3CJ9A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with calcium, amp and phosphate
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 138
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj9A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj9A02
3BF1A 1MWKA 4H0OA 3UKUB 4JAXA 3UKRA 3IDHA 2FF6A 2D0PA 4JHDB 4B1YB 2GUPA 4WQ4C 4B1ZA 3VENA 3BUZB 2A40A 3ZETB 3O4WA 1NMDA 1GLEG 5LJVA 3O5BA 2HOEA 2HF4A 1V4SA 3ZX0A 3O8MA 5CE3A 3ZEUB 3VEOA 4CZKA 4QS7A 2Q2RA 4FOEA 2ITMA 3KVGA 3DJCA 3LDLA 4HTLA 1LCUA 5B8HA 4H03B 3WUHA 2FLOA 1DKGD 3D7EO 3TU5A 4IWVA 2FF3B 4BRCA 1NGDA 3DXMB 4A2AA 2I7PA 4CI6A 2J4RA 3ULEA 4IZ9A 2QWPA 3ATVA 5FPMA 4BC5A 2V7ZA 3VETA 4BRDA 3CJCA 3FFKB 3CJ1A 2P9UA 2CGLA 5AQPA 3F9MA 3A8YA 4MLEA 1ZXOA 4FO0A 4CZMA 1HJOA 2GELA 1J6ZA 5FPEA 1V4TA 4BROA 4NB4A 1GLCG 3QDKA 4LC9B 3H46O 3I8BA 3QB0A 4H5VA 1ZBSA 3ENOA 4K25A 1MDUB 3VOVA 2P9KA 4BC2A 5KPTA 3WQTA 2NZTA 1EQYA 4M7YA 2QWRA 2I7NA 2A5XA 3QFUA 4A2BA 5JLFA 3CJBA 3UKUA 4BRAA 4FOIA 1U2VB 4JHDA 3VEWA 1T6CA 3HM8A 4O5FA 3IFRA 2Q36A 4PKHA 5AQOA 4CBXA 2YHXA 3ZETA 1NGGA 4EAHD 4CBUA 4CZIA 1TUUA 3VEZA 1XQSC 1E4FT 3ZEUA 3HZ6A 5AQNA 3GDQA 1KAXA 5F1XA 3KZBA 3M1FA 1NGFA 2A6AA 3FZHA 3FE1A 4BRKA 2D4WA 3A5MC 1WUAA 2GTDA 4BQLA 3R8EA 3DXMA 3SJHA 1ZC6A 3IMXA 1GLBG 4BC4A 1NGCA 1QZ6A 2ASOA 2E88A 5BREA 4B1XB 5AQLA 5KQ8A 3VPZA 3FZLA 4M63C 3A0IX 1WOQA 2P9LB 3KHYA 2CH5A 4FSVA 1S22A 1YUWA 4IO8A 1QQMA 5JMVA 5ADXH 2DPNA 3M3ZA 5AQFA 5LY3A 3DWLA 1U6ZA 2QWQA 1HKBA 1MWMA 3DXKB 2YHYA 3LDOA 2FXUA 1ATSA 2FSNA 3IUCA 2BUPA 4BR5A 3BP8A 1TYQB 4FPBA 1YXQA 2F9WA 1X3NA 3B8AX 1NGEA 1KXPA 5AQSA 1RDWX 3A5OC 4H0VB 5AQHA 3W3DA 1R59O 1U2VA 4L3QA 4CZHA 5BPLA 3O1BA 4BR7A 3GL1A 1LOTB 1Z05A 4EHUA 1DEJA 5JLHA 3DAWA 1QQNA 2QW9A 1T6DA 1JCEA 3I33A 5EVZA 3H1QA 4JN4A 1BA0A 1HKGA 1QQOA 