3CPWM

The structure of the antibiotic linezolid bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
publication title Crystal Structure of the Oxazolidinone Antibiotic Linezolid Bound to the 50S Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cpwM00
1S72N 2OTJN 2ZJRL 3CC2N 1VQNN 3CMAN 1KC8O 1Q81O 3DLLL 5GAEP 4WCEL 3PIPL 5GAGP 1NJIO 4UY8O 1YJWN 1M1KO 1M90O 3CPWM 4U67L 1KQSM 1YITN 1KD1O 3PIOL 5GADP 4WFAL 3CCSN 3OW2M 2QEXN 3CCEN 1VQ6N 1VQON 3J7ZO 1K9MO 2OTLN 1W2BM 3CC7N 1QVGM 1Q86O 3CXCM 3I55N 1YIJN 1YJNN 3CMEN 3G6EN 4WF9L 4IO9L 3CD6N 1VQLN 3CCJN 3CCQN 4IOAL 1VQ9N 1N8RO 3G4SN 1OVYA 3CCMN 3I56N 1YI2N 3CCVN 5MLCQ 5GAHP 4WFBL 3G71N 1ILYA 1VQKN 1Q7YO 1YHQN 1VQ8N 1QVFM 3CF5L 3CCRN 2ZJQL 5HL7L 1YJ9N 1Q82O 2ZJPL 2QA4N 3CCUN 5DM6L 1VQMN 1VQ4N 1JJ2M 5DM7L 4WFNL 1VQ5N 5H1SQ 3CCLN 1K73O 3CC4N 5JVHL 4IOCL 1VQPN 5JVGL 1K8AO 1VQ7N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3S3MA 1WLJA 3EE9A 1QS4A 1U45A 5F0XA 2O8BA 4H5NA 4CECA 3BZCA 4E1JA 1W97L 4ILJA 1S6QA 5HRPA 2H3GX 4JI2K 3WEEB 4YNQA 4M7YA 5BRFA 1YTUA 3ASMA 3CG7A 1UOCA 3L2WA 5FROA 2P1JA 4CJPA 2HVHA 3CJCA 4CJEA 3HZ6A 5AQYA 2QXLA 4JI8K 5JMVA 4IDKA 4AHRA 4PHTX 4NB4A 2JGUA 1SKRA 4QOZB 3OA9A 1TKTA 4B3SK 1WSJA 1A5VA 3PO5A 4C23A 4KAZA 1N36K 1LV5A 4LFBK 2P9UA 2QI2A 2YV0X 4CZJA 4AM6A 3EO3A 4KH5A 3UKRA 3AVIA 4WYBA 4FLZA 1V4SA 3GG4A 1Q9YA 1JL1A 5I9EB 3C0BA 1HNXK 2A1SA 4PA1A 2KZMA 2FSKA 2NZTA 1BDGA 3VEOA 4E19A 2G8HA 4FM0A 1TK8A 3M8PA 2YNIA 1NJXA 4K8XA 3THVA 4BRLA 2IAJA 5AZJA 4PWDA 1S5JA 3DLBA 4BGAA 1GLDG 3F2KA 3CM5A 2O8EA 3MXIA 2HHVA 3C7NB 4DU3A 4JKGA 3QICA 4OX9K 3L4QA 5KGWA 2B5JA 3NVMA 4N56A 3LP3A 3CCRN 5J2NA 4KHYA 3WT0A 2BH1A 4B9MA 4TSXA 1H1VA 1D5AA 5AQVA 3NH0A 4DV4K 4LF7K 5LL6Z 2YHWA 4GV9A 4BG9A 4DS5A 5AQQA 2BUPA 3OBWA 5CE3A 4PUOA 1NGIA 3HPGA 4K43A 3K59A 1RDBA 3OYNA 3ATUA 2XY6A 4GKJK 1KFDA 3MDQA 1VSDA 