5KGXA

Hiv1 catalytic core domain in complex with an inhibitor (2~{s})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{h}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
153
structure length
134
Chain Sequence
b'CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Indole-based allosteric inhibitors of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 45
structure length 134
sequence length 153
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5kgxA00
1J5OA 1R0AA 2XY6A 3NFAA 5KTQA 2YKMA 4AHSA 3KK1A 3ZSOA 3LWMA 3V6DA 1UOCA 5J2PA 1RDCA 2G8WA 4LSNA 3OYCA 1KSPA 1YVUA 4CJSA 1ZYQA 3S3OA 4DLEA 4CF0A 4N47A 3TAPA 3S3NA 5FROA 5E41A 1SKRA 4IDKA 5CYQA 3P1GA 4O0JA 3K5MA 3BDPA 3L3UA 4DFJA 1HYZA 3FFIA 4CFAA 2PY5A 4H8KA 1TKDA 1ZBHA 1TGOA 3TWHA 3SJJA 1BCOA 4FM2A 3NGYA 3JSMA 1CLQA 4QAGA 1JL2A 4FM1A 1S1XA 3HL8A 3QESA 2ZD1A 1LWEA 4R5PA 1XHXA 4PQUA 1T7PA 1SUQA 1KLMA 4ZTFA 4OKKA 4UQGA 4C8LA 1HYSA 3EYZA 4DF8A 3AA3A 2D0AA 4FLWA 4DS5A 3OYKA 2YHAA 1LV5A 3U6FA 4M42A 1C1BA 3PX6A 4KI4A 3LWLA 2OPQA 3E01A 1FXXA 3V81A 1TKTA 4I2PA 4PWDA 1WSHA 5EU7A 1HJRA 1RBVA 3OYDA 4CJPA 4LH5A 2YHBA 3ZT1A 4Q5VA 2ZQBA 1EETA 3AO2A 5J2QA 5FDLA 4DSFA 4AHUA 2HNYA 4CJRA 4KI6A 1IKWA 1S1VA 3L2RA 2ITGA 3RMCA 3PUFA 3KTQA 4RW8A 4E89A 1VSIA 3VQ7A 4DTMA 1RILA 1DTQA 4CIGA 2BDPA 3S9HA 4W5TA 4AHRA 4CEAA 1BISA 3LANA 4CJTA 3OYJA 2XY5A 1NJZA 1HQUA 3AA2A 4KAZA 4DSEA 4PY5A 4H4OA 3KKRA 4DU4A 5J2NA 1XC9A 4CEFA 2KZMA 3OYMA 4EZ6A 4ZTJA 4CEOA 4QOZB 4FJKA 2QK9A 2D0CA 3VQAA 1VRUA 2E4LA 3VQDA 4B9NA 2KFZA 3AVIA 2YV0X 4KB1A 1NJYA 5C25A 3QEPA 3ZSYA 4AH9A 4OPKA 1U49A 3HYFA 1TKZA 4KTWA 4CERA 3KJVA 4BE0A 3QEIA 2YNGA 2RN2A 4HTUA 4FJMA 1EKEA 3LP0A 3ZCMA 3G10A 3ISNC 5HRSA 4J2AA 5JS1A 4B9TA 