The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
|
sequence length |
116
|
structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
27
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| structure length |
116
|
| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LFC K; 4JI4 K; 4LFB K; 4LF5 K; 1XMQ K; 4JI1 K; 1J5E K; 4DV3 K; 4LF9 K; 4JI2 K; 4DR5 K; 5A2Q O; 1HNZ K; 2UUB K; 1HNX K; 4JV5 K; 5FLX O; 4GKK K; 5LMN K; 4X65 K; 4DR7 K; 4YHH K; 1IBM K; 4DUY K; 1N34 K; 4LF6 K; 4CW7 B; 4JYA K; 2UUC K; 1XMO K; 2UU9 K; 4B3R K; 4JI3 K; 4B3M K; 4KHP K; 4DV7 K; 2E5L K; 2UXB K; 1HNW K; 1XNR K; 2ZM6 K; 4DV0 K; 4DV1 K; 1HR0 K; 2F4V K; 1N32 K; 4DV5 K; 4LF7 K; 4DR2 K; 2UXD K; 4DR3 K; 4DV4 K; 1I94 K; 1N36 K; 4LF8 K; 4DV6 K; 4X64 K; 3J80 O; 4GKJ K; 2UXC K; 5AJ3 K; 1IBK K; 5IT9 O; 3T1H K; 4LFA K; 4X62 K; 1XNQ K; 4NXN K; 1N33 K; 4JI6 K; 2UUA K; 4DV2 K; 4NXM K; 2VQE K; 2VQF K; 5LMU K; 4JI0 K; 4JI7 K; 1FJG K; 2HHH K; 3J7Y P; 4B3T K; 4CVN E; 3JAM O; 4DUZ K; 5BR8 K; 5LL6 Z; 4JI8 K; 4OX9 K; 3OTO K; 4YY3 K; 1IBL K; 4JI5 K; 5IWA K; 4X66 K; 3T1Y K; 4LF4 K; 4DR4 K; 4DR1 K; 4V19 S; 4K0K K; 3J81 O; 4B3S K; 3J7A P; 4DR6 K; 4AQY K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3D6R A; 3E9L A; 1Q9X A; 4HTU A; 4JI2 K; 1HUX A; 1KLN A; 3A5M C; 1VSJ A; 5AQF A; 1DT9 A; 2UUB K; 4W5T A; 2ASM A; 2PFU A; 3H46 O; 1YVN A; 2Z1G A; 2A42 A; 4WQ4 A; 3IDH A; 4FWM A; 2HHT A; 4BG9 A; 4B9S A; 3CJC A; 3AVN A; 2P9S A; 1RDW X; 2HHV A; 4JYA K; 4QOZ B; 5JS2 A; 4H5W A; 1S1X A; 2Q3S A; 1KRP A; 1YTU A; 2FLO A; 1VQP N; 2UU9 K; 1K8A O; 1BL3 A; 4B3M K; 3HP6 A; 4E89 A; 1JCF A; 3NGI A; 3SUO A; 2YI1 A; 3FFI A; 3FZH A; 5E84 A; 4CEA A; 2BDP A; 3SZ2 A; 4H0O A; 3ATV A; 4FJI A; 3H3N O; 3OW2 M; 4FLZ A; 4CJP A; 1J5O A; 3CCV N; 1BU6 O; 1VSK A; 1YVU A; 1QHA A; 4BRK A; 2VG5 A; 3CYM A; 3THX A; 3QEX A; 1N36 K; 3O8M A; 4NO7 A; 4CJU A; 3VQ7 A; 2E6M A; 1HPZ A; 5LJV A; 1D8Y A; 2IS3 A; 4CFA A; 1QVF M; 1Z26 A; 1EQY A; 4FJX A; 5J2N A; 5AJ3 K; 3WNE A; 4NLB A; 4H5N A; 2D4W A; 5EXW A; 3VQ4 A; 3V81 A; 2IDO A; 3P4I A; 3ZT0 A; 2G8F A; 4JKC A; 2HBM A; 4GV9 A; 3CCJ N; 4BE0 A; 4F9O A; 5BN8 A; 4Z4I