2GUPA

Structural genomics, the crystal structure of a rok family protein from streptococcus pneumoniae tigr4 in complex with sucrose
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
MTIATIDIGGTGIKFASLTPDGKILDKTSISTPENLEDLLAWLDQRLSEQDYSGIAMSVPGAVNQETGVIDGFSAVPYIHGFSWYEALSSYQLPVHLENDANCVGLSELLAHPELENAACVVIGTGIGGAMIINGRLHRGRHGLGGEFGYMTTLAPAEKLNNWSQLASTGNMVRYVIEKSGHTDWDGRKIYQEAAAGNILCQEAIERMNRNLAQGLLNIQYLIDPGVISLGGSISQNPDFIQGVKKAVEDFVDAYEEYTVAPVIQACTYHADANLYGALVNWLQEEKQW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a ROK family protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4 in complex with sucrose
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule tags Transferase
molecule keywords ROK family protein
total genus 92
structure length 289
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA01
2A5XA 4IWVA 1X3MA 3ZEUB 2P9SA 4JD2B 3RSEB 3GBTA 2E8AA 4BR7A 2NRHA 5BRFA 4M7XA 1GLDG 4HWIA 4NO7A 4MLHA 2YHYA 3QFUA 1BOTO 2P9NB 4BQZA 1YXQA 3CHWA 3LDQA 1NGAA 4BRDA 4YDUA 2ZGZA 3D2FA 2QWNA 4Z94A 4C23A 4DCHA 4EHUA 1IG8A 4A61A 4F9OA 3BEXA 2E2OA 3GL1A 3VEZA 3U9DA 4H5WA 3FGUA 4B1XB 3J8AA 3U4LA 1GLLO 4DB3A 1JCFA 2GEMA 4QS9A 2VCPA 3EO3A 4B9QA 5AZIA 1GLEG 4ISEA 4BR5A 1E4FT 3VF6A 2PBDA 1K8KA 4FPBA 3VENA 1RFQA 3O4WA 4H0OA 2QWQA 4PL7A 1KAYA 3QMLA 3AARA 5LJVA 4CD3A 1HJOA 2A6AA 4B1WB 4FOIA 5BRDA 1NWKA 1MDUB 3P4IA 2Q0RA 4BRNA 4RCHA 2V7ZA 3D2EB 1SZ2A 5AQFA 1JCEA 4IXCA 4BC4A 5BPLA 2YHXA 2GTDA 2A40A 4XH5A 1BA1A 2A41A 3FLCO 1QHAA 1IJJA 5JICA 4XEIA 2D0PA 2NLXA 3R9PA 5FPMA 1R59O 3LM2A 4CBWA 3KVGA 4IJAA 3O1BA 4BR2A 4Y0WA 4FL9A 3DXMB 1BDGA 4RTFD 3GDQA 5AQNA 5AQQA 3A8YA 3HBTA 3CJ1A 5AZJA 3CI5A 3L6QA 3RSEA 4CBXA 2P9LA 1GLCG 3CQYA 1V4SA 1ATNA 3LL3A 4A2BA 4PL8A 4B1VA 1GLJO 2IIRA 2ASMA 1NMDA 4BC3A 3HSCA 3WXIA 4FWRA 4IJNA 2P9KB 3A0IX 3IDHA 3O80A 1Z05A 2P9KA 4BVPA 1TUYA 5BPNA 1KXPA 