4HVJA

Crystal structure of a putative uncharacterized protein from mycobacterium tuberculosis in complex with amp
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
160
structure length
156
Chain Sequence
SMVRYFYDTEFIEDGHTIELISIGVVAEDGREYYAVSTEFDPERAGSWVRTHVLPKLPPPASQLWRSRQQIRLDLEEFLRIDGTDSIELWAWVGAYDHVALCQLWGPMTALPPTVPRFTRELRQLWEDRGCPRMPPVHDALVDARDQLRRFRLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Unknown function
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Mycobacterium tuberculosis Rv2179c Protein Establishes a New Exoribonuclease Family with Broad Phylogenetic Distribution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein
total genus 52
structure length 156
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hvjA00
4M3RA 1S9EA 3PX0A 1IH7A 4LY7A 3SUOA 4HUEA 2I5JA 3KTQA 5J2MA 3AA5X 2IDOA 4ELTA 2G8IA 2YNHA 3P1GA 3L2RA 1LWCA 1YT3A 3I0RA 3L2UA 4DFJA 1UWBA 3AO4A 4E89A 4B9MA 4DSKA 1KVBA 4CEDA 4FK2A 3I0SA 4OGCA 3OYDA 3TAEA 1Q9YA 1VSKA 1Y97A 2GV9A 3VQEA 3SV3A 3KLGA 2ETJA 1L3SA 1Q9XA 1A5XA 2P1JA 3FFIA 3LALA 1U47A 2EHGA 3SPYA 4FK0A 4DTOA 3HT3A 3KK3A 4DU4A 1CLQA 4AILC 3RMCA 4DTRA 1QSSA 4B9VA 1BHLA 1ASWA 3K5OA 1BI4B 3CFRA 3OYGA 4IBNA 3RMBA 2YHBA 3HVRA 3M8SA 1C0MA 3WNEA 3EZ5A 3EYZA 2KZZA 3NGYA 4QAGA 4CJKA 3DRSA 4BWJA 1RDAA 4KREA 4CESA 1TV6A 2Z1JA 1ZBFA 4CIEA 2RKIA 1ZBLA 3VQCA 3OYFA 4M3XA 4M3ZA 1JLCA 1YTUA 1N5YA 4KV8A 1S1UA 3OYIA 3AO1A 3D0PA 2F96A 3PV8A 2HB5A 3KKRA 5I42A 4M45A 4AH9A 4W5OA 4Z0UA 2B6AA 4CGIA 1QHTA 4NCAA 3ZT0A 3MXJA 2JGUA 4FVMA 1CXQA 3SJJA 1HYSA 1RT1A 1ASUA 3DLKA 5EU7A 4N47A 4FLXA 3RMDA 1R0AA 4RW7A 3ZT4A 3B6PA 3TARA 4CFBA 4DQRA 4QCLA 1ITGA 5SZTA 2DFFA 3OYEA 2R7YA 3K2PA 3P83D 3L3VA 3VQQA 1S1XA 3AA4A 4FJMA 2G8HA 2JLEA 1C1AA 4DLEA 4CJQA 2YV0X 1VRTA 