The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IT9 O; 4JI7 K; 4JI3 K; 4CW7 B; 4YHH K; 3J7A P; 4B3R K; 3T1Y K; 1N34 K; 2VQF K; 4DV5 K; 4GKJ K; 4DV7 K; 4X65 K; 4OX9 K; 5LL6 Z; 4CVN E; 2UUC K; 4DUY K; 2UXC K; 2UU9 K; 4JI4 K; 3T1H K; 2E5L K; 4YY3 K; 1I94 K; 5BR8 K; 1N33 K; 5LMU K; 4B3M K; 2UUA K; 4GKK K; 1XMO K; 4JI5 K; 2F4V K; 5LMN K; 4B3T K; 4LF6 K; 5IWA K; 4NXM K; 4LFB K; 3J80 O; 4DV1 K; 4LF8 K; 4DR6 K; 5AJ3 K; 4DV6 K; 4LF5 K; 2UXB K; 1HNX K; 4DR4 K; 1XNR K; 4DR2 K; 3JAM O; 5FLX O; 4JV5 K; 4DR7 K; 4DR5 K; 1IBL K; 4LFC K; 4LFA K; 4LF4 K; 4JYA K; 1IBK K; 4DV2 K; 5A2Q O; 1J5E K; 4X62 K; 1IBM K; 4JI0 K; 1XNQ K; 1N36 K; 2HHH K; 1HNW K; 1FJG K; 4JI2 K; 4DV0 K; 4DV3 K; 2VQE K; 3J81 O; 3OTO K; 4JI6 K; 2UUB K; 4KHP K; 4JI1 K; 4DUZ K; 4DR3 K; 4LF7 K; 4K0K K; 4AQY K; 1HNZ K; 1XMQ K; 2UXD K; 4NXN K; 4X64 K; 4X66 K; 3J7Y P; 4JI8 K; 1HR0 K; 4V19 S; 4DV4 K; 2ZM6 K; 4LF9 K; 1N32 K; 4DR1 K; 4B3S K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OVY A; 3AVL A; 3A5L C; 2O4G A; 5AQH A; 3L2U A; 1HMV A; 3C6H A; 4FPA A; 1W7A A; 3CF5 L; 4FOI A; 2XY8 A; 3E66 A; 4KRE A; 3O08 A; 4E7L A; 3VER A; 2XY6 A; 4JI4 K; 1TUU A; 3TPQ A; 4FK4 A; 1NU0 A; 3UKR A; 3CCE N; 5GAE P; 5M1F A; 1IO2 A; 1NG9 A; 2HHW A; 3LZI A; 4B1Z A; 3EZW A; 1RDB A; 2G8I A; 1N5Y A; 4YDU C; 1D4X A; 3SCX A; 4NXM K; 2X6S A; 3MX2 A; 3CM5 A; 3UKU A; 3EEQ A; 3D0P A; 2F96 A; 3ASM A; 1F21 A; 1BCM A; 4LF5 K; 4JN4 A; 3MCP A; 4JKD A; 5AQS A; 4M7X A; 1NMN A; 2P9I A; 2GTD A; 2P9P B; 3D2E A; 4ISE A; 4BQL A; 3HJF A; 4A5A A; 4M41 A; 2Z1J A; 2YNI A; 4CJP A; 3NCI A; 3MWT A; 4I2P A; 3TAG A; 4WFB L; 3OA9 A; 3RSE B; 2X78 A; 2Y1I A; 1NJX A; 2IVO A; 5DMR A; 3HL8 A; 3K9K A; 1IG9 A; 5AQN A; 3NBP A; 4IDH A; 4KH4 A; 4B9V A; 3KLE A; 2HW3 A; 1FW6 A; 2HBJ A; 2Z1G A; 4YOR A; 3FZM A; 3THX A; 3PIO L; 4JI6 K; 2BTF A; 4JI1 K; 2E1Y A; 4K0K K; 4Z4F A; 1JLC A; 1WSG A; 3RMA A; 4BRK