5KGXA

Hiv1 catalytic core domain in complex with an inhibitor (2~{s})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{h}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
153
structure length
134
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Indole-based allosteric inhibitors of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 45
structure length 134
sequence length 153
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5kgxA00
2ZE2A 4BE1A 3SNNA 4RW9A 1NK9A 2PZSA 3NHGA 1WAFA 1T03A 3V1RA 4FZZA 4CGHA 5D3GA 3V1OA 4CHQA 1JLCA 4B08A 2BDPA 1NK8A 4FK0A 2HW3A 1J9AA 3DRRA 5C25A 4DQPA 5CY4A 1NJWA 4DSLA 2KZZA 4AHUA 2HHUA 3JSMA 1BQMA 4N56A 3AO4A 3QERA 1XWLA 2ZD1A 2X6SA 3M8SA 4J2EA 4I2PA 1MU2A 3ASMA 2EX3A 4I7FA 4DU4A 1QS4A 4BWMA 1N5YA 3L2RA 2D5RA 3RRGA 4CJ5A 4J2AA 3OS2A 3L2VA 4IBNA 1WSJA 3QEXA 2Q3SA 3ITHA 3KK3A 2KFZA 1RBSA 1FK9A 1LW0A 3QIPA 1WNSA 4FLZA 1REVA 1LWEA 4C8LA 4DFKA 1KLMA 2QK9A 2ZQBA 3NBPA 1QTMA 3OYLA 4CJSA 4AHRA 3SV3A 4OKEA 1HMVA 1U45A 4B9LA 2DFEA 1X9SA 4OGEA 1C1AA 4CFBA 2BE2A 1TGOA 3HVTA 4KKOA 3LPTA 3AVMA 3DRPA 1HRHA 1JXEA 2ITGA 4AH9A 3DYAA 1HQUA 1HYZA 3AO1A 3NF7A 5DMRA 3AV9A 4DQRA 4DF4A 3QESA 3TAFA 1U48A 2VWKA 2R7YA 4DSJA 4LD0A 4FK4A 4DTJA 1QSSA 4JRQA 3MECA 3OYHA 4IG3A 4ID5A 2YNGA 4ZTFA 3SUQA 3G0ZA 3SCXA 5FRMA 3PX4A 3RTVA 2QKBA 3PO4A 3KKRA 3V4IA 1FKPA 1DTTA 3SQ2A 3LWLA 3RWUA 2HVHA 1VRUA 1SL1A 4CFDA 3VQ8A 1BIUA 1KVCA 2ATQA 4DFMA 5HRSA 1HPZA 3SQ0A 4W5OA 1RDAA 3M8RA 4DWIA 1A5XA 1JL1A 5SWMA 3NE6A 1HQEA 3QLHA 3BGRA 2X78A 4RW6A 3K57A 4HUFA 1KFSA 1S1WA 3OS1A 1VSIA 4JS4A 3SQ1A 4BWJA 3HK2A 1BIZA 3AVHA 4CFAA 4DTUA 2G8HA 1C1CA 4CJKA 3NF9A 5HRRA 3HL8A 1FKOA 1VSLA 2HNDA 1NK7A 3ZT4A 4HUEA 2QXFA 5EU7A 4JRPA 4CE9A 