3AV9A 1NJXA 2D0CA 1HNIA 4M3UA 1TKTA 1EP4A 3IS9A 3V1QA 2B4JA 4KHYA 4FJKA 3VQ5A 2HNYA 2VG5A 5E41A 3SUPA 1UAXA 3HPGA 1FKOA 3LANA 4ID1A 2OZMA 1KFDA 4DTNA 4AHRA 3JYTA 4HVJA 2X78A 3M8QA 5CY4A 3O4QA 3SUNA 4DFPA 4KHUA 3KLFA 1BISA 3ZCMA 2OZSA 2WOMA 2X6SA 3CQ8A 1MU2A 4PY5A 3RMAA 1KSPA 4F3TA 1FXXA 3KD1E 4O0IA 3QNNA 1L3VA 4CE9A 4B9LA 1FK9A 1NK8A 3MXMA 4KI6A 4CJRA 4FJNA 4LSNA 4O4GA 1B9FA 3SYZA 4HUFA 4F2SA 2G8WA 4G1QA 1U45A 1WNSA 4B8CA 1X1PA 4CJSA 1RNHA 1DTQA 2IOCA 2HVHA 4CGHA 3NGIA 3QETA 5FDLA 2OA8A 5HRNA 4J2EA 1IKWA 2HHXA 4RW4A 2OPQA 3NH0A 3AO3A 4FLYA 1VSFA 2ITGA 3C95A 4NYFA 4DU1A 4N41A 1W0HA 3MAQA 1RT3A 5J1EA 1XWLA 1QS4A 3HL8A 3SPZA 1D9FA 3NF6A 1NJZA 1IG9A 4CJUA 1NKBA 4CIGA 3LP2A 3KLIA 4DS4A 4B9TA 4KB1A 1VK0A 3HPHA 1YTAA 3VQ7A 4PQUA 1LWEA 3PX4A 4OKKA 2HHTA 1RBSA 4IG0A 3K59A 4QOZB 2F8SA 4F2RA 2IC3A 1VSLA 3U3YA 2QXFA 4AHTA 4CHOA 4DMNA 1SUQA 3QINA 1BQMA 1BQNA 4RW8A 4RW9A 4DFKA 3DI6A 1X9WA 5KRSA 1QSYA 4F4KA 1HRHA 4C8LA 1WSJA 1RTIA 4DSEA 3VQ8A 4IFVA 4CFDA 3L2VA 1F21A 4CHNA 4W5RA 4HHTA 5I3UA 1XHZA 2XY6A 2IS3A 3WNHA 3DLRA 3VQBA 1K6YA 5HRPA 3HPOA 1J53A 3AVMA 2XO7A 3ZSRA 3OS0A 3VA3A 1C1CA 3QEVA 2OYQA 1BI4A 3AVKA 5T7BA 3TI0A 4W5NA 4DQPA 1RBRA 3NBPA 3DYAA 1D8YA 3B6OA 3TAFA 3M8RA 1CZ9A 2HNZA 2IGIA 4KFBA 1ZBIA 1S1WA 4CF1A 3IG1A 4EP5A 3HXMA 3ZT3A 5FRNA 2RPIA 1NK6A 4FM0A 2YNFA 3SNNA 2LSNA 1KCFA 4LSLA 4CEAA 4FLWA 1JL2A 3G0ZA 3QEXA 4CERA 3LDSA 5C25A 1NJWA 4DQIA 2P51A 4OLBA 5KTQA 4BE1A 3CYMA 5HP1A 1L3TA 1N6QA 3KKSA 3ULDA 3VQ4A 4FZZA 3NF8A 3AVHA 3K5LA 1WLJA 3VA0A 3S9HA 1KTQA 4DSLA 4DQSA 4BDZA 1S6PA 3AVCA 2WONA 3RR8A 3PO4A 2VWKA 1JXBA 3OYMA 1YVUA 3AVLA 1ASVA 2A1SA 2FBXA 3DOKA 3T19A 1CXUA 3V1RA 4CJEA 1NKEA 3BGRA 1EXQA 4CFCA 3ZSVA 4KO0A 3CM5A 5C24A 5JS2A 1U49A 1VSHA 4ID5A 4GVMA 5DK5A 4CJFA 4OJRA 1LW2A 3AO2A 3TAPA 