4FWQA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gtp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 135
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA02
2UYTA 4BRPA 4BC3A 2E1ZA 4B9QA 5BRHA 3WXKA 3DXMA 3EO3A 2HF4A 4AM6A 5LJVA 2D0OA 3M1FA 4BRIA 3U4LA 1CZAN 5CE3A 3GBTA 1X3MA 4CD3A 1SAZA 1YUWA 4CZMA 3W3DA 3ZETA 5KPRA 1NBWA 2D0PA 4IO8A 1T6CA 4FWPA 4BR9A 3HZ6A 4A61A 3VOVA 1TUUA 1NMDA 3I33A 1NGCA 4PL7A 2YJEA 4FPBA 1QQMA 1JCEA 4Z94A 3VENA 1YAGA 3FR0A 3CHWA 3P4IA 3TU5A 2A5XA 2IVPA 2QWOA 4FWOA 4FL9A 4BRLA 3EKUA 5AQRA 3FZLA 2CGJA 3FE1A 1NWKA 5LJWA 4BGBA 4FSVA 4IJNA 5AQYA 4GY2B 1KAZA 5BREA 1GLCG 1MA9B 3DXKA 3U9ZA 4B1UB 2V52B 3HTVA 3ULEB 4BRGA 3WEEB 4BG9A 5KQDA 4LC9B 5ADXA 3IMXA 2HOEA 4H5VA 2ITMA 1BWFO 2I7PA 3C7NB 5BRFA 1E4FT 3VERA 1X3NA 3CJBA 5E84A 3BP8A 1BA1A 3QFUA 3SMPA 1BG3A 2J4RA 3R6MA 1DEJA 3JXUA 3AARA 4FWLA 1YXQA 4MLEA 1HJOA 2AA4A 2ZF5O 4BR2A 1DKGD 1OKJA 3WXJA 2GTDA 2P9PB 2YI1A 3CQXA 2ZGYA 3A8YA 5JMVA 3DXKB 3H1VX 2P9LA 5AFUH 4EAHD 2F9WA 2CGLA 3EN9A 3EZWA 4NB4A 1T44A 4BC5A 2QW9A 4WQ5C 3HBTA 3DAWA 1GLFO 3VEXA 5BPMA 1G99A 1QQOA 1BU6O 1HX1A 1QZ5A 1RDWX 4RWTA 5BRDA 4FWKA 4H0OA 1JCFA 1WUAA 3WXLA 4BRDA 4A2BA 4K43A 4BR4A 2Q0RA 3SJHA 2CGKA 2P9IA 3D2EB 1J6ZA 4MO5A 3UKRB 2A6AA 4B1WB 3TPQA 5FPMA 5AQSA 1SQKA 1MWMA 1ZC6A 3HI0A 3FGUA 3H46O 4PKHA 1KAXA 3QBXA 1NGAA 1GLJO 2A42A 4BROA 3FFKB 2QWMA 4IXCA 4PKGA 5EY4A 4CBXA 3LDLA 3VESA 2A3ZA 4EHUA 1U6ZA 4BC2A 5B8HA 2YJFA 5KPTA 2FLOA 3MN5A 4BRFA 2P9SB 3VF4A 4BR5A 3CIPA 4BQLA 3KZBA 2FSJA 2Q36A 2P9NB 1BDGA 1HUXA 1NGBA 2QWLA 1TYQA 3ENOA 3H3NO 4L3QA 4CZLA 4C23A 3M6GA 3VETA 5F2RA 1GLBG 3QB0A 1Z05A 2KHOA 4M7XA 3IDHA 2H3GX 2W41A 3A5LC 4K41A 2A40A 4FWRA 1KXPA 4BQZA 1JCGA 3H3OB 4DB3A 4BRQA 4JN4A 4B1YB 3LDOA 3O8MA 4J8FA 5AQMA 4PKIA 1NLVA 2CH6A 4IWVA 3VF6A 4WYBA 5AQPA 3BF1A 5AQLA 2GWJA 1HKCA 3MN6A 3D7EO 4FO0A 1X9JA 4JD2A 1HLUA 2P9UA 3ZX3A 1QHAA 3DXMB 3B8AX 2BTFA 1TYQB 3CI5A 1SZ2A 4BR0A 