3DWLA

Crystal structure of fission yeast arp2/3 complex lacking the arp2 subunit
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
420
structure length
355
Chain Sequence
SFNVPIIMDNGTGYSKLGYAGNDAPSYVFPTVIATRTEDLDFFIGNDALKKASAGYSLDYPIRHGQIENWDHMERFWQQSLFKYLRCEPEDHYFLLTEPPLNPPENRENTAEIMFESFNCAGLYIAVQAVLALAASWTSSKVTDRSLTGTVVDSGDGVTHIIPVAEGYVIGSSIKTMPLAGRDVTYFVQSLLRLKTAERIKEECCYVCPDIVKEFSRFDRLKYASIDVGFERFLAPEIFFNPEIASSDFLTPLPELVDNVVQSSPIDVRKGLYKNIVLSGGSTLFKNFGNRLQRDLKRIVDERGVDVNVISHKRQRNAVWFGGSLLAQTPEFGSYCHTKADYEEYGASIARRYQI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Actin-related protein 3
publication title Structure and biochemical properties of fission yeast arp2/3 complex lacking the arp2 subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
total genus 84
structure length 355
sequence length 420
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dwlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dwlA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dwlA03
5AFUA 2IVOA 3U9DA 1BO5O 5AQVA 3O4WA 3CJ1A 4AM7A 3HM8A 2VYPA 5LJVA 1H1VA 5AZJB 1NGIA 2YHXA 3H3NO 1X3MA 4FWNA 4GY2B 3VEYA 2PAVA 2V7YA 4NB4A 3VEZA 1X3NA 3CQYA 4PL8A 4BRNA 3AY9A 1QZ6A 4HTLA 2Q36A 2QWRA 4H0VB 4BC4A 4BGBA 3R8EA 3C7NA 1U2VA 1GLEG 1ESVA 1WUAA 2E8AA 1YVNA 5AQGA 3DAWA 4FWSA 1TYQB 4BVOA 1QQOA 4B1XB 2FSJA 4MO4A 2AA4A 2NRHA 3JS6A 3FZLA 1Z05A 2FSNA 1JCEA 4O8KA 1NWKA 1DEJA 4KBOA 3VGLA 1GLLO 3LDPA 3DXKA 2V52B 4FOEA 5BPNA 4FO0A 4CZMA 4M7YA 3LDLA 3CQXA 3LL3A 4WQ5C 2E1YA 2QM1A 3ZX3A 1TUUA 3KVGA 3SMPA 2E20A 1NGDA 2P9KA 5BRFA 3HBTA 4MLHA 2A6AA 4CZHA 1GLDG 1YUWA 4H5VA 2EWSA 1DGKN 1T6DA 2A41A 4DB3A 3QDKA 2E88A 3RSEA 1RFQA 3LDOA 3D2EB 3M1FA 3CIPA 4JNEA 3I33A 2IIRA 3HTVA 3EZWA 4JD2A 1NGJA 4BRKA 4A61A 3H1QA 4BRLA 1NGBA 3QBWA 1NGAA 3CJ7A 4BROA 3WXKA 4IXCA 3EO3A 3LM2A 4WQ5A 1HPMA 5ELZA 5KPRA 1SQKA 4YDUC 2P9IA 3SLCA 4B9QA 1LCUA 3L6QA 3ENHA 1NLVA 5EXWA 3SK3A 