5CHIA

Crystal structure of pf2046 in complex with ssdna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
MMRIVAADTGGAVLDETFEPIGLIATVAVLVEKPYRSAKEVMVKYANPYDYDLTGRQAIRDEVLLAIELARKVKPDVIHLDSTLGGIELRKLDEPTIDALGISDKGKEVWKELSKDLQPLARKFWEETNIEIVAIGKSSVPVRIAEIYAGIYSAKWGIENVEKEGHLIIGLPRYMEVNIKDGKIIGRSLDPREGGLYGSAEVSVPEGVKWEIYPNPVARRFMIFEIFSKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis of two-nucleotide removal of ssDNA by a cryptic RNase H fold 3'-5' exonuclease PF2046 from Pyrococcus furiosus
rcsb
source organism Pyrococcus furiosus (strain atcc 43587 / dsm 3638 / jcm 8422 / vc1)
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Uncharacterized protein
total genus 61
structure length 230
sequence length 230
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5chiA00
4YORA 4YOYA 4YOUA 4YOTA 4YOVA 4O8UA 4YOWA 4YOXA 5CHIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLDG 5AZJB 2IVPA 3DRRA 1HQEA 4IO8A 4H5NA 3DOKA 1N32K 3HL8A 4JI4K 5KPTA 4BR5A 3UKUB 3O9RA 2G8KA 3OYIA 4LF8K 4B8AB 2QWOA 3JXUA 4YOUA 4R5PA 3WXJA 5FPNA 3SI6A 1W9HA 2ASMA 4FSVA 3S3NA 1SKSA 3F9MA 4V19S 2FBTA 1K8KA 4BGBA 2OTLN 1FJGK 4F3OA 2F8SA 3NE6A 3QEWA 2VWJA 3DI6A 4DU3A 4AM6A 1BGXT 3BGRA 4KI6A 4RW7A 3C7NB 3NF9A 5AQQA 3KJVA 4M3TA 3MXJA 4CGHA 2IVNA 3N4PA 3AARA 4J2AA 4I6MA 3NBPA 3RRGA 3CETA 3C6TA 4HUEA 4DFPA 1NGAA 3ISNC 4ISGA 3KKSA 3G4SN 3WQUA 4JKDA 1WSFA 2DPNA 4GY2B 1C0GA 4KTWA 1D5AA 4RWTA 5AQJA 3CG7A 1L3SA 4CBXA 1X9WA 1L5UA 1HJOA 4FJIA 1R0AA 3CCVN 1I94K 4CZIA 4MLEA 4EZ6A 3MDQA 3J7ZO 3SJJA 3DYAA 3IKMA 4B3OA 1T6DA 1YJ9N 1VSKA 3NF7A 3MCAB 4CBWA 3WNEA 4I2QA 1RTJA 3GG4A 1IBMK 2OANA 4CZJA 1DTQA 3ZSWA 2GV9A 2E1ZA 4FM1A 3D6RA 5EVZA 2GWJA 3U3GA 5GAGP 4FJLA 3LM9A 3U8XA 4CFDA 3ATVA 4YOXA 1T6CA 3FZFA 1X1PA 4RTFD 