3CJ9A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with calcium, amp and phosphate
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
total genus 138
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj9A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj9A02
2A6AA 3DAWA 1HKBA 4CI6A 1HKGA 4PL8A 2ZGZA 1MWMA 1T44A 4AM6A 1NM1A 3DXKA 4M7XA 3O4WA 2YHWA 4BQLA 2P9LA 3CETA 1XUPO 3VOVA 5AQPA 1YVNA 4FPBA 2NZTA 3L4IA 2D1KA 2P9NB 4ISFA 3ENHA 5KQDA 4CD3A 4XEIA 2YI1A 5AQOA 3ZETB 4BC2A 4CZHA 3TU5A 2AP1A 3U9DA 2AA4A 3QFUA 4FWOA 2HMPA 3BEXA 5BREA 1QQOA 3ULEA 3DXMB 2P9KA 5AQSA 2ITMA 5FPDA 1KAYA 4FO0A 2NRHA 4IZ9A 4QS7A 1QZ5A 2P9PB 3ULEB 1BA0A 3HI0A 2Q97A 2P9UA 2GEMA 2IVOA 3R6MA 4FOEA 1HJOA 4BGAA 4MLEA 1S22A 4AM7A 3VEVA 3ID8A 4BGBA 3O1WA 4YDUA 3H46O 5F0XA 4JNEA 3LDPA 4L3QA 4H03B 2P9IA 4F9OA 3VEZA 1T6CA 2Q1NA 2QWPA 3VEYA 4FWSA 1ESVA 5E26A 5AZIA 4B1UB 4XH4A 4BR7A 3WEEA 4O8KA 5AQMA 3F9MA 2NLXA 4MLHA 4MO4A 1R59O 3ZX3A 3D2FA 3CQYA 3DXKB 2D0OA 3BUZB 2CGLA 5ADXA 4LC9B 5JLFA 1NGJA 1RFQA 3EO3A 3EZWA 5AQVA 1Z05A 3UKRA 1XQSC 4I6MA 4CD1A 4EAHD 4K25A 3GDQA 2E8AA 4RCHA 3FZFA 4CZFA 3AAPA 2A5XA 1S3XA 3WQTA 3LDQA 5BN9A 3EL2A 3MN6A 4BRLA 4BQZA 2FSJA 3ATUA 1GLEG 3FFKB 5AR0A 3VEXA 3GL1A 4BRGA 4K43A 5AQUA 4C23A 5AQYA 3H6EA 1GLJO 3VERA 3VEWA 3AAQA 4FWMA 4B1WB 3DXMA 3HBTA 4H0XB 4WQ5C 1WOQA 3WXLA 3LDNA 3A5MC 2YCHA 1J6ZA 5AQIA 2E1YA 2P9LB 5AQLA 1WUAA 2GWJA 4H0PA 4IXCA 3LDLA 1LOTB 3QBWA 1D4XA 3UE5A 3FR0A 2P9NA 3O80A 2FXUA 3SMPA 4JD2A 3CIPA 2E88A 4BR4A 1IG8A 3BF1A 4FWKA 2CH6A 4O5FA 5AFUA 1GLDG 2QWOA 3WEEB 3FZKA 1LCUA 2GWKA 4GY2B 2P9PA 3WQUA 3R9PA 2VWBA 4KBOA 4BRQA 5ADXH 5AQGA 2FSNA 1QHAA 2ASPA 4FL9A 3FE1A 1DGKN 4MO5A 3A5LC 3BF3A 1ZC6A 1DEJA 1GLBG 1MA9B 3JXUA 1V4TA 3VGLA 4PL7A 2GTDA 4CZJA 3HZ6A 4E1JA 1NGEA 1HPMA 1K8KB 4M63C 4BRHA 4DCHA 1NWKA 4CBXA 3GBTA 4B9QA 2YJFA 2VYPA 2V7YA 4WQ4A 5AQHA 2GELA 3C0BA 5AQQA 4A2AA 2Q0UA 3O08A 5AZIB 3VETA 5AQKA 1KXPA 1OKJA 4WYBA 4FPAA 1YUWA 5BRHA 