4DSIA 3AVGA 4YNQA 3ZT1A 3OYBA 4K8ZA 4FW1A 4CJFA 3OVNA 3OYFA 1U4BA 3G10A 1XC9A 4CGFA 1WSIA 3VQQA 4CF8A 4CGJA 4CJQA 3TARA 3LP3A 3KIOA 2O4GA 1L3UA 4DTMA 1LV5A 3HPOA 4IDKA 1RT1A 5CYQA 3ZT3A 2HVIA 1VSEA 1JLGA 1EXQA 4M3RA 4BE0A 3AA3A 3VN5A 3O3FA 4DSFA 2QKKA 4RW7A 4Z0UA 2XY7A 2ETJA 3KK2A 4BDPA 1TVRA 4ZHRA 1WN7A 3NGZA 1HNIA 1F21A 4J2BA 1LWFA 3V81A 2YNFA 3VQPA 1B9FA 4Q0BA 4CEOA 1QSYA 4CGIA 3MEEA 2VWJA 4C8KA 5CZ1A 4CFCA 4N47A 2HHSA 2OA8A 2HNYA 4KV8A 2YHAA 4OPJA 2E6LA 1RT4A 1TAUA 1LWCA 3M8QA 3KLEA 4F3OA 4N41A 4CEQA 4DTOA 2KFNA 4ZTJA 3TANA 1XHZA 1L3VA 4PWDA 2GBZA 4MFBA 4EZ6A 4B8CA 4C8NA 3ZCMA 3WNFA 3S3MA 3PX6A 2Z1GA 3QETA 3V9ZA 1J5OA 1K6YA 1NOZA 3AO5A 1RTJA 3SZ2A 3I0RA 1N6QA 3SPYA 2A1SA 2BANA 4IG0A 4N5SA 3SV4A 3OYGA 2AJQA 3PY8A 1YTUA 2DTUA 4K8XA 4IFYA 1CLQA 3KJVA 4DLGA 4AHCA 4W5NA 1IKXA 1ASUA 2F8TA 4W5RA 1JLQA 1JLBA 3L3VA 4E7HA 4B9UA 1ZBHA 1ZYQA 3K2PA 3VQ7A 1S1TA 3SYZA 4CEFA 3HPHA 4IKFA 2XY6A 3LZJA 4FJMA 4OKJA 3RMCA 2KZMA 4CHYA 1I3AA 4CJRA 2XO7A 4DS4A 1Q9YA 2JGUA 3T19A 2PYJA 4Z4GA 3ZSWA 1D5AA 2VG7A 1RBTA 1IH7A 3H08A 1WAJA 3ISNC 3AVLA 3V1QA 4DTNA 3S3OA 1WSFA 2YKNA 1SKWA 4B9NA 1RILA 4CHNA 2VG6A 4E7KA 4BDYA 4FK2A 2P5GA 2YV0X 4FJ9A 4CK1A 4FJLA 1C0MA 4RW8A 4HHTA 3DM2A 4YFUA 4KHNA 1S1UA 1Q8IA 4OGCA 4CIGA 4E89A 2E4LA 1S6QA 3KLHA 5J2PA 5CYMA 1BISA 1HJRA 1D9FA 1EX4A 1FXXA 1JXBA 2B6AA 3PUFA 4E7JA 3U6FA 3HT3A 4KTQA 4GMJB 4BDZA 3IAYA 2Z1JA 1NKCA 4DTPA 5J2QA 4H4OA 4CHPA 4FLWA 2JLEA 3QO9A 5KGXA 4BE2A 2FBYA 2P51A 3T1AA 1BL3A 3PX0A 1X9MA 5K14A 1W0HA 3L2QA 2Z1IA 3DLKA 3NGIA 3L8BA 3L2WA 3MXJA 4FJXA 2OPSA 1B92A 5J1EA 1XI1A 3NF8A 1GOBA 2I5JA 2OPQA 4I9QA 4CJUA 3ZT0A 3D0PA 3TAPA 1U49A 1QSLA 3ZSRA 5KGWA 4FJNA 1JLEA 1UA1A 4WE1A 4OLBA 2XHBA 4KHWA 2IOCA 