4HVJA

Crystal structure of a putative uncharacterized protein from mycobacterium tuberculosis in complex with amp
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
160
structure length
156
Chain Sequence
SMVRYFYDTEFIEDGHTIELISIGVVAEDGREYYAVSTEFDPERAGSWVRTHVLPKLPPPASQLWRSRQQIRLDLEEFLRIDGTDSIELWAWVGAYDHVALCQLWGPMTALPPTVPRFTRELRQLWEDRGCPRMPPVHDALVDARDQLRRFRLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mycobacterium tuberculosis Rv2179c Protein Establishes a New Exoribonuclease Family with Broad Phylogenetic Distribution.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
molecule tags Unknown function
molecule keywords Putative uncharacterized protein
total genus 52
structure length 156
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hvjA00
3LZIA 1C6VA 4CK1A 3AVIA 4Z4FA 1W0HA 2VWKA 3DLKA 3O3GA 1C0MA 2KFZA 1BIZA 3ZCMA 3AO3A 2Z1GA 3VQ4A 4FJ7A 2OZSA 4FJ9A 4CGDA 1DLOA 5FRMA 3VQCA 4DQRA 1NOYA 4DTJA 3CG7A 2X74A 4H4MA 4CJLA 3RRGA 4FJIA 2RPIA 2YNIA 3MXIA 1U04A 1Q9YA 3AA3A 3SCXA 3TAPA 4KI6A 4Y1CA 1VRUA 4F3OA 4DTMA 4B9SA 3V81A 4FK0A 4KB0A 1HYZA 3HO1A 1XWLA 1HRHA 4DTXA 3EYZA 3OYKA 4DG1A 3AO2A 4Q5VA 1TAQA 3IRXA 3V9XA 1QSLA 2HHTA 3NCIA 2YV0X 1X9WA 4K8XA 3V1RA 1ASUA 3K5NA 2HMIA 4AHRA 3MXMA 5HRRA 3SV3A 1BCOA 2HHWA 4BDZA 4CK2A 4DTSA 4FVMA 4IFVA 4CIGA 2P1JA 3KD5E 4FZXC 3CM5A 3RR7A 3QLHA 4JS5A 4FJGA 1WSEA 1QSYA 1TKDA 3OYJA 3G0ZA 3L3UA 4KO0A 3KLIA 3VQPA 4FLXA 1BQMA 3KLFA 2E4LA 3ASMA 4CE9A 3O4NA 4KTQA 4CJFA 3PO4A 4FZYA 4J2EA 1W9HA 1LAVA 3DRRA 2GUIA 1EETA 2ATQA 3OYCA 3QEWA 3UIQA 4Y1DA 4NCAA 4FJMA 5J2QA 3SPYA 4KREA 4KFBA 3V1OA 3P1GA 5HRNA 4B8CA 3KLHA 2XO7A 4HCBA 4K8ZA 1IKWA 3DYAA 3AVNA 3VQ9A 2DTUA 3DI6A 3AVMA 2EHGA 5JS2A 4CHQA 2B6AA 1VSMA 1VSDA 1NK8A 3AVGA 4IBNA 4Z0UA 4CEFA 2DFHA 4FK2A 