5CHIA

Crystal structure of pf2046 in complex with ssdna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
MMRIVAADTGGAVLDETFEPIGLIATVAVLVEKPYRSAKEVMVKYANPYDYDLTGRQAIRDEVLLAIELARKVKPDVIHLDSTLGGIELRKLDEPTIDALGISDKGKEVWKELSKDLQPLARKFWEETNIEIVAIGKSSVPVRIAEIYAGIYSAKWGIENVEKEGHLIIGLPRYMEVNIKDGKIIGRSLDPREGGLYGSAEVSVPEGVKWEIYPNPVARRFMIFEIFSKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Pyrococcus furiosus (strain atcc 43587 / dsm 3638 / jcm 8422 / vc1)
publication title Structural basis of two-nucleotide removal of ssDNA by a cryptic RNase H fold 3'-5' exonuclease PF2046 from Pyrococcus furiosus
rcsb
molecule keywords Uncharacterized protein
total genus 61
structure length 230
sequence length 230
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5chiA00
4YOYA 5CHIA 4YOWA 4YORA 4YOVA 4YOTA 4YOXA 4O8UA 4YOUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2EWSA 4FSVA 3VA0A 4FOIA 4CZJA 3VPZA 1N8RO 1DGKN 4YOWA 4I2PA 3KWGA 4BVPA 1ZYQA 4FWMA 5CZ2A 4JAXA 4BWMA 5HRNA 3MN5A 2NRTA 1WNSA 3FFIA 3DJCA 4DTPA 2DFEA 5EU7A 1WSFA 3CC4N 3ZCMA 3HVTA 1UOCA 4NCBA 1EWRA 5J2NA 4CESA 1VQMN 4ID5A 4IEIA 4FLUA 4JEPA 4HUGA 2E88A 4CZGA 4QS8A 3R1XA 3IG1A 4JK7A 5F0XA 1CZ9A 4L3QA 3NF7A 4OVLA 3MMVA 5FRMA 1NGDA 5AZJA 3KD1E 4OX9K 1E3MA 4FXDA 2GUIA 4C8KA 5E84A 2OPQA 1BG3A 2HB5A 1LV5A 2P9NB 3VA3A 1WAJA 3O6WA 3LAMA 4M3XA 3OYHA 2KLAA 1NKBA 3ZSOA 3VQPA 3DRPA 4EHTA 4JI0K 3CPWM 3VEOA 3O5BA 2ASPA 5BRHA 4JKGA 4LSNA 3DLKA 4X64K 1VSEA 1NGGA 3CJBA 1J9AA 2ZD1A 3CHWA 2QXLA 4BRKA 3T1YK 1N34K 2BDPA 4CBXA 2HF3A 3J7YP 1BHLA 5GADP 3CCQN 3SAGA 1C1CA 2QA4N 2HNZA 3SMSA 2O4GA 3CETA 5FPNA 5A2QO 1KCFA 3LDOA 5JLFA 5AQYA 4Y1CA 5JMVA 4QAGA 2P9KB 1LW0A 2FBXA 4A62A 4E3SA 3E9OA 4CGJA 4AM6A 4CCHA 4NCGA 3THWA 4M3RA 3MN6A 2P9PA 2D0BA 3GG4A 4IZ9A 1LCUA 2ITMA 4FJHA 2A5XA 4IG0A 1HKBA 4A5BA 2NLXA 3O1WA 3CF5L 1BCOA 1BIUA 3TABA 3TAQA 4IFVA 2CGKA 3P38A 3O9TA 3QEIA 