1T6DA

Miras phasing of the aquifex aeolicus ppx/gppa phosphatase: crystal structure of the type ii variant
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
303
structure length
302
Chain Sequence
b'IMRVASIDIGSYSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERMKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVMVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDLIVSDWGLREGVLVSEMLKEN'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords exopolyphosphatase
molecule tags Hydrolase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Structural characterization of the stringent response related exopolyphosphatase/guanosine pentaphosphate phosphohydrolase protein family
pubmed doi rcsb
total genus 103
structure length 302
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2004-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1t6dA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 1t6dA02
4PL8A 4H5RA 4PKGA 5AQKA 4WQ5C 2VCPA 3HTVA 4CZIA 1SAZA 4C23A 1C0GA 4BRKA 3HZ6A 3ULEA 3VGLA 3ATVA 2Q1NA 3MK6A 4BR0A 1XUPO 2E1ZA 2FSJA 3O5BA 4CZKA 1RGIA 4JD2B 3VEXA 3JS6A 1KAYA 3C0BA 4H0PA 3CERA 3U9ZA 5AQHA 5JLFA 4CBXA 1U6ZA 1ATNA 4EFHA 5FPMA 1P8ZA 3DXMA 4BRDA 2E2OA 2QWQA 2Q0UA 3QFPA 2V7ZA 4JAXA 2YJEA 1IJJA 1NGDA 3D7EO 3H1VX 3FR0A 3KZBA 3CI5A 4L3QA 1NGEA 4BVPA 5ELZA 2YHYA 4H0TB 4RTFD 1QQOA 4B1VA 3LDNA 2D4WA 5AQSA 4BRIA 4MLHA 2QXLA 3IUCA 1HKBA 3MDQA 2WUSA 2P9UA 1SQKA 4BG8A 4BR7A 4WQ5A 3UB5A 1BUPA 2P9PA 5JMVA 2IIRA 4YDUA 2A6AA 5BN9A 2QWNA 2ASMA 3DXMB 5AQPA 3W3DA 4HTLA 3UKRA 1NWKA 5BPLA 4H0YB 3H6EA 5AFUH 5E26A 4Z94A 1TYQB 2W40A 4A2AA 5BPNA 3R6MA 5AQWA 1NBWA 2D0OA 3MN7A 4AM6A 4FSVA 3FZHA 1S3XA 2P9LB 1NGGA 2V52B 4EAHD 4MO4A 1MWKA 3FZFA 2P9NA 3LM2A 3M6GA 3SMSA 5KPZA 4BRPA 4BRCA 1JCEA 3VESA 5BRDA 3LL3A 3F9MA 2D0PA 2Q97A 1GLAG 4IWVA 3HSCA 5CE3A 4CZJA 2F9WA 3VEWA 1YAGA 2BTFA 3IDHA 4BR2A 2E2QA 4IZ9A 3ZEUB 2HOEA 5AQYA 4CI6A 5AZIB 4H0OA 1NGJA 1Q18A 4EHTA 3H3NO 3VEOA 1BG3A 3ENHA 1WUAA 2P9KA 2E8AA 3D2EB 4B9QA 2YJFA 2CH5A 2J4RA 3O1BA 3U9DA 3VGMA 2I7PA 5KQ8A 4JD2A 3DXKB 4FPAA 3L0QA 1YUWA 2W41A 1Z6RA 2E88A 3QDKA 