2GUPA

Structural genomics, the crystal structure of a rok family protein from streptococcus pneumoniae tigr4 in complex with sucrose
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
MTIATIDIGGTGIKFASLTPDGKILDKTSISTPENLEDLLAWLDQRLSEQDYSGIAMSVPGAVNQETGVIDGFSAVPYIHGFSWYEALSSYQLPVHLENDANCVGLSELLAHPELENAACVVIGTGIGGAMIINGRLHRGRHGLGGEFGYMTTLAPAEKLNNWSQLASTGNMVRYVIEKSGHTDWDGRKIYQEAAAGNILCQEAIERMNRNLAQGLLNIQYLIDPGVISLGGSISQNPDFIQGVKKAVEDFVDAYEEYTVAPVIQACTYHADANLYGALVNWLQEEKQW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords ROK family protein
publication title The crystal structure of a ROK family protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4 in complex with sucrose
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 92
structure length 289
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA01
2FSJA 3O80A 2QWMA 3VEOA 3QBWA 4WQ5C 3H1QA 3EL2A 4XH1A 4CZKA 4BR7A 4M7XA 1BWFO 5EXWA 3WUHA 4BR4A 5ELZA 4QS7A 2EWSA 5AQIA 1Y64A 3FZFA 2BUPA 2F9TA 4BREA 3U9ZA 4B9QA 4DB3A 5EOYA 1GLBG 4RCHA 5AZIB 4BRFA 4EHTA 3LDLA 3VPZA 3ATVA 3BEXA 3SK3A 2V51B 4YDUA 3A5MC 2IVNA 2IVPA 2ASOA 5AQQA 2P9LB 5KPTA 4FO0A 3SJHA 2P9SB 3VENA 5CE3A 3VEVA 2H3GX 3TU5A 2P9IB 4BRIA 1HX1A 2AA4A 4K43A 4IJAA 2VCPA 3QDKA 1GLCG 3VEYA 1BDGA 1EQYA 4B1ZA 1JCEA 4HWIA 1BA1A 3CHWA 3HZ6A 3KHYA 3LM2A 4M7YA 5F1XA 2E88A 1X9JA 1TUUA 3S41A 5BRFA 3O1BA 4CI6A 3I33A 3JXUA 2CH6A 2HMPA 1U6ZA 4CZHA 3SMPA 5AQRA 3MN5A 1S22A 4JD2B 3D2FB 4BRAA 2Q36A 3QICA 2E2PA 4L3QA 2FF6A 3U9DA 4ISGA 1U2VB 4BRHA 2PBDA 2E1YA 1IJJA 3R6MA 3G25A 4WQ4C 1HKCA 4ISFA 2GTDA 3AY9A 5BR9A 4CZFA 5AQUA 3VF2A 3ZEUB 5AQTA 3HBTA 5AQXA 4MLEA 4H0OA 1T6DA 1TYQB 4CD3A 1JCGA 1NLVA 4NO7A 3O4WA 1GLAG 1R59O 2GELA 4H0XB 2YCHA 2Q31A 5ADXH 2GUPA 4CZGA 3RSEA 4XH4A 4CZLA 2P9LA 3BP8A 3D2EB 2CGKA 1BG3A 3AAQA 4A2AA 4EAHD 3VEZA 2P9SA 2ZF5O 3AAPA 3DXMB 4EHUA 3LDNA 3HM8A 2P9IA 1MWMA 4BRNA 3UKUB 1XC3A 2Q2RA 4RTFD 4FWQA 2HOEA 4DQ8A 5E84A 4IXCA 5BN9A 1LOTB 3GOIA 5AQVA 1YXQA 4IJNA 1NGCA 1ATSA 3QMLA 2QWQA 1MDUB 4AM6A 2ZGYA 3LDOA 4BQZA 3C0BA 3LDQA 1RFQA 4H0PA 1C0FA 3WXKA 3CJ9A 1CZAN 3MDQA 