3M1FA

Crosslinked complex of actin with first w domain of vibrio parahaemolyticus vopl
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
372
structure length
363
Chain Sequence
b'DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structure of a longitudinal actin dimer assembled by tandem w domains: implications for actin filament nucleation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
total genus 113
structure length 363
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3m1fA03
3UKUB 1GLLO 3ID8A 2PAVA 1BWFO 2P9UA 3CJCA 4FO0A 4I6MB 5AQJA 5AQRA 5JLFA 3RSEA 2ZF5O 2P9PA 3ULEA 3WQTA 3ZETB 3MDQA 4BC2A 1XQSC 1H1VA 4H0XB 4BR5A 5E84A 1HLUA 3M1FA 3LDNA 3VGKA 3DXKA 2P9IA 1JCFA 4CI6A 3CERA 2GELA 1ZXOA 1NGFA 1QQNA 2J4RA 3CJ9A 3O4WA 5BN9A 1TYQA 2ASMA 4WQ5A 4XEIA 3VOVA 1MWMA 3U8XA 3LDOA 5AQQA 4BC5A 3MN9A 1G99A 2ITMA 4PL7A 4FWRA 5BPLA 4FWOA 3MMVA 4M63C 4BG9A 4CZKA 2BUPA 1BUPA 4JN4A 4IJNA 4F9OA 4HWIA 5AZIB 1WOQA 5AQXA 4H5NA 1Z6RA 4RCHA 1BDGA 4PKIA 5KQDA 5EXWA 5ADXH 4CBXA 3MK6A 1MDUB 4BR7A 4CZFA 2FSNA 1ZBSA 4B1UB 4K42A 1HUXA 2F9TA 2IVOA 4XH4A 1KAXA 4K43A 2AP1A 3QFPA 2ASPA 3D2FA 1JCGA 1BA0A 5EVZA 3FZKA 4WQ4C 1NGCA 5FPMA 3HTVA 1C0GA 3H6EA 3UKRA 4FOEA 2E8AA 5BPNA 5LJWA 3ZETA 3O5BA 2KHOA 1GLDG 1GLFO 4CZEA 4QS9A 4XH1A 4BQLA 4H0PA 3WUHA 2YHWA 5BREA 3VEZA 1QHAA 4NO7A 4O5FA 4CZIA 1Q18A 3C0BA 3RSEB 2ASOA 2P9PB 1GLEG 4BRCA 3W0LA 5AQFA 3IMXA 1NGBA 2EWSA 1MA9B 2QWRA 2D4WA 3EN9A 3ATVA 1YAGA 3O08A 2E1YA 4FWSA 4JNEA 2QWOA 1ESVA 2IVNA 2FSKA 3WQUA 1T6CA 4CZMA 4PKGA 5AZIA 3TPQA 3TU5A 3QICA 4H0TB 4BRFA 2GWJA 2A40A 5I9EB 5BRHA 3D2EA 2Q2RA 2QWQA 1XC3A 1T6DA 4A2AA 3KZBA 3QBXA 4FWMA 3U4LA 3H46O 4YDUC 3I8BA 4H0YB 3HZ6A 4IO8A 4RTFD 3WXLA 4BVOA 4BROA 1NGJA 4O8KA 4BRQA 1LOTB 1SAZA 2E20A 4CJ7A 3VEWA 4B9QA 4MO5A 4BR0A 3BP8A 4PKHA 2FLOA 1Y64A 2CGKA 2P9SA 3M6GA 2GUPA 4E1JA 4CD3A 3AY9A 2E2QA 3VGMA 4CBUA 1HKCA 4FWKA 3AAPA 5EX5A 2HF4A 1KAZA 2A6AA 3D2FB 3DXMB 1QZ5A 4CZGA 3VF2A 4BGBA 2Q0UA 5KPTA 2V51B 1HPMA 3A0IX 3UKRB 3ZEUB 4AM7A 