3MDQA 4HTLA 2ZWHA 4XH5A 5ELZA 2QWNA 2BUPA 2HF3A 3ZETB 2CH5A 4H0TB 2FSKA 3VEVA 3BEXA 1NGFA 3UB5A 3GE1A 1BA0A 5KQ8A 5BN9A 3M3ZA 4EFHA 5AQJA 3JS6A 3R8EA 3ZX0A 5AQOA 2A41A 4O8KA 3L0QA 3FZFA 1NGEA 4CJ7A 1KAYA 5ADXH 3WT0A 4WQ4C 5AZJA 4RTFD 1P8ZA 3J8AA 2P9UB 4DHYA 1DGKN 4B1VA 2GUPA 5BR9A 1HKBA 5AQTA 4AM7A 4JHDA 4E1JA 3LDPA 4BREA 4CZEA 3CJCA 4RCHA 4A62A 2AP1A 4BRAA 3WXIA 3ZEUA 4H0PA 2IVNA 1K8KA 5JLHA 5JLFA 1GLEG 4IZ9A 4MLHA 1V4TA 3MCPA 3O1BA 3FZMA 4H0YB 2E2QA 1Q18A 5AQZA 4F9OA 3GDQA 4ISGA 4FWNA 3ID8A 3DWLA 5EVZA 3VGMA 1XC3A 4BVOA 3LM2A 1R59O 4XH1A 4CZFA 3CQYA 3AAPA 4I6MA 4M7YA 1WOQA 4H03B 3IFRA 3UKUA 2HMPA 3O1WA 2ZGZA 5BN8A 5LY3A 3RSEA 3LM9A 4M63C 4CBWA 2YCHA 2P9LB 3BUZB 3WQUA 1BOTO 2YHYA 2V7YA 1NGHA 5AQWA 3H45C 3CERA 4H5NA 3BF3A 2VYPA 3MMVA 5JICA 1IG8A 5AQNA 4YDUC 1Y64A 5EX5A 3U9DA 2NZTA 2QXLA 4QS8A 1YVNA 3VPZA 5BPLA 5AZIA 1ESVA 2E8AA 3H6EA 2ASPA 2D1KA 3ATVA 3GL1A 2Q97A 3S41A 5FPDA 3QMLA 4FWQA 4FPAA 3VGKA 3ATUA 4H5WA 1LOTB 4BRHA 5E26A 3O5BA 4K25A 4XH4A 4BRCA 1MWKA 3ENHA 3QDKA 4WQ4A 3SLCA 3WUHA 4BRMA 1GLAG 4CZHA 2P9IB 3IUCA 5FPEA 4CZJA 3QBWA 4DQ8A 2FSNA 2E2PA 2ASOA 3VEZA 3C0BA 4Y0WA 1QQNA 1D4XA 1TUYA 1HKGA 4H0VB 4H5TA 4JAXA 1EQYA 1H1VA 3O6WA 3MK6A 1ATNA 2EWSA 4ISFA 3LDQA 3D2FA 5AQHA 1V4SA 5AZIB 1RFQA 4DCHA 5F0XA 4CBUA 3L6QA 2F9TA 3VEOA 3U8XA 4BRNA 4K42A 4BVPA 5F1XA 3ULEA 4QS7A 2DPNA 2W40A 4WQ5A 2OANA 4FWSA 3WQTA 4NO7A 3WEEA 2GELA 3GOIA 4BG8A 4BRKA 2V51B 4PL8A 1XQSC 2D4WA 2Q31A 1ATRA 3C7NA 3FLCO 2FF3B 4CD1A 5I9EB 4HWIA 3KHYA 1ATSA 2PBDA 3I8BA 1Z6RA 3KVGA 5AQIA 1HPMA 2NLXA 2VCPA 5AR0A 2E2NA 3QICA 1MDUB 2IIRA 1IJJA 5EOYA 4IJAA 4FWMA 3A5MC 3LL3A 4B1XB 1C0FA 3D2FB 2P9PA 3AAQA 3HSCA 1QZ6A 1LCUA 3O80A 4JD2B 3HM8A 5TKYA 3DJCA 2Q0UA 4YDUA 1NM1A 2I7NA 4JNEA 5KPZA 1ZXOA 5EXWA 4BC4A 3SMSA 4CZKA 3CJ1A 4B1ZA 1NGIA 1U2VA 3GG4A 1C0GA 5AQQA 1BUPA 5AQXA 3W0LA 4O5FA 4BR7A 3F9MA 3CJ9A 2VWBA 2E88A 4KBOA 3A0IX 2QWRA 1RGIA 2YHWA 2Q2RA 2IVOA 5AQGA 1BO5O 