4FZYA

Exonuclease x in complex with 12bp blunt-ended dsdna
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
167
structure length
167
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*G)-3')
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 48
structure length 167
sequence length 167
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzyA00
1QQCA 3O3HA 4F3TA 4FJ5A 1C6VA 3CYMA 4MQ3A 3DLBA 1Q8IA 3D0PA 4DF8A 1HJRA 3AO5A 1JL2A 2HHXA 1VSFA 4BE2A 1WN7A 2IS3A 5CY4A 2I5JA 4DTMA 5I42A 2HVIA 3MEGA 5CYQA 1X1PA 2WOMA 3L3VA 4EP5A 3JSMA 2YKMA 2ETJA 4FJKA 3O4QA 1KRPA 3JYTA 3DLHA 3HK2A 4M3WA 1KLNA 1RILA 4DTJA 4CCHA 1VSJA 1WAJA 1RTIA 5HBMA 3ZCMA 4DTOA 4M3TA 3OYDA 1HMVA 3IS9A 1RT1A 3LP3A 4DS5A 4OLBA 3MAQA 4KHYA 1RBTA 1HRHA 4IDKA 3KJVA 3QIPA 4FCYA 3HPHA 3LP2A 3K5MA 1IH7A 2BE2A 4OKKA 4Z4EA 1S6QA 3ZT2A 2OPRA 2WONA 2Z1GA 3AA3A 3L2UA 4CERA 3VQPA 2YHAA 3EZ5A 4FLXA 3HP6A 1SL1A 2HMIA 2AJQA 4M3XA 3WNGA 1JLGA 2BANA 4FW2A 4CF0A 3HT3A 2BDPA 4AHRA 3NHGA 4QOZB 2XY7A 2QK9A 1RDBA 4JRPA 2EHGA 1TKZA 3NGZA 1S6PA 1WSIA 5FRMA 4NYNA 4F8RA 1LW2A 1B9DA 1GOCA 1RCHA 1C1AA 4Y1CA 1Q9YA 2HHVA 3DI6A 1NJZA 3NE6A 1RBUA 4RW8A 3VQAA 4YNQA 4I7FA 4W5QA 1CZBA 1IG9A 1KSPA 4OKJA 3V1OA 4KTZA 4BACA 4DTXA 2IDOA 2PYJA 3K5OA 1L3SA 2G8IA 1C0UA 2QKBA 1LAWA 1XWLA 3OYCA 2A1SA 4OKEA 4BDPA 4JS5A 3AVKA 3I0SA 1IKWA 5HP1A 4RW4A 3K59A 4KV8A 2E6LA 4FLUA 2GUIA 2XY6A 2RKIA 1U48A 3RRGA 1EP4A 1TVRA 4CHNA 1JXEA 2F96A 1XI1A 1QE1A 2JLEA 3PV8A 3V1QA 3VQCA 5I3UA 4FJNA 2HHWA 3LAKA 3VQ6A 3V81A 4E7HA 4FM0A 3QNOA 4OVLA 1I39A 1RT5A 4DSJA 3AVMA 4BE0A 1J9AA 2YNIA 3LPTA 4H8KA 2HNYA 2OA8A 3AVJA 1ZBUA 3L3UA 4DFJA 2NUBA 4CF8A 3THVA 4FM2A 3D45A 4CEFA 4CJVA 4XIUA 3V9SA 1N6QA 2OZMA 