4OKKA

Crystal structure of rnase as from m tuberculosis in complex with ump
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
VRYFYDTEFIEDGHTIELISIGVVAEDGREYYAVSTEFDPERAGSWVRTHVLPKLPPPASQLWRSRQQIRLDLEEFLRIDGTDSIELWAWVGAYDHVALCQLWGPMTALPPTVPRFTRELRQLWEDRGCPRMPPRPRDVHDALVDARDQLRRFRLITSTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords 3'-5' exoribonuclease Rv2179c/MT2234.1
publication title Structure and Function of RNase AS, a Polyadenylate-Specific Exoribonuclease Affecting Mycobacterial Virulence In Vivo
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 52
structure length 160
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4okkA00
4CEAA 1UA0A 1T05A 1TV6A 3UIQA 1TAUA 4CGDA 4JRQA 1FXXA 3EY1A 4CFAA 4KI6A 3VQEA 4CEFA 1J5OA 3SUOA 3LP1A 4AH9A 1IG9A 1C1CA 1RBUA 3K57A 1IKWA 1JL2A 3SQ0A 1QSSA 1KLNA 3NH2A 4CJ3A 4KHQA 3DLKA 2OPPA 3HXMA 1WSEA 1NKEA 1EKEA 3QNOA 3IAYA 3VA3A 2YNHA 4DQRA 1NK5A 3DLBA 4CF2A 3KD1E 4FJJA 3AVGA 1JLBA 1VRUA 1RT4A 1BIZA 4I2QA 4CIFA 4EP4A 3S3NA 1LW2A 3DLRA 4AHTA 4FJ7A 3F9KA 3HJFA 4B9MA 4FLUA 4E0DA 1NK4A 1FK9A 3TAFA 3L3VA 4GVMA 4M3XA 3AO5A 3P5JA 2HHWA 1D9FA 1LWEA 1ZBHA 2HB5A 2YHAA 3O3FA 1QHTA 4DTXA 2XY5A 1VSKA 5KI6A 4DS5A 1NKCA 3RRGA 1ASUA 1JLQA 4M3UA 3PUFA 3CFRA 1WAJA 4RW7A 4MQ3A 4H4MA 2A1SA 1VSIA 3QEWA 3SUQA 2PZSA 4BDPA 4OKEA 5KRTA 3PV8A 4FJNA 3LPUA 5JS2A 2YHBA 1S5JA 4KHYA 1CZBA 4DF4A 2G8FA 2XY8A 4IDKA 3AVHA 4NYFA 1I39A 3LZIA 3PX4A 1U48A 3SUNA 1EX4A 3L2UA 1Z25A 2HHXA 4CJEA 3VQ8A 4B9SA 4DU1A 2W42A 4K8XA 2XY7A 4DLGA 3NCIA 3M8QA 3QLHA 4N47A 3MAQA 1CLQA 1QTMA 4BACA 1C0UA 1JLCA 4B9LA 3NBPA 3V9UA 3T19A 1BIUA 1ZBFA 2YKMA 4DTJA 2RF2A 1B9DA 2YV0X 4JLHA 4YNQA 4I9LA 1SL1A 1BL3A 2OPSA 4DFPA 4ID1A 3U6FA 4F3TA 4W5TA 3TARA 1GOAA 3CG7A 4DQQA 