4HVJA

Crystal structure of a putative uncharacterized protein from mycobacterium tuberculosis in complex with amp
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
160
structure length
156
Chain Sequence
SMVRYFYDTEFIEDGHTIELISIGVVAEDGREYYAVSTEFDPERAGSWVRTHVLPKLPPPASQLWRSRQQIRLDLEEFLRIDGTDSIELWAWVGAYDHVALCQLWGPMTALPPTVPRFTRELRQLWEDRGCPRMPPVHDALVDARDQLRRFRLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Putative uncharacterized protein
publication title Mycobacterium tuberculosis Rv2179c Protein Establishes a New Exoribonuclease Family with Broad Phylogenetic Distribution.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
molecule tags Unknown function
total genus 52
structure length 156
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hvjA00
3DI6A 3QINA 4DSFA 4DTPA 3VQPA 4E7KA 1XI1A 4FJ8A 4OJRA 3LZJA 2B5JA 3SQ4A 1TK8A 1U48A 3L3VA 4BACA 2NUBA 4B8AB 3RMBA 3AVFA 1T7PA 5JS2A 1IKVA 4FJ9A 2F8SA 4I7FA 4CJKA 3KK1A 4N47A 4CGFA 2VWKA 4W5OA 3EY1A 1LWCA 1RBVA 4CHPA 3KLGA 3AO3A 1X9SA 1Z25A 3IAYA 5K14A 3P83D 1NKBA 1RBTA 1SV5A 3VQAA 4M3WA 3HXMA 2O4IA 3V81A 3K58A 5DK5A 4CJTA 2X74A 3OS1A 3QO9A 2QKBA 1WAFA 2E6LA 2FBTA 4GMJB 4BWMA 4B9VA 4DTRA 3RRHA 3MXIA 4E7HA 4IDKA 2AJQA 3LP3A 3WNFA 4CIEA 4EP5A 3D0PA 2Y1IA 1HNVA 1BIZA 2XY5A 1Q9XA 4CJ5A 4Z4CA 3VQ5A 3KLFA 4DU3A 3V9ZA 2G8WA 3VQ4A 5T7BA 1NJXA 1ASVA 4R5PA 2OYQA 1FK9A 4W5QA 3V9XA 3QETA 3NF6A 1LWEA 3SV3A 2OZMA 4KHQA 1NK9A 4J2EA 4Z4IA 2PZSA 3OYAA 2YKNA 1VSEA 4B9NA 3HP6A 3MECA 1SKWA 2HHQA 2ZE2A 1TKZA 3ALYA 3VA0A 3M8RA 3K57A 3K5OA 3ZSVA 1QTMA 4LD0A 3PUFA 3DLHA 3HT3A 3EYZA 3V9WA 5J2QA 3E01A 3CFPA 3CYMA 4E1MA 4AILC 4H8KA 4FW1A 4KI6A 3IS9A 5J2PA 1LAWA 4E89A 3KKSA 2YNFA 3DRRA 4ZHRA 1RTJA 4JRPA 4DSJA 4FJMA 1CZBA 4XIUA 3QLHA 4KHSA 2HW3A 1EXQA 4KO0A 