2GUPA

Structural genomics, the crystal structure of a rok family protein from streptococcus pneumoniae tigr4 in complex with sucrose
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
MTIATIDIGGTGIKFASLTPDGKILDKTSISTPENLEDLLAWLDQRLSEQDYSGIAMSVPGAVNQETGVIDGFSAVPYIHGFSWYEALSSYQLPVHLENDANCVGLSELLAHPELENAACVVIGTGIGGAMIINGRLHRGRHGLGGEFGYMTTLAPAEKLNNWSQLASTGNMVRYVIEKSGHTDWDGRKIYQEAAAGNILCQEAIERMNRNLAQGLLNIQYLIDPGVISLGGSISQNPDFIQGVKKAVEDFVDAYEEYTVAPVIQACTYHADANLYGALVNWLQEEKQW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a ROK family protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4 in complex with sucrose
rcsb
molecule keywords ROK family protein
molecule tags Transferase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 92
structure length 289
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA01
3UKUA 1KAXA 3UKUB 4BRCA 4BQZA 1HUXA 2E20A 1BUPA 3L0QA 3AARA 5AQGA 2P9NA 3EKSA 5BRHA 4PL7A 5KQDA 2P9NB 3UKRA 4FWNA 5BN8A 4ISEA 3UKRB 4CZIA 2ASMA 5AQWA 1NGIA 1S3XA 3KHYA 3UE5A 4XH1A 1HKBA 4BRLA 2DPNA 3H46O 2E1YA 5BPMA 5KPTA 1NGJA 4RTFD 3IMXA 2IVPA 1QHAA 2NZTA 2NLXA 1EQYA 4H5WA 3A5OC 3CERA 2AP1A 5ELZA 1Z6RA 2QWOA 1GLAG 2CGKA 2P9IA 5BREA 3CJ1A 1QZ5A 3H1QA 4CZLA 2H3GX 2GUPA 1P8ZA 5KPRA 5EX5A 3VPZA 4KBOA 1WOQA 1RFQA 1NWKA 3O80A 1G99A 4H5TA 3IFRA 4XH5A 4BRNA 2P9LB 4BRAA 4NB4A 1YVNA 3BF1A 5AZIA 4XH4A 3CI5A 4FPBA 4XEIA 4H5RA 4BGBA 2A40A 2ITMA 3A5LC 3VGLA 3VEZA 4CD3A 3G25A 4F9OA 5EOYA 1Y64A 3LDQA 3OHRA 5EY4A 4JN4A 3VGKA 3AY9A 2V7ZA 1YUWA 3ZX0A 3SJHA 1NGCA 4K25A 1LOTB 1NGAA 5LY3A 3M3ZA 1ZC6A 4FWLA 4RCHA 2CGJA 1X9JA 3ENHA 2Q36A 4PKGA 3J8AA 3CJ7A 5I9EB 5AR0A 5LJWA 4H03B 5AQXA 4BR0A 1XQSC 5EXWA 3VEYA 2BUPA 3LDLA 4IWVA 1ATSA 4GNIA 4A61A 4QS7A 1E4FT 3L6QA 3VEVA 1HX1A 3D2FA 4CZGA 2CH6A 3D2FB 1BA1A 2IVNA 1CZAN 4FWKA 3WXJA 1S22A 2IIRA 3GL1A 4C23A 4WQ4C 3DAWA 3WXIA 4Z94A 3TU5A 2QWMA 2CH5A 3BP8A 5EVZA 2NRHA 2E2OA 1J6ZA 3D2EA 5FPNA 3LDOA 4EAHD 2YHXA 3CQYA 4BRMA 2GWJA 3FR0A 1ZBSA 4I6MA 4I6MB 1ATRA 1C0FA 1JCGA 3ZETA 1WUAA 4O5FA 2P9PA 3ZETB 3ZX2A 2P9PB 1T6DA 2ZGYA 5AQZA 2OANA 4BC2A 3HBTA 1SAZA 