2IVOA

Structure of up1 protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus abyssi
publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
molecule keywords UP1
total genus 112
structure length 325
sequence length 325
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivoA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivoA01
3VEXA 3O80A 1JCFA 4CZLA 2YHYA 4RTFD 3WEEB 4EHUA 5FPEA 3BP8A 5BN8A 2P9KB 5EXWA 4BC3A 2ZF5O 1BUPA 4ISEA 5AQWA 1YAGA 3QFPA 3ENHA 2W40A 4BR9A 4BRLA 4HTLA 2FSNA 3VESA 4A61A 5E26A 4H5NA 1XC3A 3O08A 3SK3A 2DPNA 1YXQA 5F2RA 3L4IA 5AQZA 3U9DA 4NO7A 4CBXA 5AQLA 3J8AA 4IJNA 4MLHA 3HTVA 4FWOA 1V4SA 2ITMA 4M7XA 3CJBA 2ZGZA 4BGBA 4FWLA 3VF2A 5AQYA 1ESVA 1HKCA 4A2AA 4C23A 5F0XA 3FE1A 1ZXOA 3VGKA 2QW9A 5AQVA 3EZWA 3FZLA 1HKBA 2F9WA 4BQLA 3BUZB 3VGMA 3R6MA 1NGHA 5JLFA 3HBTA 5BPMA 3A5NC 1MWMA 3FGUA 3HZ6A 4QS8A 3CERA 3W0LA 4FSVA 1NGEA 1JCEA 2Q2RA 4XEIA 4J8FA 3GBTA 1BOTO 1C0FA 1HJOA 2QWMA 3VENA 4WQ4C 5AQQA 4CZKA 4H0OA 3GE1A 4BRAA 1BDGA 1J6ZA 1XQSC 3A0IX 2NRHA 2YJFA 2QWLA 3H45C 5AQTA 3C7NA 4JNEA 1RGIA 4RCHA 1SZ2A 3S41A 3ULEB 3WXIA 4CI6A 1GLBG 1HUXA 3LDPA 1BO5O 2V7YA 4BREA 3FZFA 4ISGA 4JD2B 1GLCG 5LJVA 1H1VA 2A6AA 4GNIA 1WOQA 3D2FA 2A42A 3LDNA 3H46O 2V51B 5KPTA 2P9UB 2QWQA 2E20A 4JHDA 4DHYA 5AZJA 4H0PA 1NGDA 2E88A 2YI1A 4YDUC 1HLUA 5AFUA 5AZIA 2D4WA 4QS9A 4PKGA 2HF3A 3QMLA 3EKSA 1K8KA 5EVZA 1GLFO 3F9MA 3HSCA 4WQ4A 2P9NA 2VWBA 3H6EA 3QBXA 1BWFO 4BRFA 4PKIA 2GWKA 5AQOA 5AQRA 3VEVA 1TYQB 1TUYA 1NLVA 3O6WA 5I9EB 4CJ7A 1R59O 4CZEA 1X3MA 2GEMA 3L6QA 5AQFA 3A5OC 5FPMA 3ZEUA 2J4RA 2VCPA 4QS7A 1TUUA 1GLDG 2AA4A 4H0XB 4NB4A 3WUHA 3LDOA 4KBOA 2CGJA 3IUCA 2GUPA 4H0VB 3MN6A 5KPRA 4FWKA 5AQNA 5EX5A 5F1XA 3LL3A 4YDUA 1ATRA 2FSJA 3DXMA 3FZMA 3O1WA 4BROA 2H3GX 3UKUB 3ZETA 2Q31A 4K42A 3RSEB 1NMDA 3U9ZA 4BR7A 2PAVA 2P9SB 1EQYA 1G99A 2P9PB 5EY4A 4MO4A 1YUWA 2Q36A 3DXKA 3VERA 4PL8A 4HWIA 5BRHA 4XH4A 1V4TA 4FWSA 1SAZA 4DB3A 1LOTB 1ATNA 3MN5A 5ADXH 5FPDA 1ATSA 1CZAN 