2HOEA 4M7YA 3A5NC 3JS6A 1DGKN 4WQ4A 3SMPA 4BRMA 3GE1A 4BR9A 4ISFA 3CJAA 2OANA 3ENHA 1C0FA 1BO5O 1IJJA 3H3NO 4FWNA 4FPAA 1GLAG 3HM8A 1BG3A 3VF4A 4BVPA 4CD1A 2W40A 4EHTA 3GG4A 3CIPA 4CZHA 4BRKA 2YHXA 2E1ZA 2E88A 3GBTA 2QW9A 4WYBA 3SK3A 2V52B 2I7NA 1SZ2A 2DPNA 2Q36A 2UYTA 4BRLA 1SQKA 2GWKA 2VWBA 1NBWA 3LM2A 5EOYA 4BREA 2A5XA 5JICA 2QWMA 1HKGA 4C23A 1NGEA 4MLEA 1NLVA 3IUCA 3WXKA 1YXQA 4L3QA 1D4XA 5FPDA 2NLXA 2ZGYA 2FF6A 3SJHA 2ZGZA 4H5TA 3D2EB 1CZAN 5AQPA 4BC4A 1E4GT 2A3ZA 4B1WB 1X3MA 4BR2A 5AQHA 3H1VX 5AQMA 1NGIA 2HF3A 4EHUA 1GLBG 4H0OA 3FZMA 2YCHA 3SLCA 3DXMA 3QBWA 2AA4A 4FWPA 5EY4A 3UB5A 4YDUA 3ZEUA 1QZ6A 5E26A 1NMDA 4IJAA 4H0VB 2A42A 4H5WA 2P9SB 2VYPA 5AQGA 2FXUA 1X9JA 4PL8A 2D0PA 3ZX3A 3U9ZA 4M7XA 1R59O 5AQZA 1Z05A 4A61A 3A8YA 3CJBA 1K8KB 3F9MA 2V7YA 4JAXA 4MO4A 5AFUA 5AQYA 3O8MA 2P9KA 4Y0WA 3U9DA 3EZWA 3QB0A 3L0QA 4GY2B 5AQUA 1T44A 5JLHA 2BTFA 3FGUA 3VEXA 1ATSA 3UE5A 5LJVA 2YHYA 2WUSA 2YJFA 4JD2A 3M3ZA 3VENA 1P8ZA 3C7NB 3AAQA 5AQNA 3WXIA 3G25A 4XH5A 1S3XA 4K41A 1HKBA 1BOTO 2E2OA 2P9LA 4BC3A 5KQ8A 4H5RA 2VCPA 4BRAA 5JMVA 1YVNA 3O80A 3BF1A 2W41A 4A2BA 4BRIA 4JHDA 4CBWA 3WXJA 1RDWX 5F0XA 3A5MC 3VETA 3FZHA 3HBTA 3WT0A 1U2VA 4FWLA 5AQSA 5AQWA 1V4SA 1DKGD 5AQVA 3LM9A 5FPEA 5KPRA 1RGIA 1BA1A 2YI1A 3O1WA 2ZWHA 3FFKB 4DQ8A 4EAHD 5BRFA 4KBOA 2CH5A 5FPNA 4EFHA 4QS8A 2E2PA 1K8KA 5ELZA 1JCEA 3WEEA 5F2RA 4GNIA 3H3OB 1KAYA 4QS7A 3VERA 3QDKA 4IZ9A 4FOIA 5AQIA 1NGAA 4BRPA 1S22A 3EKSA 4BRGA 2Q97A 4BQZA 2FF3B 1ATNA 3C7NA 4BRNA 4BR4A 1XUPO 3BF3A 1V4TA 2GEMA 5AQLA 4FWQA 2P9KB 3IDHA 1OKJA 2NRHA 2QM1A 4B1VA 4Z94A 3CQYA 3VESA 3LDLA 2P9NA 3KHYA 3EKUA 2QWPA 3B8AX 3ZX2A 5LY3A 3QMLA 3CQXA 1QQMA 4B1YB 4JD2B 3MN6A 1TUYA 3FR0A 2P9LB 1HJOA 1U6ZA 5B8HA 2IVPA 4HTLA 3R6MA 3AARA 5AQTA 5BR9A 1GLJO 4JHDB 3MN7A 3R9PA 2QWNA 3I33A 2GTDA 1WUAA 1NWKA 3ATUA 3GL1A 3VF6A 5F1XA 3H45C 4J8FA 4K25A 5AZJA 4A62A 3HSCA 3R8EA 3H1QA 1U2VB 3J8AA 2YJEA 5AFUH 3O6WA 2QXLA 1X3NA 1NGHA 2IIRA 5KPZA 3S41A 3D7EO 1MWKA 4NB4A 3EO3A 2A41A 1J6ZA 5CE3A 4BRHA 3SMSA 