2IVOA

Structure of up1 protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus abyssi
molecule tags Hydrolase
molecule keywords UP1
total genus 112
structure length 325
sequence length 325
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivoA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivoA01
3LDLA 1HX1A 4FL9A 2QXLA 5BR9A 4GNIA 3F9MA 1BU6O 1ATSA 1E4FT 3O4WA 2ASMA 1NGGA 3CI5A 4FWKA 1Z05A 2UYTA 4K25A 3IMXA 3VPZA 5AZIB 4PKIA 1BG3A 4JN4A 3TU5A 1HPMA 4H0OA 2E2PA 3IUCA 1K8KA 1GLAG 1H1VA 1ZC6A 1QZ6A 4F9OA 1KAXA 5EVZA 1ESVA 4DB3A 2P9NA 4B1UB 4DQ8A 2A3ZA 3EL2A 2QWRA 3ZX2A 4B1WB 3GE1A 3EZWA 2YCHA 2P9UB 3VENA 2FLOA 3ZX0A 3A5LC 4IXCA 1Q18A 3AY9A 1P8ZA 4BGBA 4RTFD 3L4IA 1GLJO 3H1QA 1WUAA 2GTDA 1BDGA 4IJNA 5ELZA 3L0QA 5AQPA 2V51B 4CD1A 3MMVA 5AQRA 2E20A 2A6AA 4BRHA 1RGIA 1JCGA 3DXMB 3O1WA 3MN7A 2IVPA 4BRAA 1EQYA 3CJAA 4BR4A 4H5VA 4CBUA 4K42A 3WUHA 1JCFA 3VEXA 4WQ4C 4CZGA 3VGMA 4BR0A 5LJVA 3VEZA 4AM6A 4CZLA 3QB0A 3CERA 4BRNA 2E1YA 4EAHD 3D2FA 5KPRA 3D2EB 3BP8A 3AAQA 5FPDA 5I9EB 2CH6A 2E1ZA 5FPNA 3EKUA 5AQHA 2Q0RA 3CQXA 1E4GT 4CI6A 2D0OA 3B8AX 3LM2A 4WQ5A 5AQUA 4CZEA 5F1XA 3WQUA 2PAVA 1NGHA 3ENOA 3LDOA 3FLCO 2ITMA 1GLFO 1QQOA 3M6GA 3VGKA 3HI0A 1D4XA 4RCHA 1X9JA 3O5BA 1RDWX 1Z6RA 3MN5A 4A2BA 4CBXA 5AQYA 4BC3A 1YUWA 4XH5A 4MO5A 2P9IA 2A5XA 1J6ZA 2P9PB 3LDPA 4BRLA 4DCHA 1R59O 2QWNA 4QS7A 2ZGZA 3H45C 3HZ6A 4JHDB 5AQGA 4DHYA 4H5WA 1WOQA 4MLEA 2A41A 5AQLA 4E1JA 2VCPA 3W3DA 4K41A 1XUPO 3UKRA 2A42A 2VYPA 2W41A 4JD2A 4CBWA 5BRHA 4JHDA 1NM1A 3U8XA 1NGBA 3CJ7A 3VGLA 5FPEA 3CQYA 1NGJA 3CJ1A 5AZIA 5JLFA 4MO4A 2E2QA 2Q0UA 4XH1A 1SAZA 1TYQA 3MCPA 2NRHA 2P9NB 4H5RA 5F2RA 3AARA 2QM1A 4BVPA 5AQMA 4BG8A 1HKBA 3EO3A 3UKUB 4XH4A 1C0GA 4ISFA 1NGIA 3O1BA 2GUPA 1X3MA 2CH5A 5FPMA 1DKGD 1MWKA 5BN9A 5BREA 5ADXH 1QQNA 4I6MB 2HMPA 5CE3A 2QWQA 2ZWHA 3FZMA 3IFRA 4O8KA 4BRKA 3H6EA 4BQLA 5JMVA 4CZIA 4PKHA 3CIPA 5B8HA 3P4IA 5TKYA 3R8EA 2BUPA 4CZHA 2V7YA 3H3NO 4H03B 2QWLA 5AFUA 5KPZA 