2UYTA

Structure of l-rhamnulose kinase in complex with adp and beta-l- rhamnulose.
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
479
structure length
479
Chain Sequence
TFRNCVAVDLGASSGRVMLARYERECRSLTLREIHRFNNGLHSQNGYVTWDVDSLESAIRLGLNKVCAAGIAIDSIGIDTWGVDFVLLDQQGQRVGLPVAYRDSRTNGLMAQAQQQLGKRDIYQRSGIQFLPFNTLYQLRALTEQQPELIPHIAHALLMPDYFSYRLTGKMNWEYTNATTTQLVNINSDDWDESLLAWSGANKAWFGRPTHPGNVIGHWICPQGNEIPVVAVASHDTASAVIASPLNGSRAAYLSSGTWSLMGFESQTPFTNDTALAANITNEGGAEGRYRVLKNIMGLWLLQRVLQERQINDLPALIAATQALPACRFIINPNDDRFINPDEMCSEIQAACREMAQPIPESDAELARCIFDSLALLYADVLHELAQLRGEDFSQLHIVGGGCQNTLLNQLCADACGIRVIAGPVEASTLGNIGIQLMTLDELNNVDDFRQVVSTTANLTTFTPNPDSEIAHYVALIHS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli bl21(de3)
publication title Substrate Spectrum of L-Rhamnulose Kinase Related to Models Derived from Two Ternary Complex Structures.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RHAMNULOKINASE
total genus 172
structure length 479
sequence length 479
ec nomenclature ec 2.7.1.5: Rhamnulokinase.
pdb deposition date 2007-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2uytA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2uytA02
4A61A 2EWSA 1MWMA 1U2VB 4FL9A 3KVGA 4QS8A 3MN9A 4RTFD 1GLLO 5AQFA 4BVOA 3VESA 5KPZA 1BDGA 3IMXA 4H0VB 2QWRA 2E1YA 4A2BA 4CZLA 3BP8A 4FOEA 2VYPA 3UKRA 4GNIA 1RFQA 5BPMA 3AAQA 3VGKA 1KAZA 4K41A 2YHXA 2P9IA 1QZ5A 1C0FA 3UE5A 3ZX0A 2HOEA 5EXWA 1T6DA 2WUSA 4CD3A 4CBUA 3QMLA 3P4IA 1EQYA 2GWJA 3WXKA 4BROA 1G99A 3BF3A 1NGJA 4JD2A 4BC2A 2VCPA 3EZWA 3DXMA 3EKUA 3FZKA 3L4IA 5BREA 1NM1A 1KXPA 2GWKA 3A0IX 4O8KA 5AQWA 4CZEA 5JLFA 2YHYA 1U6ZA 3D2FA 3A5OC 4FWLA 5KQ8A 3CIPA 3RSEA 1K8KB 3ULEB 3WQTA 4CZFA 3U9DA 3VEZA 3H45C 1YUWA 4F9OA 4BRKA 3A5LC 2P9KA 4BR7A 2BTFA 2YI1A 4IJNA 2FF3B 3L0QA 5B8HA 2QWOA 3VGLA 1U2VA 4FSVA 3OHRA 4BR9A 4ISGA 3F9MA 3QFPA 1DKGD 3CJ1A 2ASPA 3SJHA 2J4RA 3R8EA 3H6EA 4BRLA 2Q1NA 3GBTA 4DHYA 