3DLGA 4B8AB 4KREA 4FM0A 4NCAA 4F3TA 3D45A 1VRTA 4NCBA 1RBRA 4FXDA 1RNHA 3HP9A 3VQCA 1HYVA 1D9DA 3V9XA 1QQCA 1WSHA 4KO0A 4CJLA 1VSFA 4I2QA 3O3GA 3FFIA 4CJTA 3AA2A 1C1BA 5KRTA 3KK1A 4CERA 5C42A 1CZ9A 5FDLA 4CJPA 3I0SA 1S1VA 3PO5A 4G1QA 1TL3A 4KHUA 4EP5A 1RDBA 4O44A 3DOLA 2HB5A 4CF9A 3NF6A 1KTQA 4FJ7A 2PYLA 4E0DA 1BCOA 3L3UA 2G8FA 4E7IA 4W5TA 1SL0A 4CJ3A 3DLHA 4CIFA 4O55A 3C95A 4QCLA 2IS3A 3V9UA 4E1MA 4CEDA 3A2FA 1S5JA 3LP1A 1SUQA 3AVCA 4R5PA 4HUGA 1IG9A 2XRIA 3QEPA 1HYSA 1KVBA 1DLOA 2F96A 3NH0A 5HP1A 3NCIA 4KRFA 1O1WA 4E3SA 4FW2A 1KFDA 3TI0A 1RDDA 3SUPA 5T7BA 3K5NA 1S1XA 4DG1A 4DS5A 1LW2A 2RN2A 3SUNA 3VQ4A 1NJZA 3C6TA 2X6NA 3E01A 1Q9XA 3QEIA 1KLNA 4AHTA 1RBVA 3CG7A 1TK0A 4HCCA 5HLFA 4KB1A 3NGYA 2YKMA 1SL2A 2IGIA 1NK4A 1IKVA 2Y1IA 3F73A 4PY5A 2KTQA 5FRNA 1RCHA 4FZXC 4CJ4A 3CYMA 1EP4A 3VQ5A 3B6PA 4O5BA 1VSKA 3F9KA 1UWBA 4F2RA 3ZSOA 4DQQA 4F2SA 2FBXA 4IFVA 4OPKA 4O0JA 3VQDA 4Z4HA 5KRSA 4W5QA 4FJKA 3OYEA 2RPIA 4M3YA 5JS2A 4E19A 4HTUA 1C0UA 1BI4B 2IDOA 3MXIA 3CFPA 5JS1A 3ZT2A 3OY9A 3EY1A 2O4IA 2HNZA 3PV8A 4H8KA 1VK0A 3KKSA 3C94A 3HPGA 1T05A 1S9EA 4OVLA 3TAQA 5CZ2A 2Y1JA 1RBUA 3LP2A 1LAWA 3AA5X 4QOZB 2EHGA 4CEAA 3K5MA 3HO1A 4DTXA 1I39A 4GVMA 3AVBA 3MEDA 4RW4A 3O4QA 1BQNA 2YHBA 3HM9A 3RR7A 5C24A 1UOCA 3VQ6A 4FM2A 4CGGA 1JKHA 4AILC 1UA0A 3OYDA 3B6OA 3DI6A 2GV9A 1RTHA 3QINA 4NYNA 4JS5A 3AVNA 4CF0A 3DLBA 3HJFA 3NFAA 5HRPA 2PY5A 4OKKA 4DFPA 3T3FA 2HHWA 4DQSA 4AHSA 1VSMA 4FLYA 4HVJA 1A5WA 1D8YA 2KW4A 2Z1HA 4PUOA 1RT2A 3KLFA 4Z4IA 1XHXA 1WSEA 2HMIA 2VG5A 1SV5A 3AVJA 3RRHA 1L3SA 3LWMA 4DU1A 4FJ5A 4CECA 5HRNA 4F4KA 3CFOA 2HHXA 1WSGA 1CXUA 2W42A 1T8EA 1ZBUA 3TAGA 1NOYA 2NUBA 4FLVA 1KVAA 1ASVA 3BDPA 4NCGA 4ICLA 3TR8A 3WNHA 3UIQA 2DY4A 