3DWLA

Crystal structure of fission yeast arp2/3 complex lacking the arp2 subunit
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
420
structure length
355
Chain Sequence
SFNVPIIMDNGTGYSKLGYAGNDAPSYVFPTVIATRTEDLDFFIGNDALKKASAGYSLDYPIRHGQIENWDHMERFWQQSLFKYLRCEPEDHYFLLTEPPLNPPENRENTAEIMFESFNCAGLYIAVQAVLALAASWTSSKVTDRSLTGTVVDSGDGVTHIIPVAEGYVIGSSIKTMPLAGRDVTYFVQSLLRLKTAERIKEECCYVCPDIVKEFSRFDRLKYASIDVGFERFLAPEIFFNPEIASSDFLTPLPELVDNVVQSSPIDVRKGLYKNIVLSGGSTLFKNFGNRLQRDLKRIVDERGVDVNVISHKRQRNAVWFGGSLLAQTPEFGSYCHTKADYEEYGASIARRYQI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin-related protein 3
publication title Structure and biochemical properties of fission yeast arp2/3 complex lacking the arp2 subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
total genus 84
structure length 355
sequence length 420
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dwlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dwlA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dwlA03
2ITMA 2VYPA 2IIRA 5FPDA 3A8YA 2P9UB 5ELZA 4JD2B 2VCPA 2CGLA 3MN5A 4ISEA 3CIPA 1U2VA 2E2OA 5EOYA 1K8KB 1NGJA 4LC9B 2FF6A 4BRCA 1C0FA 2YI1A 3IMXA 4WQ4A 2QWPA 1LCUA 3IDHA 4FWLA 1MDUB 4CBWA 2AA4A 3HTVA 3JS6A 2E2PA 4IWVA 1CZAN 3GDQA 4NO7A 3ULEB 4DHYA 1SQKA 5AQJA 4KBOA 2P9NB 1T44A 4XH1A 3HZ6A 2D0PA 1XUPO 3L0QA 5I9EB 3QBWA 3QFUA 4JNEA 3CJAA 2E1ZA 2A6AA 5AZIA 4ISGA 1V4TA 3EKSA 4H5VA 2HF3A 3LDOA 4CZHA 1Z6RA 4CZIA 3D2EB 1MWMA 4BQLA 1HKGA 3H3NO 3FZHA 3G25A 4O5FA 3DXKB 1BOTO 4H0TB 5AQTA 2P9IA 3CETA 3C7NB 4HWIA 3AAPA 1KAXA 2I7PA 3LL3A 3UE5A 4IO8A 5AQXA 3M3ZA 4BR5A 4BREA 2HF4A 5BPMA 2CH6A 5BPNA 4GNIA 3HM8A 3D2FA 3MK6A 1NM1A 5KQDA 3CQYA 4YDUC 5F0XA 5KPTA 2HMPA 2QWOA 3LDQA 2FXUA 3TPQA 3ZETA 1WOQA 4BGBA 3DXMB 4DCHA 2A40A 4K43A 1BUPA 3FE1A 3UKUB 3VOVA 5BPLA 1QQOA 4O8KA 1YVNA 2IVPA 3CHWA 3HI0A 2AP1A 2F9WA 3EN9A 3IFRA 1GLFO 4FSVA 5JICA 4BC5A 3SK3A 2Q31A 4CD3A 4CZKA 