5KGXA

Hiv1 catalytic core domain in complex with an inhibitor (2~{s})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{h}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
153
structure length
134
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Indole-based allosteric inhibitors of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 45
structure length 134
sequence length 153
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5kgxA00
1WSGA 2IC3A 4M3TA 4CE9A 2VG6A 3VA3A 1RDBA 5J2NA 4EZ9A 4W5RA 3ISNC 4ELVA 5EU7A 1QE1A 4HHTA 1VSLA 1RBUA 1KTQA 3LPTA 3DYAA 3DLHA 1QHTA 3PUFA 3TAGA 2HHVA 5C25A 4Z4IA 4ID5A 3EYZA 4DTRA 1JLAA 2P5OA 3G10A 1RNHA 3KIOA 3ZSZA 4FJ9A 2GUIA 4BWMA 2KW4A 4KHQA 1B9FA 4RW7A 3VQ9A 3DLGA 3DI6A 3DM2A 3NCIA 1WAFA 3U3YA 1IO2A 1S9EA 3WNFA 3D0PA 2G8FA 3P1GA 3HPHA 3RMAA 1X1PA 1KVCA 1FKOA 3QEIA 1JKHA 4IG0A 4FZZA 4B8AB 3ZT1A 3L2VA 4JLHA 3JSMA 4OGCA 5JS2A 2WONA 1I39A 1WSJA 3H08A 4C8KA 4KTZA 1LWCA 4F3TA 5C24A 1NK9A 1K6YA 3M8RA 1RDCA 1YVUA 1HMVA 2P51A 3OYEA 1L5UA 3BDPA 1SKSA 3IAYA 3NGZA 3O3GA 2YKMA 4CJ5A 4KRFA 1U48A 4AHCA 3CG7A 3ZSOA 4CJUA 3QERA 4KHSA 1XC9A 3HO1A 1LAVA 3EY1A 2G8UA 5KRSA 3IG1A 1NK7A 3CYMA 4O5BA 4CEBA 1HQEA 3AO4A 5HLFA 2BGGA 2OPQA 3G0ZA 5J1EA 3AA2A 4KI4A 4FK0A 2D5RA 2IGIA 2RN2A 1WSHA 3SPYA 3RRGA 2F96A 3VQEA 3VQ7A 3CFRA 4CHOA 3MEEA 1TKDA 1BCOA 3KD1E 4RW8A 4FM0A 1Q9XA 3O3FA 4KHWA 2ITGA 2QK9A 1EXQA 2YNHA 5CZ2A 3AVMA 4M3XA 1J9AA 3E01A 5E41A 4NCBA 4F8RA 3ZSXA 4CEEA 4LH5A 3BGRA 1ZBHA 3ZSWA 1TK8A 1GOBA 4CHPA 1KLMA 1LWFA 3LP0A 2G8WA 3S3NA 2XY6A 3KKRA 3AA4A 4DSFA 1C6VA 4CHNA 3RMCA 3AO3A 2KTQA 4E7HA 3S3MA 2KQ2A 2D0BA 1D9DA 2B6AA 1U49A 3DRPA 1HYZA 1LW2A 2G8KA 3KJVA 1RTDA 3VQPA 1HJRA 4KB1A 3T19A 4F4KA 