The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
135
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structure length |
135
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Chain Sequence |
LGPQVAEGENVFGVCHIFASFNDTFVHVTDLSGKETICRVTGGMKVKADRDESSPYAAMLAAQDVAQRCKELGITALHIKLRATGGNRTKTPGPGAQSALRALARSGMKIGRIEDVTPIPSDSTRRKGGRRGRRL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Cryo-Em Structure of Hepatitis C Virus Ires Bound to the Human Ribosome at 3.9 Angstrom Resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
18S RRNA
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| total genus |
25
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| structure length |
135
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| sequence length |
135
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-05-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UU9 K; 4B3M K; 4X62 K; 5A2Q O; 4DR1 K; 4LFA K; 5IWA K; 2HHH K; 1N36 K; 1HNW K; 1IBL K; 5AJ3 K; 4B3R K; 4B3S K; 2E5L K; 4DV0 K; 1I94 K; 4DV1 K; 5FLX O; 2UXD K; 4X66 K; 5BR8 K; 3T1Y K; 4JV5 K; 4DV3 K; 4DV4 K; 4JI0 K; 4LFC K; 4JI6 K; 3T1H K; 4GKK K; 2ZM6 K; 2UUA K; 4X64 K; 4DR5 K; 3JAM O; 4OX9 K; 5LL6 Z; 2UXC K; 4DV5 K; 4AQY K; 4JYA K; 4DR4 K; 4DR6 K; 4DV7 K; 4DR2 K; 3J80 O; 4LF6 K; 1HNX K; 1N34 K; 2F4V K; 1XNR K; 5LMU K; 2UUC K; 4NXN K; 1HR0 K; 4B3T K; 1XMQ K; 3OTO K; 4LFB K; 1FJG K; 4YHH K; 4DR7 K; 1N33 K; 5LMN K; 4V19 S; 4DUZ K; 4DV6 K; 4CW7 B; 4YY3 K; 3J81 O; 4LF9 K; 4DUY K; 3J7Y P; 2UUB K; 4JI2 K; 1XNQ K; 2UXB K; 4DR3 K; 4JI3 K; 1XMO K; 4JI4 K; 4LF4 K; 1IBM K; 4KHP K; 1IBK K; 4LF8 K; 4K0K K; 4X65 K; 4LF7 K; 1J5E K; 4CVN E; 4JI7 K; 5IT9 O; 4JI1 K; 3J7A P; 2VQE K; 4DV2 K; 4JI8 K; 2VQF K; 4LF5 K; 1N32 K; 4GKJ K; 4JI5 K; 4NXM K; 1HNZ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FJM A; 3AVI A; 2F96 A; 3U9Z A; 5J2M A; 1UA1 A; 3BY5 A; 3HBT A; 1S1U A; 3RMD A; 4FPA A; 3SJH A; 4IFE A; 2QWO A; 4BG8 A; 3SPZ A; 1DGK N; 1Q81 O; 2HF3 A; 1R0A A; 2HVH A; 4Z4I A; 3RR8 A; 1HNW K; 2D0O A; 2JGU