3CMAN 3ZSZA 1CXUA 4KI4A 3MN5A 2FBXA 2KKZA 3VQ9A 1VQ6N 1NGDA 4FLZA 3KLFA 4E1NA 5EOYA 1UWBA 2GWKA 3E9OA 4CBUA 2YCHA 3RRHA 1J53A 3ZSXA 3EN9A 1Q86O 3QIOA 2X6SA 1U45A 3CFPA 4RCHA 4XH1A 4CD1A 2YHYA 1TKXA 1IJJA 1LWEA 1RDWX 2HF4A 3T1HK 4LSLA 1UA1A 3SMSA 2RHKA 1GLCG 3SYZA 3OBYA 4CGDA 2F4VK 2HHHK 4M42A 1WSGA 2QWRA 2FXUA 3KZBA 5KPZA 3LM2A 1OVQA 1FW6A 1HQUA 1BA0A 1MDUB 4KHWA 2VYPA 3O08A 3TARA 3CMEN 1DGKN 5FDLA 4BQZA 2HHVA 4CZGA 3LANA 4OX9K 3K5LA 2HHUA 4JKFA 3KLIA 2QWNA 1DTTA 3V81A 4FJKA 4TSXA 1B9FA 5K14A 5AZIA 2VWBA 3AO1A 5MLCQ 4DSJA 2YNGA 3CFOA 3SUOA 3WUHA 2P9PA 4RW4A 4R79A 4KHPK 1HNZK 1VQMN 1JL2A 1XC9A 1NOYA 3L2WA 1Z05A 3O80A 4ELTA 2YI1A 3KK7A 4DSFA 3E01A 2GEMA 4LFCK 1GLFO 1L3VA 3VGLA 3FR0A 3HPOA 3MCPA 4H5VA 3QEIA 1DLOA 1WSIA 4CEQA 4KREA 1DEJA 3NHGA 3VETA 4PL7A 4H0YB 2NZTA 5C2FA 1XUPO 3BP8A 3VGMA 4OPHA 4YY3K 1YITN 5AQOA 1VSJA 4FYDA 5KQ8A 3O5BA 3PX6A 3DLGA 1BI4B 3QEVA 2O8CA 1S1XA 4PY5A 5F1XA 3KIOA 3ENBA 5KPRA 2WFBA 5TKYA 1KAZA 4WQ5A 3V6DA 2BTFA 4A59A 3THWB 3HPGA 3VPZA 3P83D 4DTJA 1XQSC 3M8QA 3L2RA 1RTHA 2WONA 2OYQA 2P9KB 3MN7A 1T8EA 4BG9A 4GKKK 3R8EA 4DV1K 5BRHA 4BC2A 4DV4K 1Q82O 4M3ZA 1U04A 2QXLA 3CJCA 4KRFA 3H6EA 3SK3A 3RMBA 2G8IA 4CZMA 4NO7A 4F8RA 1C1CA 3A5OC 4H5TA 3WEEA 2KQ2A 3K9JA 3VEXA 4OJRA 1S5JA 1QQOA 4KH4A 4B8CA 4CEZA 3EYZA 4CGJA 3WXIA 4WFBL 1NKEA 1XC3A 1S1UA 4EP5A 4CEOA 3FFIA 3CYMA 1JLBA 3AAPA 1RTDA 5LJVA 4CHOA 5E26A 3ID6A 3C6HA 1RT1A 1UAXA 1SV5A 4NCGA 3AO2A 2P9NA 4FM2A 1NK5A 1VQKN 3WT0A 1Q7YO 1M90O 4HCBA 3O6WA 3SCXA 3DAWA 3I8DA 3RMCA 4WF9L 4O0IA 3HP6A 1JLCA 3LWLA 3AVFA 2W40A 3U3YA 3QICA 1VAZA 1VSMA 5AJ3K 2E8AA 3QETA 1GLAG 1HUXA 4IFEA 3TSQA 4YFUA 3AV9A 1IBKK 3JS6A 1W0HA 4E89A 5DM6L 1KAYA 2O8FB 2XY6A 2OPSA 5JMVA 2ZJRL 4MDBA 1BUPA 1N8RO 4BC5A 3BZKA 4A5AA 3MEDA 2IS3A 2X74A 