3CJ9A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with calcium, amp and phosphate
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 138
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj9A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj9A02
4BQZA 3SK3A 3R9PA 4CZLA 1Z05A 4H0YB 2FF3B 3MMVA 3G25A 3I8BA 1QQOA 2CH6A 3U4LA 3HI0A 1GLBG 3H3NO 3DXMA 4BC2A 2FSKA 4B1WB 3M3ZA 2IVOA 3VOVA 4A62A 4IZ9A 4BRCA 3O08A 3SMPA 3L4IA 1NGGA 5BPMA 4JHDA 4M63C 5AQZA 4BRHA 2ZF5O 2QWQA 4A2BA 2P9KB 3WEEB 3VETA 1GLCG 2P9UB 1RFQA 1LOTB 5JICA 4H5WA 1QZ5A 3M1FA 3DJCA 1T6DA 2Q0UA 3ZEUA 5AQOA 2CGLA 3GDQA 4Y0WA 3ULEA 2YHYA 2BUPA 2V7ZA 3FZLA 3A0IX 5AZJB 5AQWA 2YJEA 4BQLA 4FL9A 2EWSA 4CD1A 3GOIA 4BR4A 1NGFA 4BRIA 5EOYA 3UKUB 1JCFA 4H0VB 1IJJA 3CJ7A 5AQPA 4BRKA 4H0OA 4PL8A 4IO8A 1DEJA 4A2AA 2YI1A 1U2VA 4FO0A 1GLEG 3DWLA 1X9JA 2VYPA 3CHWA 4XH5A 5CE3A 5AFUA 4BC4A 2E2NA 3J8AA 3TPQA 3CJ9A 3FE1A 4BG8A 4CZJA 3ATUA 5FPMA 3CJCA 1NGHA 4BRDA 1BWFO 1BOTO 1Z6RA 3MN5A 4BRQA 4ISGA 5AQRA 3DXKB 2P9PB 2V51B 2OANA 5AQYA 1ATRA 4H5VA 4FWQA 2FLOA 5F0XA 3CERA 2Q97A 3VGLA 4BRPA 1NGIA 2QWNA 1NLVA 1MWKA 3VEZA 4FWOA 4LC9B 5BRFA 2AA4A 3EZWA 5F2RA 1E4GT 3FLCO 4E1JA 1TUYA 3WXJA 3ZX3A 3AY9A 2GTDA 5BR9A 4DB3A 3H46O 2E2PA 3FR0A 4RWTA 4WQ4C 3QBWA 4BC3A 4BC5A 2QWMA 3CJBA 1HUXA 4HTLA 3WQUA 4B1ZA 2F9WA 2E8AA 2P9NA 2A5XA 2A40A 2QXLA 3H1QA 4I6MA 2GUPA 1T44A 2IIRA 2P9LA 1MA9B 3LL3A 3ZETB 3C7NB 1K8KA 2FSNA 1E4FT 4BR9A 4CI6A 2ZGYA 4FPBA 3O8MA 3KVGA 1X3NA 2YHXA 4FWSA 1MWMA 2E1ZA 3BUZB 3LDOA 3MN7A 4BGBA 3D2EA 4DQ8A 5BRHA 4FWNA 4IJNA 2GEMA 5EY4A 4CZMA 1CZAN 3LDPA 5EVZA 4FSVA 1C0GA 5KPRA 2A41A 1YVNA 4WQ5C 4M7XA 2QWPA 4BRFA 3VF2A 3QDKA 2NZTA 1NGAA 2HMPA 2P9IB 1C0FA 5AR0A 1GLLO 3A8YA 3QFPA 3QMLA 1JCGA 1XC3A 2P9SA 1KAXA 2A42A 3FFKB 3O80A 5AQNA 4PL7A 1NMDA 4DHYA 1X3MA 