The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5LMU K; 4AQY K; 4JV5 K; 4B3R K; 4YY3 K; 5A2Q O; 3T1Y K; 2VQE K; 4V19 S; 1N36 K; 1IBM K; 4DR2 K; 4X66 K; 1N34 K; 4DV1 K; 4X64 K; 4DUY K; 2UUB K; 4JI3 K; 4B3T K; 4JI6 K; 5IWA K; 4JI0 K; 4JYA K; 2UUA K; 4DR5 K; 4LFC K; 4NXN K; 1XMO K; 4DV0 K; 1J5E K; 2UXB K; 4DV4 K; 5BR8 K; 3J80 O; 3J7A P; 4DR3 K; 4LF6 K; 4LFA K; 1HNW K; 4DR6 K; 4B3S K; 4JI2 K; 5LL6 Z; 1IBK K; 4LF5 K; 4CVN E; 1XMQ K; 4B3M K; 4X62 K; 5AJ3 K; 2UXC K; 4KHP K; 3OTO K; 2HHH K; 4DV7 K; 3T1H K; 4LF7 K; 4LF9 K; 1XNQ K; 4DR4 K; 2F4V K; 4K0K K; 4GKK K; 3J7Y P; 4JI4 K; 2UUC K; 5LMN K; 4DV3 K; 1I94 K; 2E5L K; 4DUZ K; 1N32 K; 4X65 K; 4DV5 K; 1N33 K; 5IT9 O; 2UU9 K; 4JI8 K; 4DV6 K; 5FLX O; 3JAM O; 4DR1 K; 4YHH K; 4JI7 K; 1XNR K; 3J81 O; 4JI1 K; 1HNZ K; 4NXM K; 2VQF K; 1HNX K; 2ZM6 K; 4LF4 K; 4LFB K; 4GKJ K; 4LF8 K; 4OX9 K; 2UXD K; 1HR0 K; 1FJG K; 1IBL K; 4DR7 K; 4JI5 K; 4DV2 K; 4CW7 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ZSY A; 3K0S A; 4FLT A; 1OH5 A; 1XI1 A; 4Z4F A; 2JGU A; 4E0D A; 3BZC A; 4H0T B; 1C0M A; 5GIN A; 1YI2 N; 1NJW A; 4CZM A; 4CES A; 4DR2 K; 2ASM A; 1SQK A; 3VGM A; 4CFD A; 1SKW A; 3ZT1 A; 2ZF5 O; 2UUB K; 3GDQ A; 3OYD A; 1BA1 A; 3P39 A; 5GIO A; 4HHT A; 3SMS A; 1WSH A; 2RN2 A; 4DV0 K; 1WN7 A; 1E4G T; 2YHY A; 3SLC A; 4B9V A; 3QBX A; 3MWP A; 3V9S A; 2P9P B; 1NK7 A; 1C1B A; 3EZW A; 2P9K A; 3PSI A; 3OYI A; 1ZC6 A; 4H0P A; 2GUI A; 1NM1 A; 3J8A A; 5AQI A; 3CCM N; 1X9M A; 4IO9 L; 3KLG A; 1SUQ A; 3R6M A; 5DM6 L; 4F3T A; 1CXQ A; 1BCO A; 4DU4 A; 3RMC A; 4PUO A; 1K8K A; 2HMI A; 4F2S A; 2W41 A; 3LP1 A; 1ZYQ A; 3P38 A; 4QAG A; 4CZK A; 3LPT A; 1BDG A; 1BOT O; 3M8P A; 3O3H A; 4FM0 A; 3NE6 A; 5C24 A; 4DB3 A; 1FW6 A; 1FKP A; 3A5N C; 3GE1 A; 4BC3 A; 5H1S Q; 1YUW A; 4BG8 A; 4DTX A; 1RT2 A; 1XNR K; 2HNZ A; 4DF8 A; 3S41 A; 4DTU A; 4BRP A; 1GLB G; 2A42 A; 3E9O A; 2IGI A; 1SL1 A; 4JKG