2GUPA

Structural genomics, the crystal structure of a rok family protein from streptococcus pneumoniae tigr4 in complex with sucrose
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
MTIATIDIGGTGIKFASLTPDGKILDKTSISTPENLEDLLAWLDQRLSEQDYSGIAMSVPGAVNQETGVIDGFSAVPYIHGFSWYEALSSYQLPVHLENDANCVGLSELLAHPELENAACVVIGTGIGGAMIINGRLHRGRHGLGGEFGYMTTLAPAEKLNNWSQLASTGNMVRYVIEKSGHTDWDGRKIYQEAAAGNILCQEAIERMNRNLAQGLLNIQYLIDPGVISLGGSISQNPDFIQGVKKAVEDFVDAYEEYTVAPVIQACTYHADANLYGALVNWLQEEKQW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ROK family protein
publication title The crystal structure of a ROK family protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4 in complex with sucrose
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule tags Transferase
total genus 92
structure length 289
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA01
3MN6A 4CBWA 2Q31A 3KHYA 1NGBA 1GLLO 1SQKA 3EL2A 3FZFA 4AM6A 4J8FA 2IVPA 3HTVA 4H0YB 3IFRA 4B1UB 3O6WA 3LM9A 3VF2A 1TYQA 5BRHA 4CZEA 4WQ5A 3VGKA 4FWMA 3A5MC 2GUPA 4FOEA 1QQMA 4IJNA 1V4SA 1YUWA 3IUCA 1NGEA 1U6ZA 2E2QA 3UB5A 4BR0A 3IDHA 4QS7A 5FPDA 4EHTA 4B1YB 1JCEA 5BREA 5AQIA 1ATRA 3H1VX 3VGLA 3BF1A 4FOIA 1MWMA 4B1WB 3HSCA 5JMVA 3CJ7A 1JCGA 1Q18A 4CZMA 3EKSA 3UKUB 3VEXA 3R9PA 4BG9A 4Y0WA 1QQNA 5AQHA 2Q36A 2H3GX 2A41A 3WQUA 2A3ZA 2QW9A 4L3QA 4FWSA 1ESVA 5BRDA 3AAQA 4K25A 1S3XA 2P9IB 3C7NA 4GNIA 5JLFA 4MO5A 2NZTA 3SJHA 3VEOA 3VEWA 4MO4A 3FGUA 4BR9A 4LC9B 1HKBA 1BA1A 1ATSA 2E20A 4M63C 3AARA 3KZBA 3W3DA 2J4RA 4CI6A 4BC2A 3VENA 3QICA 2V7ZA 3MN7A 4KBOA 3VESA 4H5WA 1NGDA 1X3MA 4BRKA 1C0FA 2VYPA 2Q2RA 3DXKB 3L6QA 4BGBA 5FPEA 3LL3A 5AQUA 4QS9A 3KVGA 5AQWA 2A40A 3UKRA 4NB4A 2QWLA 2QWRA 3J8AA 1HJOA 3QFPA 2EWSA 4NO7A 2DPNA 5FPNA 4BRNA 4CZGA 5EXWA 4H5NA 3HM8A 1MDUB 2AP1A 1GLEG 3FLCO 2QM1A 5KQDA 1U2VA 1IJJA 1R59O 1X9JA 4GY2B 1GLJO 1RFQA 3CQXA 