3AA 1VRTA 1DLOA 1U47A 4CFDA 1KLNA 4CJ3A 3TAGA 2IC3A 4AHVA 4PA1A 3JYTA 4CFAA 3DOLA 5SWMA 3LAMA 4KHQA 1NJXA 3AA3A 1LV5A 3M8RA 2OYQA 1TGOA 4DSLA 1KFDA 2HB5A 3K5MA 4I9LA 5CYMA 2X78A 1MU2A 3TR8A 3HJFA 1LW0A 1ITGA 1RILA 3NH1A 1KTQA 4KTZA 1KCFA 1BCOA 5KGXA 2X6SA 5J2QA 1KLMA 2G8FA 1JXBA 3OS0A 4FJLA 1KVCA 1X1PA 3FFIA 3HPOA 2DTUA 3SZ2A 4LH4A 3KKSA 2WONA 1TVRA 2X74A 3I0RA 3VQEA 3KTQA 1NJWA 3UIQA 4B8CA 4IG0A 3U3YA 3L3UA 3MXIA 1UWBA 3OYMA 1U45A 1D8YA 1QHTA 3AVGA 3AVJA 3F9KA 3MEGA 4F3TA 1REVA 3AVBA 4CHNA 4NCBA 3DI6A 3VA0A 4DSJA 3HO1A 4FJJA 3AVCA 1SUQA 4BDYA 2ITGA 4CF8A 5KRTA 2BANA 3VQ4A 2HHUA 3SUOA 2FBXA 4MFBA 1TK0A 4CJVA 1C0MA 3P1GA 4DTNA 4AH9A 1S6PA 1WSIA 3VQQA 2XY7A 2OZMA 1N6QA 3QESA 1WAJA 4CJSA 4EP4A 1SKSA 4L8RB 4C8MA 1ZBUA 2WOMA 2X6NA 4HCCA 4JRPA 3AVFA 4RW8A 3S3MA 1CLQA 2DFHA 2YV0X 1CZ9A 1ASVA 4CGHA 3LP3A 2LSNA 3SNNA 1GOAA 3ZT2A 5HRNA 2PYLA 2OPSA 1R0AA 2KFZA 2VWJA 1UA1A 3C6UA 4Q5VA 3PX4A 1S1UA 1KFSA 1D9FA 4E7IA 5FRNA 2XO7A 3O3HA 2B5JA 4CJEA 3LDSA 1LAWA 2YNFA 5HP1A 2A1RA 1U48A 3NF8A 3ZT3A 1RDBA 2FBYA 1Q9YA 1RT1A 2I5JA 4CJUA 3AVMA 3SUPA 2VWKA 1IKXA 4OVLA 4WE1A 4JS4A 3VQAA 4FLVA 4Y1CA 1SL2A 4F8RA 5DK5A 4FZXC 1HYVA 1XI1A 1NK0A 3SQ0A 1NJYA 3U6FA 3T19A 4CIFA 3ZCMA 4DFMA 4RW9A 4CGDA 4DQPA 1NKEA 4N5SA 4C8OA 1FKOA 4DQIA 4K8ZA 5KI6A 4FXDA 2VG6A 1W0HA 4KI6A 2XHBA 4ID5A 1B9FA 2YHAA 5C25A 2D5RA 1EKEA 5J2NA 4W5RA 5C42A 4FJGA 1BIZA 1VSKA 3K58A 3VQBA 3PV8A 4PY5A 1HNIA 3PUFA 1L3SA 3L2UA 1JLQA 3HK2A 2VG7A 1YT3A 4I9QA 3NF7A 3V9SA 4DWIA 4KHWA 1JLCA 2Q3SA 2BDPA 3OYHA 3THVA 4E7JA 1BQMA 4CEDA 2YKNA 4O0JA 1NJZA 4F2SA 4QAGA 1D9DA 3AVNA 4ELVA 2IS3A 4LSLA 4H8KA 3CG7A 3QIOA 1Q8IA 4LH5A 3VQCA 1UAXA 1S6QA 4JLHA 4AHTA 4CJQA 1NK4A 1NK9A 3OS2A 1HMVA 4J2AA 4PUOA 