1VSFA 4FLYA 3V1RA 2D0CA 2HB5A 3AV9A 3SJJA 4XIUA 2HHUA 2KFNA 3AVIA 4CIFA 4DQSA 2PYLA 3OYHA 3OYMA 4H4OA 1UAXA 3AVCA 4ICLA 5KTQA 4LSLA 3LP1A 5DMRA 4CFAA 4E89A 4DLEA 1C1AA 3EZ5A 1YTAA 3OYAA 3V9SA 4ID1A 3K59A 1BI4B 3KKSA 3HJFA 4DTSA 2Q3SA 1IKYA 1U04A 3I0RA 3LP2A 3O4QA 3PY8A 4W5NA 2DFEA 1L3VA 4KTWA 3SV4A 1EX4A 4PY5A 2O4IA 1IKVA 4FCYA 4CK1A 4ELTA 4KREA 4AILC 3TAMA 1QQCA 1Z26A 5HRRA 2KZZA 3OYFA 1JLGA 3SQ1A 3VQBA 1JXBA 1FK9A 4DMNA 3HM9A 3PO4A 4DF8A 3ALYA 2LSNA 2YKNA 3K5NA 4LD0A 1N6QA 3RTVA 4KHNA 1RCHA 1WAJA 3D45A 3PX6A 5HRSA 3QNNA 1S1WA 1TV6A 1B9DA 1RBTA 4CJEA 1D9FA 1JLCA 1KVAA 3U6FA 3L2UA 4CK3A 1WNSA 1NK4A 4DSJA 2B4JA 3AVNA 3ZT3A 2OPSA 4H4MA 3RRHA 4ZHRA 4CFBA 2VWJA 1T05A 3KD5E 4IBNA 4CECA 4HUFA 2X6NA 3K5LA 1ZBIA 4H8KA 4AHTA 3NH1A 2QXFA 2RF2A 2IS3A 1RBVA 4ZTJA 1SL0A 4FLWA 1NKEA 1C1BA 3WNGA 5J2MA 4DFJA 3DLKA 1JL1A 3CQ8A 4FJNA 4DQRA 2A1RA 3SI6A 1SKWA 1NOZA 3SCXA 4CF2A 1A5XA 2IAJA 3HP9A 5KGWA 1SV5A 2VG7A 2G8IA 3HYFA 3SUPA 1XHZA 1WN7A 3WNEA 3KLFA 3KK3A 4J2EA 4FXDA 1S1XA 1J54A 1VRTA 3ZSYA 4BE0A 1S1TA 3SPZA 1TK0A 3ASMA 3OS2A 3L3VA 4CEZA 4O55A 4CGFA 3MXMA 1NK6A 1ASVA 3HPGA 3OJUA 1IH7A 1RDDA 3DMJA 3AVAA 4EZ6A 3K5OA 4QOZB 4I7FA 4WE1A 4M45A 1RT5A 4FJIA 3OVNA 3KLIA 1A5VA 1TGOA 3LWMA 4NYNA 1TAUA 4TSXA 1GOAA 1BIZA 4M3RA 1ZBLA 4PQUA 3TAFA 3HSTB 4O0JA 4DTOA 2E6MA 3L2WA 1C0MA 2HVHA 4CCHA 2BDPA 5CYMA 4E7JA 3B6PA 1C0UA 1S1VA 3MEDA 5FRMA 2GBZA 2YNFA 1EP4A 5SZTA 5J2QA 3V1OA 2D0AA 5J2PA 3DLBA 2Z1GA 2XHBA 4CERA 3VQDA 3VQCA 3NHGA 3MECA 3SUOA 2WOMA 4BDYA 4DTMA 1L3UA 1GOCA 4CGDA 2DFHA 3QO9A 4IG3A 3L2QA 3LZIA 3OYNA 1Y97A 4CEAA 1F21A 4OKJA 1T7PA 1KRPA 3V81A 4M3YA 4FJMA 2W42A 4UQGA 4JRPA 1SL1A 3DLEA 2KFZA 1JL2A 2ATQA 2YNIA 4O4GA 5FDLA 3ZT2A 4DFPA 2OZMA 