3CPWM

The structure of the antibiotic linezolid bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
publication title Crystal Structure of the Oxazolidinone Antibiotic Linezolid Bound to the 50S Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cpwM00
3PIPL 1M1KO 1KC8O 1K8AO 3CC7N 4WFBL 1VQ4N 2OTJN 1QVFM 3J7ZO 2ZJPL 1VQ6N 1S72N 1VQ9N 3G71N 1YJNN 5MLCQ 1VQPN 1VQON 3CMAN 5JVGL 4IOCL 2ZJRL 3G4SN 1VQNN 3CMEN 2OTLN 4WF9L 1QVGM 5HL7L 1VQ7N 4IO9L 3PIOL 3CCJN 5GAHP 1JJ2M 3CCLN 5H1SQ 1OVYA 1YJ9N 1NJIO 1VQ5N 2ZJQL 3CC2N 1VQKN 1KD1O 5DM7L 3CCMN 3CCEN 3I56N 1YJWN 1Q82O 1K73O 1YITN 4WFAL 3I55N 3CCVN 1Q86O 2QEXN 3G6EN 3CD6N 1YIJN 5GAGP 1K9MO 3CCRN 1Q7YO 1YHQN 1N8RO 3DLLL 1W2BM 1ILYA 3CCUN 3CF5L 1Q81O 2QA4N 4WFNL 4WCEL 3CXCM 3OW2M 1YI2N 5DM6L 1VQLN 3CCQN 4UY8O 1VQMN 5JVHL 3CPWM 5GAEP 1M90O 4IOAL 5GADP 3CCSN 1VQ8N 3CC4N 4U67L 1KQSM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KWGA 4JKGA 4CJ5A 5GINA 4KPYA 4FM0A 5HP1A 4PHTX 1L3TA 2QK9A 4WQ5A 4WFBL 3O1BA 4WE1A 3THXB 4YY3K 3ISNC 3TAQA 2UXCK 3IRXA 4RTFD 2QWRA 3WNGA 4UQGA 2ZD1A 4O5FA 5AFUH 1DT9A 2RHKA 2VWBA 4CGHA 1SUQA 5MLCQ 2FBYA 4BREA 1B92A 4M7YA 1GLDG 3PO5A 4O8KA 4GV9A 2NLXA 3HM8A 5HLFA 2O8EB 4OLBA 4NCBA 3HTVA 4KI6A 4H03B 3CCLN 4FJHA 3CFOA 4B3SK 2P9NB 5C12A 4ZTJA 1KAYA 5AZJB 4FWKA 4PL7A 1A5WA 2HF3A 5M1NA 3DRSA 2YNFA 2P9SA 2QWNA 3E9PA 4BRKA 3I56N 1JLBA 5BR9A 1BQMA 1S3XA 3VEZA 1Q86O 1BIZA 3CIPA 3DLKA 3C94A 3CCRN 1J5EK 1GLLO 3AVFA 1XWLA 4QCLA 3I8DA 1TKZA 2QWPA 4NB4A 3P38A 3D2FA 3WNHA 2Q31A 3O08A 3VEWA 1T8EA 3QERA 4RW7A 3VF6A 3H45C 3NF6A 3K58A 4DF8A 2G8FA 3CCQN 4E89A 2E2QA 1M90O 3KLHA 4EZ6A 3TAGA 1OH6A 1S1UA 1Q8IA 1VSHA 1NGBA 4BR9A 3NDKA 4CJLA 4CW7B 1QE1A 3TSUA 3DI6A 3CG7A 4B1YB 4YOUA 1T3VA 5GIPA 2CGLA 5AQIA 1C0FA 3ZSRA 4H4OA 3UKRA 4PUOA 1HPZA 2BANA 4B9MA 4LC9B 1P8ZA 4DR3K 1I39A 2UUCK 2KZZA 3WXMB 1NK8A 3AV9A 3KK3A 5HBMA 3B6PA 4H0VB 4KTQA 2Z1GA 2QM1A 3OYAA 4RW6A 4IO8A 2FLOA 2F9TA 1KAZA 5LMUK 1TYQA 4FYDA 3ZCMA 3O6WA 3QBXA 2WC9A 4Z0UA 4JN4A 3ZETB 4CHNA 2DTUA 2CH6A 4AILC 1U04A 4CJ3A 3HBTA 2P9IB 5K14A 3EZ5A 2W41A 3IKMA 