3M1FA

Crosslinked complex of actin with first w domain of vibrio parahaemolyticus vopl
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
372
structure length
363
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structure of a longitudinal actin dimer assembled by tandem w domains: implications for actin filament nucleation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
total genus 113
structure length 363
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3m1fA03
2IVNA 3A5LC 1IJJA 2KHOA 4H0VB 1U2VA 4WQ5A 1HX1A 5AQZA 4EIAA 1HKBA 1RFQA 4M7XA 3H1QA 1ATNA 4BQLA 3DXKB 3L0QA 3VOVA 4BRKA 2IVPA 3O1BA 3VGMA 5FPEA 2YJEA 4XH5A 2Q0RA 3SLCA 5AQLA 1ATRA 4BRPA 3FFKB 4BRMA 1GLDG 3B8AX 1MWKA 4M7YA 4FWQA 3WQUA 2YHXA 4BVPA 4YDUA 4A62A 1XC3A 2Q0UA 3O8MA 4IWVA 2V52B 4O5FA 4LC9B 2V7YA 3CQYA 4A2AA 4FO0A 3FZMA 5E84A 4JHDB 5TKYA 3WXIA 3GG4A 3VEVA 3L4IA 1NGBA 4B1WB 3WQTA 1EQYA 1NWKA 1ZXOA 3D7EO 2J4RA 3MN5A 3VESA 2YHYA 1NGJA 2ITMA 5BRDA 3ULEB 1SQKA 2IVOA 1G99A 3KVGA 3MN9A 1BOTO 1ZBSA 1QZ5A 2WUSA 3P4IA 2QWPA 4WQ5C 2H3GX 1HLUA 3WEEA 5BPLA 3WT0A 3VERA 3WXLA 1TYQA 1KAXA 3CJCA 1ESVA 1GLEG 2YJFA 3HZ6A 4BROA 5FPNA 5KPTA 1BA0A 4FWNA 1NGAA 1Z6RA 2CGJA 3DWLA 4RTFD 3ATUA 2FF3B 4FOIA 2A6AA 3AAPA 5B8HA 1GLJO 1GLFO 3FZHA 4GNIA 3EN9A 4BQZA 4CBWA 1DEJA 5AQKA 3VPZA 5AZJA 5EX5A 3TPQA 4PL7A 3A8YA 2V7ZA 4EAHD 1KXPA 3AY9A 4RWTA 3W0LA 2A42A 5AFUA 4BRCA 5AR0A 1T44A 3VF6A 2P9UA 2P9LA 3CETA 2ZGZA 3FZLA 4MLEA 4B1UB 4PKIA 4E1JA 4JN4A 3LM9A 3A5NC 1GLCG 3VF2A 2ZWHA 1YXQA 1TUUA 3FZFA 3A0IX 1HKGA 4ISEA 2NRHA 3HSCA 3RSEA 2Q97A 3M6GA 2D1KA 4FWMA 2E20A 3KZBA 4QS8A 3UKRA 3VGKA 3DJCA 3HM8A 3UKUB 3D2EA 3DXMA 3CJAA 1TUYA 3DAWA 4A2BA 4ISFA 4K41A 3LDPA 5F0XA 3H45C 5EOYA 5AQOA 4JAXA 3LDOA 5BN9A 4B1ZA 1QHAA 2E2QA 5AZIA 2Q2RA 3C7NA 2FSNA 4CZIA 5BR9A 3I8BA 4FWLA 1RGIA 