3CJ9A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with calcium, amp and phosphate
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
total genus 138
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj9A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj9A02
3JXUA 2E1ZA 3D2FB 5EY4A 5KPZA 2P9LB 1NGFA 3L4IA 3D2EB 2FLOA 3U4LA 2P9UB 4WQ4A 3H45C 2QWOA 3U9ZA 2E2OA 4NB4A 1CZAN 3FGUA 1T44A 3UE5A 2D0OA 4I6MB 3A0IX 3FZLA 4O8KA 5AQKA 4B1UB 5KPTA 2J4RA 1ZC6A 1S22A 4M7XA 3LDOA 3CJ1A 1U2VA 2P9NB 5KQDA 3CHWA 3MN5A 3R9PA 3LDQA 1BWFO 3O5BA 3GBTA 1XQSC 4BGAA 1NBWA 3CQXA 1GLCG 1YXQA 2Q2RA 5ADXA 3BEXA 3TPQA 2V52B 2GUPA 4FSVA 3O1BA 3ZX0A 3ENHA 4QS9A 2YHYA 3EO3A 1WUAA 3CI5A 4H0XB 4CZJA 4BRNA 1NGCA 4PKGA 2WUSA 3VPZA 2GWJA 1NGGA 2HMPA 5AQGA 4J8FA 3WXJA 1NGDA 3L0QA 1E4GT 1YAGA 5EX5A 4FWKA 1KAXA 5AR0A 5AQWA 3BP8A 5BPNA 3WEEA 4XH5A 2OANA 3H1VX 4WQ5A 3VERA 1NMDA 5LJVA 4FWLA 4FWMA 3ATVA 3A5MC 3VEYA 4BR4A 4CZEA 5LJWA 4IZ9A 3VGMA 3VEOA 3VF4A 2QWNA 2GEMA 3ZX2A 2VCPA 5BN8A 3H3OB 3IDHA 2AP1A 1X9JA 4FOEA 3FLCO 3ZX3A 2QWQA 3A5LC 3OHRA 4FWQA 3QBXA 5AFUH 4BR9A 4CI6A 4RWTA 5ADXH 5BREA 4FPAA 4CZLA 3KHYA 1BA1A 4BC5A 3EZWA 1QZ5A 2P9PA 3WT0A 3WEEB 3SMSA 4RCHA 2YI1A 4F9OA 4IJAA 4BROA 5E84A 2Q31A 3MCPA 4BR7A 3FFKB 2QW9A 3A8YA 4B1ZA 5KPRA 4XH1A 1DKGD 4H0VB 2ZWHA 1NLVA 5ELZA 1IJJA 1WOQA 4HTLA 3LDPA 3FZKA 3MN6A 4AM7A 1NGJA 3WUHA 2P9SA 3QFPA 1OKJA 3O1WA 4WYBA 2I7PA 2NLXA 2GWKA 4IO8A 4BQLA 3W3DA 1ESVA 1QHAA 4WQ5C 4MO4A 4CD1A 3QBWA 3O8MA 2P9PB 2FSKA 3HM8A 5EXWA 3LL3A 3EKSA 1ATNA 3VGLA 3SMPA 5BPLA 4B1YB 4BREA 1HJOA 2ZGZA 3GL1A 4JN4A 1NGEA 2QWLA 5TKYA 1KXPA 4B1XB 4B9QA 4BRDA 5JLFA 4BC2A 3H1QA 1ZBSA 4EIAA 5AQPA 1K8KA 1G99A 3F9MA 1HKGA 1QZ6A 2QWRA 4L3QA 2P9SB 4BG9A 3VEZA 1JCGA 3I8BA 1DGKN 3IUCA 