4OLAA 3SUQA 2FBXA 1LV5A 2FBYA 4KB0A 1IKXA 3LAMA 5HRNA 4HUEA 1KFSA 2RPIA 3THVA 4EP5A 4W5OA 4DWIA 4DSEA 4C8OA 4E7LA 3LAKA 4FVMA 2EHGA 3OYCA 3HPOA 3AVJA 3VQ8A 4K8ZA 1C0TA 4KV8A 4DU1A 4B9VA 4OVLA 3QEVA 2BE2A 1LAWA 4CJLA 3V4IA 3SZ2A 2HW3A 3UIQA 1RT6A 3LANA 3RMBA 1ITGA 4CK2A 1D5AA 4KAZA 4KHUA 3AA3A 3OYGA 5KRTA 2E6LA 4HTUA 3VN5A 3KLHA 4KTQA 1RT4A 1QTMA 4OLBA 1HNIA 1R0AA 3V9XA 4DFKA 4E7IA 1NOYA 3NF9A 3OJSA 4DTXA 4GMJB 3L3UA 4QCLA 2AJQA 4I9LA 4KPYA 2G8VA 1WLJA 1X9MA 4FLZA 4B9NA 1J5OA 4K8XA 4M41A 4F2SA 4CF1A 3HP6A 3K58A 4J2DA 3LP3A 2HHQA 2HNDA 4CHQA 2G8HA 3HT3A 4CEQA 3NBPA 3T1AA 3QEXA 1NKCA 2DY4A 3NFAA 4DU4A 4Z4FA 3RR7A 1I3AA 4KFBA 4FJJA 2JGUA 3AVLA 3M8SA 3P5JA 1G15A 1RT1A 1JXEA 4QAGA 1D8YA 1UOCA 4FM2A 1VSDA 1VSMA 3PX0A 4O44A 3NE6A 5HROA 3AVFA 1REVA 4DFMA 1ASWA 4AH9A 4OGEA 1TK5A 1IG9A 1VRUA 4OPKA 3OYBA 4DSKA 4YNQA 1TAQA 1L3SA 4MFBA 2E4LA 1CZ9A 2ETJA 3C94A 1RT3A 5C42A 3NDKA 3SV3A 3TI0A 1TKZA 1BCMA 4E7KA 4M3WA 3QESA 3AVGA 2HMIA 4B9LA 2P1JA 3U3GA 3AVBA 4PUOA 3WNHA 2X74A 4FYDA 4FJLA 4G1QA 4FLXA 1KVBA 2DFFA 3S3OA 4M3ZA 5I3UA 2KZMA 2HHTA 2HHSA 2Z1HA 4RW6A 4FM1A 4JRQA 3T3FA 2PYJA 1DTQA 4IDKA 1J53A 1VSEA 2EX3A 4FW1A 4BDZA 4IFVA 1HPZA 1BISA 2Z1JA 3KTQA 3ZSRA 4BDPA 1TVRA 1TKXA 4DTPA 1HNVA 4CEFA 1EETA 3L2RA 5I42A 4FZYA 1RTIA 4Z4GA 3B6OA 4Y1CA 4CHZA 4HUGA 4BE1A 4DTUA 2XRIA 3RR8A 3OS0A 3V9ZA 4F3OA 4I9QA 1S6QA 4LY7A 4CJTA 4FJ5A 3OYIA 4R5PA 3MXJA 5D3GA 1Q8IA 4OKKA 2ZQBA 3AA5X 4DG1A 3SQ4A 4M3UA 4Z4HA 2YHAA 3DRSA 3KLEA 3LALA 4FJKA 3AO2A 1RT7A 4DU3A 1NJXA 3P83D 4FLUA 1HRHA 1NKBA 4ELUA 3CM5A 1NJWA 1DLOA 1TKTA 3LWLA 2HNYA 4Y1DA 4DQQA 4E0DA 1UA0A 4CFDA 5CY4A 3OYDA 4CEOA 2Y1JA 3RWUA 2R7YA 1BL3A 3OYKA 1TL3A 3NGIA 3ULDA 1HYVA 4E1MA 3O3HA 4CESA 5FROA 