5KGXA

Hiv1 catalytic core domain in complex with an inhibitor (2~{s})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{h}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
153
structure length
134
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Indole-based allosteric inhibitors of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Integrase
total genus 45
structure length 134
sequence length 153
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5kgxA00
1BIUA 1WNSA 2LSNA 2B6AA 4CJPA 1T8EA 1IH7A 3OYHA 3V9XA 4OKEA 1CXUA 3VA0A 5DMRA 4ELTA 5C25A 4M3XA 1VSEA 3RMDA 3AVJA 1KLNA 3JYTA 4W5OA 1XC9A 2G8HA 1G15A 1A5XA 3OYCA 4Z4IA 4CJTA 1BHLA 2GBZA 3NF6A 4CJEA 3LAMA 3LP0A 3QERA 1CZBA 2FBXA 3NGZA 2QXFA 4NCBA 1W0HA 4KHWA 3ZT0A 2P1JA 4NYNA 5FRNA 3HP9A 4DU1A 5J2NA 2HNZA 5EU7A 3ZT2A 1NK4A 5JS2A 1DLOA 4CK1A 1RT2A 4N5SA 4OLAA 3QEPA 3NH2A 1IO2A 4M3RA 4HCBA 4KFBA 4GW6A 4KB1A 4FJ8A 2A1SA 3DLKA 3F9KA 1X9WA 4DQPA 1IKVA 5KGWA 5HBMA 1SL2A 2YNHA 4BWJA 3LPUA 3NCIA 3V9UA 1Q8IA 4ZHRA 3SQ2A 3DMJA 1LWCA 4JS4A 3QETA 4B9TA 4DSIA 4KHYA 4W5NA 3SUPA 5SWMA 3QEVA 5FDLA 3MEEA 3HM9A 4BE2A 3S3OA 3AVFA 5FROA 4FLTA 3ISNC 4DTPA 3AVLA 1KRPA 2F8SA 3DRPA 4FJKA 1ZBLA 2YNIA 2KFZA 3L2UA 4B9MA 3UIQA 3DRRA 3OYBA 1R0AA 1ASVA 1KTQA 1LV5A 4K8ZA 4E7HA 3K5LA 3SCXA 2D0AA 3VQ4A 1A5VA 4E7IA 1SKRA 4FJMA 1SUQA 2RF2A 1HPZA 3OYKA 4KTQA 4CEQA 1RT4A 4R5PA 4CEBA 2Z1GA 3CM6A 1Y97A 3DLEA 3OVNA 2D5RA 4CEDA 4CIEA 3O3FA 3TAFA 1J5OA 4HVJA 3ZSWA 5K14A 4M3YA 1C1AA 3OYJA 3P1GA 4DSLA 4DQQA 1RTDA 3K2PA 4FJLA 4DFPA 3K5OA 4KTWA 1CXQA 3QIPA 1KFDA 4H4MA 4H8KA 1X9SA 4ZTFA 4W5RA 5I3UA 2BDPA 4W5QA 3DOLA 4KO0A 3OS1A 1ZYQA 1ZBHA 3HJFA 4CJVA 4ICLA 4I2PA 2E4LA 3AVKA 4KHUA 2YHAA 4KV8A 2PYJA 5D3GA 