4E19A

Crystal structure of rnase h1 from halophilic archaeon halobacterium salinarum nrc-1
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
GGRVHAYFDGASRGNPGPAAVGWVLVSGDGGIVAEGGDTIGRATNNQAEYDALIAALEAAADFGFDDIELRGDSQLVEKQLTGAWDTNDPDLRRKRVRARELLTGFDDWSITHVPRATNERADALANEALDDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of RNase H1 from halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1
rcsb
molecule keywords ribonuclease H1
molecule tags Hydrolase
source organism Halobacterium salinarium
total genus 49
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e19A00
3V1QA 2F8SA 4CGDA 3HPOA 4F8RA 4CF9A 3LP2A 4CGFA 1TK5A 4CIFA 3PX6A 4FM1A 3UIQA 3HSTB 3I0RA 1QHTA 1BI4A 3AA4A 3RWUA 4F2RA 4B08A 4HHTA 1EKEA 5FDLA 4DTRA 3LP3A 4B9UA 4CHOA 3NHGA 4KKOA 4B3OA 3VQBA 1SV5A 1HNVA 4DLEA 3V9UA 5SWMA 3TABA 4OGCA 3WNEA 3HYFA 2XRIA 3MEDA 1BQMA 3VQCA 4EZ6A 4FLYA 4Z4FA 3DM2A 4YFUA 1IKWA 3O3FA 1RT4A 4F3TA 3V1OA 1RDBA 2G8VA 2GBZA 4CK1A 2OPPA 3SCXA 4B9VA 3OS2A 3AVKA 4H4OA 3OYIA 3OYLA 3D45A 1D9FA 4BWMA 4W5TA 3QNOA 4Y1CA 1L3VA 3ZSZA 2RF2A 2YHBA 1C0MA 3QEVA 2JGUA 4FZZA 1Q8IA 3PX0A 4DQIA 1LWFA 3AVFA 4CJ4A 4DMNA 4BE1A 1B9FA 3CFPA 3M8SA 4E7HA 2P5GA 3KLEA 1RTHA 3QLHA 2X78A 1RBUA 4CJUA 4BWJA 2HHXA 3A2FA 4Z4EA 4DSKA 3VA0A 3KD5E 2XY5A 2WONA 2I5JA 1W9HA 4CK3A 3QETA 3SQ4A 4ZTFA 4KTQA 4KHWA 4PQUA 2DTUA 4E1NA 4NCGA 4CJKA 1RT5A 3G10A 1KVAA 3LANA 4FW1A 1KFSA 2PZSA 3V1RA 4CERA 4F3OA 3QIOA 3TARA 1CXUA 1WAFA 4FJHA 4CJFA 2FBXA 2HHTA 2FBYA 3TAPA 4I9LA 1UAXA 4OPJA 3V4IA 4Z4HA 3S3MA 1IKXA 3NGZA 4E1MA 2G8FA 4EP4A 3AVLA 1VSDA 3IG1A 4HUGA 3HJFA 1U04A 4DQQA 1WSGA 1C0UA 3KK3A 1WSJA 4DTJA 3DLBA 1LW2A 1D5AA 3KLFA 5D3GA 4B8AB 4KPYA 2KTQA 3ZT4A 2DFHA 2YHAA 1KSPA 3FFIA 1ITGA 4FLZA 4RW6A 