1X3MA

Crystal structure of adp bound propionate kinase (tdcd) from salmonella typhimurium
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of ADP and AMPPNP-bound Propionate Kinase (TdcD) from Salmonella typhimurium: Comparison with Members of Acetate and Sugar Kinase/Heat Shock Cognate 70/Actin Superfamily.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Propionate kinase
total genus 136
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2005-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3mA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3mA02
3DXKA 2W40A 2P9KB 1HKCA 3LM9A 4CZKA 2EWSA 1QQMA 4K41A 2IVNA 3ZEUA 2P9PB 1BWFO 2VWBA 3C7NA 3FFKB 3ZX2A 3EKUA 3IDHA 3DXMB 2P9LA 1ESVA 4PKGA 3CJ1A 3HZ6A 4B1WB 4I6MA 4FOIA 3CJ9A 4CZIA 4DCHA 4CI6A 1HX1A 3CIPA 2QWOA 3O5BA 2ASOA 3G25A 5AQRA 3P4IA 4HWIA 4EIAA 5EOYA 1E4FT 3FZFA 1NWKA 2VYPA 1ZBSA 4CZLA 1KXPA 3DAWA 4J8FA 1SZ2A 4FL9A 2FLOA 3M6GA 5AZJA 3VEOA 1GLDG 3EZWA 3W0LA 3LDQA 4K42A 4B9QA 4CBWA 2V51B 4EHUA 3UKUB 4CBUA 2D1KA 1QHAA 1YVNA 1T6CA 1TUUA 1GLJO 1J6ZA 3B8AX 4M7YA 4ISGA 1NGEA 1YUWA 4BR2A 2F9WA 3IFRA 3QBWA 3A0IX 1CZAN 4MO5A 1TYQA 5BR9A 3A5OC 5AQZA 3C0BA 3AY9A 4KBOA 4WQ5C 2IVPA 1BOTO 1U2VA 5BN8A 4A61A 2FXUA 3VEYA 2ZWHA 3C7NB 4JAXA 3VEVA 2FF6A 4H5WA 2P9LB 3ID8A 3FLCO 5BPNA 5KQ8A 3GG4A 5AQKA 1LOTB 3FZMA 5F2RA 3DJCA 5AZIA 2Q0RA 1E4GT 1RGIA 2QXLA 1BU6O 4QS8A 2P9PA 2ZGYA 4M63C 3VF4A 3DXMA 3WXLA 3H3NO 3MN9A 3O1WA 2VCPA 3H45C 3QDKA 4H0XB 2A42A 4Y0WA 2ZF5O 3HM8A 3LDPA 4IWVA 4FWNA 3QBXA 3U8XA 4WYBA 5CE3A 3QMLA 4H0VB 2ASPA 3SMPA 5JLFA 4MLHA 1SQKA 1XQSC 3DWLA 3VETA 2P9IB 2GEMA 3F9MA 3WT0A 4B1XB 4Z94A 1JCEA 2AA4A 2CH5A 2I7PA 4K43A 1NGDA 3CJBA 2GUPA 3QICA 4NO7A 1Z6RA 4XH5A 5AFUH 2E1ZA 3R9PA 5AQFA 5FPEA 3H1VX 5BPLA 4HTLA 4BGAA 5KPZA 3CJCA 4QS9A 3FZHA 5BN9A 4JD2B 3L0QA 2ITMA 2FSJA 4BC2A 1HKBA 2YCHA 2QWLA 5LY3A 2UYTA 2YHXA 1NGHA 4CBXA 5AZIB 4BR0A 2Q1NA 2Q2RA 3ENHA 1TUYA 2GTDA 3MN5A 4IZ9A 1K8KB 1XC3A 5AQWA 3O8MA 2P9UB 2Q31A 4MLEA 5EY4A 1D4XA 2W41A 3GBTA 3VGLA 1GLAG 4WQ4C 