4FWQA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gtp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 135
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA02
2ITMA 1TUUA 2H3GX 3FE1A 3WXJA 2PAVA 4XH1A 1GLDG 2P9SB 3D2FA 4MO5A 4ISFA 4A2BA 3RSEA 2WUSA 1GLCG 3WT0A 4A62A 1R59O 1G99A 5KQ8A 1Y64A 1NBWA 5E84A 3R8EA 2D4WA 3UKRB 3EZWA 3D2EA 4FWSA 3U4LA 3QBXA 4A2AA 3ATVA 1D4XA 4HTLA 5AZIA 3O1BA 3TU5A 4JD2A 1BOTO 1NGBA 2NZTA 2V51B 3A8YA 3IFRA 3AARA 3EN9A 4BGAA 1DGKN 4BR7A 5JLHA 4C23A 3ENHA 3MCPA 5EX5A 3QDKA 3VEXA 2E1ZA 3TPQA 3HTVA 2YHWA 4PKIA 1Z6RA 2E2NA 2CGJA 1NLVA 3U9DA 4JN4A 3MN6A 3HSCA 1X3NA 1YVNA 2GUPA 2P9LB 4EAHD 4LC9B 3D7EO 4WQ4A 5FPNA 1U2VA 3VF6A 4EHUA 1K8KB 3FZLA 4FWOA 4MLEA 4EFHA 3EL2A 2GTDA 3A5MC 1WOQA 2ZGYA 1C0FA 1NGDA 2YCHA 5KPRA 1HLUA 2YHYA 4I6MA 1HKGA 4QS7A 4CZIA 3KVGA 3VEOA 5BN9A 5B8HA 3A5LC 4CJ7A 3LDQA 4IWVA 5F1XA 1HJOA 3C0BA 2HMPA 3VGMA 2P9UB 5CE3A 5BRDA 3BP8A 3W0LA 1T6DA 2P9KA 3QFPA 1ATNA 2GEMA 2IVNA 1XUPO 2HF3A 1YAGA 5ADXH 4B1XB 3ENOA 3IUCA 1NGFA 2AP1A 5AQTA 3DAWA 3C7NA 3IDHA 3LM9A 3WEEA 5BPMA 3VGLA 2IVPA 5BN8A 4BC4A 4CZGA 3DJCA 1JCEA 5BPNA 4FWNA 4BRPA 1GLAG 2P9IA 5AQMA 4PL8A 5AQXA 5AZJA 1X3MA 2ASMA 3DXKB 3FZHA 4BRNA 4CBUA 2E2OA 3GE1A 4ISGA 4BRKA 1GLEG 3UB5A 4H0OA 3LL3A 2BUPA 3I33A 1MDUB 4AM6A 5AQJA 3H3OB 5KPZA 1YXQA 1TYQA 4M63C 2GWKA 2QWLA 3A0IX 2FF6A 3RSEB 3CJ7A 1NGAA 2YHXA 3R9PA 2F9TA 3AAPA 5AQIA 5EY4A 4K25A 1BA0A 3CIPA 4BRAA 3D2EB 4IO8A 4HWIA 2QM1A 2CGKA 4Y0WA 3CJ1A 4BR0A 5AZIB 1T6CA 1U6ZA 4H5RA 1BDGA 4JD2B 2A42A 5AQUA 4DQ8A 3P4IA 2QWMA 2QWOA 1RGIA 4GY2B 4FOEA 4FPAA 1BA1A 1GLLO 4IJNA 4AM7A 1NWKA 5BRFA 4BRFA 2W40A 5AQGA 5FPMA 2GELA 1Q18A 2J4RA 3VERA 2A5XA 4WQ5A 3QMLA 3H46O 1QQNA 1ZXOA 1CZAN 3VEYA 4YDUA 5FPEA 3CERA 4RTFD 1MWKA 4I6MB 4DHYA 2Q31A 3I8BA 1YUWA 3ID8A 4J8FA 4E1JA 3DXMB 4IZ9A 4BQZA 3ZEUA 5ADXA 2EWSA 3QICA 4H0YB 4FO0A 4BC3A 5AQYA 1HX1A 3H1QA 2V7YA 3EO3A 1V4SA 1NGIA 1RFQA 2P9KB 2V52B 