1T6DA

Miras phasing of the aquifex aeolicus ppx/gppa phosphatase: crystal structure of the type ii variant
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
303
structure length
302
Chain Sequence
IMRVASIDIGSYSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERMKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVMVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDLIVSDWGLREGVLVSEMLKEN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural characterization of the stringent response related exopolyphosphatase/guanosine pentaphosphate phosphohydrolase protein family
pubmed doi rcsb
molecule keywords exopolyphosphatase
molecule tags Hydrolase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 103
structure length 302
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2004-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1t6dA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 1t6dA02
3QB0A 1ZXOA 3MDQA 5AQFA 3UB5A 2A42A 4EHTA 3GDQA 1XQSC 4FWMA 2I7PA 3MK6A 4BRFA 4CI6A 5BPMA 2YJFA 3BF3A 2BTFA 3IFRA 2W40A 1J6ZA 3AY9A 5BPLA 1S22A 3BP8A 3ZX0A 3CETA 3IDHA 4FWQA 3R9PA 5BN9A 3FE1A 1RDWX 5BRHA 5EVZA 3M6GA 4FOEA 2QWPA 2P9LB 3FZKA 1DGKN 4Z94A 1V4SA 2PAVA 3TPQA 3U8XA 2GWKA 3VF2A 3VEZA 4BR0A 2GTDA 2ASMA 1RGIA 5AQKA 2NZTA 4DQ8A 3ZETA 1JCFA 3ZEUA 4XH1A 4GNIA 4O5FA 4CZFA 4FWOA 1BOTO 2IVPA 3A5NC 3MMVA 1HPMA 1YXQA 3IUCA 4EAHD 2YHYA 4BRMA 3RSEB 3EO3A 2FSNA 1ATNA 1QZ5A 3H1QA 3B8AX 3VERA 3EKSA 2P9KB 1EQYA 2CGLA 2V51B 3BF1A 5FPNA 1H1VA 3VEWA 5AQVA 3DJCA 4BC2A 4WYBA 3KVGA 4NO7A 4MLEA 5ADXH 3SMSA 4MLHA 3AAQA 1GLAG 5JICA 1CZAN 1Y64A 2KHOA 2E2QA 3VOVA 3J8AA 2P9PB 1T6DA 4BRPA 3EL2A 3H1VX 3MN6A 5AFUH 3GL1A 1Q18A 5AQNA 1HLUA 3RSEA 5LJWA 3VENA 4CBXA 3M1FA 5BREA 4CZGA 1E4GT 3VGMA 2EWSA 3DXKA 5BRDA 2HOEA 2IVNA 1P8ZA 2P9KA 4JD2B 5F1XA 1NMDA 2QW9A 3WXIA 5AQRA 2E1YA 4PKHA 5EX5A 4RWTA 4DB3A 1GLEG 1MDUB 1BG3A 4BRQA 4M63C 3QFUA 4WQ4C 4XH4A 5AR0A 1BO5O 4QS7A 1NGHA 1HKGA 1SQKA 1XC3A 2P9PA 4K43A 2A41A 2Q31A 3LDNA 5AQPA 2GUPA 1NGFA 2Q1NA 1NGBA 4DHYA 2WUSA 5AQGA 4WQ5C 1X3NA 4CZEA 3MN9A 1NM1A 2E8AA 3TU5A 2D0PA 2A5XA 1OKJA 