2BUPA 1IG8A 4YDUA 3DAWA 3CJBA 4FPBA 5AQFA 4BRDA 2YHYA 3ATUA 3R8EA 1TYQA 2PAVA 2VWBA 2IVOA 2P9SA 4FWKA 4FWQA 5AZJB 3U9DA 3VESA 4H0PA 3MCPA 3QFPA 1WUAA 3VF4A 4BROA 2GTDA 5LJWA 3C0BA 3VF6A 4K42A 3MN9A 4CJ7A 3BUZB 3SLCA 4H5WA 2GEMA 4FWPA 2QWNA 4FO0A 3JXUA 1RGIA 5TKYA 4I6MA 2D1KA 2W41A 4BRMA 5B8HA 3WEEA 3W3DA 1X3MA 2QWLA 1NLVA 1ATRA 1NBWA 3FZMA 3VENA 2GWKA 1LOTB 1V4SA 4J8FA 4BRLA 1KXPA 1RDWX 4QS8A 2A41A 4DB3A 1G99A 3A5MC 4BRGA 3FFKB 1U2VB 4PKHA 3FGUA 4BC3A 5FPNA 3R9PA 1GLAG 3CERA 4H0XB 5ADXH 3ID8A 1NGHA 3U9ZA 3M1FA 3CJ1A 5E26A 1QQMA 3H46O 1S22A 1BG3A 3O1BA 4PL8A 4DQ8A 2OANA 2W40A 4IXCA 3VGMA 4JD2A 3AAQA 4XH4A 3OHRA 2GUPA 4EIAA 3UKRA 5BN8A 1ZXOA 1HX1A 4JAXA 2IVNA 4Z94A 3VEZA 1ATNA 4RCHA 2ZF5O 2V52B 3GE1A 2CGJA 3ZEUB 4MLHA 2I7NA 4IZ9A 3VGLA 2BTFA 4Y0WA 1HPMA 1DEJA 5EVZA 3A0IX 3WXLA 2E88A 3MN6A 2WUSA 4M63C 4FPAA 3ZX0A 5AZIB 4EFHA 1BU6O 5AFUH 2YCHA 1NGEA 4QS9A 3ZX2A 1SAZA 4IJNA 3O4WA 4C23A 1NGAA 1U6ZA 2QWMA 4H0OA 1JCGA 5AQPA 5KQ8A 1GLBG 2J4RA 2P9IB 5AQZA 3SMPA 2Q36A 3L6QA 3O80A 2F9TA 4MO5A 3H1QA 1NGCA 3R6MA 5JMVA 3H3OB 2ASOA 4BRQA 1R59O 4M7XA 1P8ZA 4L3QA 4XH5A 3RSEA 4EHUA 4EHTA 1BWFO 4B1VA 1BDGA 3U4LA 4MLEA 5KPZA 3C7NA 4HTLA 3ZETB 3EO3A 3W0LA 4M7YA 2V7YA 3QICA 2GELA 3GG4A 2Q2RA 4JN4A 5EX5A 4CBXA 3ENOA 3M6GA 3FZKA 2FSJA 4BRNA 1RFQA 4BC2A 3FZFA 3KHYA 5BRFA 1ATSA 3O5BA 5KPRA 3D7EO 3VEWA 3LM2A 5JLHA 3IUCA 1JCFA 4F9OA 2P9PA 2YJEA 1Q18A 5BRHA 5AQOA 2ZWHA 5BR9A 3ZX3A 1GLCG 1QZ6A 4FWRA 3QDKA 4GY2B 3CJ9A 2E2QA 3O8MA 5AQMA 3F9MA 2CH5A 3VEOA 3VEVA 4PL7A 5AQHA 4B9QA 2P9SB 2P9KA 4E1JA 5ADXA 3VEYA 4JHDA 2ZGZA 4CBUA 3H1VX 5LJVA 2V7ZA 3U8XA 2PBDA 2ASMA 4WYBA 1JCEA 3A5NC 3MDQA 4RWTA 4H5RA 1X9JA 1KAZA 1GLEG 4A2BA 1HLUA 3VPZA 2A3ZA 4CZFA 2QWRA 3CI5A 4CZEA 3WEEB 4NB4A 2YJFA 4BVPA 4BQZA 3BP8A 2FLOA 3QB0A 4CZJA 3A5LC 3CJCA 2A5XA 2YHXA 4FWSA 4FWOA 1S3XA 5AFUA 1DKGD 3BF1A 2FF3B 4BGAA 4BRAA 2D0OA 3QBXA 3WQUA 2QW9A 3GBTA 3ENHA 3DWLA 4BR9A 4A2AA 2P9LA 3AY9A 