1GLFO 3H1VX 3DXMB 5LJVA 1NWKA 2QW9A 3I33A 3ZX2A 3JXUA 4QS7A 3QICA 1H1VA 4FWMA 5KQ8A 2WUSA 4JHDB 2HOEA 2YHWA 3BF3A 4XH4A 3FZFA 2UYTA 1BDGA 1OKJA 5AFUH 3VESA 4K41A 1NGDA 3ZEUB 4BR5A 3ULEB 5AQQA 2YCHA 3GG4A 1XUPO 4RCHA 2QWRA 3WUHA 3BF1A 2E2OA 1SAZA 4F9OA 4CD3A 3MN9A 2GELA 3H45C 2FF6A 3EKSA 4CBWA 4FOIA 1V4TA 1GLDG 2PBDA 3IDHA 3IFRA 4BR0A 2ASMA 3LDQA 4C23A 1U2VB 4QS8A 2E20A 4CZHA 2D0OA 3W3DA 3CETA 3HM8A 4H5RA 4YDUA 2AP1A 2E88A 3WXLA 2H3GX 4H0XB 5AQGA 4BREA 1NBWA 3H3OB 4XEIA 5KQDA 1GLJO 1WOQA 5AQJA 5FPNA 4FWKA 1U6ZA 3U9ZA 3AAPA 5KPTA 1YXQA 4H03B 3A5OC 4XH1A 3D7EO 1ESVA 2DPNA 2NRHA 3SLCA 1T6CA 2D4WA 5AQXA 3LM2A 2I7NA 3GL1A 4BRMA 1QZ6A 2Q36A 3M6GA 4BRNA 5JMVA 4O5FA 3EN9A 4JD2A 2J4RA 5ADXA 3C0BA 5F1XA 1Q18A 2FXUA 1ATNA 2I7PA 1R59O 3FZHA 5B8HA 2P9NB 1IG8A 3ATVA 5AQTA 4I6MB 3UE5A 4A61A 3FZKA 3UKRA 2VCPA 2KHOA 2P9LB 4PKIA 2PAVA 4EIAA 2V52B 1RGIA 1GLAG 3VGMA 1K8KB 4ISEA 2IVNA 2Q0RA 4FWRA 4BRLA 3VEYA 3D2FA 5AQSA 2GWKA 5AZIA 3SJHA 4CZFA 4AM7A 5LJWA 2FSJA 1J6ZA 3HSCA 3GE1A 1KXPA 3QB0A 4QS9A 1SZ2A 5EX5A 4CBXA 5I9EB 3WT0A 4GY2B 3D2EB 3MN6A 4NO7A 4ISFA 3VEVA 1S3XA 5E84A 4JAXA 4CZGA 3BEXA 2E1YA 1HKBA 3CQXA 2NLXA 4IXCA 3RSEA 4BR2A 4Z94A 1D4XA 3VPZA 3FGUA 3VENA 3EO3A 4WYBA 3LDNA 2P9SB 1BG3A 3O6WA 3VGKA 3HTVA 3EL2A 1TUUA 3CQYA 3L0QA 4PKGA 3IUCA 1BA0A 3WXIA 4NB4A 5AQVA 1HKCA 3KZBA 4H5TA 3ID8A 3AARA 1G99A 2ASOA 4IJAA 4FOEA 3A5MC 1TYQA 4EFHA 1ATSA 2A3ZA 4K43A 3KHYA 3JS6A 1QQMA 5BN9A 1RDWX 3U9DA 4EAHD 4B1XB 1NGCA 4H0PA 4IWVA 3MDQA 1MDUB 3CJAA 1ZBSA 2HF4A 4J8FA 2ZWHA 1KAZA 1XQSC 2D0PA 3B8AX 2Q1NA 3IMXA 1V4SA 2YJFA 2BTFA 5AQLA 1DGKN 3CIPA 1BU6O 4O8KA 1KAYA 3O5BA 3P4IA 4HWIA 4L3QA 3F9MA 5BREA 3CJ1A 3O1BA 2Q31A 5BN8A 2P9KA 3WEEA 3QBXA 3L6QA 4K42A 5LY3A 5ELZA 2P9UA 5FPEA 2CGKA 1LCUA 3OHRA 3VERA 1ZXOA 2QWLA 4BVOA 3FZMA 4EHUA 2Q2RA 4B9QA 