3M1FA

Crosslinked complex of actin with first w domain of vibrio parahaemolyticus vopl
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
372
structure length
363
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
publication title Structure of a longitudinal actin dimer assembled by tandem w domains: implications for actin filament nucleation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 113
structure length 363
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3m1fA03
4H5RA 2ASOA 1HJOA 3HZ6A 1BA1A 3O5BA 3VGMA 2E88A 3D2EB 3LDQA 4A2AA 4FSVA 4H5NA 4JHDB 3SJHA 3UKUB 3QBWA 2F9TA 2FLOA 4ISEA 2QWRA 2E2OA 1QQNA 4ISFA 4GY2B 1TYQA 3WXKA 3D2FB 3LL3A 3O8MA 5F0XA 3SMPA 2P9NA 5AZJB 3MN6A 4B1ZA 4BVPA 4B1YB 2PBDA 4FPAA 2EWSA 1K8KA 3I33A 3M6GA 3GE1A 2GTDA 3MMVA 1WOQA 4BRGA 3QBXA 3IFRA 1GLAG 3R9PA 3WUHA 4XH4A 2VWBA 3VENA 4CZGA 1CZAN 2P9KA 2YHXA 3BEXA 1C0GA 1YXQA 2GWJA 3FZLA 3H1QA 3UKRB 4WQ5A 2Q97A 1DEJA 3P4IA 4K25A 2FF6A 5LJVA 5AZIA 3CJ9A 4BROA 4FWNA 3QMLA 5E84A 1BG3A 3VEWA 4HWIA 3ENOA 2PAVA 3WXLA 4AM7A 4JD2B 3MCPA 5FPDA 5KQ8A 3GBTA 2QWPA 3FZMA 1TUUA 3DXKB 3O4WA 3ZX3A 1V4SA 1Y64A 2KHOA 3D2EA 3CHWA 4A2BA 5ADXA 2Q31A 2CH5A 4JHDA 4RCHA 3QDKA 4CZEA 4MLEA 1U2VB 4BC5A 1NWKA 1ZXOA 2IVNA 1KAZA 3SMSA 4IO8A 4O8KA 1ATRA 1T44A 3D2FA 3CQXA 2QWQA 4I6MB 5KQDA 2CGLA 4BREA 4PKHA 3SK3A 1QQMA 3EZWA 5AZJA 3HI0A 1NGBA 2A42A 3IDHA 4MLHA 1HX1A 3I8BA 5AQVA 4FWRA 2QWMA 4WYBA 3CJCA 3A0IX 4BC2A 2E2PA 2A5XA 3HBTA 3WXIA 3VESA 4BR0A 3VGKA 4H0OA 1GLCG 4CZJA 1X3MA 2FF3B 2V51B 2H3GX 3HSCA 4BRAA 3FFKB 3HM8A 3O6WA 3UKRA 2W40A 4F9OA 3FLCO 1QZ5A 1BOTO 1HKBA 4RTFD 4HTLA 1NGFA 3KVGA 1X3NA 4JD2A 2A41A 1HKGA 3DXKA 5LJWA 2P9LB 3VGLA 4BR9A 1YUWA 5EOYA 4CI6A 1X9JA 4BR4A 2ZGYA 5JLFA 4NO7A 5EX5A 1U2VA 2J4RA 3CIPA 3VF2A 1E4FT 3TU5A 4B9QA 4MO5A 4FWOA 1S22A 2D4WA 2GWKA 2NLXA 4CZHA 4I6MA 3IMXA 5AQHA 5BN8A 3JS6A 3MDQA 1NLVA 3MN9A 3BUZB 4K42A 5JLHA 3J8AA 4FOEA 4YDUA 3AARA 1KAXA 5KPRA 3ZETB 3FR0A 3B8AX 3GL1A 4BGAA 2HMPA 5AQMA 4BRCA 5EVZA 3CETA 4BRNA 