4FZZA

Exonuclease x in complex with 5' overhanging duplex dna
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*G
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 44
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzzA00
1RT3A 4CJRA 1RT5A 2GBZA 3NH1A 1NJZA 2HVHA 3A2FA 3QEXA 3AO1A 4IKFA 4FJXA 1RBUA 3OYHA 4FJKA 4BWMA 1VK0A 3NF7A 1XHZA 4E0DA 5HROA 3NGZA 5EU7A 2LSNA 4PA1A 3NF9A 4CJ4A 4B9TA 3JSMA 1N5YA 2RN2A 4M3WA 1CZ9A 1RDDA 2P5OA 4CK3A 2HNZA 4OKEA 2EHGA 3K2PA 4CIFA 1HNIA 3QIPA 2Z1JA 5J2PA 4B9MA 2YNFA 4E89A 4FZZA 3CFRA 4FM2A 3V6DA 1S1XA 2P51A 2VG5A 2WONA 1UA0A 1FKPA 4M3RA 1ZBHA 2G8KA 3SQ0A 3SCXA 4NYFA 5CYQA 3VQQA 3L2QA 3VA0A 3ZT3A 3WNHA 4QAGA 1D9FA 4CIGA 4LY7A 3L2UA 2O4GA 1LWEA 3OYCA 1LWCA 3JYTA 1LW0A 4DTNA 1TK0A 4DQRA 1NKEA 3K57A 1QS4A 3AA4A 1VSHA 4ID1A 3OYIA 4F4KA 1GOBA 3CFOA 5HRNA 3NH2A 1VSJA 4CF0A 3NCIA 1ASVA 1TKDA 3QLHA 4E7LA 1NK4A 3KLHA 3SQ2A 1RT1A 4ID5A 3ZSOA 2O4IA 5FRNA 4DFJA 4OPKA 4DSIA 4OPJA 1S1TA 4M3YA 3ZSRA 4B8AB 4O4GA 1S6PA 1Z26A 3SPYA 1WSGA 1VSEA 3SV4A 3CM6A 3VQAA 3LP2A 4Z4GA 2KZMA 1EETA 4JLHA 1GOCA 1CZBA 2KFZA 4HVJA 4KI4A 4GW6A 5HP1A 5E41A 3KKRA 2QK9A 1HQEA 1RT6A 1Q9YA 4C8KA 2HHWA 1KTQA 3C95A 3O3HA 2DFFA 3OYNA 1KVCA 4LSNA 4W5TA 4L8RB 3I0RA 1ASWA 1HRHA 3AO4A 4DFPA 2P5GA 3IG1A 3O4QA 4E7IA 2Z1GA 5HLFA 4J2DA 4AHTA 5T7BA 1T03A 1XI1A 4F3OA 4DTRA 2ATQA 1KCFA 3C94A 4E7HA 3S3NA 4CJQA 1B9FA 3AVBA 1WSHA 4KHYA 4M42A 2RKIA 4KHQA 3OS1A 3TANA 1VSDA 2FC0A 2Z1IA 3KK1A 3MXIA 3OJSA 2IGIA 5J2MA 2D5RA 2I5JA 3TAGA 3OYJA 3AO5A 3V81A 1JLGA 1WAFA 3DOLA 3OYKA 1S1UA 3RWUA 1TL3A 2YV0X 3EY1A 3MEDA 3VQDA 2KZZA 1QE1A 3VQ5A 4CGDA 3V9ZA 1RTDA 4FJ8A 1Q8IA 5J1EA 3PX0A 1R0AA 4M3ZA 3O4NA 4IG3A 1KSPA 1HPZA 3CQ8A 2F8SA 4B9UA 2DY4A 3P5JA 3AVFA 3THVA 1C0UA 2HNDA 2BDPA 2QKKA 4FLTA 5K14A 4CJ5A 1RBTA 3NFAA 4CK1A 5C42A 3NH0A 4CJ3A 3F73A 1XHXA 1J54A 1U04A 3P83D 4OKKA 4CFAA 3T1AA 4EP4A 4B9LA 2FBXA 3WNGA 2HHTA 1IKWA 1VSKA 3HVTA 3HPGA 1JKHA 1IH7A 2OPSA 2X6SA 4CESA 1BI4B 1YTAA 2YNHA 4HUEA 5HRRA 1X9MA 1SV5A 1F21A 4FVMA 4OVLA 4DG1A 1UWBA 1J9AA 2RF2A 3DLEA 3TAPA 2OPPA 3AVHA 4FLUA 4CGJA 4CJSA 4CHZA 