2IVOA

Structure of up1 protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords UP1
publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus abyssi
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 325
sequence length 325
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivoA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivoA01
2I7PA 2F9WA 2YJFA 5AQMA 3FZFA 5AFUA 2Q36A 3KZBA 4BR7A 1BDGA 1YUWA 5AZIB 3WEEB 2A40A 3QBWA 4BQLA 2BUPA 2E20A 5KQ8A 3DAWA 2ZGYA 2E2QA 2ZGZA 2QWRA 1TUYA 4FWPA 1Z6RA 3VF4A 2HMPA 2FSKA 2FSJA 4MLEA 4FPBA 2GELA 3C7NA 3LDPA 2DPNA 4B1WB 3VGKA 3GBTA 5AQRA 4BRHA 3FR0A 3IMXA 3U9DA 1BG3A 4M7YA 1BOTO 4O8KA 3WXKA 1MDUB 1ATSA 1GLDG 4A2AA 1U2VB 3WQTA 2P9NB 4KBOA 4BVOA 1ATNA 3SMSA 3H45C 3UKUA 4H0XB 4BROA 2D0PA 3M3ZA 1HKGA 1T44A 4XH1A 4PL7A 4MO4A 2J4RA 1ZC6A 1NGGA 2Q0UA 3HM8A 3O5BA 1D4XA 1YAGA 3UB5A 4BQZA 4DHYA 4BRMA 3JS6A 3O80A 3H3NO 4CBUA 3HBTA 2P9KA 3U8XA 1HX1A 3R6MA 1BA1A 3J8AA 1K8KA 3D2FA 1G99A 2P9SB 4BR5A 5AQLA 3WXJA 1MWMA 1E4FT 5ADXH 1TYQA 1HUXA 4BR4A 4M7XA 5AQUA 2FSNA 3ZX2A 3IUCA 5AQSA 4YDUA 3GL1A 3A5OC 1YVNA 1IG8A 1XQSC 1QZ5A 2E8AA 5KPZA 3FLCO 2V52B 3VEZA 3ATVA 1NBWA 5BPLA 2AP1A 4PL8A 3CJBA 1V4SA 4GNIA 4BGBA 3DXKB 3H1VX 3AAPA 3VF6A 3CIPA 1XUPO 4BRIA 3CJ1A 2ASMA 5LY3A 5AZJA 4C23A 1QQOA 5JMVA 3WXLA 4CZJA 4JN4A 3BUZB 2P9PB 4FO0A 4FOEA 2CGKA 1V4TA 3MN6A 5AQXA 3ID8A 5AQTA 1CZAN 3EO3A 5I9EB 2QWOA 3D2EA 4L3QA 3ZEUA 3GG4A 3EKUA 3A8YA 4MLHA 1ZBSA 5AQHA 3CJCA 3CQYA 3UKRB 1NGCA 1SAZA 4BRKA 2VWBA 2HOEA 5AQPA 2A41A 2GWKA 3VEOA 2IVOA 4CD1A 3QMLA 2E2OA 4BRDA 4FWOA 3G25A 3I33A 3O1BA 5EOYA 3ZETA 3GOIA 5AQIA 4YDUC 4K42A 3D7EO 4H0OA 4JD2A 4RCHA 1JCEA 4CBXA 1GLEG 2CGLA 3I8BA 4AM6A 2D4WA 3MMVA 3R9PA 3CJAA 2GEMA 3RSEA 1NGDA 3FGUA 4PKGA 5AQWA 4BRLA 2PAVA 3VGLA 2HF3A 4HWIA 3BEXA 4FOIA 5AQQA 4CZIA 3W3DA 1HPMA 4IZ9A 3MN7A 3VOVA 1HKCA 1NMDA 2EWSA 2YI1A 2CGJA 3QDKA 5FPMA 3QBXA 5AQOA 3H3OB 3L0QA 4BC4A 5E26A 3QB0A 2QWQA 3DXMB 4I6MB 4JHDA 3CJ9A 2P9IB 3HI0A 