4CF9A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf9A00
4ICLA 3KLGA 4ZTFA 2KZMA 3DLHA 4DTJA 4DSLA 3QESA 1WNSA 2XY7A 3V9SA 4NCAA 2IGIA 1J54A 1JLGA 1Z26A 3AVGA 1I39A 3G0ZA 4GMJB 4O5BA 5DK5A 5T7BA 3QEVA 4ELTA 4N41A 2HHTA 3NH2A 3VQ8A 3VN5A 3JSMA 4FM2A 3IS9A 4AHUA 4AHRA 3DLRA 3CFOA 4FVMA 1WLJA 3OYFA 4IG3A 4M3XA 1C6VA 1KLMA 3HPHA 4O44A 1FXXA 1I3AA 1JLAA 3PO4A 3OYBA 4CEDA 4FK2A 5EU7A 1U04A 3L3VA 3P83D 1QSYA 4FLTA 4DU4A 3KLHA 4FJMA 3OYMA 2FBXA 2RF2A 3LALA 3ZSYA 3NCIA 3EYZA 4AHSA 1WSIA 1NJYA 3AO5A 1KFDA 1MU2A 1JLFA 4J2EA 3QLHA 1T05A 1NK0A 1F21A 1GOBA 3SJJA 1SL1A 4QOZB 1HYZA 2FBVA 2IC3A 4Z0UA 2JLEA 4FJIA 4FW1A 3NF9A 1IKYA 4FK4A 2OA8A 3NH1A 3OYNA 3LZJA 1EETA 4CCHA 1U45A 4CJUA 2Z1GA 4E1NA 1T03A 3L3UA 3MXIA 4DLGA 5HROA 2BDPA 4B9LA 3VQAA 1QE1A 4HVJA 2P51A 3SCXA 1BCMA 1RDBA 4OGCA 3WNGA 4CJEA 4F4KA 3I0RA 4F2SA 1VSHA 3DM2A 2OZMA 3HL8A 1TKTA 3KTQA 4J2BA 1JL2A 2OPSA 3OY9A 2PY5A 3AVMA 1DLOA 3PX4A 4M45A 4BE2A 3O3GA 5J2MA 3OS1A 2KW4A 2IOCA 3WNEA 1SKSA 1VSDA 5HRRA 4C8NA 2YNHA 3SQ0A 2QXFA 3E01A 1IKXA 3LPTA 1A5WA 5KGXA 1NKCA 1L3SA 3TAFA 1A5VA 1RDDA 4E7KA 4DQSA 4KHYA 1Z25A 5JS1A 1NOYA 4J2DA 1IH7A 3M8PA 4CEOA 3C6TA 1WSHA 4W5OA 2HHSA 1HYSA 1HJRA 4FCYA 2YV0X 3HT3A 4DMNA 2YKNA 3KLIA 1CXUA 4DFKA 2D5RA 2YKMA 4BWJA 1N5YA 3QIPA 1BL3A 3VA0A 1NJWA 4CEBA 4CHOA 3HK2A 1CZ9A 1ZYQA 2NUBA 4H4MA 4CGJA 3V81A 1T7PA 3LP2A 2BANA 4I2QA 4C8LA 4Z4FA 2DFHA 4EZ6A 1TKZA 1Y97A 2YNGA 2HHVA 4KHQA 1ZBFA 4KRFA 4B9SA 1RBUA 3NF6A 3QINA 1NKEA 4B9NA 2X74A 1IG9A 4Z4HA 2R7YA 4O4GA 5J2QA 3MEGA 5KI6A 3HP6A 4N56A 3DMJA 4CEFA 4FLZA 4UQGA 3SV4A 3S3NA 4YFUA 4FJLA 4HHTA 1RTDA 4CK1A 5DMRA 3MXJA 1LWFA 4E7HA 3SQ2A 3RMCA 4CHNA 3NE6A 4KV8A 3VQ4A 4E7IA 3ZSWA 3DLEA 2G8FA 3TI0A 4DWIA 1ASVA 3ISNC 3OS0A 2XY8A 4GVMA 1WN7A 4OVLA 3TAQA 1J9AA 3CM6A 4BE1A 3K58A 3WNHA 3UIQA 4CK3A 4KKOA 3VQ7A 2Y1JA 