4KO0A 1KVAA 4FJXA 1VK0A 2P1JA 5CZ1A 1TKTA 3OYKA 2X6SA 2HHTA 1TV6A 3AVCA 4M45A 3UIQA 3I0RA 1ZBHA 1BQNA 3RR7A 4Q0BA 2KW4A 2RPIA 4CEBA 4B08A 3TR8A 1YVUA 3TAGA 3T19A 2XO7A 4CECA 1QSLA 2FBXA 4QAGA 5CYMA 3OYBA 4FLZA 4KAZA 4UQGA 3VQ7A 3ZSZA 2HHSA 1UAXA 1WSHA 3B6PA 2Z1JA 5J2NA 1JKHA 1C0TA 3CQ8A 1NK4A 3MXMA 4TSXA 4CJQA 4L8RB 3CFPA 3ZT0A 3VQQA 3AVLA 2P51A 4M3RA 1NK0A 2HHUA 4DS4A 3K57A 2G8WA 1O1WA 4FZZA 4IG0A 2ZD1A 3M8QA 4DSFA 3QESA 3TARA 2X78A 1BCOA 4FLVA 4NCAA 1BHLA 3U6FA 3LP1A 2DY4A 4JLHA 4B8AB 3H08A 4DTUA 4K8ZA 1UA0A 1TAQA 4Z4FA 1YTUA 2IOCA 3LZJA 2F8TA 1ITGA 1BL3A 4DSIA 3DLEA 4CK3A 5SWMA 1YT3A 2QKKA 3QINA 5K14A 4CJRA 1D9FA 5JS1A 1RBSA 4W5OA 1X9MA 3QO9A 1C0MA 2DFHA 3K58A 3RTVA 1JLBA 1WSJA 4IFYA 1UOCA 3L2WA 3T3FA 1NK8A 4Z4CA 1DLOA 4C8NA 1VSHA 4CHQA 3SQ1A 3HVRA 4ZTJA 4DG1A 5KTQA 1MU2A 4ELTA 4Y1DA 4B9UA 4CF9A 1T8EA 5KRSA 4BWJA 2HHQA 1RDCA 3T1AA 3MECA 1Z26A 1YTAA 2O4GA 3CM5A 4HVJA 3OYHA 4CIEA 1CXUA 4FZXC 3PUFA 2KFZA 1U49A 4ZTFA 3L2VA 2EX3A 1ZYQA 4DF4A 1KFSA 4CJWA 4KI6A 2O4IA 3RMBA 2YNHA 2OPPA 2F8SA 3HPGA 3LZIA 2KZZA 1IKVA 1NOZA 5C24A 1NK9A 2YNGA 3ZSYA 4E19A 3KK1A 3A2FA 3FFIA 4JS4A 3NF7A 3SV3A 1VSLA 1K6YA 3OVNA 3SUQA 4RW6A 1R0AA 3ITHA 4DMNA 5FDLA 1QSSA 3S3NA 3AA2A 2G8VA 3NFAA 4LSNA 4N56A 3OYIA 4DTNA 3QNNA 4ID5A 3S3MA 4ELVA 2D0AA 3I8DA 1FK9A 4OGEA 5J2PA 1NJWA 2IC3A 3NBPA 4CESA 4O55A 4B8CA 5SZTA 1X9WA 4C8LA 1WAFA 4DSKA 4H4MA 4E7JA 2JGUA 1KTQA 3SZ2A 1J54A 3AA4A 3AVFA 3VQEA 3NCIA 4KHWA 2HW3A 1IO2A 3PO5A 1SKSA 4IFVA 2RN2A 3WNHA 3TANA 3NH1A 2E4LA 3V1RA 3DM2A 4CFDA 4E89A 4GMJB 1U45A 1SKRA 3OYFA 2G8HA 4FJGA 2QXFA 5DK5A 1RDDA 3QEVA 1TL1A 3TWHA 1L3TA 3ZT1A 3AO2A 1WSGA 2YHBA 1X9SA 3C94A 1RT7A 3DYAA 4CGJA 4CK2A 1VRTA 4OGCA 