4OKKA

Crystal structure of rnase as from m tuberculosis in complex with ump
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
VRYFYDTEFIEDGHTIELISIGVVAEDGREYYAVSTEFDPERAGSWVRTHVLPKLPPPASQLWRSRQQIRLDLEEFLRIDGTDSIELWAWVGAYDHVALCQLWGPMTALPPTVPRFTRELRQLWEDRGCPRMPPRPRDVHDALVDARDQLRRFRLITSTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Structure and Function of RNase AS, a Polyadenylate-Specific Exoribonuclease Affecting Mycobacterial Virulence In Vivo
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3'-5' exoribonuclease Rv2179c/MT2234.1
total genus 52
structure length 160
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4okkA00
1T7PA 1WSEA 5CZ1A 3SUQA 4FJXA 3K5MA 1RT7A 4ELUA 1HNIA 4Z4FA 2Z1HA 3HSTB 3LZIA 2ZQBA 1BGXT 4CJWA 1SKSA 5KI6A 1RBUA 3AVMA 3QETA 4PY5A 2Z1IA 3WNHA 1T03A 3HO1A 1KSPA 3VQ8A 4F3OA 4JS4A 1RT6A 2B4JA 3AVGA 3SV3A 4EZ9A 4IKFA 2ATQA 4KPYA 3TABA 1JLEA 1C1CA 1ITGA 3AA2A 1U47A 3C6UA 5SZTA 3ZSYA 1JLGA 3KKSA 1TKZA 3V1OA 3G10A 4K8XA 4CEBA 5D3GA 5HRPA 3PO5A 3OJSA 1YTAA 4IG3A 1C0MA 4CK3A 3NH1A 1NJXA 4CFBA 1LW0A 4FYDA 1C0UA 1ZYQA 2KQ2A 2VWJA 3JYTA 2IS3A 4KTWA 1DLOA 3ITHA 4RW9A 3OYJA 3ZSRA 4KRFA 2G8UA 1VSKA 5FROA 4CJUA 3C95A 2P5GA 2E6LA 1WSJA 3HM9A 3SQ2A 1BISA 3IS9A 4MQ3A 1G15A 4CF0A 3RTVA 1EX4A 1JLCA 4RW6A 1S1WA 4CEOA 1D9FA 2X6SA 4HHTA 4KHUA 4DTNA 4CK1A 1TAQA 3DRRA 3K57A 3QNOA 4DU4A 4FJ8A 1T8EA 3NE6A 5T7BA 1REVA 4M3TA 4Z4CA 2F96A 2VWKA 3RR8A 4B9LA 4H8KA 4OKKA 3KD5E 3V1QA 4HUFA 2D0CA 4FJNA 2F8SA 2Z1JA 3P83D 2Q3SA 4AH9A 1BIZA 1C1BA 4DSEA 3H08A 4RG8A 4CIGA 3CM6A 2PY5A 3QERA 3SNNA 4DLEA 2VG5A 1EETA 4DQIA 1WSFA 1JL2A 1N6QA 1NK4A 1C0TA 1XI1A 4CCHA 2OPQA 3HPOA 1J53A 3AA5X 1J9AA 2XO7A 1L3UA 4OGCA 3O3FA 1U04A 1S9GA 2DFHA 4OKJA 4E7KA 3NFAA 4CJKA 