A; 3ZT1 A; 4B3S K; 4FW1 A; 4CF8 A; 3HVT A; 4CEC A; 1NGA A; 3SZ2 A; 2UXD K; 4IOX A; 1RDU A; 4DV3 K; 2FBY A; 2Q2R A; 4ILG B; 1S3X A; 3ZET A; 5BPN A; 1NMD A; 4ZHR A; 4H0O A; 3CG7 A; 2WFB A; 2PBD A; 5HRS A; 2D4W A; 4X64 K; 3AA2 A; 3S9H A; 1WSF A; 3F2K A; 5FPM A; 3VTI A; 1HX1 A; 1O13 A; 2D1K A; 2E2O A; 3WXK A; 1DTT A; 2VG6 A; 3EYZ A; 5I42 A; 3QIN A; 2UUC K; 3O1B A; 1Q18 A; 2QEX N; 4B3T K; 3O8M A; 4WFN L; 3CQY A; 1XMQ K; 4IO9 L; 2YX6 A; 1L3V A; 1L3S A; 3VQB A; 3FZL A; 1NU0 A; 3QEP A; 3BF1 A; 5AQF A; 1X9J A; 5KGX A; 3TAM A; 1LW2 A; 4I2Q A; 3VEW A; 1TL1 A; 3LZI A; 4AH9 A; 4BRM A; 3V9X A; 2RPI A; 4KHW A; 5FPD A; 3DM2 A; 1TK5 A; 2BH1 A; 1S5J A; 3M8P A; 4N41 A; 2UXB K; 4KKO A; 1J54 A; 4CEO A; 3BUZ B; 1N8R O; 5AQQ A; 3QML A; 4KHP K; 2OZM A; 3LP3 A; 2HST A; 3DLE A; 3MX5 A; 1JKH A; 3ZT0 A; 4NCG A; 1EXQ A; 4OO1 J; 3I0R A; 5C15 A; 3V9W A; 3D6R A; 3V1O A; 3EN9 A; 4LY7 A; 3F9K A; 2NRX A; 3M1F A; 1EET A; 1BIU A; 3P5J A; 1LV5 A; 3OYL A; 3F9M A; 4CJQ A; 1IV0 A; 1ASW A; 1QTM A; 2QWR A; 3OY9 A; 3HXM A; 4DLG A; 3HP6 A; 1TV6 A; 2Q1N A; 1D9F A; 4CFD A; 4BRA A; 1NK4 A; 2QKB A; 3LAN A; 1CXU A; 4CGG A; 4IEE A; 4DSI A; 4L8R B; 4IFV A; 3OS0 A; 3K5O A; 4CF9 A; 1KSP A; 4AHV A; 4JV5 K; 3ULE B; 3V9S A; 4FZZ A; 4LFC K; 2ZWH A; 3M8Q A; 4FJK A; 3DLL L; 3D2F B; 3EEQ A; 1M90 O; 4CIF A; 1U48 A; 1HYZ A; 4CZE A; 3IS9 A; 4BY9 C; 3AVF A; 4KHY A; 3AVA A; 3AO2 A; 1QSS A; 3KVG A; 1NOY A; 3EO3 A; 1Y64 A; 4AQY K; 4JYA K; 2QXL A; 5AQM A; 4H0V B; 3H3O B; 4WFB L; 3THY B; 3AVC A; 3CC2 N; 4BRG A; 2VWB A; 4FLW A; 2Q97 A; 3IAY A; 3UKU B; 4DMN A; 1YVU A; 5K14 A; 1XNR K; 3ATV A; 3NF9 A; 2W40 A; 5AQJ A; 4K8X A; 2E2P A; 3N4Q A; 4DS5 A; 1EWR A; 2NRV A; 4BRL A; 4JKG A; 3TSP A; 4WQ4 A; 1RT1 A; 3WXM B; 1NK6 A; 4DQS A; 2YHA A; 2Q0U A; 4CJR A; 3DLB A; 4WQ5 C; 5HRR A; 4BC2 A; 3ALY A; 4NO7 A; 5KRS A; 4DV6 K; 2I5J A; 1VSI A; 3HM9 A; 4Y1C A; 2OPP A; 3AA3 A; 3CCR N; 3SNN A; 4WQ5 A; 4CZL A; 4CGI A; 3ULE A; 3SUN A; 4JK7 A; 3MCP A; 4WFA L; 2BAN A; 4DTR A; 4LF4 K; 4PUO A; 1NWK A; 1KVB A; 5TKW A; 2Z1H A; 3D2F A; 3O6W A; 4LF8 K; 