1YAGA 5FPEA 3D2EA 2E20A 3M3ZA 3WXKA 1GLCG 2V7ZA 5BRDA 4K42A 3GOIA 4BR2A 2YHYA 1NGGA 1ATSA 3VPZA 1NGFA 3H1QA 3VESA 4JHDA 2Q2RA 2ASOA 3G25A 4BRKA 3W3DA 4QS9A 3A0IX 5CE3A 4CBUA 4H0VB 2E2QA 2F9TA 4JN4A 1TYQA 2EWSA 4PKIA 4RTFD 5AQWA 3CJ1A 3U9ZA 4FWPA 2PAVA 3GE1A 4YDUC 3SLCA 5LJVA 1GLAG 1TUUA 2Q0RA 2OANA 3S41A 5AQJA 4DQ8A 3CERA 1QQNA 3MK6A 4CZGA 3AY9A 1QZ6A 4H0YB 5EY4A 3VF2A 2E2PA 4BR9A 5JMVA 4FWLA 3WXIA 3LDOA 4A61A 3M1FA 3CJBA 1SZ2A 5BPNA 3GG4A 2E2NA 4BC4A 3H3NO 5F2RA 5AZJA 5JLHA 2FF3B 1Y64A 1NGCA 2WUSA 3SK3A 4ISGA 4BR0A 3EN9A 5TKYA 1U2VA 1DKGD 3H45C 3W0LA 3WT0A 1C0GA 4H5NA 2BUPA 3DJCA 2IVNA 2IVPA 2GUPA 3EKUA 5BRFA 4GNIA 1SQKA 3FZLA 2E2OA 3OHRA 3VENA 3BP8A 2YHXA 3MDQA 5EOYA 3U8XA 2I7PA 5EX5A 4FOIA 3ZETA 4RWTA 3MMVA 2V52B 5I9EB 4HWIA 5F1XA 3VF4A 4B1XB 4EHTA 1YXQA 3EKSA 1RDWX 1P8ZA 2QW9A 3CJ9A 4B1YB 4A62A 1NGAA 3HSCA 4IO8A 3TPQA 4CZLA 2KHOA 2QWMA 3UKUA 4JD2B 3RSEA 5JICA 4NO7A 1HUXA 1C0FA 1ZXOA 4K41A 4EFHA 1X3MA 4BRAA 3FLCO 1NBWA 3QDKA 4JAXA 1HX1A 3MCPA 3D2FB 2A40A 4BRNA 1ZBSA 5AQNA 4PKGA 1ATNA 1T6DA 4BVPA 2QWQA 1QQMA 4H5VA 2A3ZA 1RGIA 2QWRA 4DHYA 3UKRB 4FWNA 3QBXA 2IIRA 2QWNA 2H3GX 1K8KA 1KAXA 4XH1A 4BC5A 1NGDA 5E84A 1KAZA 2P9SA 4BRFA 1HKCA 2D0PA 4CZEA 5KPRA 5EXWA 5BPMA 4CZMA 1TUYA 4CJ7A 2HF3A 3CJCA 3FZHA 3QB0A 4HTLA 3A5OC 2P9UB 3C7NA 3O5BA 4FWQA 2DPNA 3CQXA 1NMDA 4BRCA 3I33A 4IJNA 1GLLO 3QICA 4NB4A 3R8EA 5BN8A 3U4LA 5EVZA 1Z6RA 3CJ7A 4CZIA 4EHUA 4WQ4C 1E4FT 4BREA 2I7NA 1BA1A 2QM1A 3RSEB 3HM8A 3P4IA 5FPMA 1H1VA 2D4WA 2PBDA 4H5TA 1Q18A 5KPZA 3CHWA 3ZEUA 3ATVA 2QXLA 1U6ZA 5AQZA 4QS8A 3A8YA 1MDUB 3FZMA 3IFRA 5KPTA 1JCFA 2CH5A 2E1ZA 2CGKA 3J8AA 3CI5A 3O8MA 3QMLA 1SAZA 3B8AX 1G99A 1BU6O 5BR9A 5KQ8A 4IJAA 1NLVA 5AQTA 3SJHA 4EIAA 3QFPA 2VCPA 4BG8A 4BC3A 3O1BA 2UYTA 3IMXA 4CZKA 4FSVA 3ZX2A 3L0QA 4DB3A 2P9SB 4B1VA 3C7NB 1X9JA 1BO5O 1BOTO 1TYQB 2HF4A 5AFUH 2V51B 2J4RA 4PKHA 3CJAA 4B1ZA 1XC3A 3M6GA 1X3NA 3MN9A 4FWRA 4CBWA 4Z94A 2A42A 2BTFA 3LL3A 4XH5A 4J8FA 