4CF9A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 54
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf9A00
2DFHA 3V9WA 2IGIA 4M3YA 5DK5A 4AHUA 4FJHA 4RW8A 5CYMA 3BDPA 3DI6A 4LH5A 5C25A 4KRFA 3THVA 4CF0A 1BHLA 3LWMA 3VQPA 4DFMA 2HNZA 2Z1HA 4CEQA 3G10A 2D0AA 2VWJA 3DRRA 3QNNA 4FJXA 1L5UA 5DMRA 1RDAA 3NF9A 2Z1IA 4W5TA 3OYJA 1S9GA 1N6QA 3QEXA 2VWKA 1FK9A 1HNVA 3HM9A 3U3YA 2Y1JA 3OYBA 1VSJA 2ZD1A 3MXJA 3NHGA 3SYZA 1RT4A 3QEWA 3SQ4A 3K2PA 1NK7A 2HHUA 4LSLA 1TL1A 4BWJA 1C1BA 4DU4A 3QEPA 4F2SA 1QE1A 3A2FA 5HLFA 4Y1CA 1C0UA 1LWFA 3OYNA 1QSYA 3NGZA 4KAZA 4XIUA 1RT2A 4DFPA 4FM2A 3JSMA 3RRHA 3V1RA 1QSSA 1ASVA 1U47A 2KTQA 4JRQA 1YTAA 3K5LA 4E1MA 4E7KA 2FC0A 3ASMA 4QOZB 1WSJA 3F73A 3KLEA 1S5JA 2RPIA 3V9UA 1S6QA 1VSHA 1C0MA 3SUPA 1L3VA 4DQQA 4DTMA 4ID1A 3RMBA 3EZ5A 4B9MA 3AVAA 1ZBLA 1CLQA 3KLFA 2P1JA 3ISNC 4KV8A 3T1AA 4W5NA 2YKMA 4M41A 3HO1A 3ZT4A 4AHRA 3QEIA 2QXFA 3SQ1A 1N5YA 4IDKA 4CEZA 2DY4A 2HMIA 4M3XA 5JS1A 2G8UA 3V81A 4PY5A 3O4NA 2E6MA 5C42A 1UA1A 2G8HA 4KHSA 3H08A 1WSHA 3PY8A 3HXMA 3DMJA 1NK5A 3QESA 1YVUA 1KTQA 3JYTA 4E3SA 4PWDA 3NF8A 1BISA 3AV9A 3SJJA 3OYAA 3NE6A 2Z1JA 1RILA 3NFAA 3EYZA 4IKFA 4N5SA 2DTUA 4FW1A 2OZSA 3LZIA 1A5XA 1O1WA 2OPQA 4OKEA 5KGWA 4J2EA 4DTOA 3LALA 3KTQA 4CEDA 2KFNA 1KFSA 3AVFA 3AVNA 4CGIA 3AA3A 4ZHRA 1T8EA 4DMNA 3LZJA 5FROA 4DLEA 4DFKA 3KLIA 1LAWA 2JLEA 4F2RA 4YFUA 3OJUA 1VRUA 1KLMA 2BGGA 3CM5A 4I9QA 1L3SA 3CFRA 1S1VA 1VSIA 4G1QA 3ZSVA 5HRSA 2PYLA 1TAUA 1NK6A 1RTIA 2ATQA 2HW3A 3QETA 5EU7A 2PYJA 2D5RA 4KHQA 3M8SA 4BDYA 1IO2A 2EX3A 3TAMA 2IC3A 4OGEA 1JXEA 1RBRA 3KLGA 1BCMA 4CEAA 4FW2A 2R7YA 3S3OA 3MECA 4DSIA 5KRTA 4CF8A 4RW9A 4CJPA 1WSEA 4CIFA 3L2WA 3NAEA 2HB5A 4B9LA 4W5RA 3ZSZA 3V6DA 2P5GA 4AHCA 3K57A 1T05A 3QO9A 4B08A 4FJNA 1LW2A 3KK1A 4AH9A 2IOCA 4E89A 3AVGA 3AA4A 4KPYA 2BDPA 4NYNA 3VQ9A 1S6PA 1J54A 4DTNA 4CHZA 1QTMA 5HBMA 4FLXA 4B3OA 1WNSA 4CHNA 3KD1E 4CGFA 3HVRA 3HJFA 1X9MA 4CGHA 1RCHA 3VQ7A 3ZT3A 1REVA 4B9TA 3SUNA 4CERA 1ZBFA 3OYMA 3OYFA 4FLUA 4KHWA 1CXQA 1SL0A 1KRPA 4C8OA 4DS4A 1RBVA 4ZTFA 2RKIA 1HRHA 3V4IA 