4IFY A; 3NCI A; 4BRC A; 1TGO A; 4BRO A; 1HPZ A; 5AZI B; 4MO5 A; 4BR4 A; 3NVM A; 3J7A P; 5JS1 A; 2VQF K; 1I3A A; 1EQY A; 4IZ9 A; 5KTQ A; 3TTD A; 2YCH A; 3WQU A; 3JSM A; 4FWM A; 4BWM A; 3CPW M; 4HUE A; 4JI5 K; 3THY A; 1HYV A; 3AO3 A; 3I33 A; 3QEI A; 3UKU A; 4X62 K; 4DR1 K; 4CZG A; 5E84 A; 3A0I X; 2RN2 A; 3L4I A; 5JVG L; 1RT3 A; 3S41 A; 3BDP A; 2GV9 A; 1IKV A; 1IBL K; 4C1N I; 3VMF B; 4BRP A; 4HCC A; 1SL0 A; 2E2N A; 2NRH A; 3VQ8 A; 1VRU A; 3H46 O; 4EIA A; 2WTU A; 3DOL A; 4YOY A; 1HJR A; 3CER A; 4RWT A; 4B8C A; 3V81 A; 5M1N A; 4CEZ A; 5FPN A; 3T7Z A; 3KZB A; 1SZ2 A; 3CCJ N; 1RCH A; 3TSU A; 3TSQ A; 1VSH A; 4DQI A; 4BVO A; 5HP1 A; 4FLU A; 1RDD A; 3CCS N; 4PKG A; 1YHQ N; 3EE9 A; 4BC3 A; 3HST B; 2PFU A; 3CIP A; 2HW3 A; 5GIP A; 5AQT A; 4KI6 A; 2P5O A; 4ZTJ A; 2CGL A; 3ID8 A; 2IGI A; 5JMV A; 1W97 L; 4YOV A; 3U4L A; 4YHH K; 1HMV A; 1OH8 A; 3C6T A; 1HYS A; 4KTW A; 1IKX A; 3VEV A; 3FZF A; 4B1U B; 3L6Q A; 3KLE A; 5D3G A; 3EKS A; 3THV A; 1HKB A; 4IXC A; 1YT3 A; 4A2B A; 3J7Z O; 2VYP A; 5M1F A; 1WSH A; 3T1A A; 1QVG M; 3QIO A; 4CJP A; 4YDU C; 4M7Y A; 4H4M A; 1ATR A; 4BDP A; 1RDW X; 4OPJ A; 3ID6 A; 3OYI A; 4CD1 A; 4F2S A; 3RWU A; 3K57 A; 3QIP A; 3M8R A; 3P4I A; 4YDU A; 4BGB A; 3S3O A; 4M3T A; 4E7H A; 3DLR A; 3BF3 A; 2G8V A; 3O9U A; 3BGR A; 4ISG A; 3RR7 A; 4BWJ A; 4BRN A; 3EL2 A; 3P38 A; 1YVN A; 4G1Q A; 4FLZ A; 1X9M A; 1D8Y A; 3L2W A; 3KLG A; 5F1X A; 4DF4 A; 2HHV A; 1YUW A; 2G8W A; 4A61 A; 1YF5 L; 4M63 C; 3HOT A; 4GV3 A; 3T1Y K; 3WNG A; 5EU7 A; 1DTQ A; 5HRN A; 4DSE A; 5AR0 A; 2DFE A; 3AA5 X; 1Z26 A; 1VQ9 N; 2IS3 A; 4OPH A; 4FZY A; 1NNE A; 3PO5 A; 1WNS A; 4Z4G A; 1BUP A; 3M8S A; 5JIC A; 4DTJ A; 2HVI A; 3QNO A; 2PY5 A; 1NKB A; 3AVL A; 4RCH A; 3HI0 A; 1T05 A; 4E19 A; 3QDK A; 5AQN A; 4FLV A; 2WBN A; 4DSF A; 4B1V A; 1ASU A; 4LC9 B; 3WUH A; 3CJC A; 3FFK B; 1NLV A; 2NRW A; 4DSL A; 2HB5 A; 3A5M C; 3ZT3 A; 4O8U A; 1DT9 A; 4NB4 A; 2KHO A; 2A3Z A; 1C0U A; 3GE1 A; 4LH4 A; 2WUS A; 3VEO A; 4FM1 A; 3S3N A; 1IH7 A; 5CYQ A; 1BIS A; 5BPM A; 1OH6 A; 1FKO A; 1RTJ A; 1Z6R A; 5FRO A; 2W42 A; 2ZGY