1XQSC 4MO4A 3ENOA 3M1FA 2QWLA 3B8AX 5KPRA 3HM8A 4JAXA 5ADXA 4BR5A 4B1VA 4BC3A 1H1VA 5AQQA 3LM9A 4A62A 4ISEA 4B1ZA 1QZ6A 4MLEA 3SMSA 4BGBA 1SQKA 3O80A 3S41A 3VEYA 1Z05A 1DEJA 2F9WA 2NZTA 4AM6A 5E26A 3H3NO 3I8BA 4WQ5C 2GELA 5KPTA 3O8MA 1TUUA 4BRNA 5AQRA 1GLJO 2A40A 5AFUA 1K8KA 4XH5A 3ULEA 1X3NA 1NLVA 2CGJA 2ITMA 4PL7A 2P9SB 4WQ5A 2CGLA 1NGAA 5AQUA 3TU5A 2OANA 5AQSA 3CERA 4DQ8A 1HJOA 1GLBG 5LJVA 3FZMA 2F9TA 1JCEA 4I6MB 3W3DA 4FO0A 4CBXA 3CJ7A 3IUCA 1V4TA 2P9NB 3CQXA 3AY9A 3O08A 3M6GA 5AQLA 3VEWA 3EO3A 2DPNA 3FFKB 4HTLA 4YDUC 2HF3A 3WEEA 5JMVA 4B1UB 3O6WA 1BU6O 4IJAA 1HLUA 5AQTA 1BA1A 4H0PA 3J8AA 1Z6RA 4Z94A 2Q31A 3O1WA 4K43A 4MLHA 4YDUA 3WXIA 1T44A 1QHAA 2IVPA 2CH6A 4DCHA 1CZAN 1TYQB 3SK3A 4A2AA 1GLDG 3W0LA 3MMVA 4J8FA 3LDNA 4CZGA 3DWLA 1GLEG 4BRHA 2QWMA 4EFHA 5AQVA 2UYTA 3HBTA 1HKCA 5BPLA 4PL8A 5BRDA 5LJWA 2HMPA 5AQNA 4BC5A 4IWVA 3GDQA 1R59O 4CBWA 3LDPA 2QXLA 2FF6A 2P9SA 2W41A 4XH1A 5F0XA 1J6ZA 1BA0A 5BN9A 3CI5A 1NGBA 3QBXA 4FWSA 4BRQA 1Q18A 4CZKA 2A3ZA 2GEMA 2YJFA 3VF4A 4B9QA 1QQMA 1NGHA 2CGKA 5ELZA 4IXCA 3SLCA 5FPEA 1BO5O 3VEXA 5AQPA 1YXQA 3LM2A 3WUHA 3VEOA 3TPQA 2P9NA 4NB4A 1IJJA 2ZF5O 1NGFA 3KHYA 4JNEA 3O5BA 2AA4A 4CD1A 4EIAA 3ZETB 4K42A 4H0XB 5AQXA 3WXLA 3DJCA 3CHWA 2PAVA 2V7ZA 1E4GT 3GL1A 1XC3A 4FWKA 1MWKA 3H1QA 5BR9A 5JICA 1TYQA 1MA9B 4H5RA 4KBOA 3MN7A 4XEIA 1ATRA 4B1WB 3HSCA 4QS7A 3I33A 1ZBSA 2NLXA 3HZ6A 4EHUA 3BEXA 3MN5A 4CZIA 4EAHD 2Q0UA 1JCFA 4H0YB 3WXJA 3VGMA 2IVOA 3D2EB 1XUPO 1BUPA 2V52B 3HI0A 2QM1A 4B1XB 2V7YA 2I7PA 5EY4A 4FWRA 1NMDA 3EL2A 1X9JA 1ZXOA 4FWNA 1GLFO 3LDQA 5TKYA 4BRCA 1JCGA 4L3QA 3QDKA 4FOIA 1HX1A 4IZ9A 2E20A 5BPNA 4DB3A 2ZWHA 4M63C 4PKIA 4M7XA 4WYBA 3DAWA 3CJCA 1HUXA 4H0TB 2W40A 2P9LB 3G25A 3FZLA 5I9EB 3ZETA 5KQDA 5AQYA 2Q97A 2Q2RA 1OKJA 1WUAA 2A5XA 3VPZA 3CQYA 1RDWX 1HPMA 4PKHA 1QQOA 3IFRA 4H03B 2P9UB 2D0PA 3D7EO 3H46O 4BRGA 4FWMA 4AM7A 3L6QA 3D2EA 2A42A 2YCHA 1E4FT 1S22A 3A5MC 1BWFO 1IG8A 3LDLA 3VENA 