3AVLA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avlA00
1RBRA 1BHLA 3DOLA 4OKEA 3OYDA 2OPSA 3DRSA 2G8IA 1JLAA 4CEQA 4CGDA 4CIGA 2ZD1A 2DFHA 1NJWA 2R7YA 3VQEA 1SL2A 1Y97A 1RT1A 4NCAA 1VSLA 3AO2A 1C1BA 3V1RA 4KB1A 1KVBA 5KGXA 3LWMA 3CYMA 4FCYA 4KHUA 1I39A 1NJXA 2A1SA 3ZSZA 3KTQA 4CJUA 5HRSA 3SPZA 3V9XA 4QOZB 3LPTA 1VRUA 4DTMA 3V9UA 3DI6A 1SKRA 4DTJA 2G8VA 2B4JA 4DS4A 2XRIA 1SKSA 2IC3A 3KLFA 4KAZA 1IKWA 1GOCA 4H4MA 4RG8A 2RPIA 4QCLA 2Z1IA 4DF8A 4CFCA 2JLEA 1SL0A 4DQPA 1ZBIA 1T05A 3VQ8A 1NK0A 2IGIA 2X6SA 1S1WA 1IH7A 1RBUA 2X6NA 3M8RA 1T8EA 1JLEA 4B9SA 4N41A 4GMJB 1S1UA 4FJLA 2EX3A 5KI6A 4KI6A 4CHNA 1NOZA 5K14A 1VSDA 4CEEA 3DRRA 4M3ZA 1TK8A 4E3SA 3L2UA 3SZ2A 2FBYA 4J2AA 3L2QA 1TKZA 1J5OA 2PZSA 2FBVA 2IS3A 4AHCA 4DFPA 1KRPA 4O0JA 3WNGA 3RRHA 4CF9A 1RDBA 2KQ2A 1BIUA 3AA2A 3QO9A 2PY5A 2QKBA 3K5OA 1C0TA 2ITGA 3OYFA 4DU1A 3TAEA 5FRMA 4FLYA 3RTVA 1JLGA 4KI4A 4R5PA 4B08A 2ZE2A 4N47A 4MQ3A 3AA4A 2HW3A 4CCHA 4AHUA 2B5JA 4F3TA 4BWJA 5I3UA 3SJJA 3LWLA 4FJNA 3ZSRA 3DLEA 4DWIA 3SUQA 4HCCA 3DLGA 3P5JA 4FM0A 1ZBFA 1LWFA 3QIOA 4XIUA 4M3UA 4PY5A 2X74A 3OJSA 4RW6A 3NF7A 4ELTA 1TK0A 1K6YA 3QEWA 5I42A 1NK7A 5HRPA 4YFUA 1RBVA 4FK2A 1GOAA 4CEOA 1GOBA 4B3OA 4H4OA 4HUGA 5J2MA 1JL1A 3K5MA 3DYAA 1RT4A 1XWLA 3SPYA 3VN5A 3LALA 2PYLA 1XC9A 1FKOA 1TVRA 4EP5A 3AO5A 3BDPA 4B9TA 4KB0A 1RT5A 2WOMA 3P1GA 3SUNA 3MXMA 1WSIA 2HB5A 3QLHA 4C8MA 3QESA 1RDAA 4CJ5A 3KLIA 3EZ5A 4ID5A 4B9VA 3DRPA 4E7IA 4B9LA 4CGIA 3LZIA 4AHTA 1A5XA 3CM5A 4DF4A 1X1PA 3DMJA 2P51A 2EHGA 1D9DA 3SI6A 1B9DA 4UQGA 3AO3A 3O3HA 3TAMA 1W0HA 5DK5A 3OS2A 4JLHA 4Z0UA 1EX4A 4GW6A 4FLXA 3SQ2A 1BCMA 4HVJA 1JLQA 3K57A 1QE1A 4YNQA 3V81A 4W5OA 3QNOA 3AVBA 3MXIA 1ZBUA 4LSLA 4CEZA 3CFPA 1VSMA 2G8WA 2HNYA 1L3SA 3I0RA 2I5JA 4CERA 1RBTA 1CXUA 3LANA 1D8YA 5FROA 4L8RB 4F4KA 1U47A 1RCHA 1HYSA 3AVIA 3H08A 3KJVA 1KFSA 4CE9A 3L2RA 3T1AA 4DMNA 4KKOA 4FJIA 2F8SA 3PX0A 3DM2A 1VSKA 3AA3A 1Z25A 1B9FA 1BI4A 4FLVA 1HNVA 3ZSQA 1IG9A 4CIFA 2KFNA 1RTIA 1S9GA 5EU7A 2BDPA 1N5YA 4CJSA 3TABA 1S5JA 4FLZA 1LWCA 4CIEA 3NGIA 4HUEA 