2IVNA

Structure of up1 protein
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus abyssi
molecule keywords O-SIALOGLYCOPROTEIN ENDOPEPTIDASE
total genus 115
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivnA01
5AQNA 3O08A 4FWRA 3D2FB 4BGBA 4A2AA 4FOIA 2A3ZA 3VPZA 1C0FA 2I7PA 5LY3A 3VF2A 3SLCA 4PL7A 2IVOA 4BR9A 2GUPA 2P9UB 4CZIA 2NZTA 5AQHA 1DEJA 5AZJA 5F1XA 2ZGYA 2A6AA 4H0PA 2I7NA 5BN8A 3L4IA 2GWJA 4I6MA 1BUPA 4BRIA 3S41A 5EOYA 5AQPA 2Q36A 3B8AX 3FE1A 2NRHA 2J4RA 3AARA 1GLJO 1HKBA 1QQOA 1S22A 3VERA 5AQFA 3WXIA 5AQRA 4LC9B 1QQMA 4BRAA 2BUPA 1Z6RA 3ZX2A 4K25A 4BR0A 3MN7A 2AA4A 1KAZA 1HUXA 3QMLA 5AQVA 4M7YA 1BDGA 4BC3A 3ATUA 3LL3A 3JS6A 2ITMA 2QWNA 3VEOA 1SQKA 1MDUB 3C7NA 4CBUA 5BRFA 3FZLA 4XEIA 3HSCA 2E2NA 4FPBA 2FSNA 4QS8A 1TYQB 2D0OA 3SMSA 4B1WB 3GL1A 3MDQA 2P9IA 3ZETB 5I9EB 4JD2A 1OKJA 2CH6A 2FF6A 3QICA 1DKGD 1V4SA 3VESA 4JAXA 3VEYA 4CBXA 1IJJA 4PL8A 4M63C 2E1ZA 3U9DA 4IWVA 5BR9A 1YVNA 3ID8A 5KPTA 3GDQA 4FWMA 5AQZA 3GE1A 3SK3A 4BRGA 3BF1A 3L0QA 2NLXA 3MCPA 4BR2A 4BRMA 4PKHA 4BRPA 1HKGA 4XH5A 3VEXA 3R8EA 3GG4A 4PKGA 5BPLA 5LJVA 4FWSA 2QXLA 2Q97A 4DCHA 1ZBSA 5AFUH 5BPNA 1QQNA 4FWQA 3GOIA 4FSVA 4H5VA 2Q31A 3RSEA 5EXWA 4MO4A 4BQLA 4RWTA 3MN6A 1ZC6A 3FLCO 3MMVA 1D4XA 3CI5A 4BG8A 1TUYA 4BROA 3O8MA 5EX5A 5AZJB 4BREA 4CI6A 5FPDA 4FWNA 4K41A 3FR0A 4XH4A 1U2VB 3ZEUA 3H45C 1GLEG 1SZ2A 4CZGA 4I6MB 5AQLA 1QHAA 2D4WA 4CJ7A 1BA1A 4CD3A 3DXMB 3FZKA 4MLEA 3DJCA 5AQOA 3UKUA 4BR4A 2E8AA 2WUSA 3CJAA 2P9LB 1BG3A 5AR0A 5ADXA 2KHOA 2VWBA 2E88A 3WEEA 1E4FT 2CGLA 1G99A 1BA0A 4CZEA 2QW9A 2P9NA 4FWPA 1EQYA 4JNEA 1HX1A 3IDHA 2H3GX 2UYTA 3EZWA 1ATNA 3ZX0A 5EY4A 3SJHA 1XC3A 3CQYA 1Y64A 3L6QA 4HTLA 3TU5A 4MLHA 3QB0A 4GNIA 3MN5A 1KAXA 2GELA 2P9KA 3M6GA 2V52B 4QS7A 3A0IX 1GLAG 2V7YA 1K8KB 1R59O 3QFPA 2Q0UA 2P9IB 4BR5A 1JCFA 3VGKA 4DB3A 4BC2A 5AQJA 3GBTA 3WXLA 5AQQA 1NBWA 3M1FA 3O1BA 3D2EA 4ISEA 5BN9A 1NGIA 3R9PA 4IO8A 2YHWA 4YDUC 5JLFA 3MK6A 4EFHA 