5LJWA 5AQRA 1IJJA 3I8BA 3L6QA 1JCEA 1HLUA 4H5RA 3VGMA 1MWKA 3H3OB 3VGKA 4BRMA 1E4GT 2ASMA 3LM2A 5AQXA 2FF6A 4BRPA 3KHYA 1BDGA 1NGIA 2ZF5O 4H0TB 2P9IB 3ZEUB 3O6WA 2YJEA 3DWLA 4BRIA 3SMSA 3VF6A 4WQ5A 1GLFO 4H0OA 3ZX0A 4Y0WA 1NGBA 4IWVA 3UKUB 2ZGYA 3MN7A 5ELZA 4BG9A 1V4SA 2ZWHA 2W40A 5BPLA 4ISEA 1BWFO 3IDHA 2Q31A 3IUCA 2P9KB 1NGHA 3D7EO 1BUPA 2CGJA 1CZAN 3JS6A 3A5NC 1EQYA 3D2EB 2FSKA 2W41A 2A41A 2Q36A 3LM9A 5AQFA 3ENOA 4I6MB 1ATRA 3H1VX 3KZBA 1JCGA 4M7YA 5FPNA 4BR5A 5LY3A 3HTVA 2FLOA 5AZJB 3AARA 2HOEA 1U2VB 4BVOA 4JHDB 3UB5A 1BG3A 4A2BA 3KVGA 3VEOA 3WXJA 2F9WA 3MN5A 4BROA 3FGUA 5B8HA 4BRDA 2QWLA 3WUHA 4H5WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A6AA 4JKFA 1HKGA 4CEZA 5J2NA 2DFEA 5D3GA 1OVQA 4AM6A 4C8NA 1X9SA 3DLBA 5SWMA 3VOVA 5KRTA 1VQNN 4OKKA 4M3WA 3L4QA 1I3AA 3HVTA 4NXNK 2D1KA 4ISFA 3ENHA 4GVMA 1J5EK 4XEIA 4BC2A 1JXBA 3WNEA 1VQKN 2AP1A 4KH4A 4O8UA 4IEEA 3KLFA 4JV5K 3QFUA 1TAUA 4C8MA 3BEXA 3IKMA 3NBPA 1HNWK 3OYFA 5CZ2A 3ULEA 3DXMB 2ITMA 1VQ9N 1HYVA 1SKWA 4IFYA 2P9PB 1BA0A 3OYBA 4ICLA 2D0CA 4GW6A 1SKSA 2D0BA 3VQ7A 4RW6A 4Z4FA 4FOEA 1R0AA 1NKBA 4CIFA 4AM7A 2HBMA 2X6SA 2RN2A 3DM2A 4B9MA 3BY5A 3AGKA 2ZE2A 4H03B 2P9IA 3VEZA 1T6CA 1VSHA 4DTOA 1WAFA 3VEYA 1ESVA 5E26A 4B1UB 4BR7A 3ZSOA 4JI3K 4W5TA 1KC8O 1R59O 4BDZA 3L8BA 3WXMB 4CGDA 2ZJQL 1BL3A 2G8VA 1SV5A 4CHNA 2P1JA 2RKIA 3HOSA 1VRTA 4JI1K 3FZFA 4CZFA 1ZBFA 3S9HA 3SUNA 2VG6A 3E9OA 2ATQA 1DT9A 3I55N 5J2QA 3MN6A 4FW1A 3FFKB 2YKNA 3M8SA 4JS5A 4ID5A 3T1HK 4BRGA 4C23A 5IT9O 3H6EA 1GLJO 4FWMA 1VQ7N 1W0HA 4H0XB 3AVNA 1ZBLA 3WXLA 5HRPA 1JLCA 3ZSQA 4OLBA 4DV2K 2GV9A 5AQLA 1UA0A 1WUAA 5HL7L 3JYTA 1LOTB 3K5MA 4X64K 2HW3A 3KLGA 3NMUA 3QBWA 1VQ4N 4CJEA 4AHTA 4CGHA 1I94K 1YVUA 4FJ5A 2FXUA 4LF8K 3CIPA 2E88A 2KLAA 4RW9A 1IG8A 4O5FA 4CJ3A 5AFUA 2VQFK 3C6TA 3WEEB 1J9AA 1LCUA 4F3TA 3HP6A 2IOCA 2UUBK 5C12A 2UXDK 3V9WA 3SV4A 4FJGA 2HNYA 3AGRA 2Z1IA 3A5LC 3TAGA 2UUAK 1ZC6A 4C1NI 4JKEA 1L3SA 2OTLN 1N6QA 3G4SN 3TAQA 