1NJYA 5JVGL 1TK5A 2W41A 1L3TA 3PX0A 5FPNA 3KLGA 4B1UB 4MQ3A 2DTUA 3S3NA 1QHTA 3CERA 5C24A 1YTAA 3T7ZA 4FWNA 2ZJRL 4BY9C 5GIPA 4OGCA 4DQ8A 1HYVA 4FPAA 3ZT1A 2YKNA 2Q1NA 1RT5A 5JICA 1ZC6A 1S1VA 4BQZA 4F3OA 2Z1GA 1S1TA 5FRNA 4JNEA 1IKWA 4KV8A 4FM1A 4YOVA 4OO1J 3I0RA 3P31A 1OH6A 1XHXA 3JSMA 3M3ZA 5GADP 3KLEA 2ZM6K 1SS6A 3A5OC 2HMPA 3AO1A 3RMAA 1W9HA 2HF3A 3CCEN 4ISGA 5BRDA 1MWKA 3KD5E 1IBLK 3MMVA 3ISNC 3H3OB 2P9KA 2X6NA 3OYIA 3NE6A 3R9PA 1WUAA 3AGKA 2BE2A 4LF5K 3I55N 3D2EB 4JI1K 2O8CB 1BISA 4C8MA 2D0AA 2F96A 2FSNA 1ZBLA 3SV3A 2NNWA 1IKXA 3LDPA 1XWLA 4DU1A 4XEIA 3D6RA 1RDAA 3SUOA 2E8AA 4DLEA 1HJRA 3E9PA 2G8FA 3ZEUA 4JEPA 4NXMK 2QXFA 3AAPA 4Y1CA 3O4NA 3L2VA 2OZSA 1QQCA 2ZJQL 1HUXA 4A5BA 4AH9A 2WOMA 2P9PA 4DQQA 5FPDA 3UIQA 5C2DA 3EKSA 5J2MA 4CD1A 1X3MA 3MEEA 1P90A 2YNGA 1VSLA 3TSPA 4HUEA 2OPSA 3OS1A 4I6MB 3K0SA 3H6EA 2KQ2A 1Z26A 2DFFA 4FOIA 3UKRB 3TAPA 1EO1A 3CPEA 3WQTA 1E4GT 3THYA 2VCPA 4FJKA 4KI6A 5J1EA 5GINA 4CJTA 1BQNA 2WUSA 3L8BA 5TKWA 2UUBK 4B3MK 2HF4A 1QQOA 5GIOA 3VQ5A 3IMXA 2YCHA 1W7AA 3CI5A 5B8HA 4CD3A 1LWCA 1NMNA 5A2QO 5AZJB 4ISEA 2F8TA 4IJAA 3VGMA 4A2AA 4FW2A 3QESA 2D5RA 3O3GA 3FLCO 1WBDA 3AGRA 1IG8A 2OYQA 2FF6A 1C1AA 3OTOK 3V9XA 4DSLA 3J7ZO 2VWJA 3SQ1A 2IVPA 4RW8A 3AO2A 3M5RA 1VSKA 4DR3K 3ZETA 4JI4K 4CE9A 4FVMA 2G8WA 3LM9A 2G8KA 3AVAA 1NG9A 4Z4IA 3SMSA 5JLHA 4IO9L 3NGZA 3D7EO 4OPJA 4E7HA 4DR4K 2E20A 1C0GA 2P9LA 1HR0K 1DTTA 1ZBHA 4IG3A 3QO9A 3H3NO 1RT6A 3NHGA 4FWLA 3HTVA 1HKCA 4DUZK 4NCGA 4RWTA 3QB0A 3G71N 3OY9A 3P1GA 3K5NA 1VSMA 3J7YP 2QWMA 3ZT3A 4F9OA 4G9ZA 1TL3A 1SL1A 4FLTA 4AQYK 1VQ4N 4BVOA 2F9TA 3RRGA 2B4JA 4K25A 3R1XA 2GTDA 1IKVA 3OHRA 4CBWA 3V9SA 4AILC 5IT9O 4IOCL 3THWB 2GV9A 2HHHK 1VQ7N 1WN7A 2NUBA 3QFPA 3TSQA 1NK6A 4FM2A 5KQDA 3A8YA 4YOYA 2YNFA 3VF6A 2A41A 4BRMA 2E88A 3BEXA 3R3LA 3NH1A 3CJBA 4IDHA 3SUPA 2P5GA 3DLKA 2YHXA 3DLLL 3OYAA 