3H46O 4FWSA 4ISGA 3IFRA 4BRIA 5AQUA 3ENOA 2KHOA 4XH4A 5AQRA 3WQUA 3ZETA 2ZF5O 3VEXA 4BVOA 4PL8A 3DWLA 4YDUA 3UKUA 3A5OC 1BG3A 1BDGA 2GTDA 3FZFA 3DJCA 4MO5A 4EFHA 1X3MA 2ASMA 4BRQA 4B1WB 3A5NC 4FWRA 3S41A 2QM1A 5AQLA 4ISFA 2YHWA 4FWNA 3CIPA 1SAZA 4IXCA 1K8KB 2ASOA 3HSCA 2A40A 4BVPA 5BRFA 1HKCA 1MDUB 3CQYA 3R8EA 3DXKA 5FPMA 1GLDG 2DPNA 4DHYA 3CERA 3ZETB 3AY9A 4GNIA 4K42A 5F1XA 4FL9A 1Z05A 3UKUB 5EVZA 2W40A 4DCHA 5AQVA 5I9EB 1U2VB 5AQZA 1Q18A 3VGKA 4CD3A 4JAXA 4KBOA 3M1FA 3SLCA 2Q97A 4BC3A 1BOTO 3QFUA 1MWKA 3HTVA 1KAYA 4FWPA 3WXLA 1TUUA 3CJAA 1GLFO 4WQ4C 3ATUA 1XUPO 1YVNA 1BUPA 1V4SA 3MN9A 2A42A 4BRPA 4NO7A 3DXKB 3LDNA 4IJNA 4YDUC 2H3GX 3AARA 2CH6A 2A3ZA 3RSEA 4BRCA 1TUYA 1TYQA 4CBXA 4M63C 5BN9A 2D4WA 5FPDA 3FZMA 1H1VA 4E1JA 1RGIA 2V51B 4FPBA 4H5VA 5BR9A 2IIRA 3W0LA 4HWIA 1KAZA 1LCUA 4MLEA 1JCFA 4K25A 4A61A 1NGHA 5AQNA 4K43A 1ATRA 5BRHA 4RTFD 1P8ZA 3ID8A 4B1VA 3RSEB 4IWVA 3GOIA 3HZ6A 3LM9A 2E8AA 1TYQB 2YCHA 4H5WA 2QXLA 5AQOA 4CJ7A 4EAHD 3CJ7A 4JD2A 4CBWA 5AQYA 1QQNA 3HI0A 1NWKA 1XC3A 3C0BA 4BR5A 4C23A 4EHTA 1BA0A 2HF3A 3MMVA 2W41A 3EKUA 4BC4A 5AQJA 5AQTA 1ZXOA 4FWOA 5JMVA 3LDLA 5BRDA 1NM1A 3G25A 1D4XA 1U6ZA 4BRAA 2V7YA 1E4FT 4CZGA 3CETA 3GE1A 3AAPA 3BF1A 3UKRA 4EHUA 3I33A 1GLEG 4H5TA 1T6DA 2BTFA 3GG4A 4DB3A 4H5NA 3KVGA 3MK6A 4JD2B 1S3XA 4I6MA 3ZEUA 2HOEA 3H6EA 1BO5O 1Y64A 2GELA 4CZIA 4QS8A 2YHXA 2IVPA 4A2AA 1SQKA 2NZTA 5E26A 1SZ2A 3UB5A 1IG8A 1LOTB 2F9WA 3FZHA 1NGIA 5AZJA 3QMLA 4CZHA 3UKRB 1J6ZA 1BU6O 2PBDA 4K41A 3O4WA 2UYTA 2ZGYA 4CZKA 2VYPA 5FPNA 4FOIA 4JHDA 1C0FA 5AQQA 1R59O 3ZEUB 1NGAA 1RFQA 3CJBA 1HKBA 1HX1A 1HUXA 3O80A 4A62A 1QQMA 5FPEA 2ITMA 5AQFA 5AQSA 3L6QA 4PKIA 3VESA 2E2NA 4BRLA 2CGJA 3FR0A 3B8AX 5AZJB 2PAVA 4DQ8A 1MA9B 3O08A 3P4IA 4AM6A 1V4TA 