1T6DA

Miras phasing of the aquifex aeolicus ppx/gppa phosphatase: crystal structure of the type ii variant
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
303
structure length
302
Chain Sequence
b'IMRVASIDIGSYSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERMKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVMVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDLIVSDWGLREGVLVSEMLKEN'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural characterization of the stringent response related exopolyphosphatase/guanosine pentaphosphate phosphohydrolase protein family
pubmed doi rcsb
molecule keywords exopolyphosphatase
source organism Aquifex aeolicus
molecule tags Hydrolase
total genus 103
structure length 302
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2004-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1t6dA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 1t6dA02
1NMDA 4WQ5A 2V51B 1ATNA 1QZ5A 1JCGA 5BPNA 3QBWA 1ATRA 3CJ7A 2P9UB 3ZX2A 2A40A 4WQ4A 4FWKA 1DKGD 2CGLA 2QW9A 3HZ6A 4JN4A 4BC4A 3VEZA 3GOIA 1GLDG 3C0BA 4K25A 3C7NB 5AQKA 1ATSA 1ESVA 3LDNA 4DHYA 3ID8A 4C23A 3A5LC 3VETA 2ZF5O 5LJVA 3HM8A 4ISEA 4IWVA 5EXWA 5AQTA 2E2QA 2DPNA 2VWBA 2IVNA 2QWRA 2YHXA 1GLEG 1BG3A 3ZETB 2BUPA 5AQRA 4EAHD 4YDUC 3A5MC 2PAVA 2YJFA 3S41A 4B1XB 3FFKB 1U2VB 4Z94A 3DJCA 3MN7A 5AQUA 4H03B 3VERA 3B8AX 4K43A 4AM7A 1J6ZA 2FXUA 3BF3A 2HOEA 3F9MA 4MO5A 2CH5A 5FPNA 2FF3B 4BC5A 5KPRA 4FWRA 1GLLO 3VESA 4RTFD 3FE1A 4CD1A 4EIAA 4HWIA 3H3OB 3LM2A 1NGIA 3O08A 3GG4A 5AQSA 3O8MA 3A5OC 4JHDB 2PBDA 3FZKA 2VCPA 4BR7A 1EQYA 4CBXA 4FWSA 4CZKA 2E1YA 4BRHA 2P9KB 3CQYA 3VGLA 4PKHA 3DXKB 3H46O 4CZJA 1DGKN 2Q0RA 3GDQA 1SAZA 1BA0A 1HKCA 4MLHA 4BQLA 4A62A 1WOQA 1S22A 2VYPA 4I6MA 1BDGA 2H3GX 1T6CA 3GE1A 3A0IX 2ZGZA 4ISFA 1MA9B 5AQMA 1C0GA 2GWKA 3VF4A 3KZBA 2GELA 2Q2RA 5F2RA 5FPMA 2D4WA 1BUPA 1ZC6A 3R6MA 5KPTA 1MWMA 2YCHA 3WXLA 2AP1A 4FSVA 4E1JA 4H0OA 3VEYA 2D0OA 4I6MB 3VEOA 4CZFA 3MMVA 5BRFA 3DAWA 3M3ZA 3LDQA 4LC9B 1QHAA 3MDQA 2D0PA 4B1YB 2V7YA 1BO5O 4BGBA 3WT0A 1OKJA 3ULEA 4BR0A 3O5BA 2FSNA 3MCPA 1U6ZA 2HF3A 4CZHA 