5KGXA

Hiv1 catalytic core domain in complex with an inhibitor (2~{s})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{h}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
153
structure length
134
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Indole-based allosteric inhibitors of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Integrase
total genus 45
structure length 134
sequence length 153
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5kgxA00
3V1OA 2BDPA 2ETJA 2QXFA 3OYEA 3LWMA 3NFAA 1VSFA 1QE1A 4FLWA 1RT1A 5HRPA 3WNEA 3OYNA 4B9MA 5CY4A 1IKXA 4FLXA 3NAEA 1ASWA 3KKSA 5JS1A 1NK7A 3SQ1A 1SL1A 1C0MA 4FJMA 4CJLA 3EZ5A 1XHZA 4M3TA 1DTTA 4Z4CA 5C25A 2YHAA 4KTWA 1NK4A 4KV8A 3V9XA 3K57A 1TK5A 1N5YA 3TAEA 2YNFA 4FZXC 4XIUA 3LP0A 1RILA 1Q8IA 2O4GA 4MQ3A 5HRSA 3ZT3A 3E01A 1LWEA 1TKDA 4DSKA 2OPQA 4R5PA 4C8NA 4CEAA 1RBVA 5HBMA 4ID1A 4DTSA 3QETA 2FBVA 3HSTB 3ZSXA 4CFAA 1IKVA 2EX3A 4ZTFA 4CJVA 4KHWA 1BCMA 1GOAA 4CHOA 4E1MA 4BE1A 3QERA 4AHTA 3TAPA 4H8KA 3QIPA 4RW9A 4E1NA 5KRSA 1HJRA 1RDBA 1TVRA 1XHXA 3AVBA 1YVUA 1BL3A 2YV0X 3OJUA 3U6FA 2LSNA 4J2EA 1QQCA 3NDKA 1DLOA 1BIZA 3V1RA 3KTQA 4BACA 4CK2A 4CIGA 3O4QA 2E4LA 4CEQA 1RT3A 4KRFA 3VQAA 1JLAA 2HMIA 1WSGA 4BE2A 4DTJA 3ZSZA 1NJWA 1FKOA 1RBRA 4CHZA 4JRPA 4N47A 3U3YA 4NCBA 5DK5A 3AVMA 1SKSA 2HW3A 1TAQA 1QS4A 2HVHA 4CEBA 3HVRA 4GVMA 2A1RA 2XY8A 4FM2A 4M45A 1C0UA 4FK4A 4CJ5A 1RT7A 3LANA 4CGDA 3DOKA 1YT3A 3SV3A 4B8CA 3V9SA 3HO1A 1SKWA 4DQPA 4CERA 3M8SA 3AVIA 3AO5A 1ZBHA 3EY1A 4AHSA 4NCAA 3PV8A 4FLZA 4J2AA 4CHQA 4CJQA 3ZT1A 2YKNA 5KRTA 1XI1A 4Y1CA 3ITHA 1UOCA 4B9SA 4FXDA 2HHTA 4E19A 2RPIA 3S3OA 4K8ZA 1NJXA 4CJRA 3PY8A 1GOBA 3L2VA 3VQDA 2KW4A 2R7YA 1U4BA 1R0AA 1Y97A 3AVAA 