4FZYA

Exonuclease x in complex with 12bp blunt-ended dsdna
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
167
structure length
167
Chain Sequence
b'MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITGR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*G)-3')
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 48
structure length 167
sequence length 167
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzyA00
2IS3A 2IGIA 2P5OA 2XY8A 4GW6A 3ZT3A 2D0AA 4CK3A 3HPOA 4FJ5A 2YKMA 4DU4A 1LAVA 3VQ5A 3RR7A 3RMBA 3AO2A 3MECA 3TAFA 3KLIA 4BE0A 2VG7A 1B9DA 1SL2A 2ATQA 3MEGA 2B4JA 4O44A 4DF8A 3TWHA 1TL3A 1NJWA 4AHCA 1RDCA 4CF0A 3D0PA 3SUOA 1FXXA 1S1WA 1BI4B 1Z25A 4FLYA 1SKWA 1VSDA 4E89A 4B9VA 1ZBUA 4FLTA 4E7JA 4JRQA 5HRPA 3QEVA 3DLHA 4M3TA 3LAMA 3OYLA 1BGXT 4C8LA 2QKKA 3VN5A 4CF9A 3QEXA 2IC3A 3G0ZA 1BHLA 1LWCA 1XC9A 1J5OA 1VRTA 4B8CA 4FZXC 4CJRA 4KHNA 4Z0UA 4RW4A 2HHVA 4HUEA 1UWBA 1EX4A 4G1QA 3S3MA 1L3TA 4ZTJA 4Q0BA 4UQGA 3DRSA 3OYNA 3HP6A 4B9SA 2WONA 3OVNA 5D3GA 1WLJA 3DRRA 1RTDA 1SL0A 4F8RA 4DTNA 3TR8A 3SV4A 3NF6A 3OYHA 1LWFA 3DLGA 4CHZA 3U3YA 4KTWA 1HYZA 2YKNA 4CECA 1KCFA 4DFPA 2EHGA 4B9LA 1LW0A 1XWLA 2ZD1A 4F3TA 4OJRA 3S9HA 2KZZA 5DK5A 2F96A 3V9XA 1TAUA 1NK5A 4PUOA 4BWMA 4M42A 1IO2A 4DQIA 2KFNA 3AVBA 4EP4A 4FLXA 4JS5A 3TAQA 3OYJA 1RTIA 2XY5A 4W5QA 3HXMA 1IKVA 1GOCA 3DM2A 1ASVA 1KRPA 4C8MA 1A5XA 1HRHA 4KPYA 3OYBA 3SUPA 3VQ7A 1LV5A 4E3SA 2G8KA 5KI6A 1VSFA 1BCMA 4CHPA 4FM1A 1LWEA 5E41A 1WAFA 1L3VA 4RW6A 3NH0A 1C1AA 3PV8A 1RT3A 1Q9XA 4DU1A 3OS2A 3I0SA 2HHQA 1BIUA 4CJLA 3AVKA 1VSHA 1CZBA 3AVGA 3ISNC 1S5JA 4CIFA 1QSLA 3NGYA 4O55A 4Z4EA 3K5LA 4FJGA 3AO5A 4IDKA 1LW2A 3PO4A 3QEIA 1FKOA 3RTVA 4OGEA 3NF8A 1S1UA 1TAQA 