3MN7A 2OANA 4CZFA 4CZMA 4B1WB 4BRCA 5LY3A 5E26A 5EOYA 4CZKA 5AQZA 4BR9A 4BRMA 4IXCA 3OHRA 3WEEB 1QQOA 4XH5A 2ASOA 4L3QA 4BR5A 4JAXA 4B1VA 2P9IB 3ZETB 1IG8A 3LDLA 3VPZA 5LJVA 3HBTA 3LDOA 4MO4A 3GG4A 5TKYA 1WUAA 2P9PA 4XH4A 3UKRA 2AA4A 4BG8A 2F9WA 3FGUA 3A5NC 3O08A 4H0PA 3VEZA 1TYQB 5EXWA 4JHDA 3UKUA 4RWTA 3VESA 3U9ZA 3R6MA 4FWMA 3O80A 5AQFA 1ZBSA 1BU6O 2E88A 2YI1A 5AQPA 1J6ZA 2Q2RA 1MA9B 4BR4A 3B8AX 4GNIA 2VYPA 1SAZA 3F9MA 2D1KA 4KBOA 4H5NA 4BRGA 2ZF5O 3S41A 2NRHA 3O6WA 4FWQA 2FSJA 5AFUH 1NM1A 3ZX2A 2CGLA 5AQLA 4BREA 4CZLA 4K41A 3GBTA 4NO7A 3LDNA 1EQYA 2Q0RA 2CH5A 3MDQA 1BO5O 3FZKA 4QS9A 3LM2A 3IMXA 4K43A 2QWPA 3D2FB 4M7XA 4K42A 2P9NA 3HI0A 5LJWA 4CD3A 5EVZA 4BVPA 3MK6A 4WYBA 2E20A 3QBWA 4H0VB 4PKHA 2GWJA 2E8AA 1T44A 1XQSC 5BR9A 3WXIA 1JCFA 1IJJA 3FR0A 3ATUA 4WQ5C 4BRQA 3VOVA 5AR0A 4BRIA 4CZEA 5JICA 5AQOA 1KAYA 2Q0UA 2E1YA 3EKSA 1LOTB 2FLOA 2NLXA 5ELZA 1NGJA 4CBWA 3VF2A 2Q36A 5JMVA 3WQUA 1NGHA 1ATSA 3AAQA 5BREA 1P8ZA 1DEJA 4A61A 3CHWA 1LCUA 1E4FT 2YJEA 4F9OA 1QZ6A 3CQYA 5AQWA 2A3ZA 3SLCA 3QB0A 3KHYA 5FPDA 4CI6A 3O1WA 2Q1NA 1U2VB 2QWQA 3O4WA 4IJAA 3DXKA 1OKJA 3FZMA 4RCHA 4BRLA 1NGGA 4WQ4C 1S22A 3CJ9A 3ULEA 4ISEA 3GDQA 2ASPA 1GLFO 4FL9A 3FLCO 1XC3A 1ATRA 3A5OC 3KZBA 5F0XA 3JXUA 3CI5A 2V7ZA 4BGBA 3ZX3A 4M7YA 2QXLA 3SJHA 5KQDA 2QWRA 2I7PA 4FWPA 3VEVA 2P9PB 1JCGA 3O5BA 3HZ6A 1QQMA 5AQNA 1E4GT 5AQSA 5F2RA 2QW9A 4JHDB 3WXLA 1RDWX 3UKUB 4BRDA 4B1YB 4FSVA 4PKGA 5AFUA 3CJCA 1TUYA 3C7NB 3VEWA 4MLHA 4Z94A 1Z05A 2P9SA 3CJAA 3VENA 5KPTA 4QS8A 1ZC6A 3UE5A 3HM8A 4FWLA 3JS6A 1BWFO 4FOIA 3ZX0A 5AZJB 3FZFA 3VGKA 2I7NA 2ZGZA 4B1ZA 3AY9A 2VWBA 1GLJO 4CBXA 4CD1A 3O8MA 1MWMA 3J8AA 1NGCA 4H5WA 5JLFA 3M6GA 4FPBA 3CETA 2P9NB 3H6EA 3BF1A 3GOIA 3DXMA 3BUZB 1ESVA 4H5VA 4O5FA 4JNEA 2HOEA 3SMSA 5AQRA 4CZJA 1BG3A 3L0QA 5BRHA 5BPLA 4PL7A 1HKCA 2CH6A 1BUPA 3FFKB 3LDPA 2FXUA 2QWNA 3H45C 2W41A 3MMVA 2P9LA 4BROA 1HPMA 3G25A 1K8KA 3M3ZA 1GLBG 4BQLA 3BEXA 4XEIA 