B; 2VG6 A; 1CZA N; 1I3A A; 3DLH A; 3FFK B; 4FK4 A; 3THW A; 1QVF M; 2O8D B; 1VQM N; 3VA0 A; 4Z4E A; 2F8S A; 3SAG A; 4BVO A; 4QOZ B; 1HKB A; 3SV3 A; 3QIO A; 4CBU A; 2F8T A; 4B3R K; 4A5A A; 2JLE A; 3QML A; 1J9A A; 4MDA A; 1ZBL A; 4EIA A; 3R1X A; 4MDB A; 3FLC O; 4IZ9 A; 4BQZ A; 3BDP A; 3AVA A; 1XHX A; 1TK0 A; 5GAE P; 4BRE A; 1WSG A; 4KV8 A; 2IS3 A; 1VQL N; 3C6H A; 3ZEU B; 3HTV A; 5KI6 A; 3KHY A; 5CYM A; 1J5O A; 2LSN A; 2CH5 A; 4DSE A; 4JKC A; 4YOV A; 3KLF A; 3V4I A; 4BC2 A; 4NXN K; 3GOI A; 3ZET A; 3KTQ A; 4CZJ A; 4QS9 A; 3HYF A; 4WQ4 A; 4EP4 A; 5E84 A; 5AQT A; 3J80 O; 1WUA A; 4RTF D; 2OYQ A; 2GTD A; 4OPK A; 4DQS A; 2KFZ A; 5JMV A; 4BE1 A; 3CFO A; 4DTM A; 3S9H A; 3DLR A; 1IBK K; 4CD1 A; 3EYZ A; 3ZCM A; 5C2D A; 2HHH K; 4ILH A; 1V4S A; 3LM2 A; 5JS2 A; 2Z1H A; 4GW6 A; 3VQE A; 1NMN A; 1NJY A; 1TAU A; 4B9T A; 4LSL A; 4PA1 A; 4G1Q A; 4KKO A; 2HHV A; 3PLA A; 1VSF A; 1UA1 A; 1RTH A; 1ZXO A; 4MLE A; 5BRE A; 2EHG A; 1KD1 O; 3CCE N; 2UU9 K; 4JN4 A; 3JAM O; 4ZTF A; 2B4J A; 2VWJ A; 1BUP A; 2HBL A; 3J81 O; 3F9K A; 1EP4 A; 4FCY A; 3PSF A; 1RDC A; 4K25 A; 4LH4 A; 1QVG M; 3TAP A; 1U04 A; 4CFB A; 4B8A B; 2PBD A; 3CJB A; 1KLN A; 3CQY A; 3H45 C; 2D0O A; 3G25 A; 2NRH A; 1S1W A; 3NVK A; 2OPQ A; 3OYL A; 4YNQ A; 5AQL A; 3AO4 A; 4AQY K; 3CIP A; 2QA4 N; 4QS8 A; 4WFA L; 1NNE A; 1JCG A; 1BA0 A; 3DJC A; 3O9T A; 4BGB A; 3OJS A; 3NGI A; 4O0J A; 3VEX A; 4YOX A; 2G8W A; 4KRE A; 4V19 S; 4GMJ B; 4N5S A; 1N5Y A; 4J8F A; 4M63 C; 1W2B M; 1VSH A; 4A59 A; 5C12 A; 1VQ4 N; 3ZSX A; 4JKH A; 4CJW A; 1QE1 A; 1NMD A; 4E7J A; 4CED A; 1BCM A; 4JI6 K; 4RW8 A; 5IWA K; 5KRS A; 1RIL A; 3DLG A; 4E89 A; 1X3M A; 1GOC A; 3F9M A; 4BR7 A; 4IG0 A; 5BR8 K; 4Z4I A; 4Y1D A; 5J2M A; 4H5N A; 2D0B A; 2G8U A; 2P9S B; 5FPM A; 3ENO A; 4LF6 K; 4JKG A; 3ULE A; 2WOM A; 3VQP A; 3H3O B; 1ILY A; 4BRH A; 1BQM A; 3ZT2 A; 4Z94 A; 4NYN A; 1JL1 A; 3ITH A; 3WUH A; 1IG9 A; 