3B6PA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and inhibitor ions (sodium and zinc)
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Mus musculus
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
total genus 73
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6pA01
3NFAA 4AHUA 3QEXA 3AVGA 4DSKA 5FROA 3DLRA 4BE1A 4Q0BA 4CJVA 1S6PA 1XI1A 1L3TA 4B9TA 4F4KA 4OGEA 3F73A 1JXBA 1ASWA 2E6LA 3NGZA 1QSLA 2G8WA 4M42A 5KRTA 4Y1DA 4CK1A 4DQIA 1O1WA 3HPGA 4JS5A 3RMDA 1WAJA 5KTQA 3V1OA 3AA2A 4HHTA 3TAEA 4H4MA 2VWKA 4DSJA 1JXEA 4CEFA 5FRMA 3OY9A 1UWBA 4OKJA 4Z4HA 4KREA 3QNNA 3IRXA 1TGOA 3RMCA 1L3SA 2PYJA 2R7YA 4CJRA 1XHXA 4C8MA 3NAEA 4IFYA 1KVAA 1DLOA 3TWHA 4OLAA 1C6VA 2HNDA 4N76A 4F3TA 3IG1A 1CXUA 1RT7A 5FRNA 2HHSA 3MXJA 1W0HA 4FLYA 1KRPA 4DLGA 1BISA 4CGDA 4DF8A 3LP1A 1DTTA 1L3UA 4DTJA 1Z25A 4TSXA 1IKWA 5CZ1A 4CIGA 1SKWA 2G8HA 4KHNA 4M3TA 4QOZB 3ZT4A 4FXDA 4FJXA 4ID5A 4CJLA 4LH4A 3QERA 3VQBA 4FW2A 2EX3A 3AVBA 3WNHA 3DRPA 5C42A 1S1TA 4B3OA 1RTJA 3ZT0A 1JLEA 3TARA 3ZSWA 1RDAA 3RWUA 4FM1A 4BACA 3PUFA 3PX0A 3C6TA 4ICLA 1XHZA 2QKKA 3KKRA 3SUQA 4CIFA 4FJKA 1XC9A 4PY5A 3AVNA 3AA5X 3LPUA 3OYJA 3QNOA 1HYSA 4OLBA 5I3UA 5HRSA 4GMJB 4EZ9A 2VG7A 4ZHRA 4ID1A 3ZSRA 4GVMA 1EXQA 3T3FA 1ZBUA 3HJFA 3KK3A 4O55A 2XRIA 4CFBA 4DTRA 3HVTA 5D3GA 3KLIA 3L2VA 4Z4IA 3C94A 1SUQA 4CJ4A 4BDPA 1BIUA 3RMBA 4Z0UA 4IG0A 1U45A 3RRGA 4F8RA 1KFDA 4C8NA 3WNGA 4FZYA 4E89A 3L2RA 2F8SA 4W5RA 3K5MA 1ITGA 3TR8A 4Q5VA 3NH0A 3HM9A 3SV3A 3PV8A 1B9DA 2X78A 2G8VA 4DQPA 5C25A 3OYIA 1HJRA 2YNGA 3D45A 4OKKA 1BQNA 1X9SA 3KKSA 4KB1A 4NYFA 1RBVA 4CERA 1RTHA 3OYHA 2YHAA 4AHTA 2YNIA 1WSIA 4B9LA 1NKEA 1I39A 3E01A 1QE1A 3T1AA 1I3AA 4GW6A 3DLHA 4O0IA 1G15A 5E41A 3SZ2A 1ASVA 3ZT3A 1JLAA 1RBUA 3KLGA 1UAXA 3CG7A 4Y1CA 4LH5A 5K14A 1W9HA 5J2QA 1RDDA 4AHSA 1HYZA 3TAPA 4IFVA 2D5RA 3DLBA 4KKOA 4CEQA 4B9SA 2F96A 2JLEA 1NK0A 3VQ8A 4E7IA 3BDPA 4M3XA 4B8AB 2IGIA 4CGGA 3CFPA 4FJ7A 4JLHA 1ZBHA 5J2MA 2BE2A 1NOYA 3V9SA 3VN5A 3U3YA 4FZXC 3TANA 3LP2A 3M8PA 3K5NA 5I42A 5KGWA 4CF2A 4CEEA 3HT3A 4E7KA 2Z1JA 1J54A 3G10A 1VRTA 1VSLA 4CK2A 3C95A 3PO4A 2VWJA 