2IVOA

Structure of up1 protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords UP1
publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus abyssi
total genus 112
structure length 325
sequence length 325
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivoA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivoA01
2A41A 3WQUA 3WEEB 1BWFO 2VWBA 4B1ZA 1HKBA 5BRHA 3VEOA 4M7YA 3CQYA 4FPAA 2PAVA 1DEJA 3ENHA 2P9NA 4IO8A 3AY9A 4CZGA 3C7NB 4ISGA 4FSVA 5I9EB 4PKHA 2YHYA 1MDUB 1E4GT 5BPNA 3BEXA 4PL7A 2CGLA 4H0TB 4RWTA 2QXLA 1KAZA 4A2AA 1U2VA 1NGBA 2FSJA 4CZJA 1RDWX 4MLEA 4EHTA 4BQLA 3A5MC 3DXMA 4BRDA 5EOYA 4IJNA 2A42A 2P9SA 1HKCA 3HI0A 3H3OB 4FWKA 1RFQA 4DCHA 1S3XA 1KAYA 4H5NA 3ATVA 3ZETA 1MA9B 3IMXA 3S41A 1ATSA 5AZIB 1BA0A 1Z05A 2VYPA 1ESVA 3CHWA 4FWQA 1EQYA 3H1QA 4H0PA 4H0XB 3CJ7A 4FOEA 1QQNA 1C0GA 4BR5A 4CBWA 4CZIA 3H3NO 3A8YA 4EAHD 3O80A 4H5WA 3VGKA 2AA4A 5EX5A 3FE1A 3SMSA 3VEWA 2UYTA 4JN4A 3R9PA 3ID8A 2GWJA 4BRFA 4FO0A 3LL3A 4O5FA 4IXCA 4BROA 1HX1A 4JD2B 1YXQA 1BUPA 3VEZA 5JLFA 3LDQA 2P9KB 1BG3A 2FSKA 4YDUA 5AZJA 5KQDA 4A62A 5AQIA 5BPMA 4QS8A 4BVOA 3QBXA 5AQGA 3I33A 2Q2RA 2CGJA 1NGFA 3OHRA 1YAGA 4H0YB 1NGJA 3UKUB 5AQFA 4FOIA 4QS9A 3VGMA 4CZFA 3AAQA 2ZF5O 3FZHA 1NGDA 3DXKA 4AM7A 4BR9A 3QBWA 3HZ6A 2H3GX 4CZLA 3KZBA 4I6MB 3MN9A 4F9OA 2QWLA 5ELZA 5FPMA 4BR7A 1C0FA 4CZEA 3SMPA 4FPBA 3BUZB 2Q0UA 3FZLA 2F9TA 5BRFA 2I7NA 3I8BA 4K42A 3U9ZA 1NBWA 2GEMA 2E1ZA 1X9JA 5BREA 4DHYA 1MWMA 2QW9A 4WQ4C 2ITMA 2YJEA 5E26A 1X3MA 1K8KA 4BQZA 4CD3A 2P9IA 4MLHA 3L6QA 2P9PA 3D2FB 3LDPA 2P9LB 2Q97A 3HSCA 4XEIA 2E20A 4BRGA 3D2EA 4L3QA 5EY4A 4EFHA 4H0OA 4BRNA 3TPQA 1T44A 1JCFA 1TYQB 3O8MA 4H5VA 4DQ8A 2A5XA 5KQ8A 1WUAA 3UKRB 5AQMA 3VEYA 4BC2A 3C7NA 5AFUA 4ISEA 5AQJA 4FWRA 4B1WB 4BG8A 3G25A 2D1KA 4WQ4A 3CJ1A 2V51B 2YCHA 2GWKA 1QZ5A 4O8KA 1NM1A 4XH1A 4HTLA 1Q18A 5LJWA 4BRHA 3U9DA 2FLOA 2HOEA 1E4FT 2PBDA 2GUPA 5BN9A 1WOQA 3VF6A 3CJCA 3U8XA 3O4WA 3WUHA 3DAWA 4CI6A 2CH5A 1SZ2A 2V7YA 