3NBPA 4PY5A 5J2MA 1NOZA 2GTDA 4O55A 4JI4K 4E0DA 3CJCA 3MN7A 3P83D 2P9UA 4MFBA 1C0GA 3FZMA 4HWIA 3OYFA 1N34K 2HBLA 3ITHA 2OPQA 4EZ9A 1WN7A 3LDNA 5DK5A 4JKBA 4Z4CA 2OZMA 1JKHA 4BY9C 3OS0A 2E1YA 3SAFA 4CJTA 1EWRA 3VEXA 2D4WA 4C8KA 3CCVN 4V19S 1J6ZA 5KPTA 1N33K 1XNRK 4O5BA 3U4LA 4M42A 1NMNA 3UKUB 4H5WA 5M1OA 4M7XA 4KH6A 4FZXC 4H5RA 1DLOA 4B9NA 2ETJA 1QQOA 4BWJA 3WEEB 4CEDA 3WQUA 4BVPA 2PFUA 4YDUC 3NVMA 4N76A 4CGGA 3S3NA 4O4GA 3ASMA 2KHOA 4CJVA 4E3SA 4FLWA 1GLJO 4H0TB 3WXLA 4H5VA 2RN2A 4W5NA 4KAZA 2ZGZA 5ADXA 4DF4A 4FWPA 3DLBA 1J9AA 1UOCA 1IKYA 1YT3A 1NKEA 3LWMA 4CBXA 3SQ2A 4M3ZA 4DR5K 2YKMA 4I7FA 5T7BA 4DTNA 4E7IA 4I2PA 1NKCA 3O3GA 3OBWA 3DWLA 4A5AA 4H8KA 3QDKA 4E7HA 4J2DA 1HX1A 5AQFA 2X6SA 5BRDA 2YKNA 5EX5A 4KHQA 4CZHA 3S3MA 1VSFA 3VQEA 3G71N 3S9HA 4JEPA 4O0JA 3V4IA 3AO4A 1U2VB 1T05A 3AA2A 2VWJA 1B9FA 3OJSA 2X78A 2P9PB 1RBTA 3H3NO 2Q97A 1XUPO 4LF9K 1ZYQA 1RTDA 3QBWA 5H1SQ 1NJIO 4CZEA 1HYSA 3DXMA 1VQ5N 2YNHA 2YV0X 2PAVA 4KV8A 4J2BA 4BVOA 4JKHA 2AA4A 4JLHA 2JWLA 3ZSXA 2QW9A 1EWQA 3DYAA 4WFAL 2OYQA 1ATRA 1VSEA 3VF4A 2QXLA 2HB5A 1WSEA 2HHQA 5GAGP 5JMVA 3D2EA 2E1ZA 4QAGA 1ASVA 3AVNA 1WBDA 3OYEA 4CESA 4M45A 3QNNA 5HRSA 5A2QO 4GV3A 3C6AA 3OYMA 5BN9A 4CFCA 2G8VA 3PX0A 3M3ZA 3H46O 4QS7A 1MWKA 3D6RA 3FFKB 3J80O 1QQCA 4KO0A 3VA0A 3EE8A 3H1VX 1KVCA 2ZGYA 4F2RA 3VTHA 1E3MA 1H1VA 3HT3A 4B3MK 1EETA 3L8BA 4H0OA 2HF4A 3QEVA 2G8KA 1JLFA 4DR1K 1Q9XA 1VSIA 3IS9A 4NCGA 3AY9A 3AA5X 5KGWA 4J8FA 4CJ7A 4FOEA 4BRQA 3T69A 5EXWA 2ASPA 4BGAA 2PYLA 4M3XA 2EX3A 1IV0A 4FJMA 5AQRA 3CQYA 3D45A 4AM6A 4Z4EA 4FW2A 2ITMA 2I7NA 4YHHK 2GUIA 1O13A 4KTWA 4AQYK 4FJGA 4YNQA 3HPOA 4AHRA 3PX6A 3THWA 1OKJA 3IMXA 4OVLA 4NXMK 1YJNN 3KKSA 1CLQA 1VQON 4DV1K 4KI4A 3CMAN 1HNZK 2NRHA 2YHBA 4PKGA 1BISA 4CHYA 3BP8A 4CE9A 1WAFA 4BRNA 1Z26A 3F73A 1RTJA 1P90A 4KKOA 1ZXOA 3CJ1A 3LZIA 1ATNA 1DKGD 2ATQA 3T7ZA 3PUFA 3NF8A 3J8AA 3J7AP 3BDPA 1N36K 2JLEA 2UU9K 3MCAB 1HUXA 3THXA 4DQIA 4M3UA 2QWMA 1JLQA 3ENHA 4BE0A 1BUPA 1HQUA 1C0MA 4DTSA 3C6HA 4MO4A 2ITGA 2V7ZA 1FKPA 3ZSOA 3FR0A 1NBWA 4FJNA 3NH2A 4JRQA 2OCEA 3SCXA 1OH5A 1IH7A 