5BPMA 5AZIB 5TKYA 4H0TB 3VGMA 1QZ6A 2V7ZA 2Q2RA 3QFUA 1T6DA 4FPAA 3EO3A 4K42A 3HZ6A 2P9SB 5AQYA 3CJ9A 3VGLA 4BRFA 1QZ5A 3H3OB 3LM2A 1LOTB 2CGJA 3O80A 4WYBA 4BR7A 2HMPA 5AQIA 3I8BA 2YCHA 3O4WA 3UKRB 4BRCA 5CE3A 3JXUA 2D1KA 4H03B 1ATRA 4BRDA 5F2RA 1BWFO 3D2FA 4EHUA 4JHDB 3FZMA 5KPRA 2QM1A 1WUAA 3VETA 3BUZB 4WQ4C 4CZLA 3UB5A 4B9QA 2P9UA 1RDWX 3AAPA 4CZJA 4AM6A 3ZX3A 1H1VA 1DGKN 2E2OA 3G25A 2AP1A 4FO0A 3FZHA 4RCHA 3CQXA 3CJ7A 3VEZA 3MN9A 3O1WA 3QDKA 3CJCA 1X3NA 4JN4A 1LCUA 5AQKA 1KXPA 3KVGA 3OHRA 1KAYA 2FLOA 3EN9A 5E84A 2A42A 3WEEB 2QWQA 1NGFA 1ESVA 2P9NB 3IMXA 3HI0A 2QWOA 3CETA 4YDUA 5LJWA 1CZAN 4CZHA 5KQ8A 1NWKA 2W40A 1GLCG 4EHTA 2YJFA 4FOEA 5BRDA 5AQUA 3H46O 3WQTA 3U8XA 1NGCA 4AM7A 4H5RA 1Z05A 2V51B 2P9KB 3I33A 1GLBG 3H1QA 4B1YB 3CHWA 5AQXA 3DAWA 4H5TA 1T44A 2QWLA 4H0OA 4O8KA 4Z94A 2E2PA 2OANA 4FWKA 3A5NC 1S3XA 3AY9A 1TUUA 4CZMA 2YJEA 4L3QA 1MWMA 1J6ZA 1NGEA 2GTDA 3KHYA 2ZWHA 3TPQA 5EVZA 4WQ4A 3BF3A 1WOQA 4KBOA 4BRKA 1BOTO 3D2EB 1P8ZA 3SMPA 3WQUA 1U6ZA 3A5OC 3WUHA 1HJOA 2CGKA 4A2BA 5JMVA 3LDPA 4H5WA 2IVNA 3F9MA 3J8AA 4CBWA 5AQTA 3O5BA 3C7NB 3DXKA 3EL2A 4BRLA 3QBXA 4IXCA 5KQDA 4BRQA 5ADXH 3ENOA 4ISGA 3BEXA 1SAZA 2A41A 3R6MA 4Y0WA 1Q18A 4JD2B 2Q0RA 4J8FA 4IJAA 2ZGZA 2A40A 3UE5A 5BREA 3WXKA 1XUPO 1YUWA 3CJ1A 4HWIA 4EAHD 3WT0A 1BO5O 2IIRA 2A5XA 2ASOA 3LDNA 3ULEA 4IZ9A 5ELZA 1NGDA 1YAGA 3AAQA 5BRHA 1IG8A 1NGAA 3HBTA 1U2VA 4DQ8A 3U9ZA 3IUCA 1BU6O 1GLFO 2W41A 2GEMA 2HF4A 1V4TA 4PKIA 1JCEA 5KPZA 3ATVA 1NM1A 2P9PA 1ATSA 3DXMA 4K43A 2PBDA 4GY2B 2ZF5O 2E20A 3ENHA 1C0GA 2P9LA 3QBWA 4MO5A 2Q1NA 2QWPA 3LDOA 2QWMA 1HLUA 3A5LC 5AQSA 3CIPA 3RSEB 1MA9B 3LDLA 2F9TA 3H1VX 2YHYA 3H3NO 4BC5A 2IVPA 3VF4A 3VOVA 4DHYA 1NMDA 4NO7A 4FL9A 4ISFA 4BVOA 1K8KA 5FPMA 4B1UB 4A62A 4A61A 4FWLA 3ZEUB 1E4GT 5E26A 3D7EO 2GWKA 4RTFD 2BTFA 3KZBA 4B1XB 4E1JA 4CZFA 2ASMA 4O5FA 4BRNA 2EWSA 1NGBA 4H0VB 3UKUB 3O6WA 4WQ5C 3A5MC 4B1ZA 2PAVA 1RFQA 3C0BA 4XH1A 4EIAA 4B1VA 2VCPA 5AFUA 