3O3GA

T. maritima rnase h2 in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSKQLSPAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna-rna hybrid
source organism Thermotoga maritima
publication title Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 81
structure length 222
sequence length 222
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o3gA00
4N76A 2PYLA 3SNNA 1WSIA 4KI4A 2O4IA 1WSHA 2ZE2A 3PO4A 3DLKA 3VQ9A 3THVA 3WNEA 4CECA 3A2FA 3U3YA 4Z4GA 4YNQA 4ZTJA 3L3VA 3KLFA 1DLOA 3LALA 1SL2A 1SKWA 3SUQA 4DFMA 4F2RA 1LW2A 2HHQA 4OGEA 1G15A 3KLGA 3MXJA 1S1VA 2YNHA 1RTDA 3VQQA 1JLCA 1CZBA 1HNIA 1NK4A 1L5UA 4FLVA 3LWLA 3L8BA 4CJSA 4CJQA 1ZBUA 4JRQA 4Q5VA 3KLEA 1ASWA 2YHAA 4DSKA 2P5GA 2OA8A 3CFRA 1TKDA 1RTHA 4E7LA 2IGIA 1NK7A 3BDPA 4AHCA 4CJ5A 3WNGA 3HYFA 4F3OA 3LP1A 4DFKA 2HHXA 1VSHA 4M42A 1GOCA 4EP5A 1YTAA 5FDLA 3AVNA 1J54A 3VQEA 2HHTA 3VN5A 4DU4A 4FJ9A 3VQ8A 4QOZB 2JLEA 3S3MA 1I3AA 4ELTA 5KI6A 5CY4A 1T05A 1VSKA 2IAJA 4IG0A 3D0PA 3AA3A 3V4IA 1UAXA 1NJZA 4BWJA 4IFVA 4LD0A 3F73A 3CM5A 1JLFA 4DSEA 3NFAA 1C0TA 1RT2A 3DM2A 4C8LA 4RW9A 3FFIA 2FBTA 2F96A 3OYGA 3P83D 3TAEA 4E7HA 2PYJA 3MAQA 4CHNA 5E41A 3JSMA 5J2NA 3L2UA 4AHUA 4DS4A 2GUIA 4M3YA 4FLYA 4QAGA 1SV5A 1NKEA 2VG6A 4RW4A 4R5PA 4HVJA 4FJMA 3KLIA 3ZT3A 3SPYA 1BISA 3AVFA 3WNFA 1JXBA 4O5BA 4Y1DA 3SQ1A 2Z1IA 4CHZA 3F9KA 3TARA 4YFUA 2OZMA 1JLGA 4DTNA 1RDCA 1RT3A 3CG7A 2IDOA 4IG3A 3QNNA 3KD5E 2BGGA 4CF2A 4CF1A 3ZSVA 1YT3A 1L3VA 3B6PA 2X6SA 3RTVA 3SV3A 4OKKA 3TR8A 4FLTA 1LW0A 4FJ5A 4Z4HA 3QNOA 4M3UA 1KFSA 4B8AB 4KREA 4OJRA 2B6AA 1RDAA 1KFDA 4CEEA 4M3ZA 3VQPA 4ZHRA 4F2SA 2ITGA 4DF4A 3OYEA 3TANA 1S5JA 1HMVA 3OYBA 3LP2A 3L2RA 1N5YA 2HNYA 3TI0A 2HHVA 