3CJ9A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with calcium, amp and phosphate
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
total genus 138
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj9A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj9A02
1Z05A 2IVOA 3UB5A 3AY9A 5BN9A 3WXJA 3UE5A 3D2FB 1X3NA 1MDUB 2A42A 3IUCA 5AZIA 3GL1A 4ISEA 4O5FA 1GLEG 1NWKA 3ZETB 4BR9A 3EKUA 1TUYA 1HKCA 2P9UB 3MN5A 1NGDA 1GLDG 3FE1A 3QMLA 5AQJA 2AP1A 3UKUA 4BG9A 3VGKA 4H0TB 4H5WA 4BRFA 4FWPA 3HTVA 2QWRA 2ZWHA 5AQVA 3SMPA 1HUXA 4E1JA 3CJ7A 4NB4A 3KVGA 1BA0A 1HX1A 4BREA 3MMVA 2A3ZA 1X3MA 1C0FA 2YHYA 2V52B 4QS9A 4BG8A 1V4TA 2HMPA 5AR0A 2D1KA 2NZTA 4WYBA 3CJAA 5AQIA 5AQSA 4BVOA 2FF3B 3IMXA 1YUWA 1DGKN 2P9KA 1U6ZA 3DWLA 4BR0A 3O1WA 1TYQA 2AA4A 3VERA 4CZKA 2QWPA 4L3QA 3LDOA 2V7YA 4H0XB 3BF3A 3B8AX 3WXLA 2QXLA 1KAXA 2P9LB 2Q36A 3ENHA 3LDLA 4B1YB 2P9SB 3CQXA 2VCPA 1ATSA 3S41A 4EAHD 5I9EB 3RSEA 2GEMA 3ZEUB 1QQOA 5AFUA 1LCUA 2P9IA 2GELA 4FPAA 2W41A 2A6AA 3GOIA 3IDHA 4XEIA 3HSCA 2ASPA 3ATUA 5AQFA 3VEYA 1IJJA 3HM8A 4MO4A 4AM6A 1BWFO 1SZ2A 5FPDA 4K41A 3CJBA 4IXCA 4B9QA 3W0LA 5JLHA 1MWKA 3EN9A 2UYTA 2E88A 4A2AA 1RGIA 3BEXA 3QDKA 4WQ4C 3P4IA 4CD1A 4PKHA 2BUPA 1ATRA 5FPEA 3M1FA 4BRNA 4BR5A 2YCHA 1G99A 2HF4A 2FSJA 4GNIA 2FXUA 3EL2A 1YVNA 3JS6A 5EY4A 5EX5A 1U2VA 3F9MA 1TUUA 5JLFA 4CZLA 3DXKA 1BOTO 3ZX2A 1GLAG 1S3XA 1D4XA 4BRGA 4QS7A 2P9PB 3W3DA 1J6ZA 3VF2A 4H5VA 5AQGA 4WQ5A 3GBTA 2E20A 3FZMA 4K25A 3U9ZA 4PL7A 2CGKA 4JD2A 3QFPA 5BRDA 5AZJB 1HJOA 3LL3A 2Q0UA 1HKGA 3HBTA 1YAGA 2Q2RA 4GY2B 2H3GX 3ZEUA 3FZKA 2E1ZA 2PBDA 3LDPA 4H0PA 4CJ7A 3ULEA 4JD2B 5LJVA 3O5BA 4BQZA 3VEZA 4Z94A 4FOEA 5EOYA 3MCPA 3WXIA 3MDQA 4WQ4A 3I33A 4I6MB 3H46O 4PKIA 5B8HA 5AQMA 5FPMA 3EZWA 1XC3A 3O1BA 3ENOA 3O4WA 3C7NA 3A5MC 2Q31A 3MK6A 4JN4A 4BRIA 5AQXA 1JCEA 3C7NB 3VPZA 4J8FA 4NO7A 5FPNA 4YDUA 2E2OA 1V4SA 3SJHA 2YJEA 3UKRB 2VYPA 4KBOA 1HLUA 1Y64A 2IIRA 5E26A 5ELZA 3ZETA 3CI5A 4BRKA 4FWQA 