4BE0A 3SV3A 4E7LA 4RW7A 4CGGA 1QSLA 3DLBA 1JL2A 3NAEA 1SV5A 4DTRA 3AA3A 3L2WA 4CF2A 2R7YA 1BI4B 1LAWA 1D5AA 5C42A 4HUEA 2ITGA 2IAJA 4RW6A 3PV8A 3I0SA 3NF8A 4FJIA 3O4QA 4FW1A 4AHUA 1JXEA 1S9GA 3MEDA 4LH5A 4DTXA 3LDSA 4OJRA 3OY9A 4MFBA 2XHBA 4Z4EA 3A2FA 1UOCA 1EKEA 3KJVA 4CK3A 2W42A 4DFMA 3DLHA 4FK0A 1JXBA 1TVRA 2D0BA 3U3GA 3HPGA 2FBTA 3WNHA 3C94A 4DSEA 1NOZA 3EYZA 4N76A 2KZMA 4AHCA 3IG1A 2O4IA 4QCLA 1JLBA 4C8OA 1QQCA 1S6PA 3OYIA 2GV9A 4CE9A 3KK1A 2VG6A 1T05A 2QK9A 4L8RB 1RT5A 4CGDA 2G8VA 3L3UA 3TABA 3HT3A 4CFDA 3OYGA 3MXIA 4CEEA 1TK5A 3HYFA 4FW2A 4QOZB 4CHQA 1RNHA 1VSFA 3P5JA 3AVIA 3L8BA 3CFRA 3T3FA 1C6VA 1JLCA 4OKKA 4CF9A 4FZYA 3V81A 1S1TA 1B9DA 3VQ8A 1S5JA 4FJ9A 3THVA 3ZT4A 2VWKA 4DLEA 4AHTA 4DQSA 1U47A 1TKDA 1WSHA 3SQ1A 1Q9XA 2P5OA 1K6YA 5FRMA 3TWHA 4CERA 3L2QA 1TK8A 5CYMA 3V9WA 1L3SA 4FM0A 4LH4A 3EY1A 3VQBA 4CJFA 4E0DA 1RDBA 4CJ4A 4FJNA 4FYDA 3SUNA 1HMVA 3DI6A 4CHPA 5I42A 3QEIA 4AILC 2X78A 1VSLA 2FBVA 1D9FA 4N41A 4KI4A 3V1RA 3RRGA 3LANA 3AVHA 4CEFA 4IFYA 2AJQA 3QEXA 3G10A 1J9AA 5J2QA 1IKYA 3C6UA 3NBPA 2Y1JA 1S1UA 4E1NA 4Q5VA 4DLGA 4KREA 4KRFA 2HHUA 2E6LA 4DFJA 1U48A 2YNGA 1NK5A 1MU2A 1TV6A 2Y1IA 4DS5A 5HRRA 3B6OA 4O4GA 3NF9A 3SUOA 2G8KA 1NJYA 4NYFA 1NK6A 4M3ZA 1J54A 1LAVA 4BDPA 2OZSA 2G8WA 2QKBA 5E41A 2HHWA 1D9DA 4EZ9A 3PY8A 4E7JA 4IKFA 3VQCA 4DQIA 4CJSA 2KFNA 1KVBA 2XY8A 3NDKA 4F4KA 5KI6A 4O44A 4CIGA 4BDYA 2HMIA 2IS3A 4KKOA 1WSEA 4JLHA 4I7FA 3AO3A 4Y1CA 4W5TA 3LZIA 2DFEA 4FM1A 3S3NA 1YTUA 4E19A 4N56A 3SI6A 4KAZA 3SNNA 4JRPA 1XHZA 3KLFA 4CF0A 3SPYA 3TARA 4CJQA 1T03A 4CCHA 1NKEA 4B9NA 3QEWA 4RW4A 1W9HA 4F3TA 4CGIA 2YHBA 1RBSA 3AVGA 1TKXA 4LD0A 3FFIA 2X74A 2KW4A 3M8SA 1RT1A 2BANA 4CIFA 1RTHA 1NKBA 4G1QA 2A1RA 1S1XA 3QNNA 