3LDNA 3L4IA 5AQWA 2Q1NA 2E1YA 4CI6A 2ASPA 5AQQA 4ISFA 2P9UA 1E4FT 3P4IA 3ATVA 1YXQA 3SMSA 2DPNA 4A61A 3H6EA 1MWKA 3UKRB 3SJHA 4H0YB 2QXLA 1K8KA 4H03B 5AQGA 1YAGA 5AQUA 5AQNA 2CGKA 1Z05A 4K25A 3VEXA 3LDLA 4BRIA 3A5OC 3FLCO 3GOIA 1T6CA 3WXKA 1HJOA 4IJAA 3ULEA 1T6DA 4BRPA 1OKJA 2P9NA 3EL2A 3LDPA 3KVGA 2NRHA 4WQ5C 1YUWA 2UYTA 4QS7A 3O6WA 3WQTA 1NGDA 3S41A 1MA9B 3KZBA 3MN7A 3O1WA 4PKIA 3ZEUA 1ESVA 3MMVA 1XC3A 4CZMA 5AR0A 4B1WB 5BREA 5JLFA 3BEXA 1BA1A 1NGGA 5CE3A 5EY4A 2A42A 4PKGA 5AQSA 3D2EA 4BVOA 1EQYA 3D2FB 3QMLA 3TU5A 2GWJA 4H0VB 1D4XA 2V51B 3RSEB 1E4GT 3VERA 4AM7A 3DXKA 4BR0A 5BRDA 4BRFA 5AQYA 1GLLO 1NMDA 4WQ5A 4RTFD 2NZTA 5FPEA 2YHWA 3I8BA 3WUHA 2FSNA 3I33A 1TUUA 4BRKA 2E20A 2EWSA 2H3GX 5EXWA 4MO4A 3VF2A 1HKBA 1BO5O 5FPMA 3WXJA 2P9PB 3DXMA 1ZC6A 4FWNA 3B8AX 2FSKA 1NGFA 3UKUA 4AM6A 4EAHD 2D4WA 1TYQB 2Q97A 4CZGA 4FWMA 4CD1A 2QM1A 1XQSC 4B1XB 1QQNA 3CQXA 2ZGYA 2P9KB 2E2NA 3FZLA 4JHDB 3WT0A 3LM9A 3VGKA 2Q0UA 3CJ7A 4B1ZA 3WXIA 1GLDG 1GLJO 5LY3A 2NLXA 1J6ZA 1H1VA 4BC4A 4H5TA 4I6MB 5F1XA 3UB5A 4CZLA 5AZJA 1IJJA 1QHAA 3H45C 4B1YB 3BF3A 5E84A 1HKCA 4K41A 4BRHA 5AQLA 1Y64A 2Q0RA 3HSCA 3GL1A 1C0GA 1NWKA 1HUXA 2QWQA 5AQIA 1TUYA 3O08A 3HBTA 5AQVA 1BA0A 5AQKA 1NGIA 5BN9A 4B1UB 2HOEA 4BG9A 4BR7A 3VETA 3AARA 3J8AA 4BR2A 3DJCA 2KHOA 4WQ4C 3FR0A 4FOIA 1QZ5A 4XEIA 2E8AA 2P9LB 3EKUA 4FOEA 1KAYA 4BR4A 4H5NA 1X3NA 3EZWA 1DGKN 4FL9A 5AQRA 5F2RA 1NGBA 1ZBSA 4BG8A 1SZ2A 4A62A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VYPA 1J53A 1BGXT 2CGLA 1VQ9N 2VGNA 4KTQA 4KHWA 2UXBK 1C0TA 4FZXC 3KLGA 2FF6A 3IMXA 4FVUA 4WQ4A 4MFBA 1IKXA 2X74A 3CPEA 4LH5A 3V1RA 4IWVA 3MWPA 4LFCK 3NHGA 4DHYA 1M1KO 5AQJA 4KBOA 2YNFA 4GKKK 4XH1A 3IRXA 4IOXA 4F4KA 3L0QA 4JI3K 1C0UA 2A6AA 3DLHA 4CECA 2E5LK 4B08A 1RDAA 2ZQBA 3CFRA 4LSNA 4CZHA 1NJWA 4GVEA 4BQLA 3KK2A 2G8VA 3H3NO 4DR2K 3KTQA 2OYQA 4WFNL 1YITN 4DTXA 1BOTO 4E1MA 4K8XA 2DTUA 3CETA 5M1QA 4M3UA 3CC2N 3AAPA 1EWRA 1CZBA 