3ZT4A 4Z4GA 5CYQA 4O4GA 4C8KA 3G10A 5EU7A 4CHOA 4GVMA 3K58A 1WAJA 1WSHA 1YT3A 3QO9A 2BANA 4AHRA 3LAKA 1SV5A 4CEOA 3KJVA 3M8SA 4LSNA 4M3ZA 3PO5A 4LSLA 3AA3A 1RT1A 2VWJA 4N5SA 3MXIA 2G8HA 5I42A 2HHSA 3VQAA 2R7YA 4OVLA 3PX6A 3ZT2A 3P83D 3RRGA 2XY6A 3RMDA 4CGFA 1RILA 4BDPA 2VWKA 1JLEA 1KFSA 1D9FA 1YTUA 4CJFA 2YNFA 3KLEA 3EZ5A 4KTZA 4QCLA 4E7KA 1U4BA 3NDKA 1TKZA 4KO0A 4CF1A 1WN7A 3NGIA 2ZQBA 3DLBA 4DSIA 3DRPA 4PWDA 4DMNA 3VQ8A 2NUBA 3ZT0A 3V9WA 3QEPA 4DTMA 1LAWA 4TSXA 4BDZA 1NOZA 3AVFA 5C42A 2D5RA 4W5TA 3AVIA 1VSKA 3TAGA 1NK7A 5FRNA 2HB5A 3K5NA 1NK6A 1BIZA 4CEFA 4B8AB 2HHXA 4Q5VA 4JLHA 5HRSA 4DSJA 3QETA 4N47A 2FBXA 2GBZA 3IS9A 3OYIA 4DFKA 2QKBA 3DLRA 2YV0X 3P5JA 2DTUA 3RMCA 4HCCA 1BCOA 3AVMA 1T7PA 4OKEA 1J9AA 4CJ5A 4FJLA 1MU2A 3SPYA 4CIEA 4DQPA 1WSJA 4CK1A 3VQ6A 4CEBA 4DLGA 1WSIA 3MEEA 4JRPA 4DSEA 4DTUA 5CYMA 3ZCMA 1ZBIA 4FZYA 5FROA 2Q3SA 1D9DA 4E1NA 4CFAA 2OPPA 4OKKA 2Z1IA 4KHWA 2XY7A 5JS2A 3U6FA 2E6LA 3PX4A 1NJXA 4KAZA 4KI4A 1IKXA 1VSJA 1I3AA 4DTOA 4FJMA 1KVCA 3VQBA 4CJKA 1X9MA 1L5UA 1NOYA 4B3OA 4ZTFA 4CFBA 3KLGA 4MQ3A 4N76A 1I39A 2DY4A 3DLEA 5HLFA 1JL1A 1KVAA 3WNHA 1U45A 3KKSA 4CJQA 1NKEA 4OGCA 3WNFA 4CJVA 1NKCA 4FJHA 3AO3A 1N6QA 2D0BA 4B9MA 1EETA 3O4NA 1WSEA 5HP1A 3QIOA 2PYLA 3AA4A 2OZMA 3CFOA 4ID1A 2WOMA 1JL2A 4O0JA 4J2DA 1QSSA 1X1PA 3SV3A 1TK0A 2IOCA 4CK2A 4Y1DA 4C8NA 1RNHA 3ZSZA 4FJ8A 2OPSA 3MXJA 4W5RA 3SUQA 2VG5A 3L2RA 1JLCA 1C6VA 1F21A 4M3YA 3V1RA 1JLAA 1RDAA 3OJSA 1EP4A 3T3FA 1KLMA 4DQSA 3VQPA 4KB1A 4CEAA 4AH9A 4CJEA 2ZE2A 1QS4A 4BDYA 4FJIA 1JLFA 3CG7A 3OYCA 3KK2A 1UAXA 3ZSOA 3HP9A 4I2QA 4CJWA 2G8VA 2KW4A 2FBYA 5KGXA 2YNGA 3JSMA 1SKRA 5HBMA 3NF7A 2O4GA 3NF9A 4I7FA 3AA2A 4RW8A 3TI0A 3SUNA 4CERA 2Y1JA 4B9UA 