3FR0A 3I8BA 1NGJA 3WXJA 5KPZA 5AQSA 1NLVA 3FZMA 4JD2A 2J4RA 3ZETB 3VF4A 3A8YA 3CJCA 2OANA 2FXUA 2QWMA 3MN5A 4RCHA 4BRGA 3UKUB 4B1ZA 4CBWA 3DAWA 4CZMA 3L0QA 4BR2A 4M7XA 1KAZA 4BR4A 4ISFA 3H45C 1G99A 3QICA 1T6CA 4O8KA 3ULEA 4PL7A 4FO0A 4BC5A 4BGAA 2E2OA 4RTFD 5AQTA 5AZIA 3LDLA 3WUHA 2QWRA 2ITMA 3HTVA 4B1XB 4BVPA 1QZ6A 2FSJA 2IVOA 2YHWA 4FOIA 1K8KA 3UKRA 4CBUA 1U2VB 4ISGA 3ENOA 5EXWA 5KPRA 1TUUA 3WQTA 4EIAA 2DPNA 1BU6O 3KHYA 4CZKA 5F0XA 2P9IA 3UKUA 4BG9A 3CJ7A 4MO4A 1WOQA 1LCUA 3MCPA 3VESA 1GLDG 2D1KA 1NGEA 3P4IA 4HWIA 5E26A 4M7YA 4XH5A 2ZF5O 4BG8A 2HF3A 4H5NA 3AAPA 1NWKA 3DXKB 4GY2B 5AQUA 1C0GA 4BC3A 5E84A 3O08A 5CE3A 3ATUA 2E20A 5AQMA 4EHUA 1QHAA 4FL9A 2GEMA 1V4TA 3A0IX 4BREA 3VETA 5FPDA 3CIPA 5AQQA 3D7EO 1U2VA 2W41A 3EKUA 3C0BA 3FLCO 2YI1A 4FPAA 3R6MA 3BUZB 4BRHA 1IJJA 3LDPA 1GLFO 2PBDA 4A2BA 1LOTB 5AQYA 3O5BA 3CJ1A 4CZLA 2UYTA 4FWNA 1D4XA 1Z05A 1BDGA 1TYQA 2E88A 4BQLA 5AQIA 4Y0WA 2F9TA 4FSVA 4H0PA 2ASPA 3CQYA 4YDUA 1ATSA 4BRDA 2IIRA 1YAGA 3MN7A 1NGDA 4FWLA 2VYPA 2VCPA 5AQZA 4A2AA 2AA4A 5FPMA 3GG4A 4DCHA 2NRHA 4H5TA 3EN9A 1MWKA 4IJAA 1GLBG 3SK3A 1BA1A 3H3NO 3KZBA 1QQOA 4IJNA 2CH5A 4CZHA 1WUAA 1NGAA 3L4IA 1S3XA 3HBTA 3QFPA 3WXKA 4AM7A 3CJAA 4XEIA 5EOYA 4BRNA 3BEXA 1YVNA 3H3OB 2ZGZA 5JLHA 5AQOA 3ULEB 4K41A 1X9JA 1ZBSA 2CGKA 1QQMA 4BR5A 5AZIB 4PL8A 4BGBA 2H3GX 3ATVA 2D4WA 1TUYA 3C7NA 1HKCA 2YHXA 1K8KB 3WEEA 3UKRB 4CJ7A 4K42A 4BR9A 4C23A 4BROA 3LDOA 3VGLA 3WXLA 4IXCA 2YCHA 4K25A 3H6EA 4H5WA 1MA9B 5KPTA 4FPBA 1DKGD 1KAYA 2GWJA 2P9IB 1HJOA 1KAXA 3HM8A 1SZ2A 4JHDB 4I6MA 5BRFA 3VEOA 1NGGA 4H5RA 4CZIA 3CERA 2V7YA 4BRAA 5BR9A 2QXLA 4L3QA 1NBWA 1BUPA 3FZHA 2FF6A 2D0OA 2HMPA 3HSCA 5JMVA 5FPEA 3W3DA 4FWRA 3GOIA 2VWBA 4QS9A 3VPZA 3ZX2A 3IMXA 1QQNA 3DXMA 4ISEA 2V52B 2A40A 4IZ9A 4PKGA 4H0XB 2CH6A 2QM1A 3VEVA 4H5VA 1XUPO 1T44A 1HUXA 3U9ZA 3I33A 2AP1A 4BVOA 5BPNA 1C0FA 2ZWHA 3JXUA 3VGKA 5ADXA 4JHDA 4BRCA 3W0LA 1R59O 4H0VB 4BC4A 4BRKA 3EZWA 4BRIA 4HTLA 2FSKA 4FWSA 1IG8A 3S41A 4CD3A 3CJBA 3VEYA 2P9NB 3QMLA 4BRLA 1TYQB 2QWOA 4FWKA 4H0TB 3GE1A 4QS8A 4F9OA 4LC9B 2BUPA 5AZJB 3QBWA 2FF3B 4AM6A 5AFUA 3FGUA 2P9UA 1GLLO 3LDQA 3D2EA 