3B6PA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and inhibitor ions (sodium and zinc)
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 73
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6pA01
3LALA 1WSGA 1JLBA 1C6VA 3AO4A 4DTSA 1Q8IA 3VQEA 3V9UA 4N56A 3SNNA 4EZ9A 2B6AA 4CEFA 1S9EA 3QLHA 2F96A 3KK1A 3SI6A 1J54A 1S6PA 3AA3A 1WNSA 3TR8A 2QK9A 1VSIA 2KFZA 2Z1HA 3CM5A 2VG5A 3L2UA 4FJNA 1TK0A 3TAMA 1C0UA 1NK5A 1NKCA 2PYLA 3AVMA 4Z4EA 3NH1A 2GV9A 2Q3SA 2YHBA 3BGRA 4MQ3A 4AHRA 5HRPA 5HRSA 1QSSA 2G8FA 3SYZA 4W5RA 4E7IA 4CEEA 1Q9XA 5KI6A 3AA4A 4KTWA 3HXMA 4DFMA 2EHGA 4OKJA 4FLXA 1U04A 5FRMA 3KKSA 4CJPA 1NOZA 4CJ4A 4M3WA 1C0MA 3OYBA 1RDAA 4CGDA 4FLZA 2KW4A 3SUQA 1EP4A 5CYMA 5SZTA 4CGJA 4BDPA 3T3FA 1TKDA 1Y97A 4N41A 5J2QA 3WNEA 1TKZA 4QOZB 1TAUA 1FKPA 4M3ZA 3K57A 1CZ9A 3DLHA 4O5BA 4DFJA 4Z4FA 4IKFA 4OKEA 2VWKA 4Y1DA 3TWHA 4B9LA 1LWFA 2P5OA 3NBPA 2D5RA 3L3UA 2Z1JA 4IFYA 3U3GA 3D0PA 3QESA 4XIUA 4B8CA 2HMIA 2DTUA 3PO4A 2OZMA 1LWEA 4CERA 4CIEA 3RMAA 2ITGA 1NKBA 3K59A 1HRHA 3E01A 4FLWA 3OYLA 1BCOA 3NE6A 4E3SA 1S9GA 2OPRA 3PY8A 1CZBA 1KFSA 4E1MA 4O44A 4DS4A 1BQNA 1FK9A 3DYAA 4CHOA 3VQ8A 2GUIA 2OPSA 4AHVA 4DF8A 3BDPA 2NUBA 3AO2A 3DRRA 1BISA 1WSHA 1HQEA 4DSLA 4CGFA 2G8IA 3K5LA 4O55A 4QAGA 3LP3A 3LWMA 3PO5A 1B92A 3H08A 4O4GA 4C8NA 4FJ8A 2GBZA 4FW1A 4Y1CA 4FJGA 4DU1A 4DMNA 4DTUA 3K5NA 2DY4A 1BIZA 1RT3A 4IBNA 4DQPA 2RKIA 2KTQA 3ZT0A 1L3UA 3AV9A 4I9QA 4E7KA 4KHQA 3QETA 1KVBA 4JRQA 3DRPA 2YKMA 1CXQA 3K5OA 1EETA 1VSDA 3NCIA 4DWIA 3V4IA 3SQ2A 4KHYA 3MEDA 1GOAA 2PYJA 4DTRA 2XY6A 2QKKA 3KLEA 4KO0A 1LW0A 4DSEA 3LPTA 3HVRA 2E6MA 3ASMA 4BE0A 2HVIA 3RMDA 3I0RA 1X9MA 3HSTB 1KCFA 4J2DA 2G8KA 1BL3A 2X6NA 1S6QA 1RCHA 1YTUA 4CJUA 2YNHA 1UA1A 1NK9A 3MEEA 1SL2A 2IC3A 3RTVA 3U3YA 4FJLA 3M8PA 3HJFA 3LZIA 3TABA 2RF2A 3NF7A 2OPQA 1KVAA 2FC0A 1IH7A 4B9VA 4I2QA 3LP0A 4IDKA 3EZ5A 4OJRA 3ZSVA 2I5JA 3QEWA 3HVTA 3V9WA 1EXQA 1S1WA 4M3XA 1CXUA 2YNGA 1RBUA 4W5OA 4CEDA 4DF4A 3K5MA 3HPHA 3PV8A 3QIPA 4YNQA 4CEAA 4PA1A 1HPZA 4AHUA 3D45A 3RMCA 2WOMA 3L8BA 1BI4A 4FK4A 1RTDA 1TAQA 2VG6A 4H8KA 2YHAA 2HHSA 