1KVCA 4O4GA 4CIFA 1T7PA 1NJZA 2VG6A 4CF2A 4KREA 4DG1A 3OS0A 4ELUA 1VRUA 4FJXA 2OPRA 3LP2A 3CYMA 2HHSA 1T03A 4B08A 4CEZA 4O5BA 4BWJA 4CIEA 5CYMA 4CHNA 3DLRA 3NH2A 1WLJA 3KK2A 1NOYA 2KFZA 1IKYA 4DTMA 4CEOA 1HQUA 3NGIA 3L3VA 1HNVA 4C8KA 1RTDA 1VSMA 3KK3A 2IS3A 2VWKA 1CZBA 1SKRA 3OVNA 1QSSA 4IKFA 4N76A 3KLHA 1NKBA 3KD5E 1KTQA 1RBTA 4CEDA 1G15A 2ZD1A 4YNQA 3JYTA 4M3YA 3RMBA 4LD0A 3WNFA 3OY9A 2KFNA 1Q9YA 4BE0A 2FBYA 3DOLA 1J54A 3HYFA 4CCHA 3TAMA 4YFUA 3OYFA 3SJJA 1F21A 1WSFA 3OYDA 3THVA 2ZQBA 4CJTA 2PY5A 1JKHA 2Z1GA 2F96A 1BQNA 4FCYA 3P5JA 3AVLA 4DSLA 3SQ4A 1S1UA 1HQEA 1XWLA 2YNIA 3QEXA 3DRPA 4IDKA 4CJWA 3PO4A 2HVIA 5KGXA 1RTJA 1RTIA 3VQ9A 3NCIA 4FK2A 4JLHA 3AVCA 5CZ1A 2B4JA 3QEWA 2BANA 4HCBA 3C95A 4MFBA 5HRRA 4DQQA 3IS9A 4O0JA 3SCXA 2ITGA 4FJJA 1VSKA 3NGZA 4CJSA 4BDPA 3SUOA 3RR7A 1RBSA 3D0PA 4DWIA 4FJHA 3C6UA 4W5TA 3LZJA 2KZMA 4CHPA 4Z4EA 4DU1A 3F9KA 3KD1E 4OLBA 4UQGA 1TL3A 3VQPA 2P5GA 3FFIA 1JLGA 1C1BA 2RKIA 2YKMA 2YNGA 3KLIA 3OYLA 4RW6A 4IBNA 3LAKA 3QNNA 3TAQA 4F8RA 1W9HA 2XHBA 3VQBA 3HPOA 2HHWA 3L3UA 4F2RA 3C94A 4CJFA 2Y1JA 4G1QA 3PO5A 1S6QA 1J53A 4ZHRA 4FJ5A 3OYGA 3VQEA 4FLTA 4DTRA 4C8OA 4FLVA 2WOMA 4FJ9A 4B9TA 4EP4A 3TWHA 1VSLA 3NF7A 1X9SA 1IO2A 4C8LA 3AV9A 4DMNA 3QEPA 3O3GA 3AVJA 4PQUA 4FJ7A 1ZBLA 4DSJA 1KFDA 1BGXT 3KLGA 5CZ2A 3SQ2A 4B9VA 1L3VA 4B9NA 3OYCA 3AVGA 1LAVA 3HT3A 4F2SA 3PUFA 3VQ4A 3S9HA 1S6PA 3G10A 2OZSA 4LSLA 1K6YA 2HNDA 4Z4HA 3KLEA 1HYSA 4WE1A 1ZBUA 4LH4A 1ASUA 1UA1A 4DSIA 3P83D 1ZBIA 4PY5A 3HP6A 4QAGA 4DSEA 3EYZA 4DTOA 4AHVA 1C6VA 1LWFA 1RDAA 4Y1DA 4OKEA 3SUPA 4KHQA 1VRTA 1NKEA 1FKPA 1J5OA 5FROA 4HTUA 2GV9A 4OGEA 1BCOA 3DYAA 3NH1A 3V9ZA 1LWCA 4ELVA 3MXMA 2I5JA 3I0RA 1RDCA 4CFCA 4CGIA 1RT6A 1TL1A 1RT5A 4AH9A 