4FZZA

Exonuclease x in complex with 5' overhanging duplex dna
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*G
total genus 44
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzzA00
3U6FA 3E01A 4DWIA 3U3GA 4Q5VA 2EX3A 1VSLA 4CGHA 4BACA 4OVLA 2Z1HA 3M8QA 1T03A 3HJFA 3KD5E 1HNIA 2VG5A 4ICLA 3VA3A 1NJYA 1L3SA 1WAJA 1JLBA 5CYMA 1KFSA 4GMJB 4CECA 4CFBA 3QIPA 1RT5A 1NK8A 1T05A 3TI0A 1JXEA 3A2FA 4CJ5A 4NYFA 4DQRA 4OKEA 4E1NA 3SQ2A 4KI4A 2OA8A 1CZBA 2YNHA 1N6QA 2ETJA 4RW6A 1TVRA 1NKCA 1U49A 4CGIA 3O3GA 3EY1A 1X9WA 3HK2A 2FBTA 4CJRA 4E3SA 4IG0A 4CF2A 5KTQA 1QSLA 3OYHA 2KFNA 4CEDA 3IRXA 4JRPA 1RT7A 1S9GA 3ZT0A 4DTSA 2OPSA 3V1QA 1SKSA 1KVCA 3PUFA 3S9HA 2ATQA 2LSNA 4ZTFA 1KVBA 1RCHA 3LAMA 4NCGA 4DLGA 2QK9A 3MEGA 4CFCA 3ZSRA 4E7JA 2HHUA 4KTQA 1SL2A 3ZT4A 4F3TA 4FXDA 3ALYA 1HQEA 1CXUA 3AVMA 3HPHA 4AH9A 4DQQA 1NK7A 4LSLA 4KI6A 1C6VA 2DFHA 3FFIA 2P51A 3AV9A 4FJKA 1RBSA 2BGGA 3HPOA 4QOZB 1KLMA 4OGEA 4E7LA 1WSIA 1QQCA 4KTWA 3SV4A 3NGYA 4DFKA 2IGIA 4F8RA 2HHWA 1NJXA 2R7YA 3AVGA 4CGGA 3RMCA 1WSGA 3QIOA 2P5OA 4CK2A 4FK4A 4DTJA 2YV0X 3MXJA 4CEFA 3DOKA 1VSFA 4YFUA 4N47A 1N5YA 3QO9A 3MEDA 4HCBA 4FZZA 1RDDA 4AHUA 3TANA 3IG1A 3OS0A 3SUPA 4CJWA 3NBPA 4DTOA 1ZBLA 3P1GA 5SZTA 1HJRA 1NK6A 4F2RA 1C1AA 3HP9A 2P5GA 3LWLA 4CHQA 4JLHA 1RNHA 4CJVA 4B9UA 4IDKA 4O5BA 4O4GA 4QAGA 5JS2A 4CJ4A 3KKSA 3F73A 3SI6A 1TKDA 1X9SA 2D0BA 1HMVA 3AVIA 2E6LA 1A5XA 3ZT1A 4CJKA 3OYGA 3V6DA 2RN2A 4Y1CA 4KV8A 3VQDA 4CIGA 1IKYA 3NGIA 4JRQA 5J2MA 3RMAA 3S3OA 3B6OA 3LP0A 3D0PA 4ELTA 3HP6A 1BISA 3KJVA 4YNQA 4CEEA 1SKRA 1BGXT 4DMNA 4HVJA 3ZSQA 2Z1IA 4KKOA 1S5JA 3NFAA 3AVAA 4W5QA 1VSEA 4ZHRA 2A1SA 4OGCA 1UWBA 1FK9A 4I7FA 1QTMA 4M3YA 1ZBHA 4AHRA 1LW2A 4KPYA 4F4KA 3SPYA 3SV3A 1JLEA 4J2EA 2D0AA 3V1OA 4E7IA 1EXQA 2E6MA 3WNHA 2FBXA 3KK1A 5HLFA 4Z4CA 1NKEA 2Q3SA 3NF8A 1VRUA 4BDZA 4DTUA 4KHNA 2KZMA 4HCCA 3DLEA 3V9SA 3V9XA 2PYLA 2ZQBA 1S9EA 3SNNA 4DS4A 4MQ3A 3KK2A 3PX6A 4NYNA 1JLQA 1TK8A 2HHXA 3IS9A 1ZBIA 3VQCA 4CIFA 3PX0A 4KHUA 3LWMA 2D0CA 2GUIA 4DTNA 3NAEA 2X74A 1XHXA 5CY4A 4OPKA 3M8SA 1RBVA 4W5NA 1TK5A 2RF2A 3EZ5A 