The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
194
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sequence length |
1172
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structure length |
1093
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Chain Sequence |
RHNPLDIQMLSRGLHEQIFGQGGEMPGEAAVRRSVEHLQKHGLWGQPAVPLPDVELRLPPLYGDNLDQHFRLLAQKQSLPYLEAANLLLQAQLPPKPPAWAWAEGWTRYGPEGEAVPVAIPEERALVFDVEVCLAEGTCPTLAVAISPSAWYSWCSQRLVEERYSWTSQLSPADLIPLEVPTGASSPTQRDWQEQLVVGHNVSFDRAHIREQYLIQGSRMRFLDTMSMHMAISGLSSFQRSLWIAAKQGWDWLDISSVNSNSLAEVHRLYVGGPPKEPRELFVKGTMKDIRENFQDLMQYCAQDVWATHEVFQQQLPLFLERCPHPVTLAGMLEMGVSYLPVNQNWERYLAEAQGTYEELQREMKKSLMDLANDACQLLSGERYKEDPWLWDLEWDLQEFKQKKAKKVKKEPATASKLPIEGAGAPGDPMDQEDLGPCSEEEEFQQDVMARACLQKLKGTTELLPKRPQHLPGHPGWYRKLCPRLDDPAWTPGPSLLSLQMRVTPKLMALTWDGFPLHYSERHGWGYLVPGRRDNLAKLPTGTTLESAGVVCPYRAIESLYRKHCLEQGKQQLMPQEAAAVPGQPLALTARGGPKDTQPSYHHGNGPYNDVDIPGCWFFKLPHKDGNSCNVGSPFAKDFLPKMEDGTLQAGPGGASGPRALEINKMISFWRNAHKRISSQMVVWLPRSALPRAVIRHPDYDEEGLYGAILPQVVTAGTITRRAVEPTWLTASNARPDRVGSELKAMVQAPPGYTLVGADVDSQELWIAAVLGDAHFAGMHGCTAFGWMTLQGRKSRGTDLHSKTATTVGISREHAKIFNYGRIYGAGQPFAERLLMQFNHRLTQQEAAEKAQQMYAATKGLRWYRLSDEGEWLVRELNLPVDRTEGGWISLQDLRKVQRETARKSQWKKWEVVAERAWKGGTESEMFNKLESIATSDIPRTPVEEFMTSRVNWVVQSSAVDYLHLMLVAMKWLFEEFAIDGRFCISIHDEVRYLVREEDRYRAALALQITNLLTRCMFAYKLGLNDLPQSVAFFSAVDIDRCLRKEVTMDCKTPSNPTGMERRYGIPQGEALDIYQIIELTKGSLEKRSQPGP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase
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| publication title |
Structural insight into processive human mitochondrial DNA synthesis and disease-related polymerase mutations.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA polymerase subunit gamma-1
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| total genus |
194
|
| structure length |
1093
|
| sequence length |
1172
|
| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2009-08-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00476 | DNA_pol_A | DNA polymerase family A |
| A | PF18136 | DNApol_Exo | DNA mitochondrial polymerase exonuclease domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3IKM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2WFB A; 1D9D A; 1W0H A; 1TVR A; 4O0J A; 3SYZ A; 3VEW A; 1HPM A; 4RG8 A; 2P9S A; 4MLE A; 4E7K A; 2Q0R A; 1HQU A; 4FJG A; 1QS4 A; 2O8D A; 4DF8 A; 4YDU C; 4IFE A; 1TKD A; 3PUF A; 4JKH A; 4EFH A; 5CYQ A; 1NK4 A; 1BIZ A; 3BZK A; 3QEP A; 4BDP A; 3ENO A; 1ZYQ A; 4CCH A; 4WQ5 C; 1S5J A; 5HRN A; 1WBD A; 4IFY A; 4B1U B; 3CFP A; 4I2P A; 3WUH A; 5AQI A; 3QFP A; 1VK0 A; 2PAV A; 2BE2 A; 1EXQ A; 2Q97 A; 4JHD B; 2Z1G A; 1KAZ A; 4FJ8 A; 1VAZ A; 3LDP A; 1RDD A; 4UQG A; 3O9R A; 4PA1 A; 4K8X A; 3I55 N; 4B9S A; 1TL1 A; 4EIA A; 4MO5 A; 1S9E A; 3CQ8 A; 2YX6 A; 3WNF A; 3EO3 A; 5EOY A; 3NVK A; 3L2R A; 3VQQ A; 4FJX A; 1NK6 A; 5HRR A; 1EWQ A; 1JLQ A; 3PSI A; 5BR9 A; 2NRW A; 4FO0 A; 3DLG A; 2O8F B; 4CEO A; 1C0G A; 3R1X A; 4HWI A; 4KB0 A; 1KSP A; 2YNG A; 1YJW N; 1GLD G; 2YHB A; 3CCR N; 1S1T A; 4CIF A; 4NYF A; 4I9L A; 3RMB A; 3HM9 A; 5M1Q A; 2E1Z A; 3RMA A; 5JVH L; 3NH1 A; 5FDL A; 2FSK A; 1JJ2 M; 4JI2 K; 5LMU K; 3WEE A; 3EYZ A; 3TSU A; 1JLC A; 3NVM A; 3NFA A; 4GW6 A; 1XMO K; 4DV0 K; 3L2V A; 3CXC M; 3WT0 A; 2D0B A; 3ZEU B; 4LFA K; 5AQP A; 3V1O A; 3H3O B; 2GBZ A; 3KK3 A; 5GAH P; 1C0M A; 3AA3 A; 4I6M A; 1LAW A; 1KC8 O; 1L3U A; 3D2F B; 4E89 A; 4CES A; 3SJH A; 1HYS A; 3VEV A; 3VF4 A; 4FM0 A; 3ULE B; 4IG3 A; 2I5J A; 2AJQ A; 4BQL A; 2ZF5 O; 2NRV A; 4MDA A; 4GY2 B; 3ISN C; 4DTM A; 4OJR A; 1KFS A; 5FRM A; 1SKW A; 1A5X A; 4FZZ A; 1VQN N; 4H0O A; 2IS3 A; 1WSJ A; 3MN7 A; 4LD0 A; 4CF8 A; 3V4I A; 4MLH A; 1RDB A; 3CD6 N; 2HF3 A; 3EZ5 A; 2PYL A; 4M3Y A; 3LM9 A; 4KO0 A; 3FFI A; 4WQ4 A; 3CI5 A; 2VYP A; 1ZBI A; 1REV A; 3MEG A; 3AVM A; 3V9Z A; 3OJU A; 