3P83D

Structure of the pcna:rnase hii complex from archaeoglobus fulgidus.
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
SPEFPGRLMKAGIDEAGKGCVIGPLVVAGVACSDEDRLRKLGVKDSKKLSQGRREELAEEIRKICRTEVLKVSPENLDERMAAKTINEILKECYAEIILRLKPEIAYVDSPDVIPERLSRELEEITGLRVVAEHKADEKYPLVAAASIIAKVEREREIERLKEKFGDFGSGYASDPRTREVLKEWIASGRIPSCVRMRWKTVSNLRQKTLDDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title PCNA directs type 2 RNase H activity on DNA replication and repair substrates.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna binding protein
source organism Archaeoglobus fulgidus
molecule keywords DNA polymerase sliding clamp
total genus 78
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence E, F
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p83D00
1G15A 1D8YA 4CFBA 4DS4A 1RBVA 3LANA 3V6DA 1NKEA 4N5SA 1JLFA 1TAQA 4JRPA 2BANA 3AV9A 1YTUA 4H4MA 4CIGA 2HHTA 2DY4A 3EZ5A 3PV8A 5DMRA 1RT2A 3G10A 4ZTFA 3NE6A 3SUQA 3NBPA 4DLGA 2XRIA 4ICLA 1TV6A 3K59A 4I9QA 4R5PA 2G8UA 1TKXA 3C94A 4F3OA 4F3TA 4CHPA 4B8AB 3MEGA 4DG1A 2HVIA 1X9WA 3AVFA 4Y1DA 5T7BA 3QETA 1VSHA 4LSLA 3F73A 3NHGA 4NYNA 3V9XA 4PQUA 3HVTA 1DTQA 1EETA 4CK3A 4CGIA 3SNNA 4DTUA 1JLBA 2KZZA 2HHUA 3HP6A 4BE2A 1YTAA 1KVCA 3NGIA 2X6SA 3S3NA 4I9LA 4CJKA 4KO0A 4B8CA 1NJXA 3SPZA 3OJSA 4DQSA 1REVA 3QESA 2PYJA 1RT7A 5CYMA 3PX6A 3WNEA 2F8TA 4GMJB 4DTJA 3LP1A 3P1GA 4LH5A 4Z4EA 3AVKA 2O4IA 2PZSA 4H4OA 4FJKA 1BHLA 4B9UA 2D0CA 1NK9A 3DOKA 3ITHA 3TR8A 1KVBA 1RBRA 1S1WA 3M8PA 3ZSRA 4HUFA 2AJQA 4CERA 3P5JA 3NH1A 3KLGA 3D45A 3TABA 2P5GA 1NK4A 1LV5A 3NF9A 4E7JA 1JXBA 3RMDA 1K6YA 4DQIA 3V1QA 1VK0A 3KKRA 1IKYA 1RT1A 3V9SA 3VQ6A 4OPJA 3AVAA 1XI1A 4IG0A 4CF0A 3AVJA 5SZTA 4FJ5A 3S3OA 4ELUA 4DTPA 2FBTA 4BWJA 3QERA 3RMCA 3LPUA 1JKHA 3VQPA 5HRNA 