3DOLA 1J9AA 4AHTA 4ELTA 3DRPA 3SQ4A 2FBVA 3IG1A 4E7HA 2F8TA 1BIUA 3QEXA 4HCBA 4FJ9A 4J2EA 1JLAA 4ELVA 1VSFA 2PYLA 1NJXA 3HJFA 2ETJA 3AVNA 3QLHA 4QCLA 3HVRA 1GOAA 3M8QA 3EZ5A 1BHLA 1NK5A 5HBMA 4DSKA 4FJJA 2I5JA 1VSMA 4CFBA 1WAJA 1WSEA 3MECA 4JS4A 4ELUA 3VQ8A 2OYQA 2QKBA 3SZ2A 3OY9A 4Z4GA 4FCYA 3DRRA 4N41A 4DSJA 2VG7A 1RT4A 1IKVA 4CF8A 4E19A 3OYBA 4HUGA 4CJWA 2HB5A 3AVCA 1BL3A 1WSFA 1HNIA 4Z4FA 4DU1A 3AVAA 3AVJA 2G8FA 1DTTA 4GW6A 3TABA 1LWFA 4PA1A 3NE6A 4FLYA 4KHUA 4HVJA 3DLGA 3VN5A 1RT7A 3QIPA 3L2QA 5J2MA 1TK8A 4IG3A 2BGGA 3D0PA 1KTQA 3MEEA 3NDKA 3PO4A 1VSEA 3NBPA 1CZ9A 1NJWA 4F3OA 4DLGA 3QEWA 2KZZA 2HNDA 3KLGA 4DTXA 4ZHRA 3DLKA 1QS4A 4DQRA 5T7BA 4B9SA 3DM2A 4Z0UA 1TV6A 3LAMA 1IKXA 1BIZA 2D5RA 2VG6A 4C8MA 3VQ9A 5C24A 4CGHA 3LP1A 5J1EA 3LPUA 3CQ8A 4NCAA 3TI0A 1FKOA 4CHPA 4BE2A 2HMIA 1LW0A 4RW7A 2O4GA 4CFCA 2AJQA 5DMRA 4LSLA 1X9WA 3ZSVA 3LZIA 4DMNA 3OYEA 3PX4A 3LALA 3ZSXA 3OJUA 4NCGA 4DQQA 2QKKA 4FK2A 1WSIA 4BACA 5CYMA 3M8RA 3SPYA 3AVFA 2OZMA 1JKHA 4CJFA 5HRPA 4M3YA 4B3OA 4M3TA 3WNEA 1VSLA 3HP6A 3TARA 4B9UA 1S9GA 3QNNA 1L3SA 3PO5A 1VSDA 3G0ZA 3K5LA 1YT3A 5SZTA 3HT3A 3QINA 2Y1IA 1RTJA 4F2SA 2B6AA 3V1QA 2PYJA 1L3VA 4FJ5A 3SQ1A 1XHZA 3SUPA 4KTZA 4IBNA 2YNHA 2W42A 3K5OA 3VQQA 1RT5A 1F21A 1JLBA 2D0BA 3KKSA 1D9DA 2Q3SA 4CCHA 3QEVA 3H08A 3LZJA 1T05A 4J2DA 3SV3A 4FJ7A 3DLEA 3K2PA 1U45A 3VQEA 4FK4A 5HP1A 4NYNA 4B8AB 3K5NA 3NGZA 1RTIA 1TVRA 3LP3A 1NOZA 1VK0A 3LPTA 4MQ3A 1I3AA 4CGJA 3V9XA 3RRHA 3RR8A 2XY7A 1IKYA 3VQPA 3ZT2A 1FKPA 4O4GA 1MU2A 3L2UA 4FK0A 1HMVA 4J2BA 3P83D 4CIEA 5JS2A 4OPJA 1EXQA 1JLEA 3QETA 4DTSA 2KTQA 4K8ZA 2G8VA 2HHQA 3THVA 1RBSA 1FK9A 4CGFA 2IOCA 4CK2A 1S1UA 3AA5X 4RG8A 1GOBA 3VQ5A 1TL1A 1JXEA 1KCFA 2LSNA 2DFEA 3DYAA 