5CHIA

Crystal structure of pf2046 in complex with ssdna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
MMRIVAADTGGAVLDETFEPIGLIATVAVLVEKPYRSAKEVMVKYANPYDYDLTGRQAIRDEVLLAIELARKVKPDVIHLDSTLGGIELRKLDEPTIDALGISDKGKEVWKELSKDLQPLARKFWEETNIEIVAIGKSSVPVRIAEIYAGIYSAKWGIENVEKEGHLIIGLPRYMEVNIKDGKIIGRSLDPREGGLYGSAEVSVPEGVKWEIYPNPVARRFMIFEIFSKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Uncharacterized protein
publication title Structural basis of two-nucleotide removal of ssDNA by a cryptic RNase H fold 3'-5' exonuclease PF2046 from Pyrococcus furiosus
rcsb
source organism Pyrococcus furiosus (strain atcc 43587 / dsm 3638 / jcm 8422 / vc1)
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 61
structure length 230
sequence length 230
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5chiA00
4YOUA 4YOXA 4YOTA 4YOWA 4YOVA 5CHIA 4O8UA 4YORA 4YOYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSEA 1VQON 5AR0A 3H08A 1WSJA 1NM1A 1WN7A 4B1UB 3O1WA 1RBTA 5E84A 3AVFA 1REVA 3A0IX 2B4JA 1WAFA 4WQ4A 1HR0K 4JI2K 3WEEA 4RW7A 1IKWA 5HRPA 3B8AX 4JD2B 4CIGA 3LDLA 5B8HA 4BRGA 3KK7A 4JHDA 2HW3A 3MXJA 3F73A 2O8BB 4JI3K 3SMSA 1BA0A 4B1VA 1SUQA 1I3AA 4G1QA 4BR5A 4A61A 1VSIA 3OYDA 4CD3A 3SUPA 1NGJA 4YOUA 3BUZB 3QERA 2QWMA 5CR4A 1KQSM 3THYA 3CETA 4O8KA 1ITGA 3CCQN 3Q7BA 4RWTA 3CI5A 2UUAK 4FJ5A 2IOCA 3RSEA 1LAWA 1N34K 3HVTA 2Q0RA 4AHTA 5AQRA 4CF9A 1A5VA 1U49A 4H0OA 4FVMA 5AQZA 3D2FA 3NGIA 3TANA 2QI2A 1B9DA 3CCLN 4IOCL 2QK9A 2DY4A 4K25A 2IIRA 4I6MA 3VTIA 3V81A 5C0YA 5M1OA 2VQFK 4BRNA 5GIPA 4NCBA 2P5GA 2FC0A 4CZKA 5GADP 2XY7A 3A5LC 2VGMA 3G71N 1V4TA 3NCIA 2Z1IA 5BRHA 3NBPA 3G25A 4B8CA 3QBXA 3CJ9A 4A57A 3L2WA 4FOIA 4WYBA 3OYIA 4FK2A 2QXLA 4FJMA 5J2PA 3LDOA 4BC5A 4KB1A 2E5LK 5JMVA 5CYQA 5IWAK 3RRHA 1VHXA 1EP4A 4KI6A 1VSJA 2YNGA 3UKUA 3TSPA 1Q86O 1G15A 1KFSA 2OPPA 1C1CA 5AZIA 1J5EK 1IKVA 3GOIA 1RTIA 1NGEA 5KRSA 1IO2A 4BRIA 4KI4A 2A40A 3TU5A 4EHUA 1NG9A 2YJFA 4DTXA 5HROA 1WUAA 3OYFA 4EZ9A 1WOQA 2WC9A 4DFKA 4JYAK 2HVHA 2IDOA 5KQ8A 3V6DA 4CK3A 4U7BA 3SPYA 4KHPK 1TL1A 1RT1A 2W40A 4DQPA 4Y1CA 2W6KA 1A5WA 