4PKIA 3KZBA 4ISGA 3BF3A 1GLLO 2GWKA 2QM1A 5BRDA 4FWRA 3BEXA 1KXPA 3EZWA 2FSKA 3W0LA 1NGGA 2E1ZA 4BRPA 3H3OB 3FZLA 4JAXA 2VYPA 4B1YB 5LJVA 3O08A 1V4TA 1NGBA 1QQNA 4IXCA 5BN9A 1C0GA 3FZMA 5KPZA 3QDKA 3ZX3A 2P9UA 1K8KA 1TUYA 3EN9A 2P9UB 4CI6A 2ASPA 3U9ZA 1QZ6A 2A42A 3GE1A 4J8FA 4L3QA 3WXKA 3HTVA 2I7PA 4DB3A 1T44A 4BC3A 5CE3A 2FF6A 3QB0A 4RWTA 2P9IB 3RSEA 2KHOA 4FWOA 4NO7A 3W3DA 3RSEB 3C7NA 2YI1A 5AQLA 3R8EA 3SK3A 3WQTA 1T6CA 3U8XA 3C7NB 3IUCA 3MCPA 2D1KA 5JLHA 3MN5A 3O8MA 3UB5A 4A62A 2QXLA 3A8YA 2YHYA 4IO8A 3LL3A 4PL8A 4CZEA 3CJBA 1H1VA 3AAQA 5AZIB 4H5VA 1HKCA 4CZFA 1MDUB 2E8AA 1ZXOA 2EWSA 2FXUA 2V7YA 4BREA 4BRFA 1GLDG 4B9QA 4CD1A 2HOEA 4EHUA 3QBXA 4FWSA 2QW9A 3ID8A 3QFPA 4BR4A 4YDUC 4FWPA 4CBXA 2A6AA 4PKHA 1NGEA 1NLVA 1DKGD 2QWNA 3ULEA 1KAZA 4BVPA 4DHYA 4CZHA 3HI0A 3ULEB 1HLUA 5AQTA 4MLEA 2E2PA 5JICA 3H6EA 3JXUA 1BOTO 3VF4A 3CJCA 4CJ7A 1X3MA 3F9MA 1E4GT 2VCPA 2ZWHA 4AM7A 3ZEUA 4JHDA 3ENOA 2FLOA 3R9PA 3D7EO 3ZEUB 4JHDB 4QS9A 2GEMA 5F0XA 4H0VB 3WUHA 3CJAA 4WQ5C 1Z05A 4FSVA 4AM6A 1HKGA 4HWIA 3C0BA 4EIAA 5ADXH 2QWPA 4CZKA 4BR2A 3R6MA 3VGMA 1NGHA 5F2RA 2P9SA 4DQ8A 2P9SB 1YAGA 3D2EB 3MK6A 4M63C 1NMDA 2AA4A 5AQKA 3CETA 4Y0WA 4QS8A 2D4WA 3A0IX 4BRKA 3VEXA 4IJAA 1JCFA 3FFKB 4BRQA 3O1WA 4JD2A 1BG3A 1MA9B 5JMVA 2GTDA 1TYQA 4JD2B 2FF3B 3TPQA 5AQQA 3DXKA 1TYQB 2F9TA 3LM9A 2D0PA 3JS6A 4H0XB 3DXKB 3VF2A 2QWQA 1GLJO 2ZF5O 5AQHA 3S41A 5BRFA 3VENA 3H3NO 3M6GA 4FPAA 2BTFA 3QBWA 3WQUA 3ATUA 2YJFA 3B8AX 3VOVA 1V4SA 4FL9A 3MN7A 4FO0A 5AQJA 1QQMA 5KQ8A 3LDPA 5TKYA 3LM2A 4FOIA 3O5BA 3O1BA 2PBDA 3O6WA 3SMSA 2Q0UA 3FZFA 2E2QA 4B1XB 2J4RA 4B1UB 4B1VA 4WYBA 4IJNA 2E2NA 5AQNA 1BDGA 2Q31A 1K8KB 4YDUA 4BRIA 4H5NA 1BO5O 3ATVA 3QMLA 1HJOA 4O8KA 5AFUA 4K41A 4BGAA 3EO3A 1QQOA 2P9KA 1NM1A 3MN9A 5AZJA 5B8HA 2P9KB 3LDNA 5AZJB 2UYTA 2A3ZA 1YXQA 4BROA 4A2BA 2V51B 2F9WA 1U6ZA 5FPMA 1GLFO 3MN6A 3H1VX 5FPDA 2HMPA 3DXMA 3H45C 3U4LA 4FWQA 4BR5A 3EL2A 1XUPO 3DXMB 4ISFA 2Q2RA 4WQ5A 3CHWA 3FZHA 3FLCO 2FSNA 1BU6O 1GLCG 2Q0RA 3A5MC 3IDHA 4H0OA 2QWLA 2PAVA 3MDQA 5ADXA 5AQPA 4CZJA 5AQYA 3CIPA 1JCEA 2YJEA 4WQ4A 4JNEA 1DGKN 1BWFO 