4FZXC 3NE6A 3BDPA 1BHLA 2FBYA 5FRMA 1B9DA 5DK5A 3B6PA 2EHGA 3AVNA 4IFVA 4CJUA 3HSTB 4FLZA 5J2QA 3V81A 3RR7A 3OYFA 4IG3A 3NF9A 1VSMA 3AA5X 4RW7A 4E7KA 1CLQA 4RW9A 4B08A 4OPJA 2QKBA 1KCFA 4CHOA 4FJGA 3ISNC 4CK1A 3QLHA 4FW2A 1EETA 3AVLA 5FDLA 5KGWA 4C8NA 3OYJA 4BDPA 4B9VA 2OZSA 3L3UA 4J2BA 1BQNA 5E41A 3L2VA 3PY8A 4FCYA 1TAUA 1I39A 1REVA 3KLFA 4KB1A 3WNEA 2OPPA 5HBMA 5C42A 4CF8A 1O1WA 3D45A 4DFMA 1WSEA 3QEIA 3DI6A 1J9AA 3C94A 3ZCMA 3AO4A 4M45A 4FW1A 4AHVA 2IS3A 4CGFA 3G0ZA 1XI1A 5KRSA 1XHZA 1RTHA 1U4BA 1KSPA 3L2QA 2VWKA 3F9KA 3IAYA 1JLCA 2F96A 3LZJA 3TAGA 4C8MA 1VSKA 3KLGA 4M3WA 2PY5A 4DSFA 4FK0A 3O4QA 3L8BA 4CHPA 4LY7A 1NJWA 4I2PA 3NF6A 1Z26A 1LV5A 4PY5A 2HVIA 3OJSA 1ZYQA 4W5RA 4FM2A 3ULDA 3NH0A 3TAMA 4J2DA 3ZSVA 4BE2A 4ZTJA 2YNIA 3VQ8A 2JLEA 3OYBA 2P1JA 1ZBUA 4MFBA 2RPIA 2Y1JA 1U45A 2G8VA 2F8SA 3V9ZA 3C95A 1RBTA 3P83D 4B8CA 4B9LA 3KLIA 3AA4A 4H4OA 4CJ3A 1NOYA 4FYDA 2NUBA 1HYSA 1BIZA 2HNYA 4O44A 2XY8A 4GW6A 3RRHA 3ZT3A 4DSEA 4FJXA 4I9LA 1U04A 1WAFA 4KHSA 4H8KA 1KVAA 2YHAA 4CJEA 5J1EA 4CK3A 4W5OA 1ASVA 3AA2A 3KLEA 1IG9A 3ASMA 2YKMA 1A5WA 3JYTA 4KRFA 3AO2A 4O0IA 3K59A 1J5OA 3DRSA 3VN5A 4E19A 1BQMA 5HROA 2GV9A 5HRPA 3SPZA 2PZSA 2IOCA 3OYAA 3NF7A 4BWJA 1CXQA 1Q9YA 3LP1A 1YTAA 3AVFA 5EU7A 2A1RA 3CFPA 1X9MA 2G8HA 3VQ4A 4J2AA 2YHBA 3AO5A 4CGJA 4O55A 1W9HA 1GOBA 4DFJA 3RRGA 1IH7A 3NDKA 4DQPA 3AO3A 3K58A 4M3TA 4BDYA 4LH5A 3TAEA 1TL3A 1HYZA 1HRHA 3KIOA 2VG7A 1T8EA 3MEEA 1S1UA 1TAQA 2ZE2A 5DMRA 1NKBA 4FLWA 1BIUA 4FJHA 4FK2A 2RKIA 4CEQA 4CGDA 2B6AA 4CEZA 5JS1A 4Y1DA 3K2PA 3DLBA 1EP4A 4E89A 1S6QA 1RT4A 2HHQA 1Q8IA 1S1XA 3C6TA 3WNFA 4FJIA 1LAVA 3ZSXA 1FXXA 3DYAA 1NK0A 5KRTA 4DLEA 4LH4A 1J53A 4B9MA 1KFDA 3NHGA 2Z1JA 4ELVA 3VQ7A 3VQEA 4XIUA 3NGZA 2HHTA 4CHNA 4PA1A 3HYFA 2G8FA 4AILC 5J2NA 3CFRA 1X1PA 5CZ2A 3ZSYA 2HVHA 3RWUA 1UOCA 4B9TA 1IKWA 2E4LA 4DG1A 1D9DA 3VA0A 3C6UA 1FKPA 4KREA 2YKNA 4C8OA 4JS5A 1JXBA 1RDCA 4PQUA 2DY4A 3UIQA 1TL1A 4Z0UA 4LD0A 1YVUA 4M41A 4TSXA 4DF8A 3LZIA 5KGXA 1J54A 2F8TA 1QSYA 3VQBA 3LALA 3LP3A 4M3RA 4N56A 3PO5A 4DU3A 3PO4A 2WONA 4Z4HA 3TAFA 3TAQA 4F2SA 