4JHDB 3FR0A 2PBDA 3SJHA 2WUSA 3BEXA 2QM1A 2ASMA 1MWKA 5AQUA 3MN7A 4DB3A 1NGCA 3BF3A 3A5NC 1KAYA 4AM6A 3MMVA 4RTFD 4O8KA 2J4RA 2FSKA 2YJEA 4BRLA 2D0OA 5AQMA 5KQDA 2V7ZA 1YXQA 3EL2A 3IUCA 3I8BA 2HMPA 3CHWA 4BREA 5E26A 4H0TB 3I33A 4GY2B 4PKHA 1KAZA 4WQ5A 2V7YA 3L6QA 4BVOA 3QB0A 4CZFA 3CI5A 4NB4A 3LDLA 3A5MC 3ATVA 2P9IA 3H46O 5BRFA 5BRHA 3LDNA 1ZXOA 2D4WA 3LL3A 5EX5A 2FF3B 2I7NA 3MDQA 1NGBA 4IXCA 2OANA 2E20A 1XUPO 5FPMA 1MDUB 3ULEA 1QZ5A 4YDUC 3TPQA 4FWOA 3R6MA 3WQTA 3GL1A 3U9DA 4FWKA 4CZGA 3H1QA 3ZETA 5F0XA 5AQHA 3FE1A 4IJAA 4JD2A 2A6AA 1ATNA 4CZMA 2F9TA 1GLFO 4BRNA 3JXUA 4H0PA 4RCHA 5BRDA 3MCPA 5KPTA 2CGJA 3O4WA 4CZEA 3CETA 1RDWX 3MN6A 5AQXA 2P9SA 4CZHA 5B8HA 3GE1A 3O6WA 1K8KA 2A3ZA 2P9UA 4ISEA 3FZKA 3BF1A 3UKRB 2A5XA 4JHDA 1QQOA 4M7XA 3GOIA 3BP8A 3SLCA 4B1UB 1Z05A 4AM7A 4XH4A 3WXKA 3D2FB 3ATUA 3KZBA 4B1ZA 2AP1A 4A2BA 4A2AA 5AFUA 4BQZA 2A41A 3JS6A 4BR5A 3BUZB 1BG3A 2E2NA 4JNEA 4BR9A 3VENA 4H0YB 4BRHA 4CJ7A 4PL7A 5JLHA 4FWLA 2GWJA 4EFHA 3M1FA 1DKGD 2HF4A 2E1YA 5AQQA 3FZLA 4BR4A 2V52B 1BA0A 1DEJA 3HSCA 4JN4A 1QQNA 5LJWA 3M3ZA 3ULEB 4K25A 3VGKA 3O1BA 5JICA 3SMSA 3ZETB 4BRMA 2E2PA 1ATSA 1YAGA 2PAVA 3H3OB 3SK3A 4WQ4A 3KVGA 3CQYA 1C0GA 1H1VA 3O08A 1BO5O 2NLXA 1X9JA 4PKIA 4CZJA 3A8YA 3H6EA 4FWPA 3EN9A 1P8ZA 5BPMA 5AQLA 1ZC6A 4L3QA 2P9SB 3LM2A 5EVZA 1HLUA 3IMXA 1HKGA 2E88A 1S3XA 3TU5A 2Q0UA 3GDQA 1NGJA 1U6ZA 3CJAA 3O80A 3R8EA 4BG9A 4F9OA 3HTVA 2CGLA 1Q18A 2QWMA 3CERA 1GLCG 4H5RA 4BRKA 2KHOA 4FWSA 2QWQA 1HJOA 3UKRA 1SAZA 3QFPA 5EXWA 3WXJA 3AAQA 3RSEB 3ZX3A 3U9ZA 2IVOA 4BG8A 4BRDA 4EHTA 4C23A 4EAHD 1BUPA 1JCFA 3U4LA 4BVPA 3D2FA 2Q97A 1MA9B 3ZX0A 3D7EO 5AQTA 3WEEB 3VEWA 3VOVA 4BC4A 1HPMA 4XEIA 4ISFA 4YDUA 4GNIA 5ELZA 2BUPA 1BDGA 1GLEG 2GELA 4FOEA 4BRAA 5BREA 1X3MA 4A62A 1NM1A 4O5FA 5AQIA 3HI0A 2YJFA 1WUAA 5AQVA 2NRHA 3VF2A 5LJVA 1EQYA 1T6DA 2CH6A 4BC3A 3VGMA 1JCGA 5AQSA 4BROA 5AQJA 3UB5A 4DQ8A 4PL8A 5AQOA 5AQNA 1IG8A 4BR7A 4XH1A 1DGKN 3UE5A 3WQUA 4E1JA 4LC9B 3D2EA 1R59O 5AQGA 4BRPA 2DPNA 2BTFA 3WXIA 4B1YB 2P9NA 1KAXA 3VPZA 2YHWA 3J8AA 