3DOLA 4J2AA 4OJRA 4EP4A 1WSGA 2DFFA 4CJTA 4FJ5A 4B9SA 4H4MA 4DSJA 2HHSA 1W9HA 1B9FA 1XWLA 2WOMA 4F8RA 1IKXA 4KREA 2E6LA 4DTJA 3LP3A 3T19A 1ZBIA 1Z25A 3M8QA 5J2MA 4CJFA 4BE1A 1X9WA 1XHXA 1BCOA 4QAGA 3O3GA 3TAQA 4ZTJA 1NJWA 4OGCA 5D3GA 4Y1DA 4BE0A 5J2QA 4M3ZA 4MQ3A 3K58A 3SUQA 4N41A 4FK4A 3QLHA 2YHAA 2I5JA 3CG7A 3DLRA 4BWMA 4CEFA 4JLHA 4BE2A 4CESA 1WSIA 1T7PA 5CYQA 3OS1A 2FBYA 3NH0A 3ZSXA 1BQNA 3OS0A 2HHTA 1QSLA 4FYDA 1VSFA 1SKWA 1GOAA 1JKHA 2XY8A 1RTHA 1RBTA 3CFOA 3AO4A 4CJWA 1U48A 1KSPA 3CYMA 4CHPA 4KI6A 3AVKA 3KIOA 4HVJA 1WAJA 4FCYA 4CK1A 3KK2A 1D8YA 4FZZA 4HUFA 2B4JA 3NDKA 1KVAA 1HYSA 1FKPA 4CFBA 3NH1A 1KCFA 4Z4IA 2O4IA 1C1CA 4DSLA 4MFBA 2KW4A 3HPOA 1EETA 3DRSA 3LDSA 3L8BA 2HVHA 3S3NA 3ZSOA 4UQGA 3IS9A 3WNHA 3ZCMA 3OYEA 3SV4A 1ZBUA 4E7HA 1TKDA 1GOCA 3SCXA 1R0AA 2HHXA 5KI6A 4BDZA 3VQ5A 3KJVA 4DTPA 3HK2A 1RTDA 4FLWA 1W0HA 4DWIA 4F4KA 1IKVA 4OKJA 2GBZA 2OPSA 3IAYA 5FRMA 4OPJA 1BGXT 3CFPA 3NGIA 4CJEA 4FJJA 3L3VA 2IAJA 4Z4HA 2A1RA 1X1PA 1FKOA 4RW6A 1JLBA 2X74A 1JL1A 2RN2A 4FLVA 3L2VA 3VQCA 4IG0A 2PY5A 4DSFA 1S1UA 4IFYA 4FJIA 1TGOA 3K5NA 4CCHA 2HNYA 4KTQA 1TL3A 4OVLA 4FJMA 4CIGA 4FZYA 4CJ5A 2ITGA 4DF4A 5CZ2A 2YNGA 1RDDA 4C8MA 4B8AB 4FLYA 4FJ8A 3NH2A 1QS4A 1FXXA 3DYAA 3VN5A 3VQEA 1RT5A 3ZT1A 3K59A 1Y97A 3NF6A 1EXQA 1VSKA 3LPTA 4CJQA 5J2PA 4HCBA 3LPUA 3OYGA 1CZBA 3RRGA 1K6YA 1HQUA 3MXMA 1XHZA 3D0PA 4KFBA 4F3TA 1C6VA 3DLGA 3LP1A 1LW0A 4AILC 5J1EA 3HVTA 3V9XA 2YNIA 3MAQA 2FBXA 4IFVA 4W5QA 2XO7A 5HRNA 2XY7A 4KI4A 1HNIA 1NK8A 2BE2A 2IS3A 1G15A 1Q9XA 3OYKA 2HHQA 3DOKA 2XHBA 3VA3A 3ITHA 1HYZA 4Z4GA 4DTSA 4N56A 3NCIA 3F9KA 2VG7A 4GMJB 1IG9A 2D0CA 3PO4A 3C95A 3RMAA 3SNNA 3TANA 4DU1A 2PZSA 2KFZA 2ZE2A 4DF8A 4J2BA 3MEGA 2RF2A 3AVMA 4RG8A 1TK0A 3OYLA 3PX6A 1LWEA 2X6NA 1Z26A 4EZ6A 4KKOA 3AO3A 3QINA 4RW4A 1C1AA 4CFCA 4DU3A 1RT1A 2OZMA 1SUQA 2X6SA 1TK5A 2A1SA 2JGUA 3G0ZA 2G8VA 3TAPA 1LV5A 4E7LA 1VRTA 3DLEA 3LP0A 3HYFA 4M3RA 3ZSWA 3SPZA 1MU2A 1T03A 4QCLA 1HJRA 3V9ZA 4DTXA 4I9LA 1IKWA 1D9FA 1BI4B 4IBNA 5K14A 4DFJA 1VSLA 4Q5VA 4F3OA 4CJ3A 4RW7A 2HNDA 2P5OA 1WAFA 