3B6PA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and inhibitor ions (sodium and zinc)
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase
total genus 73
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6pA01
4CCHA 4CEAA 3HJFA 4EZ6A 2X6NA 2HNZA 1MU2A 1L3VA 1TL1A 4TSXA 1ZBHA 1KVCA 4IBNA 5HRNA 4B9SA 3PO5A 2NUBA 4DTJA 1C0TA 4J2EA 2IDOA 4OKEA 1U4BA 1KLNA 1TKDA 3G0ZA 1UA0A 3SQ2A 3DLKA 3NGZA 3LALA 4DMNA 4L8RB 3LDSA 4M3YA 2G8KA 3VQDA 3IG1A 4W5RA 2FBYA 1SKSA 4FJIA 1WNSA 4J2BA 1VSMA 4JRQA 3NF9A 3AA3A 2YNIA 2D0BA 3AVAA 3P5JA 1GOAA 4H4OA 4CEDA 3NH0A 1JXEA 4CEEA 2JLEA 4Q5VA 1SL1A 2IGIA 3C6TA 3LAKA 4EP5A 3K5NA 3AV9A 1B9DA 4UQGA 1LAVA 3S3OA 4RW8A 3HP6A 4DWIA 4KREA 4CJWA 3VQ4A 3HL8A 1XWLA 1S5JA 1KLMA 4C8MA 3OYAA 4NCBA 1L3TA 3AVJA 3LANA 2O4GA 5I3UA 2QK9A 5JS2A 3OYGA 4AH9A 4FLZA 3MEEA 3C95A 5CYMA 1TK8A 1ASWA 4CESA 3VQPA 3ZSWA 4N5SA 4E0DA 4CJQA 5T7BA 5SZTA 4F8RA 2Q3SA 2ZQBA 1U49A 3OJSA 3KK3A 3RTVA 2FBXA 2Z1GA 1ITGA 4Y1DA 4LD0A 1WSIA 3AVFA 1RDBA 4B8AB 3AVGA 2PY5A 3ZT2A 3HT3A 2KFZA 1RILA 4BWJA 4OKJA 4CFBA 1KCFA 3QEXA 5D3GA 4E7KA 3SI6A 1ZBLA 1C1AA 4LSNA 1SL0A 1HYVA 1WSEA 2ATQA 4CJPA 4KTZA 1TK0A 3K57A 1X9MA 4DG1A 1XC9A 1NKBA 4BDPA 3PX4A 1Q9YA 1KVBA 5J2NA 2PYJA 4FJMA 3VQCA 4FCYA 4HUGA 1X9SA 3LP1A 3TAFA 4GW6A 3DRRA 4LH4A 3ZSOA 3PO4A 3HXMA 3MAQA 3RMCA 3QIPA 2WOMA 4FYDA 3AVHA 4AILC 2ETJA 1Q8IA 3IRXA 3HPHA 1U48A 3M8SA 4PQUA 3DOLA 3K2PA 3DLEA 4BE2A 3NF6A 2BDPA 1RCHA 4CK2A 4DTNA 4B9VA 2B5JA 2F96A 4Z4FA 1TV6A 3L3VA 5CY4A 2D5RA 2RPIA 4DFMA 3SPYA 1N6QA 3CQ8A 1VRUA 4BWMA 3SV3A 4M3WA 3HO1A 1T8EA 4KHUA 2QXFA 3KLIA 3EYZA 3QERA 1QE1A 1UA1A 1WLJA 4MQ3A 1YVUA 2XY8A 1F21A 2P51A 3SQ0A 1XHZA 4I2PA 3QEWA 1WN7A 1JLBA 4CJUA 4FJ8A 4KHYA 3QESA 5FRNA 4FLVA 3ASMA 1O1WA 2B4JA 1BQMA 2IS3A 1FKPA 1WAJA 1K6YA 3OS1A 1YT3A 1D8YA 2IAJA 2OPSA 1NJZA 3NDKA 2HHTA 4B3OA 3L8BA 1QS4A 1BI4B 1CXQA 2I5JA 3AVLA 3TR8A 3HM9A 4DU4A 4F2SA 4FJGA 4KTQA 4I7FA 4OLBA 4CEFA 1RBRA 3S3MA 1SKRA 3AO5A 5J1EA 1NKCA 3DLBA 1A5XA 4M41A 3SUQA 1Y97A 3OYKA 1ZYQA 1NK5A 1HYSA 1NJXA 1UWBA 1JLEA 3LP2A 4CFAA 1VRTA 4CF2A 4CJRA 3M8RA 4FLYA 1RTDA 