3QML A; 4JS4 A; 1D9F A; 3I33 A; 4AHS A; 3LP1 A; 5DM6 L; 2A42 A; 3H1V X; 4KI4 A; 1VRT A; 1TKZ A; 1Z25 A; 1HUX A; 3O3H A; 2GWJ A; 3F9M A; 1JLG A; 1LWC A; 2QWP A; 1M90 O; 5AZI A; 4FWM A; 4HTL A; 5FPM A; 3TAE A; 2CH5 A; 4CK2 A; 3KK7 A; 4LF5 K; 3HXM A; 2P9I A; 4F8R A; 1HNW K; 4BR5 A; 4BVP A; 3MCA B; 4DTU A; 3FLC O; 3C6H A; 2P9K A; 4Z94 A; 5I3U A; 3KJV A; 4I2Q A; 2CGL A; 3HI0 A; 2NRZ A; 2J4R A; 2O8F A; 2QXF A; 3ZT4 A; 4N5S A; 4RW7 A; 4F4K A; 3MEC A; 3SZ2 A; 3OS0 A; 1IBL K; 3OYJ A; 1EQY A; 3KIO A; 3ULD A; 4GV9 A; 3N4P A; 4AM6 A; 3K5N A; 1CXQ A; 1ILY A; 4BG9 A; 1HYV A; 4BRK A; 1JL2 A; 2PBD A; 1WSI A; 1UAX A; 3HK2 A; 1CZB A; 4IWV A; 3DXM B; 4FPA A; 3VTH A; 3CJ9 A; 3R3L A; 4CJU A; 1WLJ A; 1ASU A; 5H1S Q; 1IO2 A; 2X74 A; 3VQ5 A; 3QEI A; 3CCU N; 3BGR A; 3QER A; 1BU6 O; 5FPE A; 5C24 A; 3QLH A; 4CK3 A; 4FJL A; 4AHT A; 3M1F A; 3OTO K; 4BE2 A; 1X9W A; 3ULE A; 4B1W B; 1VQ4 N; 4YDU A; 4B1Y B; 1U2V B; 3CYM A; 3JS6 A; 3MN5 A; 4CI6 A; 4JK8 A; 1RT1 A; 4CZE A; 3FR0 A; 3UKU A; 1U6Z A; 2QWL A; 3N4Q A; 3ZSR A; 3LDS A; 1S1U A; 4FZX C; 1HKC A; 4WQ5 A; 1BOT O; 5FPD A; 1GLB G; 4KHS A; 1J5E K; 4KH5 A; 4FJ9 A; 3V81 A; 3TPQ A; 1KLM A; 3QBW A; 1SZ2 A; 4E7H A; 3ENB A; 3OYM A; 4JKE A; 1X9S A; 2VQF K; 1K9M O; 4QOZ B; 1U45 A; 1KXP A; 5JLF A; 3OYE A; 3HYF A; 1GLJ O; 4FJN A; 1NKE A; 1RT5 A; 2OA8 A; 3U3G A; 2P9L A; 2ETJ A; 4FJJ A; 3KZB A; 1WSF A; 1WSE A; 2P9N B; 4ZHR A; 4BWM A; 4CFB A; 1NGE A; 1BA1 A; 3VOV A; 2E2P A; 4AHR A; 2D0C A; 3BP8 A; 3ZSX A; 3D7E O; 3CCL N; 4CED A; 3CCV N; 3O1B A; 4F3T A; 1WAF A; 2DPN A; 1NGH A; 3P83 D; 4RW8 A; 5C2D A; 4B9L A; 3CJB A; 4H5W A; 3J7Y P; 2ASO A; 4B3R K; 3T7Z A; 5M1K A; 3RVC A; 4CEE A; 2G8I A; 1UA1 A; 1E4G T; 3G71 N; 4DR1 K; 2HHT A; 5AQQ A; 1JLA A; 4CHN A; 3OYH A; 4G1Q A; 4DS5 A; 2ZQB A; 3U3Y A; 1NLV A; 1QVG M; 5KPZ A; 1Q9Y A; 1BIU A; 3SMP A; 4X64 K; 3ZT2 A; 2F7T A; 1RTI A; 1U49 A; 5CYM A; 1BL3 A; 3AVN A; 1N6Q A; 3Q7B A; 3T19 A; 