4FWQA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gtp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
b'FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 135
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA02
3IFRA 4JHDB 2D0PA 3SK3A 4H0VB 4BR7A 1BG3A 3LM2A 1HKBA 3ATUA 3HSCA 1MA9B 3CJAA 3VF6A 4FWNA 5BPNA 1DEJA 2E20A 1SZ2A 2P9KA 1BU6O 4H5RA 2YJFA 3VETA 4H0YB 1RDWX 4A2BA 2P9KB 3ID8A 4JAXA 4EHUA 2YCHA 3U4LA 3QICA 4MLEA 5AZIA 3FZKA 1MWKA 2GUPA 3O1WA 5AQTA 3LDLA 5AQXA 2ZF5O 3R6MA 4QS7A 3TPQA 4C23A 4CI6A 5AZIB 3HTVA 4CBUA 4IZ9A 2UYTA 3A5NC 3MK6A 5EOYA 1NGFA 4JNEA 5AQLA 4J8FA 3UB5A 4FWPA 4O8KA 2P9IA 5E84A 2P9LA 2Q31A 4B1ZA 2FLOA 2Q0UA 2P9IB 2IVNA 3D2EA 3ZX0A 3VEOA 4B1UB 3R8EA 2E2PA 2P9LB 4CZJA 1IJJA 3D2EB 4EAHD 1DKGD 3GOIA 1Q18A 1WUAA 1HKGA 2E88A 5F2RA 3BF3A 3ENHA 1HX1A 3C0BA 2WUSA 3H1QA 5KPZA 4A62A 3O08A 3IUCA 4M7XA 4BG9A 3VENA 2ASPA 3DXMB 4IWVA 3GL1A 1NGDA 4H0PA 1C0FA 3SMSA 4CZHA 4LC9B 3BUZB 3FZMA 4WQ4C 3WQUA 4FWOA 3SJHA 1GLDG 1TYQA 1GLBG 4H0XB 1NGAA 1Z05A 1TYQB 4YDUA 4CBWA 3ENOA 4BRDA 4CZGA 4PKGA 2F9WA 5AQGA 4HWIA 2W41A 5BRFA 2DPNA 4BRHA 2V52B 4H5WA 2F9TA 5AQFA 1GLAG 2VCPA 4FPBA 5AQMA 4BREA 3L6QA 5KPTA 3KHYA 3MN5A 1HUXA 4RWTA 2GTDA 3VEXA 4BG8A 4PKIA 4XH4A 2P9NA 3HZ6A 5KQDA 3MMVA 3VEVA 2FXUA 3MCPA 1QQOA 4GNIA 3HBTA 2P9NB 1V4SA 3J8AA 4BR5A 4F9OA 5ELZA 5BN8A 5BRHA 1SAZA 1NGHA 1TUUA 3QMLA 4H5VA 5BPLA 1E4GT 3VGKA 3ZEUA 3MN6A 1QHAA 1QQMA 1QZ6A 4CZIA 5LY3A 3FLCO 2D4WA 4FOEA 3EN9A 3ZEUB 3VEYA 5AQVA 1NGGA 1T44A 1YXQA 3WQTA 2CGJA 2QW9A 3MN7A 4IJNA 3QBWA 4RCHA 2A6AA 3CETA 3WT0A 3WXIA 2CGKA 2Q2RA 2CH6A 4FWKA 4FPAA 4FOIA 1BO5O 5BREA 2A5XA 5AQNA 2ZWHA 4WQ5A 5AQZA 1OKJA 4BRLA 2E1ZA 2GWJA 2I7NA 4O5FA 3H3NO 4ISGA 4IXCA 3KVGA 1D4XA 2I7PA 5FPNA 1G99A 3A5MC 3QFUA 1P8ZA 1T6DA 3CJ7A 3SLCA 1BUPA 2QWRA 5ADXH 2CH5A 1NBWA 2GEMA 1IG8A 2A40A 1Z6RA 1ZXOA 4MLHA 1K8KA 4AM7A 3FGUA 1ZBSA 1NLVA 5AQUA 1K8KB 1KXPA 4BRFA 1NMDA 4CZKA 5AR0A 1HPMA 4IJAA 