5FDLA 5F1XA 1GLLO 2RN2A 3K59A 4C8KA 1QE1A 4R79A 1HQUA 4JS4A 2Y1IA 1UOCA 3L4QA 1SKSA 2HHHK 1OH5A 4NYFA 4A59A 2YNFA 1L5UA 3CC7N 2EHGA 1BQMA 2Y1JA 1VK0A 5BREA 3OS1A 1XC9A 3TSUA 2BTFA 2YHAA 3HM9A 4DR2K 1BI4A 3LAMA 3ZSRA 3IG1A 3E66A 3SAGA 1RDCA 2OZMA 3ZT0A 4CHNA 1S72N 3H3NO 4HUFA 5GAGP 3O1BA 2WUSA 4CJWA 3MN6A 3LANA 5EXWA 3O08A 2P9PA 1Z6RA 4JKGB 1WAJA 3C6UA 1N5YA 1DT9A 4E89A 4M3TA 4GW6A 2B6AA 4JKEA 1RTDA 1CZ9A 2CH5A 4NO7A 4YOWA 3TAMA 3PUFA 4B9TA 1VQPN 3FZFA 4CZIA 3SCXA 2Q36A 2E2QA 4B3SK 4IFEA 3VF2A 3HZ6A 4YOXA 4YDUC 4XH1A 4I2QA 3O9SA 4UY8O 4AH9A 4OKEA 2WOMA 4C8NA 3O6WA 3VEZA 2Z1HA 5FRMA 4JI4K 2YNIA 3T1AA 2V7ZA 5I42A 1Q9XA 2ZD1A 1B9FA 3NH1A 1WLJA 5FPMA 3DRRA 3EYZA 1RFQA 4OPHA 3OBYA 5FPEA 4M63C 2HMIA 1NOZA 4DV7K 2FF6A 5J2MA 2HSTA 3AARA 4PY5A 5I3UA 5AQVA 1MU2A 3DRSA 1VQKN 3K0SA 2O8DA 4CGIA 4H4MA 3ZX0A 3SPZA 2G8IA 1TV6A 4BGAA 2QEXN 2P9SA 2ETJA 2YJEA 2VQEK 4BACA 2D0BA 3U6FA 3CCMN 4Z0UA 2BANA 1KSPA 4AHRA 4TSXA 2E1YA 3MWTA 4CW7B 4BDZA 2IC3A 4WFBL 2V51B 3HJFA 1S1TA 5KPZA 2E1ZA 3CJ1A 2HOEA 3P4IA 4FJHA 1ZBHA 1IKXA 4ISGA 4DG1A 1HNIA 4DU4A 2ZGZA 2IVPA 4CCHA 3E9OA 2GWKA 3OYLA 4DR6K 4KHNA 3W3DA 3O9TA 5CZ1A 3KWIA 4HWIA 2UXBK 2HNYA 5C15A 4E7JA 2P9KB 4PHTX 4PKIA 4E7LA 4H0XB 1Y97A 4BRKA 4CGJA 4JKDA 3OW2M 4OLBA 3VEVA 3OYJA 3WNHA 3ZX2A 1WSGA 2W6LA 5M1PA 4Z4CA 1HPMA 4IFVA 2WBNA 4OKKA 3VENA 1NGIA 3I55N 5AQWA 4FWLA 5JVGL 2Q0UA 5BN8A 2WFBA 1BDGA 4DB3A 1NK8A 3THYB 2JLEA 3WT0A 2VG6A 2R7YA 3RMAA 3OYBA 3LP2A 3MN9A 2D1KA 3CYMA 2Q1NA 1ATSA 4BRFA 3HSCA 1U45A 2ZJQL 4DSLA 2E2PA 3D2FB 1L3SA 5ELZA 2P9IA 3OYHA 3PV8A 4FWOA 3VMFB 2OANA 4PWDA 5LL6Z 1QSSA 2NZTA 4DSEA 5M1QA 3TTDA 2F4VK 3WNGA 3RR8A 3PO5A 4CEOA 4FOEA 5HBMA 4ID5A 3EEQA 4LY7A 5T7BA 3QICA 3A5NC 3OY9A 4PKHA 4BRQA 3KHYA 4A2BA 4CJVA 3S9HA 3T19A 3KD5E 4EFHA 1NGHA 4WQ5C 4E19A 3HRGA 1JXBA 3NDKA 4M7YA 1BU6O 3VEXA 2DPNA 1I94K 1EWQA 2WTUA 2UXDK 3SJJA 3NF8A 3UKUB 2RF2A 5JLFA 2PZSA 1VQNN 1JJ2M 3THXB 4FK4A 4XH5A 3U9ZA 1U2VA 4KHYA 2NRRA 3PX4A 1W97L 1WB9A 1S1XA 3TWHA 3VA0A 1RT2A 4CF0A 1JCFA 4JV5K 4DR4K 4HCCA 3VEWA 1QSYA 3CERA 5BRFA 3JYTA 1RT3A 5JVHL 2BH1A 2ATQA 2OA8A 3GL1A 3KZBA 