The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanism for expanding the decoding capacity of transfer RNAs by modification of uridines.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
25
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR1 K; 4LF7 K; 4DV3 K; 4YHH K; 2UU9 K; 4YY3 K; 4B3S K; 4JI5 K; 4AQY K; 4LF9 K; 2UUB K; 5A2Q O; 5IWA K; 4JYA K; 2VQF K; 4GKJ K; 4DV5 K; 4DR4 K; 4DR7 K; 1XMQ K; 1I94 K; 4OX9 K; 5AJ3 K; 4B3R K; 4LFA K; 3T1H K; 1XNR K; 2UXD K; 3J81 O; 4DV4 K; 4DR2 K; 3JAM O; 3J7Y P; 4KHP K; 4DUZ K; 4DR3 K; 3J80 O; 4JI7 K; 2UUC K; 3J7A P; 4DUY K; 2HHH K; 2F4V K; 2UXB K; 4DV7 K; 4X64 K; 2E5L K; 4CW7 B; 4JI1 K; 1HR0 K; 4JI3 K; 4B3M K; 4V19 S; 1IBL K; 4DV6 K; 5LMN K; 5IT9 O; 4JI0 K; 4NXM K; 4LF6 K; 4LF8 K; 1HNZ K; 4JI4 K; 4X62 K; 1N33 K; 4DR6 K; 1IBM K; 4LF4 K; 4X66 K; 1XMO K; 3OTO K; 4JI2 K; 5LMU K; 4DR5 K; 2VQE K; 4LF5 K; 1HNX K; 2UUA K; 5LL6 Z; 4DV1 K; 1IBK K; 4CVN E; 1N36 K; 4JV5 K; 4LFC K; 4NXN K; 1XNQ K; 4K0K K; 2UXC K; 4JI8 K; 4JI6 K; 3T1Y K; 1HNW K; 4B3T K; 4DV2 K; 1FJG K; 4GKK K; 2ZM6 K; 4X65 K; 4LFB K; 1J5E K; 1N32 K; 5FLX O; 5BR8 K; 1N34 K; 4DV0 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5JS1 A; 2PYL A; 5FRN A; 1LWF A; 2JGU A; 4F4K A; 4FYD A; 3ZX0 A; 3C6T A; 3VA3 A; 3KJV A; 3OYK A; 3NGZ A; 1QSS A; 1VQ6 N; 4H0P A; 3LM9 A; 2VWJ A; 1Y64 A; 2YKN A; 4DR7 K; 4IOX A; 1KC8 O; 3RMC A; 4FLX A; 1VAZ A; 3QIO A; 3PIP L; 3L2V A; 4AF1 A; 3N4Q A; 4B9L A; 3AA3 A; 1Z05 A; 3SAF A; 3ENB A; 2KKZ A; 3M8S A; 3SUN A; 4IOA L; 4TSX A; 1FW6 A; 4E0D A; 3F9K A; 2E1Y A; 2OTL N; 1XWL A; 1GOB A; 1NJY A; 1Q8I A; 3EEQ A; 4IG3 A; 4BR9 A; 2Q97 A; 3BUZ B; 4HTU A; 3HT3 A; 2O8E A; 1BIS A; 4FPB A; 3G10 A; 2BGG A; 1S9G A; 1C1C A; 2YX6 A; 3D2E A; 4DR3 K; 2YJE A; 4YDU C; 2D0A A; 3J7A P; 5J1E A; 4OPH A; 5C10 A; 3GOI A; 4KTW A; 4YFU A; 1VHX A; 5C25 A; 3FR0 A; 3PX0 A; 5AQJ A; 3KLE A; 4YOR A; 2HOE A; 5GIP A; 2AA4 A; 3OHR A; 4B1U B; 