4FZYA

Exonuclease x in complex with 12bp blunt-ended dsdna
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
167
structure length
167
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*G)-3')
total genus 48
structure length 167
sequence length 167
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzyA00
3VA3A 3ZT1A 3U3YA 3ITHA 4CJQA 4DQRA 3NH2A 3SUPA 4B9MA 1WAJA 2QKBA 1BI4B 1VSJA 3OY9A 2YV0X 3AO5A 3HL8A 4OPJA 3G0ZA 3ZCMA 4AHVA 3SCXA 3OYMA 1A5VA 4W5RA 4FLYA 1IG9A 2PYLA 1WSFA 2F8SA 4KO0A 3G10A 4I9QA 4E1NA 4MFBA 2D0AA 4Y1DA 1NOZA 4CJLA 4FJNA 1CLQA 4F3TA 2R7YA 1X9SA 1NOYA 3RMCA 3IRXA 4DQQA 1CZBA 3QETA 3K5OA 2XY6A 1RTDA 1I3AA 4C8OA 1VSHA 4EZ9A 5HRRA 1TK5A 2G8FA 4E19A 4M3ZA 4KHYA 2P5GA 3EZ5A 2OZMA 3KKRA 3CQ8A 3ALYA 3RR7A 4IKFA 3O3GA 4I2PA 4BDPA 2JGUA 3AO2A 3S9HA 1NJXA 4LY7A 3HP6A 3KK2A 4AHCA 3OYCA 2XY5A 4KTQA 3VQ8A 1IKVA 5HLFA 4TSXA 4AH9A 3NCIA 2XO7A 2OZSA 1D9DA 2EX3A 1C1AA 1Z25A 2YNFA 3OYFA 2FBXA 1KTQA 4CHPA 4KHNA 4DU1A 2PYJA 2VWKA 4CJSA 2F8TA 2KQ2A 3THVA 1LWFA 3QEIA 4B9VA 4CESA 4OGCA 1XI1A 4CEFA 1U49A 1EP4A 1LW2A 4CERA 3M8RA 1RDBA 1U4BA 3VA0A 3E01A 3LP3A 4NCAA 3SUQA 1WAFA 5I3UA 4M45A 2EHGA 3HPHA 4KTZA 5E41A 4FJMA 3L2QA 3K5MA 4KHSA 2ZQBA 1IO2A 3SUOA 1NJWA 2HHSA 4PA1A 1WLJA 1WN7A 4CFDA 2A1RA 2YNGA 2Q3SA 3AVFA 2HNDA 4DMNA 4CHYA 2QK9A 1T05A 3AVJA 1NKCA 3PX6A 3CG7A 2D0CA 5JS2A 3OYLA 4KHUA 1RTHA 3TANA 3V1QA 4QCLA 2DY4A 5CYQA 1J9AA 1Q9XA 3RTVA 3LANA 3OYDA 1C6VA 1EKEA 4OGEA 1L3VA 4E7LA 4CF1A 4F4KA 3DLKA 4DQSA 2HHQA 4DLGA 4IDKA 2D0BA 1RTIA 2ATQA 3ZSOA 3PY8A 3VQPA 4RW6A 4AHSA 4CJTA 4CHQA 5C42A 3KD1E 4FW1A 4UQGA 4ZTJA 3DLBA 3NHGA 3K59A 4Q0BA 1REVA 4FJGA 3ZT4A 4E7IA 3L2UA 4FLZA 3L3VA 4Z4CA 1ASUA 