4JHDB 3FR0A 2QWQA 2YHWA 2ZGZA 5AQKA 3M3ZA 4FWOA 1NGIA 4BRIA 1KAYA 4CZMA 4MO5A 1QQNA 3IDHA 3MDQA 5BRFA 3EKSA 4EHTA 5JLHA 2ZGYA 4BRPA 4FWPA 2IVNA 5E84A 1C0GA 2V51B 3ATVA 4H0OA 3U8XA 4HWIA 1ESVA 1T6CA 3R9PA 3LDOA 1NGEA 2P9LA 4FPBA 3BUZB 4B1YB 4FPAA 5BRHA 2GUPA 2FSKA 3DXKB 1ATSA 3QFUA 5AQJA 1YAGA 4BRDA 5AZJB 1HKBA 1NWKA 4H5VA 5AQHA 3GG4A 3QB0A 3KZBA 2E1ZA 3O4WA 2E2PA 2E88A 2A41A 3VETA 4E1JA 2I7NA 4I6MA 3SMPA 5AQIA 4Y0WA 5FPNA 3U4LA 1ATNA 1YVNA 3WT0A 4H5TA 2P9UA 3A8YA 3R6MA 1NGDA 3UKUB 3MK6A 2YJEA 3VERA 2FSJA 2KHOA 3FZFA 4JHDA 1NBWA 2BUPA 2IIRA 2QWNA 2H3GX 3VF2A 3U9ZA 2Q36A 5AZIB 1LCUA 2GTDA 4ISFA 1BG3A 5EX5A 4BVPA 1NGCA 3FGUA 3CJAA 4BR0A 4BGAA 3MN6A 1V4SA 5AQMA 3JS6A 3LL3A 4RCHA 3BF1A 1NGGA 2D4WA 1KAXA 4K25A 2HF4A 5ADXH 2D0OA 2QWPA 3JXUA 3DXKA 3ZEUB 3QICA 1HKGA 5AZJA 3FE1A 3FZHA 4GY2B 5F2RA 3EN9A 4LC9B 3H1VX 4O5FA 1DGKN 3ID8A 5CE3A 4RWTA 4BR4A 3WEEB 4PKGA 4BG8A 3C7NB 3GE1A 4BREA 2P9PB 4NO7A 2FXUA 2NRHA 1GLAG 2VWBA 5F1XA 2E2QA 2PBDA 5AFUH 3UKUA 3ZX3A 4XH4A 3GOIA 5AQGA 4H5WA 2D1KA 2E8AA 4H5NA 4M7YA 4QS9A 2E2OA 3ATUA 3ENHA 5BN8A 3AAPA 3O1BA 2QW9A 1TUYA 5AZIA 3UKRB 1SAZA 4BRFA 4CJ7A 1D4XA 4CZJA 1BOTO 3UB5A 1SZ2A 3HTVA 3CJBA 5AQZA 1X3MA 2A6AA 1Y64A 2P9IB 1ZC6A 3CETA 2FLOA 2FSNA 4C23A 2AP1A 4WQ4C 3CJ9A 3VF6A 3WQUA 4BG9A 1S3XA 5LY3A 3QBWA 3H3OB 4BRAA 4CI6A 3VOVA 4JD2B 5EVZA 1GLCG 1LOTB 1WOQA 3DXMB 5AQOA 4IO8A 3ZEUA 2ASOA 3VEVA 3A5NC 4WQ4A 4BQZA 1P8ZA 3D2FB 3ZX2A 4BC4A 1RGIA 1MDUB 4BQLA 4BRMA 4FWQA 2CH5A 3MCPA 2Q0RA 3RSEB 3C0BA 3FLCO 5EOYA 2E2NA 3C7NA 2ASMA 4BR2A 5FPMA 2P9KB 5AR0A 3AARA 2P9PA 5FPDA 4CZHA 4JN4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KKRA 3O9RA 1YTUA 2WFBA 3KVGA 4F2SA 4FM2A 4CF2A 1JL1A 3LP2A 1A5XA 4RTFD 1C1BA 3SAFA 2VG6A 2X74A 3KLHA 3O3GA 1UA1A 2UXDK 4CJLA 1T8EA 2E1YA 2E6LA 2KW4A 1BL3A 4FJ7A 1J53A 4GNIA 1CLQA 1Q9YA 1LWCA 1WSIA 3N4PA 2NRRA 3HPOA 1N6QA 4K41A 4KTWA 2YHXA 2O8EA 4JYAK 2P9IA 2HOEA 1BHLA 2WUSA 3VQDA 