5FDLA 1NK9A 1I39A 3G10A 2JGUA 1SKWA 1BQMA 1DLOA 3IAYA 1REVA 4KTZA 4DSFA 1S6QA 3QEVA 1HYVA 3I0SA 4FLZA 3NDKA 4CGGA 3D0PA 3LZJA 3DLKA 4FJHA 2XHBA 2IDOA 2QKBA 4BACA 4EZ9A 4FK4A 1HYSA 3HXMA 1BIZA 4FZYA 1RILA 1C0TA 3WNFA 1RT7A 4DTOA 2RPIA 4K8XA 5J2NA 3DLBA 2YKMA 3AVMA 3ALYA 4ICLA 3K58A 2B6AA 3L3VA 3NE6A 1I3AA 3QEPA 3SPZA 4KHNA 1EXQA 1ZYQA 1YTUA 2KW4A 3AVNA 2G8WA 1BCOA 3QINA 4RW7A 5KRTA 4N76A 3IS9A 5FRMA 1LV5A 4IG0A 5CZ2A 3QNOA 4CK2A 4B3OA 3KK2A 3O3FA 1KLNA 4FW2A 1MU2A 2YHAA 1QSYA 1U4BA 1RTJA 4F2RA 4Z4FA 3RRHA 4WE1A 3V1QA 1SUQA 4CJWA 3ISNC 4CFBA 4E19A 1BL3A 1ZBLA 3ZSQA 4CEDA 4AHVA 4FJNA 1NKBA 3MEEA 4LSLA 1NK6A 4H4OA 3QO9A 4FJ9A 2Y1JA 1KVBA 3HT3A 1ZBIA 3KLFA 4PY5A 3NF6A 3VQBA 4B8CA 3SJJA 5I42A 4KKOA 4RW4A 4CJUA 3QERA 1NJYA 1RDBA 5J2QA 5HRSA 3OS0A 3HP6A 2YNGA 3KD5E 2ZD1A 4FYDA 1IKXA 1GOAA 4CJVA 4FJMA 4CF8A 4YFUA 2GV9A 1IKYA 4BWJA 2NUBA 4H8KA 4CEBA 2FBYA 4DMNA 3TAEA 4I9LA 3VQPA 3V9SA 4BE2A 4FJ7A 3OVNA 3RMAA 3KJVA 3BDPA 4FM1A 4XIUA 1T8EA 2E6LA 1QSLA 1BQNA 1UOCA 1U45A 4Q0BA 2EX3A 3VQEA 2AJQA 4KV8A 3AVAA 1SL1A 2XO7A 4KHWA 3LP0A 1SKSA 4AHSA 4FJGA 5JS2A 4DLGA 2XY5A 1TKXA 1HYZA 2PY5A 3NGYA 4ZTFA 3HPOA 1WSEA 1HNVA 4HUGA 4DLEA 4DTJA 4CGIA 1EX4A 1JL1A 1JLQA 4MQ3A 3ULDA 4HCBA 3OYLA 1RTIA 4DQSA 3VQ7A 1ITGA 4H4MA 1A5XA 3U6FA 2OZSA 3OYEA 4ELVA 2X74A 5SZTA 4M3XA 4OJRA 3HM9A 1U49A 3KLIA 4K8ZA 1RNHA 4FCYA 3AA2A 1L5UA 5CY4A 2D0CA 5KGWA 3AO2A 4DFMA 3OJUA 1S5JA 1RBVA 2G8UA 3RR7A 2HW3A 1JXEA 2HHSA 4DTXA 1DTTA 3DMJA 4AHUA 4FM0A 4FJIA 1JL2A 4GVMA 2HHQA 4NCGA 1NK0A 1RBRA 3AA5X 4Z4HA 5KRSA 4ELUA 4O44A 4CF9A 2KFNA 3K59A 3ZSYA 4ZHRA 4BE0A 1LWFA 4I2PA 3SUPA 4N47A 3C6TA 3LALA 3ZCMA 1ASUA 1JXBA 3IRXA 4Y1DA 2PYJA 1QTMA 4LH5A 1C0MA 3PV8A 4KB1A 3QETA 1RBSA 1CLQA 1S1VA 3VQ4A 4FLWA 2W42A 4PQUA 4OKJA 4CJPA 4B9VA 1T05A 1RDCA 1WLJA 3PO4A 3EYZA 4EP5A 1BCMA 4C8LA 3SYZA 1X9SA 3TARA 1KFSA 1IG9A 4CJLA 4DS4A 3CFPA 4DTUA 1QSSA 2HHVA 2DTUA 4CIEA 3KK3A 3TABA 1FXXA 1C1BA 4Z4EA 4RW8A 1WAJA 3QEIA 2HHXA 3O3GA 1NOYA 3CM5A 4RW9A 3KKSA 2YHBA 4HTUA 1SL0A 2PYLA 1LW2A 3ZT1A 3AVLA 4AHRA 1U47A 3VN5A 4F8RA 4J2EA 3V4IA 1YT3A 3LAKA 