2OZSA 3VA0A 3O3HA 4F3OA 3MXMA 4WE1A 4CIGA 2Z1JA 4IG0A 1J54A 4CE9A 4KFBA 4FM0A 1NK4A 4FLWA 3K57A 4FK4A 4FVMA 4KKOA 1RTHA 1C0MA 3QINA 4NYFA 4PA1A 5DMRA 4GMJB 3OY9A 4EZ6A 1VK0A 3V6DA 1S1VA 2X6NA 1D5AA 4BACA 5FRMA 3VQ4A 5I3UA 4F2SA 2A1RA 1RT7A 3FFIA 1S9GA 2D0CA 5KGWA 4DFJA 4O0IA 3LP2A 3OYKA 5CZ1A 3LALA 3L8BA 2FC0A 1NK8A 3CYMA 4OKJA 4DSKA 4KHUA 1JLBA 3P1GA 3LPUA 4DS5A 4I2PA 4RW9A 4BWJA 1IH7A 5T7BA 3IG1A 1NJYA 3H08A 1SKSA 1ASUA 4IBNA 3VQEA 1B9FA 2ETJA 3D45A 1HPZA 1RT5A 4CGGA 3TARA 4CFCA 5KTQA 3KK1A 4DTPA 1FKPA 4W5OA 4ID5A 4DF4A 3KTQA 1JLQA 5CY4A 3ZSQA 3OYMA 3I8DA 4FYDA 1ZYQA 5SWMA 3V9UA 3L3UA 1R0AA 1W9HA 3IRXA 4E7LA 4DQQA 1X9SA 3HSTB 1RT4A 3AVHA 5J2QA 1X9WA 3V4IA 3NFAA 3LP3A 4QAGA 4XIUA 1K6YA 3O4QA 3T1AA 3NE6A 3SZ2A 5J2PA 3IAYA 4DG1A 1C1BA 5HRNA 1W0HA 1U04A 1YVUA 4DTJA 4FXDA 2HHTA 1RT2A 1YTAA 1TKTA 3KLFA 4F2RA 3LP1A 2YNIA 4FJ9A 3THVA 3RMAA 2I5JA 2HW3A 1S9EA 4FLZA 1CXQA 1JXEA 5FDLA 2HHWA 1IG9A 3RRHA 4CHNA 3B6OA 1TGOA 1JKHA 1L3SA 4AHTA 3L2WA 4CEDA 3ZT1A 1O1WA 2YHAA 3OS0A 3OYAA 4KHSA 4NYNA 4L8RB 4E19A 4DLEA 4RW7A 3BGRA 3OJUA 1NK0A 1JLGA 5JS1A 3OYDA 3KD5E 1U49A 4CEZA 4E1MA 4E7HA 2FBVA 5K14A 2HNZA 1QSYA 1C1CA 1J53A 1TL1A 1KTQA 3F73A 1TVRA 3CFRA 4QOZB 4NCGA 3QIPA 3HM9A 3S3OA 4CF2A 3VA3A 1VSEA 5J2NA 4J2AA 1ZBHA 5HROA 4CJSA 4DTSA 1XHXA 2RKIA 4IG3A 4CFDA 3QESA 4KREA 3CQ8A 5SZTA 3MEDA 4DSLA 3AVCA 3DYAA 1C0TA 2RF2A 4ICLA 3E01A 4CGHA 3UIQA 4FK0A 3C6TA 3MAQA 2FBTA 3C94A 4E0DA 1T05A 4IFVA 1KSPA 4NCAA 4BE2A 4DWIA 1T03A 4KB0A 3L3VA 1BI4A 4CJ3A 3V81A 3TABA 1UOCA 1HJRA 1VRUA 4AHVA 3M8RA 4IFYA 1RBSA 3RWUA 4N56A 3V1QA 1S6QA 3OYGA 3SQ4A 2Y1IA 1G15A 1VSLA 2GV9A 3ITHA 4B9NA 1BQMA 3EYZA 4HTUA 1HQUA 1RBTA 4KRFA 1ZBFA 4FCYA 1IKWA 4CHYA 3HT3A 4CGIA 