A; 3O9T A; 3WXI A; 5HL7 L; 4OX9 K; 4YDU A; 1L3V A; 4FK2 A; 3MN7 A; 3ZX0 A; 3BF1 A; 2B4J A; 2P9I A; 5I42 A; 1UAX A; 5I9E B; 3CHW A; 3LDQ A; 1ILY A; 4JD2 B; 3AO5 A; 4KKO A; 4H4O A; 4CZJ A; 4DCH A; 2O8F B; 4MQ3 A; 5AQI A; 4EP4 A; 4U67 L; 2F7T A; 1SS6 A; 3V1O A; 3AVC A; 4FPB A; 3WNH A; 3ID8 A; 2CGL A; 3V9W A; 3OS0 A; 4WFB L; 5M1F A; 2P9K B; 4B9L A; 1CLQ A; 5FRM A; 3I56 N; 3VGK A; 5AQN A; 1YTA A; 5LMN K; 2VG7 A; 3EL2 A; 3CC7 N; 2F8S A; 3LP0 A; 4N56 A; 5KQD A; 3HPO A; 5C12 A; 1BHL A; 2HBJ A; 3OBW A; 4K8X A; 4GMJ B; 4EZ9 A; 3V4I A; 1MA9 B; 3QEV A; 3OYB A; 2QWR A; 2WUS A; 4HVJ A; 4HCB A; 3GG4 A; 4CJF A; 3OYD A; 3CME N; 3NF7 A; 3O4Q A; 5TKY A; 4CIE A; 5SWM A; 3AVL A; 4AHS A; 2G8V A; 3L3V A; 3SAH A; 4CE9 A; 5AQX A; 2ZGY A; 4KHQ A; 2QWP A; 1SUQ A; 2A1S A; 4FJ5 A; 3C6A A; 2OPS A; 4F3T A; 4ISG A; 1NK7 A; 5CY4 A; 4B08 A; 3M8Q A; 5LJW A; 1NOZ A; 2YV0 X; 4EHT A; 3CQX A; 3QNO A; 1WB9 A; 2O8D A; 2VWB A; 3HSC A; 1S3X A; 3VEZ A; 4B3T K; 1N5Y A; 1UOC A; 3U4L A; 3I8D A; 4JNE A; 3O9S A; 5KGX A; 1SKW A; 2JWK A; 3QB0 A; 4CJE A; 4CEC A; 3UKR A; 4E1N A; 3K5O A; 4BRI A; 4G1Q A; 4F2R A; 4KB0 A; 3AVF A; 4DTO A; 4CCH A; 5HOO A; 4X66 K; 2HOE A; 4HHT A; 3LAL A; 5AFU A; 4YOV A; 4DR1 K; 4CJ5 A; 5CZ2 A; 1DEJ A; 2ASP A; 3J8A A; 3KVG A; 1C0T A; 1BIS A; 1UA1 A; 2P9N A; 1IJJ A; 3KK7 A; 1NK8 A; 1XMQ K; 1TGO A; 4IJN A; 1S1V A; 4CF8 A; 4CGH A; 1Z05 A; 4KRE A; 2B5J A; 5AQJ A; 3ALY A; 4M3T A; 4YOR A; 1HNX K; 1JL2 A; 4O0I A; 4YOW A; 3HOT A; 2KQ2 A; 1YF5 L; 2YHW A; 1NK6 A; 1RT6 A; 1VSM A; 3CCS N; 4JKG B; 4EAH D; 2KHO A; 2KLA A; 4LF6 K; 3B6O A; 3MCP A; 4DKW A; 4IFY A; 3CIP A; 2BUP A; 5FPM A; 1TKD A; 4B3R K; 3D2F B; 1RT5 A; 1QSY A; 2QXF A; 3KK2 A; 1TAQ A; 3SNN A; 3ULE B; 1TKX A; 2JGU A; 4DQR A; 3RMD A; 4CES A; 2QWM A; 3DJC A; 5AQR A; 4CEB A; 3PIP L; 1Q82 O; 3S3N A; 2P9P B; 4FPA A; 3K2P A; 1WSG A; 1JLC A; 4CIG A; 3OS1 A; 4DR3 K; 5CR4 A; 5BRH A; 1I94 K; 1TYQ A; 3A5O C; 3I55 N; 3SQ4 A; 2V7Y A; 3VQ8 A; 3DOK A; 4KBO A; 1QQM A; 1EX4 A; 3H08 A; 3AGR A; 3DRP A; 1Z25 A; 3WNG A; 2AA4 A; 2X78 A; 2WFB A; 5GAE P; 4CGD A; 4CGI A; 3QLH A; 4YFU A; 3L0Q A; 2GWK A; 1U48 A; 1T03 A; 1JLB