3CJ9A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with calcium, amp and phosphate
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 138
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj9A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj9A02
4YDUC 4BRLA 1BO5O 5BPMA 5AQTA 3LM2A 3CERA 3C0BA 4XH1A 1X9JA 4DCHA 3WQTA 1BOTO 1NGIA 4M7YA 3QBXA 3A5OC 3CHWA 4A2BA 1ATNA 1WOQA 1NGFA 3WXIA 4H0VB 3CETA 4A61A 5AQJA 1U6ZA 1RFQA 1C0GA 2CGJA 2E88A 3LDLA 3QICA 1XUPO 2V7ZA 3WXJA 4FOEA 3C7NB 1LCUA 3H45C 3LDQA 4EHUA 2P9IA 2P9UA 2GTDA 2I7PA 3MCPA 2V7YA 2P9NA 3L0QA 4XEIA 2A6AA 4F9OA 1E4GT 1NGHA 2F9TA 3HM8A 3W3DA 2FXUA 4EAHD 2NRHA 4IXCA 2UYTA 1GLDG 3A5MC 3ATVA 1QQNA 2FSNA 4CJ7A 4CZIA 3WXLA 3D2EA 4FWKA 5FPEA 2D1KA 5JLFA 5KPRA 2F9WA 1YXQA 4BRAA 1KAXA 1E4FT 2QWRA 1GLBG 1SAZA 2PBDA 2QWLA 4BGBA 4M63C 4ISGA 4JNEA 2WUSA 1ZC6A 5AZIB 5AQRA 1XQSC 5BRFA 4EIAA 1TYQA 5EY4A 1DEJA 4BGAA 5BN9A 4BQZA 3M1FA 3QFPA 3MN5A 3QBWA 3UKUA 2QM1A 4E1JA 4BR4A 4WQ4A 4C23A 3AARA 3H6EA 3DXMB 1Y64A 3B8AX 1HKCA 3CJ1A 3D2EB 3SK3A 1QQMA 1WUAA 4BC2A 5AFUH 3UKRB 3VOVA 4BC5A 3VGMA 3VEVA 4WQ5A 2QWPA 3LDNA 3H46O 4L3QA 4H5WA 5AQHA 4BC3A 2ASMA 4B1WB 5AZJA 4BG9A 4JHDB 4K25A 4Z94A 2YCHA 2CGKA 3IFRA 5FPMA 4EHTA 4BR0A 3VEWA 1X3MA 4JAXA 4YDUA 3DXKA 4CD1A 1KAYA 2W40A 1NGGA 2FF6A 4H5NA 1NWKA 1X3NA 3QMLA 4FWPA 2Q97A 2A41A 2GUPA 3HBTA 3M6GA 3H1VX 3VPZA 3F9MA 3J8AA 4FWNA 5F0XA 1ESVA 5ADXA 1K8KB 5AR0A 2E2OA 4CZKA 3JS6A 5AQIA 5KPTA 3WEEB 5AQWA 5JICA 4EFHA 4O8KA 5LY3A 3RSEA 1KXPA 4I6MA 2P9KA 1ATSA 2IVOA 3LM9A 2QWNA 1GLLO 2E1ZA 1IJJA 1MWKA 4CBUA 5BREA 2VYPA 3L4IA 2ZGZA 4JN4A 2A5XA 4BRGA 4HTLA 2Q1NA 2D0OA 3CJ7A 3BEXA 3D2FB 4CZHA 3TU5A 4FWQA 3HI0A 3AAQA 3IUCA 2Q31A 5LJVA 5F2RA 3WXKA 2Q0UA 3QFUA 5BR9A 1HX1A 1V4SA 3CJBA 4LC9B 3A0IX 3KVGA 2P9SA 4MO4A 3MMVA 4IJAA 3VEXA 1YVNA 1BU6O 5E26A 3U8XA 3BF3A 2P9KB 4RTFD 4IJNA 2J4RA 1NGAA 4GNIA 3FZLA 4H0TB 2IIRA 2FSJA 5FPDA 1H1VA 3BUZB 3EKSA 5AQOA 1HJOA 3ULEA 3ZEUB 