5AFUH 1NGEA 3FZKA 3FGUA 3GBTA 4IJAA 1IG8A 5AZIA 3FR0A 3EO3A 4IWVA 4IZ9A 3AAPA 3CERA 2QWQA 1J6ZA 4NB4A 4YDUC 2CGKA 2NLXA 5CE3A 1QHAA 4RTFD 1NGHA 3UB5A 2I7PA 2WUSA 1NGAA 1KAXA 3GOIA 3ZX2A 2FF3B 3LM2A 4PL8A 4FWLA 3D7EO 2GTDA 2E2PA 4BC3A 4FL9A 3H45C 3U4LA 1NGIA 3GL1A 3L0QA 5AR0A 5KPZA 4NO7A 4FWNA 5EVZA 3BP8A 3VENA 2Q0RA 4JD2A 5B8HA 1P8ZA 2AP1A 5AQKA 5AQRA 1NLVA 3QDKA 3TU5A 2BTFA 3H46O 3MN6A 4GNIA 5LY3A 3QB0A 5AQWA 3C0BA 2P9KA 4EHUA 2Q1NA 2V52B 4BG9A 2EWSA 3MCPA 3CJ9A 3ULEB 3L4IA 2F9WA 3J8AA 2E88A 4WYBA 1GLCG 3DWLA 3JXUA 3VPZA 2Q36A 5AQOA 1ZXOA 4A61A 3KVGA 1TUYA 1Y64A 4H03B 3VOVA 4BRAA 3EKUA 3FLCO 3CETA 5AQXA 3MDQA 5F2RA 3SLCA 3UKUA 1HPMA 3VETA 4Y0WA 4BGBA 1QQOA 3FZMA 4BRPA 1GLJO 1QQMA 2E2NA 4I6MA 2E2OA 2NZTA 4A2BA 4AM6A 4HWIA 3ZEUB 5KPRA 1ZBSA 4B1VA 4DB3A 3WXIA 3GG4A 3QFUA 4BRIA 4MO5A 4RCHA 3WXLA 4JAXA 2QWRA 2GELA 3MK6A 3CI5A 3QFPA 5BRDA 1SAZA 3WT0A 5AQSA 3O5BA 4JNEA 2FXUA 3MN5A 4WQ5C 2E8AA 3VEXA 4FWOA 3VF2A 2ZGYA 5FPDA 3D2FA 3HM8A 5F0XA 2P9LA 2QWMA 4PKIA 1NMDA 4K41A 1CZAN 4KBOA 5AQUA 1HKGA 4BR0A 1GLDG 5AQYA 4JHDB 1OKJA 1G99A 1TYQA 1V4SA 3VEVA 4CD1A 5JICA 3RSEB 3LDLA 3WEEA 4FWPA 5AQNA 2YHXA 2D4WA 4B1UB 4FWMA 3UKRA 2Q31A 1BDGA 5AQZA 1RGIA 2HF3A 1DKGD 3M6GA 3AARA 2ASPA 4FWSA 4BREA 1JCGA 5AQLA 3UE5A 2P9UB 1XUPO 1K8KB 4WQ5A 4BRMA 2HF4A 3ZX0A 1DGKN 2YHWA 3KHYA 3P4IA 1XQSC 3M3ZA 4BRLA 3JS6A 3FFKB 1X3NA 1GLEG 4BC4A 2QM1A 3EN9A 3VGLA 5EXWA 3BF3A 4CZMA 1ATNA 3ATUA 3CIPA 1GLAG 1ZC6A 2ASOA 3DJCA 2P9NB 4M63C 1QZ6A 2YI1A 4J8FA 5KPTA 2YJFA 4EIAA 4BR4A 1GLLO 3SJHA 1NGGA 1HJOA 1U2VB 3DXMB 3BF1A 2P9SB 1NGCA 2W40A 5FPEA 1LOTB 5F1XA 5JLHA 4CZHA 3ULEA 5AQTA 2NRHA 3CJAA 3ZETB 4CBUA 2ZGZA 3QICA 3O08A 4CBXA 3FZFA 3R6MA 1Z6RA 2IVPA 1IJJA 3F9MA 4LC9B 5AQHA 4BRKA 4H5TA 2QWOA 4BR2A 1YVNA 4C23A 2A6AA 3H6EA 3MN7A 1HUXA 2W41A 3EZWA 4E1JA 2D0OA 3O6WA 3WXJA 3GE1A 1GLBG 2E2QA 3ZEUA 2CH6A 1V4TA 3VF4A 2HMPA 3WQTA 4K25A 4ISFA 3WXKA 4M7XA 2IIRA 3IUCA 4BGAA 3SK3A 1SQKA 5AZJB 4H0VB 3O1WA 1TUUA 3R8EA 