3CJ9A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with calcium, amp and phosphate
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 138
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj9A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj9A02
4CJ7A 4GNIA 4BR9A 4FPAA 5AQXA 2A6AA 2VCPA 3CI5A 2J4RA 3FZFA 3FZMA 4BG8A 2P9IA 4CD1A 4FL9A 1NBWA 4BQLA 1X3NA 2E1YA 1NGHA 2P9LA 2VWBA 1C0FA 2YHYA 4IXCA 1Q18A 2NZTA 3VENA 3HM8A 4A61A 2KHOA 4EFHA 5KPTA 3B8AX 4QS8A 3QFPA 3EN9A 3RSEA 1HUXA 2A3ZA 3LM9A 3LL3A 3TU5A 3VEZA 1NGGA 2WUSA 4FSVA 3DXKB 4EIAA 3O4WA 1QHAA 4FWOA 1YXQA 2IVNA 1DKGD 4BROA 4FOEA 3M6GA 4BREA 5AQVA 3FZKA 5AQKA 4CZEA 3HZ6A 5KQ8A 3C0BA 4B1VA 2YCHA 5AQGA 2Q1NA 4B1XB 4BRMA 2P9KA 2VYPA 4YDUC 3U8XA 4HWIA 2IIRA 5JMVA 3UKRB 4B1YB 3C7NA 3WXJA 3CJBA 5AZJA 5E26A 2GWKA 1X3MA 3H46O 2AA4A 2P9UA 1DGKN 3MCPA 5AFUA 4CZGA 1ATSA 3VETA 5AR0A 5FPMA 2ZWHA 2Q31A 5AZIA 5ADXH 2NRHA 4CZHA 1YUWA 4XH1A 2F9WA 3O6WA 3QICA 4BRQA 1MWMA 3OHRA 2GTDA 3ZX2A 4NO7A 5AQMA 2QM1A 3H6EA 4BRPA 1WUAA 1BG3A 1G99A 3VPZA 3ZX3A 3FLCO 5AQLA 1JCFA 3MN7A 1X9JA 3D7EO 4IJNA 4XEIA 2P9IB 4BRHA 2FSJA 4MO4A 3I33A 5AQYA 2P9LB 2GEMA 1NMDA 1NLVA 1KXPA 4WQ5A 2I7NA 2FSKA 3CQXA 3MN5A 3CERA 4RTFD 3I8BA 4B9QA 1NM1A 1Z6RA 1HJOA 3A5NC 3L4IA 3RSEB 4BR7A 4CI6A 2E2OA 2QWLA 3A0IX 3CIPA 2ASPA 4BRLA 3MN6A 1ZC6A 1RGIA 1GLCG 3H1VX 4FWRA 3WUHA 3U9ZA 3GL1A 3R6MA 4FWSA 5LJVA 4IO8A 2HF3A 2BUPA 5AFUH 5AQTA 3MMVA 4O5FA 2QWRA 4BRNA 3CJAA 3UE5A 3UKUA 1Y64A 4BR0A 5AQWA 5BPNA 3FFKB 2P9NA 3LDNA 4CBUA 4ISEA 5AZJB 1BU6O 1T6DA 1V4TA 2CGLA 3CJ9A 3A5MC 3EZWA 4HTLA 5ADXA 2P9UB 4CZMA 3H3NO 3VGLA 5AZIB 4CD3A 2QWPA 5AQPA 1U2VB 3AARA 3QBXA 1IJJA 3DWLA 1GLJO 4FWNA 4H0XB 3WXLA 3AAPA 3ID8A 3VEVA 1HX1A 2D0PA 3EKUA 5BRDA 4Y0WA 4B1WB 1XQSC 5FPDA 5BRHA 5BR9A 5AQOA 5AQSA 2ASMA 3IDHA 5CE3A 4EHTA 4C23A 1QZ6A 3WXKA 4FPBA 3GDQA 4PL8A 2E20A 1T44A 2Q97A 4ISFA 1BA1A 4FWKA 1NGEA 3ENOA 3JS6A 5AQHA 4BGBA 4BRGA 4RWTA 2HOEA 2ZF5O 1XUPO 