3LAKA 1ZYQA 3ZSZA 3IS9A 4CFDA 4E89A 4HCCA 1WSGA 2HHXA 4CEFA 3T1AA 1CLQA 3VQBA 3L2UA 5D3GA 3I0RA 5KTQA 1D9FA 3ZT0A 2GV9A 2XHBA 1D5AA 4AHUA 1W9HA 4XIUA 4DFJA 1UA1A 3TARA 4BDZA 1ZBFA 4FK0A 4QAGA 4B9MA 2XO7A 3M8QA 2WOMA 4ID5A 1JXEA 5J2MA 1TKZA 4AHCA 3NCIA 1GOCA 4GVMA 4E7IA 2YKMA 3QNOA 3AA5X 1X9SA 4N76A 5JS2A 3VQ7A 3MEDA 2F8SA 2BGGA 1NKBA 4DF8A 1J54A 5J2NA 3NF6A 1NOZA 3F9KA 4KHNA 4FJLA 4FLUA 1VSIA 2VWKA 5DK5A 3V1OA 3V9ZA 4M3XA 4J2AA 3O3HA 1RDCA 1UWBA 4CJ3A 4O55A 3NGZA 4CGGA 4FLVA 1CZ9A 3QO9A 3SYZA 4DQQA 5JS1A 4BE1A 3HYFA 1VRTA 4W5TA 1HYSA 3KLHA 1JLQA 4FLXA 2QKKA 1S5JA 3K5NA 2KQ2A 4HUEA 1JLGA 3BGRA 3E01A 1IKVA 1HYZA 4FLYA 2D0BA 4CK2A 1NK8A 2XY7A 3I0SA 4B9SA 3QINA 3ZT2A 3CM5A 4CF1A 1MU2A 2VG6A 1IKXA 1UAXA 2X78A 3A2FA 3DRSA 3QLHA 4CHOA 4Q5VA 3OYDA 4BDYA 3PX4A 3SJJA 4CF8A 4YFUA 3OYEA 4OGCA 4FJ8A 2HHQA 2HW3A 3IRXA 3L3UA 3LAMA 2YNIA 4KTZA 4M3RA 3SQ4A 1S6QA 4DTMA 3K5LA 1HQEA 4O0JA 3V4IA 3NAEA 3PO4A 1ZBUA 3L3VA 1A5XA 1LW0A 3AO1A 5KI6A 1ZBIA 4CJFA 1B9FA 2P5OA 4C8OA 3SZ2A 3K58A 1J5OA 3CG7A 4CGHA 4CEDA 3NGYA 3QIPA 2EHGA 3V1RA 1GOAA 4CJLA 5HROA 4CE9A 3IAYA 4AILC 2Z1JA 3HPOA 4L8RB 2Q3SA 5HP1A 4HVJA 4CEQA 2OZSA 2FBYA 3NF7A 3SCXA 3AVMA 1BCOA 3OYKA 2GBZA 4M3TA 5CY4A 1RTJA 4CJSA 3HP9A 4BACA 3SQ1A 3SUOA 1T7PA 3BDPA 3AVIA 3KLEA 3WNGA 1BI4A 2OYQA 2G8IA 2O4GA 4CJ5A 3LWMA 4KHWA 5KGXA 3LDSA 3CFRA 4OPKA 5EU7A 2RF2A 4FLZA 2HVHA 3OS0A 4FLWA 1SL1A 3DLHA 4Z4FA 1HQUA 4CJVA 4IFVA 1EP4A 3QIOA 4C8NA 4DSKA 3CQ8A 4OKKA 1Q9YA 5I3UA 1RT6A 3ZT1A 4Z4IA 3DLEA 3C6TA 3T19A 1Q9XA 3AVLA 2VG7A 1YVUA 2HNZA 3PX0A 3CFPA 4PY5A 2F96A 2B5JA 1NJYA 1SKRA 3TAGA 1BGXT 2ITGA 3LZIA 1HPZA 3OS1A 1JLEA 3M8SA 3SQ2A 2W42A 1L3UA 1TVRA 1WSFA 4EP4A 4Z4HA 3SQ0A 3QEWA 3EYZA 4KFBA 3AA4A 2HHWA 2EX3A 3DYAA 1EX4A 2HNYA 1EXQA 1R0AA 3PY8A 3I8DA 3O3GA 3V81A 