3ATVA 4XH5A 3FZHA 5KQ8A 1GLJO 4BC2A 3GDQA 4NB4A 4B1VA 4BC3A 4BRAA 3SMPA 4BR2A 3QFPA 4IO8A 1HJOA 4QS9A 1GLEG 3FR0A 4AM6A 4K41A 1ATRA 3FZFA 4BC5A 2KHOA 5ADXA 2D1KA 2QWNA 4FL9A 2V7YA 4BRMA 3EZWA 3C7NA 3QDKA 3CJ1A 2YHWA 3DXMA 4BGBA 3C7NB 4H5TA 4MO4A 3GBTA 2QXLA 1LOTB 3A5OC 4FWQA 3VF4A 2E2QA 2NZTA 1NGIA 5B8HA 2HMPA 5JICA 3KZBA 1RGIA 2P9UA 3LL3A 1ESVA 3LM9A 1YVNA 2Q1NA 2EWSA 4NO7A 3VPZA 3CIPA 2P9UB 4BVOA 2QWMA 4FO0A 2E1YA 3IDHA 3O80A 4H03B 4K42A 4BR9A 2ZGYA 4PKHA 4B1XB 3EL2A 3UKUA 3CJ9A 3DJCA 5BR9A 4BR4A 2IVOA 3DAWA 2QM1A 3UKUB 4K43A 3WEEA 2H3GX 1LCUA 5AQKA 3CHWA 2YI1A 3M6GA 4CZEA 3TU5A 4BRNA 2P9SA 3WEEB 2AA4A 2E8AA 3F9MA 3O1BA 4QS8A 5FPDA 2P9SB 1NGEA 3FFKB 1RFQA 2Q97A 2FF6A 3A8YA 4BGAA 5EVZA 2GELA 3RSEA 1HKCA 3FE1A 3JS6A 5EY4A 3D2FA 1QQNA 3RSEB 2Q36A 2HF4A 3LDOA 3D2FB 3L0QA 5KPRA 3O4WA 1TUYA 1GLCG 5AQYA 3H6EA 1KAYA 2P9PA 4FWRA 4JD2A 4CD1A 5AQRA 5EXWA 2FSKA 2P9PB 1YAGA 4JD2B 3W0LA 3EO3A 1Y64A 3JXUA 3BEXA 3CERA 5JLFA 2FF3B 5E26A 4XH1A 1MWMA 4B1YB 4YDUC 5BRDA 1HLUA 3VGMA 4FSVA 5AQQA 4BRKA 5LJWA 3LDNA 3M3ZA 5FPMA 4HTLA 1GLLO 2QWLA 2E2OA 4BRGA 3QB0A 3S41A 3FZLA 1H1VA 2ASOA 2GWKA 4A61A 5AQSA 5BPMA 1JCFA 3GG4A 1T6CA 2VYPA 4DCHA 4H0OA 4BVPA 3HM8A 5FPEA 1NWKA 4E1JA 2ITMA 3WXLA 3UE5A 2ZGZA 4CZFA 1DGKN 4H5NA 2ASMA 3VERA 1BWFO 4ISFA 2V7ZA 2YHYA 4WQ4A 1V4TA 2J4RA 5AZJA 1ATNA 3M1FA 4CD3A 5AZJB 1S3XA 3G25A 4BRCA 5AFUA 3WXKA 3BF1A 1X9JA 5EX5A 1ATSA 1EQYA 4BRQA 2V51B 3ZX2A 1SQKA 2AP1A 3MN9A 4PL7A 2W40A 4WYBA 1E4FT 3ZETA 1NGJA 4DB3A 4BQZA 1S22A 4GY2B 3GE1A 5JMVA 4FWLA 3ULEA 2Q0RA 4XEIA 3ZETB 1KAZA 3U9DA 1KAXA 3WXJA 3H1VX 3LDQA 4WQ5C 5AQIA 4M63C 4BRIA 3ULEB 3BP8A 4I6MA 5BN9A 4BQLA 3CI5A 3UKRA 1C0GA 1NGBA 4EIAA 2OANA 2PBDA 3CJBA 4I6MB 3UKRB 1MDUB 4ISEA 5F1XA 3O5BA 3VF2A 2BTFA 3H46O 2E2NA 2QWQA 3OHRA 1R59O 2QWOA 1JCGA 4JN4A 2VWBA 1BDGA 1XUPO 3I33A 4L3QA 1U6ZA 2CGLA 3VESA 1YUWA 5I9EB 3WUHA 5F0XA 4FWSA 5AQWA 4BR0A 1WOQA 2A41A 4CZMA 2YHXA 3LDPA 3VGLA 2HF3A 3DWLA 