2HHXA 1KRPA 1VSJA 3OYAA 1TK5A 1NOYA 2HNDA 5EU7A 3WNGA 1JL1A 3QERA 3OYCA 4QCLA 3HVTA 4CEFA 1ZBLA 4Z4FA 3BGRA 3DLKA 3LP2A 3HXMA 4E89A 3LALA 2G8KA 3NF9A 4DTRA 3V81A 4FM2A 1EX4A 3DOKA 3VQ8A 3MEEA 3TABA 1TV6A 5KTQA 2QKKA 4CCHA 4UQGA 4G1QA 3TARA 4M3UA 3CYMA 4BE1A 2E6MA 1QS4A 3ZT4A 4RW7A 3QEIA 3PX0A 4QOZB 3ZSVA 3RMDA 1TL1A 1RBUA 3E01A 3V1RA 1TKTA 3DLHA 3OYGA 4CGJA 3TANA 4FJXA 2RN2A 3NBPA 1SKWA 4DTPA 4FJ9A 2F8SA 4B9LA 2HNZA 4RG8A 1IO2A 3VQDA 3LZIA 3QEXA 4M45A 3O4QA 3P83D 1VSIA 1ZBFA 1WSHA 1ASUA 1LWFA 1TKZA 5KGWA 3HP6A 1C6VA 3DMJA 1N5YA 2IAJA 3O3GA 3VQ7A 3V9ZA 4DTOA 3DRPA 2HHVA 1RT7A 2ZD1A 1NK6A 4I2PA 1UOCA 4LSNA 3AO4A 1JLGA 2BGGA 3M8QA 3KLEA 4CK1A 3WNHA 1RTDA 4O0IA 4Y1DA 4AHSA 4DFKA 1X9MA 3A2FA 3LWMA 1RT5A 4CESA 4CECA 3K5LA 4Z0UA 1T7PA 2HW3A 3HP9A 1HYZA 4FJNA 4FLWA 2W42A 3NH2A 3IAYA 3KK1A 3M8SA 4IG3A 3QNNA 1X9WA 4CFBA 1JXEA 3ZSQA 4DQSA 1HNVA 3SUQA 2G8VA 2Z1HA 4KFBA 1RT6A 2P5GA 1RBVA 4FZZA 1WSFA 3JSMA 4Z4HA 3DLGA 4DQRA 4M42A 3F73A 1IG9A 3L3VA 2B6AA 4J2EA 3NGYA 1UA0A 1T03A 1S9GA 4HTUA 4CK3A 4PQUA 3WNEA 4B9SA 4M3TA 2IOCA 3AO3A 3RR7A 2G8IA 5JS1A 5J1EA 3P5JA 3DRSA 3NHGA 1RT3A 4N56A 1S1WA 3D0PA 5J2MA 3TAPA 4ICLA 1BCMA 5FRMA 1QE1A 1C1AA 1HYSA 4AHCA 4IFVA 1U04A 2YHBA 3M8PA 1RT4A 2FBVA 3OYBA 3CFRA 2YNIA 3QEPA 4CIEA 3ZSXA 2KTQA 3SPZA 4KRFA 4OLAA 1SL0A 1S9EA 4E3SA 3ZSOA 3RMCA 1VSEA 4FYDA 1TL3A 4DMNA 1TK8A 1BQNA 1KVAA 2RPIA 3KLFA 1HQEA 5J2PA 2DY4A 5K14A 2FC0A 3ASMA 1QSSA 1L3TA 3C95A 3RMAA 3V9WA 1KVBA 4ID1A 4DSEA 1BIUA 4YFUA 2QKBA 1S1TA 3WNFA 4N41A 3VQ5A 1SV5A 5I3UA 3K59A 2P1JA 2YNHA 3QO9A 3TWHA 1BL3A 4B9VA 4FZYA 2P51A 1DTTA 4OGEA 5HRSA 3VN5A 3OYEA 3SI6A 3S3NA 4FJHA 4FK0A 3IG1A 4M41A 4HVJA 4OPKA 4LD0A 4Q0BA 4B9MA 1RBTA 4DLEA 4EP5A 4O5BA 4CK2A 