2GUPA

Structural genomics, the crystal structure of a rok family protein from streptococcus pneumoniae tigr4 in complex with sucrose
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
MTIATIDIGGTGIKFASLTPDGKILDKTSISTPENLEDLLAWLDQRLSEQDYSGIAMSVPGAVNQETGVIDGFSAVPYIHGFSWYEALSSYQLPVHLENDANCVGLSELLAHPELENAACVVIGTGIGGAMIINGRLHRGRHGLGGEFGYMTTLAPAEKLNNWSQLASTGNMVRYVIEKSGHTDWDGRKIYQEAAAGNILCQEAIERMNRNLAQGLLNIQYLIDPGVISLGGSISQNPDFIQGVKKAVEDFVDAYEEYTVAPVIQACTYHADANLYGALVNWLQEEKQW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a ROK family protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4 in complex with sucrose
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords ROK family protein
total genus 92
structure length 289
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA01
3M3ZA 3WXIA 3EKSA 2Q1NA 4BRLA 3A0IX 3UKRA 2GWKA 5AQFA 5JMVA 3QICA 3EO3A 2P9NB 4BR2A 1GLLO 4FPAA 4IWVA 3LDNA 2P9LA 4XH5A 5FPMA 4A2AA 4AM6A 4RCHA 1TYQB 4BRHA 2GTDA 1U6ZA 4EHTA 4H5WA 2PAVA 4A2BA 1QHAA 1P8ZA 4L3QA 2E20A 2Q0UA 3G25A 3O8MA 4BR9A 3VGKA 3VF2A 4H0VB 2Q0RA 3VEZA 5AQSA 1D4XA 4M7YA 1RGIA 4WQ5C 3ENHA 3DWLA 3HI0A 3WQTA 3FGUA 1IG8A 3JXUA 1S3XA 5BRFA 1GLAG 3ULEB 5AQHA 5TKYA 2CH6A 4FWOA 3KHYA 3GE1A 4EFHA 4BGBA 4A62A 1JCEA 3UKUA 5LY3A 3SLCA 3U4LA 4CBWA 5BPLA 4Z94A 4BC5A 5JLHA 1NGBA 1Z05A 3RSEA 2HF3A 2QW9A 4GY2B 3D2EA 3VEXA 2PBDA 3U8XA 2GEMA 3HM8A 2IVPA 1ESVA 4CZHA 1BUPA 5EVZA 4CZJA 2E88A 2BTFA 2QXLA 3DXKB 3QFPA 3U9DA 3AAPA 5AZIB 5AR0A 3J8AA 5AFUH 1V4TA 3ID8A 2NZTA 1E4GT 4IJNA 5EOYA 3MN7A 2E1YA 3R8EA 1BU6O 3JS6A 1QQOA 4DB3A 3A8YA 4CI6A 4H03B 2CGKA 2ASMA 4NO7A 3C0BA 4PKGA 3VGMA 5ADXH 5AQTA 2FXUA 3SMSA 3FLCO 5ELZA 3MN9A 2Q97A 5EX5A 4HTLA 2ZGYA 4YDUC 4BVPA 3F9MA 1K8KB 3WQUA 4FSVA 3VF4A 4CZEA 2P9IA 2P9NA 1ZC6A 3KVGA 1JCGA 1MWMA 1HUXA 1BA1A 1NWKA 2E2PA 2GELA 4BRDA 3L6QA 1T6CA 4BG9A 4A61A 3EKUA 3ZETB 2P9KB 5ADXA 3SMPA 1TYQA 3LL3A 4BR5A 1YAGA 3DJCA 4PKHA 4LC9B 5KQ8A 2ZGZA 4MLEA 1LCUA 5FPNA 4DHYA 1HKCA 4FPBA 1U2VB 4BVOA 4CZGA 1QQNA 4C23A 2Q2RA 3H1VX 3CETA 3SK3A 4JHDB 4ISFA 3MN5A 3L0QA 3MMVA 3I33A 4IO8A 