4B1YB 2YHWA 1KAXA 4K41A 1BUPA 5CE3A 3A5MC 2NZTA 3S41A 4BC3A 5AR0A 5AQZA 5FPEA 1C0GA 2A3ZA 4CZGA 1NGHA 3ZX3A 4CZEA 3VF2A 1EQYA 1R59O 3ENHA 4F9OA 3HSCA 3EZWA 3SMPA 3QICA 3IFRA 3ENOA 3O6WA 3C7NB 5ELZA 3EL2A 3FFKB 2P9LB 4NB4A 2YHYA 2NLXA 1Q18A 4M63C 2P9UB 3CERA 3L4IA 3LDLA 3MK6A 4EIAA 4ISGA 2Q2RA 4QS7A 4WYBA 2PBDA 5KPRA 3ULEB 3UKUB 4DB3A 4FL9A 5BRFA 5AQNA 1QHAA 3O8MA 4H0VB 1OKJA 3U9ZA 1KAYA 2VYPA 1S3XA 5EVZA 4BC2A 4IWVA 3LM2A 5AQKA 5BRDA 2NRHA 2YJEA 3WT0A 1LCUA 1X3MA 4XH5A 3FZHA 2P9KB 2H3GX 4FWKA 4NO7A 5E84A 4HTLA 4H0PA 1ZXOA 3O4WA 2QWNA 3QFUA 5BR9A 4Z94A 1K8KB 1S22A 3D2FB 4BR0A 3MCPA 1BO5O 1GLFO 4K25A 4LC9B 3OHRA 3AAQA 2HF4A 5AQFA 1TYQB 4GY2B 3U4LA 4BRQA 4BR9A 1Z05A 3MN5A 1DKGD 1IJJA 1SQKA 5F2RA 4FWSA 3UKRA 2AA4A 4BREA 4B1UB 1Y64A 2OANA 3A5LC 5BPNA 3BF3A 3GE1A 5B8HA 3KHYA 2ZWHA 4JAXA 3LDNA 1T6DA 1XC3A 3ZX0A 1NM1A 2QWLA 1JCFA 4H03B 5KPTA 1RGIA 4IJAA 4XEIA 4IJNA 5AZJB 4CD3A 2Q0RA 2VCPA 5FPDA 5AQYA 4BGAA 5TKYA 1QQNA 1WOQA 1C0FA 2YCHA 2YHXA 5BRHA 1GLLO 4RWTA 4B1VA 5F0XA 4QS9A 3VPZA 3M6GA 3VENA 3D2EB 4BC5A 3VEYA 4H0YB 1DGKN 2CH5A 3ZEUB 4WQ5A 2GUPA 4H5WA 1GLJO 3VEVA 3VESA 3R8EA 2D0OA 5BREA 5AZIA 3WEEA 4IO8A 3W0LA 4A61A 2D1KA 5JLHA 5AQGA 4FPAA 4AM7A 3DWLA 4B1XB 4BRFA 3WXIA 4E1JA 4JD2B 4EAHD 1TUUA 1J6ZA 3EKSA 5AQVA 1RFQA 1SZ2A 2CH6A 3CHWA 3WQUA 3LL3A 1U2VA 3RSEB 2P9NA 3IDHA 4BRPA 5BPMA 3F9MA 3CETA 5KQDA 5LJVA 3H1QA 4IXCA 4CZLA 3VEXA 3CJ7A 3JXUA 4J8FA 3UE5A 2QW9A 4K43A 3SJHA 2E2NA 4O5FA 1NGAA 2W40A 5AFUH 4CI6A 1BWFO 2P9LA 3KVGA 4FWRA 4WQ5C 4ISEA 2Q31A 4FWLA 4FSVA 4FWQA 4H5RA 4RTFD 5ADXA 2P9UA 4JHDB 4B1ZA 2QWMA 4BG8A 3ATUA 4FWMA 2Q1NA 4BRAA 3M1FA 3CI5A 2E1ZA 2P9SA 2GTDA 3ULEA 3H6EA 3VEWA 1NGFA 5BN9A 1WUAA 3TU5A 2A42A 3FE1A 4JNEA 1GLCG 3O1WA 2IVPA 2QXLA 3FZLA 4CZHA 1YXQA 3O08A 2ITMA 4BVPA 2QM1A 3VETA 2ASOA 3LDQA 1GLAG 4PKIA 5EXWA 1NGIA 3QFPA 4A62A 3DXKA 2FF6A 4WQ4A 1U6ZA 3A0IX 1T6CA 2UYTA 1QZ6A 4EHTA 2I7NA 2KHOA 2V51B 3AARA 2P9PA 4CJ7A 4DCHA 3SLCA 1P8ZA 4EFHA 3DJCA 1NGJA 2FLOA 