1BU6O 3VPZA 4H0VB 4L3QA 4BG8A 4BQZA 3KHYA 2QWQA 3R9PA 2P9UA 3CETA 3TU5A 4FWLA 5I9EB 3BUZB 2NRHA 5CE3A 5AZJA 2V52B 1NBWA 3AY9A 5AZIA 3L0QA 1XC3A 1XQSC 1GLAG 4K41A 2CGJA 2GTDA 1T44A 5KQ8A 2V7ZA 1NGJA 3FZHA 1WUAA 3LDLA 3HI0A 4IJNA 3ZETA 3CJCA 4CZLA 2E2PA 3TPQA 5BREA 2P9NA 4H5VA 1NWKA 4XH5A 1QQMA 1U2VA 5AZJB 3AAQA 1NM1A 4CZIA 1GLBG 2A42A 2P9SB 1HKBA 4H0XB 4NB4A 5AZIB 3O4WA 1G99A 3FZMA 5AQFA 5TKYA 2GEMA 3LM9A 5EOYA 3D2FA 2QM1A 1Y64A 4JHDA 4H0PA 4BR4A 4KBOA 1YUWA 3U9ZA 1TYQA 1S3XA 3SMSA 4BC3A 2CH6A 2P9KA 5AQWA 3SLCA 2P9NB 2EWSA 3DXKA 4IZ9A 4DB3A 5ADXH 4CJ7A 2Q0UA 3DXMA 2ZWHA 5EVZA 4BG9A 3VOVA 3H3NO 2NLXA 3AAPA 2BTFA 3O80A 1YVNA 3CERA 3LL3A 5AQQA 1JCFA 3D2FB 2QWLA 1KAZA 4AM6A 5EY4A 2QWNA 1TYQB 2J4RA 4WQ5C 5KQDA 4BRGA 3MK6A 2OANA 3CJ1A 4XH4A 3W0LA 4M63C 5F0XA 4WQ4C 3BF1A 2IIRA 4BRQA 3DXMB 4DCHA 3U8XA 4FWMA 1X9JA 3D7EO 4H5NA 1RDWX 3VGMA 3H45C 5JLFA 3ENOA 2A6AA 3VEWA 3EZWA 4BRNA 1HKGA 3I8BA 4XEIA 4BROA 4F9OA 3R8EA 3A5NC 3GL1A 5BPMA 4FWPA 5AQVA 1SZ2A 3LDOA 1NGBA 3J8AA 3BEXA 3QDKA 2KHOA 5ADXA 2A3ZA 4FOEA 3ENHA 4CZGA 1NGFA 5JICA 3ZX0A 2YHWA 4EHTA 4PL7A 2ASOA 5FPEA 3WUHA 4BREA 4H5RA 2A41A 1D4XA 3HBTA 3EKSA 3O1WA 3QFPA 4CBUA 2CGKA 4FO0A 4PKIA 4DQ8A 5B8HA 4IO8A 2FSKA 4BRMA 4O8KA 3WXKA 4H5WA 2QXLA 3SMPA 2Q97A 4BRLA 5BRDA 3SJHA 5AQPA 3EO3A 1X3MA 2I7NA 3OHRA 3WQUA 2W40A 3CIPA 3CI5A 1LOTB 3WEEA 2ASPA 3CHWA 5AQNA 5BRHA 4BVPA 2P9SA 3W3DA 3HSCA 4GY2B 3UKUA 3QBXA 4FWQA 5BPLA 1KXPA 3FZFA 3EL2A 4PL8A 3H1VX 3HTVA 3M6GA 1H1VA 1P8ZA 2YJEA 1Q18A 1TUUA 1K8KB 5JLHA 3LDPA 1KAYA 5E84A 2A5XA 4HTLA 3WEEB 4QS8A 1Z6RA 3DWLA 1RGIA 1NLVA 4XH1A 4CZMA 2ZGYA 3I33A 4O5FA 1BA1A 2P9LA 3UKUB 3QB0A 4MLEA 3ATUA 3FR0A 5AR0A 4RCHA 2Q36A 4H0TB 1X3NA 3RSEB 3L6QA 3BP8A 1HJOA 1NGAA 4BRIA 5AQJA 3EN9A 5AQOA 1KAXA 3D2EA 2F9TA 4Y0WA 3WXIA 4BRAA 3H1QA 5EX5A 2ASMA 2E2OA 3O1BA 3WXJA 5FPDA 1BOTO 4JD2B 3MN9A 3UKRA 2P9LB 3M1FA 3A8YA 2P9IA 2NZTA 2QWMA 3GBTA 2QWPA 1IG8A 2F9WA 4H0YB 1E4GT 2GWJA 1YAGA 5AQXA 4BRDA 4WYBA 5JMVA 3ZX3A 2IVPA 2YHYA 4EHUA 1JCEA 4A2BA 5AQZA 4RWTA 1NGHA 3FZLA 4QS9A 1R59O 5E26A 4BR2A 2IVOA 3D2EB 4BC2A 3VEXA 1HUXA 4M7XA 2FF6A 4BRCA 2E8AA 3IFRA 