4B3OA 5CZ2A 3HPHA 3HSTB 4IG3A 3OYCA 2BE2A 2E6MA 4CJ4A 3D0PA 4FJ9A 4FZYA 4FZXC 4TSXA 1N5YA 2OZMA 3QEVA 2WONA 1TK8A 3L2RA 4N56A 2P1JA 4F2SA 3CFOA 1HRHA 4DWIA 3VQAA 4W5NA 3CYMA 3SV4A 2G8VA 1RDBA 3VQQA 3AO2A 3DLKA 3G0ZA 2B4JA 4DSJA 4E0DA 1VSKA 4CFCA 4KHSA 1LWEA 1RILA 4OKEA 3PO5A 4FXDA 3JYTA 4DTRA 1ASVA 4FJXA 1S9GA 3VQDA 3OYGA 4DTSA 4DS5A 4HTUA 2HNDA 3KD5E 4KB1A 1C0TA 1KLNA 4B9NA 3RWUA 4M3YA 3O4NA 1SL0A 2DTUA 2KZMA 4GW6A 3HVRA 1BISA 4CECA 4KREA 4PWDA 4LSNA 3NF8A 2X74A 5KRSA 5FRNA 1LWCA 3QEIA 4AHRA 4B9VA 2VG5A 4BDPA 1KLMA 3SUNA 4M41A 1X9MA 1BQNA 1HMVA 2DFHA 1QE1A 3NFAA 3P83D 4FJIA 3KK1A 2YNHA 3OYAA 3RRGA 1TL1A 2RKIA 3LWLA 1A5WA 2QKBA 2VWJA 2KFZA 4LD0A 2RN2A 1QSYA 5HRPA 3WNFA 4J2BA 2G8HA 4CHYA 4KKOA 1CXQA 3VQ8A 1SKWA 3AA3A 1B9DA 4E19A 2GUIA 4FK4A 2XY8A 1QSLA 4E7LA 4EZ9A 4F2RA 3KLFA 4K8XA 1LAWA 1S1UA 3MXJA 1T05A 4CJTA 2FC0A 3NDKA 3HO1A 3TAMA 3THVA 3VA0A 1YT3A 3DMJA 4DU3A 3OYLA 4HCBA 4QCLA 3HM9A 3ZSQA 2P51A 1BI4B 2LSNA 2DFFA 4IBNA 4FK2A 5HRRA 4RW6A 3K57A 3M8RA 3PUFA 3V9WA 4E3SA 3AO3A 3LALA 1L3TA 3ALYA 5HRSA 3OYJA 4DMNA 4QOZB 4J2EA 1J9AA 1O1WA 3EY1A 4N41A 1I39A 4FJGA 3ZT3A 2XY5A 4FJJA 3TAEA 4CGJA 4DTOA 1XHZA 1BIUA 1JLCA 1BCMA 2RPIA 1BIZA 5C42A 1WLJA 1VSJA 2OA8A 1QHTA 4DTNA 3KD1E 2G8KA 2QK9A 1DTTA 4KRFA 1IH7A 1TKDA 3ZSOA 3MEEA 4OKJA 3MECA 3SI6A 1QQCA 3B6OA 1KFSA 4O0IA 1TKTA 4Z0UA 2KFNA 1KFDA 4CFAA 3L2WA 3HXMA 1BQMA 4NCAA 4BE0A 1S1VA 4OGEA 4B9TA 3S9HA 1NJWA 3K5MA 5CYQA 3TWHA 1RNHA 4M45A 4DF4A 2Y1JA 1VSDA 4CJRA 5E41A 3DOLA 3VQEA 4C8MA 1C6VA 4ZHRA 5J2QA 1WSIA 4RG8A 1Z25A 3ZT4A 3DLRA 1SV5A 1BL3A 4RW8A 4F8RA 1WNSA 4M42A 2IS3A 4FW1A 3TAQA 3HK2A 1ITGA 4CHZA 3MAQA 1W0HA 4KAZA 3K2PA 4AHSA 1RCHA 4CEAA 3O4QA 5FDLA 4AHTA 4FM2A 1NK0A 1RDAA 1HNVA 3HL8A 4CIEA 1XHXA 4MQ3A 1T8EA 1NK6A 2BDPA 4E1NA 1A5VA 3MXMA 