4CF9A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf9A00
4G1QA 2X6SA 2I5JA 2EX3A 2O4IA 1C0UA 1Q9XA 4HUGA 4QAGA 4OPKA 1SL2A 1SUQA 4CJVA 4FJMA 4FLYA 1CXQA 1ZBLA 1RT2A 3DLRA 4BDPA 3K5MA 3CG7A 3V1OA 3THVA 3OYIA 4FJKA 2P1JA 4HCBA 3RTVA 1RILA 3LAKA 1TVRA 1CZBA 3HSTB 4CHYA 4W5OA 2Y1JA 2G8UA 2E6LA 3LZJA 3QEXA 3TAMA 4AHTA 4Z0UA 1Q8IA 4CEOA 4ZHRA 1IKYA 1TAUA 1TV6A 3VQ5A 1NOYA 1RCHA 3HVTA 4LSLA 1NK7A 2BE2A 4HHTA 4W5QA 5D3GA 3QESA 1KVCA 4IG3A 3AO4A 1S1UA 2FBXA 4CJRA 4JLHA 2XRIA 4FLTA 1KTQA 3EZ5A 1DLOA 3HJFA 4FJJA 4EP4A 4KI6A 3AO3A 1J53A 1QSSA 3VQ6A 4Z4GA 3AA5X 3B6PA 1NK4A 4CJFA 1S1XA 2KTQA 2DFEA 3OS0A 3OYHA 3LP3A 3ULDA 4CJEA 1KFDA 2FBYA 1Q9YA 1C0MA 4AH9A 5FROA 4KPYA 4EP5A 3VA3A 3A2FA 4IG0A 1U47A 2D0CA 3RRHA 3NBPA 4HTUA 2KFNA 3LPUA 3P1GA 1FKPA 4CHOA 1HQEA 1HRHA 2FBTA 4EZ9A 1VSMA 5T7BA 3RR8A 3OYAA 1RBRA 3I0RA 4CHZA 2QKKA 4W5NA 3IG1A 1Z25A 3QINA 4HVJA 5JS1A 4Y1CA 2YNIA 3SYZA 1IO2A 4GMJB 4B3OA 1JKHA 5KTQA 3M8RA 1SL0A 2QK9A 1RBVA 3F9KA 1WAJA 3HYFA 5J1EA 5C25A 4B9LA 1JLFA 2RPIA 2PYJA 3TAPA 4B9TA 2E6MA 3LP0A 3VQ7A 4E3SA 1RT4A 4L8RB 4BWMA 4OGCA 1LW2A 3ZT3A 3V9ZA 4E7IA 4CGDA 4K8XA 3QETA 4FLXA 2G8HA 2ITGA 4J2DA 4NYFA 2X74A 4CF0A 4B9SA 4RW8A 3NH0A 3O3GA 3B6OA 3ZT2A 4JS4A 3AA2A 1TGOA 3U3YA 3NF9A 4DTJA 1B9DA 3QEPA 4DQQA 4DTPA 4DQSA 4OLAA 1JXBA 3HPOA 1BGXT 4FJXA 1KFSA 2YKNA 4OKJA 4OGEA 4CF8A 3D45A 1RT1A 2XY7A 3C95A 4E19A 5KRTA 5CZ2A 5HRRA 1O1WA 1QS4A 5KI6A 5KRSA 3P5JA 3KLHA 4DF4A 3QNNA 1K6YA 3SPYA 3HM9A 3NE6A 1ZYQA 1JLQA 5C42A 4FJ5A 3T1AA 1HNIA 3ZSRA 1SKRA 4C8KA 1C1AA 1VSHA 5KGXA 3CQ8A 2G8WA 1R0AA 1C0TA 1RDAA 4W5TA 4PWDA 3ZSWA 4CEBA 3DLBA 4HUEA 1I3AA 3VQPA 4W5RA 1WN7A 1NK8A 4O0JA 1BIZA 1RDDA 1W0HA 3ALYA 3AV9A 4CFBA 3PO5A 4CGFA 3MEDA 3TAGA 3O4NA 4BE0A 3HVRA 2D0AA 1YVUA 4KFBA 1X9MA 1WSFA 2DFFA 2Z1GA 4DFMA 3VN5A 4CJSA 2OZMA 3TARA 3KD1E 5DMRA 1YTUA 2HNDA 3OYEA 3TAQA 3ISNC 