A; 1BI4 A; 1O1W A; 3NDK A; 2YKM A; 1NBW A; 3B8A X; 1SQK A; 2XRI A; 1BA1 A; 3VEV A; 4LF9 K; 3DYA A; 1NGG A; 1N32 K; 2PYJ A; 4DV4 K; 2HHT A; 1NK8 A; 4CW7 B; 2DTU A; 4IJN A; 2YNH A; 3DLG A; 2P5G A; 2P1J A; 1NKC A; 4ISF A; 5CHI A; 4CGF A; 1RFQ A; 4DQP A; 4E7H A; 1M1K O; 4F4K A; 2O8D A; 3TAN A; 4BQZ A; 3S3M A; 4AIL C; 2RKI A; 4I9Q A; 1XC3 A; 3P83 D; 1VQ6 N; 2WC9 A; 2NUB A; 4CHP A; 4HUF A; 2CGK A; 1N8R O; 5BR8 K; 1KFS A; 1HRH A; 5DK5 A; 5KPR A; 2UUA K; 4GKK K; 3TAP A; 1U49 A; 5AQK A; 4YDU A; 3LDO A; 5C2F A; 3CI5 A; 3BY5 A; 2VGM A; 3ID8 A; 4J8F A; 1QTM A; 2F4V K; 1VSK A; 3DLR A; 1JL2 A; 1OKJ A; 3HI0 A; 3SQ2 A; 4LFB K; 2ITG A; 4YFU A; 3CMA N; 1IG8 A; 1NGI A; 3AO4 A; 1HQU A; 2ZGY A; 5AQW A; 1GLE G; 1NGC A; 3ULE B; 3MXI A; 3CM6 A; 1C0M A; 3BF3 A; 1QE1 A; 1XNR K; 1JJ2 M; 4FCY A; 4CZI A; 1YHQ N; 4O5F A; 3N4P A; 4BWM A; 1JL1 A; 4LFA K; 4YOU A; 1NGD A; 3NH0 A; 3NGY A; 3M8P A; 4KB1 A; 4CHZ A; 3PUF A; 4C8N A; 5JS2 A; 1W9H A; 5C12 A; 1DEJ A; 2HBM A; 4KH5 A; 4HCC A; 3OBW A; 3V9Z A; 2A3Z A; 1FJG K; 4CFA A; 1S9E A; 3CXC M; 1OH8 A; 1VQM N; 1VHX A; 1NJY A; 2O8C A; 1B9D A; 1BCO A; 1RT2 A; 3ZX0 A; 1SL2 A; 4JD2 B; 2P9S A; 3QBX A; 3QNO A; 3A8Y A; 1Q9Y A; 2FBX A; 3VEO A; 2JLE A; 2QM1 A; 5BRH A; 3I33 A; 3DXK B; 3GDQ A; 3BGR A; 1Q9X A; 1HJO A; 4DMN A; 3CJ1 A; 2BUP A; 1QQO A; 1EXQ A; 2ASM A; 5IT9 O; 3EY1 A; 3SPY A; 1WAJ A; 3LPU A; 4CEB A; 4KHN A; 4YOX A; 2F7T A; 3KK7 A; 4G1Q A; 3CCR N; 4RG8 A; 4MDB A; 1TGO A; 3VQD A; 2OPQ A; 3VQ8 A; 5C24 A; 5F2R A; 4ZTF A; 3OYI A; 1RTJ A; 3EE8 A; 4CF2 A; 4FWK A; 3L2Q A; 4FLZ A; 3IFR A; 2QI2 A; 2KFZ A; 3HP9 A; 1KSP A; 4J2B A; 3DRR A; 5KQ8 A; 2BDP A; 2IDO A; 4JI5 K; 3LM2 A; 4JK8 A; 4JRP A; 3VQA A; 2IS3 A; 2FBT A; 4CFB A; 3OHR A; 1S5J A; 3MN9 A; 2QKB A; 4K43 A; 3NE6 A; 3ZSZ A; 3MMV A; 4BRF A; 2O8E B; 3SUO A; 4B9Q A; 4FXD A; 3QIN A; 2O8B B; 1SL1 A; 2XY7 A; 4FLY A; 3QLH A; 3V9U A; 4N5S A; 