5HRPA 4FLTA 3OYFA 3ZT0A 5HRRA 3NGIA 4CEQA 1WSGA 2XRIA 3LP1A 2B4JA 4CF0A 1QSYA 4ZHRA 1ZBIA 4GVMA 4CJ4A 4DTXA 1IKWA 1J53A 1FKPA 4N76A 3T1AA 3ZT1A 5D3GA 4E1MA 1VSHA 3TI0A 2KW4A 3SV4A 1B9DA 1RDAA 1HQUA 4OGCA 3L2QA 1SKRA 4CEAA 3ZSWA 1BI4B 2NUBA 4KTWA 4B8AB 4DSKA 1GOCA 4CHPA 1JLAA 4I7FA 3NGZA 3PO4A 1HJRA 2ZE2A 4BDZA 3QEVA 2Y1IA 4KAZA 2D0BA 5JS2A 3OYLA 1YVUA 4B08A 2KZMA 3OY9A 1TAUA 1S1XA 1W9HA 1JLEA 4CF9A 3HT3A 1NK7A 1RNHA 4CIGA 3ALYA 1C0TA 3BDPA 3EY1A 3AA4A 3SUNA 1RBRA 4DFPA 1J9AA 3DLEA 3KKRA 4BWMA 3HPGA 1JLFA 1T05A 3AO1A 2VG5A 4DSIA 4KI4A 3AVHA 3QETA 1A5WA 5HLFA 4HUFA 1SL1A 1XHXA 3CQ8A 5HROA 4BACA 4H4MA 2IDOA 1FK9A 2P5OA 1C1CA 4DF8A 1XC9A 4MQ3A 3PX6A 4W5OA 4HCBA 4F3OA 4IKFA 4CF1A 4E0DA 3RRHA 3IS9A 1CXQA 3QINA 1XHZA 5CY4A 1YTUA 3L2VA 4BDPA 3SQ1A 3O3FA 4FCYA 3DM2A 3AVKA 5CZ2A 4JS5A 3S3OA 2KFNA 4ZTJA 4OPJA 1D5AA 3G0ZA 3KK2A 4I2QA 4HUGA 2OPQA 3B6PA 1O1WA 4OJRA 3SJJA 4FW2A 4N47A 3OYDA 3TAEA 1F21A 2GBZA 1VK0A 4RW6A 1JLBA 4CJRA 1BISA 4DU3A 1WAFA 3CFPA 3L2RA 1TKDA 5T7BA 4BE0A 4AHRA 3K5NA 3NAEA 1VRUA 5C24A 1T8EA 3SYZA 2HHQA 2RKIA 3EZ5A 3SV3A 1B92A 2PZSA 2ZQBA 4KV8A 1RTJA 3MXJA 4CHQA 4OKJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4R79A 2BE2A 1VSFA 4H4OA 1JCGA 1R59O 1TAQA 4B3OA 4E1NA 5FDLA 3GOIA 2QWQA 4MDAA 4M3ZA 4IOCL 4KTQA 4IBNA 1YTAA 5JMVA 3HL8A 5HL7L 3RR8A 4C8NA 3P39A 2A40A 3MXMA 4TSXA 1RDWX 1E4FT 4NYFA 5FPMA 3C6TA 4RW4A 2F8TA 2JWKA 3CJAA 4KH4A 4B1VA 4FJ8A 4UY8O 1HPMA 2O4IA 3A5NC 3OJSA 3EKSA 3CQXA 4FLXA 2HHTA 4Y0WA 2F96A 3OVNA 4KHSA 2XY6A 4Z4EA 4DS4A 2EHGA 4DHYA 3FZMA 3HYFA 2GV9A 3SQ2A 3CM6A 1J54A 3UE5A 4K42A 4KHNA 2YNGA 4NCAA 4CZIA 1QTMA 4GV6A 1G99A 3CD6N 3PO5A 2QM1A 3U3GA 1NOZA 4CGFA 3WQTA 2ETJA 4JK7A 1ASWA 1WSEA 3FLCO 