A; 1YIJ N; 4FJK A; 1N33 K; 1ATS A; 1KAZ A; 3IUC A; 1VHX A; 3WXM B; 3DLH A; 4IWV A; 4FLU A; 2O8B A; 4CZF A; 1C0G A; 2JLE A; 1KQS M; 3O6W A; 3CJB A; 3QDK A; 3V9Z A; 3AA4 A; 4LC9 B; 4FJ8 A; 3KKS A; 5JVH L; 1N8R O; 4JI8 K; 4AIL C; 2HMI A; 1RIL A; 3VA3 A; 2BTF A; 3P83 D; 2P9S B; 1IBL K; 4JI5 K; 3AO1 A; 2V7Z A; 4RW7 A; 4BR0 A; 4CJ7 A; 1NOY A; 2NRX A; 4BRQ A; 4J2E A; 4KHS A; 2XY5 A; 1RBU A; 2P9L A; 4A2B A; 4EIA A; 3PO4 A; 1IG9 A; 5GAD P; 5J2M A; 3O80 A; 1TKT A; 1K73 O; 1YI2 N; 4AQY K; 2VCP A; 3K0S A; 1FXX A; 5AQY A; 4LFC K; 3V1R A; 1Q81 O; 1KTQ A; 1IO2 A; 3MX2 A; 4RW8 A; 1RT7 A; 3THX B; 4JN4 A; 5HRN A; 2VYP A; 3OHR A; 1BIU A; 1MWM A; 1TK8 A; 1NGH A; 3QER A; 4FL9 A; 1T7P A; 2OPP A; 3WQT A; 4YOY A; 3L2W A; 4U7B A; 4BDP A; 5GIO A; 2CGJ A; 3WXJ A; 3FE1 A; 1WSI A; 1DTT A; 1IBM K; 3K57 A; 4CEF A; 3C6H A; 4K8Z A; 4CJV A; 2ZD1 A; 5EX5 A; 3LPU A; 3AGK A; 4CHN A; 4BRO A; 1RDB A; 1QZ5 A; 3G10 A; 4LY7 A; 4CZE A; 1LW2 A; 1RBS A; 3OY9 A; 4F4K A; 4H5R A; 4JKD A; 4DU1 A; 1EET A; 5HRO A; 1NGI A; 5CE3 A; 1XNR K; 3H1V X; 2O4I A; 1RTD A; 2P9I B; 3PSI A; 1ESV A; 4LF7 K; 4I2P A; 2OA8 A; 4IG3 A; 3A5N C; 3I0R A; 2Q36 A; 4CJQ A; 4DTP A; 4Z4G A; 2D0C A; 3THY A; 4PQU A; 3CCM N; 4BY9 C; 4KHW A; 3EE9 A; 4K43 A; 4H8K A; 4M7X A; 1G99 A; 3BDP A; 3TR8 A; 3BZK A; 3T3F A; 1KC8 O; 3E9O A; 1RTI A; 4IO8 A; 1P90 A; 1IKX A; 4AHT A; 3CM6 A; 3TTF A; 2E6L A; 2OAN A; 4CD3 A; 2ATQ A; 4FWK A; 3VQ5 A; 3JXU A; 5C24 A; 3F73 A; 4DU4 A; 4EP5 A; 3TAN A; 4BRP A; 4HWI A; 3C65 A; 3LPT A; 2IC3 A; 5DMR A; 3OS2 A; 1BQM A; 3D45 A; 1J9A A; 4MLE A; 3JAM O; 3OYH A; 3PSF A; 2WC9 A; 4K42 A; 2G8I A; 3QET A; 4H0V B; 2XRI A; 1ASW A; 2QKB A; 4C8K A; 5IWA K; 4CEZ A; 4E19 A; 4DR4 K; 4E7H A; 4KH4 A; 2VGM A; 1WSH A; 4AM7 A; 4HUE A; 3J81 O; 1SQK A; 3LWL A; 1NK4 A; 3SV3 A; 2HHS A; 4WCE L; 3OYI A; 3NH1 A; 5DM6 L; 3ZSV A; 3WEE A; 5M1Q A; 1DGK N; 3V9S A; 5KGW A; 4E7K A; 1HNZ K; 4Z94 A; 3CFO A; 3DLB A; 3ASM A; 4DTR A; 4IEE A; 3ZSX A; 2PBD A; 4BWM A; 4FM1 A; 4BAC A; 3EZW A; 1W7A A; 2XO7 A; 5F1X A; 4WQ4 C; 3QEP A; 2WTU A; 1ZYQ A; 2ITG A; 4ISE A; 1FKP A; 1VQK N; 1MWK A; 3VN5 A; 4ZTF A; 5JLH A; 4TSX A; 1ZXO