1T6DA

Miras phasing of the aquifex aeolicus ppx/gppa phosphatase: crystal structure of the type ii variant
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
303
structure length
302
Chain Sequence
IMRVASIDIGSYSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERMKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVMVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDLIVSDWGLREGVLVSEMLKEN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords exopolyphosphatase
publication title Structural characterization of the stringent response related exopolyphosphatase/guanosine pentaphosphate phosphohydrolase protein family
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 103
structure length 302
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2004-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1t6dA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 1t6dA02
3MCPA 2Q2RA 5AQOA 4CZKA 2E88A 1Q18A 5CE3A 4C23A 3KHYA 2ASOA 2P9LA 2QWPA 4YDUA 4BRFA 2EWSA 3CJAA 1V4SA 2GUPA 3B8AX 3C7NA 2FSNA 4WQ4C 4M63C 3MK6A 3G25A 3H1VX 4CD1A 4MLEA 2I7NA 1HKBA 4B1XB 1QZ6A 3FFKB 4IJAA 2CGLA 4BRAA 4CZFA 3WEEB 4AM6A 2HOEA 1XQSC 3W0LA 3CHWA 1G99A 4A61A 1TUUA 3DJCA 1IG8A 3FZHA 4F9OA 3LDQA 3D2EA 4FWSA 4FPBA 1TYQB 4BREA 4JD2B 3H3NO 1KAYA 1YAGA 5AQJA 3R8EA 1NM1A 4BRLA 5KPRA 1QHAA 1T6CA 1MWKA 2ZF5O 4RTFD 2VWBA 3BF1A 3DXKB 4BR0A 3FZMA 1RFQA 2QXLA 2A42A 2VCPA 1WUAA 5AZJA 4H0XB 5KQDA 3QB0A 3O6WA 2GTDA 1KAZA 4EIAA 3ZX3A 1XC3A 4BRMA 5BN8A 4E1JA 4H0VB 1S22A 1K8KB 1HLUA 2E1ZA 4A2AA 4JN4A 4BR9A 1QZ5A 4CJ7A 1U2VA 5AR0A 4PKIA 3U9ZA 1HKGA 3EN9A 1XUPO 5EX5A 3HI0A 1YXQA 3JS6A 4BC5A 5BRFA 3BUZB 4B1WB 4BRNA 4FWOA 5F2RA 3WXIA 1JCGA 3LM2A 4ISGA 4XH4A 3FZLA 5AQRA 2ASMA 3VF2A 3EL2A 3IDHA 1D4XA 4H0TB 2E20A 4JD2A 1P8ZA 2A41A 2P9KA 3CQYA 2ITMA 3A5NC 4IJNA 3O4WA 4H0YB 3VGLA 5AQWA 2W40A 5AQHA 3VGMA 3SMPA 4BC3A 3QFUA 4H5RA 3WT0A 4CBUA 5KPTA 3H46O 5BRDA 2J4RA 4IWVA 3LDOA 5E84A 4PL7A 1S3XA 1JCEA 1KAXA 2F9WA 2P9SB 3FZKA 4K43A 5JICA 4BRDA 1E4FT 4IO8A 2D1KA 3ID8A 3FGUA 3LDNA 4B1UB 2E2PA 4BVOA 5LY3A 5AQYA 1QQMA 4H0PA 5AQTA 1TUYA 5JMVA 3DXMB 