2P9K B; 4DR7 K; 1KVC A; 2VWB A; 1IBL K; 3VGM A; 4A2A A; 1OVQ A; 2QXL A; 3RWU A; 4DLG A; 1FXX A; 3DAW A; 3E9P A; 2HVI A; 2ZD1 A; 3SJH A; 1K6Y A; 2KFN A; 2GBZ A; 2P9L B; 3VTI A; 1CXQ A; 5AR0 A; 1G15 A; 4ILH A; 1LWC A; 1VQO N; 4J2D A; 4DF8 A; 3OYN A; 4HCB A; 3EYZ A; 3LWM A; 1Z26 A; 3O9U A; 3GE1 A; 4H03 B; 3KVG A; 4KHP K; 4QCL A; 1MU2 A; 4KHW A; 1TYQ A; 4O0J A; 3ZLJ A; 3HBT A; 3TTF A; 4E3S A; 2ZGZ A; 3M6G A; 2YX6 A; 4X66 K; 1S1W A; 3HPG A; 4CIG A; 4GNI A; 1N6Q A; 1HR0 K; 1KXP A; 1YAG A; 4NB4 A; 4WQ4 C; 2DPN A; 3CJ7 A; 4B3S K; 1J9A A; 3CYM A; 1HUX A; 3ZX3 A; 1T03 A; 1ZBS A; 1GLA G; 4H0Y B; 1R59 O; 3IDH A; 3OYE A; 3RMC A; 4EFH A; 4OX9 K; 4CVN E; 2O8F A; 2VCP A; 4BRE A; 3A0I X; 3O3G A; 2UXC K; 4GW6 A; 2UU9 K; 4EP4 A; 2VG7 A; 3HSC A; 3U3G A; 4BRH A; 4YY3 K; 2F9W A; 4IDK A; 2P9N A; 4L3Q A; 1GLL O; 4L8R B; 3FLC O; 3K59 A; 4OPJ A; 4JKH A; 3HYF A; 1XMO K; 4FJ5 A; 2ZJR L; 3GBT A; 4PY5 A; 4RWT A; 3V6D A; 1U45 A; 3A2F A; 4ICL A; 4CEQ A; 3OYC A; 3UKU B; 1ASW A; 3CQX A; 3OJS A; 1YXQ A; 4FJG A; 3KHY A; 5HRR A; 3KKR A; 4DV1 K; 4LF8 K; 5C42 A; 3SV4 A; 3SUP A; 4CZE A; 1TKX A; 3IG1 A; 4NCB A; 4KO0 A; 5TKW A; 1LV5 A; 1RCH A; 4BRA A; 4BR5 A; 4CJK A; 1B9F A; 4BDY A; 5D3G A; 1IKX A; 3C95 A; 4A5B A; 3MN6 A; 4FLV A; 3RR8 A; 4KHU A; 3THY A; 4B9S A; 1TL1 A; 3ATU A; 4E1M A; 1E4F T; 3V1Q A; 1RDC A; 4CJ4 A; 1SUQ A; 3Q7B A; 2DFF A; 3LWL A; 4IZ9 A; 4O4G A; 5AQV A; 4CJL A; 1Q18 A; 2VQE K; 1NJI O; 1M90 O; 3HOS A; 3DXM A; 1BG3 A; 4C8M A; 2UUB K; 2KHO A; 3L0Q A; 3I0S A; 1VQK N; 1NLV A; 4JHD A; 3QEP A; 1YIJ N; 4WQ4 A; 4DFK A; 3LP0 A; 1XMQ K; 1LOT B; 3KK3 A; 3THW B; 1NK5 A; 1JLB A; 2E2P A; 1S6Q A; 4BGA A; 4FW1 A; 4CI6 A; 4BG9 A; 3K5L A; 3VGL A; 4IJA A; 3AO3 A; 2KZM A; 1NOZ A; 5LJV A; 4KTQ A; 5HP1 A; 4TSX A; 3ZT4 A; 4WE1 A; 3HRG A; 3R6M A; 3QB0 A; 2Q97 A; 3ZEU A; 5MLC Q; 3VF2 A; 4DV5 K; 4E7K A; 4F2S A; 3QEW A; 3PY8 A; 4H4M A; 5C10 A; 