2NLXA 2E2PA 3VF4A 2H3GX 4FWPA 2E1ZA 1SQKA 2D0OA 1BDGA 3H1QA 3TPQA 3DXMA 4QS7A 2W40A 3ZEUA 4BC5A 5BREA 3FR0A 1NGAA 4JD2A 2V7YA 1KAYA 3GBTA 3SK3A 2YI1A 3VF6A 4M7XA 5AQIA 3QMLA 3J8AA 1RDWX 5EVZA 4H5RA 3WXIA 3CJ7A 4CBWA 1U2VA 2CGJA 4IWVA 4J8FA 1TUUA 4H0VB 3D2EA 3AY9A 3UKUB 2CH5A 2P9NB 2EWSA 3FGUA 4H0PA 2CH6A 3O80A 2IVOA 1S3XA 1ATRA 3ENHA 4BR5A 1GLBG 2FF3B 2GWJA 3KHYA 4CZLA 3F9MA 3R8EA 4BGAA 2Q0UA 3H3OB 5FPNA 2E88A 1HLUA 3ULEB 4BRCA 4H5NA 4H0YB 1GLEG 2QWNA 4H5VA 4XH5A 4FWQA 3HSCA 3MK6A 3EKSA 4BQZA 4F9OA 4DCHA 4A2BA 4DQ8A 1HKCA 1BWFO 4BR4A 5KPRA 5JLFA 5AQUA 1D4XA 1QQOA 4BG9A 2Q0RA 3ATUA 1H1VA 1KAZA 4WYBA 1BO5O 3QBWA 3VESA 1JCGA 3M3ZA 5TKYA 4FOIA 4K42A 3CETA 5EY4A 1J6ZA 1DEJA 3ZX0A 4BC4A 3DAWA 3VGKA 3BP8A 1NGIA 1ZBSA 3FE1A 3VGMA 2BTFA 2GUPA 3GOIA 4XH4A 1TYQA 5ELZA 5BN8A 1S22A 3GE1A 4K43A 2D1KA 3ZETA 3EL2A 3IFRA 5AQQA 1QQMA 4EHUA 3DXMB 2QWMA 3SMPA 1MWKA 3ZEUB 4M7YA 4BVOA 1NGFA 3O1WA 2DPNA 4JD2B 2A5XA 2AP1A 3L0QA 3A5OC 3BF1A 3O08A 4BRKA 3LDQA 4BC3A 4B1UB 3FZHA 5AQRA 1E4FT 1YVNA 3SJHA 3WEEA 4JHDA 3ULEA 4BRDA 2OANA 3BF3A 3D2EB 4B1ZA 2YHWA 3O5BA 1OKJA 3IMXA 1GLAG 2IVPA 4RCHA 2FSNA 4K41A 2P9SA 1NGCA 4K25A 2A41A 3VEOA 2W41A 4JN4A 1HPMA 4GY2B 3HI0A 3M1FA 5EX5A 2QW9A 2Q36A 2V51B 3H45C 2QXLA 2YHXA 4BC2A 4WQ5C 1BOTO 1V4SA 3SMSA 5KQDA 1MA9B 1NGJA 3L6QA 2I7PA 4MO5A 2PAVA 1NGBA 2ZGZA 1YAGA 2V7ZA 4IZ9A 5BPLA 2YJFA 1KAXA 1ESVA 3JXUA 4NB4A 4CZJA 3U4LA 1HKBA 3D2FA 4KBOA 4MLEA 3EO3A 4CZIA 1BA0A 2E2NA 4BRIA 4CBXA 4ISGA 1IG8A 2GELA 3W3DA 4PKGA 3WT0A 1CZAN 5AQFA 1TYQB 1NGDA 2YJEA 3ZETB 5BPMA 4QS9A 1XC3A 4PKIA 4EAHD 1GLLO 2PBDA 3O1BA 4H5TA 4M63C 2P9PB 4WQ4A 4MLHA 1GLFO 2FXUA 1K8KA 3CHWA 3LDPA 1SZ2A 1P8ZA 3WQTA 4JNEA 3QDKA 4I6MA 1BUPA 3AAQA 3MN9A 2HMPA 3W0LA 4Z94A 5F0XA 1R59O 3R9PA 3WEEB 3MDQA 4JHDB 5AQNA 5JLHA 2D4WA 2FF6A 3HTVA 3VEXA 3A5LC 3BUZB 3GG4A 2A42A 3O8MA 2QWOA 1U6ZA 4BR2A 3VF2A 5JICA 5AQZA 1EQYA 1HKGA 2P9SB 3VERA 4AM6A 1GLDG 4O8KA 2A40A 1LCUA 2CGKA 4BVPA 4IJAA 