1KCFA 2E6LA 4NYFA 4E1MA 2A1SA 3DRRA 1TK0A 4DQPA 1IG9A 3KLIA 5K14A 3JSMA 1CZBA 4CIFA 2R7YA 3WNHA 1T03A 4WE1A 1L5UA 1RT4A 2Y1IA 4M3ZA 1C1BA 2YV0X 3UIQA 4KI4A 2YHAA 1TK5A 3VQ9A 4OLAA 2IGIA 4FLTA 4DU4A 3OYIA 4DSFA 2OPQA 1L3VA 4FJNA 4CJEA 1WSHA 1Z26A 2D0AA 1SUQA 1IKWA 3CM6A 2D5RA 1RBTA 4LY7A 4G1QA 1WAFA 1U45A 1KSPA 3KKSA 2HMIA 1WN7A 2HB5A 2IC3A 4OJRA 3OJUA 3KK2A 3LP2A 1VRUA 4KB0A 3NH0A 1ASWA 1U49A 1L3SA 3LPTA 3C6UA 2JLEA 3AVGA 4ID1A 1FKPA 1Q8IA 3SPYA 3U3YA 1JL1A 2G8FA 3L8BA 3ASMA 4EZ6A 4FM0A 3TI0A 3RTVA 1VSMA 1B92A 3B6PA 4CF2A 3L2VA 4IDKA 4Z4GA 1UOCA 1WSEA 4ELVA 1D9DA 3ZSXA 1SKSA 3ZSYA 4FZZA 4B9LA 1VSEA 4RW7A 3OYNA 4AH9A 5J1EA 4PA1A 1QSSA 4C8KA 5FRMA 3LP0A 3OYBA 1NKCA 3AVBA 1TGOA 1ASUA 1KRPA 2OPPA 3VN5A 3SV3A 3DLBA 1C0MA 5J2PA 4RW4A 1SL2A 4DSLA 1S6PA 4DFKA 3MXIA 4FW2A 3VQ5A 3ZCMA 1XWLA 2ZE2A 3U3GA 2E4LA 1FXXA 4CJPA 4KI6A 3H08A 4C8LA 1RT3A 4CHNA 3RR7A 2QXFA 5FROA 4I7FA 3U6FA 2OPRA 2IOCA 2A1RA 1WSJA 2YNGA 5I42A 1NK7A 4DU1A 3C95A 3FFIA 5C24A 1XC9A 4DSIA 4CCHA 1U04A 3AVCA 3O3FA 3TANA 4E7KA 3TAFA 4IFYA 1N6QA 3OVNA 2YHBA 3DI6A 3OYHA 5C25A 4OLBA 4O5BA 3KIOA 4NCGA 4H8KA 3VQCA 4M3WA 2ETJA 4M3UA 3OY9A 4DLEA 3DRPA 4FYDA 4I2PA 2IAJA 3L2QA 4ELTA 5KRTA 4KV8A 4W5RA 2KW4A 3KTQA 4FJHA 1RTIA 2OPSA 2IDOA 2JGUA 3NH2A 3OYMA 4DQRA 3AVNA 1DLOA 3AO5A 4HUGA 2YKNA 2X6NA 4CK1A 4EP5A 4Z4CA 4FJ7A 3AO4A 3SUPA 1RBSA 4KHQA 4CF9A 3KK3A 2HHSA 1NOYA 4DSEA 4CJQA 4Y1CA 4Q0BA 3DM2A 3RMAA 3T3FA 2Z1IA 4FM1A 3LP3A 4PUOA 2PY5A 1WAJA 3OS2A 3RMBA 1FKOA 5HBMA 4KTQA 3ZSWA 4ZTJA 1QTMA 4LH4A 1S1XA 1UA0A 4J2DA 4NCBA 1U48A 1JL2A 4JS5A 1CXUA 2ATQA 1TL3A 4DFMA 4JS4A 4HHTA 1HYVA 3TAPA 4JRQA 2HHVA 2Z1HA 4W5QA 3KJVA 3QNNA 3QEXA 2PYLA 1QS4A 4KHUA 3VA3A 3ZSVA 2FBXA 4RW9A 2I5JA 3AVHA 2G8WA 5KGWA 3ISNC 1ZBHA 3QEPA 1C1AA 1EKEA 3HPGA 4CJWA 1RT5A 