1TUUA 3UKUA 3CI5A 3CJ7A 1KXPA 4I6MA 2V7ZA 1ATRA 3GDQA 3HI0A 4DB3A 2I7PA 3WEEB 5ADXA 2HMPA 3L6QA 2H3GX 3ZX0A 3DWLA 4IWVA 3CJ1A 3EL2A 1HX1A 4FL9A 3LL3A 4FSVA 2D0OA 3BUZB 2FSJA 3P4IA 1QQOA 4WQ5C 3O1BA 1YUWA 3FE1A 4BG8A 2P9UB 1EQYA 3VPZA 2Q31A 1NM1A 3FZFA 1BU6O 3IFRA 1IG8A 5BN8A 2E2NA 3DJCA 3ULEB 4B1ZA 4RWTA 1GLCG 4H03B 1NGGA 4MLHA 2P9NB 3FLCO 3DXKB 2F9WA 4FPBA 3DAWA 2P9IB 2Q1NA 2NZTA 3W3DA 3LDPA 3BEXA 4CZLA 3CHWA 3OHRA 1TYQB 3QFUA 4ISEA 3GOIA 1RFQA 2CGJA 3MN5A 5AR0A 3LDQA 4IXCA 4EIAA 5BRDA 3KVGA 3MCPA 4AM6A 3VEVA 4LC9B 1E4FT 3L4IA 3FZLA 1DEJA 2D1KA 3VGLA 3A5LC 2CGLA 3JXUA 2Q0RA 5AZJB 5AQOA 2PBDA 1NGDA 5BPMA 4DHYA 1LCUA 4ISGA 3VEOA 1ZC6A 2CH6A 4BGAA 4BRDA 3CETA 4H5VA 5TKYA 4CZJA 3ENOA 5AQKA 3A5OC 4DCHA 3VEYA 4B1XB 2QWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UKUB 1GLLO 2PAVA 4I6MB 3S3NA 2DY4A 4HVJA 1JLAA 3CF5L 1WBBA 2P9PA 3ULEA 3WQTA 3ZSQA 4C8KA 4DFPA 1XQSC 1H1VA 1VSHA 2P51A 4JKDA 4BDZA 2HNZA 5CY4A 5C15A 2P9IA 3HYFA 4DV0K 1WBDA 3IAYA 3LPTA 3CJ9A 4DKWA 2J4RA 2QTDA 3O4WA 4HUEA 1TYQA 4XEIA 3AVMA 3VOVA 1MWMA 1RT6A 3JAMO 3AO2A 1ASUA 5AQQA 2I5JA 3OBWA 5C2FA 1XI1A 4C8LA 2KFZA 5J2PA 1KLNA 4FWRA 1YJWN 4KPYA 3MMVA 2EHGA 4IJNA 5M1FA 1GOCA 5AZIB 4H5NA 3O9QA 3I56N 3EEQA 4Z4FA 1NKBA 5EXWA 3P83D 1MDUB 1D8YA 2FSNA 1L3VA 1HUXA 2Z1HA 2IVOA 2ETJA 4XH4A 4PQUA 4E7JA 1Y97A 3D2FA 1BA0A 4ZHRA 1NGCA 5FPMA 3HTVA 4B8CA 4JS4A 3BZKA 5LJWA 3ZETA 4B9VA 1B9FA 3ZT1A 2XY6A 1QQCA 3DOLA 4JKCA 4BQLA 3LP0A 3WUHA 2OTLN 5BREA 3ZT4A 4V19S 3EE9A 4ILJA 4O5FA 4WE1A 1KSPA 3QIPA 1WSHA 4CGHA 3C0BA 3KK3A 5JS1A 4BRCA 1Z26A 5HRSA 2R7YA 4JI2K 1F21A 1NGBA 2EWSA 4YFUA 4AILC 4CE9A 4C8MA 3MX2A 4CJSA 3ATVA 4CGDA 1YAGA 3VQQA 3RMCA 4CFAA 3VQ4A 1O13A 2HVIA 4CZMA 3WQUA 1T6CA 2NRRA 5CZ2A 3TPQA 4DTJA 3HT3A 2A40A 1OH8A 2QWQA 5GIOA 1TK0A 1XC3A 4A2AA 3KZBA 4YDUC 1HYVA 3HXMA 2PYJA 1CXUA 3HZ6A 4IO8A 4RTFD 1XHZA 4L8RB 4DFMA 1I3AA 2RE2A 1XMOK 4KHQA 1QSLA 2O8DB 1SAZA 3VEWA 2FBTA 4B9QA 3L3VA 4MO5A 4BR0A 3NH1A 2OPRA 2CGKA 1RT4A 4E1JA 3VGMA 3PX6A 3AAPA 1IG9A 5LMUK 