3AVAA 1TL1A 1Q9YA 3QEXA 1LV5A 3RRGA 2P51A 5FRNA 1EP4A 4DU1A 3LZIA 2YKMA 3G0ZA 4F4KA 2P1JA 3I8DA 1NOZA 1TGOA 4LY7A 1SUQA 1WAJA 2F8TA 4DLEA 3P5JA 1KTQA 1U04A 3SQ0A 1YTUA 5KRSA 3O3HA 1QSLA 2EX3A 2A1RA 3M8PA 4CGJA 3TAGA 2QXFA 4CK2A 2IOCA 1J5OA 4KHNA 3SCXA 3DRPA 4DQPA 2D0CA 3T1AA 2QK9A 4B9UA 4CHYA 3VQBA 1WNSA 3HL8A 3EYZA 3KTQA 4KPYA 4CIFA 3ISNC 2KTQA 3IS9A 4CJPA 2DFEA 3NHGA 2Q3SA 4GMJB 4CJTA 1NK8A 2DTUA 4FJLA 4W5QA 1QS4A 2FBYA 3AV9A 4CEAA 3WNHA 4CEFA 4EP4A 1K6YA 3HP6A 1D9DA 4F8RA 1BCMA 1RBRA 1RCHA 3H08A 4K8ZA 2OPRA 4KFBA 1S6QA 1WAFA 1QE1A 2F8SA 2HHSA 4W5TA 3I0RA 3K57A 2AJQA 1JLQA 3LWMA 3HT3A 1NKBA 3S3OA 2Z1JA 4HUEA 4LSNA 5HRPA 2XY5A 2FBXA 4CE9A 1C1AA 3AA4A 2HHUA 4IDKA 3SUOA 4FZXC 3DYAA 3QO9A 2XRIA 3SJJA 4PWDA 4FJ7A 1VRTA 3VA3A 4J2BA 1VSJA 4CFCA 3PX4A 1ZBIA 2G8IA 1RTIA 4FJIA 4MFBA 2O4GA 3KKRA 5T7BA 4DTXA 4E7IA 2P5OA 3DRSA 1JKHA 4BE0A 4G1QA 3SI6A 1TL3A 4FLUA 1RBTA 2RPIA 4CFAA 1TKXA 5CZ1A 2ATQA 1JLEA 1XI1A 4CESA 1S1XA 4B9VA 3TAPA 2DY4A 1XC9A 4CF0A 4DTRA 3NBPA 3K5LA 1GOBA 1J53A 2WONA 2Z1HA 4M3RA 4NCGA 3VQ7A 1XHZA 2OZSA 4FJJA 2Y1JA 1VSEA 2OPQA 3ZSXA 2R7YA 3PX0A 3C95A 5FRMA 2W42A 4HCBA 4AILC 3HK2A 3RMAA 4BACA 4DG1A 3OJSA 1KVBA 1BHLA 5KGXA 1NOYA 3SQ2A 1KCFA 4CFDA 2HHWA 4I2QA 4MQ3A 4CGGA 4NCAA 5SZTA 4DU3A 4E1NA 1XHXA 4JS4A 4RW7A 1N6QA 1L3SA 1R0AA 3MEGA 2X78A 3TAFA 1BQMA 3K5MA 4XIUA 4DQIA 3DI6A 4I7FA 3K5NA 3LZJA 2B4JA 4DTOA 2I5JA 1KVCA 2NUBA 1VRUA 3QEIA 2X74A 4FK0A 1ZBHA 1RT6A 1CXUA 4ID1A 4OVLA 3HVTA 3OYAA 1C0UA 2FBVA 3TABA 3IAYA 2KFNA 1KLNA 3O3GA 1TV6A 3HPGA 1BCOA 1HQUA 4LSLA 3HVRA 1TK0A 1LWEA 1RBVA 4DFPA 1IKVA 1UWBA 1NJXA 2G8HA 2E6MA 3RRHA 5JS1A 4IKFA 1RT5A 4H4OA 1FK9A 3RWUA 1B92A 3KKSA 3RR7A 4FZZA 3NF9A 4PQUA 1DTQA 