3QBXA 3MDQA 2P9NB 1LOTB 3D2FB 3VGKA 5ADXA 4RWTA 4H5VA 5BPMA 4GY2B 3KVGA 2NZTA 3QBWA 1HUXA 3AARA 3MN7A 4A62A 4B1ZA 1NGEA 2V7ZA 1HX1A 1ZC6A 3LDPA 3HSCA 3QICA 3VEZA 3ULEB 3SJHA 3BF3A 4K25A 1GLFO 2E2OA 3GG4A 5AQSA 4MO4A 4BRGA 1GLJO 1U6ZA 2AA4A 4QS7A 5ADXH 4FOIA 2ZGYA 4EHTA 1Z05A 5LJWA 5EVZA 2HF3A 1SQKA 2P9PB 1NGFA 3J8AA 1YUWA 3GOIA 3W3DA 1GLAG 4M7YA 4WQ4A 3I33A 3M3ZA 1BUPA 5AZIA 3VEXA 4YDUC 4AM7A 3BP8A 3VEYA 2YHYA 1GLLO 4K42A 3AY9A 4FWKA 3F9MA 4CD3A 1E4GT 3MMVA 3ZETB 4CZHA 3AAPA 3VESA 2Q36A 4DB3A 1BA1A 3SMSA 4CBXA 3ZEUB 3QMLA 3VETA 2QWLA 4IXCA 4FO0A 4JHDB 4HWIA 2A5XA 1YVNA 1BA0A 2FF3B 5AQXA 4B1VA 1Y64A 1IJJA 4JNEA 2CH6A 4FWPA 3VF6A 3A5MC 3AAQA 4CZLA 1X3MA 2KHOA 3D7EO 1BWFO 1DKGD 3R9PA 3WUHA 5ELZA 4BGAA 2P9UB 1CZAN 3H3OB 4FWLA 2YCHA 3QDKA 4CBWA 3VEVA 2E1YA 4CZEA 3O08A 3U4LA 2VYPA 3CJ9A 3GDQA 4IZ9A 1QQNA 2YHXA 3U8XA 3WEEA 1ZBSA 2V51B 4BROA 4CI6A 4FSVA 1J6ZA 4L3QA 3O80A 1C0FA 3BEXA 2ASPA 3MN6A 1NBWA 1TYQA 3VERA 3UKUB 1ATNA 4JAXA 5E26A 3GE1A 2BUPA 4BQZA 1SZ2A 2H3GX 3ENOA 4QS8A 3VPZA 3DXKA 4JHDA 3CIPA 2QM1A 2CGJA 4DCHA 1C0GA 3WXJA 1BG3A 1NMDA 3RSEB 4A2BA 3CQXA 2NRHA 3QFPA 5BPNA 2P9IB 3CJ1A 4BQLA 3CETA 5I9EB 1BO5O 5F1XA 3UKRB 1HPMA 2YI1A 1NGAA 1K8KA 1NGCA 3HM8A 1HJOA 2E2QA 2Q97A 3TPQA 3DWLA 5AQZA 4H5NA 3CI5A 4FWMA 5KQ8A 4CZIA 3P4IA 3WQTA 2HF4A 2OANA 3LM9A 4GNIA 2QWMA 4DQ8A 1GLDG 5BR9A 1NGIA 5AQVA 2UYTA 4BG9A 4DHYA 3CERA 3ENHA 5JLFA 2P9LB 3SLCA 3TU5A 2W41A 3EO3A 1DGKN 4MLHA 3C7NB 1NGHA 3GBTA 4BRPA 1V4TA 1ATSA 4H5WA 4BR2A 4WQ5C 2FLOA 4BGBA 4FWNA 3LDLA 2D0PA 3DAWA 4FOEA 1MA9B 3ATVA 2E8AA 2P9SA 3C0BA 4QS9A 3D2EB 5LJVA 4CZMA 4B9QA 4BR5A 1GLEG 2Q0RA 3FE1A 2FSJA 5BRHA 2FXUA 4Y0WA 2CH5A 4J8FA 5FPMA 4BC2A 4NB4A 3DXMA 1BU6O 1BOTO 1MWMA 1T44A 5BPLA 3L6QA 2P9NA 4HTLA 5AZJB 3D2FA 5AQGA 3M1FA 4XH5A 2QW9A 5B8HA 2QWQA 3A0IX 4XEIA 3HBTA 3UB5A 1NGBA 2PBDA 2E2NA 3IMXA 1NGDA 4XH1A 3SK3A 4MO5A 2FSKA 1HKCA 2YJFA 2CGKA 3H45C 4FPAA 1U2VB 2IVOA 3U9DA 3ULEA 3FLCO 2Q1NA 1NLVA 4EHUA 3WXLA 1X9JA 4CZGA 3I8BA 3ATUA 4BR4A 3FZFA 3WQUA 4LC9B 3CJCA 3IFRA 3A5LC 5AFUA 2HMPA 2V7YA 2P9KB 2PAVA 3L0QA 3A5OC 3LL3A 4Z94A 2YJEA 2FF6A 2P9PA 5FPDA 