The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
26
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LFA K; 5LMN K; 4DR4 K; 4GKK K; 5LL6 Z; 1IBM K; 4X65 K; 4LF4 K; 4JV5 K; 4DV0 K; 4DV2 K; 4AQY K; 4LF6 K; 4JI0 K; 1XMQ K; 4B3M K; 4LF9 K; 4B3R K; 4NXN K; 4YHH K; 1HNX K; 5LMU K; 3T1H K; 4JI3 K; 3J7A P; 3J80 O; 1FJG K; 4CW7 B; 3J81 O; 4DV4 K; 1IBL K; 1HNW K; 4JI2 K; 4NXM K; 2VQF K; 2HHH K; 2F4V K; 4LFC K; 2VQE K; 1N34 K; 4JI7 K; 4X66 K; 1N33 K; 4GKJ K; 2UXB K; 4KHP K; 1N32 K; 2ZM6 K; 4DV3 K; 5IT9 O; 4B3S K; 1N36 K; 3T1Y K; 2E5L K; 4JI4 K; 4DV5 K; 4K0K K; 4DV1 K; 4JYA K; 4DR6 K; 5AJ3 K; 5IWA K; 4DUZ K; 4YY3 K; 1XMO K; 1J5E K; 2UXD K; 4LF7 K; 4JI8 K; 4JI1 K; 2UU9 K; 3OTO K; 4DR5 K; 3J7Y P; 1HNZ K; 5BR8 K; 4DR2 K; 1I94 K; 2UXC K; 2UUC K; 4JI5 K; 1XNR K; 4OX9 K; 2UUB K; 4LF8 K; 1HR0 K; 4LF5 K; 4X62 K; 4DUY K; 2UUA K; 4V19 S; 4DR3 K; 4DV6 K; 1IBK K; 1XNQ K; 3JAM O; 4CVN E; 4DR1 K; 4DR7 K; 4X64 K; 5A2Q O; 4JI6 K; 4DV7 K; 4B3T K; 4LFB K; 5FLX O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HPH A; 1YJN N; 3FE1 A; 3QEP A; 5LMN K; 1HYS A; 1NJY A; 4F9O A; 3MN5 A; 4CF8 A; 4E7L A; 1NKE A; 2G8F A; 4CJ7 A; 2GX9 A; 5HRS A; 2HMP A; 5EU7 A; 3DXK B; 4DV0 K; 3OYK A; 3O4Q A; 4BE1 A; 4B3M K; 4CJF A; 3VQB A; 3MN6 A; 2QI2 A; 3VQ8 A; 1U6Z A; 1CLQ A; 4CZM A; 2E6L A; 4RW7 A; 4CFC A; 4YHH K; 5CYQ A; 3CPE A; 4CJ4 A; 4OLA A; 2P9S B; 1VSD A; 1QSY A; 4IFV A; 5GIO A; 3TAR A; 3HPG A; 4B1X B; 1VQ9 N; 3OYA A; 4DG1 A; 5CY4 A; 1VK0 A; 5J1E A; 1ILY A; 4FWO A; 3SUP A; 3CXC M; 4FLX A; 2X6S A; 3ZSW A; 3PIP L; 2VQF K; 3ENH A; 4L3Q A; 3M1F A; 3WXL A; 2YCH A; 3HVT A; 4LH5 A; 1HKB A; 4G1Q A; 1N34 K; 4C1N I; 4JI7 K; 4X66 K; 3KLG A; 3Q7B A; 3A5M C; 1YJW N; 4K43 A; 5AQK A; 4QOZ B; 1NK4 A; 1NGJ A; 3A2F A; 1VQ7 N; 2JWK A; 3QIC A; 4H5W A; 4O4G A; 3EKS A; 4CJL A; 2FBT A; 3M8R A; 3D2F B; 1QQO A; 3THW A; 2OZM A; 3VET A; 4CES A; 4YDU A; 2R7Y A; 