4NCBA 4OLAA 3RR8A 4E3SA 2XRIA 4E1NA 4DFKA 1SL2A 5HRPA 4W5RA 4FLYA 1HMVA 4BDZA 5SWMA 4CHOA 3OYFA 4CHQA 3HVRA 1EP4A 1ZBUA 1WSFA 3DLHA 1W0HA 1KFDA 4DQPA 4J2BA 2XY6A 2YNIA 2IAJA 1Z25A 3DLRA 3MECA 4KTQA 3RMCA 1K6YA 2ETJA 4FLXA 3U3YA 3PX4A 2VG6A 3K5MA 3QEWA 4CERA 4RW6A 2B4JA 1TKTA 3RRGA 3HJFA 3LPTA 3SUQA 1QQCA 1HQUA 1XC9A 4FW1A 1TAUA 2BE2A 3U3GA 3F9KA 1KRPA 3PY8A 1TAQA 4KHSA 2G8HA 3MXMA 2PZSA 1UA1A 1VSIA 4CF2A 3SV3A 4DU3A 4I9QA 3WNEA 3D45A 1S9EA 4E1MA 4QCLA 1TV6A 3SZ2A 1ZBFA 3LP3A 3TAFA 3KIOA 2IS3A 3OYDA 1BISA 1C6VA 1WSJA 2A1SA 1YVUA 2QXFA 4DF4A 2BGGA 1LAWA 2KQ2A 4E7KA 2OPRA 4FZXC 3NF8A 2XY7A 3DRSA 1C1AA 4NCAA 3OS2A 3KLGA 2XY8A 2Q3SA 3C6UA 3K5LA 1X9WA 1VRUA 3L2VA 4GMJB 4B9NA 3RTVA 1JLBA 2Y1IA 2P1JA 4DTSA 4DQIA 3MAQA 3S3MA 1Q9XA 5KTQA 4Z0UA 4HCCA 2D0BA 4QOZB 1JLFA 3L2RA 4JS5A 4OGEA 1RT2A 3B6OA 4I7FA 1J53A 3TR8A 3OYBA 5I3UA 1NKCA 3VQ6A 1L3VA 4Y1CA 4UQGA 4O0IA 1SKRA 3AV9A 3OYAA 4FJLA 3SNNA 1VSMA 3L8BA 3AA3A 4M41A 1IKVA 1U48A 1TGOA 3NBPA 4O5BA 1NK7A 4CE9A 3KTQA 2OYQA 3FFIA 2F96A 2ZQBA 3OYGA 3LWLA 3PO5A 4C8NA 4CEAA 3ZT0A 4CFDA 4MFBA 3HL8A 1D8YA 4ELTA 3DOKA 5C24A 4OLBA 4CEFA 2F8TA 1N6QA 3LZIA 3VA3A 1S1WA 4KPYA 2HNYA 1HJRA 3M8SA 1J5OA 3TWHA 3LP1A 2IC3A 2GUIA 1BHLA 3NHGA 4DTPA 1IO2A 3NGIA 4CEZA 1VRTA 1NK5A 1D5AA 2OA8A 2JLEA 3QIOA 2X6NA 3V1RA 4PUOA 1C1CA 4N41A 3M8RA 4FK0A 1TVRA 2FBVA 3M8PA 3PX6A 4CF1A 4BE1A 1T7PA 4CHPA 3BGRA 3AO3A 1WNSA 4CHYA 4HHTA 1L3TA 2HVIA 1FK9A 5KGXA 4CGHA 1S9GA 4DWIA 4E7JA 4CEEA 4OGCA 4B08A 3L2WA 2A1RA 2R7YA 4FJJA 3AVKA 3UIQA 3DM2A 3P1GA 3DRPA 4ZTJA 1XWLA 4JRPA 3LWMA 3S9HA 2G8VA 4W5NA 1JLCA 2IOCA 3TAQA 3ZSXA 4DSLA 1A5WA 4G1QA 4W5QA 2VG7A 1B9DA 4TSXA 1TK5A 4C8MA 1G15A 3EZ5A 4DSKA 2WOMA 2HHUA 2B5JA 3MXJA 3RMBA 1WN7A 1RTHA 4CJKA 4N56A 1L3SA 1BI4A 4M3UA 2YKNA 3CG7A 5DMRA 5JS1A 1EKEA 3V9XA 3M8QA 3TAMA 3QNNA 5D3GA 3ZSZA 1TKZA 3V9WA 4C8OA 4FJ5A 5DK5A 1X1PA 3I8DA 2HB5A 3K5NA 3LPUA 3E01A 4DU1A 3AVJA 4IDKA 4LD0A 3TI0A 2X78A 3DLGA 3HYFA 1Y97A 3SQ1A 1RCHA 4DQQA 2KTQA 1NK8A 3PUFA 1FKOA 2FBTA 4JRQA 1D9DA 5HBMA 2G8IA 4F3TA 3HSTB 4O0JA 4CECA 4KAZA 3ZSWA 4M3TA 3VQ9A 4BDYA 4IBNA 