4UQGA 2P1JA 2RPIA 1JLGA 1LV5A 3SJJA 3KTQA 1WNSA 2LSNA 3DRSA 4CJUA 3S3NA 4F3OA 2AJQA 1JLBA 5C24A 1ASUA 1HPZA 1NJZA 4PUOA 4HTUA 3PY8A 3CM5A 3CFOA 3DMJA 3P5JA 4KTQA 3CFRA 1HMVA 2G8IA 2A1SA 1VSMA 4LY7A 2E4LA 3MEDA 1DTQA 1T7PA 3ZT1A 3NF7A 4DSLA 3LAMA 3LPTA 1JLQA 3DOKA 2IDOA 4FLXA 4OVLA 5FDLA 3KLHA 3KK2A 2HW3A 4CHZA 1SL1A 1BI4A 4NCAA 1S1VA 1NJWA 2Z1GA 4DTOA 3BGRA 3TAQA 1JL1A 1HRHA 3LANA 5T7BA 5HP1A 3SUPA 4FLVA 3S3MA 3I0SA 3JSMA 2QKBA 2GBZA 4PA1A 4AH9A 1RCHA 4CGHA 3HXMA 1KVCA 3NH1A 5HLFA 1QTMA 3HPOA 4BWMA 4ELTA 4XIUA 3VQ9A 1YT3A 3WNFA 4CF0A 4OKEA 2HHQA 3DRRA 3U6FA 1U4BA 1R0AA 3ZCMA 4FJHA 3V1QA 1MU2A 4OPJA 3P83D 4FYDA 4O0JA 1J53A 4CHNA 4DU4A 1Q8IA 4M41A 5J2NA 3NE6A 3PO5A 3AVMA 4EZ6A 1UA1A 3KD5E 2PYLA 4FJNA 3SUOA 4FLTA 3AO4A 2XY5A 4FJ9A 4CEZA 3CYMA 4C8OA 3SQ1A 3L8BA 3HVRA 3SV4A 4DFPA 3QEPA 3AVLA 3NF6A 1NK7A 4G1QA 1TAQA 3VA3A 3ZSOA 4Z4EA 3DOLA 3NHGA 2NUBA 4CFAA 1SKSA 2E6MA 2GUIA 4M3ZA 1CZ9A 1WSEA 4KRFA 3L3UA 4CEDA 1EETA 5KRSA 2X6SA 1TK0A 1YVUA 2YKMA 1S1UA 2G8KA 3OVNA 4DTXA 2X6NA 3PX4A 1REVA 4J2BA 4I2QA 4B9UA 1WLJA 3OYNA 1ZBIA 1WSFA 4F2SA 4B9MA 3VQ6A 2A1RA 4KHYA 4DTSA 1Q9XA 4B9VA 4CK3A 3OYEA 5J2PA 1RT3A 3NGIA 4CJTA 4DTUA 1TL1A 2P5OA 1FK9A 4YNQA 4CHOA 3SCXA 3EYZA 3MEGA 3MEEA 4AILC 4CJQA 2ZE2A 2OYQA 3HK2A 4CJFA 4HUGA 3HP9A 4KO0A 2P51A 3RTVA 3AVKA 3S9HA 3DLEA 3ULDA 4JRQA 2HNYA 4KHWA 4FK4A 5DK5A 4DQSA 4LSNA 4JS4A 5CY4A 3O4NA 1RNHA 5J1EA 3S3OA 4DS4A 1KLMA 1S9GA 1IKYA 3KLFA 2P5GA 4HVJA 2XY7A 4BE0A 1RT2A 4W5OA 3QEWA 3SI6A 4CIEA 4DTMA 5HRRA 3ZT2A 3SPZA 2HNZA 1EP4A 1WSGA 3AO3A 3SPYA 3ALYA 1RBRA 4I7FA 4CEAA 3L2WA 1Q9YA 4CJKA 1T8EA 4FJGA 4KI4A 3AO5A 1C1BA 3AO1A 4CGJA 1VSFA 1LWFA 5HRPA 3WNEA 2GV9A 3NCIA 1TL3A 3AVAA 1HNIA 1BL3A 1T03A 3UIQA 1VSEA 4YFUA 1VSKA 1NK6A 3DM2A 1D8YA 3AV9A 4AHCA 3TI0A 5JS2A 3EY1A 3VQ4A 4K8ZA 1IH7A 1CZBA 4DFJA 5CZ2A 4DFMA 3LAKA 1QSYA 4KFBA 4DU3A 3IAYA 3NDKA 1HQUA 3L3VA 4IDKA 4DS5A 4DTNA 4ZTJA 4DLEA 1U47A 1NKBA 1TKZA 3QIPA 4E19A 1VRUA 4DU1A 1RDBA 3OYFA 4IG3A 2HVIA 4DF4A 1Z26A 2G8FA 4FJ8A 3RR8A 4NCBA 4O44A 4W5NA 1NK9A 2BGGA 4FLUA 3DLKA 3VQ7A 3OYAA 4KI6A 4J2AA 1D5AA 1GOCA 3HYFA 3LALA 