3DXMA 4LC9B 3I0RA 5AR0A 5KI6A 4C1NK 4IWVA 2Z1JA 4I9LA 3TPQA 3KD5E 2DY4A 3RWUA 5T7BA 4E7LA 2IGIA 4FJJA 3O3GA 3NMUA 3GE1A 2HB5A 4JK7A 5AQFA 1NWKA 1KTQA 1K9MO 4DQIA 5EX5A 1YI2N 2UUBK 1RDAA 5C24A 3P5JA 1BIZA 4CGFA 4Z4IA 1UA0A 1SS6A 5KGWA 1NLVA 3L8BA 3ZETB 4BRPA 2QWPA 5AQVA 1K6YA 4FJ9A 2AJQA 1D4XA 3TTFA 4J2BA 4F2RA 3KLHA 1TK0A 2Q2RA 1JCFA 3CHWA 4FXDA 2D1KA 1J6ZA 2OPPA 3T7ZA 4BRGA 4CZLA 3MXMA 4CHYA 5FRMA 4X65K 1WBBA 5GADP 4LF7K 2ZE2A 4DR1K 3OYCA 2E20A 3AVCA 3S41A 4FLVA 3OVNA 2QEXN 4CJRA 3D2EB 3SMPA 1HKCA 4QAGA 4CEAA 1N5YA 3UB5A 2XO7A 2B6AA 4A2AA 3OJUA 4I7FA 1YVUA 1NGIA 4IJNA 2XRIA 4AQYK 3VMFB 1NGEA 3I56N 4AHVA 2HNDA 3TI0A 4PHTX 4LH4A 2UYTA 3TAPA 4FJHA 2XY7A 2P9IA 5FROA 2LSNA 2WTUA 3WXLA 3CXCM 4FLUA 1VSHA 4JEPA 2FBYA 3L4IA 2QKKA 4LH5A 2D5RA 4DQPA 4E19A 3VTIA 3HK2A 1T03A 5DM7L 4BE0A 3NGZA 2ATQA 4BDYA 3R9PA 2WBNA 2FSJA 4EHUA 2OA8A 4GKJK 3VQDA 4AF1A 4AHSA 1A5VA 1NMNA 1KD1O 2HBLA 3CJ9A 3NFAA 3DLBA 4JK8A 2QWMA 1U2VB 2PYJA 4DTPA 1KCFA 3R3LA 2GELA 3JYTA 4MDAA 4OPJA 5JS1A 4CZEA 1WAJA 5I42A 4M7YA 2P9LB 4KHNA 4IDKA 1Z6RA 3KKRA 4OLBA 2P5GA 4H0OA 4BE2A 2HW3A 3HXMA 3O4WA 4ILHA 4BQLA 4BC3A 1NG9A 2P9PB 3K5MA 4FM0A 1U47A 4O44A 1MA9B 4CJ3A 2KFNA 4KHUA 4CFCA 4JV5K 1MWKA 4B1XB 2KZMA 4BGAA 1RDUA 3ZT2A 4WE1A 4KB0A 1Q8IA 1BO5O 3LL3A 1EQYA 1XWLA 4LF9K 4B1ZA 3MN6A 5HRRA 4DFKA 1J5OA 3C94A 3DRPA 3DRSA 1RCHA 3HZ6A 3FGUA 4GW6A 1OH8A 3OYGA 2NRHA 3CM6A 5J1EA 2NUBA 3OA9A 4BRFA 3AA4A 4FW1A 5AFUA 4KKOA 3QNOA 2QK9A 4FJ5A 3CCUN 4BWJA 3QMLA 3TAQA 3HPHA 5AQYA 4CJ7A 5B8HA 3D2FA 5CY4A 2A40A 1SQKA 1C1BA 4PA1A 1QSLA 4M63C 4EHTA 3O9TA 3ID8A 3SQ1A 2WOMA 4JD2A 2BGGA 4C1NI 5GIPA 4OGEA 4DR4K 5AQSA 4F3TA 3LPUA 3P1GA 2ASPA 1NGCA 3HSTB 1QHAA 4BVOA 3OYNA 2IVOA 3QBXA 4DMNA 1D8YA 4K41A 4H4OA 5CYQA 3OS2A 3ZLJA 3KLEA 4FJ8A 2NRRA 