1O13A 3V1OA 2HOEA 5DK5A 2HSTA 4PKIA 4E1MA 3O4WA 3NCIA 2B4JA 3OYKA 1T05A 2DFHA 5J2MA 3CQXA 4IG3A 2HHHK 4B8AB 4R79A 4B9NA 1RDDA 5AFUA 2QWPA 2KTQA 3LDQA 1XHXA 4BC5A 3OS1A 1RDWX 1HNVA 2YNIA 4OGCA 2UXCK 3QETA 4B08A 3CCSN 3EEQA 3VENA 1U48A 4BE1A 4DR4K 4OJRA 3O3GA 3WXMB 3RTVA 4DLEA 3GDQA 3OYLA 4LY7A 3ENBA 3AAPA 1F21A 3CIPA 4DU4A 1EXQA 5BR8K 1U49A 4H5RA 3EKSA 4LD0A 3LDNA 3OBWA 1Q18A 2RKIA 2A42A 4FWRA 4AILC 4N56A 1JLFA 1IH7A 4YDUC 4WE1A 2QTDA 4OO1J 1VQON 1IG8A 1NGIA 1RFQA 4ICLA 1RILA 3ZSYA 4L8RB 1L5UA 1XMQK 4A2AA 1S22A 2IAJA 3DM2A 4CEDA 2NUBA 2D0AA 2FBVA 3VQCA 2D0CA 3K5LA 5AQSA 1OKJA 1S6QA 4M63C 3AVJA 3VGKA 3D2FA 5HROA 3ZT1A 2FBTA 3OJSA 2ASOA 3THYB 3J7ZO 4YORA 3AVKA 1W0HA 3ID6A 3PUFA 3O3FA 2JGUA 4CJVA 4FW1A 1YT3A 2Q1NA 2Y1JA 4YNQA 3SQ2A 2AA4A 1SV5A 1T3VA 4JI5K 3CM6A 4A59A 2HBMA 4FJGA 2P9SB 1NGCA 1W9HA 4H5TA 4CJ7A 1RGIA 1HQEA 4KHQA 2D0PA 4E89A 2D1KA 3V1RA 2IGIA 2X78A 5AQIA 3NHGA 1S72N 1DTTA 3EN9A 4E7HA 4FWQA 4OPHA 4O5BA 2O8EB 2OCEA 3HYFA 4E19A 1CZAN 3NF8A 4OGEA 2X74A 2VWJA 4KI4A 3VMFB 5KI6A 4PKGA 4FPAA 4CFBA 2D0OA 3OS0A 1NNEA 4CK3A 5HRPA 4PHTX 5HRSA 1WB9A 3AO4A 2HNDA 2OPRA 4FM1A 1HLUA 4XH1A 5EVZA 1JLBA 2NNWA 4C8OA 4BR5A 3KK3A 4BVOA 4J2AA 4CF0A 2A1SA 3NVKA 3ZEUB 3OYNA 3SUQA 4CEQA 1BA1A 2RPIA 4FJJA 4X65K 3ZSWA 4GV3A 1QZ6A 4IO9L 2WC9A 4RW8A 1NK7A 3O9RA 4F3OA 2Q2RA 2AJQA 3ZETB 1KAYA 4ELUA 3VGLA 4FK0A 3QEXA 2HHWA 3CCEN 4BE2A 1Z26A 1EO1A 3OHRA 3CJCA 3CCRN 4NXNK 3CQ8A 1XNRK 4CGHA 3KLEA 3N4PA 4E7IA 4C8LA 4JV5K 2YHYA 4GVMA 1SKRA 1S3XA 5AFUH 1GLEG 1K6YA 1HYZA 2O8DA 3L2RA 2UXDK 4CIGA 3ZT2A 1J6ZA 3QESA 3SBGA 1KAXA 4BRFA 3M3ZA 3K59A 3ASMA 4JI2K 5FRNA 1WLJA 2QWRA 4B9LA 3PSFA 4GMJB 1ATSA 4FL9A 2DPNA 3J8AA 4IFYA 3OVNA 4CBUA 3V9ZA 1VRTA 4MLHA 3CD6N 3SAHA 2HF4A 4JD2A 1IG9A 4CW7B 4AHTA 4FM2A 2P9LB 3CCLN 4DTJA 5IWAK 4JYAK 4WFBL 1YTUA 1K8KA 1KVCA 4CJ4A 1YXQA 4KBOA 4B9QA 2HVHA 4FOEA 3C7NA 3TAEA 2HNYA 3O80A 4FWSA 2NRVA 1QQCA 