5HRSA 4HTUA 2IAJA 3S9HA 2G8FA 1JLQA 3CG7A 3KLIA 4FJ7A 4CE9A 1RT2A 4CIEA 4UQGA 4CJFA 4E7JA 4C8OA 1U48A 4DTXA 1HYVA 1NK5A 4C8LA 4C8NA 3RRHA 4M3XA 1ZBUA 4CEFA 5HLFA 3MEGA 2WONA 4ZTJA 1X9MA 3LPTA 1NK0A 3AVKA 1RT3A 2HW3A 3VQ6A 3V9XA 5FRNA 2ZD1A 4CEZA 1S6QA 3VQQA 4KHWA 4FW1A 3NGZA 2KFNA 4FLUA 3HK2A 2FBTA 2GBZA 4CECA 3O3HA 2OA8A 3AVCA 3P1GA 3U3GA 4BWMA 4Z4EA 4HUGA 4DTOA 4L8RB 4CHYA 1CXUA 3KD1E 1HYZA 3AVNA 3DRSA 4CJ5A 1RBVA 1BCMA 1RCHA 3SUOA 4N47A 4M3YA 3DM2A 4FM0A 2RN2A 1XHXA 4O55A 1KRPA 3SZ2A 1XC9A 3AA4A 5KRSA 4J2BA 2HNYA 4HCCA 1WAFA 3DYAA 2IC3A 3LALA 3QIOA 4ZHRA 4FLXA 4IFVA 4FJHA 1NKCA 3VQBA 1TK5A 3CYMA 4H4OA 4Y1DA 3QEVA 2XRIA 1DTTA 1S1XA 3AO1A 1Z26A 4CHNA 3EZ5A 4E3SA 1QS4A 5J2PA 4FVMA 1TKXA 3OYEA 4KFBA 1UA0A 1YTUA 4FXDA 4PWDA 3PUFA 4N5SA 1VSJA 1NOZA 4IBNA 2YV0X 4N76A 4CERA 3TWHA 2B5JA 4R5PA 4OLBA 1NJYA 4J2DA 1RBSA 3O4QA 3SI6A 3B6PA 1NKEA 1W9HA 3AVJA 4EP5A 4O5BA 2OPPA 3M8SA 3SJJA 1ZBLA 4FJJA 4OVLA 2QKBA 2XHBA 2KFZA 1N5YA 4NYNA 4CJ3A 3VN5A 3U6FA 2FBXA 4B9VA 1EP4A 4B9NA 4E0DA 1BI4A 3D45A 4J2EA 4KREA 4CEAA 4B08A 3DMJA 4DSLA 3CQ8A 2RKIA 2HHSA 1TL1A 5K14A 2GV9A 1NJWA 4FW2A 4M3UA 1A5WA 4N56A 1JL1A 3NF9A 1TKDA 3L3VA 2NUBA 4FM1A 3NGIA 1S1TA 2YHAA 3K5NA 2PZSA 4FJMA 3VQDA 5J2MA 3MXMA 1BIUA 5KRTA 2YNHA 3V9SA 4KO0A 3NF7A 4FK2A 3VQ4A 4CFDA 1RTDA 3NBPA 4CJRA 1TAUA 4FZZA 4CF8A 3NDKA 2HHQA 1CLQA 2OPRA 3HT3A 1VSFA 5EU7A 1L3VA 3OYHA 3RRGA 4ELVA 3U3YA 2ETJA 2XY7A 5HRNA 4W5RA 2WOMA 4CHQA 1RNHA 4W5QA 3F73A 1JLFA 3VA0A 3TI0A 4DSJA 3DLRA 3ISNC 1NJZA 1HQEA 4FLTA 2YKMA 1L5UA 4DFKA 2PYLA 2HHTA 5CY4A 5SWMA 4EZ6A 5KTQA 1C1AA 5CYMA 3OS1A 4M41A 3ZCMA 4Z4IA 2F8TA 3OYAA 3QINA 3QESA 2Y1IA 1B9FA 2OYQA 4OGEA 3DOLA 1TL3A 1KVAA 3AA3A 4DTMA 3UIQA 2O4GA 5C25A 3RMCA 2G8VA 4KI6A 3TARA 4DSKA 3PX6A 4WE1A 