1YXQA 3VF2A 3NF8A 2WONA 4CF8A 3VESA 4YOXA 5AJ3K 3P4IA 5TKYA 4BRIA 4Z4GA 3ULEA 2XRIA 3L3VA 3I8DA 1T44A 4DB3A 1X9WA 4DR6K 4R5PA 3H08A 3CJAA 3ZSXA 2P9PB 4FJ7A 3VF4A 1CZBA 3KWIA 1I39A 4JHDA 4BROA 3ZT2A 3A5MC 3CD6N 3DRPA 5AQRA 2ZQBA 4JLHA 3CETA 3BP8A 4GMJB 3S9HA 5AQJA 2CGJA 5CZ2A 5LMUK 4B8AB 1HX1A 3TAEA 3PX4A 1JCFA 5HBMA 2Y1JA 3THYB 4DTNA 4MO5A 2EHGA 3ZSRA 3V9ZA 3LWLA 1LAVA 4IFEA 2HMIA 4J2EA 3DLHA 4KHPK 3WEEA 1RT1A 1L3VA 3KKRA 1HKBA 4CEBA 1NKCA 4B9LA 2BTFA 1RDCA 1BHLA 4W5OA 1NGEA 2G8VA 4KHNA 4LH5A 1K73O 2O8FA 1QE1A 5M1OA 5CY4A 3UE5A 4JN4A 3A0IX 4N5SA 1BIUA 4B08A 2QWNA 3LPUA 4IBNA 5KPTA 4JI7K 3TAQA 4N76A 4NO7A 3BF1A 3C95A 3VQ7A 4FLVA 1YAGA 1DKGD 1CZ9A 3NDKA 3VEVA 3O80A 4EAHD 1WSIA 3G0ZA 4LFAK 2W6KA 3VEYA 3QEWA 1NJIO 4O4GA 2HHQA 4CF2A 2BANA 4QS8A 1KQSM 3IUCA 4B9SA 1G15A 4BRAA 4K0KK 1NGAA 1NM1A 3OW2M 3U9ZA 2GWKA 2VQEK 2KHOA 3C7NA 3K9KA 2P9IB 5EOYA 1QVGM 2EX3A 3RR8A 3QIOA 4V19S 2YKMA 4CJQA 1VSFA 2QWOA 4AHTA 1IBKK 2E2NA 3KHYA 3VA0A 4OLBA 1EKEA 4IOXA 4O55A 3IKMA 3SMPA 5KPZA 1DGKN 5FPEA 3MX5A 1FK9A 2HNDA 3QEVA 1K6YA 4CJLA 4C8NA 5AQMA 3PY8A 4ILGB 5BREA 3JYTA 3DLRA 4BRGA 5ELZA 1S3XA 3UKUA 1EQYA 4FJNA 1JXBA 1ATSA 4DV6K 4GV3A 4BR0A 1BIZA 4FLWA 2HW3A 4BRFA 4CIEA 5DMRA 1EETA 2AA4A 4ICLA 2NRZA 4MFBA 3CF5L 2GWJA 1G99A 3L6QA 3FZMA 5DM6L 3TARA 3LDOA 4JI0K 4DV5K 4AM7A 3SNNA 1XHZA 4PKIA 5AZIA 3SJHA 2B6AA 2PFUA 1RT3A 1O13A 5H1SQ 1XI1A 3ULEB 3SCXA 1LWEA 5BPNA 3SAFA 4DV2K 1VSIA 4HUFA 3NF7A 4CFBA 3FZKA 4JI5K 4CZLA 1SZ2A 3NF9A 4CIFA 2E6LA 3CJ9A 4CJFA 3C6HA 4JV5K 1NNEA 4O5BA 3LAMA 3D2EA 2E2OA 2O8CA 1HYZA 3U3YA 2X74A 3NMUA 4YY3K 2E2QA 4M3XA 1Q9XA 5GAGP 1BCMA 1UAXA 4BR4A 2HVIA 1M90O 5BRHA 4U67L 4DTMA 3NBPA 3AVBA 3L2RA 3U4LA 3EN9A 2V7ZA 3CCSN 5K14A 3MXMA 1VQ6N 4DTRA 1NK7A 1VQON 3LP1A 4Z4EA 1I3AA 3EL2A 2RE2A 1RFQA 2DFEA 3U9DA 4O0IA 4CZGA 4W5TA 1RBUA 3TAFA 5KGXA 1RBVA 3W3DA 1EX4A 