5AFUA 4ISEA 5KQ8A 2E88A 2QWPA 4GY2B 4A2BA 5F2RA 2IVOA 1NGBA 4JHDB 3CJ9A 3FE1A 1GLLO 4FO0A 2Q36A 1DEJA 1X3NA 2P9IA 1YUWA 3MDQA 1Z6RA 5AQIA 2F9TA 3D7EO 4LC9B 4BR2A 3VENA 3EN9A 3R6MA 3TU5A 3VEVA 4BRMA 2Q0UA 3DXMA 3ULEA 3LM2A 3J8AA 5AQHA 4JNEA 1HPMA 2P9KA 2ASPA 4BRGA 3U9DA 2YJEA 1JCEA 1HLUA 1T6CA 4MLHA 2AA4A 4CZFA 3WXKA 2HF4A 2QWMA 4Y0WA 3C7NA 1GLAG 2E1YA 4BRHA 2FSJA 2FF3B 2CGKA 5EOYA 1QQOA 3VF2A 2E2QA 5JLHA 4PKHA 2CGLA 3IMXA 5AZIA 3M3ZA 2P9IB 5LY3A 4BRKA 1MWMA 3H3NO 4BQZA 2NRHA 3BUZB 4BG8A 2A6AA 3SK3A 3ULEB 3DXMB 4BR0A 3CJCA 2EWSA 2IVNA 2P9KB 3O6WA 4H0YB 4BGBA 3BF3A 3C7NB 3EL2A 3QB0A 2YJFA 2FSNA 2A41A 3KZBA 1GLJO 2BUPA 3AAQA 2V7ZA 5AQXA 3VETA 1C0GA 4CBUA 4Z94A 5AZIB 1EQYA 3VEWA 4BRFA 4O5FA 3D2FA 2FF6A 2FXUA 3SJHA 2D1KA 2P9LA 4H0PA 4M7YA 1GLBG 3D2EA 3HBTA 2P9UA 3M6GA 3WQTA 3WXIA 4H5RA 5BPMA 3QICA 2E20A 3U8XA 4XEIA 5CE3A 2A5XA 1ATSA 3MN7A 3QDKA 2Q0RA 5F0XA 5JICA 2CH5A 4H0TB 4QS7A 4CZMA 4PL7A 2E2PA 3DAWA 5B8HA 4H03B 1RDWX 5AQMA 2P9NA 2D0PA 3JS6A 3VF6A 3VOVA 4H0OA 2Q1NA 2I7NA 3GDQA 2VWBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HO1A 3JXUA 3F73A 2E1ZA 3OYKA 2HNDA 4J2BA 3D2EB 3CM5A 1IKYA 2HMIA 2E2OA 1T44A 3OJUA 1X9SA 3K9JA 2D0AA 3UE5A 3AGRA 4I6MB 3FZLA 5AQKA 3I55N 1UAXA 5C10A 5TKWA 1S22A 1CZ9A 4LD0A 2UU9K 3CJ1A 2NRWA 4ILGB 3L3VA 1VQKN 3OJSA 3AVMA 3MN5A 2OPPA 4CJ3A 1BWFO 3Q7CA 4R5PA 3THYB 4GV9A 1ILYA 4CEBA 1NBWA 3QETA 2Q2RA 5ADXA 3ITHA 3NFAA 3SV3A 3ZSWA 3LZIA 3NAEA 2HVIA 2GUPA 4LFAK 4JKAA 4WCEL 3ALYA 1D8YA 3CI5A 4YNQA 4H0XB 4H4MA 3S3MA 1NGCA 4JK7A 3O4NA 4PY5A 5J1EA 4AHVA 3OTOK 1TAUA 2XRIA 4JKBA 4HTUA 3QNOA 2GWJA 1NGGA 3KLHA 3MEEA 1HMVA 3NF6A 5AQGA 3L2UA 3MXJA 1FK9A 1NK0A 4F8RA 5LMUK 2B5JA 3B6OA 2JGUA 4FWKA 2NNWA 3RRHA 3BP8A 2VG5A 4WQ5A 1O1WA 3O9SA 3AVFA 