4AILC 3VQ5A 1JLQA 3KKRA 1TL3A 4CFCA 4I9QA 3C95A 3HL8A 1SUQA 5FROA 3OY9A 3KLEA 1HPZA 1BI4A 4ID1A 4O0IA 3MXIA 4KB0A 2X74A 1XHXA 3KLIA 4DSEA 3NGYA 1QSYA 4E1NA 4B9VA 3SUPA 5JS2A 1A5VA 3VQBA 4E1MA 1EKEA 1ZBFA 3TAPA 1LWFA 1B92A 3VQ9A 5KRTA 4FJJA 3AO1A 4N47A 3VQDA 4PQUA 3F9KA 1HQEA 3LAMA 1JLFA 3KD1E 3NH2A 1C1CA 3RMCA 1VSMA 5HLFA 4HCBA 1BGXT 2KTQA 4DQSA 3OS1A 5KGWA 2FBVA 3QERA 2GV9A 1HYZA 3DRRA 4I2PA 2XHBA 3ALYA 4B9MA 2ZE2A 3S3OA 4DQIA 3O3GA 4J2EA 4CJPA 1VRUA 1LWCA 5HRNA 4DSLA 1VSEA 3KIOA 3OS2A 3LALA 3SV4A 1XHZA 2FC0A 3TAQA 4W5TA 3CFRA 4CFAA 4CJEA 4C8KA 4RW9A 2OPQA 4CEZA 1JLCA 1T03A 1ASUA 3HP9A 1GOAA 1T05A 5J2MA 4GW6A 1SKWA 2KZMA 1FXXA 2YNFA 4KKOA 5HROA 4DFKA 3AV9A 1WSFA 1ASWA 3V6DA 2PZSA 4BDZA 3KLHA 2PYLA 4PUOA 4CJFA 3HM9A 3OYNA 3U3YA 4Q5VA 1EX4A 4KB1A 2VG5A 3P83D 5T7BA 2HVHA 3ZT3A 4OPKA 4RG8A 3MEDA 4CHOA 4KPYA 4HUGA 3RR8A 1TGOA 4CJ5A 1RT6A 4Z4HA 4DWIA 2G8UA 3PY8A 4G1QA 2HNZA 4E0DA 1CZ9A 3ULDA 4CF1A 4CK1A 3HXMA 2KFNA 1FKPA 1NKEA 1KVBA 4MFBA 2A1RA 3DLKA 4N76A 2DFEA 1FKOA 1B9FA 1A5XA 2KQ2A 2ZQBA 1S1TA 4CGGA 3NGIA 4FJMA 2BGGA 1KCFA 1LWEA 3V9ZA 4DTSA 4NCGA 1J53A 4CJTA 3KLGA 3NH0A 3TAEA 2Q3SA 4LSLA 4AHUA 4J2DA 1TKXA 4CIGA 4O5BA 1RTDA 4IKFA 2YKNA 2YV0X 2OYQA 1WLJA 1DTTA 4OLAA 1RDAA 3RWUA 4CFBA 4FLTA 4M41A 4C8MA 4CEQA 3AVGA 3HSTB 1CLQA 2HB5A 3OJSA 4E7KA 4LH4A 1D9DA 2OPSA 5EU7A 4CE9A 3QETA 3KD5E 3SI6A 3L2QA 4CJSA 3LWMA 2XRIA 4AHVA 1T7PA 2VWKA 5C25A 4FJIA 4LD0A 3PX6A 3TAFA 4FZYA 4HTUA 3LP0A 4E7LA 3E01A 3ZSRA 5HRPA 4CEEA 1LV5A 3MXJA 1QS4A 3KK2A 4ICLA 1S1VA 4DU1A 3MEEA 1N5YA 1HYVA 2HNDA 2VG7A 3K5LA 3OS0A 4ELUA 2GBZA 4KREA 1WSEA 5DMRA 3AVIA 1U47A 3TABA 2E6MA 1D8YA 4F3OA 1BIUA 5D3GA 1SL2A 2IAJA 4E7IA 1QTMA 1Z25A 1BISA 