4B1XB 5AQVA 1BO5O 3MMVA 5ADXA 2DPNA 1JCEA 3VESA 2J4RA 1BOTO 4BRCA 3QMLA 3IDHA 4MO4A 1T6CA 3A5NC 2FSNA 1KXPA 1D4XA 3A5LC 3O1BA 1BU6O 3CQXA 5JMVA 3ZX3A 2QWNA 2FF6A 4JHDA 5BR9A 3IFRA 3DXKB 1U6ZA 5LJVA 5E84A 3VERA 5TKYA 2OANA 4GY2B 3EL2A 3RSEA 4XH5A 4CZKA 4B9QA 4BVPA 4B1YB 3B8AX 3A5OC 3LDNA 4K43A 5ADXH 5BN8A 5AQQA 1T6DA 1XC3A 2A40A 3GDQA 4BC5A 1ATRA 5FPNA 2ZWHA 3HTVA 2A3ZA 3CJBA 3W3DA 2BUPA 3HBTA 1MWKA 5AQPA 3ENOA 1NWKA 3A0IX 1YUWA 4QS7A 1R59O 1LCUA 4BRQA 1S22A 2P9UA 2KHOA 2QWPA 2E1YA 1GLFO 4PKGA 2V7ZA 3M1FA 4Z94A 2D0PA 2P9IB 3W0LA 5BPLA 2P9PB 3EKSA 3H1VX 4XH4A 1H1VA 4H5RA 3LM9A 3LDOA 1HLUA 4CJ7A 2IVNA 3D2EB 1BA1A 2VCPA 2ASMA 2IVOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N4PA 3LPUA 3U6FA 4W5NA 4B1ZA 1RT6A 5BRHA 4ZTJA 1C0UA 2FBTA 4M7YA 3J7AP 3DOLA 2O8CA 2YV0X 1EP4A 3WNHA 4XIUA 1JL2A 1MDUB 3AO4A 1T7PA 1ZBFA 1J5EK 1U2VA 4IEIA 3A5MC 3DXMA 4BRDA 4DR1K 4DU4A 3QETA 4FZYA 2A42A 1IKVA 2ZM6K 1BI4A 1HKCA 3V4IA 4FWKA 4CK1A 1RFQA 4DCHA 1KC8O 3SUPA 4H5NA 4CF8A 3ZETA 3AVKA 3HPHA 1XMQK 3A2FA 3IMXA 1BA0A 2IGIA 2HHWA 5KGXA 2XHBA 1WAJA 1ESVA 2EX3A 4B3MK 4H0XB 3TAFA 5MLCQ 4W5QA 2DFHA 4CBWA 3MX2A 3O80A 2KKZA 1EETA 4DSEA 4B9TA 1VQLN 4CERA 4ELTA 3B6PA 3LL3A 4JD2B 1CLQA 1VSKA 4A57A 4CJFA 3AO2A 5JLFA 4HHTA 3SV4A 4M3YA 1FKOA 2UUBK 4GVEA 1TAQA 5BPMA 5DM6L 4QS8A 1NJXA 3S3NA 2BGGA 5M1FA 4I9QA 1WSJA 4AF1A 4B8CA 3SQ4A 3I33A 3K2PA 4R5PA 1YAGA 3VQBA 4JI0K 4N76A 2F8SA 3L2WA 5AQFA 4DR2K 3VGMA 4CZFA 4E7LA 2ZF5O 1JLQA 1RBVA 3FZHA 4Z0UA 4AILC 4GV9A 3QBWA 3PIPL 3DLRA 2H3GX 1Q82O 4I6MB 3BY5A 5ELZA 1KFDA 1C0FA 3SMPA 3I8DA 2UXCK 4KAZA 3I8BA 3HOTA 3O9RA 4BE1A 4DSLA 4M3XA 2ITMA 4CE9A 1U49A 2YJEA 1RDUA 4IDKA 3AVCA 4JI2K 1K8KA 4MLHA 3K0SA 1QVGM 1WSIA 4AHCA 3NGZA 1UA1A 4XEIA 4BRGA 4F3OA 1ZBUA 3D2EA 3SQ1A 4FK2A 4EFHA 4H0OA 3T1AA 4CCHA 2OPRA 4Y1CA 3TPQA 1T44A 4DQ8A 3ID6A 1WUAA 1B9DA 2VGMA 1L5UA 1RCHA 4CK2A 1WB9A 4ISEA 4B1WB 3VTHA 1IV0A 1VQ5N 3TSUA 1D8YA 3LAKA 3V1OA 4DFJA 2IAJA 3L3VA 2VG5A 3TTCA 