1T6DA

Miras phasing of the aquifex aeolicus ppx/gppa phosphatase: crystal structure of the type ii variant
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
303
structure length
302
Chain Sequence
IMRVASIDIGSYSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERMKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVMVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDLIVSDWGLREGVLVSEMLKEN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords exopolyphosphatase
publication title Structural characterization of the stringent response related exopolyphosphatase/guanosine pentaphosphate phosphohydrolase protein family
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
molecule tags Hydrolase
total genus 103
structure length 302
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2004-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1t6dA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 1t6dA02
4BGBA 1IJJA 5AQYA 5AQPA 2QWNA 1Q18A 1NLVA 5AQTA 2KHOA 2NLXA 3LDLA 3CHWA 3QFUA 4O5FA 1G99A 2E1ZA 4CBUA 1ZBSA 1C0GA 3MCPA 3GDQA 3UKUB 2P9KB 4FWNA 2CH5A 1HKBA 4H0PA 2AP1A 5FPMA 1KXPA 2E1YA 3VEWA 4BG8A 1NM1A 1JCGA 2GWKA 2QWLA 5JMVA 4H0YB 2A5XA 3WXLA 1TYQB 3O6WA 5TKYA 3I33A 4H0VB 1QZ6A 3CIPA 3O08A 3AAPA 4ISGA 1X3MA 4H5NA 3DXKA 4I6MA 1GLEG 3DXMA 3O1BA 3ZX2A 3L0QA 3FLCO 3VESA 2D1KA 3A5OC 2IIRA 2V7YA 4M7YA 1YUWA 4H0XB 2D4WA 4B1VA 3ZEUA 3LL3A 3LM9A 4JNEA 2GTDA 4A61A 3R9PA 4CZFA 3M1FA 1BA1A 1QQMA 1DEJA 5EOYA 5EX5A 1BDGA 4PL8A 2FLOA 2ZGYA 3GE1A 5CE3A 2P9SA 3BEXA 2YJEA 3P4IA 4H03B 1IG8A 3EKSA 3U4LA 1HX1A 3WQTA 3CQYA 3LDQA 4H0OA 4Y0WA 3O1WA 5KPZA 4WQ4C 3D2FB 5JLHA 3IMXA 3LDOA 1RDWX 2WUSA 3HTVA 3U8XA 3KHYA 5KPTA 3VEYA 4FWKA 1JCEA 3UB5A 4EFHA 5E26A 2UYTA 3CQXA 4M7XA 4NO7A 4AM6A 1E4FT 2P9LA 5E84A 1X9JA 5AQZA 4BRLA 1D4XA 4CZMA 4CZEA 1U6ZA 2I7NA 1U2VA 3BF3A 3CJBA 1KAYA 3LDNA 4XH5A 1NGDA 5AQIA 2Q1NA 5AQRA 2ASMA 3R8EA 3JS6A 5AQHA 5BRFA 3ENHA 1K8KB 3ZETB 1CZAN 2P9IB 3QBWA 5AZIB 3VOVA 1EQYA 3R6MA 2GEMA 4YDUA 4L3QA 5AQVA 3ATVA 3A5MC 4FWSA 4HTLA 5BPMA 2YHWA 1U2VB 3UE5A 3WXKA 5KQ8A 3CJAA 4BRFA 3AAQA 3L4IA 3W3DA 4IWVA 