2A1SA 1SV5A 4KTZA 2F9WA 5HLFA 3L0QA 3JXUA 2E2NA 3IDHA 1EKEA 3M6GA 4DLEA 5A2QO 1B92A 4KHUA 1N32K 4DTJA 1VQ4N 4OPJA 4DLGA 3AO5A 4FJ7A 1QQMA 3A8YA 3ZETA 4O8UA 4JKHA 4DS5A 2E20A 1KVCA 2VG7A 1JLEA 1ILYA 3CFRA 4B9NA 3PX6A 2NRZA 1BI4B 4YDUA 4B9VA 3QMLA 2XY6A 1NGAA 2ZM6K 2OCEA 3VGLA 4OKJA 3SMPA 3O4NA 3QB0A 2VGNA 4KPYA 2X6SA 3VN5A 3O3FA 4AQYK 5AQFA 1U6ZA 4A5AA 3AVMA 3MX5A 4A5BA 5CHIA 1IKYA 4AHUA 5AQYA 2VWKA 2P9PB 3MWPA 1R0AA 3ENBA 3VQDA 5FRNA 3F9KA 1VQ8N 4JAXA 1FKOA 3SUOA 1OVYA 4GKJK 4CHOA 3KTQA 3VQ7A 1IH7A 3QBWA 4A62A 4W5NA 1K8KA 4YOYA 4K43A 2FSJA 4RW6A 3MAQA 2F8TA 4FWPA 3LDQA 4K8ZA 3BGRA 4CHZA 1SL2A 1W9HA 4GNIA 4RW9A 3CPEA 2GBZA 1I39A 4JI0K 1X9SA 4BG8A 4CVNE 4R5PA 1F21A 2GEMA 2NRTA 5C12A 4FJLA 3AO4A 3O5BA 4CESA 2KTQA 3AAPA 4AHSA 2BGGA 4DUYK 3HPOA 5JLHA 4H8KA 5F0XA 3RMCA 2CGJA 4C8MA 3OA9A 1VQMN 1JLFA 2QWQA 1TKTA 3SI6A 1DTTA 3AVHA 3TAFA 4IG3A 4FZXC 3LPUA 3PIOL 3PY8A 1HNZK 4FM0A 4AF1A 1ASWA 5AZJA 3C6HA 1QVGM 4Y0WA 4JI8K 2IVOA 4MLEA 3EO3A 3ZT4A 3GBTA 1C0FA 4XH4A 2LSNA 4MDAA 1YAGA 2PFUA 4BRDA 2KQ2A 3FLCO 4N5SA 1NOYA 1BHLA 4GY2B 4IWVA 1YJWN 1K73O 5KI6A 1ZBLA 3MN7A 4H0TB 1NJIO 4DSKA 2P9SB 1QQNA 1X9JA 4NXNK 1NGCA 3WXJA 1T44A 4B3TK 4IEEA 1IBKK 1BCOA 1YITN 1N36K 1S9EA 3CQ8A 4J2DA 1QZ5A 2ASMA 5GINA 3AGKA 3DLEA 3HBTA 2DTUA 3T7ZA 2O8CB 4JKBA 4OPKA 4W5RA 1FK9A 4FXDA 2FBXA 3G10A 4EHTA 1H1VA 4CBWA 3ATVA 4BC4A 3AVCA 2IS3A 2I7NA 2B5JA 2FF3B 4BR9A 5AQHA 2UUCK 3R3LA 4GV3A 3V1OA 4IG0A 4FJ8A 4FO0A 3LDPA 4RW4A 2UXCK 2UUBK 1YTUA 4EP5A 3L8BA 5EVZA 5J1EA 4CJFA 3OYAA 3QEVA 4BE0A 1RDBA 2WONA 3K5OA 5HRRA 2ZGYA 3ZSVA 4DR1K 4FWKA 4WQ5A 3UKRB 3DXMA 4EZ6A 4DUZK 1D4XA 4FJKA 3CCVN 4KREA 3HK2A 2O8FB 5MLCQ 3L4IA 3M8QA 3ID6A 1KAYA 3AV9A 4CHQA 3QNNA 2QWNA 2QM1A 1NJWA 4L8RB 4H4OA 3OJUA 1WNSA 4BQZA 3CF5L 2NLXA 2KLAA 1BGXT 3MCPA 4OPAA 1TK0A 1HYVA 4CGDA 4BC3A 3MCAB 4JK9A 2P9IB 3FZMA 3T3FA 5HP1A 4H0PA 4CEQA 1LWEA 3S3MA 4F4KA 4CI6A 1RTJA 4JN4A 4X64K 4M3XA 2QKBA 2NRHA 3HXMA 4BC2A 4X66K 2E2OA 4F2RA 3B6PA 3WNEA 2BE2A 3OVNA 2HBJA 4ZTFA 3O80A 3DJCA 3THVA 3RTVA 5KPRA 4CF2A 1GOAA 1ASVA 4KRFA 4O5BA 1T05A 1TK8A 3D6RA 2HF3A 2D0OA 2HF4A 3S3OA 2GUIA 