4CJUA 3WNFA 1VSKA 1YTAA 4CGFA 4Q0BA 3LALA 4RG8A 2F8TA 1FK9A 2XY7A 1KLMA 1JL1A 3NH0A 4CJRA 2IDOA 1U49A 4B9VA 3K59A 1LW2A 1TAUA 4K8XA 3V1OA 2KTQA 3QNOA 1WSIA 3V9ZA 4C8NA 1HNIA 1XWLA 1QTMA 1HYZA 4CFCA 2PZSA 5HRPA 1QSSA 1HQEA 4YNQA 1N6QA 4FLWA 3LP2A 2D0CA 2VG7A 3AA4A 1NK9A 1KFSA 3NE6A 4CEAA 4J2DA 1WAFA 3V6DA 4I9QA 1QHTA 2XY6A 4FK4A 4DSKA 1I39A 1ASUA 4BDZA 4BWMA 3WNGA 3RMBA 4Z4CA 1BISA 3OJUA 3ZSYA 3HL8A 3H08A 4I2QA 3AO5A 4LSNA 4KPYA 3CM5A 2HVHA 4E1MA 1HJRA 4C8MA 4HUGA 3ITHA 4JRQA 4FJ5A 3DLGA 3LAKA 2EHGA 3OYMA 3V4IA 3PUFA 4FZZA 3NH1A 4FJXA 1GOAA 1A5WA 1EP4A 3QO9A 3VQ7A 4MQ3A 3RRHA 1KVCA 2DFHA 5HROA 4CF8A 2EX3A 4OPJA 1B9FA 2HB5A 3JSMA 3LP1A 1C1CA 3SQ0A 3D0PA 2XY5A 1KSPA 2YNFA 3PO4A 4EP4A 3VQEA 1JKHA 4BE1A 4LSLA 5HRNA 2ZE2A 3ULDA 3PX6A 4FJJA 4KHNA 2GUIA 4IFVA 1L5UA 1U45A 1O1WA 2YV0X 3DOKA 3TR8A 2B5JA 4CK2A 1NOYA 2P5GA 4B9SA 1S1VA 4CHOA 4C8LA 4AHSA 1IKWA 1RT6A 3TANA 3K57A 2KZZA 5KGXA 3SZ2A 1WSGA 4CHYA 4N47A 4O0IA 2PYLA 4HTUA 1RCHA 1RT3A 3M8PA 1ZBUA 2OPRA 3ZSRA 4PUOA 1CLQA 2VWJA 4DTMA 4GVMA 1RT7A 1WLJA 3AO2A 2KQ2A 1DTQA 1S6QA 3MECA 2HNYA 4CJ5A 4CHNA 3D45A 1UAXA 1Z25A 4HUFA 1NKCA 4Z4HA 1IKXA 3TAQA 4Z0UA 3OYLA 1VSMA 4FLZA 3KTQA 5KTQA 4KB0A 4Z4FA 4DQRA 1X1PA 5CZ2A 3PX0A 3RMCA 3OYAA 3E01A 1SKSA 1SKWA 3QLHA 1IG9A 1VSJA 2IOCA 4B8CA 3TAGA 1RILA 1D8YA 3KKSA 4F8RA 1Z26A 3V1QA 1YVUA 1EX4A 3ZSZA 3VN5A 3ASMA 3VQAA 3S3MA 4E89A 4M45A 5KRSA 3C6TA 5HLFA 1WN7A 1L3TA 1F21A 3KLHA 3BDPA 4DTOA 1GOBA 3AA5X 4BACA 3SPZA 3K5NA 3HVRA 2HHXA 5J1EA 3KD5E 3LWLA 4DTJA 2WONA 2O4GA 3ZCMA 1RTIA 4FZXC 4CESA 1RTJA 1VSIA 4FJ7A 4B9LA 1BCOA 4TSXA 1VRUA 5CYQA 1TKZA 4CHZA 1FKOA 3I8DA 4DTUA 2OZMA 1NK0A 4DSJA 3HO1A 4HCCA 2X6NA 4PWDA 3EZ5A 5DK5A 4CJLA 2OYQA 3OS2A 1UA1A 1RBTA 