1TL3 A; 1DTQ A; 3DI6 A; 2FLO A; 3NMU A; 3OVN A; 1S22 A; 1WSI A; 1NK5 A; 1ESV A; 1KC8 O; 3C94 A; 3J7Y P; 3W0L A; 4DFM A; 3AVC A; 3C95 A; 3NF8 A; 4YOW A; 4O0I A; 4BR2 A; 2P9I B; 4IFY A; 2PYL A; 1N32 K; 2YHA A; 3T1A A; 5IT9 O; 3JSM A; 1S1T A; 1IKV A; 4A5B A; 4DMN A; 4JLH A; 3ZX3 A; 2FSN A; 2ZGZ A; 3LDN A; 4B1Z A; 3K59 A; 1NKC A; 4HCC A; 4CHZ A; 3U3Y A; 1VQN N; 2IVP A; 4DSJ A; 4FJ9 A; 3UKU A; 5AQS A; 4GKJ K; 3AA5 X; 1RBV A; 2CGJ A; 1SZ2 A; 4M3T A; 2AJQ A; 4JV5 K; 4CJP A; 3U6F A; 2OAN A; 4AHT A; 3VQ5 A; 1FK9 A; 3L6Q A; 2ZE2 A; 4ISF A; 3DLL L; 1QQC A; 1T7P A; 1N36 K; 1YIT N; 5FDL A; 3MDQ A; 3OYC A; 1IKY A; 4X64 K; 3ID8 A; 1S72 N; 4BWJ A; 5SWM A; 4ISG A; 5M1K A; 3MAQ A; 5JVG L; 5C25 A; 2HHX A; 3O9S A; 3AVJ A; 2KTQ A; 3A5M C; 3VA3 A; 4JI0 K; 4JYA K; 4BDY A; 4DR5 K; 4M3Z A; 3U9Z A; 1WOQ A; 3O9Q A; 5E26 A; 3QDK A; 4NCB A; 4H5R A; 4E7K A; 4FWR A; 3VMF B; 2OTJ N; 1Q9X A; 3MEC A; 5E41 A; 4DU3 A; 4FXD A; 2HHU A; 3H46 O; 3J7A P; 1OKJ A; 3LAM A; 1S6P A; 3HSC A; 4FOI A; 2IDO A; 3NFA A; 3MN6 A; 2BAN A; 4NO7 A; 3L4I A; 1C0T A; 2E6M A; 1DLO A; 3K5N A; 1VRT A; 4BC4 A; 1Y97 A; 1C1C A; 1T05 A; 5JVH L; 2KLA A; 1HYZ A; 3T3F A; 4CZE A; 4BQL A; 5AQO A; 4CJ5 A; 2YI1 A; 3H08 A; 4CZG A; 1GLL O; 3HBT A; 2GEL A; 1NJI O; 4QCL A; 3AO2 A; 1UA0 A; 3VEN A; 5AQP A; 4FJL A; 4JS4 A; 3BGR A; 3I55 N; 4JI8 K; 4CEA A; 4B9N A; 2E88 A; 2DPN A; 3LDQ A; 1QSL A; 4B9Q A; 1NGF A; 1GOA A; 4NXM K; 2BGG A; 2IVN A; 3WXM B; 1HNX K; 2FSJ A; 3L3U A; 1CZ9 A; 4LFB K; 1W97 L; 3LDP A; 2YJF A; 2E1Y A; 1YJW N; 5BRH A; 4DFP A; 3H1V X; 2P9S A; 3IDH A; 2DY4 A; 3NDK A; 3CM6 A; 4IJA A; 5FPN A; 3A2F A; 2YNG A; 1QZ5 A; 4NLB A; 1TK5 A; 2HND A; 4GVE A; 3NH2 A; 3WNH A; 5AQZ A; 4KTQ A; 1WNS A; 3DLE A; 3LM9 A; 2E2N A; 3TAR A; 5A2Q O; 3FR0 A; 3H1Q A; 2HBJ A; 5AQR A; 3O3G A; 3CXC M; 4LH5 A; 3VPZ A; 4BVP A; 3FFI A; 5BPM A; 1HQU A; 1JLA A; 3KD5 E; 1FXX A; 4MFB A; 2P9K B; 