A; 1OKJ A; 2NRW A; 1YJW N; 3NCI A; 5H1S Q; 3UKR B; 2G8U A; 4ILJ A; 3O1B A; 3TPQ A; 1YJN N; 2ZM6 K; 2GBZ A; 2O4G A; 4FLT A; 3LL3 A; 1JXB A; 2I7P A; 1YUW A; 1ASV A; 4B8A B; 2UXD K; 4CBX A; 4BC4 A; 4NCB A; 4YOT A; 3CCR N; 1WBB A; 3IRX A; 2W6L A; 1J54 A; 3S3O A; 2P9N B; 2O8E B; 2ZJP L; 4IEI A; 2HVI A; 1IBK K; 4FJ9 A; 4Z0U A; 5IT9 O; 3HST B; 4NXN K; 3RWU A; 4FOI A; 3OYJ A; 4KV8 A; 4I6M A; 1RT1 A; 1SL0 A; 3FZM A; 4FVM A; 5M1P A; 4BQL A; 3PO5 A; 3KLG A; 4JRQ A; 4CVN E; 4BRE A; 5BR8 K; 3CER A; 4FK0 A; 1WSJ A; 2H3G X; 5T7B A; 3OTO K; 4YDU C; 5AQP A; 2YHX A; 5KPR A; 3CM5 A; 5BPN A; 3SPZ A; 2ETJ A; 1J53 A; 1C1C A; 3U3G A; 3SQ1 A; 4I2Q A; 1EXQ A; 3D7E O; 1BOT O; 2E20 A; 3VQP A; 4ELT A; 1JLA A; 3LP2 A; 3M1F A; 3P39 A; 1NJI O; 4CBW A; 2QA4 N; 1GLJ O; 2QM1 A; 3KD5 E; 3VF2 A; 4IDK A; 1KAY A; 4JI4 K; 4LF5 K; 3LM2 A; 3O1W A; 4FJN A; 4BRD A; 3QBX A; 2D1K A; 4DR5 K; 1TYQ B; 1JLQ A; 3NF8 A; 1EO1 A; 3L4I A; 2CH6 A; 3CI5 A; 4DG1 A; 5FLX O; 4M41 A; 2FSN A; 3Q7B A; 1I3A A; 1VSF A; 2HVH A; 3TAF A; 5AQU A; 1IV0 A; 4FW2 A; 4CZK A; 3T1A A; 2HHQ A; 4E7I A; 1X3M A; 1RCH A; 4JKB A; 5FRN A; 4PY5 A; 4IZ9 A; 4GV3 A; 1VQM N; 2O8B B; 2P51 A; 3DXM A; 2DFE A; 3KK3 A; 2GV9 A; 3BGR A; 1BCO A; 1B92 A; 1GLC G; 3G0Z A; 1X9J A; 4Z4H A; 4NYN A; 1E3M A; 3CXC M; 1B9F A; 3E1Y A; 4KTQ A; 3SBG A; 1CXU A; 4CZL A; 2OZM A; 4BVO A; 2OPR A; 4YOX A; 3DLR A; 1X9M A; 2F9T A; 3PY8 A; 3NGZ A; 3QEI A; 4OGE A; 5HP1 A; 1YT3 A; 4DV4 K; 2YHB A; 2R7Y A; 1VQN N; 1NGF A; 4X64 K; 3MXM A; 4OKK A; 2Y1J A; 3NVK A; 4KB1 A; 4O5B A; 3QIO A; 3LP3 A; 3TAG A; 3B6P A; 3HRG A; 4FWS A; 1HX1 A; 4BRL A; 2RN2 A; 1U45 A; 2O8C A; 4FJJ A; 4X62 K; 2F8T A; 3RVC A; 3THV A; 1VK0 A; 3ZEU A; 4B1Y B; 4CF2 A; 4FM2 A; 5GIN A; 1O1W A; 2X74 A; 3QFU A; 3K9K A; 3M8P A; 4CF0 A; 4DFP A; 3CMA N; 4FWN A; 2FF3 B; 3HK2 A; 4MLH A; 5CHI A; 4DLE A; 5E41 A; 1NNE A; 2F9W A; 4ILH A; 1JLE A; 3I8B A; 2E1Y A; 1NGA A; 4FWL A; 3CD6 N; 2ZF5 O; 4AF1 A; 3IMX A; 3PLA A; 4CF9 A; 2HB5 A; 2HNY A; 3J7A P; 1LWC A; 3AO2 A; 2ZQB A; 2NRH A; 1S6P A; 3MWP A; 4O0J A; 1Z6R A; 1BIZ A; 1IKW A; 5AQT A; 3HVR A; 4JI1 K; 1HKB A; 1NGC A; 3THY B; 3R9P A; 4CEO