2KFZA 1S6PA 4CERA 2KQ2A 1LWCA 2G8UA 4FJNA 1VK0A 4DFPA 1RTIA 4CHZA 4DTMA 1NK5A 2OPQA 4NCBA 3QERA 3AVJA 4NCAA 2BDPA 2YNFA 3OYLA 3T3FA 3OYCA 3I0RA 3KTQA 4HHTA 5FRNA 2DTUA 1C0UA 4E0DA 5SWMA 4M3XA 4CJPA 3AVHA 4KB0A 4DQSA 3DLGA 4O0JA 4OLBA 2Z1GA 4H4MA 1I3AA 3SYZA 3QETA 4FJ7A 3LDSA 4DU4A 3T19A 3L3VA 4CIEA 2ITGA 1BI4A 2XY6A 1R0AA 2G8WA 1HQUA 4FLTA 4RW4A 4HUEA 4RW8A 1RT1A 1QHTA 4DSIA 3I0SA 3NH2A 3K5LA 4DSKA 3K5NA 2DFFA 1G15A 1SL1A 1C0MA 4B9NA 1BCMA 3EYZA 1HNVA 3NCIA 1BCOA 3V9UA 1JLGA 2I5JA 3M8PA 1JKHA 2HNZA 3HM9A 2HMIA 3ZT2A 3AVBA 4CEOA 2OYQA 3HPGA 3L2RA 1WLJA 1WNSA 2QXFA 3V1RA 3KK3A 1UA0A 5C24A 3QEXA 1QSSA 1B92A 3SQ1A 3DMJA 3VQPA 4AHSA 4FLUA 3CYMA 1C0TA 4Z4IA 1WSHA 3DRPA 3QEWA 3V9WA 1ASUA 1FKOA 2X6NA 1LAWA 3HVTA 4CJFA 2YNGA 1U47A 4EZ9A 4JS4A 4KHQA 1VSJA 1GOCA 4ID5A 4FVMA 4Q0BA 4L8RB 4N5SA 3AO1A 1Z25A 2IDOA 3SUQA 3S3MA 4G1QA 1ITGA 1Y97A 1UA1A 4Z4FA 3LP2A 1IKXA 3PV8A 5HP1A 3OYIA 3DRRA 2OZMA 2HB5A 1JL1A 1GOAA 2XY7A 4CF1A 4CJLA 1L3UA 3MECA 1NJZA 3SQ4A 4Z4EA 1S1WA 4CJTA 4FM1A 5CYQA 3OS2A 3MAQA 4I9QA 4CFAA 4QCLA 3OYKA 1EX4A 4EP5A 1TKTA 4K8ZA 1SV5A 1RT2A 4KHYA 5FROA 2X78A 4K8XA 4Z4GA 3QNOA 4E7HA 5I3UA 1WSJA 4FLYA 3TARA 1A5VA 4BE1A 3HO1A 4GVMA 1NK9A 4FJJA 1KLNA 3PX4A 1XC9A 4FJ5A 3ZSOA 1IKVA 3O3FA 2OPRA 4LSNA 1LWEA 1BL3A 4CF9A 4DF4A 3O4NA 3S3NA 1VSIA 4CCHA 1VRTA 4DTXA 1BI4B 3DLKA 4CEBA 4CFDA 3U3YA 3VQAA 3LANA 1KRPA 4C8KA 4I2QA 4EZ6A 4E1MA 4DSLA 4CHYA 3CG7A 4EP4A 4B9SA 4CJQA 4M3ZA 3THVA 1QS4A 3OY9A 1TKZA 4DS5A 1JLAA 1VSDA 3VQ6A 1IO2A 3OYDA 3L2WA 3RMBA 3VQ5A 3MXIA 1SL0A 2PYJA 4BE0A 1HYVA 3VQQA 1RBUA 1UAXA 4FM0A 3RR8A 4AHCA 3DLRA 1U48A 1TGOA 5KI6A 3MXMA 1HPZA 4DQIA 2B5JA 1RILA 2FBVA 4KTZA 3T1AA 3WNGA 3HT3A 2VWJA 2B4JA 3QINA 3TWHA 5T7BA 1K6YA 3DLHA 3NH1A 4FLXA 4N41A 1YTUA 1W0HA 4FJLA 1XWLA 4B8AB 3SQ0A 1DTTA 3SUOA 3CM6A 4OKKA 3JSMA 3AA3A 1RTDA 2G8KA 3OYMA 4F3OA 4IBNA 2GBZA 2JGUA 3QEVA 2HNDA 2O4IA 2KW4A 1LWFA 3HXMA 2Y1IA 4IFYA 2IAJA 1JL2A 1RTJA 1ASWA 2DFEA 3LPTA 3DOLA 2WOMA 4CESA 5HRNA 3KLHA 3L2UA 1C1CA 2XY5A 1TK0A 3O3HA 3CM5A 3V4IA 4ELUA 2O4GA 2HHSA 1RBRA 4DTRA 4KFBA 1F21A 3KKRA 