3AVLA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avlA00
3K2PA 3SPZA 4FJ9A 2XY5A 4DFPA 2HHSA 1JL2A 1D9FA 1C6VA 2YHAA 4M3ZA 1QSLA 1C1CA 2YNGA 3LANA 3ZSYA 3TABA 3ZSOA 3K57A 4E7JA 1W0HA 4F3OA 1HPZA 3DLHA 2HHTA 1RDDA 4DFJA 3DRSA 2X78A 4PQUA 2YHBA 2A1RA 2QKBA 3OY9A 3L2VA 1J9AA 4OVLA 3SCXA 3K5OA 4KB0A 4N76A 3IAYA 2KQ2A 2LSNA 3OYBA 4LY7A 3L8BA 3RMDA 3V9XA 4CEAA 2VWJA 3V6DA 1BI4B 1S1TA 3RRGA 4CIFA 3THVA 4C8NA 4L8RB 1HYSA 2FBXA 4CFCA 4FJHA 1NOZA 4B08A 3LP2A 4CERA 5KGWA 1S1UA 5HRPA 5HRNA 3MXMA 5HLFA 2E4LA 3NHGA 4KHUA 5J2MA 4CJTA 4JS5A 4DTJA 1TAUA 1WAFA 1KRPA 2RF2A 4E89A 5HRSA 4OKEA 1LWFA 1RTJA 1NK4A 1B92A 2XY7A 1BCOA 4Z0UA 4XIUA 1BQMA 4KV8A 1QS4A 4RG8A 3LAMA 5CZ1A 1SUQA 4IG0A 3AVBA 4CHNA 3NCIA 3M8QA 4DTPA 1UOCA 2Y1JA 3QINA 3LPUA 2VWKA 3L3UA 5JS1A 4J2AA 2DFHA 1WNSA 1REVA 2B4JA 3G0ZA 4CGFA 4NYFA 5KRTA 3MAQA 2DTUA 4CEDA 3OYIA 1TKDA 3IG1A 2PY5A 4H4OA 1SV5A 1BIUA 3SUOA 4O44A 1L3SA 3KK1A 3ALYA 4KO0A 2KZMA 1TKTA 2D0AA 1VSDA 1DLOA 4BDYA 1NKCA 4FJ7A 3LZJA 1JXBA 3HYFA 2EHGA 1T7PA 5HBMA 3TAGA 1LAVA 4QAGA 1RBVA 1JLCA 1U47A 3V9SA 4DQIA 4HUFA 4FJXA 3OYDA 3BDPA 5EU7A 2OZSA 1BI4A 4ELVA 4DF8A 3AVKA 4E7KA 5J2QA 4HUEA 1I39A 4FJ8A 3NF7A 4CJ3A 1HRHA 3QEWA 4CJKA 2O4IA 1C0UA 1BCMA 4PWDA 4JRPA 1N6QA 4IG3A 2Z1GA 3DYAA 4B9SA 3G10A 4NYNA 3CQ8A 4C8KA 4Q5VA 4OPKA 3AA4A 3S3OA 4FZYA 1RT7A 5C24A 3NGIA 3LP0A 3QETA 1RT4A 1KSPA 4CE9A 3S3MA 3PV8A 3LAKA 4DSEA 3QEIA 3A2FA 4OGEA 4KTQA 4W5NA 3L2UA 3DMJA 5CZ2A 1U45A 3AVJA 3DLRA 4J2DA 4DLGA 3SQ4A 4DTMA 5SZTA 4DFMA 3SUPA 5CYMA 3DI6A 3L2WA 4H8KA 4DSKA 5FRMA 3TANA 1RBSA 3DRRA 2VG7A 3ZSZA 2DY4A 4FW2A 1ASWA 2BGGA 3RMCA 1RT6A 1RTHA 2IC3A 1U04A 4CEOA 3NDKA 1TK0A 5FDLA 3MXIA 1RTIA 3CFPA 4DG1A 4Z4HA 4HTUA 4ELTA 1JLFA 1HMVA 2QXFA 1LAWA 4O4GA 2P1JA 1WSHA 3SQ1A 4BE0A 3HPGA 4QCLA 1NJYA 4KTWA 3NE6A 4CF9A 3M8PA 3NBPA 2QK9A 5J2PA 3OYCA 3CM5A 4UQGA 1FK9A 3I8DA 4CJQA 4M3RA 1TAQA 3HP6A 2HMIA 1IG9A 2OPPA 4HVJA 3VN5A 3TAPA 3VQ9A 3HSTB 3D0PA 1QHTA 4FK0A 4KHYA 5KGXA 3E01A 4LSLA 4CEEA 3RRHA 1IH7A 3KK2A 4I9LA 1BHLA 4F2RA 3L2QA 1NKEA 4FK4A 4N56A 