3C6UA 3V1OA 3G6EN 4LF4K 1BA1A 2ZGYA 3K9JA 5AQNA 3MN9A 2O8FB 3BZKA 4FJGA 1BU6O 3G4SN 4N41A 4IEEA 2NRHA 5CYQA 5I3UA 4I6MA 1RDDA 4BG8A 4YFUA 5GAHP 3QNOA 4CJ5A 4Q0BA 3VQCA 4XIUA 1C6VA 4LC9B 3MCPA 4NYFA 4BRQA 3VN5A 4M3WA 2RHKA 3WNHA 1QSLA 1FKOA 3QERA 3RWUA 3HPOA 3OYHA 2QKBA 3MN6A 4EFHA 4IZ9A 2XY5A 2YHAA 3QETA 4FJHA 4F3TA 4Z0UA 4DMNA 3U3GA 1MWMA 4Y0WA 4GNIA 4CFCA 4EHTA 4BVPA 5FPMA 4DQIA 1N33K 2DY4A 4LY7A 3O1WA 3P5JA 3N4QA 3HL8A 4A5AA 3OYBA 3HK2A 3SUQA 1QQMA 4QAGA 3AVGA 5HRRA 3WNFA 5JVHL 2KFZA 4ID1A 4NYNA 4B1XB 2E4LA 2KFNA 4HTUA 3D45A 4FJ5A 3FZLA 4CHZA 3C6TA 3O9UA 3O3FA 3AVFA 4JKFA 1RBRA 4JI3K 4OPAA 2FSJA 4YOUA 4CF1A 4BC5A 1X3NA 3QBXA 4AHVA 4G1QA 3AVJA 3VQAA 4FJMA 1JKHA 4CHQA 4DKWA 4HCBA 3E66A 2HHXA 1RTHA 2IDOA 2G8UA 4KHUA 4CK2A 2HNZA 5AQIA 3HI0A 1ASVA 3N4PA 3OYJA 4ZTFA 4DQSA 1HPMA 2JWLA 4CJSA 1U4BA 3BY5A 4JK8A 3UKUB 1YITN 5C10A 2V52B 3UB5A 1TKXA 2P9NA 2XY8A 4NXNK 3ZSYA 1TYQB 3EZWA 3RMCA 5AQGA 3SQ2A 1Z6RA 3QDKA 4B3OA 4H5VA 3ID8A 1S1WA 1VAZA 1KLNA 4CCHA 3VOVA 3ZX3A 4DR5K 1ZBFA 2GEMA 5AZIB 3WXKA 2NLXA 3T3FA 3I33A 4JKDA 1U48A 4YOTA 3AAQA 3VQEA 4DSIA 4M3ZA 4OKKA 3AVNA 3KLIA 2WBNA 5SWMA 2HBKA 5KI6A 3CCVN 4H0YB 4X62K 3O1BA 2VWKA 3THWA 2Z1HA 3GL1A 4ELTA 2ASMA 4KI4A 1X1PA 3QEIA 1TUUA 1C0FA 1F21A 3B8AX 3VEXA 1LW0A 1D9DA 4O44A 1ILYA 3SBGA 2HHUA 4YORA 4M3YA 4CGIA 2P9SA 4X64K 4FOEA 4X65K 3O5BA 2HHTA 5HROA 4CEDA 1SKSA 5KRTA 3OJUA 4BRKA 4DQPA 1XC9A 5AQTA 4F4KA 4KREA 3ZX2A 4DU4A 2BGGA 1RNHA 5AQWA 2ATQA 3TSUA 2PYJA 2VGNA 3TTFA 3QBWA 3LL3A 3OYDA 4MO4A 4CI6A 1QZ5A 4H0OA 3SPYA 3V1QA 4KH6A 3GOIA 4FVUA 3E01A 3CIPA 1HNZK 1SUQA 2FLOA 5EVZA 1KTQA 4LH4A 4FCYA 5BPLA 4E0DA 3F9KA 4O5FA 4CF9A 1X9JA 1IO2A 3ZSOA 4CEEA 1UWBA 4DTOA 4KHQA 2QEXN 3MXJA 4C8LA 4DSEA 1RCHA 2QTDA 3O08A 4J2DA 4GVEA 4YOWA 3DYAA 4LF8K 1GOBA 2XHBA 1XNQK 1S22A 3NCIA 4A62A 3QEPA 1YJNN 3MN5A 3V6DA 2OPQA 4FWQA 4M3RA 