3MN9A 5TKYA 2IVNA 3M6GA 3OHRA 4FWQA 3VF4A 3ZX0A 5AQMA 2DPNA 1RGIA 1LCUA 3HTVA 4NO7A 3EZWA 2A40A 1ATRA 3ZETA 1NWKA 2Q31A 3CJBA 2D0OA 1Z6RA 4PKHA 1QQOA 5EY4A 5KPZA 4BRQA 3JXUA 3ZEUA 1ESVA 3H1QA 1KXPA 1NGGA 2BTFA 2Q0UA 2V52B 5AQFA 2I7PA 4ISEA 5EXWA 2GWKA 4O5FA 1OKJA 5AFUH 4PKGA 5AQUA 1R59O 2IVPA 5AQQA 5JLHA 1EQYA 4K41A 4O8KA 4BRKA 1H1VA 3H6EA 1ZXOA 3IUCA 4B1YB 1NGJA 3EKSA 1BDGA 3MN5A 2QWRA 1X3NA 3EKUA 2A3ZA 2P9UA 1T6DA 5F0XA 3VOVA 3O1BA 2F9TA 3L4IA 3R6MA 2IIRA 5AQNA 4BRCA 2WUSA 2ZWHA 5FPNA 5FPEA 5AQIA 5BN9A 2A6AA 2GEMA 4I6MB 4BVPA 5BREA 3VENA 3GL1A 3ZX2A 4BC4A 4FL9A 1MDUB 1DEJA 2GWJA 5AQKA 4FWRA 5AQLA 3O5BA 4BRIA 4PL8A 2GELA 4H5TA 4CZJA 2D4WA 2QWNA 1WOQA 3UKUA 2YHWA 4WYBA 4BG8A 5AQPA 3O8MA 2NLXA 1JCFA 4BR7A 3VEWA 4EFHA 1GLBG 3RSEA 3HZ6A 4KBOA 5AZIB 2P9IA 4WQ5A 3A8YA 3FR0A 3CJ7A 2QWOA 2ZGZA 4RCHA 3O1WA 3UKRA 5EOYA 4H03B 3S41A 4H0OA 4M7XA 4BRHA 2AP1A 3UE5A 4ISFA 1RDWX 1SAZA 3KZBA 1GLCG 4EAHD 3WXKA 4I6MA 3VEOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KFNA 3RR7A 2E88A 1K8AO 3VQQA 3AGRA 4FJMA 1BCMA 2P5GA 4C23A 3KHYA 3V6DA 5LL6Z 1U45A 1HJRA 4CCHA 3AA4A 1SKRA 4F2SA 1NKBA 4CD1A 3NF8A 1HNXK 3L3VA 2ATQA 3NBPA 3QINA 3J7AP 3JYTA 1HKBA 4B1XB 1QZ6A 4IJAA 3AO3A 2OTLN 2PYLA 4DTRA 4DS5A 2X6NA 3CCUN 3DMJA 2R7YA 4JI0K 3O9RA 2IGIA 3CHWA 4CEBA 1G99A 3DJCA 4DG1A 3LDQA 3D2EA 1NK8A 4B08A 1W9HA 3MXIA 1KAYA 1YAGA 3R8EA 1NKCA 1XNQK 1NM1A 4DQPA 3HYFA 2HB5A 4BR0A 1RFQA 3FZMA 1WUAA 5KQDA 1S6PA 3ASMA 2RPIA 4JS4A 4CGFA 2ITGA 4EIAA 1J5EK 1VQKN 1HYZA 1EWQA 4BRMA 3LPUA 5KRSA 3DRRA 4JN4A 3LALA 4BDZA 1HKGA 5FRNA 5EX5A 3PSFA 2HBJA 4CF8A 4JRPA 1YXQA 3PV8A 3OYGA 5SZTA 3JSMA 4CF1A 1OVYA 1B92A 1BI4B 4RW8A 5A2QO 1N5YA 1Z26A 3CC4N 1M90O 3CCMN 2ZJQL 1D4XA 4WCEL 4C8MA 1HQUA 4AHCA 4IJNA 4FXDA 1L3VA 3SQ4A 1VQ8N 1KVAA 1QVGM 3NF7A 4ILHA 1EX4A 1WAJA 4B8AB 3VGMA 3SMPA 4BC3A 5KPTA 4CGIA 3AVJA 4BACA 4IWVA 4Q0BA 3LDOA 5J2PA 1JCEA 3NVMA 1N36K 2D1KA 3J7YP 1HR0K 3FGUA 3J7ZO 3VQCA 4RW9A 2E2PA 5LY3A 3NMUA 4H0PA 3EY1A 3QBXA 2YV0X 2P9NB 3D2FB 5ADXA 1RDCA 3WXMB 4KAZA 4YOYA 4HCBA 5DM7L 3MXMA 4GY2B 3G10A 1HUXA 4EZ6A 1VQNN 1VQ5N 4DV4K 3LDPA 3QICA 3VEZA 