4WQ4C 1OKJA 3ZEUA 2FF6A 3CJ1A 5EY4A 1DGKN 4PKGA 2P9PB 2QW9A 4B1YB 4B1XB 3CI5A 2GTDA 4FWSA 2I7PA 3OHRA 4BRDA 4FPBA 3VGLA 4BGBA 3W3DA 3ENOA 3ZETB 3O4WA 4F9OA 3A5MC 3ENHA 5CE3A 3DXKA 5AQSA 4DB3A 3FR0A 1QZ6A 3MK6A 2P9IB 1V4SA 5AQVA 3QB0A 5AQRA 4JD2A 1WUAA 1MA9B 3ZX3A 1NGCA 5BREA 5JLHA 3SJHA 2YCHA 4PL8A 3CIPA 3VEOA 2QWQA 3GL1A 3FGUA 2OANA 4GY2B 5FPMA 1E4FT 3IUCA 2CH5A 1T6CA 5AQPA 2VWBA 3O5BA 4H0OA 5JICA 3H46O 5AQTA 1S3XA 3BEXA 4CJ7A 1QQMA 1HKCA 1T6DA 4K25A 4BR5A 1NGFA 2F9WA 2QXLA 3BF1A 4WYBA 3ULEA 4CZGA 4BRAA 2A40A 4NB4A 2FXUA 3LL3A 3QDKA 4BREA 2I7NA 1MWMA 3FZKA 4CZJA 1S22A 3O08A 4IJAA 1D4XA 5AQXA 5F2RA 3UE5A 4BG8A 4JNEA 3WXKA 5KPZA 4CBXA 4CZKA 2A5XA 1JCEA 3GOIA 4H5VA 4FPAA 2HOEA 2EWSA 1NLVA 4FWPA 4AM6A 1ZC6A 3M3ZA 3KHYA 1NGEA 3L6QA 3IDHA 4YDUC 1WOQA 5AQIA 3WEEB 4CD3A 3D2FB 1KAYA 1JCGA 4MO4A 2GELA 4C23A 2GEMA 2P9NA 4HTLA 4XEIA 1CZAN 5BN8A 4MO5A 2ASPA 4PKHA 1BO5O 2NLXA 4QS7A 2F9TA 2HF4A 3VETA 5AQYA 4EHTA 2CGLA 4Y0WA 4K42A 3SK3A 4BR0A 5AFUH 4ISGA 1C0FA 4BG9A 4FSVA 1NGDA 2D0OA 3R8EA 3QFPA 2P9SB 5AQFA 4EHUA 3CJBA 3MMVA 2E1ZA 4BRQA 4I6MB 2P9UB 4FWKA 1V4TA 3H1VX 3R9PA 3O1WA 2P9KA 4BR9A 3U9DA 3LM2A 3H3OB 5AQUA 5EXWA 2E2OA 4CZHA 3LDQA 4BRIA 2E1YA 4AM7A 2Q1NA 1K8KA 2GUPA 3RSEB 5ADXA 3H6EA 1J6ZA 3ID8A 1NM1A 3UKRB 5FPDA 5KPRA 2AA4A 2W41A 4BRHA 5AQQA 3D2EB 2QWNA 4A61A 4BGAA 1BUPA 3AAQA 3CERA 3WUHA 1KAZA 4H03B 1X3NA 1SZ2A 2E88A 5AZIB 3GBTA 3ZETA 3C7NB 3SMPA 1HJOA 1NGHA 4BR7A 3EKUA 5AQWA 3GE1A 3FLCO 3CJ9A 2D0PA 3U9ZA 2A41A 3WXJA 2ASMA 3ZEUB 1GLBG 5JMVA 1GLAG 1Y64A 5KQ8A 2P9IA 1MDUB 3ZX0A 2PBDA 5E26A 3EZWA 1NBWA 1U2VB 5AQJA 4MLHA 4CZFA 4M63C 4CZLA 4B1VA 4DHYA 1C0GA 2DPNA 4RCHA 4J8FA 5AQHA 3HTVA 5AQNA 3QICA 1YAGA 3MDQA 3LDNA 1BA1A 4CD1A 5I9EB 4H0YB 1R59O 4JHDA 4BVOA 2QWOA 3JXUA 1BDGA 5KQDA 3O80A 4JD2B 4HWIA 1E4GT 1RDWX 4XH4A 2ZGYA 1IG8A 