2IVOA

Structure of up1 protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords UP1
publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus abyssi
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 325
sequence length 325
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivoA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivoA01
4IWVA 4PKHA 3SJHA 3M6GA 4RCHA 3FZFA 1KAYA 5LJVA 1QQNA 2ASMA 3BP8A 1TUUA 4WQ5A 1NGGA 4BVOA 5KPTA 2P9PB 1BU6O 3LDQA 1E4GT 2ZGYA 3QFUA 4I6MB 3SMPA 4H0TB 1NGDA 3R8EA 3CJ1A 3QBWA 4H5RA 2P9LA 3FR0A 4GNIA 3O08A 4BRGA 2CGJA 4CZEA 1SZ2A 1S22A 1GLDG 4BGAA 1WUAA 3AAQA 3FGUA 1YUWA 4PL7A 1XUPO 1MDUB 4B1VA 5KQDA 5LY3A 3FZMA 2E2PA 3J8AA 4BC3A 4A62A 2A40A 4YDUC 4BRKA 1KAXA 2P9SA 4FWLA 3VGLA 2WUSA 3UKRB 2Q1NA 4BRMA 1GLAG 2BUPA 3IMXA 3UB5A 1KAZA 2ASPA 4BRFA 4DQ8A 5JLHA 1C0GA 2A6AA 1YVNA 5AQKA 5JLFA 3VEZA 2IVOA 4EIAA 2CH6A 2P9IA 1YXQA 3FZHA 1X3MA 2ASOA 3ATVA 3CQYA 3DAWA 1H1VA 3ATUA 3CJCA 4XEIA 3VOVA 2A41A 3DXMB 1HJOA 2E8AA 2P9LB 3H3NO 4O8KA 2VCPA 2YHYA 5AZIB 4PKIA 3R9PA 1T6DA 3BUZB 1ESVA 1JCEA 3GE1A 1IG8A 1TUYA 5EVZA 3I33A 1R59O 3FZLA 3R6MA 2D1KA 5I9EB 4A61A 5JICA 1U6ZA 5AQWA 2FSNA 5AQXA 2QWQA 2HF4A 3D7EO 2P9SB 4BRNA 2VYPA 1LOTB 5AQRA 3SMSA 2OANA 5ELZA 1ZBSA 4BROA 2YHXA 4PKGA 4H5VA 1BG3A 4K42A 2GWJA 3O1WA 2P9PA 2PAVA 4WQ5C 4I6MA 3VETA 3AY9A 2E2NA 4H0VB 2P9UB 4EHUA 4M7XA 2F9TA 4FWSA 4BREA 4FWQA 1IJJA 4H5TA 4CZKA 4GY2B 2E1ZA 3ID8A 3I8BA 3VEXA 3C7NB 1GLLO 4B1XB 3W3DA 3SK3A 3KVGA 1ATSA 4BR7A 1NM1A 1X9JA 2EWSA 3H3OB 3UKRA 3FZKA 5BREA 3O80A 3WEEA 1EQYA 1Z05A 1OKJA 3ULEA 1BDGA 2NRHA 2Q0UA 2NZTA 3VGKA 4H0XB 2IIRA 2QXLA 4IO8A 2CH5A 2HOEA 3U4LA 5AQHA 5EX5A 5ADXH 1NBWA 1QQMA 1BA1A 4RWTA 1DKGD 4MO5A 3IFRA 5AQVA 5AFUA 1V4TA 3MN5A 4FWKA 5AQQA 2P9NB 1HKGA 4FWMA 1T6CA 3DXMA 5AZIA 1MWKA 3FFKB 1BO5O 3QDKA 2GWKA 4MO4A 3ZEUB 4BR2A 5FPNA 3ENHA 3A5NC 3LL3A 4BR5A 1BA0A 4H0YB 2QWPA 1XQSC 2VWBA 5BRFA 4M63C 1NGAA 4PL8A 1G99A 1X3NA 5ADXA 3A0IX 4CBXA 2QWOA 4JD2A 