4CBUA 2GWKA 5E26A 1J6ZA 3GBTA 5AQSA 3S41A 3VEZA 3WXKA 2CH6A 3C0BA 1K8KA 4BVOA 1WOQA 3FZKA 3G25A 2YJFA 4YDUA 4DCHA 2V7YA 2D0PA 2CGJA 2FSKA 4CD1A 3ULEB 5JLHA 1KXPA 2P9PA 3HZ6A 4PKIA 4FPAA 3VEVA 4XH5A 4FO0A 5AQFA 2FXUA 5KPTA 1ATNA 1GLFO 3EN9A 3ZETA 2E88A 4FWLA 4BC3A 5E84A 1XUPO 4CZIA 3RSEB 1BWFO 5B8HA 5AQRA 3FFKB 5LY3A 4BRHA 2PBDA 4MLEA 5AZIA 3D2FA 3DAWA 3BEXA 2E1YA 4B9QA 3WEEA 3FZHA 2QXLA 2YI1A 4JHDB 2QWMA 2Q0UA 3P4IA 4FWNA 2ZWHA 2P9UA 5AQPA 4H5TA 3ZEUB 4K43A 3D7EO 3MK6A 3H45C 4BG8A 4WYBA 5AQXA 2GWJA 4BRIA 1IG8A 2NLXA 4BGAA 4RCHA 4H03B 5BN8A 3DWLA 3A5LC 4XEIA 3VF6A 5KPZA 3CERA 1HPMA 2IVOA 1X3NA 3R8EA 1E4GT 2WUSA 5AFUH 2FSJA 3QMLA 3R6MA 1BOTO 2W41A 2QWNA 4BRAA 1KAZA 2YJEA 3O1BA 1NGAA 2P9KB 4CZLA 1YXQA 3QFUA 4ISEA 3MMVA 4JAXA 1LCUA 1BO5O 3SMSA 3QBXA 4RWTA 2ASOA 2P9LB 1ZXOA 5EY4A 5TKYA 1NGCA 2IIRA 1NGJA 3CJCA 4F9OA 1Z05A 3MCPA 3VETA 2Q97A 3GE1A 5AQVA 1H1VA 2GEMA 4H0PA 5BPNA 1CZAN 3TPQA 4DHYA 2YCHA 1TUUA 4H5RA 5F2RA 4IWVA 3DXMB 4I6MB 3BF3A 2KHOA 1XQSC 3JXUA 5AQKA 3GDQA 2P9NA 3VOVA 4CBXA 1YAGA 1TUYA 4JD2A 4B1VA 1Y64A 2D4WA 2E2PA 3D2EB 2FLOA 2ZF5O 4H0TB 3TU5A 1T6DA 5AQYA 4A62A 4BC4A 2ZGZA 4EIAA 1QZ5A 1BU6O 3O08A 3UKUA 3A5OC 3ZX0A 1NGFA 4B1ZA 2QWPA 3QBWA 1QQOA 2UYTA 4JN4A 4BREA 5LJWA 3CHWA 4WQ5C 4A2AA 5ADXH 3U9DA 2YHWA 1GLAG 5AFUA 4XH1A 2A5XA 3CJBA 1MWKA 2V52B 5AQTA 1QZ6A 1ZC6A 3EKUA 1NGHA 2CGLA 4ISGA 3MN5A 3O5BA 2CGKA 1NGGA 4CZJA 5KQ8A 1BUPA 1HLUA 3VEYA 4FSVA 2E2OA 1TYQB 1YVNA 4O8KA 4XH4A 1RGIA 4H0OA 3CQYA 4WQ4C 3U4LA 4BRDA 3VERA 4BR4A 5CE3A 3H6EA 2PAVA 3FZLA 4BQZA 1T44A 3A0IX 3FZMA 3L0QA 3WUHA 1BA0A 4H0XB 3WXIA 2YHXA 4K42A 3AAPA 3MN9A 5F1XA 3LDOA 5AQLA 2E8AA 5AQOA 2BTFA 2FF6A 2I7NA 1GLCG 2BUPA 3ATVA 3H1QA 4PKHA 3U9ZA 4Z94A 4H0VB 1DGKN 3A8YA 3ID8A 4DB3A 2A6AA 4PL7A 4JNEA 4A61A 4O5FA 2D0OA 4MLHA 4FPBA 3UE5A 5AZJA 5BPMA 1E4FT 3ZX3A 3O80A 4CZHA 2P9SA 3O8MA 4K41A 1C0GA 3OHRA 1EQYA 