3ZSXA 4ID1A 3JYTA 1J9AA 3KK1A 4M3RA 3K5MA 3K59A 1ZBFA 3RMBA 1ZYQA 5HROA 1L5UA 1ZBHA 4BE0A 1NOYA 2KFZA 3HP9A 1NK7A 4DSIA 1TL3A 3SYZA 3RMAA 3AA2A 3NCIA 1D8YA 5CYQA 3C6TA 2XY6A 3OJSA 2P1JA 4KB0A 4CFDA 1L3TA 1RDDA 2E6LA 4QAGA 3VQ8A 2B6AA 2X6SA 2YNHA 2D0BA 1NK4A 3NH2A 4CGIA 3NFAA 1C6VA 4JLHA 1UA0A 3OYEA 2DY4A 4FXDA 4CHPA 4W5NA 3NBPA 4AHVA 1RT1A 1GOAA 3PV8A 1WSEA 3KJVA 1JLGA 3M8RA 4M42A 3AVJA 1JLQA 2PYLA 2PYJA 4CHZA 1RDAA 3IAYA 4DG1A 4GMJB 3OYHA 2E4LA 3C6UA 2BGGA 4IG0A 5CY4A 3SUPA 1IG9A 4GW6A 2YKMA 1IO2A 4DFJA 1BIZA 3L2WA 3QINA 1LAWA 3LDSA 5J2PA 1S1WA 3ZT2A 3U6FA 4CIEA 4KFBA 3OYCA 4DF8A 1S1XA 4E7JA 4KREA 3L2RA 1NKEA 1VSLA 4JRPA 1QE1A 3HL8A 3ISNC 2YV0X 1HYVA 3ASMA 3DRPA 4N5SA 3I8DA 3ZT0A 4XIUA 3L2UA 2HMIA 2HHQA 4DFPA 1TL1A 1O1WA 1KVBA 4AHUA 1WN7A 5HRRA 4DSFA 3KLGA 4FLUA 3SPYA 1T05A 1QSYA 4F2SA 3HM9A 4R5PA 1YTAA 4DS5A 4HVJA 4FZXC 3M8QA 4CHNA 4CJPA 4LD0A 1TAQA 3B6PA 5HLFA 1HYZA 1S1UA 4I7FA 3EYZA 3AVAA 1N6QA 3HP6A 4DFKA 2ZE2A 3V9SA 4UQGA 3VN5A 4NYFA 3L2VA 4KB1A 1S9EA 3NGYA 4AHTA 1TK8A 3BGRA 2IC3A 3K5OA 3S9HA 4DTPA 2BANA 3H08A 3NF9A 1YTUA 1VSFA 3TAFA 1B92A 1LWCA 2FBTA 4DU4A 1SL0A 1NK6A 3O3HA 1SUQA 5DK5A 1KRPA 1B9DA 4CF0A 4CJEA 4CF2A 2VWJA 2KFNA 1HQUA 3QEPA 1CZ9A 2IAJA 1A5XA 3AV9A 4N47A 4FJ7A 1KFDA 1FKOA 3DLRA 3ULDA 2ETJA 3MXJA 1JXBA 3KLHA 4I9QA 1JXEA 3B6OA 1EXQA 1CXQA 1I39A 3MAQA 4KTZA 3KKRA 1WSIA 4OKEA 5C25A 4CESA 1X9MA 3TI0A 2AJQA 4OJRA 4JS4A 3RMDA 4M3ZA 3T1AA 5I3UA 3LALA 2G8KA 1LW0A 1N5YA 5CZ1A 3DLHA 4L8RB 4TSXA 4CIGA 1MU2A 1RDCA 4W5QA 3AVHA 1X1PA 4RW4A 3KD1E 3KK2A 1VSHA 3NF8A 4ELTA 4OGEA 3CYMA 1SL1A 2HVHA 2OPRA 1YVUA 2OPQA 2Z1IA 4CEEA 3OS0A 2XY8A 2Z1GA 1WSFA 3DRSA 3K58A 4K8XA 3NF7A 3SJJA 2FBVA 4O0JA 1TKXA 4CFAA 3DI6A 4DTSA 4ELUA 2RKIA 4E3SA 4KO0A 3BDPA 