4DCHA 1YXQA 1XUPO 5ELZA 2P9NA 3RSEA 4QS7A 1E4GT 4DQ8A 2CGKA 2Q0UA 2Q31A 3UKRB 4BR9A 2AA4A 5BR9A 3WXJA 1NGGA 3H45C 2FSKA 3SMSA 2NZTA 2I7PA 1BG3A 5LJVA 4FPBA 1QQOA 4IO8A 1P8ZA 2QW9A 4K43A 3A5LC 5AQGA 4H0TB 1LCUA 5AZJA 3A8YA 4CD3A 3HBTA 3DAWA 4C23A 4BRAA 2PBDA 1LOTB 4CI6A 3VF2A 3HZ6A 2QXLA 4BRCA 4JD2B 4BR0A 5AQNA 2ZF5O 4CZIA 3MN5A 3C7NA 4BR4A 1RFQA 3D2EB 4CZLA 3VEZA 1ATNA 1XC3A 3H1QA 4PKGA 3HI0A 4IXCA 3VGKA 1SAZA 3EN9A 3L6QA 4FOEA 3VENA 4BRIA 4NB4A 1Y64A 3M6GA 1NGAA 2EWSA 4BRNA 4BG9A 1S3XA 4B9QA 2A40A 4M63C 5BRDA 2P9UA 2H3GX 4H5TA 2BUPA 4BR7A 4AM7A 5AQSA 4DB3A 4BRDA 4RTFD 3ULEA 3WXIA 2HOEA 3H3NO 3EZWA 3ZX3A 3O8MA 3H3OB 5AQXA 3A5NC 4K42A 4CBXA 3HSCA 3AY9A 1NGFA 1ZXOA 3GG4A 4WYBA 2QWMA 1NMDA 3CERA 3ENOA 3O80A 3IUCA 2A6AA 1BO5O 5AFUA 2YI1A 3DXKB 4FOIA 4I6MB 4B1UB 4DHYA 1OKJA 2HMPA 3DXMB 4JHDA 1BUPA 3MK6A 4YDUC 2V51B 2GUPA 4H5RA 4BREA 2V52B 3KVGA 4JN4A 2E2PA 3ZEUB 1ESVA 5JLFA 3SMPA 3OHRA 2FXUA 1NGIA 2QWQA 2A3ZA 4ISEA 2CGLA 5KPRA 2P9SB 1MWKA 1WOQA 4EAHD 3A0IX 3BUZB 1GLAG 2VCPA 4B1XB 2PAVA 3CJ9A 5BREA 4IZ9A 5BN9A 5F0XA 5AQLA 2YCHA 3H46O 4FWMA 4E1JA 4QS8A 1SZ2A 1ATRA 2P9PA 3F9MA 1Z05A 3BF1A 1MWMA 3DWLA 1BOTO 3MMVA 2DPNA 2Q2RA 1HKCA 3FZHA 4B1ZA 5FPNA 3IFRA 3S41A 3WUHA 3H1VX 5KQDA 2E2QA 2IVOA 2P9LB 4BRPA 2E2OA 4FWRA 2IVPA 2FSJA 5AQUA 4J8FA 5B8HA 2F9TA 3B8AX 3FZLA 3ZX0A 1C0FA 5AFUH 3MDQA 3VETA 1T6DA 1HPMA 4K25A 1T44A 1DGKN 3CJ1A 4IJNA 3SJHA 3VEXA 3WEEA 1KAZA 4KBOA 1J6ZA 1QQNA 3QMLA 1MA9B 3TPQA 3MN6A 2Q97A 4CBWA 1V4TA 2P9NB 3RSEB 4IJAA 2E2NA 3FGUA 2FSNA 2ITMA 2GWJA 4BQLA 3U9ZA 1BWFO 4BRMA 1GLCG 4BRKA 4FWPA 2BTFA 4RCHA 1HKGA 3ATUA 4MLEA 3D7EO 2E20A 5AZJB 4BGAA 2QM1A 4RWTA 3UKUA 3GOIA 2P9KA 4B1WB 3FFKB 3KZBA 3VGLA 4CZJA 3VGMA 4FWQA 3EO3A 4K41A 2YJFA 3DJCA 4XH4A 5AQKA 1NGJA 4MLHA 4FPAA 2OANA 1ZC6A 5FPDA 1TYQA 2CGJA 3C7NB 3O4WA 3WT0A 4CJ7A 3VEVA 1GLLO 4BVOA 2FF3B 3FZKA 3QBXA 1NGHA 2VYPA 4CZHA 4PL7A 3C0BA 4PKIA 3EKUA 2YHXA 5AQWA 3I8BA 5LY3A 5F2RA 4GY2B 5AQFA 1SQKA 3WQUA 2ASOA 3O5BA 3CETA 2P9UB 4BQZA 1BA0A 4H5VA 4CZKA 2F9WA 3ULEB 3QICA 1TUUA 5FPEA 2D0PA 5BRHA 2W40A 2NRHA 2VWBA 5EXWA 4HWIA 3SLCA 3J8AA 2E88A 2ZWHA 3W0LA 1QZ5A 