1IKXA 4YDUC 1JL1A 2ZF5O 2YNFA 4FJGA 1Y64A 1G99A 1VQ7N 1HMVA 4PKGA 1QVGM 1ZBSA 3BF3A 1LV5A 2GBZA 1IKVA 3MECA 3SAHA 3V9XA 1WAFA 4F2SA 4BVPA 1BIUA 2PBDA 3NGYA 2H3GX 1NK7A 3BZCA 4PKIA 1EETA 3VQAA 1F21A 3DXKB 4FWNA 4C8NA 1TL1A 2GUIA 4FWPA 3ZYYX 2F7TA 3JAMO 5E41A 3SQ0A 3G25A 5HRSA 4KV8A 4JI7K 2X6NA 2YNHA 1SL1A 5AQIA 1Q81O 1BQMA 5AQXA 1BISA 5IT9O 1BG3A 4O0JA 5AQUA 1WOQA 5AZJA 2D0CA 3DLEA 1ZXOA 2CH6A 3P31A 2UXDK 1FKOA 1YT3A 4CJFA 3EE9A 1ASWA 3THXB 5AQZA 3HOTA 5C12A 1HLUA 1KXPA 4EP4A 4C8LA 3N4QA 4LY7A 3PV8A 3ASMA 1S72N 1LCUA 3CC7N 2XHBA 1SZ2A 3VQEA 1S6PA 3TU5A 1VQ4N 1VRUA 3AVBA 3WXMB 2FSKA 3WNGA 3LDPA 3D7EO 1B9DA 1QQCA 3S3OA 4DV7K 3K58A 4JI1K 3C6UA 5M1NA 3HT3A 4CIGA 1GOBA 5GIOA 3M8RA 2OZSA 3DLLL 5BN8A 1RT2A 1YJNN 2NRVA 2ZJQL 3ITHA 2Q0UA 4BG8A 2J4RA 2FF3B 1NK8A 2V51B 1TK5A 1NGGA 3SUPA 4FLXA 4QOZB 3VF6A 1HNVA 2E2OA 4CJVA 1GLJO 3G0ZA 4JKGA 5JLHA 4CW7B 1XNQK 1EX4A 1XMOK 4DB3A 2R7YA 2Y1JA 1RNHA 2BUPA 3WQTA 1RT6A 4JS5A 4BRAA 3H08A 3NCIA 1N33K 2F96A 1YIJN 4GVMA 4BR9A 4JNEA 4MO4A 2QTDA 3O9SA 1N34K 4DHYA 4BRIA 1CLQA 3M1FA 2RE2A 1RBSA 4B3RK 1XHZA 2A3ZA 1S1TA 3IUCA 3C65A 4CJSA 3OY9A 1M1KO 1WSHA 2Q36A 4ELVA 1RBVA 4GV6A 1T3VA 2O4GA 3EO3A 2Y1IA 3EZWA 3SPYA 2F9TA 3VQ6A 1EWQA 2P9NB 5AQHA 3CFRA 1XI1A 1RBUA 2I7NA 1E4FT 2ZJPL 4FLTA 1VQ9N 2ZWHA 4J2DA 1J9AA 3QEXA 4DR2K 1KQSM 4CCHA 2PYLA 4OKJA 3O4NA 2FLOA 1I39A 3M6GA 4CHPA 1TUUA 3A5NC 2PZSA 1E3MA 5AQNA 3OYMA 4H0TB 3E1YA 5KQDA 3Q7BA 2ZM6K 4JYAK 1S1VA 2UUCK 3CCSN 1JLAA 2NRZA 4FPAA 1VHXA 1RT4A 3T1AA 4KTQA 1DT9A 1KFDA 4FWOA 2FBVA 3OYLA 4M45A 2VG6A 1JKHA 4IEEA 3H3OB 3LAMA 1KFSA 3PO5A 1K73O 3OBWA 4QCLA 4CZHA 4Q5VA 2CGJA 4E7HA 1FXXA 1QZ6A 3TTCA 2JWLA 3I0SA 1VSFA 1YUWA 1VQPN 4KH6A 5BREA 3H1VX 4IFYA 5LJWA 3HTVA 2PAVA 3RSEA 3HM8A 5AQGA 4ISEA 3UKUA 2VQFK 4E7JA 5KRTA 