4JRQA 3M8QA 3HK2A 3I8DA 3O4NA 4E7JA 5I42A 4Q0BA 1D5AA 3CFOA 2E6LA 1JXBA 3T3FA 3DLHA 1WN7A 1JLFA 1HPZA 2HB5A 2IGIA 5E41A 3SV4A 4DF8A 2KTQA 4FW2A 3T1AA 3D45A 3QEVA 2FBXA 1QTMA 1VSJA 1VSIA 3K59A 4B9LA 4EZ9A 3MXJA 3NHGA 1X9MA 4E3SA 3ULDA 4CGHA 3QINA 4ICLA 3RTVA 5SWMA 4O0IA 3LDSA 3ZT2A 3S3NA 2G8HA 2O4IA 1SL2A 4ID5A 2YHBA 3VQ6A 4BDYA 1EX4A 2W42A 4AILC 4FM1A 1WAFA 1SUQA 4I7FA 4RW8A 3CFRA 1NOZA 3S3MA 1U45A 4DQIA 4OPJA 3DRRA 3L2RA 3VQ7A 1BHLA 4CK3A 3KJVA 4H4MA 3ZT4A 4KKOA 2RN2A 2DFHA 3L8BA 1U47A 1S1XA 4JS4A 1D9DA 4CESA 3AVHA 4DFMA 3LAMA 1VSDA 3TAFA 4CJEA 4CFDA 2JGUA 4CJKA 2PYJA 3QLHA 3NF9A 4FLYA 3LWLA 1JLCA 1TK8A 4KI4A 4I9QA 3LPUA 4FW1A 3K5MA 4W5QA 1RBUA 3VQQA 3BGRA 1JLQA 4LSNA 2XRIA 5HROA 3IRXA 1TKTA 1L3TA 4AHRA 5I3UA 1Z25A 2ZE2A 4KHNA 2F8SA 3AVFA 4KFBA 2DTUA 4H4OA 4CEFA 4FJLA 3ZSOA 1NK5A 4HVJA 1RT4A 1ZYQA 5D3GA 3DLGA 4M42A 4FZYA 5T7BA 5C24A 1TKZA 4DS4A 4DU3A 4HUFA 2IDOA 1CLQA 2DY4A 2IC3A 4TSXA 3V9UA 3OJSA 4DF4A 3OYAA 2Q3SA 4FYDA 3O3HA 3HXMA 5KTQA 1QSLA 1KSPA 3P1GA 3PX0A 4O44A 3MEDA 3VA0A 2WONA 2X6SA 1KVBA 4FJNA 1U48A 2GUIA 3H08A 4PA1A 4ELTA 3RMCA 2OYQA 4B3OA 3NBPA 4DLEA 4E7KA 1KLNA 2OPSA 1S9EA 1WSJA 3VQ8A 4CJPA 3QIOA 4AHUA 4OPKA 4KB1A 4PUOA 4GMJB 4M3ZA 2BGGA 1D9FA 1RT2A 4NYNA 4CK1A 1X1PA 2KQ2A 4CF1A 3WNGA 2OA8A 2X74A 3DLEA 4RW7A 5CYQA 4CF9A 4C8MA 4M3WA 3NF6A 3HPHA 2NUBA 3ZSRA 4DSFA 2QK9A 4DFKA 1LW2A 1REVA 4OJRA 3VQCA 3RMDA 1I39A 2D5RA 3ZSVA 4M3UA 1YTUA 5C42A 2G8UA 2HHXA 3TR8A 1EP4A 4E89A 1VSHA 1A5VA 1JXEA 1IG9A 4W5NA 1HRHA 3HPGA 4RG8A 4CJUA 4DFPA 3V6DA 3VQ5A 3QNOA 3SUQA 1TK0A 4CF8A 2YNHA 2EHGA 3ZT0A 3OYKA 2D0AA 3UIQA 1S1WA 3L2UA 2VG5A 3DRSA 1W0HA 2ATQA 3OYIA 3K2PA 4CGGA 1KFSA 1BI4A 3IG1A 3F73A 3SPZA 4CJ4A 1JL1A 3AA2A 1TKXA 4HUEA 