4BG9A 5JLFA 4Y0WA 2QWPA 3H46O 1ESVA 1HLUA 3MDQA 5EX5A 2W41A 1X3NA 4XH4A 1KXPA 3TPQA 2F9TA 3P4IA 2E2PA 5LJWA 2IIRA 1BA0A 3LDOA 2IVNA 1ATRA 3HZ6A 3VERA 4DQ8A 4H5VA 3EN9A 2A5XA 2BTFA 3HTVA 4EHUA 4CBWA 3BF1A 4ISFA 1LOTB 1QQMA 3L6QA 2FF3B 2Q97A 3LM9A 1BU6O 3CQXA 4PKHA 3GDQA 3FZMA 1HKBA 1JCGA 3B8AX 1E4GT 1NLVA 1NWKA 2A6AA 4MO5A 3WUHA 4BRCA 4BR2A 1GLBG 4WQ4C 1H1VA 3C0BA 5JICA 2V7ZA 4H0TB 5FPNA 2WUSA 1NGBA 2ZF5O 4QS8A 4H5TA 3A5NC 1HJOA 5AQJA 5BN8A 4A2BA 1MWKA 2FXUA 2ASPA 2GWJA 4BRNA 4CZMA 3VGMA 4H5NA 2E1YA 2V7YA 4B9QA 1KAZA 1NGEA 2E88A 3SK3A 4CZKA 3ZETB 3FZKA 3DXMA 4I6MA 1RDWX 5F1XA 3BP8A 3AY9A 4BRGA 1MA9B 2P9IA 1X9JA 4FWNA 3MN9A 4CZFA 1DEJA 5EY4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQMA 3FZFA 5GADP 3F9KA 1BDGA 5GIPA 2YKNA 4R5PA 3QBWA 4BQLA 3AA2A 2ZGZA 1TUYA 4LH4A 3HJFA 4OPHA 2FSKA 4FYDA 4Y1DA 3G71N 4DQQA 1SS6A 2OPRA 3TTDA 3P1GA 3U9DA 1BG3A 3WXKA 1ATSA 3NMUA 4A2AA 4DTJA 4KBOA 1XNRK 3CCEN 4FJLA 1ATNA 4LD0A 3UKUA 4H0XB 3PX4A 5HP1A 1M1KO 5BR8K 3M3ZA 5CZ1A 1JLGA 1VQNN 1YF5L 4XH1A 1DT9A 4ELUA 3RRGA 4F8RA 5D3GA 4F3TA 3LAMA 1SUQA 3WXMB 1XWLA 1S1UA 4CBUA 3O9UA 3HBTA 4I2PA 4E89A 3MX2A 2VQFK 4Q5VA 3D2FA 4Z4IA 3ZYYX 1G99A 4GKKK 3RR7A 3TSQA 5IT9O 4JI1K 3KTQA 4FJGA 1ZBLA 4BR4A 5AQUA 3VTIA 3ZX2A 4A57A 1C1BA 4B08A 3O3GA 4J2BA 3A5OC 1W97L 1IG8A 4YY3K 1XNQK 3FLCO 5JVHL 3VEZA 4DTPA 3K5MA 3ZSOA 3C6AA 3H1VX 3AAPA 5M1KA 3CQ8A 2ASMA 3H08A 5AZJA 4C23A 5JMVA 2HHUA 2F96A 4IG3A 1S1XA 3AGKA 4FO0A 5AQXA 4Z0UA 1V4TA 5AQTA 3NF6A 4KRFA 4DFKA 4L3QA 3ZEUA 3OYLA 4HUEA 4ZHRA 1ZBSA 5AQHA 1UWBA 4FLXA 3KKRA 1S9GA 2P5GA 1SKRA 4YOVA 4BRKA 3VN5A 2HOEA 4DMNA 2XO7A 3VEOA 2OCEA 4OKEA 4E19A 4BRDA 2YX6A 3G25A 3SBGA 1J5OA 1OH8A 3ZETA 4YDUC 3CCLN 2E4LA 3P39A 4FVMA 3I56N 4AM6A 4A59A 5FRNA 3QNOA 4CF1A 1JLEA 1SV5A 1JLFA 4CZIA 4JI3K 4CJKA 3MN7A 3KLEA 1NMDA 3AVNA 4LF4K 5HLFA 3QDKA 1QTMA 3OYAA 5AQOA 3H3OB 4BC4A 2DFHA 5GAGP 1JKHA 2QWQA 3K59A 4I6MB 1VHXA 1KFDA 2LSNA 3BGRA 3M8SA 2O8CB 4OPJA 2P9IB 4LH5A 4BWJA 3OYMA 