3A8YA 3VEYA 4H5WA 4H0OA 3BEXA 5EXWA 3LDLA 4CZFA 4JAXA 3DXKA 2ITMA 3QFUA 1SAZA 4E1JA 1MDUB 3CJ1A 3IUCA 1ZXOA 2Q2RA 3QB0A 4FWLA 1C0GA 4A62A 4CZKA 1QZ5A 2UYTA 3CJCA 3WQUA 2FLOA 1JCEA 1Z05A 5F2RA 2P9PA 3UB5A 1RFQA 2ZGYA 1WOQA 2F9TA 5LJWA 1TUYA 2ASOA 3D2FB 3UKRA 4LC9B 5BN9A 1E4GT 4WQ4C 4BRAA 4PL7A 2E2QA 3VOVA 3HBTA 4H03B 5LY3A 4AM7A 4YDUA 3KVGA 3LM2A 4H0TB 3FZLA 3VEWA 1LOTB 3S41A 3KZBA 4DB3A 4A2AA 3ATVA 3DJCA 3CQYA 4BRFA 2P9KB 5E84A 5B8HA 5F1XA 1T6CA 3P4IA 4DHYA 4L3QA 3C7NB 4FWMA 5AQJA 2V52B 1K8KB 1ATNA 1NWKA 4FO0A 4PKHA 5FPEA 5KPZA 5I9EB 4I6MB 2QWQA 3LDOA 2E8AA 3U9DA 3G25A 5EOYA 5BRFA 3SLCA 1QQNA 2HF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JWKA 4FPAA 3LAKA 1NK4A 3FZFA 3FZMA 4O5BA 1S1XA 2P9IA 4CD1A 1NBWA 1NGHA 2HBJA 1IBKK 3DLGA 3CCSN 3HM8A 4DTMA 3SUPA 3G71N 5KPTA 4FLVA 1HUXA 3LL3A 3TU5A 3VEZA 3MXIA 3I0RA 3L2VA 1VSMA 4KPYA 3M6GA 4DV3K 4CFAA 5AQVA 4CZEA 3C0BA 3SQ2A 4KH4A 2GX9A 3TAMA 5AQGA 4KHUA 2Q1NA 3AVJA 1S1TA 4PY5A 3U8XA 5BR8K 4HWIA 4JS5A 3TANA 3AA3A 3C7NA 3WXJA 5E26A 2GWKA 3H46O 1DGKN 3ISNC 1BIZA 3NGYA 4JI8K 1ATSA 5HBMA 2ZWHA 2Q31A 3O9QA 3OYMA 1Z26A 3KWGA 2NRHA 3ASMA 4OPAA 4XH1A 4WFAL 2YX6A 3QO9A 1MWMA 3QESA 5KTQA 3PX4A 1NJYA 4M3ZA 1N6QA 2YKMA 1RT6A 2QM1A 4QCLA 1HYSA 3H6EA 4CJRA 4FLYA 1HNVA 2LSNA 1VQ8N 1YJ9N 5AQLA 4JI7K 5C0YA 1RBUA 3OYJA 4B3RK 3D7EO 4JI4K 2UUCK 4IJNA 2PYJA 4BRHA 3C6AA 3SAGA 1J5OA 5AQYA 4DR2K 1BI4A 3MN5A 2FSKA 1BISA 4JRQA 4RTFD 1NM1A 4CI6A 4BR7A 3OYDA 4WFNL 2QWLA 2O8BB 1VSHA 4BRLA 4DQRA 4M42A 1RGIA 1NK5A 3U9ZA 3GL1A 5T7BA 4CE9A 4ELVA 4DTJA 3HPOA 2HF3A 3PX0A 4CW7B 3AO5A 3MMVA 1UAXA 3K58A 3BY5A 3V1RA 1W9HA 4BR0A 5AQWA 5BPNA 4RW6A 3QEVA 4ISEA 5AZJB 3PSIA 2CGLA 5GAGP 1CZ9A 2WBNA 4KHPK 4C1NK 2QWPA 4BDYA 3TSQA 4DQIA 4M3UA 3HPHA 4H0XB 3AAPA 4IEEA 3CF5L 4E7LA 1KVAA 2D0PA 3HOSA 1ASWA 4Y0WA 1XQSC 4B1WB 5FLXO 5FPDA 5AQOA 1JLQA 3ZT2A 5GADP 2FBVA 2G8KA 4EHTA 4OPHA 1RCHA 4CF2A 3PSFA 4EZ6A 2WC9A 1L5UA 2HVIA 2QI2A 4CGIA 3SNNA 4LFAK 