4ID1A 5C2DA 4KHYA 3VENA 5JVHL 4JKAA 3AVNA 3ZSRA 1BOTO 2XY5A 3CCJN 1H1VA 4BWMA 3VOVA 4J2EA 1NMDA 2IC3A 3VEOA 5J2PA 4OLAA 4B9TA 4CESA 3K0SA 4BROA 4DSIA 3DM2A 3DOLA 4W5OA 1D9DA 4YOYA 3MXIA 1S6QA 3FE1A 4CJEA 2O8EA 4CJ5A 4CK2A 3M8SA 3V1RA 3PSIA 4NLCA 5E84A 1S3XA 4HHTA 4DSLA 2WC9A 4JRPA 1NNEA 1A5WA 5AQTA 4NYNA 4GV9A 1WLJA 3EZ5A 3ZSVA 1G15A 1ZBUA 2QXFA 3V9SA 3QB0A 4DQRA 2E6MA 5HRNA 5HROA 3LP3A 2W6KA 4Y0WA 4FCYA 4ISFA 1NJIO 2KHOA 1LW0A 4ELUA 4O5BA 1RT7A 1RT3A 3HO1A 3MEGA 4DQQA 3ENHA 2V7ZA 3NF6A 1IG8A 1BHLA 2W41A 1O1WA 2XY8A 4DTXA 4C8KA 4FWSA 4E1JA 3TANA 5BPLA 3L4QA 4FK2A 3ZSOA 4DV3K 1QQMA 5CHIA 2KLAA 2ZD1A 1XMQK 4M3XA 3WEEB 1C0MA 1BCOA 1YXQA 4JKEA 2BANA 2HHWA 2E4LA 2QWLA 2EX3A 4A5BA 4N5SA 3HJFA 4FJXA 1JXBA 2PFUA 3ENOA 3T1YK 4KAZA 3JSMA 2CGKA 5ADXH 3W0LA 3MX5A 2P9UB 4C8MA 4CJUA 4AHUA 2NRTA 2QI2A 4DQSA 1WUAA 1SAZA 4B1YB 4CFAA 5BR8K 2AP1A 4FWQA 4Y1CA 2VGMA 3VN5A 3V4IA 5TKWA 4FZXC 2KW4A 1A5XA 1NOZA 1BDGA 4ILJA 1NU0A 4PKHA 2GTDA 5EY4A 3IDHA 2GUPA 2P9LA 1N6QA 1ASUA 5CR4A 3F73A 3TR8A 1GLBG 4G1QA 2P5OA 4CE9A 1BU6O 5LMUK 3THXA 1RILA 3P38A 4UQGA 4E7KA 1U2VA 2A42A 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3FZMA 3DWLA 4LF4K 3P4IA 1VSLA 4CGGA 3M8PA 2DFFA 4ID5A 3SZ2A 2O8DA 3HOSA 3EEQA 4CJ4A 2QWQA 1VQ5N 5C25A 4B1WB 4OO1J 1HKGA 4I6MB 4KO0A 5I9EB 1ATRA 2F8TA 3SJHA 4KPYA 1TK8A 3O9QA 1BQNA 1ZYQA 4A2BA 2W6LA 5BPNA 3AVKA 3CJBA 4IOXA 2QA4N 3THWA 4IXCA 4IO9L 5CZ2A 3R6MA 3TSPA 1DKGD 3MK6A 4DR6K 3AY9A 1E4GT 3J7YP 2A1RA 3QIPA 3VEWA 1BA1A 3AO3A 2V52B 3T3FA 1JLGA 3DJCA 3CCRN 3CJ7A 2VQEK 3T19A 1NKBA 2HHTA 5FRNA 1KLNA 5A2QO 4BR0A 4QS8A 4JKGB 1FK9A 1TL3A 5LMNK 2E88A 5JLFA 5DK5A 3J80O 4HCCA 1ILYA 4OGCA 4CHZA 1S9EA 1C0FA 4KFBA 1RT5A 1C1AA 4M3WA 1U6ZA 3AVIA 3O9UA 5AQRA 1NGJA 3KWIA 2G8VA 2NLXA 2ZQBA 