1D4XA 3WT0A 1T6DA 4JNEA 5TKYA 2HF4A 3U4LA 3FZFA 1JCFA 1HKCA 4XH5A 2HOEA 1QZ6A 4L3QA 4LC9B 5ELZA 4XEIA 1XQSC 3FGUA 4BRIA 3VEYA 3LDPA 5AQRA 5ADXH 3HTVA 4CD1A 1G99A 2ITMA 4EFHA 2GUPA 3VEVA 4BG8A 2FSJA 1H1VA 2I7NA 2P9LA 5JICA 3QFPA 5CE3A 3H6EA 4FWMA 4FWKA 5AQZA 4PKIA 3A5OC 3A5LC 4M7XA 3WQTA 3C7NB 2Q2RA 2QWOA 3ID8A 4RWTA 2P9UB 1RFQA 1BA0A 2OANA 4BRMA 4ISGA 1C0FA 4CJ7A 1EQYA 1E4GT 4EIAA 1GLEG 3VOVA 3AAQA 3O1BA 3VEOA 2IIRA 1RGIA 4BRDA 5BPNA 3ZETA 3ATUA 4M63C 2YJFA 4FL9A 2GELA 4IXCA 3EKUA 3WQUA 2QW9A 3UKUA 3FE1A 2FXUA 4WQ5C 3VPZA 4B1WB 4BR7A 1GLLO 4FO0A 4DB3A 4C23A 4BRKA 3C0BA 3ULEB 1XUPO 2WUSA 3CJAA 2I7PA 3KZBA 3O80A 4FWPA 1GLBG 5BRDA 5AFUH 2P9SB 3QB0A 2CGJA 1S3XA 3CJ1A 5KPZA 5I9EB 3H46O 5FPMA 3H1VX 5B8HA 3EO3A 2YCHA 1RDWX 4EAHD 3A5NC 1JCEA 1NGAA 4H0YB 4H5VA 3DXMB 3M1FA 3WXJA 3QFUA 5BR9A 4CBXA 1ATNA 1DKGD 3SLCA 2P9UA 2YHWA 2GEMA 3QICA 5EXWA 2FSNA 4XH1A 3VEZA 4CZKA 1GLFO 1GLJO 1MDUB 3WEEB 1P8ZA 4CZLA 1BDGA 2F9WA 4BQLA 1Z6RA 4E1JA 3CERA 5AQKA 2QXLA 5AFUA 1KAYA 3LM9A 5AQSA 3TPQA 1KXPA 2V52B 3ENHA 4Y0WA 1ATSA 3ZEUB 3L4IA 2AA4A 5AQGA 3U8XA 1NGHA 5AR0A 3ULEA 5F1XA 3ATVA 5AQWA 1ZC6A 4FWQA 2HF3A 1GLDG 3EKSA 2P9SA 1OKJA 4QS9A 1NGCA 1YVNA 1HPMA 3OHRA 2E1YA 3W0LA 4A61A 2P9IB 3F9MA 1NGEA 5JMVA 4B1VA 3M3ZA 3DXMA 4FWSA 5AQIA 3FZKA 4BRHA 2ZF5O 3L6QA 2UYTA 2BUPA 3MK6A 2ZGZA 1IJJA 5BN9A 1BUPA 4BC4A 2ZWHA 2E1ZA 3R8EA 2NRHA 3RSEB 3H3OB 1LCUA 2IVPA 4DHYA 1NMDA 5AQNA 1BO5O 3CI5A 5BRFA 1QHAA 4YDUC 4BQZA 4MO4A 3WEEA 2VYPA 4H0XB 4IJAA 3U9DA 4M7YA 4BR2A 4PL8A 2E2NA 3LDLA 4CZIA 1JCGA 5KPTA 4IWVA 2A40A 3EN9A 3VERA 1BU6O 4H5TA 3ZEUA 3G25A 3UB5A 1DGKN 4H0VB 4B1UB 4PL7A 3DWLA 3FZHA 4KBOA 4EHTA 1MWMA 4BG9A 1NM1A 4FWLA 1HUXA 4QS7A 3O1WA 5AQYA 5AQOA 4A62A 2QWLA 3VF6A 1QQOA 5AQQA 4EHUA 1ZBSA 2CGKA 2YHYA 5BREA 3KHYA 3MN7A 1LOTB 2P9IA 2V7YA 4BGBA 5FPEA 4CZMA 2P9PB 1V4TA 4CBUA 3LDNA 1SZ2A 3LM2A 3CJBA 4NB4A 3GOIA 4BR5A 5LY3A 1TUYA 1NBWA 3A8YA 1NGDA 3AAPA 3RSEA 4IZ9A 2IVOA 3O08A 3H3NO 5AQFA 2E8AA 4O5FA 2ASMA 4BRPA 5AQJA 4WQ4A 3CJ7A 3DJCA 