3NF6A 3MXIA 1NK6A 1BI4B 1LWFA 4CJQA 1QQCA 1IO2A 3EYZA 1GOAA 3K5OA 1L3SA 2QXFA 2W42A 1J54A 3L2VA 2DFFA 4E7IA 1RDCA 1U45A 5C24A 5KGWA 4PA1A 2LSNA 3AVIA 4GMJB 3NHGA 4BDYA 3L8BA 2PYJA 4DF4A 2O4IA 4B9UA 3KK3A 3V1RA 3OYDA 1Q8IA 2YHBA 3HXMA 2BE2A 4O44A 2HHWA 1L3TA 4Z0UA 3OYIA 3AVFA 4ICLA 4H4MA 4KHNA 1XHZA 4M45A 2G8HA 4FCYA 3MAQA 1QSLA 4BDPA 4DS5A 2HHVA 3CFRA 1IKYA 1BHLA 1D9DA 4F8RA 3OS2A 4CGGA 5CYQA 3KK1A 3HJFA 1RBRA 4W5TA 4B8AB 4DFPA 3HP6A 3DRPA 3PO4A 4F3TA 3VQEA 1TK0A 1D8YA 4FZYA 4BDZA 3MEEA 2HB5A 3CFPA 1UOCA 3DLKA 1X1PA 4PUOA 2HVHA 3HP9A 3LWLA 2HHUA 2QK9A 2OZSA 1IKVA 3TR8A 4FJKA 4FK4A 4FJLA 4OJRA 3M8PA 4B9SA 4DLGA 3F9KA 1S1VA 3OVNA 1JXEA 4LSLA 3RMDA 3VQ9A 4CFCA 2G8WA 1HYSA 4RW8A 2AJQA 4TSXA 4I9LA 1XWLA 2FBYA 3QLHA 4AHTA 4QCLA 1RT1A 4HUEA 2E6MA 1UA1A 1NK8A 1RTJA 2BGGA 4E1NA 4FM2A 3RMAA 1RDDA 3T19A 4CGIA 3I0RA 3KJVA 4DQPA 1VSHA 5J2NA 3LANA 4J2AA 2HHXA 1U49A 2ZE2A 3QEIA 3DLGA 1SKRA 5HBMA 3RR7A 2D5RA 1ZBFA 2IGIA 1LWCA 2IOCA 4JLHA 3CFOA 3M8QA 3QEPA 1IG9A 3SQ1A 3ZSOA 4RW4A 2R7YA 1S5JA 2D0AA 3MEDA 4KHQA 2G8KA 1LAVA 3KLEA 3WNEA 3OYGA 3ASMA 2JLEA 1BQMA 4DQSA 4CGFA 4OPKA 4KTZA 3VA3A 2KW4A 1KLMA 3TAFA 3A2FA 3AO5A 1I3AA 2YNFA 2JGUA 4I7FA 2HNZA 4ZTFA 3OYBA 4FJ5A 2FBVA 1JXBA 4CFAA 4O0IA 2P51A 3LDSA 2KZMA 3ZSXA 2ITGA 5HROA 1ZBIA 3V6DA 3KK2A 2A1SA 4FJ9A 5FRMA 1LV5A 1B92A 3OYCA 1TK8A 3NH0A 4E19A 3OYKA 4FLVA 1QE1A 1FK9A 3K2PA 1VK0A 4CJPA 4DWIA 4KHYA 1TKTA 1QSYA 1RT5A 3VQAA 2XY6A 5JS1A 1SL2A 2HMIA 1HNVA 2P1JA 3T3FA 4I9QA 4JRQA 1WSHA 3THVA 4QOZB 1JKHA 2YNGA 3C6TA 1RDAA 4FZXC 1HJRA 2B6AA 3AVAA 4ID1A 3QEWA 1Q9YA 4JS5A 1HRHA 2EX3A 3WNFA 2BDPA 2YNIA 3LP0A 3TAGA 3QNNA 3TANA 4HCBA 1W0HA 1YVUA 2KZZA 3NAEA 4AHCA 1BL3A 1QSSA 4M3WA 3C94A 4LSNA 3VQPA 3HVTA 1UAXA 2VG7A 3QIPA 3HYFA 4NCGA 3RMBA 