3PV8A 1UWBA 2FC0A 3DRRA 4BACA 1NK5A 1XWLA 1JLEA 1XHXA 2HNZA 4CIEA 4W5QA 3VA0A 1ZYQA 1QSYA 4DSIA 3V6DA 4PWDA 4RG8A 4RW9A 5CZ1A 4CGJA 1FKPA 4OJRA 3V9WA 4I2QA 4OPJA 3QEWA 4RW4A 2BANA 1C1CA 1JLFA 4FLTA 4C8LA 1RTHA 1NJZA 2I5JA 3ZT0A 4B9MA 1RBSA 3IS9A 1SKRA 3QIOA 3TR8A 4AHSA 1VSKA 4CGGA 2QKBA 3TABA 2P5GA 1CXUA 1NJYA 1KSPA 3ZCMA 4FZXC 3LPUA 4KI6A 4N56A 3C95A 4DTJA 2YV0X 3DOLA 1IKWA 4HVJA 1YT3A 4FJGA 5HBMA 4E1NA 4DS5A 2F8TA 3NF7A 2OZSA 1MU2A 5CYQA 1ZBFA 1Z25A 4EP4A 1ZBUA 4F2RA 1HYSA 4GW6A 4CJRA 2HVIA 2X78A 3NH2A 4Z4EA 3QETA 3QIPA 2FBVA 4CJFA 4FLVA 3JYTA 1JLQA 4CJPA 2PY5A 4B08A 5K14A 4CGHA 1U4BA 3MXIA 4CIGA 4IKFA 4C8MA 4KO0A 3CFOA 1S6PA 3QINA 1KCFA 3O4NA 4AHRA 1L3TA 4FW2A 1BQMA 1BI4A 1DTTA 4NYFA 3ZT4A 4AHVA 3OYLA 1XI1A 3NH0A 3VQQA 1T8EA 1QS4A 3TAEA 3I8DA 1RT2A 3VQ6A 2O4GA 3F73A 1ASUA 5KI6A 1LW0A 2Z1IA 3TARA 4CJWA 2ZE2A 3SQ0A 1BGXT 4W5TA 3L8BA 4HCBA 1RTJA 2VWKA 3QEPA 4E3SA 4MQ3A 4NCAA 3M8QA 2JLEA 5DK5A 3NGYA 2GV9A 1RDAA 4HCCA 1VSIA 5HRPA 4FJ7A 4FJXA 1LWEA 3TWHA 3SQ2A 3KK2A 3ITHA 1KLNA 3IRXA 4FJ8A 3SUNA 1N5YA 4CJ4A 1JLBA 4CF0A 4N5SA 1BQNA 3AVHA 4NCGA 3V1QA 4CJVA 2PZSA 3K5MA 4I2PA 1Q9YA 2F8SA 1YTUA 1VK0A 2XY8A 3AO1A 4CJ3A 3VQ5A 1WSEA 4BWJA 4YFUA 3K57A 4CJQA 5SWMA 4E19A 4DQIA 3FFIA 3PX4A 4ZTFA 4JS5A 2XY7A 3S9HA 3SNNA 4O0IA 3OS1A 4KKOA 4B9UA 4LH4A 1CXQA 3LZJA 1X9SA 5T7BA 3NF6A 2YNGA 1UA1A 2QKKA 4DTNA 4FK4A 3ZSVA 4DF4A 4CGIA 1O1WA 4CHYA 4DSLA 3A2FA 1TL1A 2B5JA 3AO5A 3I0SA 3HVTA 3KLGA 3MAQA 1SUQA 4IFYA 3DOKA 1VSJA 3QNOA 1VSHA 4CEDA 1NK0A 5FRNA 2ZD1A 1S9GA 3V9UA 5JS1A 4CF8A 4FK2A 4DLGA 2XY5A 1T03A 4JS4A 4C8NA 3KK1A 1BHLA 4B3OA 2HHWA 4N47A 1RILA 3SYZA 4B9SA 4AHUA 4M42A 4Q5VA 4FJHA 4BE2A 2OPPA 1B92A 4LSNA 3RMDA 4B9TA 1S1UA 4J2AA 4L8RB 