3TAMA 3CQXA 3MEGA 5BPLA 4ELUA 4BDPA 3CM6A 4K8XA 1NM1A 3D7EO 5BPMA 1GLFO 3V1RA 2QA4N 4CD3A 5FROA 2KKZA 3KLIA 2O8EA 4LF7K 2VGNA 4BE2A 3OTOK 4DR6K 4XEIA 4FL9A 3N4QA 1BQNA 2P9NA 3KKRA 4A59A 4F4KA 1GOBA 1GOCA 5AZJA 5C25A 5FDLA 5AQHA 3UIQA 1K8AO 5KQ8A 3L6QA 2D1KA 4IOXA 5AQUA 1JLCA 1QSYA 1N5YA 2O8BB 3A5LC 1MDUB 1BA1A 2R7YA 1Z05A 2IVNA 3M8QA 3MX2A 3ZT1A 4LF5K 3AVJA 3MN5A 5J2PA 3WXKA 4FPBA 4RCHA 4LF6K 1LW0A 3TSQA 1XQSC 4AHVA 3AVIA 1RDBA 1NLVA 4Z94A 2BGGA 1HJOA 4L3QA 2GEMA 2PYJA 1C0UA 4NXNK 1WSJA 3PLAA 4FWOA 2JWKA 3CJ7A 4O8UA 5AQXA 3V1QA 3ZX0A 4CZMA 1SV5A 5SWMA 1TK5A 3ALYA 4CF2A 4DKWA 1TUUA 2A42A 2FBXA 4FSVA 4C23A 2HVHA 3VQPA 3BUZB 3F9MA 2GV9A 1JJ2M 4FWQA 3HYFA 3R9PA 3RMCA 3ZSWA 3U3GA 3CC2N 2DFEA 1VQKN 2RPIA 2VG6A 3KD5E 4B8CA 3MN9A 3SI6A 1BU6O 2GUPA 2NRRA 5ADXH 3BZCA 1BI4B 3I55N 4K25A 2QEXN 1NJWA 4GNIA 3QB0A 4DV5K 4YDUA 4KB1A 1ZBUA 2HHVA 4GV6A 1Q18A 1N8RO 5F0XA 2KFNA 3W3DA 4KTZA 4DHYA 1ILYA 3CCUN 3LM9A 5CZ1A 3CF5L 3C0BA 3ZETA 4EFHA 1S6PA 1TAQA 3WXJA 4DU1A 4BRIA 2P9IA 3MAQA 4Y1DA 3AARA 1C1AA 2HNDA 4JKDA 4RW9A 1XI1A 4CEOA 4FVUA 4ISGA 3RRGA 4OKEA 1NJZA 2YCHA 1NGJA 3QEPA 4A2BA 2Q1NA 1GLEG 4WYBA 4XH1A 3VQBA 3PIPL 3CJ9A 2NRVA 3L0QA 2ZWHA 4GKJK 4DCHA 5D3GA 3SJJA 5HOOA 3EE9A 3H3OB 4BRPA 2G8UA 4A62A 3GE1A 1GLAG 4DFKA 3UKUA 1N6QA 1TKDA 3IG1A 1WBBA 4GMJB 1YXQA 3QICA 4B9TA 2HHUA 2ZJPL 4W5TA 4XH4A 4M3TA 4IWVA 3C6UA 3ZYYX 4CIEA 3MXJA 5TKWA 3ZX2A 3WEEA 3T19A 4IFVA 3EKUA 3VETA 4FLTA 2O8CB 4DUYK 4H0XB 3O4QA 1O1WA 4DSJA 1U47A 4NCAA 1XC9A 1I94K 1X9JA 3MEEA 2VG5A 3O9SA 5KRTA 1TAUA 4JKCA 4CERA 3TAPA 1QVGM 2UYTA 1VSDA 2HHHK 4CHOA 4OPJA 2A6AA 4FJXA 3O80A 4OGEA 3OJUA 4CGDA 4X65K 2PBDA 5AZIB 1W0HA 3VQDA 5JS2A 3TR8A 2D0OA 3O9TA 4DV4K 3L4IA 1F21A 4DFPA 3OYNA 3HJFA 1VHXA 3CCEN 3VQ4A 4ID5A 3SBTA 1CZBA 4JYAK 4QS9A 4Q5VA 3JS6A 4Z4GA 3DM2A 4K42A 4JS4A 1S9GA 3C65A 3MWPA 4CZKA 4PA1A 2X6NA 4CHQA 3DLLL 2FXUA 1SKWA 3OBYA 1U2VA 5C2DA 4OKJA 2VG7A 3LWLA 4AH9A 2P9PA 3CFPA 3SMPA 5EU7A 4M41A 4WFNL 1NU0A 2VWKA 4LSNA 4CVNE 2P51A 3BZKA 3PX4A 3DXKB 4M3RA 4IJAA 5GAEP 4IFYA 4C1NI 4K43A 1YVUA 4CZGA 1TK8A 1IBMK 5J2NA 