1EX4A 2XRIA 4JS4A 3VQ5A 4OLBA 1RNHA 3PUFA 3PX4A 3HM9A 1C0MA 1TK5A 4CIEA 4EZ9A 4FM2A 1S6PA 4F3TA 1EXQA 3I0SA 4DTNA 2OZMA 3TARA 1CXUA 3KD5E 2HHXA 3PX6A 3KK3A 4NCBA 2HVIA 1NOYA 3TAMA 3EYZA 1VSLA 3BGRA 1NJXA 4M3TA 1RBRA 4KRFA 2IS3A 2E6LA 3OS0A 4IBNA 1RILA 2YKNA 3PX0A 4CF2A 3S3NA 1R0AA 4O0IA 1VSEA 1QQCA 4CJLA 2W42A 3RTVA 4CGDA 4KTZA 4CEZA 4I2QA 4DQPA 4HCCA 3AVGA 3HPHA 2X74A 4CHQA 2YNHA 1B9DA 1UA0A 3SQ0A 1CLQA 4CECA 3M8SA 4B9UA 3V1RA 1VSJA 4YNQA 1HQUA 4W5OA 3OJUA 1X9SA 1C1BA 1RT5A 5K14A 3OYKA 4R5PA 1NK8A 1T8EA 1RT1A 4DLEA 3IS9A 1VK0A 3AO4A 3SPYA 2P51A 4NCAA 1Y97A 3OYEA 1IKWA 3V9ZA 3CG7A 4CJ4A 4M42A 4GW6A 3O3FA 2X6NA 1NKBA 1J5OA 3F9KA 1JLEA 4ICLA 1VSKA 4TSXA 4BWMA 4CHOA 4HHTA 2IGIA 3OYNA 5HRRA 3PO4A 4E3SA 4DTSA 3LP1A 4I7FA 4Z4IA 2RKIA 4MFBA 3KJVA 2B5JA 4CJWA 3HVRA 3V9WA 2IOCA 3AVAA 1JLAA 1RDCA 4H4MA 1U49A 3DLGA 4LD0A 2ETJA 3OYFA 3U3YA 4C8OA 3C94A 3KLEA 1X1PA 3QNNA 2IDOA 5E41A 5JS2A 4E1NA 1UWBA 4FM0A 3P1GA 3QIOA 2HNYA 2AJQA 4CJSA 1Q9XA 2BANA 1D8YA 4CGJA 3T19A 3EZ5A 4EZ6A 3JSMA 4OKKA 3WNHA 4DU4A 3ZSVA 4BE2A 1TV6A 4CIGA 3LWMA 4DQSA 1JXEA 4G1QA 2BDPA 4CHZA 4B8CA 3NF9A 2E6MA 1G15A 4BACA 2XY8A 4B8AB 4KB1A 1C1AA 1RDAA 3QERA 4OLAA 4Y1CA 2EX3A 2JGUA 4JLHA 1WSGA 3OVNA 3HVTA 1HNVA 4N47A 2XY6A 2KW4A 4E0DA 3O3HA 4FYDA 4Z4FA 2F96A 4KAZA 4DQQA 1SKSA 4GMJB 1S9GA 3QEPA 4CJFA 3SI6A 3AA5X 3KKSA 3CFRA 4IKFA 2HNDA 4FLVA 4DSFA 3F73A 4Q0BA 1JLGA 1QSSA 4FZXC 1Z25A 2O4GA 4LH4A 2G8HA 1VSHA 4Z4CA 1NK0A 4JRQA 4B9TA 1TKZA 1RBUA 1TK8A 3D45A 1KVCA 4RW6A 4RW4A 4FJGA 4N41A 4DFKA 1SL1A 3NAEA 4Z4GA 1BIZA 1A5WA 3ZT4A 4Z4EA 1ZBHA 2D5RA 4FJIA 4FLZA 3ISNC 4DTOA 3AA3A 3OS2A 1ZBIA 2KZZA 4BDZA 1N5YA 1TVRA 1T05A 2G8VA 1UAXA 1XI1A 3K5MA 4FLTA 4CEBA 1X9MA 3I0RA 1NJWA 1JL1A 3ZT0A 2OA8A 3ITHA 4IFYA 4FK2A 3RMBA 2OYQA 1D5AA 2VG5A 3RWUA 3OYMA 1WSFA 3DLBA 4DQRA 1VSIA 1TL1A 2FBYA 1S1XA 5FROA 3WNFA 4M45A 1T03A 1NJZA 4CCHA 1TKXA 1SKWA 3AO2A 1EP4A 5KRSA 2HB5A 5HROA 1LV5A 4CJEA 1ZYQA 3KIOA 4OPJA 1X9WA 3AA2A 1WSJA 2GBZA 2D0CA 1TL3A 3WNEA 4OGCA 3RR8A 3LDSA 4M41A 3HJFA 2KFZA 3VA3A 4FXDA 