4FZYA

Exonuclease x in complex with 12bp blunt-ended dsdna
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
167
structure length
167
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*G)-3')
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 167
sequence length 167
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzyA00
4ZHRA 4IBNA 4Q5VA 2WOMA 4RW6A 3T1AA 3QO9A 1LWEA 1VRUA 1KCFA 3KK1A 5EU7A 3RRHA 4KHUA 2IDOA 4O55A 3DRRA 3NGZA 1KRPA 1YVUA 2FBYA 4Z0UA 3OS1A 2DTUA 4I7FA 1QSSA 1GOBA 4F8RA 5KRSA 2KFNA 1WAFA 3M8PA 3NH0A 2G8HA 1LV5A 1C1CA 3NFAA 1NOZA 2ATQA 1D5AA 2E6MA 2IGIA 4LY7A 5E41A 1WSHA 2YHAA 3QNOA 4DFKA 2B6AA 2ETJA 3QEXA 5I42A 3O3HA 3LWMA 1K6YA 3NHGA 1U04A 3G0ZA 2P5GA 1QQCA 4DTMA 1TGOA 3OYHA 4E7KA 1L3TA 4GMJB 4HUEA 5HLFA 4CGJA 4JS4A 5HBMA 4KI6A 2Q3SA 2QKKA 1J53A 4ID1A 3JSMA 1ZBLA 1U49A 4HCCA 5JS2A 1S6QA 4J2BA 3AVJA 3RMCA 1U4BA 3OY9A 3TR8A 1T05A 2KQ2A 5HRNA 3SV4A 4CJLA 1IH7A 4HVJA 2BDPA 4KTQA 1D8YA 1EETA 2XY5A 2G8WA 4KO0A 1G15A 4KAZA 1FXXA 1VSHA 1QHTA 3VQQA 1TL3A 4LSNA 3U3YA 3LPTA 3OYBA 4FYDA 4FJXA 1WLJA 2YHBA 1F21A 1VSKA 5KGWA 3I8DA 1BI4B 2FBVA 3LAKA 4PA1A 3ZT1A 1BL3A 4AHRA 5DK5A 3TAMA 4DF4A 3MECA 5JS1A 3A2FA 1NK5A 1IKWA 5K14A 1NK6A 1VSMA 3U3GA 1QTMA 3IAYA 4CJQA 4ELUA 1A5VA 1JXBA 3V9ZA 2G8IA 1MU2A 1RTHA 3M8RA 4M42A 1KVBA 1N6QA 4QOZB 3L3UA 4BACA 4DFMA 3VQAA 1TAQA 1BCOA 1UA0A 2DFEA 2ITGA 3PX0A 5C25A 1VSJA 3NGIA 3DI6A 3ZSXA 1FKPA 2HNZA 4CJKA 3I0RA 3QERA 1JLEA 2O4IA 1JXEA 4W5QA 4DF8A 3MEDA 1EX4A 4CHNA 1S5JA 1WNSA 2QXFA 4E7IA 4B3OA 1XHZA 1RBVA 3AO1A 4FCYA 3C94A 4CE9A 3LANA 1ASWA 3E01A 4I9LA 4PUOA 3OJUA 3OVNA 4H4OA 4CEFA 4ID5A 4E7HA 3VQ4A 5SWMA 4CEDA 1SL0A 3RR7A 1N5YA 4W5NA 3SQ2A 3F73A 