4DU3A 1ASWA 3BDPA 5AQFA 5C2DA 4CJ3A 3JXUA 2VYPA 1LW2A 1GOCA 3L6QA 4PWDA 2GEMA 3MK6A 4BC3A 2FF6A 4DUZK 2UU9K 2DTUA 1SS6A 4KI6A 3J80O 4H0XB 3SQ4A 3KLGA 1B9DA 3LP0A 5AQTA 3D2EA 2YI1A 1O1WA 2E8AA 1HJRA 4H0OA 3P83D 4WFNL 2VQEK 1SQKA 5KTQA 4PL7A 3O9QA 3PX6A 3CPEA 3A5LC 4G1QA 5GAHP 3LL3A 4CHYA 4E7JA 2I7NA 3VN5A 3PIOL 3I56N 4H0YB 4BRMA 1XNQK 3WNFA 1NWKA 4BG9A 3SJJA 1KFSA 1XI1A 4GVEA 3A8YA 3VOVA 3FZHA 3LP3A 3AO5A 3ZT0A 3TANA 2A41A 4EIAA 2HVIA 3D0PA 3VEXA 2GELA 4IDKA 2YNHA 1IV0A 4DFJA 3CXCM 3HPOA 4JI3K 4ISFA 4BE0A 3VTHA 5EY4A 3K5OA 4M3ZA 3OYGA 3P31A 1NOYA 1LAWA 3BUZB 3OA9A 3O4QA 2FSNA 4DTUA 5J1EA 4BR7A 1YVNA 3M1FA 4DWIA 2Q0RA 4B1ZA 3PY8A 4KHWA 1LWEA 3GL1A 3I33A 1FW6A 4FJKA 3OJUA 3C6TA 3WQUA 3SLCA 3QEWA 3SUPA 3NH2A 3JS6A 4JS4A 1IKYA 4FJXA 2O4IA 5AJ3K 2QM1A 2IS3A 4DQPA 1E4FT 4ISGA 4FYDA 3O9SA 4M42A 3DRSA 3IS9A 2YHAA 3QO9A 3CQYA 2Q97A 4AF1A 5BN8A 4BR4A 1NKCA 1VQKN 3QICA 4JKEA 5BRDA 3TAPA 3DI6A 3QMLA 4LSLA 5ADXA 4DR5K 4FWKA 4J2EA 1BL3A 3G6EN 2G8IA 2QW9A 1JL2A 3DRRA 1ZC6A 1VQ8N 4CEBA 3V1QA 4WF9L 5CE3A 4YOYA 3J7AP 3L0QA 4H5NA 2PYLA 3I0RA 1KSPA 1S1TA 1GLCG 4IBNA 2J4RA 2Q31A 1EWQA 4QOZB 4FLZA 1HKGA 3S3NA 2P9UB 4B3MK 5KRSA 1V4TA 3HXMA 3CMAN 4CVNE 3EZ5A 5CYMA 2YJEA 3P39A 2PFUA 4EP4A 2PY5A 3HSCA 3O08A 1NK9A 3CJ7A 4LH4A 4CECA 5BREA 3K5NA 4KH4A 3RMAA 2FF3B 3ZLJA 2W42A 3PX0A 3RVCA 3W3DA 3MWPA 4FJNA 2BH1A 1M1KO 1JCGA 2QEXN 1RCHA 5LY3A 4E7KA 3ENOA 2BE2A 3NH0A 3AARA 3PLAA 1Q9YA 4CIEA 2O8BB 3UIQA 3KKRA 4JK8A 5EOYA 3K57A 1GLFO 4K25A 3PV8A 4M3YA 4B3RK 1WSIA 2BUPA 1GOAA 4LF8K 2ASMA 3AO1A 4KB0A 2GV9A 3EKUA 5AQQA 4ILHA 1X3NA 2O8CB 3H08A 4N5SA 1VSLA 1JLQA 1VSDA 1RTJA 5AQHA 4FJ7A 4RW7A 3HM9A 1KLMA 5KPTA 3ZSQA 2FXUA 1CZBA 1BCMA 4DQ8A 1C0GA 2KZZA 1XC9A 4JHDB 4WQ5A 2CH5A 2VWKA 5I42A 1RBVA 2P9KA 4DB3A 4CF8A 1NGAA 3B6OA 2E6MA 4V19S 4WFAL 1FK9A 4CGIA 4YFUA 3OYEA 2CGJA 3GOIA 3AA3A 2UXBK 5C12A 1X9JA 5AQRA 3BP8A 3NF6A 1Z05A 4CERA 2Z1HA 4N47A 