2HHWA 1CLQA 4DTOA 3THVA 3OYNA 1XHXA 4BE0A 4E7HA 1RTJA 2KZZA 4I2QA 4CIFA 1LWFA 4O44A 4DLGA 2IOCA 3OYFA 3VQEA 1NK4A 3OY9A 3KD1E 1RNHA 1LW0A 1S1WA 4DSEA 2BGGA 2XRIA 1LW2A 2OPPA 4PWDA 3CG7A 4CHYA 4MFBA 4NYFA 4AHTA 1HQEA 4FK2A 2LSNA 1GOCA 4FVMA 3DRSA 5CZ1A 3EY1A 4LH5A 3BGRA 4I9QA 3RWUA 3ZCMA 3NHGA 1BQNA 3ZSVA 4EP4A 2OZMA 4O0IA 1VSJA 1SV5A 4IDKA 4LY7A 4CIEA 4DS4A 1JL1A 1JLCA 2VWKA 4CEZA 1S9GA 3NGIA 1N5YA 4IFVA 4Z4CA 4WE1A 5KRTA 1FXXA 2EX3A 4E1MA 5C25A 3U6FA 1W0HA 5CZ2A 1ASVA 4PY5A 3V9ZA 3C6UA 3VQ7A 4FW1A 3OYMA 4CHQA 4DU1A 4KHNA 4E7JA 1HQUA 3AVCA 4OGEA 1CZBA 3U3GA 1VSKA 4CHOA 2Z1IA 4OPJA 3K58A 3NF7A 4DS5A 4ELVA 4CE9A 2DY4A 4F3TA 1WSGA 1GOBA 4ELUA 4CFDA 1RBUA 4CGIA 3V9WA 3ALYA 3DM2A 4FLWA 3ZSRA 3UIQA 3MXIA 3F73A 2XY6A 3KTQA 4HVJA 4JLHA 4OKKA 4NCAA 1LWEA 3CM6A 3KLFA 4M3XA 1KTQA 1TGOA 4B9TA 4ZHRA 3ZT0A 4CHZA 3AO4A 2KQ2A 1C0UA 4RW7A 3ZSQA 3HP9A 4ID5A 3CYMA 3ISNC 1C0MA 4CGGA 1NJWA 4DQIA 3OVNA 4CJKA 3DYAA 2E6MA 1ZBIA 3H08A 1QHTA 2D0CA 3T1AA 3B6OA 2YNHA 3ZT4A 1NK8A 1S6PA 5HBMA 1BGXT 2P5GA 4JS5A 3PUFA 4DQRA 1EETA 4KHSA 3O3HA 1RTHA 4C8NA 4CJVA 4CGDA 4FLUA 1NK9A 1IO2A 4CJTA 3DOKA 3D0PA 4B9MA 4DQQA 1BI4A 3LPUA 2Z1HA 5DK5A 3QNNA 4G1QA 2DFHA 4DTRA 3A2FA 2KFNA 4FK4A 4AHSA 3OYEA 4FLXA 2G8WA 1VSFA 3LPTA 3L3UA 1RT5A 2P5OA 3K5MA 1UAXA 2ZD1A 1S1XA 3DI6A 4Y1CA 5KRSA 3CFOA 3FFIA 3LWMA 4RW6A 3OS2A 4EZ9A 3K5OA 4CEOA 4IFYA 2RKIA 2YNFA 3AO2A 3NGYA 2XY5A 2RN2A 4FJJA 2G8IA 3QNOA 3QIOA 3QEPA 5C24A 4W5NA 2E6LA 3O3GA 1L3UA 3E01A 1JLFA 3KIOA 5HRPA 3V1OA 1A5VA 1Z26A 4W5OA 3QO9A 4DQPA 4RG8A 4Z4IA 1QQCA 2D0AA 2KTQA 3L2WA 4H8KA 3SNNA 1NK6A 3JSMA 4W5QA 3WNFA 1QSYA 1G15A 3SUOA 1S9EA 1JKHA 1C1CA 1J5OA 1HJRA 4M42A 4RW9A 3OJUA 4J2DA 4CGHA 1QTMA 1SKWA 1BIZA 3OYHA 3CFPA 4KHWA 4CJ5A 3ZT3A 3SPZA 3O4QA 4DTMA 2OPRA 3MEGA 3QLHA 4M3TA 3KLGA 5K14A 4DSFA 4DU3A 4FZZA 4KB0A 1FK9A 3IS9A 2OA8A 1BIUA 4CGJA 2XY7A 1REVA 3KK2A 1D5AA 4DSKA 2Y1JA 3AA5X 3VA0A 5C42A 2HVIA 3KLHA 3M8QA 3ITHA 1U47A 3KD5E 1C6VA 3OYLA 4YNQA 3LWLA 2XHBA 4BE1A 3PX6A 3ZSXA 1T05A 4BACA 3I0RA 4NYNA 1EP4A 5JS1A 3SYZA 4DFPA 5FRMA 3LZJA 3SQ4A 3P83D 3V9SA 4CF9A 