4BVPA 4CBUA 5AZJA 5AQKA 2W41A 1NM1A 1NGEA 3WXKA 5ADXH 3HBTA 4H5NA 4FPAA 5BPLA 5AQMA 2ITMA 1P8ZA 5E26A 3HZ6A 3UKUA 1YUWA 3O4WA 4BG9A 2QM1A 4YDUC 4FWPA 5AQFA 2E2QA 4BGAA 3BP8A 1JCEA 1HKGA 3EKUA 4KBOA 4DCHA 5FPDA 5JLHA 4RTFD 3O1WA 3H6EA 5BPNA 5KPZA 1ZC6A 3A5NC 3AAQA 4JD2B 3GBTA 4BROA 3VEOA 3DXKA 2P9PA 2VWBA 1HJOA 2F9TA 1HPMA 1SQKA 4JNEA 2HF3A 2CGJA 2QWOA 3ENHA 1QQNA 4GNIA 4WQ4A 3VEWA 5AQIA 3UKRB 5TKYA 4CZIA 4K25A 5AQUA 4MLEA 4H0TB 1YAGA 5BRDA 1S22A 3CI5A 2CH5A 3D2FB 5AZIB 4JN4A 1BO5O 4FWLA 5AQHA 1Y64A 3VF4A 3ENOA 3R8EA 1BA1A 4CJ7A 1DKGD 1NGJA 1BUPA 3LDLA 3R6MA 3VF6A 3RSEB 4AM6A 3MCPA 4B1YB 4MO5A 3ZETA 3C7NA 3MK6A 1HLUA 3QFUA 4CZEA 3UB5A 3S41A 1QHAA 4PKHA 5JLFA 5EXWA 3ZX0A 4WQ5A 2ZGZA 3W0LA 3DAWA 3U8XA 3SMSA 2IVPA 2GWJA 1HX1A 4EHTA 3TU5A 3WQTA 2W40A 1WUAA 3A5LC 4B1VA 1TYQB 4B1UB 4BRGA 1NGBA 4BR7A 2D1KA 4MO4A 4CZKA 2A6AA 1EQYA 4M7YA 2P9IA 4MLHA 2ASPA 3LM9A 4BRAA 3VEXA 2V7YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E1NA 2FF3B 3MMVA 1GLBG 4BC2A 2YV0X 2IVOA 4A62A 2UXCK 3CG7A 1RT4A 3L4IA 3DLLL 1TVRA 3RRGA 2KZMA 1QSLA 2P9KB 3WEEB 4ELTA 2YHBA 1RFQA 3QIOA 4R79A 4CEAA 3EYZA 3HPHA 1HNWK 4DR4K 2CGLA 4DV3K 4IOXA 4B3SK 2V7ZA 1N33K 3FZLA 1IV0A 3A0IX 1YJ9N 5AZJB 5AQWA 4FL9A 4CD1A 1K8AO 3GOIA 4LSNA 4CJFA 1NK4A 4KTQA 4JKCA 2HBMA 1CXUA 2YI1A 1U2VA 4CF2A 3DWLA 1X9JA 2VYPA 4CFBA 4E7JA 5CE3A 4BC4A 5C24A 3J8AA 4JS4A 3OJUA 4B9NA 1SKWA 4BRDA 1NGHA 2D0CA 5K14A 3HOSA 3LWMA 1SKRA 2P9PB 2V51B 5AQYA 4RW6A 3V9ZA 1NJIO 4H5VA 3NF6A 1FK9A 3CERA 4FXDA 2ZJQL 2XY7A 1NLVA 1MWKA 4NCAA 2UXDK 4FWOA 3TR8A 4B08A 4ILJA 3V1RA 2XHBA 4LF4K 1UAXA 2DFFA 3C6AA 4YOUA 1S1TA 3CCRN 4BC3A 2W42A 3OYMA 1LAVA 1S1WA 3KIOA 4B1ZA 3KD5E 1RDUA 3VQEA 4OKJA 4W5OA 1GOBA 2GUIA 1T44A 1MA9B 3NFAA 3TSUA 3C7NB 3V9XA 1K8KA 1RDCA 1EWQA 4BR9A 1Y97A 1X9WA 3HRGA 2F96A 4FPBA 