3DXKB 3KZBA 1IG8A 3A5LC 4M63C 5AQJA 1NWKA 1K8KA 1ZBSA 3FE1A 5AQPA 3D2FA 4DCHA 1SAZA 3L6QA 2IVOA 3UE5A 3O6WA 5BPLA 5KQDA 1C0GA 1GLFO 1HKBA 3DWLA 2HF4A 1BA0A 4DHYA 1P8ZA 5AQKA 3HI0A 1X3MA 4FWLA 2DPNA 2FSNA 3WXLA 4GY2B 1V4TA 3OHRA 1X3NA 3CQYA 3GBTA 4CZEA 2Q0UA 2A40A 4FL9A 5JLFA 1GLDG 1TYQA 4AM7A 2YHXA 3W3DA 4YDUC 1KAXA 3GDQA 4PL7A 4BGBA 5LJVA 3O1WA 2D4WA 3C7NB 1H1VA 3WQTA 4WQ5A 4BC5A 3O08A 5AFUH 3SMSA 3WQUA 3U8XA 4H0VB 4IWVA 2P9KB 1TUYA 2VYPA 2QWPA 3BF3A 1HUXA 4XH5A 2FF3B 3O8MA 2Q1NA 1NMDA 3BUZB 3UKRB 3P4IA 3R8EA 3ENHA 5FPEA 4BC3A 4FWPA 5AQZA 2FLOA 2NZTA 3D7EO 2GEMA 3DJCA 3HTVA 2E2QA 5FPMA 4HTLA 2NRHA 2E1ZA 2I7NA 3LM9A 5AQOA 1NGHA 3BF1A 3A0IX 1QQNA 5EY4A 2ZGZA 3FZMA 4BROA 3M3ZA 5AZJA 2E8AA 4C23A 4QS8A 1QQMA 5EVZA 5AFUA 3L4IA 4CZMA 1S3XA 1NGEA 3MN7A 4H03B 5TKYA 2A3ZA 4JHDB 2QXLA 4LC9B 3SLCA 3HSCA 2QWOA 3EO3A 5BN8A 3TPQA 3WEEB 4BR5A 3MK6A 2NLXA 1MA9B 2A6AA 4BRLA 3FZHA 1HKGA 4FPAA 3EKUA 2AP1A 5AQGA 3ULEB 4JNEA 2V7YA 5BREA 4FWRA 3CERA 2I7PA 1NGGA 3F9MA 3IMXA 4FSVA 2VWBA 3AARA 2FSKA 4F9OA 3FZLA 1MWKA 4H5WA 3H1VX 2QWRA 4O5FA 5AR0A 5AZIA 3A5NC 3EKSA 4WQ4A 2HF3A 4CZJA 3CJCA 2A5XA 4PL8A 1NGFA 3IDHA 1E4FT 1XUPO 3C7NA 3CI5A 3MCPA 4IZ9A 3ZETB 5LY3A 1ATNA 4B1UB 3LL3A 5BRDA 4BR2A 1LCUA 1G99A 4EIAA 3R9PA 4MO4A 4H0TB 4RWTA 4FWOA 4BR0A 1Z6RA 2P9UB 3L0QA 2D0OA 4J8FA 2CH5A 3W0LA 4BGAA 2P9PB 4NB4A 2Q97A 5KPZA 3FZKA 1BUPA 1DKGD 1GLLO 4JN4A 1XQSC 3GG4A 4FPBA 1NM1A 4FWMA 5FPNA 1KAYA 5ADXA 2UYTA 5KQ8A 1HJOA 4JD2A 4I6MB 1SZ2A 2A42A 4H5NA 3M6GA 3CJBA 1U2VA 2ASMA 3ZX3A 4MO5A 4PKGA 3MN6A 4CBXA 5F2RA 4PKHA 1GLEG 2E20A 4FOEA 5B8HA 1T6CA 1KAZA 3JS6A 3IUCA 1YAGA 2D0PA 2P9NB 3I8BA 4H5RA 3WEEA 3ATUA 4BRGA 3ZEUA 5AQNA 1BOTO 4A62A 2E2OA 1E4GT 2W41A 4FWSA 4A61A 5I9EB 4BVPA 5AQSA 3CJAA 2YHYA 4QS9A 1BO5O 2CGJA 3H3NO 4ISEA 5AQYA 3O5BA 5BPNA 4BQLA 2ZWHA 4BRDA 1V4SA 2QWNA 4O8KA 2A41A 2OANA 1ZXOA 3ZX0A 2QWLA 2QM1A 2V52B 2V7ZA 3GL1A 3D2EA 4GNIA 2E2NA 2IIRA 2F9WA 4BRMA 3DXMA 4K25A 1D4XA 4B1XB 3EZWA 3ZETA 4CZIA 5AQHA 5JMVA 3FLCO 4K41A 3RSEB 4BG8A 4CBWA 1WUAA 3QB0A 3UKUA 3VEXA 4K42A 4BC4A 4WYBA 3J8AA 4Y0WA 4CD1A 2GWJA 3IFRA 