3SQ0A 1NOYA 4GW6A 3SUNA 1NK9A 2X78A 4E7LA 4BE2A 1HQUA 1A5XA 1JLBA 3AO4A 4E1MA 4CIFA 4CEEA 3OYFA 3IG1A 4LD0A 1HPZA 3L2QA 2EHGA 3DLBA 2IDOA 2DY4A 3VQ5A 4CJEA 3L3UA 4QAGA 3JSMA 4AILC 4DU3A 3L2RA 3TAMA 1IKWA 3M8RA 3V9WA 4Q5VA 3KKRA 4KAZA 3VQCA 4BWJA 3L2UA 3AVLA 4DSIA 1WSGA 1K6YA 4G1QA 4Z4HA 1B9DA 4YFUA 3QO9A 5DMRA 3SPYA 3AO2A 1SL1A 4M3ZA 3TAQA 4O4GA 4OLAA 3RWUA 1WLJA 4ELTA 3OYLA 4DS4A 3LP2A 4CJTA 4NCBA 1RDBA 1WN7A 4BE1A 4N41A 2A1RA 4DG1A 4I2PA 4F2SA 1KCFA 3V9ZA 1O1WA 3B6OA 4I2QA 2VG6A 3G0ZA 3ZSQA 5KGXA 3TAEA 4CEQA 1ASVA 1ASWA 4CHPA 3S3NA 1FXXA 3AVBA 1F21A 1WSIA 3HPGA 3QEXA 1EXQA 1C6VA 4C8KA 1A5VA 1FKPA 4CGHA 3MECA 4DTRA 3V9UA 2HNDA 4Q0BA 3ZT3A 2I5JA 3HL8A 1IH7A 1QHTA 2XY8A 5FDLA 2KTQA 3I8DA 3DLEA 4B9TA 3O3GA 3NH2A 1VSDA 1HMVA 3LP1A 4NCAA 4B9MA 4E89A 3ZT1A 1TGOA 3SQ4A 1RTHA 4OKEA 4JRPA 1Q9XA 4Y1CA 4OPJA 1TVRA 1UWBA 4CJSA 4K8ZA 1I39A 4BACA 4DTSA 4AHUA 1SKWA 2RF2A 1QTMA 4KTQA 4LH4A 1KTQA 4CGDA 4XIUA 3V4IA 4CGJA 4AHRA 3SUPA 3L2WA 1IKXA 2OPSA 4IDKA 1VRTA 2YKNA 5I42A 1VSMA 5E41A 3BGRA 5CZ2A 3NCIA 2OZMA 3S3OA 1VSEA 1DTQA 4DFMA 4DFJA 1CZBA 3E01A 2QKKA 3ULDA 2Y1JA 4NYFA 3NGYA 3ALYA 4KKOA 4AHSA 3TAPA 1NK7A 4CJ4A 1GOCA 4DQRA 4FJGA 4W5NA 4YNQA 1KVBA 3AVHA 3LZJA 3PX4A 3DI6A 3LPUA 1U4BA 3MXJA 4DSFA 3K58A 4CJLA 3OS0A 4F4KA 4CF9A 5J1EA 4KV8A 4LH5A 1BCOA 3AV9A 1KVCA 1SV5A 1SUQA 4AHVA 2XY5A 5DK5A 3K5LA 4E7HA 3LAKA 4DF8A 1CZ9A 1ASUA 4BE0A 4RW7A 3ZT4A 2DTUA 4CJVA 1X9WA 2P5OA 3V81A 3ZT2A 3I0SA 4IG0A 2D0BA 3ZSZA 1VRUA 4B8CA 4FLWA 3KLHA 3OYMA 3SV4A 3PY8A 4Z4GA 2GUIA 3LWMA 4DTPA 3DLHA 3WNGA 2G8IA 3KLFA 1CXQA 1ZBHA 1Z25A 4CK2A 4DTJA 4F2RA 4O0JA 2BANA 3ZSVA 4PQUA 1S9EA 4M3RA 3SPZA 3IAYA 3LAMA 3P5JA 3FFIA 4DU1A 1J5OA 4KHSA 1GOBA 1MU2A 1VSLA 3HPHA 3ZT0A 4CEDA 1YT3A 4EP4A 3S3MA 1LW2A 1RT4A 