2ITMA 3ULEB 5AQHA 1SQKA 5F0XA 5KPTA 4FWNA 3CJ1A 5AQPA 1QZ5A 1XUPO 5AZIB 2KHOA 2ASOA 4H0YB 1JCGA 4FWOA 4BC4A 5JICA 3D2EA 3TU5A 1NGJA 1NGAA 3M6GA 3WEEA 1SAZA 4FWRA 2FSNA 4FSVA 1GLLO 3D7EO 1QZ6A 1WUAA 2QWNA 3FFKB 5AQQA 4XH5A 2ASMA 3C0BA 2OANA 4EFHA 1DEJA 3OHRA 5BN8A 3D2EB 1KAYA 3H6EA 4IJNA 5KQ8A 1NGFA 4BVPA 2IVNA 2PAVA 1QQMA 4BRPA 2QWLA 3L6QA 3UKUB 4HTLA 4RWTA 4IO8A 2I7PA 4I6MA 3SK3A 3GE1A 3KZBA 3WQTA 5BRFA 1MA9B 5BRHA 3KHYA 4XH4A 4B1WB 5BPLA 3AAQA 2HF3A 4CI6A 4EIAA 3VENA 5KPRA 3VEOA 1NGBA 3SMSA 1NGIA 2Q97A 3JXUA 1H1VA 1GLJO 2P9PA 5ADXA 3BUZB 1KXPA 5F2RA 3WQUA 1ESVA 2W40A 1K8KB 3H3OB 2EWSA 2ZF5O 3ID8A 3VEWA 2YHWA 4K43A 1NGGA 1XQSC 2WUSA 5LJWA 4CZHA 5AFUH 2V51B 2FF6A 4IJAA 2QWQA 3ZX0A 3DAWA 1OKJA 3DXKB 3VETA 3HI0A 4ISFA 2E2QA 3AARA 4BR7A 1S22A 1BUPA 4C23A 1QQNA 1P8ZA 1X9JA 5AQLA 3GG4A 5AQZA 2QM1A 1ZC6A 3DJCA 4IWVA 3CHWA 4FWSA 2CGJA 2ZGYA 1NGCA 2E2NA 3MN6A 4CZGA 4DCHA 3TPQA 2V7ZA 2GTDA 2P9UA 3FZFA 5AQUA 3O6WA 2YI1A 3LDNA 3R9PA 3H1QA 3IFRA 1GLCG 4WQ5C 3CIPA 1QHAA 3LM9A 1K8KA 3H1VX 3VEXA 3WT0A 4A2BA 2F9WA 4FPBA 2HOEA 4A62A 2QWOA 2DPNA 4K42A 2QW9A 3R8EA 3UKRA 1NBWA 4AM7A 1LOTB 2ZGZA 3CQYA 2FSKA 4XH1A 2YJFA 4CZMA 3GDQA 1C0GA 2GWJA 3EKSA 2IVPA 5BR9A 2A41A 3A8YA 3LDQA 4DHYA 1GLBG 5EXWA 4O8KA 4JHDA 4BRLA 1T6DA 1NMDA 2Q0RA 1IG8A 4H03B 4EHTA 1T44A 4EHUA 4CZJA 2CGLA 1NGEA 3ATVA 4DQ8A 4H5TA 4CBWA 4BRHA 4H0VB 4FWMA 4JHDB 2E2PA 4JAXA 5AQKA 4BRMA 4F9OA 2VWBA 4B1VA 2CH6A 4FO0A 4H5RA 5BPMA 3O08A 4H0OA 5AQRA 3FZLA 1BU6O 3VF4A 2NRHA 4LC9B 3BP8A 5AQWA 2P9IB 4BC5A 4BRQA 4B1XB 2D0OA 4CD3A 1T6CA 3I8BA 4CZEA 1BG3A 3SLCA 4FL9A 3QFUA 3H3NO 4MO5A 4BR2A 5E84A 3R6MA 1CZAN 2D0PA 2GUPA 4M63C 2E8AA 5JMVA 2GWKA 4BGAA 4JNEA 3FZHA 3VGMA 3AAPA 3QICA 3RSEB 4M7YA 2P9KB 3O8MA 5AZJA 4FWLA 3VGLA 3L0QA 3CETA 4BRDA 3D2FA 1ZBSA 5KPZA 4BC3A 2YHXA 4B1UB 1HKBA 2BTFA 2NLXA 3A5OC 1NM1A 3DXMB 4ISGA 3MN9A 1DKGD 3O80A 1U2VB 3VESA 3ZX3A 1HPMA 3FLCO 3U9DA 1GLFO 5CE3A 1MWMA 2E1YA 4BRCA 5EVZA 3WEEB 