2FSNA 4CBXA 2FSJA 4B1WB 3L4IA 1GLFO 4EFHA 3A5LC 3QBXA 3CQXA 5CE3A 2NRHA 3AY9A 1J6ZA 3H3OB 3EKSA 3D7EO 2QWPA 4CJ7A 2HOEA 1BA0A 3CJCA 4H0TB 2NLXA 2IVPA 3AARA 4KBOA 3EKUA 4FWMA 4BRPA 4K25A 4BC4A 3B8AX 3ZX3A 1ZC6A 2YJEA 3IMXA 3CQYA 3W3DA 1U2VA 1CZAN 1XQSC 5AQOA 4Z94A 3A0IX 1QZ5A 1BA1A 2A3ZA 1U2VB 1XC3A 3I8BA 3DXKA 3AAQA 1NGCA 1X3NA 5TKYA 3DXKB 4DHYA 3U8XA 3H45C 4M7YA 4PL8A 4CZLA 5AQJA 1JCEA 3VOVA 4MO5A 1NM1A 5AQHA 2A42A 5LJVA 4EHTA 5JLHA 2PAVA 1X3MA 3O6WA 4A2AA 4B9QA 5AQPA 3U9ZA 3MDQA 3HI0A 5AFUH 3O8MA 2D0OA 3AAPA 4RTFD 3VEZA 2BUPA 1BOTO 2IIRA 4JHDA 3P4IA 4Y0WA 3R9PA 3VEWA 4BROA 4DQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YTUA 1VQNN 3VQ9A 1W2BM 1LW2A 1NJZA 4JHDB 2D0PA 1BG3A 1VQ8N 1HKBA 1Z25A 3ATUA 4YFUA 3CJAA 2G8VA 4HCBA 3T19A 2E20A 3LAMA 1SZ2A 3AVBA 2O8EA 2ZQBA 1RDWX 3CD6N 4JAXA 4EHUA 2YCHA 3DLLL 4Z0UA 3U4LA 2O8EB 4MLEA 1MWKA 2G8FA 3VQDA 4QS7A 4BACA 4C23A 2WBNA 5BR8K 3HTVA 1G15A 3A5NC 3AV9A 4FZXC 4M41A 3MK6A 1IKWA 4CHNA 3OJUA 5EOYA 5AQLA 4JNEA 4CF0A 3I55N 4DQQA 1F21A 3UB5A 4CERA 3M8PA 4B1ZA 2Q0UA 5FROA 4JK9A 5C12A 4DV0K 4B1UB 3CFPA 3KIOA 3QINA 4IDKA 3OW2M 3K5LA 4E89A 3BF3A 1HX1A 1KCFA 4DTOA 3QO9A 1VQON 4A62A 4MDBA 4DSJA 5EU7A 3VENA 1UA0A 1C0FA 1YI2N 3ALYA 4WQ4C 3WQUA 2G8UA 3E66A 4FWOA 3SJHA 1GLDG 1TYQA 3VQCA 1RBTA 1KTQA 3Q7CA 1TYQB 4YDUA 4J2DA 2YNHA 4PKGA 4U7BA 5AQGA 1IV0A 1SL2A 4OKEA 4JRPA 1SKRA 1NOYA 1VSIA 2O4GA 4BRHA 4M3UA 2B4JA 1FK9A 2VCPA 3SJJA 3N4QA 4NXMK 3MN5A 1HUXA 4Z4FA 4FJ9A 4PKIA 4AH9A 4CJEA 1RNHA 1ASWA 4DR2K 3MCPA 4GNIA 2G8WA 3HOTA 1V4SA 1IKYA 1YJNN 3B6PA 5BN8A 1TUUA 3CCEN 3IG1A 4I7FA 4FK0A 3VGKA 1LW0A 3PSFA 4BE0A 4CZIA 3FLCO 3G10A 1EETA 4FOEA 3VEYA 1T44A 4KH6A 3NHGA 3MN7A 4FLXA 3LWMA 4W5OA 2A6AA 1HQEA 1QVGM 3CETA 3WT0A 4BDPA 2HHTA 2CGKA 4NCAA 2HHQA 3HPHA 3OYBA 3M8SA 4FLVA 3NF8A 2ZWHA 4WQ5A 4CIEA 5AQZA 3JAMO 1GOAA 1OKJA 2E1ZA 3ZSRA 4CEFA 4ISGA 1Y97A 3UIQA 3SQ1A 2Y1IA 1D4XA 1WN7A 4CJ4A 3A5MC 4DV6K 4N5SA 3CJ7A 