4E19A

Crystal structure of rnase h1 from halophilic archaeon halobacterium salinarum nrc-1
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
b'GGRVHAYFDGASRGNPGPAAVGWVLVSGDGGIVAEGGDTIGRATNNQAEYDALIAALEAAADFGFDDIELRGDSQLVEKQLTGAWDTNDPDLRRKRVRARELLTGFDDWSITHVPRATNERADALANEALDDA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords ribonuclease H1
publication title Crystal structure of RNase H1 from halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1
rcsb
source organism Halobacterium salinarium
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e19A00
1Z26A 3AVCA 4OKJA 2YKNA 3ZSXA 4ID1A 1L3VA 2DTUA 4CGFA 5HROA 3V1RA 4JS4A 5HP1A 2QXFA 1IKWA 3NGIA 4FLXA 3TAGA 4HCCA 2D5RA 3OYJA 1T8EA 3OYCA 4CHZA 1TKTA 1BIUA 4CJLA 4ELTA 3ALYA 1TAUA 3O3HA 3CQ8A 5J1EA 3SQ1A 1NK9A 2VWKA 1SV5A 1X9SA 3L8BA 2BDPA 4KI4A 4B8CA 3L2WA 5D3GA 4DSLA 1ITGA 3OYMA 3OYKA 2ETJA 4E7IA 4GW6A 3C94A 4CJUA 4BDYA 4ZTJA 2DFEA 1TGOA 1WAJA 3AVFA 2IGIA 1JLQA 4G1QA 1NOYA 3DYAA 3QESA 4FJKA 3TANA 3HPGA 4DWIA 2GBZA 4CF9A 1NOZA 4CJQA 4W5RA 3OYEA 1BI4B 2O4GA 2ZQBA 3V9WA 4DFJA 1C6VA 2G8WA 4EP4A 1S6QA 4BWJA 5DK5A 3L2RA 4M3WA 3AA4A 1LWCA 4RW9A 1L5UA 4BE2A 1J53A 1W0HA 3L3VA 4JS5A 2QKBA 1S5JA 3EYZA 1HYVA 3M8RA 1ASVA 1UWBA 2PYJA 4KFBA 4DTMA 1RBTA 3SV3A 1C0UA 1RT3A 1CXUA 1W9HA 3SUPA 1N6QA 4F2RA 4B9LA 4N76A 3SPZA 2HHSA 1B9DA 1IG9A 1VSFA 3P83D 3SPYA 1RT5A 2W42A 4H4MA 3NAEA 4HHTA 2E4LA 1HQEA 1YVUA 4I2QA 3BGRA 4TSXA 4Z4GA 1NK7A 4LSNA 3VQBA 4CIGA 3NE6A 3QEXA 4O55A 1HYSA 3S3OA 4K8ZA 1BHLA 3DLEA 2OPQA 2G8IA 3DM2A 4FVMA 4FLTA 3U3GA 4F4KA 1L3SA 2YNGA 5KGWA 3SUOA 1RBUA 3PV8A 3DRRA 3P1GA 3M8PA 3LZIA 4CIEA 4KPYA 1RDBA 4CJWA 4F8RA 1DTTA 1GOCA 5CYMA 4E19A 3OYLA 4ELUA 3UIQA 2JGUA 4KTWA 3QIOA 3LAMA 5J2QA 