3DXKA 5FPEA 3FZLA 3B8AX 3D2FB 3ZX3A 4BC3A 2ZGZA 5EXWA 3W0LA 1T44A 3WQUA 4LC9B 5EOYA 1E4FT 1HLUA 1GLEG 3WXKA 2AA4A 2P9IB 4BC4A 1HKGA 4FWRA 1ZXOA 5AZIA 2QWPA 4RWTA 4B1UB 3SK3A 2QWOA 2I7NA 3O80A 3O8MA 4FL9A 3FLCO 5E84A 3LDLA 4BC2A 2FF6A 2ZWHA 5LJVA 4BR9A 5FPDA 3VF4A 5AQVA 5AQUA 4H5VA 4GY2B 2FSNA 4YDUC 3LDPA 1RDWX 3LDOA 4H5TA 3AARA 2CGLA 2BUPA 1HKCA 1OKJA 1GLBG 3JXUA 3L6QA 4BRGA 3VERA 3A5LC 1XC3A 1H1VA 1R59O 1QZ5A 1TYQA 3A5NC 3BEXA 2P9NB 3MN5A 4FWNA 4KBOA 5BN8A 4H5WA 1BA0A 1LOTB 2A41A 2GTDA 2P9LA 5AQLA 1X9JA 5AZJB 4PKHA 2HMPA 3H45C 3MCPA 5KPTA 3WUHA 4BG9A 5AQNA 1YVNA 3AAQA 3CQYA 3IFRA 2NRHA 4CBWA 5ADXH 3C7NA 4O5FA 3BF3A 1BWFO 3QBXA 4NO7A 1CZAN 1MDUB 2YHXA 3U4LA 3UKUA 1ZBSA 3WXLA 3ZEUA 1JCGA 2YCHA 1U2VB 4ISFA 1YXQA 4CD3A 1GLCG 3D2EA 4K42A 4WQ4A 3GOIA 2FXUA 4Y0WA 2ITMA 4CZFA 2P9SA 5EY4A 4MO5A 4FWKA 1NMDA 3CJ1A 4JHDB 2KHOA 2QM1A 5KQDA 2UYTA 3CJBA 4FPBA 1GLDG 4IXCA 5I9EB 2V51B 1NGCA 4M7XA 5AQXA 4BRQA 3FGUA 4CZHA 4FWMA 4BVOA 4B1ZA 5B8HA 3TPQA 1BDGA 2P9UB 5F2RA 3EL2A 1C0FA 4BRAA 5BREA 1KAZA 5AQTA 5F1XA 3LDQA 2NZTA 4FOEA 2FLOA 4H0VB 1GLLO 4GNIA 2H3GX 3HM8A 3DAWA 2CGJA 4BRNA 5AQGA 2NLXA 3L4IA 3CJ9A 1HJOA 3A5MC 4DHYA 3GE1A 4M7YA 2DPNA 4XEIA 2A42A 1J6ZA 3WXIA 2GEMA 4CJ7A 2QWLA 1GLFO 3CQXA 1QQNA 4JHDA 1EQYA 3ZX0A 4H0XB 1KAXA 3BUZB 3EO3A 3G25A 4JN4A 3ZETB 5JLHA 3U8XA 2D1KA 3GBTA 4FWSA 3H46O 3UKUB 4ISGA 1BU6O 2EWSA 4A61A 4BGAA 4M63C 4HWIA 2IVPA 4NB4A 3VEYA 4A2BA 3WXJA 2Q2RA 4EIAA 5JICA 2FSKA 4BRMA 1X3NA 2A40A 1JCFA 4K25A 4AM7A 2P9SB 3P4IA 2Q36A 1K8KB 3VOVA 1NGBA 5BRHA 2E1YA 2Q0RA 2Q31A 1D4XA 1ATRA 2HF3A 4JNEA 5F0XA 4BRHA 2GWKA 4CZLA 3FFKB 3J8AA 1MWMA 4DB3A 3WQTA 3WT0A 2QW9A 2IVOA 1NLVA 1IG8A 2PBDA 1WOQA 4BREA 1V4SA 5AQZA 4BROA 5BPMA 1RFQA 1SZ2A 3VEZA 1ATSA 5LJWA 2FF3B 3SJHA 2PAVA 3GDQA 5AQIA 3MN6A 5AQRA 4FOIA 5TKYA 4B1WB 1NGIA 4QS8A 3ZX2A 1BO5O 2GWJA 4PL7A 4IO8A 4DCHA 3H1QA 3VF6A 5AQJA 1GLJO 4K43A 3VPZA 3CJCA 2E2PA 1TUUA 1LCUA 2ASOA 5BR9A 3O1WA 3RSEB 3ID8A 1S22A 4J8FA 2AP1A 1HPMA 3EKUA 3SLCA 1ZC6A 1E4GT 5AQFA 3I8BA 2GELA 4I6MA 5EVZA 4B1YB 4FO0A 3R8EA 5AQOA 4EHUA 4BC5A 3OHRA 4CBUA 2VWBA 5LY3A 1K8KA 3FE1A 3FZMA 3ULEB 4BQZA 