4IZ9A 4H5NA 2FLOA 4DCHA 3ATVA 5AQMA 2HMPA 3BP8A 4BC4A 4XH1A 3IMXA 4BRNA 4FOEA 4IO8A 5LJVA 1QQOA 3U8XA 3QBXA 2FSKA 2W40A 4H0PA 5AQGA 2CGKA 3JS6A 2D4WA 3QBWA 2QWRA 3TU5A 3CJ7A 3FE1A 2E2PA 3QFUA 1YUWA 1BWFO 4Z94A 4H5WA 1ATSA 3MN6A 2CH6A 4CI6A 4H0TB 1YVNA 3ZX2A 5EVZA 3J8AA 1TYQB 3D2FA 4BRLA 3QMLA 1BG3A 3M1FA 4BRFA 4CBUA 2VCPA 3LDLA 2NZTA 3C0BA 2Q31A 4BRGA 5ELZA 5LJWA 4BR4A 1NMDA 4NO7A 3H3NO 2IIRA 1X9JA 3UB5A 3BF3A 2E2NA 4K43A 1XUPO 1GLLO 3HI0A 2FSJA 1QQNA 2VYPA 2V51B 4BC3A 5BPMA 5AZJB 3GDQA 3EL2A 2P9SA 1SAZA 2QWMA 3G25A 4WQ4A 4I6MA 1HPMA 4FWOA 2P9NB 4O8KA 2P9LB 1H1VA 1U6ZA 5BRHA 1JCFA 4IXCA 3UKUA 3HBTA 3VEWA 5BRFA 2QM1A 2ASOA 3SMSA 3CHWA 3S41A 3VEZA 3EKSA 4DQ8A 2AP1A 2ZF5O 4H0XB 4EFHA 1P8ZA 1Z05A 4BC2A 1LCUA 1X3MA 2QWLA 3CQXA 2Q36A 4H5RA 1LOTB 3BUZB 4IJNA 2PAVA 1Q18A 2E8AA 1XQSC 3F9MA 4FL9A 3VENA 4B9QA 1NGGA 2UYTA 2BUPA 4FWRA 3A5OC 3DXMB 2P9KB 2A3ZA 4QS9A 3VF4A 2YHWA 3R6MA 1HUXA 2P9PA 4CZEA 2GWJA 4H5TA 4KBOA 5ADXH 1DKGD 3MCPA 3EO3A 3AARA 3MN7A 1K8KB 2BTFA 2HF3A 3IFRA 3O6WA 4CZMA 2YI1A 1BU6O 5BPNA 4BR2A 5LY3A 2GWKA 5F1XA 3VEXA 1NGIA 4L3QA 3I33A 3VEYA 5JLFA 3U4LA 4BC5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IVNA 3F2KA 2KHOA 1QS4A 3EY1A 1U2VA 4NXMK 4CGFA 3AVLA 1HX1A 3LPTA 5KRSA 2UUBK 3S3OA 3QLHA 3V9ZA 3DXKB 1NK0A 3L0QA 4LFBK 1C0TA 1HRHA 4BRKA 1JL2A 1WB9A 3VGMA 1YITN 3V4IA 4BWJA 1RT3A 1ZBLA 3DLEA 1HNZK 1LW2A 4BRMA 3V6DA 4M7YA 4R5PA 4FWQA 3WQUA 3C6UA 4BVPA 3L2QA 1JLEA 4A62A 4CJKA 3PY8A 3TAGA 3OBWA 2I5JA 3RMCA 3OA9A 5E84A 3CYGA 3OW2M 4FJLA 4B9LA 5TKYA 1ZBHA 3KLIA 3VEVA 4B9SA 1NGBA 1DLOA 3WQTA 3T1AA 4WF9L 1SKRA 3HJFA 1ZXOA 3VESA 1NGJA 4JKAA 2IVOA 3KVGA 3OYGA 1W2BM 1J5OA 2QWPA 4WQ5C 2H3GX 1HLUA 5I3UA 5FRNA 1N36K 3WT0A 4CVNE 4E0DA 3WXLA 3CJCA 1ESVA 4FJJA 4FZXC 4BROA 2G8WA 4R79A 2IDOA 4FWNA 2VG6A 3MEEA 3ZLJA 3DWLA 4MDAA 