4FWNA 2P9UA 3H46O 2BTFA 1QHAA 1RGIA 4BRPA 3A5OC 3MMVA 3U4LA 2P9PA 3ENOA 1ESVA 4A2BA 1YUWA 3CETA 3H6EA 2WUSA 1NGIA 4MLHA 5AQMA 3A8YA 3DXKA 4EFHA 3VF4A 5EX5A 1GLJO 3QFUA 3CIPA 2YHWA 4I6MA 4BR9A 4H0YB 2W40A 3KVGA 5F0XA 1K8KB 3EN9A 3FFKB 5AQWA 1NBWA 1KXPA 4CJ7A 1NGDA 3CJ7A 4BRCA 4IO8A 1NGBA 1Q18A 3QFPA 2P9NA 4BG9A 3VGKA 5JICA 1NGAA 4B1WB 3FGUA 3M1FA 3ID8A 4FWKA 2YJEA 1WOQA 4BVOA 3WXJA 3B8AX 1RDWX 3QBXA 1HPMA 1QZ5A 5FPDA 3H45C 5AQFA 4BRQA 1HLUA 4H5TA 5BPMA 1SQKA 1T44A 1ATRA 1JCFA 4H5VA 4KBOA 2QW9A 1BU6O 2P9KA 3CQXA 4E1JA 2J4RA 5KPRA 4B1YB 1QZ6A 2Q0RA 4B1VA 3UKRA 3FR0A 2YI1A 1YVNA 1DGKN 2KHOA 3H3OB 3WXIA 5BRHA 2YJFA 3ZX2A 1Z05A 3DAWA 5JLHA 3VGMA 1OKJA 3WT0A 3GE1A 3MN9A 2D1KA 1ZC6A 4BC2A 4JAXA 3VESA 4BRKA 1J6ZA 4CBUA 3VEWA 5AQLA 3CJ1A 5AZJB 2ITMA 3VETA 4Z94A 4JHDA 2GWKA 3VGLA 1NGJA 3VOVA 3UB5A 2FXUA 4PKIA 5LJWA 2PAVA 3VF6A 5E26A 4FOIA 1DEJA 2ASPA 2CGLA 3VERA 4XEIA 3ULEA 1QQOA 3LDPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FSJA 1S1XA 3KWIA 4Z0UA 3THYA 4IOCL 4PHTX 3VEOA 1J53A 4JRQA 3NH0A 4CIFA 1NK4A 3O9RA 3K57A 1TGOA 1FKPA 3QLHA 4QS7A 5C10A 1NK6A 2BUPA 4W5RA 4CEZA 1BCOA 2P5GA 4B9QA 3CFPA 5AZIB 3VPZA 1KTQA 3ATVA 4RW6A 3RWUA 1O13A 4LH4A 5JS2A 1D9DA 5JS1A 3SBGA 4YOXA 3CC7N 2H3GX 1HX1A 4DTMA 4K43A 4F3TA 2VCPA 3HOTA 1WSEA 3UIQA 1GLCG 1WAJA 1EQYA 3V9UA 3PX0A 1ZBHA 2HBMA 4M7YA 5CZ2A 1E3MA 1D9FA 1X9JA 1P90A 1NKEA 4I7FA 1EWQA 4DV5K 3S41A 2NRZA 4CI6A 1OH5A 1W2BM 3KK1A 5C24A 4I2PA 3SQ4A 4JD2B 1KQSM 3L2VA 3QICA 2E2PA 2OCEA 2FF6A 4ISGA 4DLEA 2ZQBA 2ATQA 1RTJA 2E1YA 1QSSA 1WSGA 1U45A 4NLCA 2ZJRL 1NK8A 3ZEUB 3HBTA 2O8EB 4DF4A 3HVTA 4RW9A 1N33K 2JWKA 3OBWA 1L5UA 3J7YP 2ZJPL 3QEIA 1GLAG 2GELA 1N36K 3JSMA 1JLAA 5IT9O 1RTDA 4CZGA 1NJYA 1WB9A 2P9LA 1JXEA 3AAQA 2ZF5O 3AAPA 3DXMB 3FFIA 4CHQA 4KI6A 3UKUB 3TABA 1YIJN 4RTFD 5M1PA 2KFNA 4AHTA 1Z25A 4GV3A 1HNXK 4OLAA 4DTNA 1ATSA 2QWQA 4RG8A 3LDOA 3RR7A 5BR8K 2XRIA 3MDQA 3ZT1A 3QEVA 1QSYA 5GIOA 4CHNA 4DCHA 3D2FA 5BPLA 3K5MA 3LWMA 3NAEA 1XNQK 3AA2A 4FJMA 1DTTA 3DRPA 2HF4A 3VQ8A 5AQKA 3AVNA 3VQ7A 3DYAA 4Y1DA 2FBTA 2E5LK 3SQ0A 1ASVA 3RRGA 3WXLA 1VSKA 2O8CB 2YNGA 