1NM1A 1Q18A 1WSEA 4BRHA 2OYQA 3ISNC 2FLOA 3OYLA 4DQSA 1C0TA 4FM1A 3VF6A 3O4WA 4CJ4A 1VQKN 3FZKA 4JI1K 1VQ7N 4EP4A 5AZIA 4IWVA 3VMFB 2QWQA 3LPTA 3LP0A 4YDUC 2CGKA 2NLXA 3SYZA 4RTFD 1NGHA 4AHTA 3TR8A 4CIGA 1NGAA 4MFBA 3HP9A 3ZX2A 1KFSA 2E2PA 2RE2A 4FL9A 1NK5A 3U4LA 2VWKA 2E4LA 3THVA 3QINA 3CM6A 4CGFA 1LWFA 4I7FA 5GADP 1L3TA 4KB1A 1RBRA 4CFAA 3E9LA 1NLVA 5AQRA 4B9VA 3QDKA 4FW2A 4GNIA 5AQWA 4Z4HA 3NH2A 2OPSA 4CEDA 2V52B 4CW7B 4M3TA 4CGIA 3L4IA 3AA5X 1IH7A 3RMDA 2P5OA 2FC0A 3DWLA 3P5JA 1ZXOA 4JKAA 3KVGA 1Y64A 3VQPA 4AHVA 3UKUA 3FLCO 3SLCA 3OYMA 3BDPA 1VSIA 2G8HA 4G9ZA 4NCBA 3VETA 4PA1A 1D5AA 1I94K 4MDBA 2W42A 1UOCA 4GKJK 4BRPA 3MEEA 1HNXK 3ZT0A 2YNIA 1VSHA 1RT1A 5KPRA 4HCCA 4DB3A 3T3FA 1RTDA 5C24A 5JVHL 5HLFA 5CZ2A 3WXLA 4JAXA 1QQCA 1FW6A 4DSIA 4OLBA 3QFPA 5BRDA 1T05A 5FRMA 5AQSA 2E5LK 2FXUA 3OYGA 1B92A 3CC2N 2LSNA 2G8WA 2ZGYA 5FPDA 3D2FA 1TK8A 4E89A 5F0XA 4PKIA 1DT9A 2HNDA 1HYVA 5AQUA 3QERA 2O8DA 1XNQK 4JHDB 1G99A 1V4SA 4CD1A 2A1RA 4B9NA 2F4VK 2Z1JA 3RSEB 1JJ2M 4FWPA 3G6EN 3K57A 5CHIA 1VQ6N 3UKRA 2Q31A 1TL3A 5AQZA 1RGIA 1TKXA 2HF3A 1DKGD 4CIFA 4PWDA 3AARA 3KWGA 2ASPA 4CFDA 1TKZA 3O4QA 1JCGA 5AQLA 1XC9A 3UE5A 4C1NK 1K8KB 4WQ5A 4BRMA 4LF9K 4DTUA 1IO2A 4BE2A 2HHVA 4ELVA 2YHWA 1S72N 4Z4GA 3P4IA 1XQSC 2FBXA 4BRLA 4CGJA 1K8AO 4NXNK 3JS6A 4RW8A 4K8XA 3FFKB 4Z4IA 2RF2A 1WBBA 3DI6A 3V9ZA 4GV3A 2UUAK 1HRHA 5M1QA 5EXWA 1VQON 3ATUA 3NH0A 1GLAG 2Z1IA 2ASOA 1XHXA 3RMAA 4J8FA 3AGRA 4ICLA 1KLNA 1L3UA 3OYKA 1GLLO 4BWJA 4NLCA 2QK9A 1HJOA 4DTMA 4KO0A 4FLWA 3OYIA 3CFPA 2ZD1A 1TGOA 1WAFA 2ZJPL 1KCFA 4HVJA 4KHUA 4CEAA 3CJAA 5JS2A 4CK3A 1A5XA 4GW6A 3QEIA 1S1XA 1IJJA 4DV7K 5AQHA 4RW9A 5C12A 2KZMA 3TARA 3CMAN 5C0YA 2A6AA 1Q7YO 4O0JA 4Z4EA 4H4OA 3CM5A 3WXJA 1BISA 4CHYA 4W5TA 3ZEUA 5J2QA 1QTMA 1HYSA 3AGKA 1KQSM 2HMPA 5KI6A 2ZQBA 4K25A 3WXKA 3IUCA 4BGAA 3SK3A 2KW4A 4H0VB 1RTHA 4RG8A 4FM0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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