3ITHA 1NK4A 1HYSA 4F2SA 4CJUA 3AO4A 4E7KA 3QEXA 2ZGZA 3O9QA 4H8KA 3K57A 4RW7A 4BR5A 1T8EA 1YUWA 2E1YA 3KLFA 3A2FA 4CJWA 3P39A 1N34K 1DTQA 4CGHA 1OVYA 1Q8IA 3CCMN 2HOEA 3SUNA 4E3SA 2F8SA 1U49A 3KLHA 2ITMA 2O8DA 3IRXA 4L8RB 4I2QA 1YHQN 4KH4A 3P38A 2UU9K 5I42A 1T03A 4WQ4A 1S9EA 4CEFA 1YF5L 1SKWA 4RCHA 1Q82O 4CZHA 3CCUN 3Q7CA 4BWJA 2Z1JA 2XY7A 4BC4A 3OS2A 1TKDA 5F1XA 2CH6A 3OYFA 3AO3A 2E2PA 5AQOA 2UXBK 4FK2A 2P9NB 1ATRA 3CCLN 5AQXA 3AO5A 3LDLA 3CQXA 1B92A 3H45C 4CVNE 3DJCA 1CZAN 3HO1A 3KK2A 4DV3K 2P9IA 4BR7A 3SJJA 2KZZA 1ZBSA 3EE8A 4FLUA 3TAMA 3VQPA 4WQ5A 1VQNN 4NLCA 3KTQA 3H46O 1BOTO 4FJIA 1RT4A 4FZXC 4Z4FA 4FWSA 3DAWA 1TKZA 3F9MA 3PIPL 4ELUA 3A5NC 3RVCA 1ITGA 3IFRA 2V7YA 4DSJA 2Q31A 4W5QA 4X66K 1NGHA 1B9DA 4M42A 4BRDA 5KPRA 1NOYA 2EWSA 4J2AA 3SQ4A 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 2CGL A;  3VQQ A;  1NBW A;  4JS4 A;  4WCE L;  4DTS A;  1U2V B;  1NGB A;  5KQ8 A;  4FZZ A;  4CGJ A;  1QTM A;  4BE1 A;  3QNN A;  3V81 A;  1T6C A;  3PIO L;  4FJ8 A;  2QWP A;  3V9U A;  3CJ1 A;  4E1N A;  2F4V K;  1KXP A;  4RG8 A;  3LP2 A;  1BG3 A;  5AR0 A;  4KKO A;  3RSE A;  2KKZ A;  3VGL A;  2YHY A;  1NK8 A;  2F9W A;  3CME N;  4H0P A;  4C1N I;  4DSK A;  4EZ9 A;  5M1F A;  4JAX A;  4M41 A;  1QHA A;  3J7A P;  3HM9 A;  1YVU A;  2UXC K;  1WBB A;  1KAY A;  2QWL A;  1JXE A;  1X9S A;  3MED A;  4BDP A;  3E9O A;  1VQK N;  3EEQ A;  2KTQ A;  2VG7 A;  4FK4 A;  3BGR A;  4LF9 K;  4ILH A;  1JL2 A;  3WNE A;  4E89 A;  4JHD B;  1KAZ A;  4H5T A;  1I94 K;  4U7B A;  1VQ5 N;  5FRM A;  1ASU A;  2D0C A;  2UUA K;  1TUY A;  2A40 A;  1TAQ A;  1QSY A;  1QSS A;  3D2F B;  2KLA A;  2NRX A;  1IBM K;  4YDU A;  3VTI A;  1XC3 A;  2HST A;  2UUC K;  4OJR A;  4CHN A;  2A6A A;  2GUI A;  1C0M A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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