3OYBA 4E7IA 1IKXA 4K8XA 2F8TA 1HMVA 4HTUA 4F2RA 1QSLA 4O55A 3NH2A 3V4IA 2OZSA 1RTIA 3V1QA 3VN5A 3QEVA 4N76A 2VG7A 1C1BA 4HCCA 2KW4A 4FJ7A 3SV4A 4KRFA 1LAWA 4KV8A 4CK3A 3KKSA 2QKKA 4OVLA 2O4IA 1J54A 1BL3A 1WAFA 3T19A 2OPQA 3ZSYA 3WNEA 3TABA 5KTQA 1HNIA 3RMAA 4CJLA 4CJEA 1BHLA 1A5WA 3NCIA 3IAYA 3AO3A 4DSIA 1HNVA 1VK0A 4CF8A 4DFJA 3QETA 4K8ZA 2HVHA 1TVRA 3KLEA 3PX0A 1NJYA 3PV8A 4QCLA 1YTUA 3F9KA 3RMBA 1TK5A 1IG9A 1J9AA 2HMIA 4CK1A 2YNGA 3I0SA 4B9LA 2FBVA 1RT2A 1KFDA 4KO0A 3P1GA 2HHVA 1NKEA 3ULDA 2HHQA 3HVTA 4O4GA 4CJ4A 4JS4A 4KB1A 2QKBA 2DTUA 2DFFA 4B8CA 1RBSA 5FROA 2KZMA 3SZ2A 4CJFA 3M8PA 1EXQA 2BANA 1FKOA 3LZIA 4DTSA 4DLEA 3SQ1A 3TAPA 1DTTA 1XI1A 3DLHA 1CXUA 4FZXC 4CJSA 4IG0A 2ZE2A 4ID1A 1RDDA 1TKTA 1RBVA 4W5TA 1ZBFA 1RDAA 1W9HA 2ITGA 2G8FA 1RBTA 3TAGA 3SCXA 4IG3A 3VQ9A 1T03A 2HHUA 4OPKA 3OS0A 4QAGA 3D45A 4CFCA 1WSHA 4KAZA 4FXDA 2B6AA 4FJKA 4BDZA 4DTXA 4F4KA 1KRPA 4FM2A 4FJNA 1JXBA 1I3AA 2YHAA 3HSTB 4KI4A 3S3NA 3AA4A 3KKRA 3TARA 4OLAA 2G8VA 3DMJA 4CEBA 4HCBA 1JLGA 3HPOA 4J2AA 4KPYA 3AVKA 3MECA 4FJ9A 5CYQA 3DRPA 1ASUA 1LWCA 4B9NA 4HUFA 3K5LA 4N41A 1BCOA 3NF8A 2FC0A 1D9DA 3OYJA 3HPGA 4YFUA 1U45A 1Q9XA 3BDPA 3AA2A 3B6PA 1IKYA 3NAEA 2HHXA 1VSLA 1R0AA 1NOYA 4DSJA 5DMRA 2XO7A 3VQ6A 1VSEA 3EZ5A 4DTPA 4CHNA 1TAQA 1RT7A 1S1UA 3WNGA 3HVRA 4N47A 3RRGA 3I8DA 2A1SA 3ZT1A 4CECA 3VQBA 3NH1A 5HRRA 4KHQA 4CGFA 3VA3A 5J2MA 1X9WA 4Z4GA 1J53A 5KI6A 2E4LA 3ZSZA 4ZTJA 1SL2A 1X1PA 3NBPA 1ZBUA 1U04A 3TAMA 2YHBA 3PY8A 2EHGA 4I9LA 4AHVA 1BCMA 3V9XA 2OYQA 4AHCA 5HLFA 4ELTA 2YKNA 4FM0A 1TL3A 5KGXA 4DF8A 3VQ8A 1L3SA 2G8HA 4DFKA 5KGWA 1B9FA 3AVBA 3OYIA 3KJVA 1CZ9A 1HYZA 3O4NA 3L2QA 2HNYA 3L2VA 3RR7A 1EX4A 4XIUA 1D9FA 4PUOA 4KI6A 1VSDA 1IKVA 4B08A 4HHTA 1NK7A 1HPZA 2PYLA 2F8SA 3SUPA 4RW4A 1EKEA 2X6SA 3RMDA 1KVAA 2WONA 3V1RA 3QEIA 1UOCA 4N56A 4M3UA 1S1TA 4E1NA 1VSHA 1IKWA 5HP1A 4OJRA 3LAMA 3OYDA 3K59A 4DF4A 4ZTFA 3TI0A 4M3RA 3O3FA 1WSFA 3AVNA 1S6QA 3DLGA 2Z1JA 3QINA 2Y1IA 4LSLA 4E7LA 1RT6A 2GUIA 4BDYA 3S9HA 5HROA 1RT3A 3V9UA 1TKXA 4AHUA 1IH7A 1DLOA 4FW2A 4Z0UA 3VQ5A 3L2RA 2W42A 3AVIA 4KKOA 5SWMA 