4HVJ A; 3OA9 A; 3CME N; 2CH5 A; 2UXD K; 1TK8 A; 3CG7 A; 2WBN A; 3AGR A; 1BIZ A; 1NKB A; 1BIS A; 2VYP A; 4FXD A; 1C0F A; 1RDA A; 2W6K A; 4CEC A; 3RRG A; 2FXU A; 3HI0 A; 4CJS A; 3PV8 A; 2IIR A; 3NGY A; 5AQV A; 5C0Y A; 4CJV A; 4E1J A; 2QXF A; 4X62 K; 1RT7 A; 3K58 A; 4MLH A; 5EY4 A; 3JAM O; 3NVM A; 1GLB G; 4FWP A; 5BRF A; 3SBT A; 4M63 C; 2YHY A; 1OH6 A; 3JS6 A; 3EEQ A; 4DTR A; 1F21 A; 4JEP A; 4MFB A; 4DKW A; 2OPS A; 3TTF A; 3KVG A; 5FPE A; 3H45 C; 3VF2 A; 2IVN A; 4X65 K; 3LDO A; 3PSI A; 4JV5 K; 3LP1 A; 1EX4 A; 4KI6 A; 3SZ2 A; 2QM1 A; 1XMQ K; 4IEE A; 1TK0 A; 1BCM A; 4F4K A; 4GW6 A; 4W5T A; 2GWJ A; 2E2N A; 2VG5 A; 2B4J A; 3G10 A; 4XIU A; 2HHV A; 1RFQ A; 2DFF A; 4GMJ B; 4WQ5 A; 5HLF A; 4CW7 B; 4BG9 A; 4AM7 A; 5M1N A; 2YV0 X; 5C24 A; 4HCB A; 1BQM A; 1TVR A; 3FGU A; 4PQU A; 1RDW X; 1T7P A; 4O5B A; 1KSP A; 3E9P A; 4AHV A; 4EP4 A; 1HX1 A; 2KKZ A; 3WEE A; 1MDU B; 4FVM A; 4BR5 A; 4UQG A; 3PX6 A; 2HHT A; 2FF3 B; 3R3L A; 4W5O A; 3RRH A; 1YIJ N; 1NOZ A; 3IMX A; 1C0G A; 2A1R A; 5F0X A; 3CQ8 A; 3MK6 A; 3CCL N; 4YOV A; 3VQ4 A; 4EFH A; 1QSL A; 3ENO A; 1TGO A; 4JYA K; 4AHT A; 1ATS A; 2A40 A; 3QES A; 2HNZ A; 2F8S A; 1T8E A; 4AHC A; 1E3M A; 2P9N B; 4KH6 A; 3K59 A; 2UU9 K; 1NK0 A; 4OPH A; 4H4M A; 4YFU A; 3U3Y A; 1CZB A; 3RR8 A; 4AIL C; 1A5W A; 4E0D A; 1OH7 A; 4DQR A; 3L3U A; 4B1V A; 1GOC A; 4RW6 A; 1Y97 A; 2P51 A; 3FZM A; 5KGX A; 5GAE P; 2Z1J A; 3B8A X; 2QTD A; 1NGG A; 3QFU A; 5M1P A; 5TKW A; 4DHY A; 2XY7 A; 4BR9 A; 4LF5 K; 4V19 S; 3AVA A; 2OTL N; 3P31 A; 3E9O A; 4CVN E; 4BRL A; 4BE2 A; 3CPW M; 2ZD1 A; 5AZJ B; 3S3N A; 3F9K A; 1WAF A; 4PA1 A; 4HUF A; 2D1K A; 3THY A; 3AY9 A; 1Q82 O; 1NK9 A; 4XEI A; 3TAQ A; 3G4S N; 4GKK K; 2A1S A; 1KAX A; 1T03 A; 5D3G A; 2HB5 A; 1RT4 A; 3DXK A; 3NF7 A; 3W0L A; 4DU3 A; 3ZT3 A; 1X9S A; 4KRE A; 3NGZ A; 1Q7Y O; 1TKX A; 1RNH A; 3HSC A; 4JI0 K; 1W2B M; 2VWB A; 3VEX A; 4HUE A; 5BRE A; 3LDS A; 1ASW A; 