4FWQA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gtp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Propionate kinase
total genus 135
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA02
3VEZA 3HM8A 3QBXA 1EQYA 5BRFA 2D1KA 5AQYA 4GY2B 4BR0A 4BG8A 3W3DA 5BPLA 5LJVA 3H1VX 4JHDA 3JXUA 2IIRA 2AP1A 2HF4A 4K42A 1T44A 4BRCA 2BUPA 2IVNA 4H03B 2YJFA 5AQXA 2P9KB 2QM1A 2OANA 3L0QA 2P9LA 3CJ7A 3H3NO 2CH6A 1SZ2A 5ELZA 1BG3A 3LL3A 1GLCG 4MO5A 2CGKA 1HUXA 2FSKA 4FWLA 3M1FA 4RTFD 5AQSA 3WXJA 3BUZB 3KVGA 3FGUA 1Q18A 1BWFO 2V51B 2Q0UA 2A42A 2GTDA 4B1ZA 1GLLO 3FLCO 3U9ZA 2YCHA 1YUWA 1KAYA 1GLJO 4NB4A 4BRMA 3HI0A 4BR2A 2WUSA 2ASMA 4FWKA 1HKGA 4Y0WA 5AQWA 1NM1A 5AQPA 3H3OB 4JD2B 3F9MA 3KZBA 2QWMA 2W41A 4BC2A 4YDUC 5AQMA 4AM6A 3VPZA 4RWTA 4H5TA 3MCPA 3AY9A 3CJCA 4B9QA 4IZ9A 3FFKB 3U9DA 4BVPA 3KHYA 2GEMA 3EN9A 2ITMA 3M6GA 4CD1A 1MWKA 4FOIA 3VEVA 2A5XA 2H3GX 1HPMA 3C7NA 3CIPA 5KQDA 3ENOA 3CHWA 1NGIA 3D2EB 3ULEB 2IVOA 3IUCA 5AR0A 3U8XA 4M7XA 4BRHA 4DHYA 2GWJA 2HF3A 1Z05A 4PKIA 1U2VA 3BP8A 2AA4A 2GELA 4EFHA 4CBWA 2F9WA 2P9PA 2Q36A 1QQNA 5AZJA 3D2FB 3G25A 3HSCA 5AQRA 3VF2A 3EO3A 5AFUA 5AQLA 2YI1A 3LDNA 3ATUA 5AQKA 4FWNA 4QS7A 1QQOA 2E1YA 2Q1NA 3LDQA 4BRFA 4IO8A 2HOEA 1E4FT 2YHXA 4FWSA 3MN6A 2I7NA 4ISGA 4BC4A 2FLOA 5AQQA 2ASPA 5FPEA 2VYPA 4H0OA 3FZLA 1J6ZA 4FPAA 2CGLA 3MK6A 4CZKA 4BVOA 1DGKN 1P8ZA 3FZHA 2FSJA 3RSEA 3CI5A 3VERA 3ATVA 5JMVA 4CJ7A 4B1VA 1V4TA 1XC3A 3L4IA 4BRGA 1NGFA 5EY4A 3AAPA 3B8AX 4KBOA 1JCEA 1G99A 1MA9B 3UKUA 4PKHA 1IG8A 1WUAA 2NLXA 4F9OA 2FF6A 1HX1A 2ZGZA 3FZFA 4CBXA 3M3ZA 2D4WA 1NMDA 3WT0A 3ZEUB 3I33A 3R6MA 2D0PA 1DKGD 3VF4A 4M7YA 2KHOA 4CZHA 5F0XA 4WQ4A 1X3MA 2YHYA 3CJBA 3H6EA 3CETA 1OKJA 5I9EB 1IJJA 3VF6A 3A5OC 1S3XA 1RFQA 4XEIA 4FSVA 1T6CA 1HJOA 4FPBA 3UKRA 2E1ZA 5FPDA 3SJHA 3VEXA 5BN9A 4FO0A 3GL1A 4BR9A 4ISFA 4JHDB 5AQHA 3GE1A 3FE1A 5FPMA 3LDOA 2QXLA 3VEOA 1LCUA 4FWQA 1BDGA 2P9NA 3GG4A 2E20A 4CZJA 3A5LC 3WXLA 5E84A 