4ILHA 3DLGA 4GV6A 5EY4A 1TK5A 3LALA 1GLCG 3M8PA 2EX3A 1TGOA 2YHWA 3KJVA 4HTUA 4EP4A 3DAWA 3OYKA 1UAXA 4BVPA 1NU0A 5KPTA 2D0PA 3OS2A 1FW6A 1U47A 1NK5A 1ZC6A 4WFNL 2P9NA 2QWLA 2OPSA 2QWPA 4J8FA 4LF9K 3ZT1A 3K2PA 3IUCA 3EKSA 2HNZA 3MX2A 1N33K 1BWFO 4FYDA 4FM2A 1OH6A 1J5OA 1JLBA 4QS8A 3HVRA 1BL3A 4JRQA 1YF5L 4IKFA 5IT9O 3VERA 4MQ3A 3BY5A 1NNEA 1Q82O 3ZEUA 2NUBA 4CZFA 3VQAA 1RT5A 4CD1A 3SV3A 4CIFA 5M1NA 1XHZA 5BPMA 4DF8A 3R1XA 1FJGK 4YNQA 1XMQK 1T6DA 4KBOA 1RILA 2F7TA 4CFAA 4K42A 4E0DA 3CQYA 3QETA 1HKBA 3F2KA 3RR7A 4H5RA 5C24A 4CF1A 3EN9A 2NRXA 4CZGA 2PBDA 1ZBIA 4E1JA 4JEPA 3BZCA 2RKIA 2YHBA 3DYAA 3OBWA 4A2AA 4CZLA 3AA4A 2P9LA 4B1YB 3ZSQA 1X9WA 3NFAA 1KD1O 4IEIA 3MN5A 3KVGA 4BY9C 4BRAA 4H5TA 3L2QA 3MXIA 4ISEA 3OHRA 4DMNA 3A5MC 3LP3A 5SWMA 4GVEA 3PLAA 4CFCA 5BPNA 1JKHA 3G6EN 3I8DA 4CZMA 1JL2A 4LFCK 3DI6A 4H0YB 5KQDA 2X74A 3VEOA 2O4IA 1KTQA 4WFAL 1VSHA 3HOSA 4M3YA 2ASOA 3WUHA 4CHPA 5KGXA 3VQBA 5AQSA 4IFYA 3MDQA 5TKYA 4E7KA 4GMJB 3TTCA 3KK1A 4X65K 2HHQA 1NWKA 2OTLN 4CJUA 3AY9A 3G4SN 2FBTA 2O8EA 1IBMK 1EQYA 1X1PA 4ID1A 1GLFO 4CZJA 3BF3A 3NGZA 2FBYA 4DTSA 2RPIA 3Q7CA 3AO3A 1XHXA 1HNWK 5AQGA 4KAZA 3AVBA 2HHWA 3NGYA 5HOOA 1ZBUA 3SJHA 2KKZA 4ICLA 5C2FA 4FJNA 4GVMA 1HNVA 3P1GA 5FROA 4IO9L 4H5WA 1IG9A 4H0VB 1A5XA 2QWRA 3P38A 1QQCA 3G0ZA 4Z4EA 3V9ZA 4ILGB 5CE3A 4KTQA 3LL3A 3DOKA 1SAZA 3AO1A 2ZWHA 3TAGA 3NF9A 2YKMA 5AQOA 3LDSA 2KHOA 4FZZA 5AFUH 1NKCA 2E88A 3OYEA 3KLHA 3V9WA 1XI1A 5AQXA 4FWSA 3RMBA 1DEJA 1TYQA 4LSLA 1J53A 3O3HA 3ZLJA 1T3VA 3AA3A 1V4SA 4W5TA 3J80O 3CIPA 3ZSWA 4DTNA 4ELUA 3OYCA 1VQ7N 4BRPA 3SQ4A 4C1NI 1NJXA 2CH6A 3A5OC 1RT6A 3TARA 4MLHA 3LAKA 4I7FA 5C25A 1S1VA 4JS5A 3VQEA 3IKMA 3WEEB 1IV0A 4AILC 3J8AA 1SL0A 2ZJRL 2PYLA 4CK2A 1WSFA 4JHDB 1Q81O 3T69A 3JSMA 5KTQA 4F9OA 1KAXA 1S1UA 1X3MA 3TI0A 4DR7K 3VETA 3FE1A 2RE2A 1E4GT 2HNDA 2FSNA 3NH0A 4MFBA 4BDYA 1ZYQA 5ADXA 4YOTA 2PAVA 3HL8A 3ZSZA 2QXFA 2VG5A 3CQXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOU A;  4YOX A;  4YOT A;  4YOW A;  4YOV A;  5CHI A;  4O8U A;  4YOR A;  4YOY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VSE A;  