4GNIA 2D0OA 3MN5A 5AQXA 5AQUA 1YAGA 4CBWA 5BRHA 1XC3A 2FSKA 3ZX2A 2E2QA 2DPNA 3C7NA 4K43A 2ASPA 4BRLA 2V7ZA 3LDOA 4CZFA 3D7EO 2Q36A 3H45C 5EY4A 5BPMA 2CH6A 2VCPA 1MA9B 4JAXA 4QS8A 5AQPA 3S41A 2E20A 3BF1A 1BWFO 3BF3A 4H03B 5F2RA 4BRQA 4WQ4C 3BP8A 3R6MA 4BC3A 1R59O 2D0PA 4FOIA 1WUAA 4J8FA 5FPNA 4H5WA 4DCHA 3UE5A 1TYQB 2YJEA 3A5MC 4PKGA 3VEXA 1ESVA 4CD3A 2P9PA 1Z05A 2QM1A 2BTFA 2P9NB 5AQLA 2W41A 3L0QA 2YI1A 3EL2A 1K8KB 2QWNA 2D1KA 3JXUA 1HLUA 3VETA 4B1XB 1U6ZA 4BVOA 1Q18A 3U9ZA 1NGJA 5E26A 4Z94A 1IG8A 4IJNA 3IUCA 2P9KB 3GG4A 2Q0RA 1J6ZA 2Q0UA 3DAWA 3W3DA 1SQKA 2Q1NA 2AP1A 4JN4A 4K41A 1MWKA 4H0PA 5AZIB 4AM6A 2A6AA 3ZX0A 4DQ8A 3VF4A 4H0TB 3CQYA 1T6CA 2A3ZA 3GDQA 2NZTA 4BRFA 5AQTA 5BPLA 4FPBA 3AY9A 1NGIA 1NGGA 1SAZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JL1A 3OYBA 3OYKA 3Q7BA 1YJ9N 4A2AA 3OYLA 1BI4B 3LDQA 3VQQA 1KFSA 4H5NA 4JHDB 3SJHA 3UKUB 1VK0A 1DTQA 1QQNA 4NLCA 2BGGA 3UIQA 2F4VK 5F0XA 4WE1A 4LF7K 1QE1A 2PBDA 2XHBA 1D8YA 3O9SA 4N41A 1K8KA 2FC0A 4YNQA 2D5RA 4X66K 4J2DA 2GTDA 3MMVA 3MECA 3L2RA 1GLAG 4JKDA 4XH4A 2O8DA 2A1SA 3VENA 4JK7A 2YHXA 2P9KA 4PUOA 3FZLA 3L2QA 3DOKA 4WQ5A 4K25A 4ELUA 2FF6A 3DLBA 5AZIA 1YHQN 3QMLA 4DS4A 2PAVA 3WXLA 4B9TA 5FPDA 3K59A 4DTMA 4IDKA 4CJPA 3NF6A 3O4WA 3CCQN 1KLNA 3NGZA 1V4SA 2KHOA 2KZMA 4TSXA 3V9WA 1K73O 3CHWA 4A2BA 5ADXA 3HVRA 4B8CA 3SBGA 4B3TK 1WSFA 4MLEA 4BC5A 4Z4GA 1NWKA 5IWAK 4KV8A 3TSPA 4IO8A 4WCEL 2Z1IA 4O8KA 4FYDA 3D2FA 3IKMA 3SV4A 3CC7N 4M3UA 1HRHA 3TTFA 5KQDA 2CGLA 2VQEK 5D3GA 4A57A 4KRFA 3O9UA 4PKHA 1QQMA 4FJXA 4B3OA 1HYSA 3HI0A 1NK0A 4KHQA 4FWRA 5I42A 2RPIA 2QWMA 4WYBA 1FKOA 3ZSQA 4ILJA 3SPYA 3WXIA 1N36K 4CJ3A 1GLCG 3DLHA 1X3MA 5C24A 4A5BA 1BISA 2FF3B 4LF8K 1HNZK 2V51B 1WAJA 3MEGA 3O6WA 3UKRA 4F9OA 3HXMA 1QZ5A 4C8MA 3CCLN 4JI2K 1NK5A 1Y97A 4JD2A 1I3AA 4CHPA 2P9LB 4XIUA 5CZ2A 1QSSA 2ZGYA 3WNEA 5JLFA 1VAZA 3CIPA 2J4RA 3RR7A 4JS5A 1VQON 2D4WA 2NLXA 4CZHA 1BHLA 5BN8A 3R3LA 2NRWA 4W5NA 4OKJA 5JLHA 1DT9A 4FOEA 4YDUA 4CERA 4FW1A 3ZETB 4AHCA 3B8AX 2HMPA 5AQMA 