5JS2A 3K5MA 2OYQA 4BRGA 4ZHRA 2ZF5O 1K73O 1Q86O 2NLXA 3E9OA 1U4BA 3NH1A 1BGXT 3TPQA 3A2FA 4CJSA 1ZYQA 3C6UA 4CFDA 4JD2A 2V7YA 3GBTA 2BE2A 3SK3A 3ZLJA 4JKCA 5EVZA 5SZTA 4IWVA 3SAHA 1QVFM 1TUUA 3D2EA 4DV4K 4CF9A 3FGUA 2B5JA 4FJHA 3NF9A 3O80A 1N5YA 2X78A 1NK6A 1WLJA 4M41A 4EZ9A 1OVYA 2F8SA 4CZLA 3KJVA 3F9MA 3IKMA 5FPNA 3ULEB 3V81A 4H5NA 1GLEG 3SCXA 4FWQA 4HUEA 1TKDA 3EE8A 2KFNA 4F9OA 1Q9YA 4A57A 4DF4A 4OO1J 1VQNN 5JLFA 1QQOA 1FW6A 3HL8A 4F2RA 1H1VA 4DSLA 5TKYA 1ZBFA 1TK5A 3KKRA 3CCRN 4LH4A 3LP1A 4ID1A 3CETA 2ZJRL 1J6ZA 4BC4A 3RRGA 4HVJA 4J2DA 1NGIA 3FE1A 3AGKA 3CM6A 3VGMA 2OTLN 3WNHA 3GE1A 1HNZK 4AILC 2HHUA 4LF6K 5M1FA 3IFRA 3ID6A 1QQMA 3ZT0A 3DXMB 1Y97A 3SMPA 4OKJA 4FK2A 4BVOA 4FJNA 4E19A 4LSNA 3O1WA 4DTSA 2DPNA 2IS3A 1VQMN 1BQNA 4KI4A 4IKFA 1KCFA 1BIUA 4CFBA 1S6QA 3DM2A 4FZYA 1E4FT 4MDBA 1YVNA 4MDAA 1C1BA 2OANA 2Y1JA 5DK5A 1S1UA 4B1ZA 2YHWA 1NMNA 1RDBA 4K41A 3NHGA 5DM7L 2HB5A 2QKKA 2W41A 4DV7K 4HHTA 2O4IA 3M1FA 4Y1CA 1C0MA 4A5BA 4MQ3A 3DLEA 2Q36A 4YOXA 4GW6A 4WQ5C 2ITGA 5KQDA 3THXB 4PWDA 1JL1A 5GINA 3KK3A 3PO5A 3THWA 4DUZK 2PZSA 3L6QA 5CY4A 2ZE2A 1NG9A 3NF6A 4LSLA 5JVGL 1O13A 1YAGA 4FK4A 1VAZA 4GKKK 3U4LA 3NCIA 4YOUA 3D2FA 1KFDA 4KBOA 4E89A 1WSHA 4JKAA 1IG8A 2GELA 3P1GA 5AQFA 2YV0X 4B9NA 1TYQB 4NCGA 3HRGA 1XC3A 3ZSWA 3LAMA 2XY7A 2OZSA 1GLFO 3RVCA 1ZBUA 1QS4A 1ZBIA 4LD0A 2P5GA 1K8KA 4B8CA 3CHWA 3LDPA 1SZ2A 4CERA 1TAQA 2O8DA 4I6MA 1XNRK 3PIPL 2JLEA 3TWHA 4IOXA 5F0XA 1R59O 3WEEB 4M3YA 3VEXA 4K0KK 2HNZA 2A42A 1NOYA 1U6ZA 4BR2A 4JI1K 1FXXA 1NU0A 1FJGK 2OPPA 5JICA 5AQZA 1EQYA 1HKGA 4R5PA 2P9SB 2IAJA 3AVLA 3V6DA 1GLDG 1VK0A 4I9QA 2CGKA 2FBXA 4DLEA 4DTOA 1LWCA 3HK2A 3OJUA 3LDLA 4CZFA 5CZ1A 2D5RA 1VSDA 4C8OA 3VA0A 3QB0A 1C0GA 4A62A 1YTUA 4CZKA 4IBNA 4CCHA 1JLAA 3JAMO 2P9PA 1KD1O 3L2UA 5LJWA 4AHUA 2VWKA 2JWLA 3V1OA 2XO7A 5CR4A 2B4JA 3VOVA 3DLRA 2YNIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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