A; 3B8A X; 3A5L C; 4AHC A; 1VQ4 N; 4DQR A; 1XNQ K; 4CFB A; 1BHL A; 4JLH A; 1NJX A; 1NGC A; 4LSN A; 1X9S A; 1TUY A; 1XHX A; 4K0K K; 5AQG A; 4IO8 A; 4LF7 K; 3V9Z A; 1REV A; 2GUI A; 4C8K A; 1Q9Y A; 2X74 A; 3RRH A; 1T8E A; 3C95 A; 1B92 A; 3VQP A; 4OPK A; 3EY1 A; 3CCV N; 4M3W A; 1TYQ A; 4FLX A; 3DYA A; 3ZSY A; 4M3R A; 1RTH A; 5CR4 A; 1P90 A; 1ATN A; 3GOI A; 4FJ5 A; 1XC3 A; 2KKZ A; 4JN4 A; 4Z94 A; 4E7J A; 4O5F A; 3AV9 A; 3H1Q A; 1GLA G; 1E4G T; 5HLF A; 5C0Y A; 3OYH A; 3D7E O; 3TAG A; 1VQ5 N; 2IVN A; 3NFA A; 3G6E N; 2HHU A; 2O8E B; 1KLM A; 2KTQ A; 1RFQ A; 2KZZ A; 1RDC A; 4DV0 K; 3SAF A; 5FRM A; 4HUF A; 3TAP A; 1DLO A; 3VGM A; 1RBV A; 1GOC A; 1BCM A; 4DQQ A; 4FWK A; 3HM8 A; 3OYE A; 1BOT O; 3W0L A; 3QER A; 3HPO A; 4EZ9 A; 4DLE A; 1L5U A; 2LSN A; 3C6H A; 4RW9 A; 1IKY A; 1NGF A; 1QE1 A; 3VQA A; 4PKI A; 1RBT A; 2YHW A; 2XO7 A; 3O1W A; 3AY9 A; 3OHR A; 3D0P A; 1HKC A; 4BRQ A; 2Y1I A; 1N34 K; 3HTV A; 4JS4 A; 3NVK A; 1NK8 A; 3O80 A; 4DTX A; 4OKE A; 4FL9 A; 4EHU A; 3CCQ N; 3D2E B; 4R79 A; 1NM1 A; 5HBM A; 3DLH A; 3CJ7 A; 4E1M A; 4UY8 O; 3SMS A; 4YY3 K; 1NGH A; 5C12 A; 1WBB A; 1T7P A; 1CZ9 A; 5CE3 A; 3ZSQ A; 1RT7 A; 1S1T A; 4M7X A; 4BC5 A; 4NLB A; 3K5N A; 1JLA A; 1T6C A; 3KK3 A; 4CIG A; 3VEX A; 2HHW A; 3HT3 A; 4HTU A; 1SL2 A; 1OH7 A; 1GLB G; 2EHG A; 1VQM N; 4JI7 K; 5ADX A; 4JI8 K; 3HJF A; 2W41 A; 3CC4 N; 4JHD B; 3HSC A; 1BA0 A; 2X78 A; 4CZF A; 4ELV A; 4FJH A; 3VPZ A; 4F3O A; 3C6U A; 5C42 A; 3O3F A; 3LDS A; 4O0I A; 1UOC A; 2HBL A; 4DHY A; 2Z1J A; 5KQ8 A; 1CLQ A; 2CGJ A; 3WQT A; 4FWQ A; 5BR9 A; 4F2R A; 3SUP A; 1JCE A; 3HPH A; 3L3U A; 3NF8 A; 1WSJ A; 3LAK A; 1MA9 B; 2P9S A; 3K58 A; 2KW4 A; 3VQ9 A; 1XWL A; 4DTP A; 4QS9 A; 4M42 A; 3HPG A; 3CJ1 A; 4JKB A; 1KXP A; 1M1K O; 4O55 A; 4CED A; 5J1E A; 4GW6 A; 5B8H A; 2UUA K; 2HNZ A; 3UE5 A; 4FJ8 A; 4F3T A; 3AGK A; 4BE2 A; 3BZK A; 3VGL A; 4CGD A; 2H3G X; 1DEJ A; 4DTU A; 1NJZ A; 4JHD A; 2ZJQ L; 1VQ6 N; 3OJS A; 2DFF A; 1S6P A; 3H6E A; 2QA4 N; 1YJN N; 1NKC A; 1MDU B; 5E41 A; 1JLQ A; 2VGM A; 1HQE A; 1JLG A; 3G0Z A; 2Z1I A; 4CIE A; 2G8I A; 