2A41A 2QWOA 1GLDG 1TUYA 3LDPA 3QDKA 4BRQA 3HM8A 1H1VA 3LM2A 3U9DA 1GLFO 4BRGA 2IVNA 3MN9A 5EVZA 5AQJA 2CH6A 3D2FA 3GL1A 4A62A 5ADXH 5JICA 3BP8A 4JHDB 4JAXA 1NGCA 3QFPA 2E8AA 2QWRA 2ZGZA 3GBTA 1YAGA 3FZMA 2GELA 5AR0A 2ASPA 4XH1A 4BC3A 1QHAA 3CI5A 1XQSC 3VERA 3VEOA 4FSVA 4MO4A 1NBWA 5AQQA 1K8KA 2V7ZA 4XEIA 3ZETA 4MO5A 2HF4A 5AQOA 2P9IA 3ID8A 5AZIA 3TU5A 2HF3A 4O8KA 4B1YB 1V4SA 4CZGA 3M3ZA 4CD1A 2W41A 1JCFA 4FO0A 3AARA 2A42A 1NGEA 3MN7A 3QB0A 2P9PB 3EL2A 4WQ5C 3G25A 2QWPA 3SK3A 5BN8A 2J4RA 1R59O 1X3NA 1BU6O 2Q36A 4GNIA 4BR5A 2FF6A 3CJCA 4BROA 4BVPA 1HUXA 1MDUB 1DKGD 1Z6RA 3UKRA 4FL9A 4BC5A 4Z94A 1T6CA 4A2AA 4ISFA 4F9OA 2Q0RA 5AQMA 4EIAA 3FE1A 4WQ4A 4FWLA 3VF6A 3FZFA 1HJOA 2YHYA 1RGIA 3H6EA 3VPZA 2D0OA 3WEEB 5I9EB 1KAXA 4JD2A 4EHUA 4BC4A 4BRHA 5LJWA 4EHTA 1YVNA 5EY4A 4BC2A 3IDHA 5ADXA 3JXUA 4A2BA 3VF4A 3D2EA 3FR0A 1WUAA 1HLUA 4LC9B 4WQ5A 4BR2A 1NGBA 1NWKA 5BPNA 5F1XA 1GLBG 4FWOA 4H5WA 5BPLA 4QS9A 3CJ7A 4PKHA 1ATSA 1S22A 1GLJO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DSKA 3WNFA 1IJJA 5AQYA 4CIEA 4AHCA 4FJXA 2HVHA 3L8BA 2ATQA 1Q18A 5AQTA 4GW6A 1VSKA 2KHOA 4E7LA 3P38A 3CC2N 3OYGA 4C1NK 2E1ZA 3PSFA 4CBUA 2G8IA 2BH1A 3MCPA 3OS2A 1N8RO 2NRVA 4FWNA 3NF9A 4H0PA 1IO2A 2AP1A 1K8AO 1FK9A 1KXPA 3VEWA 1QQCA 3MX5A 3V9SA 3QLHA 4H0YB 3WXLA 1S5JA 1TYQB 1C0UA 3I33A 4JK7A 5LMUK 3NGIA 3O08A 4CJLA 2UUCK 3DXKA 4DS4A 4FW2A 3V6DA 3VQPA 2W42A 4JI2K 4DTJA 2F4VK 3VESA 1RT2A 3PUFA 3VQ8A 2V7YA 4ICLA 4M3WA 4W5NA 2O8CA 5J2NA 4LY7A 4A61A 3R9PA 4CZFA 1BA1A 1UA1A 1DEJA 4YHHK 2ZGYA 4NCAA 2AJQA 1WAJA 3D6RA 3E66A 3THVA 3P4IA 3LPTA 3WQTA 3CQYA 1X9SA 4DTOA 1L3SA 5SZTA 4Y0WA 3ZSYA 2F7TA 1VSFA 4LH4A 3LDOA 5HRPA 2WUSA 4CJWA 3TSQA 4E7JA 3VEYA 4FWKA 3HK2A 2LSNA 1BIUA 3NH0A 3QNOA 5E26A 2UYTA 1E4FT 4LSNA 1X9JA 4CZEA 1U47A 3CYMA 3CJBA 3QINA 4FCYA 1KAYA 1JXBA 3KKRA 3AVMA 4YOXA 4LFBK 3EYZA 2ASMA 4E1NA 5BRFA 3I55N 2D5RA 4AH9A 1CZAN 2IC3A 2P9IB 5AZIB 1EQYA 3SNNA 3QESA 5AQVA 3VQCA 2HSTA 4WF9L 4B3MK 3A5MC 4HTLA 2YHWA 3O9SA 1YJNN 4BRFA 4MDAA 1TKDA 1VSDA 1QSSA 2X78A 1J9AA 4IOXA 3NGYA 2O8EB 2CGKA 4KO0A 2Q0UA 2Q31A 3WXMB 3CPWM 1VQ6N 1EX4A 4A57A 2NZTA 1BG3A 