5EOYA 4B1ZA 5KQ8A 3O1BA 5AQKA 4Z94A 3ATUA 4BC4A 1WUAA 5AQMA 5E84A 1MDUB 4BG9A 1NGAA 2Q97A 4FPAA 4EAHD 1U2VB 2P9LB 3VEOA 2UYTA 3AAPA 3EN9A 5FPNA 3VGLA 4A62A 4BR2A 1Y64A 2FF3B 3C7NB 5CE3A 1Q18A 4BRQA 3WQTA 1GLEG 3KZBA 2KHOA 2V7ZA 4BRIA 3D7EO 4B1WB 1KXPA 1OKJA 5AQPA 3SMPA 3WEEA 4IJAA 3LM2A 4K43A 2P9KA 4H5TA 5BR9A 4I6MB 4WQ5C 4FWPA 4BRGA 2YJEA 2P9IB 3UKRB 4B9QA 3VF6A 3CQYA 1GLLO 4BRCA 3U8XA 2IVPA 3CJ1A 4H5RA 2YCHA 3WXLA 2AP1A 2P9NB 3TU5A 1GLJO 3VEZA 5B8HA 2QWOA 1QQOA 1Z05A 4WYBA 2GWJA 4CZIA 3CI5A 3FZHA 4MO5A 1QQNA 3CETA 2E1YA 3DWLA 2CGLA 4CD1A 4E1JA 3VEWA 4EIAA 2E2QA 4H5WA 2QWNA 3DJCA 5AQIA 3CJ7A 4K41A 4EFHA 3VETA 2ASMA 4CD3A 4CZGA 4BGAA 3BF1A 5LY3A 4BR5A 3GG4A 1RFQA 3DAWA 5AQXA 1JCGA 3JXUA 2IVNA 4BRNA 4FOIA 4BRPA 1NBWA 3HM8A 3MMVA 2GELA 4CZMA 4JAXA 1RDWX 4FWQA 1QHAA 2ZWHA 5AQSA 3H1QA 5KQDA 3EKUA 1ZBSA 4IXCA 1ZC6A 3AAQA 1D4XA 2YHWA 4FO0A 3O8MA 3R9PA 5JICA 3ULEA 1YVNA 3JS6A 3GOIA 3U4LA 3TPQA 3WT0A 1HPMA 3AY9A 1BU6O 2HF4A 4JD2A 3M1FA 4CZJA 2ZGYA 3ATVA 3VF4A 5KPZA 1NGGA 2ASPA 3I8BA 2ASOA 3I33A 2CH6A 1T6DA 1XUPO 2CH5A 2P9UA 2D0PA 3LDLA 1T6CA 2IIRA 4H0YB 5ADXA 2V52B 3ZX3A 4CBWA 3UB5A 2GTDA 4O8KA 3FZKA 1QZ6A 4GY2B 4CBUA 3D2EA 5AR0A 3O5BA 3IDHA 4BR0A 3ENOA 3FR0A 1DGKN 4H5VA 4O5FA 3M6GA 2FF6A 3ZX0A 3R8EA 1S3XA 4FWRA 1NWKA 1TYQA 4LC9B 3ZX2A 2I7PA 4MLEA 3QFUA 2YHXA 3VOVA 1KAYA 3IMXA 1DKGD 2Q0UA 3MN9A 4BC5A 3UE5A 1NGCA 4PKHA 1KAZA 2A40A 1SQKA 3CIPA 3O4WA 3QB0A 4L3QA 3VPZA 3AARA 3KVGA 1KAXA 1GLAG 4BR4A 1E4FT 2QWPA 2QM1A 4B1UB 2NLXA 4ISFA 3GDQA 3EO3A 2W41A 3MN7A 3IFRA 3D2FB 3UKUA 4CZFA 3RSEA 4FPBA 4JHDB 5LJWA 2P9SA 3A5MC 2P9PA 3B8AX 4AM6A 5AZJB 5TKYA 2WUSA 4IO8A 2Q0RA 2VYPA 1NGIA 5AZIB 5JMVA 1QZ5A 2Q1NA 4AM7A 1K8KB 3SLCA 4FOEA 2E8AA 2BUPA 3LDQA 4BRHA 3OHRA 2E2NA 3W3DA 4FWMA 1QQMA 1HKGA 5AQHA 3WXKA 4EHTA 5AQUA 3CJ9A 1U2VA 2P9LA 3P4IA 3MK6A 1IJJA 2HOEA 3FFKB 3G25A 3MDQA 3CQXA 4FL9A 3C0BA 5BREA 3M3ZA 3SMSA 3ZEUB 5BRFA 4BRKA 1S22A 3ID8A 2HMPA 3L0QA 4WQ5A 2OANA 1U6ZA 5AQGA 5BN9A 3WQUA 