3AVNA 3OS1A 3TAMA 4DTUA 5HP1A 3V1OA 3OJSA 3K59A 1YTUA 2HW3A 2FBTA 1VK0A 2DFEA 4CJUA 4BE2A 1Q9XA 3NH0A 1RT2A 1DTTA 2B6AA 1EETA 1RTDA 4N56A 3DRPA 3OJUA 4FJIA 2GUIA 1NK8A 2R7YA 2Z1IA 2VG6A 1VSDA 4RW9A 4AILC 4B3OA 4CEZA 3LANA 5FRMA 5D3GA 2X6SA 4CEOA 1HYSA 2D5RA 3MEDA 3MEEA 5SZTA 3HT3A 3AVAA 1Q9YA 3IRXA 4ELTA 2IOCA 1U47A 4MFBA 1X9MA 3JSMA 4M45A 4NYNA 4J2EA 1KVCA 3NF9A 3ZSXA 1S6QA 4CERA 2IAJA 4HUEA 1NJXA 1D5AA 2KZZA 3LP0A 3AA5X 2XRIA 3RR8A 3RMBA 4OGCA 3M8RA 4KHUA 3AVIA 3OYCA 2X74A 1GOCA 2B5JA 1D8YA 1RTHA 1ZBUA 1VSMA 3TWHA 2PYJA 4Z4FA 1ZBIA 5C42A 2G8HA 4N41A 5HRSA 1U04A 3NAEA 3ZT2A 3C6TA 1TL1A 3HM9A 1FKOA 3V1RA 1RT1A 3EYZA 4DMNA 4BE1A 3MXMA 1TAQA 5KGWA 3M8PA 1XHXA 1S9EA 3AO3A 3ZSRA 4KPYA 2F8TA 4CJFA 4W5OA 3NH1A 3QINA 3DI6A 3MXJA 3NF6A 4DTRA 3NGZA 5FROA 1IKVA 1NKBA 2JLEA 3CYMA 3HVTA 4ID5A 4E1MA 4F4KA 1F21A 4PA1A 4M41A 3L2VA 3AVJA 4FLVA 5CYMA 3SNNA 2P5OA 4FYDA 3OYBA 1RDDA 3K2PA 1HJRA 1DTQA 1ZBLA 1Q8IA 3HO1A 3K58A 2ATQA 4CHYA 3D0PA 2OZSA 1S6PA 1WN7A 1GOBA 3AV9A 1VSFA 1S1WA 2O4IA 3SI6A 4CJTA 2KW4A 3OYIA 1UOCA 4N5SA 1TK8A 4E89A 4M3YA 3CFPA 2KFZA 1XC9A 3S3MA 3V9WA 1S1UA 4O0IA 3AO1A 3PX0A 2YNIA 4B08A 4JRPA 1RT7A 4JS4A 2VG5A 4FW2A 2QKBA 1W0HA 3KKSA 3L2WA 4Y1CA 3EZ5A 5J2PA 3SQ1A 3KIOA 1LW0A 4LSNA 3TI0A 4O0JA 2D0BA 5CY4A 4NCAA 3T1AA 2QK9A 3ZSVA 3DRSA 4O44A 4M3ZA 3VQAA 3ZSWA 1RNHA 3V4IA 1U4BA 3C6UA 1NJZA 1N6QA 4TSXA 3CM5A 1N5YA 3OYJA 2OYQA 1G15A 1FKPA 4H4OA 4FK0A 2IDOA 3VQ9A 4LD0A 4KHSA 3AA4A 3RWUA 3KLFA 3MXIA 3CQ8A 4B9VA 4CF9A 2DTUA 4FXDA 4AHCA 3LAKA 3LWMA 3HSTB 1CXUA 5CZ1A 2XHBA 4ZTJA 3VQ4A 3ISNC 1KVBA 2D0AA 3VQBA 1RBVA 1KSPA 4CHQA 1L3TA 3HPHA 4KTWA 4HHTA 4E7KA 3V6DA 4CGFA 1O1WA 3WNHA 3OYKA 4DFJA 2KZMA 5I3UA 4FZZA 1RBRA 1UA1A 3KTQA 4QOZB 2YNGA 3VQDA 4HTUA 1L3VA 3O4QA 4FCYA 