2D4WA 2FLOA 3MN7A 4B1ZA 1BO5O 3G25A 3EO3A 4IZ9A 1E4GT 1NLVA 1WOQA 4BC2A 2Q1NA 1ZXOA 4RCHA 3CJ9A 5KQDA 4CBUA 3WUHA 4H5NA 2J4RA 4BROA 1EQYA 4HWIA 1R59O 4FWKA 4A61A 3CERA 2CH5A 3VEVA 5F1XA 3LM2A 5AQYA 3QB0A 4MLEA 2F9TA 2P9SA 3QBWA 3CJCA 4M7XA 1BA1A 2I7NA 5AQOA 4BR4A 5ADXH 3U4LA 5TKYA 4CZFA 3H45C 5BREA 1RFQA 3A0IX 4BGBA 2QWMA 1BDGA 4MLHA 3A5LC 4Y0WA 1KAZA 3VOVA 1YXQA 3J8AA 4RTFD 2P9LA 4CZIA 4BQLA 5LY3A 3A5NC 3FR0A 4YDUC 3WXKA 5AQTA 1TYQB 4DB3A 5BPNA 3QBXA 3M3ZA 1RDWX 3FGUA 3VF6A 4CBXA 4PKGA 4BRAA 1Z6RA 3DXMA 5AQNA 2P9NA 4FOIA 1NGHA 4PL8A 1Q18A 1ATNA 2P9NB 3U8XA 1JCFA 2A40A 3L4IA 1E4FT 4QS8A 3HZ6A 2A5XA 3BF1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BN9A 1SUQA 1MDUB 4KO0A 3IUCA 3GL1A 4KKOA 1W97L 4X64K 3ZETB 4BR9A 4Y1CA 3EKUA 3AVMA 4IFYA 3V9ZA 3TANA 3KKRA 4H5WA 2E6LA 3FFIA 3QINA 4BRFA 1C0UA 5T7BA 4DF4A 2UXBK 2NRTA 2F8TA 1HUXA 3H08A 3KVGA 1XNRK 2GX9A 1HX1A 4BREA 1IH7A 3MMVA 3IG1A 4CEQA 1VSMA 2YHYA 2V52B 4QS9A 4BG8A 4W5QA 4E7IA 4KB1A 1WN7A 5AR0A 2XY5A 1BI4B 4WYBA 5JVHL 4DV4K 1N34K 4FK2A 4GVMA 1NK8A 2UUBK 1KVAA 1YUWA 1ZBLA 2A1RA 4OPHA 4BR0A 1TYQA 4CK3A 2AA4A 3VERA 4IDHA 2QWPA 3CPWM 2V7YA 3B8AX 1NJWA 4B3OA 3SI6A 3AVKA 2Q36A 4B1YB 3NH0A 2O8BA 4C1NI 1SV5A 1TKXA 1TL1A 1ASVA 1OH8A 2GELA 2W41A 3GOIA 3IDHA 4WFNL 4I7FA 2ASPA 5AQFA 3CCSN 1NK5A 4ELTA 4CK2A 5FPDA 4KPYA 2BANA 3F2KA 3DRSA 1U47A 3BEXA 3MEGA 4KTQA 1KLMA 4W5TA 1NJXA 4FJHA 3EL2A 1LAWA 5HRPA 4A59A 5EY4A 3EE8A 4AQYK 1QHTA 1NKEA 2NRXA 4E7HA 1SKWA 2F4VK 3DXKA 3BZKA 3LPTA 2QA4N 3W3DA 3MAQA 3VF2A 4WQ5A 1ASUA 3HYFA 4K25A 5EU7A 1NOYA 3SQ1A 4FVMA 2FBYA 5BRDA 3LL3A 3V1RA 4DSLA 4G9ZA 4O5BA 1VQ6N 1NJIO 4M3XA 4GY2B 2IAJA 4IDKA 1HRHA 5KGWA 3L3UA 3ULEA 1P90A 2B5JA 4DTNA 2P5GA 4FW2A 4BQZA 1WLJA 4Q5VA 1YHQN 3MDQA 4WQ4A 4I6MB 3H46O 5B8HA 4E1NA 4W5NA 1XC3A 1BGXT 3MK6A 3C95A 4CK1A 3HPOA 4OGCA 3EYZA 3KLFA 4J8FA 4NO7A 5FPNA 4DKWA 3J80O 1JLCA 4GW6A 5GAHP 4DSFA 2YJEA 3UKRB 1HLUA 4R79A 3HO1A 4KTZA 2IIRA 3P83D 3ZETA 2O8CB 