3VEYA 3SK3A 3EL2A 1S3XA 3VEWA 3CJAA 3O08A 5AQUA 1NGJA 5AFUA 1E4GT 2V7ZA 3O4WA 3D2EA 5AZJB 1GLDG 3UKRA 2P9KA 1NGDA 3EKSA 3OHRA 3LDNA 4FOIA 2FXUA 3VGLA 2PAVA 4CI6A 2QWQA 4JHDB 3FZKA 4EIAA 1U2VB 4QS9A 4CZGA 3MN9A 1S22A 4ISEA 4XEIA 2Q1NA 3FZHA 3ZEUB 4CZIA 4H5RA 1K8KB 1ZBSA 2E20A 2P9SA 3ZX2A 3CJ7A 3G25A 3UE5A 3VF2A 3A5NC 3AY9A 2GWKA 4MO4A 3QFPA 2P9NA 2GEMA 2QWPA 3CETA 3H1QA 3R9PA 1GLLO 4H0XB 2QM1A 2E1YA 4FOEA 5BPNA 2NRHA 4BGAA 4A2AA 2P9KB 2FF6A 5AQVA 3L4IA 5AQKA 4I6MB 3MN7A 1T6DA 3UKUB 3A5OC 4GNIA 2YHXA 5FPNA 3RSEB 4EHTA 2ASMA 2WUSA 2E2OA 1NGGA 1XUPO 5AQFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CM5A 4BWMA 2UYTA 2HMIA 4LFAK 4Y1CA 3HO1A 2E1ZA 1HR0K 1VSJA 3NF7A 3WXKA 3DXMA 4CJLA 2Q3SA 1T8EA 5LJVA 4G9ZA 1LAWA 3OYDA 5CE3A 5FRNA 1X3MA 4CD3A 2OCEA 1YUWA 3KK7A 3AVAA 3W3DA 1NBWA 2D0PA 4C8NA 1T6CA 4BR9A 3AVFA 4A61A 3KJVA 3N4QA 4YOVA 3I33A 3S9HA 4LFCK 4DSLA 2VG6A 3E1YA 3CD6N 2IGIA 1NJWA 3NF9A 2QWOA 3G0ZA 4FL9A 4BRLA 4ZTJA 2CGJA 5KGXA 2IC3A 1NWKA 4FM1A 4O55A 3V9XA 1ASWA 2EHGA 1YITN 4IJNA 3EE9A 3SI6A 4CF9A 5GAHP 4FLUA 1GLCG 3BZCA 4CJRA 3DXKA 3HTVA 5GAGP 3VQAA 3CCVN 1ZBLA 4BRGA 3WEEB 4UQGA 4CGHA 4E19A 5KQDA 4LC9B 1X9MA 3IMXA 3PSIA 4JI6K 1BWFO 3C7NB 2YV0X 3J7YP 1SL0A 1TL1A 4CJ5A 1T7PA 2IS3A 4ELUA 1YXQA 3KKSA 2ZF5O 2AA4A 1TV6A 2VWJA 4DR2K 2P5GA 4FJ7A 2D0AA 2P9PB 2ZGYA 3A8YA 3PX4A 3KK3A 2RE2A 2P9LA 1JJ2M 1HRHA 4CFDA 4N47A 2F9WA 2CGLA 3EZWA 1NJIO 4ID5A 4DSKA 4BC5A 5AJ3K 3J7AP 1WSGA 3HBTA 3QO9A 3DAWA 5JVGL 3ZLJA 3VEXA 2W6KA 5BPMA 2Y1JA 1G99A 3TTCA 5BRDA 4H0OA 5M1KA 3MWTA 4BRDA 1KRPA 4A2BA 4M3RA 3ZSXA 2Q0RA 5K14A 4E0DA 1J6ZA 3TPQA 5FPMA 1MWMA 2YX6A 1Z25A 3H46O 3U6FA 4PKHA 1QSSA 4OO1J 2QWMA 2E5LK 1QHTA 3VESA 3T1YK 3AVMA 2A3ZA 4N56A 2BH1A 2YJFA 5KPTA 2P9SB 4NXMK 3E9LA 5D3GA 1BCMA 4UY8O 1BDGA 3ENOA 1EETA 1Y97A 4KPYA 4CZLA 4L3QA 3DRRA 3SQ2A 1K6YA 4R5PA 3KLIA 5F2RA 3NE6A 3RMDA 1HQEA 1YJWN 1Z05A 2NRWA 3P38A 4CJTA 1VAZA 2W41A 4DR5K 4GV3A 