3V9ZA 4ELVA 1RTJA 3HYFA 3VQCA 5KRTA 4R5PA 1C0UA 3KD1E 4FJKA 3TANA 1U47A 3OYFA 3K5OA 1QHTA 2P1JA 4Y1CA 3T19A 2PZSA 2E4LA 3NBPA 1TK8A 3AO1A 3LP0A 1A5VA 4KHQA 3LPTA 2EX3A 1BQNA 1TKDA 1XI1A 2OPRA 3QNNA 1WSGA 2X74A 3V1OA 3LANA 3NHGA 1HMVA 1WSFA 2HNYA 4FJNA 1S1XA 4AHUA 4DSFA 1RDDA 2YNHA 3V9SA 3HPGA 4FJXA 3DOLA 2P5GA 2F8TA 3QNOA 1B92A 3JYTA 4FJJA 3HVRA 1RT6A 3M8PA 3ZSVA 4FW2A 1DTQA 2YHBA 4J2BA 3SPZA 4I9LA 3U3GA 2O4IA 3EY1A 4M41A 1HQEA 2OPQA 1TK5A 1REVA 2DFHA 4F4KA 2DFEA 1S1TA 1L3UA 4AILC 1KFDA 3OS1A 5CZ2A 3K59A 3CM6A 4Z4IA 4RG8A 3DLKA 4K8ZA 4O5BA 2E6MA 5C24A 3PUFA 4Z4CA 3KK3A 4BE1A 4ELTA 4K8XA 2KTQA 2XHBA 4J2EA 4CF8A 4OPJA 3CFPA 2Z1HA 3HJFA 2OA8A 4ZHRA 2A1SA 3AVJA 3O3GA 1XHZA 1U48A 1HYSA 3M8QA 5HRRA 5J2MA 1CXUA 4CJUA 4HCBA 2RN2A 4ELUA 3KIOA 2HMIA 3QERA 2XRIA 3WNEA 1VSMA 1DLOA 2HVHA 1HYVA 4LD0A 3K2PA 1RDBA 4CGDA 3SQ2A 3SQ0A 4OLAA 1RBRA 4DTRA 3KKRA 2KZMA 4LH5A 1TV6A 4JS4A 3SJJA 1QQCA 2LSNA 3NAEA 1Z26A 4DTXA 2RPIA 3SI6A 2BDPA 3TAMA 4FLUA 5C25A 4CHQA 4MFBA 2G8FA 1WNSA 4E7IA 3SCXA 1EXQA 1BL3A 3HL8A 3ZSXA 4OPKA 1KLNA 1SL1A 2PYJA 2BGGA 3AA5X 3NCIA 3KLHA 2VG6A 1EKEA 3ZSWA 3CM5A 4PY5A 3ZSRA 4YNQA 4M3XA 3I0RA 3ASMA 1N5YA 4W5NA 4EZ9A 3SQ1A 3L2QA 1HNVA 2GUIA 3HPHA 4AHSA 4FM2A 3BDPA 3AV9A 3RR8A 4LY7A 1Y97A 3VQDA 4CEEA 3OYEA 4FZZA 3ZSYA 2XO7A 3C95A 3LWMA 2W42A 4Z4FA 3HK2A 1SUQA 2JLEA 4H8KA 3AVLA 4KHYA 2KQ2A 2X6SA 1CLQA 1BISA 1KVBA 1NK9A 2KFZA 3DOKA 3QLHA 4Z4HA 4H4MA 4CGJA 2B5JA 2BE2A 3LZIA 4FLVA 1IKYA 2B6AA 2JGUA 3SNNA 4IKFA 1GOAA 3AVAA 4M45A 3PX0A 3SYZA 2HNDA 3HO1A 1RCHA 1D8YA 2PY5A 4M3WA 4KTQA 3K5MA 4NCBA 3ALYA 1HNIA 4CEQA 5KRSA 1VSIA 3L2VA 2OYQA 1RBVA 2IAJA 3DI6A 2ITGA 4YFUA 4C8OA 4M3UA 1FK9A 3TAPA 4FW1A 3AO4A 4H4OA 5J1EA 1NJZA 