1TAQA 4AHVA 3KK2A 4DF8A 4ZTJA 1NJZA 4F3OA 3M8QA 2X6SA 2OPQA 1KCFA 3BGRA 4QAGA 3KLGA 3MXJA 4CFAA 4OPKA 1VSHA 3SV4A 1XHXA 4OKJA 3M8RA 4O55A 1S1WA 3KD1E 1L3UA 3RTVA 4M3TA 4YFUA 4JS5A 3NGIA 1LWEA 2P51A 1ZBFA 3P83D 3F73A 1U4BA 1HYVA 2Z1HA 3ZSVA 2ZQBA 4B9UA 1TKTA 2BGGA 3LPTA 3K5MA 1HYSA 2DFFA 3VQQA 2HNDA 2ATQA 2YKMA 1QS4A 3QIOA 3HP6A 1HNVA 4KHQA 4PQUA 4M42A 2NUBA 3ZSQA 1WAJA 3OJSA 4FJGA 3VQDA 1SL0A 4CGHA 3IAYA 4DSFA 1TK0A 4J2EA 4CJKA 1RBVA 4M41A 4FM2A 4FLVA 1TL3A 3L3VA 5HP1A 4DTNA 3AA2A 2HHVA 2Q3SA 3RR8A 3T1AA 4C8KA 4I9LA 2ZD1A 1RBUA 4H4OA 3DRSA 1HRHA 1NJXA 3T19A 3LZJA 3HK2A 3KIOA 1N5YA 3QESA 2PY5A 2DTUA 1WSJA 3G0ZA 4OVLA 4OGEA 2IC3A 1JLQA 1VRTA 2HVIA 1RDDA 2RKIA 2XRIA 3IS9A 1UWBA 3C95A 4CGJA 1BQNA 3VQ6A 1JLAA 5HRSA 4KTZA 1REVA 1BQMA 3AVAA 1FKPA 3PO5A 1JLGA 1BGXT 3TAMA 1BCMA 4B8AB 2HW3A 3CFOA 3MAQA 2G8IA 2OA8A 3KKRA 4CEOA 2ETJA 1KVAA 2Z1JA 3OYEA 3S9HA 3PX4A 3RMAA 2HHQA 3O4NA 1FXXA 3AVMA 1RDAA 3WNEA 4J2AA 3OYFA 4LY7A 4NCGA 1C0UA 3NFAA 3CQ8A 4FLYA 3IRXA 5KRTA 3CG7A 3O3HA 3SJJA 4OLBA 3V9SA 1LWFA 1TGOA 3KLIA 2XO7A 1XI1A 4IDKA 1NK8A 4CJ3A 4RW8A 3HPOA 4J2BA 1ZBIA 4FVMA 3VA3A 3RWUA 4FJHA 3TI0A 4CJWA 5CY4A 4M3WA 2I5JA 2B4JA 3DM2A 3SQ4A 1X9MA 1BL3A 4KHSA 3SUQA 1Q9YA 1SL1A 4DF4A 3O3GA 2DY4A 3NGYA 1BIZA 4IG3A 3AO1A 5J2MA 4CFBA 3U6FA 3B6PA 3VQ9A 1NK7A 4F2RA 4CF1A 1HQUA 4FLUA 3ALYA 3MXMA 4FK2A 4DWIA 4DU4A 4IG0A 2VG5A 3L2VA 4B08A 1U04A 1S9EA 3AVBA 3HSTB 3OYDA 3TAPA 1JLFA 4RW9A 3LWMA 3U3YA 4CEZA 4KI6A 4B3OA 3ZSXA 1B92A 3HPHA 3RR7A 4ELVA 4GMJB 3I0RA 1RBRA 5CZ1A 3LP3A 3VQPA 1CZ9A 4O5BA 4NCAA 1VSDA 3OYNA 1TL1A 3HVTA 4DG1A 3NHGA 4FLXA 1UA0A 1QSYA 2JLEA 1YT3A 2F96A 4FCYA 2IGIA 2G8UA 4XIUA 4DU3A 3TAEA 1QE1A 1BI4A 4FXDA 3ZT1A 4O0JA 3ZSOA 1EETA 2YKNA 