3IG1A 4JI6K 3SUQA 1QSYA 4PL8A 3PUFA 3C0BA 1NK6A 1RFQA 3NH2A 4JLHA 3ULEA 1QE1A 4HTLA 4A57A 1TKDA 3J7AP 4LFBK 4CF0A 4FJMA 1S1WA 1FKPA 4HUFA 2E5LK 2DTUA 1C6VA 4PQUA 4DTSA 1EXQA 4NCAA 2YHXA 2O8DB 1MWMA 1KVCA 2O8BA 4JKHA 3P39A 4MFBA 3D2FB 3F9KA 4FW2A 4BRNA 3GBTA 1CZAN 4O4GA 3TAMA 3ZETA 2BDPA 1EO1A 2YV0X 4H5RA 5HRPA 3K57A 1V4SA 1VK0A 3ZSQA 1KAXA 4EAHD 5KGXA 1HNWK 3V9ZA 3R1XA 4WFNL 1TAQA 1RBRA 2G8HA 1B92A 4GVEA 1RDCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOR A;  4YOY A;  4YOU A;  4YOT A;  4YOV A;  4O8U A;  4YOW A;  4YOX A;  5CHI A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GLD G;  5AZJ B;  2IVP A;  3DRR A;  1HQE A;  4IO8 A;  4H5N A;  3DOK A;  1N32 K;  3HL8 A;  4JI4 K;  5KPT A;  4BR5 A;  3UKU B;  3O9R A;  2G8K A;  3OYI A;  4LF8 K;  4B8A B;  2QWO A;  3JXU A;  4YOU A;  4R5P A;  3WXJ A;  5FPN A;  3SI6 A;  1W9H A;  2ASM A;  4FSV A;  3S3N A;  1SKS A;  3F9M A;  4V19 S;  2FBT A;  1K8K A;  4BGB A;  2OTL N;  1FJG K;  4F3O A;  2F8S A;  3NE6 A;  3QEW A;  2VWJ A;  3DI6 A;  4DU3 A;  4AM6 A;  1BGX T;  3BGR A;  4KI6 A;  4RW7 A;  3C7N B;  3NF9 A;  5AQQ A;  3KJV A;  4M3T A;  3MXJ A;  4CGH A;  2IVN A;  3N4P A;  3AAR A;  4J2A A;  4I6M A;  3NBP A;  3RRG A;  3CET A;  3C6T A;  4HUE A;  4DFP A;  1NGA A;  3ISN C;  4ISG A;  3KKS A;  3G4S N;  3WQU A;  4JKD A;  1WSF A;  2DPN A;  4GY2 B;  1C0G A;  4KTW A;  1D5A A;  4RWT A;  5AQJ A;  3CG7 A;  1L3S A;  4CBX A;  1X9W A;  1L5U A;  1HJO A;  4FJI A;  1R0A A;  3CCV N;  1I94 K;  4CZI A;  4MLE A;  4EZ6 A;  3MDQ A;  3J7Z O;  3SJJ A;  3DYA A;  3IKM A;  4B3O A;  1T6D A;  1YJ9 N;  1VSK A;  3NF7 A;  3MCA B;  4CBW A;  3WNE A;  4I2Q A;  1RTJ A;  3GG4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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