2QWRA 3BEXA 3KHYA 3DXMB 3SJHA 5JLHA 3QICA 3QBWA 3CJCA 4I6MA 3H3OB 2A5XA 2I7NA 3ZETB 2E1ZA 2QXLA 3BF3A 4IWVA 2P9IA 4H0TB 3UKRA 3FLCO 4BC2A 3A5LC 5AQJA 4CZHA 5BPLA 2E2OA 4DCHA 4RWTA 1NGBA 3MCPA 1X3NA 4BVOA 3D2EB 2BTFA 2IVOA 3DXKB 2FXUA 3CJAA 2CGKA 3A8YA 2EWSA 2A3ZA 2F9TA 2E2PA 4FWNA 3H3NO 3CHWA 4BG8A 4BVPA 1X9JA 3GL1A 3QDKA 1MWKA 1T44A 4XH5A 1Z6RA 4B1XB 1DEJA 4XH1A 3VEYA 2PBDA 2FLOA 3EL2A 1BA1A 1IG8A 4BQZA 5AFUH 1P8ZA 4Y0WA 4DQ8A 4B1VA 4BRDA 4A2BA 2D0OA 2FSKA 4BRMA 4F9OA 5BRDA 5ELZA 2D1KA 5BPNA 1NM1A 4PL7A 4IZ9A 4JN4A 1HX1A 1E4GT 1BG3A 2A41A 4M7YA 1MA9B 4K25A 4M63C 2NZTA 4H03B 1BA0A 3LM9A 3WXJA 1NGFA 3H1VX 4B1YB 1C0GA 3HI0A 1LCUA 1NGJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SI6A 2KZZA 4CJUA 1JCFA 4FLTA 4RTFD 5C10A 5FPEA 5BN8A 2P9KB 3A2FA 5EXWA 4DR1K 5AQWA 3QFPA 1HYSA 4JKGB 2NRXA 4BR9A 3CXCM 4PY5A 3VESA 4M3TA 3E01A 4EP5A 1N32K 1IH7A 1XC3A 1HRHA 1IG9A 3FFIA 3C94A 3L4IA 1S6PA 5SWMA 4NCBA 3ZT3A 5AQLA 1M1KO 5AJ3K 4O55A 4EZ6A 3MWTA 3SQ2A 4IJNA 4MLHA 4FWOA 1V4SA 2PFUA 3ZYYX 4XIUA 3K9JA 1TVRA 2ZGZA 1HNIA 3VF2A 4JKBA 4TSXA 3K0SA 3FE1A 1BISA 1KTQA 3TI0A 1OH5A 4B8AB 5GIOA 4ID1A 1L3UA 2UXDK 3T1YK 3A5NC 2HHHK 1MWMA 2F7TA 1XHXA 1NGEA 3WNEA 4XEIA 4J8FA 1D9FA 5KRSA 3GBTA 3VENA 4DR5K 5AQQA 4H0OA 4IEEA 3O9SA 3G0ZA 3WXMB 3THXA 2WC9A 4KHSA 4IOXA 4CFCA 1G15A 3ULEB 3LDPA 1WN7A 1QVFM 4BREA 3FZFA 4YFUA 4Z4FA 4FVMA 1I94K 3VMFB 4H4MA 2A6AA 3AVIA 3J81O 5DK5A 2IC3A 4F2RA 3CMAN 3ZSOA 5K14A 5T7BA 5KPTA 1R0AA 3S3MA 2X74A 4AHSA 3EZ5A 2O8BA 3PX0A 5AZJA 1NGDA 1MU2A 3KTQA 2D4WA 4IFEA 4JLHA 4KHYA 5EVZA 4M42A 4WFBL 1GLFO 3J7ZO 3AVCA 4X66K 5DM6L 1NLVA 3O6WA 5I9EB 3HVTA 1D8YA 3AA3A 2GEMA 3A5OC 1CXUA 4QS7A 1TUUA 3OYEA 2AA4A 3AVMA 4KBOA 2A1RA 4GKJK 1T8EA 5EX5A 5EU7A 3AO1A 1A5XA 3G71N 4PHTX 1HPZA 4AQYK 3QETA 2BGGA 4BROA 3O9UA 3K57A 3IAYA 3G10A 3AA2A 1NK6A 2Q31A 4ILGB 1VHXA 4WFAL 2P9SB 3ALYA 2P5GA 3DXKA 1KQSM 4LF4K 3MECA 4HWIA 3CPWM 1W0HA 1SAZA 1JKHA 1NK5A 1LV5A 4ELUA 3MN5A 5FPDA 1CZAN 3JYTA 