3DAWA 4B1VA 5AFUA 3W0LA 4FL9A 3VERA 5KQDA 3S41A 4O5FA 2H3GX 2AA4A 3EO3A 3FGUA 1G99A 1ZXOA 1BDGA 4FPAA 3IDHA 1BWFO 3HZ6A 3KZBA 4FOIA 3WQUA 1MA9B 4BR9A 2P9SB 1T6CA 5AQLA 3U9DA 2D0PA 2ZGYA 4H0OA 3O4WA 1V4TA 3R9PA 2ITMA 5KPZA 1OKJA 1BA0A 1NGDA 4BRHA 1JCFA 2VCPA 4PL8A 2ASOA 4M7XA 5KQ8A 2IVPA 3CJ9A 1R59O 5BPNA 2P9IB 2YJEA 3ZETA 2P9UB 1GLCG 3GG4A 3O80A 5E84A 2P9NB 1ATRA 3A5LC 5AQGA 3KHYA 5BPLA 3VEOA 4CZGA 4BRFA 2I7NA 4FO0A 2AP1A 4BRKA 4A62A 3VENA 4Y0WA 3AY9A 1Z6RA 1P8ZA 4H03B 5AQZA 3BP8A 2NZTA 3VEYA 1S3XA 3O1WA 2P9LA 3O5BA 4B1YB 1NM1A 3ENOA 5ELZA 3CJAA 1MDUB 1GLFO 1T44A 4FPBA 3ZETB 4BREA 4DB3A 1QZ5A 3VF4A 1QHAA 1TYQB 2HF3A 4IO8A 4B1UB 2D4WA 4K41A 5BRDA 3O1BA 4B9QA 3UKUB 2Q0RA 4NB4A 5EVZA 1NGJA 3EZWA 2E20A 2CGLA 4RCHA 3R8EA 1BG3A 4IZ9A 1S22A 3AAPA 5AQSA 5AQPA 4BQLA 4FWMA 3TPQA 2P9PA 3R6MA 3IMXA 3CI5A 2FSKA 3O08A 4QS9A 4H5VA 4XH4A 1U2VA 2A40A 1TUYA 3GE1A 1HKBA 5AQKA 3ZX2A 2GELA 3A8YA 3CQXA 3GDQA 2E2PA 2BUPA 4BG8A 5AZJB 2CH5A 5BN8A 4FWSA 4B1ZA 3OHRA 4IWVA 4AM7A 4WYBA 2GWJA 4CZFA 3U4LA 3A5NC 3DXKB 3VF2A 4DHYA 2QXLA 4CI6A 3O6WA 5B8HA 3VGKA 3G25A 2YHXA 3MN6A 3U9ZA 4BR2A 2E2QA 2PAVA 1Q18A 4BRNA 2YHWA 2Q2RA 4PKIA 3CQYA 5AQFA 3I33A 1CZAN 3UB5A 4QS7A 4CZMA 4BRPA 3SLCA 2GWKA 1BUPA 3C7NA 1IG8A 3ID8A 4ISEA 5EXWA 3VGLA 3ZX0A 4CD3A 3RSEB 4I6MB 4BRCA 1GLAG 3FE1A 3H3NO 5BRHA 2HMPA 4PL7A 1RGIA 4PKHA 4BRIA 1D4XA 2W41A 3VETA 1RDWX 3P4IA 4XH5A 1SQKA 2ASPA 4NO7A 3CJCA 1Z05A 4DQ8A 2HF4A 3ZX3A 1NGEA 2V51B 5AQNA 3MN9A 2V52B 2GEMA 5AQUA 3DJCA 3UE5A 2NLXA 3JXUA 3QDKA 5ADXH 5AZIA 1YAGA 1TUUA 1JCEA 2QWOA 4QS8A 2QWQA 1NMDA 3GL1A 4HWIA 4AM6A 5EX5A 4FWLA 4A2AA 4BVPA 3L6QA 4MLEA 4PKGA 3ULEB 4BR5A 3LDOA 1MWMA 1SZ2A 3DXMA 2QWMA 3FFKB 2EWSA 4H0PA 2E8AA 3QB0A 3UKRA 1HUXA 4K43A 1NBWA 1XC3A 3WT0A 2BTFA 1HKGA 4BR7A 4B1XB 4MO5A 3VEZA 5AQVA 5I9EB 5CE3A 4H0YB 3GBTA 4JHDA 5AQQA 1QQOA 2KHOA 4H5RA 2E2NA 5JLHA 2A42A 3LL3A 3HTVA 3MK6A 5F1XA 1EQYA 4BROA 3H1QA 3ENHA 2HOEA 2DPNA 4RWTA 4FWRA 4H5TA 4CZJA 