2P9IA 3WEEA 4BGBA 2QWRA 4FWOA 1HX1A 1BOTO 1T6DA 3CIPA 3R9PA 3M3ZA 2CH6A 3VGKA 1QZ6A 1XQSC 3MN9A 2HF4A 3A0IX 3FZKA 3BP8A 3GL1A 2P9KB 4QS9A 5AQMA 1G99A 3EN9A 3M1FA 4BRLA 4E1JA 3EKSA 5ADXA 3CETA 1ESVA 3AAPA 2QWMA 3ENOA 3RSEA 5AFUA 1X3MA 1Y64A 5AZJA 3ZETA 3CHWA 4DQ8A 5BRFA 1HUXA 3MMVA 4QS7A 2F9TA 1DEJA 3S41A 5AQQA 5KPRA 3VENA 2YI1A 4I6MB 3VF2A 4BRFA 3DJCA 3GG4A 1T6CA 4WQ4C 4A62A 1NGHA 2V7YA 1V4TA 4IJNA 3CJAA 3HI0A 4ISEA 3O4WA 3LM9A 2E20A 1U2VA 3O08A 2OANA 2E2NA 4F9OA 4K41A 1NGFA 4FWPA 3I33A 4CZEA 1DKGD 2ASPA 5AR0A 1DGKN 2ZF5O 3QMLA 1QQMA 3UE5A 3ATUA 2A3ZA 3QBWA 3CJ7A 1TUYA 3D2FA 3KVGA 2YHWA 3QFUA 5FPNA 1NGAA 3BF1A 4RCHA 2VYPA 4FWQA 3UKRB 3EZWA 2A5XA 3A8YA 4XH1A 4CZGA 2ZGYA 2CGKA 1KXPA 4BR5A 3VEVA 4WYBA 4H5NA 1Z05A 4O8KA 5EX5A 3QICA 4CD1A 4BQLA 1BA1A 2IVNA 1NM1A 4XH5A 3AY9A 3WEEB 4FWLA 4IJAA 3A5OC 2P9PB 4H03B 1QHAA 3TU5A 4B1XB 3C7NB 3DWLA 3QB0A 4CZMA 2GUPA 4MLEA 4XH4A 4PKIA 1MA9B 3IMXA 3VETA 3H3OB 3KHYA 3HBTA 4BR4A 3O6WA 3SMPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KTQA 3SQ1A 4ELVA 3MWTA 3VQ8A 4FJ7A 4CZIA 4CGFA 1SAZA 5FROA 1C0GA 4BRKA 3ULEA 3VGLA 2Q1NA 3PO4A 1XUPO 4O4GA 5M1PA 5EU7A 3VA0A 4C8LA 4JD2B 5DMRA 3NH1A 2B5JA 4NXMK 1O1WA 2QXFA 4M3RA 1NJZA 1LAWA 3C0BA 3G6EN 2YKNA 3U9ZA 5FLXO 3THYA 5JLFA 3RMAA 2HHHK 4JRPA 3VQ5A 2KTQA 4DSKA 3MEDA 4JI8K 4K0KK 4C8OA 3MWPA 5C12A 4LFBK 1NKBA 1IBLK 4M45A 4OKKA 1JLCA 4E7HA 3E66A 3KZBA 3F2KA 1XNRK 3L4QA 4KB1A 4EP4A 4BVPA 5ELZA 3DOLA 2YHYA 1HYVA 4H0TB 1QQOA 1NK7A 3CC2N 1DLOA 3LDNA 3AGKA 1T05A 3L2QA 4WFNL 2WUSA 2P9UA 1SQKA 3DLEA 3UB5A 4OKJA 1QSLA 4B3RK 3NE6A 3ALYA 2A6AA 1N33K 2QWNA 4E19A 5AQPA 5K14A 3TTFA 1WSFA 3HP9A 3CFRA 2KZMA 4RW8A 5BPLA 1RBVA 4B8AB 4E3SA 4CJFA 2G8KA 1RNHA 2BGGA 3AVIA 3LZIA 3OYAA 2ZJPL 4W5TA 4NYNA 1NBWA 3SAHA 4ZTJA 1JLFA 3IS9A 1IKVA 4BE1A 4PQUA 1NGGA 2V52B 1BQMA 1B9FA 1WAFA 4IOXA 1YJNN 3M6GA 3EY1A 3V9UA 5J2MA 2O8CA 2WBNA 3V9WA 4W5OA 1NJXA 2JLEA 2HNZA 1FKPA 1YI2N 3L2VA 4IWVA 3HSCA 2W6LA 2F9WA 2BTFA 4YORA 3VQDA 4BR2A 2D0CA 5AQYA 1Q18A 4OLAA 4OVLA 3QIPA 1WSHA 1JL2A 1WUAA 2P9KA 2VG5A 2YV0X 3U9DA 4AHSA 3R1XA 4OGCA 1YUWA 3DXKA 4JKGB 3FZLA 1X1PA 5JS2A 4CJQA 