2FXUA 5ADXA 5AQKA 2I7PA 4BRQA 3MDQA 4H0PA 1IG8A 3EKSA 4ISEA 4NB4A 3VEOA 3D2FB 1ZXOA 5BPLA 2YJEA 3QFUA 1G99A 4IO8A 3ULEB 2CGJA 1GLCG 3ZETB 5AQVA 2V52B 3HSCA 2QWMA 4FPBA 3HM8A 1HLUA 3ZEUB 3LDQA 5AQTA 2DPNA 3CJ9A 3ATVA 2CGLA 4FWMA 1KAZA 3ID8A 1DEJA 4WQ5C 3VF2A 3FR0A 5AQQA 4CD3A 1KAYA 4BC4A 1T44A 2QWOA 3FZLA 2IVOA 3VF6A 3R6MA 2D0PA 3GBTA 2EWSA 1T6CA 2NLXA 2CGKA 3MN9A 3CJBA 3QICA 4WYBA 3O6WA 1HUXA 4BR9A 4YDUA 1CZAN 3A8YA 3ZEUA 1IJJA 1LOTB 4FWRA 4QS9A 4FPAA 3FFKB 2P9PA 4FWOA 5EXWA 5AQXA 1NBWA 4MLHA 4C23A 4QS8A 4BGAA 1X3NA 2VWBA 1K8KB 4PKGA 2FSNA 3RSEB 4CJ7A 2H3GX 2P9LA 3A0IX 3UB5A 4J8FA 1TYQB 3W0LA 3FZFA 4BR7A 3VEVA 5AQJA 2HF3A 4BRCA 3WQTA 1HKGA 4FWLA 2PBDA 2IVNA 2YI1A 3GL1A 3OHRA 4JD2B 3H1VX 2FSKA 3SLCA 4BC5A 1NGCA 4BVOA 1HJOA 1ATRA 5AQNA 4HWIA 1MA9B 2BTFA 2GWJA 2V7ZA 2YHYA 4AM7A 2AA4A 4B1VA 1NWKA 4FWNA 1YAGA 2P9SA 4ISGA 4KBOA 2NZTA 4CZKA 1BA0A 4BROA 5AQIA 3WEEA 2ZGYA 3BUZB 4RWTA 4FWSA 2I7NA 2Q1NA 4FWQA 5KQ8A 4CZMA 4PL8A 2IIRA 3KZBA 4H0VB 5AQSA 4BQZA 4M7XA 4XEIA 4JAXA 3VF4A 3WT0A 3DXKA 4BREA 3C0BA 3WXIA 4A62A 1NGEA 2W40A 4H0TB 3H46O 5KQDA 3O8MA 1V4TA 3QMLA 3CHWA 3KVGA 3M1FA 1GLLO 3IDHA 4B9QA 2HF4A 1TUYA 4H5TA 1NGFA 4H5NA 3U9DA 4B1ZA 1S22A 3C7NB 1ATNA 5KPTA 2F9WA 2GEMA 1NLVA 2QWPA 2ZF5O 1SZ2A 3ENHA 3D2EA 2P9KB 5AFUH 4BRDA 5E26A 1MWMA 4EIAA 4A2AA 2J4RA 4EFHA 4IWVA 4A61A 1C0FA 4BRPA 4IZ9A 4BG9A 1V4SA 4BR5A 3C7NA 4IJAA 1KXPA 3G25A 5AR0A 1TUUA 2P9KA 1NGAA 3SMSA 3VEWA 1LCUA 2A40A 3R9PA 1S3XA 2ASPA 3QBXA 3A5OC 3D7EO 4BRIA 3CETA 4HTLA 1BWFO 5E84A 4BRGA 4K43A 1U6ZA 3QBWA 2E88A 3M3ZA 1YVNA 4Y0WA 3BF1A 4FOIA 2FF3B 1Y64A 5BPMA 1QQMA 3O80A 1YXQA 1BUPA 2GWKA 3QDKA 1XQSC 5BRDA 3UKRB 4I6MA 2E2NA 2P9SB 1QHAA 2Q36A 4H0XB 3TPQA 3FE1A 3U4LA 2F9TA 2P9UA 5AQOA 5BN8A 2P9LB 5JLHA 3DXKB 4BC2A 2QW9A 4LC9B 2Q2RA 3AAPA 5EY4A 4M7YA 3JXUA 2GELA 3VOVA 3DWLA 3I33A 4CZJA 4EHUA 1OKJA 3U9ZA 2YHXA 3QFPA 1XC3A 2E2OA 3ULEA 3DJCA 4FOEA 3DXMA 1ZBSA 3SJHA 2YHWA 3BF3A 4M63C 2KHOA 3JS6A 3CJCA 4H0YB 1JCEA 