1W9HA 2OPQA 4IFVA 4OGEA 2WONA 4ZHRA 3SYZA 4CF2A 4OPKA 5CZ1A 4AILC 4FJ8A 1HYZA 3MECA 3L2VA 3OJUA 4DS5A 3O3GA 4PWDA 2KZZA 5HBMA 1NJZA 1Q9YA 1L3TA 4E7LA 3IAYA 4FJMA 1KVCA 4CFBA 1WSHA 1EXQA 3PX6A 4Q0BA 4Y1DA 3HP9A 2XY7A 4FJKA 1B92A 1T7PA 3VQDA 1YTUA 3JYTA 4DTXA 3KD1E 2GUIA 3JSMA 4KV8A 4N56A 4KHWA 1Q9XA 4Z4EA 1TAUA 3QERA 3NF8A 3HPHA 4I9LA 2HMIA 4KRFA 5KTQA 3OYMA 4BE1A 4BE2A 2OPRA 1VSJA 3AVMA 2DFFA 4BWMA 2OYQA 5CY4A 4FJ5A 3M8PA 4LH4A 1CLQA 2YNHA 4W5RA 1LWEA 3CG7A 3RMBA 3KK3A 2IOCA 3TR8A 3LP1A 3PY8A 1RTJA 2E6MA 3V1QA 2DY4A 4CF8A 3QEIA 3HVTA 4Z4IA 3K2PA 1HJRA 1NKBA 1RT2A 3U6FA 1JLBA 4JRPA 3VQ4A 3MXJA 3TAPA 4FXDA 4O0IA 4RW8A 4RW4A 2PYJA 3HJFA 3VQAA 1R0AA 4F3OA 2FBXA 2O4GA 1ZYQA 2F8TA 4HUFA 1IKVA 2HNDA 1LW0A 4B8AB 3MEEA 1KCFA 4EP4A 3K59A 3I0SA 1JXBA 1N6QA 3RR7A 4KREA 2YNIA 3NHGA 1NJYA 4FZYA 4Z4CA 1XHXA 1VRTA 4KTQA 1U45A 4DTSA 2LSNA 4DFKA 3MEGA 4K8ZA 4E7KA 4DQRA 4E89A 3PO4A 3HL8A 1O1WA 3M8SA 3NE6A 3V9WA 2XY6A 4LY7A 4DSIA 3LAMA 3C94A 3F9KA 3SQ4A 1NOYA 3OYAA 1NK8A 4B8CA 3DLBA 4FVMA 4CF0A 4FJHA 4OLBA 1BISA 5JS1A 1TL3A 5HRNA 4CK2A 1WSEA 3MAQA 4WE1A 3K58A 1NKEA 4FK0A 4RW7A 3OYIA 4CF1A 1S9EA 4I9QA 4Z4FA 4B9UA 3NH1A 1JKHA 3CQ8A 3OS1A 4KPYA 3AA5X 4QAGA 3AV9A 4CK1A 1BL3A 1YT3A 4AHRA 3T19A 5HP1A 5KRSA 1TKTA 2VWJA 3TANA 3HK2A 5CYQA 1IKYA 1DTTA 2HVHA 4NYNA 1J9AA 3S3MA 1KVAA 5KRTA 3OVNA 3L2WA 4FLUA 1U4BA 1X9MA 2B6AA 1A5VA 1CXQA 1X9WA 5J2PA 3OYEA 1RDCA 1BGXT 3D0PA 1QHTA 1YTAA 1BCOA 3OYJA 3LP0A 1SUQA 4E19A 3O4QA 2FC0A 3AVKA 3ZT3A 4O44A 3OYKA 1UA0A 4DSFA 4KHNA 4CJTA 1RT7A 3OYCA 2D0CA 1S1VA 3VQPA 3LAKA 4CGHA 4PQUA 3LDSA 3HSTB 4ID1A 1S6PA 3ZSOA 5C25A 1LW2A 1BQMA 5DMRA 4M41A 1WAJA 3VQCA 1VSIA 3TAGA 5SWMA 4ZTFA 4ELVA 1VSFA 3SV4A 1BQNA 3V9ZA 2ETJA 1TK5A 3KD5E 1C6VA 3AVNA 4N76A 3OYGA 1I3AA 4AHSA 4BDZA 4TSXA 3RMCA 4FLTA 4CECA 4DFJA 4IKFA 2HVIA 3OYLA 4E1MA 3ASMA 4FZXC 2P5OA 4M3XA 2HHQA 4OPJA 4C8KA 3L8BA 2E4LA 5FRNA 3ZT2A 4HTUA 4M3TA 4NYFA 1WNSA 4MFBA 2D5RA 3ZSYA 1XI1A 1J54A 1NK5A 1BI4B 4HHTA 1ITGA 3E01A 4H8KA 2BGGA 4BDYA 5CZ2A 4NCBA 2XY5A 1NK6A 3ZSWA 2BE2A 