4H0YB 3WT0A 3UE5A 3O6WA 2F9WA 1NGCA 3ZX3A 1U6ZA 4B1VA 5AQJA 1RFQA 3A5LC 2NLXA 5AQWA 3F9MA 1BA0A 4JAXA 1Z6RA 5ELZA 3D2FB 1YUWA 2P9SB 3VF6A 4CD1A 2HF4A 4IO8A 4A61A 3CQXA 2E2NA 3O80A 2P9LA 1HKBA 4JNEA 4E1JA 2E2PA 2P9NA 3O1WA 1SAZA 3ENHA 3C7NB 4JN4A 3HI0A 1BWFO 3WEEB 2QWQA 5AZJA 3FFKB 3FZLA 3SMPA 3HZ6A 3QDKA 4BQZA 1X3MA 4B9QA 1E4FT 2A6AA 3A5OC 3CJ9A 4FWPA 3DWLA 1JCGA 5EY4A 5LY3A 3L6QA 2Q2RA 3LM2A 4EFHA 5TKYA 4B1UB 3LM9A 4WQ4A 5F2RA 5JLFA 4I6MB 3GBTA 3LL3A 2ASOA 3O4WA 4IWVA 4WQ5A 3D2FA 4B1WB 3R8EA 1JCEA 1HX1A 2P9SA 3U4LA 3G25A 4YDUC 1ZC6A 2A3ZA 2CGJA 4NB4A 2YJEA 3SLCA 4B1YB 1DEJA 4MO5A 3QBXA 3DXMB 5AQXA 2V7ZA 3O1BA 1ATRA 2Q0RA 2QWNA 1NGIA 3A5MC 3FZFA 2ZGYA 4J8FA 5AQLA 4BR7A 3O8MA 5I9EB 3CI5A 1KXPA 4H0OA 5KQ8A 3OHRA 4PKIA 4KBOA 4CZJA 2Q36A 3AARA 5KQDA 2QWLA 2I7NA 2Q0UA 1GLCG 4A62A 3WQUA 1GLJO 2FLOA 5B8HA 3M3ZA 4H03B 3VEXA 5AQHA 1ESVA 5BN8A 5LJVA 2GELA 3U9DA 3H46O 1MWMA 3ID8A 3SJHA 3ZEUB 2Q97A 3JS6A 2E1ZA 2P9UB 3CHWA 3D2EB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CF8A 3MDQA 5AQFA 5M1NA 3GDQA 4ILGB 3BDPA 3NVMA 2BANA 1RTDA 3AVCA 3I55N 3ZX0A 3IDHA 3K5OA 4CEFA 4Z4GA 2HHVA 4CGDA 1RDWX 4DV5K 4GKJK 2QWPA 4LH4A 2G8IA 3OS2A 4NYNA 3MEEA 1VRUA 2O4IA 1RGIA 4C1NI 1FW6A 1O1WA 4Y1CA 1WLJA 4JI1K 4GNIA 4JRPA 3DMJA 1HPMA 4KH4A 4A59A 1NJZA 4IOCL 2FSNA 5C2DA 3LANA 4JS5A 3I0SA 3H1QA 4DLEA 2CGLA 2ZQBA 1NK9A 3P5JA 1H1VA 4DTUA 2YHBA 3DJCA 1EKEA 1RBTA 1NK7A 4CJPA 3L3UA 4FLZA 3KVGA 4NO7A 5ADXH 1YHQN 4FJNA 4MLHA 1HPZA 3AAQA 3HOSA 4CF0A 3TAPA 2R7YA 3AVGA 4NCAA 4FVMA 2HHTA 3VQ8A 5AQNA 1RCHA 4KAZA 1J53A 2JWKA 3OYJA 4CBXA 1TGOA 3M1FA 5BREA 3ZT1A 1E4GT 3VGMA 4YOXA 5BRDA 1HYZA 4KTWA 4WCEL 1P8ZA 3CM6A 1KQSM 4JD2B 5F1XA 1QSLA 5AQRA 1RT7A 3VQDA 4DUYK 4CEAA 3PIOL 3VQ9A 3AV9A 4FJ5A 1GOCA 3OBYA 1XHXA 3QESA 4DB3A 2LSNA 1NKEA 1FKPA 1VSEA 3LDNA 4FLWA 1WAFA 1RT5A 1NGBA 4DHYA 5AQGA 4WQ5C 1X3NA 4CF9A 4B08A 1VSKA 2WTUA 2D0PA 2A5XA 4AHTA 3K59A 1VQKN 5KPZA 4J2AA 3BY5A 4JD2A 2D0BA 1QVFM 3T3FA 3ZETB 2WOMA 3ENBA 4IFVA 4E7LA 2OANA 2FXUA 4RCHA 5HRRA 3CFPA 4BRGA 2PYLA 4B1ZA 3ZT3A 3AVKA 4EZ9A 1VQ6N 4JK7A 4J2DA 4M7XA 3ALYA 3RMAA 2O8CB 3H45C 3B6OA 3QICA 