3NF7A 3O4QA 4B8CA 2HHVA 4AHCA 3K57A 3V9XA 4KB1A 1YT3A 2BANA 4O5BA 2B4JA 2ETJA 1C1CA 4RW7A 4E89A 1NKBA 4EZ6A 5K14A 1S1VA 2YNFA 3PO4A 2Q3SA 3DMJA 3MEGA 4E7KA 4IKFA 2BGGA 4FW2A 4E7JA 1BHLA 4B9NA 1RT3A 3RWUA 3KLGA 3OYJA 3WNGA 1NJYA 2HHQA 3OJSA 2Z1IA 3OYFA 3MECA 1B92A 1GOBA 4BWJA 1JLGA 1VRTA 2RF2A 2VWJA 4DQPA 4KTQA 1I39A 3KKSA 3SNNA 3RMAA 4KHSA 4Q5VA 1WAFA 4BDYA 2GUIA 4CF9A 1J9AA 1RT6A 3K5LA 4CEDA 3QLHA 4CJWA 4F4KA 1NKEA 1ZBHA 2FBVA 1HNVA 1X1PA 1S1TA 1RT7A 3WNFA 3MXMA 4N76A 4Z4FA 4YNQA 4ELTA 4I7FA 3WNEA 3LZIA 2PYLA 3AVLA 5J2MA 1LWEA 4KHYA 5EU7A 2G8KA 3O3HA 4E7LA 1S1WA 4B08A 2DY4A 4CK2A 5DK5A 3TAEA 3HP6A 4N47A 4N56A 3VQ4A 3K59A 3CFRA 3SPZA 4DTSA 4UQGA 3V9WA 2OA8A 3OYDA 4CJQA 2GBZA 4OKKA 2VWKA 4Y1DA 3BDPA 1LAWA 4CHQA 3LWLA 4YFUA 3RR7A 4M3ZA 4DLEA 2IS3A 4KV8A 3SCXA 3AO1A 2P5OA 4B9VA 3EYZA 3RRGA 1T8EA 1WSGA 3QIPA 3MAQA 3KTQA 1IG9A 4PQUA 3QEIA 3KKRA 4MQ3A 4FJNA 4AHRA 4FLZA 3TAFA 4E7HA 3SZ2A 2G8FA 3DLHA 4B9UA 4K8ZA 3DRRA 3VQ9A 1U4BA 1N6QA 4E1NA 2HHSA 1JLBA 2A1SA 3ZT1A 3G0ZA 4M3XA 3AVJA 4CJ4A 3OYBA 1IKVA 1NK9A 2PZSA 4C8LA 4KI4A 3VQAA 1BQMA 4XIUA 2KZZA 1KSPA 1XWLA 4KKOA 4DTNA 1BI4B 1VSDA 4O4GA 1BIUA 4O44A 2WOMA 3AVKA 5CZ1A 2ZD1A 3NH2A 4IFYA 3CM5A 4C8NA 2Y1IA 1RBTA 3VQCA 4OKEA 4F3OA 1WSEA 3I0SA 2F8SA 3ZSQA 4FJ7A 3V9SA 3QEVA 3TI0A 4F2SA 3OYGA 4KB0A 4FXDA 3AVAA 1A5WA 1X9WA 2BDPA 4F3TA 3DM2A 1ZBFA 3L2WA 1REVA 3RMBA 1VSIA 4DSEA 4CEEA 5HRNA 3RMCA 1RT5A 2P51A 3E01A 3ZCMA 2VG6A 2YV0X 4I2QA 1LW0A 2YNHA 4DFPA 3CM6A 3PUFA 3M8QA 1T03A 4FZXC 4M42A 2Z1HA 3NF6A 3LANA 4FM2A 3L8BA 1UA0A 1TK0A 3CFPA 3TR8A 4HUFA 2QKBA 2HVHA 3L2VA 2XHBA 2XY5A 3CFOA 1LWCA 1JXEA 3AVIA 3ZSZA 4KHWA 1EX4A 1HQUA 2JLEA 3NGIA 1JLCA 4F8RA 1UWBA 1ASWA 3IS9A 4RW9A 4CCHA 4BDZA 4OJRA 3SJJA 1HYZA 2ZE2A 4O55A 3OVNA 2F96A 2JGUA 3HPGA 4CGHA 1Z26A 4CIEA 1S9GA 5HRSA 4LSNA 4FM0A 5HLFA 3DOKA 1F21A 1RNHA 2B6AA 1S6QA 