2CH5 A; 3V1O A; 4E7L A; 2PFU A; 1KAY A; 5CY4 A; 4HCB A; 3MXJ A; 4MO4 A; 3SAG A; 2VGN A; 2IOC A; 2P9S B; 3DLK A; 3BY5 A; 4IEE A; 4YOX A; 3DLB A; 2WBN A; 4DSK A; 3DJC A; 4N47 A; 3VQ4 A; 3DLL L; 1GLL O; 1N36 K; 4LSN A; 1JCE A; 1REV A; 3L0Q A; 2JLE A; 1VRT A; 4A2B A; 1OH5 A; 1M90 O; 1WSF A; 2X74 A; 1QTM A; 3M6G A; 3BF3 A; 5EOY A; 3LZI A; 4M3W A; 4CGF A; 4IG0 A; 1SZ2 A; 1LV5 A; 1BOT O; 3RTV A; 4XH4 A; 4KRE A; 3CG7 A; 2F8S A; 4PA1 A; 3ZSO A; 1S6P A; 5LJW A; 4IKF A; 4DU4 A; 4WQ5 A; 1QSL A; 4B1X B; 1JL2 A; 4YHH K; 4WCE L; 1ZBS A; 3WNH A; 5J2P A; 4CZK A; 5KPT A; 4CJL A; 2UUB K; 4B1V A; 1BHL A; 3WQU A; 3SLC A; 1VQK N; 4KB1 A; 4PUO A; 3VPZ A; 1WSE A; 4N41 A; 4O8K A; 3OJU A; 3PV8 A; 4DR4 K; 1J9A A; 1NMD A; 4CEF A; 1UA0 A; 3WXM B; 1GLJ O; 2QWN A; 5FPD A; 3WXL A; 3S3O A; 4B3R K; 2NRH A; 3EE9 A; 2YHW A; 1U4B A; 1VQ5 N; 4JKG B; 1SUQ A; 1NG9 A; 5GIO A; 1WBB A; 3TAB A; 3SMS A; 4DU3 A; 5C2F A; 4BC4 A; 1VQN N; 4KPY A; 3ASM A; 4FJ5 A; 5HRS A; 1JXB A; 3CJC A; 4DUY K; 3CCE N; 1RGI A; 3MN6 A; 4EHU A; 4H0X B; 2CGL A; 3KK2 A; 3CCL N; 3TAE A; 3O3F A; 5I3U A; 3ZEU B; 2LSN A; 1IBL K; 4ILG B; 3V9U A; 2O4I A; 5EXW A; 4HUE A; 4DF8 A; 2XY6 A; 2WON A; 1SL2 A; 2FBT A; 1V4T A; 1EX4 A; 4CF9 A; 2PZS A; 3AVB A; 1IJJ A; 4EIA A; 4NCG A; 3SQ2 A; 4BC3 A; 2WOM A; 1HJR A; 1G99 A; 2NUB A; 3AVI A; 3D2F A; 1NGE A; 3CCR N; 3THY A; 1TKZ A; 3JXU A; 3P5J A; 3E01 A; 3L6Q A; 3HL8 A; 2BDP A; 3T1A A; 1S1X A; 4I6M A; 5AZI A; 3DOL A; 3R9P A; 2W40 A; 2QWO A; 3C6U A; 3K57 A; 3UKR B; 1UOC A; 1VSD A; 4WQ4 A; 3ZSX A; 4CGG A; 1YTU A; 3CJA A; 2P9L B; 3CCJ N; 1Z6R A; 1KSP A; 2Z1I A; 3NF7 A; 4LF7 K; 3RR7 A; 2X6S A; 2Q2R A; 1L3V A; 4NCB A; 2HB5 A; 4H4M A; 5BRH A; 3ULE B; 4BC2 A; 3L2Q A; 4HUG A; 1KVC A; 4B9U A; 4ISE A; 3KLH A; 4WQ5 C; 1YIT N; 2D0P A; 3ZSY A; 4DLE A; 1J53 A; 1KVB A; 3IDH A; 1E4F T; 4CJU A; 4AM6 A; 4FK4 A; 2XRI A; 2OPP A; 1I94 K; 1GLD G; 3PO4 A; 3SBT A; 2NZT A; 1NK8 A; 2A1R A; 4B1Z