3LDNA 3BF3A 2EWSA 4PKHA 3H3OB 4WQ5C 3CERA 1YVNA 3WXJA 3ULEA 2I7PA 3F9MA 2AP1A 2YJEA 5AQOA 2P9LB 2VWBA 4CZIA 1MWKA 3H3NO 1Q18A 3CQXA 5AQHA 5AQSA 1MWMA 2IVPA 3EKSA 3SLCA 4FWLA 3EN9A 3O8MA 3VESA 1GLBG 4BR9A 3VETA 3MDQA 1T6CA 3KHYA 4I6MB 5TKYA 3VGMA 3ZETB 4CZGA 5KQ8A 2GWKA 4QS8A 3WXLA 3FZHA 4QS7A 1YAGA 3EZWA 3A5MC 3WEEA 1NGDA 3MN6A 4K25A 4BRPA 3FZFA 1ATSA 4BG8A 4O5FA 1E4GT 5AQUA 1HKCA 4CZEA 3S41A 3D2EA 2P9UA 4PKGA 5FPDA 3DAWA 1XC3A 1SAZA 2P9UB 1LOTB 2D0OA 4A62A 1D4XA 3CJAA 3UKRB 2ZF5O 3A5LC 1LCUA 3H6EA 1RDWX 4CZFA 1MA9B 2QWOA 2WUSA 4CZMA 1S3XA 3C0BA 1WOQA 3O1WA 1S22A 4NB4A 1QQMA 4I6MA 2P9IA 3ZETA 3GG4A 4WQ4C 3SMPA 3WEEB 3BP8A 2F9WA 5EOYA 3QBXA 4BC5A 3ENOA 4XH1A 3ATVA 4WYBA 1C0GA 2Q31A 3JXUA 3W0LA 1BO5O 2PAVA 3I33A 3H46O 2P9NA 4BG9A 1U2VB 2ASPA 5AQVA 3HZ6A 3FZKA 2QM1A 1NGCA 3DWLA 1GLFO 4JHDB 2CGKA 2FXUA 5AQWA 3VGKA 4DQ8A 4B1ZA 2Q97A 4PKIA 3VEOA 1X3NA 4BRMA 5FPEA 5AFUH 3ULEB 2A3ZA 2P9PB 3A5OC 2E2QA 3LM9A 3VEYA 3WXKA 3AY9A 1OKJA 3MK6A 1NGJA 1ZC6A 5AQMA 3SMSA 3SJHA 4B1YB 4BVOA 2YHWA 2BTFA 2GWJA 5CE3A 3QDKA 3L0QA 4H5NA 1KAXA 5ELZA 3UKUB 3UKRA 2ZWHA 1TUUA 3BUZB 5B8HA 3ZX0A 1P8ZA 1NGHA 2QWMA 5ADXH 3O5BA 4IO8A 4FWPA 1SQKA 3OHRA 3O6WA 2FSKA 4WQ5A 3U9ZA 5AR0A 4CZLA 3HM8A 4BGAA 4CZKA 5BREA 2P9SB 4H5TA 3HTVA 4BRKA 2DPNA 1QQNA 3VERA 5JLFA 4FWQA 4CI6A 1ZBSA 1XUPO 1HKBA 3DJCA 5AQZA 5EX5A 1ATRA 4FWKA 3D2FB 3DXKB 4MO5A 2IVNA 1NGGA 2KHOA 1HX1A 2YI1A 1TYQB 4ISFA 1EQYA 4B1UB 3UB5A 5I9EB 2E1YA 5AZJB 5BPMA 5KPTA 4K42A 4CBUA 4CZJA 3MCPA 3JS6A 3U8XA 4CD1A 1BA0A 3CJ7A 4AM7A 3FZLA 4GY2B 3ZEUA 4EFHA 2ZGYA 2V51B 4BGBA 1HLUA 1K8KB 1DKGD 5AQIA 4H0YB 2HF4A 4FOEA 3VPZA 2UYTA 5LY3A 1HUXA 3TPQA 3VGLA 2V7YA 3MN9A 5F1XA 1BU6O 2W41A 4H0PA 5JLHA 3ENHA 3MN5A 3EL2A 5AQTA 2ASOA 3ZX2A 2NZTA 5BR9A 3VOVA 5F2RA 1CZAN 3O08A 4BQLA 3CJCA 1C0FA 1HPMA 1V4TA 3L4IA 1QZ6A 3WQTA 3VF2A 4O8KA 1HKGA 2BUPA 4M7YA 3QFPA 4CJ7A 