4AH9A 5C24A 4PA1A 4HHTA 4AHRA 4DS4A 2OPSA 1L3VA 2QKKA 4ID5A 3NF7A 1NJWA 4IBNA 1VK0A 4E3SA 3OS0A 5JS1A 3ZT3A 4E7KA 4EZ6A 3KK3A 2FC0A 3CYMA 2RPIA 5T7BA 2WOMA 1I3AA 4DTSA 2RN2A 5J2PA 1ITGA 4PY5A 3AVNA 1RDCA 3K58A 4DFKA 1GOCA 4F2SA 4M3UA 4ELUA 2OPPA 1EXQA 1T7PA 2BE2A 1DTTA 3DYAA 5SZTA 4CECA 1ASWA 3QINA 4EP5A 4Z4GA 4OGCA 1J53A 3MEGA 3CFPA 4Y1DA 1LW0A 2JGUA 3AO4A 4UQGA 1WSFA 3KLEA 1JLEA 2HHTA 2HHSA 1C0MA 1C0TA 3AV9A 3AVCA 4DMNA 3SYZA 3L2RA 2FBYA 3HXMA 3VQ5A 2E6MA 4ID1A 1C1BA 3DLRA 4WE1A 2G8FA 2Z1IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LSNA 3JAMO 4O5FA 2ZM6K 1VSEA 4BR5A 1YUWA 3RMDA 3JYTA 1EWQA 2JWLA 3CIPA 3CCQN 2G8HA 4CJTA 1BHLA 1YIJN 4JI3K 4B3TK 1XUPO 2A41A 4NCBA 1NGIA 3CCVN 2HNZA 4CK1A 1VQ4N 4M3RA 4KFBA 4AM7A 4FJ8A 2A1SA 3A5MC 1HR0K 3E9OA 1OH8A 4DQPA 5KGWA 5DM6L 3SQ2A 4JS4A 3DJCA 3WXMB 2V7YA 3MEEA 4FPBA 3HM9A 3BZKA 4FLTA 4DTPA 2F8SA 5M1OA 4IO9L 3DRPA 4ISFA 4FJKA 3DXKB 3BF1A 2KFZA 3UIQA 2HBJA 3DRRA 5ELZA 3OYBA 3OW2M 3VQ4A 3WEEA 1IV0A 3ZEUA 4KTQA 2KLAA 2IVPA 4CEBA 1Y97A 1J5OA 4HVJA 1SAZA 3ZETA 3O80A 5TKYA 3K2PA 4A59A 4FJLA 1GLCG 2NRTA 3H3NO 5GAGP 3ATUA 3QBWA 4CJVA 4ICLA 2E4LA 3AVKA 1YJNN 3KHYA 2YHAA 4E7LA 4DR4K 2PBDA 3CXCM 3EO3A 5M1PA 2R7YA 4HUEA 4RW6A 3O4QA 4IOXA 4FWRA 4DTXA 4BG8A 3OY9A 1UOCA 1NBWA 1EKEA 4CK3A 2W42A 1NGHA 4JI1K 1JXBA 2YHWA 3U3GA 3MCAB 2WTUA 2OTLN 4XH4A 4IJNA 4N76A 2KZMA 3RSEA 2OTJN 1S3XA 1QQCA 1V4SA 1HNWK 3OYIA 2GV9A 2VG6A 3ZX3A 3TABA 3ZYYX 4QS7A 3MXIA 3HYFA 3SBTA 4FW2A 3T3FA 4LF7K 4FZYA 1QQNA 3THVA 1N36K 2A3ZA 2VWKA 5MLCQ 4DLEA 4DQSA 1TKDA 2P5OA 5AFUA 5BN9A 1QZ6A 5HOOA 2Q1NA 3VQBA 4H5WA 1RDBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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