3M1FA

Crosslinked complex of actin with first w domain of vibrio parahaemolyticus vopl
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
372
structure length
363
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structure of a longitudinal actin dimer assembled by tandem w domains: implications for actin filament nucleation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
total genus 113
structure length 363
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3m1fA03
4PKGA 2QWNA 3W3DA 1NMDA 3EL2A 3CJAA 2I7NA 1NGJA 4FWRA 2CH5A 4WYBA 3D2EA 3S41A 2P9SA 4BRCA 3VOVA 2QWQA 2IVNA 3IDHA 3H45C 4I6MB 1ESVA 4HWIA 4CD3A 4CZJA 4H03B 2D4WA 4XH1A 4BQLA 4M63C 2PBDA 3M3ZA 3UB5A 2YI1A 3B8AX 5E84A 1HUXA 1BU6O 5AZJB 3L0QA 2J4RA 4PL8A 5LJWA 3LM9A 1Y64A 1GLDG 3HBTA 4O5FA 4CZGA 5BN8A 3O1BA 4DCHA 4H5TA 3FZMA 4XEIA 3D2EB 2P9SB 3D2FA 4B1XB 1BDGA 3SMSA 4WQ4A 5FPEA 4J8FA 5JICA 3G25A 3ULEA 2P9LB 1KAZA 3AARA 2P9NA 3CJBA 4AM7A 5KPZA 3DXKA 4IXCA 3LDPA 2GEMA 2CGLA 2OANA 3VF4A 5E26A 4H0XB 1WOQA 4PL7A 4BGBA 5AFUH 2E2PA 1X9JA 4RCHA 4IJAA 3IFRA 2AA4A 4QS9A 1C0GA 1GLJO 3QBWA 5AQJA 5AFUA 1H1VA 3QFUA 1ATNA 3SK3A 2YJFA 4JN4A 1SAZA 3O1WA 5F0XA 1NGEA 1GLAG 2BUPA 1QQOA 1TYQA 3A8YA 5LJVA 4B1ZA 3VGLA 4CI6A 3CI5A 4FPBA 2E20A 3FZHA 1RDWX 3FLCO 2GUPA 4B1UB 2V7YA 2VYPA 1E4GT 2YHXA 2A40A 3R6MA 4XH4A 3VGMA 4B1VA 3M6GA 1X3MA 2F9TA 3FR0A 3HTVA 1NBWA 4HTLA 4A62A 1XQSC 4Y0WA 2QWRA 1OKJA 2Q31A 5FPNA 1LCUA 2W41A 1BA0A 1TYQB 3GL1A 3HM8A 1HKCA 2CGKA 3MN5A 4QS7A 3LDQA 1JCGA 4L3QA 4CBUA 1ATRA 1ZXOA 4QS8A 5KPRA 2E1ZA 4BRDA 2PAVA 2Q0UA 3UKUA 5BPLA 2ASOA 3CHWA 3AY9A 4BRNA 1HJOA 2V52B 5AQZA 3A5OC 3VEZA 4BRPA 3SLCA 4BG9A 4EIAA 2NRHA 4GNIA 2ASPA 2WUSA 2P9IB 2VWBA 3UKRA 1IG8A 1NGFA 1KAXA 1V4TA 4K25A 4I6MA 1JCFA 5AQWA 1YVNA 2QXLA 2CH6A 3CQXA 2QWLA 4MO4A 2UYTA 5AQGA 3VF2A 1XC3A 2KHOA 1GLFO 3KZBA 3LDOA 4FSVA 3UKUB 4C23A 5AQLA 1P8ZA 4BQZA 3CERA 4NO7A 3AAQA 3R9PA 4BR7A 3HSCA 3UKRB 1WUAA 5AQPA 4BRGA 2FSJA 3KHYA 2F9WA 3MMVA 3SMPA 1GLEG 1NGBA 3MK6A 3A5NC 5AQNA 