2P9S A; 4CEA A; 5C10 A; 1MWM A; 1RBS A; 1HQU A; 5EVZ A; 4B9N A; 4DU1 A; 4H0X B; 3L3V A; 3LAN A; 1YJ9 N; 3J81 O; 4W5R A; 4DV4 K; 3AO1 A; 4CGG A; 2W40 A; 1QHT A; 2OTJ N; 1HNI A; 2QXL A; 3OS1 A; 1TYQ B; 1EP4 A; 2D0A A; 3IAY A; 1D9D A; 3ENB A; 4M3W A; 5ELZ A; 3E9L A; 1IJJ A; 3A8Y A; 2ETJ A; 2UXB K; 4DS4 A; 2Z1I A; 5AQJ A; 1NNE A; 4CF2 A; 4BC4 A; 1U47 A; 5KPZ A; 2BE2 A; 1RTD A; 1WN7 A; 2XY8 A; 4PKG A; 3OYH A; 3M8S A; 3KWG A; 4B9S A; 1JCE A; 1X3N A; 1FKO A; 4K0K K; 3AO5 A; 3I33 A; 3TAN A; 4F2R A; 1J9A A; 4FK0 A; 3M8Q A; 3KLF A; 4CHY A; 3AV9 A; 3ZSR A; 2WTU A; 3CFR A; 3ULE B; 3AAQ A; 4O0I A; 4RW8 A; 3SMS A; 2QWR A; 1X9J A; 3V9U A; 3QFP A; 4DTS A; 3OJS A; 2PYJ A; 1R59 O; 4OGC A; 1NGE A; 4CER A; 3CM6 A; 5E26 A; 1RTH A; 3AVL A; 3UKU B; 3K5O A; 5JLH A; 1J5O A; 2JLE A; 3KTQ A; 1T3V A; 2BUP A; 1M90 O; 2XY6 A; 3A5O C; 3HYF A; 1O1W A; 3ZX2 A; 3H6E A; 4JKA A; 3F73 A; 4JKB A; 1KFD A; 3KLH A; 4ZTJ A; 4DSK A; 1TAQ A; 5M1Q A; 1QVF M; 1YI2 N; 4XH4 A; 1D8Y A; 5LL6 Z; 2E4L A; 4FW1 A; 3VN5 A; 2HNY A; 4FZY A; 1JCG A; 3QNN A; 5BPN A; 3AVH A; 2X6N A; 5J2M A; 3PSF A; 1JLA A; 1U4B A; 1SL1 A; 4KKO A; 3O3G A; 1I39 A; 4OPJ A; 3MED A; 3MWP A; 5ADX A; 2HBM A; 4FJI A; 3AA3 A; 3MCP A; 2HHS A; 5AFU H; 4L8R B; 4BRM A; 4BRG A; 3L8B A; 1KVC A; 3QER A; 4WE1 A; 4CF0 A; 3K5N A; 4FWM A; 5F1X A; 3DLE A; 3ZSO A; 2Q1N A; 4B9T A; 4RG8 A; 4FOI A; 3T69 A; 5DM7 L; 4BR7 A; 1GLA G; 4OKJ A; 2RE2 A; 2FSN A; 1KC8 O; 5AJ3 K; 4DUZ K; 2P9N A; 1XMO K; 4Z4G A; 1V4S A; 4FWR A; 1YAG A; 4IXC A; 4H0V B; 5AQU A; 2KZZ A; 3OYI A; 4OVL A; 1D4X A; 1HPM A; 2YJF A; 3BF3 A; 2QWM A; 2KW4 A; 1BDG A; 3GE1 A; 3DMJ A; 2QEX N; 4J2D A; 1S1W A; 2RF2 A; 3DWL A; 4DR3 K; 3AO4 A; 5KI6 A; 3S41 A; 4CJQ A; 1LWC A; 4CEB A; 1JJ2 M; 3DXM B; 1RBV A; 1N5Y A; 5AZJ A; 3QIP A; 4CEF A; 3PY8 A; 4H0P A; 4H0T B; 4H0O A; 1SKR A; 2P9U B; 4LFB K; 2NUB A; 4IG0 A; 4CF9 A; 4EZ6 A; 4PHT X; 1QTM A; 4A5A A; 