1RDBA 5FDLA 3K5OA 3HPHA 3NBPA 4DS5A 3HP6A 3HP9A 2G8WA 1BL3A 1J53A 3MEEA 3LANA 4DQRA 3CM6A 5SZTA 3V9SA 3AO2A 3RR7A 4M3WA 5CY4A 3QERA 1VSMA 4N76A 4CF9A 1NK0A 4CF2A 4AHTA 4OPKA 2VG5A 3TI0A 4FZXC 1ASWA 1SV5A 3HSTB 3HPGA 1LWCA 3ZSRA 4E0DA 2YNFA 4O5BA 1RNHA 4GVMA 4IG3A 4KHYA 4FJKA 2O4GA 1DLOA 1Q8IA 3V1OA 4B9UA 5HROA 4JS4A 5HP1A 4I2QA 4FM0A 1NK4A 4E7JA 1UOCA 2Y1IA 3P5JA 4CECA 4K8XA 2G8IA 1JL2A 3OJSA 3OYIA 4C8LA 4KTWA 1HYVA 3D45A 4GW6A 3PUFA 4OKKA 4DG1A 4B9NA 4ELVA 1RBSA 3SQ0A 4CHQA 1A5WA 4DQPA 1U4BA 1L3UA 4KHNA 2YNHA 4YNQA 3RMDA 4ICLA 4FM1A 2B6AA 3AVIA 1GOBA 3VQDA 3L3UA 1S1WA 1KVBA 3PX0A 5I3UA 3VQBA 4H8KA 2OPPA 1JLAA 3WNEA 3KLHA 1U49A 4CJUA 4O4GA 4DTUA 4WE1A 3P1GA 3QIOA 3PV8A 1HMVA 5KRSA 3KK3A 4EZ9A 4BDPA 1RTJA 1SL2A 3C6TA 2D0BA 2KZZA 4DQSA 3T3FA 1WN7A 1NOYA 2G8FA 4CF1A 3SI6A 3UIQA 4KTZA 1IH7A 3QIPA 5SWMA 2DFEA 5C24A 1ZYQA 2QK9A 4NCAA 3TAGA 2QKKA 1JLCA 3I0RA 1UAXA 2KQ2A 3S3MA 1UA0A 4FJLA 4HHTA 4NCBA 5JS2A 3PX4A 4AHVA 1NJYA 3LAMA 3DRPA 1CXUA 2B5JA 4FLZA 3IG1A 3RMCA 1SL1A 4OLAA 4FVMA 3IRXA 2NUBA 4H4OA 4CJKA 1U04A 1JLGA 3DLHA 4O44A 3OYDA 1S1XA 4KB1A 4OLBA 1CZ9A 4LY7A 3ZT2A 3TR8A 3DLKA 4CJLA 3VQ6A 3RR8A 4B8CA 1D5AA 3LWLA 3ZT0A 4K8ZA 3MXIA 4PQUA 2P51A 4EP5A 3WNGA 5CZ1A 4R5PA 3SUOA 4DSKA 1S9EA 1I3AA 1UWBA 4FXDA 3K5MA 1BI4A 3VQAA 4E1NA 2XY6A 3SV3A 2YKNA 2X78A 1B9DA 1TVRA 4O0IA 2AJQA 2IDOA 4JS5A 3M8RA 4J2DA 4FK2A 1ASUA 5HRPA 3AO1A 4FLTA 1RT6A 1QHTA 1WLJA 5E41A 2EHGA 5T7BA 3OY9A 1A5VA 2Z1GA 1Q9YA 4HCCA 1SKSA 1JLQA 2FBTA 4CJSA 3S9HA 3TARA 3OYHA 3B6PA 4CJ4A 1U45A 4M45A 4CHYA 4W5OA 1EKEA 5FRNA 1LAVA 4NCGA 4L8RB 1NKCA 4KB0A 1BIUA 1EX4A 3TWHA 1JXBA 1C0TA 4M3TA 4KHUA 2KZMA 4PUOA 1BQMA 3M8PA 3C6UA 2BANA 3VA0A 4FJGA 1F21A 2GUIA 3O3HA 3ZSYA 4Z0UA 4Z4CA 1DTTA 2QKBA 1BIZA 3TAFA 1RT3A 4CJVA 4E19A 2OA8A 1S1TA 4CHOA 2ETJA 2GV9A 3L2RA 3KKRA 4N47A 4B9VA 5KGXA 4LH4A 4FJ9A 4M42A 1VK0A 4DTRA 2W42A 4FJ7A 3B6OA 4ID5A 2ZQBA 5I42A 3VQQA 3DM2A 3V1QA 3TAEA 1X9SA 2HHVA 2F8SA 3NF7A 1L3TA 4CE9A 4AHSA 4DSEA 1EP4A 4CEOA 4JRPA 4HUGA 3PO5A 1YTUA 5HRRA 3AVHA 4C8NA 2OYQA 1J5OA 3OVNA 3SPYA 