1CXQA

Atomic resolution asv integrase core domain from ammonium sulfate
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
147
structure length
143
Chain Sequence
GRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
publication title Atomic resolution structures of the core domain of avian sarcoma virus integrase and its D64N mutant.
pubmed doi rcsb
source organism Avian sarcoma virus
total genus 52
structure length 143
sequence length 147
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1cxqA00
2VG6A 3LP1A 3SQ0A 4JRQA 2QKBA 2ETJA 4PA1A 3AA2A 2G8VA 2KQ2A 1QQCA 1REVA 5T7BA 3CYMA 4KB1A 4N47A 4FZYA 2F8TA 4CJ4A 4Y1CA 1NOYA 3TAGA 1J53A 1WAFA 2X6SA 5HBMA 3VQDA 1RT2A 3DMJA 1QSLA 1JLCA 4TSXA 4KHSA 3QEIA 1TK0A 2I5JA 1I39A 2EHGA 1RTDA 4CJ5A 3HXMA 3OYFA 3O3HA 2XY6A 3DLBA 3HJFA 1SKWA 2FBVA 1S1XA 3QERA 2OPQA 4CHYA 4DTJA 3G10A 3C94A 3F9KA 4Q0BA 1ZBLA 1JL1A 3V4IA 2FBTA 4M3WA 2QK9A 2HW3A 4EP5A 1IKWA 3I0RA 4OPJA 4K8ZA 4DU1A 4FJXA 1J5OA 1NKCA 3DLEA 4H8KA 1SL1A 2RF2A 2XY5A 4CIEA 1UOCA 4DSKA 3BDPA 3PUFA 3RRGA 1C6VA 3AVFA 1IKXA 1RBTA 1HJRA 3AVGA 3DLKA 4DTPA 4Z4EA 1RDDA 5C42A 3THVA 3DRSA 4Z4CA 1TGOA 4EZ9A 1ZBHA 1BIZA 3ZSQA 4OKJA 2X78A 4EZ6A 4NYFA 4CEEA 1LWCA 3RMAA 2B5JA 1WSIA 4CF1A 1GOAA 5EU7A 3PV8A 4LY7A 4H4MA 4N76A 2NUBA 1KLNA 4KHYA 3HVTA 1JXEA 4DTNA 3LP2A 3NFAA 5HRSA 3LDSA 4LD0A 3RRHA 2BANA 3DLRA 4DLGA 1VSMA 3SQ1A 2PZSA 4FJJA 1W0HA 1S1VA 2QXFA 2RPIA 3QIPA 3CM5A 1U45A 1S1WA 1TAQA 3U6FA 2D0AA 2O4IA 3CFPA 4DFPA 5JS1A 3V9XA 3P83D 1SV5A 4CESA 3DLGA 3AV9A 1SL0A 4YNQA 1UA1A 1SL2A 4DSEA 1RT6A 2BE2A 3C6TA 3HK2A 4F3TA 1ITGA 1HNVA 3VQQA 3OYKA 1KCFA 1JLQA 2OPSA 4MQ3A 3O3FA 3OYNA 3H08A 5E41A 1DTTA 3OYIA 5J2MA 4AHUA 1YTAA 3L2QA 4FM1A 4FLTA 2HNYA 5J1EA 