4CFD A; 4CJS A; 4DTX A; 2PZS A; 1DKG D; 3CCV N; 4A61 A; 2CGJ A; 4NYF A; 2YJE A; 3VF6 A; 3CQY A; 4MFB A; 3BEX A; 1XWL A; 5GAD P; 4Z4G A; 2EX3 A; 3PV8 A; 4FW2 A; 4DS4 A; 3OYF A; 3LL3 A; 3SUQ A; 5I9E B; 3QET A; 1T44 A; 3SAG A; 3K5M A; 3HPO A; 2E4L A; 4OO1 J; 4DLE A; 4FWN A; 1YF5 L; 1NOY A; 4RW8 A; 4M63 C; 3QBW A; 3CME N; 1D9D A; 3GL1 A; 1VAZ A; 3LPT A; 5E41 A; 3QDK A; 3SAF A; 5FLX O; 1IH7 A; 1Y97 A; 5AQR A; 1SKW A; 3QEI A; 4W5R A; 4ID1 A; 2NRR A; 1IBK K; 1U2V A; 2A1S A; 4CFC A; 4E1J A; 1IBM K; 1Q7Y O; 4CF8 A; 3PIP L; 4KI4 A; 1FKO A; 3VQE A; 1IJJ A; 4BG8 A; 3CCM N; 3P31 A; 3T3F A; 1N36 K; 1ZXO A; 3ULD A; 2V52 B; 3O8M A; 4DTP A; 3S9H A; 3WXL A; 1VQ5 N; 1UOC A; 4IEI A; 1NGH A; 4JS4 A; 5KRT A; 3SJJ A; 4FWP A; 4FOE A; 4WQ5 C; 5ADX A; 5HRS A; 4CGD A; 4LF7 K; 1DLO A; 3QIP A; 4PKH A; 4BRC A; 3LAM A; 1D5A A; 4JI8 K; 3PSF A; 4EZ9 A; 4NO7 A; 3NF9 A; 1EQY A; 3FZK A; 3AAQ A; 4JKG A; 4FJ7 A; 5J1E A; 2GUP A; 5AQO A; 3H1V X; 3WXI A; 3EZ5 A; 1NGA A; 2FSJ A; 5AQX A; 4CD1 A; 3TSP A; 1Q86 O; 1JLQ A; 4H5W A; 1TK0 A; 4MLE A; 1KAZ A; 4FSV A; 3NFA A; 4CE9 A; 5AQG A; 1I3A A; 3CC4 N; 3ZT2 A; 1VRT A; 4JRQ A; 4C1N I; 1EO1 A; 4PA1 A; 3MXM A; 4M3W A; 3O4N A; 4KH6 A; 1UA1 A; 2I7P A; 1B92 A; 4DHY A; 4DFM A; 1DGK N; 1A5W A; 3TAM A; 1GLB G; 2ETJ A; 3OYH A; 1SS6 A; 3RR7 A; 2E2Q A; 3NVK A; 3DLH A; 1RTH A; 2AA4 A; 4FWR A; 1A5V A; 2FSN A; 4DR6 K; 3SQ0 A; 1QVF M; 4ID5 A; 4DTS A; 4GVE A; 4PKG A; 4B8C A; 1U4B A; 4BR2 A; 1RT1 A; 2UYT A; 3MAQ A; 3RMD A; 4XH5 A; 1RT6 A; 5F0X A; 4I6M A; 1JLF A; 3P1G A; 1MDU B; 1MWM A; 1NJW A; 1ASU A; 1GLF O; 2XY5 A; 4ILJ A; 3FFK B; 4Z4E A; 4N76 A; 2HNZ A; 1TL3 A; 5BRF A; 1VSH A; 3K5O A; 1DTT A; 3CJA A; 3K58 A; 2OCE A; 4Z94 A; 2QWO A; 4A59 A; 4XH4 A; 1T6C A; 2HHH K; 2YNF A; 4H4O A; 4FZZ A; 3O1B A; 4WQ5 A; 4KAZ A; 1D8Y A; 2YHW A; 3ZT1 A; 3J81 O; 2R7Y A; 2QA4 N; 4CIF A; 1CLQ A; 3KIO A; 4B9M A; 2HB5 A; 5AFU