4B9VA 5J2NA 4CEDA 4FJGA 4DQIA 4OGCA 3LDLA 4IG3A 3MCAB 3HTVA 4YNQA 2YHWA 2IVOA 4FOIA 1J54A 1GOAA 1S5JA 1R0AA 1IV0A 1QE1A 3OYDA 1X9MA 4MFBA 4CBUA 1XNQK 4PQUA 5C24A 4IDKA 1U2VB 5EXWA 5KPRA 1NK8A 1TUUA 3O4QA 1BU6O 3KHYA 3R3LA 2QKKA 3RRHA 2Q3SA 1WOQA 4CJUA 1NGEA 3P4IA 4I9QA 1A5VA 4CJWA 1C6VA 4FLYA 3QO9A 4MDBA 2O8CA 4AHCA 3ZT2A 1NWKA 4ILHA 1C0GA 1HQUA 4FJJA 3QEWA 1T7PA 1HNVA 5AQMA 4FL9A 1IH7A 2VG6A 1TKZA 4DU1A 4B3RK 1EX4A 4E1MA 1XC9A 2ETJA 3SAFA 1TK8A 1U2VA 2DFHA 4FK4A 1QVGM 4CJRA 3R6MA 4BRHA 1GLFO 4A2BA 3CJ1A 2XY7A 1XI1A 4FWNA 4CHYA 3LPUA 5CZ2A 2JGUA 4BQLA 2E88A 5CYQA 3LP2A 4DKWA 1VQMN 3DRPA 1L3TA 4A5AA 4DS4A 4FJ9A 4M3TA 4BRDA 4M42A 2VGMA 2OPQA 1JLCA 4FWLA 3V1OA 3NAEA 3N4QA 1EWRA 2AA4A 2YX6A 4DR1K 3G0ZA 4JKGB 4K8XA 4IJAA 1YTAA 3KIOA 2ZE2A 1BA1A 3SK3A 3KZBA 1Q81O 1S3XA 3HBTA 4OPAA 3BEXA 2HHHK 1LWCA 4DG1A 1F21A 3ULEB 3PSIA 1X9JA 2CGKA 4BR5A 4DSEA 4PL8A 3J7ZO 1CXUA 3QEVA 3HRGA 3KLHA 3UKRB 4N47A 4BE0A 4CJ7A 3SJJA 4DTSA 5K14A 3THWA 2YCHA 4UY8O 2NRRA 3H6EA 1DKGD 4C8LA 4BWJA 3NGZA 3F5TA 4DF8A 1SL1A 3VEOA 1NGGA 3THYB 5BR9A 2QXLA 3LWLA 1NBWA 2FF6A 4PA1A 4PY5A 1VQ7N 5FPEA 3RRGA 2G8HA 3GOIA 2HNDA 4B8CA 2OZSA 4QS9A 1VAZA 3MWPA 1RDCA 3E9LA 3ZX2A 3IMXA 3M8SA 2NRTA 1BI4B 2V52B 3NVKA 3ZSYA 2CH6A 4PUOA 2QM1A 3CCJN 1VSFA 4E0DA 1X1PA 1IBLK 3MX2A 4DTXA 1HUXA 1VSIA 1J9AA 3I33A 2X6SA 4MQ3A 5BPNA 4M41A 4B9NA 3DLRA 2HHUA 1OVQA 1SL0A 5ADXA 3OYEA 1S1XA 3ZSRA 3KKRA 4FLTA 1SV5A 5J2PA 3S41A 1DTQA 3AVJA 3QMLA 1QSYA 4FJ7A 4BWMA 2F4VK 4LY7A 2UUBK 5AZJB 4CK1A 4L8RB 4CESA 5GIPA 3E9OA 2P51A 4H8KA 3M8RA 3CCRN 1U49A 4B1VA 1KC8O 3NGIA 3THXB 4OKEA 1NK6A 2XY5A 4X64K 4ID1A 4DF4A 2O8EA 1S1UA 5FLXO 3V6DA 2E6MA 2DFEA 4ELUA 1KVCA 3VF6A 5D3GA 4HTUA 4CJLA 4A61A 3CQXA 5CZ1A 3BGRA 3TABA 4KV8A 4JNEA 1N6QA 2E5LK 1OVYA 2E2PA 3C7NB 3WEEB 5AZJA 2Z1GA 3O9TA 1N34K 4BQZA 5MLCQ 2QXFA 3CJ9A 3A5OC 1IBKK 3DWLA 5LY3A 2VG7A 5FRMA 3LM9A 4WQ4A 4DWIA 4I6MB 4X66K 4BDPA 3LL3A 3PX6A 1RDUA 3TSUA 3PSFA 4C8MA 4M3ZA 1HNIA 4B1WB 3R8EA 4OPJA 1C1CA 3G25A 1KFSA 3P83D 4B1YB 1DEJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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