A; 3VQQ A; 4CIG A; 3E9P A; 3KVG A; 4CGI A; 2ZJP L; 4CI6 A; 4JEP A; 3WEE B; 1EWR A; 2OTJ N; 3DMJ A; 4KI6 A; 2Z1G A; 1CXQ A; 5LY3 A; 4CIF A; 4IO9 L; 5AZJ B; 2O8C B; 2B4J A; 3WXK A; 1J6Z A; 3NF8 A; 1OH7 A; 1NGI A; 3H6E A; 2DTU A; 4ID5 A; 1DT9 A; 2HHX A; 4N5S A; 3SYZ A; 4RW6 A; 2IVP A; 1S72 N; 3FZF A; 1VSL A; 3P31 A; 4BDZ A; 3VET A; 3VER A; 3BZK A; 4AHU A; 4W5Q A; 4H4O A; 3TAQ A; 4HCC A; 2OPS A; 1YXQ A; 4BVP A; 3K58 A; 3V4I A; 4HVJ A; 3FZK A; 1GLE G; 1SS6 A; 4CJT A; 3LDO A; 2B6A A; 3L3V A; 1BGX T; 2IGI A; 4O8U A; 3F5T A; 4CEQ A; 3HI0 A; 5KRT A; 5JVH L; 4YOT A; 5EU7 A; 3VGK A; 1JLA A; 1JXE A; 3V1Q A; 3T1Y K; 3KK3 A; 4BC5 A; 1TK8 A; 4KH4 A; 3CJ1 A; 3I0S A; 4GKK K; 4OPA A; 3HVR A; 5CHI A; 4BRQ A; 4NCA A; 4H5T A; 3R3L A; 3NH1 A; 2HHQ A; 5AQG A; 2FSK A; 4KHW A; 3RRG A; 4WQ4 C; 4OKK A; 3MDQ A; 4DV3 K; 4MQ3 A; 1ZBU A; 3QBX A; 4JI5 K; 3LP1 A; 4H5W A; 2P5O A; 1HLU A; 1UWB A; 4CFB A; 1NKB A; 4RW8 A; 3OVN A; 1XHZ A; 2QXF A; 4BQL A; 1RTI A; 3WXI A; 5GAH P; 2A3Z A; 2E8A A; 4OX9 K; 3CER A; 2P9I B; 4IJA A; 4IXC A; 4C1N K; 3A5N C; 4WE1 A; 2QM1 A; 4CD3 A; 4DTM A; 1QQC A; 3DXK B; 1NK6 A; 5AQW A; 1QQM A; 1BCO A; 1C0T A; 3SCX A; 5CZ2 A; 4A5A A; 4E1N A; 4DSE A; 3K5L A; 3J80 O; 4JI7 K; 3TU5 A; 4YOU A; 1E3M A; 4BRO A; 3TSU A; 3VEN A; 4BRF A; 3SUP A; 1Z25 A; 4X64 K; 1QHT A; 2ASO A; 3FLC O; 3EYZ A; 4JNE A; 4JI3 K; 4FWM A; 1X9J A; 2I7P A; 1LCU A; 2F7T A; 1C1A A; 4CJW A; 3VQ6 A; 4YOW A; 3EO3 A; 1IBM K; 4CEO A; 4B1Y B; 1U45 A; 3C65 A; 3BDP A; 5B8H A; 3KLI A; 3VEW A; 3BEX A; 3H08 A; 3O08 A; 2YHY A; 4CK3 A; 3ZT0 A; 1YHQ N; 1BWF O; 3HPO A; 1NJW A; 5C12 A; 4FZY A; 3HOT A; 3P39 A; 4W5N A; 3VEZ A; 3HYF A; 2Q3S A; 5AQT A; 2YCH A; 1NGJ A; 4DTP A; 1W7A A; 2O8B A; 1VSE A; 3OYL A; 3KD1 E; 2HF4 A; 3FZL A; 5HBM A; 4CBW A; 2HHT A; 3OA9 A; 4X65 K; 1ASW A; 1SKS A; 4EZ6 A; 5K14 A; 4CK1 A; 4FJL A; 4B1W B; 3GG4 A; 2XO7 A; 3C0B A; 2ASP A; 4Y1C A; 4JKF A; 2P9P A; 3VES A; 4GV3 A; 