3QETA 3RMAA 2DFHA 3SQ0A 4FK2A 3P5JA 3SCXA 1C1CA 1S6PA 4KHSA 4J2AA 4M3YA 2Z1HA 4Z4HA 2FBTA 3AVAA 4FYDA 4B8AB 4YNQA 4CJTA 4CJSA 4FXDA 3IAYA 4E7JA 2HHXA 4DSEA 4RW7A 4FCYA 1EP4A 3SQ4A 4CGDA 3L2QA 1LAVA 2EX3A 5SWMA 3NHGA 5T7BA 5I3UA 5FDLA 3NBPA 3OJSA 1QTMA 1JLEA 3NFAA 5K14A 1A5WA 3AVBA 4GMJB 3HVRA 2VWJA 1QSYA 4KAZA 3OVNA 5JS2A 1RDCA 4B08A 1NJYA 3G10A 4FW2A 1QS4A 1VSJA 1FKPA 1KFSA 2AJQA 4JLHA 4DTOA 3V9XA 2P51A 2OYQA 2HVIA 2OPSA 4CJ3A 5C25A 1WSIA 1ZBIA 3MAQA 1J9AA 1S9EA 4CEDA 2B5JA 2G8UA 4KTZA 4H8KA 3V1OA 2YNIA 2PZSA 1NJXA 4AHRA 1I39A 4CECA 3LDSA 1ZBHA 3ZSYA 5C42A 2NUBA 4FZZA 4L8RB 1L3TA 3AO1A 4E1MA 4XIUA 1T03A 1ZBFA 3QO9A 3LPTA 3KLEA 3SI6A 4OLBA 2F96A 5KRTA 2O4IA 1Y97A 1LW0A 3K57A 2RF2A 2QK9A 5J2MA 3HSTB 4BDPA 3QLHA 3LWMA 1ASUA 2G8HA 4KB1A 2HHWA 3RR8A 3RWUA 3AA2A 1CZ9A 3LP3A 1XHXA 1IKVA 2G8VA 2HHVA 3KLHA 2YKMA 3PO5A 4CJ5A 3NGZA 1XWLA 3ITHA 3NDKA 2IDOA 3KK2A 3SUQA 3MXIA 2HW3A 4HUGA 4W5QA 1BCOA 2IAJA 2G8FA 1RT4A 3OYNA 4B9UA 4PWDA 2PYLA 3BDPA 4N56A 4E7HA 1JLGA 1HJRA 3RRGA 4Z4EA 3NF7A 4DF8A 4DTXA 4OJRA 1VK0A 4CF8A 3LPUA 3SZ2A 4E7KA 4KTQA 3WNFA 4PY5A 2DFFA 4Z4IA 5KGXA 1KRPA 4EP5A 3IRXA 3HJFA 4PUOA 2JLEA 3TABA 3K2PA 4MFBA 1B9FA 4AHVA 3OYBA 4DSFA 2XRIA 3CFRA 4DQSA 3DMJA 5CY4A 3PY8A 3K5OA 4CESA 1WN7A 2A1RA 2LSNA 1U48A 4M3XA 4KKOA 2GV9A 1WSHA 4AHTA 4CF1A 1TK8A 1S1XA 3MXJA 3OYGA 1S1TA 2FC0A 3AVHA 1RCHA 4Q0BA 3SV4A 4QAGA 3C6UA 3HT3A 4DF4A 3AA5X 1RBRA 2X78A 3RRHA 2HMIA 3RMCA 3LZJA 4DTJA 1C0TA 4FJ9A 1VSHA 3TAMA 1YTUA 2HHTA 1U4BA 2XY8A 1UOCA 1A5XA 1KLMA 4I2PA 3SQ2A 2HB5A 2PY5A 3TAFA 4KHQA 4W5TA 2VG6A 3K59A 4M3UA 4ICLA 4NYNA 3CM6A 4AHUA 1NKCA 3EY1A 4DU4A 3AVMA 3DLHA 5DMRA 3D45A 1NK5A 4CIFA 5FRNA 4CEEA 3TAEA 4KHYA 3TAQA 1SL0A 4FK4A 4B9TA 1JXEA 4KRFA 3DRPA 4YFUA 