4FWPA 3WXJA 1HPMA 3ZEUA 4BRCA 1JCFA 3CQXA 3ULEA 4E1JA 4FO0A 4WQ4A 2IIRA 2QWPA 3CJ1A 3M6GA 3OHRA 4H0TB 4RTFD 5BN8A 4FWRA 4JNEA 1ATRA 3EL2A 3QBWA 2A3ZA 2E8AA 4FWLA 5AZJB 3CJ7A 4FWKA 1NGCA 4QS9A 4MO5A 4H5TA 3WEEA 3IDHA 5AQMA 3AARA 3A5OC 3VESA 3B8AX 3TPQA 2V7ZA 3P4IA 3R9PA 1X3MA 3EZWA 3HSCA 3C7NB 4B1WB 4FWMA 3SJHA 4HWIA 2I7PA 4FOIA 2QWLA 2FSJA 1GLBG 2E2OA 1NLVA 4EIAA 3UE5A 5FPEA 3VENA 1HJOA 3H45C 2QWOA 5AZIA 4J8FA 4I6MB 2OANA 2WUSA 3A5LC 1IJJA 2E2NA 2IVOA 3D2FB 1ATSA 4H0PA 4BRFA 4BR0A 2QM1A 4CD1A 4F9OA 2A42A 2UYTA 1GLJO 5LJVA 3W0LA 3VEYA 1NGHA 3BF1A 5AQQA 5FPDA 1X9JA 1YXQA 5AQWA 3FZKA 4BROA 4FWQA 1C0FA 1KXPA 3EN9A 2P9SB 1NGDA 4H0OA 2ZF5O 4XH1A 3BUZB 1HLUA 2V7YA 4BG8A 3DAWA 3ZX3A 3DXMA 2CGJA 3LM9A 5F0XA 3GBTA 5BR9A 3CIPA 2VCPA 3QFUA 4PL7A 2A40A 2E1ZA 4MLHA 2HF4A 1QZ6A 1NGFA 4BC4A 4B9QA 3WT0A 2QWQA 2V52B 3I8BA 5AQPA 2D4WA 3LDLA 3O5BA 2P9KA 3R6MA 3WXKA 4M7XA 3LDOA 2F9TA 3FZLA 2D1KA 3VERA 2V51B 4BRKA 4IZ9A 1R59O 3ATUA 2FLOA 5BN9A 3S41A 3A5NC 3HTVA 3FZMA 4WYBA 3GDQA 4WQ5A 3BF3A 2P9UB 4ISGA 1MDUB 4MO4A 4JN4A 1XQSC 3FR0A 2ASPA 2FSKA 3CJAA 4JD2A 5AQNA 5BRHA 3CHWA 5AQJA 3FZHA 4BC3A 1BDGA 5AFUA 4BRGA 1NGIA 4BQLA 4FOEA 2D0PA 3LM2A 3QB0A 1V4SA 4DCHA 1RDWX 1GLEG 2QWNA 2H3GX 4FL9A 4K41A 4CZMA 4CZFA 3VGLA 5AZJA 3CJCA 4KBOA 4Y0WA 1C0GA 3BEXA 3QMLA 1KAZA 3KZBA 1WOQA 5KQDA 3CERA 1BA0A 4CJ7A 3C7NA 4B1ZA 1NGJA 1Y64A 4BRIA 4EHUA 1GLDG 2D0OA 3W3DA 3BP8A 2ZWHA 2HMPA 1BO5O 1DEJA 4GNIA 4BREA 4CZIA 3LDQA 4H5NA 3MN6A 2QWRA 2Q31A 4CBXA 4IXCA 3H1QA 2DPNA 3LDPA 4CD3A 3L4IA 5AQOA 4BQZA 1MA9B 1BOTO 4PL8A 3CQYA 2NLXA 1Z6RA 2YCHA 4CZLA 1G99A 5BPNA 3AY9A 1S22A 3AAQA 1NGGA 5AQKA 4B1XB 3CJBA 3VF6A 4DQ8A 5BRDA 1SQKA 4B1VA 4BRNA 3M1FA 2IVNA 1TUUA 4YDUA 4EAHD 3GG4A 4ISEA 3IMXA 1YUWA 1NGEA 2YHXA 1BG3A 3O1BA 2VWBA 1X3NA 2BUPA 3FFKB 1Q18A 1XUPO 4K42A 2P9IB 1DKGD 4BR4A 3WUHA 1HKBA 3FE1A 3DXKA 4B1YB 2GWJA 2P9PB 5JLFA 3H3NO 3UB5A 1KAXA 1T6DA 5AQZA 1RFQA 1T44A 3IFRA 2E2QA 3VEVA 4BR7A 1CZAN 2YHYA 3VPZA 5KPRA 2W40A 3H3OB 2P9UA 5E26A 5AQGA 1QZ5A 2CGLA 2FSNA 3H46O 1H1VA 2YI1A 1EQYA 2F9WA 2I7NA 1TUYA 4BRMA 1BWFO 3ZEUB 5B8HA 