1B9D A; 3NVM A; 3TAP A; 2HVI A; 2F96 A; 3QB0 A; 1NGF A; 4JYA K; 1WOQ A; 2VQF K; 2IVN A; 5AQV A; 4FLW A; 2ZJQ L; 3MN9 A; 1JLE A; 5AQH A; 4CE9 A; 2GEL A; 3CF5 L; 1W0H A; 3AGR A; 2O8E B; 3EN9 A; 3IAY A; 4OPJ A; 2PYJ A; 3D2E B; 5C42 A; 1NJX A; 1X3M A; 1MWK A; 2E2O A; 3HK2 A; 3CET A; 3BP8 A; 4QCL A; 3OBY A; 5KGW A; 4FWK A; 4NLB A; 2ZGY A; 1NJI O; 4DF4 A; 3WQT A; 3CFP A; 1C0U A; 5AQO A; 5BN9 A; 4WFN L; 4DTR A; 4QS9 A; 3NHG A; 5AQX A; 2G8F A; 4CEE A; 3SV4 A; 2QKB A; 4H0T B; 3I0R A; 3SNN A; 1D4X A; 4EP4 A; 3ATU A; 4JRQ A; 3RMD A; 5BR9 A; 1D9F A; 4FL9 A; 2KTQ A; 4DMN A; 4MDB A; 1EXQ A; 3HRG A; 4CZH A; 4DV7 K; 4FWQ A; 3CYM A; 4ELV A; 3D45 A; 1TL1 A; 2QI2 A; 4CJE A; 3CQY A; 1KVA A; 3S3N A; 1QS4 A; 4CFA A; 3OW2 M; 3C6H A; 4K42 A; 2NRR A; 2ZWH A; 4BRH A; 3O9Q A; 3ZYY X; 1RT2 A; 1MWM A; 4BGB A; 3S3M A; 3AA4 A; 4DR6 K; 3DLG A; 1VQP N; 4PQU A; 1OKJ A; 2KQ2 A; 3AV9 A; 1O13 A; 3U9Z A; 1GLA G; 3UKU A; 4DV1 K; 1IBK K; 3U6F A; 4OGE A; 2G8H A; 3EKS A; 3O9S A; 4HUF A; 3VTI A; 1GOA A; 1RDA A; 4PKH A; 5F0X A; 4BE2 A; 1L3S A; 1FXX A; 4CED A; 2HF3 A; 4M3U A; 1D8Y A; 3NH0 A; 3OYM A; 3KK1 A; 4Q0B A; 1S9E A; 1ASV A; 2VGM A; 3C6A A; 1WLJ A; 3FE1 A; 2EHG A; 1FJG K; 1RDC A; 2GBZ A; 3R8E A; 1SV5 A; 4BWJ A; 4LY7 A; 4I7F A; 1NKE A; 3KLF A; 2G8V A; 3O1B A; 4DG1 A; 4B3S K; 3KLG A; 4DCH A; 3OS0 A; 2I5J A; 1EP4 A; 2PBD A; 2YV0 X; 3VQC A; 3VGM A; 3OS1 A; 3JSM A; 4B9Q A; 4K8X A; 3LPU A; 3UE5 A; 4CGH A; 3TPQ A; 1BA1 A; 4ILH A; 1LW0 A; 3ZCM A; 4KTZ A; 3DRR A; 4GY2 B; 4KHS A; 1VSM A; 4M7Y A; 4N56 A; 2V7Y A; 1BIZ A; 4C8K A; 1NKC A; 3CIP A; 3EKU A; 3VQ9 A; 4F3T A; 2OCE A; 3H45 C; 2VWK A; 1TKD A; 3CD6 N; 1NK7 A; 4IFY A; 2V7Z A; 3OYD A; 3AAR A; 2Q0R A; 3AO5 A; 4H5V A; 1S1T A; 1S22 A; 5M1Q A; 1K8K A; 2A1S A; 3FZH A; 1QVF M; 2FF6 A; 4BR4 A; 1U47 A; 4GMJ B; 4C8M A; 5HOO A; 3V81 A; 5F1X A; 4NXM K; 2WTU A; 1VQM N; 4LF8 K; 3S9H A; 3O4N A; 2VG7 A; 4DTX A; 1BDG A; 2VWB A; 4I6M B; 5AZI