3NF9A 4KHUA 4DU4A 1UA0A 1HQEA 4LSLA 2GUIA 3LZIA 4DSLA 1NK7A 3VQPA 5KRSA 1S1TA 3ZCMA 4B08A 1RTJA 2B6AA 3DI6A 4L8RB 3QLHA 4AHSA 1LAWA 1RDCA 4N5SA 1U48A 1LAVA 4RW6A 3RWUA 3AVKA 4FZXC 1S6QA 4FJHA 3OS2A 3OY9A 4DS4A 2YNGA 2Z1HA 4FJNA 4M3TA 4AH9A 3TARA 2DY4A 3OJSA 4B9MA 4NCAA 1NK4A 1HMVA 1NK8A 3K5LA 1KLMA 4CK3A 3AVMA 3M8QA 3ZSXA 3V9ZA 4FJ7A 3ITHA 5JS2A 3D0PA 4DF8A 3PX6A 4I2QA 2AJQA 1XC9A 2ITGA 2ZD1A 4E3SA 2YNFA 3KJVA 1IKVA 1NKBA 4FLWA 1RBSA 2ZE2A 4WE1A 4E89A 5FDLA 1BGXT 3WNGA 2XY8A 2HHUA 1U49A 3C6UA 2YV0X 4B9NA 3MECA 3VQCA 1D9DA 4BWJA 3HP6A 1JLGA 3LPUA 4N56A 4CJTA 3NH1A 2A1RA 4FJ5A 3S9HA 3KKRA 4FM2A 4CGHA 3KK2A 3AVLA 2YKNA 1KVBA 1SKSA 2HHXA 3PX0A 5J2QA 1ZBFA 4FK4A 4GW6A 3NH2A 4FCYA 3DRRA 4BACA 3MXJA 4CHPA 3I0SA 3K59A 4DFKA 3BGRA 1YT3A 4J2DA 3MXIA 3OYMA 4QOZB 3G0ZA 4CIFA 3UIQA 4K8XA 3WNHA 4CK2A 5FRMA 4CJFA 4Y1DA 4CGGA 4BE0A 4Z4IA 2HB5A 4CGDA 4Z4FA 4M41A 1RBUA 4CJEA 3PX4A 1SUQA 5HRRA 4BDPA 4E1NA 5DK5A 1RT7A 1JLFA 1VRUA 2IS3A 2W42A 4DF4A 3SQ2A 3CQ8A 2DFHA 1QE1A 4M3UA 4DLEA 2DFFA 1LW2A 4G1QA 1NK0A 1KSPA 4AHCA 2P5GA 4JS5A 3TANA 1DLOA 4Z0UA 3ZSOA 3ZSWA 4KRFA 3L8BA 5J2NA 3TAFA 4FJ8A 4FW1A 3SUPA 2P5OA 4KI4A 3I8DA 3ZSYA 4DMNA 2KZZA 4IFYA 1MU2A 1JLBA 1IH7A 3AO1A 1WSFA 5CYQA 4XIUA 3JYTA 1NK6A 3EY1A 1VK0A 1IKYA 4Z4HA 1TAUA 1FKPA 3QEWA 4BDYA 1BQNA 1I3AA 4DSIA 4CJQA 2Z1GA 4RW8A 5KRTA 2Z1IA 1CXUA 1HYVA 4OKKA 4DSJA 1ASUA 2YHBA 3SQ4A 1KRPA 1WLJA 3ZT0A 3PO4A 1BISA 4C8NA 4DU3A 4ICLA 1NKEA 4M3RA 1K6YA 3AVCA 1EETA 1B92A 4FJLA 4CEBA 1ASWA 3TAQA 1TL3A 1RBRA 1VSDA 3TR8A 1Z25A 3IAYA 4NYNA 4OLBA 3PO5A 1C0TA 3OYAA 1TK8A 4FLVA 2A1SA 4B9SA 2DTUA 4O44A 3NF7A 4O4GA 3KD1E 4E7JA 2XRIA 2G8FA 4JRPA 3DYAA 2QKKA 4OGEA 4CEDA 2VG7A 3C95A 3L2WA 3CFRA 4ELTA 4JS4A 4KAZA 5I42A 