1TK5A 1TV6A 1RDCA 3RMDA 4C8MA 2DFFA 1TKDA 4FLXA 4EZ9A 4FJ8A 3TABA 1RT3A 1A5VA 3RMAA 3EYZA 2BGGA 4LSNA 2RKIA 3AO3A 2X74A 4MQ3A 4M41A 4AHVA 1CXQA 3S3NA 4DLEA 3RR8A 3U3GA 3HXMA 2FBVA 1YTAA 3CQ8A 4FJHA 2F8SA 4M3UA 3DOKA 4OJRA 3NDKA 1RT6A 4CEBA 1DTQA 5HROA 2P5OA 1NKBA 3ALYA 4DMNA 4EP4A 4KAZA 3AVFA 1RTDA 2WONA 3S9HA 4O4GA 1R0AA 3HSTB 3RMBA 3OJSA 3AVIA 1S9GA 3HP6A 2YNHA 3P1GA 4FLUA 3LANA 3NH2A 4KI4A 4KHYA 2XY8A 1IKWA 3IRXA 5J2MA 1NJYA 4B3OA 4BACA 1ITGA 3VQBA 4DF8A 1G15A 3WNEA 1TK8A 1GOAA 2LSNA 5KTQA 5I3UA 3AVKA 1QHTA 3LALA 3I8DA 4E1NA 1NKEA 1BHLA 1U47A 1NK0A 3WNGA 4RG8A 2G8WA 4PQUA 2FBTA 3VA3A 4FYDA 1RT7A 2OPPA 5KI6A 4B9MA 3VQEA 4NYFA 3ZSVA 4XIUA 4CESA 3K59A 3KD5E 3TAEA 3QEWA 1VSDA 3OYKA 4CJEA 2FC0A 1TKTA 1YT3A 3QEVA 1L3TA 1YVUA 3OYAA 1VSJA 4ELUA 3SPZA 1NK6A 4Z4FA 1TL1A 3LP0A 4LH4A 1KCFA 1BI4A 3KLIA 4I9LA 4CF2A 1ZBIA 3DRSA 3LZIA 1J53A 2D0BA 3LAMA 3DMJA 4KTWA 4L8RB 4M3WA 5E41A 3VQ9A 4CEZA 2YNIA 4KHSA 2HHQA 1S6PA 1IO2A 2B5JA 3K5LA 1X1PA 2GUIA 3CM6A 3K5OA 3THVA 4HCBA 2G8KA 1C6VA 3ULDA 1CZBA 2KQ2A 3SJJA 4LY7A 2RF2A 3DLRA 4B9SA 2D0CA 3OYJA 4CK2A 3OJUA 2B4JA 1TAQA 1NK5A 3HVRA 4O0IA 1J54A 3K58A 5HBMA 3SQ4A 3IS9A 4FJIA 3P83D 5J2NA 1NJXA 1LAVA 4KI6A 3OS0A 2IC3A 4QAGA 2A1RA 4M3TA 4DQIA 5I42A 4KB0A 1WLJA 4DTRA 3TWHA 3ZSZA 4LH5A 3NH1A 4Y1CA 4FM1A 3OYMA 2G8UA 3OYCA 4DSKA 4JLHA 2HHVA 1ASWA 3HYFA 3LAKA 4ID1A 3CFRA 2OZMA 4DU3A 4CJVA 1KSPA 4LSLA 3L2UA 1TKXA 4H4MA 4C8OA 4M3ZA 1BGXT 3CM5A 3JYTA 3LDSA 4KTZA 1HNVA 3TAMA 2OPRA 4FJJA 3SUOA 1C0TA 3MEGA 4ELVA 4M3XA 1JL2A 2WOMA 4CGDA 3OYIA 4CK3A 4DTSA 3SI6A 4FJGA 5SZTA 3QNOA 1BCMA 3KD1E 4FVMA 1KRPA 3AA4A 4UQGA 2OYQA 3U3YA 4Y1DA 3MXMA 4M42A 3MAQA 4E7LA 2D0AA 4CJWA 4DSEA 1X9WA 1SKSA 4CEEA 3EZ5A 4B9TA 