4DTRA 2A1RA 3JYTA 3HO1A 3UIQA 3P83D 5C24A 3ZT4A 4CERA 3OYNA 1EP4A 3AVFA 5J2NA 1L3UA 4J2AA 1S6PA 2LSNA 4NCAA 2GV9A 3M8PA 4FJ8A 2WONA 3NF8A 3I8DA 1G15A 3L2UA 2G8IA 3PX4A 4CK1A 4C8OA 3AA3A 4Q0BA 4CEAA 1QTMA 3NH1A 1SL1A 3V1RA 4ELUA 1UAXA 1HYSA 1NOZA 4M41A 1S9EA 3NCIA 4FLUA 3D0PA 3CYMA 4DSLA 4HCCA 4CE9A 4FK4A 1FKOA 3ZSOA 2YHAA 1IKWA 1NK5A 1ASVA 2EHGA 1L3VA 5SWMA 3TWHA 2NUBA 3OYKA 4DSKA 4AHSA 4PY5A 4IDKA 1QE1A 4AILC 1NJXA 4CFDA 2YKMA 3OYLA 3V6DA 3F73A 2IDOA 4ID5A 3SUQA 4ELVA 4LD0A 2KW4A 2B5JA 2OPPA 1FXXA 2FC0A 3MXJA 2YNGA 3KLEA 3KJVA 3AO5A 3VQEA 4DSJA 4RG8A 5CY4A 3S3NA 4KHQA 4MFBA 1S5JA 3SV3A 4JRPA 2IAJA 4FK2A 1NK0A 1VK0A 4ID1A 4CGGA 4DU4A 3VQQA 4R5PA 4DU3A 4E1MA 3V1QA 1RBUA 3OS1A 3NDKA 3AVNA 3NHGA 3K2PA 4N5SA 2IOCA 2X6NA 4H8KA 4CFAA 4BE2A 4TSXA 2E4LA 3VQDA 4OPJA 4M3RA 4CIFA 1RTJA 2HNZA 4CJPA 1D8YA 1YTAA 3DOLA 4H4MA 4KRFA 1JLEA 3WNHA 1KCFA 4DLGA 1CZ9A 5JS2A 4ICLA 1TK5A 4KHUA 5FDLA 3AO2A 3T19A 4FJHA 1TKTA 3DLGA 4CJUA 1B9FA 4CHPA 2VG5A 1A5VA 4CJKA 2VG7A 2OPQA 3V4IA 1SKWA 2W42A 4DSFA 5HRPA 2KZMA 2XY8A 2HHUA 4N41A 3QIOA 4QOZB 3DRPA 1BCMA 3V9UA 2YHBA 3HT3A 3PX6A 2HB5A 4KREA 1CLQA 1MU2A 1BL3A 4CFCA 1WSJA 1CXUA 4CGJA 4CGIA 1NK6A 3ZSYA 4FJLA 1VSLA 3V81A 3DLKA 2X78A 1TK8A 1IKXA 2IGIA 3EY1A 1X9SA 5CYQA 1DTTA 4H4OA 3LPTA 1T05A 4FJGA 4M45A 3AA4A 1QQCA 1TKDA 4NCBA 4M3YA 1TL3A 1JL1A 4FJ9A 3LAMA 3QO9A 3C94A 4PA1A 3SQ0A 1RBSA 3DLEA 4KHNA 4GVMA 5CYMA 4KTWA 3ITHA 1XC9A 2P5GA 4DTXA 3LWMA 4DG1A 3LALA 5HBMA 3BGRA 3HPHA 5HP1A 3SUNA 2D5RA 3OYCA 3PV8A 3ASMA 3KLFA 3TANA 4LY7A 2HHWA 3ZSXA 4FJIA 4DTMA 4J2EA 3SI6A 1RDCA 4I9QA 4DQIA 3S3OA 3KK3A 4M3WA 4ZTJA 1HMVA 1BCOA 2HHXA 1D5AA 1WSIA 1Y97A 3HL8A 4CIGA 4M3TA 1ZBIA 2HW3A 4FYDA 2AJQA 2OPSA 1QSYA 3NGYA 4LH4A 4FCYA 1U48A 2G8VA 1BISA 1XHZA 3K5NA 4DFJA 1SV5A 3K5OA 1BQNA 1KLMA 1VSJA 4KTZA 1XI1A 2F8TA 1QHTA 4LH5A 4DS5A 3KIOA 4M3UA 1HYVA 3HP9A 