1RBRA 1NMDA 3Q7BA 4WQ4C 3QFPA 4IDKA 1NOYA 3AO1A 4CJRA 4EHTA 5CR4A 3NHGA 5FPEA 3CC7N 4DU3A 1HYZA 1GOAA 3L2UA 2XHBA 3JSMA 3K59A 4CZIA 4K0KK 1VSJA 2O4GA 3DRPA 1Z6RA 3KVGA 4MDBA 3ULEB 4AM7A 3VENA 4HTUA 4F3TA 4DLEA 3K9JA 4DQ8A 4FLUA 2NRXA 3QMLA 2D0AA 4JI8K 2P9KB 3I33A 1LWEA 2HW3A 1X9MA 1REVA 4HCBA 1VQ7N 3SPZA 1EP4A 5AQMA 5FPNA 1D9DA 1XHZA 3M6GA 2HMPA 2A41A 3M8SA 4BROA 4GVMA 2B5JA 3VQ9A 3L3VA 2RE2A 4JD2B 1G15A 2FSKA 3THYB 4KH4A 2OPRA 4ZTFA 1ZBIA 3AGKA 4PQUA 1YAGA 4IKFA 2KLAA 2D0BA 4U7BA 2Q36A 2ASOA 3LDPA 5B8HA 3DJCA 3HI0A 4L8RB 1K9MO 1CXUA 4FWMA 4J2AA 3ZSQA 3GG4A 4E7JA 4JK8A 3SV3A 3VN5A 4IXCA 1LAVA 3M1FA 2F9WA 1JCFA 3HPHA 4CEBA 4CFDA 3L2WA 5AQJA 4N56A 4CK3A 4I6MB 4M3WA 3ID8A 1QQMA 2HHSA 3CCSN 1EQYA 1ZBHA 3SZ2A 5FLXO 1VK0A 4YFUA 1A5VA 2G8IA 1K6YA 3VPZA 4ZHRA 4CCHA 5FRNA 3L2VA 2HBJA 3ZSZA 3R3LA 3JYTA 4B9LA 2D0PA 3KZBA 2AJQA 1BA0A 3P39A 5JLHA 1FW6A 4DMNA 3GOIA 4CBWA 1KVAA 3U9ZA 4R79A 3TU5A 2IDOA 3QO9A 3LP3A 1RDUA 4B1VA 3LDQA 4B3OA 4CHPA 1V4SA 3LPUA 4GKKK 4C8MA 2BUPA 3HL8A 3IUCA 3ZLJA 5M1QA 1LAWA 1QSLA 3SJHA 3H1QA 3VQAA 4B9SA 4BR4A 2QI2A 3ZT2A 1HNVA 1HMVA 3CM5A 3NGYA 4DB3A 4WF9L 4DLGA 5HL7L 3BY5A 2CGJA 5M1PA 3RMBA 4CJPA 4CEZA 3TTCA 5LY3A 1YJ9N 3PSIA 1YUWA 3KK7A 1HJRA 3AO3A 1OH7A 2O8BA 5CE3A 4ILGB 5HRNA 3O5BA 2YHXA 2XY6A 2W6KA 3LDLA 3MCPA 3K57A 3QEWA 1IBLK 2AP1A 4DV2K 3T1YK 2FC0A 4YORA 1YJWN 2F8TA 3VOVA 4W5QA 1RT1A 1SKSA 1BCOA 4BRMA 3FGUA 1S1XA 3C6TA 3OYCA 1U49A 3P1GA 4AHUA 5AQSA 1VRUA 4FK0A 4N47A 3G0ZA 4OPAA 3CYMA 3NF9A 1CZAN 3HVRA 1JXEA 1WAJA 2W6LA 3PY8A 1Q81O 2NRTA 3KD1E 5DM6L 1VQLN 3M5RA 3DMJA 2YHAA 4BG9A 4CF1A 4C8LA 3E01A 5CY4A 1NJXA 4JK7A 4B1UB 4IG3A 2O8FB 2E5LK 2GELA 1NGEA 1XMQK 2NRZA 2Q3SA 3BGRA 3L4QA 2X74A 3VA3A 4KHSA 2JGUA 4JHDB 1BI4A 4BDZA 4JKFA 3J81O 4DSFA 2G8WA 5J1EA 5HRRA 1QVFM 4C8NA 4DTPA 1RT5A 1TKXA 3TAFA 3A0IX 1TVRA 3RWUA 4ICLA 3LANA 3SAHA 4HUFA 1SQKA 5KI6A 2E2NA 4E19A 1BWFO 4A5BA 1NK0A 1GLBG 2VYPA 4ILHA 4BGBA 2Z1JA 1KTQA 4DQSA 1LOTB 4H4MA 4ISFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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