2ZQBA 4CJ4A 1HNVA 4CIFA 1GOCA 1VSJA 4LH5A 3HK2A 2D0AA 2VG7A 4M3YA 2HHWA 1T05A 2PYLA 4I9LA 4LH4A 4CHQA 2PZSA 3BDPA 3G10A 3VQPA 3OJUA 4IG3A 4DF4A 3LPTA 3L2WA 4FJ5A 3AA2A 3HYFA 3TAMA 4CEOA 1JL1A 3HSTB 4CHPA 3ZSWA 4E1NA 4CEBA 1T8EA 4JLHA 3AA3A 5CYQA 4N56A 1NK5A 5KI6A 2P5OA 3HO1A 4DLGA 2BE2A 3LAKA 4Q0BA 2HHUA 4DSJA 1NJYA 4E3SA 2HHVA 1TAQA 3AVGA 1VSEA 3JSMA 4DQQA 3SQ4A 3P5JA 3OYJA 1BIZA 1HQUA 2XRIA 4Z4CA 1CZBA 4FLUA 1ZYQA 5HRRA 1KVCA 4H4MA 4CJ5A 2EX3A 4ICLA 1C6VA 3F73A 4DTUA 1J54A 3LZJA 1X9SA 1TKZA 3LWLA 1J5OA 2QK9A 1T03A 4FJXA 2KQ2A 2OPRA 4FCYA 3QEPA 5KGXA 1RT2A 3IAYA 4KHQA 4PUOA 4M3TA 1KVAA 4FJGA 1EETA 3O4NA 3WNGA 3ALYA 4DSIA 2ZD1A 4C8OA 3IRXA 5CYMA 3U6FA 4BWMA 4M3WA 1B9DA 1D5AA 4IDKA 4KAZA 4K8ZA 4BE2A 3ZSQA 3KK2A 4KTQA 3V9XA 4CCHA 4CF2A 4DTXA 3OYNA 4CHZA 2QKKA 3M8PA 3MEEA 4FLVA 1XI1A 1JLQA 4F3OA 3VQDA 3H08A 4M42A 4J2BA 3V81A 3OS2A 3KLHA 2PYJA 3D45A 1EKEA 1O1WA 4CF9A 3OYLA 3O3FA 1QSLA 3NGZA 1U04A 4FJ9A 3OYAA 2KTQA 4KKOA 4Z4FA 3V9WA 1S5JA 3MEDA 4OVLA 3NF7A 3VQAA 3SZ2A 3QLHA 1XHXA 1IKXA 3NFAA 4I2QA 2X74A 3K57A 2G8UA 5KGWA 4BACA 4CJLA 3LZIA 3NCIA 2OPPA 4BDYA 3NE6A 3U3GA 3K58A 1RDBA 4CJWA 4CK3A 4E19A 5J2QA 1DLOA 2VG6A 3PY8A 4NCBA 4FYDA 1NK9A 5HBMA 3VN5A 2NUBA 3HVTA 4BE0A 1RDCA 3SCXA 3MXIA 1SKWA 4L8RB 4FLTA 2YHAA 2YKNA 3MECA 4KHNA 2P5GA 3KJVA 1EX4A 1VSIA 4FW2A 3ZT1A 5C42A 3V9ZA 2KZMA 3ZSZA 1NKCA 5FRMA 3ZSXA 3L8BA 2XHBA 3DLGA 2YKMA 3LAMA 3T1AA 4DS5A 4Z4HA 4DWIA 1GOAA 1X9MA 1I39A 3DMJA 4FJLA 1RBTA 2XY8A 3CG7A 4EZ6A 1JLEA 4DU3A 1RBVA 1QE1A 4HTUA 4DTSA 4O55A 2KFZA 3WNFA 4W5QA 1S9GA 4OGEA 2YNGA 1L3UA 4ELVA 3DM2A 3OYKA 4ZTJA 1C0UA 1TL1A 4MQ3A 4FJ7A 1UOCA 4AHCA 1C0TA 3THVA 4R5PA 5D3GA 1SL2A 4OKJA 4CJVA 2RF2A 3SV4A 1L5UA 3DRRA 4CEFA 4B08A 2E6MA 4B3OA 1SV5A 3OS1A 1C1BA 1S1TA 4AHUA 5HROA 2DTUA 