4JRPA 2OYQA 3CG7A 3CM6A 4AHSA 3SUNA 3MXIA 3ITHA 2HW3A 1IKXA 2HHVA 3KK2A 3HP9A 3DLBA 1JLFA 4CJRA 3KD5E 4L8RB 4CF0A 1HMVA 4DS5A 2P51A 1JL2A 1SV5A 3RRGA 3IAYA 1SKSA 4FJ7A 4KI6A 4IFVA 3O3HA 1LV5A 3K58A 3B6OA 1HJRA 4DTMA 3AA5X 4NCGA 1JLGA 2JGUA 3ZSQA 1WAFA 1KFDA 5C24A 3V1RA 3KKRA 3KTQA 3HM9A 1IO2A 1B9FA 1DTTA 4AH9A 4ZHRA 4M45A 2KZZA 3OVNA 3QERA 1NK4A 2KQ2A 3OY9A 4FJJA 1RT7A 1RTIA 3AVGA 1FKOA 3V1QA 2P5GA 4LSLA 4KI4A 2KZMA 1VRTA 3HPOA 4DU4A 1VSHA 3AVNA 3KLGA 1XI1A 4HUGA 1NOYA 1EKEA 3KK3A 4CESA 3NGZA 1RDBA 1JLQA 3C6UA 3KLHA 3QEVA 2A1RA 2HNZA 4BDYA 1NKEA 3DM2A 4DSJA 4BWJA 1NK0A 4Z4HA 4HTUA 2D0CA 3NHGA 1WAJA 1L3TA 3HO1A 3UIQA 3ISNC 1S1UA 1RT2A 5CZ1A 3PUFA 3AVBA 4CJWA 2G8UA 1BIUA 4W5TA 3MECA 3OYIA 3OYKA 3MXMA 4FM2A 3V9XA 1QSYA 4KTZA 4NCAA 1O1WA 4CJFA 2BE2A 1U48A 4LSNA 3VQPA 3TAQA 1RT5A 3S3OA 1TKTA 3OYGA 4DQRA 4OPKA 2G8VA 5DMRA 1MU2A 1JL1A 4CJTA 3O3FA 4GMJB 3RR8A 3VQCA 4OLAA 4KAZA 3A2FA 3ZSZA 1KSPA 1JXEA 2F8SA 4G1QA 1FXXA 1RT4A 1NJYA 3HP6A 1T05A 1VSJA 4CIFA 1N5YA 3NAEA 3OYCA 2YNIA 3S3MA 3IRXA 1N6QA 3SJJA 1SKRA 2OA8A 2Y1JA 1ZBFA 3VQDA 1RT6A 2OZSA 3KLIA 1J9AA 2B5JA 1UAXA 4DTJA 4DTPA 4DQQA 2ZD1A 4FLYA 1U47A 2XY5A 4HUFA 3AVLA 5DK5A 3C95A 3DOLA 2O4GA 3G10A 2LSNA 1TKXA 3TI0A 4DSIA 2G8HA 5CZ2A 1YTAA 3V1OA 1D5AA 3DRSA 4WE1A 3SUOA 2HHXA 3SZ2A 1UWBA 4PY5A 4NCBA 4CGGA 1ASWA 1J53A 1WSJA 4B9TA 3DLGA 4N47A 3VQ6A 3L2QA 5I3UA 3NF8A 3AVIA 5CY4A 4FW2A 1L5UA 4DSFA 5KGXA 4ZTFA 1UA0A 4FJKA 1W9HA 1HQUA 4BE1A 1U4BA 1KTQA 1SL1A 5HLFA 1T8EA 4DLGA 3LAKA 2X78A 1NJXA 1RT1A 4CK1A 4BWMA 3VQBA 4CK2A 3TAEA 4F3TA 4E7JA 4HUEA 3DLRA 1K6YA 3LDSA 4Z4GA 3NH0A 4KRFA 1UOCA 5FROA 4FLUA 3LP2A 4K8XA 4FJHA 4B08A 1Z26A 3HYFA 1XHZA 3T1AA 4JS5A 4DTXA 4ID1A 4GVMA 4DTOA 4DTNA 3U6FA 3TANA 3AVJA 2P1JA 1VSFA 3WNGA 3AO5A 3TAFA 3OYHA 3C6TA 4EP5A 4E7HA 1WSEA 1W0HA 3JYTA 3CFPA 3V9ZA 3M8QA 5HBMA 1X9WA 1WSFA 1QQCA 2E6LA 3VA3A 5KGWA 4BACA 4I2PA 2XY7A 1J5OA 1VSLA 4N5SA 3PX0A 1YT3A 2FBXA 4ID5A 1YVUA 3DLEA 4IG0A 4KKOA 4M41A 3F73A 2PY5A 1S1VA 1VSKA 1TV6A 2ATQA 2HB5A 2Z1IA 4CFBA 1TGOA 1BGXT 1TL1A 2D0BA 3M8RA 4FZXC 1QS4A 4Z0UA 5C25A 