4B1ZA 3KWIA 1HJRA 3CM5A 4BC4A 4CGJA 3VQ8A 2XO7A 4BG9A 3AO5A 2P9LB 1J54A 3BZKA 1IBMK 1Z26A 3AAPA 4FJJA 4PQUA 3VGLA 4CF0A 2HHXA 1YIJN 4KHPK 4YNQA 1FW6A 4DS4A 1KXPA 4LFCK 4DTNA 2QKKA 3V9ZA 2UXCK 4FWPA 4LF9K 4BRGA 2P9IB 3NH2A 3RMBA 4JI8K 5HL7L 3MXIA 4J2EA 3WNHA 1VSHA 4GVMA 2YCHA 1S9EA 4I9LA 4FCYA 3U6FA 4CFDA 3F5TA 1BHLA 1QQOA 1Q82O 4M45A 3CETA 4KFBA 3J80O 3OBYA 1L3VA 1LAWA 4DSLA 1BI4B 5M1OA 3NDKA 4OKKA 4CJEA 2DY4A 4EFHA 4B3MK 2ASMA 4CD3A 4BGAA 3HRGA 1NU0A 1L3TA 4BWMA 3HK2A 3CFOA 2IAJA 2HNDA 3LP1A 3JXUA 3OYNA 4FOIA 1NKBA 3HM8A 3MMVA 4CZMA 4YY3K 4B9UA 1QHAA 3K5MA 4YOVA 3HVRA 5KQDA 3EKUA 3AAQA 3OYFA 2OZSA 2FC0A 1D4XA 4FO0A 3ZSRA 4FJGA 4FJLA 4LFAK 1YVNA 3JS6A 4UY8O 5LMUK 2O8CA 1Q9YA 1HPMA 5HBMA 3JAMO 2HF4A 1WSIA 1ILYA 3M1FA 1EO1A 4DTPA 3VF4A 1JLEA 1DTTA 4FLVA 3I33A 1XUPO 2HVHA 1CXQA 2HHVA 3NAEA 3UB5A 1T3VA 3PLAA 3L3VA 3HT3A 4CIFA 1QZ6A 4GY2B 3C65A 5AR0A 1LAVA 3NF7A 4HCBA 3IDHA 4DF4A 3ASMA 3VA3A 4B3TK 3RRHA 3NVKA 1RBVA 3M8SA 4CIEA 3M6GA 3T7ZA 2FF6A 4DLGA 4FJKA 4DR6K 5KGXA 1TYQA 2PZSA 3AVBA 2I7PA 1FJGK 4MLEA 2P5OA 2YHXA 4EP4A 2VG6A 3VOVA 1KAYA 1DKGD 3SPYA 2Q0UA 3AV9A 4K8ZA 4BC5A 3UE5A 1IV0A 4PKHA 4FJMA 4DUYK 4N41A 4R5PA 1JL1A 5HP1A 3CIPA 3KVGA 4NYNA 4Z0UA 3BDPA 2KW4A 3U3YA 1SKSA 3NBPA 5DM7L 4ID5A 3OJSA 2QM1A 3GDQA 1T03A 3EO3A 5FRMA 3MN7A 3CFPA 5J2PA 3UKUA 3G6EN 1YJNN 3K5NA 4JHDB 3DRRA 3K59A 4FK0A 4AM6A 5TKYA 1U4BA 3DMJA 4OGEA 1K8KB 3SAFA 2E2NA 5E41A 1C1CA 4JKCA 1SL1A 4NLCA 4EHTA 2KFNA 2D0AA 4LY7A 4WF9L 4NYFA 1SL0A 3G25A 4FYDA 3V81A 5BREA 1RNHA 1TKTA 3CF5L 3THWA 3C6HA 4Z4CA 2UUCK 2HMPA 3B6OA 2RF2A 4WQ5A 4DQSA 2VGNA 4JI0K 1FXXA 4M41A 4Q0BA 4DFJA 1W2BM 3SJHA 3QICA 4DU3A 1UA0A 2OZMA 2VWKA 3H3OB 4KH4A 2I7NA 3EE9A 2E1ZA 3BF3A 4PWDA 4IWVA 3UKRA 1WLJA 4FJXA 3A5LC 3VQBA 4CZHA 2E2OA 3V1OA 4DCHA 4ELTA 4RWTA 1NGBA 4KAZA 1TK5A 1NK7A 2FXUA 3OA9A 1BQMA 2EWSA 3TANA 2A3ZA 4DWIA 3QERA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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