4M3TA 3O4NA 3LP1A 4RW6A 3THVA 3JYTA 4M45A 4DQIA 5FRMA 4DSIA 4J2DA 4IFYA 4KHNA 4FW1A 3VA3A 4FM0A 2A1SA 2P5OA 4DSKA 3PUFA 3PX6A 4CERA 1MU2A 4OVLA 3OJUA 1J5OA 2ZE2A 1O1WA 2IS3A 1EX4A 3TI0A 1GOAA 1LW2A 4H4OA 4N5SA 3MECA 1VSMA 3WNEA 3HK2A 2VG7A 5SZTA 1CXQA 3PX4A 3ZSRA 1RBVA 3B6OA 3M8QA 3V1QA 3ZT0A 1TKZA 4CHQA 1SL1A 1I3AA 2X6SA 1BL3A 1RDAA 4DQQA 3ZT1A 1C1AA 5E41A 3TWHA 4DS5A 1VRUA 4ZTFA 1T7PA 4CHPA 4KB0A 2B6AA 4LD0A 4E89A 3OYIA 3AVGA 4C8KA 4CEFA 5EU7A 5CYQA 1FKOA 2D0AA 3TAPA 4F3TA 4E0DA 3AO3A 3VQDA 3HYFA 3CFPA 3V9SA 5C24A 1U45A 1HRHA 3MEGA 1TL1A 1KLNA 1N5YA 3LANA 3KLIA 1UA0A 1Q9YA 3KD5E 1U04A 2YNFA 3CM5A 4CGHA 3HM9A 1C1BA 4KI6A 3KKSA 1SKRA 2Z1GA 3KIOA 2EHGA 1FXXA 1A5VA 4B9SA 1DTQA 3OS2A 2KZMA 4CJPA 5CZ1A 1KTQA 3T19A 1JLFA 1KSPA 1UA1A 1SKWA 1BQMA 2OPPA 3VQEA 4DTNA 1RTDA 3TARA 5I42A 3L3UA 1QHTA 4F2SA 1X9MA 4W5NA 4DQRA 1X9WA 4FZYA 4JRPA 4FJHA 4HTUA 3SNNA 4NCAA 4IG0A 4MQ3A 3I8DA 5HRRA 4JRQA 4FLUA 1U49A 1JLAA 2IOCA 1WSFA 4O0JA 4DTRA 4B3OA 3DI6A 3M8SA 1KFDA 5CZ2A 1YTAA 3OS0A 1ZYQA 5JS1A 4CEBA 4LH4A 1QQCA 3ZT2A 3AV9A 4CFDA 5HRPA 1TV6A 2YHAA 4CGIA 4CHYA 3OY9A 3CG7A 1TAQA 2ITGA 1RILA 2VG5A 5KRSA 1YT3A 5KTQA 4EZ9A 1CLQA 1RT2A 3RMBA 2BGGA 3MEDA 1EXQA 1LWFA 1IH7A 1G15A 1BIZA 2Y1JA 4FZXC 3RTVA 2HHUA 4C8NA 2E6MA 3OYDA 1D5AA 2HNZA 4O5BA 3L2UA 4BDZA 1QSLA 1RT7A 1D9DA 5HLFA 3QERA 3DLRA 1WNSA 4LSLA 3H08A 2I5JA 3ULDA 4CGJA 1LV5A 3VQ7A 3DOLA 1S1WA 4E1NA 4QOZB 2Y1IA 3VQ9A 1QE1A 3KLFA 3IS9A 3QEVA 4CK3A 3D0PA 3SYZA 3CFOA 3VQ6A 4CE9A 3V9ZA 4OGCA 4RG8A 1S1UA 2KQ2A 3A2FA 4KO0A 4DTSA 2F8SA 3LP0A 4C8MA 4FJJA 3VQ8A 4CFAA 1WLJA 4DMNA 1NK8A 3U6FA 4DFMA 3VA0A 4Y1CA 3NGYA 1JL2A 1C0MA 3AVNA 1VSKA 3K5LA 4OPJA 4CJVA 3K5NA 2OZMA 3NF9A 4J2EA 1KVBA 1REVA 1HNVA 4IKFA 3AVIA 4BE0A 1HQUA 