3LZJA 4QCLA 4M3RA 3B6PA 2XHBA 1RBTA 4ICLA 4AHTA 2DFHA 3ZSWA 2RN2A 3VQ9A 1SKWA 2VG7A 2PZSA 4M3YA 4CFCA 2HHQA 1NJWA 1I39A 4CHPA 1R0AA 4KHWA 3SV3A 5D3GA 4RG8A 4F2RA 4I7FA 4E0DA 2F8TA 1F21A 4CGIA 1A5WA 2HNDA 3I0SA 3ZT2A 3TARA 1TVRA 4PUOA 4GW6A 4CK3A 3T19A 3OYDA 3L3VA 4CEBA 4OKKA 3THVA 1Q9YA 4ELTA 4FJMA 4BDZA 3LWLA 2XY8A 4TSXA 4E89A 1RDDA 4DQSA 4AILC 1U49A 2DFFA 3PX6A 4H4MA 4Q5VA 3QINA 1JLEA 3OJSA 3RRHA 3VQ4A 5J1EA 3OYFA 3M8SA 4IG3A 3AA2A 1NK7A 3P1GA 4CFDA 3L2VA 4B9UA 1VSEA 4CEZA 4DU3A 1B9DA 4CJVA 4CF2A 2ZQBA 5CYQA 1GOCA 1NK6A 3IS9A 2BDPA 3OYAA 4JS4A 1JLCA 4CE9A 1BHLA 3QNNA 3SPZA 5FRNA 1ASUA 1JLAA 1G15A 2IS3A 4FM1A 4FJ5A 1TK8A 4CEQA 4CJQA 4KREA 1VRUA 4FJ9A 5KRTA 4C8LA 3S3NA 4OPJA 4FXDA 2QKBA 4K8ZA 3NF9A 4Z4CA 5KRSA 5E41A 3C94A 4FLVA 5HP1A 4EZ6A 3LP1A 1T03A 3ZT4A 3QEIA 2EX3A 4I9LA 4CJLA 3QNOA 2B4JA 2BANA 2JLEA 3DOKA 3ZSXA 3AVAA 1LW2A 3O4QA 2R7YA 3AVHA 3V9SA 1ZBIA 4UQGA 4E19A 5I42A 3SQ0A 4FK0A 1VK0A 1KLNA 4FLTA 3IG1A 3TAPA 1QSLA 4F2SA 1HYZA 4YFUA 4KTQA 2O4IA 4LD0A 1L3VA 3V6DA 1HNIA 4F8RA 1RTJA 3OS2A 4KPYA 4ELUA 4DG1A 3CQ8A 5HRNA 1IKYA 4RW6A 1ZBUA 2Z1GA 4ELVA 2FBTA 3ZT1A 3ZSRA 1WN7A 5JS2A 3NDKA 4B9NA 4KB0A 3FFIA 3LPUA 1X9SA 3QEPA 1TK5A 2VWJA 5J2MA 1C0TA 3VQ7A 5HRRA 3ZT3A 1QTMA 4J2BA 5T7BA 3TAGA 2OPPA 4ZTJA 3JSMA 1BI4B 4KB1A 3AO3A 1RBVA 4KV8A 1T7PA 3AVKA 2D0AA 1KVCA 3SUPA 2IAJA 2Y1IA 3KJVA 3CFRA 4M3UA 4OGEA 1RDCA 2HNYA 4RW8A 5J2PA 5HROA 1KLMA 4NYFA 3SQ1A 1HYSA 4LH5A 4LH4A 4W5QA 3OYNA 1XC9A 4Z4IA 3SV4A 1GOBA 2HVHA 3VQQA 1D9DA 1C1BA 4FVMA 1A5VA 3VN5A 4CJSA 3NGYA 3L2WA 3HK2A 3QEXA 1SUQA 5JS1A 1RBSA 2X6SA 4DFKA 3AO1A 3WNFA 4N76A 4CECA 4CF1A 3EYZA 3ZSYA 1C1AA 2WONA 1X1PA 3VQAA 1ITGA 4MFBA 2ZE2A 3MXJA 5FDLA 1TL3A 4CF9A 5KTQA 1LAVA 3F9KA 4HCCA 2HHTA 4W5NA 2A1SA 2IGIA 3CYMA 4F4KA 2YV0X 4FZYA 2FBYA 1ZBHA 4FYDA 1JKHA 4OGCA 1XHXA 4R5PA 4DQIA 4RW9A 4CGHA 4PWDA 3QO9A 1IG9A 4CJ5A 2KFNA 3NFAA 1QHTA 4CFAA 4Q0BA 3VQ5A 4C8OA 4CJEA 1WLJA 3CFOA 4DLEA 1RTHA 2FBVA 1U45A 3P5JA 4JLHA 2X74A 2IOCA 4J2EA 1DLOA 4RW4A 4E1NA 3G0ZA 1IKVA 4DFPA 2QXFA 3KLFA 1HYVA 2ETJA 3LAMA 4O0JA 3RWUA 4CF8A 2RPIA 3K2PA 