1L3TA 5I42A 1QE1A 2D5RA 2VG6A 4ID1A 1L3VA 1WSFA 1ZBFA 2XO7A 3QNNA 1WN7A 1T7PA 4M3UA 2X6SA 1Q9XA 3DM2A 4OLAA 1CZ9A 3OS1A 1VSHA 4KHWA 2BANA 3SZ2A 4FJ9A 1TV6A 3H08A 1EKEA 5D3GA 3VQ9A 5J2PA 1C1BA 1YT3A 4WE1A 4FLVA 3M8RA 4FZYA 1RT6A 1SUQA 5K14A 1DLOA 1B9FA 4OJRA 2G8IA 4CEAA 4R5PA 1KTQA 4BWMA 4DU1A 2KZZA 3QESA 4FJ8A 3K5OA 2ZD1A 4CJSA 3HVRA 3SJJA 4KAZA 3AVKA 1S1VA 3TAPA 2BE2A 2HHVA 3LPUA 4RG8A 4C8LA 2W42A 1SKWA 4M42A 3QEPA 3RTVA 4HUGA 4HTUA 4AHTA 2KTQA 5HRRA 1S1TA 3P5JA 3K5MA 4PUOA 2AJQA 2FC0A 3ZSWA 1D5AA 3ZSZA 3OJUA 2QKKA 1D8YA 4UQGA 1RT3A 3BGRA 4DTPA 3CFOA 4N76A 3HL8A 3SCXA 3CQ8A 3OYNA 4OKJA 5CZ1A 1NK4A 4W5TA 1L5UA 3OVNA 3KD1E 2IC3A 3LAKA 1TKXA 5HRSA 4PWDA 3OYEA 5C25A 3ITHA 1RDBA 4CF0A 2XRIA 4DSJA 4IKFA 3G10A 1DTQA 1JLFA 3TR8A 3K57A 1D9FA 4FJMA 1NOZA 3TABA 3RMDA 1RDAA 3I8DA 3SUNA 3AVCA 2XHBA 1MU2A 4CE9A 4B3OA 4KO0A 4HUFA 2HW3A 1LW0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DWIA 1VSLA 4IOXA 3RSEB 3HJFA 1HPMA 4H0XB 3CJAA 5IT9O 1NJYA 3G4SN 3FZFA 1KFSA 4GMJB 4CECA 4GV3A 3E9LA 1JXEA 4DQRA 4CJ5A 4NYFA 4OKEA 1GLEG 1CZBA 5C10A 3D2FB 2ETJA 4RW6A 1TVRA 1NKCA 1DEJA 4CGIA 3U4LA 4XH4A 4CJRA 4ISGA 4CBXA 1RT7A 5C2DA 4JI7K 3S9HA 3IKMA 1U6ZA 4C1NK 5EX5A 3ZSRA 4PKIA 3OBYA 3C65A 3CCEN 4FXDA 1CXUA 4E1JA 1JCEA 4KI6A 1C6VA 3CQXA 1RBSA 2BGGA 4QOZB 1KLMA 4H0PA 4KTWA 3H3NO 2IGIA 4F8RA 1RGIA 4QS7A 2R7YA 3RMCA 4BROA 4CK2A 4CEFA 4DQ8A 4HCBA 1VHXA 1XUPO 3O1WA 3FR0A 4AHUA 3TANA 1ESVA 3ZLJA 3NBPA 1ZBLA 1HJRA 2QWQA 3HP9A 2P5GA 3T1YK 4IOCL 3SI6A 3MCAB 1X9SA 3CETA 3AVIA 2E6LA 1A5XA 4KV8A 5J2MA 1KD1O 4IZ9A 3D0PA 4ELTA 2YHXA 4YNQA 5M1QA 1XMOK 4BRCA 1SKRA 1U2VB 4BVPA 4W5QA 5BN8A 1UWBA 1WBDA 4O5FA 4F4KA 3SV3A 1JLEA 3VEOA 4YOUA 5D3GA 1EXQA 2FBXA 3NF8A 4KHNA 4BDZA 3I8BA 1QZ5A 3V9SA 3SNNA 1TK8A 3KK2A 3PX6A 4CZMA 5B8HA 1T6CA 4CZKA 1NWKA 3VQCA 3PX0A 3VMFB 1RDWX 2X74A 1XHXA 1T44A 2O8BA 3CCJN 4OPKA 5AQFA 3EZ5A 5A2QO 1OH8A 3NE6A 1BHLA 2FBYA 1DGKN 5DK5A 3AVNA 2QW9A 3O9QA 2P9UA 4E7KA 4RW9A 1KCFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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