2VWJA 3AVLA 1XHZA 5J1EA 1QSYA 4FJ8A 3JYTA 1HNVA 1QQCA 5FDLA 1X1PA 1HNIA 2XO7A 3DRRA 1ASVA 3OVNA 3KK2A 3LAMA 5KTQA 4DF8A 3ZSZA 5HBMA 3LZJA 1D9DA 2KFNA 4W5NA 1NJYA 1RBSA 4EZ9A 2DFFA 1KFSA 4CEQA 2HMIA 3RR7A 3L8BA 4G1QA 1A5XA 3KLEA 3HL8A 3DYAA 3F73A 1REVA 1WSHA 3NHGA 4Z4CA 3QEVA 3PO4A 1CZ9A 4HCCA 4DFMA 1JLGA 4Z0UA 4AHSA 4CJPA 5T7BA 4PY5A 1A5WA 1HYZA 4RW4A 3SPYA 2DFHA 1RT3A 4DTNA 5HLFA 2HVIA 3QIPA 4E7IA 3FFIA 3E01A 1R0AA 4AHRA 4FZYA 4DSLA 3OYAA 3OYFA 1UWBA 2VG7A 4CFDA 2QXFA 1TGOA 4CGHA 3QESA 1WAFA 1VSLA 3DMJA 3TAPA 3OYMA 4YFUA 4KHWA 1RDAA 2G8VA 2BANA 4M3WA 4FLZA 1JLFA 4KV8A 4K8ZA 1ITGA 4QAGA 4R5PA 4DFKA 4LH5A 4DS4A 4J2AA 1LWCA 1BI4A 3NGYA 4L8RB 5SWMA 4FJXA 1L3SA 2WONA 3SQ4A 1UAXA 4H8KA 4FJGA 4CEBA 3OYGA 4CF0A 1VSEA 5J2QA 1Y97A 5J2NA 4FZXC 3NE6A 3HP6A 3AVCA 3V9SA 4DSFA 3ITHA 1J9AA 2FBVA 3QEXA 4J2BA 2O4GA 3HP9A 4CEDA 4I7FA 4CF8A 3NDKA 3TAEA 2ETJA 4CF1A 4DU3A 3B6OA 3ASMA 1VRTA 3RMAA 4CFBA 4E7LA 4CK3A 1RTIA 1WSGA 4CHZA 4AHUA 1A5VA 3QEPA 4CJWA 2QKKA 2HHVA 1JLAA 2E6LA 1B92A 1RTJA 3LP2A 4CFCA 4JS5A 5I42A 2F8SA 1C0TA 1I3AA 3OS2A 2Z1JA 4E7HA 4ELUA 4HVJA 3SZ2A 3RMDA 5K14A 1C1BA 4QCLA 4CJKA 3O3GA 1S9GA 1HPZA 1HRHA 3TAGA 3V9ZA 1SV5A 1BI4B 4M3RA 3VN5A 4RG8A 1VSHA 4DLEA 4EZ6A 4OLBA 3QNNA 3DOLA 2HNZA 3PX6A 2IC3A 2FBYA 2EX3A 1QE1A 2Q3SA 1LV5A 3KD5E 3NFAA 3ZSOA 4CEEA 1TKTA 4KB1A 4OKKA 4KKOA 3MEGA 4Z4IA 3NF7A 5KRSA 2Z1GA 1TK0A 4CJSA 2G8WA 2OPRA 2IGIA 2JGUA 4NCGA 4C8MA 3I8DA 2HHTA 3L2QA 4DQSA 4RW6A 3ZT3A 4Z4HA 2FBXA 3AO2A 4CJLA 3TABA 4IFYA 1EXQA 1RT6A 4Q5VA 4FJHA 1IKXA 4FLTA 1WSFA 3WNEA 4CCHA 4CIGA 4FJMA 1IO2A 2KQ2A 1DLOA 4BDZA 4OJRA 4B8AB 4W5QA 1RCHA 4ELVA 2X6NA 1ZYQA 1YT3A 3SYZA 5HRRA 1L5UA 1BQNA 3LPTA 4I9QA 4IG3A 1XI1A 1U45A 3DLHA 3ULDA 3K5LA 3DLGA 5KGXA 1LAVA 3L2RA 5FRNA 3AVKA 