1B9DA 3SQ4A 1NGEA 1NWKA 4B9QA 3C0BA 3NHGA 4W5OA 1EKEA 2Q0UA 3O08A 4YNQA 4WYBA 5BRHA 1YAGA 4BE1A 5GINA 1KVCA 3R3LA 4DTRA 3HPGA 3A2FA 4FLTA 1NK9A 1U47A 2B4JA 3GOIA 4BR2A 2YHYA 3VPZA 3DMJA 5GAEP 5J2MA 5MLCQ 2NRTA 3V9UA 3VESA 3V81A 4CJSA 2Q2RA 3NFAA 4BRKA 4DR7K 3ZT3A 4CBUA 3CC4N 4JN4A 3DLEA 4HVJA 4WFNL 4PKIA 4FM2A 4FWPA 4B3MK 2IDOA 4YDUC 3SLCA 1GLAG 5C24A 4LF5K 1RT5A 3CERA 3MK6A 1ZBUA 5JVHL 4YOTA 4Z4GA 1IG9A 5IWAK 3AVAA 3WXIA 5BPNA 3MEDA 5FRNA 4HUFA 2FF3B 1Y64A 3AO3A 3V9SA 2ZQBA 3EN9A 1DKGD 3H45C 3IS9A 3MXJA 3WT0A 4DSLA 1NJXA 1C0GA 4H5NA 3OYDA 4F2SA 2BGGA 1RBTA 3V9ZA 3DJCA 3QESA 2IVNA 4FLVA 1C0TA 1F21A 4KKOA 4IFEA 3U8XA 5KTQA 4FOIA 4UY8O 4RWTA 5I9EB 4HWIA 5F1XA 3D0PA 4B1XB 4EHTA 1E3MA 3AV9A 1YXQA 2UXCK 3QIOA 3HSCA 4IO8A 3T1YK 3TPQA 4PQUA 2KHOA 2QWMA 3UKUA 4WCEL 5JICA 3SBGA 1O13A 4H4OA 1S1VA 3KK2A 1X3MA 4BRAA 4AH9A 1NBWA 4JAXA 4GV6A 1NK6A 2O8BB 1HX1A 3MCPA 2A40A 1ZBSA 3HL8A 4PKGA 1ATNA 4BVPA 1QQMA 3P5JA 2Z1GA 1JLAA 3OY9A 3AA3A 1K8KA 3NH1A 5E84A 4BRFA 4KHUA 4W5NA 4FLUA 1QSSA 1VQON 3FZHA 1TV6A 4J2BA 1EXQA 3TTCA 3CCLN 4HTLA 4FWQA 1KQSM 4BRCA 5KI6A 1RT6A 3I33A 3RRGA 4DF8A 1Z6RA 4YFUA 5M1OA 4WQ4C 4FJIA 4BREA 3RSEB 3THYB 3HM8A 2OTJN 2X74A 3K0SA 3O9UA 3HXMA 4H5TA 4B9SA 3ZSWA 2QXLA 3QERA 3A8YA 4EZ9A 3BDPA 4N41A 3RVCA 1TL3A 4CHYA 5KPTA 2AJQA 2G8HA 4A5BA 3SPYA 1QVFM 3NF8A 4NXMK 3B8AX 5JS2A 2WOMA 3T3FA 5BR9A 4IJAA 4Q0BA 1NLVA 3MAQA 4NLCA 3RR7A 3KWIA 4KO0A 3NGYA 3NGIA 1FW6A 1NU0A 4BC3A 1BCOA 4FZYA 1TKXA 4CZKA 4FSVA 3ZX2A 1J53A 3CC2N 3L0QA 2F8SA 3QEIA 4I7FA 3S3NA 2OA8A 3MX2A 2F4VK 1LV5A 3NF9A 1BO5O 1TAQA 4N5SA 1RTDA 4FLWA 1BOTO 1XMOK 4FJHA 3SQ1A 1XNQK 4DR6K 1NJWA 4E89A 2Z1HA 3CJAA 1VSDA 4WFAL 4Z4IA 2O8CA 4FWRA 2QK9A 4CBWA 2DTUA 2BTFA 3LL3A 2BANA 4LF4K 3WNFA 3I0SA 5LJWA 1YJ9N 1IJJA 4CECA 4BRMA 3TSQA 4CCHA 1XI1A 1E4GT 4NCBA 5AQXA 1U04A 4DSKA 4GKJK 3VQCA 2XY6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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