4DTOA 1SL0A 4CF9A 4JS5A 4AHVA 1VRTA 3H08A 2XO7A 3ZCMA 5HRNA 3BDPA 1S5JA 1CXQA 4DU4A 4JRQA 4C8OA 3SCXA 4KHNA 2KTQA 2OPRA 1HQUA 3NAEA 1HYZA 1HPZA 2HHVA 3QNOA 1BISA 2RKIA 1N5YA 4HUGA 4LSNA 1RBUA 3MXMA 4HHTA 1SKRA 1DTQA 4AH9A 4N41A 1SL1A 4O4GA 1LWFA 4I2QA 1VSMA 2E4LA 3O3HA 3FFIA 5FROA 4E7LA 3TAFA 1I39A 1J5OA 4HUEA 1FKOA 5HROA 4KHWA 4DQPA 4FJJA 3RMCA 4FCYA 5HRSA 4DSIA 3L3UA 1RT6A 3V6DA 4DTUA 2KFNA 1JLFA 2VG7A 4CF0A 2PYJA 1YTUA 1GOCA 1WN7A 1BI4B 3OVNA 3SPYA 1Q8IA 3PO5A 1JL2A 1ZBUA 4HCBA 4M41A 2YKMA 1KFSA 4GVMA 2IAJA 5J1EA 4RG8A 3ZT3A 3TAPA 4KRFA 1RT3A 3PY8A 2R7YA 3V1OA 4CK2A 4CFBA 3AA5X 1VSJA 4E3SA 4OKKA 3IRXA 1VSDA 4CGJA 3IG1A 4UQGA 3KK2A 3UIQA 3QERA 4FJNA 4J2BA 1J9AA 4CF1A 1RT2A 2Y1JA 4FW2A 4KKOA 4CFAA 4HUFA 4CGDA 4CGHA 1ASWA 3OYIA 3SJJA 1QSLA 5SWMA 3KIOA 4KREA 4YNQA 4DSKA 3CFOA 4EZ6A 3TAMA 3LDSA 3L2UA 1R0AA 3VQDA 3SPZA 3NF9A 4FJXA 2HHWA 4CF8A 4Z0UA 3AVAA 1FXXA 3HL8A 1S1UA 4CJQA 5JS1A 1VK0A 1Z26A 3NF7A 1RTHA 1WAJA 4C8NA 4Z4GA 2G8VA 1UOCA 5FRNA 3S3NA 4E1NA 4FLZA 3KKRA 1NJZA 1KSPA 2G8FA 3V1QA 2FBYA 1VSLA 5I3UA 3L2RA 2I5JA 3I0RA 1GOAA 1L3SA 4OPKA 1BL3A 4H4OA 4KFBA 4K8ZA 4E7IA 4EZ9A 5KRSA 3CM6A 4CEAA 3OJUA 3TAEA 4FZYA 4KTZA 3ZSXA 3SYZA 1KLNA 4DS4A 2QK9A 3O3FA 2P5GA 2YNHA 4FK4A 2HVIA 3ITHA 4M45A 3RMAA 1UWBA 2EHGA 4ZTJA 2WOMA 3LPUA 3QIOA 5CYQA 1C1AA 1C1BA 4DTSA 4CJ3A 1QS4A 2XRIA 4K8XA 1XC9A 2IDOA 1QE1A 2B6AA 1BIUA 4FLXA 1WSIA 4BDPA 1RDAA 3ASMA 4OLAA 4CK3A 4FM0A 3T3FA 4DQRA 3VQEA 4CEEA 3BGRA 4BE1A 4DFKA 3HVTA 4M3TA 3NE6A 4RW6A 3U6FA 1HJRA 4DSLA 3T1AA 3VQ7A 2YHBA 1U45A 3AVLA 1BI4A 2DFFA 3SQ2A 3V1RA 4DLGA 2F8TA 1NOZA 1L3UA 3OYDA 1RILA 4FJKA 2OPPA 4F2RA 3KK3A 2EX3A 3LPTA 3NF8A 2HMIA 2OPQA 2Z1HA 3PV8A 4FJLA 1KTQA 4DSEA 3SUOA 1HRHA 1TAQA 3HP9A 2X78A 1VSKA 3RR7A 1RCHA 4DTXA 4FJHA 3DYAA 4CECA 