3D2EB 5BN8A 4PL8A 4A62A 2ASPA 2YJFA 4K43A 1HPMA 4BG8A 2KHOA 2GWKA 4H5TA 3EL2A 1ATRA 2A42A 5BPMA 5EXWA 4BRPA 4WQ5A 2EWSA 3FZFA 2OANA 4ISGA 5AQRA 2F9TA 5AQJA 1Q18A 4DQ8A 3VEYA 3GOIA 2Q1NA 3L4IA 4RWTA 3EKSA 4BG9A 4EFHA 1ESVA 2QM1A 3C0BA 3R9PA 4BRFA 1QZ5A 1NWKA 4DB3A 1BA1A 3SK3A 2P9LA 3G25A 1H1VA 4H0YB 3VF6A 4BRHA 2P9SB 5EY4A 3LDPA 2IIRA 4FWRA 3D2FB 4BRNA 2YJEA 3DXKA 3LDNA 4FWPA 1S3XA 3UE5A 1TYQA 3FZMA 2E2OA 3GBTA 4F9OA 3J8AA 4JNEA 4YDUA 3HSCA 2IVOA 4FWLA 3MN5A 4BRMA 3L6QA 2E2QA 5EOYA 5BRFA 1NLVA 2V51B 3VF2A 4BR2A 4MLHA 4WYBA 5FPNA 4BRIA 5ELZA 4FWOA 1YVNA 3OHRA 2QWNA 4Z94A 3D2EA 2QWLA 1OKJA 4ISEA 2A3ZA 1T44A 3SMPA 3TPQA 2NLXA 4KBOA 5AQIA 3LM2A 1Y64A 3WXJA 1NGJA 4FWMA 1GLLO 3HTVA 4IXCA 4B1VA 3CHWA 2W41A 1SQKA 4I6MB 4H0TB 4CZGA 5I9EB 2D0OA 4BVOA 2UYTA 3VGLA 1X9JA 2GEMA 4DHYA 2QWMA 3MMVA 1BO5O 1IG8A 1GLAG 1XC3A 4A61A 1XUPO 2PBDA 3O1WA 5AQXA 1RGIA 3MCPA 4AM7A 2HMPA 2P9SA 2Q31A 4CJ7A 4BC3A 2AA4A 3D2FA 3GG4A 3CJ9A 3MN9A 4BQZA 1RFQA 4XH1A 4BVPA 2QWOA 2CH6A 3QFPA 3QICA 2ASMA 3VERA 3JXUA 3RSEB 2Q97A 3A5LC 4O8KA 2WUSA 4DCHA 2A41A 3MK6A 3QBWA 3LDQA 4WQ5C 5F0XA 4BRQA 4FWNA 4FWSA 5AQZA 5BRDA 1Z6RA 1C0FA 3U9ZA 3ID8A 4GY2B 2Q0RA 3CIPA 3GE1A 5E26A 5KQDA 2IVPA 4XH4A 5KPRA 1K8KB 3VGKA 4QS8A 4RCHA 1YAGA 1P8ZA 3QBXA 4CZJA 3WEEB 1HLUA 3VEXA 5AZJB 4I6MA 2ZGYA 3FR0A 4FPAA 5AZIB 1D4XA 3WXIA 2ZF5O 1GLJO 1BDGA 2E2NA 2HF3A 4BREA 2YHWA 2ZWHA 5FPDA 1GLDG 3L0QA 4XEIA 1NBWA 4MO5A 1IJJA 5EX5A 5BRHA 5KPZA 5TKYA 2P9IB 4CD3A 3BF3A 4BRGA 3WXKA 3BEXA 1QHAA 4EIAA 5BPNA 3HBTA 4YDUC 5E84A 1TUYA 3H3NO 4B9QA 2VCPA 3VGMA 1KAYA 3CJAA 5BR9A 4K42A 4H5RA 4WQ4A 4NO7A 2W40A 3A5NC 3MDQA 3LM9A 3WQUA 1SZ2A 3RSEA 3WXLA 3SLCA 1BWFO 5AFUH 1JCFA 4PL7A 2E8AA 3H3OB 4B1UB 5AQTA 4CZLA 3O6WA 3P4IA 4Y0WA 5AQGA 5AQWA 2P9NB 5LJWA 1NM1A 4M7XA 3HI0A 