4B3OA 4CHOA 1RTIA 4MFBA 5HRRA 3PV8A 4IFYA 4LY7A 3AO3A 3CM5A 4CHZA 4DMNA 1LAWA 2E4LA 3DOKA 1WAJA 3OYNA 1EKEA 1LWEA 3ZSWA 2X74A 3D0PA 1NKBA 1KFSA 4CF2A 3NF8A 1R0AA 5C42A 4DTUA 3SCXA 1S1UA 3IRXA 4FK0A 4KI4A 3T1AA 2DFEA 2RPIA 4CF1A 2Z1GA 3VQ7A 4HVJA 4ID5A 3KLGA 4KB1A 1BQNA 1RBTA 4GVMA 1Y97A 4W5OA 3EY1A 1JLAA 4DQQA 1KLNA 1RILA 3SYZA 4C8MA 3BDPA 3K59A 1X9SA 2X6NA 1SL0A 5I3UA 3PX0A 2FC0A 2HVIA 4M42A 1TV6A 5J2QA 5HP1A 1FKOA 3HVRA 1VSIA 3KTQA 1KFDA 1S6PA 5JS2A 3OJUA 4KB0A 3O4NA 1T05A 1WNSA 4FLZA 4FLYA 3OY9A 1D5AA 3KIOA 4FJIA 3LP3A 4CESA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1KA 5CZ1A 4FJXA 4ELUA 3LZIA 4DR2K 4O5FA 3SAFA 1E3MA 1YJ9N 4CVNE 2Z1IA 3WNHA 4PY5A 4F3OA 3SV3A 1RT6A 2B4JA 4IKFA 2ATQA 1JLEA 4K0KK 1XNRK 5M1OA 5M1PA 1U47A 2CGLA 2O8BA 3JXUA 2P9SB 5AZJB 4YOTA 5D3GA 3KZBA 5HRPA 3PO5A 4CD3A 2WBNA 1IBKK 3UKRA 4FOEA 2ASOA 4CFBA 4FYDA 5AQMA 1DLOA 5GAEP 4KRFA 3ZSRA 1VSKA 5FROA 2E6LA 1WSJA 1QQMA 5AQVA 1G15A 1S1WA 2X6SA 4HHTA 1O13A 4CK1A 5AZIA 3QNOA 3NE6A 3LL3A 4JI0K 3A0IX 1NU0A 4IO9L 1VQPN 3RR8A 4OKKA 3TSQA 4B9LA 3KD5E 2D0CA 4WFNL 3P83D 2Q3SA 4JKFA 3D6RA 3CPWM 4B3MK 4JK9A 3SNNA 3C6HA 1X9JA 4EIAA 1WSFA 5AQPA 4WFAL 5AJ3K 1J53A 1L3UA 4JI1K 2VQEK 3O3FA 2DFHA 3NMUA 3NFAA 4B1WB 3J7YP 1VQMN 3RSEB 3J81O 2G8FA 3CG7A 3KLIA 1XMQK 4CIEA 5JVGL 4CJFA 4J8FA 1HYVA 2P9LA 4C8LA 4LF5K 4M3XA 2P9UA 2WONA 3CETA 4BY9C 4K43A 1NK0A 3AVKA 1RT3A 2ZD1A 4CEZA 2O8FB 4FW1A 3ZEUB 2KFNA 3HK2A 2GBZA 3AVCA 3T69A 5TKWA 1QZ5A 1KC8O 2GWJA 5DM7L 1HYZA 1RBVA 5AQFA 1K8AO 4M3YA 4NLCA 3DM2A 3BF3A 1XHXA 4IZ9A 4O55A 1DEJA 1XC9A 3AA4A 2OANA 4HCCA 1WAFA 2IC3A 5KPTA 4IFVA 3UB5A 1TK5A 4JHDA 3QEVA 2XRIA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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