3NF8A 1Q9XA 2E6LA 3TAQA 4CGDA 2ETJA 3OJUA 2LSNA 3VQAA 4AHTA 4DSLA 1IKWA 4FK4A 4I2PA 3OYFA 3LP0A 5D3GA 3NH1A 2RKIA 4O0JA 3AVJA 4RW6A 1VSFA 2D0BA 4WE1A 5JS2A 3KIOA 1BI4B 2G8KA 3M8QA 3DOKA 1NK6A 4FW1A 4H8KA 4W5RA 3M8RA 3KD1E 4E1MA 3TWHA 1W0HA 3AO1A 3V9ZA 3DLGA 1IH7A 4FLXA 3AVIA 2BDPA 4CJFA 4B9TA 4QCLA 4DWIA 4FW2A 1EETA 1RDDA 1CXQA 4KTWA 4BDYA 1HYVA 4J2AA 4CEOA 4ICLA 3NGYA 1HNVA 3DLBA 5KRTA 3NH0A 1FKPA 1GOAA 1D9FA 1ASUA 1BI4A 1LAVA 1UA0A 3K2PA 4M3XA 1ZBLA 3ULDA 3CFOA 1QSSA 3HP9A 4Q0BA 1EXQA 4AHVA 4N5SA 3AVKA 1MU2A 1O1WA 1QQCA 4CHOA 3P1GA 3NDKA 4W5NA 4C8MA 3CYMA 3OS1A 2QKBA 3KK1A 5EU7A 1L3UA 2G8FA 3L3UA 4OLAA 3ALYA 4OPJA 3V9WA 4E7KA 3UIQA 4FJXA 4FLZA 4ID5A 3I0SA 3NF7A 4UQGA 4DTSA 1Z26A 1IKYA 3VQ4A 4JLHA 1UA1A 2G8UA 4Z4FA 3C94A 4Z4EA 1RBUA 1LAWA 3NH2A 4JRPA 5J2MA 2DFHA 5KGWA 1TAUA 2KQ2A 2YV0X 2YNFA 1ZYQA 2ZQBA 4C8KA 1HYZA 3IRXA 4DSJA 4M3WA 3OS0A 4OKEA 3SUPA 1NK0A 1SKRA 1TKTA 2X6NA 1VSMA 1VSIA 2G8VA 1I39A 3D45A 4I9QA 4BE1A 1W9HA 3CFPA 4DTUA 4CHQA 4E0DA 4FZYA 2WOMA 1CZ9A 4CGIA 3L2VA 1JLBA 1RT1A 1TVRA 2QKKA 4E89A 4NCBA 5C24A 1Y97A 1T8EA 1BQNA 4FJHA 3LPTA 3OYIA 1WLJA 3DMJA 3S3NA 5K14A 4DQQA 1QTMA 5J1EA 1ASVA 3OS2A 1U47A 3VQ6A 3DLEA 4FCYA 3LAMA 2JGUA 4CJ4A 1BGXT 4ZTFA 3NGZA 5I3UA 1RTJA 3OVNA 3K59A 1IG9A 1C6VA 1S1UA 3ZSRA 4E3SA 4DTMA 4FJ8A 3SV4A 3OYKA 3NCIA 4CJKA 1FKOA 4CJEA 3K58A 3QETA 4J2EA 3BGRA 4CJUA 4KHWA 4KTQA 3AO3A 3AVLA 3SPZA 4KB0A 5CYQA 1SL1A 4JS5A 3AO4A 4CF9A 4B9NA 4CCHA 1C1CA 5DK5A 2A1SA 5HRRA 4CERA 1YVUA 3ZT0A 4NYFA 4FLWA 4GW6A 4CJWA 4W5OA 4DFJA 1D8YA 4LH5A 2KZMA 1EKEA 3L2QA 2HMIA 4CGHA 1QHTA 1A5VA 3C6TA 5HROA 3DLHA 1S1TA 1J9AA 4OKJA 4CIGA 3V9UA 4FJKA 4DQSA 4OLBA 3HJFA 3V9XA 3AVHA 3QESA 4M45A 4FJGA 