1DLOA 3HVRA 4OGEA 3TR8A 3SI6A 4CHZA 4CHOA 2W42A 3SNNA 3DLBA 3LALA 4O0IA 4QAGA 3NCIA 4HTUA 4DU1A 1NK0A 1T8EA 1LW2A 1NK4A 3LP1A 5J2NA 4CGGA 1RT4A 3K5NA 3O4QA 1LV5A 3SV4A 3VQ8A 3PX4A 3TARA 4ZTFA 2QXFA 4OLBA 1U49A 4BE2A 5DMRA 3DLGA 1XWLA 4LY7A 3L8BA 1NK8A 2DFEA 1RT5A 4RW7A 3I0SA 1RTIA 3DLEA 1WLJA 4CEQA 4CHQA 3RMDA 1B9FA 4FJ5A 5KGWA 1CXUA 2D0BA 4FLVA 4FLWA 2D5RA 4CJSA 4W5RA 4CIFA 3OY9A 1C0TA 3NGYA 1TKDA 1U47A 2ZD1A 1A5VA 4CJPA 3ISNC 3M8SA 4OVLA 3LAMA 3NH2A 4B9UA 2KFZA 3LWMA 3AO2A 1JL1A 3B6PA 1S1XA 1XHXA 4FYDA 4DQSA 1ZBIA 4FXDA 3QEIA 5I42A 1S1WA 1S9EA 4F3OA 3QESA 3M8QA 4RW9A 4M3YA 1BQNA 1VSIA 3LZIA 4QCLA 2IS3A 3LWLA 2ITGA 4OKJA 5FRMA 3AVIA 3AO4A 2HNDA 4DQQA 3HO1A 5HBMA 1ZBHA 4B9LA 1A5XA 3KLHA 4E7JA 1D5AA 1KLMA 1IO2A 2Z1IA 3DLRA 2YNIA 4PWDA 2QKKA 3P1GA 3LP2A 4KAZA 3MEDA 4B9TA 4CEZA 4CGIA 2X6NA 4DWIA 4CESA 3DM2A 4FJGA 4NCBA 2D0AA 1G15A 1UAXA 2X6SA 4NCGA 4C8MA 3VQBA 1ASUA 4B08A 3OYFA 3RR8A 2G8UA 4HCCA 3TI0A 4FLYA 2BDPA 1S6PA 4O5BA 4N5SA 5HRPA 1NKEA 1REVA 3L2WA 3SUQA 4E0DA 4MFBA 4F3TA 1J54A 1W9HA 1EKEA 1RBSA 1VSFA 4B8CA 3OS0A 4G1QA 1T03A 3RRGA 2GUIA 3OYGA 4DFMA 3NGIA 4Z4FA 4CE9A 3QNNA 3PO4A 3K2PA 4LH5A 1B92A 5HLFA 4RW4A 3KLEA 4DLEA 3NBPA 3RTVA 4JS4A 3OYKA 3ZSOA 3MXJA 3QIPA 1HNIA 3TWHA 4ICLA 3P5JA 3PX0A 4GW6A 1NK6A 4FM1A 1BCMA 4DF8A 4B9MA 3HJFA 1U04A 4FVMA 4M42A 4DF4A 2F96A 5KTQA 1TAUA 4CJVA 3NFAA 1Y97A 3B6OA 1SL2A 4C8KA 2YV0X 4H4MA 1WNSA 4DMNA 3RWUA 2DTUA 1TKTA 4FM2A 5KGXA 4DFJA 1J53A 4CCHA 4FJIA 3WNGA 3ZSRA 3NH0A 4Z4EA 1ZBLA 2XY8A 3AVHA 3QEVA 5CZ2A 2RN2A 4DG1A 3OJSA 2OA8A 1JLQA 1NJWA 4Y1DA 1I3AA 4B9SA 1W0HA 3K59A 1RDBA 3OYNA 2DY4A 3V9SA 2D0CA 1S9GA 3S3OA 1JXBA 3K5MA 1IKYA 5E41A 5C25A 1L3TA 2G8KA 3AVNA 1JKHA 4KHYA 2YHAA 1Q9YA 4ELUA 1TK0A 1GOBA 2O4GA 1DTTA 4NYNA 1WSHA 3CFRA 3OYCA 1U4BA 4TSXA 