4RTFD 3ATUA 3MX5A 4FOIA 4AILC 3AAPA 4AHTA 5C0YA 4ILGB 3EN9A 4CBWA 1VQ6N 5AQKA 4OGCA 5AZJA 3SUNA 2VGMA 2V7ZA 1RT1A 5AR0A 1KQSM 3DRSA 4V19S 3KK3A 3VF6A 2P9UA 4ID1A 2YNGA 1VSHA 3CETA 4MLEA 4B1UB 2UXDK 3HPHA 2X78A 4E1JA 4B08A 1GLCG 1NJXA 1TUUA 3FZFA 4NCAA 4ISEA 4IFEA 5KRTA 3RSEA 2D1KA 4FWMA 4YOYA 2E20A 3AVNA 3AVAA 5TKWA 4W5OA 3H08A 4CF2A 2YHBA 3KZBA 4JLHA 1ILYA 3D2EA 4EZ9A 3CJAA 4C1NK 4CHYA 3O9QA 1LV5A 3CCEN 2XY7A 1KC8O 3M8RA 3ID6A 3K58A 1T8EA 1TK8A 1IH7A 2E2QA 4C8LA 1YHQN 3C7NA 5BR9A 3KWIA 4YNQA 4LFAK 2RN2A 1NOZA 4FWLA 4IDHA 4WQ4C 3BZCA 1OKJA 3ZEUA 4K8ZA 4FK0A 4YOWA 4JI2K 5HLFA 4B1YB 3F73A 1TK0A 4FWSA 3WNGA 1RNHA 3VGLA 2GBZA 3ZETB 4E3SA 4JI6K 1X1PA 1QSLA 3ENHA 1NJZA 4CJRA 4X65K 3DXKA 4B9TA 3WNHA 4IOCL 2JWKA 4DR5K 3CFOA 4KH6A 3OYFA 3S5TA 5AQRA 4WFBL 4JD2A 4GKKK 4JI4K 3ZX3A 4YOXA 4DQIA 4IG3A 4DSIA 3V1OA 4GY2B 1D5AA 5FPMA 2QI2A 4JI5K 3L3VA 1T6CA 1NKEA 2VWBA 3CG7A 4H0OA 3H46O 3U3YA 1S3XA 4CJ7A 3OYIA 4UY8O 1QQMA 2HMIA 4FLXA 1NGFA 2F9WA 2XY6A 4RW6A 3NFAA 4FM1A 5GAHP 3RWUA 2UU9K 3K5LA 1MWMA 4CZJA 3RR7A 1S22A 4LSNA 4JNEA 1UA1A 5C12A 1YIJN 2A5XA 3GOIA 2EWSA 3L8BA 1NLVA 1M90O 1Q81O 4IFVA 3M3ZA 2VQFK 3S3NA 4DV5K 1NGEA 1RBSA 4Q5VA 1WSGA 3AVFA 4CD3A 3KD1E 3EEQA 5M1FA 4U7BA 1Q82O 3CCUN 1JCGA 2Q3SA 4MO4A 4CF1A 4C23A 1IG9A 3NF6A 3ASMA 4GVEA 2D5RA 4MO5A 2ASPA 3NF9A 2HF4A 5AQYA 3K5MA 3VQ7A 1U47A 4E7HA 4U67L 4DV4K 4DF4A 1C0FA 3G71N 1N33K 1TVRA 3QFPA 4NLCA 1JLFA 4CK1A 2JLEA 4FWKA 4H4MA 1LWFA 1WNSA 3TANA 1ZYQA 5C15A 4BR9A 4KAZA 4FJKA 1L3TA 4CZHA 2Q1NA 3VQ9A 4C1NI 3I0RA 4CFDA 1J6ZA 1NJWA 1NM1A 4F2SA 4I9QA 1QSSA 3UKRB 1Q7YO 3TTDA 4GV6A 2LSNA 2QWNA 4Z0UA 2O8CB 4AHUA 1VHXA 4HUGA 1BUPA 3AAQA 1KAZA 3J7YP 1X3NA 5CZ1A 1QVFM 5C2FA 5AZIB 3GBTA 3ZETA 1L5UA 1VSMA 3TR8A 3ZSWA 1ZBUA 1XNRK 2OA8A 4B8CA 3FLCO 3SYZA 1VSDA 2A41A 3WXJA 4O8UA 4DU4A 4FM2A 3LP1A 