4BE1A 4BWJA 1REVA 2IOCA 4CJKA 4ELTA 1TVRA 1RT6A 1WLJA 2QK9A 3HSTB 3ULDA 1C1BA 1Z25A 4AHCA 2DY4A 2FBYA 4WE1A 2XRIA 3L8BA 4DS4A 1RDAA 4PA1A 3U6FA 3SQ4A 2P5OA 4PY5A 4W5NA 4OLBA 2B4JA 3MEGA 3C94A 4CJ5A 4E7KA 1WAJA 3ZT3A 1TKTA 1J5OA 1HNVA 2HW3A 4KRFA 3V9SA 3KLEA 3L3VA 4B9LA 2G8WA 3HJFA 2FBXA 2HNZA 1QTMA 3PX6A 1L3UA 4EZ9A 3DM2A 1S9GA 2Y1JA 3AO4A 2HHVA 4FJNA 4DTNA 1S6PA 2I5JA 2YNFA 4AILC 3K5MA 1IH7A 3MEDA 1ZBUA 4Z4HA 4DTUA 4FJXA 4E1MA 5CZ2A 4I9LA 3SUOA 3DLBA 1VK0A 3VQ8A 4JLHA 2YKMA 4ELUA 3DLGA 1X9SA 3SUQA 3IS9A 3DLHA 4CEQA 3QERA 4DU4A 4M3WA 3OYAA 1A5XA 3L2VA 3ISNC 2KFNA 3JSMA 4C8OA 1JL2A 3OYDA 4DQSA 2QKBA 1S1TA 3P83D 2KW4A 4E19A 4CF0A 1IG9A 4FLVA 3ALYA 4O0JA 1S1UA 3OYLA 1WSIA 3PV8A 4DFJA 3MXJA 3L2WA 3QESA 4N76A 1EXQA 4CEBA 1DTTA 3KK2A 4NCBA 3VQBA 2XY8A 3K2PA 5CYQA 4EZ6A 1N5YA 4PUOA 4CFBA 1BIUA 3M8QA 4KPYA 1TK5A 5C24A 3TANA 4QAGA 4W5TA 4HHTA 1WAFA 4FK4A 1XI1A 1WN7A 2KQ2A 4DQQA 2XY7A 4CJVA 2F8TA 1UA0A 1KFSA 4W5OA 4Z4CA 4LD0A 3ZSOA 1NK6A 1HYSA 1T03A 1ZYQA 3VQQA 3K5OA 3NF9A 2KTQA 1RTHA 4M3RA 3ZT4A 4BACA 2HVHA 1SV5A 5I42A 1HJRA 2YNGA 4CJRA 1ZBLA 3LAMA 1NK4A 2PZSA 1JL1A 5FDLA 3ZSRA 1QE1A 4KKOA 1RT3A 4ICLA 1RTJA 4C8MA 1RDCA 4H4OA 1NOZA 1ITGA 4NYFA 4MQ3A 3TAGA 1BCMA 4G1QA 4KAZA 3SV4A 2D5RA 1LWEA 2IDOA 2RN2A 4F4KA 4ELVA 4HVJA 4R5PA 4N41A 2Y1IA 3S3OA 2JGUA 4DTOA 1U48A 2O4GA 1S1VA 1VSJA 3SUNA 2WOMA 5KRTA 1JLAA 3OYBA 3SUPA 4O5BA 2YNHA 3TARA 1I3AA 4KTWA 4MFBA 1GOAA 4B9UA 3OVNA 3ZT0A 2HHUA 1NK9A 5C25A 4RW9A 4CHYA 4M42A 1U4BA 3LP2A 2Z1JA 2XY6A 1FKPA 3NFAA 4M3XA 4FM0A 1VRTA 4RW8A 5HLFA 4I7FA 4KHUA 3QO9A 3WNEA 3DRSA 3LP3A 4OVLA 2PY5A 1WSGA 4M3ZA 4CF8A 3OYEA 2FBVA 4ZTFA 1KVCA 3V6DA 1RT7A 1VSHA 4LSNA 2D0CA 4FJKA 3AVJA 3V9ZA 3DMJA 1S6QA 2VG7A 1B9DA 3I0RA 3AVAA 1NJWA 4CJEA 3VA3A 1HMVA 3SQ1A 2YHBA 1RDDA 1VSFA 