2HF4A 3C7NB 1GLBG 1DEJA 3EZWA 3LM2A 5ADXA 5EX5A 3F9MA 3LDLA 5AQGA 2Q0RA 4HWIA 2GELA 3DJCA 4FL9A 3ULEA 4C23A 1V4TA 4IXCA 2OANA 4FWRA 4CZFA 3M3ZA 4PL8A 4EFHA 3CJ9A 2ASMA 5AQZA 5F0XA 3HBTA 1HUXA 4BR7A 3RSEA 1LOTB 3BP8A 4BR2A 3VGMA 2P9NB 2YHYA 2VWBA 3QDKA 1NBWA 4JD2B 4RTFD 1SZ2A 1BDGA 4BC5A 4WQ4A 1HX1A 3UKRB 4CJ7A 1NGIA 3CI5A 2NRHA 3FR0A 4FWOA 4BRMA 4JHDA 5AQJA 5KPRA 4IJAA 4YDUC 5AQNA 2HOEA 1BG3A 1NM1A 2IVNA 3HI0A 1D4XA 2A42A 3IMXA 2GTDA 3ZEUA 1T6CA 2QWQA 3EO3A 2I7PA 1U2VB 1S22A 3JS6A 1KAYA 1NLVA 1XC3A 2ITMA 5JICA 5BPLA 3CIPA 2ZGYA 5EVZA 2FSNA 5AQMA 1NMDA 1K8KB 5AQQA 5FPMA 3VF4A 2FF3B 3WT0A 2D1KA 2ASPA 2E1ZA 4H5VA 4HTLA 3ENOA 4CD3A 3GOIA 1ZBSA 2P9PB 3A5NC 4PKGA 3LDQA 1WUAA 4FWKA 1QHAA 2E2NA 2F9WA 2Q1NA 3SMPA 4BVPA 3CJ1A 2HMPA 4CZKA 3ZETB 3SLCA 1KAXA 2P9KA 3BUZB 3H3NO 3O4WA 4M7YA 4BRLA 3WXJA 4AM7A 3M1FA 1P8ZA 1GLDG 2VCPA 3GL1A 3LDNA 3MDQA 1HKGA 4ISFA 3H46O 4BRQA 2P9LA 2P9IA 1OKJA 4BRGA 5BRFA 5LJVA 5AZIB 3D2FB 3ATUA 3AY9A 3WEEB 4BRCA 4BROA 5I9EB 3CJAA 4IO8A 4BQLA 3VPZA 3M6GA 1DKGD 3FE1A 3W0LA 3WQTA 3U8XA 2AA4A 1G99A 2P9UB 4FWPA 3GG4A 5BN9A 3CETA 2HF3A 5AZJB 4QS8A 4EHUA 3DXMA 4I6MA 3L4IA 4A2BA 4BRPA 2P9SB 1HKCA 4B1XB 1MA9B 2QWOA 3H3OB 4BR5A 1SAZA 3DXKA 3ZX2A 3WXLA 2V51B 3B8AX 3LDPA 4FWQA 1RDWX 4IZ9A 3QB0A 4BRFA 3ENHA 5ELZA 3D2EA 1Z6RA 1JCFA 3I8BA 4E1JA 5AR0A 5BR9A 4EAHD 2W40A 3O1WA 2CH5A 5EOYA 4M7XA 3SK3A 4DQ8A 2F9TA 3I33A 1NWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MN6A 4CBWA 5C25A 1NGBA 3EL2A 5M1OA 4F3OA 3V6DA 3JAMO 4B1UB 1J5EK 3VF2A 2WOMA 3VQEA 3NBPA 1B9FA 3OYFA 4FWMA 1NJWA 1XMOK 1QQMA 4JLHA 1V4SA 3NMUA 1NGEA 4EP4A 2BH1A 3IDHA 4M45A 4LF5K 2O8DA 4O0IA 1VSDA 4YOUA 4HVJA 1IO2A 1BI4B 3U3GA 3LP0A 4Z4FA 5AQIA 4N56A 3PSIA 1QE1A 4FW2A 1TK0A 4FOIA 2P1JA 3LAKA 5M1QA 5JMVA 4JKDA 3V9SA 1Q18A 3MX2A 3EKSA 5KRTA 3AVIA 4CEOA 3VEXA 2G8VA 2H3GX 2A41A 1N5YA 4FWSA 1N6QA 1JLCA 3DLLL 