4CK2A 3S41A 1ITGA 1ZBHA 4B9VA 3O9UA 5BPNA 3VQ5A 4I7FA 2E2NA 1UA0A 5M1QA 4BC2A 1ATRA 4CHZA 1B9FA 3FE1A 1ASUA 3ZSVA 1FKOA 3BF1A 3H3OB 3RRHA 2NZTA 4IFEA 5LJWA 3HP6A 3CJ9A 4BRNA 4DG1A 3OYCA 2E20A 1SAZA 1KRPA 3SCXA 3P5JA 2JLEA 3DLGA 3DLRA 1RT1A 1UWBA 4YOUA 1GLDG 3VF6A 2G8UA 3VQ6A 1KLNA 1XHZA 2P5OA 4GW6A 3TSUA 4CEOA 4KKOA 1OVYA 1RT6A 2PAVA 4K43A 2ZJQL 4KB1A 1E4GT 5FPMA 4DF4A 2HHTA 3ULEB 5ADXH 3LWLA 1K9MO 3QINA 4BACA 4DS5A 2F8TA 2W6KA 4O5FA 3DXKA 2F9TA 5AQNA 5C0YA 5AQUA 2P9IB 3LP2A 3TPQA 3U3YA 4MO4A 1WSEA 2DY4A 1ZBUA 5AQGA 1OH8A 3LDPA 1TKDA 5DM6L 3B8AX 3C6HA 1HX1A 1ILYA 4DV2K 3AGKA 3PIPL 4AHSA 5M1KA 3HK2A 3AV9A 3UKUB 4F8RA 1QZ5A 4J2DA 3QEVA 1J54A 4G9ZA 3QNNA 3THYA 1TKZA 4OPKA 4B1VA 3QNOA 3T3FA 1QVGM 1CXQA 4B1XB 2RF2A 1HJOA 4B3SK 4KHYA 5TKWA 1UAXA 3OYJA 4DV0K 3KHYA 4CFCA 3CFRA 2BTFA 1I94K 1NGEA 5EX5A 4DSIA 2P9SA 1REVA 1JLGA 1DTQA 1RT2A 2D5RA 2HMPA 3WEEB 1R0AA 4JKFA 4C8NA 1HPMA 3M8SA 3IFRA 2UYTA 3OYDA 4B1UB 4R5PA 1QS4A 5BN9A 2IOCA 3EY1A 2O8EA 4BROA 3H6EA 1VQNN 2PBDA 1P8ZA 2JWKA 1Q9XA 1FJGK 3TWHA 4FJMA 4QCLA 4RG8A 1QQMA 2IDOA 2OANA 4FJ5A 3SPZA 1N5YA 1D4XA 3OW2M 2EHGA 4O8KA 2P1JA 3A5OC 3AVLA 3TU5A 4FPBA 1S1XA 4CI6A 3E9LA 4DTSA 3S3OA 1ZBFA 1V4SA 3S9HA 3UE5A 3ZEUA 4EFHA 1U2VB 4CHPA 2O8FB 1Q7YO 1VRUA 4JK9A 4CF9A 4DTMA 3SK3A 4X66K 3AVCA 4JLHA 1N36K 1A5WA 2NRWA 2GX9A 2HHQA 1Y97A 3ZETA 1WSGA 2E2QA 1VAZA 4B1WB 5KGXA 4H8KA 5JICA 5KQDA 3THXA 4WQ4A 4CD1A 3H1VX 3CC7N 1YVUA 1EP4A 2V7ZA 2KW4A 1RBSA 4CIFA 3OS2A 1Q86O 1TAUA 4O0JA 1T8EA 4CEFA 3PO5A 2RN2A 4CJFA 4Z0UA 1S5JA 3WNGA 3IUCA 1P90A 4CZKA 4M3WA 4H0TB 4U7BA 4JRPA 3LZIA 3D6RA 1X9MA 2FLOA 1MA9B 2XY8A 4OKKA 1S9EA 3PO4A 5FDLA 4AHCA 3OYBA 1J53A 4CJSA 3C6UA 3LANA 1JL1A 1BQNA 3HOSA 1GLBG 2EX3A 4CHOA 5BPLA 4DFPA 1EETA 1U04A 4DV4K 1D9DA 3U8XA 3T69A 2UUCK 3E1YA 3CFOA 4AM7A 3SNNA 2YNFA 3CJ1A 1LWCA 2I5JA 4ELVA 3OYFA 3SBTA 4FM0A 3QDKA 3RSEA 4DKWA 2P9LA 2QKBA 4GV6A 4CGGA 1SKWA 