2IVNA

Structure of up1 protein
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-SIALOGLYCOPROTEIN ENDOPEPTIDASE
publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus abyssi
total genus 115
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivnA01
4XH5A 2QWQA 3LL3A 3U4LA 4PKIA 5ELZA 3S41A 3BP8A 3CJCA 2W40A 2E2PA 5AQSA 3LDQA 2P9PB 2VCPA 4BRPA 1GLCG 3VENA 3A0IX 1TUUA 2E88A 3AY9A 4XH1A 1U2VA 3D2EB 1JCFA 2HMPA 1P8ZA 4BR0A 5AQGA 3MN6A 4GNIA 4B1ZA 2ASOA 2YCHA 2QM1A 4IJAA 3L0QA 4MLHA 4BG9A 3WXKA 4L3QA 1V4TA 2GELA 3JXUA 4H0YB 4CZGA 2FF6A 5FPEA 2YI1A 1XC3A 1V4SA 4RTFD 3DAWA 3EKUA 4H0VB 2BUPA 4WQ4A 5JICA 4CBWA 5JLHA 1QZ5A 2D1KA 3GOIA 4H0XB 3MN7A 4O8KA 3HM8A 3LM2A 4LC9B 5AQPA 3UKRB 1BA0A 2NZTA 3MN5A 4JHDB 4KBOA 1EQYA 2QWMA 3DXKA 4H03B 2IIRA 4CZLA 3M3ZA 3M6GA 4AM7A 1MWMA 1NMDA 3EZWA 2A40A 4CI6A 4JAXA 4JN4A 3AARA 5AQJA 2FXUA 3CQYA 1BOTO 4IWVA 4BGAA 1SZ2A 5JMVA 2P9SA 2ITMA 4BR9A 2D0OA 1GLJO 2HF3A 1J6ZA 1ZC6A 3WT0A 1KAZA 1T44A 2F9WA 4H5TA 3IMXA 4E1JA 1IG8A 1YAGA 5AQFA 5LJVA 3ZETA 1ZBSA 1HKGA 4CBUA 2P9SB 4PL8A 3FGUA 1XQSC 1LCUA 1C0GA 2ZGYA 2PAVA 3FR0A 3H6EA 1NGGA 3G25A 5TKYA 2CH5A 3WEEA 2Q2RA 4H0OA 2P9UB 3CHWA 3TU5A 1MA9B 3VGKA 2QXLA 3ULEA 3W3DA 5AQUA 4FWKA 4H0PA 4A62A 2GWKA 2QWPA 3JS6A 3H45C 4CZKA 4H5WA 3WEEB 4J8FA 1JCEA 1Q18A 4EHTA 1NWKA 2V51B 4PKGA 3FZLA 4IZ9A 5AQWA 1ATSA 2Q97A 3SLCA 4EHUA 3EL2A 3ULEB 4WYBA 4CZFA 4DHYA 1BWFO 3QFUA 5AQQA 5B8HA 4WQ5C 4FOEA 1KXPA 1H1VA 3LM9A 3C0BA 2GEMA 1K8KA 3QBXA 2F9TA 2GTDA 4BRGA 3CI5A 4BREA 4H5VA 1ATNA 3A8YA 3BF3A 4FPBA 3UB5A 4BG8A 3LDLA 3O1BA 1WOQA 1ZXOA 2OANA 2P9PA 3FZHA 3HI0A 4EAHD 5BPNA 4FSVA 4B1UB 2KHOA 2J4RA 4YDUC 2FLOA 1HPMA 4AM6A 2YJEA 1K8KB 3D2EA 1X3NA 2CGLA 5AQMA 3H3OB 5LY3A 3RSEA 3AAQA 2P9KB 3H46O 4BVPA 5KQDA 3R6MA 4BRIA 1BA1A 2D0PA 4H0TB 4BRAA 2P9NA 1E4FT 2ZGZA 5EY4A 2NRHA 3RSEB 4GY2B 1BG3A 3U9ZA 3R9PA 4JNEA 3SMPA 3A5MC 2GWJA 3DWLA 3CETA 1E4GT 3H1QA 4FOIA 2P9NB 4B9QA 4Y0WA 4BROA 4CZJA 1GLEG 