3QFPA 3AAQA 2QWPA 3A0IX 5TKYA 3VGMA 3AARA 4HWIA 5F2RA 4EIAA 1JCFA 1KAXA 2F9TA 1HKBA 2GWKA 4RCHA 3L6QA 2GUPA 5AQVA 1YXQA 3A8YA 5LY3A 5AQNA 3MN5A 3D7EO 5AQTA 1NGAA 5ADXH 3GBTA 3ZETA 1NLVA 5EVZA 3VENA 4B1XB 3DXKA 2ZWHA 1BU6O 4XH4A 2P9UA 1BUPA 1K8KA 4O8KA 1DEJA 1QZ5A 3DAWA 4CI6A 1QHAA 3EL2A 3O8MA 2QW9A 3GOIA 5F1XA 4H5WA 3P4IA 4MLEA 2QWLA 2E2NA 3H1QA 1NGJA 2V7ZA 4GNIA 2YJEA 5AQJA 5CE3A 3IFRA 3C0BA 3OHRA 5B8HA 4QS8A 2FXUA 3DXMA 1ATRA 3CJ9A 2UYTA 5AZIB 4EHTA 1LOTB 3C7NB 4A2BA 1X3NA 3SMPA 3MN7A 3VGKA 5BRHA 1D4XA 1RDWX 1Y64A 2ZGYA 4LC9B 4A62A 1GLFO 3S41A 1KAZA 1NGCA 1U2VB 4O5FA 3BEXA 3SMSA 5JLHA 3DJCA 3QDKA 1NGDA 3CJAA 4CD3A 1QQMA 1ZBSA 2FSNA 2P9PB 3VGLA 4B1YB 5BPMA 2HMPA 2A41A 4WQ4C 1C0FA 3R8EA 2FF3B 2VWBA 3FZMA 4M63C 3UB5A 2P9IA 4CZFA 3WEEB 3A5MC 3I8BA 4BRPA 1BA1A 3O5BA 4MLHA 5AQUA 3HBTA 3O08A 2DPNA 1YVNA 2QWQA 3VETA 4BQLA 2A3ZA 4B1WB 3EKUA 4BREA 5AFUH 4IXCA 4H0YB 3WQUA 4EHUA 4L3QA 4K25A 4AM7A 1TYQA 1XQSC 1NWKA 1X9JA 4I6MA 4BC3A 4FL9A 3RSEB 4CZEA 4WQ5A 1E4GT 4BRNA 2P9SA 1JCGA 4FOEA 4IJNA 4IWVA 3WXKA 3HZ6A 3VESA 2Q0RA 3BF1A 4PL8A 4Z94A 2E8AA 4H5RA 1T6DA 1MWMA 4H0VB 1R59O 4JNEA 3UKUB 4A2AA 1ATNA 3WEEA 4BQZA 2CH5A 4DB3A 2EWSA 2V52B 4CZGA 3BF3A 1SQKA 4JAXA 4H0PA 1TUYA 4QS9A 4DQ8A 1CZAN 3H45C 4K41A 2QWOA 2E2QA 4BR4A 3QBWA 1BO5O 2A40A 3VEYA 3U4LA 4DCHA 1GLBG 1MDUB 4H5VA 5AQOA 4H0XB 1C0GA 1U6ZA 1NGEA 3UKRB 4BGBA 5BN8A 5BR9A 2PAVA 2E88A 4BR5A 2PBDA 3HTVA 1ESVA 4BRLA 5JICA 1GLAG 2V7YA 2QWNA 4CZMA 3WXIA 2Q97A 4MO4A 4BROA 5AQIA 3O1BA 2P9KA 4E1JA 4BC5A 2P9LB 2Q2RA 4C23A 3DWLA 1ZXOA 2CGJA 2P9NB 2Q31A 3J8AA 4FWOA 4HTLA 1WOQA 1QZ6A 3TPQA 3O1WA 5ADXA 3O80A 3UE5A 1TUUA 4IJAA 1SAZA 3FR0A 3IMXA 5E26A 3EZWA 2QWRA 3WQTA 5AQFA 3VEWA 4BRIA 5EOYA 3ZETB 1GLDG 4BRKA 4JD2A 1NGBA 3ZX3A 3CJ1A 3DXKB 1HLUA 2P9UB 5KQ8A 3A5NC 5AQGA 1K8KB 2NRHA 4CZIA 5KPRA 2BTFA 3LM9A 3H46O 4PKGA 1YAGA 1BOTO 4CZLA 3JS6A 1HKCA 4K43A 3ZX2A 2ASOA 2I7PA 3ENHA 1RGIA 2IVPA 3D2EA 3ULEA 