3KLEA 1QHTA 1WSHA 4DSEA 2Z1HA 3HL8A 1VK0A 3ITHA 4B9NA 2FBXA 1BQMA 2Z1IA 1D9DA 2DFFA 1WSJA 3TAFA 3O3GA 1U49A 3F9KA 1X9MA 4M3UA 5HROA 1YTUA 3I0RA 1SL0A 3VQ5A 1NJXA 1X9WA 4E3SA 4ELUA 4CHYA 2FBVA 2B4JA 2B5JA 3QINA 3CQ8A 3OYKA 2ZQBA 4DFKA 3TAGA 1CXQA 4NYNA 4N47A 2XO7A 1SL2A 4EP5A 4CESA 3TABA 3AA3A 2QXFA 3QESA 1LW2A 3RRHA 1S9EA 4KTWA 1BCMA 1VSHA 3NBPA 4E1MA 4Z4FA 1VSDA 1B92A 1S1WA 3AO2A 3FFIA 4CF1A 2FBTA 2Q3SA 4E7LA 2VG6A 2BDPA 3AVFA 4C8KA 2ITGA 4CJ3A 4CF9A 1IKXA 3OJUA 3QEIA 1SKRA 1Y97A 3K5OA 1ZYQA 1J5OA 2W42A 1HQEA 1LAVA 3DYAA 1JLFA 4CEOA 4HUEA 1KVBA 3VQQA 4OGCA 5JS1A 4NCGA 1IKVA 2OPSA 1WAFA 4CJPA 3AVHA 3H08A 4AHRA 4CGFA 4DSFA 1U04A 1GOBA 3LP3A 1A5VA 4FVMA 3OYGA 3QEVA 2PZSA 1BHLA 1IO2A 1EX4A 1KFSA 3V9XA 2Y1IA 3RR7A 4BDZA 4HUFA 4FM2A 2O4IA 2F8TA 4QCLA 3KK1A 3B6OA 3JYTA 1NK8A 4CECA 4E1NA 1RT1A 1QS4A 4Z4GA 4BWJA 3L2UA 3DLGA 1KSPA 3SQ0A 5KGXA 2ATQA 1NKCA 4N5SA 1KTQA 4I2PA 4EP4A 2YV0X 2DY4A 3ZSYA 1LWEA 1FKOA 2EHGA 4E7HA 3KD1E 1TVRA 4FW1A 1TK5A 3NF9A 2HMIA 4CE9A 3AVJA 3OS2A 4FJIA 2HVHA 2HHTA 3PX6A 2KFNA 1C1AA 4M3RA 1ZBLA 2KFZA 2KTQA 1BGXT 4OPKA 4DWIA 2DFEA 3ISNC 4HCCA 3VQDA 2D0BA 3VQAA 1LWCA 2WOMA 5CYMA 3TAMA 2JGUA 3NH2A 3SYZA 3OYLA 1QSSA 5SWMA 1D9FA 4RW4A 2XHBA 4FJMA 4QAGA 4LD0A 2KZZA 5EU7A 3MAQA 3OYDA 4E7JA 2HHXA 4CJ5A 1SV5A 3KIOA 3ZSXA 4CJWA 4JRPA 4N56A 1RT5A 3SUNA 4DQQA 3K57A 4DQRA 4FK0A 3OYCA 4FJ5A 3VQPA 4CEBA 1JLCA 4MFBA 4AHVA 3G0ZA 3L2QA 5HBMA 4WE1A 4FCYA 2WONA 1NK4A 2ETJA 3SQ2A 4HCBA 1RTDA 3ZSZA 2B6AA 3HO1A 1HYVA 1ZBFA 4KHQA 1JKHA 3AVIA 3M8SA 4PWDA 1U48A 1WN7A 3C6UA 1C0TA 3AVCA 4KPYA 1EKEA 3U3GA 4KHSA 4CFDA 1J9AA 4E0DA 1BCOA 2PY5A 4CF8A 1CLQA 2HB5A 2X74A 4DSIA 4J2EA 4RW8A 3MECA 1B9FA 3ZSQA 1NJYA 3EZ5A 3LWMA 1RILA 3D0PA 4H8KA 2D0AA 3HP6A 1C0MA 4BDYA 3ZSVA 4CHQA 3THVA 3IS9A 2YHBA 1TKXA 4KTZA 4O5BA 3V4IA 2HHUA 2IOCA 4BE2A 4FZZA 4FLWA 1KCFA 2YNFA 4RW9A 1VSJA 2YNHA 4CHPA 4B8CA 4FK2A 1TAUA 4M3YA 2ZD1A 4M3WA 3LZIA 4K8XA 1A5XA 1S5JA 2KQ2A 4W5QA 4KAZA 3HPHA 2I5JA 4F2RA 2RKIA 5SZTA 3OS0A 4M45A 4PQUA 2OA8A 4FJJA 4FJLA 4RW6A 3LWLA 3O3HA 2BANA 1RDCA 1C0UA 3QETA 4DG1A 4RW7A 1TV6A 3A2FA 1RTIA 1UOCA 