4BRHA 1QHAA 4ISGA 4BGAA 5FPEA 3SMSA 2GTDA 4K43A 4DCHA 4IO8A 4CZKA 4RTFD 1IG8A 1ZBSA 3O8MA 3C7NB 2A5XA 2F9TA 4FWLA 3ULEA 3VEWA 2WUSA 4BRCA 3MN9A 1E4GT 3H3OB 3WXJA 2D0PA 2CH6A 3AARA 3GL1A 4CZFA 4YDUA 1GLBG 3MN6A 1NM1A 3FFKB 5EVZA 1GLAG 5ADXA 4PKIA 4ISFA 3VEXA 4B1UB 4CZEA 3U4LA 4B1VA 1OKJA 4CZIA 3U9ZA 1EQYA 1V4TA 5KPZA 4E1JA 1SAZA 3UKRA 1NGFA 4BC3A 3QB0A 2P9NB 2NZTA 2DPNA 3O6WA 3IUCA 3TU5A 5AQSA 3AAQA 3MDQA 3VF6A 2D1KA 1T44A 4I6MB 2ZF5O 1ATNA 1IJJA 2CH5A 1GLFO 2QXLA 4BREA 3ZETA 5KQDA 3D2FB 2UYTA 5JICA 3QICA 3GDQA 3I8BA 3O1WA 1ZXOA 4JD2B 3FZFA 3A5LC 3BF1A 4XEIA 3TPQA 2E2QA 3KHYA 1MWKA 3IFRA 4QS9A 3BEXA 3IDHA 1GLJO 3CI5A 4BG8A 3O1BA 2P9LB 5AFUH 2V7ZA 3FZKA 5BRDA 5AZIA 4CZGA 2FXUA 5CE3A 5F1XA 2YJEA 3ATVA 4FOIA 3CETA 3QMLA 2YHYA 1DKGD 3W0LA 4JHDB 1C0FA 2YHWA 2P9UA 3KZBA 3J8AA 1RDWX 1ATRA 5EOYA 1KAXA 2FSKA 4FPAA 3A8YA 1NGCA 5LY3A 3WQTA 3VESA 4BRMA 1BA1A 3FE1A 4CD1A 1BWFO 3A0IX 3WXLA 2Q2RA 3ATUA 3MMVA 3VPZA 3W3DA 2Q0UA 3ZEUB 4F9OA 3QBXA 4IZ9A 5AQIA 4CJ7A 3CJAA 5EY4A 4BRAA 5AQPA 4CI6A 3VERA 1YXQA 3UB5A 3IMXA 2A42A 4BQZA 1NGGA 3EKSA 2I7NA 3GOIA 4XH5A 2HOEA 3UKUB 3M3ZA 2D0OA 3VGMA 3UKRB 3CHWA 2Q0RA 5AQYA 1HJOA 3O5BA 2HMPA 1JCGA 1NMDA 3DXMA 1NGEA 1K8KA 2P9PA 1C0GA 4JN4A 3WEEA 1X9JA 1KAYA 4L3QA 4DQ8A 4H0YB 3FR0A 4FWKA 4QS7A 3A5MC 1BU6O 5FPMA 5KQ8A 3CJ9A 5AZJA 2HF4A 3VENA 4GNIA 5BN9A 3D7EO 2FF6A 4CZJA 3H45C 3H6EA 3VETA 3FGUA 2FF3B 1XUPO 3S41A 4RWTA 3UE5A 5AQMA 4BRDA 1U2VB 5AQHA 2Q31A 4BR2A 4EHTA 2ZWHA 4NO7A 1BA0A 2OANA 3MN5A 3R6MA 1QZ5A 1YAGA 5F0XA 1XC3A 1MDUB 2A3ZA 3MN7A 4EAHD 3H1VX 1Q18A 1HLUA 1TYQA 2HF3A 2VCPA 3GE1A 2QW9A 3CJBA 1BG3A 1MA9B 2PBDA 4H5WA 3DXKB 4BR9A 4QS8A 1J6ZA 4WQ4C 3WQUA 3O80A 2YJFA 3LDNA 3L4IA 1HKGA 2P9KB 1MWMA 4Y0WA 4XH4A 2J4RA 3ID8A 2YI1A 4PKHA 2A40A 2ASOA 1BOTO 1QQMA 3O08A 4MO5A 4BR7A 3RSEB 2I7PA 5B8HA 1BDGA 2QWMA 2QWQA 5ADXH 1HKCA 2E2NA 1XQSC 5BREA 4PL7A 2ZGYA 4IJNA 5AQKA 5BRHA 3D2EA 3EN9A 3GBTA 4FWMA 2ASPA 4RCHA 