3SQ2A 1HMVA 1TK5A 2G8KA 4FJHA 3PO5A 1JXEA 3RRHA 4HCCA 3LPUA 5FROA 1T7PA 1BIUA 1HJRA 2Q3SA 1WSIA 3AVAA 3TABA 4KHSA 1Z25A 1TGOA 3NH1A 3QESA 3V4IA 4GMJB 4OPKA 4B9UA 4WE1A 4FW1A 1JKHA 4E7LA 4Z4EA 1REVA 2VWJA 3CM6A 4E1MA 4XIUA 3NH2A 3CFPA 1UA0A 3SI6A 1NOZA 2AJQA 2BDPA 4JRQA 1RT7A 2Y1IA 4I9QA 1RDDA 1IO2A 4ELUA 4HCBA 2B5JA 3LP1A 4KI4A 3KK1A 1JLBA 4H4OA 4JS4A 1LWFA 1WSEA 4OLAA 4CEZA 4CFAA 3RTVA 3QEIA 1BGXT 2HMIA 1W9HA 1KLMA 4NYNA 2E6LA 4OKEA 2PY5A 3T3FA 4YNQA 1SL0A 3SQ1A 3RRGA 4FXDA 4PWDA 1RCHA 1TVRA 4DG1A 3DLEA 3OJSA 3DOLA 4CGFA 4B8AB 4O44A 1B92A 1TKDA 1HYVA 3O3HA 3O3GA 2G8VA 3DLBA 5K14A 4O0JA 1TK8A 3ASMA 4E7IA 2D0BA 3L3UA 3V1OA 4J2AA 3K5MA 1QQCA 4BDPA 2W42A 1WSFA 4IFYA 3CFOA 2FBVA 1U48A 4K8XA 4Y1DA 2BGGA 4ZHRA 2XY7A 3KIOA 3KD5E 4EZ9A 4CECA 4KB0A 4CK1A 1XC9A 4KPYA 1HPZA 3NHGA 3LP0A 3QIPA 4KTZA 3LWMA 1NOYA 1RT5A 3OYBA 3QNOA 5HLFA 4HUGA 3OVNA 3S3OA 4I2PA 1RILA 3SUQA 1KLNA 3AVBA 4B9NA 4FK4A 2O4IA 4GW6A 3OY9A 4C8NA 3TAGA 2BANA 2G8FA 2HHQA 3OYHA 3RWUA 3SQ0A 3HP9A 1D9DA 1S6QA 4RW6A 4FJ8A 3AVJA 4C8MA 2Z1HA 3ZT2A 4CJPA 4DTJA 4KRFA 2DY4A 1Q8IA 4DSFA 4DFMA 1SL1A 2A1RA 2Z1IA 1RT6A 4TSXA 1RTDA 4CGGA 2O4GA 3C6TA 1WAJA 4CJTA 4E7KA 1FKPA 1JLFA 3C6UA 3AVNA 3ZSOA 4B9SA 2HHSA 1TK0A 1LAVA 4AHSA 4YFUA 1SKSA 4CF0A 1QTMA 3VQ6A 4FLZA 3DLHA 3S3NA 4CF8A 3QEWA 3VQ9A 2GBZA 1RTHA 1G15A 5J2NA 4M41A 4J2DA 2QKBA 4KTWA 2XY5A 2OPSA 4FZXC 3F9KA 3AVIA 2Y1JA 3C94A 4PA1A 5J2PA 5CZ2A 2ZE2A 1TKXA 1WAFA 4FZYA 4CEEA 3V9UA 4FM2A 5KRTA 3HJFA 1GOBA 1WSGA 3MEGA 4NCGA 4DTMA 2ATQA 1VRUA 4Y1CA 4E0DA 2GUIA 5CZ1A 5HRSA 1BCOA 3EY1A 3QERA 3L2QA 1RT4A 1DTTA 3PX6A 4JRPA 2KFNA 4N5SA 1LV5A 2FC0A 4N76A 1I3AA 5JS1A 3I8DA 4DF8A 2YNIA 1Z26A 4CGDA 3KLEA 1J9AA 2D5RA 3V9SA 4ZTFA 1NK7A 4Z4IA 2F8TA 2HW3A 3DRPA 3UIQA 2FBTA 1A5WA 1HYZA 1RBUA 1KFSA 