3U6FA 4BREA 4ILJA 3ZT2A 3AVLA 2CH6A 3R3LA 4BDYA 3HM8A 4U67L 1NM1A 4BE7B 3CQYA 3VA3A 3S3OA 4CJTA 4YDUC 2UU9K 4JV5K 3AVAA 1RDUA 4C1NK 4FJKA 1QVFM 2OPSA 2QWOA 5C12A 1KC8O 2HHTA 1LW0A 3P83D 1JJ2M 4K43A 3FE1A 3UKUB 3VOVA 3KK1A 5BPLA 3EZ5A 3OW2M 4O8KA 4DF8A 4CCHA 2F9WA 3OBYA 3IFRA 1GLFO 3M8PA 4BC5A 4DS4A 4CD3A 3QEPA 2ITGA 1IG8A 5AQFA 2XHBA 2YHYA 4AHCA 1TYQA 4IEEA 4E7KA 2PAVA 4CJ5A 3J7ZO 2Q3SA 3CM6A 5AZJB 4E7HA 3U9DA 5CYMA 3QFPA 1WUAA 4BROA 4FVMA 2GTDA 3DRRA 3C0BA 3TSQA 3RMDA 4CJ7A 1HNVA 4HUGA 3I55N 4NLBA 3AV9A 3JXUA 1IKWA 4I6MA 1QS4A 2D1KA 4FLXA 4JKHA 1NK5A 4PA1A 4M3WA 3SBGA 4EP4A 5HL7L 3W3DA 2XY7A 4GV9A 3DLKA 3M8SA 1NBWA 4JKFA 4FW1A 2GWKA 4BE2A 1CXUA 3THWB 4QS8A 1RDWX 4Z4HA 2O8CA 1G99A 3QETA 5K14A 1T3VA 3CCSN 4DF4A 3FGUA 3CERA 1NK8A 2IDOA 4F3OA 3CFOA 2OPRA 1JLGA 1BG3A 1EXQA 4KH4A 1XNQK 3RR8A 4CEOA 2O8FA 1ZXOA 2IVNA 4Z94A 4J2BA 3C95A 3BDPA 3KWGA 4N5SA 4IZ9A 2BTFA 4Y0WA 4Z4GA 2FBYA 4LF9K 5AZIB 4CVNE 3QEWA 1W0HA 1TK5A 5AFUH 1CXQA 1B9DA 2PFUA 1IBMK 3THYB 2KZMA 1Z25A 4DTJA 3O4WA 2RE2A 4C23A 4UY8O 2QWMA 3CC4N 4FJIA 4KH5A 3BZKA 3V9ZA 2P9IB 3VN5A 5C25A 1KLMA 4ZTJA 4OPKA 4B3RK 3O80A 4CFCA 1D5AA 1FJGK 1C0MA 4IBNA 1RT6A 3K57A 3V9WA 2HBKA 5DM7L 3KKSA 4Z4IA 4B1VA 4FLZA 1BQNA 1U4BA 3OYNA 2QI2A 4DV0K 3HO1A 1JLAA 5D3GA 4CBXA 3M6GA 1YJWN 4N56A 4DV3K 2X6SA 3NDKA 5T7BA 2ZM6K 4JKGA 5KPRA 3LM2A 4CF9A 2NNWA 3AA3A 3IUCA 1NK4A 1Q18A 4I7FA 3PLAA 4DQPA 4GY2B 4FM2A 3EE8A 4GVMA 3P5JA 1JXEA 2CH5A 3VEOA 1TKXA 4B9QA 2P9SB 2P9KA 3VEYA 4O44A 4JHDA 2ZGZA 5HRPA 4C8OA 4DR4K 3AVCA 1KCFA 2ASMA 2HVHA 3QIOA 1VQ7N 1X9JA 2R7YA 1KAZA 1GLEG 5TKWA 4XIUA 3VPZA 2UUCK 2A3ZA 3PIPL 4B9SA 5JS1A 4OLAA 4CF1A 1RDCA 4AHTA 3ZSOA 4FLTA 4CZEA 3WEEB 4NB4A 2YKNA 3T69A 3MAQA 4BVPA 1N5YA 4BQZA 3M8RA 3AVBA 3QB0A 3A5LC 4CZJA 1JL2A 3CJCA 4FWSA 1U48A 3SV3A 2HHSA 4CEQA 5AFUA 1BI4A 3BF1A 4E7JA 1WNSA 1S1VA 4W5OA 4MDAA 1JL1A 3ENHA 4WF9L 3V81A 3MXMA 1HYSA 4CHZA 5AQWA 4DTSA 4CJUA 1W2BM 3TAPA 3H6EA 