3MDQA 3O6WA 1G99A 2I7PA 4QS9A 3VEOA 3B8AX 3UKRA 2E1YA 4FWOA 4JHDA 3W0LA 1Z05A 2QWNA 1WUAA 1QQNA 5AQLA 2FSNA 3CIPA 5AQVA 3P4IA 2ZF5O 1X3MA 3VOVA 4BVOA 1KAYA 4FWLA 4EIAA 4FWQA 3FLCO 4BR2A 3EKSA 2YHYA 3HBTA 1XUPO 5BPMA 2V7YA 4IXCA 1YUWA 3GG4A 3WQUA 5KQ8A 1NGFA 1GLDG 4CZHA 4FWSA 1HLUA 1RGIA 1X9JA 4BRMA 4ISGA 3QB0A 2P9LB 2FSKA 4HWIA 2QWRA 1NM1A 2ZWHA 3HSCA 1U6ZA 5EXWA 1Z6RA 1GLFO 2Q1NA 2BTFA 4H5NA 2P9UA 2Q0UA 5AZJB 3LDPA 2YHXA 4FWNA 3O8MA 4FWMA 4BRDA 3ZX3A 1SAZA 1LOTB 3U8XA 2YJFA 5AQXA 1CZAN 3ZX0A 3CERA 1MWKA 3KVGA 5AZIA 4DB3A 2IVPA 4FWPA 1QQOA 2QW9A 2VYPA 2E2NA 3VPZA 5FPMA 3I33A 4FWRA 4DQ8A 4HTLA 3VEVA 3ZEUB 2QWOA 1OKJA 2E20A 3HZ6A 4H5RA 3F9MA 3VF4A 4Z94A 3O80A 3FZFA 4ISEA 3WUHA 3LDOA 4WQ4C 4BRCA 3FZMA 5AZIB 4CZMA 1GLAG 5AQNA 2E1ZA 4K41A 4CD1A 5CE3A 4BC2A 3FZKA 2IVNA 3SJHA 1HX1A 5BRDA 4BQLA 2EWSA 1QHAA 5BN8A 3HTVA 4MLEA 1Y64A 5KPTA 1GLLO 4A2AA 2CGJA 3SK3A 2P9KA 2WUSA 5AR0A 4B1VA 2CGKA 3IFRA 4I6MB 2UYTA 5AQIA 4CJ7A 3VEXA 1NBWA 4MO5A 2AA4A 1KAXA 4BR7A 1HJOA 3H3NO 4K25A 1ATRA 4IO8A 2DPNA 1YXQA 4PL7A 3CJAA 2ASPA 4NB4A 1DEJA 3SMSA 4EFHA 3VF2A 1RFQA 2HF4A 4JD2A 1DKGD 1BDGA 5FPDA 1NGCA 3CQXA 5BRHA 4BRKA 5AFUA 2FF3B 5E84A 3IUCA 2E8AA 3WXLA 5BRFA 1DGKN 2PBDA 3VGMA 3DJCA 4BRLA 4JD2B 2V7ZA 3WQTA 5AQYA 4F9OA 3QMLA 3VETA 3FE1A 3C7NA 4BQZA 1BU6O 1MDUB 2W41A 1T6DA 4A61A 2Q31A 4FL9A 5AQZA 4M63C 3ENHA 1TYQA 2IVOA 4NO7A 4CZEA 1YVNA 4BRHA 4BRQA 1QQMA 1BUPA 3EN9A 2D4WA 2ASMA 3ENOA 4ISFA 4MO4A 3TPQA 5JLFA 1NGAA 3UE5A 3VERA 1IJJA 1RDWX 3C7NB 3CJ1A 3BF1A 3KHYA 2A42A 3VEZA 3VESA 4XEIA 2FSJA 3MN9A 5ADXA 4M7XA 1U2VB 1TYQB 5AFUH 1QZ6A 2QWLA 3ZX2A 3O4WA 4FPAA 5KPRA 2P9LA 2Q0RA 3A5LC 3A5NC 1JCGA 4BC5A 5AQKA 3ATUA 1HKCA 1HUXA 3MMVA 3L6QA 1R59O 4K42A 1NLVA 3DXMA 2A3ZA 5BN9A 5AZJA 3AAPA 1S3XA 4IJNA 4B1WB 4BR4A 4WQ5A 1TUYA 3H1VX 4BR5A 3M1FA 3QICA 5AQTA 5BREA 5F2RA 4B1YB 3VEYA 3O5BA 4XH4A 1NGDA 3DXMB 2HOEA 4CBXA 1GLBG 4PKHA 2Q36A 1NGJA 3UKUA 4BGBA 3ZEUA 5AQOA 3O08A 3J8AA 5ADXH 