3KKRA 1NJWA 4IG0A 1IH7A 3MECA 5E41A 3V81A 4OGEA 3TAQA 2VWKA 2FC0A 5CZ2A 4CJQA 4CGGA 4M3TA 1T03A 3VA0A 3M8SA 4OKJA 1S1VA 3PY8A 1HYVA 1TL3A 2RPIA 2WOMA 3IS9A 3CM6A 1BISA 2I5JA 4OVLA 4BWMA 3U3GA 3G10A 1QS4A 4CIEA 4E19A 4EP5A 4J2DA 3ZT0A 1RBTA 1NK9A 3SJJA 1BQMA 3A2FA 2P51A 2G8KA 1JKHA 1MU2A 4FW1A 3BDPA 4IBNA 3LDSA 4DSKA 4DSIA 2GBZA 5JS1A 1VSJA 3KK1A 4C8LA 2P1JA 3AVBA 2AJQA 3QETA 4F2SA 1BGXT 1SKRA 3HPOA 2ZE2A 3O4NA 3U3YA 1KFDA 4CJVA 4DQPA 2HHUA 4Q0BA 4E7JA 1NK6A 3DOKA 4DU4A 4HUGA 2F96A 5EU7A 1CXQA 3RMCA 3OYEA 4KB0A 2OA8A 4B9NA 3DM2A 2ZD1A 4PQUA 4CGIA 1QSLA 1Z26A 4BDYA 4DTPA 2HNDA 3T3FA 2BE2A 4PWDA 4LH4A 4BE0A 4IFVA 2ZQBA 1HMVA 4FLXA 3SV3A 3LP3A 2DY4A 2PY5A 4FM2A 3TR8A 3ZT1A 1SKWA 1KRPA 3RRHA 2KTQA 1B9FA 3ZSYA 3AA3A 3I0RA 3K5MA 4CE9A 5C25A 3SV4A 1RILA 3KLIA 3LWLA 4DWIA 4FK4A 4CHOA 4KTQA 1YVUA 5J2MA 2GV9A 2Y1IA 3ALYA 1YTAA 3S9HA 1T8EA 3SCXA 2BGGA 4KO0A 1C1AA 4CJ5A 4E1NA 5HROA 4KHNA 3THVA 3HVRA 4HUFA 4WE1A 2A1RA 2BDPA 3VQPA 1HQUA 1KTQA 2Z1HA 1EP4A 3VQ6A 4CHPA 3OYNA 2PYLA 2HNYA 4FJLA 2E4LA 4OPJA 1J53A 4FK2A 1KVAA 3QO9A 5HRNA 4LSLA 3SPZA 3B6PA 4FM1A 3BGRA 3V1QA 2E6MA 1J54A 1WSIA 4C8NA 4B9UA 4FJ9A 4Z4GA 4CECA 5CYQA 4B9TA 1L3UA 3L3UA 3OYDA 1SL0A 4N76A 1IKYA 1TK5A 4KFBA 3WNGA 2OZMA 4ICLA 4FJ5A 1HQEA 3LALA 1JXBA 3P1GA 4O55A 3VQQA 4DQIA 4XIUA 4OLAA 1SL2A 5DMRA 1JL1A 4UQGA 3VQ5A 4CK2A 2HHSA 3K5NA 3HK2A 1SUQA 4KAZA 1C6VA 1WLJA 4AHVA 3G0ZA 3KJVA 4FVMA 2YKNA 4DG1A 4DTOA 4Y1DA 4DTMA 3VQ7A 1WNSA 1S1TA 4CJ4A 1RT5A 1KLMA 3HYFA 3ZT4A 4CK1A 2G8UA 3AA2A 4DSEA 4FM0A 2YNFA 4Z4EA 4LY7A 1RDBA 1LAWA 4W5RA 4NCBA 4O4GA 3RTVA 3P83D 1XWLA 3PO5A 1ASWA 1JXEA 4F2RA 2IS3A 4I2PA 1K6YA 3OYLA 2EHGA 3OYHA 1TKDA 4F8RA 2X78A 4GW6A 3SUPA 4HCBA 1C0MA 1WSJA 3QIOA 4BWJA 2XY6A 4PUOA 3C95A 4DSJA 5DK5A 3AO4A 1X9SA 