2IIRA 3L6QA 2FSNA 4H0TB 1SZ2A 2A6AA 1X9JA 1C0GA 2D0PA 4H5TA 4CZHA 1H1VA 5AQKA 2VCPA 1KAZA 3SMPA 3WQTA 1DKGD 3WUHA 4B1UB 3ZETA 1NGEA 4EHTA 3VETA 1HKBA 4O8KA 1V4TA 4EIAA 4NB4A 2P9UA 1KAXA 4BVOA 4BR2A 1QZ5A 4DCHA 2KHOA 5I9EB 2BTFA 3ULEB 4FWRA 4H0XB 4YDUC 3SK3A 2PBDA 2Q97A 5AQQA 2A40A 1SQKA 2DPNA 3WXKA 4BC2A 3ZEUB 2A41A 3M1FA 1KXPA 5AQHA 2ZWHA 5AQVA 3BF3A 1NMDA 2FSKA 1S3XA 4FWKA 3L4IA 2E2PA 3MN5A 3W3DA 2YJFA 2D0OA 4BC5A 3H3NO 3QFUA 3CQXA 3VF4A 4BG9A 2FF3B 4B9QA 2IVOA 2UYTA 1QHAA 2E2QA 4H03B 3MN9A 3DWLA 3GL1A 3EKUA 3U8XA 3H1VX 4DB3A 1HUXA 3CJBA 4BRHA 2HF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P51A 3SQ0A 3FE1A 3AO5A 1GLDG 4MO5A 3M5RA 2WUSA 3ZSYA 1VHXA 3WT0A 3QEVA 1Y64A 3THXA 4KHNA 1QE1A 2D0BA 3R8EA 2D4WA 3UKRB 3QEIA 1U4BA 3NDKA 2XRIA 3D2EA 4F8RA 1BI4B 3QINA 4FM2A 1DT9A 2DFEA 3TI0A 2NZTA 4N47A 2KW4A 2G8FA 4C23A 3AVJA 3ENHA 4JS5A 2O4IA 3KLFA 3SUNA 1FJGK 3CCMN 4CCHA 4A59A 2IOCA 4F3OA 4JYAK 3HTVA 2YHWA 1OH6A 3TAFA 1VQKN 3TAPA 1ZBHA 2A1RA 4E0DA 3PIOL 1D9FA 4JN4A 1BCMA 3TR8A 1K73O 5FPNA 3VF6A 3VQPA 4FWOA 1T03A 3EL2A 3PX6A 4BDYA 4JKGB 2YHYA 4I6MA 2QK9A 1NJIO 4CZIA 1C0MA 1SKSA 5BN9A 3CCQN 2RPIA 3A5LC 3LDQA 1VRUA 2HHHK 4JKEA 2F8TA 2UUCK 4U7BA 1QHTA 3BP8A 3QFPA 1VQLN 4EZ9A 1FKPA 4DS4A 1NGFA 3IDHA 3WEEA 4JS4A 4LF4K 4KB1A 4BC4A 3CG7A 2E6LA 3NGYA 3VTHA 3DJCA 3F9KA 3ZSZA 2P9IA 2HW3A 3ZSWA 5J2NA 1S9EA 1FK9A 2ZQBA 4IEEA 2BE2A 4KTQA 3J7AP 1WLJA 1BGXT 3LL3A 3I33A 1VRTA 1MDUB 4OPKA 3EYZA 1TYQA 3A0IX 3DOKA 4IFVA 1B9FA 4IOAL 2F9TA 2X6SA 5TKWA 3OYHA 5GAHP 1IO2A 3HL8A 4K25A 4J2DA 2XY7A 2PYJA 2FBYA 3CIPA 1VQ5N 4DSJA 1RBSA 1WAFA 4RW7A 5AZIB 1U6ZA 1BDGA 3SUPA 2Z1HA 3MXMA 1M90O 2HHVA 3OYLA 1RGIA 2GUIA 3TANA 4W5NA 3AA2A 3LAMA 1IKYA 4DR7K 3D6RA 3CCJN 2PZSA 2EX3A 5FPMA 3HM9A 4FLTA 3AVBA 3H46O 4B3RK 4W5QA 4B9NA 3RMAA 1KVAA 4M3YA 4DHYA 1T8EA 1OVQA 4IZ9A 3B6OA 4H0YB 3G71N 3E9OA 4KHSA 1JKHA 3V6DA 1HX1A 3H1QA 1YJWN 2V7YA 3KK2A 2YNGA 1W2BM 3SAGA 