1QSYA 3K58A 5J2NA 4KHYA 3CQ8A 3CG7A 4FJIA 2G8IA 1VSEA 3ALYA 1QHTA 4FZZA 2VG7A 2PZSA 3SUNA 4DTNA 3SPYA 3HP9A 3AO3A 1SV5A 3ASMA 3LP1A 4CF0A 4CGFA 2XO7A 4E7IA 3PX4A 4Z4IA 3KIOA 5SZTA 3V4IA 2Z1JA 1S1TA 3NGYA 3L2QA 2QKBA 4W5OA 1BI4B 4E0DA 3T19A 3AVKA 1U49A 1WNSA 4M41A 3RRHA 3LZIA 1LV5A 4IFYA 1WSHA 3BDPA 2X78A 1D8YA 1ASVA 4NYFA 4Z4FA 1IH7A 4CGJA 4PWDA 3MXIA 4DQRA 2FBTA 3M8PA 3MEEA 3V1QA 5K14A 5J2PA 4KI6A 4GW6A 1LAWA 1UWBA 1XC9A 2A1SA 3B6PA 4KTQA 3M8RA 1KLMA 1U04A 1VK0A 3U3GA 3WNHA 1FK9A 2P1JA 3V81A 2OZMA 3IAYA 2AJQA 5DMRA 1O1WA 2B6AA 4BDZA 3C6TA 1UA0A 5KI6A 3VA3A 4CEEA 4FVMA 4BWMA 3RMAA 3DLBA 5FRNA 1CZ9A 1WSEA 3MAQA 3HVTA 4N41A 3AVNA 3DM2A 1RDDA 4CE9A 4CECA 2P51A 1T8EA 1B9FA 4RW4A 3NH0A 2BE2A 1X9WA 1CXUA 4I9LA 5EU7A 1NJYA 3LPTA 1TV6A 1RNHA 2Y1IA 2RF2A 1L3SA 4B9UA 4HCCA 1TGOA 4KAZA 2FC0A 1WAJA 3SZ2A 4DFJA 3KK1A 2HNYA 3O3FA 3OS1A 3AA4A 1A5WA 1HYVA 4F4KA 4OKJA 2DFEA 4IFVA 2G8KA 4I2PA 4M3RA 4FLUA 3HL8A 2G8FA 4KHUA 4J2BA 1RCHA 1S5JA 4LY7A 4N56A 4DTPA 1MU2A 4Z4GA 1S9GA 3KKRA 1JLBA 1NK0A 3OYMA 3ZSQA 3HJFA 1Z26A 1L5UA 2VWJA 4DQSA 4FJ8A 4OVLA 3B6OA 2HHVA 1Q9XA 2Z1IA 4Z0UA 3OS2A 2E6MA 3NE6A 1ITGA 1UAXA 3K5OA 1SL0A 2PYLA 4EZ6A 4QCLA 4ZTJA 1I3AA 4KO0A 4IG3A 3SYZA 2OPPA 3AA5X 1N6QA 2P5OA 4KPYA 2JLEA 3QO9A 4KHSA 1HNIA 1HMVA 1T05A 3RR8A 1RTHA 2KZZA 1JLEA 3ISNC 3HM9A 4OKKA 3JSMA 3SQ0A 4M3XA 3DI6A 3AA3A 1C1AA 2IOCA 4FM0A 4FJKA 3TARA 1B92A 3AO4A 4HUGA 1J9AA 1KVAA 3CM6A 3CFPA 1NK6A 1WSIA 1EETA 3A2FA 4N5SA 3TAGA 4OLAA 1EXQA 2XY6A 4FK0A 3LALA 3TABA 1NKCA 3G0ZA 4L8RB 2HHUA 4K8XA 3QESA 3TI0A 3LP3A 5J2MA 5HRNA 4CFBA 3SI6A 3I0SA 5HP1A 2G8WA 1EKEA 4NCGA 2DFFA 4Q5VA 4DTXA 3OYBA 1TAUA 1HYZA 1ZBFA 3NF8A 4I2QA 4AHCA 4OGCA 4DS5A 3CM5A 3ZSWA 4EP5A 2F8TA 1BQMA 