2Q1NA 3BF1A 5E26A 5AQPA 4FPAA 3LDOA 3M3ZA 3ZX3A 3M6GA 4BRAA 3WUHA 4BRLA 3CJ9A 1BUPA 1NGEA 3C7NB 4A2AA 4BC2A 3B8AX 3ATUA 5BRHA 4BR0A 3C7NA 3FE1A 3AAPA 3KZBA 1NGBA 5AQGA 1ESVA 2HF3A 4KBOA 3D7EO 2Q2RA 1KAZA 1QQOA 2ITMA 4FO0A 4FWMA 2E2PA 2A42A 5F0XA 5AQYA 4AM6A 5JMVA 3R8EA 4BRHA 3GE1A 2W40A 1NGFA 2GELA 3WQUA 3TU5A 4JN4A 5AQRA 1X9JA 3IMXA 1WUAA 4FWNA 1J6ZA 4K43A 2I7NA 4JAXA 5EY4A 3UE5A 2Q0UA 1G99A 3CETA 3WT0A 3VEVA 3GOIA 5E84A 2P9PA 1Y64A 5BN8A 1YUWA 2CH6A 2J4RA 4LC9B 5EVZA 2FSJA 4H0TB 4H0XB 5AQKA 2OANA 5BN9A 5AQXA 3LDLA 5FPNA 4JHDA 1GLAG 2GUPA 3VF4A 4XH4A 2IVOA 2FF3B 3AAQA 3DXMA 2QXLA 2HOEA 4H0VB 2QWLA 1TYQA 4BRQA 5KPRA 5KQDA 4ISGA 3HI0A 1NM1A 3H1VX 4BREA 2CGLA 4HTLA 1BWFO 3A5NC 3FR0A 3MN7A 3VEXA 2E88A 3W3DA 2QW9A 4BRGA 1ZXOA 5AQLA 3FFKB 1Z6RA 1JCGA 1BG3A 4BR4A 5AQJA 2QWRA 4CZHA 5KPZA 5EXWA 4BRFA 2H3GX 4DHYA 5LJWA 4BRIA 2QWPA 4JD2A 4MO4A 1U6ZA 3QICA 3G25A 3IUCA 3LDPA 3M1FA 1NBWA 2VYPA 3MMVA 4IZ9A 1H1VA 1U2VA 5AFUA 4H5RA 5AZIB 2FF6A 1RGIA 3H1QA 3R6MA 4EIAA 3H45C 3QBWA 1QZ5A 4FWOA 2D1KA 4FSVA 1DEJA 2FLOA 4K41A 4MLEA 2CGJA 4WQ4A 4YDUC 3QB0A 2YCHA 2E1ZA 3IFRA 1T44A 4L3QA 2Q36A 4M63C 4H5VA 4BRCA 4EHTA 2F9TA 1T6DA 2YJFA 4E1JA 3VEWA 2AA4A 4BROA 4J8FA 5ADXA 2E2NA 4FWSA 1XQSC 1DGKN 2V52B 3UKUA 2D4WA 3I8BA 4EAHD 3CJBA 2E20A 2HMPA 4H03B 2CH5A 1NLVA 4RWTA 3DXKA 3ID8A 4GNIA 3SK3A 1NGIA 2FSNA 3CIPA 2P9IB 3FZMA 4JNEA 3EKUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CQ8A 4IWVA 3CFPA 1X3MA 2GBZA 5DMRA 4F3TA 2P9SA 3RSEB 1N36K 1RT7A 4BR7A 3QEWA 3MAQA 1T7PA 4MLHA 1BOTO 4M3XA 2P9NB 5JS1A 4AHSA 1YXQA 4JKBA 3K5LA 2KKZA 3LDQA 4BRDA 4YDUA 2QWNA 4Z94A 4WE1A 3CCRN 2OPPA 2ZJQL 2O8DB 1HNVA 4FJNA 3T19A 1T05A 4CIEA 1VSDA 2E2OA 3E9OA 3ZSRA 2X74A 4H5WA 4B1XB 3J8AA 1SV5A 4FZXC 4LF4K 1KVAA 2HSTA 3F2KA 1QSSA 3L2WA 2G8VA 3LP0A 4AHVA 2HB5A 1K8KA 4H0OA 2QWQA 1KAYA 3QMLA 3OYIA 3QIOA 1VQ9N 3NFAA 4B1WB 