1RTIA 4B08A 4KI6A 2X78A 3AA2A 4CESA 2RPIA 4DSFA 3O3HA 1BHLA 3IRXA 4HCBA 1JLBA 3T3FA 3SZ2A 3C94A 1SL0A 1LV5A 3VA3A 4EZ9A 4RW6A 4HCCA 3K5MA 3C95A 5CYQA 3VQ5A 1S9EA 1KVCA 2IDOA 4CIGA 3S3OA 1NJZA 1HNVA 1IKWA 4CEAA 3RMBA 1U49A 4MFBA 4OKEA 4DSIA 3M8QA 3EZ5A 4JS5A 1RT1A 3MXMA 3V9XA 4OKJA 3OJUA 1REVA 2BE2A 1UWBA 3AVNA 3TR8A 1TV6A 4CEQA 5SWMA 3NH0A 3CM5A 4FJJA 4IBNA 3D0PA 1LWEA 3V4IA 4FW2A 3S9HA 2OYQA 3DI6A 3HPOA 1X1PA 2G8KA 4FYDA 3EY1A 1XI1A 4PQUA 2B5JA 3DRRA 3ZSQA 4DG1A 2QKKA 1HQUA 3HVRA 3TANA 1TK8A 3AVKA 1CXQA 5KGWA 3OVNA 3WNFA 1ZBLA 1C0TA 2VG6A 3KIOA 4FK0A 1ZBIA 2VG5A 1Q9XA 5HRPA 4R5PA 3ALYA 3K57A 4E0DA 2G8HA 3H08A 2HHUA 1UA0A 3L2QA 2FBYA 4B9UA 1YT3A 4DQIA 3TARA 1KCFA 4CEZA 2B6AA 3L2WA 1SV5A 1RBVA 2GBZA 3TWHA 4CHYA 4FJ8A 2PZSA 4FJXA 4B8CA 1TAUA 1VSEA 3SUPA 2G8UA 2KFNA 1S9GA 4RG8A 1N6QA 1SUQA 4CGFA 4AILC 4Z4IA 4PWDA 1SL2A 3C6UA 1SKWA 4ID1A 3KKSA 3ULDA 4I9QA 5HP1A 4CHZA 1NK9A 3RMDA 1NK4A 2E6LA 3L8BA 3KJVA 5CZ1A 3ZT1A 2PYJA 3MECA 4CJTA 4NYNA 4DFPA 4KO0A 2WOMA 3DYAA 3VQBA 3DLBA 3QIOA 4E3SA 2DFFA 3SQ1A 1NOZA 1VRUA 5HRSA 2HNDA 4BE0A 2VG7A 3HP9A 5FROA 2Y1IA 3ZSXA 4KHSA 1CZBA 1TVRA 4CF8A 4B3OA 3DLGA 1RT5A 3T19A 4N76A 4Z4EA 2ETJA 4L8RB 1Q9YA 4KHWA 1JXBA 4DTUA 2G8IA 5I3UA 4XIUA 4FLXA 3OYDA 2E6MA 2ZE2A 2HMIA 3K2PA 4BDZA 1WAJA 4Y1CA 3VQQA 4OLBA 3VQ6A 1XC9A 4LH5A 1BGXT 3VQDA 4EP4A 4JRPA 3SPZA 3RR7A 3ASMA 1RT6A 4CJSA 1BI4B 3K59A 1UA1A 3ZT4A 3M8SA 4FLYA 4CGIA 1RT7A 2RN2A 5SZTA 2FC0A 3NF7A 3TAGA 4CJLA 1T8EA 3PV8A 3KK1A 4M3UA 4EP5A 4C8OA 4KREA 3LDSA 4O55A 1TKDA 1EP4A 1BQMA 2YNFA 2DY4A 1RT3A 2OPPA 5CY4A 2F96A 2HNYA 4M3WA 1FKPA 4DS4A 5HBMA 1BQNA 3OYLA 3M8RA 4DLEA 4DF4A 2KFZA 3QEXA 1R0AA 4M3RA 1XWLA 5JS2A 3K5NA 2EHGA 3NAEA 2F8TA 3V1OA 3QEPA 2HHQA 4FLWA 4IFYA 4K8ZA 3RR8A 4BWMA 4CJ4A 3G10A 3O4QA 2HB5A 3LAKA 1JLEA 4RW8A 3OYHA 3L2UA 5E41A 4E7LA 3V1QA 