3VOVA 4WQ4A 4FWQA 4BRIA 4BRQA 3FLCO 4FWRA 3HSCA 4BQLA 2BTFA 5LJWA 4WYBA 5AQRA 3A5NC 4EFHA 3CJCA 2P9IB 2W41A 1BUPA 4H03B 2GELA 5BR9A 2CGJA 3OHRA 2VWBA 4B1YB 4K25A 2IVNA 4H5NA 3VF4A 1RGIA 2F9WA 1HUXA 4A2BA 4XH1A 5TKYA 4HWIA 2Q97A 3ULEB 4CBUA 3EL2A 3VGKA 4H0TB 1HX1A 2QWOA 2Q1NA 3P4IA 3SJHA 2E2OA 1KXPA 4Z94A 4CBWA 3BF3A 3DWLA 5FPDA 5BN8A 4J8FA 3WUHA 5F2RA 4AM6A 1ATSA 1Z6RA 3G25A 2IVPA 3JXUA 4H5RA 5AQZA 4A2AA 3B8AX 4FPBA 4CD3A 4FWPA 1U6ZA 5E26A 4B1WB 4BR0A 5EX5A 2GUPA 2GWJA 5AQFA 2BUPA 5E84A 2ASMA 4H0XB 3C0BA 4O5FA 2V51B 2YCHA 3LM9A 2P9SA 5AQOA 2ITMA 2P9NA 3GG4A 4BR5A 3ZETB 4BG9A 3FZHA 3QFUA 4CZLA 5AR0A 2AP1A 4H0PA 4I6MA 4K41A 1G99A 2D4WA 3EKUA 4JAXA 4M7XA 3D2FA 4B1ZA 5FPNA 3QFPA 3A5OC 1S3XA 1P8ZA 4H0OA 5AQJA 5AZIB 1NGHA 4EIAA 4BC5A 2H3GX 5AQQA 3R9PA 1D4XA 5JLHA 3MK6A 2P9LA 3CERA 2ZGZA 4BR4A 3AAPA 1TUYA 3FZMA 1NBWA 5JMVA 3LDQA 2P9UB 1GLCG 3HI0A 4M63C 5AQWA 3ZX2A 4LC9B 4A62A 1LOTB 5BPLA 5AQLA 4C23A 1T6CA 4JHDA 1JCFA 3ZX0A 1E4FT 2QWLA 5KPTA 4BC2A 5I9EB 1HKBA 4BRFA 2W40A 5AQTA 2QWPA 4DHYA 3ENOA 3WXIA 5JLFA 5AQXA 3DJCA 4PKGA 4IWVA 3M6GA 3BP8A 3H46O 3L0QA 1Y64A 2E2PA 2CGLA 4FL9A 1V4SA 4FSVA 3VEVA 4EHUA 3BUZB 1CZAN 2GEMA 3VEOA 3ZEUA 3F9MA 4IJAA 1SZ2A 1ZC6A 3U8XA 4BVPA 4K42A 5AQNA 3WT0A 1R59O 4CBXA 2KHOA 5BPMA 2FLOA 3VF2A 2GWKA 2QWNA 4BRGA 2NLXA 1QQNA 4ISEA 1S22A 4H5TA 4BRPA 4MLEA 3MCPA 4FWOA 1WOQA 5AQUA 2P9SB 3DXMB 3UKUA 2CGKA 3HZ6A 1K8KB 2P9PB 3WEEB 2E1ZA 1KAZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HR0K 1TAQA 4I2PA 3G0ZA 4W5OA 3C95A 4JKAA 3O4WA 4AM7A 2G8UA 3TTDA 3ZT0A 5AZJB 3H3NO 4FWNA 3VEYA 4Z4HA 3VEZA 1RT6A 1X3NA 1EXQA 5GAHP 4BRNA 4E7KA 4W5TA 1B9FA 4KV8A 1KFDA 4AHRA 3PO5A 1ZBIA 1ESVA 4AHSA 4FJJA 3K5OA 3HM9A 3F5TA 3CYGA 1FK9A 3K9JA 4DR1K 3JS6A 1S1WA 1Z05A 3FZLA 1S1UA 3ZT1A 4CGFA 3SAHA 2O8CB 3VTHA 3DXKA 3DLEA 4CZMA 3LL3A 3SMPA 4KREA 1NGDA 2HMIA 1BI4B 4BE1A 4CZHA 1GLDG 4H5VA 1XNRK 3AA4A 1D5AA 1BQMA 1T3VA 4ILJA 3O3FA 1RFQA 