4W5TA 2BE2A 4N47A 1HYZA 1LWEA 4DU3A 4CE9A 1NK0A 4OJRA 4E3SA 1RT7A 2WONA 3DYAA 3IAYA 1S9GA 3VQ9A 1UWBA 2YHAA 2Z1GA 2G8UA 3DM2A 4DF4A 1TKXA 3AVGA 3OYHA 4M41A 3NGYA 3KIOA 3OJUA 3KK1A 5KI6A 3L8BA 4FJ9A 1DTTA 4CFAA 4ELVA 4CEZA 4FJJA 2YHBA 4CHNA 1U45A 2XRIA 3F9KA 4IG3A 3VQ6A 4CGFA 4CIEA 4YFUA 3LAKA 1EXQA 2FC0A 4ZHRA 1CZ9A 3JSMA 4CJFA 2HMIA 1C1CA 3HSTB 4FK2A 3MEDA 4FLWA 3QESA 4C8NA 3SV4A 1UOCA 2RPIA 3QIPA 4DTOA 4DS4A 4PY5A 4LH4A 3O3HA 1ZBFA 3LWMA 4DFKA 1XHXA 2HW3A 4CEEA 3K5NA 2Y1IA 3DLHA 1TL1A 4OKEA 1F21A 1HPZA 2DTUA 4M42A 4MQ3A 2ZE2A 1B9DA 1CXQA 1S1TA 1YVUA 2ITGA 3OYEA 3P1GA 3HPOA 4O0JA 3OYBA 4KI6A 4M3YA 2ETJA 4B08A 2BDPA 4O0IA 4CGIA 2XY7A 3ZSZA 2X74A 1TV6A 2E6MA 5JS1A 2NUBA 1X9MA 1D8YA 1J53A 3ZSQA 1HQUA 3HPGA 4DTJA 1NK8A 2HNYA 4FJHA 4DS5A 3CM6A 3QNNA 3AVIA 4JS5A 3H08A 3WNHA 3DLGA 1BISA 3NF6A 3RMBA 1JLBA 4Z4FA 1KCFA 5CZ1A 4CJVA 2I5JA 4B9UA 3VQ5A 1ITGA 4OKJA 2LSNA 4JLHA 1TK0A 5KRTA 4FK4A 2FBVA 1BCMA 2QXFA 1QE1A 4N5SA 2JLEA 5KGXA 1RTJA 2Y1JA 1FK9A 4CIFA 1QQCA 2BANA 4KHQA 2QKKA 4DFMA 4KREA 1GOAA 1FKOA 2RKIA 4KV8A 4CK2A 3PV8A 4Q5VA 4FVMA 1ASVA 4GMJB 1WSEA 4HUGA 1JL2A 3C6UA 4CECA 3K5LA 2X6NA 3U3GA 5SWMA 3LZJA 1DTQA 1U48A 2PZSA 2Z1IA 3MXIA 4DQIA 3I0RA 3EYZA 1IH7A 1WSJA 1RT1A 1U04A 2GBZA 1TVRA 3NF8A 5KGWA 3VQCA 1EETA 3HYFA 4CJUA 4DSJA 3RR8A 4PQUA 4OLBA 1MU2A 3NFAA 4OKKA 4CJKA 3V9UA 5EU7A 1NJYA 4Z0UA 4ELUA 5KRSA 3DI6A 4LSNA 2B5JA 3B6OA 2HHXA 3IS9A 1JLCA 4B9TA 2FBTA 3VQ4A 2KZMA 1VSEA 2OPSA 3ZSRA 4AHRA 4FM1A 1Z26A 1HYVA 1RT2A 4IFVA 3HP9A 1HRHA 4CJRA 1D5AA 3L2VA 1ZBHA 4CF0A 4FZYA 5K14A 4HCBA 2BGGA 3TAGA 4H4MA 5DK5A 5HRSA 4B9NA 4CJ3A 2HVHA 1R0AA 2VG6A 3HM9A 4OPKA 1LAWA 4BWJA 3CM5A 1RNHA 1RT5A 2G8VA 3LDSA 2PY5A 