5J2NA 4NYFA 4C8KA 2F8TA 1TAQA 3TABA 1XC9A 1JLFA 4CGJA 3WNFA 1NKEA 4Z4EA 4Q0BA 2HVIA 1TKZA 1VSEA 2LSNA 1TV6A 2YV0X 3KD5E 1QQCA 1IKYA 3U3GA 4DQIA 3EY1A 3HL8A 3NGYA 2XY5A 1NKBA 3QNOA 1KVCA 4HTUA 3AVCA 1ITGA 2XRIA 3C94A 4M3UA 4CK2A 3RTVA 1RBUA 4CIEA 4CEEA 3AVLA 3ULDA 1YT3A 1KLNA 2YHBA 4PA1A 2F96A 5KTQA 4FK0A 3I8DA 4Z4FA 4CK3A 1WSFA 2FBVA 1NOZA 1TKXA 3VQ4A 3OS2A 2WONA 4I2PA 3OYCA 1I39A 1XI1A 1NJZA 4LSNA 1SKRA 3BGRA 3AVJA 3MEDA 3SZ2A 3U6FA 1TK8A 1HPZA 2E4LA 4O0JA 4CFAA 1TKTA 3O3FA 3FFIA 1KFDA 1DTQA 3ZSQA 3QEVA 1ZBHA 1J9AA 4CJRA 4LD0A 2G8KA 1D9DA 3AA2A 1VSDA 3O4QA 3E01A 3L2UA 2OPRA 3VQ8A 4CGDA 4CFDA 3ALYA 3HT3A 4HUEA 1B92A 2VG6A 4E7IA 4CEBA 3AA5X 1JLEA 3KKSA 4CGGA 3CQ8A 3DLBA 4ELUA 4O55A 1RDCA 2Q3SA 4TSXA 3I0SA 3L2QA 4ELTA 3AVBA 3LP2A 1NK9A 1HQEA 3AO5A 4I7FA 4BACA 2HHWA 1RT7A 1NJXA 4KO0A 3P83D 3RWUA 3LAKA 4DLGA 3SQ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DFHA 4JI6K 4H0XB 4WFBL 5DK5A 4AHUA 4IJNA 3BDPA 4LH5A 3FZFA 5C25A 3THVA 4KRFA 4DFMA 3ZEUA 1GLEG 3O5BA 4CVNE 3K9KA 4WQ4C 3EN9A 3JXUA 3OTOK 4EHTA 4U67L 4K43A 5CR4A 2VWKA 2Y1JA 1VSJA 4BRAA 3NHGA 2CH5A 2PAVA 1TL1A 3HOTA 4LF8K 3HRGA 1S22A 3B8AX 3NGZA 4XIUA 1RT2A 4DFPA 3CC7N 3JSMA 2WC9A 2YJFA 3K5LA 2F7TA 4LF9K 2RPIA 4A2AA 3SUPA 4DQQA 4FPBA 4B9MA 1CLQA 3KLFA 3F2KA 3ISNC 4KV8A 4M41A 3QEIA 2QXFA 1N5YA 1DGKN 5JS1A 1VQ8N 4LF7K 4CZIA 4PY5A 5KPRA 3H08A 1WSHA 2A5XA 3DMJA 1KTQA 4E3SA 1N36K 4LFCK 3ENHA 3NFAA 2QWLA 2O8FA 2ZF5O 1A5XA 4J2EA 2UUBK 4DTOA 5E26A 4GKJK 3SBTA 1VQON 3AA3A 4DLEA 4DV1K 3KLIA 3CM5A 4I9QA 4G1QA 5AZIB 4BR0A 4DHYA 2E88A 3ZLJA 1TAUA 5AFUA 2HW3A 1VHXA 3VOVA 3MCAB 2EX3A 4KAZA 2IIRA 4DSIA 4CF8A 4RW9A 2AP1A 3L2WA 3NAEA 2HB5A 3CCEN 4B9LA 4W5RA 3V6DA 3EZWA 3K57A 3QO9A 5C12A 4FJNA 3A5MC 4AH9A 4E89A 4DR6K 4KPYA 3AA4A 1BO5O 3UKRB 3VQ9A 4CHZA 1QTMA 1S72N 3HJFA 1RCHA 3C0BA 2O8CB 1SL0A 1KRPA 4C8OA 4JKEA 3MN5A 1VQPN 4C1NK 2HHSA 1W9HA 2WOMA 4F8RA 3CCSN 2E6LA 3LP3A 3T19A 4FL9A 5J2MA 3M8QA 1NJWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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