1X3MA

Crystal structure of adp bound propionate kinase (tdcd) from salmonella typhimurium
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
publication title Crystal Structures of ADP and AMPPNP-bound Propionate Kinase (TdcD) from Salmonella typhimurium: Comparison with Members of Acetate and Sugar Kinase/Heat Shock Cognate 70/Actin Superfamily.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 136
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2005-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3mA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3mA02
4L3QA 3WXLA 3MDQA 2WUSA 2E2PA 4BVOA 3FFKB 3FGUA 3LDNA 4FO0A 4FWQA 1C0GA 3VOVA 3LDPA 2ZGYA 2E1ZA 3D7EO 2FSKA 3ZEUA 3A5OC 1J6ZA 4A2AA 1RGIA 3A0IX 2QXLA 4BRMA 5BN8A 4BQZA 4IZ9A 4B1YB 3RSEA 3LDOA 3QFPA 4BR2A 4BC5A 4I6MA 4MO5A 1NGGA 3DXKA 2HOEA 1TYQA 2AP1A 3P4IA 1YVNA 4H5NA 5AQGA 5FPDA 2ZGZA 5KQDA 5EXWA 2GWJA 3O1BA 3H6EA 5AQJA 4MLEA 3M3ZA 5CE3A 4E1JA 1HUXA 3H46O 4NO7A 3IFRA 2OANA 1E4GT 4IO8A 3BEXA 1TUUA 4Z94A 3O8MA 3O4WA 3EN9A 5AQOA 5AQQA 4C23A 4JD2A 1GLBG 1YAGA 3UKUB 5EVZA 3HSCA 3UB5A 3DAWA 5AR0A 3QDKA 3WQTA 4CZKA 3GDQA 3UKRA 1NLVA 2E8AA 1BWFO 4BG8A 5BRHA 2A6AA 3ENOA 1JCEA 4BRIA 1R59O 3CJ1A 4H0VB 2F9WA 4IWVA 4K25A 1BA0A 4B1XB 3VEYA 3ENHA 4QS8A 3FLCO 3D2EB 3D2FA 3GL1A 5AZIB 2QWNA 3LL3A 3VESA 5KQ8A 2NRHA 2YCHA 4BQLA 1Z6RA 2P9NB 1V4TA 1KXPA 3C7NB 3I8BA 3M6GA 2GWKA 2Q1NA 2F9TA 4QS9A 2GELA 3CJAA 4Y0WA 2QWLA 1BOTO 2UYTA 4GY2B 2P9KB 5KPRA 3VETA 1NWKA 4EIAA 4WQ4A 3QFUA 1JCGA 5BN9A 3U4LA 4BRFA 4QS7A 5B8HA 4K41A 1NGBA 3R6MA 3VEXA 5JLFA 1P8ZA 3AAPA 4HTLA 3QICA 1NGFA 4BGBA 4XH4A 2IVPA 3CETA 1QHAA 4A62A 3OHRA 1DGKN 3CIPA 2P9SB 2A42A 3H1QA 4FOEA 2PBDA 4J8FA 5AQYA 3WEEB 4JHDB 2QWMA 4FWSA 1BUPA 1D4XA 4BGAA 4H0TB 3D2FB 4EAHD 1QZ5A 4WQ5A 2VCPA 1HJOA 3R9PA 5AQIA 3H3OB 2P9IB 4YDUC 1WUAA 2DPNA 4FOIA 3VPZA 3UKUA 1BDGA 2Q0RA 4H0YB 4BC3A 4K42A 1NGCA 4MLHA 3TU5A 4AM7A 4BG9A 3IUCA 3A8YA 2HMPA 3IMXA 1GLCG 3WXIA 1GLLO 4DQ8A 3HZ6A 2V7ZA 4AM6A 1IG8A 3ATUA 5JICA 2P9LB 1QQNA 1GLDG 