4FWMA 1FW6A 1KVAA 4I2QA 3AO5A 3VEYA 2DFEA 2YHAA 2OTJN 4DTMA 4LF9K 4Z4CA 2VCPA 2G8IA 1REVA 5GAGP 4BE2A 3FLCO 1VSMA 3OHRA 4JK8A 3TR8A 4DUYK 4CJTA 1VQMN 5BREA 4CZLA 1U4BA 1VSEA 3P31A 1TK8A 3SQ0A 1TVRA 1YIJN 4U7BA 1NK4A 4KTWA 3WEEB 3SMSA 3RR8A 4IJAA 2Q31A 5C42A 3CF5L 3FFKB 4JEPA 4DTOA 3BZKA 4B1ZA 5KPRA 1OH6A 1IJJA 4OX9K 4DLGA 3LDPA 4AM7A 4DSIA 1ZBUA 3QFPA 3K9KA 3O1WA 2I7PA 4JI1K 1N32K 4CJWA 3NE6A 2HBKA 4E0DA 1IBLK 2P5GA 1ESVA 1KFDA 4DLEA 1NU0A 1C1AA 3CPEA 2ETJA 2O4GA 3KJVA 3VGLA 2UXBK 3SMPA 3MAQA 4DU1A 5BPLA 4FJGA 4WFNL 2BE2A 3R1XA 3CM6A 1C1CA 1BGXT 3GL1A 3PLAA 4JN4A 5TKYA 5JLFA 4B9QA 1N36K 2HBLA 3S9HA 3H1QA 1T8EA 3L2QA 3PY8A 1SL1A 3VA3A 2O8BB 4NLBA 4LF4K 1DGKN 3CG7A 1NK6A 4BRIA 4DQIA 1KTQA 2WFBA 4JLHA 3WQUA 3K5NA 2ZF5O 3VEXA 3LP0A 4I7FA 3DWLA 3DLGA 3UKUA 3MEGA 3A5OC 4CERA 1BDGA 2GTDA 2NRZA 1X3MA 4BRQA 4CJRA 5C25A 3WXMB 3ZT0A 1XI1A 1MU2A 3L3UA 1TK5A 5C15A 4ISFA 3PSFA 4DKWA 4FWNA 5DK5A 4Z4EA 1JLBA 4IXCA 1XNQK 3PX0A 4FK0A 1NKCA 1T05A 3HSCA 5BRFA 4OPAA 4MDAA 3IG1A 5CZ2A 1TK0A 4DHYA 3CERA 3ZETB 3AY9A 5IWAK 1TKZA 1UWBA 5EVZA 2PFUA 4M45A 2W40A 5FRMA 1FJGK 1Q18A 4JAXA 3EY1A 5KRTA 3OYJA 3SLCA 3NGIA 3IAYA 1HYVA 2IDOA 4CGGA 3A2FA 3WXLA 3CJAA 3QESA 4KHQA 1V4SA 4BRPA 3LDNA 3AARA 4HCBA 4OJRA 3RSEA 2ITGA 3RVCA 2BGGA 1N33K 5BN9A 1ASVA 3TAMA 2QKBA 3KD1E 3KWIA 3QLHA 1NK9A 4CF2A 3J7AP 3WNGA 4K43A 3DLRA 3OVNA 2BH1A 3GOIA 2FBYA 3DMJA 3LM9A 3V9SA 1TYQB 2QXLA 4CHYA 1U45A 4GV3A 5AQYA 2KLAA 3HI0A 1NWKA 4JS4A 4ILJA 2W41A 1Q9XA 3CCLN 2A1RA 4BC4A 3KLFA 2Z1HA 1W9HA 5AQJA 5AQTA 5M1KA 3OYCA 4B9SA 1XHXA 3AA2A 1IV0A 5BRDA 5E41A 1NM1A 5GIPA 3O4QA 1S1UA 4EHUA 2I5JA 3AVAA 1LV5A 4H5TA 3PSIA 4FJ5A 2BANA 2VWJA 2BTFA 4DG1A 3CXCM 1SV5A 3KVGA 4JI8K 1TAQA 3WNHA 2HOEA 4C8KA 2HHXA 4DWIA 1Y64A 2GELA 1KVCA 