4B8CA 3CM6A 3TAQA 1RBRA 4DS4A 2DTUA 2IDOA 2OPRA 5KGXA 1QSSA 4Z4CA 1WSIA 2A1SA 3TAPA 4CF9A 3OY9A 2XO7A 1X9WA 2HHXA 1FXXA 1W9HA 2YHBA 1U47A 3HL8A 3K2PA 1EKEA 2VG5A 3OYJA 4N76A 2OA8A 4J2BA 2RKIA 1KFDA 4PA1A 4KHYA 1CZBA 3C6TA 4Z0UA 3NF8A 3VQAA 3PO5A 4N41A 3HVRA 3HXMA 1CLQA 1W0HA 2X6SA 3F9KA 1HQUA 3M8PA 2NUBA 1SL2A 2FBTA 4DQPA 4OKEA 3DLRA 2IOCA 3C6UA 1WSFA 3CFPA 3HK2A 3NAEA 1U45A 1S5JA 3AVKA 3VQ4A 3TANA 2OYQA 3MEGA 1BIUA 4GVMA 4CJKA 4CJSA 5HP1A 1QSLA 4Q0BA 2Y1IA 3QLHA 3ZSQA 1NK8A 4CFCA 1A5WA 3LDSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLLO 4M3TA 1VQLN 4EZ9A 3ISNC 4ELVA 1QE1A 3LPTA 3DLHA 3DYAA 3QBXA 3NVMA 3TAGA 1BUPA 1YIJN 4DTRA 1JLAA 2P5OA 4MLEA 1RNHA 4KHQA 3DM2A 3NCIA 3D0PA 2G8FA 3CC7N 5IT9O 1KVCA 3QEIA 3AGKA 3PSFA 4FZZA 4NO7A 3L2VA 1WSJA 4IZ9A 3MDQA 4C8KA 4XEIA 5C24A 4XH4A 3VF6A 1K6YA 1RDCA 5LL6Z 5AQLA 4DV4K 1SKSA 4CJ5A 4WQ5A 1YVNA 2UYTA 5AQRA 4JKBA 2G8UA 5KRSA 4CEBA 4IEEA 3AO4A 4DHYA 2BGGA 5DM6L 3WUHA 4FK0A 2D5RA 1WSHA 3CFRA 3DAWA 4FM0A 3O3FA 3BZKA 2QK9A 2YNHA 4NXMK 4FSVA 4M63C 2NRRA 1HLUA 5JMVA 4CEEA 3C6AA 1ZBHA 4CHPA 4WQ5C 3KKRA 1C6VA 3R1XA 4GVEA 2KQ2A 1N36K 2W6LA 1LW2A 3KJVA 5M1KA 4KB1A 3T19A 4F4KA 3GE1A 3AV9A 4XIUA 2BUPA 4DQSA 5JVGL 1N33K 3OYMA 4ICLA 4LSLA 3LP1A 1GLCG 1RFQA 1Z6RA 4LF7K 4GKJK 3MN5A 2OTJN 1BA1A 3OYAA 2KHOA 3KWGA 4DTSA 1TYQA 3FZKA 3O4QA 4KTWA 1VQ7N 3IUCA 5BR9A 4KREA 2A41A 4PL7A 4PKGA 3O80A 1QQCA 1RGIA 2KZZA 3OYFA 2JWKA 3SQ1A 3VQBA 3HM9A 2E8AA 4NB4A 2WTUA 3BY5A 1B9DA 1RBTA 3CMEN 3SK3A 5AQOA 3L2UA 5BRDA 1NK4A 1HNWK 2VGMA 2B4JA 3ZT3A 4H5NA 2OPSA 1BU6O 1JCFA 3O9SA 3WQUA 3KD5E 2HMPA 4IBNA 4CECA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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