B; 4JI2 K; 3OBW A; 1T44 A; 3TI0 A; 3ZET A; 3B6P A; 4FLZ A; 4CES A; 1QSY A; 3FZM A; 4EFH A; 4B3O A; 2F9W A; 2V51 B; 3RSE A; 4CHZ A; 1TYQ B; 3V9S A; 1WUA A; 5BPL A; 3KK7 A; 4FLT A; 1QQO A; 1RBU A; 3O1W A; 3ZT3 A; 4FWN A; 3U4L A; 4Y1D A; 4CHY A; 1J5E K; 2A41 A; 1C1B A; 3CC7 N; 2KFZ A; 3WNF A; 2GEM A; 3LWM A; 3D0P A; 4LF9 K; 2QWP A; 5M1P A; 3THW A; 4ISF A; 4BRP A; 1GLF O; 2Q1N A; 3ALY A; 4DFM A; 5JMV A; 4DTJ A; 4ILJ A; 4MFB A; 1SKR A; 3JYT A; 1HKG A; 1IH7 A; 3QEI A; 1DGK N; 3QET A; 4Z4F A; 4OLB A; 2ZE2 A; 1WN7 A; 4L3Q A; 3OYA A; 3IUC A; 3VQE A; 1T8E A; 2QWR A; 2OPR A; 1NLV A; 1R59 O; 5M1O A; 4LH4 A; 3MEG A; 4LFA K; 2HND A; 3E9O A; 3ITH A; 2RPI A; 4CJQ A; 1XNR K; 3THX A; 1JCF A; 2FBY A; 4DV4 K; 1TL3 A; 1YVU A; 4MO5 A; 4QS8 A; 3JAM O; 3AO3 A; 4H0V B; 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3TAM A; 3VEO A; 1XC3 A; 5CZ1 A; 3KTQ A; 4B9S A; 3EE8 A; 3MWT A; 4BRD A; 2HHH K; 3AO1 A; 4JD2 A; 3V9X A; 1ZBI A; 3NVK A; 4FWP A; 2QTD A; 3MN7 A; 4ZTJ A; 2Y1I A; 4DS4 A; 4FOI A; 4E7J A; 2VG5 A; 1NNE A; 2QWQ A; 3FGU A; 2O8F A; 1NK4 A; 2ITG A; 4DWI A; 4JI0 K; 5GAD P; 3P83 D; 1RT4 A; 3PY8 A; 5TKW A; 1A5W A; 5C15 A; 1S1V A; 4OJR A; 5E84 A; 3U8X A; 1XMO K; 2O8B B; 4G1Q A; 4XIU A; 2OA8 A; 5AQN A; 3QER A; 3LAM A; 4DFK A; 4CBU A; 3OY9 A; 2E20 A; 3HPG A; 1BQM A; 3ENO A; 1X9M A; 1RT3 A; 2P9P B; 4BRI A; 2G8U A; 4DSJ A; 2YKM A; 2IAJ A; 5F2R A; 4ELU A; 4A59 A; 3SBG A; 3NH2 A; 4O5B A; 1KTQ A; 1RBR A; 1QE1 A; 2WFB A; 3VEV A; 3WT0 A; 4OPK A; 1VSJ A; 4KTQ A; 4M7X A; 1IKW A; 3K0S A; 3EL2 A; 1F21 A; 1C0G A; 2KFN A; 4W5O A; 5A2Q O; 3FFI A; 1RFQ A; 1IKV A; 5DM7 L; 3EZ5 A; 3TSQ A; 1ILY A; 1ITG A; 4O55 A; 2QW9 A; 1K8A O; 3DYA A; 4J2E A; 3HO1 A; 4JKG A; 1WSJ A; 2EWS A; 2D1K A; 3V6D A; 3K5M A; 2QA4 N; 1BL3 A; 3PSI A; 4IFE A; 5AFU A; 4WYB A; 3CCQ N; 1TK0 A; 1L3U A; 1VQ4 N; 4JHD B; 5BN8 A; 4M3Z A; 3F9M A; 5BRF A; 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