3H08A 4OLBA 5M1OA 3EYZA 1LV5A 1NK7A 4MDBA 1M90O 3KJVA 3LDLA 1U47A 3HVTA 4BRIA 3FLCO 2IOCA 5M1NA 1VQKN 3HPGA 4BRPA 1GOCA 4FJ5A 3EL2A 4QS7A 3CG7A 1RT3A 3WQTA 4X62K 3S41A 4CHYA 3KWIA 3KZBA 1W9HA 4CJVA 1RBVA 1Q7YO 1ESVA 3MMVA 4CZMA 4UQGA 3OYKA 1RTJA 2HNYA 4DV4K 1J54A 4DKWA 2F8SA 4DFPA 3TU5A 4H0VB 4FJNA 2V51B 4GW6A 1X9WA 2VG7A 3O4QA 5LMNK 4WQ5A 4JI1K 3WUHA 3MEEA 3TAQA 4B3OA 3RRGA 3VQBA 4BRKA 3HP6A 4LF7K 2E20A 3VQQA 4TSXA 3TWHA 1L3SA 2F4VK 3J81O 1UAXA 5JVGL 5FPMA 2P9PB 5EU7A 3UKUA 2D4WA 1TYQB 4AF1A 3DLEA 3C6HA 4CZGA 1SKSA 3ALYA 2YKMA 3C6UA 3HYFA 3NCIA 4FYDA 3TANA 3WT0A 4J2DA 1S5JA 4IG0A 3CJ7A 3LWLA 3WXIA 1GLJO 1VQON 1WAJA 3NBPA 4BC4A 4Z4FA 3WNGA 4I6MB 3UB5A 5AZJA 1L3TA 1QQCA 1HNIA 1I3AA 4V19S 1YHQN 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4FPBA 1K9MO 3RMAA 4OPHA 5FLXO 4E0DA 1QHTA 3MEDA 4IO9L 1LWEA 2VWBA 2NRXA 2IVOA 2P9SA 3DLGA 4FWKA 1KVBA 4CJRA 2W6LA 5LJWA 4W5TA 2KTQA 3MN9A 3BUZB 4DSFA 1SL0A 3SJJA 2GEMA 2QWNA 1VQNN 2UXDK 4DS5A 5HRRA 1O1WA 1UOCA 2W41A 2HHUA 1LWFA 3WEEA 1T8EA 1L3VA 3NGYA 4FZZA 1LOTB 1V4SA 4CK2A 3SUQA 2GV9A 2A41A 3ID6A 3HP9A 4NCAA 4Q5VA 3DOLA 4A57A 3O9UA 1KD1O 5FPNA 4A59A 4DR7K 3CCQN 1OH5A 3CQ8A 3M1FA 1NMNA 3H46O 2KZZA 4DQ8A 3IAYA 2OANA 3HVRA 3VGMA 1VSLA 4DV1K 2GUPA 2OPQA 4CGDA 4EIAA 5BN8A 2Y1IA 3L2WA 1RTDA 3D6RA 5GINA 2YHAA 4RCHA 4KREA 1CLQA 5CHIA 1RT2A 2V52B 3GE1A 1EKEA 3P38A 4R79A 1YTAA 4MLHA 1SS6A 3ISNC 3HSTB 5EVZA 1DEJA 4I9LA 4CGHA 3MN6A 3U3GA 2WUSA 3ZX0A 3AA2A 1BU6O 2RHKA 4F2SA 3OS2A 2YCHA 3SUOA 1NGEA 3ZX2A 5HRSA 1SAZA 3AVHA 3SQ4A 1EETA 3NFAA 4OKJA 3AVNA 3L6QA 3R6MA 2IC3A 2FBTA 3LZIA 5C2FA 3CMEN 1R59O 2RF2A 2FC0A 2D5RA 1P8ZA 4DFMA 4XH5A 4RW6A 4LF5K 2YNGA 3OYJA 1ZBLA 1FKOA 3AO4A 4AILC 1N33K 3ZETB 3EO3A 3WNHA 2KQ2A 2OTJN 2Q2RA 4DR5K 4JK8A 1S1WA 3VQ9A 4BRNA 4BC2A 3FZFA 1P90A 1ATSA 3O5BA 5FROA 2G8KA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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