3VQDA

Hiv-1 in core domain in complex with 5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazole-4-carboxylic acid
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqdA00
4M3ZA 4CEFA 3AO3A 4CJQA 3AVKA 1NKCA 3KK2A 2VWJA 4H4OA 2G8VA 5J2QA 3VQEA 4M3RA 3DLHA 3QEVA 1IO2A 4E89A 3EZ5A 2KW4A 4DQIA 3CYMA 2X74A 5DK5A 4JRPA 4CEQA 3LDSA 2LSNA 2PY5A 4J2DA 2DTUA 3AVCA 2B5JA 1N5YA 3CQ8A 3KK3A 1C6VA 2QXFA 3V9WA 4I9QA 4FK0A 1F21A 4CJTA 5C24A 4EZ6A 4FJXA 4DTOA 1HYSA 3OYGA 3PX4A 2XY8A 4HUGA 2G8FA 1S1UA 1RT1A 3SI6A 1IKXA 2DFFA 1N6QA 4B9LA 4KPYA 1BGXT 1CZ9A 2F96A 3P5JA 4NYNA 5FROA 3LAKA 4C8MA 1R0AA 1SKSA 4HCBA 3O3GA 1Z25A 2P1JA 4N47A 3KK1A 2FBVA 1KFSA 3LP3A 3HSTB 2X78A 1VSIA 4FZXC 5FRMA 4MQ3A 3DLEA 4KHYA 3ZSQA 1JKHA 1YTAA 1L3SA 4O44A 1BL3A 5CY4A 2OPRA 4DWIA 4JLHA 4XIUA 3V1RA 4PWDA 5EU7A 3NGIA 5J2NA 5CZ1A 1UOCA 3LPUA 3NF7A 4PA1A 3OS2A 4DLEA 4KHNA 1D9FA 4CJ4A 2BE2A 1RBUA 1S1VA 5C42A 3VQ9A 1HQEA 3VQ4A 4CJPA 1KLMA 2F8TA 3OS1A 4OPJA 2P5GA 2HHWA 4FM0A 4O55A 3AVLA 3K59A 1S1TA 2FC0A 3HYFA 2WOMA 3LP1A 4B8CA 3AO4A 3NAEA 3M8QA 3OYNA 1L3TA 3KLEA 3QNOA 3S3OA 4IG3A 1FXXA 4OGCA 4CJVA 3NGZA 1NK8A 5KRTA 4AHTA 1ZBHA 3OY9A 1KVCA 3L2UA 2X6NA 5KGWA 1RBRA 3MXJA 4C8KA 3V6DA 4FJMA 1JLAA 4QOZB 3VA0A 1FKOA 3AO5A 3DRPA 4KB0A 2RKIA 3DOKA 4CFBA 1QE1A 4DFMA 4ZTJA 1SL1A 4FJKA 3SUQA 1T7PA 3NF8A 3QEXA 3RMBA 3E01A 4IG0A 1RCHA 4OLBA 3V1OA 1KFDA 1JLCA 1HNVA 3KKRA 4FJ8A 4DQSA 4FJLA 3P1GA 3NE6A 4O0JA 3KJVA 3LP0A 1RTHA 4OVLA 5SZTA 1UA0A 4KI4A 3AVNA 3ZT0A 4EP4A 3OYBA 1L3VA 2YHBA 3OYEA 1SV5A 1TGOA 1WAJA 2Z1HA 1CXQA 3HL8A 4LSNA 4OKKA 4LH4A 4B9UA 1WLJA 3HPOA 4LY7A 2B6AA 5JS1A 3K58A 4BE0A 3IG1A 3EY1A 4J2EA 2RPIA 4OGEA 4JRQA 3B6OA 4DSKA 4AHVA 3OJSA 1QSLA 4PUOA 2D0CA 1WSJA 1QS4A 4FXDA 4KKOA 4O5BA 4CJWA 1U45A 2ZE2A 1Z26A 3AO2A 1NKBA 4Z4FA 3IRXA 3C6UA 2PYLA 4ICLA 1X9WA 1QSYA 1QQCA 1CXUA 5HP1A 3MEDA 1IKYA 1LWFA 4IFVA 3QIOA 3TAEA 2YNGA 3SCXA 2G8HA 1RDBA 1SL0A 2VWKA 1HRHA 4CJ5A 4BWMA 1U48A 4NCAA 3SNNA 1NK9A 4N76A 4UQGA 5J2PA 1C0MA 1SL2A 1VSLA 4BACA 3ZCMA 4DTSA 4YNQA 2E4LA 2GUIA 4ELUA 1NK7A 4I7FA 3LWMA 3DLGA 3M8PA 