2XY6A 4UQGA 1HNIA 4O44A 4I2QA 1X1PA 1LAVA 3LZJA 2KTQA 4O4GA 1TAUA 3HT3A 4K8ZA 4CGFA 4DTXA 2FBVA 1RDDA 4CEBA 4B08A 1S1TA 2Z1GA 1VSFA 4MFBA 1LWFA 1ZBLA 1U4BA 4CJUA 4CEOA 4F4KA 4CESA 1RTHA 4FJMA 3HJFA 1F21A 1S9EA 5SWMA 2NUBA 1I3AA 2ZQBA 1JLAA 4FCYA 1Y97A 1FK9A 2B6AA 3RRHA 4KHYA 4BWMA 4AHVA 3IG1A 2DFEA 4IKFA 1LW2A 3AA2A 1C1CA 1C0UA 5HLFA 4KTWA 3DLGA 5CZ1A 3S3MA 1GOBA 1HJRA 1IO2A 1KTQA 2YNFA 4KPYA 1J53A 4CGDA 4W5OA 4YNQA 2ZD1A 4CEEA 4E7HA 3RR8A 1NJZA 1RBUA 4CEZA 1NK5A 4FVMA 1VSLA 1U47A 1KVAA 4OVLA 3OYFA 3V9UA 4DFPA 1RTDA 4N47A 4CHQA 3ULDA 3K5OA 3VQ4A 4JLHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RFQA 4DV0K 4CFBA 5F1XA 2QA4N 1TAQA 4JRPA 2BANA 3AV9A 3ZLJA 4CIGA 5KPRA 4GKKK 1J5EK 3G10A 3NBPA 4ICLA 4CBXA 3K59A 5AQOA 4I9QA 4XH5A 1TKXA 3C94A 4F3OA 4CHPA 3A0IX 3GDQA 4ISFA 1X9WA 4Y1DA 4OPAA 5T7BA 2YJFA 3MX5A 3QETA 1VSHA 3IFRA 3NHGA 3V9XA 4PQUA 3HVTA 2HHUA 1YTAA 3NGIA 4I9LA 3G71N 4B8CA 1NJXA 4NLCA 1LCUA 3QBXA 3PX6A 3VTHA 1HJOA 1NMDA 2V7ZA 5GAHP 3P1GA 2O4IA 4FJKA 2YHWA 4B9UA 2D0CA 1NK9A 4C23A 3M8PA 4K25A 2P5GA 1LV5A 3NF9A 1K6YA 3V1QA 3KKRA 3WXJA 1RT1A 3VQ6A 4OPJA 2F4VK 4YDUA 3UKUA 3AVAA 2IVPA 1NGCA 1MDUB 2FBTA 2ZWHA 4BWJA 1NM1A 3LPUA 1JKHA 3LAKA 3ZETA 4LF8K 4IFEA 3MCPA 1CLQA 4PKGA 3L2UA 5KTQA 3H1VX 1D5AA 4XIUA 1HUXA 4JI2K 3TARA 3CQYA 5CHIA 4BVPA 4ID5A 1JXEA 1TKZA 3VESA 1GOCA 3QNOA 3C7NB 5JS2A 3MEDA 4MDAA 3CJ9A 3JAMO 2P9LA 3I33A 5AQZA 3F9KA 3V9ZA 1SAZA 2CGLA 4NB4A 3O3HA 3NGZA 5ADXA 5BR8K 3KLHA 2I7PA 1JLQA 4DV1K 2WTUA 4HUEA 3E01A 1IKVA 3I0SA 3DXKB 1NKBA 3CM5A 4X64K 1MU2A 4BRMA 1IKXA 1RGIA 1VQ4N 3OYDA 4YFUA 2HHQA 3K9JA 3TSPA 1VQ8N 2AP1A 3KWGA 4MO4A 4DUYK 3LAMA 4M3RA 4KTZA 4CZEA 1OKJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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