1VQO N;  5AR0 A;  3H08 A;  1WSJ A;  1NM1 A;  1WN7 A;  4B1U B;  3O1W A;  1RBT A;  5E84 A;  3AVF A;  1REV A;  3A0I X;  2B4J A;  1WAF A;  4WQ4 A;  1HR0 K;  4JI2 K;  3WEE A;  4RW7 A;  1IKW A;  5HRP A;  3B8A X;  4JD2 B;  4CIG A;  3LDL A;  5B8H A;  4BRG A;  3KK7 A;  4JHD A;  2HW3 A;  3MXJ A;  3F73 A;  2O8B B;  4JI3 K;  3SMS A;  1BA0 A;  4B1V A;  1SUQ A;  1I3A A;  4G1Q A;  4BR5 A;  4A61 A;  1VSI A;  3OYD A;  4CD3 A;  3SUP A;  1NGJ A;  4YOU A;  3BUZ B;  3QER A;  2QWM A;  5CR4 A;  1KQS M;  3THY A;  3CET A;  4O8K A;  1ITG A;  3CCQ N;  3Q7B A;  4RWT A;  3CI5 A;  2UUA K;  4FJ5 A;  2IOC A;  3RSE A;  1LAW A;  1N34 K;  3HVT A;  2Q0R A;  4AHT A;  5AQR A;  4CF9 A;  1A5V A;  1U49 A;  4H0O A;  4FVM A;  5AQZ A;  3D2F A;  3NGI A;  3TAN A;  2QI2 A;  1B9D A;  3CCL N;  4IOC L;  2QK9 A;  2DY4 A;  4K25 A;  2IIR A;  4I6M A;  3VTI A;  3V81 A;  5C0Y A;  5M1O A;  2VQF K;  4BRN A;  5GIP A;  4NCB A;  2P5G A;  2FC0 A;  4CZK A;  5GAD P;  2XY7 A;  3A5L C;  2VGM A;  3G71 N;  1V4T A;  3NCI A;  2Z1I A;  5BRH A;  3NBP A; 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 2P9U B;  3U9D A;  3AA5 X;  3J7Y P;  2O8E B;  3EZW A;  3MXM A;  4DFM A;  4N76 A;  3I8B A;  3WXM B;  2ITG A;  4KO0 A;  4FJG A;  3JS6 A;  4IBN A;  1WSI A;  4J2A A;  3NVK A;  4CHY A;  4CEE A;  1RDW X;  1VQ6 N;  3KLF A;  1NGG A;  2NRV A;  4NXM K;  1HJR A;  4FLX A;  1BIU A;  4JNE A;  3MK6 A;  5BR8 K;  3CFO A;  3TR8 A;  5BPL A;  3OYN A;  3LWL A;  5AQP A;  1ZBS A;  4N41 A;  4BRC A;  5JS2 A;  4H03 B;  4N47 A;  5TKW A;  1IJJ A;  1LV5 A;  2A1R A;  3CCS N;  1C0T A;  1TYQ B;  4FPA A;  4XIU A;  4JKC A;  3DLR A;  4BRE A;  3SV4 A;  3CM6 A;  1Q7Y O;  4OX9 K;  2QTD A;  1QSL A;  1T7P A;  1KCF A;  1GOC A;  1CXU A;  3VEY A;  4FW2 A;  3QEP A;  1NKE A;  4CBU A;  3WNF A;  2F8S A;  1SS6 A;  4DWI A;  3TTF A;  4CGH A;  4CZE A;  1TVR A;  2OPR A;  3C65 A;  4M3Z A;  1KLN A;  4B3M K;  2HVI A;  4H5N A;  4M42 A;  3M8S A;  1RBR A;  3FZL A;  5LY3 A;  1R59 O;  5C2D A;  4MO4 A;  1HLU A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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