1WUAA 2ITMA 1K8KA 5CE3A 3VEOA 3UKRB 4QS7A 4XEIA 3QDKA 4FWNA 3O80A 1NGAA 1HKGA 4JAXA 1KAYA 4BRAA 3O6WA 3VETA 2P9LB 3ZX2A 3ZETA 3ENOA 2J4RA 1ZXOA 3MCPA 1MWKA 5AQYA 3WEEB 4H5VA 1NMDA 4BRQA 3H6EA 2A5XA 4BC2A 3MK6A 1OKJA 4H0XB 3A5MC 3ZX0A 4M63C 3CJ9A 1U2VA 3TU5A 4RWTA 2VYPA 5BREA 3GOIA 3IUCA 4JHDA 4H0YB 3HZ6A 5AQXA 5EY4A 5EXWA 1NM1A 5AQVA 5BPMA 3VEWA 1J6ZA 2Q36A 5AQRA 4K25A 5KPTA 1LOTB 3VOVA 3HBTA 2CH5A 2YJFA 3CI5A 1HX1A 3WXLA 1NBWA 4CBUA 5LJWA 4WQ4C 4FWSA 4XH4A 4CZKA 2EWSA 4O5FA 1GLFO 4O8KA 3UKUB 5F2RA 1SAZA 4H5RA 4PKIA 1DGKN 2AP1A 2QWMA 3O1WA 4BGAA 5I9EB 3O4WA 1ATNA 3RSEB 4AM7A 3D2EB 5E84A 2KHOA 3DXMB 2HOEA 5KPZA 3U9ZA 5JICA 4K43A 3FZFA 2A41A 1YVNA 2P9PA 4I6MA 2NRHA 1ZBSA 4NB4A 3ATVA 3D2FA 4BRPA 3D7EO 2AA4A 3MDQA 1SZ2A 2ASOA 2W41A 2YJEA 2A6AA 5F1XA 1GLCG 3GL1A 3QBXA 4QS8A 2GUPA 4IJAA 1QQMA 5AQUA 2YHWA 1E4FT 3O08A 5AQIA 2P9SA 5AQLA 4JD2B 2FF6A 1XC3A 2FF3B 4B1UB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXIA 4BRLA 3A0IX 1L3UA 1S1XA 2FBVA 3UKRA 3NF8A 2ATQA 4FVMA 3K58A 2WOMA 1VQNN 3EE9A 1JL2A 3LDNA 1TAUA 1I39A 2P9LA 4JI3K 5FPMA 4O0IA 4BE0A 1ITGA 1C0MA 4KHSA 4B8AB 1BGXT 3K0SA 3KD1E 3NVKA 1QHAA 3I8DA 4DFKA 4LF7K 2DFFA 2GUIA 2E20A 1VSKA 2Q0UA 3G25A 4BR9A 3VGKA 1LV5A 4H0VB 3OYJA 3L2VA 2Q0RA 3S3OA 3ENHA 3HPOA 1NJZA 3SI6A 3FGUA 3ITHA 3MECA 3VQ5A 5BRFA 1N36K 1RBSA 3QO9A 3ULEB 3K5LA 3DLBA 5GINA 2CH6A 4FWOA 3LP1A 3KHYA 5CYMA 4B3OA 4LD0A 4CEQA 3G71N 4C8KA 1IBLK 2RPIA 4A62A 3RRHA 1C0UA 3M8QA 5JS1A 5BPLA 4K0KK 3NDKA 3WNGA 3KLEA 1NGBA 4CJRA 1HYVA 1Z05A 2VG6A 2HF3A 4J2AA 3MEDA 2PBDA 3U8XA 5GAGP 5HLFA 4DFJA 1ESVA 1CZ9A 2FBTA 4KPYA 1QSYA 5AZIB 4B9VA 1JKHA 5AFUH 4CGHA 4IJNA 3BDPA 3E66A 1OH8A 1JLCA 4DB3A 4CHZA 3KLHA 3NGZA 4BWMA 3VQQA 5CZ2A 2ZQBA 4CGIA 3L2QA 2UUAK 4JI7K 4W5TA 4HVJA 4BY9C 3SMSA 4C1NK 4WFAL 3LP2A 2Q97A 5EX5A 1U48A 3TI0A 2D0CA 1K8KB 4DSLA 4CZEA 3ZSYA 3KKSA 1NNEA 1JCGA 3C65A 2E2PA 2IC3A 3L6QA 4C1NI 3S3NA 4DLEA 1RT2A 4A61A 4FJGA 2NRVA 4FXDA 4GKJK 3V6DA 4BR5A 2VG5A 5HBMA 1LW0A 5KQ8A 2ZGZA 1VSFA 4MLEA 3OYLA 4WE1A 5FPNA 1YI2N 1U2VB 1JLEA 4N56A 1LWEA 3MCAB 2NNWA 3L0QA 2HNZA 3WXJA 