5AQW A; 3VEY A; 3QIP A; 3AVB A; 3T1Y K; 1XHZ A; 4PKG A; 2NRX A; 1VSL A; 1GLC G; 5AQS A; 4BRA A; 4CD1 A; 1FKP A; 2FF6 A; 3R9P A; 4CEQ A; 4H5N A; 3PO4 A; 2F8S A; 1MU2 A; 1QQM A; 2D5R A; 3ID6 A; 3U9Z A; 4BGA A; 1NKB A; 1NK5 A; 1X9J A; 1T44 A; 3HL8 A; 3ATV A; 3SAG A; 3ZCM A; 3GDQ A; 4BRN A; 3CMA N; 4YOU A; 2O8B A; 3MXJ A; 2A3Z A; 3O9S A; 2ZD1 A; 3MWP A; 1YJ9 N; 1DGK N; 4NO7 A; 4CJR A; 5JS1 A; 1DTT A; 3ZX2 A; 2G8H A; 2RF2 A; 3UB5 A; 5HL7 L; 3LAK A; 4HUF A; 4B9T A; 3HOS A; 4G9Z A; 1QTM A; 4MO4 A; 2PFU A; 1ATR A; 3VF6 A; 1QHT A; 4CIE A; 4CD3 A; 2E88 A; 4E0D A; 1BO5 O; 3AVH A; 3QO9 A; 5AQG A; 4LSN A; 5F2R A; 1OH8 A; 3GBT A; 5JS2 A; 3ZSO A; 2RHK A; 1JCF A; 3NBP A; 1NGA A; 3SLC A; 3NF7 A; 3RR7 A; 1E4F T; 1LWF A; 1VSK A; 5GIO A; 1N34 K; 4FWP A; 4DSJ A; 3QET A; 4FW2 A; 2OPP A; 1A5W A; 3QNO A; 3PLA A; 4FCY A; 1FKO A; 4PUO A; 4B9U A; 2QEX N; 3TAM A; 4M63 C; 3MCP A; 1RBR A; 3TAG A; 4M3X A; 5BRF A; 4H0T B; 3IUC A; 2A40 A; 2UUA K; 1NU0 A; 3U9D A; 2G8K A; 3CM6 A; 3V9W A; 2QTD A; 5TKW A; 4H0V B; 3LDN A; 4JN4 A; 4TSX A; 5LJW A; 2G8F A; 4IKF A; 4QAG A; 3CME N; 3MN6 A; 4Z0U A; 4PQU A; 2JGU A; 3SAF A; 4BRD A; 1KD1 O; 3THW A; 2A6A A; 1K8K A; 1MDU B; 1VSE A; 3F5T A; 1GLE G; 4PKH A; 1HX1 A; 3MAQ A; 3THY B; 3CPE A; 4W5N A; 1P90 A; 5GAD P; 2O8E B; 2HF4 A; 1W97 L; 1ZBU A; 1R59 O; 4A2B A; 2KKZ A; 4NB4 A; 4OPA A; 2YHX A; 3WNE A; 4CJF A; 1S6P A; 4CER A; 1N8R O; 1RCH A; 1QZ6 A; 5C15 A; 5BN9 A; 4A5B A; 4CK1 A; 1X1P A; 4CEB A; 1C1B A; 3GG4 A; 3UE5 A; 4A62 A; 3TAR A; 4O4G A; 4DSF A; 4GKK K; 3HM8 A; 3CQY A; 4M7Y A; 5BRH A; 3G10 A; 1DLO A; 2QM1 A; 3NDK A; 3MX2 A; 4IJA A; 5J2P A; 4BRM A; 3C65 A; 5AFU A; 3ZT1 A; 3AO4 A; 2QI2 A; 2VG5 A; 4J8F A; 2FBX A; 5CZ1 A; 2ZJP L; 3A0I X; 3OVN A; 1TAU A; 5EX5 A; 3WNG A; 2HHS A; 1KTQ A; 2E6L A; 1YI2 N; 4EP4 A; 2ZGZ A; 4H03 B; 3DLH A; 2IGI A; 4DTJ A; 3UKR B; 3CM5 A; 3EEQ A; 3RMD A; 1O1W A; 1Y64 A; 3O9Q A; 1L5U A; 3CFO A; 1GLL