2DFHA 2FBYA 4B08A 1RBSA 1S6QA 3QIOA 1RBTA 1X1PA 4RG8A 4CJEA 3KJVA 1C1CA 3V81A 1N5YA 1BI4B 1BIZA 3ASMA 3NF8A 2FC0A 1IG9A 1HNVA 1L5UA 3SNNA 1TK8A 1GOAA 2IAJA 3LP0A 2OZMA 3NGYA 1NOZA 1XWLA 3M8QA 1FKPA 1L3VA 3OJSA 1JL2A 3VQCA 1RT6A 3B6PA 4W5TA 4IBNA 3O3FA 4C8LA 3RMAA 4J2DA 3MXMA 4CJSA 2XY6A 2XY8A 5CYQA 4OJRA 5DMRA 2QK9A 2DTUA 5HRNA 4CCHA 2RN2A 3OYMA 2YKNA 4KV8A 3K58A 3V6DA 1LAWA 4DTPA 4I9QA 3OS1A 4O4GA 4I9LA 3V9UA 2G8UA 4KHUA 2IS3A 4IKFA 3DI6A 3MXIA 4N41A 1N6QA 1A5WA 1FXXA 3K5LA 1QQCA 4R5PA 3I8DA 2HHVA 2VG5A 3AA4A 4Z4CA 2KW4A 3V9ZA 3VQEA 2IC3A 1TKDA 3CM6A 2OPPA 1UA0A 1S1XA 2D0CA 3SQ4A 3V1RA 4L8RB 2HHWA 2OZSA 4KB0A 4CGIA 4ZTFA 3LDSA 4LSLA 2OPRA 3QLHA 1F21A 2OPQA 3T19A 3K59A 3VA0A 1VSIA 1YTAA 2Y1JA 3P1GA 1NK5A 4ELVA 2KZMA 4MQ3A 4DMNA 3M8RA 3K2PA 4H4OA 2RF2A 3LZJA 3OYBA 1RT4A 1TKTA 2O4GA 5KI6A 4FLZA 1LW0A 3QO9A 1KLNA 4FM0A 1T05A 1K6YA 3O4QA 3V9WA 4CFCA 3HSTB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NFAA 4AHUA 2F4VK 4ISGA 5M1FA 3O9TA 4CJVA 1L3TA 4DR5K 4YDUC 2G8WA 2NRZA 5KRTA 4H0PA 4JS5A 3RMDA 3HOSA 1WAJA 5KTQA 3V1OA 3AA2A 5JICA 4H4MA 1DKGD 1NM1A 2CGJA 2P9UA 3DJCA 4DSJA 3OY9A 3TPQA 4IWVA 1YAGA 1ATSA 5JVGL 4BREA 4GV3A 5KPTA 4LFCK 3RSEB 3MCAB 2J4RA 4FOEA 4DF8A 1L3UA 4M3TA 2G8HA 4KHNA 2FSJA 3KWGA 2W6KA 2QM1A 4FJXA 4ID5A 4CJLA 3QERA 3SAFA 3VQBA 5C42A 1S1TA 3H3OB 1RTJA 4B3OA 1JLEA 3MN5A 3ZSWA 4BACA 3PX0A 4ICLA 3VGLA 4A59A 3KKRA 4CIFA 4QS8A 4FJKA 4PY5A 4OLBA 5HRSA 4GMJB 4ZHRA 2Q0UA 1EXQA 3T3FA 3CJ9A 4DTRA 3EKSA 4CFBA 5D3GA 3D2FA 3C94A 5F0XA 4CJ4A 4BDPA 5AR0A 3BF1A 3RMBA 4F8RA 4C1NI 1W97L 4YOTA 2QW9A 4W5RA 2A6AA 4DQPA 5C25A 1X9SA 2YNGA 1NGDA 3CQXA 3O08A 4IJNA 3GL1A 1YJWN 3VF6A 2O8CA 3AY9A 3E01A 1QE1A 2CGKA 2FSNA 1SAZA 3SZ2A 1Y64A 4DV4K 3LDQA 1Z6RA 1FJGK 1RBUA 3OBYA 3KLGA 2NRVA 4Y1CA 4ISEA 3KVGA 4HCBA 5AQNA 4AHSA 4NLCA 3MX5A 4B9SA 4E7IA 3BDPA 2IGIA 4CGGA 1VQNN 4JLHA 5J2MA 2BE2A 3TANA 3LP2A 1GLDG 2E1YA 3K5NA 4CF2A 4CEEA 3T69A 4E7KA 1J54A 2P9NA 1VRTA 5JMVA 1RFQA 1JLGA 1LV5A 1WNSA 3U8XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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