3DYAA 4Z4EA 1TKXA 4DFKA 1GOCA 3SQ2A 4NCGA 1J5OA 3RMDA 4CEFA 1IH7A 4AHVA 3SUOA 2DTUA 2HMIA 1EETA 4CF1A 4CJ5A 2IC3A 1JLAA 4GW6A 3AVHA 4C8MA 3KK2A 4FK0A 4KAZA 1RTDA 4JRQA 4B8AB 1KVBA 4RW6A 3HK2A 1W9HA 3C6UA 3PX0A 4FZZA 3O3FA 1L3TA 3K58A 1U04A 3QEWA 3T3FA 4PUOA 3AVCA 1FK9A 2DFHA 2OZSA 4O0IA 3PY8A 4FVMA 2QXFA 1QSLA 2HHTA 1EKEA 3DRSA 4ZTFA 4CEZA 4CHNA 1VRUA 3L3VA 3S9HA 5KGWA 3VQBA 1VSKA 3C6TA 3OYMA 1NJZA 4FZYA 5FRMA 2HVIA 1N5YA 4Z4CA 3FFIA 4DQRA 5SZTA 4DTUA 5HROA 4DS4A 3L2RA 3U6FA 3HXMA 1NJWA 1RDBA 4DU1A 1JL2A 3ZSVA 1RTHA 3VQ8A 4CJTA 1U45A 1WSHA 3NGZA 4BE1A 2ATQA 1J54A 2D0BA 2XY6A 4E0DA 4OLBA 2XO7A 3JSMA 4FLWA 3MXIA 1VSFA 3SQ1A 1L3SA 1C6VA 2RKIA 3AVGA 4FW1A 1RTIA 4CK3A 4FLVA 3LP1A 1L5UA 1ZBUA 3KK1A 3OY9A 3QERA 1EXQA 4DF8A 2HNYA 3M8SA 4DWIA 4J2BA 1SKSA 1HJRA 3NFAA 4CJ3A 5I3UA 3IAYA 1KLNA 4WE1A 5E41A 1LAVA 4F2RA 4CJLA 1C1BA 3MEEA 3OJUA 1LWFA 1WLJA 1A5XA 1KVAA 4I2PA 1KRPA 4FM1A 1LV5A 3AVMA 1DTQA 3KLIA 3G10A 4CECA 1UOCA 1GOAA 3SV4A 3KD5E 4DTOA 4OVLA 2RN2A 3S3MA 3L2QA 4IBNA 1ITGA 3H08A 5J2PA 2KFZA 3LDSA 1D9FA 2O4GA 2PY5A 3NAEA 3QNOA 1NKCA 2OYQA 3U3GA 3VA0A 5I42A 3DI6A 1WNSA 2OPRA 3ZT0A 1U49A 1XHXA 1BI4A 2ZQBA 3IRXA 1T7PA 1TKZA 2R7YA 5FRNA 4QCLA 3AVBA 4DSIA 4KO0A 1D9DA 4JS5A 1TL1A 3LP2A 4BACA 5J2QA 4AHUA 1UA1A 2Z1JA 4IFVA 4I9LA 4CF2A 2KQ2A 3TABA 4NYNA 3L3UA 4RW4A 3SUPA 4CEQA 3OS2A 1ASUA 4Z4IA 3SQ4A 1VSEA 1TAQA 4Z4HA 1HPZA 4DMNA 4CESA 4B9MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I5JA 3I56N 3D6RA 3CQXA 1CZAN 1SUQA 4FJMA 1CXQA 1RT2A 3EKUA 4B1UB 3E66A 3O6WA 4AM6A 1TYQA 2Y1JA 4FWQA 4CHYA 4W5OA 1DGKN 2G8UA 3LZJA 2CH6A 1NOYA 1RCHA 3HVTA 4LSLA 4JI2K 5M1FA 1P8ZA 4W5QA 4JI0K 1S1UA 1XC3A 3EZ5A 4LF9K 5AQYA 4EP4A 4KI6A 1QSSA 5IT9O 4Z4GA 1YUWA 1S1XA 2OTLN 1XQSC 2KTQA 3LP3A 3ULDA 2V7YA 1E4FT 4CJEA 1VAZA 2RE2A 2YHYA 3VA3A 3W0LA 3A0IX 3A2FA 4E1JA 1YVNA 1HPMA 5LMUK 