1UAXA 2OCEA 3SUOA 1NK8A 1WN7A 1RTIA 1RILA 4CHQA 4C1NI 4Z4EA 3C6AA 4RWTA 1VSJA 3SK3A 3O80A 3THYB 2ITGA 3OJSA 4GV6A 5E84A 4CIGA 3T7ZA 5LJVA 3O3GA 1HR0K 5AQVA 5AQUA 4Y1CA 3LALA 1KLMA 3LDPA 1RDWX 4DTSA 2YNFA 1KVBA 3JAMO 3VERA 3A5LC 3C6TA 4X66K 3L2UA 3NFAA 4YOWA 1QZ5A 3BZCA 3LP3A 3A5NC 3Q7BA 3RWUA 2A41A 3TANA 4JKAA 1T03A 3PX0A 1W2BM 3H45C 4JKFA 2HMIA 3WUHA 1LAVA 1YVNA 1L3UA 3D0PA 5ADXH 3C7NA 4O5FA 1BWFO 4LH5A 1QS4A 3OYLA 2G8FA 1CZAN 3U4LA 2UUCK 4CEBA 3SPYA 2OTLN 3ZEUA 1WAJA 3C6HA 4WQ4A 3D2EA 4K42A 3GOIA 2FXUA 4Y0WA 5EY4A 2UU9K 4CVNE 4MO5A 1J9AA 4AH9A 4JHDB 2QM1A 2UYTA 3EE9A 4DV1K 4JI4K 4IXCA 4CK1A 5I9EB 4XIUA 3AO2A 4BRQA 4FLYA 4BVOA 4B1ZA 4PHTX 1TAQA 3OS0A 2P9UB 1Q9XA 4KFBA 1C0FA 5F1XA 2UXBK 3OYJA 2NZTA 4FOEA 3AVNA 2H3GX 5AQGA 4YFUA 1QHTA 3L4IA 3CJ9A 1HJOA 4CHYA 3QETA 2IC3A 1M90O 4E0DA 4M42A 4O8UA 2QWLA 3CQXA 1SS6A 3RR8A 4FLUA 1BIZA 2PYLA 1K9MO 1S1TA 4CGHA 5FRNA 3BUZB 3EO3A 1YIJN 2PY5A 2JWKA 3ZT1A 1HQEA 1SKRA 2HBMA 3GBTA 4JI6K 3F5TA 1CZBA 3MXJA 1EKEA 1RTJA 5HOOA 1IKYA 3TTDA 3QNNA 1BU6O 4A61A 3VA3A 4M63C 1A5WA 5E41A 3VEYA 3WXJA 1XHXA 2DFEA 4DR3K 2RPIA 2Q36A 1VQ7N 2E1YA 2Q0RA 1ATRA 4JNEA 4UQGA 2E4LA 1W9HA 3J8AA 3ZSRA 4DB3A 2O8CB 2IVOA 2GV9A 1XNQK 1IG8A 2PBDA 1X9WA 3QESA 3V81A 4KB0A 4BROA 5GAHP 5BPMA 3VQ9A 2DTUA 1ATSA 2FF3B 1N8RO 3TAFA 2PAVA 3GDQA 5AQIA 3MN6A 3DM2A 3I55N 4B1WB 3DLRA 4JK7A 3AVCA 4FJLA 3AVFA 4QS8A 2EX3A 1VSEA 1J5OA 2GWJA 4IO8A 4DCHA 4AHVA 3VF6A 4K43A 3U3GA 3VPZA 1TK8A 2WFBA 3HRGA 1VHXA 2NRTA 4FJ9A 1HPMA 1HNXK 2KKZA 4IDHA 4Z4CA 4CF0A 4CFAA 2NNWA 2YKMA 1EWQA 3ENBA 4Z0UA 5AQOA 3CC4N 4N41A 4EHUA 3OHRA 4CBUA 2VWBA 4NCAA 1VRUA 3TABA 3FE1A 2P9IA 4BGBA 3V1QA 4FWOA 4DQPA 1NKCA 1T6DA 3AO4A 4KHSA 4E1NA 4OO1J 3KTQA 2CH6A 3GL1A 4BRLA 4QS9A 2B4JA 1G99A 2HVIA 3WNEA 4CJEA 4QAGA 1ESVA 1FKOA 2QWMA 3ENOA 4CESA 3K5OA 5AFUA 1YVUA 2KW4A 4PA1A 3CHWA 1IV0A 1JKHA 4QS7A 4DSIA 3VENA 1VQON 4DUYK 2YI1A 3VF2A 3K57A 3MCAB 3SAGA 3NHGA 4PWDA 1NK6A 2V7YA 1U49A 1NJIO 2A1SA 4KRFA 3CJAA 3HI0A 1L5UA 4KHPK 1RT3A 2EHGA 3OY9A 3O08A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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