3VF6A 4IJNA 4BG9A 5AQWA 4BRHA 5AZIA 4FWOA 1GLLO 5JICA 5FPNA 1X3MA 5JLHA 4F9OA 4BC4A 2FSJA 1GLDG 2P9SA 2DPNA 2HF3A 3WXJA 4CD1A 3DXKB 3HM8A 1RGIA 2ASPA 1HPMA 1NLVA 1TYQA 1NGHA 3FZFA 3EKUA 4QS9A 3ZETA 1ZXOA 3UKRA 2QWRA 4C23A 1HKCA 4BGAA 4JHDA 3M3ZA 2FXUA 2HOEA 4BVPA 4M7XA 3DWLA 1T6CA 4CZKA 5F0XA 2CH5A 3ULEB 4BQZA 3VEVA 3HTVA 3LDQA 2YHXA 2VYPA 4H0YB 2E2QA 4H0XB 2F9WA 3BP8A 2E1YA 5FPEA 2P9PB 3LM9A 4H5NA 4NB4A 3U4LA 1X9JA 1NGJA 3CJBA 1XQSC 3EKSA 3W3DA 1NGGA 3P4IA 3FFKB 3FGUA 3VENA 3A8YA 4WQ5A 2YI1A 3IFRA 3CERA 2D0PA 3H6EA 3W0LA 5B8HA 2FF3B 1JCGA 5AQMA 1YXQA 3VEWA 2FSKA 5AQGA 1MWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O08A 4BGBA 2OCEA 1XMOK 3OY9A 1C0FA 1CZBA 5LY3A 3SLCA 2IVOA 3OW2M 2P9UB 4CZIA 4DFKA 3BZCA 1DEJA 3ZLJA 2RHKA 3ZCMA 3QNNA 4I6MA 4F8RA 4BRIA 4FLXA 2EX3A 4CK2A 5AQPA 3FE1A 5JVGL 3CC4N 3V9UA 2DFEA 1U4BA 1GLJO 3ITHA 3LPUA 1U45A 3VN5A 2BUPA 3ZX2A 4BR0A 4JI4K 1YI2N 1QQCA 3I0SA 5FRMA 3QMLA 1KAZA 2YHBA 2P5GA 4CF0A 4BC3A 5IWAK 4H4OA 4CGJA 3AVBA 4DUZK 4DV1K 5J2PA 1NKEA 3U6FA 3LL3A 5LMNK 1LWCA 3JS6A 2HNYA 3FZLA 2YNHA 3HSCA 4FPBA 2FSNA 1RDDA 1S1UA 1XMQK 3KLGA 1K6YA 4X62K 2D0OA 3SMSA 3MDQA 2P9IA 5I9EB 1VQ5N 1NG9A 2CH6A 1FW6A 4CGFA 2E4LA 1DKGD 1N6QA 1V4SA 3VEYA 1RTIA 1IJJA 4CBXA 3LP3A 4WCEL 2E1ZA 4CGGA 4CHOA 5KPTA 3N4PA 2X78A 5C25A 3DOKA 3AVCA 1C1CA 2NLXA 4FJ9A 5KTQA 2I5JA 4YHHK 1X9WA 3C6AA 3ZT2A 3DLHA 4CEOA 3OYCA 4E0DA 5BPLA 3HT3A 4KHWA 2Q97A 1KSPA 2D5RA 1ZBSA 4FSVA 4H5VA 1RT7A 3V9ZA 5EXWA 4BQLA 1TKTA 1J5EK 2Z1GA 3FLCO 1D4XA 4BROA 3SQ0A 1DT9A 2WONA 4BREA 4CI6A 4K41A 4W5QA 3FR0A 5DK5A 3AA4A 4OVLA 3CMAN 1RDBA 4HUGA 4ZTJA 4KRFA 4DSEA 4CZGA 2BH1A 3QO9A 2YNFA 4CD3A 3T1AA 3MXJA 4OPHA 4BR4A 5SZTA 1J5OA 1VSDA 2WOMA 4E3SA 3O9SA 1C1BA 1BG3A 5C0YA 1VQKN 2CGLA 1VHXA 1YJNN 1BA0A 4CZEA 2P9NA 4FWPA 3KK7A 4JNEA 2H3GX 5HP1A 1LWEA 3ISNC 4OPJA 5EY4A 3KLIA 1A5VA 2HMIA 1LAWA 3O9UA 3SAGA 4FM1A 4GNIA 4DTMA 4Z4IA 2GELA 1IKYA 5CHIA 1K8KB 1R59O 4HVJA 