O; 4DR3 K; 4JKF A; 2GUP A; 1W2B M; 4Y0W A; 1KCF A; 2UUB K; 4LF9 K; 3WXM B; 4PKI A; 4EHT A; 4FK0 A; 3OYK A; 1CZ9 A; 2GV9 A; 4ID5 A; 1JXE A; 1QQN A; 4KH4 A; 3V1Q A; 1IG8 A; 1NGC A; 2D4W A; 4CJV A; 4BRO A; 5AQZ A; 1ASV A; 2IVP A; 4FOI A; 4C8O A; 4KH6 A; 3AVF A; 5AZJ B; 4CGF A; 2BGG A; 2Q31 A; 5M1F A; 1N36 K; 1RDW X; 1BGX T; 4WFA L; 1XNQ K; 2KTQ A; 4JYA K; 4DR6 K; 1IG9 A; 1J6Z A; 1QSL A; 2XO7 A; 3OBW A; 1XQS C; 4HHT A; 5KPT A; 4C1N K; 4CZM A; 3CER A; 3FZM A; 3SPZ A; 2Q3S A; 1K73 O; 4F3O A; 4IOA L; 1D4X A; 5AFU H; 3OYG A; 5T7B A; 4DF4 A; 5J2Q A; 2DFE A; 4DKW A; 3CFR A; 4ISF A; 2E2N A; 3BUZ B; 1ATN A; 1S1X A; 5BPL A; 3T1A A; 3DWL A; 2QWQ A; 4DV4 K; 3SMS A; 3VA0 A; 4JI7 K; 3AY9 A; 4CJK A; 4R5P A; 4AH9 A; 4N41 A; 4B9M A; 3HVT A; 4AIL C; 4H4O A; 2UXC K; 2B5J A; 3VER A; 4CJP A; 2VQE K; 3MXM A; 3ZSY A; 1KAX A; 1J53 A; 4QCL A; 4C8L A; 1X9M A; 1UOC A; 5LL6 Z; 3ZLJ A; 5HOO A; 5SZT A; 3U4L A; 1VQO N; 4WF9 L; 1X3M A; 2GEM A; 3FE1 A; 2YKM A; 3JXU A; 1YHQ N; 2OCE A; 3O08 A; 4Z4G A; 3K2P A; 4JD2 A; 2YNI A; 4NCA A; 1GOA A; 1LV5 A; 3D45 A; 4YOX A; 3DXK A; 2AA4 A; 3ZX0 A; 3J80 O; 1SL0 A; 2BTF A; 4DQP A; 2OPS A; 3AA5 X; 4FLW A; 4KI6 A; 4DR4 K; 3C7N A; 3ALY A; 2CGK A; 4CFC A; 1YVN A; 2FC0 A; 1RT7 A; 3HT3 A; 1D8Y A; 4M45 A; 1S1W A; 3ZSZ A; 4BGB A; 3LP2 A; 2D0P A; 1I94 K; 3O6W A; 4BR7 A; 2ZJQ L; 3GOI A; 1C0U A; 4IFV A; 3OYF A; 3ASM A; 5J2N A; 1WUA A; 3QEV A; 1RT6 A; 3DJC A; 3TAN A; 1FW6 A; 4RW4 A; 3AA2 A; 1NJI O; 4PWD A; 3K0S A; 1IJJ A; 3LPT A; 3TTD A; 3OYA A; 4K42 A; 4DB3 A; 2XY5 A; 5CHI A; 4Y1C A; 5AZJ A; 2HHU A; 1QSY A; 4I9Q A; 3C94 A; 1BI4 B; 5AQR A; 1JL1 A; 1RDU A; 3QIN A; 3AVK A; 2YHW A; 4O0I A; 3OYI A; 1R0A A; 4IJN A; 3DI6 A; 2YKN A; 4AQY K; 5IT9 O; 4CJW A; 3HPO A; 4WYB A; 2VG7 A; 3K59 A; 3OHR A; 5BN8 A; 1LOT B; 1HLU A; 4DTP A; 3G6E N; 4YY3 K; 3ZT0 A; 5FPN A; 1B92 A; 2RE2 A; 3VN5 A; 1BA0 A; 3NCI A; 2NUB A; 4M41 A; 3D0P A; 3ZYY X; 5KI6 A; 