5JS2A 2HHUA 1BCMA 1IKVA 4O55A 2HB5A 3O4NA 3U3GA 3QESA 3U3YA 3PX4A 2O4IA 2HHSA 4IKFA 4MQ3A 1JLEA 1VSMA 4WE1A 4YNQA 4DTMA 4OKKA 3MEGA 4EZ9A 5HBMA 3C94A 3LWMA 3LPTA 3LZIA 4O4GA 3AVBA 3LAKA 3HT3A 4B9SA 2HHVA 3HPGA 4J2AA 1XWLA 1SKWA 3AO2A 3L3VA 4N76A 1ZBIA 2XO7A 4BE2A 4IFYA 2OYQA 3ZSOA 4DSJA 4E7LA 4DFMA 1RBVA 2OZMA 1BI4B 3AA5X 4AILC 1KLNA 1L3SA 3T19A 4E0DA 1LWEA 3NH0A 1VSJA 3CG7A 4K8ZA 4KRFA 3QO9A 1RBTA 3DYAA 3KKSA 3RRGA 4KHSA 1KTQA 2HHWA 4DWIA 3DOKA 4DTXA 3D0PA 4E89A 3PO4A 2OZSA 1HNIA 4LSNA 3MXMA 1T7PA 4FJ8A 4KHUA 4CJRA 4BDPA 2KZMA 5KRTA 1Y97A 1JLAA 4O5BA 1DLOA 4ZTJA 2OA8A 4HUEA 1KVCA 5DMRA 4CEDA 5K14A 1U49A 3VA3A 4CEOA 1WAJA 1J54A 3P83D 2A1SA 3VQQA 5J2QA 2ZD1A 3ZSYA 4LSLA 2XHBA 2G8UA 4NCAA 4CF1A 3VQDA 2X6NA 4IG3A 2YNIA 1CLQA 3RTVA 5HRNA 4Q0BA 2WOMA 1C0TA 1TAUA 4H8KA 3L3UA 4FK4A 1NK0A 3I0SA 3IRXA 3WNFA 1J53A 2YKNA 2A1RA 4B9LA 4CHQA 4C8KA 1Q9YA 4Z0UA 3OVNA 1GOCA 3QIPA 4RW7A 3PUFA 3O3GA 3CQ8A 3V9WA 3TAQA 4CJ3A 3AO1A 4QOZB 3ZSRA 3VQ5A 2PY5A 4FJ5A 3OYAA 1NK5A 4DQSA 3S3OA 1NK8A 1JL2A 4CK2A 5FRNA 2QKBA 1JLCA 3QNNA 4AHRA 1U4BA 3CFRA 4Z4CA 2G8HA 3TAGA 2QXFA 2IS3A 1EX4A 1S6PA 1Z25A 3WNHA 4FYDA 3K2PA 3E01A 4KHQA 2GV9A 4ID5A 2YNGA 1NJXA 3NE6A 2D5RA 1S5JA 1S6QA 1A5VA 3ITHA 4CEZA 2EHGA 3S3NA 1SKRA 4DSLA 3K5LA 4KHYA 4Z4GA 4FLVA 1RTJA 4CCHA 5I42A 4E7KA 3KIOA 3SI6A 5EU7A 3ZSQA 2XY7A 3MEEA 1HYSA 4Z4IA 4OKJA 4M3UA 2VG7A 3VQ4A 4DTOA 4CJSA 4FK2A 4FJLA 5CYMA 1HPZA 4CEBA 3V9XA 4M3WA 1QSLA 1T8EA 5FRMA 1RT7A 4C8OA 1XC9A 1KCFA 3AA3A 3RMCA 1IH7A 3AO3A 1X9SA 1RBRA 4M41A 5J2MA 1QTMA 4ICLA 3LPUA 4OVLA 4CGJA 4CJTA 4CHYA 5E41A 1C1CA 1A5WA 1ASVA 1Z26A 4BACA 3RR7A 3KLIA 5J1EA 4F4KA 1REVA 3HK2A 4B9NA 4AHCA 4FVMA 4B9MA 4CJVA 3HPHA 5C42A 1GOBA 3NGIA 3ZT1A 2IGIA 4FW2A 4NYNA 4B8CA 