4B9NA 4W5TA 3MEGA 3WNFA 2OYQA 1TVRA 4FJIA 4F3TA 1KFDA 3AVLA 1UWBA 3NF6A 4CFCA 4KHWA 4FLZA 2EHGA 3ISNC 4DU4A 4FLWA 1T03A 1GOCA 2F8SA 2XHBA 4FJ7A 3NDKA 3OYEA 4IG0A 2D5RA 2EX3A 4FJ9A 1T7PA 3L2UA 3OYIA 2G8UA 1JL2A 1NK9A 4KI4A 2AJQA 3AVBA 1S1XA 3VQPA 1NKEA 2HHUA 3V9WA 4KHSA 1TKTA 2OZSA 3IS9A 3LP0A 4MFBA 4DU1A 2HHQA 4E0DA 3RWUA 4Z4GA 1RT4A 1IKVA 1CZ9A 1WN7A 1X1PA 2G8VA 3B6PA 2X6NA 3VQ9A 1KSPA 1BIUA 2LSNA 5KRTA 5KTQA 2PYJA 4RW9A 3AVKA 3LPUA 3TAGA 4Q0BA 4N76A 3EY1A 2G8FA 1UOCA 3VA3A 3KLGA 3DLBA 3V81A 3KD5E 4FJHA 4K8ZA 4CJSA 4G1QA 2OPSA 4KV8A 3K5OA 3RTVA 3NE6A 4I2PA 1RDAA 3SZ2A 4DTUA 3ZT3A 4DTOA 2YNGA 4O5BA 3QEVA 3TANA 3OYAA 3T19A 1RTIA 3HP6A 2VG7A 4HHTA 3LALA 2BE2A 2ZE2A 4DFPA 3HYFA 5C24A 2PY5A 1Z25A 4C8OA 4BWMA 4O0IA 1KLNA 4B9VA 4F2RA 3IG1A 4FM2A 3VQ7A 1RT6A 5DMRA 3V9SA 1SKRA 3V6DA 4OKJA 3MEEA 2FC0A 3OYFA 4DTRA 4QAGA 2XY6A 3LP3A 3VQBA 3SUPA 2A1SA 4CERA 1HQUA 4CJFA 3PX6A 4M45A 4CEOA 2HHTA 1YTUA 4KHQA 4FLYA 3TAEA 1JKHA 1QS4A 3EYZA 2RPIA 4E7LA 2A1RA 1Q8IA 3DMJA 2E4LA 1BQMA 3KTQA 4DQIA 4CK1A 4NCAA 1TAUA 4O0JA 4R5PA 3RRGA 1LAVA 4FK4A 3WNHA 3M8QA 5CY4A 2HW3A 4B8AB 4BDYA 2XY8A 3ASMA 2B5JA 3NF8A 2R7YA 2PZSA 4N41A 4DQRA 2X78A 2BGGA 1SUQA 4CEAA 4CIGA 3QESA 2KFZA 4RW4A 4WE1A 1QSYA 2HVIA 1ZYQA 3L2QA 3S3NA 4FZXC 1WSEA 1U48A 4M3UA 1IKXA 4BDZA 1NK7A 1BQNA 1S1WA 4CEBA 1S6PA 3G10A 1L3UA 3NF9A 4CJ3A 4DS4A 3V4IA 3NH1A 2HMIA 3RMBA 3AVAA 3NCIA 3AVIA 4B9UA 3THVA 4GW6A 2HHVA 2BANA 2KW4A 4KKOA 3VQ5A 3HPOA 4HUFA 1NOYA 4LH5A 3SQ4A 4CHYA 3SPZA 4CGHA 1RDCA 3HVTA 3BDPA 3QEIA 1I3AA 3TAFA 3O4NA 4NYFA 3ZSZA 3D45A 3DOKA 1RBUA 3WNEA 3TI0A 2QK9A 1S1UA 3BGRA 1D9DA 3D0PA 4CJWA 1L5UA 4C8KA 1XHXA 2YNIA 2YV0X 3AVCA 4L8RB 2HVHA 4OJRA 4CF1A 4H4MA 