4FYDA 3L3UA 4FLZA 3T3FA 1XHXA 1GOBA 4DFJA 2Z1JA 1WSEA 1T8EA 3VQAA 3K2PA 1G15A 4HUGA 4OKEA 4RW4A 4DQSA 4OVLA 1EXQA 3K58A 4F2SA 3VQ5A 1VSEA 1J54A 4CE9A 1NK5A 3KD5E 4FJMA 4NCGA 3T1AA 4Z4GA 1C1BA 1NJWA 3AVBA 3B6PA 3EZ5A 2HVIA 3U3GA 2G8WA 1T7PA 3AVNA 3VQEA 3LWMA 2G8UA 4C8OA 1RDBA 4LH4A 4CEQA 3NHGA 3O4NA 3VA3A 2GBZA 4IBNA 1XWLA 5FROA 3NGZA 4H4OA 2KZMA 3T19A 1VSKA 1VSHA 2OYQA 2G8KA 4FLUA 4C8KA 4CF0A 3MXMA 3NAEA 4KTQA 3A2FA 4CJSA 3SPZA 2XHBA 1HPZA 4HHTA 5CZ2A 4CJKA 4M3YA 1HYSA 1LW0A 4KTZA 3ZSVA 4HTUA 4RW9A 3LAKA 4FJGA 4CF2A 3M8PA 4DTMA 3AO5A 4B3OA 2IDOA 4CHOA 5HRPA 4FW2A 4DTXA 3OS1A 1UWBA 4HVJA 2HHWA 1CZ9A 1D5AA 4W5NA 5SZTA 1RT4A 3V1RA 3TI0A 2G8IA 1IO2A 3KTQA 4CIGA 4HCBA 1NJXA 5CYMA 3ALYA 4AHTA 3NF8A 3TAPA 1RT1A 3KLGA 3ISNC 2FC0A 4DTOA 3OJUA 4ZTFA 1BQMA 3OVNA 4C8LA 4KHWA 1VSJA 1Z26A 2IOCA 3WNFA 4F8RA 3L2UA 1X9MA 2HNDA 1D9FA 3O4QA 3QETA 1S5JA 4OJRA 1QSSA 3NE6A 1D8YA 3IRXA 3LALA 5CZ1A 4FJIA 2E6MA 3ZT2A 3AVHA 3HL8A 3MEGA 2R7YA 4E7LA 2GV9A 4CEZA 4CJRA 2BGGA 1HQUA 1W9HA 4FZZA 3CFOA 4RW7A 2X6NA 3AO2A 3DRPA 2P1JA 3MAQA 4DTRA 4BDZA 4F4KA 4FK2A 1WNSA 4KHQA 1TKZA 2WONA 1X9WA 1EX4A 3VQ8A 4DS5A 4B9VA 3RMDA 1NOZA 4QAGA 3JSMA 4R5PA 2OZSA 4PY5A 1BHLA 1JKHA 1EKEA 3VQBA 2JGUA 2G8HA 4FJKA 4DTUA 4M3ZA 3HYFA 1N6QA 5J2PA 1RT3A 2PYLA 2YHAA 3DM2A 4E7KA 3IG1A 4DWIA 3TWHA 4CFAA 5C25A 4GVMA 4CGIA 2BDPA 4FXDA 3HM9A 3SUQA 2D0BA 3KKSA 1Q9XA 3LP0A 4B9UA 3CG7A 4IFVA 4B8AB 3TABA 4DQPA 3ZT1A 4FK0A 1RT5A 2IGIA 1NJZA 1UAXA 1TKDA 4CFBA 2RN2A 1XI1A 2HNZA 4CGFA 1NJYA 1U4BA 1S9EA 3VQ4A 3ZT4A 1JXBA 4KFBA 1TVRA 3WNEA 4CJUA 1B9DA 2KW4A 3KLIA 5SWMA 1DTQA 3OYJA 5K14A 4BWMA 3AA5X 4CECA 1YTUA 1RNHA 2X74A 1CZBA 2F96A 2PY5A 4OGCA 3S3MA 3HPOA 3SZ2A 4ZTJA 3QEPA 1CXQA 1HRHA 2OZMA 4B9LA 