5JS2A 3VQQA 1ZBLA 1SL1A 1D9FA 1LV5A 3DLRA 3QEXA 3V4IA 4DSKA 4FZZA 4LH5A 1KLNA 3TWHA 3NAEA 2VG7A 4DLEA 3SV3A 3V1OA 3SQ0A 4JRQA 1L3VA 3KLEA 3NDKA 3VQ6A 4W5TA 3KKRA 3B6PA 3UIQA 4M3YA 1S6QA 2QKKA 4KHYA 1RNHA 3S3NA 4KO0A 1S1TA 3OY9A 3MEDA 2Y1IA 4F8RA 4W5NA 4OGCA 1C1CA 1RTHA 4DTNA 1D5AA 1WLJA 3RRGA 4N5SA 4KHQA 3NFAA 2HHUA 4C8OA 3LPUA 3NF9A 4EZ6A 4OLAA 1Q8IA 1QQCA 3EYZA 1HRHA 4CGGA 5CYMA 1Z26A 4FW1A 1QTMA 1DTQA 4C8NA 3HPGA 1ASUA 1FKPA 1XHZA 4KHSA 4FK4A 2KTQA 1IO2A 1HPZA 3OYHA 3WNHA 3QINA 4CFDA 5C42A 1FK9A 1HYVA 4OKKA 5T7BA 3RR8A 4FJGA 4DU3A 2HHTA 2QK9A 4CFAA 3NH0A 4O55A 4CHOA 2Z1GA 3CFOA 1L5UA 3KLGA 3S3OA 3LP3A 1CZ9A 2Z1HA 1KLMA 1WSJA 1RILA 3AVFA 3WNEA 4OVLA 3HT3A 4CEDA 3NCIA 3U3YA 3VQ5A 4KTWA 3S9HA 2GBZA 1UA1A 1UWBA 3DLKA 2QXFA 1DLOA 3KKSA 4NCGA 3ISNC 4FM2A 3AVHA 3T3FA 2KW4A 1KTQA 2FBTA 3HM9A 3TAFA 2G8KA 1QS4A 3ZSXA 2KFZA 4DLGA 4CJLA 3CFRA 4I2PA 4CGFA 2RF2A 1HNIA 3PUFA 4Q5VA 1VSEA 3IG1A 3C95A 4CEBA 3VQ9A 2YNGA 4I2QA 4DFMA 4E7JA 2AJQA 2E6LA 3QETA 5HROA 4KTZA 1NK4A 4CEAA 1QSSA 2NUBA 3NGYA 1HMVA 1IKXA 2YHAA 4CEFA 4CHYA 2IDOA 1HQEA 2A1RA 2G8FA 3VA3A 2YKNA 3QNNA 4CGJA 4CJ4A 3QEPA 2P5GA 3TARA 4M45A 3HYFA 1VSHA 1TKDA 4BDPA 1WSGA 3K5LA 3KK1A 1YVUA 1CZBA 3M8QA 1U48A 1ASWA 3THVA 4DG1A 4CJEA 2X78A 3OYNA 4DQQA 5SZTA 4DTPA 3G10A 4M3RA 3SCXA 4RW9A 1JLCA 3SUOA 4IG3A 3DLHA 3PO5A 2Y1JA 4AH9A 4E7HA 1RTDA 4FJXA 2YKMA 2OZSA 4DQIA 3AVAA 2W42A 1KSPA 2D0BA 4E0DA 1SV5A 4ZTJA 4F2RA 2VG5A 3F73A 4CESA 5HLFA 2OZMA 4FYDA 3DOKA 1EP4A 1NK9A 3OYBA 4IFYA 2Q3SA 2XO7A 3PV8A 3ITHA 3KIOA 1JXEA 1ZBHA 3C6TA 1RBSA 1TAQA 3VQ7A 4DU4A 4CJVA 4PUOA 2O4IA 2ZQBA 1S1XA 3O3FA 3V6DA 5D3GA 3B6OA 2F96A 1L3UA 1RT6A 1BIZA 2RN2A 4IBNA 5C24A 3ZT4A 5J1EA 1UAXA 1WSFA 3NBPA 2XHBA 4J2DA 2YNFA 3TAQA 2VWKA 4K8XA 1WAFA 3WNFA 1HQUA 4CHQA 4DSJA 3HO1A 4IG0A 1EKEA 3C6UA 4OJRA 2D0AA 3TI0A 4C8LA 5J2NA 2VG6A 3BGRA 4CHPA 2JGUA 3V9SA 4DTUA 1C0MA 4Z4GA 4FJJA 4E1NA 1VK0A 1C0UA 3ZCMA 2OPPA 1F21A 4CHZA 3ZT1A 3EY1A 3CM6A 3OS0A 3L3UA 3VQBA 3NF6A 4FJ9A 2HHXA 3ULDA 2YV0X 2HNZA 5FDLA 4B9MA 2HHVA 2HHWA 4LD0A 4O5BA 