2LSNA 2Y1JA 1NK7A 1NOZA 2ITGA 3CFOA 3WNFA 4CJRA 4KRFA 3SQ2A 3KK3A 1S1XA 2NUBA 2RKIA 3D45A 4ZTFA 4F3OA 3V9XA 3DLEA 1TKZA 3I0SA 1TKXA 3QERA 1TVRA 3NF8A 4FLYA 1LWFA 4CGJA 1BCMA 1RDCA 2P5GA 3S3OA 3ZSQA 4CESA 3OY9A 4C8KA 4KREA 2B4JA 2OPQA 4GMJB 3C94A 1NK0A 1KCFA 1BHLA 3HPGA 1BCOA 3VQCA 4OPKA 2G8IA 4FJKA 1NOYA 4C8OA 3K5OA 5C24A 3QEIA 1X9WA 4KI4A 4KTZA 4RW8A 3TANA 4DTSA 2RN2A 4ZHRA 4M42A 3AVMA 4E3SA 3IG1A 3H08A 5HRPA 3AVFA 3OS0A 4IKFA 1JLEA 1SKSA 2HHQA 1W9HA 1U49A 3KLGA 2D0CA 4CHNA 3ZCMA 3KLHA 4FLWA 3O3HA 4O5BA 4B8CA 3NGIA 2HVHA 1T7PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NRHA 4A2BA 1T05A 3VF2A 3UIQA 5AQOA 1VQ9N 4KI6A 3F9MA 4AH9A 2WFBA 1RBUA 3K57A 1IKWA 3MWPA 4MO4A 4KHQA 1TUYA 3HXMA 1EKEA 3IFRA 4FJJA 3DLBA 1NK5A 3VGLA 3AVGA 1VRUA 2E20A 1RT4A 1BIZA 1QHAA 4E0DA 1NK4A 4CBUA 3H1VX 3TAFA 4BR0A 2HB5A 2YHAA 4DTXA 3TU5A 4H0VB 2XY5A 1NKCA 4PHTX 1FW6A 4FOIA 4B9QA 1VSIA 2GTDA 2QM1A 1S5JA 4DF4A 2G8FA 2XY8A 4IDKA 4B1UB 1NGFA 3KWGA 4DU1A 2XY7A 4JKGB 4A2AA 5C2DA 1CLQA 1QTMA 3CF5L 1C0UA 3V9UA 3U9DA 3E66A 4I9LA 4CZIA 4DFPA 4BRQA 3A0IX 4DQQA 2D0PA 3J7ZO 4CJUA 5EOYA 2VQEK 1RTDA 4DR4K 2E2NA 2Z1IA 3LDPA 2O8FA 4DKWA 5D3GA 1ATNA 2D5RA 5C15A 3BZKA 3MEDA 3IRXA 4ELTA 2IOCA 3JSMA 4MLEA 3TTFA 4JK8A 4YY3K 4CERA 3THXA 1NJXA 4DV7K 3AA5X 3RMBA 5AZIB 3A5NC 3AVIA 2B5JA 3K9KA 1YVNA 2PYJA 3IMXA 1NGIA 4N41A 1TL1A 4A62A 1RT1A 3EYZA 1XHXA 3ZSRA 1LOTB 4CJFA 3QINA 3DI6A 3I33A 3MXJA 4JAXA 4DTRA 4JK7A 1IKVA 1RDWX 3P4IA 1BA1A 4ID5A 4F4KA 1ESVA 5JVHL 1BDGA 1F21A 4K43A 4M41A 3MK6A 2E88A 5CYMA 3K2PA 1ZBLA 5C0YA 2QWLA 3HO1A 3LM9A 5CHIA 2ATQA 3D2EB 5AQWA 1VSFA 1S1WA 3UKRA 2KW4A 1UOCA 3H3OB 4E89A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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