2E1ZA 3FGUA 3MN6A 3WT0A 5AQVA 1X3MA 4RTFD 2ZGZA 1K8KA 2VWBA 3CETA 3M6GA 5AQQA 5AFUA 3SMSA 3UB5A 4K41A 3C7NB 4GNIA 4C23A 2YI1A 3O08A 3W0LA 4IJNA 1DGKN 2D1KA 3EN9A 3ZX3A 3WEEA 3S41A 2P9PB 4JD2B 5AZJA 5AZIA 1NGBA 1KAZA 1SAZA 4BGBA 3LL3A 2QXLA 1BUPA 4PKIA 4H0XB 2CGJA 1GLFO 4BR4A 3AARA 1MA9B 4CZFA 1ATNA 2AP1A 4HWIA 1HKCA 3UKRB 4AM6A 2P9IA 2Q0UA 4E1JA 4H0PA 3R6MA 4J8FA 4FWKA 1HUXA 1C0GA 5F2RA 4EHTA 5AR0A 3AAPA 3QMLA 4PKGA 5AQUA 2CGKA 1BU6O 1BG3A 3U4LA 2V52B 2FSJA 3VEVA 3FLCO 4CBWA 3H6EA 3CI5A 4BR9A 3CQXA 3EKUA 1HX1A 3ATUA 1CZAN 3ZX2A 4H5NA 5AQMA 2V7YA 4CD1A 2E2PA 3H1VX 1NGAA 2FSKA 5BN9A 3ULEB 1NGIA 3CJ7A 3O80A 4IJAA 3AAQA 3CQYA 4XH5A 2E1YA 3CERA 2IVNA 2NRHA 2P9NA 4QS9A 4B1WB 4CZEA 3FZKA 3ENHA 2P9UB 4ISFA 3MN7A 3VESA 3VF4A 3AY9A 2GWJA 3H45C 2VYPA 3C7NA 1E4GT 1JCGA 3EO3A 4FWQA 4BR0A 5JICA 5AQYA 3EZWA 3U9DA 2E20A 2P9PA 4JD2A 2PAVA 4H5WA 1BOTO 2P9KB 5AQKA 2BTFA 4FL9A 5ADXA 3JS6A 4MO4A 4BGAA 2H3GX 2YCHA 1G99A 1NGHA 3U8XA 4BRLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SPYA 1FJGK 3UKUB 1Q81O 4LH4A 4B1ZA 1CZ9A 4A5BA 4NYFA 3CC7N 1RTIA 2A40A 1NMDA 2OPQA 4X66K 2HOEA 1V4SA 3VEOA 2Q2RA 3NF7A 4EP4A 4OKJA 4CJTA 4DQQA 1SKWA 3KK2A 3AA4A 3WUHA 2FLOA 4OX9K 2Z1HA 3D7EO 3TU5A 1VK0A 4IWVA 1VSJA 3DXMB 4A2AA 2JWLA 5C10A 1RT4A 4YNQA 3ATVA 3LP1A 4BRDA 4FCYA 4Y1DA 3KK7A 2QKKA 2ZE2A 1OVYA 1QVGM 3DOKA 3IS9A 3EEQA 2CGLA 3F9MA 3NVKA 4FO0A 4CJSA 4CZMA 2UUAK 3E9LA 4B9VA 4FJXA 1I39A 2IOCA 1JL2A 3H46O 3HJFA 3I8BA 4FJIA 4H5VA 3ENOA 4CECA 2QKBA 3VOVA 4CJRA 5KPTA 2KQ2A 4NXMK 1EQYA 4M7YA 3QFUA 2I7NA 2A5XA 5JLFA 3DLBA 1YI2N 3UKUA 4FOIA 4A57A 2ZQBA 2W42A 1KD1O 5AQOA 2YHAA 4CBXA 1JXBA 4E1MA 2O4IA 2YHXA 2JGUA 3HL8A 2BH1A 4NCGA 4CZIA 1LV5A 3VEZA 2P1JA 1I94K 3P83D 1TAQA 4ILHA 1KAXA 2RKIA 3FZHA 4DU3A 3CCUN 3FE1A 1W0HA 