3D2EB 4E89A 1RTHA 2IIRA 3OYLA 3EZWA 4BRKA 4CIFA 4AF1A 4A61A 4Y1DA 1OH5A 3E66A 3QBWA 4N5SA 3ZSOA 4BDPA 4BROA 4DWIA 3IG1A 4PA1A 3AO3A 4RG8A 3HPGA 5ELZA 2P9IA 4B3RK 3SLCA 2WOMA 4IDHA 4B9QA 5SZTA 4JS5A 3L6QA 3CMAN 1N5YA 1WAJA 2W6LA 1QHAA 4Z4IA 4BGAA 4CEZA 3DOKA 4K43A 3NVMA 4CZKA 1TKXA 4BWJA 2A5XA 2F9TA 4FWLA 3ULEA 3QNOA 2WUSA 4BRCA 3MN9A 1E4GT 4CVNE 3H3OB 4FZYA 2D0PA 1TL3A 4UQGA 3LP1A 1O1WA 4RW8A 5CYMA 3MN6A 4CJPA 3NH0A 1VQ7N 3FFKB 4Y1CA 5EVZA 4IEIA 1KRPA 5IT9O 3ISNC 1RT4A 5AJ3K 5HL7L 4CZIA 1UAXA 5KPZA 1V4TA 3N4PA 5DK5A 1QS4A 1JL2A 3HXMA 4BECA 5E41A 4B9TA 4O0JA 1W0HA 1J5OA 2NZTA 2DPNA 2KW4A 2PY5A 3HK2A 3VQCA 3ITHA 3MAQA 2PYJA 3HO1A 1T44A 5M1NA 4Q0BA 1ATNA 1W2BM 2HW3A 3THYA 1YTUA 1R0AA 1ILYA 1SV5A 2PFUA 4KH5A 2E2QA 2YNHA 3M5RA 3KHYA 3IFRA 3BEXA 4F2RA 4FJ5A 5C2DA 2RF2A 5M1QA 4DSLA 1Q81O 3FZKA 3P83D 5BRDA 4FLTA 2FXUA 5LL6Z 3WNHA 3TSPA 4DTJA 3ATVA 4FM0A 1T03A 4KB0A 4M3XA 2P5GA 1DKGD 4J2EA 4LF5K 1C0FA 1YJWN 3JSMA 3KZBA 4B9MA 3L2QA 4CJVA 1N33K 5I3UA 5C10A 4DQQA 4BEBA 1Z25A 3VESA 1C1CA 2Q2RA 5LMNK 3SQ0A 4IZ9A 3NH1A 4CJ7A 3CJAA 4BRAA 5AQPA 1C1BA 4CI6A 4CCHA 1K6YA 3RRHA 1EKEA 3OY9A 3IMXA 1NJXA 4BQZA 3FFIA 4X64K 1U49A 4XH5A 4N41A 2XO7A 1VQPN 3E01A 4JI1K 1CXQA 4DTSA 1JLCA 3VGMA 3CHWA 2Q0RA 3I55N 4O55A 2KTQA 1HJOA 2HMPA 1JCGA 3SAFA 2FBYA 3WXMB 4YOWA 1NMDA 4JI3K 1K8KA 2P9PA 1C0GA 4JN4A 1HQUA 3PX0A 3NH2A 4H0YB 4HHTA 4DF4A 5FRNA 3DYAA 4FWKA 4QS7A 5KQ8A 4EZ9A 1Z26A 5AZJA 1EO1A 4CK3A 4GV3A 1DLOA 4GNIA 2KFZA 3VQQA 2AJQA 2QXFA 2FF3B 4KB1A 5DM7L 5AQMA 3ALYA 4CEDA 4BRDA 1U2VB 4BR2A 1CZBA 1TL1A 4BDZA 1M90O 3D45A 4M3UA 4NO7A 5HRNA 2OANA 3MN5A 1YAGA 5F0XA 3IRXA 3UIQA 3G4SN 1MDUB 2VCPA 1TKTA 3GE1A 4IKFA 1BG3A 1MA9B 3OYDA 3WQUA 1YI2N 1NK5A 3O80A 1HRHA 2YJFA 1CLQA 1RTIA 1HKGA 3ZT3A 2O8CA 3MX5A 4XH4A 4I9LA 2YI1A 4MO5A 2IC3A 3RSEB 3CCLN 3OYCA 3NF7A 1BI4A 4W5NA 1HKCA 2E2NA 1XQSC 4KHNA 4PQUA 4PL7A 2GX9A 1A5XA 4IJNA 5BRHA 4CJTA 3WNFA 3D2EA 3HT3A 4BRIA 4ELTA 