1X3MA 4IWVA 4CJEA 2Q36A 3VEYA 3NVMA 5GIPA 1X1PA 2HBKA 4JI7K 4CGDA 3ENHA 3SMPA 2QWMA 2LSNA 3LALA 3VTIA 2DFFA 4YOVA 3C6AA 5IT9O 1BA0A 1RT5A 4U67L 4DQIA 1RDUA 4KHSA 1KC8O 1NMNA 1VHXA 5SZTA 4W5TA 5H1SQ 2XRIA 4DHYA 5EXWA 4QS9A 1T6CA 3AA4A 1K73O 3AO3A 4O0IA 3ISNC 3MX5A 3OYAA 2OA8A 3VQ8A 1QSSA 2W41A 1R59O 3CERA 1C0FA 1BI4B 3EE9A 3K2PA 3BEXA 3A2FA 3LPTA 4DSKA 3NDKA 5M1PA 4DR1K 1YJWN 2OZMA 3RRGA 4FZYA 3ZX0A 3TTDA 3I55N 4DSJA 2HHXA 4CZFA 2YKNA 1YIJN 1IO2A 2VGMA 3QIPA 3JYTA 4YHHK 1EX4A 4BRCA 5AQKA 1MWKA 2NRZA 3KLFA 3LZJA 4CGFA 3ULDA 1QHTA 1JXEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOY A;  5CHI A;  4YOW A;  4YOR A;  4YOV A;  4YOT A;  4YOX A;  4O8U A;  4YOU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2EWS A;  4FSV A;  3VA0 A;  4FOI A;  4CZJ A;  3VPZ A;  1N8R O;  1DGK N;  4YOW A;  4I2P A;  3KWG A;  4BVP A;  1ZYQ A;  4FWM A;  5CZ2 A;  4JAX A;  4BWM A;  5HRN A;  3MN5 A;  2NRT A;  1WNS A;  3FFI A;  3DJC A;  4DTP A;  2DFE A;  5EU7 A;  1WSF A;  3CC4 N;  3ZCM A;  3HVT A;  1UOC A;  4NCB A;  1EWR A;  5J2N A;  4CES A;  1VQM N;  4ID5 A;  4IEI A;  4FLU A;  4JEP A;  4HUG A;  2E88 A;  4CZG A;  4QS8 A;  3R1X A;  3IG1 A;  4JK7 A;  5F0X A;  1CZ9 A;  4L3Q A;  3NF7 A;  4OVL A;  3MMV A;  5FRM A;  1NGD A;  5AZJ A;  3KD1 E;  4OX9 K;  1E3M A;  4FXD A;  2GUI A;  4C8K A;  5E84 A;  2OPQ A;  1BG3 A;  2HB5 A;  1LV5 A;  2P9N B;  3VA3 A;  1WAJ A;  3O6W A;  3LAM A;  4M3X A;  3OYH A;  2KLA A;  1NKB A;  3ZSO A;  3VQP A;  3DRP A;  4EHT A;  4JI0 K;  3CPW M;  3VEO A;  3O5B A;  2ASP A;  5BRH A;  4JKG A;  4LSN A;  3DLK A;  4X64 K;  1VSE A;  1NGG A;  3CJB A;  1J9A A;  2ZD1 A;  3CHW A;  2QXL A;  4BRK A;  3T1Y K;  1N34 K;  2BDP A;  4CBX A;  2HF3 A;  3J7Y P;  1BHL A;  5GAD P;  3CCQ N;  3SAG A;  1C1C A;  2QA4 N;  2HNZ A;  3SMS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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