4M3XA 4BQLA 2HHWA 3DRRA 2VGMA 4FJGA 3R8EA 3DXMA 3CF5L 1U48A 4EZ9A 2QI2A 3M8SA 1OH6A 1RT6A 4KO0A 5KQ8A 4DSLA 1QQCA 4DV6K 3OJSA 2WOMA 4YOVA 2CH5A 3TANA 3D45A 1G15A 5LY3A 3BGRA 1NK7A 1U6ZA 2QWQA 1MWMA 3LDOA 3IUCA 1Q7YO 1VQLN 2BUPA 5HRPA 1TYQB 4BACA 3RTVA 2F9WA 3EZ5A 3L2UA 4LF7K 5BPLA 4CEOA 2HNZA 1IBKK 4NCBA 4N5SA 4CGFA 5JLHA 3DAWA 3NCIA 4LH5A 1T6DA 4GVEA 4CFBA 1VQ8N 3H1QA 5KGWA 1HKGA 1VSMA 4DFMA 5C24A 5BN8A 1RBRA 2ASPA 2YJFA 4FM2A 3ULDA 2GWKA 1KLNA 1C0TA 4E0DA 4M3TA 4E1NA 4WQ5A 1JXEA 3FZFA 3KLEA 1L3VA 4ISGA 4U67L 4UY8O 3VEYA 2IS3A 2JLEA 3GOIA 2Q3SA 3FFIA 1L3UA 4J2DA 3VQEA 3PO5A 4DB3A 1BA1A 3SK3A 3F9KA 1NMNA 1TL1A 1NU0A 4BRHA 3AA3A 5EY4A 2IIRA 3D2FB 2YNFA 4AHTA 4F2RA 1VQ4N 4AHRA 3S3NA 1TYQA 4F9OA 4KI6A 3RVCA 4JNEA 4MDAA 4W5OA 4FWLA 4JRPA 1JLGA 4CJVA 1SS6A 2E2QA 2VQFK 5BRFA 2HMIA 3U3GA 5HROA 4BDZA 1YTUA 1YVNA 4LSLA 5JS2A 5JS1A 1UOCA 3SMPA 1YF5L 1YT3A 3K0SA 2QA4N 4DV2K 3WNFA 3V1RA 1NGJA 4FWMA 1GLLO 4IDHA 3AO5A 3NGIA 3LPUA 1RTHA 3O3GA 1BQMA 3VGLA 1HNWK 1GLAG 3DLGA 4A61A 1XUPO 3THXB 4CHYA 4YOYA 3HK2A 3DRSA 3MCPA 1J54A 1ASVA 3LP3A 4WCEL 3D2FA 3GG4A 1TGOA 4BQZA 3PX6A 2F7TA 2G8KA 1JLFA 4IEEA 3QEVA 3QICA 3OYLA 3ALYA 2NRVA 4DR5K 3SZ2A 3A5LC 3V4IA 2QEXN 2B5JA 1RT3A 4FZYA 2WUSA 3RMBA 2OPSA 1IBLK 1A5WA 1IKWA 4AHCA 3F73A 1ASUA 5DK5A 1C0FA 4B8AB 3ID8A 4JKFA 3DRPA 4A5AA 5E26A 1WAJA 4M3YA 4DV4K 3L8BA 4XH4A 3ZYYX 4DFJA 1NJWA 1A5XA 3VGKA 4QS8A 1HQUA 2ATQA 1FK9A 4CJ4A 3O9TA 2ZGYA 2ZM6K 4BREA 1D4XA 3WXIA 4HCCA 2HF3A 2YHWA 4IG0A 3AVBA 1SL2A 4RG8A 4KH6A 1NBWA 4FJ8A 1IJJA 3O9UA 5EX5A 3O9SA 2XY5A 3KJVA 3THXA 3NBPA 3ASMA 3NF8A 4OO1J 4AHSA 2R7YA 4CF1A 1VQMN 1TUYA 4CEQA 1U45A 1JLEA 1KTQA 3E9OA 3OS1A 4DQPA 3CJAA 4WQ4A 5D3GA 3QEXA 3DLHA 4ELTA 3LPTA 3PV8A 1VSHA 1BWFO 5AFUH 1OH8A 4JI8K 1JCFA 1RDBA 1RBSA 3J7ZO 3CCQN 