3ULDA 2P5GA 1JXBA 4N56A 3CFOA 1X9SA 4E3SA 1WAFA 4N76A 1NK0A 2B5JA 4W5NA 1U47A 1QQCA 3AVBA 3DLRA 3QO9A 1ASVA 5KGXA 4IKFA 4Z4EA 1HNVA 1KVCA 2IGIA 4FJXA 3KD1E 4DF4A 4FZYA 4OKEA 4B9LA 1NKCA 1SV5A 4FZXC 4OGCA 4W5QA 4W5OA 1D9FA 4XIUA 4FJHA 4FLUA 3CG7A 4CEEA 4NYFA 4Z4HA 4LD0A 3AO3A 1C0TA 4H4MA 4GMJB 3MAQA 3U3YA 1UA0A 1KFSA 2XY8A 4MFBA 1T03A 4RW4A 1NKBA 1N5YA 3VQCA 1NK8A 1A5VA 4CHOA 5DK5A 2G8KA 1ASUA 3P5JA 1SKSA 1Q9XA 2FC0A 4CJKA 4CF1A 3LP2A 4RW6A 5SWMA 3SQ2A 1TK5A 2VG5A 3CYMA 1CXUA 1LAVA 1REVA 3WNGA 3ZSQA 2Y1JA 4JRPA 4C8OA 2WOMA 4ID5A 1G15A 3TANA 4E7KA 3DLHA 2XHBA 4KO0A 3LDSA 3VA3A 1W0HA 1L5UA 4DQSA 1DLOA 1BGXT 3AA4A 3ZSZA 4CESA 1UA1A 4I7FA 4DTPA 3BGRA 4FJGA 2OZSA 1RBTA 4ID1A 4AHCA 4CEBA 5FRMA 3HSTB 3MXMA 1KFDA 4OGEA 4Z4CA 4HHTA 3OS2A 2RF2A 3PY8A 4CJQA 4B8CA 1U4BA 3WNHA 4FLTA 3AVGA 1ZBFA 3L3VA 1RT6A 2FBYA 4FJIA 3M8PA 2Z1JA 3C94A 3NHGA 1CZBA 4JLHA 1WSJA 3ZT4A 3PX0A 2G8UA 4KHYA 3AO1A 5K14A 3OYLA 1HPZA 1Y97A 1ASWA 2X74A 3NF8A 3SI6A 1NK4A 1HYVA 3C95A 1A5WA 2KQ2A 3KLIA 3S3MA 4M3UA 5C42A 4E1MA 4BE1A 1BCMA 3CFPA 4M3ZA 3ALYA 3U3GA 1S6PA 4CEDA 4CHNA 1SL2A 1RTDA 2ATQA 3KIOA 4KKOA 1B9DA 4B9VA 4IFVA 1RT2A 3CM5A 4E7JA 1SL1A 4O0IA 4GVMA 3HPHA 4E1NA 4CK1A 4CECA 3TAFA 1JLFA 4OLAA 3EY1A 3AO5A 4CK3A 3AV9A 3OYHA 3OS0A 4OJRA 4DG1A 3V9ZA 1QSSA 2G8IA 1Q9YA 4DFKA 4WE1A 3OYFA 1KRPA 3V1OA 4IG0A 4CE9A 1J53A 1TAUA 1B9FA 5D3GA 4DQPA 3SUNA 2IAJA 4FYDA 3B6PA 3K58A 1WNSA 3RTVA 3MXJA 4TSXA 2PZSA 3T3FA 4LY7A 1U04A 4CF2A 3SV4A 1NKEA 1Z26A 2GBZA 4JRQA 1C0UA 3KLFA 1Z25A 4M3XA 1JLQA 3IRXA 4M3WA 3RMAA 4DQIA 1S9EA 2DY4A 3I0RA 2BANA 3KD5E 4CHQA 3SNNA 1IO2A 1BQNA 3AVMA 4CGGA 2P1JA 3OYGA 1S1WA 5I42A 3JYTA 1JLCA 2HW3A 3TAQA 1HRHA 3OYNA 3ZT3A 4W5RA 2KFNA 3CM6A 1GOCA 3A2FA 