3FLCO 4LY7A 1ZYQA 2BTFA 4J2DA 2IAJA 5AQRA 3A5NC 2P5OA 4OKJA 1KVBA 4RW9A 4BE0A 3RTVA 4H03B 3P1GA 5BR9A 3CFPA 3MWTA 4A5BA 4B1YB 2YNFA 3VQDA 4W5QA 3SI6A 3VF4A 2BGGA 4NLCA 4A2BA 1VSDA 3VQPA 2RN2A 1JLAA 4KTWA 3KLHA 3EL2A 3LZJA 4FVUA 1KXPA 2WBNA 2X78A 4OVLA 4CBWA 4R79A 4J8FA 3LAMA 5F2RA 1M1KO 4KHYA 1C1AA 1ATSA 3TAFA 2HVIA 4OKEA 2IVPA 4FLUA 1DTTA 4A2AA 4DS4A 4FPBA 4DTOA 5E26A 4F2SA 3TAMA 4B1WB 4X65K 3RMDA 2ASMA 4CFAA 2ZD1A 3LM9A 2ITMA 1E3MA 1VSKA 3GG4A 2HHQA 4CJLA 3S5TA 3HP6A 5AR0A 1QVFM 1KFSA 3TABA 1XHXA 4M7XA 2HVHA 4B1ZA 2D0BA 3CCSN 1D9FA 2PZSA 5AQJA 5AZIB 1YIJN 3I0RA 2NRVA 4CGJA 2H3GX 4BDYA 3R9PA 4A59A 5JLHA 4E7LA 3AAPA 1TV6A 4Z0UA 1YVUA 5MLCQ 4IBNA 3HI0A 2OTLN 4ID5A 4CFBA 4A62A 2G8WA 2X6NA 3MWPA 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1RT2A 1ZBHA 3LM2A 4WQ5A 1JLQA 4DKWA 3OA9A 4CE9A 3AA3A 5C24A 1HPMA 4MDAA 4YOUA 5KPRA 3SNNA 2A1RA 3P38A 1NG9A 4IFEA 3M8SA 3O9TA 3OYMA 2BE2A 3AV9A 1NLVA 3C6HA 1YT3A 1HNXK 3NF6A 4BRHA 4ISGA 1C0TA 4K8XA 1DT9A 5HBMA 2GTDA 1VQNN 1XNQK 1CZ9A 1IG8A 3C7NB 1HPZA 4DV4K 1HNZK 1BIZA 3VEWA 3ZSWA 4LFBK 4JI2K 4CERA 4NCAA 3KKSA 2WC9A 4FJHA 3AARA 5KI6A 1EWRA 4AQYK 3GL1A 4CZFA 2WONA 4YDUA 3SQ1A 4LFCK 1GLBG 3MXJA 1A5VA 1GLAG 4ISFA 3VEXA 3U9ZA 1EQYA 3TAGA 2PYLA 3KD5E 3SJJA 1NGFA 2Z1GA 4JK8A 4H4OA 4BC3A 3QB0A 1VSJA 1NJZA 4IOCL 3O6WA 3SUOA 4CJRA 3PIPL 4DR5K 3VF6A 1VSFA 4LH5A 2ZF5O 3VA3A 2CH5A 1IJJA 2QXLA 1GLFO 3ID6A 3R1XA 4BREA 5KQDA 3D2FB 1JLBA 5JICA 2XY6A 5D3GA 4JD2B 4EP5A 1N32K 3TPQA 4B9VA 4FXDA 3DLKA 2D5RA 1MWKA 4FLYA 4DSKA 4RW6A 1GLJO 1VK0A 3CI5A 3DLLL 4DF8A 3TAEA 4BG8A 5AFUH 2P9LB 3C6TA 1LWFA 2V7ZA 5AZIA 3HYFA 2E6LA 4HUEA 4GVMA 5CE3A 2YJEA 3E9PA 3AGRA 1REVA 4JHDB 4N56A 1QSLA 3LWMA 2UXBK 4AHCA 1NKCA 4DQPA 2FSKA 3G10A 3LAKA 2G8HA 1VQ5N 3NMUA 1NGCA 1VHXA 4DMNA 1I3AA 4U67L 4BRMA 3FE1A 1MU2A 2VQEK 2YKMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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