1S6PA 3ZSVA 3M8PA 4FLTA 4O5BA 2WOMA 2O4GA 4CEOA 1VSLA 3B6PA 5C24A 3C94A 1S1XA 2P51A 1EX4A 5FRMA 4Z4HA 3I8DA 1ZBLA 1W0HA 4CIGA 1VSDA 5J2QA 1FKPA 2YKNA 3O4QA 3TABA 4F8RA 4JRPA 1NK9A 4M3TA 3SJJA 2IOCA 4HTUA 1YT3A 5KTQA 5CYMA 4PWDA 1JXEA 4FJ8A 3ISNC 3SQ2A 4DTXA 3T3FA 4I9LA 4QOZB 1GOCA 5D3GA 1RBUA 1BGXT 3KJVA 3OS1A 4FJLA 2IDOA 4FM0A 2VG5A 3S3OA 4DSFA 1LW0A 2W42A 3V9XA 1B9FA 5FROA 4CJPA 4HUFA 3HVTA 4JRQA 3KKSA 4EP5A 3DOKA 1VSMA 2Z1JA 2B4JA 1NK5A 4WE1A 2XY8A 4OLAA 3SYZA 1TK8A 3NE6A 2KFNA 1N5YA 1S1WA 2XHBA 3LWLA 1NK4A 4HHTA 3SV3A 3OYAA 3OVNA 4C8MA 1Y97A 1S9EA 3LALA 5FRNA 4CF9A 4FK0A 1BI4A 3LP2A 1NK6A 4KPYA 4FLXA 3MXJA 2G8WA 2HVIA 2RF2A 4IBNA 4LH5A 1CXUA 1WNSA 3AV9A 3VQEA 2GUIA 4BE2A 1QHTA 3V4IA 3AVNA 1W9HA 3V9WA 3PUFA 2DFHA 3A2FA 1KVAA 3VQ7A 1KLMA 5T7BA 4DQPA 1VSIA 1JKHA 3CFOA 1QSSA 2D5RA 1TAQA 1RILA 1XC9A 4E7KA 1RDAA 1RBSA 3NH0A 1BCOA 1BL3A 1QSYA 3DRRA 1RBRA 4H8KA 4CK3A 4CEDA 3KK3A 3ULDA 1KFDA 4AILC 1LWCA 2KW4A 1JLAA 4CJ5A 4YNQA 1JXBA 3AA4A 3LP1A 4KFBA 4AHTA 4CEAA 1B92A 3QNOA 1SL2A 3ZT2A 4K8ZA 4GVMA 4FJ7A 4L8RB 3FFIA 1KFSA 5HP1A 4DU4A 1ZYQA 4M3WA 4KAZA 3TAFA 4NCBA 1BHLA 4RW8A 1X9WA 3ASMA 3P83D 2OA8A 2KZZA 4N41A 4B8AB 1S6QA 3QINA 1VRUA 1LV5A 4CHOA 3AVHA 2RN2A 1RDCA 4E89A 3NH1A 4N76A 4DG1A 4HVJA 4FCYA 2G8HA 1L3SA 3LZIA 2OPRA 1HYSA 4W5QA 3ZT3A 5J2NA 3HO1A 1SKRA 1N6QA 1RCHA 4CJEA 1ASWA 4W5OA 4DTPA 1L3TA 3AVAA 2E4LA 2OYQA 1J54A 2KFZA 3OS2A 2P5OA 4FJ5A 1RT4A 2AJQA 4FW2A 4QAGA 3OJSA 4BACA 4ELTA 4J2AA 3AO3A 3DLRA 1NKBA 1KLNA 1J5OA 5HBMA 1RT6A 1SL0A 3WNEA 1RT3A 2IS3A 3TAQA 3SPZA 1SV5A 4CEBA 4EZ6A 2OPPA 3NGZA 4FJIA 4RG8A 1HJRA 5CZ2A 4KTWA 4DTNA 3QLHA 4DSKA 3SNNA 3S3NA 1UA1A 4DTRA 3S3MA 4B8CA 3EY1A 4KB1A 