4CD3A 1ESVA 2CH6A 1D4XA 3O1WA 4B1XB 4YDUA 3VGLA 3DXKB 4QS7A 2YHWA 4K43A 3WXJA 3ATVA 5AQRA 3U9DA 2E2OA 3EO3A 3UKUB 3WXIA 5E26A 3CJBA 5EX5A 4BC4A 3R8EA 1NGIA 2AP1A 5BPLA 3CJ9A 4C23A 5I9EB 3CJ7A 3D7EO 3QDKA 3L4IA 5AQHA 4I6MA 5BR9A 3GE1A 3QBWA 1S22A 4RWTA 3ZETB 3D2FA 2GUPA 3MCPA 4RCHA 2P9IA 4BC3A 2H3GX 1NGHA 4CZIA 3GDQA 1NGEA 3FFKB 3GL1A 4BRNA 3I8BA 3VF6A 2A5XA 3BEXA 3BUZB 1C0FA 1NGBA 1SQKA 3D2FB 2A6AA 4A2BA 2P9IB 2A41A 5EOYA 3OHRA 1T6CA 4BRFA 5KPZA 3KZBA 3VEWA 3GBTA 5EVZA 2E2QA 5LJWA 3QFPA 3IDHA 4FO0A 2I7NA 2V52B 1HKBA 3LDNA 4M7YA 4QS8A 2NLXA 2VWBA 3A5OC 3ID8A 3MK6A 4O5FA 5FPNA 5F0XA 1BO5O 4DCHA 5F1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DWIA 2QWQA 3U3YA 3KLGA 4BDZA 4Q5VA 4O5BA 1T3VA 3OW2M 4HTUA 2P9PB 2VCPA 4CGFA 4O4GA 1U49A 3VENA 2UXDK 4C8OA 1TK0A 1Y97A 4GV9A 4Z4CA 4F8RA 4XH1A 4CF2A 1U2VA 3D2EB 4DFPA 4C1NI 4CGGA 2KQ2A 1KFSA 5AQGA 1TL3A 3MN6A 1NJWA 3NH0A 3O4QA 1KD1O 4IJAA 3VQQA 4MLHA 1D9FA 3WXKA 1T03A 2QXFA 4E7HA 2YI1A 2VQFK 3OYJA 2W42A 2DTUA 4RTFD 3EKUA 2EHGA 3OYBA 3TAPA 3GOIA 4OGCA 3HVRA 5HOOA 3HM8A 4CF0A 3BZCA 1JKHA 1OH6A 4GVEA 1TKXA 2NZTA 4KBOA 3HT3A 4DV2K 1EQYA 1NKBA 3I8DA 4H03B 4CZLA 3M8SA 4L8RB 3RMDA 2UUBK 3HPHA 3NMUA 1NMDA 4B3TK 3PIPL 3OS2A 3BZKA 2FXUA 3CQYA 3IKMA 4JKAA 4BGAA 2P9SA 4YORA 2ITMA 2D0OA 1TVRA 1J6ZA 1NKEA 3MXIA 4OGEA 3WT0A 1X9WA 3TTCA 5LJVA 4CIEA 3S3NA 3HPOA 2QEXN 4FZXC 3AA5X 2O8DA 3WNEA 4JKDA 1XQSC 2PAVA 4FLVA 3G25A 5TKYA 4H0OA 3THWB 1X1PA 3TU5A 1MA9B 1NK5A 3ULEA 5AQUA 4O0IA 4FWKA 1VQPN 4JI2K 1ZBUA 4A62A 1BIZA 5H1SQ 3L3UA 4H5WA 3WEEB 4EHTA 1CLQA 5GIOA 4PA1A 1FJGK 1VSKA 5AQWA 3SI6A 1U47A 1NK6A 2QA4N 3T1HK 1EO1A 4CZFA 3OBWA 5JVHL 4WQ5C 3CD6N 1KXPA 4B8AB 3TSPA 5J1EA 2GTDA 3G10A 3CI5A 4BREA 4BRGA 4KB1A 3DLGA 4LD0A 1ATNA 3A8YA 3BF3A 2OANA 4J2BA 3HI0A 5BPNA 1VQ6N 4CJFA 1D5AA 2KHOA 1HQUA 4YDUC 4AM6A 3CPEA 1K8KB 1X3NA 4CFBA 3KD1E 4JS4A 3AO2A 3RSEA 4U7BA 4FM0A 5FRNA 5LMNK 2P5OA 2P9NA 1E4FT 4DTUA 5M1NA 4WE1A 5EY4A 5DM6L 