3VEVA 1KAZA 3MK6A 3MN7A 4B1ZA 4B1VA 4CZGA 4CJ7A 5AQVA 4XH1A 3SJHA 3D2EA 5KPTA 4FPBA 3ZETA 3GBTA 3WXKA 5AZIA 3FZLA 3CJ7A 2ZF5O 4CBUA 2E2NA 1HX1A 3VF2A 2NLXA 1ATRA 4O5FA 3TPQA 2P9NA 3IDHA 2CH6A 4H5VA 3C7NA 3BF3A 5F1XA 2ASOA 3H1VX 3HM8A 4CD3A 2I7PA 4CD1A 2E2QA 3MN9A 3ZX2A 2P9KA 4PKIA 1Z05A 5I9EB 5FPMA 4B9QA 2W41A 2Q97A 5JLHA 2GUPA 5LY3A 5AFUA 5AQRA 1X3MA 5ADXA 1CZAN 3CJBA 3JXUA 3SLCA 2FF6A 5BREA 3KVGA 3L4IA 4CZIA 5EX5A 2YHXA 2QWQA 3QBXA 4H0XB 1G99A 1ATNA 3ATVA 3EL2A 4IJAA 4FWMA 2P9SA 2Q0UA 1GLJO 1ZXOA 5AQLA 4BRAA 4DCHA 3EO3A 3O5BA 2CH5A 5AQUA 3SK3A 4BRQA 2QWOA 5TKYA 3WEEA 2ASPA 4JHDA 3CJCA 2QWRA 3ZETB 1K8KB 1HKGA 1XC3A 1KAXA 2P9IA 3VEOA 1T6CA 5AQFA 4CZJA 1YXQA 3F9MA 4BRPA 3CQXA 1LOTB 4H0PA 4ISFA 3FZFA 4JNEA 1H1VA 5AQTA 3S41A 2Q31A 2IVOA 3VF6A 3VGMA 3CHWA 2QWPA 3DXMA 4CBWA 5AQXA 5AQHA 2I7NA 4F9OA 3O6WA 3A5NC 3L0QA 2VWBA 2P9LA 4XH5A 1JCFA 5BPLA 1HLUA 1XQSC 1ATSA 2HF4A 4CZHA 1OKJA 1GLAG 3FZHA 3U9DA 2FSJA 3I33A 2NZTA 5AQKA 1NGHA 1KAYA 3W3DA 2FF3B 3BF1A 3AY9A 1NGJA 3FZMA 4EFHA 4LC9B 4KBOA 2A41A 2AA4A 4FWKA 5FPEA 4RWTA 5BR9A 4CZMA 2E2OA 1T44A 2A3ZA 5BPMA 2V51B 3EKUA 4IJNA 3WT0A 4EHTA 3FR0A 2P9UA 4CI6A 2YHWA 5AQZA 4DB3A 1EQYA 3ZX3A 2VYPA 5AQSA 2FLOA 3J8AA 4CZLA 2QW9A 4M7XA 5ELZA 2YJFA 3LM9A 4FL9A 4ISGA 2P9PA 2ITMA 3SMPA 3W0LA 4BR0A 1C0FA 3QB0A 3DXMB 1S3XA 4EHUA 1SAZA 3H3NO 4BC4A 4FWOA 3WQUA 5E84A 1MWKA 3U9ZA 3HI0A 4DHYA 4BREA 2EWSA 2Q36A 1BG3A 4FSVA 3LDLA 1QQOA 1T6DA 3VENA 4BC2A 3CERA 4BR4A 3WXJA 3JS6A 5BRDA 3WUHA 1K8KA 3AARA 1IJJA 1NGEA 2W40A 3EKSA 4XEIA 3B8AX 3MMVA 4M7YA 1NM1A 4YDUA 2IIRA 4PKHA 1HKCA 3VEZA 4BR7A 3U8XA 3O08A 2YHYA 2P9UB 4BRNA 3VF4A 4RTFD 3ZX0A 2GEMA 5AZJB 4PL8A 1X9JA 4H5TA 1ESVA 4HWIA 4WYBA 4BRDA 1WOQA 2D4WA 4PKGA 3MN5A 2P9PB 4FWNA 1Q18A 4IXCA 3HBTA 4MO4A 4CZFA 1GLFO 3R8EA 1U6ZA 4CBXA 5EY4A 2A40A 5E26A 3A5LC 4BR9A 3DJCA 1HPMA 5LJVA 4H0OA 3VEWA 4JN4A 3A5MC 1NGDA 3QBWA 4H5WA 1X3NA 3CQYA 3CI5A 3VGKA 3ID8A 1U2VA 5FPNA 3O1WA 3VGLA 2A5XA 4FWLA 3ULEA 1HKBA 1BA1A 4BRKA 3BUZB 2V7YA 2YJEA 1E4FT 2QM1A 1NBWA 4FWPA 3FE1A 3UE5A 