4NYNA 1ZBLA 4FJXA 2IDOA 3HT3A 4BE2A 4FCYA 2AJQA 1L3SA 2BGGA 1CLQA 4RW7A 3HL8A 1KRPA 3QIOA 5C42A 4KHUA 5J2NA 1NK8A 2DFEA 1NJZA 1LAWA 1HNVA 3ULDA 4E7LA 3DI6A 3OJUA 1REVA 4FZZA 3AVFA 3P83D 4HCBA 4CHQA 4PQUA 1A5XA 4CJKA 3NGIA 3RMBA 1D9FA 4B3OA 1RILA 4CCHA 1DTQA 1S1TA 1RNHA 3WNHA 4OVLA 3OYMA 4B9SA 5EU7A 1I3AA 3EY1A 4B9MA 1ZYQA 1Z25A 1VSMA 2XRIA 4AHCA 1S5JA 4FM0A 1S1XA 3O4NA 3S9HA 4OLBA 3MAQA 3ALYA 4B8AB 3VA0A 4C8KA 3V81A 3ZSOA 3NF6A 5SWMA 1D8YA 1IKWA 1C1CA 3SPYA 1RBRA 4H4OA 3O3GA 4DSKA 1BCMA 2YNFA 2YKNA 1XWLA 4HVJA 4CHNA 3KD1E 1QE1A 3LANA 4EP4A 2G8WA 4KHNA 3MEGA 1SL0A 3OS0A 4LY7A 3NH2A 3SCXA 4M42A 3SQ4A 3HPGA 4CEOA 3RR7A 3OYEA 1WSIA 2HHWA 1LWCA 4CIGA 5K14A 4KFBA 3AVCA 2E4LA 3PX4A 4CJ3A 4O0IA 3L2RA 4F3OA 3ZCMA 2HHUA 3OS1A 1ASVA 3KIOA 2XO7A 3I8DA 4CHZA 4M3TA 4FK2A 3DMJA 1BQMA 2W42A 4J2AA 4C8MA 1JXBA 4KHSA 4HHTA 4CHYA 1EX4A 4FJIA 3DLKA 3OYJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WSGA 1JLBA 1ZBSA 1ATSA 4N56A 2B6AA 2O8BB 1GLDG 1DEJA 3AA3A 4ISGA 2Z1HA 1H1VA 3TAMA 4Z4EA 4YY3K 2PYLA 5AFUH 2GV9A 3Q7BA 2G8FA 4H5VA 4L3QA 4DFMA 4UY8O 1K73O 4LF7K 1K8KB 4OKJA 3EKSA 1NOZA 4B1WB 4CGJA 1TKDA 3EZWA 3NVKA 2PAVA 1TKZA 3EE9A 4QOZB 1TAUA 4DR4K 1CZ9A 4IKFA 4Y1DA 4B9LA 1VAZA 3L3UA 2Z1JA 3N4PA 2DTUA 4XIUA 4B8CA 3EO3A 2NNWA 3K59A 1HRHA 4FLWA 1BCOA 2OPRA 1CZBA 1NNEA 3WQUA 1BQNA 4CHOA 3VQ8A 1X3NA 2HF3A 2NUBA 3DRRA 4CGFA 3KHYA 3K5LA 3LP3A 3H1QA 1SS6A 2P9PA 4C8NA 5GADP 3FE1A 4FW1A 4KBOA 3WXLA 4DQPA 2RKIA 3O9RA 2ZJPL 3ZT0A 1NWKA 4I9QA 1VQ8N 4E7KA 2O8DA 3QETA 4GV6A 1VSDA 4DWIA 4JI4K 4KHYA 5F2RA 1GOAA 2PYJA 4DTRA 1IBKK 1VHXA 4XH5A 1BWFO 2ASOA 2D1KA 2HVIA 3HSTB 1BL3A 1RCHA 3OBYA 1YTUA 4CJUA 1UA1A 3J7YP 3MEEA 2P9SB 2IC3A 4FJLA 3TABA 3FZKA 3ZETB 1YXQA 3FLCO 3OA9A 4BRQA 2I5JA 3QEWA 3HVTA 1N8RO 1EXQA 3K5MA 3U4LA 3GG4A 1MDUB 4BR4A 4H8KA 2YHAA 2OYQA 2D0OA 1T6CA 2HW3A 4CZJA 3VOVA 4CJRA 3KD5E 4LF9K 4FJ7A 1JL2A 1SV5A 1SKSA 3AARA 3EKUA 3O3HA 3K58A 4NCGA 2JGUA 2WUSA 2NZTA 2OTLN 3H6EA 4CZMA 4H5WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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