4FL9A 1NGDA 4NO7A 5AFUH 1HX1A 4EFHA 1V4SA 3UKRB 3ZEUA 4H5TA 1E4FT 3CJBA 3MN6A 2P9IB 4IJAA 3JS6A 1HPMA 3G25A 1ZBSA 1HLUA 2FSJA 3QICA 1Z05A 2WUSA 1ZXOA 2E20A 3VF2A 4PKGA 2GUPA 1GLFO 3IDHA 3IUCA 4GNIA 4A2AA 4JAXA 4K42A 1RFQA 4MO4A 5AQYA 4FOIA 2QWOA 3ATVA 5AQIA 4BR5A 4B1ZA 2AA4A 2E2NA 3UE5A 1IJJA 4QS7A 2W41A 3P4IA 3ZEUB 4FWOA 4FWNA 4CBWA 5BR9A 1QQNA 3FGUA 4CZEA 4IXCA 1C0FA 2HF4A 3WQTA 4BRPA 2D1KA 4A61A 4FPAA 3CJ9A 1TUYA 4FPBA 5AQGA 1NGEA 4BR9A 5LY3A 4B1WB 5LJWA 2E1ZA 1NGCA 2E88A 3QFUA 2P9PA 3JXUA 3L4IA 1MWKA 3H6EA 1K8KA 1YXQA 4J8FA 4BVOA 5AFUA 3EKUA 3IMXA 3U9DA 3VF6A 1XUPO 4BRFA 3FLCO 2YI1A 1QQOA 4ISGA 1GLJO 3AARA 3U4LA 4CD3A 4B1UB 1CZAN 2Q1NA 2ITMA 3SK3A 5KPZA 2I7PA 1T6DA 1GLCG 1DEJA 2FLOA 2P9PB 2UYTA 3RSEA 5F1XA 3CQXA 4YDUA 1NGGA 1LCUA 3VEVA 4BGAA 4JNEA 5AQLA 3CJAA 3VGKA 1V4TA 5BN8A 3MN5A 5AQHA 3O6WA 1BWFO 3QMLA 1SQKA 3C7NA 1MDUB 2Q31A 1QZ6A 4CI6A 4JD2A 3ULEB 4B1VA 2HMPA 3VENA 5BN9A 3UB5A 5ELZA 4BRKA 4M7YA 3KVGA 4B9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DSFA 4AHCA 1ATNA 3D0PA 3CJ7A 4PWDA 3HZ6A 3U3GA 3OJSA 1ZYQA 3C7NB 1ESVA 4FJIA 4DHYA 4C23A 3A5LC 4E7JA 5LJVA 1NK4A 2YHXA 1FKPA 4O44A 4DUYK 3MXMA 4PA1A 5AQRA 1T7PA 4RW8A 4EAHD 4YDUC 1QTMA 1EETA 4DR5K 3MN7A 1J6ZA 3M5RA 4MO5A 3KLHA 3NMUA 4CGHA 1TAUA 4KH4A 1HQUA 3MXIA 1GLLO 5M1QA 4M3TA 3HP6A 4CD1A 3SYZA 4JKBA 4HWIA 3P39A 3LM2A 3GG4A 3T1YK 4FK0A 4CBXA 5HROA 1HQEA 5CR4A 3PV8A 1WBDA 4HTUA 4BRHA 5M1OA 3CQYA 2QKKA 4C8LA 3VGLA 4CHZA 4EP5A 4WFAL 2KFNA 4FM1A 4ILJA 1S1XA 4CGIA 1T8EA 4KFBA 1NK6A 4B9UA 4A62A 1RTIA 1JXBA 2VYPA 1BISA 3V4IA 1C0TA 1RT7A 3GE1A 5AQMA 3CPEA 5JVGL 3KZBA 2Q2RA 1OVYA 2UUAK 4DTSA 3VTIA 5TKWA 3AVLA 5C10A 1RBUA 1TKTA 3PX6A 3THYB 1LWEA 1ZC6A 3ALYA 2YCHA 1X9WA 1WSFA 2AP1A 4FSVA 4E1JA 3TANA 3AGRA 3VEYA 1TL3A 3KD1E 3SV4A 4FVUA 4AQYK 4GV3A 1VAZA 3RMBA 4CIFA 3RMDA 4DMNA 3LP2A 4HCBA 4R79A 5JVHL 3BZCA 4ELTA 1IBKK 3ULEA 1CZ9A 1RBSA 4CIEA 4BR0A 3O5BA 3KLGA 3ZSRA 4CF1A 4ID1A 1KRPA 2FSNA 3MCPA 4LF6K 1U6ZA 1BU6O 2W6KA 4H0VB 1BQMA 4Y1DA 4Q0BA 4CJFA 4GW6A 1WSEA 3WNFA 4CE9A 5I9EB 3BUZB 3MECA 4FZXC 1Z25A 3NH0A 4WCEL 4FJGA 5CY4A 1LW2A 3JAMO 4O5BA 2E6MA 