3QEPA 3H3OB 1S6PA 3E01A 3V9ZA 3PO4A 5SWMA 3O8MA 4J8FA 3L3VA 3HPHA 4GKJK 5DK5A 3ZSZA 2ATQA 2YKMA 4WYBA 4ELTA 4CHQA 1VSKA 4A59A 3SBGA 1RNHA 1S1TA 4K8ZA 4W5RA 1HYVA 2P9UA 1VQ8N 1QHAA 3V1QA 1U45A 1TYQB 3NF6A 4HTLA 3V1OA 4XH5A 1YTAA 2BUPA 2QWNA 1C6VA 4RW8A 5C24A 2FBTA 4H0TB 3VEVA 4OPHA 5KQ8A 2G8IA 3TAFA 4CIGA 5BN9A 4EFHA 1D8YA 2NRXA 3JS6A 3L0QA 2P51A 1KAYA 4WQ4C 2RF2A 3LDSA 4O0JA 5J2NA 3V9SA 4B1VA 3S3OA 4KTQA 1BQNA 1RILA 1CZBA 4CHPA 4E1JA 4B8AB 1L3TA 4FJMA 4M3XA 4FCYA 4FLWA 3CJCA 2G8UA 3SZ2A 1RDBA 1VSHA 3I56N 2IVNA 5JLHA 4OLBA 1GLEG 4DS5A 4IZ9A 4U67L 3LP3A 1L3VA 4KHSA 4FZXC 3SNNA 2HHXA 3DWLA 3AA4A 1R59O 4N76A 4KO0A 4OKJA 2E4LA 5M1FA 1WLJA 4DUZK 4M7YA 4YOUA 2HMPA 2WONA 5M1PA 5LY3A 4JKGB 3RSEA 3IAYA 4B3TK 4CBWA 1RDUA 3WQUA 4CEBA 1SKSA 2V7YA 3TARA 2X6NA 4RW9A 2OTJN 2VYPA 4E1MA 2ITGA 4YDUC 3U9DA 3PV8A 1P90A 2E8AA 2ASPA 2D1KA 3GL1A 1VSLA 4OGCA 3HOSA 4NYFA 3NBPA 4YHHK 4DTOA 5GINA 2WOMA 4DR3K 1JL2A 4NXNK 2O8FB 2YNFA 5E26A 3KLFA 4BRCA 1S72N 1HNZK 2VG7A 4WQ4A 1U4BA 1NK8A 1IV0A 4CZHA 3P83D 4CZJA 1IBMK 4CJEA 2A1SA 4DTMA 1YVUA 1NNEA 1N33K 3MX5A 4DQ8A 4AHSA 1BI4A 1QQNA 4DV3K 1HKGA 4OPAA 3PUFA 1EQYA 4JKFA 4YOXA 1ATNA 3DLRA 3LDQA 5EU7A 1BIUA 5CHIA 5LMNK 5AZIB 4GV6A 3F5TA 4DCHA 3L6QA 4DTRA 3NHGA 5SZTA 3OYBA 4NLBA 4KHNA 3CM6A 2VQFK 3WQTA 3WEEA 1KFSA 3K59A 3KIOA 1WSJA 1O1WA 2V51B 1XQSC 5I3UA 2Q31A 1ATRA 4DTUA 3C7NA 3CPEA 1Q8IA 4J2DA 4DTJA 2OZMA 3KHYA 1EP4A 4O4GA 3MEEA 1Z6RA 4DR6K 4CEDA 3DLBA 5AR0A 3CCSN 5EOYA 3A5MC 2ZJRL 2HNZA 3LL3A 3NDKA 2YNIA 1RBVA 2P9PA 4AILC 2BE2A 4A5BA 4H4MA 4WCEL 4JD2B 2OPRA 4A5AA 1RTJA 2Q0UA 4YDUA 2QKBA 4DUYK 4K8XA 4JNEA 3CC7N 5KPZA 3O3HA 3I0RA 3O4NA 2UU9K 3LP1A 4BE2A 5HBMA 3ZT0A 3F9MA 3PX6A 1DLOA 3CJ9A 3QESA 4CHOA 3OW2M 1TVRA 3A0IX 2QWRA 3OS2A 4EZ6A 3VQPA 5CY4A 2ZQBA 5AQGA 1TKDA 3QETA 5C42A 4PHTX 1JL1A 3Q7CA 2HHQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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