A; 4PHT X; 3SK3 A; 4F2S A; 4CER A; 4CZI A; 1NLV A; 3CCE N; 2IGI A; 2GEM A; 3DLK A; 3LZI A; 2E4L A; 4JAX A; 2P1J A; 5SZT A; 4BR7 A; 5GAG P; 1HKG A; 3JSM A; 4UQG A; 4WF9 L; 1XMO K; 4UY8 O; 3ZLJ A; 3B8A X; 3AVB A; 5AQO A; 1ZBU A; 1TK0 A; 5ADX H; 1KVB A; 3TSQ A; 3DRS A; 3NH2 A; 3MXI A; 3SPY A; 3OYM A; 5AQQ A; 4AHC A; 1N32 K; 1L5U A; 2IIR A; 2YNG A; 3GL1 A; 5EY4 A; 4CZG A; 2A1R A; 1S1W A; 1NK9 A; 1LAW A; 3D2E A; 2QKK A; 3U9Z A; 1KFD A; 1WNS A; 2PZS A; 1NM1 A; 2BH1 A; 1QE1 A; 3SMP A; 3ULD A; 3AAQ A; 2YNH A; 3MXJ A; 1YHQ N; 3CJ7 A; 1U04 A; 3T1H K; 1XNQ K; 2FBV A; 2AP1 A; 5M1K A; 3AVH A; 3KLI A; 4CEE A; 3OYN A; 1OVQ A; 4A5B A; 5C25 A; 1VQ7 N; 4O8K A; 4DTU A; 5GAH P; 3TU5 A; 5C0Y A; 2VQE K; 2VQF K; 1A5V A; 1R59 O; 5HRP A; 3P31 A; 3AVG A; 4JK8 A; 3AA5 X; 3VEX A; 3EKU A; 4O8U A; 3PV8 A; 4B9M A; 2GUP A; 4FJH A; 3PUF A; 3CQ8 A; 1NKC A; 1BDG A; 3L3U A; 3LDS A; 3K5M A; 2IVP A; 3NE6 A; 2A40 A; 4E1M A; 3AAP A; 4CFB A; 3VEW A; 3M8R A; 2AJQ A; 2HST A; 3V9X A; 3ENB A; 3LZJ A; 4H03 B; 1HJO A; 4ISF A; 2VWK A; 4ZTJ A; 3BUZ B; 4BR2 A; 1FKO A; 1TL1 A; 1BI4 A; 4JEP A; 1IG8 A; 1ZBI A; 4IO9 L; 3TAQ A; 4W5O A; 2DPN A; 5KRS A; 3CCQ N; 3A5L C; 2FC0 A; 1VQL N; 2WON A; 2YNF A; 4CK2 A; 3LP1 A; 2XHB A; 4BRN A; 2HHW A; 4L8R B; 4H5T A; 5HRR A; 2Z1J A; 4FM0 A; 2E2O A; 4A57 A; 4EFH A; 3ITH A; 4DUY K; 4CJL A; 4KAZ A; 3U6F A; 3V1Q A; 5JLF A; 3AVA A; 4CJT A; 3P1G A; 5EOY A; 3VEV A; 4DFK A; 4FW1 A; 3SCX A; 3HYF A; 4KHU A; 5F0X A; 3MN5 A; 1OH7 A; 4BR4 A; 1A5W A; 3L2R A; 2VG6 A; 1IKV A; 4N5S A; 3IS9 A; 3OYG A; 4FOE A; 1BWF O; 4IOC L; 2YHA A; 1BGX T; 3S41 A; 1Q86 O; 4DV5 K; 3O08 A; 3HOS A; 1LAV A; 2RE2 A; 1NK0 A; 5DK5 A; 1VSD A; 3KTQ A; 3ZET A; 4CGJ A; 4PKH A; 5J2P A; 5CZ1 A; 3OYE A; 3O5B A; 3KD1 E; 4MDB A; 1XHZ A; 1K8K A; 3ZSO A; 1EKE A; 3W3D A; 2UYT A; 1HNV A; 2DFH A; 2QI2 A; 3J7Z O; 3SAG A; 3O4N A; 4JKF A; 3KK1 A; 4BGA A; 3EY1 A; 4A5A A; 3CET A; 3UIQ A; 4KH6 A; 1WSF A; 4DQS A; 3AY9 A; 1U47 A; 2HNZ A; 1BCM A; 3PX0 A; 2IVO A; 4CHQ A; 4BC2 A; 3BY5 A; 3HL8 A; 3I0S A; 2OTJ N; 4DU3 A; 4XEI A; 1XHX A; 1QZ6 A; 3DXM B; 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