3CI5A 4BRKA 5IWAK 1NJYA 2YHBA 5F0XA 4DMNA 3O3GA 4HCCA 5FRNA 3ZSZA 3S3MA 3ZSQA 2VWKA 1WNSA 4FWNA 5AQPA 3S9HA 2FBTA 5AZIB 3LAMA 2KHOA 4O44A 3ZT0A 1JCGA 1NGAA 3WEEA 3M6GA 3AO1A 4L8RB 1QZ6A 5AQQA 5GAEP 3WNFA 2KTQA 4F3OA 4FZXC 1DEJA 5BN8A 4LF4K 3D2EB 2E4LA 4BWJA 4OVLA 4ILHA 1NGFA 5KQ8A 3D45A 2IVNA 1QQMA 3QIOA 3UKUB 2DFFA 4RWTA 4IO8A 2I7PA 5H1SQ 4JI8K 2IC3A 3OW2M 4CEFA 2OCEA 1S72N 5KTQA 1HYSA 4EIAA 4CFDA 5KPRA 1IKVA 3LDSA 3ITHA 5KRTA 2Q97A 1SS6A 2KLAA 3O9QA 3DOLA 3LZJA 2Y1JA 1CXQA 3ZT4A 5F2RA 3WQUA 1L3TA 4KREA 4CE9A 4IBNA 4Z4EA 4Y1DA 2YHWA 1DT9A 4AH9A 1XQSC 2HHSA 2V51B 2FF6A 4M3UA 1QSSA 4ISFA 1JL1A 4LF6K 4BR7A 4OJRA 3MXMA 2UUAK 5AQLA 5AQZA 4DUZK 1ZC6A 4FLXA 1WAFA 4IWVA 2ZGYA 2QI2A 1NGCA 3KJVA 3CPEA 3MN6A 4OO1J 4CZGA 3TPQA 2V7ZA 2F8SA 3IRXA 3RRHA 1TK5A 2XRIA 4E19A 2YI1A 3SUQA 1FW6A 4JKFA 4WQ5C 3H1VX 3WT0A 2F9WA 3PUFA 2HOEA 4CHQA 3R3LA 2DPNA 3LP0A 2QW9A 1G15A 1NBWA 4CERA 3RMBA 1NKCA 5HP1A 4CZMA 2GWJA 3CFPA 3AA5X 5BR9A 3CFRA 2A41A 3QLHA 3A8YA 1T3VA 4M42A 4GKKK 4M41A 1NMDA 1KRPA 4N47A 2CGLA 3KLEA 4DQ8A 4H5TA 4EP4A 3CC4N 3P38A 1J9AA 4H0VB 1WSFA 1S9GA 4JHDB 4CJPA 4V19S 3NGYA 3AVNA 1BCOA 1N36K 4LF7K 3CM6A 4H5RA 3SQ4A 3DRRA 5AQRA 3OYGA 3AV9A 4KHYA 5CHIA 3CXCM 2P9IB 3L2WA 4BC5A 1X9SA 4BDYA 1WSEA 1U45A 3QFUA 3VA0A 4JKEA 5JMVA 2GWKA 4PHTX 3NBPA 4CJEA 3VGMA 3AAPA 4AHUA 3VGLA 1T7PA 3L0QA 1NOZA 1RT5A 1XHXA 1GOAA 4BC3A 1W2BM 1VSEA 1XHZA 1N5YA 1HKBA 3A5OC 1NM1A 4LSLA 3MN9A 1RTIA 3VQCA 3OY9A 4GMJB 3ZX3A 3M8RA 3THYA 2ZE2A 2G8FA 1TL3A 2BE2A 3MECA 3QEIA 4DU1A 4JK8A 3V81A 4BC2A 2W42A 5C24A 4CBUA 1LWCA 3LAKA 4KHWA 2W6KA 3C94A 3CERA 3VEVA 5F1XA 3C6AA 3HSTB 4MLEA 2F9TA 4LFBK 4HUFA 3CJCA 1WBDA 2I7NA 4I2QA 1YJNN 4FZZA 5ADXH 5DM7L 4ID5A 2O8EA 1C0TA 3K5OA 5TKYA 3OBWA 1RFQA 4BGBA 3J7YP 1D9DA 3DYAA 1HQUA 1ILYA 3E66A 3T3FA 4Y0WA 3VOVA 4CZIA 2NNWA 3CCQN 3OS1A 3RR8A 3KIOA 3TTDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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