4FWPA 4NO7A 3WXLA 1DGKN 5AZJA 2Q31A 5BRFA 3WXJA 3LL3A 2Q97A 3ATUA 3KHYA 3FZHA 4B1XB 3GOIA 3FGUA 1GLEG 1QZ5A 4GY2B 4BR2A 4BRFA 1BO5O 3J8AA 3VETA 1RFQA 3RSEA 3S41A 2FSJA 5EOYA 4B1YB 2YJFA 5LY3A 1SQKA 2OANA 3GDQA 1NGDA 3VESA 2FF6A 3MN6A 3VEYA 1MDUB 3MK6A 5EX5A 3HTVA 3UKUA 5JICA 2P9IB 2HOEA 1U2VB 1HKCA 3LDNA 3FZKA 3HBTA 3A5MC 2ASOA 4EHTA 3BEXA 5BPNA 3SMPA 4O5FA 3DAWA 5LJWA 3LM9A 4FO0A 5AQFA 4BRMA 1GLDG 4Z94A 3EN9A 3ZETA 4JNEA 3I8BA 1U2VA 1BOTO 1NMDA 2D1KA 2D4WA 3H3OB 3UE5A 3WXKA 5F0XA 3O08A 4YDUC 3WEEB 2AP1A 3A5NC 5AQWA 3ZX3A 3SK3A 4WQ4A 4L3QA 1T6DA 5AQZA 4FSVA 3VERA 1GLBG 5AZJB 1BA1A 3L6QA 4CZFA 3GG4A 4PL7A 2E8AA 2WUSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FK2A 4DQPA 4RW6A 4GNIA 3TABA 1BU6O 4CF9A 1Z05A 3RVCA 4K25A 1WSEA 3TU5A 4CEAA 1HPMA 3DM2A 1GLAG 1H1VA 4BDPA 1YJ9N 1KAXA 1ESVA 2HHXA 2A3ZA 3ZX2A 4B1WB 4AHRA 4NLCA 3A5LC 3PUFA 3ZX0A 1Q18A 1T3VA 2WFBA 4BGBA 4CEBA 5JS1A 4F3OA 4N76A 3QETA 1GLJO 3SQ4A 3ASMA 3TTCA 1WUAA 2YNIA 4LSLA 4MFBA 1L3UA 1HNZK 4PY5A 3RWUA 4CD1A 1BHLA 4BRHA 3CPWM 3C94A 4FLWA 4OKKA 3THXA 4DSJA 5J1EA 4YORA 2Z1HA 2JWKA 4CBUA 1X9MA 3SPYA 1RDBA 1TKTA 4GVMA 4FJ5A 3OS1A 4YNQA 2WOMA 3P39A 4OPAA 4CZLA 1NOZA 4BRNA 3D2FA 1RDUA 2NRVA 4MDBA 5KPRA 3D2EB 1WSFA 3AAQA 5I9EB 3SUNA 3ZLJA 2OTLN 5CY4A 3SUPA 3CM6A 5AQHA 3J7YP 4CJKA 1RTIA 3DLLL 1S5JA 2D0OA 1W97L 1O1WA 2HHWA 4M42A 5IT9O 4AILC 4CJ4A 2ITMA 1KFSA 1D4XA 1WSJA 4DR5K 3TAEA 4ZTJA 4RCHA 4FJJA 1VHXA 3CM5A 1J54A 1Z6RA 4CBXA 2LSNA 2JWLA 5AQYA 4FCYA 1J6ZA 4CJLA 3F73A 4DV6K 4H8KA 3TAGA 4FLZA 4FW2A 5GAEP 3MXMA 2QWNA 4QS7A 3KLFA 3HZ6A 4JHDB 4KTZA 3QERA 4CFBA 3KKSA 5AQLA 1CZBA 4E1JA 1NK8A 2VCPA 1VQ7N 1WSGA 3UKRA 3PIPL 4JD2A 1IBKK 2RN2A 4E1NA 4F2RA 1K73O 3VGLA 5FPEA 1NGJA 1XHXA 5AZIA 1UA0A 4I9QA 4NCAA 2R7YA 1TAQA 4MO4A 4LD0A 1RDAA 1TYQA 5HBMA 3J7AP 2E4LA 1QE1A 1WAFA 3NHGA 4CEQA 3UKUB 3R3LA 4KH5A 1XHZA 1S72N 4CJSA 4EP5A 4LY7A 3HXMA 1OH6A 1QQNA 3VQ9A 4BDYA 2OZMA 2QWQA 3QLHA 3CCQN 3CCLN 4KI6A 4BQLA 