1Q9XA 4AHSA 3V81A 1S9GA 3DOKA 1B92A 4PA1A 1RDDA 4CEAA 2FBYA 1IKXA 2Z1IA 1TL3A 4KV8A 3DRSA 4NYFA 4DFPA 4FM2A 3ZSZA 3KJVA 1XC9A 4FJ7A 3QIPA 2D0CA 2XY7A 4Y1DA 2HNYA 3VQQA 4CCHA 4CEOA 4OPKA 3KK1A 1X1PA 1TK0A 3NF8A 1HYZA 3LP2A 1K6YA 3VQ4A 4O0IA 3G0ZA 2G8KA 3ZSOA 4C8LA 4CJFA 3EZ5A 4OLAA 1T05A 1BISA 1RTIA 3AVLA 3O4QA 1WSEA 3ZT3A 1FK9A 3S3NA 3QINA 2XY6A 1U47A 1BCMA 3QEPA 4M3ZA 4Q5VA 2YHBA 3HL8A 4OKEA 3O3FA 2P1JA 2D0BA 4CF2A 2XY5A 1NJWA 4DSJA 4IFVA 4OGEA 1VSDA 1VSLA 3AVJA 3L2VA 3ZSVA 3T3FA 2F8TA 1F21A 4FLWA 3SJJA 2Z1JA 4FK0A 3AVKA 4FJLA 1LAWA 1S1VA 4I9LA 1XI1A 3PX0A 4Z4CA 1SUQA 4RW8A 3F73A 3VQAA 4FLYA 1QSSA 1SKSA 2KFZA 4NCBA 3HPOA 2XHBA 3V4IA 3O3GA 4DG1A 4DU3A 2KW4A 1ASWA 2OPRA 4K8XA 4HVJA 1J54A 1HMVA 4LY7A 3ZCMA 3HP9A 3NCIA 4CJKA 3DLBA 4FJGA 1WAFA 4CGGA 4HCBA 3OS1A 5HBMA 1BI4A 4R5PA 1XHZA 2KTQA 1R0AA 4DTUA 4CFCA 3V6DA 1UAXA 4FJXA 3JSMA 4KHWA 1VSEA 3IG1A 1NK0A 4CEZA 2B4JA 1WSJA 3S9HA 1IO2A 4DFKA 2X6NA 3AO5A 4BE1A 1NK4A 1DLOA 1Z25A 1RTJA 3E01A 4M41A 1GOBA 4M3RA 4OKKA 2YNHA 2HHQA 2IC3A 4QCLA 4HUFA 3VQPA 4DLEA 1JXBA 2R7YA 1RT6A 4CJEA 2WONA 3SUNA 1HPZA 4FJMA 3WNHA 2RPIA 3DLGA 3ZSWA 4CF0A 1ZBLA 1TKXA 4BACA 4F3OA 5KI6A 1VSIA 2P5GA 2X74A 3KKRA 1VRTA 1NJZA 3KD1E 4FJNA 2RN2A 4CK2A 4O44A 4J2BA 2RKIA 4KREA 2GUIA 4CK1A 1KVCA 4FM1A 3K58A 3U3YA 3NH0A 1CZBA 2XO7A 4CEQA 3HO1A 4KHUA 2FBXA 3I0SA 4ZHRA 4EZ6A 4ID5A 4LH5A 3MXMA 4UQGA 5FROA 3NH1A 4W5OA 4GVMA 4FJIA 1JLCA 3LALA 3MEEA 3ISNC 4CHOA 1JL1A 1TVRA 5HRSA 4Z4FA 3ZSQA 4E3SA 3VQCA 3K5MA 3AO2A 3ASMA 3NF6A 5HRNA 1RNHA 4CHNA 1TK5A 1NKEA 3QNNA 3FFIA 1KCFA 4I7FA 4AH9A 2OZSA 3VN5A 2KFNA 2HVHA 4FLVA 3CYMA 4BWMA 2ATQA 3DLKA 1SL2A 3TR8A 3C6TA 1EETA 1LWEA 3ZT4A 4M42A 3C95A 1Q8IA 3I0RA 1KVAA 3B6PA 2BANA 5J2NA 4C8OA 3QEWA 4IBNA 3F9KA 