3VQPA 4CK2A 4ZHRA 1RBRA 1O1WA 3LAMA 4BACA 3ZSZA 4CHPA 4C8MA 3HYFA 3ITHA 4LD0A 3CQ8A 1A5XA 2LSNA 4CHQA 4IDKA 3SV3A 3RTVA 4MQ3A 1TAQA 4KFBA 3NGIA 3AA3A 4KTWA 3RRHA 3LP3A 4FZYA 4DU1A 2E4LA 1BISA 2GUIA 3BGRA 3V9WA 3LWLA 4DTMA 3HO1A 4H4OA 3DLKA 4FM1A 1U47A 1TK5A 4IKFA 3PO5A 4OGEA 4DTRA 4ID5A 3LWMA 3AVJA 2VWKA 5J1EA 4LSNA 1ASWA 3AV9A 4KB0A 2ITGA 4I9LA 1DTTA 4CJ3A 1WSJA 3B6OA 3U6FA 3QNNA 1L3UA 2JGUA 1WAFA 4OPKA 3S3MA 4CFBA 1VSFA 1S6PA 1WSGA 3HM9A 2HHXA 3OYKA 4NYFA 4DQPA 1TGOA 3DRPA 3AVCA 3O3FA 4GW6A 4CJKA 2XHBA 1NKBA 1HPZA 4YNQA 2QK9A 2QKBA 4W5NA 1W9HA 3L2RA 3DRSA 3P1GA 4JS4A 3KD1E 3OYGA 1TK0A 4ZTJA 3MEEA 4ELUA 2GV9A 4CIEA 1DTQA 1BCOA 2X6SA 3KLFA 3HSTB 1JXEA 4PA1A 4HUFA 4DS5A 1C1CA 1U48A 4B9VA 4FZZA 4NCBA 4JLHA 3NGYA 4CJPA 1LAWA 2VWJA 1RTJA 1C1AA 1K6YA 2I5JA 3AVLA 4FM0A 3RRGA 1KVAA 4DFMA 1RDCA 3SI6A 2G8WA 3AO4A 1QQCA 4QCLA 3SUQA 4FJ5A 4AHVA 4RW9A 3HXMA 4IFVA 4KAZA 3SNNA 3LP0A 1VRTA 1RNHA 4CIFA 1RILA 4PY5A 1B9FA 2ATQA 4M41A 3CG7A 3QEWA 3PY8A 3SPYA 4FZXC 1TL1A 1WSEA 4CJRA 3RMAA 5D3GA 2RKIA 4DSKA 4HUGA 1QHTA 3QEIA 1S1UA 3QNOA 3T1AA 5J2PA 5HRNA 4OPJA 4HUEA 1GOCA 4NCGA 4KB1A 1IKVA 1IO2A 4KHUA 4W5TA 4OJRA 3TAEA 1TL3A 3ZT2A 4DSJA 1D5AA 2Q3SA 3TAMA 1HRHA 3ZSOA 1NK6A 3HJFA 4OLAA 2OZSA 4K8XA 3IG1A 3SYZA 4DF8A 1YTUA 4KTQA 3KLEA 1FKOA 1Q8IA 1QSLA 1RBSA 4DQRA 2BGGA 2PYLA 3AA4A 4E19A 4CGDA 3THVA 1C0MA 3VQCA 1NK5A 1QTMA 2HHWA 1S6QA 3LANA 4AHTA 4CFDA 4H8KA 3MEDA 2XO7A 4F3TA 5C24A 4AH9A 2HVHA 3SQ4A 3AO3A 4N47A 1U4BA 1BIZA 1EX4A 4Z4CA 1BI4A 2KQ2A 4CFCA 4M42A 4M3ZA 2AJQA 3OJSA 1JLCA 3OYCA 4DTOA 1G15A 1HNIA 1L3VA 3CFPA 1X9MA 3TAPA 4LSLA 1VSJA 4CGHA 4BDPA 4DTSA 3V9UA 4RW4A 5HLFA 3AVFA 1VSMA 4FJKA 1S1VA 4CERA 4FJ7A 2ZQBA 1EKEA 4FJHA 2O4GA 2A1RA 1J53A 1D9DA 1B92A 3DOLA 1HYVA 2D0AA 1QS4A 1LAVA 1NJXA 2ZD1A 2Z1JA 2DTUA 4DTXA 5CZ2A 3QO9A 4BDYA 1L5UA 4DU3A 