5GAG P; 1U45 A; 2HMP A; 5AQQ A; 5F0X A; 1QHA A; 4ID5 A; 4CF0 A; 3ZSV A; 2RPI A; 3VN5 A; 1HUX A; 3QIN A; 1TL1 A; 4PHT X; 3SAH A; 3CM5 A; 4PL7 A; 2NRV A; 3NF7 A; 5AQY A; 1ITG A; 3GL1 A; 3DOL A; 3D2F B; 4BR9 A; 4GV3 A; 1OH7 A; 2HNY A; 1K8K B; 1L3T A; 2RF2 A; 4FJ8 A; 2A41 A; 4FZX C; 1XQS C; 1RDW X; 1E3M A; 3BF3 A; 4FOE A; 1JXB A; 3L2V A; 4BAC A; 3MCP A; 3NF6 A; 2VG7 A; 4MQ3 A; 3CJ7 A; 3T7Z A; 3KZB A; 1XMQ K; 2IC3 A; 3OYN A; 3DMJ A; 5J2P A; 5KPR A; 1LWC A; 3HT3 A; 5AQG A; 3NBP A; 4DFK A; 3CD6 N; 4K0K K; 4B9U A; 3THW B; 2O4I A; 3M8Q A; 4RCH A; 2RHK A; 4H5T A; 3KLH A; 3ATU A; 1QQM A; 2ZJR L; 4DV5 K; 4H4M A; 4XH1 A; 1B92 A; 3OBW A; 4W5Q A; 1K73 O; 3OYM A; 1D4X A; 2NNW A; 3WNF A; 4Z4H A; 1ASW A; 3AA3 A; 1IH7 A; 1TKZ A; 4OGE A; 3WXK A; 3CJC A; 3L3V A; 1VSK A; 1X9J A; 1YT3 A; 4JEP A; 3WXI A; 4OKE A; 4CEQ A; 4CEB A; 1K6Y A; 4AHR A; 3VGL A; 3DWL A; 1LV5 A; 4CIE A; 1DKG D; 2P9L A; 3MXM A; 2HF3 A; 4BE0 A; 4DS4 A; 5EOY A; 4O8U A; 3V1Q A; 4DTO A; 3LDS A; 3ZET B; 3CCR N; 2E2P A; 2OPP A; 1EO1 A; 1HX1 A; 3D6R A; 4WFB L; 3ZLJ A; 1L5U A; 1S1V A; 1EWQ A; 1VQ5 N; 3VQD A; 4WE1 A; 4YOR A; 2W6L A; 3MEG A; 4CGD A; 4DV1 K; 1YTU A; 3SI6 A; 2YHB A; 3AVN A; 4CHQ A; 3M5R A; 2A5X A; 3L4Q A; 3N4Q A; 1QSY A; 1IJJ A; 3K9J A; 3RMD A; 4H5W A; 3AVL A; 1XHZ A; 4DV4 K; 5DK5 A; 4O8K A; 3TAM A; 3ENB A; 1MWK A; 3MED A; 1Z26 A; 4Z0U A; 4OKJ A; 3NH1 A; 2PZS A; 4B1X B; 5KPT A; 2GBZ A; 2IAJ A; 1RT3 A; 4CHO A; 3CPW M; 3R3L A; 4U67 L; 1NLV A; 2BUP A; 1CXU A; 3QES A; 2O4G A; 3ZSO A; 3SNN A; 4LF9 K; 4FYD A; 4JK7 A; 4C23 A; 1XNQ K; 3I8D A; 3MEE A; 3MXI A; 1T6C A; 2ZJQ L; 4GVM A; 5FRN A; 5LMN K; 1TGO A; 5GIP A; 4A2A A; 3RR7 A; 2F7T A; 4DQR A; 1RT5 A; 3SJH A; 1B9D A; 4CBW A; 3KK7 A; 3HM8 A; 3C7N A; 1IKW A; 1RT7 A; 4CJF A; 3O5B A; 2OPR A; 3ZX0 A; 3K5L A; 4C8M A; 4R5P A; 5FLX O; 5AQU A; 1CLQ A; 4B1V A; 3CC2 N; 4DCH A; 3ALY A; 2YNF A; 3VQC A; 3LDL