1FJGK 3ZEUA 4GMJB 4Y1CA 4DTSA 2B6AA 1Q8IA 1MU2A 2FBXA 3IRXA 4FO0A 4WQ4A 3NH2A 2IIRA 1X9WA 4DTUA 4OVLA 3WNHA 4H0TB 4RTFD 1VQ6N 4FWRA 4OPHA 4L8RB 4RG8A 3CJ7A 1NGCA 2IAJA 1IKVA 4H5TA 3SAGA 2BGGA 4FW1A 4B9SA 3P4IA 3R9PA 3C7NB 1YTAA 4M3ZA 5EU7A 3SJHA 4CJVA 4HWIA 2FSJA 3HK2A 4EIAA 4Z4GA 1TKZA 3CM5A 2Z1JA 1KSPA 4OGCA 4J8FA 2OANA 5HRPA 5C42A 2WUSA 3A5LC 1JL1A 2IVOA 2VGMA 4DR2K 1ATSA 3RRGA 1RT3A 2QM1A 4F9OA 1DLOA 4BDYA 1IKXA 4ZHRA 5TKWA 3AA2A 1TGOA 1HYZA 3W0LA 2G8VA 4BE2A 3NGYA 4DU3A 3TTCA 1C0FA 3EN9A 2XY8A 4Z0UA 4DQQA 3EZ5A 3DRPA 4DR6K 3VQPA 2HHVA 1QVGM 4CEOA 3CIPA 3HJFA 4FJLA 4F3OA 3LDSA 1NGFA 4BC4A 3PX0A 2G8KA 3CYMA 3B6PA 1BI4A 3VA3A 4M7XA 1Q9YA 2F9TA 4JKFA 1N8RO 2HVIA 4DF4A 3VERA 3TWHA 1R59O 2FLOA 2KFNA 4CFAA 1SL1A 1YVUA 3GDQA 4PWDA 2P9UB 4DQRA 4MO4A 4AHVA 1ZBUA 3TTFA 4JN4A 3VQ8A 3CJAA 4JD2A 2OTJN 1YJ9N 3CHWA 4CJ3A 3VQEA 1BDGA 1B92A 4BRGA 2HHQA 4FOEA 3LM2A 1Q86O 4DCHA 4DF8A 4K41A 1NKEA 3VGLA 2O8BA 1C0GA 2IGIA 3DLRA 3CERA 4OLAA 4CJ7A 3U6FA 4YFUA 4B08A 1VSEA 2JWLA 2ZWHA 4CZIA 5C10A 3MN6A 4JKHA 1HPZA 4G1QA 3H1QA 4I9QA 2DPNA 5KRTA 4DU4A 3LDPA 4IEEA 3F9KA 3L4IA 1RILA 4DTNA 4CK1A 4PL8A 2IDOA 1S1VA 1C1CA 4CZLA 3O3GA 3AY9A 1YTUA 3RVCA 5HL7L 2OZMA 3E9LA 3TANA 3PO5A 4CIEA 3AO3A 2F4VK 1KVBA 3CJBA 3VF6A 2RN2A 4CJ5A 2QEXN 1YUWA 4NYNA 3PY8A 2KKZA 4JRQA 4JYAK 5LMUK 3FFKB 3OS1A 3RMAA 1DKGD 4FW2A 1KLMA 3WUHA 3DXKA 3AV9A 1VK0A 1KC8O 4B9MA 4NCBA 3VTIA 4K8ZA 1KAXA 5AQZA 3VMFB 3J81O 4KO0A 4BR7A 3VPZA 4PQUA 5KPRA 2YNFA 4DV2K 4FZYA 5AQGA 1RT6A 3H46O 4CJPA 4JI5K 2YI1A 1EQYA 2ZD1A 2IS3A 2I7NA 3HYFA 3ZEUB 2KZZA 5B8HA 3V9WA 4C8NA 3QDKA 4FWNA 1S5JA 1HKGA 2RE2A 2JLEA 1EWQA 3ZX2A 3SCXA 4PA1A 4KB1A 3V9SA 4H5VA 3RTVA 2A5XA 4BC2A 2O8CA 4CEEA 1RTJA 3LWLA 4CF1A 5M1NA 1NJWA 3IUCA 1NM1A 5AQVA 5BPMA 3R1XA 2Q36A 1SL0A 4DR4K 1LOTB 4E89A 1UA1A 4QOZB 3PSIA 3DM2A 3KTQA 1NBWA 3E9OA 3HPHA 3I55N 1UA0A 3DI6A 4O8KA 3KK1A 3VQCA 1XC9A 3V9ZA 3PV8A 4Q5VA 4YOYA 4B3SK 1NK8A 3RSEB 4AM7A 4M3WA 1RTHA 3OVNA 2NRTA 3D2EB 1ASWA 5KGXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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