4PQUA 1D8YA 1RT1A 3S3MA 1ZBUA 1EKEA 3LWLA 4WE1A 3RMDA 2ZD1A 4Z0UA 2KZZA 1L3UA 3WNGA 3VQ5A 4DLGA 3T1AA 4CJRA 4I9QA 1JKHA 2DY4A 4RW4A 3NH2A 2YV0X 4CFBA 3KK3A 4HUEA 1JLBA 2WOMA 2QKKA 4B9MA 4B9VA 3HVTA 3PO4A 4O4GA 4B9NA 2Q3SA 3AA3A 3QNOA 2OA8A 3LAKA 3HP6A 1D9FA 3QEIA 3HXMA 4ELVA 2E6LA 4FJ5A 3AO4A 4E7LA 4DU1A 3HPHA 1BGXT 3OYAA 1TKDA 4AHCA 4N41A 3OYHA 4FLZA 4AILC 3V9UA 4DTPA 4IDKA 2FBVA 1IKYA 1RTHA 4N47A 4CJ4A 3RR7A 3KTQA 1NK6A 4FJ8A 2HNDA 4IG3A 3OYFA 4DQPA 1RBSA 4DS4A 2BE2A 1BQNA 1WSGA 1NKBA 4NCGA 3KLGA 5J2PA 1HNIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5H1SQ 4OKJA 5M1NA 1L3VA 2QWPA 4ID1A 2UU9K 2DTUA 2YI1A 1S3XA 5FPMA 3V1RA 3WXKA 1YUWA 4CHZA 1TKTA 1BIUA 4ELTA 3ALYA 4DV4K 4ISFA 1NMDA 1NK9A 4JEPA 1SV5A 3L8BA 5D3GA 4B8CA 5AQGA 2ETJA 4BC4A 1GLLO 3C94A 4GW6A 4CJUA 4FO0A 5HL7L 2DFEA 1TGOA 4YOXA 3AVFA 5JLHA 3DYAA 3QESA 3N4PA 1NOZA 4CJQA 3ATVA 1S6QA 4M3WA 4BE2A 1J53A 1W0HA 1XC3A 1O13A 1S5JA 3I33A 1HYVA 3M8RA 1ASVA 2ZWHA 2NRHA 4KFBA 4DTMA 3SV3A 4BRCA 1OH5A 4JK9A 4IEEA 5LJWA 2HHSA 1VSFA 3P83D 4YOTA 4BQZA 3ZX3A 2BUPA 4PKHA 1HQEA 1YVUA 3MMVA 1K8AO 4Z4GA 3VTIA 3J81O 4RCHA 5KPTA 4O55A 3S3OA 4K8ZA 3DLEA 2OPQA 4FLTA 4F4KA 2F4VK 1JCGA 4DV0K 2J4RA 3AGKA 3DXMA 3PV8A 3P1GA 4CIEA 4KPYA 1RDBA 4CJWA 4E19A 3OYLA 4ELUA 1SQKA 5JVGL 4DV7K 2CH5A 1KQSM 5DM7L 5J2QA 3QETA 2IVOA 3SQ0A 3SCXA 1S6PA 1ESVA 2Z1HA 3L0QA 4YNQA 3KWGA 2P9IA 4H5VA 4U7BA 2HHXA 4E1JA 2QTDA 3I56N 4FCYA 2EX3A 1LOTB 1VHXA 5T7BA 3AVBA 5JS2A 1RDCA 3EZWA 3THXB 1QS4A 4LFCK 5AQUA 3HZ6A 2P9LA 4CEDA 1RDWX 4KHPK 4KTZA 2YNIA 2Q2RA 3VGMA 4M7XA 4CECA 3GDQA 5C42A 1ATSA 4L8RB 3AO1A 1P90A 1T03A 1ZBFA 3O6WA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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