4AHR A; 4YOW A; 1SUQ A; 2GEM A; 2BE2 A; 4BVP A; 3UIQ A; 3NH2 A; 4FWP A; 4O0J A; 3L2R A; 3CI5 A; 4CGJ A; 1ZBU A; 3K5L A; 5BRD A; 2ETJ A; 1C0G A; 4OGE A; 4RW7 A; 3G4S N; 3K0S A; 4QOZ B; 2KFZ A; 2G8H A; 1WUA A; 1J5E K; 2QI2 A; 4DG1 A; 3HO1 A; 1HLU A; 1JCG A; 4FWR A; 1QQO A; 4CD3 A; 4CJ5 A; 4B1X B; 4B08 A; 4DFK A; 3IFR A; 3OW2 M; 5AQX A; 1IG9 A; 1HNZ K; 1RBU A; 3OBY A; 4IWV A; 4Y1D A; 3AGR A; 3A2F A; 1YTU A; 5KI6 A; 3H45 C; 4CEE A; 4C8O A; 4FCY A; 1XUP O; 5DMR A; 4FWO A; 4BRE A; 4IBN A; 4KAZ A; 1NGB A; 1X1P A; 4M3U A; 1ZBL A; 1T6D A; 2YHB A; 4CZI A; 4KB0 A; 3MED A; 2AP1 A; 2NRZ A; 3I56 N; 2E5L K; 3VEZ A; 4YFU A; 2HMP A; 1GLD G; 5AQU A; 3F5T A; 4IJN A; 3TPQ A; 1KRP A; 5JLF A; 5AQP A; 1X3M A; 4QS8 A; 5JVH L; 3ISN C; 2P9P B; 3IDH A; 3ZX3 A; 3LDO A; 4OX9 K; 1QS4 A; 3C94 A; 2HND A; 3ZYY X; 4XH5 A; 4CFA A; 4AHS A; 5AQS A; 4M45 A; 1K8K B; 1VQL N; 5AQV A; 4CJV A; 3J80 O; 4KTZ A; 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1QVF M; 4CHZ A; 2FBX A; 4MFB A; 3THX A; 3KK2 A; 3I8B A; 5BRE A; 3MAQ A; 3L0Q A; 4FJL A; 4FK2 A; 2DTU A; 4ID1 A; 3SQ2 A; 5AQW A; 3V1R A; 5KQD A; 1J6Z A; 3DOK A; 1D4X A; 3SPY A; 5FPE A; 1SAZ A; 4CZH A; 1IJJ A; 1C0T A; 1C1B A; 4O4G A; 4KRE A; 5BN9 A; 4AM7 A; 4CJS A; 3SYZ A; 2O4G A; 4U67 L; 2ZJP L; 4B9M A; 3DRP A; 1NJY A; 1RTI A; 1LWF A; 2O8D B; 3FGU A; 4B1Y B; 1GLL O; 5AZI A; 4IOC L; 3KD5 E; 3LDN A; 2B4J A; 4JI2 K; 1VSM A; 3EKU A; 4GVE A; 4XH4 A; 1NJW A; 3DLK A; 3D45 A; 5GAD P; 4OKJ A; 4XH1 A; 3HRG A; 3O5B A; 2HHQ A; 2OZS A; 1WLJ A; 4X65 K; 2P9U B; 4KRF A; 3CPE A; 1U2V B; 3CQX A; 4M3Y A; 4CGH A; 5C10 A; 3OVN A; 4CEA A; 3VTH A; 3CYM A; 4YOR A; 1RTD A; 1OVQ A; 3QO9 A; 1TAU A; 1SS6 A; 2O8F B; 5BRF A; 3E9L A; 5KPZ A; 4JS5 A; 3QEW A; 2UU9 K; 3LAM A; 3SV3 A; 3VES A; 3M3Z A; 4FWN A; 5EOY A; 2P5G A; 3MDQ A; 4A2A A; 1WB9 A; 1Z05 A; 2R7Y A; 4FJI A; 4GV9 A; 2VWJ A; 4CER A; 3WEE B; 4E89 A; 1N36 K; 1YIT N; 1NMN A; 1RDA A; 3HP9 A; 4KHS A; 2O8D A; 3UKR B; 3W3D A; 5AQL A; 3CFR A; 1FK9 A; 4HWI A; 1HRH A; 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