1RBRA 5BPLA 3IG1A 1Z25A 5C15A 4Y1CA 2YNIA 3SYZA 1JKHA 1RFQA 5KTQA 1WAJA 5C25A 5MLCQ 2ZF5O 2E6MA 3LP0A 1Z6RA 4E3SA 1RT4A 4L8RB 4OGCA 2UUBK 1GLFO 4YDUA 3VERA 5AQLA 1VQNN 3WUHA 3THYB 4FWPA 2FSKA 3C6HA 4IDHA 2DPNA 3ZT2A 3AA2A 1S22A 1B9DA 3QEPA 4ILGB 3SJHA 3H3NO 1K8KB 4B1WB 1KFSA 1WOQA 4IZ9A 2FF6A 1O1WA 1QS4A 3P5JA 3O08A 3ZX0A 1GLEG 1K73O 1SKRA 1VSHA 3BP8A 2Q2RA 5KGXA 3CQ8A 1C0TA 1RDAA 4WFNL 4PWDA 1QZ6A 2CGJA 1BIZA 2AA4A 3AV9A 4CFBA 1E4GT 4BR0A 3O4NA 3HVRA 2QWMA 1WSFA 2W41A 3VN5A 4JHDA 5DMRA 5H1SQ 3OYEA 3BY5A 3DXMB 4AHCA 3CXCM 3V9XA 1IBMK 4O5BA 3T7ZA 4E89A 1C1CA 4BG8A 2P9IA 5AZIB 3MEGA 3ZX3A 3RWUA 4B9NA 3OJSA 4JKHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2I5J A;  3I56 N;  3D6R A;  3CQX A;  1CZA N;  1SUQ A;  4FJM A;  1CXQ A;  1RT2 A;  3EKU A;  4B1U B;  3E66 A;  3O6W A;  4AM6 A;  1TYQ A;  2Y1J A;  4FWQ A;  4CHY A;  4W5O A;  1DGK N;  2G8U A;  3LZJ A;  2CH6 A;  1NOY A;  1RCH A;  3HVT A;  4LSL A;  4JI2 K;  5M1F A;  1P8Z A;  4W5Q A;  4JI0 K;  1S1U A;  1XC3 A;  3EZ5 A;  4LF9 K;  5AQY A;  4EP4 A;  4KI6 A;  1QSS A;  5IT9 O;  4Z4G A;  1YUW A;  1S1X A;  2OTL N;  1XQS C;  2KTQ A;  3LP3 A;  3ULD A;  2V7Y A;  1E4F T;  4CJE A;  1VAZ A;  2RE2 A;  2YHY A;  3VA3 A;  3W0L A;  3A0I X;  3A2F A;  4E1J A;  1YVN A;  1HPM A;  5LMU K;  1RBR A;  5BPL A;  3IG1 A;  1Z25 A;  5C15 A;  4Y1C A;  2YNI A;  3SYZ A;  1JKH A;  1RFQ A;  5KTQ A;  1WAJ A;  5C25 A;  5MLC Q;  2ZF5 O;  2E6M A;  3LP0 A;  1Z6R A;  4E3S A;  1RT4 A;  4L8R B;  4OGC A;  2UUB K;  1GLF O;  4YDU A;  3VER A;  5AQL A;  1VQN N;  3WUH A;  3THY B;  4FWP A;  2FSK A;  3C6H A;  4IDH A;  2DPN A;  3ZT2 A;  3AA2 A;  1S22 A;  1B9D A;  3QEP A;  4ILG B;  3SJH A;  3H3N O;  1K8K B;  4B1W B;  1KFS A;  1WOQ A;  4IZ9 A;  2FF6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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