1QHTA 5CYMA 4ID1A 3VQAA 3SYZA 2X6NA 4CJ4A 4FW1A 3VQ5A 1GOCA 4GW6A 2IAJA 4FLUA 4FCYA 4IG3A 3BDPA 5J1EA 2BANA 3AO1A 4KHYA 3OYIA 4QOZB 3QIOA 2KZMA 4M3UA 4HUFA 1RILA 2Q3SA 1ASVA 3E01A 3JYTA 4HCCA 3F9KA 1IKVA 1KLMA 1J9AA 3TR8A 3VQEA 4CJPA 1SKSA 3AVLA 3NF6A 4DSJA 1RT1A 1RBRA 3AO5A 4GVMA 3RTVA 1TL1A 5CZ1A 1RT2A 4IDKA 4XIUA 2KZZA 1Q8IA 1RTDA 1RBVA 3OJUA 3LDSA 3RWUA 3QEPA 1J54A 4IG0A 4FM2A 4O0IA 3LANA 4OGCA 3VQDA 3NH2A 5HP1A 1YT3A 1SL2A 1GOBA 3HL8A 5JS1A 4CHOA 1QQCA 3QEIA 1KRPA 4CEEA 3OY9A 2P5GA 4DF4A 2X78A 1Z26A 2PYJA 2WONA 1RTIA 1K6YA 3O3HA 4J2BA 1NJYA 3QIPA 3DOKA 1IKYA 4CF2A 3T3FA 3OS0A 3I8DA 1KFDA 3H08A 1CXQA 1ASWA 1S5JA 2Z1HA 4NYNA 1TV6A 2QXFA 4E7IA 1YTAA 4O44A 3DOLA 3SQ2A 2FC0A 3QEXA 3PUFA 2G8IA 4H8KA 3WNGA 2HB5A 3OS1A 3OYMA 4DFMA 1Q9XA 1O1WA 4KV8A 2OPPA 4C8NA 3PX0A 1I39A 5D3GA 2D0AA 3NF7A 4CHNA 3SQ0A 3HP6A 1KLNA 4TSXA 3AA4A 5FRNA 5T7BA 4DFPA 1C1CA 1RNHA 4BE0A 4CEAA 3OYGA 1NJZA 1D8YA 3RMAA 4M41A 4FZZA 4N56A 4DF8A 3RRHA 2G8HA 3RR8A 1CLQA 1IO2A 2RKIA 1VSKA 4DTPA 4KB1A 1RT4A 3KTQA 5SZTA 3NF8A 4DWIA 3HYFA 3KIOA 3LZJA 2DFEA 2YHAA 3QINA 1HYVA 3TAQA 3QEVA 1JLCA 4J2DA 1JXBA 1JLBA 1WSHA 2G8VA 2B5JA 4RW6A 1EP4A 1LW0A 1N6QA 4F2RA 5SWMA 2XY5A 5J2PA 4M45A 3V1QA 2G8FA 3K5LA 2ETJA 3KD1E 3CFPA 3D45A 1BI4A 3S3MA 1X1PA 2BDPA 1NK0A 3KK1A 4L8RB 5J2MA 4CGFA 3NAEA 4CIEA 1J53A 1C0TA 4FJHA 4CFDA 1XC9A 3AVKA 4PQUA 4LH4A 4LSLA 1ZBFA 3C6UA 4ZTJA 2X6SA 3K57A 1U45A 3LP0A 3OYNA 3L2RA 1KTQA 4F8RA 1KCFA 4B08A 4Q0BA 4DFKA 4QCLA 3M8SA 3WNFA 3AA5X 2ZD1A 4UQGA 4FLYA 1WSJA 3AVBA 4HUGA 1LV5A 4C8LA 2HHQA 3MAQA 3LPTA 1JLFA 3OS2A 1NJXA 4FLWA 1UWBA 4CGGA 4B8AB 4FXDA 3V9WA 4CJSA 1TK0A 4C8KA 2O4IA 3DRPA 2XHBA 3TAEA 4FJ5A 3EZ5A 2PYLA 4RG8A 3T19A 1RDBA 4GMJB 4W5QA 4DLGA 4E89A 3O4QA 3G10A 4DSFA 1T7PA 1IKXA 4J2AA 3HPHA 1RBUA 