3O3FA 3HXMA 4KRFA 3ZSRA 2VWKA 3C6TA 2BE2A 1VSJA 4CIFA 4CJLA 3OYAA 4KHQA 4Y1DA 1UAXA 3NF9A 4JS5A 4E7LA 4CGIA 3PV8A 1C6VA 1LWCA 4FM0A 4I9LA 5CY4A 4M41A 3TAGA 3HO1A 4M45A 4FVMA 1LAWA 5I3UA 3MXIA 4DWIA 2HHTA 2HHSA 4CFDA 2F8SA 1RNHA 3TR8A 5HROA 3IS9A 3RRGA 2F96A 3KLEA 1SL0A 2IDOA 4EZ9A 3I0SA 4Q0BA 4CJUA 3NH0A 3L2VA 4HUEA 4FLVA 2WONA 4YNQA 4BDZA 1JL1A 1YTUA 1WSGA 1UWBA 2E6LA 1X1PA 4C8KA 2X6NA 4KPYA 5KRTA 1ITGA 1VSKA 4KREA 2HHWA 1CXQA 4N5SA 3OS1A 2GUIA 4O5BA 3V9UA 1KLNA 4BDPA 1B92A 1I39A 1NOYA 1L3UA 1RDAA 1HQEA 4BWMA 4Y1CA 1TK0A 1QSYA 2DTUA 3F73A 4CJ4A 3UIQA 4FJLA 3SPZA 1J54A 3ASMA 4EP5A 4KTQA 2DFFA 2DFHA 2P51A 2RPIA 5CZ2A 2OPRA 1TAQA 2QXFA 3QNOA 3ZSWA 1QHTA 3V9SA 2O4IA 4DSLA 1S6QA 3DOKA 4BWJA 3RR7A 1D8YA 3HK2A 1D5AA 1YTAA 2YKNA 1T8EA 4K8XA 1EX4A 4DFMA 2GV9A 1KVBA 4OKJA 3V9WA 1IG9A 4KHWA 2X78A 3CFRA 4OVLA 4DTUA 3KLHA 4I2QA 3DLBA 1BI4B 4KV8A 5CZ1A 4F2RA 1ZBUA 4G1QA 3NAEA 1VSHA 3AVKA 3KK2A 3KK3A 2JLEA 3HPGA 1RTHA 2YNIA 3NGIA 4DFPA 2A1RA 1X9MA 1N6QA 4CJ5A 3VA0A 4F3TA 3RWUA 2OPSA 1TKXA 3V1RA 4E0DA 4FLXA 4FW1A 1VRTA 2IC3A 2ZE2A 1XWLA 2R7YA 1K6YA 2EHGA 3D45A 3ZT0A 4FW2A 5HRNA 2XO7A 4F4KA 3DMJA 4CHZA 4L8RB 3NF6A 4FJNA 2IS3A 4RW9A 3TAMA 2KW4A 4PUOA 4CEZA 1O1WA 4CJEA 3TAEA 3O3GA 3L8BA 2YNFA 3V4IA 2RKIA 3AVLA 1C0MA 5KRSA 3NH1A 4CF9A 3MEDA 3OJSA 4AILC 1S5JA 2A1SA 4CEQA 4DTOA 1RDBA 5FRNA 1QSLA 3HVTA 1QTMA 4CJVA 1RCHA 3SYZA 1NK7A 3NH2A 3QERA 2OA8A 3SQ0A 4KB0A 3HPOA 1QE1A 1W9HA 4O55A 4B08A 4NCBA 4M3RA 1NK9A 4B9MA 3OYIA 4IFYA 3K57A 4BDYA 1ZBIA 2HHUA 4HCCA 3QIOA 4CGDA 4CHYA 3M8SA 4FXDA 5HRRA 2HHXA 4AHVA 1RBUA 1U48A 3ITHA 4KFBA 3T19A 1IH7A 3RMBA 2E6MA 1Q8IA 4E7IA 2EX3A 1TL3A 2FBXA 3L2WA 4KHSA 1ZBLA 2FBTA 3O3HA 1LW2A 3F9KA 3SUOA 4Z4IA 3VQBA 4FZZA 