4CCHA 5DMRA 4OPKA 1QHTA 1O1WA 1X1PA 4ID5A 3L3VA 1JLEA 4IG0A 4AILC 5KGXA 2E6LA 1SKRA 5D3GA 4W5QA 1WN7A 3U3YA 4CF8A 4ID1A 4ELUA 3ASMA 3OYLA 4CERA 2HMIA 3OYEA 2OPRA 3P1GA 1ZBIA 4GMJB 4I2PA 3LP3A 1Q9YA 2XO7A 1BI4B 3MEEA 2YKMA 3LAMA 4CJWA 3NDKA 4O0IA 1JLAA 3SUOA 1RDAA 3AVAA 1VSIA 3QINA 3K57A 5HLFA 4B9TA 1S1UA 3KLFA 1GOCA 2LSNA 2O4GA 2D5RA 4J2BA 4DFMA 2DFEA 4LH5A 1TK5A 3M8RA 3VQ6A 3CM6A 1KTQA 4HCCA 1WSHA 1IG9A 4FLXA 2WOMA 3OYCA 1TKTA 3FFIA 3E01A 4J2AA 3RTVA 4IDKA 1EP4A 1L3UA 1Y97A 3DOKA 3QEXA 4PUOA 3LANA 4KHNA 5HP1A 2JLEA 1RBVA 4B8CA 3D45A 4CHZA 2RKIA 3EYZA 3AVIA 4EP4A 1C0UA 4W5OA 4F3OA 1U47A 1LV5A 4E7IA 3QESA 4N41A 4M3XA 4CFCA 4KV8A 3V9WA 1RILA 3V1QA 1S9GA 3HP9A 1F21A 1LWFA 3F73A 3SPYA 3DLHA 4NCBA 1RTIA 4DQIA 4Q5VA 1R0AA 3HSTB 4O55A 2VWJA 4IKFA 1JL2A 3RR7A 3OYDA 4CEAA 1A5XA 1VSLA 4JLHA 1WSGA 3SYZA 4KI6A 3NCIA 1X9SA 3VA0A 3LPTA 4W5TA 3QEVA 1S6PA 3HPHA 5HROA 1KVAA 4CHQA 1BL3A 1TKXA 3QNNA 1KFSA 4CJ3A 3KLHA 4FM0A 3HT3A 4E7HA 2E4LA 1ASVA 5CY4A 4DSFA 1KVCA 1L3VA 4OLAA 3TAEA 3NGYA 3V81A 3HPGA 2KTQA 4I7FA 2HHTA 4LSNA 2FBYA 1L3SA 4E0DA 2HHQA 2KFZA 1BCOA 3RMCA 3QNOA 3MEDA 3SV4A 2YNHA 4M42A 4KREA 3V6DA 1Q8IA 1B9FA 4HUFA 3K5OA 3S3OA 4KB0A 3SJJA 1U04A 2HVHA 3V1OA 3ULDA 1CLQA 2IAJA 2HHSA 3QIOA 3K5NA 1T05A 4CHNA 1YVUA 3V9UA 1L3TA 1FK9A 3V9SA 1QSYA 3LZJA 3KLEA 1LWEA 3ZSZA 3KIOA 4DQQA 4M45A 4ZHRA 1HNIA 1TL1A 3OYGA 4DQRA 3VN5A 3P5JA 4I9QA 1J9AA 3VQ9A 4QCLA 1T03A 2XY7A 3L2RA 4RG8A 4I9LA 4O5BA 4E1MA 4KO0A 3AVJA 1C0MA 2FBXA 3B6OA 3NBPA 1FXXA 2P51A 1QTMA 3DOLA 1RCHA 5FRNA 3NGIA 4DG1A 4FVMA 1VSFA 3NF6A 5HRNA 3KK3A 4CJVA 2PYJA 4CFDA 4CEOA 4F2RA 4IG3A 4HUEA 4CK1A 2Y1JA 2OA8A 4FJ9A 1KFDA 3IS9A 2F8SA 4UQGA 4O0JA 4PWDA 3S3NA 1WAJA 5I3UA 1XHZA 1A5WA 2VWKA 1QS4A 