3D7EO 3EL2A 2OANA 1BA1A 3EN9A 3FZFA 1K8KA 1HLUA 5AQYA 3HSCA 3H3OB 3WEEA 3BF1A 3LDPA 3WUHA 4CBWA 3MDQA 4BRQA 1NGBA 3FZKA 2P9LB 3VF6A 2CH6A 3EKUA 3O8MA 1C0FA 2E1YA 3MN7A 2QW9A 4FWOA 4H0XB 2Q36A 2IVNA 4FSVA 2A3ZA 3D2FA 4KBOA 1JCGA 1DKGD 4BRMA 4CBXA 4JD2A 4CZEA 2VWBA 3CIPA 4CZLA 3GOIA 2YI1A 3FLCO 4ISFA 5LJWA 1LOTB 1DGKN 4MLHA 4J8FA 4WQ4C 3FZHA 3SJHA 1YUWA 1T6DA 2FF3B 3SMPA 3DWLA 3SMSA 4BC4A 4BRDA 1HPMA 5TKYA 1NGCA 1KAZA 2YJFA 4K42A 1ZBSA 2YHYA 5FPNA 2P9PB 4GY2B 4WQ5C 1GLJO 3M3ZA 1U2VB 4BVOA 3VESA 2ZF5O 1J6ZA 2FLOA 5JMVA 5EOYA 3ZEUA 2ZWHA 1QZ6A 3ATUA 3FZMA 5AQXA 1GLEG 5AQMA 3I8BA 3FR0A 1NLVA 4JD2B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YDUC 3LP0A 1RBUA 1VQ6N 1JKHA 5GIPA 3CERA 1A5XA 4IFEA 3THWA 4M7YA 4WFAL 4B3MK 3QBXA 1Q81O 4GMJB 1N5YA 4H0VB 3CCMN 5AQJA 2E88A 2CGJA 5FLXO 4IKFA 5CZ2A 2XY5A 3O9SA 2HHQA 4BDZA 3WXJA 3C7NB 2BGGA 1LCUA 3H45C 3CC4N 2GTDA 2P51A 2X6SA 4Z4EA 2V7YA 3OJSA 4XEIA 4F9OA 3V6DA 4KTZA 4OKEA 4CHNA 3EYZA 1BQNA 5KGWA 3HT3A 2FXUA 3P1GA 4YOUA 5M1KA 4IXCA 4OPKA 2KQ2A 1BIUA 3DYAA 3A5MC 3ATVA 1BGXT 2E6LA 4ELUA 4KI4A 4CZIA 3OYMA 3WXLA 3MECA 3D2EA 1RDDA 4FWKA 5FPEA 5JLFA 3PO5A 2JWLA 2B4JA 3C6UA 3LWLA 1YXQA 4BDPA 3OYLA 1E4FT 4CVNE 2PBDA 4BGBA 3OYCA 3OYDA 2DFEA 2WUSA 3SI6A 3AO1A 3V1RA 3DLBA 4BGAA 4Z4GA 4KRFA 4E7HA 4Q5VA 4E19A 3H6EA 3LAMA 4PA1A 1HKCA 3CJ1A 4NLBA 3SK3A 1QQMA 2O8BA 1NMNA 1IO2A 2GV9A 3UKRB 2BANA 3VOVA 3VGMA 1FJGK 1C0UA 3KK2A 1TAUA 2HBKA 3LDNA 4DFMA 3H46O 4JYAK 1VSKA 4MQ3A 4H5WA 4DR7K 1X9WA 4DG1A 1KFDA 4CFDA 4ID5A 4DTOA 2YCHA 2CGKA 1SUQA 3IFRA 3NBPA 4BR0A 4JK9A 3VEWA 4CJKA 4JAXA 3JAMO 1L3SA 5M1FA 1BIZA 4DV5K 3CCEN 2HBLA 4B08A 4CJPA 3QMLA 4WCEL 1EO1A 4JKCA 4NCGA 1S6QA 4FM1A 3PO4A 3VPZA 3KJVA 2XY8A 3J8AA 1NU0A 1RT2A 3TWHA 1YJNN 4PWDA 5AR0A 5J2QA 5KPTA 1KXPA 4Z4IA 2P9KA 4CF8A 4NXMK 4YY3K 1QHTA 4IBNA 2E1ZA 1MWKA 1YF5L 4C1NK 3V9SA 2ZGZA 4DTMA 2Z1IA 2D0OA 1VQ9N 3CJ7A 3NF9A 2QXFA 2P5OA 3HI0A 2Q31A 2UUCK 2IAJA 5BR9A 2UU9K 