A; 4UY8 O; 3AVK A; 3CET A; 2XY6 A; 4FJ7 A; 3HJF A; 4OGC A; 5M1F A; 1NJX A; 3HRG A; 3QBW A; 3HL8 A; 3TWH A; 4RW9 A; 3VET A; 4BRI A; 4EHU A; 3THV A; 3D2F A; 4LY7 A; 3WQU A; 1HR0 K; 4H5V A; 4RWT A; 3TPQ A; 3ATV A; 3K57 A; 1DT9 A; 5BR9 A; 2G8I A; 3EY1 A; 4ELU A; 1C0U A; 2X78 A; 1JJ2 M; 3SUN A; 4CBX A; 3GBT A; 2NZT A; 3QB0 A; 4FPB A; 2QM1 A; 1YVN A; 1WAF A; 4CZH A; 4I2Q A; 4OPA A; 4Q5V A; 3DRR A; 1IBM K; 2A40 A; 3QO9 A; 4DLE A; 1SL0 A; 3VF4 A; 3TAF A; 3ULE B; 1KVC A; 1S6Q A; 3LAL A; 4PKG A; 1LWF A; 3WEE A; 4DFJ A; 2VCP A; 2VGN A; 5C15 A; 1J53 A; 4FK2 A; 3TTF A; 3CME N; 2EWS A; 2UUA K; 1X9W A; 2I5J A; 4JK8 A; 2OA8 A; 1XMO K; 4EAH D; 3TAN A; 4BGA A; 2P1J A; 3O4Q A; 3VES A; 3OYF A; 4A57 A; 5HOO A; 3M6G A; 4A62 A; 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1KVA A; 3PX4 A; 4OO1 J; 5M1O A; 2QWN A; 2BH1 A; 1OVY A; 3LZJ A; 4BRL A; 4LFA K; 1TYQ A; 3TI0 A; 4B3S K; 3ULD A; 4JI2 K; 5F1X A; 3DRP A; 4FWN A; 1JCE A; 4CVN E; 1I39 A; 3VGK A; 1KVB A; 1JXE A; 2YNI A; 1KXP A; 1VAZ A; 3T1H K; 4WFN L; 1LAW A; 1VHX A; 2FF3 B; 2ZD1 A; 4K8Z A; 2YKM A; 1VSL A; 2AP1 A; 2ASO A; 4I2P A; 4KBO A; 1P90 A; 4DV3 K; 4GNI A; 3ZSW A; 3SZ2 A; 3I8B A; 1HRH A; 4MO5 A; 2HW3 A; 1HJO A; 3IRX A; 3FZL A; 4JS5 A; 4J2E A; 1ATR A; 4A2B A; 2VWK A; 2QXF A; 2HST A; 4YHH K; 4I9Q A; 3BP8 A; 3WXL A; 4C1N K; 5HL7 L; 4CCH A; 2FC0 A; 3SUQ A; 2O8E A; 4LF4 K; 1RGI A; 4LF8 K; 3HM9 A; 3THX A; 3I0S A; 4CJV A; 1YJN N; 4DV2 K; 1D8Y A; 3L2R A; 5CY4 A; 1BIU A; 4FLY A; 4KH5 A; 3CCU N; 1WBB A; 4RG8 A; 1N6Q A; 3FGU A; 4DTN A; 3T69 A; 4Y0W A; 2XHB A; 1RDA A; 2BTF A; 3O4N A; 3D2E A; 2YKN A; 3TR8 A; 4FJJ A; 3HPG A; 3P5J A; 3VQ6 A; 4PWD A; 3DYA A; 3N4P A; 4FW1 A; 3BEX A; 5M1Q A; 5KTQ A; 2P5O A; 5AZI A; 2BDP A; 3UB5 A; 4FWP A; 1NU0 A; 2YX6 A; 1S3X A; 2KKZ A; 1RT4 A; 4EP5 A; 5CR4 A; 4Z4C A; 3KVG A; 5CZ1 A; 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