1JLF A; 4BRG A; 5FRN A; 3IS9 A; 3PX0 A; 3WXL A; 1EP4 A; 3TU5 A; 3K9K A; 1TYQ B; 4H0P A; 5EY4 A; 4L8R B; 3VQE A; 2OPR A; 2YV0 X; 2VWK A; 3DM2 A; 2Z1I A; 3E1Y A; 4AHU A; 2P9P B; 3MWT A; 2QWO A; 3DOK A; 4AHC A; 1I3A A; 2E20 A; 5TKY A; 3C0B A; 1GOC A; 3AVI A; 1YIJ N; 3A5L C; 4KHN A; 3WQU A; 2WC9 A; 3WQT A; 3NAE A; 4FLV A; 4IZ9 A; 4KHU A; 4H5T A; 3M3Z A; 1VQ6 N; 1WOQ A; 2ZWH A; 1JLE A; 4JI5 K; 3KVG A; 2BUP A; 4OGE A; 4DFM A; 4IEI A; 1NK7 A; 4BR0 A; 4B8A B; 1HPZ A; 1TL3 A; 4DTX A; 4JHD A; 4CZI A; 4IXC A; 1NOZ A; 3B8A X; 4KKO A; 2UUC K; 3QIO A; 4XIU A; 1WN7 A; 4X66 K; 4CHO A; 2QKK A; 4HCC A; 1NGJ A; 1JXB A; 3M8Q A; 4UY8 O; 2HNZ A; 1SV5 A; 2GX9 A; 5HRS A; 3CG7 A; 5EXW A; 4BVO A; 4KV8 A; 5A2Q O; 1VSJ A; 4NCG A; 2FSN A; 1VRU A; 1VSF A; 2BH1 A; 4CF9 A; 2FLO A; 1K6Y A; 3VA3 A; 3M6G A; 3DYA A; 1Q82 O; 2W41 A; 4MFB A; 4ZTF A; 4E1N A; 3PSF A; 1IBM K; 3L3V A; 5AQH A; 2D1K A; 3ITH A; 3THX B; 4JV5 K; 1VQP N; 4OX9 K; 1KRP A; 3ENH A; 1QE1 A; 4BC4 A; 3I0R A; 4KPY A; 2VCP A; 3VQ8 A; 4FLX A; 2Y1J A; 3DLL L; 4BRF A; 2HBJ A; 3L2Q A; 4FWL A; 1HMV A; 5AQN A; 4QS7 A; 4DQS A; 3RSE B; 1XC3 A; 5ADX H; 3QEX A; 5LJV A; 4K43 A; 3ZEU A; 1SQK A; 3AO2 A; 2YNF A; 3O5B A; 2HMP A; 3KWG A; 3NH0 A; 3O9T A; 3EY1 A; 4B1Z A; 4HUE A; 3HPH A; 3D2F A; 3OYL A; 4LF4 K; 4WFN L; 3JAM O; 4DWI A; 2D0A A; 1QHA A; 2IOC A; 1BDG A; 3TAB A; 4YOR A; 3RRG A; 2PY5 A; 4JKB A; 1KFD A; 4E3S A; 3G0Z A; 4XH1 A; 3VTI A; 3HO1 A; 1FJG K; 4Q0B A; 2P9P A; 3QEW A; 4J2A A; 3SQ2 A; 2I7P A; 3R6M A; 4W5T A; 4H4M A; 3VGK A; 1FXX A; 4ELV A; 4CE9 A; 4YNQ A; 4KTQ A; 5HRO A; 4FVU A; 1L3S A; 3I8D A; 1UA0 A; 1CZA N; 2LSN A; 2YHY A; 1B9F A; 1QQC A; 3CIP A; 1VQ7 N; 3P31 A; 4ID1 A; 4CEF A; 4LF8 K; 4OPH A; 1NM1 A; 4GV3 A; 5GAG P; 4BRI A; 1IKX A; 3EE9 A; 3CCM N; 3B6P A; 1U4B A; 4CZK A; 4HVJ A; 1L3T A; 4BC2 A; 2IIR A; 1HJR A; 4N56 A; 1TKX A; 4HUG A; 4DU3 A; 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