3SZ2A 4HHTA 1V4SA 3A0IX 4B8CA 1LWFA 4IJAA 3IAYA 3ID6A 2O8EA 4U67L 3U8XA 1XHXA 5C2FA 1NKBA 1BCOA 3AA4A 3TI0A 3BUZB 1NOYA 3EO3A 1QTMA 2QEXN 1BDGA 4CK2A 3MEGA 1BWFO 4DR2K 3CM6A 4FOIA 3I55N 2O8DA 3QIPA 2JWKA 3D6RA 3JYTA 1HMVA 4N76A 2IC3A 3G6EN 3KLGA 1RBVA 4PL8A 4O4GA 4EP5A 4FJKA 4M7XA 4CJVA 5BPNA 3SQ2A 1KC8O 3ZETA 2P9UB 1GLCG 4CIFA 3O80A 1KRPA 3VQAA 4N5SA 1S1XA 2I7NA 4FO0A 4YOXA 2AP1A 4A62A 3AY9A 3DM2A 1HYVA 3V9ZA 2NZTA 1S3XA 4N41A 3O5BA 4O5BA 4JI2K 2P1JA 4UQGA 3LPUA 5DM7L 4FPBA 4DB3A 1L3UA 4RW7A 1QZ5A 4LY7A 1JLEA 4KREA 4EZ9A 5JVHL 3KKRA 4JRPA 4IOAL 4B9QA 1XWLA 1HNXK 1QQCA 4KV8A 3OYJA 5EVZA 3HXMA 3K58A 1ZBLA 3EZWA 2E20A 3CM5A 1X1PA 3AAPA 1NK6A 4AHUA 4AILC 1WNSA 2P9PA 1NKEA 3IMXA 1IBMK 4QS9A 4XH4A 1U2VA 1VSIA 2A40A 3O4QA 4FZXC 3CPWM 4CGJA 4DUYK 3A8YA 3CQXA 3ZSVA 4AHSA 2Q3SA 1NJWA 1SL1A 1TKXA 1CZ9A 1OVYA 4AM7A 1OH5A 4DS5A 3QESA 1LW2A 1BQMA 2GWJA 2O8FA 3VN5A 5MLCQ 1NJYA 3JSMA 4JKGA 3O6WA 4BR2A 1DTQA 1D9DA 3I33A 1CZAN 3THXB 1D5AA 1S9EA 1S1UA 3L3UA 4CZMA 4BRPA 3SLCA 2A1SA 1VRUA 4GVEA 3O9RA 1VSEA 3ZX0A 3RSEB 1ZBHA 4BRCA 3OYFA 1ITGA 3FE1A 1BI4B 4B3OA 2WOMA 1RGIA 1B9FA 1RDWX 3P4IA 4DQPA 2HVIA 5D3GA 4CFAA 4JI1K 5HRPA 1L5UA 3VA3A 4KO0A 4FK4A 4IG3A 5LL6Z 2V51B 4KB1A 3MN9A 2OPPA 2YX6A 5AQUA 4M3XA 3UE5A 3O9TA 2NLXA 5ADXH 3QLHA 3AO4A 3DOKA 1WSHA 1WSGA 4LF7K 4AM6A 4B9UA 3TAFA 5M1QA 1FKPA 3HRGA 3EE8A 3VQQA 4DU1A 2DFFA 3T1HK 4IO9L 3L6QA 4PKGA 4BR5A 4JS4A 3NGIA 3CMAN 1SZ2A 5H1SQ 2QWMA 4RW6A 4JI0K 4H0PA 2XO7A 3QB0A 5C24A 5HROA 1W7AA 4CEQA 3J7ZO 1XC3A 1NK0A 4C8KA 2GBZA 5AQVA 4BE0A 3HP6A 3GBTA 4JHDA 5AQQA 2VQEK 1JXBA 1K8AO 2E2NA 4DTUA 3LL3A 3HTVA 3MK6A 3CFRA 1EQYA 2DPNA 3PV8A 3OY9A 3EL2A 3VA0A 2F4VK 4KHWA 2HMIA 5HBMA 1K8KA 3RTVA 1NK9A 1M90O 1HYSA 4KFBA 1U47A 5SZTA 5AQYA 4CEFA 4X62K 3WEEA 3U6FA 3MDQA 4OJRA 5CY4A 1NGBA 4FW2A 3VF6A 4OKKA 3V4IA 1O1WA 4RG8A 3EKUA 1N8RO 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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