4CJWA 4FCYA 3SV3A 2FC0A 3K5NA 3OYBA 1HJRA 4LY7A 5C24A 4AH9A 4FM2A 4CE9A 3SUOA 1ZBLA 3EY1A 1I3AA 4BDYA 3SV4A 3SQ0A 2KQ2A 3HVTA 1RT2A 4C8MA 2ATQA 3SNNA 5KGWA 2HVIA 5KI6A 4CEAA 3RRHA 3ZSWA 1NJWA 2VWKA 1VSEA 3SUNA 3HVRA 3OY9A 2Y1JA 4FZYA 1UOCA 3ZSVA 4CF8A 4J2EA 3NF6A 1YT3A 4M3XA 2KW4A 3PY8A 3ALYA 3F9KA 2F96A 4O0IA 4NCBA 3SZ2A 4E7IA 3SQ2A 1JKHA 1XHXA 1ASUA 3OS1A 3NAEA 3T3FA 3ZT3A 4FJNA 4B9TA 4M3TA 4DF4A 2P5OA 1FKPA 1ASWA 2F8TA 1KLMA 1RTDA 2QKKA 3DLGA 2B5JA 3VQ7A 4FJXA 1T03A 5KTQA 4GVMA 3LAMA 4O44A 3CM6A 4CGGA 4CJLA 4QCLA 1XHZA 1SKSA 2Q3SA 1JLFA 3K57A 4ZHRA 5KRSA 3ZCMA 1BL3A 3LP0A 4FJKA 5JS1A 4KTWA 3V81A 1QQCA 1ZBUA 3DMJA 1TK0A 1U45A 3M8PA 3TAMA 4FJIA 5J2NA 4I2PA 4RG8A 3LZJA 1DTTA 1S9GA 1HRHA 2YNFA 4CFCA 2BE2A 1X9WA 3IS9A 3V6DA 4CEFA 2VG5A 5SZTA 4HTUA 1NKCA 3SQ1A 1UWBA 4PUOA 3QEWA 1U48A 3AVMA 1TVRA 4DQRA 1G15A 2HNZA 1J5OA 5CZ2A 3O4QA 4CEQA 3V9ZA 4HUFA 3VQEA 2Z1HA 1W0HA 2W42A 2RPIA 4M45A 4DS4A 4HCCA 3QEIA 4PY5A 1NJZA 4C8NA 4Q5VA 2IDOA 1DTQA 3NH1A 4DTUA 1SL2A 3VQ9A 3SUQA 1VRUA 4J2BA 1NK9A 2G8WA 1TKTA 5KGXA 3OJUA 2D0AA 2Y1IA 4CGHA 3DLEA 1K6YA 3NDKA 3HO1A 3DRRA 3OYDA 2NUBA 3HXMA 1HQEA 1RCHA 1VK0A 1R0AA 2BDPA 3CFOA 4G1QA 4N56A 3F73A 3RR8A 1D9DA 3OYMA 3L8BA 1FK9A 1FXXA 1QSSA 1NJYA 4KHNA 3WNGA 2P51A 4N41A 1U47A 3MXIA 1C1AA 1EETA 1RNHA 3OYNA 1BIUA 1VRTA 4DU1A 4KI4A 1RT6A 1TGOA 3SPZA 3THVA 1S1TA 2DFFA 3OYKA 4PA1A 4CFBA 1RILA 1VSKA 4BDZA 4DTNA 4EP5A 3C95A 2DFEA 4FJJA 3QEXA 2E6MA 2RN2A 3TWHA 4FJGA 4M3YA 2IOCA 2X74A 3EZ5A 1UA1A 4OLAA 1F21A 2JLEA 2ZQBA 4FLTA 1TV6A 3OYFA 2EX3A 1RTIA 4OPKA 4OLBA 4W5OA 4DQPA 4FK0A 4RW9A 3JSMA 2QK9A 3MECA 3P5JA 1LV5A 1Q9XA 4DLGA 4MFBA 2VG6A 3AO4A 3VQAA 3TR8A 4CJQA 4W5RA 1BISA 4C8LA 2O4GA 1TKDA 2KZZA 4FJ9A 1NKBA 3OYJA 1JLBA 4IFVA 4Y1DA 