2E8AA 3QBXA 2P9LA 2ASMA 4B1WB 2QWOA 3U4LA 4WQ5A 2H3GX 1V4SA 3L6QA 1MWMA 3JXUA 4H5VA 3HI0A 3EO3A 5BRDA 4BRQA 1RFQA 3WT0A 3WXLA 1QZ5A 2Q0RA 4M7XA 5BN9A 2ZGYA 1BWFO 4YDUC 1NWKA 4BC3A 1BO5O 1HPMA 4FOIA 5JMVA 2W40A 1S22A 5BPNA 4RTFD 5EVZA 4FWPA 3RSEB 1RGIA 4BRHA 1BA1A 3BP8A 3ATVA 2AP1A 1QQNA 4BRMA 3M1FA 2EWSA 2A5XA 2BTFA 5AQXA 1EQYA 2DPNA 4BC5A 5AQUA 4E1JA 1NGHA 2IVOA 3GOIA 2V7ZA 4LC9B 4IO8A 3VEWA 1ZC6A 4CZIA 4BGAA 4BVOA 3CETA 5AQOA 1HKBA 2FF3B 2NZTA 5CE3A 1HX1A 2IVPA 2E2NA 4BREA 1D4XA 4H0PA 5EOYA 5AQHA 3DAWA 2D0OA 3H3NO 4K41A 2Q97A 5AQSA 3R8EA 1U6ZA 2CGJA 2P9UA 5LY3A 4JNEA 3A5MC 1YAGA 4FL9A 1E4FT 3H3OB 3MN6A 4H5NA 5TKYA 3WXKA 2HOEA 4H0VB 4IJNA 5AQKA 1T6DA 3A5LC 4DB3A 3IMXA 3KVGA 5I9EB 3GG4A 3LL3A 4H0TB 1DKGD 2I7PA 2P9IA 4EAHD 4A2AA 1U2VB 3VGKA 4BRAA 1G99A 3SJHA 3BF3A 3WEEB 3ZX2A 5AZIB 5AQMA 4MLHA 3VESA 3DXMB 2D0PA 2YCHA 1MA9B 3C0BA 3TU5A 3VENA 4CZFA 3EZWA 2E2QA 4CBXA 4FO0A 4WQ4C 4O8KA 2P9UB 3C7NB 4IZ9A 5B8HA 3O08A 1BUPA 3QDKA 3HZ6A 3ENOA 2GWJA 3AAPA 1BG3A 2E88A 3ID8A 4ISGA 5BPMA 4FWOA 3CJ7A 3CQYA 3GDQA 5KQDA 5KQ8A 2A3ZA 4CZMA 3O8MA 5AQQA 2ZF5O 3WQUA 2P9PB 3VETA 5BRFA 4FOEA 2QM1A 5FPMA 3W0LA 4IWVA 3OHRA 3QMLA 3FFKB 1XUPO 5AQYA 1K8KB 3ZETB 3H6EA 1SZ2A 3CJCA 4CZEA 1C0FA 1GLCG 2A41A 2HMPA 1LOTB 2ZGZA 3A0IX 5KPTA 3VEVA 3WXIA 3H1VX 3RSEA 2VCPA 2Q36A 2A42A 1BOTO 3VEXA 3BF1A 5FPDA 3VERA 4JHDB 4CZLA 5AQTA 3L4IA 4FPAA 4B9QA 4PKIA 5AQFA 4FWMA 5AQIA 4JD2B 4DQ8A 1Z05A 1NM1A 2FSKA 1S3XA 5F1XA 3GE1A 3WQTA 3FGUA 3H1QA 4CZHA 1JCEA 3FZKA 2FF6A 1MDUB 4MLEA 3O5BA 2P9KB 1TUYA 2Q2RA 1ATSA 1T44A 3O4WA 2E2OA 2FSNA 5EX5A 3IUCA 5JLFA 3U9ZA 3VPZA 4CD1A 2GELA 1T6CA 3CIPA 3MN9A 4B1YB 3EKSA 3ATUA 3ZX0A 4M7YA 1DEJA 3CJ9A 2A6AA 5ADXH 1YXQA 1YUWA 1HLUA 1U2VA 2FXUA 4A2BA 1NGDA 3WEEA 4H0YB 4PKHA 2ZWHA 4BC4A 3ZEUA 5AZIA 4BRKA 5EXWA 4DHYA 5ADXA 1NLVA 3DXMA 2YHYA 5ELZA 4K43A 4XH5A 1QQMA 3LDLA 3QFPA 1NGIA 3C7NA 3LM2A 4NB4A 1TUUA 4FWKA 4BR9A 4WQ5C 4BRIA 1HKGA 3EN9A 4RWTA 1SQKA 3D2FB 3VEOA 4BRLA 3GBTA 3ENHA 4H0OA 3QICA 3MCPA 4K42A 4A61A 