2W6LA 1KCFA 4JI1K 4CZEA 2QA4N 1RDDA 4DR2K 1K9MO 4GV9A 5JLFA 1TYQA 1RDAA 2HNYA 1KAXA 4NCGA 3TAGA 4K8ZA 3HO1A 4OPHA 3HPOA 3WQUA 2QKBA 2P9KB 1TUYA 5HROA 4LFAK 5GADP 1QVFM 2OPRA 1HUXA 4XH5A 4CJKA 5D3GA 3K0SA 3UKRB 4DFPA 2HHVA 4M3RA 1X1PA 5AQZA 3QIOA 1FW6A 3AA4A 2X78A 3QO9A 3HTVA 3M5RA 4OKJA 3LM9A 1NGHA 3A0IX 3DLKA 1QQNA 5EY4A 3M3ZA 3VQBA 1S9EA 5AZJA 4QS8A 2YKMA 1IKWA 5MLCQ 4CCHA 2E6LA 3ZCMA 2QXLA 3OW2M 2HHHK 4B3SK 4JI6K 3HSCA 2QWOA 3EO3A 3TPQA 4BR5A 3MK6A 1MA9B 2A6AA 2IAJA 3NF9A 3EKUA 1VQ4N 5AQGA 3VQ4A 4CJEA 4QOZB 2UXCK 4JNEA 3OYBA 5BREA 4Z4GA 4FWRA 3CERA 3K9JA 3ZSYA 3TANA 3THYB 4CJUA 3PUFA 4HUEA 3TSQA 4DS4A 1C0UA 4FSVA 4F9OA 3FZLA 2QWRA 4DSFA 4DQQA 1L3SA 3QNOA 3KTQA 4IOXA 4CZJA 1WBBA 2IDOA 1NGFA 3IDHA 3CCSN 2ITGA 4DTOA 3PX4A 4AILC 4H0TB 4RWTA 2X74A 5AJ3K 1JLGA 1Z6RA 3A2FA 2O8FB 1DLOA 4KI4A 4KKOA 3L2RA 2CH5A 3W0LA 4DTSA 3SAFA 4NB4A 1VQON 4CHPA 4E7JA 1GLLO 4JN4A 1XWLA 1RT3A 4M42A 3GG4A 4WF9L 5J1EA 4DSLA 4CJWA 4DSEA 4I6MB 2UU9K 3IKMA 4YOWA 1U2VA 3VQ6A 4MO5A 3MN6A 4IFVA 4DMNA 5F2RA 4PKHA 5B8HA 4FOEA 1T6CA 4JK8A 4FM0A 3JS6A 3SUNA 3J7AP 2D0PA 3MX5A 1EWRA 3ZSWA 4RW7A 3WEEA 3LANA 2KLAA 3CM5A 2YNHA 4ELVA 3D6RA 5AQNA 1JLBA 3VTIA 2FC0A 1KD1O 2W41A 1OVQA 4E89A 5I9EB 2HHWA 2YHYA 3VQAA 3KKRA 2RN2A 3H3NO 4BQLA 2FBYA 4BRDA 4OKEA 2A41A 2OANA 1UA1A 1ZXOA 4YORA 3QNNA 3VN5A 4RW4A 4LFBK 4O55A 2DFHA 4GNIA 3D2EA 3KK2A 4X62K 1O1WA 2F9WA 5H1SQ 1NK0A 4M3UA 4G1QA 4YHHK 3EZWA 4DUYK 5JMVA 3CMEN 3FLCO 3HM9A 4BG8A 3IAYA 1N32K 3LZIA 3IFRA 1CLQA 3THWA 1TK0A 3CCRN 1VAZA 1QVGM 2P9PA 3DLEA 3Q7CA 4QAGA 3CETA 3CPWM 3KKSA 2WUSA 2KZZA 4EFHA 1TL1A 3HK2A 3V9ZA 5EX5A 3QFUA 3F2KA 4H0YB 1TAQA 2W40A 4IKFA 5AQWA 1HQEA 4EP5A 5CYMA 3T19A 1NGDA 4IO8A 4O8UA 1XC9A 4F2RA 3O3HA 1NGAA 3NF8A 3SZ2A 4B1WB 3M1FA 4FWKA 1Q9XA 2YJEA 4Z4IA 4FZZA 4DQPA 1WSHA 1I3AA 3WXJA 3QBXA 3TTDA 1VSHA 2X6NA 1S6PA 4FJ5A 5FPDA 2WFBA 5AQFA 2OTLN 3CM6A 5BPMA 1SQKA 1VSDA 4HHTA 1ATRA 4CGGA 1W0HA 4KBOA 2QW9A 1JJ2M 4DR6K 4FLZA 4OGCA 3OYKA 1JL2A 1YVNA 2YI1A 3U3GA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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