2XY7A 2E6LA 4DFJA 4WE1A 3DLRA 3LWLA 1U47A 1ZBIA 4CF1A 1C1BA 1C1CA 2IOCA 3JSMA 3V4IA 1RDDA 1BISA 3ZSXA 4AH9A 4KHQA 4AHUA 1GOAA 4RG8A 3C95A 1Q9XA 3S3NA 5E41A 1LW2A 2OPQA 1NOYA 2VG7A 1XHXA 3K5NA 4HUFA 4KB1A 2HW3A 3AVAA 3KIOA 5K14A 3HVTA 3IS9A 4FLWA 2OA8A 3B6PA 3AVIA 3ZSZA 1JL1A 4DU1A 2PYJA 2FBYA 1LAWA 1B9DA 3LAMA 1Q8IA 4ZTFA 1NK4A 1T8EA 1TAUA 4DU3A 1XI1A 4TSXA 1W0HA 3ZT2A 1VSDA 2Z1IA 3VQCA 3VQDA 1TK5A 4FK2A 4KREA 4KHWA 4QAGA 1B9FA 3TARA 4CJKA 2YNFA 4CEDA 1L5UA 3PV8A 3RR8A 4Z4CA 1BIUA 1VSJA 1WSIA 3AA3A 3MXMA 1ASVA 4HVJA 2ZD1A 1KVAA 1S1XA 3OYDA 3VA3A 4CIEA 1TV6A 4FJNA 4CFCA 3NHGA 2KZMA 4N41A 1NJYA 2B4JA 5HRRA 3VQ7A 2G8IA 3K2PA 1VSHA 4DTUA 2HNZA 1TAQA 4CJUA 2HHTA 4B9TA 2IGIA 1CLQA 1NKEA 3QERA 4AILC 4BDPA 2O4GA 1IKWA 4KI6A 4M3XA 2BGGA 4O4GA 4BDYA 1FKPA 3TI0A 1J53A 1U4BA 1ZYQA 3VQ5A 4F2SA 3LP2A 4RW8A 1VK0A 3MXIA 1TK8A 1BI4B 3P83D 4KTWA 4OJRA 2D0AA 4NYFA 4B08A 4DTNA 2HB5A 3H08A 2W42A 3L2QA 1O1WA 3HPGA 4CEBA 3RTVA 4I2QA 3TANA 5CYQA 4CJSA 3SV3A 1QTMA 2OZSA 4ELVA 3ZSOA 3AVGA 3JYTA 1U49A 4J2BA 4QCLA 2HHUA 1EKEA 3WNFA 3TABA 4CGGA 4HHTA 1A5VA 1X1PA 4W5RA 4DFPA 3HJFA 3HK2A 3NF9A 4E3SA 3AVJA 1JLBA 4CHOA 3SUOA 4Y1CA 3ZSRA 3ZSVA 2XO7A 5SWMA 3NGYA 3QEPA 1EX4A 2Y1JA 4M45A 2OYQA 4PY5A 4MFBA 3HP6A 1BCMA 5I3UA 2OZMA 3TAGA 4CHNA 3ULDA 2DY4A 1C0TA 3O3FA 4JS5A 3DM2A 4E1NA 2E6MA 1J9AA 3TR8A 4DG1A 4GVMA 3TWHA 4CK1A 3L2VA 3QESA 4B9SA 4PQUA 2EX3A 3AVMA 4O0IA 3CFPA 4E7LA 3OYLA 1J54A 2I5JA 4BE2A 3ZT1A 4FCYA 4F3OA 1TL3A 4LSLA 4C8LA 1FK9A 3HO1A 3BGRA 4BDZA 3PO5A 2EHGA 3CFOA 1RDAA 1Y97A 3SQ0A 1KTQA 1LWEA 4Z4IA 3D0PA 4FVMA 5C25A 1ZBLA 4Q0BA 3F9KA 4CFDA 1S6QA 3A2FA 3KKSA 3EYZA 2IC3A 2HHSA 4FJ9A 4CJRA 4CHPA 4IFYA 1JLQA 3ALYA 3LANA 3VQBA 3U3YA 4M3YA 2QKKA 2AJQA 4M3UA 4DMNA 1G15A 3DYAA 1RT4A 5CZ2A 4DQRA 4CEZA 4FW2A 2KFZA 2Z1GA 3TAPA 4CE9A 4W5OA 2BDPA 2FBXA 3AVHA 3KD1E 2DFHA 4KHUA 1K6YA 5I42A 2O4IA 1I3AA 4AHSA 1BI4A 4NCGA 4F8RA 2GV9A 3V9UA 4CGHA 1RT7A 2YNIA 1LAVA 4AHCA 3IAYA 3NH1A 4W5QA 2IDOA 3U3GA 3THVA 1LWCA 3D45A 4FJ5A 3SQ1A 2HHQA 1VRTA 1BHLA 3AVBA 1VSMA 1WSGA 2OPSA 4KFBA 5HBMA 3QIPA 1WSHA 3S9HA 