4PHTX 3TSQA 3GE1A 4J2BA 4K8XA 4LY7A 3EE9A 4DS5A 1IKVA 1HKBA 1WLJA 2Z1JA 2Z1IA 4E7KA 1HRHA 4YOTA 3D45A 1JL2A 1DGKN 4O44A 1CZAN 3C65A 1X9SA 5C0YA 3E9LA 3LP0A 3MK6A 4KREA 2ZJRL 4R5PA 3VQ9A 1QZ5A 1EWRA 2V51B 4K41A 5LL6Z 1YHQN 1RCHA 3VEZA 5HOOA 3AO2A 1WNSA 2VYPA 2ITMA 1U4BA 4KB0A 4E7LA 3WT0A 4DFJA 3ID8A 5AQZA 1QSLA 3ZSYA 3DRRA 2A42A 1YVNA 4ILGB 5E41A 4FWOA 3O80A 2VQEK 2RHKA 3HM9A 3T1HK 3QFUA 2E6LA 5KRSA 1RTHA 1W2BM 2VGMA 4FLZA 2XY8A 2YHXA 1K8KB 4CJFA 2ZGZA 4DLGA 1RDUA 1EP4A 3FE1A 3ZETA 4J2DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4R79 A;  2BE2 A;  1VSF A;  4H4O A;  1JCG A;  1R59 O;  1TAQ A;  4B3O A;  4E1N A;  5FDL A;  3GOI A;  2QWQ A;  4MDA A;  4M3Z A;  4IOC L;  4KTQ A;  4IBN A;  1YTA A;  5JMV A;  3HL8 A;  5HL7 L;  3RR8 A;  4C8N A;  3P39 A;  2A40 A;  3MXM A;  4TSX A;  1RDW X;  1E4F T;  4NYF A;  5FPM A;  3C6T A;  4RW4 A;  2F8T A;  2JWK A;  3CJA A;  4KH4 A;  4B1V A;  4FJ8 A;  4UY8 O;  1HPM A;  2O4I A;  3A5N C;  3OJS A;  3EKS A;  3CQX A;  4FLX A;  2HHT A;  4Y0W A;  2F96 A;  3OVN A;  4KHS A;  2XY6 A;  4Z4E A;  4DS4 A;  2EHG A;  4DHY A;  3FZM A;  3HYF A;  2GV9 A;  3SQ2 A;  3CM6 A;  1J54 A;  3UE5 A;  4K42 A;  4KHN A;  2YNG A;  4NCA A;  4CZI A;  1QTM A;  4GV6 A;  1G99 A;  3CD6 N;  3PO5 A;  2QM1 A;  3U3G A;  1NOZ A;  4CGF A;  3WQT A;  2ETJ A;  4JK7 A;  1ASW A;  1WSE A;  3FLC O;  4PHT X;  3TSQ A;  3GE1 A;  4J2B A;  4K8X A;  4LY7 A;  3EE9 A;  4DS5 A;  1IKV A;  1HKB A;  1WLJ A;  2Z1J A;  2Z1I A;  4E7K A;  1HRH A;  4YOT A;  3D45 A;  1JL2 A;  1DGK N;  4O44 A;  1CZA N;  3C65 A;  1X9S A;  5C0Y A;  3E9L A;  3LP0 A;  3MK6 A;  4KRE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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