4M7X A; 4H0Y B; 3P83 D; 3VGK A; 4PKI A; 1SKS A; 1VSF A; 4E89 A; 4EIA A; 4LF4 K; 3ZYY X; 4MO5 A; 3T19 A; 3O80 A; 3PIO L; 4CZK A; 5SZT A; 2GEM A; 4CHQ A; 1R0A A; 4ISG A; 2YHA A; 1RBR A; 3C6H A; 4CFD A; 4Q5V A; 4FM1 A; 2FBX A; 4NXN K; 3TAM A; 2BDP A; 2HHQ A; 1S72 N; 3OYJ A; 2V7Z A; 3VTH A; 2DPN A; 3VA3 A; 1IBL K; 2W42 A; 1NWK A; 4E7H A; 4KTQ A; 3OW2 M; 1SL0 A; 2H3G X; 5AQM A; 4IDK A; 1OKJ A; 5LJV A; 3HM8 A; 1JL2 A; 3FR0 A; 3VTI A; 1GLC G; 4DWI A; 3C65 A; 1WSH A; 3J8A A; 4E7K A; 2GEL A; 5DK5 A; 2E6M A; 1G99 A; 2B5J A; 1WSG A; 4EZ9 A; 2Z1H A; 1EQY A; 3AVB A; 1D9F A; 4FJG A; 1DTT A; 3ULE A; 3QEI A; 4BR0 A; 5KPR A; 2A42 A; 4IFY A; 2ASO A; 3V1O A; 5HRP A; 4LY7 A; 4JI1 K; 1J54 A; 3TAF A; 4JI8 K; 3O9T A; 1GLE G; 4RWT A; 2X78 A; 4LH4 A; 3NHG A; 1YVN A; 3AVC A; 3MN9 A; 5AQS A; 2O8B A; 3CM5 A; 4AHU A; 4FJN A; 1MU2 A; 3UKU A; 5M1K A; 3MMV A; 4ID5 A; 4BQZ A; 4Y0W A; 4M3R A; 4HCC A; 4DTO A; 3E1Y A; 2D4W A; 4WQ5 C; 4CHZ A; 4CZJ A; 2V7Y A; 2IAJ A; 1Q81 O; 3CI5 A; 4JI6 K; 4DV7 K; 1IG8 A; 3MN7 A; 3EZ5 A; 3WT0 A; 4K41 A; 4B8A B; 1QQN A; 3D7E O; 2XO7 A; 3K57 A; 3NF8 A; 1JLE A; 4U7B A; 4LFA K; 2HST A; 5AZI B; 4FZZ A; 4ELU A; 1K9M O; 2G8I A; 3DI6 A; 1KAY A; 4FLW A; 1HUX A; 1XI1 A; 1VRU A; 3SPZ A; 1YF5 L; 4M42 A; 1T6D A; 1S1U A; 2YHX A; 3NFA A; 3RMD A; 4AHS A; 3AA2 A; 2D0O A; 1VQP N; 3CFP A; 4B3R K; 4KHQ A; 3T1H K; 1JLF A; 3J7A P; 3H46 O; 3LPT A; 2HBJ A; 3V9W A; 5M1O A; 4CJ3 A; 3KLE A; 4OGE A; 3QEW A; 1KAZ A; 1VQO N; 4DTJ A; 1HYZ A; 5FRN A; 3UKR A; 2PYL A; 4NB4 A; 3VQP A; 1GLD G; 3K5M A; 5FPM A; 4NXM K; 2B6A A; 3CJ1 A; 4FJH A; 4BAC A; 2FLO A; 4M3Z A; 3OYM A; 2F9T A; 2HHW A; 3O08 A; 4Y1C A; 1T6C A; 3NVK A; 2QW9 A; 4O44 A; 5AQQ A; 5JS1 A; 3FFK B; 3GL1 A; 5ADX H; 3ZSZ A; 1X9M A; 3F9M A; 5MLC Q; 3KK2 A; 4BC5 A; 4YOT A; 1ZXO A; 1Z26 A; 4M3Y A; 3JXU A; 1OH8 A; 4YOY A; 4CBU A; 4HWI A; 2GUI A; 1J6Z A; 1NGC A; 2PAV A; 2YI1 A; 2QWP A; 