4KI4A 2E6LA 3SNNA 3NH0A 2E6MA 4EP5A 2VWJA 1S1WA 4KHQA 4F3TA 3ZSYA 1S9EA 3TWHA 4DQPA 4KHWA 2GBZA 2OA8A 2HNYA 4O55A 3SJJA 1EX4A 3ZSXA 3HPOA 3K59A 1UA1A 2HNDA 4I2PA 3ZSQA 4HUEA 4KHNA 1SUQA 3ITHA 3M8PA 4BDYA 5HRSA 5KRSA 1FK9A 4RW4A 3LWLA 3F73A 4LY7A 5CY4A 4M3TA 4CFCA 2D0BA 3L2UA 5KGXA 5KTQA 5C42A 3NE6A 3QETA 3HK2A 1LAWA 1QS4A 4CEOA 1D9DA 1U49A 4OPJA 1L3VA 4CJUA 4DTRA 2JLEA 1L3TA 4AHTA 4DS5A 4E7HA 4OKEA 3LAKA 1G15A 5KGWA 3LP1A 2DFFA 2VG5A 1WNSA 4CEZA 1TGOA 4B9NA 2OYQA 3NDKA 4E3SA 2EX3A 1A5WA 2YKNA 4DSKA 4DSLA 1JKHA 4M3YA 4CJQA 4AH9A 3KKSA 4NCGA 1QSSA 2AJQA 5KI6A 3V9UA 1NK5A 3C6TA 3PO5A 1BHLA 3ZSZA 3RMCA 1BL3A 2G8UA 1XHXA 1UOCA 4CEDA 4JRPA 4OJRA 2ZE2A 2F8SA 3VN5A 1CXUA 1HNIA 5J2NA 1ZBHA 2A1SA 2QKKA 3PX4A 1CZ9A 1WSFA 3S9HA 1MU2A 4CGJA 3SI6A 1TAUA 1A5VA 1D5AA 3RMBA 3KJVA 4AHUA 4W5RA 1X9MA 5FROA 1TK8A 5DMRA 1KSPA 3THVA 4DQIA 1VSLA 2ZQBA 4DU3A 1B9FA 4E7JA 4N47A 4IKFA 2HHSA 1C0UA 2BE2A 3T1AA 2OZMA 1Y97A 2LSNA 4CIFA 3NHGA 5HBMA 3IG1A 3HT3A 4F2SA 1VSEA 2FBTA 4B9VA 3HVRA 2P51A 5HRPA 1ZBIA 3MECA 1BI4B 4B3OA 3SZ2A 1U47A 1L3SA 1TKXA 3B6OA 4OKJA 1C1AA 1YTUA 1LWCA 3ZT1A 3KLGA 1LWFA 4JRQA 1TKZA 3FFIA 3HM9A 4E0DA 3AVFA 3HP9A 5K14A 4AHVA 3NGIA 4FLTA 3V4IA 1BISA 3AV9A 3BGRA 4ID5A 4CERA 4PWDA 5DK5A 3HVTA 2F96A 4YFUA 2RF2A 1JLQA 3U3YA 4Z4GA 4E1NA 3NBPA 3OYHA 3TI0A 3IAYA 1T8EA 4DLEA 4OPKA 3CFOA 2OPSA 1DTQA 2Z1IA 4FJJA 4CECA 4EP4A 2G8KA 1RCHA 4CHZA 3QNOA 3WNHA 4CHPA 4CGIA 5EU7A 3M8RA 4I9QA 3LALA 3CM6A 3DLEA 4N5SA 4CGHA 4CJWA 3DLRA 2NUBA 3EY1A 4CF9A 1BGXT 1T05A 1SL0A 3PY8A 2HVIA 3A2FA 4DSIA 1UAXA 3LWMA 3AVCA 4DU1A 4HTUA 4FJ8A 4Z4IA 3RMDA 1KVAA 4ZHRA 2IS3A 3U3GA 3ZSWA 3S3NA 1BQNA 2W42A 2ITGA 3CQ8A 4BDPA 4CJ3A 3VA0A 3MEEA 1JLEA 1L5UA 1D9FA 4KHSA 1RBSA 1LW2A 2GV9A 1HPZA 5I3UA 3D0PA 1NK7A 3P5JA 1HQEA 2OPRA 3I0SA 