3F2KA 5C25A 4FPBA 2QW9A 1LCUA 4DS5A 3A8YA 2G8FA 3L2VA 4ELUA 3DLKA 4KTWA 1RNHA 4FM2A 4FXDA 3C7NA 2G8WA 1IG9A 3D2EB 4GKKK 2NRTA 1KLMA 4B3SK 4RG8A 1WN7A 3L6QA 4NYFA 1HMVA 4OPJA 5C12A 5CY4A 2XY5A 2EWSA 3NF7A 2JWLA 4HVJA 1KVAA 2NRRA 4BR7A 3RMBA 3L3UA 3ULEA 2JLEA 3WXIA 2HOEA 3H3NO 3EZWA 3H3OB 4WCEL 5AQXA 4CBXA 4L8RB 4UQGA 1ZXOA 3AVLA 3GG4A 3R1XA 2OTJN 2BDPA 4KHSA 4LFCK 3O80A 3IUCA 2A6AA 1IBKK 1ZBHA 3V81A 1BO5O 2QI2A 4CF1A 3O9UA 3DXKB 4B1UB 4DHYA 1OKJA 1VQPN 4E19A 3I56N 4HCBA 3CXCM 5CYQA 3MWPA 2V51B 1NU0A 2WBNA 3G4SN 2O8CB 3BZCA 1ESVA 2FBVA 2HHVA 2UUBK 3SV4A 4KHNA 3DRRA 4KTQA 1F21A 4KHQA 2E6LA 4NXNK 3AO4A 3BUZB 1HJRA 1GLAG 4I2PA 1ASWA 4B1XB 1JL1A 4B9VA 5F0XA 3AV9A 2UU9K 2GV9A 2YCHA 3KLHA 4CIFA 3SAHA 1S1VA 2DPNA 1GOCA 3V1OA 3AVHA 3FZHA 3LDSA 4JI6K 2O8FA 5KQDA 4Z4HA 2E2OA 1K6YA 4FWRA 3K59A 4JRPA 5AQUA 3QNNA 1TKTA 4J8FA 3CCRN 2F9TA 3FZLA 1KRPA 3ZX0A 1C0FA 3CM5A 5AFUH 1Z25A 3RMCA 1N5YA 1S9GA 1T6DA 1HPMA 1T44A 2P1JA 3SJHA 3AVCA 3ZSRA 4KBOA 2VWJA 1C1AA 2ETJA 1J6ZA 3VMFB 3T1YK 4M3TA 2ZE2A 4HUFA 3PIPL 1MA9B 1DT9A 4DTUA 3AO2A 2YNGA 1C0TA 4WE1A 3FGUA 2FSNA 1U45A 3Q7BA 1VK0A 1GLCG 4BACA 2BTFA 3K0SA 2E20A 3N4QA 2YV0X 1SUQA 2X74A 1JLEA 5D3GA 1ZYQA 4K41A 2YJFA 3TTDA 1LW0A 3DJCA 4XH4A 4O0JA 3O9RA 2FBXA 3OYIA 1JLGA 5M1QA 4IOCL 3C7NB 3O4WA 3ZSWA 3WT0A 3J80O 4F3OA 4I9QA 4KHUA 2DFFA 3VEVA 4DV1K 2FF3B 3QBXA 4CZHA 3EKUA 4KPYA 2YHXA 1UA0A 2PYLA 1S1WA 5LY3A 5F2RA 4GY2B 4KAZA 4CJVA 4R79A 1QS4A 2ASOA 4CJSA 4IO9L 1TVRA 2R7YA 4DF4A 1BCOA 1CZBA 2KW4A 1KTQA 2QTDA 1VQLN 3E9OA 4Z4GA 4H5VA 2GX9A 3ULEB 4CESA 3KLGA 2D0PA 2A1SA 3NH1A 1K9MO 2Z1GA 5EXWA 2JGUA 3CFRA 5M1NA 1LV5A 4IDHA 4DV6K 4ILHA 1W2BM 1IKXA 2QWOA 4JKHA 5HRSA 1SL2A 3D2FA 3L2QA 5ADXH 5JICA 2E6MA 3I8DA 2E8AA 2QWRA 3SBGA 3FZMA 1NK5A 5AR0A 5KRSA 4IFVA 4O8UA 3PIOL 1BQNA 1QHAA 3PSIA 1NBWA 4FYDA 4E7KA 1SKRA 3RWUA 1R0AA 2V7ZA 3WNEA 3ZETA 4MO5A 3A2FA 4KKOA 5AQOA 4HUEA 2FBYA 3P83D 4B1YB 4JI5K 1TKXA 1ILYA 1VQ8N 2W41A 1JCFA 3TI0A 1FKPA 4JKBA 2A42A 1NGEA 3QB0A 4NXMK 3G25A 4B8AB 5BN8A 1YI2N 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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