4BC2A 2HF4A 3ULEB 5BR9A 3BUZB 1ZBSA 5BRHA 4ISEA 2P9NB 3U9DA 3ZEUB 3DXKB 2P9PA 4FWQA 2ITMA 5EY4A 4FWLA 4AM6A 5JLHA 1IJJA 1R59O 4EHUA 1QHAA 2QW9A 1Z6RA 3WUHA 3J8AA 3LDNA 2E1YA 4H5RA 4BVPA 1QZ6A 5F2RA 2YHWA 3I33A 1K8KA 5BREA 4FWSA 3ZETA 4KBOA 4EHTA 4BR0A 2YJEA 1J6ZA 4JAXA 2Q1NA 2IIRA 4CBWA 3U8XA 5AR0A 4BR4A 3DWLA 1DGKN 2GTDA 3TPQA 3O6WA 4FWNA 1NGGA 1GLBG 3BEXA 2FLOA 4GY2B 4YDUA 3ZX3A 4EFHA 3VF6A 3P4IA 3MN7A 4BG8A 3F9MA 4JHDA 4BRFA 4BROA 4CZKA 3I8BA 3QB0A 1Q18A 3EKUA 4MO5A 3JS6A 5AQRA 4CJ7A 1KAYA 1NGCA 2GWKA 4Z94A 2D1KA 1X3NA 4JD2A 4BR2A 1GLLO 1MWKA 2NLXA 3FE1A 3O80A 3FZFA 2QWMA 1NGAA 3FZLA 3VEYA 3UE5A 2V51B 3CJ1A 3D7EO 3H46O 4F9OA 4ISFA 5AQVA 3WXJA 3DJCA 2HF3A 4BR5A 1KXPA 2P9KA 1CZAN 4H5WA 3MDQA 5AZJA 2QWPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJTA 4LH5A 5KGXA 1VSMA 3W3DA 1NMDA 3CJAA 1NGJA 4WYBA 3VOVA 4KB1A 4R5PA 3B6OA 3H45C 4I6MB 4KI4A 5JS2A 4HWIA 4CZJA 4CFAA 4NCBA 4ELTA 3M3ZA 2OPRA 2GUIA 3DLKA 3KIOA 3L0QA 2J4RA 3CCUN 3TAQA 3HVRA 3HBTA 3E9OA 4FLVA 4CZGA 5BN8A 3WNFA 3O1BA 4AHVA 4CERA 3QESA 2RN2A 4WQ4A 1T8EA 4OJRA 3ULEA 1B9DA 3CPWM 4Z4FA 3P31A 4CEFA 3DXKA 1VQ6N 1N5YA 4FJ5A 1SKWA 2HMIA 3OVNA 3VF4A 4DS5A 2R7YA 1IBLK 5AFUH 1JLCA 2E2PA 1X9JA 3MX2A 4KRFA 3CFOA 5AQJA 4QAGA 1VRUA 4TSXA 4CFBA 3AA3A 1VQMN 4AHCA 1ATNA 1BQNA 1SAZA 1C0MA 4OLBA 4KH5A 1NGEA 1GLAG 3AVCA 5LJVA 2HBMA 4N41A 3B6PA 3FLCO 5GAGP 1TK8A 4B1UB 3AA4A 4FXDA 3E01A 3RRGA 4IOAL 2IOCA 3VGMA 3K5LA 3RMDA 3M6GA 1X3MA 4DUZK 4CIGA 3VQPA 5GAHP 1NBWA 1XQSC 2D0AA 2QWRA 2Q31A 5FPNA 4KAZA 3O4NA 3QETA 1HKCA 4W5NA 4CBUA 4DQSA 3TSUA 3D45A 4FJMA 4DR1K 2PAVA 2OZMA 4FK4A 2HVIA 1HJOA 3K0SA 4FLXA 2ASPA 3RRHA 2QEXN 3SUQA 4M41A 3K59A 1S1TA 4CHZA 4ILGB 1NKCA 1JCFA 3VQAA 5AQWA 3J7AP 3NDKA 4PY5A 2CH6A 1JXEA 4Z4IA 3ZSZA 4BDZA 2KHOA 3HOSA 3KZBA 4YOTA 4C23A 4FZZA 2NUBA 3CERA 2VQFK 2OZSA 2X6NA 4O55A 2OTLN 4BR7A 3CCLN 3HSCA 4X62K 5HRPA 3MMVA 3M8PA 3C6AA 3EY1A 3HOTA 4DTMA 1ZYQA 2D0BA 3HM9A 4BY9C 1WN7A 1CXQA 3ENBA 4WQ5A 3CQ8A 3JXUA 4E7IA 4Q5VA 1KLMA 2BE2A 4WE1A 