4QCLA 5TKYA 3THWA 3L2RA 1BI4A 2QWLA 2UXDK 3SV4A 4CK1A 1EWQA 1IBLK 3NGIA 4JKEA 1SKSA 4CJTA 3MDQA 5DM6L 4H4MA 1R0AA 1GOAA 5M1KA 2FBVA 4CJRA 3D2FB 3LALA 3OYKA 4FXDA 3NGYA 5FLXO 1QQCA 4DTUA 4CF8A 5BPLA 2G8KA 3QFUA 3CG7A 2HBJA 4GKJK 3HSCA 2QWMA 3K2PA 3THWB 3ZEUB 3VQ8A 3LDQA 5AQTA 1OVYA 2DPNA 4DR7K 5M1QA 1SL1A 1WSIA 4JKFA 4CD3A 3AVKA 4BC4A 3E9PA 1ZBLA 3OYEA 1HYVA 4ID1A 4JI4K 2CGKA 3CJBA 3QICA 3LANA 3VQPA 3L2UA 1Y97A 3I8DA 3V1RA 3A8YA 3ZEUA 3G0ZA 4Z4EA 4W5TA 4L8RB 4IDKA 4LFCK 3FFKB 3QEVA 4DR6K 2P9PA 5EXWA 3OYNA 1JLGA 4X62K 1IG9A 2RKIA 4E7IA 2VWBA 2ITGA 3V9XA 2H3GX 2P9LA 4J8FA 4CECA 3TSPA 4BR7A 4LH5A 3HJFA 4FWLA 1S1XA 1N8RO 1YJWN 4JK9A 4K8XA 1RT1A 4DTXA 3H1VX 1ATRA 2HNYA 4E3SA 4GV3A 2GWJA 2V7ZA 4DV3K 4M3YA 4CJFA 1TK5A 4E7HA 1SKWA 2P9SA 3TAMA 4ISGA 5JVHL 2NZTA 4CZKA 3CC7N 4BROA 4B9LA 1LWCA 3WEEA 3L4QA 4RWTA 4KI4A 1L3TA 5AQSA 4DTOA 2YX6A 3WT0A 1VSJA 4A5AA 4G1QA 2KKZA 4O0IA 1NG9A 2RHKA 3KIOA 5HRRA 1QVGM 4IOCL 5KQDA 1V4TA 3KK7A 3CHWA 3IDHA 1S6PA 4H5TA 1NGFA 4IEEA 4H5NA 1NK9A 4R5PA 2GEMA 1NLVA 4IFVA 4JLHA 3PX6A 4XIUA 1JLQA 1YTAA 4YOYA 5AFUH 2QTDA 1XMOK 1K8AO 5E26A 1HQEA 4EIAA 3PO4A 2EHGA 4QAGA 2J4RA 4EFHA 4NCBA 1EO1A 4A61A 4IZ9A 4BG9A 2XY6A 4CGGA 2NRXA 3C7NA 3AA5X 3MXJA 3G25A 4B8AB 2WTUA 2P9KA 1NGAA 3SMSA 1T03A 3O4QA 2A40A 3A5OC 3CPEA 5HOOA 3OJUA 4FJMA 2PZSA 4KTWA 4K43A 3LWMA 4FZXC 2HVHA 1YVNA 4RG8A 3QINA 4Y0WA 3BF1A 4FOIA 4RW7A 3AVFA 5BPMA 1KC8O 1C1BA 1A5VA 1W9HA 4FVUA 3QDKA 4B9TA 1XQSC 3UKRB 1YF5L 1QHAA 1IKXA 3VQ6A 5IWAK 4DSKA 3V6DA 2P9LB 4BC2A 4JI6K 3LWLA 5FRMA 3PO5A 1IKYA 2Q2RA 3AVLA 4M7YA 2HHVA 3JXUA 4Z4GA 4JKAA 1UAXA 2GELA 3WNEA 3NGZA 3EY1A 1EXQA 3U9ZA 3MAQA 4FM0A 2RPIA 3AGKA 3AVJA 4MDAA 4JKGB 4DMNA 3BF3A 4M63C 3MEEA 1D8YA 1CZ9A 3JS6A 4H0YB 1JL2A 1J5OA 3VQDA 4JI2K 5AZJA 4N41A 4DLGA 1RTHA 3ATUA 1L3VA 1QZ5A 2IC3A 4BR2A 5T7BA 5LY3A 2FSJA 3GDQA 4KHPK 5M1OA 1VQKN 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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