2E1YA 4JAXA 2V52B 4BR5A 2KHOA 4WQ4C 3ZEUB 4B1WB 1NGAA 2D1KA 4BVPA 4RCHA 4A2BA 3RSEB 2CGJA 5EOYA 1V4SA 4I6MB 5AQMA 3DXKB 5AQNA 1TYQB 2FXUA 1XUPO 1Y64A 4H5RA 5BRFA 3G25A 3LM2A 1MDUB 3HTVA 3KHYA 3VERA 4BRGA 4CZEA 3KZBA 2ASMA 3C0BA 4FWRA 1QQMA 1ZC6A 1LCUA 1NGIA 4PL7A 4A61A 3L6QA 3MCPA 1SZ2A 4WQ5C 5BPNA 3O80A 3QMLA 1MWMA 2BUPA 1BU6O 4O8KA 4JD2B 2HF3A 1TUYA 3CJ9A 3GOIA 2J4RA 4GNIA 1U2VB 3LDQA 1GLEG 3H45C 2D0OA 3ULEB 2E20A 3SMSA 5AZJA 4BRCA 1ZBSA 3GG4A 2FSNA 2BTFA 4M63C 3GE1A 2Q2RA 3FZKA 5KPZA 1SQKA 4H03B 1S22A 3UKRB 4BRLA 4FPAA 1RFQA 1RDWX 2PAVA 3AAQA 2E88A 4B1UB 3MN6A 1BO5O 4K43A 2CGLA 1DKGD 5AFUH 5ADXH 2IVNA 5F2RA 2YI1A 4NB4A 3BP8A 5JMVA 1DEJA 1MA9B 1QZ6A 2D0PA 2GTDA 4ISEA 1NMDA 3M1FA 5F0XA 4BROA 5AQWA 5LJWA 2H3GX 2ZWHA 1YUWA 2CGKA 3DWLA 3EZWA 4BRHA 5AQPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QK9A 4NCGA 4DFPA 2WUSA 4BVOA 3FGUA 3AA3A 3LDNA 4PY5A 3CPEA 2ZGYA 2YHAA 4NCAA 4FJJA 2XY6A 1RGIA 2BGGA 1BHLA 4E1NA 1YHQN 4LFBK 4IZ9A 4BC5A 3AVJA 3TTFA 4DG1A 2P1JA 1IBLK 1TYQA 1XNRK 5FPDA 1YVNA 2ZGZA 5KQDA 5GIOA 2GWJA 4B3OA 3O1BA 5AJ3K 1VQLN 3OS2A 2HHUA 3OS0A 4E1JA 3IFRA 2OANA 3J80O 3OJSA 1E4GT 2XY7A 4C1NK 1TUUA 4CF2A 3O8MA 1QE1A 2O8FB 1J9AA 5AQOA 1B9FA 3V9UA 4HCBA 3VQBA 1YAGA 5EVZA 3HSCA 2Y1JA 3DAWA 1CZ9A 3WQTA 2W6LA 1BQNA 4CZKA 3GDQA 1JLCA 3UKRA 1B9DA 3HO1A 2VWKA 4Z4IA 2YNHA 1SUQA 4GKJK 5C0YA 4Z0UA 2XY8A 5IWAK 3QESA 4IEIA 4H0VB 4IWVA 4FJ9A 1BA0A 3EZ5A 1BIZA 3ENHA 4QS8A 2KZZA 3CCLN 4CEAA 3D2FA 3LL3A 1I39A 4LFCK 1NU0A 5I42A 1WNSA 2YCHA 4BQLA 1NJIO 1Z6RA 3THVA 3LP2A 3NF7A 1U4BA 1V4TA 3C7NB 3PSFA 5HBMA 1C1BA 2F9TA 2B5JA 3CJAA 4KHWA 3V4IA 3TTCA 1YF5L 3TAGA 1W2BM 4FVUA 3VETA 2FBTA 1NWKA 1U45A 3QFUA 3U4LA 1BL3A 3EY1A 4K41A 3V1QA 1NGBA 3AAPA 1XMQK 1VQ7N 1F21A 4R5PA 2YV0X 4XH4A 3CETA 4E7IA 2ZJPL 1WSFA 1DGKN 1U49A 1YTAA 2WC9A 3RMCA 4CFDA 5HRPA 4C8NA 4JI3K 3WEEB 4J8FA 2OPRA 4DLEA 4YOYA 4H0TB 3D2FB 3J7AP 3AO5A 1HJOA 1TL1A 2P9IB 3TI0A 5C2DA 4YFUA 1HPZA 1WUAA 1JKHA 4CEOA 4JEPA 4BY9C 4PQUA 2OTLN 4X65K 2VG6A 4C8OA 5FLXO 4MLHA 1EETA 3IUCA 