4CF9A 1CZ9A 3QFPA 1EETA 2Y1JA 1VAZA 3MCAB 1NJIO 2HHHK 3VGKA 4KH6A 2D0CA 2OYQA 3DOLA 4DB3A 3NHGA 4JKGB 4BC2A 1QTMA 4QCLA 1Q8IA 5DMRA 3WXLA 4E1NA 2RN2A 3D2EA 1EWRA 3VQDA 4DSLA 3R9PA 4TSXA 3K59A 1B92A 3J7ZO 1KD1O 2HHWA 5BPMA 4IEIA 4IDHA 4CESA 3NGZA 4C8NA 3SJJA 2V7ZA 1T6DA 2O8FA 4DU1A 4FJMA 3EO3A 3E9LA 2XY8A 3CJ9A 1IBMK 4JV5K 1RBVA 3EYZA 3U3YA 1S72N 1S1TA 4B9NA 1NOYA 5F2RA 1BWFO 4B3TK 5GIPA 3G6EN 3VQ9A 3FZMA 1VQ8N 3BUZB 3UB5A 4B9QA 2P9UA 4E7IA 3QIOA 1RDWX 4CZJA 3HYFA 3ZX3A 4AM6A 1DGKN 5FDLA 4KB0A 4FO0A 4ILHA 4CJQA 3TAPA 4CGDA 4JI0K 3MN9A 3QDKA 1X3NA 4HHTA 5J1EA 3KVGA 4CFBA 4KHUA 1A5WA 2PY5A 4IFVA 4O8UA 4FJXA 4FXDA 4BWMA 3IMXA 1HQUA 3HI0A 3CETA 4CE9A 5HBMA 3O4QA 4KTWA 3K57A 2DFFA 4N41A 3WQTA 1WB9A 1Z05A 1RDUA 2KZZA 4DG1A 5M1KA 5A2QO 4YOXA 5DM7L 3TTFA 5AQXA 3KWGA 2YKNA 4FJHA 2HBLA 3RR7A 1J6ZA 2GTDA 1DTQA 2ZWHA 3TPQA 4CEFA 3TWHA 2RF2A 3NVMA 5I3UA 1P8ZA 2LSNA 1SL1A 1U6ZA 4JK7A 3WNHA 3WUHA 3IG1A 1KCFA 4CJWA 5JMVA 3FFIA 4QOZB 2A1SA 1QE1A 3AO2A 4JS4A 3J8AA 2NRVA 1HNVA 4CBWA 1KVBA 3DXKA 4J2BA 1YIJN 4M3UA 3ZSYA 4BRQA 3ZSOA 4CEAA 3ENOA 1S6QA 1S9GA 1SAZA 3BEXA 5GADP 4RW4A 4PQUA 4RW7A 3F5TA 4J8FA 3RRGA 4DV5K 3L2RA 3ULEA 4GKJK 2AJQA 3AA2A 3TSPA 1VQPN 1T03A 2OZMA 4DR4K 2GEMA 2HF4A 1V4TA 5KPZA 4PWDA 5MLCQ 1E3MA 1VK0A 5GAEP 4JKHA 2ZF5O 2O8EA 5J2MA 3KD1E 2JLEA 3ENHA 3I0RA 1S1VA 1J9AA 3AO3A 4IG0A 2QWPA 1TVRA 3DYAA 4GV9A 2WC9A 4N56A 3O3GA 4JLHA 1IBLK 1C1AA 3LDLA 3H3NO 2FBTA 3VOVA 4DHYA 1NMDA 3QEXA 4FL9A 4GMJB 4ISFA 4JKEA 3SYZA 4DR2K 1K8KA 1VQNN 4E7HA 2KFZA 3D7EO 4DSJA 4FLTA 1N34K 3K0SA 5CYQA 4B1XB 4E1JA 4CZFA 2ASMA 2E6MA 4H0VB 3UKUB 3O6WA 1I94K 4WQ5C 4WF9L 2PAVA 3OYNA 3G4SN 3C0BA 4CEQA 3OA9A 4CJ4A 3PX0A 2O8CA 4DF4A 4CEDA 2G8UA 1GLLO 4NLCA 3VQPA 3CCSN 1X3MA 1RBSA 1TL3A 2E6LA 4NCAA 2FSJA 1T05A 4C8OA 1GLDG 2DPNA 1Q9XA 3WXJA 4CD1A 1RT5A 2ASPA 1HPMA 1NLVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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