1LW0A 4Y1DA 4GMJB 4CHZA 2HMIA 3QO9A 2BANA 5KRSA 4CEAA 3ZT4A 3LZJA 1Q9YA 1RTJA 2HNDA 2A1SA 4G1QA 1JXEA 1RT6A 1A5WA 1WSEA 3O4QA 1EXQA 3LPTA 4DF8A 4CFAA 4KAZA 3CM6A 3CG7A 1NJZA 3KTQA 4OLAA 5D3GA 4KV8A 3SUNA 3K57A 1TKDA 4DLGA 3DLKA 4OKJA 3NDKA 1VRUA 1ASWA 2ATQA 1TKXA 2R7YA 4KHSA 2YKNA 4E7IA 3DI6A 1NK5A 3MEGA 3KLHA 1SKRA 4M3WA 3AVFA 3QEWA 3KD5E 3NFAA 3TAMA 4DQPA 4FJ7A 3HXMA 4CEOA 4FLVA 3V9ZA 3OYIA 4CK3A 4E7HA 4HUEA 3SPZA 1RILA 1S5JA 4DS4A 2G8KA 3KLGA 1SUQA 1WAFA 4FLUA 3BDPA 5DMRA 4DSEA 3VQQA 1EETA 3WNHA 3RMAA 2Q3SA 3PUFA 4L8RB 4CGJA 4CGDA 2X6SA 4M42A 2QKBA 3ZT3A 1WNSA 5HRNA 1NJWA 3TAQA 4FLTA 1NK6A 4DTRA 3V81A 1NJXA 4DTXA 1ASUA 2HHXA 1JL2A 3NF6A 3T1AA 3HPHA 1RDCA 1TVRA 4DSFA 1CZBA 2Y1IA 3DOLA 4CGIA 1HJRA 1JLGA 3OVNA 1DTQA 3U6FA 2JGUA 4B9NA 1BIZA 1TKZA 4RW7A 3L3UA 2YKMA 5JS2A 3DMJA 3I0SA 4R5PA 4HTUA 1ZBUA 4BWJA 4FZYA 2HVHA 3OYAA 2P51A 3NCIA 3VQ6A 1KVBA 4IBNA 3QETA 4H8KA 1W9HA 4CIFA 4DSLA 3ISNC 2RN2A 1RTIA 3L3VA 1KCFA 3VQ8A 5KGXA 1X9MA 2HVIA 3F73A 1JLEA 2D5RA 4CGFA 1U04A 4N56A 4E7JA 2XY6A 4E0DA 4DFKA 1A5XA 4H4MA 2KZZA 4B3OA 1RBTA 1B92A 4I9LA 1YVUA 1YT3A 5J2MA 4E19A 2XY5A 3CM5A 1NOZA 4FM2A 4CF2A 1VSFA 3I0RA 3SYZA 3PO4A 3SQ4A 2P5OA 4CF8A 4RW6A 3PX6A 3S3MA 3CFRA 5HROA 3T19A 2KFNA 4E7KA 4BE1A 1JLFA 4FJJA 1MU2A 4CERA 3SQ2A 1UWBA 4ID5A 4CCHA 4ID1A 4Z4HA 3HM9A 4CESA 4DSIA 3RMDA 1HQUA 5HLFA 1D9DA 4CF9A 3QNNA 4ELTA 2QK9A 1T05A 3SZ2A 3NBPA 4GW6A 3QINA 3RR7A 3M8SA 4M3TA 4CECA 4N5SA 3DRRA 4F4KA 3I8DA 1IG9A 3PY8A 2Z1JA 4CIGA 3UIQA 4DTMA 1GOCA 5KTQA 5FRNA 3L8BA 2HNYA 5CYMA 4DTJA 2JLEA 3K5LA 2HHVA 3FFIA 1LV5A 2ETJA 1BQMA 4B9MA 1TKTA 1D5AA 1NK0A 4IDKA 1RBSA 1QSSA 3MEEA 1RBVA 1ZBFA 2IAJA 1J5OA 3AA4A 1RNHA 2F8SA 4B8AB 1KLNA 3L2RA 3RWUA 4F3TA 4LH5A 3OYCA 3VQAA 1JXBA 1IH7A 5T7BA 3OS0A 3QEIA 2PZSA 3AA5X 4FLXA 2YNHA 4FZZA 1RT2A 4RW9A 1YTUA 3G0ZA 4FM1A 2DFEA 3KLFA 1TL1A 3PX0A 3OJUA 4IKFA 3V9XA 4W5NA 3HVRA 1VSKA 1EP4A 3AV9A 1ITGA 1WSFA 3RMCA 3SUPA 2RF2A 1T03A 1S9EA 3OYJA 1KSPA 2XHBA 3HP9A 4FLYA 4FJIA 1XC9A 4LD0A 1KRPA 1UAXA 2KTQA 4CEEA 3C6TA 4FJGA 2GBZA 4B9VA 3KLIA 4Z0UA 3RRHA 4E1MA 