2Q0RA 4DR3K 1JL1A 4BRNA 3KLIA 2GV9A 4NYNA 4RCHA 3V9UA 4J2EA 1F21A 5AQFA 5HP1A 4BC4A 5BPLA 4CVNE 3AA4A 1RDDA 1QHAA 4GV3A 1C1CA 4RW6A 1NMNA 5FPMA 1R59O 1SL0A 4DFMA 3O9TA 4RTFD 1VQON 3THVA 3HBTA 1WN7A 3CJ1A 2EHGA 4E0DA 3RSEA 3R1XA 1GLCG 1ATNA 3SPYA 3KWGA 4DQIA 4YY3K 3WXIA 3VQBA 4FWRA 3IDHA 3C6HA 1NK7A 1BQNA 1QHTA 2KZZA 3TAMA 3NHGA 2O8DA 3CERA 1R0AA 4JK8A 2X78A 4IKFA 1Q82O 5AQOA 4CEZA 4DLEA 3SUPA 3C65A 4OX9K 4NXNK 2DY4A 3H3NO 3CQXA 3CCUN 1MWMA 2IVPA 4B9NA 4DTXA 4DU4A 3VQCA 4DTPA 3KK7A 1NJWA 3VESA 4OKKA 4B3TK 1GLBG 3HK2A 3VETA 3ZETB 4CZGA 3NBPA 1D8YA 3RR8A 4CJPA 3D0PA 4QS7A 3A5MC 3MN6A 4BRPA 4K25A 3FZFA 4BG8A 1E4GT 2Z1GA 1RBTA 2P9UB 4OPJA 4A5AA 5KGWA 3CJAA 4DTMA 3CM6A 2ZF5O 3H6EA 4CZFA 4GKJK 2IDOA 1VQLN 3DLBA 3ZSWA 4JI2K 3O9QA 5M1FA 4I6MA 4WQ4C 4CJVA 3OYGA 2YKMA 4XH1A 2O4GA 1C0GA 3JXUA 1K73O 3T3FA 4DWIA 3OYHA 4JI4K 3NVMA 4WFBL 3H46O 3OYDA 1UWBA 1L3SA 5GAEP 4BG9A 4H8KA 2QM1A 3DWLA 1U45A 3VEOA 4BWMA 3CCEN 4BRMA 4PUOA 3DOKA 3O3HA 2FBXA 1EO1A 2P9PB 3A5OC 3ZSYA 3LM9A 3I0SA 3VEYA 3WXKA 1OKJA 3AA3A 4B1YB 4BVOA 3PUFA 3QLHA 3ZT4A 4R79A 3HOSA 4DSEA 4B3RK 3L0QA 4FM0A 3UKRA 4LY7A 3OYJA 4DU3A 2Z1IA 1TAQA 4DLGA 4FYDA 1KD1O 1HQEA 2G8UA 1NJIO 3OS0A 3C6TA 1UA1A 2KW4A 3HM8A 4BE1A 1N5YA 1ZBIA 4H5TA 2DPNA 2HBKA 1JXEA 1LAWA 4FJJA 2D0BA 3DRPA 4W5TA 1LWFA 4A57A 1LW2A 4QCLA 1NGGA 1HYZA 4ISFA 4JI0K 1EQYA 1YVUA 1X1PA 4DQPA 1JKHA 2YHBA 5GAHP 3DRSA 4K42A 3MCPA 1BA0A 3FZLA 3E9LA 3MWPA 4CJKA 4EFHA 2ZGYA 2ZE2A 3I56N 1HLUA 2VWKA 1OH7A 4LH4A 4CF2A 4H0YB 2HF4A 4FOEA 5A2QO 4E7LA 1HUXA 3VGLA 2V7YA 5F1XA 1RT3A 2ZM6K 3K0SA 1VQ6N 4OGCA 4N56A 5IWAK 2ZJRL 3SJJA 3ENHA 4DUYK 2ASOA 3V1OA 3VOVA 5F2RA 1KLNA 4O4GA 3OBWA 3S3OA 1C0FA 2O8CB 1HPMA 1QZ6A 1HKGA 1JLFA 4IEEA 3RTVA 4FJ9A 3LAKA 1YJ9N 1IKWA 4WF9L 3ENBA 3U6FA 1D9FA 3M6GA 4BRAA 3L8BA 3WUHA 4OLAA 4BC2A 4A2AA 4Z4FA 4BR0A 3SV4A 1O1WA 3FE1A 4CFAA 3AAPA 1FKPA 4F2RA 