4K41A 4FO0A 3JS6A 2NLXA 3WEEB 2I7PA 4CBUA 4BRCA 3ULEB 1MA9B 1QQOA 4C23A 4CD3A 3TU5A 3DXKB 5AQMA 3LM9A 2Q0RA 4MLEA 4DB3A 1NGJA 2UYTA 4QS8A 4BC5A 3GBTA 4FOIA 5JMVA 2HF3A 5AQFA 3U9ZA 3VESA 2P9UA 3MMVA 4FWRA 5FPDA 4AM6A 4KBOA 3O4WA 2CGKA 3LM2A 1QZ5A 4MLHA 3EL2A 1NGHA 5E26A 3H1VX 3WXIA 3HZ6A 2IVPA 3WQUA 2FF3B 4BRHA 3C7NA 3HBTA 5EOYA 2KHOA 5B8HA 1J6ZA 3ZX3A 1RFQA 2FXUA 3P4IA 3DWLA 3LDNA 2YHWA 1HUXA 2Q97A 4CJ7A 3CETA 1GLJO 3VGMA 3MK6A 4H5NA 2ITMA 4JD2B 3VF4A 2GEMA 3MN7A 2E2OA 4O5FA 4BR9A 3HSCA 3HTVA 3CJBA 1D4XA 2FF6A 4B1ZA 2D0PA 1NGBA 4HWIA 2ZGZA 2E1YA 2E20A 4FWNA 5AQNA 4A2AA 3ZETA 4CZLA 1DEJA 2I7NA 5AQTA 4BRPA 1ZXOA 3VEWA 5AQZA 4DCHA 4Z94A 1HKBA 2P9NA 4ISFA 2QM1A 4LC9B 4JAXA 3ENOA 3A5MC 1SAZA 4BC4A 3W0LA 4A2BA 3M1FA 3D2EA 4FPBA 2YJEA 4CZJA 3ZEUA 5BN8A 3VF6A 4B1YB 3WT0A 3SLCA 1DGKN 4EFHA 5F1XA 3EO3A 3LDOA 5BPMA 4FWOA 2CGLA 3WXKA 1HLUA 3DJCA 5AQUA 3MN9A 4XH1A 1GLCG 3CJAA 4QS7A 4FPAA 2Q31A 3GOIA 3H46O 4FOEA 3VENA 5FPMA 5AQPA 3DXKA 1Q18A 5EXWA 5TKYA 3CJ7A 1QHAA 2YI1A 3VEOA 5LJWA 2H3GX 4H0OA 4CZIA 5BPNA 3WQTA 1BUPA 2E2QA 2Q2RA 1T44A 5BN9A 3L0QA 3QFPA 3S41A 5KPZA 1WOQA 3ZETB 4CZGA 2ZF5O 2Q36A 5BPLA 2QWRA 1V4SA 1LCUA 4BRIA 1K8KA 2P9KA 2AP1A 4ISGA 3ZX2A 4BQZA 4IXCA 5AQYA 1XC3A 3VPZA 4B1WB 3D2EB 1U2VB 2V7ZA 4IJAA 4Y0WA 1BWFO 2IVNA 5AQIA 2BTFA 3HM8A 5AQSA 5AQGA 4H03B 5KPRA 1TYQB 4IZ9A 3WUHA 3H6EA 3UKUB 3M3ZA 1JCGA 4BR0A 2V51B 1MWMA 3EKUA 3D2FB 1KXPA 4EAHD 3MN6A 3IDHA 4CZFA 4JHDB 5E84A 4H5WA 3LDLA 1C0FA 2QWNA 4XH4A 1NGEA 3EZWA 4BG9A 3B8AX 4FL9A 4CD1A 2A3ZA 4XH5A 4HTLA 3C0BA 5CE3A 3AAPA 3LDPA 3L6QA 4BR4A 4FSVA 3CI5A 3RSEB 1NGFA 2W40A 4K43A 4BRDA 1Z6RA 1K8KB 2P9KB 2V7YA 1NGCA 4L3QA 4F9OA 5BRDA 1GLFO 2PBDA 3VF2A 5AZJA 2ZWHA 3QBXA 3UE5A 3G25A 1ZC6A 2DPNA 3IUCA 1Y64A 4B1UB 4NO7A 3BEXA 3QMLA 3FLCO 3L4IA 4RTFD 4BRAA 1P8ZA 2GELA 3MDQA 2FSKA 4IJNA 5AR0A 3TPQA 4FWPA 2F9WA 4B9QA 1S3XA 4BRLA 3CQXA 3VEVA 3AARA 2A42A 3MCPA 4BQLA 2FSJA 2QW9A 3HI0A 1GLBG 1NMDA 1BOTO 3BF3A 4AM7A 4BRQA 2QWLA 3GG4A 