4DSJA 4DTMA 3LAMA 2BANA 4AH9A 4JS4A 3QESA 3ZT4A 4DS5A 4Q5VA 3LANA 4J2AA 1JLEA 2OPQA 5CZ1A 5FROA 4M45A 2OZMA 3KD1E 4CJEA 4FK2A 4DSEA 3B6PA 3AVCA 3AVIA 1NOZA 4DF8A 3G0ZA 4KFBA 3SQ4A 1B92A 1DTQA 4O55A 3VQCA 4NYNA 2ITGA 1BGXT 4KI6A 3SUNA 4FXDA 1RDAA 1NJWA 4B9SA 3SUOA 1BIUA 4KHUA 2ZE2A 3OY9A 4F2SA 3T19A 4CCHA 2G8FA 3VQ8A 3HP9A 3RMDA 1JLAA 3ZT2A 4CJTA 4I2QA 4CFCA 1RT4A 5KI6A 2VWKA 2D0AA 1KLMA 1CXUA 1L3UA 3HO1A 4BDPA 2HMIA 1A5VA 4CHNA 3S3OA 4KTWA 5CYMA 3CYMA 2VWJA 4AILC 1LAVA 4EZ6A 1CXQA 4AHCA 4DU4A 1QHTA 3ITHA 3HPHA 4KO0A 3V1OA 4R5PA 3NAEA 4Z4IA 1O1WA 3K5OA 3T3FA 4CEOA 1VSFA 3L3UA 1NJXA 3H08A 3LDSA 4N5SA 4IFVA 3DYAA 4HUFA 4IFYA 4LH4A 1WSIA 2E6MA 4KB0A 4PWDA 3ASMA 2Z1HA 3ZSVA 3KLEA 4KREA 3OYMA 4CEQA 2DFEA 1KVAA 3V9UA 3MEGA 3AVGA 5C25A 1VSLA 4CJFA 4KRFA 4CGFA 1UAXA 3DRRA 1TL1A 4Z4CA 3DI6A 4W5OA 2DFHA 1W9HA 4FLVA 3SI6A 3HK2A 1TK8A 4YNQA 2E4LA 4RG8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RT5A 1EQYA 3ZETA 4IKFA 1BO5O 3H3NO 5EU7A 4PA1A 3OBWA 3QFPA 1U2VB 4BVOA 2P5OA 2GWKA 2HNZA 5J2PA 4B9MA 4FZZA 4E89A 4FM2A 1HX1A 4F9OA 3SCXA 5CYQA 2HBKA 3VQQA 1D9FA 2O4GA 2BUPA 5M1NA 4DTNA 3D2FB 3K57A 5C2FA 5HRNA 3NCIA 1VSJA 1NGFA 1HKGA 1TKDA 4EAHD 3CCEN 3QLHA 3KLHA 1RT1A 4IFEA 4FWKA 4B9QA 4JI0K 4OPJA 3EKUA 2HHHK 4CZGA 3F5TA 3ZSRA 3O9QA 1S6PA 1Z26A 3SPYA 4FPBA 4Z4GA 2KZMA 1EETA 2O8EB 4BRKA 3KKRA 1HKCA 5AQWA 3MX2A 4C8KA 1KTQA 3C95A 1NBWA 3P38A 5AQXA 4H0YB 3I0RA 3WXLA 1ASWA 4YDUC 3O4QA 3THWB 4J2DA 2NZTA 3VEOA 1XI1A 4F3OA 5AZIB 3WQUA 3CC2N 4DKWA 5A2QO 3S3NA 4BRFA 2W41A 4M42A 3H1QA 2D0OA 2E8AA 4KHQA 2IVNA 3MXIA 2IGIA 5J2MA 2D5RA 2I5JA 3TAGA 3V81A 1JLGA 3VQDA 2IIRA 3VQ5A 4CGDA 3SK3A 3V9ZA 3O4NA 3ENOA 1KQSM 1HNWK 4JKGB 4FLTA 4NLBA 3HOSA 3QICA 5F1XA 3NFAA 4YORA 3NH0A 3F73A 5DM6L 5C15A 4B9LA 1WBDA 3OTOK 4YDUA 3HVTA 4GY2B 3VEYA 5CR4A 3AGKA 4CESA 4O8UA 5HRRA 1X9MA 1SV5A 4FVMA 5JVHL 3I8BA 2RF2A 1C0FA 4WYBA 4CHZA 1KAYA 2E2QA 2P9LA 4KTZA 3N4PA 1S6QA 4B1ZA 4FLZA 3NDKA 4H0PA 4AQYK 5GINA 3D0PA 1BG3A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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