5HROA 1XHZA 3VQ7A 1SKWA 4CK3A 1R0AA 4CJTA 3ZSVA 3L2QA 2HHXA 3TAMA 4OGEA 4FLZA 4FM1A 4DSEA 4E7LA 4B9MA 3AA2A 3NH1A 3QNNA 4CCHA 4OKKA 1NKBA 4BE2A 5E41A 4FJLA 3VQ6A 4I2QA 3TABA 4BWMA 1SKRA 3KK3A 2OPQA 3KKRA 4CF1A 3LPUA 1B92A 3B6PA 4Z4EA 1TL3A 1FKOA 4JS4A 3TAFA 3HXMA 3C95A 2IC3A 4CFAA 1JLGA 1S1XA 4RW7A 2IGIA 4FYDA 1FXXA 4AHSA 1NKEA 4YNQA 3NGYA 2A1RA 1CZBA 1VSIA 4FW2A 2R7YA 1SL1A 1HQUA 3NGZA 3OYFA 3O3FA 2BGGA 2VG6A 4B9TA 1JXEA 3CYMA 1F21A 3K58A 3HPGA 4CESA 1EKEA 3OJSA 1NKCA 1RT5A 1RBTA 3SPZA 1KVBA 3ZT2A 1YVUA 4LH5A 4O4GA 4DMNA 4KTZA 3CFRA 4OLAA 3AVHA 4IFYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MMVA 2VWKA 3DLKA 3O3GA 2D0OA 3VF4A 1BIZA 5B8HA 3ZCMA 3CQYA 4FJ7A 1X3MA 4CGDA 1DLOA 5FRMA 4XH4A 4DQRA 4DTJA 3DXKA 4CJLA 4H4MA 4JK8A 4BR7A 5C12A 2RPIA 4C1NI 1U04A 3TAPA 3C7NB 4CZMA 4F3OA 3FFKB 3V81A 4FK0A 2QWNA 5BPMA 3OYKA 4DG1A 3IRXA 3A5MC 4IZ9A 3PSFA 1X9WA 2HMIA 3SV3A 4BDZA 4CK2A 4FVMA 4IFVA 5F2RA 3CM5A 3ATUA 3QLHA 4MDBA 3OYJA 3F9MA 3KLIA 2E4LA 1XMOK 1YHQN 1NMNA 3PO4A 1N32K 2P9IA 4J2EA 3AY9A 3OYCA 2GUIA 3DRRA 1EETA 4BGBA 4Y1DA 4NCAA 1KD1O 5EVZA 4KREA 3P1GA 1ZXOA 4HCBA 4WFNL 3AVNA 2UUCK 2F4VK 4OPAA 2EHGA 2GEMA 3AVGA 4IBNA 4M7XA 4FWSA 3GOIA 3LDLA 1LOTB 4BE1A 2OTJN 4CJKA 2QK9A 3ULDA 1DKGD 3VEYA 1BA0A 4WE1A 4XEIA 3THYB 4DS4A 1RDAA 4PA1A 3U6FA 3CCRN 3JXUA 2P5OA 4W5NA 3CC2N 4CJ5A 4BR2A 5FPNA 3ZT3A 3MK6A 1J5OA 5BRHA 2E2QA 1OH7A 3CJBA 4B9LA 3HJFA 3DM2A 3VPZA 3RSEA 4AILC 5JVHL 1IH7A 3MEDA 1ZBUA 4Z4HA 1O13A 3CJCA 3VQ8A 4IOCL 2FF3B 3DLGA 1SQKA 1X9SA 3DLHA 1E3MA 3WXMB 4M3WA 3L2VA 3O6WA 3VTIA 4C8OA 5FPDA 4FSVA 1S1TA 1VQLN 3KHYA 2KW4A 4CF0A 1IG9A 2ASPA 4O0JA 1S1UA 3VESA 3D2FA 5AQXA 3PV8A 3QESA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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