4CJ3A 4DQSA 2IAJA 3AVGA 4CJWA 4EZ9A 4FW2A 4BACA 3FFIA 4Y1CA 3ALYA 1KFDA 4DTRA 3RMAA 4ELUA 4CK3A 3QEVA 4CJPA 1LAWA 4CJQA 1X9SA 3A2FA 3HXMA 1SKWA 1FXXA 3KK2A 4F2SA 4HCBA 3AO1A 2ATQA 4PA1A 2GV9A 3P83D 4GVMA 3LP2A 4DTOA 1RT3A 1EETA 3O4NA 4FLWA 1UOCA 4W5QA 2DTUA 4FM1A 3D45A 2BANA 2YHBA 3G0ZA 3AVCA 4AHVA 3ZSVA 3LZJA 3IS9A 4I7FA 5KGWA 4ICLA 2KZMA 1QSLA 4B9NA 1MU2A 3QIPA 2HHSA 2G8UA 4JS5A 3RMDA 1TKXA 4FJ7A 2RKIA 4M3WA 5HRRA 4IDKA 3I8DA 3L3VA 3SQ1A 3NGZA 4J2EA 1U49A 1LAVA 3HPOA 3HP6A 4DSLA 4CJKA 3SUPA 1REVA 4JS4A 2G8HA 4M42A 3AO4A 3ZT0A 1U04A 1C1AA 2Z1JA 3K5NA 4CJRA 4J2BA 1TL1A 3AVLA 4CJFA 2P1JA 1G15A 4Z4HA 3KLHA 1T03A 1WN7A 1ASVA 1TV6A 3AVJA 1J53A 4DSEA 1A5WA 1NKCA 1QSYA 1JL2A 3RWUA 2DFEA 4G1QA 1JLFA 5E41A 2XY8A 1TGOA 3IRXA 4BE0A 3SNNA 3U3GA 5J2QA 4LSNA 4OKJA 1RDDA 4O4GA 3PX4A 3HVRA 3VA0A 4KFBA 3NH2A 2OA8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OPSA 3DRSA 2G8IA 1SL2A 4CIGA 1ZBSA 4NCAA 3VQEA 2YHYA 4K42A 4KB1A 1QZ5A 3VGLA 2QA4N 4CJUA 4QOZB 4DTJA 4H4MA 3O5BA 2Z1IA 3HSCA 4FWPA 3ZLJA 1ZBIA 5C2DA 5TKWA 2IGIA 1RBUA 4YHHK 1S1UA 4DV0K 1NJIO 1GLLO 3CCUN 3SZ2A 4J2AA 5C15A 3MN6A 4DFPA 4O0JA 5BN8A 4B3SK 2KHOA 4H0VB 3K5OA 3LM2A 4FLYA 3RTVA 4GKJK 4R5PA 4MQ3A 5LJWA 2OANA 5JLFA 4FJNA 3THYB 5F0XA 4HCCA 4A5AA 3C0BA 4RW6A 3NF7A 4ELTA 4IJNA 1O13A 3MX2A 3VF2A 5AFUA 1JL1A 3FR0A 3VGMA 3WXKA 3LALA 3JS6A 5M1OA 2Q31A 5GAGP 1T3VA 2PYLA 1TVRA 4KB0A 3ZEUB 1RT5A 3AGRA 4H0PA 2VCPA 3QESA 4C8MA 5GINA 3DRPA 4B9LA 3LZIA 3ENHA 3CM5A 4BVPA 1RFQA 1MA9B 2NZTA 3Q7BA 3AO3A 2P9PB 1W0HA 3DXKB 4FLXA 3E1YA 4JLHA 4Z0UA 4GW6A 1T6DA 4YNQA 3V81A 3K9JA 4JKHA 2ASMA 4PHTX 4BRNA 4H5WA 1L3SA 4FWOA 4CERA 1RBTA 1CXUA 1D8YA 4WQ4C 1RCHA 3H08A 3KJVA 4E1JA 1T6CA 2FF3B 4DR4K 3OHRA 4CIEA 3NGIA 3DJCA 2WONA 2E2QA 3Q7CA 5CZ1A 4OPKA 4FJ8A 4O8UA 5HBMA 3C7NA 4E7LA 3PX6A 3HP9A 4FJKA 1B92A 3CCQN 3JYTA 2GUIA 5CHIA 4KV8A 4KHWA 3QMLA 1Q9XA 1TAUA 4RWTA 5FPNA 4BE1A 2OPRA 5C12A 1VSJA 3AVMA 3M8PA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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