3EY1A 4CHZA 1C0MA 4Y1CA 3H08A 4JNEA 3A5MC 3HVTA 1XMQK 4MDAA 3PUFA 4FOIA 4B9QA 3HRGA 3O3HA 3MAQA 1KVCA 4YOXA 4Z4HA 2XO7A 3MDQA 2HSTA 3KLEA 2B5JA 1NJXA 4CESA 4E7KA 4K8ZA 3OYHA 1QSSA 4FK4A 2E1YA 3TWHA 1A5XA 3IRXA 2XY6A 4IFEA 1FKPA 5AQLA 3CIPA 3M8PA 3P4IA 3ZSQA 4G9ZA 4BVOA 1KAYA 4FWLA 4EIAA 4BR2A 5SWMA 3MXJA 4I7FA 4CJPA 3HPGA 1XUPO 1RT7A 4BY9C 5BPMA 1KVBA 3T1AA 3HYFA 5D3GA 4IXCA 3NFAA 3WQUA 5I42A 2X6SA 5KQ8A 1BIUA 4CZHA 4DV5K 4E0DA 4IFVA 4KTZA 4JKFA 4E1NA 2ZWHA 1Z6RA 1GLFO 2FC0A 2XY5A 4J2EA 2E6MA 4LF4K 4H5NA 1BGXT 1UOCA 3DI6A 2Q0UA 4CHPA 4FWNA 2YHXA 1YIJN 1YI2N 1VSMA 3O8MA 4BRDA 2HBLA 3ZX3A 4CEQA 1O1WA 3K58A 1CZAN 4DB3A 5AZIA 2IVPA 2NRXA 3VPZA 4YOYA 1Q86O 3I33A 1M1KO 5KGXA 3ZT1A 4DQ8A 3ZEUB 5C15A 3CFOA 3O80A 4X66K 5LL6Z 4WQ4C 2YNGA 4DU1A 4NYFA 4BC2A 3FZKA 1SKRA 1KCFA 3SJHA 1HX1A 3J81O 4BQLA 4OLAA 1W9HA 3SUPA 1UA1A 1UWBA 3CYMA 4FJMA 4DTNA 1IKYA 3SK3A 3LPTA 1KRPA 2P9KA 4KHWA 1RT2A 1NJYA 1CZBA 4YOWA 3LP2A 1Q9XA 2OYQA 3IFRA 2UYTA 2X74A 3VA0A 1TKDA 3T3FA 1A5VA 5CZ1A 2QI2A 3VMFB 3H3NO 1RT6A 4M3RA 4K25A 1EP4A 2ZM6K 3E9LA 3PSFA 1OH5A 5KRTA 2ASPA 3NHGA 1BDGA 1W2BM 3CQXA 4BRKA 1WSJA 2HMIA 2D5RA 1IBLK 5CY4A 2KTQA 5BRFA 3P83D 3ZSZA 2UUCK 3DJCA 3ZSVA 3WQTA 4O0JA 3AO3A 2P5GA 3CMAN 2YHBA 4BQZA 1MDUB 5C2FA 2Q31A 5KRSA 2G8HA 3OYGA 4NO7A 4DV0K 1U4BA 3F2KA 2ZQBA 1QQMA 3EN9A 3NH1A 2OPPA 3ENOA 4JS5A 2YHAA 4KV8A 3C7NB 3CJ1A 1BCOA 3KHYA 3NAEA 2FBYA 1D9DA 4CJ5A 2R7YA 1NG9A 1U2VB 3D6RA 1TYQB 4PHTX 3O4WA 3KLFA 3SPYA 4CCHA 4BDYA 1NKCA 1S1UA 5AQKA 3KKSA 3ATUA 2FBTA 4CJTA 3L6QA 3IS9A 3DLRA 3QEIA 3AVBA 3QETA 4DFMA 5AZJA 5AJ3K 3AAPA 4DS5A 1KLNA 3HJFA 4IJNA 4BR4A 2GX9A 3LP0A 4WQ5A 5C24A 4BR5A 4IO9L 5AQTA 1RDUA 5F2RA 4B1YB 5HRPA 2Z1IA 3O5BA 1NK9A 3B6OA 3DXMB 4FJNA 1VQ8N 3O08A 3J8AA 5ADXH 4CD3A 3O1WA 4E1MA 2VG5A 4YDUA 1HNIA 1Q82O 3VGLA 1RBTA 3P5JA 3PX0A 1P90A 1NK8A 3SCXA 5AQRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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