4CEOA 3HYFA 1IH7A 3AA3A 4FLTA 4C8LA 4QOZB 3C94A 2RF2A 4M3UA 2ZQBA 1L5UA 1JLCA 3JSMA 2YNGA 4KTWA 1VSHA 3F73A 4O44A 1HYVA 1F21A 3ULDA 2HHTA 5CYMA 3SQ1A 1TKXA 2G8HA 1NKCA 3KD5E 2VWJA 3AVGA 3AVMA 4CJFA 1CZ9A 4CHNA 3QEXA 4CIGA 4FK0A 2G8IA 3HPHA 5CY4A 1S6QA 2HNZA 1EETA 2HB5A 4FLUA 3AO5A 1ZYQA 3CG7A 3QEWA 4PA1A 1O1WA 1RNHA 1SUQA 1BHLA 4CEFA 3V4IA 1UA1A 4F8RA 4DFPA 1IKWA 1X1PA 4IG3A 2JGUA 5SZTA 3U3YA 3QEPA 2KQ2A 2WONA 3LAKA 3WNEA 1BGXT 4N76A 4BWJA 1FKPA 4FK2A 3C95A 3WNHA 1RT7A 4IKFA 4DS5A 2HVHA 2A1RA 4IFVA 3KJVA 4KTQA 3KLIA 3TAGA 4OKEA 1JLEA 3CQ8A 1EX4A 4KV8A 1MU2A 1C1CA 4CJWA 1TK5A 3LP0A 2B4JA 4M3XA 1K6YA 4N56A 1HMVA 2PYLA 3TABA 1KVAA 2BANA 3AA4A 3AV9A 3C6TA 4CHYA 4NYFA 5HRRA 1RDCA 2P5OA 3F9KA 1C6VA 2IOCA 3NH1A 3CM5A 1YT3A 3MAQA 2FBXA 3G10A 3VQQA 4LH4A 3V9UA 4PUOA 1HYSA 1RDDA 3AVCA 3OS2A 3JYTA 4FZXC 4LSLA 3AVKA 3O4NA 4BDYA 3THVA 4CJUA 3MEEA 1D8YA 1ITGA 4J2DA 3TANA 4B3OA 1X9MA 3C6UA 2Z1JA 4FJ7A 4O0JA 1RTDA 4AHRA 3K5LA 3S9HA 2BGGA 1RT1A 4CFDA 4ELTA 5FDLA 1LAVA 3OYLA 3KTQA 4IFYA 3D45A 4ID5A 2KW4A 1KRPA 4I2PA 5KI6A 4CJRA 1NK7A 1NJYA 4L8RB 1L3VA 4OGCA 3A2FA 4DTNA 3NGZA 2KZMA 3OYBA 5C24A 4DTMA 2Z1GA 1TL1A 3DOLA 3MEGA 1QSYA 1CLQA 4AHCA 4RW8A 2HHSA 2Q3SA 2VG5A 2VG6A 1NK5A 2IGIA 2HHXA 3OYHA 1KVCA 1A5WA 1C0UA 1TVRA 1SKSA 1QSSA 2JLEA 4PY5A 4Q5VA 4I9QA 3ZSYA 1D9FA 4CJLA 5D3GA 4PQUA 2ATQA 4JLHA 1T05A 5J2MA 3ZT1A 4FZZA 2HNYA 4NCAA 1QQCA 3NHGA 1WSEA 3SUPA 4F4KA 3OYMA 1IG9A 3HPGA 1TGOA 3EZ5A 3SZ2A 3OYJA 2GV9A 3AVJA 3SUNA 4M3ZA 1JLBA 3L2VA 4KB0A 4E19A 3ZT2A 1S1TA 4ID1A 4OPJA 2P1JA 3AVBA 4AHUA 3HPOA 3ZT0A 4EP4A 4AHSA 5HP1A 4CJEA 1N6QA 1WSFA 4WE1A 1D9DA 4CEBA 1WSGA 1LW0A 2E6MA 3L2QA 1XHZA 2RPIA 3O3GA 4CFCA 3VA3A 1WSJA 2KZZA 1EP4A 1KFDA 1NOYA 4CK1A 3DRPA 5C42A 3ZSWA 4DTJA 4HVJA 2HHUA 3OYEA 4AHTA 1KCFA 2OPSA 