3T7ZA 3ULEB 3VQ6A 3RMDA 2HHSA 2GUIA 3K5MA 3A2FA 1TK8A 1F21A 3GG4A 4BRGA 2VWKA 4LH4A 1U6ZA 2AA4A 3ENBA 3MCAB 1U47A 1KFSA 1Q82O 1C1BA 4CIFA 5ADXH 1N8RO 4OVLA 3DLEA 2ZGYA 4B9UA 1FKOA 3V1OA 1EP4A 1YTAA 3S9HA 2P9PB 3THYB 1YUWA 3GOIA 4WQ4A 3HM9A 4DTXA 4PY5A 3O9UA 3MEEA 5AZIA 1J53A 3MAQA 4CECA 2YHYA 1RT4A 4ZHRA 1W0HA 4PUOA 1VQON 4DB3A 3SMSA 4CJLA 1KSPA 1QSSA 4C1NK 2QWLA 4IXCA 4FO0A 4DV2K 4K8XA 3LPTA 2HSTA 4HWIA 2EX3A 3HVRA 4FW1A 1YVNA 3VQPA 1R0AA 4E7IA 1KCFA 5AQXA 5HRPA 4E7JA 3PIOL 4JNEA 2CH6A 3K5OA 4CZLA 1N32K 1DKGD 5ELZA 4B3RK 2HHVA 4CBWA 3VQDA 2VWJA 3ZT1A 1RBUA 3CYMA 3CJ9A 3U3YA 4KTQA 2EHGA 4J2BA 1RT1A 4JKGB 1BGXT 3U8XA 1BHLA 3AA3A 1XHZA 1I39A 1EKEA 1J6ZA 3LAKA 2PYJA 3SV4A 4JKEA 5AJ3K 4JKBA 1RBRA 2ASPA 3MN6A 3VERA 1VQLN 2BUPA 4RG8A 3AVHA 5DM6L 3ENOA 3DXKA 4JK9A 3V9ZA 3NCIA 4GVEA 1S1XA 4KREA 1ZBHA 3O4NA 4DQIA 1JKHA 4FYDA 2LSNA 3CQXA 3QFPA 3C6AA 4GKKK 3KK1A 5HP1A 4BQLA 3CETA 5I9EB 3CFPA 3OS0A 5C0YA 3NGZA 1HPMA 2YI1A 3CM6A 2G8VA 2E2QA 2Q97A 3TPQA 1XHXA 5AQZA 3AVAA 3PO5A 3WQTA 4UQGA 2ZD1A 2OANA 2Q3SA 4W5TA 4RW4A 3AVBA 3PY8A 4DQ8A 3K0SA 3TAEA 2HNYA 1NG9A 2UYTA 5CHIA 4CJUA 3HP9A 3KWGA 4DUYK 3M8QA 1VQ6N 3O9SA 3SLCA 3JAMO 2W41A 4CEEA 3CCJN 4M3RA 1ASVA 4AHRA 4H5WA 4H8KA 4BGBA 4FWNA 4FOEA 4DWIA 1RTIA 1C0TA 1C1CA 1E3MA 2P9SA 1YJNN 3T1AA 2BH1A 2PZSA 3IS9A 3LP2A 3L2QA 1GLEG 2Q0RA 3AV9A 3FE1A 2FSJA 1VSLA 1LAWA 3TSUA 4FZYA 1XI1A 4J8FA 4KHNA 5C2DA 1BU6O 2OPRA 4FLTA 4O4GA 5AZJB 5AQGA 5J2NA 1YVUA 2IC3A 5J2QA 2QW9A 5B8HA 4XEIA 4LFCK 1NGDA 3ZSOA 2FSKA 3L8BA 3V4IA 2IVOA 3C95A 2Q1NA 4K8ZA 3KK7A 2YNHA 1VSHA 1HNVA 4CZGA 2W42A 2D5RA 3P83D 4X65K 4B9TA 4DV0K 3Q7BA 2AJQA 3SBTA 3WQUA 4CERA 3K58A 4W5RA 1L3UA 1OH6A 5AFUA 1LV5A 2V7YA 3LL3A 2FBTA 3QEXA 1NK4A 3MN9A 5TKYA 3CCQN 2IVNA 3M6GA 4CIGA 2Z1HA 5AQMA 2DPNA 1RGIA 4O8UA 4G1QA 1YITN 2DFEA 1ATRA 1X9SA 4YOUA 2Z1IA 1QQOA 4FJ9A 4BRQA 1GOBA 3H1QA 3EE8A 1VQ9N 1NGGA 3BZKA 1NJIO 5AQFA 5AFUH 4O0IA 3CPWM 2OZSA 4DLGA 4E0DA 2O8DB 4J2AA 3EKSA 4X64K 1ASWA 5CZ1A 3MN5A 2QWRA 1X3NA 1IKXA 4IEEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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