2RF2A 4CF2A 3DRPA 1RT4A 3QEWA 1S9GA 3DOKA 1W9HA 1QHTA 4DQRA 3B6OA 3SQ2A 1L3UA 4R5PA 4CJUA 4AH9A 2LSNA 3C6UA 3SUNA 1RBVA 1NK7A 4B9TA 2OZSA 4B3OA 3P5JA 4OJRA 1J5OA 1NOYA 4CJLA 4FJ9A 4KTWA 1IKYA 2P5GA 3HO1A 3C6TA 4FVMA 1EETA 3AVAA 1KFDA 3OYJA 3M8PA 5C42A 3V9WA 3CG7A 3CFOA 4H4OA 4FYDA 4DU3A 4O0JA 4FK2A 1NKBA 2PY5A 3M8RA 3EYZA 1CXQA 4HHTA 3L8BA 2DTUA 5J1EA 1IKXA 4NYFA 3LPUA 4AHSA 3F73A 1U4BA 4I9LA 3VA0A 1TKDA 3WNFA 3ZSOA 4F2RA 1C1BA 1VSIA 3G10A 1ZBLA 1UWBA 3KK3A 4J2AA 4LY7A 3L2RA 3LDSA 1XC9A 3DRSA 2FBTA 3V9UA 2Y1IA 3BDPA 3HYFA 1D5AA 4IBNA 2VWJA 3K2PA 4W5RA 4PY5A 4O44A 4KHSA 1GOBA 4CEAA 2XY5A 3M8SA 3OYLA 2Y1JA 3NF6A 1NJYA 2B6AA 3VQ4A 3LWLA 3V9XA 4WE1A 2R7YA 4KHNA 4CGHA 3KLFA 3AVNA 3NDKA 3DMJA 3TAMA 4DQQA 1BQMA 4DTRA 2Z1IA 1SV5A 4M3YA 3BGRA 3SYZA 4HUFA 1RTHA 1JL1A 1U04A 1BCMA 3P1GA 3OYAA 3QLHA 1S9EA 3PO4A 3AO3A 4EZ9A 4B9LA 3V4IA 4FK0A 3IRXA 3ZT4A 4KTQA 2B4JA 2W42A 4DLGA 3K5NA 2ITGA 1NJXA 1S5JA 2XY8A 3SJJA 4Z4GA 3NF8A 4PWDA 4FW1A 4N5SA 3RMAA 4M3ZA 1LW0A 4LH5A 3SPYA 1W0HA 3OYEA 3SCXA 2VG6A 1RT3A 1RBRA 1L5UA 4AHTA 2D5RA 4F2SA 4AHCA 3O4NA 3IAYA 4K8XA 4HUEA 3SUOA 2FBYA 1F21A 2B5JA 3ISNC 2Z1HA 4CEDA 3ZSWA 4FXDA 4F4KA 3RMDA 4Z0UA 4W5NA 4KFBA 1TK8A 1BI4B 4EP4A 3WNEA 1NK5A 1Q9XA 3PX0A 2D0CA 3IG1A 1NKCA 3AA5X 1S1WA 3EY1A 4FM1A 1VSKA 3SPZA 3ASMA 1WNSA 4M42A 4DU4A 4DFMA 2G8KA 1BIZA 4IG3A 5E41A 1S1UA 4B9NA 1L3VA 3ZSQA 4CEOA 4CJ4A 3HVTA 4CIFA 3HPOA 3AVBA 3VN5A 4BE1A 4DTPA 1S1XA 1JXBA 3OJUA 3KKSA 4CHPA 4KRFA 1Y97A 1JLAA 2D0BA 5KI6A 1ASVA 4PA1A 4CHZA 4O4GA 4YFUA 4CGIA 2G8FA 3AVHA 1UA1A 4M3UA 4OPJA 4C8OA 3SNNA 5FRNA 3VQ8A 4BWMA 1A5WA 3SQ4A 4FLYA 4BDYA 4KHUA 4CGFA 1LAVA 4DLEA 4B9SA 4DQPA 4HCCA 2DFFA 3ZSXA 4ZHRA 3QEXA 1ZBIA 