2VWKA 2P51A 5AQWA 2D5RA 3E9PA 1VQ5N 5CHIA 2O8CB 2E1ZA 3WT0A 1B92A 1LW2A 5E41A 4M3WA 3C6TA 2VWBA 3P39A 5AFUA 4DTOA 4H4OA 4K41A 2FBYA 1XNRK 3OBWA 3AO1A 4C23A 3O08A 1EP4A 3QESA 4IJNA 1DGKN 4JEPA 1GOCA 4LY7A 3C6UA 3T7ZA 3T3FA 4BGBA 1NK8A 3SYZA 4WFNL 1JLBA 1ATNA 3M8PA 4H0PA 1S1TA 4HUGA 1U04A 3R6MA 4FWKA 1C0GA 5F2RA 3HXMA 1X9MA 3HOTA 1REVA 4PKGA 4CHPA 1RT1A 3I56N 3VQAA 3SI6A 4CBWA 3H6EA 3CI5A 2DFHA 4CGIA 3EKUA 2G8VA 3CCLN 4H5NA 1WBDA 4JI7K 3VMFB 2E2PA 1QS4A 2X6NA 3U3YA 3EYZA 5GIOA 4CHOA 1NKBA 3ULEB 1RTDA 1NGIA 3CJ7A 4XH5A 3CQYA 4FJMA 2E1YA 4DV7K 2IVNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BF1 A;  1MWK A;  4H0O A;  3UKU B;  4JAX A;  3UKR A;  3IDH A;  2FF6 A;  2D0P A;  4JHD B;  4B1Y B;  2GUP A;  4WQ4 C;  4B1Z A;  3VEN A;  3BUZ B;  2A40 A;  3ZET B;  3O4W A;  1NMD A;  1GLE G;  5LJV A;  3O5B A;  2HOE A;  2HF4 A;  1V4S A;  3ZX0 A;  3O8M A;  5CE3 A;  3ZEU B;  3VEO A;  4CZK A;  4QS7 A;  2Q2R A;  4FOE A;  2ITM A;  3KVG A;  3DJC A;  3LDL A;  4HTL A;  1LCU A;  5B8H A;  4H03 B;  3WUH A;  2FLO A;  1DKG D;  3D7E O;  3TU5 A;  4IWV A;  2FF3 B;  4BRC A;  1NGD A;  3DXM B;  4A2A A;  2I7P A;  4CI6 A;  2J4R A;  3ULE A;  4IZ9 A;  2QWP A;  3ATV A;  5FPM A;  4BC5 A;  2V7Z A;  3VET A;  4BRD A;  3CJC A;  3FFK B;  3CJ1 A;  2P9U A;  2CGL A;  5AQP A;  3F9M A;  3A8Y A;  4MLE A;  1ZXO A;  4FO0 A;  4CZM A;  1HJO A;  2GEL A;  1J6Z A;  5FPE A;  1V4T A;  4BRO A;  4NB4 A;  1GLC G;  3QDK A;  4LC9 B;  3H46 O;  3I8B A;  3QB0 A;  4H5V A;  1ZBS A;  3ENO A;  4K25 A;  1MDU B;  3VOV A;  2P9K A;  4BC2 A;  5KPT A;  3WQT A;  2NZT A;  1EQY A;  4M7Y A;  2QWR A;  2I7N A;  2A5X A;  3QFU A;  4A2B A;  5JLF A;  3CJB A;  3UKU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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