2A1SA 3AO2A 4W5QA 1KTQA 3P5JA 2D0BA 3NBPA 3PX6A 4Q0BA 4CE9A 3ZT0A 3KK2A 1QSSA 3OYIA 3OYJA 3SUNA 3CFRA 3F73A 1JLQA 3U3YA 2Z1IA 5J2NA 3QERA 4KI4A 5KRTA 3O4NA 4Q5VA 4J2AA 1S1WA 4FXDA 3K5OA 2IS3A 4Y1DA 2P1JA 5FDLA 2F8SA 1XHXA 1JKHA 1LWCA 2P5GA 2XY6A 1C0UA 4CJ5A 3I8DA 2HW3A 1YTAA 2WONA 4DQQA 5C42A 4C8KA 3B6PA 2IAJA 1VSLA 1KSPA 1HMVA 1KFSA 4B9TA 1W0HA 3PUFA 4CF9A 5CYMA 3TABA 4W5RA 4F2RA 2O4IA 2XRIA 2FBTA 4KTZA 4RW7A 1X9SA 1NK8A 3AA5X 4O0IA 3SUOA 1UOCA 4DFJA 1LW0A 4CF0A 3HVTA 3V1RA 4CFAA 3HPGA 3OYEA 3MAQA 1BIUA 3AO1A 4HTUA 4I2PA 1B9DA 5KTQA 4FJ9A 1VK0A 2OPQA 3A2FA 3LPUA 1HQEA 4O0JA 4QAGA 4CF2A 3K5LA 2EX3A 4JRQA 1X9WA 1TKXA 1KVBA 4E89A 3JYTA 1D8YA 1L3TA 3VQ9A 1S1XA 3VQEA 3KK3A 1ITGA 2YHBA 4N5SA 3NHGA 4CJVA 4M3YA 4CJWA 3BDPA 2X6NA 4KHNA 2HNZA 1J5OA 1RTHA 3RWUA 1GOAA 3FFIA 4LH4A 3NDKA 3LZIA 2YHAA 3ZSRA 1RBTA 3NFAA 4FLVA 3LP1A 1SKRA 2D0CA 3CYMA 3DOKA 5K14A 3OYAA 4E7JA 2HVIA 4FLUA 4PUOA 1FK9A 4TSXA 1S1TA 4OKKA 5FRMA 2B4JA 2XY5A 5I42A 4DTNA 3ZSVA 4B8AB 3KKRA 1RT4A 3L2VA 4ELVA 4IG0A 3V6DA 4FJGA 3AVAA 3AVBA 4M3TA 4CEEA 1YVUA 3PX0A 4CJFA 5FRNA 1S5JA 2KTQA 1RCHA 1JL1A 2YNIA 3D45A 4LY7A 3IAYA 1ZBHA 1EXQA 1RT2A 4F3OA 4CF1A 4KPYA 2Z1HA 5KRSA 1VSIA 4B9MA 4FJNA 1UAXA 3NF8A 1NK7A 4G1QA 3I0SA 3OS2A 1VSKA 1KRPA 1ASUA 4CJQA 2P5OA 4DTPA 1WSFA 1CLQA 4DSEA 3ZCMA 1XHZA 4I7FA 4F8RA 2W42A 2G8VA 2KZZA 3NGZA 3V9ZA 4E1MA 4WE1A 5C25A 4Z4GA 3QETA 3ZT3A 1LW2A 3KD5E 4AHCA 4CGGA 4CECA 1KLNA 1C1BA 3U3GA 2OPRA 3AVHA 1ZBUA 3F9KA 1RDAA 3AVIA 1D9FA 2DFEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CW7B 2NRWA 4ZTFA 2A41A 3QESA 4BRCA 5BPNA 2IGIA 5H1SQ 1Z26A 3G0ZA 5DK5A 2FXUA 3THXA 4LF8K 5AQPA 4AHUA 4AHRA 3HPHA 3UKRA 3PO4A 4CEDA 5EU7A 3L3VA 1VQPN 4H0TB 4FJMA 3ZSYA 3EYZA 1M90O 1WSIA 1KFDA 1MU2A 1JLFA 1GLLO 4DV1K 3D6RA 3SJJA 1SL1A 2IC3A 1ATNA 1YF5L 2H3GX 2JLEA 