3CERA 4WQ5C 3ID8A 3TU5A 3ZX0A 5KPTA 4EAHD 3DXMB 2D0OA 5AZIA 3MDQA 2ZF5O 3O4WA 4B1UB 5EX5A 2NZTA 4H5NA 3FZKA 5JLFA 4ISEA 4BRDA 3D2FA 2A6AA 5AZJB 2W40A 3QMLA 2E2OA 3MN9A 3R9PA 3VOVA 5LJWA 2E2PA 4WYBA 5FPNA 3SLCA 1NBWA 3LDLA 1XUPO 4FWPA 3SK3A 3LM2A 2VCPA 3QICA 4NO7A 1BA0A 4H0TB 3QFUA 1NGGA 4YDUA 3LDPA 5KPZA 3MMVA 2P9IB 1NGHA 3CQYA 4XH5A 1Z6RA 1ZC6A 4PL7A 1GLEG 2J4RA 4BG9A 4A61A 5EXWA 5AQZA 3EKSA 5BRDA 4FWRA 2YHWA 4FWMA 1TYQB 3QB0A 4I6MB 4JN4A 1ATSA 3IDHA 1S22A 2P9SB 5BPNA 5BREA 3WUHA 3ZEUA 3CQXA 4BRQA 4BRAA 4XH1A 4J8FA 4BGAA 4CBUA 3W0LA 3GDQA 3O6WA 1V4SA 1H1VA 4BR7A 1KXPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EQYA 1WSIA 3UIQA 3VQCA 1JLEA 3AO5A 3N4QA 1T8EA 5AQYA 2X6SA 1SL1A 3SQ4A 4M3XA 3EEQA 5BPLA 3ZCMA 1QQCA 3H1VX 5LJVA 4CIFA 4M3YA 2O4GA 4E0DA 3JXUA 4BWJA 4Y1CA 4BDPA 3OJSA 3QINA 3HT3A 4IEEA 4B3SK 4BRCA 2W6LA 3LP0A 3SCXA 1WNSA 4U7BA 3E9PA 1RBRA 2DFFA 1VQ9N 1KFSA 4JI8K 2P9KB 4JI2K 2QM1A 3CJ7A 2CH6A 3TSQA 1IV0A 1BG3A 3LL3A 1GLCG 2FSKA 4HVJA 3M1FA 4RTFD 4YOUA 4DV7K 3K5LA 4BACA 1Q18A 4KHUA 3ALYA 3F5TA 4B1ZA 2YCHA 4NB4A 3SAHA 3VQQA 3HI0A 4BR2A 1U4BA 4DG1A 3PUFA 5LMUK 3NMUA 4HHTA 2ASMA 1WB9A 2EHGA 3AGKA 1NK4A 2QWMA 4AM6A 4N41A 5J2QA 4Z4IA 3MCPA 5JS1A 4B9MA 4PHTX 3FFKB 4FZZA 1ZBIA 4KV8A 3HJFA 2ETJA 4Z4HA 3KHYA 5GINA 3M6GA 5IT9O 1MWKA 4FOIA 4I2PA 3VEVA 2A5XA 2H3GX 3S3OA 2YKNA 2FBXA 3CIPA 2ZM6K 5KQDA 3ULEB 1QSSA 3DLGA 2BH1A 3IG1A 3U8XA 3C6TA 3IUCA 4DS4A 3V1QA 1VQMN 3AVKA 4K8XA 1SKSA 4PY5A 5HLFA 2GELA 3ENBA 3NH0A 3E9LA 4JKEA 4CESA 1YTUA 2DTUA 1CZ9A 3JSMA 1VQNN 4FJ7A 4Q0BA 4CHZA 4BRFA 3OYLA 2HOEA 1E4FT 2I7NA 2ASPA 1KC8O 1J6ZA 1GOAA 4FM1A 4LF8K 1TAUA 3MK6A 4ELUA 1HQUA 2FSJA 3CI5A 4DV2K 3VERA 1B92A 3QLHA 3AVBA 1NK9A 4FLZA 2Q3SA 3L8BA 3MXMA 3AAPA 4KHPK 1BISA 3UKUA 4PKHA 3SBTA 4N47A 4F9OA 1HX1A 3OW2M 3DMJA 3PIPL 4LH5A 4DFPA 3IAYA 3AV9A 3ZEUB 3K5OA 3R6MA 3LAMA 2G8FA 2HBMA 2WOMA 4CIGA 4FK4A 1BGXT 2KHOA 3DLBA 1ASUA 1X3MA 1YITN 3SUQA 4IBNA 