1NJZA 1TKDA 2DFEA 3OYGA 1ZBIA 4BDYA 2Z1HA 1IKXA 1KVCA 4I2QA 3MAQA 3KLGA 3CYMA 1T7PA 1O1WA 3AA3A 5HROA 3BDPA 4DWIA 1SKWA 2A1SA 5J2PA 4CJ4A 3WNGA 4CGGA 4DLEA 3TI0A 3PO4A 4FLUA 1BIZA 2YNIA 1VK0A 4KHWA 1SKSA 1JL1A 3T19A 4FLVA 5FDLA 3V6DA 3MXMA 1HNIA 4ID5A 1NKEA 4Y1CA 1IKYA 1WSGA 4RW4A 3SQ0A 1D9FA 3NDKA 4O55A 4CHZA 1L3UA 1G15A 5DMRA 3M8SA 4EP4A 4J2BA 5I42A 3MEEA 4DF8A 2IGIA 3U6FA 1Q9YA 3L2RA 3L2WA 2HHTA 1RDDA 3T1AA 3BGRA 3TAMA 4F2SA 1S1UA 1XWLA 1GOBA 3VQAA 4BDZA 5J1EA 3TAPA 4DSIA 1UA0A 1A5XA 3QEPA 3SZ2A 4ID1A 3KTQA 3PO5A 3RRGA 2X6SA 3AVLA 1TKZA 3TWHA 1VSFA 1C0UA 1VRTA 3AO4A 4CEQA 3HK2A 4NCGA 1RBTA 3AA2A 4FJKA 4ZTFA 5CY4A 1K6YA 4NYNA 4BWMA 4ICLA 1WSHA 1SUQA 3V9SA 4JS4A 2HHVA 4CFBA 1YTUA 1BIUA 2IC3A 1FXXA 3QEXA 3RWUA 2VG7A 3ZT0A 3I0SA 3DRPA 4O4GA 1JLEA 3V1OA 4CGHA 4M3UA 4CF8A 4F2RA 3PX0A 4KB0A 3RRHA 4B9LA 4M3RA 4C8LA 2DFFA 1S1VA 4KKOA 2IAJA 4RW7A 2X78A 4K8XA 3LPTA 1QSLA 3DLEA 4F3OA 3DOLA 5HRNA 3HJFA 1RBVA 2VWJA 1I39A 2YNHA 3M8QA 4DSLA 3OYIA 1C0TA 4O44A 3LPUA 3KLHA 1NK7A 2P1JA 2O4IA 1BQMA 4Z4IA 3HXMA 3TR8A 2OPQA 4H4OA 3NAEA 4J2DA 1TKTA 3ZSXA 4CK1A 4KI4A 1WSIA 4OVLA 4FM2A 3PX4A 3AVKA 3K2PA 4HUEA 3WNFA 1TL3A 3O3FA 4B3OA 4R5PA 2E6LA 4DTMA 3AVCA 1TAUA 3KLIA 1VSKA 3VQDA 1JLGA 2HNZA 3VQQA 4RW9A 2ZD1A 3RMAA 2HHWA 3D0PA 1JLFA 3IG1A 1A5WA 4CFCA 4N56A 4KRFA 1C1BA 2HHUA 2YKMA 3DMJA 2G8IA 3HT3A 3QERA 1HMVA 3OYJA 4HCCA 1XHZA 4C8KA 4DFPA 3JYTA 3AVMA 4E7HA 4DTSA 4FJXA 3LP0A 4XIUA 3HVRA 4CGDA 4DFJA 1IKWA 2F96A 3RMDA 1Q8IA 4CJWA 3QO9A 3NF9A 4FYDA 3TARA 4J2EA 3OS0A 1HQEA 3VN5A 1KRPA 3NGIA 4Z4GA 4E7JA 4LD0A 3ZSWA 3K57A 1T03A 3KLFA 3V9ZA 4FZXC 3CFPA 3VQBA 3C6TA 1C0MA 4DTUA 1SL1A 4AHUA 2G8KA 4E1MA 3NF7A 5J2MA 4GW6A 1T8EA 