3HJFA 2P9KB 2OANA 4R5PA 5LY3A 1OVYA 5AQZA 1U47A 4E7IA 3ZSXA 1I39A 2X74A 1DTTA 4XH5A 3CXCM 3LDSA 4L3QA 3HP6A 4DTOA 2XY6A 4B1VA 4FZZA 3KKRA 3ALYA 1IG8A 2KZZA 5LJVA 3HBTA 4MO4A 1J54A 4DTMA 4WFBL 3UKRA 3OJUA 1NK4A 2AA4A 4IFYA 4BG8A 3A5NC 3O4NA 1TL1A 4FK2A 1JLEA 5AQFA 2YI1A 1XC9A 2DY4A 4DV3K 3SNNA 4BR4A 2NRWA 4FLWA 2HVIA 1RTHA 3FFIA 3F9MA 4M41A 2ZF5O 3OW2M 5M1PA 3ZX2A 5AQLA 4CZLA 4BREA 3CQ8A 4K41A 3AVHA 4LF9K 3LDNA 4Z4CA 4N5SA 2G8HA 3FZKA 4CF9A 2O8DB 3HPHA 1NOYA 2YNIA 1RBUA 3G10A 3KLHA 2P9NA 5LJWA 4CD3A 4I7FA 5EVZA 4FJKA 3MK6A 1EKEA 3QBWA 4KKOA 3MEEA 2Q3SA 2E8AA 3VA3A 2HHQA 1EWQA 1WBBA 3ATUA 1RTIA 3VOVA 2O8BA 3DLGA 1N33K 5AR0A 3M8SA 2E1YA 4B3OA 3O9QA 2FLOA 3VF2A 1YITN 1O13A 4CJQA 4CHZA 1ATSA 4CJVA 3P31A 2YJEA 1E4FT 4FVMA 3QEPA 4B3SK 3N4QA 3CQYA 3KLIA 3SLCA 1D8YA 4R79A 2KFNA 3O1WA 1U2VB 1U48A 2OCEA 4DG1A 4KV8A 4IJAA 3DLHA 4DTJA 3FZMA 4WQ4C 1S22A 1L3TA 1RNHA 4DSIA 1Q9YA 3K5OA 1LV5A 2NRTA 2W6KA 1GLFO 3SV4A 4YOVA 2HHXA 1XC3A 4H4MA 3JXUA 4YOWA 3SBTA 5J1EA 4KHUA 2QXLA 5KQDA 3J81O 1XMOK 1HNIA 4FJ7A 4FWPA 3DYAA 1JCGA 4DQIA 3L2QA 2Z1IA 3THVA 3KWGA 4RW8A 5AQNA 1KRPA 3CMEN 3LP0A 1IKVA 5AJ3K 4KRFA 1HPZA 3VQ7A 4JHDB 1LAWA 2F96A 4CF8A 4FSVA 3VTIA 4A5BA 2DTUA 3RMBA 3TWHA 2P9SA 1ITGA 5KPTA 3ZYYX 3MWPA 3AVCA 1Q86O 3ZX0A 3C95A 3FZFA 3QEWA 2ZGZA 4FJ9A 1RBTA 3M8PA 3O8MA 3TABA 1W7AA 1NGCA 4ILJA 4J2EA 4CEDA 3ZT1A 3CETA 4JK7A 3MX2A 1U04A 4CGHA 5DMRA 4O5FA 4JNEA 3AA5X 4CJUA 1VQ8N 2A1SA 5HLFA 4PL7A 3OYFA 4CF0A 4BDZA 2CH6A 2RN2A 1BUPA 4OKEA 1K8KA 3NE6A 1GLBG 3NFAA 4BQLA 4XEIA 2IIRA 3KK7A 3P38A 4H0TB 2IC3A 5C42A 1X9JA 4CZHA 1RT2A 5AQKA 5DK5A 3OS1A 3WUHA 1IBKK 3KD5E 4U67L 5CR4A 2ZE2A 3PV8A 4LFBK 4HTUA 4DSKA 3QO9A 3HT3A 3OBWA 3RMCA 1LW0A 1RDUA 1QZ5A 2OA8A 3TTFA 3RMDA 3HK2A 1Z26A 4H0XB 4YDUC 1DTQA 3DI6A 4DF4A 4DFKA 2Q97A 4GV6A 5AQQA 4IOCL 4MQ3A 3K5MA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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