1QHTA 3VQ4A 2NUBA 3WT0A 4B9MA 4IFVA 3TR8A 4J2EA 5DMRA 3U4LA 5SZTA 1VQ5N 2Y1JA 2HBKA 5AQRA 3LAKA 3P83D 4CD1A 1G99A 2HHWA 4LF4K 4DUZK 3QO9A 3THWA 2GUPA 4BG8A 1Q82O 5C10A 2FSJA 1BIUA 4B9UA 3NF8A 2GX9A 4LSNA 2X6SA 2X74A 4FWMA 5AQZA 4PKIA 1A5WA 3CM6A 3QEVA 2IC3A 4M7XA 3KK7A 2Q2RA 2QWOA 3AGRA 1BA0A 4YOVA 4B3MK 2O8CA 5FRMA 3AAQA 1YTUA 4F8RA 4W5OA 4JRPA 1JLCA 3SNNA 3AO3A 4DLGA 3OS2A 3EE8A 4M63C 4FL9A 2ZE2A 3EKUA 1O1WA 3WQUA 1YITN 1MU2A 2HSTA 3E1YA 3UKUA 3TABA 3RMDA 1N32K 3CYGA 2ZM6K 3G71N 3EEQA 1OH6A 1EWRA 4C23A 2HB5A 4R79A 4I2QA 3V1RA 1XUPO 2WUSA 4AHVA 3CJAA 1SS6A 3KK3A 1TK8A 1GLBG 3SAGA 4CEZA 1S3XA 3T1HK 3LAMA 5B8HA 2UUBK 1F21A 1RDWX 1EP4A 4H0YB 1NGAA 2WOMA 4PHTX 1J54A 4M3WA 3LP0A 3QFUA 1HQEA 2YHWA 3FFIA 1VQ6N 2WBNA 1SV5A 3AO5A 2XY7A 1GLJO 4B3SK 4DR6K 2IS3A 3O4NA 5KI6A 3QIPA 4Q5VA 5CY4A 3F73A 4DFKA 2KQ2A 1LW2A 5AQSA 3TPQA 1KXPA 4DR4K 4CHZA 5LL6Z 1BL3A 5AQGA 3L2VA 4CF9A 3J7AP 4RW4A 2HF3A 1FK9A 3KLGA 1ASVA 3O9TA 1T8EA 3CCJN 2P9SA 4FJHA 5JVHL 3ZT3A 4CK1A 4CJSA 1RT3A 4DFPA 4OKEA 4A61A 3F9MA 4ZHRA 3EE9A 3T3FA 4OLAA 5J1EA 3TSQA 4DTJA 4FJ9A 4Z4EA 2ZF5O 4W5QA 4BE0A 1IKWA 3C6TA 4W5RA 4DR7K 2NRHA 4M3XA 1ZYQA 4KH5A 1LCUA 4OPKA 5M1PA 4OO1J 1BO5O 3CI5A 4M3RA 4CHQA 3AVJA 5C2FA 1K8AO 2VWJA 4GW6A 1YT3A 4FJGA 4PL8A 1DLOA 2E2NA 1VQMN 3NFAA 4CZIA 4E7KA 3HOSA 3AVBA 3QEWA 4DTSA 1REVA 3EN9A 1B9DA 1BU6O 4JK8A 4H5TA 3ZEUA 1TKTA 4KBOA 3OYFA 1MWMA 4EZ6A 4BG9A 1NM1A 4YORA 1NK9A 3AA2A 5J2QA 1EXQA 4DV0K 1B9FA 2WTUA 5BREA 5HL7L 2GBZA 1WNSA 1S1VA 4BGBA 5FPEA 4CZMA 3DI6A 1SKRA 4NCBA 4FW2A 2B4JA 4CF8A 3LM2A 3GOIA 4BR5A 4JKAA 3QEPA 2RE2A 1NNEA 3CM5A 5CZ1A 2IVOA 1VSEA 1N34K 2E8AA 1YTAA 4CEQA 3CPEA 2WONA 3CJ7A 3DJCA 4JRQA 4GNIA 4B3RK 3RTVA 3NAEA 3CYMA 5AQXA 4CBWA 4FLVA 4JKHA 1IKVA 4OKKA 5FROA 5LMUK 3J81O 4PA1A 4DV3K 1SKWA 2VCPA 4JAXA 4AQYK 2P1JA 3BF1A 3BF3A 3J80O 4H03B 3OYNA 4BRQA 4BC3A 1R59O 4J8FA 5FPNA 4IEIA 3ZT2A 4DCHA 3UE5A 2YJEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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