4NCGA 4DTSA 1BIUA 1F21A 2KW4A 4JKDA 1S6PA 2DPNA 4J8FA 5AQHA 3SAFA 3HTVA 5AQNA 2PYLA 3MDQA 1BA1A 4IBNA 1R59O 1WN7A 3MEGA 1VQ8N 4NLBA 4PWDA 3D0PA 3JXUA 3QERA 1BDGA 3KKSA 3NF8A 3CPEA 3CCVN 2PFUA 5C10A 4RG8A 3BP8A 4BC4A 3NGZA 4XH1A 1TAUA 4BRNA 2VWKA 3JAMO 4JRPA 5LJVA 4KHWA 3U8XA 2OPRA 3LZIA 1IKWA 5AQGA 4DUYK 4DTMA 2CGKA 4EP5A 2QWRA 4FLTA 3IG1A 4JKGB 3QFUA 1YUWA 3DLGA 3MWPA 4Z94A 2CH6A 3AVJA 3HOSA 5HOOA 3QNNA 2Z1IA 2O8BB 4BWMA 4ZTJA 1S1TA 4JS4A 3QMLA 3M1FA 3LWMA 1M1KO 1W97L 1UOCA 2NZTA 1NNEA 4BRGA 3IS9A 2D0BA 4NO7A 2IIRA 1YF5L 3HVRA 4Z4CA 2OTJN 1WSHA 4EZ6A 3V9SA 4DUZK 1QQNA 4IKFA 1FKOA 2V51B 4E7KA 5BPMA 2BE2A 4ELVA 1KLNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3QBX A;  2BAN A;  3KLG A;  4H0P A;  4CK3 A;  3JS6 A;  3V81 A;  3AV9 A;  4AF1 A;  2E2P A;  4ZTF A;  1BWF O;  3Q7C A;  1SKW A;  3V9X A;  4H5W A;  4CI6 A;  3PX0 A;  3ZX2 A;  3LP3 A;  1KVA A;  3M5R A;  4N5S A;  2VCP A;  1TK5 A;  3SQ1 A;  3C0B A;  4BR4 A;  3H3N O;  4CFA A;  3NF7 A;  3HP6 A;  4CJT A;  3UB5 A;  2QK9 A;  3BF3 A;  2PY5 A;  2HHS A;  3WXM B;  3TAR A;  1GLL O;  2VQE K;  2FSJ A;  5AZJ B;  2VG7 A;  3G25 A;  4CJ3 A;  4OKE A;  4I6M A;  3DLK A;  4OPA A;  4DTN A;  2P9N B;  1FXX A;  3J7Z O;  3UKU A;  2QM1 A;  3SMS A;  2ZQB A;  3CCJ N;  3PUF A;  1Z05 A;  1ASU A;  2BDP A;  2QWL A;  5JVG L;  4A59 A;  1NK4 A;  1IV0 A;  3L2R A;  4B9N A;  1NK6 A;  1HQU A;  3NE6 A;  1TKZ A;  2HHH K;  2HHI A;  1IKX A;  1YI2 N;  3AGR A;  3R6M A;  4CZE A;  5BR8 K;  4KBO A;  4B8A B;  1VSI A;  3THY A;  2UUC K;  3MCP A;  3AAR A;  2BTF A;  4CIE A;  3ULD A;  2HF3 A;  4CJP A;  3IFR A;  3LAL A;  4HUE A;  4NCB A;  3KWG A;  4DG1 A;  5J1E A;  4BDP A;  4LH5 A;  3VEY A;  2KZM A;  3VQE A;  1JLB A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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