1EETA 4GW6A 4CF1A 3M8PA 3DLEA 4CIEA 1Y97A 1Z26A 3IG1A 4KFBA 3ZSXA 1ZBLA 4KPYA 4KHQA 4OLAA 3OYNA 2XY5A 1VSHA 1B9DA 3AO2A 1JLAA 3V9WA 1U04A 2G8VA 4ELTA 2HHTA 4F8RA 1TKZA 1RTIA 3ZSYA 3AVAA 4J2DA 4FLTA 3V6DA 4TSXA 1GOCA 3LPUA 1T7PA 1IKYA 2E6MA 4Z4EA 3P5JA 1L5UA 4CHZA 3VQAA 1ZBFA 1Z25A 3NAEA 3O4NA 3V9SA 4CHOA 3C6UA 1QE1A 4PA1A 3VA0A 4B9VA 4DFJA 4CCHA 2OZSA 1EKEA 5FROA 3ZSQA 1JLFA 4FZYA 2IAJA 3KLGA 4FCYA 3QNNA 1SKRA 5DK5A 3O3HA 3KTQA 1UAXA 2DFHA 4M45A 1RT5A 2G8IA 4Q5VA 3QIOA 1W9HA 4Z4CA 4N76A 2P1JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW9A 2NLXA 3V1RA 3HTVA 3V1OA 5AQXA 2BDPA 5CY4A 1NJWA 2O8EB 2HHHK 3CD6N 4AHUA 4ISGA 3E9PA 2ZGZA 4I7FA 4FL9A 1QS4A 2W41A 1N5YA 3RRGA 4CJ5A 4JKCA 3OS2A 4LF9K 4DHYA 4QS8A 4FSVA 3I55N 1REVA 4JI1K 2QK9A 4DFKA 1NGFA 5JLHA 4CJSA 4YOXA 4OGEA 3SMPA 1TGOA 4KKOA 3AVMA 1HRHA 2ITGA 1GLLO 3NF7A 1HQUA 3AO1A 3WXIA 4DQRA 3IFRA 2R7YA 3EE9A 3P4IA 4LD0A 4CVNE 3F9MA 4DTJA 3CPEA 4JRQA 3KHYA 4IG3A 3W3DA 1H1VA 2YNGA 3FFKB 3BF1A 3SCXA 3PO4A 3V4IA 1DTTA 3T7ZA 1YJ9N 1SL1A 2ATQA 2WTUA 3SQ0A 1HPZA 3O1BA 4W5OA 3Q7BA 3QICA 2P9PA 3N4PA 4RW6A 4B9QA 3K57A 2UUBK 1S1WA 3OS1A 3SQ1A 3CQYA 5AQGA 2D1KA 1C1CA 3ID6A 4CJKA 3NF9A 1U2VB 1FKOA 4KHPK 1NK7A 4HUEA 2QXFA 4JRPA 4CE9A 4DSIA 4YNQA 3ZT1A 1HX1A 1U4BA 3G10A 3VQQA 4CF8A 3KIOA 3VEXA 4BR4A 2E2OA 4IDKA 5CYQA 4IOCL 3FZLA 3D2FB 4GVEA 1VQON 2F9WA 3VMFB 5ELZA 2QKKA 5C0YA 2XY7A 2ETJA 5C15A 4DV7K 3PIOL 1WN7A 3NGZA 5EY4A 1QSYA 3DAWA 4CGIA 3MEEA 4N47A 3OHRA 4GY2B 4KV8A 5TKWA 2DPNA 3O80A 1LWCA 4F3OA 2HMPA 3K9JA 4ZTJA 3W0LA 1XQSC 4B1ZA 1L3VA 3F5TA 2CGKA 4C8NA 3WNFA 3PX6A 1Y64A 1J5OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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