4GY2B 2P9LA 3QFUA 1D4XA 1LCUA 3BUZB 3A5NC 5AFUH 3VERA 5BPLA 5BPNA 4E1JA 2WUSA 3GOIA 4K43A 1Q18A 5E84A 3CJ9A 3WXLA 2Q1NA 3EKUA 2VWBA 5BR9A 4MO5A 3VESA 4A2AA 4BR7A 3DWLA 4IZ9A 1RDWX 3GBTA 1GLBG 1R59O 3M1FA 1NGFA 1NGDA 3HZ6A 2A5XA 1BA0A 2A41A 1HPMA 5AQIA 3FE1A 2ASOA 2I7NA 2D0OA 3O4WA 4H0PA 4LC9B 5AQRA 3SLCA 5AQMA 4EHTA 4BRHA 2W40A 2W41A 1NBWA 1KAYA 3I33A 2QWRA 3VETA 4CBUA 1IG8A 3AAPA 3CQXA 3QICA 3U9DA 1OKJA 3WT0A 4H0YB 4BRDA 1X3NA 5AQUA 2YHWA 3KVGA 3SMPA 2IVOA 4EFHA 4FOEA 5E26A 4BG8A 3WEEA 3L4IA 1ATNA 3P4IA 4FWMA 3WEEB 2GELA 4BVOA 5JLFA 3VEWA 3FZKA 4B1ZA 4MO4A 4B1WB 2V52B 4BC4A 4M7XA 4BR9A 4BRGA 4CZMA 2FSJA 3GG4A 1RGIA 1XC3A 3HM8A 3MMVA 4HTLA 1SQKA 1DEJA 4BG9A 4H0TB 3HSCA 5AQSA 2HF4A 1GLEG 3VF6A 1TUUA 2YCHA 4K42A 2CGLA 1MWMA 3DJCA 4MLHA 5AQVA 1SZ2A 3GDQA 4BC5A 5FPEA 5F1XA 2ZGZA 1MWKA 2E88A 4M7YA 1IJJA 3I8BA 4DCHA 2Q97A 3VEOA 5AQFA 1ESVA 4BQLA 1U2VA 3FGUA 5AQOA 1U2VB 2HF3A 4CBWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOVA 4JRPA 5JS1A 3L2QA 3T7ZA 4BQZA 1HUXA 1DTQA 3J7ZO 1K73O 1QSYA 4Z0UA 3AVCA 4X66K 2G8IA 4ID1A 2G8HA 4ISEA 1NJXA 3IAYA 4ZHRA 3CC4N 3KHYA 2I5JA 1HKBA 2DPNA 1O13A 5BPMA 5TKWA 3I55N 1TV6A 4RTFD 1SS6A 1K6YA 3OA9A 4H5WA 3A5OC 3VA0A 3E01A 2AP1A 3THWA 5ELZA 3O9SA 4Z4EA 2CGKA 2NRVA 3THWB 2P9IA 4E7KA 3CC7N 3IRXA 5K14A 2UXCK 2GUPA 4RW8A 3I8DA 4CF9A 3AA2A 1WOQA 1RFQA 4M45A 2G8KA 1G99A 4XH5A 3O3FA 3CI5A 4FPBA 3HPHA 4YOXA 2A40A 3VGLA 4H4MA 3BGRA 4CJ5A 3G25A 4B9NA 5EOYA 1HNWK 3QEXA 2D0AA 2HHQA 4R5PA 1LWCA 1HR0K 4KKOA 1KSPA 3OYLA 4GMJB 1LAWA 4W5RA 5LY3A 4RCHA 5CYQA 2Q3SA 3DM2A 3KWGA 4M3UA 3EEQA 1M1KO 5AR0A 5LJWA 4H03B 1IKYA 1XQSC 3VEYA 4IBNA 3HM9A 1J9AA 3MX2A 1MU2A 3S3OA 4A61A 1E4FT 3VEVA 4CZGA 2CH6A 4BDYA 1RCHA 1BA1A 4CEOA 2IVNA 4F3TA 4ELVA 5JS2A 2YHBA 1L3UA 2IIRA 4C23A 4WQ4C 4KHWA 3M8PA 3WXIA 1RT5A 4BDPA 3BP8A 4F8RA 4DQQA 2NRHA 5CZ2A 3HPOA 1WNSA 5FPNA 3LDOA 4CHQA 2FBYA 4NLCA 4FJKA 4EAHD 1NJIO 4JKEA 2DY4A 2WTUA 4I6MA 4CFBA 3V81A 4I6MB 1RDDA 4O5FA 4LH4A 3K5LA 1B92A 3PIPL 1WAFA 1BHLA 4OJRA 1VHXA 1XHXA 3KLHA 1HNVA 1WSJA 3OYKA 4PKIA 3VQ8A 4A57A 3AVIA 3NH0A 4CGHA 3NGZA 2B6AA 4B9VA 