3VA0A 4CBUA 4GW6A 3P4IA 2UU9K 3WXKA 4FJLA 5HRRA 3V1OA 4CJUA 4DV1K 2VCPA 3SZ2A 3DXMA 3FZKA 1NM1A 2ZE2A 5JLFA 4AHCA 2QK9A 3D2FA 5CYQA 3R1XA 1NK8A 4DTJA 2VGNA 4CEBA 3OYLA 3U9DA 3T1YK 3H45C 1YUWA 2NUBA 4BR7A 2BTFA 2YI1A 4B8AB 4JV5K 3TARA 1VQ5N 3EZ5A 3OS2A 1IV0A 1SS6A 4LSLA 3OHRA 4KH6A 4N76A 2P5GA 4KHQA 3DLHA 4DV2K 3KWGA 5LMUK 5IT9O 4N5SA 4CHOA 2J4RA 4X66K 2Q1NA 3GBTA 2F7TA 4W5RA 2DFHA 3ENOA 3M1FA 3CFRA 3HM8A 3HM9A 5HRPA 1N8RO 1U47A 5AQQA 1U45A 1W97L 2IC3A 3L3UA 2OA8A 3O80A 4CFAA 4BWMA 2ZJQL 2G8HA 2NZTA 3CC4N 2NRXA 1KVAA 1XNQK 1QHTA 4C1NI 2A1SA 4DV6K 2CGJA 4J2EA 2CGLA 1IO2A 4FJIA 4DFMA 4IKFA 4DSJA 4O8UA 4BDYA 4JKGB 4AF1A 4MDBA 3CJ7A 1FXXA 3I8DA 1S1UA 3AY9A 5MLCQ 3WXMB 4C8OA 4KI4A 3IAYA 4YDUA 3LDSA 3N4QA 3DOKA 2WONA 3J81O 1GLDG 4W5OA 1QE1A 4J8FA 2JLEA 3LDNA 4N41A 3L2WA 3JSMA 3E9PA 4EFHA 3AVIA 2UYTA 3HBTA 2HMPA 3LANA 4DG1A 1YITN 3F2KA 3GDQA 2UXBK 3MX5A 4C8MA 4FLUA 2W41A 2HHQA 5KGXA 1J6ZA 1BA0A 4CW7B 4FWSA 1O1WA 4BRQA 4DV0K 4M42A 3BY5A 2YJFA 2ATQA 4B9QA 5ELZA 4IXCA 4CFDA 2O8FA 3VEXA 1IKVA 4CEAA 4PWDA 3OS0A 4IOAL 1N32K 3VEOA 3VQBA 4Q0BA 3TPQA 4DUYK 2P9NA 4I9QA 2ZF5O 3DLRA 3KK1A 3VTHA 2AA4A 1HJRA 3DMJA 4M3WA 4Z4EA 3WXLA 3CHWA 5GAGP 4O44A 3H1QA 5BR9A 4QAGA 2IS3A 1QTMA 4H5RA 1K73O 1T7PA 4B1WB 4H8KA 3HSCA 4R5PA 1ZBSA 2NLXA 4YOUA 3HZ6A 5J2PA 3BEXA 5DM7L 3KTQA 3D2EB 3CFPA 2V52B 3HI0A 1RTHA 3NAEA 1JLCA 3OJUA 1VQ4N 5EY4A 2JWKA 1OVYA 5TKWA 4FWRA 1RT2A 2UUCK 4NCBA 3EL2A 1X9JA 3SQ0A 4PUOA 1GLFO 4WFBL 4BRCA 3BGRA 1QSYA 1WSGA 1S1XA 2ZWHA 1ZBIA 4M63C 4E7JA 2WBNA 3CJCA 4JS5A 4C8NA 1HUXA 3THXA 1VK0A 3E66A 2IAJA 4NXNK 3ZSVA 4CJKA 1TK0A 4B3TK 3VQ7A 3OYFA 3RR8A 1RDWX 3HO1A 3RMAA 4PKHA 2G8IA 2DTUA 3IFRA 3AGKA 1FKOA 1HPZA 4Z4GA 3V9SA 4AM7A 3T3FA 2E5LK 4YORA 1E4FT 2O8BB 5J1EA 3VQ8A 3PO4A 2Z1JA 1NK9A 1J54A 1EKEA 4CF9A 1NGIA 3Q7CA 5KGWA 4CZMA 3K2PA 1BIZA 3MWPA 4MO5A 4JRQA 4DLEA 4EHTA 3PX0A 2IOCA 2F4VK 5GADP 4BRPA 3CC7N 1X9WA 1ITGA 3IG1A 2V51B 4H0OA 4DTXA 3R9PA 