1CZAN 3JXUA 4JN4A 5F0XA 4K25A 2E88A 4CI6A 5KQ8A 4CBWA 3FE1A 4NB4A 3A5LC 2AA4A 4YDUA 5BR9A 4WQ4C 1NLVA 1QZ6A 5AQLA 3BF1A 1YAGA 4QS9A 2YCHA 3QB0A 3H1QA 2W41A 1E4FT 4EHTA 4CZMA 3O5BA 1U2VA 3VEYA 3GDQA 3H45C 3CIPA 3A8YA 4JNEA 5EY4A 5AZJB 5FPEA 3KZBA 1HKCA 3CERA 4ISEA 3EN9A 4M7YA 3OHRA 3QICA 2P9IB 1HPMA 1JCFA 3O6WA 2V52B 1TYQA 3O8MA 2D4WA 3UKUA 1SQKA 4BC2A 4H0PA 2FLOA 2QWMA 3U8XA 2D0OA 4BGBA 3U9DA 4J8FA 1RGIA 2YJFA 3KHYA 4WYBA 1NWKA 3D2FA 3WXJA 5AQOA 3GL1A 4DHYA 4JHDA 4BVPA 2J4RA 4CZHA 5AFUH 3CHWA 5F2RA 1GLEG 2GUPA 5AQJA 3O1BA 1ATNA 1NGIA 4E1JA 3WXLA 3ZX0A 1RDWX 2GTDA 1ATRA 5BRHA 4WQ4A 4BG8A 3CJ9A 3EKSA 1HX1A 3F9MA 3RSEA 3VERA 2HMPA 3A5OC 2A5XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G15A 3DLRA 3AA5X 4ELUA 1Y97A 5KGXA 5LJVA 4JLHA 2ASMA 1RNHA 3U3GA 4CF8A 1YI2N 2IGIA 5KPTA 1BU6O 3C6AA 3SBTA 4I6MB 4W5RA 4DQRA 3TAMA 2OCEA 1NGDA 3R8EA 3F2KA 1SKSA 1VAZA 4MQ3A 1JLCA 3FFIA 4H5RA 4GNIA 3O08A 4BRGA 4GV3A 4CZEA 1S22A 4JYAK 1WUAA 3AAQA 3ZT0A 1XUPO 1MDUB 4B1VA 5KQDA 2ZQBA 4CEDA 3FZMA 1U47A 4BC3A 3T7ZA 4A62A 4DFKA 4JI0K 4YOYA 1GLAG 3IMXA 3UB5A 1KAZA 1VQ6N 4CFBA 2VQFK 4DQ8A 3WNGA 3G0ZA 5JLHA 1C0GA 1OH7A 3HYFA 1EXQA 1SUQA 1YVNA 2E5LK 4KO0A 1RT4A 2CH6A 4CK1A 1YXQA 2E6LA 4F3OA 4KH6A 1X3MA 3AA4A 1JJ2M 1GOAA 3D45A 3CJCA 3DXMB 5AZIB 2P9LB 2YHAA 4O8KA 2YHYA 2F7TA 1YF5L 3QLHA 4CJFA 4B3MK 1JCEA 1ASVA 3PSIA 1REVA 1TUYA 5M1NA 1TKZA 1R59O 4U67L 2JLEA 1N8RO 4CGHA 3K5LA 4B3OA 1U6ZA 2QWQA 1CXQA 4NCBA 2DFHA 3NHGA 3V9UA 4LF7K 4BRNA 2VYPA 1LOTB 1BISA 3AVKA 4BROA 2QXFA 4DU4A 4K42A 2GWJA 3BZKA 4FJ8A 4WQ5C 4I6MA 1EO1A 1W9HA 3EE8A 4CJTA 5GIOA 4BREA 1BCMA 1SL2A 4KV8A 3QIOA 2E1ZA 1S6QA 2XY8A 3L2RA 4JKGB 3C7NB 4B1XB 4G9ZA 3RMCA 3W3DA 1BI4B 3K9JA 4DR2K 2PZSA 2NUBA 1OH6A 3H3OB 1KFDA 3VQ4A 2YNIA 3FZKA 3VQ6A 4F8RA 3DRPA 1OKJA 2NRHA 2NZTA 2YKNA 2IIRA 2QXLA 1JLGA 4IO8A 3LANA 3S9HA 3TAFA 5IT9O 1F21A 3SNNA 3LALA 4ZTFA 4ILHA 1NBWA 4RWTA 5KRSA 2P9NB 2HB5A 2OYQA 3DXMA 5AZIA 4K0KK 3FFKB 4DS5A 2KLAA 4BR2A 3ENHA 