1BISA 1C1CA 3DLKA 4IG0A 4J2DA 2G8VA 5KGWA 1LW0A 4B8AB 1YTAA 4KTZA 2HNZA 5FRMA 5J2QA 1JL2A 3SNNA 3L2WA 2GBZA 4W5RA 4HHTA 4E7LA 5HLFA 4KB0A 4QOZB 3PX6A 2B5JA 4F3OA 3RWUA 3OYJA 4CJ3A 2XY7A 5FDLA 5J1EA 4LH5A 2IAJA 3K5LA 2HHQA 1DTQA 1S1VA 5JS2A 2D0BA 4DLGA 1B9DA 1A5XA 1GOCA 3TANA 2Z1HA 3RRGA 1IKWA 3KLFA 3ZSYA 4CHYA 4FJGA 3V9WA 2XY5A 3QEIA 1KRPA 1C0TA 1NK9A 2D0CA 4O55A 3K5NA 3VN5A 3MEGA 4JS5A 4E7HA 1BIUA 3ZCMA 3AO1A 1FXXA 3AO2A 4DTUA 1KCFA 3MECA 3OYHA 1NK8A 1L3UA 4F3TA 4DU4A 1CXQA 2QKKA 2X6NA 3DMJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AJ3K 5FPNA 4OPAA 3AARA 4MO4A 1QE1A 3OYNA 1IKXA 1Q81O 1HKCA 4IOXA 1NK7A 3SQ1A 4BC2A 4LF6K 5JS1A 3AY9A 4FJMA 2ASPA 5MLCQ 1DTTA 3EO3A 4BR0A 4KTWA 3EN9A 3TAEA 2O4GA 4MQ3A 3E01A 1TKDA 2OPQA 2JWLA 1SAZA 2WFBA 5C12A 1DT9A 3CJAA 4BY9C 4CFAA 2QA4N 4DHYA 4CHOA 3QERA 4B9MA 4AHTA 4H8KA 5KRSA 2OCEA 4WF9L 3U6FA 3OJUA 2YV0X 2YJEA 3KTQA 3O4QA 2E4LA 3VQAA 2HMIA 1WSGA 5DK5A 3AVMA 2KLAA 4GKJK 3KWGA 4CZGA 3EKUA 1TAQA 4H5VA 2HW3A 3CQXA 4CEBA 2P9PB 3R8EA 4M45A 4CJ5A 3L6QA 4K42A 3AO5A 4JHDA 4FLZA 4CJQA 3TSPA 1QQOA 2I7PA 1XMOK 3ITHA 1UOCA 3CCSN 3A5MC 3S3OA 4K8ZA 3MN5A 3PY8A 1GOBA 3VQDA 1U4BA 1Y97A 4AF1A 3AVAA 1NG9A 1IV0A 1KVCA 3M5RA 1JCEA 1OH5A 2W6LA 3BEXA 5LL6Z 2VG6A 4CF2A 5AQOA 2AP1A 3TU5A 4JKGB 3LP2A 4FJXA 3CYMA 5BRFA 2NRTA 3KK2A 4WYBA 1IKYA 3TSUA 3EE9A 1VQ7N 1NU0A 4IXCA 3WEEB 3L3VA 1VSMA 3OVNA 1QSSA 4MLHA 1KTQA 4CEDA 2UYTA 1N8RO 2NRXA 3RMBA 4XEIA 2CH6A 4JK9A 4IJNA 2FBYA 3J8AA 3TAMA 4CVNE 3OYFA 2ZQBA 4MDBA 4FVUA 3CHWA 4DSLA 5M1QA 3VEWA 3THWB 1HQEA 2YNIA 3DRPA 1KAYA 4CJWA 3WQTA 4A61A 4H0XB 3AVCA 4A59A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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