3VEXA 4BRCA 5AR0A 3CJ7A 3DXKB 3LDOA 4IJNA 2IIRA 3AAPA 5ADXA 1BA1A 2QWNA 4FO0A 3W3DA 1ATRA 3ZEUB 3A5LC 4CD1A 3WUHA 2A40A 3L4IA 1IJJA 1NGGA 1NGIA 4I6MB 2P9KA 4H5NA 1WOQA 2E2QA 2QW9A 3OHRA 4BRIA 3S41A 1HUXA 2Q36A 3RSEA 3EO3A 1C0FA 2QWRA 3VF6A 4BRQA 4BRGA 4FPAA 5ADXH 1NLVA 4FSVA 4DHYA 5F1XA 5FPDA 1V4TA 1RFQA 2FSNA 4H0OA 3EKSA 4BC5A 5AZJB 1OKJA 2YI1A 4FWQA 3WEEA 1NMDA 4FWMA 1NBWA 1LCUA 4CD3A 1NGAA 3VEZA 1V4SA 4H03B 3VERA 2HF3A 1QZ6A 1X3NA 4BGBA 2NZTA 4BQLA 2D0PA 1T44A 2QWPA 3D2EB 3VESA 4MO4A 1GLBG 2YHYA 5KPRA 3FGUA 3ENOA 2P9NB 5FPNA 4IO8A 2H3GX 3UKUA 1G99A 3QFUA 5TKYA 1GLLO 3KHYA 2HOEA 4H5VA 4QS7A 2E2OA 1TYQB 3MK6A 4RWTA 2CGKA 5AQPA 2GWKA 5I9EB 4H5TA 5E84A 4FPBA 3HBTA 2ZGZA 1U2VB 2E8AA 1MWMA 5AQYA 1NGFA 1S22A 4BRFA 4FWRA 4B1VA 1Y64A 3CQXA 5JMVA 3AARA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DXKA 2OZMA 4K41A 3L3VA 4F2RA 4DUYK 1RT5A 1BWFO 4E7JA 4E7LA 1JJ2M 4FM1A 3L2UA 2P9LA 3AVJA 3CJ1A 3S9HA 3HZ6A 3CCVN 3J81O 4FOIA 4AQYK 3CIPA 3VN5A 4TSXA 3O5BA 3PX0A 1NJXA 3G25A 5AQRA 4CJ4A 4EIAA 1ZBSA 2DFFA 1KXPA 4DFMA 4MFBA 2FLOA 5AZJA 1XC9A 1I94K 3PX4A 3LDQA 3E9OA 3LANA 3U6FA 4FW2A 5GAGP 4CGJA 1NK0A 2V51B 3OTOK 1WBBA 2D1KA 1X9WA 4YOTA 4IO9L 1TUUA 1GLJO 5C12A 1OH6A 1IV0A 3KLGA 3T3FA 4CHPA 4M7YA 2NRVA 4IFEA 3LAKA 2F8TA 1NGEA 2VGNA 1YUWA 4BR2A 4CEFA 1DTTA 2ZM6K 3QBWA 1TYQA 5BR9A 1RDBA 4FM2A 3C0BA 1BOTO 3CCSN 3V9WA 5BN8A 4A61A 1XNQK 2HBMA 3O9SA 4FLXA 4K8XA 1J54A 2P9LB 5BPNA 4W5OA 3CM5A 5F2RA 2Q0RA 4KKOA 4QS8A 4JI8K 3PO5A 4BWMA 3WXLA 3O4NA 3CC4N 1NMNA 5J2PA 3O1WA 2G8VA 5FRNA 3THXA 3QDKA 3DRPA 3OYJA 2A42A 4IFVA 3HM8A 3ID6A 3LDPA 2P1JA 3QIPA 4M3WA 4ELUA 3U8XA 5HLFA 1X9SA 3LPTA 2X74A 3QMLA 4OPKA 5JLFA 2HNDA 1HRHA 3KK7A 3DWLA 3LWLA 3L8BA 2FC0A 3VETA 4WCEL 2GEMA 3TAMA 3MXMA 3DRSA 3HK2A 2QK9A 5AJ3K 1JLEA 3L3UA 3QICA 2GUPA 4NO7A 2YNFA 5AFUH 4C1NI 4X62K 4CHZA 3HP6A 4B8AB 1QS4A 1GOAA 3NE6A 4DSJA 3T1YK 4WE1A 4JD2B 5CYMA 2ITMA 4BC2A 2BDPA 4H4OA 2YCHA 2QWLA 2UYTA 4CBXA 1EETA 4YNQA 4FJJA 1LWEA 3I8DA 4N47A 4DQSA 1TUYA 1SKRA 3BGRA 4KFBA 4J2AA 