1ZBUA 3VQDA 5J1EA 3HPGA 3CG7A 3DRSA 4GVMA 3ZT0A 4QCLA 4KFBA 1VSIA 4B8CA 4Z4CA 4DTXA 2ZQBA 1X9WA 3SI6A 1CLQA 1BISA 3OYMA 4KHNA 2XY7A 2GV9A 3H08A 1FK9A 3DLHA 3V1OA 1NJYA 2YNHA 4CJVA 3LDSA 3KLEA 4EP5A 4DU3A 2KZMA 1DTTA 4HTUA 4CEQA 3NAEA 3F9KA 4ZTFA 4NYNA 4Y1CA 4FLTA 3KLIA 3K57A 4DTPA 5FRNA 4PWDA 1SV5A 3HM9A 3K58A 3DYAA 1L3SA 1VRTA 3AO5A 2YKMA 3VQ6A 2X74A 3KIOA 1I39A 4RG8A 4CF2A 1CXQA 1KLMA 3TAPA 2D0AA 4CFDA 4CHQA 1RTJA 2OPRA 4DLGA 4CK3A 1XC9A 2VWKA 2QKBA 4KB1A 4M3XA 3QEPA 1RNHA 4FJLA 4CJ4A 3OJSA 3PV8A 2HHXA 1VSFA 2YNFA 1BI4A 4FJ8A 2W42A 3HJFA 5HROA 3ZSYA 4FVMA 2OPQA 4DSLA 4DG1A 2KZZA 1RT2A 4J2DA 3NGYA 4JRPA 4OLBA 3LAMA 4AHUA 2XO7A 3C95A 3LP2A 4CGFA 5J2QA 1TK5A 4DSKA 4BE1A 2F8TA 4CGGA 3V9UA 4AHTA 1JLCA 4J2AA 1CXUA 3L2RA 4M3TA 1HYSA 3HO1A 3AVMA 1HRHA 4CJPA 4FJGA 4FXDA 5HRRA 1YT3A 2DFHA 2VG5A 3ULDA 3S3OA 1Q9YA 4W5RA 1VSLA 4CFBA 3ZSOA 3I0SA 4FLVA 4O4GA 4HCBA 3OYCA 1IO2A 3AV9A 1ASUA 3WNGA 3ZSWA 1FKOA 3K5LA 2IC3A 4LH4A 1B9DA 3SJJA 3PY8A 4O44A 3ZSVA 4KB0A 3SQ0A 4IKFA 4CHPA 4IFYA 4E7JA 4DTNA 1A5XA 3SPYA 2OA8A 3V1QA 4DMNA 4FZZA 1RILA 1RBTA 4OVLA 4CHZA 4K8XA 4YFUA 3NF7A 5SZTA 4B9LA 5FRMA 1LWCA 4IFVA 1WSGA 4F2SA 3KLHA 1LAWA 1RTDA 3VQEA 1SKWA 3QLHA 3M8SA 1IKYA 3RMAA 4BWJA 3ZSRA 4B9MA 1TL1A 3L2WA 3DLKA 2HHSA 4AILC 3B6OA 4FM1A 1C1BA 3UIQA 3ITHA 2D0BA 3V1RA 1RCHA 3LZJA 3K59A 1C6VA 1RT1A 3CFOA 4CHOA 1RT5A 5CZ1A 3P83D 3KLFA 3KKRA 4KPYA 3K2PA 1HJRA 1NJZA 1TK0A 1TK8A 1NKCA 3AO2A 3AVNA 3OYKA 4YNQA 2HB5A 4DS5A 5HRSA 3K5MA 2I5JA 4OKKA 4M3RA 1HPZA 1BHLA 1Q9XA 3OYLA 3FFIA 1SL1A 3SV3A 4AHCA 1W9HA 1NK8A 3O4QA 4CFAA 3TABA 3K5NA 2E6LA 5HP1A 1TKDA 4KREA 1B9FA 4FJJA 3OS0A 5FDLA 4RW8A 4RW7A 4N5SA 3OS2A 1KTQA 5J2PA 2RF2A 1BCMA 