1KD1O 1YJ9N 4CJ4A 2E6LA 4DQQA 4Z4IA 4BWMA 2V51B 5KPTA 4X66K 1S9GA 4AM7A 2HOEA 4M7YA 4B3TK 3JS6A 1DGKN 3SMPA 4BRMA 4JRQA 1M90O 4GV6A 3LP1A 3OYLA 4DTXA 3ENHA 1C0FA 3HOTA 1GLAG 1ZBHA 2WFBA 4BVPA 4EHTA 4UQGA 4HCCA 2E88A 2QW9A 3CYMA 1VSFA 3SUOA 1SZ2A 1WSIA 4JKHA 5HLFA 2OPQA 1LWFA 3M5RA 4NCBA 4CJTA 2VWBA 5EOYA 5JICA 5GADP 5LMNK 4B9TA 2BGGA 2YV0X 3SQ2A 3J7YP 1IKWA 4K8XA 3KLIA 4A5AA 4KI6A 5FDLA 1YXQA 1ZYQA 4IEIA 3V81A 2FF6A 2G8IA 3V1QA 3D2EB 3HJFA 4DQRA 1E4GT 4YORA 1X3MA 4BR2A 5CZ1A 5AQHA 1NOYA 4H0OA 3SLCA 4M3TA 3BY5A 3DXMA 4FWPA 4CF9A 2D5RA 4J2EA 5EY4A 4RW8A 1U04A 3ZEUA 1NMDA 2XO7A 4MQ3A 2A42A 3QEVA 2P9SB 2HNYA 3VQ8A 2O8FB 2VYPA 4ELUA 5AQGA 1L5UA 2YNIA 4E7KA 1X9JA 4PL8A 1KFSA 1T8EA 4M7XA 3HL8A 1C0MA 1K8KB 4MO4A 4E7HA 2YNHA 1IBMK 1YJNN 3ZSYA 3KK7A 3EZWA 2RHKA 3QB0A 3SBTA 5JLHA 2UU9K 2BTFA 3FGUA 2ZJRL 3CG7A 3VQ7A 2ZJQL 5JVGL 4FYDA 2YJFA 1Q7YO 4RW9A 1Q9XA 3VQEA 4XH5A 2E6MA 4HUFA 1HKBA 3BGRA 3F9KA 2E2OA 3IKMA 5M1NA 2C1GA 5KQ8A 5JMVA 4DR1K 4CHZA 3MXJA 4E3SA 5KI6A 1WAFA 4OVLA 1RBUA 3WXJA 1RDWX 1SUQA 3MXMA 1HYSA 1IBLK 1U47A 2XRIA 1IBKK 1VSMA 3VQAA 3FZHA 3HBTA 3THXA 4BDYA 1ASWA 2F8TA 5AQSA 4GVEA 3CMAN 3DMJA 3L2VA 5KPRA 3ISNC 2ZQBA 2YI1A 1VSJA 3TSUA 4DQ8A 4EAHD 5BRFA 1IO2A 3O9UA 2E2PA 3TANA 4IFEA 2RKIA 5ELZA 5M1KA 4QS7A 1OVYA 3CC4N 3VERA 4KHWA 3QDKA 2VGMA 4CEEA 1BHLA 1UA1A 4I2QA 2VGNA 1NGAA 3NVKA 3EKSA 2XY5A 4KKOA 4A59A 3C7NA 4DR6K 4M3YA 1VSLA 1HRHA 2P9KB 4EP5A 3LDLA 3KLFA 3TAEA 4DQPA 2GBZA 1WAJA 1S1XA 3C6HA 2HMIA 4JV5K 1NK6A 4LSNA 3CPWM 3QMLA 4B08A 4LSLA 4CEOA 4CJRA 4DLEA 4O5BA 3MN6A 1K6YA 3LALA 2HHIA 1X1PA 1HJOA 5B8HA 3QEPA 3R6MA 5AQTA 4E7LA 5BR9A 3I33A 1RT5A 3LWMA 2GTDA 2QI2A 3GL1A 3ATUA 1IV0A 4K25A 4H4MA 4A62A 3R8EA 3H1QA 1TVRA 1GOAA 3AA5X 4DSIA 4E72A 1U2VB 1NJWA 5FRMA 3S41A 2NRVA 1MWKA 3EO3A 3CCVN 1VQ7N 1TUUA 3UKUA 3CI5A 4FZZA 1KRPA 4I6MA 1VAZA 4FJ8A 4DB3A 3WEEB 4I7FA 2E5LK 1D5AA 1HX1A 4FL9A 5HRRA 2X6NA 4MDAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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