1XWLA 4Q5VA 1L3UA 3MECA 3V9SA 3OYHA 2FBTA 1RT3A 3ZSWA 4KO0A 4CF0A 1UA1A 2YHAA 2D0BA 4C8OA 1S6PA 4J2AA 1BQNA 3NH0A 1I39A 4KTQA 5HRPA 1RT5A 1DLOA 5J1EA 4EZ9A 4HCCA 3SV4A 4FLZA 4KTZA 3C94A 3T3FA 1SKWA 1BCOA 1D8YA 3SPYA 4M41A 4YFUA 4RW4A 4DQQA 3TAFA 4DSJA 4OKEA 2KQ2A 1REVA 3ITHA 2IS3A 4FW1A 4C8NA 3O3HA 3K5OA 2A1RA 2ITGA 3LZIA 1HNIA 4CJLA 4F2RA 3NH2A 1GOBA 1HMVA 2OPPA 3OYKA 1HYVA 1QHTA 3DLBA 3AA2A 1S1WA 2NUBA 5KI6A 1HYZA 1RTDA 4K8XA 3ASMA 4OPKA 3O4NA 4EP5A 3OYFA 4DU4A 1S9GA 4CK2A 3OYMA 3K5MA 2YV0X 3G10A 3RRGA 3VQPA 4FJHA 2VG5A 4I2PA 3VN5A 3L2WA 5FDLA 4CJFA 3MAQA 1VSEA 3SJJA 1C1AA 2XRIA 1XHZA 4CJ3A 3V1QA 2WONA 1TK0A 3QLHA 1HPZA 2G8WA 4Z4GA 3ZSYA 4CHYA 5HRSA 4W5TA 4JS4A 4DS5A 4NCBA 4CJEA 3AO1A 3HT3A 1IKVA 2ZQBA 4K8ZA 4DTPA 4DF4A 2G8UA 4KRFA 4AHRA 3LALA 3WNEA 4FK4A 4CHQA 3DRSA 4Z4EA 4ZHRA 1C0UA 3WNGA 1WN7A 3M8RA 1DTTA 4FYDA 2VG6A 1X9SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UU9K 3MDQA 4M3ZA 2P9PA 4JK7A 1GLAG 3AVKA 4H0OA 3KK2A 4M3RA 4YOXA 1NMDA 2YHYA 3QEVA 4E89A 4JRPA 2LSNA 2GEMA 4I9QA 3GDQA 4OO1J 1F21A 5C24A 1S1UA 1OH7A 4B9LA 2I7NA 1BGXT 5FROA 4HCBA 4C8MA 2ASOA 3KK1A 3M3ZA 4H0YB 3LP3A 3HSTB 4JI6K 4FZXC 4MQ3A 2NRRA 1L3SA 4BC5A 5EY4A 2OPRA 4JLHA 3P31A 3V1RA 4ILHA 3NF7A 4DLEA 1D9FA 3FZKA 3BUZB 2WC9A 3VQ9A 1HQEA 1KLMA 1OVYA 2HHWA 4O55A 4XH5A 2KLAA 2WTUA 3HYFA 3LP1A 1NGFA 1L3TA 4FO0A 2HBLA 1X3MA 1FXXA 5AQJA 5LL6Z 4K41A 1NNEA 4RWTA 5AQIA 4QOZB 3V6DA 3PLAA 3D7EO 3DOKA 5LMUK 4BG8A 4DHYA 3VPZA 3E01A 5C10A 3SBGA 4OLBA 5KQ8A 1VQ6N 3G4SN 4LFAK 3C7NA 5KPZA 4DQSA 1MWKA 5TKYA 4KI4A 4OVLA 4DKWA 3BF3A 3AVNA 3ZT0A 2IVOA 3OYBA 2ZGYA 2GWKA 4MLEA 1TGOA 4OKKA 3THXA 3VMFB 3HOSA 5JS1A 3CJ7A 4ISGA 3LDPA 4DSKA 1XUPO 1QSLA 3EE9A 4O5BA 1O13A 4CJWA 3C6UA 2AA4A 5HP1A 3MEDA 4IFVA 3TAEA 2YNGA 2O8FB 2O8CB 1SAZA 4BWMA 3SNNA 2ZJPL 3ZCMA 2GUIA 4CZIA 1NK7A 3LWMA 3T1YK 5AZIB 4CF1A 1C1BA 1G99A 2IOCA 5AQZA 3CETA 1BISA 1GOAA 4RG8A 4IEIA 4BRQA 4H03B 1Q9XA 1NOYA 4DR2K 4A5AA 2HW3A 3OHRA 3VTHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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