1TYQA 4X66K 1U45A 4E1NA 3MXIA 4C1NI 4YOVA 4B1YB 1RDBA 1GLJO 4OGCA 4F2SA 3HL8A 1TKTA 4J2BA 2PY5A 1YJ9N 4M45A 3QFPA 1ZBSA 2KW4A 4C8NA 2BUPA 2E5LK 5KGXA 1IKXA 1KAYA 4CZLA 1ILYA 3TAFA 1KD1O 5JS1A 5AQXA 4JYAK 4W5OA 3C6TA 1WSHA 1FJGK 3CD6N 4DMNA 4K42A 3KLIA 3ATVA 2QWPA 3P38A 2YKMA 2CH6A 3MN7A 1BL3A 3FZKA 3L4QA 5E84A 3M5RA 1ZYQA 3QB0A 1W2BM 1T7PA 2BANA 4I2QA 4Z4FA 2YNGA 4DV5K 2GUPA 1RBUA 3TSPA 4O4GA 2YHWA 1TUYA 4CEFA 3S3NA 5DMRA 4QOZB 1VQMN 3ZSWA 3JXUA 3ISNC 1HJOA 3VERA 1Z6RA 4GVMA 3ENOA 3G25A 3WNHA 3UIQA 4CI6A 4MLHA 3VQ7A 2X78A 3AA2A 2RPIA 3TSQA 4HCBA 1SL0A 3MX5A 3C95A 5CYQA 3VQ5A 3S3OA 2IDOA 4A61A 1HNVA 1RDUA 3RMBA 4NB4A 1NM1A 1BA0A 2ZGZA 3ENBA 3EZ5A 5CHIA 3MXMA 4OKJA 1V4SA 3SQ2A 1UWBA 3AVNA 4DR4K 4FJJA 4JKDA 3D0PA 1LWEA 4FW2A 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 3A5L C;  4Q5V A;  3O4N A;  4J2A A;  2FF6 A;  3K5O A;  5FDL A;  2P5G A;  4WQ4 A;  1C0U A;  3LL3 A;  1GLF O;  4X65 K;  2HW3 A;  3E9L A;  2WON A;  4DQQ A;  4BR9 A;  1KSP A;  2YX6 A;  3VF2 A;  2VGM A;  4W5R A;  4WFB L;  4RW7 A;  4O0I A;  1LW0 A;  4CF0 A;  3HVT A;  4C8L A;  2HOE A;  4FJ9 A;  2OPQ A;  4GNI A;  3K5L A;  2HHW A;  3SK3 A;  1L3T A;  4B3T K;  2YHB A;  4M3Y A;  4B1U B;  3E9P A;  1RTH A;  4LH4 A;  2A6A A;  2YJE A;  3LP1 A;  1T44 A;  2D0C A;  3OYA A;  4NLB A;  4C23 A;  1FK9 A;  5I42 A;  4ELV A;  4B8A B;  1RT4 A;  4FJG A;  4YOR A;  3AVB A;  3CI5 A;  3PX0 A;  3BUZ B;  5FRN A;  1S5J A;  1NGG A;  4DV0 K;  1HKG A;  4BQZ A;  4FJN A;  1UAX A;  3NF8 A;  5AQW A;  4G1Q A;  3I0S A;  3OS2 A;  1ASU A;  1K8A O;  4DTP A;  4DSE A;  4K0K K;  4IOX A;  3FR0 A;  2KZZ A;  4HWI A;  3VEX A;  1LW2 A;  4JKH A;  3H1Q A;  4BRQ A;  4CEC A;  2UUC K;  4CZJ A;  3F9K A;  4FWN A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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