4OGCA 2B5JA 3NGIA 2G8WA 1BIUA 1EX4A 3V1OA 4KV8A 4DSIA 5HBMA 3E01A 2KZZA 2XY8A 3O4QA 2GBZA 3PX6A 1TK5A 3EY1A 3ZSWA 4B3OA 2D0AA 2XY6A 3C6UA 2OYQA 2BANA 2KW4A 4NYNA 2KFZA 1D5AA 1RT7A 3AVCA 1KLMA 4CEDA 1IKXA 1HPZA 1S1WA 4BE2A 3MECA 4FK2A 5HP1A 1F21A 3HM9A 1S9EA 4DQRA 2BE2A 4KHUA 3KK2A 1C0MA 3QLHA 4RW8A 3OYLA 3AVBA 3V81A 4L8RB 1KVAA 4FYDA 3LP3A 3PO5A 4N41A 4I9LA 3RMCA 3OYHA 3O3FA 1X9WA 3QINA 2E4LA 4GVMA 3ZT2A 4O0IA 4HHTA 1NJYA 1A5WA 3IG1A 3OYJA 3EZ5A 4DMNA 3PY8A 3T3FA 2VWJA 4KHYA 2FC0A 3ZT1A 3AVMA 4M41A 1WSGA 4CFBA 3SZ2A 5HLFA 5KTQA 3V6DA 3PV8A 2YNGA 4AHRA 4C8OA 1JXEA 4H4MA 1HYSA 4FM1A 2RF2A 2D5RA 1VSLA 3HO1A 4KHQA 1TAQA 4B8CA 4CHPA 1NJWA 4Z4IA 4Z4CA 4BDZA 2PZSA 5J2QA 3ZT4A 4CJ3A 4Z0UA 4KO0A 4EZ9A 1U49A 1U48A 4DTPA 4BDPA 3DRRA 4FJNA 1SKSA 2DFFA 3VQ5A 5FROA 3QERA 4KHSA 4FM2A 3M8SA 3NE6A 4PA1A 3RMBA 3AO2A 1REVA 4CK3A 5HRSA 3DLRA 1X9SA 3G10A 2RN2A 2HVIA 3ZSOA 3ASMA 3VQDA 3V9SA 3B6OA 3T19A 4CK1A 3OYMA 1T03A 3KK3A 3QEVA 3MXIA 1WSEA 3AA5X 1IO2A 1XWLA 4KI6A 4CEQA 1Z25A 3HXMA 2IC3A 4KAZA 3ITHA 3MXMA 3AVGA 3K5OA 4Y1CA 1HQEA 3MEEA 3S9HA 4CJVA 4PY5A 1L3TA 4J2DA 1FXXA 2HNZA 3AA2A 5CYMA 3JYTA 4O4GA 4K8XA 4EZ6A 4AH9A 3MEDA 1WSFA 1B9FA 2HB5A 4FVMA 1WN7A 2Z1GA 4N56A 1BL3A 3OYDA 2XHBA 5I42A 1ZBFA 3KLHA 1JL1A 4DS5A 4FXDA 1UOCA 3OYCA 5SWMA 4HUGA 1RT4A 1LWCA 1JL2A 3HSTB 4N47A 4ELUA 1VK0A 3ZSYA 4FM0A 3ZSQA 4B08A 3QEWA 3O4NA 3L2WA 4KKOA 3U6FA 4KB1A 1Q8IA 2IS3A 4RG8A 4CF8A 2YHBA 4M3TA 4OPKA 5DMRA 1S9GA 3HPHA 3RMDA 4F3TA 1DTTA 3SUNA 1S6PA 4LH4A 4KRFA 4C8NA 1QSYA 2HVHA 1CLQA 4CJLA 4CIEA 4B9LA 3LPUA 1RDBA 2VWKA 2XO7A 1X1PA 2EHGA 2OPSA 4DF8A 4BWMA 2HNDA 3VQCA 3NAEA 1WSJA 1RNHA 1BIZA 3SYZA 4IFYA 1SL0A 5C42A 3QIOA 3LANA 1ITGA 2YNIA 