A; 4FJK A; 4F3T A; 1GOA A; 3PO5 A; 1DT9 A; 3MEE A; 5KQD A; 1VSF A; 1ZBF A; 3CIP A; 4FJM A; 2EHG A; 4CZG A; 5HLF A; 3L4Q A; 1NGJ A; 4CK2 A; 4W5O A; 4JLH A; 4FLU A; 3KTQ A; 4AHV A; 4NYN A; 4PUO A; 1YJN N; 2NZT A; 2V7Z A; 1S1V A; 4FWL A; 4DR1 K; 4DTO A; 1VQP N; 1O13 A; 1T8E A; 3ZET A; 1L3V A; 1JLG A; 3V81 A; 4C8L A; 4HUG A; 5AZJ B; 4RW6 A; 1K8K B; 4CHO A; 1WSF A; 4DF4 A; 4BRM A; 3G10 A; 1TK8 A; 5M1N A; 1BQM A; 1WAF A; 4WYB A; 5SWM A; 4HTL A; 4CBX A; 2UUC K; 2VWK A; 5AQI A; 2P9N B; 2RF2 A; 4Y0W A; 1J6Z A; 4K42 A; 3V1R A; 3L2R A; 2QWR A; 3KWI A; 3T1H K; 4UY8 O; 4ELU A; 5CYQ A; 4CEZ A; 4M7Y A; 1TKT A; 3OYL A; 2IVN A; 1L3T A; 3HM9 A; 5HRN A; 2YHX A; 2FSK A; 1RBU A; 4PKI A; 3J8A A; 4HHT A; 3L2W A; 4LF6 K; 5AQY A; 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4EAH D; 4BC2 A; 1ILY A; 5EVZ A; 4Z4H A; 4B08 A; 5E84 A; 3A5N C; 2GWK A; 2ZWH A; 4CHQ A; 5DM7 L; 4DTU A; 3T19 A; 1OH7 A; 4CJT A; 4U67 L; 4MQ3 A; 4KKO A; 3AY9 A; 1ASV A; 3LDP A; 1HKB A; 3AO5 A; 1U2V B; 5JVG L; 3VQB A; 4XIU A; 3IRX A; 2NRT A; 5J2M A; 1RNH A; 4O44 A; 4Y1C A; 3JS6 A; 3QNN A; 4K8Z A; 1EET A; 3AVI A; 3WNG A; 4IOC L; 4NCG A; 1C1A A; 5HRP A; 1C0U A; 4DV0 K; 4A62 A; 5FPM A; 3VGK A; 3MN7 A; 4KB0 A; 1V4T A; 3NAE A; 3O9S A; 2G8W A; 1KLM A; 2CH5 A; 3C6T A; 3C65 A; 2KQ2 A; 1HPM A; 1YT3 A; 3B6O A; 1LWE A; 1KTQ A; 4OPK A; 1RT3 A; 5EU7 A; 4V19 S; 4LY7 A; 2OTL N; 2AJQ A; 1Z05 A; 4JKG B; 3KZB A; 4KTZ A; 4G9Z A; 2WTU A; 1LW0 A; 2CGL A; 5CZ2 A; 4O8U A; 4F2R A; 3WNE A; 2HBK A; 4IFE A; 1RDD A; 1RTI A; 3DRP A; 3TR8 A; 1C0T A; 4DV7 K; 1OH6 A; 4H0X B; 2I5J A; 4MLH A; 2E1Z A; 4I9L A; 4IOX A; 4M3Y A; 3AVM A; 4DCH A; 4FVU A; 3WXK A; 4M42 A; 4CJF A; 4CES A; 4FM1 A; 3U9Z A; 4E0D A; 3NGI A; 3E1Y A; 1X9S A; 1UAX A; 3E9O A; 4BE1 A; 2Q3S A; 3VQ7 A; 5FPD A; 5HOO A; 3NF7 A; 3VEX A; 3AVH A; 3V9W A; 3WQU A; 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