5AQGA 5BR8K 2W6KA 2HF3A 4L8RB 1X9SA 3RMBA 1YTUA 2A42A 3G0ZA 4JRPA 1EKEA 4DV2K 1KSPA 3SYZA 4YORA 2GELA 3HL8A 3O4NA 3TI0A 4JN4A 4GMJB 2HHUA 1BI4B 4JK7A 1IV0A 3ALYA 4FLUA 4K43A 5EY4A 3DLLL 3PY8A 1NKEA 4MQ3A 2Q0UA 3HPOA 4NCBA 1Y64A 5BN8A 4GKKK 2RHKA 1YI2N 3K5NA 2J4RA 5EVZA 4H0XB 3OYCA 4B9LA 3LDLA 1VRUA 2GUPA 4KHWA 3EE8A 2DFHA 3K9KA 3AAQA 3DXMA 2QXLA 3QNOA 4W5NA 5KPRA 4BE2A 4ISGA 1WSIA 3LZIA 1QSYA 3HI0A 4GVEA 1DTQA 1NM1A 3H1VX 3DMJA 4EZ6A 4RW4A 1YITN 2HHSA 3J7ZO 3NF8A 3HVTA 3LDSA 2YNFA 5M1KA 3AVIA 1Z6RA 3SUOA 4IEIA 4Q0BA 4CHPA 4BR4A 3RWUA 4F8RA 4KB1A 4CERA 2QWRA 4CZHA 4KH6A 2RPIA 1XWLA 1C1AA 4BRFA 1W97L 2IGIA 2D0CA 4CF9A 3V9WA 2JLEA 3CCVN 4DKWA 4FJLA 4M42A 2QWPA 4O55A 1IKYA 4HUEA 3LDPA 2VYPA 3ZT0A 3MMVA 4BDZA 3SPZA 1WSEA 3N4PA 3OTOK 4UQGA 1W7AA 4CCHA 2FF6A 1RGIA 3H1QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1BG3 A;  4ZTJ A;  5FRO A;  2OZS A;  4LF5 K;  5KPZ A;  1KQS M;  5EXW A;  4ELV A;  2H3G X;  3AGR A;  4M3T A;  4KTZ A;  1TK5 A;  4MO4 A;  4KH4 A;  1U6Z A;  3G25 A;  3M1F A;  4WFA L;  1NBW A;  1WSF A;  3ZSO A;  3F9K A;  1T03 A;  1U2V A;  3T1H K;  3CPE A;  4CJF A;  4M3U A;  3TTF A;  3R6M A;  4CW7 B;  4EIA A;  4CJE A;  2HBM A;  4FWO A;  2D1K A;  3PIP L;  4B8A B;  1VQ7 N;  4E89 A;  4KTQ A;  4K41 A;  2CGJ A;  2F8T A;  3DLK A;  1N33 K;  4DSK A;  2Q36 A;  2WTU A;  1NK4 A;  4OPH A;  2W6L A;  2YNI A;  4X66 K;  4KPY A;  4I9L A;  4E1J A;  4JKC A;  4J8F A;  4IDK A;  2VG7 A;  3IRX A;  1T3V A;  2HBL A;  3NF6 A;  4FWS A;  3LPU A;  1DGK N;  5J2M A;  4PQU A;  4OO1 J;  3CJB A;  4B9U A;  3FFI A;  4H03 B;  4JKA A;  4RWT A;  3KK2 A;  4KFB A;  3M8P A;  3RMD A;  3HT3 A;  1HYS A;  5LL6 Z;  4DTR A;  3OYM A;  3FZM A;  3U3G A;  1L3V A;  4HUG A;  4CD3 A;  1W2B M;  4FK4 A;  4A5B A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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