3RR8A 4FM0A 3AA2A 1DLOA 2P5OA 1HNVA 3S3MA 1NKBA 4CJUA 1L3VA 1CZBA 1O1WA 2Z1GA 1TKZA 4E1MA 4N56A 1C0UA 2JGUA 1WSFA 1YTAA 3AVHA 4XIUA 1NK4A 1C0MA 3HT3A 5J2MA 2FBTA 1RBRA 4FJ5A 2P1JA 3DLRA 4PY5A 1HYVA 1Y97A 4OGCA 5CYMA 3EZ5A 3AO3A 2GBZA 3SQ1A 1ZBIA 3LWLA 1JLFA 3QEWA 3HL8A 1RDDA 1J5OA 1IG9A 3OYGA 4PQUA 2FBXA 3PO5A 3AA3A 4OGEA 3SUOA 4EZ9A 1KVCA 4DSIA 4F3OA 1REVA 2X6SA 4MQ3A 3ALYA 3T3FA 2B4JA 2HNDA 4W5OA 4CESA 4FK2A 3QIPA 3O3GA 4M41A 1RBSA 4Z4IA 4I9QA 4M3WA 4DSEA 1NK0A 3AO4A 3HP9A 3AVFA 2IS3A 3AA5X 1WAJA 2OPPA 4FW2A 4KTZA 2XRIA 5D3GA 3SNNA 1LW2A 4CEEA 3MXIA 1UAXA 3CM5A 3C6UA 4AHVA 3AA4A 5C42A 4HUGA 4FLUA 4CECA 1X9SA 3LZIA 1EP4A 1B92A 1WSJA 3QETA 2GUIA 3SUNA 5FROA 3IRXA 1C0TA 1J9AA 1JLAA 1JL1A 2G8KA 2PYLA 4JS5A 4OKEA 4C8NA 3KK2A 1KVAA 1QSLA 3L8BA 1GOAA 1QE1A 3KD1E 1HMVA 3ZCMA 4FK0A 1DTQA 4B08A 4CGDA 3PO4A 2NUBA 3SYZA 1S1TA 4DTSA 4ELTA 4M3YA 1VK0A 1ZBFA 1HNIA 3PUFA 3OYJA 1SL2A 1TV6A 4DTJA 3NH2A 3PX4A 3SUQA 5I3UA 1XI1A 1U45A 1R0AA 1HYZA 2IOCA 2Z1IA 4DSJA 5KGXA 4DWIA 4F4KA 3AVGA 2Z1JA 4CGIA 3LP1A 3HVRA 4CCHA 1RDBA 4FW1A 4AHSA 2DFFA 2YKNA 3HPHA 3OYNA 3VA0A 1UA1A 1U47A 4EZ6A 4KTWA 4OPJA 3O3FA 3CFPA 3QINA 4DQSA 1S9EA 2DY4A 3DLEA 3V9XA 1EXQA 2JLEA 4J2EA 3U6FA 1D9FA 2VWJA 3ZT4A 4CK2A 3MXMA 4FLXA 3ZT2A 5HRPA 3KKSA 4M3ZA 3VQCA 4ZTJA 1TKXA 3C6TA 4I2QA 4CF0A 4E3SA 3QNNA 1A5WA 4FZYA 4NCGA 3JYTA 4Z4EA 3HK2A 2IAJA 2WONA 3P5JA 4AH9A 5CYQA 2Y1JA 2HNYA 3MAQA 3DRPA 4NCBA 3MXJA 4CJTA 3TWHA 2Z1HA 2OZMA 1RT7A 4E89A 4Z4FA 4DSFA 1ASVA 1S1VA 3CYMA 4CEZA 4CJEA 2D0CA 4OLAA 1BIZA 3QIOA 3SCXA 3P1GA 3CFRA 5KI6A 4B9TA 3ZSQA 3S9HA 4H8KA 4FJMA 4LSLA 4KRFA 4DQQA 4CIFA 1ITGA 2O4GA 2RN2A 2HHWA 4IG3A 2P51A 4E1NA 3L2VA 4CF8A 3TARA 1NJXA 