3NH1A 2G8IA 2G8WA 1T8EA 3B6PA 3C6UA 4CJPA 1UA1A 3PY8A 3L2UA 1Q9YA 3LWLA 2G8UA 1JXBA 4CESA 3S3NA 2X78A 4M3RA 4N41A 4CCHA 1DTTA 2QK9A 2HHUA 4DQRA 4PQUA 2AJQA 4EP5A 2HVIA 1ASWA 1UA0A 3VQ9A 3A2FA 3QEWA 4DS4A 4HHTA 3TAEA 2Z1GA 2P51A 3LDSA 2QXFA 1ZBLA 2IDOA 1QE1A 3WNGA 4DU3A 1GOBA 1Q8IA 3F9KA 4KV8A 3VQQA 4I9QA 4OLBA 4B08A 4HUGA 1CZ9A 1RBUA 1QTMA 1NKBA 4CJTA 3DMJA 1ITGA 3AVNA 4LH4A 3HVTA 4HVJA 3LZJA 4HUFA 4KI6A 2DFFA 3O3FA 4FK2A 3NGZA 4B9TA 1S6PA 3NH2A 2F8SA 4CJ4A 4DFMA 4FJ7A 1A5WA 1TKXA 3ULDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O1WA 4FJ5A 4NCAA 2D0AA 2D1KA 3RR7A 1IBKK 3PIPL 1B9DA 2ATQA 3MEGA 1NJWA 2FSKA 3SUOA 4YORA 1VSDA 2YX6A 4H5WA 1J5EK 3DLHA 3BZCA 4M3TA 2IC3A 1YJNN 1XC9A 3O6WA 3WEEA 3F5TA 3U9DA 5LY3A 5AQPA 3KHYA 1L3TA 2D0OA 4ZTJA 4Q0BA 4FWLA 1E3MA 2CGJA 2P9NA 3C6HA 4CECA 4B9LA 1XWLA 5DK5A 2VQFK 1TAUA 3E1YA 4M42A 1IO2A 3AVBA 3G25A 4JS5A 3TAQA 3OYJA 4W5QA 1EWQA 4A61A 3C7NA 1IKVA 5M1NA 1ASVA 4K42A 4K41A 4OO1J 3TPQA 5GAHP 4E3SA 1VSFA 4BROA 4GV3A 1LWEA 5IWAK 3J7YP 3NH0A 3NVKA 4BRIA 4DU1A 2HHQA 1DKGD 1VSHA 5AQWA 4BR4A 5KQ8A 4IOXA 4BGAA 4BR2A 3NGYA 4O55A 3FZKA 4FJGA 3QEIA 3RSEB 3C0BA 5FPDA 4C8KA 3AAPA 5AQLA 2VWBA 1YT3A 2BH1A 4AHRA 3LAKA 5BPLA 4B9QA 2QWPA 1RT1A 3FE1A 2FLOA 4Z4GA 3P83D 1K9MO 4BDPA 1JLEA 4WFAL 1YTUA 4NLCA 4WCEL 2HF3A 3JAMO 3MN7A 1U4BA 4LC9B 4PWDA 2NUBA 1QHAA 3G71N 3QEPA 4TSXA 5FPEA 2QM1A 4ILGB 3QBWA 4W5TA 3AVIA 2ITMA 5FRNA 3CJAA 1NK6A 3O8MA 2UXBK 3THWB 2UUAK 3R3LA 3I8BA 3FZMA 4JLHA 4DSJA 1VQMN 4BR0A 2JWLA 4OPHA 3EL2A 3OYIA 4DFKA 2HBKA 5AZJA 4OKEA 3SPYA 4DTUA 5CYMA 4FZYA 1VQ6N 5FROA 1NM1A 3CCQN 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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