2FBYA 1S1VA 1LAWA 3ISNC 4OPJA 2DFHA 4DTPA 1KRPA 3ZSYA 4Z4GA 2IAJA 3QIOA 4CJ3A 5SWMA 3V6DA 1NK0A 4CHYA 1IKVA 4Q5VA 1LW0A 4LD0A 3OYCA 3NDKA 3AO5A 3S3MA 1TL3A 1UA1A 1U4BA 1WSHA 1BCMA 1ZBUA 4FJJA 4C8KA 1VSMA 2X6NA 3HP6A 4FM1A 4JS5A 3NAEA 4F8RA 3LP3A 1WN7A 3TWHA 3NF9A 1VSDA 1JLGA 4H8KA 2HVIA 2HNDA 1IKYA 1BL3A 3E01A 4FJIA 4W5TA 1TAUA 2KW4A 3AVFA 4RG8A 3ITHA 4UQGA 2DFEA 1JLAA 4E7HA 1A5VA 2RN2A 3K5NA 4O5BA 2E4LA 4CEQA 5DMRA 3TAQA 2Z1GA 1NK4A 1ZBHA 4I7FA 4E7JA 4KHWA 3HM9A 4IKFA 1RTJA 4CK2A 3PUFA 3TR8A 4AHVA 4EP4A 1HQEA 1SKRA 4MFBA 4CGJA 3RR7A 3A2FA 3QO9A 3TANA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GBTA 4CVNE 4CBXA 3AA5X 2IDOA 2VYPA 2G8IA 2YNHA 2OCEA 3L2RA 1YT3A 4DFJA 2O8BB 4DSKA 5ADXA 5JMVA 4OGCA 3TAEA 1Q9YA 3FZMA 1K9MO 2ETJA 3FFIA 2A42A 4QS9A 3KK3A 4DU4A 4F9OA 1OVQA 4AILC 1DKGD 4DTRA 1ASWA 3CFRA 3RMBA 3NVMA 3M8SA 1C0MA 1E3MA 3EZ5A 2KZZA 2BUPA 2YCHA 3MK6A 4QAGA 4CJKA 4CW7B 4KREA 3AAQA 4KV8A 5AQPA 1N8RO 1S1UA 3TTCA 4LFCK 3OBYA 5AQQA 4AH9A 4NCAA 3ZT0A 2JGUA 4FVMA 4BRGA 3J80O 2NRWA 3CC2N 5EU7A 3UE5A 3ZT4A 3B6PA 3TARA 4YDUC 1I94K 5SZTA 4JI3K 3ZX3A 3OYEA 3VQQA 1S1XA 2E2NA 5JVGL 1C1AA 3AV9A 3CQXA 4M63C 3D2EB 3IS9A 3V1QA 4BVPA 2B4JA 3WXJA 2HNYA 3SUPA 3HPGA 1GLDG 4I6MA 2OZMA 4PKGA 3JYTA 3QMLA 5AFUA 1CZAN 4AM6A 3A0IX 5M1PA 3KLFA 2OZSA 4BRLA 3CMEN 3CQ8A 3CJAA 3RMAA 1KSPA 3A5OC 3DAWA 1EWRA 1NK8A 3MXMA 4CJRA 1B9FA 3SYZA 4EHTA 4HUFA 3ATUA 5E84A 4F2SA 2UYTA 2D0OA 1ATNA 1X1PA 5AQVA 4B8CA 4CJSA 1DTQA 3A8YA 4CGHA 5KPRA 5BPNA 1VSFA 4N41A 3RVCA 1D9FA 3SPZA 3EE8A 3FE1A 5M1QA 2E2OA 5C2FA 3KLIA 4DS4A 1VK0A 3PX4A 4OKKA 2HHTA 1LOTB 4F2RA 2IC3A 4EAHD 3U3YA 4IDHA 3W3DA 3THYB 1BQMA 4CZMA 3DI6A 4DCHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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