4CEQA 4C8MA 1C0UA 3KVGA 3SQ0A 3LDOA 3SQ4A 4O0IA 3M8RA 3D2EA 3ZT3A 3S3MA 2GEMA 5TKWA 1M90O 4DV1K 1CZAN 4QCLA 4KI6A 1RBUA 3BDPA 2A41A 1YVNA 2P9IB 2HMPA 3CC4N 1C0FA 5AR0A 4B3TK 2B4JA 3NH2A 4N56A 3EZ5A 4PL7A 1X3MA 3H1VX 4M41A 3T7ZA 1TKDA 4GW6A 2G8KA 2E6MA 3JXUA 4CFDA 3QICA 2WUSA 5C12A 4CHYA 3THWA 2OA8A 1QHTA 4CJ5A 4DMNA 4DFMA 5LMNK 2GV9A 1KVBA 1WAJA 1NK5A 1RDDA 3VESA 4HCCA 4CHQA 2YCHA 4RCHA 5KRTA 3WUHA 2E4LA 1SAZA 1T3VA 1IG9A 1FW6A 3LZIA 4O5BA 4YFUA 5FRNA 5J2MA 1GLDG 1LWFA 2PBDA 1RBVA 3IDHA 4IG0A 4O8UA 4WFAL 2FBTA 3V1QA 4CZHA 2E20A 4FJGA 3QINA 3V81A 1ZBLA 3CCMN 3ULDA 4E7IA 2O8CB 3E9PA 4C1NK 3WXLA 2BH1A 4FJ9A 3ZT4A 4KTZA 4BREA 3K5MA 1TAUA 4DF8A 1S1UA 3G4SN 1WOQA 1X1PA 2VWJA 3OW2M 2Z1HA 3K58A 4DR3K 3THXB 5FPNA 3QO9A 3KKRA 2Q3SA 4H03B 4XH1A 1ESVA 3OYBA 2DPNA 1WBDA 5JS1A 2D4WA 5M1OA 1IKYA 3QIPA 2QI2A 2I7NA 1RILA 3M6GA 3PSIA 4W5TA 4OPAA 5JMVA 4FK2A 3ZCMA 2J4RA 1X9SA 5ADXA 2YNHA 1SUQA 4KHPK 1BCMA 2I7PA 2QKKA 3FZHA 1R59O 4JI4K 1L5UA 3CMAN 1K9MO 5I42A 2KHOA 1U49A 4ID1A 2PAVA 3E9LA 4EIAA 1RGIA 3PX6A 4ISEA 4NCGA 4KO0A 2IVNA 4FWRA 4BRLA 4FW2A 1VQ5N 3D2FA 3SJHA 4GKJK 4CZFA 1LW0A 4CHNA 2FSJA 1RT3A 3HSCA 4IFVA 3GE1A 1SZ2A 5I9EB 3WT0A 4FM0A 1S1XA 3LP1A 1S3XA 4CGFA 5C10A 4IXCA 2NLXA 3RSEA 1ITGA 1S9EA 3AVFA 2DY4A 2F8SA 3VQ4A 3K5LA 4KHQA 1WSHA 1CLQA 3EO3A 4H4OA 3LDSA 1VSKA 4IBNA 2P9SB 4CEZA 3TTCA 3KK7A 3VGKA 5HRPA 5M1NA 3TABA 1HQUA 3IUCA 1RT6A 1LAWA 2FC0A 4NB4A 2P5OA 3VMFB 1HKCA 2Z1JA 3MECA 4CECA 3PX0A 3KZBA 4H5TA 5GINA 2ASOA 4IJAA 5HLFA 4FOEA 1ZBIA 3WNGA 2UU9K 4BE0A 1ATSA 2OCEA 2A3ZA 4K43A 3KHYA 1QQMA 5BN9A 4B3RK 4B1XB 1MDUB 3O4QA 3QLHA 4JRQA 4N76A 5CHIA 4CK3A 3B6OA 1JXBA 4J8FA 1KAZA 1XQSC 2E6LA 4Z4GA 3C6TA 3B8AX 1KFSA 1B9FA 2HMIA 1HNIA 2BTFA 4F2SA 5DM7L 1KAYA 3O9TA 4HWIA 4L3QA 3F9MA 4CE9A 2P9KA 3WEEA 3QBXA 3CPWM 3LALA 4K42A 