4KTWA 3ZSRA 2ATQA 1ZBUA 2EX3A 4YFUA 3M8SA 3AO3A 1BI4A 3NH0A 2B4JA 3TAMA 4CEFA 3SNNA 1NK9A 2ZQBA 1N5YA 4J2EA 3SUNA 1ZYQA 3KK1A 4MFBA 2OPPA 4KKOA 1C1AA 4E19A 3AA4A 5KI6A 4KPYA 3HVRA 1TV6A 4ELVA 4W5RA 5C24A 2KFNA 3AA3A 2HHVA 3VQ7A 1RTHA 1L5UA 3O3GA 1C1CA 3OYHA 4CGJA 1FKOA 4DTSA 2Y1IA 2D0CA 2Q3SA 4CF9A 3SI6A 4CJPA 5KGWA 1VRTA 4C8MA 1HYZA 3OS0A 3SCXA 4BE1A 3ZT3A 3QO9A 4AHRA 4AHVA 1BCMA 2IC3A 3RMBA 1A5VA 3K5MA 5KTQA 3HO1A 4PQUA 2YNIA 4FLYA 3L2VA 3AO4A 3LWLA 4CJLA 2VG5A 4BE2A 3SV3A 3PY8A 3OYBA 3RR8A 1WSJA 1BIUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LP1A 3R3LA 3SQ0A 2QKBA 2ETJA 2G8VA 3SAHA 5T7BA 2CGJA 3TAGA 1J53A 2UU9K 4LF8K 4BC3A 3VQDA 3DMJA 1QSLA 4KHSA 5BPMA 2F4VK 1I39A 3CJ9A 1RTDA 4I6MA 3G10A 2UXBK 4BRFA 2E5LK 2QK9A 3I0RA 5FPEA 4IO9L 2QM1A 2NRXA 4H8KA 3EE8A 3BDPA 4DB3A 3AVFA 4Z4EA 1RBTA 2FF6A 2YHXA 3DRSA 4A61A 2X78A 5M1PA 1YJNN 3D6RA 2B5JA 1GOAA 2NUBA 4U7BA 4DTNA 3LP2A 3U9ZA 3RRHA 5GIOA 3LM9A 1GLFO 3QIPA 4B3SK 1U45A 2D0AA 3LDOA 3CFPA 5LMNK 3V9XA 3E9OA 4CESA 5AZIB 4DSEA 1RT6A 3C6TA 3HK2A 1HNVA 4DUZK 1KCFA 1NGEA 1JLQA 4MQ3A 4U67L 3OYNA 4G9ZA 1DTTA 1D4XA 4JKGB 3CC2N 2HNYA 2ZF5O 3VENA 3VTIA 1UA0A 3LZIA 1IBLK 5JICA 2E8AA 1S1TA 2FSJA 1ZBSA 3QLHA 1LAWA 1RDCA 4N5SA 1LAVA 4RW6A 4YOXA 3RWUA 4FJNA 4MDBA 4XH4A 4AH9A 4NCAA 1NK4A 1NK8A 3ZSXA 4DR5K 3ITHA 5AQLA 4DF8A 4RCHA 1XC9A 5H1SQ 2YNFA 1N36K 4BREA 4E89A 2KLAA 1HNZK 4IEIA 2YV0X 3F5TA 3VF6A 4JKAA 2WFBA 4CJTA 3NH1A 2A1RA 2WUSA 3KVGA 1KVBA 2RE2A 3PX0A 3NH2A 4DFKA 1P90A 4J2DA 3EL2A 5TKWA 3HI0A 3QB0A 4Y1DA 4BE0A 3HBTA 4JK8A 3M1FA 4M41A 4B1YB 4Z4FA 5JLHA 4CJEA 3IUCA 1HUXA 2IS3A 4DF4A 4IDHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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