2Z1JA 1S3XA 4GNIA 5JLFA 4E7HA 3E01A 1FK9A 4MO4A 5CYMA 2DFEA 4NYFA 1JLEA 4DV7K 4M3XA 4LSNA 3SCXA 4CI6A 2QTDA 3AVFA 3RRHA 1X3MA 1QSLA 3SQ2A 4HHTA 4AHRA 4IDHA 1QTMA 1RTJA 5AQWA 2G8HA 1HJOA 3F2KA 2EWSA 4MFBA 1TL1A 4BRNA 4H5NA 3HM8A 4LSLA 2NRWA 4JI2K 3PV8A 3M8PA 5J2NA 3G0ZA 3FLCO 3OA9A 5KQDA 3BZKA 1RDCA 1IKYA 1IJJA 4JI0K 5DM6L 2YKMA 2YNHA 2GWKA 4NXNK 2WFBA 3WXKA 3C0BA 2OZSA 4B3MK 2Z1IA 3IS9A 1QVFM 2CGJA 3TAQA 1ZBHA 1Q81O 4XH5A 2FXUA 2UXBK 3F73A 1EO1A 1U48A 4CEEA 4N41A 3OBWA 4IG3A 3V81A 4RW6A 3EY1A 4FWLA 1L3UA 1SKSA 3HPGA 3RSEB 4GV6A 5KRSA 4YNQA 4JKGA 2PBDA 3LP2A 4MLEA 4BE1A 3BEXA 1HNZK 2UUCK 4N76A 3OS2A 1NJYA 1C6VA 4K0KK 4YHHK 1ASWA 3KJVA 3AVNA 3NAEA 2P9UA 1RBRA 1RCHA 4A59A 2FBXA 3MK6A 4BG8A 1IH7A 3KWIA 4B9UA 3H08A 5AQXA 1JJ2M 3ZSOA 1WBBA 2GWJA 1FJGK 3SAGA 3NDKA 5BN8A 1WAJA 3P38A 3VF6A 1RT3A 4DR5K 5CZ1A 4CEBA 3R8EA 4W5RA 2WTUA 1TAUA 4AHCA 2W41A 3OYEA 4JI6K 4CJQA 5DMRA 3VQQA 4CZLA 1YXQA 3KKSA 2HVHA 3QBXA 2X6SA 2ITGA 1HR0K 3PO4A 2ASOA 3DLGA 3I0SA 2KZMA 5TKYA 1FXXA 4GV9A 4DU3A 1L3SA 3AVAA 3CJCA 2Y1IA 1LAWA 3T7ZA 4F9OA 3E9LA 2D0CA 3MCPA 4KTWA 3CFPA 3TSPA 3LZJA 1HNXK 3WNFA 3MECA 3ZT3A 1CZAN 4KFBA 1UA0A 2UUAK 3VQBA 4DHYA 2YCHA 4CHNA 5F2RA 3BF3A 3LWMA 2JLEA 3CPEA 4CIFA 3VOVA 4CBXA 3TWHA 3MCAB 3QESA 4GW6A 2KW4A 3L2WA 1Y64A 3LWLA 2HNDA 4H0TB 3TU5A 1OH7A 5DK5A 3JYTA 1KVCA 1IV0A 4JI3K 4CK2A 1QQOA 3CM5A 3O9TA 4BREA 1VSLA 3CHWA 4WQ5C 5ADXH 3U9DA 2OTJN 5AFUA 4TSXA 3CJBA 1OH8A 5AQTA 4B3TK 1ZC6A 1QQCA 1NGHA 4E7JA 4IEIA 4O0JA 4IOXA 1TV6A 3MN5A 3O5BA 1WAFA 1LWEA 4LY7A 3I8DA 3TAMA 5HRSA 2OCEA 3VA0A 4FJ5A 3O9SA 1QSYA 1RNHA 4PUOA 1ITGA 4DG1A 4BR4A 5CE3A 1X9SA 4E0DA 3H6EA 2PAVA 4CCHA 3A0IX 4YOWA 4DUZK 1IBMK 3SUPA 3RMAA 4FJIA 2YV0X 4KH4A 1KLMA 1XWLA 1BCMA 4CHPA 2HMIA 3CM6A 3AAPA 2E8AA 1RTIA 2FF6A 3LAMA 2BUPA 4PKHA 1OH6A 3KTQA 4H0VB 4JK8A 4O5FA 2D0OA 3VQPA 2OPPA 3UE5A 5AZJA 1E4FT 1L3VA 2FBVA 5GAGP 