2R7YA 4F2SA 4WF9L 3L2WA 4MLEA 1D4XA 3VGLA 1GLAG 4JHDB 2Y1IA 3SJHA 2WUSA 4C8NA 4W5QA 3CXCM 2QM1A 4DTPA 5AQUA 4DB3A 3U3YA 1NGCA 3PUFA 3A5NC 1KAYA 4AM6A 1IH7A 4E1MA 4CF2A 4RTFD 4WFBL 4L8RB 1J9AA 1CZ9A 3B6OA 4I2QA 3MCAB 1YXQA 1L3TA 5JVGL 4QCLA 3CYMA 2JWKA 5E26A 4PHTX 1W0HA 3I33A 2X78A 4OGCA 3VQ6A 1VSDA 4BVOA 3QB0A 4CZFA 3LP2A 3CI5A 3OS1A 3ATVA 3H46O 4GKKK 1KVBA 1EX4A 3LL3A 4M3XA 4M3TA 2OPRA 2G8IA 2E20A 1XUPO 4GVEA 4Z4HA 4F3OA 1MDUB 1QQCA 4CK1A 1QZ5A 3QO9A 3TPQA 4GV6A 3GL1A 1KCFA 4JKDA 4JKEA 3H1QA 1RBVA 1LWFA 3T1AA 3T69A 3TTDA 1B9FA 4FJ9A 4GV9A 1Q8IA 3IS9A 3CM6A 1RBRA 2WTUA 3THVA 4DF4A 3O4WA 4BY9C 3MXIA 1L3SA 3GE1A 1FKOA 3O6WA 1L5UA 2HVIA 2A5XA 3R3LA 4E7IA 4FLUA 3KLFA 1BCOA 4B1UB 4XH4A 4DU4A 3ATUA 3KZBA 3OY9A 1XMQK 5AFUA 1R0AA 2RKIA 1RTDA 3JS6A 4HCCA 2E2NA 4Z4GA 2IS3A 3OYIA 2RPIA 4H0YB 4JRPA 2GWJA 3P5JA 2HHHK 3MX2A 5AQQA 4HVJA 4CJVA 3FZLA 3J7AP 1Q9XA 5LJWA 1S1UA 4CJKA 5C10A 5JICA 3L2VA 3ZT4A 3SMSA 5I42A 2E2PA 4BDZA 1TK0A 3H3OB 1TK8A 3F5TA 4WQ4A 3PSFA 4DR6K 3O08A 1VSKA 2B6AA 3D6RA 3PY8A 1TKZA 3O9RA 3EN9A 3OA9A 3AVNA 3G71N 3SNNA 2YNGA 3OYKA 4L3QA 2G8FA 4NCGA 4F4KA 5EVZA 3K5OA 3IMXA 4FXDA 1LV5A 3VQPA 1NGJA 3O80A 3E9LA 3TI0A 4AHVA 3AVGA 1SKSA 1JLGA 4G9ZA 1TGOA 4BRKA 1NKCA 2KHOA 3ZSOA 2E4LA 5EXWA 3AAQA 3SPYA 3U9ZA 3HXMA 4BG8A 4BRDA 4EHTA 4LF6K 1UA0A 4B8CA 1JCFA 3U4LA 1S6QA 3D2FA 4DKWA 1MA9B 3D7EO 3WEEB 4CJFA 4XEIA 3M8SA 4DV2K 4J2BA 4FW1A 4GNIA 4CHOA 5HBMA 1GLEG 1WSGA 1JLAA 3AVAA 1HNIA 3HI0A 4CEZA 5LJVA 3WNGA 2P5GA 4C8MA 4JKCA 2NRTA 1M90O 1RT7A 5AQSA 1IBLK 4KI4A 5AQNA 1HPZA 4HUEA 1T7PA 1FK9A 2HVHA 3QERA 2PY5A 1RTIA 4BR7A 4AHRA 1VQON 4KHQA 2WOMA 4ELTA 4LC9B 1U49A 4KTQA 4BRPA 1WBDA 4JLHA 1C0MA 1NK5A 1LW2A 5GIPA 5KRSA 2D0AA 4BRCA 5JS2A 4IJNA 3AAPA 1QSYA 4FO0A 1N33K 1ATRA 1YI2N 4CD1A 1NGIA 2UXCK 4OVLA 2HHSA 4I6MB 4EP5A 4H5NA 1KFSA 2E2QA 1BHLA 4ZTJA 4DTSA 4BRIA 2VWKA 3ZT2A 2Q36A 4KPYA 4UY8O 1C0FA 3VF6A 3VQQA 5ADXH 2I5JA 1NLVA 5F1XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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