3VQ6A 5KGWA 4DTRA 3OVNA 4KHNA 4LH4A 3RMDA 4DSIA 4DU3A 1C1CA 4CJ3A 2HNZA 2Z1IA 4YFUA 3K59A 2G8HA 3LAKA 1NK6A 4HUFA 1RBRA 4F8RA 4C8NA 4ICLA 1WN7A 3B6OA 3C6UA 3HM9A 2VWJA 4FLZA 4DTNA 3T1AA 2HVIA 5HLFA 4FJ8A 3HP9A 5KI6A 2HVHA 3NCIA 2XRIA 2Z1HA 1RT3A 1XI1A 1JLGA 1L3TA 3AO4A 3SCXA 2JGUA 4EP4A 4O44A 1A5XA 1BQMA 3DRSA 3MEGA 2OPPA 2NUBA 3NF7A 1RT1A 3O4NA 4DS4A 2P5OA 3AVHA 1C1AA 4OLBA 3IAYA 3I8DA 3SUQA 4I9QA 1S1TA 1WLJA 3O4QA 3WNFA 2HHVA 1BI4A 1RDDA 3DI6A 4DTJA 2B4JA 3VQ4A 1EP4A 1SKWA 2X6SA 1KVAA 2Z1GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KTQA 4AHSA 4DQ8A 4LSNA 4A5BA 2E5LK 4CJSA 3J8AA 4FPBA 4DLEA 4CF0A 4N47A 1N8RO 4IZ9A 5FROA 5CYQA 3O9SA 3K5MA 3BDPA 3CCEN 2PY5A 4CFAA 1YHQN 4H8KA 1TKDA 1GLLO 1ZBHA 3SJJA 1CLQA 4FM1A 1S1XA 3HL8A 4M7YA 1XHXA 4WQ4C 5BRFA 4OKKA 1YXQA 3VEOA 3AA3A 2QW9A 4FLWA 2VGMA 5BRHA 4BRGA 4M42A 3CCSN 3GBTA 2V7YA 3E01A 4DV2K 2VWBA 4I2PA 4JI0K 2NLXA 1DGKN 3O5BA 3D2EA 3HZ6A 4LH5A 2YHBA 3ZT1A 1YI2N 3JXUA 5HOOA 4WQ5C 2HNYA 4CJRA 4KI6A 1IKWA 1KAZA 1S1VA 2ITGA 3GE1A 3J80O 2A40A 2P9LB 4B1XB 4W5TA 4JI6K 4AHRA 4CJTA 3B8AX 2XY5A 5KPTA 3CPEA 2QI2A 4BVOA 3I55N 4FJKA 2D0CA 4A59A 3VQDA 4CZIA 4B9NA 3AVIA 3D2FA 5C25A 3P38A 4AH9A 2NRVA 3HYFA 1HX1A 4BE0A 1K73O 3I33A 4NO7A 3IDHA 2RN2A 4J2AA 5HRSA 1NMNA 3TPQA 4B9TA 2NRRA 3E66A 4E7HA 2F8TA 2P9NB 3QEXA 2P9IA 4HCBA 3J81O 1JLAA 5LJVA 1T44A 3O1BA 1BHLA 5HBMA 1NGHA 1WSEA 4ELUA 2QKBA 3SZ2A 4Z4GA 4DSJA 4DB3A 4CJWA 1BL3A 2G8FA 3TABA 3NE6A 5AQPA 4HVJA 3IFRA 3H46O 4DR7K 4JKGA 3VN5A 3QBWA 3TTDA 1NNEA 3M6GA 4BRPA 3NDKA 1VSEA 3NBPA 4MLEA 4F3OA 2HNDA 1XMOK 3IMXA 3DLKA 3VEVA 4CZGA 4JKDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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