2OPSA 2HHSA 2XY8A 3DYAA 1NGEA 4CJ5A 3SAGA 4B1YB 3FFIA 4FPAA 2GUPA 3QFUA 1ATSA 3M8SA 1YAGA 5FDLA 4H5VA 4E7IA 4FJMA 4FVUA 3QB0A 5HOOA 4E7HA 1UA0A 3TAQA 1HYZA 4E89A 1ATNA 1SKWA 1HNXK 2QTDA 3OA9A 1VSFA 1NGDA 3NF9A 4JKHA 2G8VA 4Y1CA 5M1KA 4JRPA 1TGOA 2FSJA 3NDKA 1KVCA 2BUPA 3C94A 2WC9A 1LCUA 1RDCA 4DFJA 4KHYA 2O8CA 3VTIA 3CQ8A 4F3OA 1BG3A 3DLKA 1WSJA 2KZMA 1NGCA 4N47A 3RRGA 5HRSA 1LWFA 2VWKA 3ISNC 1WAJA 4EZ9A 3ID6A 1C0MA 5CR4A 3AVLA 1KAXA 1NK6A 3HP9A 2PFUA 4FW1A 1VRTA 4AILC 1TVRA 5AZJA 4RW4A 3OYBA 3JYTA 3SAHA 5F2RA 4HVJA 1ILYA 5CE3A 4RWTA 1VSDA 2QXFA 1SKSA 2VG7A 3GE1A 1KLMA 2P9PB 3ZT4A 1NK0A 2FXUA 1F21A 5F1XA 1R0AA 2BDPA 1Y97A 4O5BA 5IWAK 4CF0A 2PBDA 3UKUA 1VQNN 4OKJA 5AQGA 3DLGA 4QS9A 4H5NA 2F8TA 2E2OA 3ATUA 3ENHA 4B9TA 4ZHRA 3R3LA 3AAPA 1L3SA 1VQON 5M1QA 4CHPA 4BRFA 2PYJA 4LH5A 3WNGA 2YKNA 4M45A 1SZ2A 3HTVA 3CJBA 4DF8A 5AQZA 1YIJN 4K8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4JK9 A;  4KAZ A;  4CFC A;  3MAQ A;  4DSF A;  1YVU A;  1U4B A;  2PYL A;  3PV8 A;  2QWP A;  3JXU A;  3QER A;  1TKD A;  4DSI A;  1HKG A;  1YJ9 N;  3THY B;  3FE1 A;  1KC8 O;  4L8R B;  3FZH A;  3EN9 A;  1SL1 A;  4LC9 B;  4DU1 A;  4O5F A;  1DGK N;  3ID8 A;  4BR4 A;  4KHW A;  3WEE B;  4CK1 A;  4B9M A;  2YHB A;  3L4Q A;  4ILJ A;  1SL0 A;  3RMD A;  5M1O A;  3E01 A;  3QIP A;  2GV9 A;  2D1K A;  2E8A A;  4NCG A;  4CEQ A;  1KLN A;  4RW8 A;  4ZTJ A;  1KFD A;  1VAZ A;  3TAE A;  5JS2 A;  5C12 A;  3HVR A;  3UB5 A;  3K9K A;  5M1N A;  3QIN A;  5D3G A;  3SJJ A;  2A6A A;  1QVF M;  3D0P A;  1BQM A;  2FSN A;  3I0R A;  3KD5 E;  2W42 A;  3QEV A;  3VN5 A;  3WQU A;  4QCL A;  3QBW A;  1FJG K;  3ZSX A;  3A2F A;  3ZEU A;  4IO8 A;  2HHU A;  4KO0 A;  4JK8 A;  4B9V A;  4B9U A;  4J2A A;  3A5N C;  5DK5 A;  1MDU B;  4FWQ A;  3RSE B;  4OGE A;  3Q7B A;  3SV3 A;  4GKK K;  5FPD A;  4CZH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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