2WONA 4HVJA 1WUAA 3LDLA 3CCMN 3OYNA 3CPWM 3CJCA 4CFBA 4XIUA 2E2PA 5BREA 2IOCA 4CHPA 1U2VA 3NGIA 3SQ0A 1J9AA 1VSFA 1GLBG 4H0XB 5AZIB 3T3FA 5DMRA 4KHYA 4JK7A 3R3LA 3AGKA 3I55N 5EOYA 1IV0A 2KZMA 1NOYA 4FLTA 1W7AA 5C0YA 4W5RA 1ZBHA 1C1BA 5AQWA 4DQRA 4O0IA 5ADXH 4CJ7A 4DSKA 1RNHA 3DXMA 2ZD1A 4OPHA 3ZSYA 4ID5A 3NCIA 3TABA 3OTOK 4R5PA 3AAPA 3HOTA 4LSNA 4FLWA 3D2FB 1KAZA 3ZT3A 4GVMA 5AJ3K 1B9FA 1A5VA 3DLGA 1JLGA 5LMUK 4CJ3A 1RCHA 1XMOK 1TK5A 4IOAL 4A5AA 2QWNA 3HO1A 4BRGA 3CJ1A 3W0LA 3OJUA 1L3UA 4WQ4C 2IIRA 4H5NA 4CJ5A 5JLFA 3ENOA 3U6FA 3VEWA 1ILYA 3LZIA 1VQ8N 3G0ZA 3SUQA 5I3UA 3A5NC 4WF9L 4AILC 3CQ8A 3OA9A 5AQVA 3HYFA 3OY9A 1NGBA 3J8AA 5C2FA 4B8CA 4CZGA 2BE2A 3F9KA 5JICA 3ZX0A 2KLAA 3V9XA 2ASOA 3P1GA 2KFZA 3V9SA 3CCRN 4F2RA 4LSLA 3HBTA 3SJJA 1Q9XA 4CBUA 3C94A 4PHTX 3SAHA 1OH8A 2XY7A 2FSKA 1DLOA 4IOXA 1Z26A 4O8KA 4M3ZA 2QEXN 3SJHA 1QSYA 4CEBA 2HBLA 4KHNA 4IG0A 3TSPA 1LOTB 4DUZK 3CHWA 3CCQN 1HYVA 1NK8A 1RILA 3LAMA 4F4KA 1NJIO 4DR6K 4GY2B 3KD5E 1KXPA 4CEFA 4PUOA 3M6GA 1H1VA 3SZ2A 2YJEA 3J7AP 4J2BA 2FBTA 4JI6K 1K8KB 3AVIA 2GUIA 3SCXA 1KQSM 3WEEB 4QS8A 1JL2A 1ASWA 3DWLA 4B9VA 1RGIA 4YOTA 2YHBA 4FW2A 3ASMA 1A5WA 3I33A 3P31A 3OYMA 4KPYA 4IDHA 4CVNE 3V9ZA 1VSJA 5J1EA 3SQ4A 4H0TB 1YTUA 3VQ7A 1EO1A 3OS2A 2P5OA 4IFEA 4BRIA 5AQJA 5AQOA 4JK9A 3WXIA 3O4NA 4CFAA 2QK9A 3O3FA 2ZE2A 4N5SA 3N4PA 3WXJA 3TWHA 3FFIA 5FPDA 4FLVA 1TK0A 2O8FA 4F8RA 3MN9A 1HNVA 2P9LB 3M1FA 1D5AA 4OX9K 2QWPA 3CYMA 1A5XA 4DU1A 4CJEA 2GWJA 3BZKA 2O8CB 3LP3A 4EHUA 2O8BA 3PO4A 3OYEA 1W2BM 1SL2A 2ZM6K 2IVOA 3D2EB 4KI6A 4BC2A 3VEXA 4M7XA 1ASUA 2E8AA 3IFRA 5A2QO 3SUNA 1HX1A 1ZBIA 3UKRB 3IKMA 2VG5A 4DFJA 3ZSQA 3VQDA 2HMIA 4Z4IA 1ZBSA 5C2DA 3THWA 4G9ZA 4DQQA 1RT4A 1WB9A 4A2AA 4LF5K 4JAXA 4GKJK 2VGMA 3J80O 3AO1A 3DLKA 1CXQA 3QERA 4AHUA 4ZTFA 1IJJA 2ITGA 3ZEUB 1HYSA 3THVA 1S9GA 4H4OA 4E89A 3MEEA 1QQCA 4J2AA 5AQGA 1NGEA 4BR9A 4C8OA 4E7HA 1NGCA 3C6HA 4OGEA 4X62K 4F3TA 1BI4A 2BH1A 3QFUA 2P9PA 2HVIA 3VQ8A 1MWKA 4ELVA 5AFUA 3EKUA 2UU9K 3CC2N 3CCUN 3TSQA 3ZSWA 2YI1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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