5CHIA 5M1QA 1GLCG 4MDBA 1Q8IA 1QHTA 3CM6A 3ATUA 3ENBA 3MK6A 3MN7A 4O0IA 3V9WA 5AQVA 2RF2A 1JL1A 5AZIA 4E19A 1RDUA 3O4QA 3K5LA 3LANA 2HHVA 3NE6A 3VF2A 1IBMK 4C8LA 1YVUA 4DQIA 4LF5K 4BE2A 3IDHA 2ASOA 3T1YK 1RT1A 1HQUA 4CD1A 4AHSA 1EO1A 1BQMA 1JL2A 1IH7A 3C95A 1TKXA 3C6TA 1RBUA 4IOCL 5J2MA 1Z05A 2D0CA 2Q97A 5JLHA 3AO1A 5LY3A 5ADXA 5AQRA 1CZAN 3SLCA 2FF6A 3QINA 2O8DB 2YHXA 5KGXA 3QBXA 1G99A 1ATNA 1JLAA 5IT9O 3EL2A 5M1PA 4FWMA 2Q0UA 1KLNA 3V9ZA 4KPYA 2QWOA 2ASPA 4JHDA 4BDZA 3CJCA 3OYJA 2QWRA 2HHHK 3SPZA 4X64K 1XC3A 1KAXA 1L5UA 1T6CA 3SPYA 2AJQA 5HOOA 3CCVN 1EWRA 5C12A 1WAJA 1FXXA 4DSEA 2KFNA 5AQTA 3S41A 2Q31A 2IVOA 3L3VA 4DV1K 3V81A 5AQHA 5HL7L 1W7AA 3ALYA 3L0QA 5GAEP 4IO9L 4YOVA 3M5RA 1ATSA 2HF4A 4CZHA 2HVHA 1OKJA 4J2BA 4JKCA 1GLAG 4E3SA 4NXMK 2NZTA 2LSNA 3RRHA 1ASUA 5AQKA 4HUFA 1NGHA 3HPGA 3W3DA 3OY9A 1Q82O 2FF3B 5D3GA 4EFHA 4AHUA 4G9ZA 4CZMA 1L3UA 3L2RA 4ID1A 4CJUA 4HTUA 4KB1A 4IJNA 3ITHA 3QIPA 3K9KA 3PO5A 3FR0A 2P9UA 3RVCA 4LSNA 4AHRA 3OYLA 3CCUN 1A5VA 3HXMA 3SAFA 3ZSYA 1NK7A 4LFAK 2FLOA 4CHPA 4CZLA 4M7XA 5ELZA 4ZTFA 2NRZA 4ISGA 2ITMA 4DR5K 3W0LA 4WE1A 3HYFA 1HQEA 4BR0A 3NAEA 3SCXA 4QCLA 4DLGA 3QB0A 1ITGA 1W97L 4EHUA 3ZT4A 3LP1A 4FLZA 3RR7A 2YNFA 1D8YA 4DS5A 3WQUA 3MXMA 1Q7YO 5E84A 5TKWA 1MWKA 4DFMA 3U9ZA 3AVAA 3LP0A 3K5OA 3F73A 4FSVA 3QERA 4CIGA 1MU2A 3THYA 2OYQA 3WUHA 1K8KA 4JKBA 1A5WA 1FK9A 4XEIA 3B8AX 1NKCA 1A5XA 1RBTA 2IIRA 4PKHA 1HKCA 4I2QA 4H4OA 4BR7A 3QEWA 4N5SA 2YHBA 4UQGA 2P9UB 4BRNA 3VF4A 1KD1O 1JLFA 2GEMA 4PL8A 1X9JA 3AVCA 4B9MA 3CFRA 2PY5A 1ESVA 3HPHA 1UAXA 2VG5A 2D4WA 4YHHK 3BZKA 1XMOK 1WSHA 1RT7A 2RN2A 4FWNA 4BWMA 1Q18A 3ZSQA 3PIOL 4IXCA 1GLFO 1U6ZA 4CJ3A 3A5LC 1VQ4N 1S6PA 2KFZA 3L4QA 3DJCA 1S9EA 3ZT2A 4RW7A 3EE9A 2UUCK 3D0PA 3QBWA 1QVGM 4JKHA 4RW8A 5DK5A 5FPNA 2NNWA 3O1WA 3VGLA 1NG9A 3K59A 2A5XA 3ULEA 3BUZB 5CZ2A 4B9SA 1E4FT 4FWPA 4FZXC 1YJNN 1K73O 2O8BA 4F3TA 1Q9YA 2O8EA 1KFDA 1KCFA 3ZT1A 4BR5A 4DTMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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