4QCLA 3KTQA 2P5OA 3G0ZA 3HJFA 2IGIA 4GVMA 4CJKA 3PX4A 1TK5A 3TI0A 4CHYA 3QEIA 4I2QA 1TK0A 3O3FA 1KLMA 2ATQA 1G15A 1HYSA 4FK4A 1REVA 3CM6A 5CZ2A 3ZSVA 1TAUA 4FJ8A 2X6NA 1HNVA 5HRSA 3DLGA 3NAEA 3VA3A 4CGDA 1HNIA 1SL0A 4FJHA 4KHQA 4Z4IA 4CJ3A 3DOLA 4EZ6A 1DTQA 4JRQA 1RNHA 3RRHA 4FJ7A 1EXQA 3LANA 1JLEA 4NCBA 3U3GA 3AO4A 5KGXA 3DLRA 3QEPA 4J2BA 4KI4A 1RTJA 3QIOA 1VSDA 4DFPA 3SQ0A 4FJLA 3OYGA 1KVCA 4E3SA 1I3AA 4N41A 5J2QA 4RW7A 4FLWA 1RT2A 5HRRA 3OYMA 3NF9A 3S9HA 1NK6A 1HQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TYQB 4F3TA 3GDQA 4FJ5A 3D0PA 1HJRA 3AO5A 1K8AO 2IS3A 4GVEA 2E2OA 1N36K 4FJKA 3JYTA 3DLHA 4M3WA 5GINA 4FWKA 1HMVA 3VF4A 4JD2B 4FCYA 1IH7A 1OVYA 2BE2A 4OKKA 3ZT2A 2OPRA 3AGKA 2VGNA 3T69A 2HMIA 2P9IB 1SL1A 4ISFA 3HP6A 2O8FA 4FPAA 4CZMA 5FPNA 4CF0A 3HBTA 3THWB 1NBWA 3HTVA 3M1FA 5BREA 2XY7A 3BF3A 1WSIA 4A62A 1LW2A 4BRDA 4KHYA 3VQAA 1W97L 4I7FA 1IG9A 1KSPA 4OKJA 3V1OA 1HUXA 3TTFA 4DUYK 2PYJA 1L3SA 3NVKA 4RWTA 4B3SK 2QKBA 4M7XA 4OKEA 4BDPA 1YAGA 4JS5A 3AVKA 1IKWA 4EAHD 1QQNA 3CCJN 2XY6A 3IDHA 1TVRA 1QE1A 3PV8A 3VQCA 1EWRA 3HZ6A 1YHQN 5BPMA 2HMPA 2UUAK 3QNOA 4V19S 4OVLA 1RT5A 4DSJA 2YNIA 2ZWHA 4H8KA 2HHHK 5E26A 1ZBUA 2NUBA 3THVA 4FM2A 2YX6A 3SMSA 4XIUA 4O8KA 4KO0A 2P1JA 3O1BA 2P9PA 5CZ1A 3OYKA 1TV6A 2WTUA 4M45A 2RPIA 4CEBA 5AQGA 1YVUA 3ZX0A 4QS8A 1QSLA 4FLZA 4UQGA 2BTFA 3QMLA 1UAXA 1WSHA 2Z1JA 1Z6RA 1IBLK 3F2KA 3A5MC 5AJ3K 3AVLA 2P51A 3K57A 2G8WA 3VF2A 4FZZA 4IG0A 3QESA 1VQ7N 3E9PA 4NCAA 4ILJA 3H08A 1YTUA 1UA0A 3LZJA 4L3QA 1ITGA 3DLEA 3KK7A 1YT3A 4CJRA 3CCUN 5JS1A 1HKGA 1U2VA 2DFHA 3ZYYX 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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