2YKMA 3O3FA 4M3RA 5GAGP 3TTFA 2QWLA 4KI4A 3TAMA 3RR7A 2HHWA 1NJXA 5AZJA 3VA0A 1NGEA 1S72N 1HNXK 1P8ZA 5E26A 4DR5K 5HRNA 4YDUC 3AO1A 3PX4A 5AQFA 2E2QA 3RVCA 3DYAA 4DTRA 1NJYA 1HKGA 3EKUA 5JLHA 4GV6A 1EXQA 4CIEA 3AVHA 1Q86O 4LFBK 4YOXA 3A5NC 4JD2B 3GBTA 3VEOA 2P9PA 3OYGA 1HYVA 4MQ3A 1HJOA 2F9TA 4GNIA 3JSMA 1FJGK 3AVGA 3SUPA 4DQPA 1A5WA 4I2QA 3UKRB 5BR8K 4K25A 4KAZA 5AQUA 4H0TB 4NCBA 1BI4B 4AF1A 2HBJA 5AZIB 3S3OA 5AQHA 5HOOA 1Y64A 3VF4A 1B9DA 4FJXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1EQY A;  4M7Y A;  2P9I A;  4MLH A;  2ASP A;  3LM9 A;  4BRA A;  3VEX A;  2V7Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3KD5 E;  1RDU A;  3VQE A;  4OKJ A;  4W5O A;  1GOB A;  2GUI A;  1T44 A;  1MA9 B;  3NFA A;  3TSU A;  3C7N B;  3V9X A;  1K8K A;  1RDC A;  1EWQ A;  4BR9 A;  1Y97 A;  1X9W A;  3HRG A;  2F96 A;  4FPB A;  4CEQ A;  4C8M A;  1C0U A;  3KVG A;  3SQ0 A;  3LDO A;  3SQ4 A;  4O0I A;  3M8R A;  3D2E A;  3ZT3 A;  3S3M A;  2GEM A;  5TKW A;  1M90 O;  4DV1 K;  1CZA N;  4QCL A;  4KI6 A;  1RBU A;  3BDP A;  2A41 A;  1YVN A;  2P9I B;  2HMP A;  3CC4 N;  1C0F A;  5AR0 A;  4B3T K;  2B4J A;  3NH2 A;  4N56 A;  3EZ5 A;  4PL7 A;  1X3M A;  3H1V X;  4M41 A;  3T7Z A;  1TKD A;  4GW6 A;  2G8K A;  2E6M A;  3JXU A;  4CFD A;  3QIC A;  2WUS A;  5C12 A;  4CHY A;  3THW A;  2OA8 A;  1QHT A;  4CJ5 A;  4DMN A;  4DFM A;  5LMN K;  2GV9 A;  1KVB A;  1WAJ A;  1NK5 A;  1RDD A;  3VES A;  4HCC A;  4CHQ A;  2YCH A;  4RCH A;  5KRT A;  3WUH A;  2E4L A;  1SAZ A;  1T3V A;  1IG9 A;  1FW6 A;  3LZI A;  4O5B A;  4YFU A;  5FRN A;  5J2M A;  1GLD G;  1LWF A;  2PBD A;  1RBV A;  3IDH A;  4IG0 A;  4O8U A;  4WFA L;  2FBT A;  3V1Q A;  4CZH A;  2E20 A;  4FJG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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