4BDPA 1C1AA 1S9GA 3KK3A 1LWFA 4BE2A 1HQEA 1JLBA 3DM2A 4N47A 5CZ2A 5J2NA 1SKSA 4TSXA 4ELVA 3RMDA 4FJKA 1RT3A 3NBPA 4IDKA 1NJWA 2KTQA 3DOLA 1J54A 4BE0A 1BGXT 1EKEA 1WSIA 3DLGA 4Y1DA 4CIEA 4B9SA 3HXMA 3TAQA 4DLEA 2VG6A 1LW0A 1JLQA 1Z26A 3L3VA 4CJRA 1T8EA 4FJNA 4JLHA 4DFJA 4OPKA 2RKIA 4Z4HA 1VSDA 4LD0A 2F96A 4CJ5A 4C8LA 3HSTB 2ZD1A 3OYDA 1VSEA 1ZBHA 4ICLA 1W0HA 1X9MA 3VN5A 4C8MA 4DQPA 4CF9A 4UQGA 1JLGA 4KHYA 3KJVA 1XWLA 3CM6A 4E19A 4EP4A 3CQ8A 5T7BA 3VQ8A 1KFSA 2Y1IA 4JRQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZHRA 3T1AA 3KK1A 1LWEA 5F2RA 5EU7A 3R6MA 3SAHA 1KRPA 2FBYA 3O8MA 4ISFA 3OS1A 4IO9L 3BZCA 3I8BA 4M7YA 4BVPA 2IGIA 1D5AA 4LY7A 4DFKA 2YHAA 3QNOA 2B6AA 5I42A 4DR6K 4B3RK 4DTMA 5BPLA 1L3TA 3MX5A 5HBMA 4KI6A 3VTHA 5LMNK 1S6QA 3AVJA 1U4BA 5HL7L 5HRNA 4CJLA 4KTQA 2NLXA 3CCUN 1TL3A 4LSNA 4BRCA 2IVPA 3FLCO 4FJXA 4CVNE 3LM2A 5KGWA 5AQZA 3I8DA 3LAKA 4PA1A 3ZT1A 3VF4A 5EX5A 3TAMA 1NK5A 1QTMA 3IAYA 1NK6A 4ELUA 1OVYA 1JXBA 2O8CA 1TYQA 3TSUA 1TAQA 3BF3A 3NGIA 3HM8A 2HNZA 4KBOA 4LFBK 4W5QA 2PAVA 3H1QA 1EX4A 1S5JA 1WNSA 4OPAA 1XHZA 1RBVA 3MDQA 3AO1A 4CE9A 3A5NC 1KXPA 4CEFA 3VQ4A 4W5NA 3ENOA 4GY2B 4C1NI 3RSEB 1SZ2A 3AVLA 1UWBA 3ISNC 2O8FA 4FLWA 1T03A 5LJVA 1YF5L 2XHBA 1RGIA 4IWVA 3HBTA 4JK9A 1S1XA 3V9WA 4DU1A 3ZETA 4Z4GA 3AGKA 1IKVA 4RCHA 2X6NA 4IOAL 1KSPA 2ZGYA 4RW9A 3LPUA 1UOCA 2OPSA 1U6ZA 3NE6A 4IJAA 1RTIA 3HP6A 2VG7A 2BE2A 4DFPA 3HTVA 2PY5A 4B9VA 2HSTA 1MDUB 2XY6A 2ZJQL 3SUPA 2A1SA 1HQUA 4CJFA 4KHQA 3KTQA 4NCAA 4DQIA 4CK1A 4ISGA 4JK8A 3RRGA 4R5PA 2VGMA 1LAVA 4ISEA 4FK4A 5C0YA 2HW3A 4BDYA 2B5JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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