4F4KA 3QLHA 3ZT2A 2JLEA 2X6SA 3P5JA 1S1WA 3C95A 4C8LA 3ZSXA 4QOZB 1HNIA 4KREA 1XC9A 3NF6A 2ZQBA 1EETA 2FBTA 3O4QA 3SQ2A 1U4BA 2HHQA 4CGHA 4B9MA 3WNGA 1S6QA 3C6TA 4E7LA 1HYZA 1BQNA 2XHBA 3K5NA 3T3FA 1ZBLA 2F8TA 2Z1HA 3RR7A 3HO1A 3B6PA 2G8WA 3OYGA 1CZBA 3KLIA 4KHNA 1ITGA 1ASVA 1LW0A 4FJKA 1FKOA 1KLMA 1Q8IA 4YFUA 4DF4A 4EP4A 4BDPA 1KFDA 1B9FA 2QKKA 1SKRA 3AVHA 1KVAA 1L3VA 3OYLA 4DWIA 2PYLA 2IAJA 1TGOA 3JYTA 3VQDA 3UIQA 2PZSA 1IKYA 1QTMA 1KLNA 5SWMA 3NH0A 1GOAA 4DSIA 2ZE2A 3ZSQA 1DTTA 4AHTA 3O4NA 3SYZA 4CF0A 3QEVA 5D3GA 2OPRA 3VQ6A 2A1SA 4PY5A 2WOMA 1RT3A 1VRTA 4IDKA 1JKHA 2F8SA 3VQQA 3TI0A 3NF8A 3VQ7A 2HHVA 1LW2A 4W5RA 4CF1A 4N5SA 1SL0A 5C42A 1IKVA 2B6AA 4RW9A 4KI6A 1XWLA 1DTQA 3CFOA 4LSNA 1L5UA 4FLUA 2I5JA 3AO3A 4AHUA 1S9EA 4LH5A 3LWLA 2HHWA 1L3TA 1LWEA 3L3VA 3MEGA 2HNZA 3OS1A 4HUGA 4ZTFA 1IO2A 1RBTA 3VQBA 1UA1A 3AVLA 4CGGA 4DU1A 3S9HA 3NH1A 1S5JA 5J1EA 2P5GA 3NFAA 3OYAA 1RCHA 1NK6A 5J2NA 3DM2A 3VQAA 3M8RA 2G8UA 4ID1A 4OKJA 1FXXA 1RDBA 4ELUA 1Z26A 2Y1IA 5C25A 3LP3A 3K5LA 2ZD1A 3AO1A 3AVMA 1XHZA 1CZ9A 1YVUA 4O0JA 2DFEA 3U3GA 1NK9A 4DSLA 4KI4A 4J2EA 4CFDA 3V1OA 3MXJA 5CY4A 3HL8A 5I42A 4AHCA 3CYMA 3TAEA 4KFBA 4PA1A 3TWHA 4BE1A 4AILC 3FFIA 1D9DA 4F8RA 4B9VA 4K8ZA 1JLQA 4DTRA 1GOBA 3OYHA 1GOCA 3QESA 5HP1A 3KLHA 2DFFA 1RT2A 4CGIA 2YV0X 4FW1A 3VQ4A 2R7YA 2HW3A 1O1WA 3EY1A 1Q9YA 1A5VA 3SV4A 1SL2A 3PY8A 1I3AA 2Q3SA 4CJUA 1EKEA 4DS5A 4FJNA 3ZCMA 1WAJA 3MEDA 3SV3A 5I3UA 1NK5A 4E1MA 4EP5A 3LPTA 4CHPA 1YTUA 1WSIA 4K8XA 5KI6A 4FLXA 4E7HA 3KTQA 3LALA 4B9LA 1LWCA 3QEXA 3QNOA 2PYJA 1WSEA 4CF8A 4CK2A 1YT3A 2RN2A 4FJ5A 2GUIA 3IRXA 1QE1A 3HXMA 2NUBA 1VRUA 1BGXT 3KKRA 1U48A 4M3WA 1KCFA 2OPSA 2XO7A 1ASUA 4FJJA 5CYQA 1J53A 2G8KA 1KVBA 4FZZA 3DOKA 3H08A 4E19A 3ZT1A 3O3GA 4FCYA 4M3YA 4CEFA 4ZTJA 4KPYA 1WLJA 4OJRA 5T7BA 4DS4A 1HQEA 1ZBFA 2FBVA 3MECA 3OYJA 1RTDA 3TR8A 1VSMA 3U6FA 4E7IA 4B3OA 4CESA 4GVMA 4C8MA 4W5TA 4CEQA 4I2PA 4B9NA 1IKXA 4NCGA 1BL3A 4RW7A 5KTQA 1J54A 3AO5A 2ITGA 3DOLA 3P83D 3AVFA 3VQPA 4AHRA 3LZIA 3HP9A 3V4IA 4FJMA 4AH9A 4FLWA 4KKOA 2ATQA 