3CMEN 1KXPA 2FBTA 4LY7A 1W0HA 4FM2A 4HHTA 2OCEA 4HUGA 3OYEA 4B1YB 3O08A 4RW4A 3WNGA 5KPZA 4B3SK 2P9UA 1VQ4N 3NH1A 2P9UB 3HT3A 3KLEA 3TR8A 2A1SA 3J7AP 2I7PA 4DB3A 1T44A 1BI4A 4CK3A 3OJUA 2YNFA 1BI4B 3KKRA 5HOOA 1OVQA 1NK5A 4K8XA 3C7NA 3R8EA 1T6CA 3C7NB 5JLHA 3MN5A 3WNHA 3OY9A 3F9KA 4PL8A 1TK5A 2BANA 4GVEA 1NKBA 5AZIB 1Q82O 1JL1A 4CZFA 1ILYA 2JLEA 3KD5E 4BRFA 1GLDG 3C65A 4JKCA 3KKSA 4DU3A 4CBXA 1QHTA 4LF4K 1NJWA 5MLCQ 5HRRA 4DTPA 4DS5A 3ULEA 3HI0A 3ULEB 2E2PA 3CFOA 4IDKA 5D3GA 4JRQA 3H6EA 3HVTA 1JKHA 4DFMA 3MX5A 4CK2A 3G10A 3RWUA 4JV5K 2FLOA 3R9PA 2NRZA 3NH2A 3TAEA 3EYZA 4YNQA 4HVJA 1WSGA 3V4IA 4CF0A 4WQ5C 4FLWA 4LD0A 4JK7A 3C0BA 4EIAA 1VQKN 1OH5A 3R6MA 4B8CA 3CCJN 1VSLA 2P9SA 3BZKA 2P9SB 3QNNA 3TSUA 3O9TA 4M63C 2HBJA 3OW2M 2AA4A 2F7TA 4FYDA 4FZYA 3OS0A 4BRKA 1JLQA 4IJAA 3N4PA 2HHVA 3L2RA 4WFAL 3OYBA 3O1WA 1F21A 1BG3A 4O44A 4FJXA 5SZTA 2F9TA 3LM9A 2D0PA 3JS6A 4XIUA 3KK2A 1C1BA 3LAMA 1XHZA 1S5JA 1ZBIA 5BRFA 2ETJA 2ZE2A 1S1WA 4FPAA 2QK9A 1WB9A 3CPEA 3L4QA 3WQUA 2YJFA 3B8AX 3VOVA 4KI4A 4B9TA 3MEGA 1UAXA 3F5TA 1TKDA 3MN7A 5AQJA 3FFIA 5KQ8A 2ZM6K 1R0AA 5TKYA 3LM2A 3O6WA 1XNQK 1S72N 3RR7A 4PUOA 2E2QA 2J4RA 5M1KA 4WYBA 4J2DA 1LV5A 4IJNA 2E2NA 1K9MO 1K8KB 2RPIA 3I0RA 4O8UA 3DRRA 4LSNA 4BRIA 1BO5O 1YTAA 1CZBA 2X74A 5A2QO 3ATVA 3QMLA 4CGIA 5AFUA 3E9OA 1Q86O 2Z1IA 3OYNA 1T7PA 3V6DA 1RT1A 3MN9A 5AZJA 5GAHP 5AZJB 3DYAA 3LDNA 4CGFA 4AHTA 3H1VX 1VSFA 3H45C 4CJ3A 4MFBA 1XUPO 4ISFA 3CF5L 1OH7A 4CEDA 1WSFA 3NMUA 4IFYA 1GLCG 2FBVA 2Q0RA 1Q9XA 2QXFA 3IDHA 4H0OA 5FDLA 4YORA 2QWLA 3O4QA 5ADXA 4LFAK 4CJ4A 2YJEA 1LW0A 4WQ4A 2VQEK 1DGKN 2NRWA 2UUBK 1QVFM 1B9FA 4Q0BA 3QFUA 3BUZB 2GX9A 3AVAA 3A5NC 4JI4K 5BPLA 1EX4A 1NKCA 1SKRA 3V9WA 4GV6A 1GOBA 4JKGA 2Q1NA 4JKGB 5HRSA 4BR7A 3DWLA 1RDWX 2RF2A 3SQ2A 1QSSA 3GBTA 2UUAK 1JLAA 3KD1E 1VSMA 4CJEA 1RT2A 4KI6A 3M1FA 1NGFA 1NGDA 3BY5A 3HZ6A 1JXBA 3OBYA 3PUFA 5DM7L 2A5XA 1BA0A 4WE1A 1HPMA 3O4WA 1VSDA 4LC9B 5AQMA 3SAGA 2W40A 3AV9A 4FXDA 3ZSYA 1IG8A 1OKJA 4L8RB 1YJWN 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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