1JL2A 4DTUA 3NFAA 3WNHA 4FZYA 2DFEA 1TAUA 4E19A 2HNDA 2VG5A 4F3OA 1RT4A 5HRSA 4Z4HA 2BE2A 1B92A 3C94A 3OYCA 4FJ5A 2X78A 2JGUA 2G8UA 4CEQA 3TAQA 3MXMA 1KSPA 5J2PA 1LV5A 4C8LA 4E89A 4Z4EA 1YTAA 5E41A 4CF0A 4FLTA 3V81A 4CIGA 3U3YA 4FJLA 3TWHA 2VWJA 4OGCA 1S1VA 4AHRA 1JLAA 2VG6A 2GV9A 4DQSA 1VSIA 3CM5A 4GVMA 5EU7A 4B9UA 4E3SA 3TAEA 4FK0A 4FJHA 3LP0A 4JRPA 4KTWA 1BISA 4HUEA 3VQAA 3G10A 3RR8A 3AO1A 1I39A 1JLQA 1SUQA 1TKZA 4R5PA 3CFRA 1L5UA 2HW3A 2AJQA 3JYTA 4M45A 2HB5A 1T7PA 4O5BA 4Q0BA 4ICLA 3TANA 3LP3A 4CF1A 4QOZB 4M3ZA 1Z25A 3HK2A 3SUNA 3V6DA 1KFSA 2PZSA 4FJXA 5I42A 1QSSA 2X74A 4CJ3A 1NOZA 4DSLA 3AVMA 4C8OA 1RDCA 4GMJB 3L2UA 1HRHA 3MXJA 3RRHA 3KK1A 2IC3A 4O0JA 3SJJA 2HHSA 1RT1A 4H4MA 4CERA 5J2QA 4C8KA 2YKMA 2A1RA 5FDLA 4NCGA 1NK0A 4CHPA 3MEDA 1DTQA 4KFBA 4PA1A 3VQQA 2P1JA 3NE6A 2RF2A 2GBZA 4FM1A 3DLRA 2FBTA 2YV0X 4IKFA 1WSJA 3HYFA 3T3FA 2R7YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C0FA 4XEIA 4LF8K 3VPZA 3I33A 3VEVA 4CEAA 5BRFA 4EZ6A 2VCPA 1BDGA 2NUBA 4DTJA 3GOIA 1GLAG 2IDOA 2QTDA 4CZHA 4WQ5A 1TKDA 3TU5A 3QB0A 3SQ2A 3LALA 2G8KA 3W3DA 3AA3A 3AVAA 4BG9A 2P9IB 4CEEA 3DJCA 4Q5VA 1S72N 4BY9C 2UUAK 4EP5A 1B9DA 3S3OA 3CJ1A 3H45C 2YCHA 3GBTA 1XWLA 4LFAK 3U9ZA 4NCBA 3KWIA 3ZEUB 1JJ2M 3LANA 2O4GA 5I3UA 2QK9A 5JS2A 5M1OA 4AH9A 3C95A 4NXNK 1TYQA 1NGJA 2BH1A 2Q3SA 3BY5A 3ENHA 3AGRA 3KK3A 2FBXA 2Z1GA 1Q81O 1ITGA 4Y1DA 1WSIA 2GTDA 4ILHA 3AVGA 3ZT2A 2KFZA 3AAQA 4OKJA 4CFBA 4E7KA 4LSNA 4A57A 1TK0A 2ATQA 4K43A 3K57A 2UXDK 4DG1A 3N4QA 1Q9YA 1IBKK 2PYJA 3EL2A 3VQCA 5EY4A 1X9SA 4OX9K 3LP1A 4GW6A 3DRRA 3RMCA 3QIPA 2WOMA 3A5NC 2ETJA 1Q8IA 1U48A 3DOLA 3DLEA 2BDPA 4U67L 4WFNL 4Z4FA 4OO1J 3G4SN 3P38A 4BWMA 1N36K 2QXFA 3KLIA 1QE1A 2XY8A 3SQ0A 4I2PA 1JLBA 4KHYA 2IVNA 5GIOA 3QESA 5FRNA 1O1WA 2QWPA 3CCUN 1YT3A 1D8YA 2IAJA 3HOSA 4GV3A 4BRLA 2HHTA 4B3OA 4A62A 1BI4B 2I5JA 3AVLA 5AQTA 3TR8A 5C2DA 4DU4A 1SKRA 1NJIO 5J1EA 3J80O 3B8AX 1QZ5A 4U7BA 1H1VA 2FSNA 4A61A 2HHWA 3O1BA 1CLQA 5BRDA 3THVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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