3UKRA 3I0SA 2RHKA 3LPUA 3SJHA 2UXBK 4FO0A 3RMAA 4BR9A 4C1NI 2Y1IA 2YHAA 3TSPA 3O3GA 3FE1A 3VQ5A 3OYKA 1I94K 3C6AA 5K14A 1TL3A 4DV5K 4CGGA 1I3AA 5M1NA 3AVAA 2FBYA 1JLBA 4CZJA 1IKXA 1UWBA 2F7TA 3WXLA 3QFPA 2QWPA 4CHPA 3VGMA 3KK3A 5HRSA 4WCEL 2IGIA 5GIOA 3I56N 4AHTA 3PX0A 3DLRA 5CYQA 5AQNA 4CF2A 3MN5A 5CZ1A 1NGAA 4U67L 2G8UA 2DY4A 3K58A 4X64K 4FJIA 3HPGA 3DXKA 2ZWHA 3K9KA 4OX9K 4XH4A 2P9UA 2O8DB 1EX4A 3TSUA 1DEJA 4CI6A 1VSKA 3D6RA 2UUAK 2XY6A 1HNIA 3O8MA 4JKBA 4GVEA 3P4IA 2Z1GA 1YI2N 1VSMA 1S1UA 1C6VA 4HUFA 4GNIA 5CE3A 3IFRA 4W5OA 4CEEA 3O9RA 3OYIA 3OHRA 3VQDA 5B8HA 4QS8A 2GUIA 4FJMA 2HW3A 1ATRA 3CJ9A 3T69A 3PSIA 3C7NB 1UOCA 4H4MA 3MN7A 4DU3A 1GLFO 1OH6A 3SMSA 3NVMA 4HTUA 4CIEA 4NYFA 1QQMA 1ZBSA 2P9PB 3K59A 5BPMA 1RT6A 2NRXA 3DLLL 4YOTA 2NRWA 3UB5A 5H1SQ 1FKOA 1SUQA 3A5MC 4BRPA 3QIPA 1WBDA 1VQ4N 1YVNA 1UA0A 4V19S 2QWQA 4B1WB 1JXBA 3EKUA 3P31A 2HHTA 1SKWA 1D9FA 2VG7A 3DYAA 4KPYA 3ZYYX 4BC3A 1QE1A 3O4NA 3CCUN 4WQ5A 2QKKA 4BRNA 1JKHA 1Q86O 4ILGB 4IJNA 5EU7A 3ZT3A 4LF4K 2HMIA 3BF1A 1FJGK 2E8AA 1NK8A 3CPWM 2QXFA 1R59O 1RDAA 4BWMA 1ATNA 3L2VA 1LWEA 2EWSA 4ELVA 5KTQA 1SQKA 1N33K 1DTTA 1SL0A 4ELTA 1T03A 3H45C 1ZBHA 3AVHA 2HVHA 4DCHA 3VEYA 3KKRA 3C95A 3KLFA 1IBMK 1CXUA 4H5VA 1IKVA 5LMNK 4Z0UA 3G10A 2E88A 4OPAA 3LDSA 2UUBK 1WAFA 2YNHA 1T05A 4DV0K 2I5JA 1ESVA 3KIOA 1KTQA 4KHWA 4BRLA 4CEQA 2V7YA 2QWNA 4M41A 1TKTA 1IKYA 4FM2A 5AQIA 3O1BA 2HSTA 2P9KA 3O9UA 2Q2RA 2CGJA 3J8AA 3OYMA 4LF9K 1QZ6A 4K8ZA 3O1WA 3U3YA 1BHLA 1YIJN 1TUUA 5M1QA 4LF6K 4BDZA 3E66A 4N76A 4DFMA 4BRIA 4OLBA 4OPHA 3E1YA 1EWRA 3T1HK 4DF8A 4FJNA 2HVIA 2OPQA 3VQ7A 3CMAN 2UUCK 3AA5X 3S3MA 5AQGA 1RBSA 1K8KB 2KKZA 2NRHA 5KPRA 5LL6Z 1RDUA 3LM9A 4W5QA 3QIOA 4JEPA 1YJWN 2ATQA 2YNIA 4KB1A 2XRIA 4PKGA 4E19A 1BOTO 4X66K 3F9KA 4Z4GA 3ZX2A 5T7BA 2X78A 4I7FA 4JI7K 4CHNA 2I7PA 1TK5A 4FLXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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