3VQCA 3CG7A 3CCQN 2JLEA 1T03A 1RFQA 1QZ5A 3DRSA 1BWFO 3RR8A 4YOVA 1HPMA 2B5JA 5BPNA 1ILYA 1JLAA 2Z1IA 1BA1A 2WONA 4DSLA 2AP1A 3PLAA 3M1FA 3EYZA 3VQ4A 3NE6A 5AQUA 3PX0A 2XO7A 2D0CA 1X9MA 4KHNA 1HMVA 1RDCA 4JKFA 3VEWA 3CETA 4RW4A 1BQMA 5AQOA 3VQDA 5CE3A 4Z4HA 2QTDA 1RT3A 3AVIA 4UQGA 2HHHK 3CMEN 1BIUA 4H0PA 5HL7L 4DR6K 5EOYA 1ZBFA 3DAWA 4OKEA 1KVCA 3NGZA 2KFNA 5CR4A 4QCLA 1KSPA 4JNEA 3A5MC 1DTQA 1E4FT 4DSIA 2DFFA 2KQ2A 1ZBIA 3ZCMA 5AQKA 1VQ9N 1T6DA 3QINA 1T05A 1JJ2M 1S6QA 3GG4A 4BRAA 4A5AA 3BF3A 3T3FA 3BZKA 3LP0A 3ZX2A 3VESA 3DXMB 2YCHA 1SL0A 3TU5A 4CZFA 3EZ5A 3EZWA 3A2FA 4CBXA 5C25A 3L2WA 4IZ9A 3KLEA 3RMBA 4FLZA 1BUPA 3QDKA 3HZ6A 3CC2N 4CK2A 4FZXC 1BG3A 1HNZK 1C1BA 4FM0A 2UUAK 2YX6A 4IEEA 4B9UA 4E7LA 4DG1A 3O8MA 3O9QA 4NCAA 1CXUA 3PX4A 4FOEA 3RTVA 2QM1A 4ICLA 1L3VA 3W0LA 4DV2K 1XMQK 1QS4A 1XUPO 4JI1K 2XY7A 4CHYA 4FJKA 4M3ZA 3ZETB 2X74A 4CZEA 3NHGA 4W5QA 2HMPA 4BEBA 2ZGZA 4C8KA 3VTIA 3NMUA 3WXIA 4KTZA 2VCPA 2Q36A 3EEQA 3T69A 1L3UA 4FLWA 4FPAA 2HBLA 4B9QA 4DQRA 3KK1A 4FVMA 1UOCA 3K5MA 3OYIA 3OYGA 2GX9A 3SBTA 3WQTA 1XHXA 2ZQBA 2Q3SA 4C1NI 2FF6A 5JVGL 1QVFM 3O5BA 2P9KB 1L3TA 2W00A 1ATSA 3O4WA 2FSNA 4JRPA 3M8RA 5JLFA 1HNVA 3U9ZA 4DKWA 4CD1A 2GELA 3CIPA 3MXMA 2OPQA 3KLHA 1RBSA 4BWMA 3ATUA 5EU7A 4YOXA 3LZIA 3ZX0A 3I55N 1S9EA 1LAVA 3L2VA 1HR0K 1HQUA 4A2BA 3SQ2A 3WEEA 4H0YB 2FBYA 5AZIA 4DMNA 5DM7L 4GKJK 4BRKA 4DHYA 4OVLA 2YNHA 2YHYA 4JEPA 4JI8K 4NLBA 2EHGA 3QFPA 5C10A 4NB4A 4FJNA 3HSTB 4BRIA 4GVMA 4O5BA 4IFVA 4RWTA 1HNIA 3OYEA 3OW2M 4BRLA 4CFCA 3QICA 3MCPA 3IAYA 2HF4A 3SNNA 5BR9A 1S5JA 5M1OA 5BRHA 2ZM6K 3L8BA 3I0SA 2OPPA 1WB9A 2YV0X 1W0HA 4FWQA 1F21A 4CEBA 2G8IA 1QHAA 1Z6RA 3C6UA 4CCHA 1J54A 4CF9A 5KTQA 1S72N 5CYMA 3HK2A 4E19A 4FWSA 4KFBA 4EHTA 2HHIA 2YJEA 3NH0A 2X78A 3O3FA 1IBMK 5LMNK 4LF6K 2IIRA 4BR4A 3THWA 1VRTA 2BH1A 1NGGA 4OPAA 2FLOA 3PV8A 1WSHA 4DUYK 1D9FA 1GOCA 1JLQA 2IAJA 4O8UA 3LANA 2A1RA 3I8BA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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