4DTUA 1YI2N 4LF8K 1FXXA 2XY7A 4K41A 3CCVN 1WAFA 2NZTA 3S41A 3T3FA 5HRNA 4DTSA 1D8YA 2JLEA 2HHQA 1ILYA 4ELTA 4QAGA 3VF2A 1R59O 3SMPA 1N6QA 3QICA 2D0CA 3DLBA 3O6WA 4X65K 1VSKA 1BI4B 4NB4A 3VQBA 3D6RA 2P51A 2NLXA 1Q18A 2BE2A 2HHHK 4GVEA 4U7BA 1VSIA 4WYBA 4HVJA 3OYNA 4B3SK 4LF9K 3CF5L 5M1FA 3VQDA 1P90A 4CERA 3NF9A 4CF9A 4DR1K 1ZBFA 1I39A 4GVMA 1KAYA 3NF8A 4CEZA 5SWMA 2FBXA 1Q82O 4NXMK 5AQKA 1TKXA 3LP3A 2IC3A 3K5NA 1X3MA 5KI6A 4E1MA 3SQ4A 3CD6N 1TAUA 4H0PA 2IS3A 5LL6Z 3QFUA 4DV7K 3F2KA 4Z94A 4M3YA 1K8KB 1DTQA 2PZSA 2GBZA 4B9NA 3RR8A 3MWTA 2DFEA 3AAQA 4IKFA 1TYQB 4BRQA 4CEBA 1VSHA 1HNWK 3MN5A 4FM1A 4YOYA 2ETJA 1J9AA 2HHTA 1S5JA 1Y64A 2OANA 3A5LC 3U3GA 2O8DB 3LP1A 1K6YA 5BPNA 3BF3A 3SYZA 4KTZA 1Z25A 2O8BB 3SQ1A 3KHYA 1EKEA 2IOCA 3LDNA 1NJXA 5DK5A 4WFBL 2KZMA 4IFYA 3VTHA 2Q0RA 3N4QA 1QQNA 1C0FA 3G4SN 1TK0A 2YHXA 1GLLO 1GOBA 5C42A 4RWTA 4J2EA 3RRHA 4E3SA 1S1VA 3VPZA 1L5UA 2G8WA 4WQ5A 3ZSYA 1GLJO 1NOYA 2Z1JA 2IAJA 4W5NA 5BREA 1JJ2M 1QSSA 1EP4A 4OGCA 4OX9K 4KHUA 4JRQA 4KREA 1QQCA 2D1KA 2UXCK 4KB1A 4I2QA 4FPAA 3QO9A 1HYZA 3DWLA 4BRFA 3WXIA 4JKBA 4M3WA 1TUUA 3EKSA 3TARA 4U67L 3CHWA 2W6LA 3WQUA 3PIPL 3ZT4A 1JL2A 4JI4K 1C1CA 2KFNA 2FBVA 4BACA 2GUIA 3P83D 3VEXA 4CE9A 3TAPA 1X9WA 4ID5A 1SL0A 3QLHA 1HR0K 1EX4A 2UUCK 3HO1A 1NGAA 5AFUH 4DS5A 4CI6A 1BWFO 4Z4EA 4RW6A 4RG8A 2Q31A 1RDBA 4FWQA 4RTFD 4YNQA 3NCIA 4DU3A 5ADXA 2P9UA 4B1ZA 4BG8A 4FWMA 1RDDA 2D0AA 2HBLA 3E9LA 4CJ3A 3CI5A 4JKHA 1TK5A 2D0BA 2E1ZA 5I42A 2PYLA 2OPPA 4DTOA 1RT5A 3PSFA 1NGFA 4GV9A 4KI4A 3HL8A 4DSIA 2YNHA 4AHRA 1N32K 3KLHA 3CFPA 3K57A 1T8EA 1M90O 4B3OA 4O0IA 3FZLA 1S6PA 3MEEA 4FJNA 3NGZA 3O08A 5C2DA 1ZBUA 3MECA 4PKIA 5IWAK 1NGIA 1Z26A 2UXDK 1XI1A 2HNYA 1MU2A 4CF2A 1ZBIA 2YHAA 1HRHA 4DR7K 3V9UA 2V51B 3SLCA 3NE6A 2A1SA 3DJCA 3OYBA 4FLVA 4CCHA 4B9UA 4FW1A 2ZE2A 4Y0WA 2QWPA 3H46O 1HLUA 4IFVA 3SUNA 2W41A 4H4OA 1WB9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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