3H1V X; 1JLB A; 3QBX A; 5AQH A; 4IG3 A; 1HRH A; 4CEO A; 2QK9 A; 4EHU A; 5GAG P; 3P4I A; 5BN8 A; 1HNZ K; 4GV6 A; 4B3O A; 4GY2 B; 4CZG A; 3CCR N; 5HOO A; 2I7N A; 4Q0B A; 3LL3 A; 1XNR K; 1C0M A; 1QQC A; 2IC3 A; 1KD1 O; 3DXM A; 3AA4 A; 3O5B A; 3PO4 A; 4ISF A; 4DR1 K; 3TAB A; 4J8F A; 1HYV A; 4F3O A; 4JLH A; 2P9U A; 3Q7C A; 5I9E B; 4X64 K; 2Z1G A; 3O4W A; 2E1Z A; 4K25 A; 3OY9 A; 5DM6 L; 4FPB A; 2QWQ A; 4E19 A; 2VG6 A; 3LP3 A; 4PY5 A; 2CGJ A; 2DFE A; 1RDU A; 2VCP A; 3OVN A; 4KPY A; 4LSL A; 4M3T A; 2GV9 A; 2HVI A; 3TSQ A; 5KRS A; 4BDY A; 2HF4 A; 4JKC A; 4JRP A; 3OYC A; 1GLL O; 3QLH A; 4H4O A; 3QDK A; 3O1W A; 4CGJ A; 3FZH A; 4AH9 A; 3ULD A; 4IO9 L; 3WXI A; 1VQ4 N; 2PY5 A; 1RBU A; 1WSF A; 4H5V A; 3HP9 A; 4B9U A; 4ZHR A; 4F8R A; 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1JKH A; 3MEG A; 4C23 A; 3RSE B; 3LPU A; 1FXX A; 5HP1 A; 1RIL A; 4KO0 A; 4W5N A; 3A5L C; 1LV5 A; 3L2Q A; 4IO8 A; 3JSM A; 2OPR A; 3CJ7 A; 1L3T A; 4IBN A; 4E7I A; 2QKB A; 1BG3 A; 2F8T A; 4FLU A; 5EX5 A; 4F2S A; 3CJ9 A; 1C1B A; 3NMU A; 1P90 A; 3MDQ A; 3H1Q A; 1EXQ A; 4ID1 A; 3SUQ A; 4MQ3 A; 1KVA A; 3O9Q A; 4GKJ K; 1S9G A; 1ZBL A; 2ZM6 K; 2G8V A; 3I55 N; 4CJE A; 3K0S A; 2HW3 A; 3AA5 X; 1MWK A; 3SV4 A; 3QEV A; 5HBM A; 2BTF A; 1YTA A; 2E5L K; 4DV5 K; 1E4F T; 3CFO A; 2QA4 N; 4NYF A; 4CHO A; 3WXJ A; 1RDB A; 5H1S Q; 1RT3 A; 1U45 A; 2Q3S A; 3DJC A; 1Y64 A; 4FL9 A; 4BRA A; 4DB3 A; 1QZ6 A; 1ZC6 A; 4JKE A; 3HBT A; 4KHY A; 3CIP A; 2D0C A; 4XH1 A; 5AR0 A; 4E3S A; 2VG7 A; 3DLL L; 1OVY A; 4OLB A; 3K9K A; 2O8C B; 4R79 A; 3V1Q A; 3CYM A; 3KK1 A; 2WOM A; 2HVH A; 3SAF A; 1BIU A; 2UUA K; 3OS2 A; 5GIN A; 5LY3 A; 2NRV A; 3NCI A; 1A5X A; 3BUZ B; 1WAJ A; 4DTM A; 4Z4H A; 1ATR A; 3H3O B; 3LAM A; 1KLN A; 1C1A A; 1BU6 O; 2ZJR L; 1WSJ A; 2QWL A; 1DGK N; 4Y1D A; 5BPM A; 1JXE A; 4WF9 L; 3BP8 A; 2ASP A; 3I8B A; 4XH5 A; 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