1NOZA 1VSIA 1RBSA 1BGXT 1QS4A 2HNDA 3VQPA 4J2DA 5HP1A 4JRQA 3QERA 1BCOA 5HRSA 3G0ZA 4CJ5A 1EP4A 4AHSA 4DSEA 1WSHA 2Z1JA 2HW3A 2D0CA 4I2QA 4LH4A 3PO5A 4KAZA 4FM0A 3DOLA 3KTQA 5FROA 5T7BA 4KI6A 4CECA 1C1BA 2GUIA 1S1VA 2LSNA 3AO5A 3AVGA 3AVNA 2OPSA 2R7YA 3TANA 2HNYA 4LH5A 4IBNA 4E19A 1IKYA 3TAEA 2ITGA 4HCBA 3LWLA 1RT3A 1TKZA 3VQ6A 4PWDA 3AVIA 1CZBA 4FJMA 3CM5A 1WNSA 2B4JA 1XI1A 2G8IA 4FLWA 5HRPA 3L2QA 1L3UA 1BHLA 4ELVA 4JS5A 4KV8A 3OYGA 3AVCA 1BQNA 1HMVA 1LAVA 3LP1A 3P1GA 4FLXA 3DLKA 4H4MA 4DU3A 1WLJA 4IDKA 1JL1A 4RW8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGDA 1BI4A 3AA4A 3O4WA 4F2RA 1NGDA 1MWMA 4CHOA 4GV3A 1HNVA 2P9LB 2OTLN 3AARA 2XRIA 3MEDA 4EZ6A 3UKRA 5M1QA 4F3TA 4LF6K 4H4OA 3OYIA 3OYLA 3NMUA 1D9FA 3K9KA 4W5TA 2VGNA 2YHBA 1GLLO 1VQ5N 1B9FA 2HHXA 1RBUA 4BWJA 5AQPA 3RSEB 2XY5A 5JLHA 3PSFA 1W9HA 2UUBK 4E1NA 4NCGA 4JI2K 4O8KA 4F3OA 4FJHA 2FBXA 2HHTA 4G9ZA 4I9LA 3THYA 4Z4HA 3C7NA 4EP4A 4WF9L 4B3SK 2QWNA 4B9QA 3KLFA 5D3GA 4B8AB 3I33A 2DFHA 3ZT4A 3H3OB 3ZSXA 4ID1A 1NMDA 3HBTA 3VF2A 4ILJA 3HP9A 2W6KA 3DXMB 3AA2A 4LF4K 3NCIA 5CYQA 1Z05A 3OJSA 3DAWA 3ZX3A 5AQRA 2D0BA 3NH2A 4JLHA 5AQQA 1UA0A 3OYEA 4W5NA 2ASPA 3TSPA 3NBPA 3PV8A 1JLGA 2O8FB 2PYLA 3IAYA 4PHTX 4GV6A 2BGGA 5CY4A 4JI4K 2YKMA 1OKJA 1LAWA 3R8EA 1S1WA 4KREA 4JI0K 3C6AA 3HL8A 5GAEP 1C0GA 2P9LA 2QW9A 1HYVA 3L2UA 2GWJA 1U6ZA 4AHUA 4B3OA 1QSYA 5AQSA 2PAVA 4CHNA 4CJPA 1HYZA 2ZJRL 1GLBG 4DFKA 2PFUA 3VN5A 4NYFA 4KB1A 3NGYA 2YHXA 3BGRA 1NGFA 2IC3A 3H08A 3LM9A 3MCAB 1VSFA 3TAFA 1B92A 1LWCA 2FBTA 1NK6A 4PKHA 2NRTA 5DK5A 5AQXA 2KFNA 3GG4A 3RSEA 3DWLA 1HNWK 1FKOA 4AM7A 3DLRA 4OO1J 1JXEA 4MDAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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