4DSFA 4O55A 4DTJA 4B9MA 3V1RA 4CJRA 4DLGA 1TKZA 2ZD1A 3OY9A 1LWFA 1VSDA 4O44A 3U3GA 3VA0A 4HCCA 4CGFA 3ZSZA 5J2PA 4HUFA 1A5XA 1RBSA 4AHSA 1NK5A 3OYNA 3CM6A 4TSXA 3QEPA 2Y1IA 1U4BA 3PUFA 1JLAA 4B9SA 4E19A 1NKCA 3LDSA 4HTUA 3SQ4A 1B9DA 3V1QA 1NK9A 1KSPA 3RR8A 4PUOA 5C25A 2VG5A 1HJRA 5CZ2A 2GV9A 3CQ8A 3QIPA 1TK8A 1KRPA 2PY5A 3AO5A 3DOLA 1X9MA 2XY7A 4ELVA 2OPPA 1RILA 3HPOA 3ZCMA 4CEZA 4E7JA 4IBNA 3KJVA 4KTZA 2HW3A 2YKNA 3TAMA 4CEBA 5HRNA 1T7PA 1C1BA 3NF6A 1HRHA 2VG7A 3LAKA 1U45A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GKJK 1WSIA 3UKUB 4FSVA 1NG9A 1DLOA 3SUQA 4DFMA 3JAMO 1G15A 1OH7A 1RTDA 3VQQA 3BZCA 3TPQA 3ZETB 4BVOA 2E8AA 3LWLA 3M6GA 4BRLA 3KLEA 3BF3A 1TKDA 1K73O 4YOTA 3BDPA 4CJ5A 3HYFA 1IBMK 4M42A 3AVNA 1J54A 3GDQA 3VQEA 4YHHK 1M1KO 4BQLA 3IMXA 4JN4A 2JLEA 4BR4A 4ELTA 1I3AA 1TUUA 4B1YB 2HBKA 5CY4A 3T7ZA 2IAJA 1UAXA 2I7PA 4NXMK 3CJCA 1JLFA 4DSEA 3NFAA 1RT2A 4WQ5A 4FWOA 3H1VX 3MAQA 5E41A 2UU9K 5IT9O 4CZLA 4RW4A 4BRMA 1XMQK 1BISA 4HWIA 3AVFA 2HF3A 5C2FA 3SQ1A 2Z1IA 2OZMA 4CD3A 1JLGA 4DTNA 3E9PA 3ID6A 4IG3A 3QNNA 4BRHA 1O13A 3ZSVA 4H5RA 2OANA 2X6SA 3B6PA 4Z4HA 2O8FB 1S3XA 4JK9A 3VQPA 4ZHRA 4F2SA 3C65A 3VGMA 1WBDA 2HHVA 3DLLL 3RRGA 1EP4A 4DU1A 5AQKA 3LZIA 3IDHA 4PKGA 1NOZA 2ZGYA 1SUQA 3BUZB 2VGNA 4QS8A 2DPNA 3M8PA 2O8DA 4ILHA 3EKSA 4DUZK 2QK9A 5AQRA 4L3QA 4LF7K 3EEQA 2QM1A 4BG8A 3IS9A 3NHGA 1KQSM 4X65K 4CEAA 4CEFA 4B3MK 1YHQN 3H08A 2OPRA 1S6QA 4K0KK 1JCEA 3OTOK 2O8BB 3S3OA 4RWTA 3HBTA 3D2EB 1C1AA 3CCEN 4DV3K 3DYAA 4JAXA 4F9OA 2HSTA 4CFCA 1RTIA 4FJIA 4DTXA 2FLOA 4E7IA 4BE0A 1JKHA 1XUPO 1TL3A 2RPIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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