2PFUA 4KKOA 2QWRA 4ELTA 3AGRA 3C6TA 3HM9A 3WNEA 1WAJA 1Z26A 2A40A 1NJIO 1ZXOA 5KGWA 4BWMA 2D0BA 4F2SA 4IJAA 3ATVA 4JI0K 2X78A 4E19A 3K5NA 1VQ6N 2YKMA 1CZ9A 4IO8A 3C65A 3U3GA 1ATRA 4DWIA 2BDPA 2OTJN 4JKHA 3CPWM 3HOSA 4K8ZA 4YOWA 2UXBK 2Z1GA 2IC3A 3WXMB 4LFBK 1S1XA 3CJ1A 3NFAA 1Q7YO 1NKBA 3DXMA 4GVMA 4RW6A 4KV8A 1L3UA 4DTPA 4B9MA 1LOTB 2NZTA 3KWIA 4BWJA 5DK5A 1YHQN 4DQPA 3M8QA 3LL3A 4DF4A 3LM9A 3J7YP 3VTIA 1QHTA 1BISA 3VPZA 3TTDA 1QE1A 1XHZA 4BE1A 3NF6A 4K42A 5HL7L 4BR9A 1OH6A 1RDUA 3UKUA 3ZT0A 1NK8A 5C10A 2NRZA 3ZLJA 4BR4A 1N5YA 3UKUB 2HHWA 4CESA 2H3GX 5AQKA 3CHWA 4HTUA 5FRNA 4BRNA 3LDSA 1FW6A 2AA4A 2E8AA 2WC9A 1N33K 1VRUA 3VQBA 1HR0K 1RFQA 2Q97A 2VG6A 4E0DA 2GELA 3OYNA 5CHIA 2OPSA 4FK2A 3FE1A 5EY4A 4LF6K 4YOXA 2HF4A 4ILGB 3VQQA 4X65K 1RTDA 1KAYA 2P9PA 3V1RA 2OZSA 2P9PB 3DI6A 1YAGA 4FXDA 1TV6A 1N6QA 3JXUA 3BEXA 4CEEA 3NGZA 1VSJA 1MWMA 1J53A 1J5EK 1HLUA 4FSVA 3AO5A 5AQQA 1JLCA 4FVMA 5FPMA 4DQRA 4HTLA 5IWAK 2OTLN 2QWLA 3DMJA 1P90A 4CJFA 1O1WA 4BRGA 3AO4A 3FZLA 4FLWA 1N34K 1VQ5N 2ASOA 5AQSA 4K8XA 1FJGK 3B6OA 3I56N 1QS4A 4DSEA 1NWKA 3PX0A 1XNRK 1DGKN 4PQUA 1JLBA 2ASMA 1BWFO 4JK7A 2YHYA 1WNSA 5C25A 3NF9A 4WQ4A 3O9UA 1V4TA 3PO4A 4KH5A 1ATNA 1SL1A 3RRHA 4B9VA 3CXCM 4BRCA 5AFUA 3MX2A 1X9JA 2HBKA 3OY9A 1EQYA 4KH4A 3LPUA 1SQKA 4PL7A 2IS3A 3ZETA 5JMVA 3F2KA 4XEIA 2VWKA 3ZETB 3QIPA 2ZD1A 4X62K 3NH0A 5LMUK 1XI1A 3CI5A 2BGGA 3CMEN 3C6HA 3CFOA 3AVNA 3THVA 2PBDA 3NCIA 1NK5A 1MDUB 3O5BA 1X9SA 1KFSA 2BTFA 4R5PA 4IOCL 4CEDA 4AHVA 1JCGA 3SBGA 3NDKA 3I33A 2CGLA 5I9EB 4RG8A 5GADP 1EO1A 5AQWA 4M3XA 2HHXA 4C8NA 4BR0A 4WF9L 1WOQA 4CZMA 5H1SQ 1WSJA 5CYMA 1HJRA 4CBXA 1C1CA 1GLFO 1W7AA 3L3VA 4IG0A 3U6FA 3PX4A 4ICLA 2UUAK 4MDAA 3EKSA 3MXMA 2QWPA 1W97L 4DTSA 2HOEA 4IEEA 1BA0A 3CJCA 4CJQA 4GMJB 4Y1DA 4BRPA 4K25A 4DG1A 4BC4A 4B3RK 1NK4A 3IMXA 3AA4A 1JXBA 1U2VA 1DT9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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