4BR5A 3RRGA 3ZSOA 3M8PA 1QQCA 4FJLA 3AO2A 3VTIA 2NRRA 3M5RA 1RBUA 4Y1DA 2VGMA 4H4OA 2I7PA 3THWB 5DM7L 3TU5A 4KFBA 4QS8A 2HBJA 3M8QA 3NE6A 1UWBA 3V9XA 2HF3A 1VQ8N 4M3XA 4GV6A 1BQNA 4UQGA 1HRHA 2YNGA 1VQNN 4FW2A 1NK7A 3L2VA 2ZE2A 2CGKA 5E26A 1NGHA 3H1VX 2IVPA 4IFVA 2FF3B 3C7NA 3HBTA 5EOYA 1XHZA 1JKHA 2GBZA 3ZX3A 1BI4A 3DWLA 4RW6A 1CZBA 5FDLA 3AVNA 1EP4A 4O5BA 4CJ7A 1T05A 3MK6A 4FLUA 4JD2B 4DWIA 1O1WA 3MN7A 4JKEA 4DTUA 1NU0A 3SBGA 3RR8A 3AGRA 2O8FB 5HP1A 2O8DB 1NGBA 4HWIA 3T1HK 2I7NA 4BRPA 4DCHA 1RBRA 2P9NA 5EU7A 2UUCK 1KVCA 2QM1A 4LC9B 4JAXA 2YV0X 3THVA 3PX0A 2DTUA 2G8HA 3MX5A 4CZJA 4KHQA 5BN8A 4YY3K 2XRIA 4ELTA 3VF6A 4U7BA 3SLCA 4A59A 1WLJA 5BPMA 3WXKA 4DV6K 1RBVA 4CJPA 2FBTA 1L3UA 2KZMA 4FPAA 3H46O 4FOEA 4ZHRA 3SJJA 5FPMA 2QEXN 5AQPA 1VSJA 1Q18A 1E3MA 4K8ZA 4N41A 1DTQA 4M45A 3NVKA 2E2QA 2FBXA 3MCAB 3NF7A 5BN9A 1NMNA 4RW8A 1N32K 4B3SK 2RN2A 3CG7A 2HVIA 1WAFA 4BRIA 3KWGA 1K8KA 4AHUA 3HPGA 3J7ZO 2AP1A 3QETA 5HL7L 2WC9A 3O9QA 4DSKA 3DLBA 2GV9A 3P1GA 4ZTJA 4CFCA 1T03A 3HPHA 1K8AO 3VA0A 3KK7A 4CHPA 4H03B 2HHQA 4Z4FA 4IZ9A 1S6PA 4BR0A 4CF2A 5CYQA 3SUOA 2V51B 1MWMA 3D2FB 3MN6A 4OPAA 3IDHA 1P90A 4CZFA 4YNQA 4NXMK 4XH4A 4YOWA 3KLEA 4DTXA 3ASMA 2IAJA 1SL1A 5AJ3K 4O0IA 4CJKA 3NVMA 3H08A 1KC8O 3KWIA 4BR4A 4LFAK 3CCVN 4BRDA 2DFEA 4IOAL 4CHNA 4G1QA 3VF2A 2KW4A 1LWEA 3S3OA 3QBXA 1TL1A 4CHQA 3OYMA 1D5AA 1Y64A 4NO7A 3FLCO 4FJNA 3PUFA 2GELA 4IJNA 4EZ9A 3TPQA 2F9WA 4ELVA 4YOXA 2Z1HA 4BQLA 1IH7A 4PY5A 4PA1A 1EWRA 1GLBG 3TTCA 1BOTO 3O3GA 4DLGA 1JLEA 2QWLA 4CJWA 5F0XA 3QIPA 3M8SA 3TSUA 1KTQA 5KQ8A 4NB4A 1WN7A 5CR4A 1TKXA 3BF1A 1J54A 3H1QA 2W41A 1E4FT 4C1NK 3O5BA 1QSLA 3VEYA 1IKWA 3H45C 4JNEA 1T3VA 1HKCA 3OS0A 4IO9L 3MEGA 4M7YA 3ZT3A 3WNFA 4AHRA 2O8CB 3V4IA 2UUAK 3O6WA 2V52B 2VGNA 1JL1A 4BC2A 4FK4A 4JEPA 3PO5A 2G8KA 1XC9A 3OS2A 3D2FA 4DV7K 3L3UA 4BVPA 4HHTA 3K2PA 3O3HA 3RMBA 4E89A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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