4O55A 1C0MA 1YVUA 2BE2A 4Q0BA 4IG0A 3AO1A 3T19A 3AA2A 4MQ3A 2XY6A 3KD1E 4KB1A 1BQMA 3I8DA 3ZSQA 4CJ4A 1YTAA 3U3GA 4DQIA 4KHUA 4M3RA 1BCOA 2ETJA 4I9LA 3DMJA 3G0ZA 3VQ6A 5KRTA 1TV6A 4KI4A 2XY7A 1KVBA 5CZ1A 4CF2A 3HSTB 2P51A 1RBRA 4W5TA 3DOKA 3LANA 2OZSA 4KPYA 4BDZA 3DRSA 4CERA 3S3MA 3HM9A 4IBNA 2FC0A 1HQEA 5EU7A 3VQCA 3M8PA 2PY5A 1IKXA 1B9DA 1JLAA 2GBZA 3ZSZA 4ELVA 1ZBFA 4BE0A 4Y1CA 3TAQA 1S1VA 3ZT4A 1JXEA 1TL3A 4Z4HA 2A1SA 3PX6A 3SQ0A 3DLKA 3NDKA 3HK2A 1VRUA 2IC3A 4J2AA 4W5NA 1UA0A 2FBVA 1X9WA 2XHBA 4CEDA 3VN5A 2LSNA 1QHTA 3VQ9A 2DFHA 4F2SA 1JLGA 4YFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DSFA 1QZ6A 2WC9A 1U2VA 4OJRA 2B5JA 1TK8A 2JWLA 1U48A 4H5VA 3RMBA 3AVFA 1T7PA 1LCUA 3QB0A 4N47A 3VEOA 2VWKA 4W5OA 3EY1A 1KC8O 4CHPA 4DV7K 4BQZA 3P83D 1NKBA 3VQAA 2O4IA 5DK5A 3ZX3A 4CJTA 3QO9A 3TTFA 3MXIA 2OANA 2UUAK 4EP5A 3WNFA 1KAYA 2O8CB 5LY3A 4WQ4A 5AQSA 4CBXA 2G8WA 3FLCO 1ASVA 3BF3A 1JCEA 1BG3A 2QXLA 5EY4A 3ZX0A 3SV3A 2OZMA 3OYAA 4DV5K 4B9NA 1TKZA 1YXQA 3K57A 4H0XB 3PUFA 2BH1A 3EYZA 4KHPK 5J2QA 4YOYA 4E1MA 4JKCA 2OTLN 4BY9C 3IS9A 4DUYK 3KKSA 4ZHRA 3DRRA 3GDQA 1RTJA 3A5OC 1CZBA 4XIUA 2HW3A 4DTOA 3UKRB 4WYBA 4JS5A 4JI4K 3SAFA 3BDPA 1S5JA 4DU4A 3SCXA 2QTDA 1HQUA 3NAEA 1HYZA 1O13A 3QNOA 1C0GA 1SKRA 1DTQA 1SL1A 2UXDK 2E4LA 4FWSA 4IEEA 1I39A 5AJ3K 5AQZA 1J5OA 5C15A 3V6DA 1RT6A 2PYJA 4CF0A 2ZWHA 1VQPN 4JHDA 1WN7A 3SPYA 2ASOA 1Q8IA 2CGJA 2VQEK 2YKMA 4GVMA 1QQOA 2IAJA 5J1EA 3ZT3A 3TAPA 1VQNN 4IJNA 4FWOA 3HBTA 4E3SA 4OKKA 1XMQK 3DJCA 3IG1A 2HBJA 3SAGA 3GBTA 4J2BA 2Y1JA 3SJJA 4IOAL 2P9LB 5E84A 1QQNA 4H5RA 3LDSA 1VQMN 4BRFA 3W0LA 2HHWA 5CHIA 2E2PA 2KKZA 2QWPA 4O5FA 1FJGK 3ZX2A 4JD2B 3IMXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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