4DFPA 4B3SK 1C0GA 1T05A 2HF4A 3C7NB 3LM2A 2UXDK 5EX5A 3F9MA 1XI1A 4O55A 2GELA 3DJCA 4C23A 3V9UA 3NGYA 1V4TA 1K6YA 4CZFA 4C8NA 3C6AA 1YI2N 4CF1A 4LD0A 4EFHA 3OYCA 3CJ9A 4DR7K 3OS1A 3TR8A 3PLAA 4MDAA 3RSEA 1LOTB 1QVGM 3LP1A 2RHKA 3QDKA 3TABA 2HHHK 1OH5A 4ELTA 4WQ4A 3D6RA 1YITN 3UKRB 3L2RA 2NRHA 4FLWA 2X74A 5AQJA 1TKTA 4YDUC 4FJ7A 2HOEA 1NM1A 2O8FB 1RDBA 2A42A 2QWQA 4NLCA 4N47A 1S22A 2OPSA 1NLVA 1NKEA 1HNIA 3KWGA 3A2FA 3WT0A 3VF4A 3MEEA 4C8KA 2D1KA 1UOCA 2E1ZA 1JKHA 4H5VA 3ENOA 2ZJQL 2F8TA 1ZBSA 2P9PB 4FWKA 1BISA 4OPAA 3D45A 2GV9A 1RT2A 4CZKA 3HT3A 1IG9A 4KHPK 1KAXA 4M7YA 3O4WA 4A5BA 2KLAA 1GOCA 1I94K 3CFOA 3MDQA 1KLNA 2E4LA 2B5JA 3O9QA 1N8RO 3VQ9A 5BRFA 3CYMA 4KRFA 4W5OA 2F7TA 4FJJA 1RBVA 3WEEB 4CJKA 3FE1A 3W0LA 1D9DA 4I9LA 4L8RB 4KB0A 5BN9A 1R0AA 1SL1A 2HF3A 4J2DA 4RG8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3A5N C;  4DWI A;  1TAQ A;  2GUI A;  4PKG A;  4CIE A;  1WB9 A;  2E2N A;  2F9W A;  3P39 A;  2HBM A;  4BVP A;  4OKK A;  4WFB L;  3F5T A;  3OYA A;  3CXC M;  2QI2 A;  3TI0 A;  3SLC A;  3ZSY A;  2P9K A;  2D0A A;  3WXJ A;  4ZTJ A;  4AM7 A;  3M1F A;  1P8Z A;  1CXU A;  3GL1 A;  3K57 A;  2A1R A;  3BY5 A;  2PYJ A;  4ISF A;  4U7B A;  1N32 K;  2P9I A;  3PX0 A;  4JKG B;  5LJV A;  3ASM A;  3T19 A;  3AY9 A;  1NU0 A;  4BRC A;  4QOZ B;  4IO8 A;  4BQL A;  2NRV A;  3VPZ A;  4Y1D A;  4KHN A;  3U8X A;  2AA4 A;  3VQ5 A;  2P9U B;  3HP9 A;  4B08 A;  3DXM A;  3K5O A;  2WBN A;  1MA9 B;  1YTA A;  2QWO A;  3KLE A;  1GOB A;  1LWF A;  5I3U A;  2V51 B;  1C1A A;  3P83 D;  3ZSW A;  4BRF A;  3TTD A;  3ENH A;  4IDK A;  3OYH A;  1JCF A;  4A57 A;  4E1J A;  1B9D A;  3SPY A;  3NCI A;  5J1E A;  3O1W A;  4DSF A;  3WXM B;  4KI6 A;  3MED A;  4M7X A;  3C6T A;  4DQ8 A;  1NJI O;  3I33 A;  1NWK A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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