3O4NA 5SZTA 3QEVA 3SQ1A 4M3XA 5C25A 1QTMA 1S5JA 3P5JA 4IG0A 5HRPA 4BE1A 3KLEA 1U47A 3NBPA 1X1PA 4LSLA 3QEWA 3SPYA 3C95A 4I7FA 1HNVA 3CFRA 2B6AA 1TGOA 3V1RA 2GV9A 3F73A 1UAXA 4BE0A 4PUOA 1YTAA 3AVBA 3MECA 4DSEA 4Z4EA 3UIQA 3QIOA 3D45A 2FBYA 4CCHA 3DRSA 3SUNA 4CGJA 3KD5E 3LAMA 3SQ4A 3SI6A 1DLOA 1QS4A 4NYFA 3V81A 1KSPA 3AA5X 4FXDA 3AO1A 3K58A 3OYKA 4FZZA 3ZSYA 1KVBA 3TAEA 4B9SA 4G1QA 2KTQA 1L5UA 1BQNA 3L3UA 1JLQA 2HB5A 4IFYA 4CF2A 4W5NA 3MEGA 3OYNA 1LAVA 1ZBUA 4E0DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ATRA 1WAJA 1BI4B 3CCQN 2DPNA 2YV0X 3AO5A 3OY9A 5FPDA 4W5RA 4XH5A 4KO0A 5AQQA 4I9QA 1ATSA 3EL2A 4FJNA 2ZWHA 4B3SK 1KAYA 3AY9A 4C8OA 1I3AA 1VSHA 2PBDA 3O08A 4X64K 1TK5A 2G8FA 1YUWA 2HBMA 1WBBA 2P5GA 1K8AO 2OZMA 3ALYA 4B1XB 4BC5A 1NJXA 4LY7A 1V4TA 3VEXA 3KK2A 4AHCA 3CJ1A 5BR8K 3VQ8A 1Y64A 4AH9A 1BA0A 1Q81O 1Z25A 2YNFA 1KTQA 1BWFO 3AGKA 2PYJA 4DV1K 5AQHA 2F8TA 2UUBK 3QEIA 4CESA 3CCUN 4CEFA 1LW2A 3E01A 3LP3A 4JKCA 1WAFA 5I3UA 5E41A 3SMPA 4FJMA 3L2QA 1VQNN 2ZQBA 1IO2A 3SUOA 4CBXA 2HNDA 4DMNA 2GEMA 2UUAK 2QK9A 3R3LA 1NKCA 2O8BB 3PX6A 2PFUA 4DV7K 1VQMN 3TANA 5LJWA 3V1QA 1BDGA 3LANA 2UXBK 1EKEA 4CF1A 4F4KA 1K9MO 2P9UB 2FSKA 4K0KK 2ATQA 4M63C 5TKYA 3H6EA 5JLFA 4CHQA 4RCHA 4JK9A 2D4WA 1FW6A 3J7YP 3ZT4A 3VEOA 3L2UA 3DXMA 4LFAK 1MA9B 3GOIA 2WC9A 2WONA 3JAMO 1S9GA 3VQ9A 2YX6A 2P9NB 2Z1GA 2G8UA 3D2EB 3U4LA 4JI2K 3QDKA 3WQUA 4CEZA 5KPTA 4JI1K 4IDHA 4YFUA 3LAKA 2FC0A 4ZHRA 1CZ9A 1GLFO 1T6DA 4JKGB 4CJFA 4FK2A 2GUPA 3HSTB 3WXMB 2RPIA 5LMUK 4DS4A 4PY5A 4DFKA 3LWMA 2J4RA 3KVGA 3NVKA 4JEPA 4H5WA 1BA1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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