3AVNA 3QIPA 3OJSA 3KLFA 1WN7A 3VA0A 2OPQA 3AVCA 3ZSRA 3ASMA 2Z1JA 4I9QA 3K58A 2VG6A 4KHQA 1CXQA 1KTQA 3AV9A 4DSJA 1MU2A 1L3UA 4J2BA 1HYVA 1K6YA 4CHYA 4CFBA 3ZT3A 4FVMA 3AVIA 4DU3A 4FM1A 4FLYA 4W5QA 4RW8A 3SJJA 3KD1E 3DLKA 2YNIA 4DTUA 2RPIA 2YNFA 2G8FA 3RMAA 4CFAA 3HPOA 1S1VA 4ZHRA 4MQ3A 3NGYA 1C0TA 4Y1DA 3ZSWA 2WONA 3C6UA 3VQ8A 4CK1A 4DMNA 2FC0A 3V81A 1A5XA 1FKPA 1YTAA 3VQEA 4O5BA 2D0BA 4CJRA 1ZBUA 3HT3A 1VSFA 3L2RA 3HK2A 3V9UA 4PUOA 2KTQA 1KFSA 3SNNA 4KHSA 2YKMA 5DMRA 3PO5A 1F21A 3DRPA 3MEEA 4AHVA 4F2SA 3TAFA 1BISA 3QO9A 3T1AA 4WE1A 3ULDA 4M3XA 2G8IA 3B6OA 4FJLA 1XHXA 3CM6A 4CJVA 4DTXA 4IFVA 4KHWA 4M3UA 1W9HA 4HCBA 2HVHA 3KLGA 2KFNA 1HJRA 1JLBA 1NK7A 2Z1IA 3DLEA 4CK3A 3NGZA 4AHSA 3SZ2A 2HHUA 3K59A 3VQCA 2BE2A 3SUQA 3SUNA 4BWJA 4CJ5A 5FRNA 4ID5A 1QSYA 2P5OA 3NH2A 5DK5A 2GV9A 4O55A 3TAQA 3V1QA 4CJPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DFPA 1N34K 4CZKA 1QSLA 3LANA 4FWRA 4F3OA 1HPZA 2HHTA 1RDDA 3DRSA 2X78A 2QKBA 3OY9A 4M7YA 4O8KA 2O8FB 4R79A 4PL8A 1M1KO 1HX1A 4X62K 1OH6A 4KB0A 3VEYA 4A5BA 2LSNA 2VWJA 5TKWA 1BI4B 1S1TA 3CF5L 1HYSA 4CFCA 4FJHA 2O8BB 1VQMN 4B08A 5KGWA 4JNEA 5HRPA 5HRNA 5HLFA 3IUCA 2E4LA 4DTJA 1TAUA 4A5AA 4E89A 5HRSA 4BRDA 1B92A 1BQMA 1QS4A 4CHNA 3IKMA 3QINA 2VWKA 4LC9B 5JS1A 2DFHA 1WNSA 3G0ZA 1DEJA 4FWKA 4FO0A 2PY5A 4OO1J 3CCJN 3O1BA 3ALYA 2KZMA 3VEWA 3LZJA 1NM1A 3R1XA 4PKIA 3ZLJA 4DV5K 4DQIA 4HUFA 2QW9A 3BDPA 2OZSA 2ZGZA 3CJAA 4E7KA 1I39A 4GY2B 4CJ3A 4CJKA 2QWOA 3THXB 4PWDA 4IG3A 2Z1GA 4B9SA 4NYNA 4OPKA 4FZYA 5C24A 3QETA 1RT4A 3S3MA 3PV8A 3A5NC 3A2FA 4KTQA 3L2UA 3DMJA 2NRVA 4FWMA 2O8DA 2E1YA 4DTMA 5CYMA 3DI6A 3L2WA 1RBSA 1U04A 1VQLN 1RTIA 3HTVA 4FVUA 1FW6A 3VF4A 1JLFA 1HMVA 5AQLA 1YJ9N 4KTWA 4X65K 3CCSN 4LF4K 3CM5A 3HP6A 3SAHA 5M1NA 2OPPA 4HVJA 3VN5A 3CC7N 1QHTA 5KPZA 2E2OA 5KGXA 4LSLA 4CEEA 2GELA 1OH5A 1IH7A 1NGDA 4IJNA 1HKBA 3F5TA 1HUXA 3AAPA 1RNHA 2QXLA 1ZXOA 1C0MA 1TK5A 1HPMA 1C0GA 4FM2A 4EZ9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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