4CZIA 3DOLA 2YHXA 4MFBA 3DLLL 1RDCA 1SZ2A 5T7BA 3UB5A 1IG8A 2HHTA 3NDKA 4N76A 3SI6A 1BCOA 4J2EA 1HNIA 2VYPA 3SAGA 5AQQA 2QTDA 1RDUA 3CJBA 1NK7A 3HXMA 3AO3A 4CF9A 2ITMA 5C2DA 4M3WA 4BRLA 4B3SK 2Y1JA 3FR0A 4DTRA 1YJNN 4DV3K 3LP1A 4DR2K 1NKBA 5AFUA 1EKEA 3SZ2A 4ISEA 1WSJA 3CPWM 3NH1A 1OH8A 4X64K 5F2RA 2IVOA 3AO4A 1NGBA 3CJ9A 1KVBA 1GLLO 4KHNA 1DEJA 2P9IA 1WB9A 1Z6RA 2F9TA 3HOSA 3VEVA 3ULEA 3DXMA 5HOOA 4KHPK 3AVCA 3SQ1A 2VQEK 2P9KA 4BRGA 1FXXA 1L3UA 2E4LA 4CIEA 1L3TA 3C6TA 4K8XA 2F8TA 4K8ZA 1QE1A 3WXKA 2HF4A 4Y0WA 4DR4K 1GLAG 4Q5VA 3OW2M 2X74A 1B9DA 3U3GA 5EOYA 3CFPA 2UUAK 2E2QA 4BACA 3QNNA 2CGLA 3C95A 2PZSA 1MWMA 4IDKA 4WF9L 2FBTA 3VQ4A 3SUNA 3BUZB 2A6AA 5CYQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CEZ A;  3OS2 A;  1VSL A;  3FFI A;  1T6C A;  4MLH A;  2E1Y A;  4FM0 A;  4I9L A;  1QQO A;  3VF2 A;  1HPZ A;  3B6P A;  5JLH A;  3VQP A;  1C6V A;  4PKH A;  3IMX A;  3M3Z A;  4FW1 A;  1RBV A;  5LY3 A;  4BRK A;  4IFV A;  4BQZ A;  3S3N A;  4BG8 A;  2Z1I A;  2ATQ A;  4CJK A;  2EWS A;  1VQ9 N;  1HQU A;  1VSF A;  2GBZ A;  4FJN A;  2IVN A;  3ZSZ A;  1SKR A;  3K0S A;  2QKK A;  4CJU A;  4GV6 A;  4BGB A;  3C7N B;  3QB0 A;  3V9U A;  1VSI A;  3NVM A;  3BZC A;  1GLJ O;  4I2P A;  2V7Z A;  4FK4 A;  1LWC A;  5AZI B;  4JI3 K;  3MX2 A;  4O0I A;  1QVF M;  3SJH A;  4M7Y A;  1GLB G;  1YTA A;  4FM1 A;  1N34 K;  4LF8 K;  4HVJ A;  1I94 K;  4FJ8 A;  2IS3 A;  1YT3 A;  3WXI A;  4H5R A;  5BPM A;  3KLE A;  4HUE A;  3RMC A;  3RMD A;  3U8X A;  3RTV A;  2Q0R A;  5JIC A;  3ZSQ A;  4QS7 A;  3DAW A;  3HPG A;  1OH7 A;  3PX6 A;  4K0K K;  3O3G A;  2P9N A;  3JS6 A;  3VF6 A;  2A1S A;  1P90 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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