4IJNA

Crystal structure of an acetate kinase from mycobacterium smegmatis bound to amp and sulfate
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
376
structure length
376
Chain Sequence
MVTVLVVNSGSSSLKYAVVRPASGEFLADGIIEEIGSGAVPDHDAALRAAFDELAAAGLHLEDLDLKAVGHRMVHGGKTFYKPSVVDDELIAKARELSPLAPLHNPPAIKGIEVARKLLPDLPHIAVFDTAFFHDLPAPASTYAIDRELAETWHIKRYGFHGTSHEYVSQQAAIFLDRPLESLNQIVLHLGNGASASAVAGGKAVDTSMGLTPMEGLVMGTRSGDIDPGVIMYLWRTAGMSVDDIESMLNRRSGVLGLGGASDFRKLRELIESGDEHAKLAYDVYIHRLRKYIGAYMAVLGRTDVISFTAGVGENVPPVRRDALAGLGGLGIEIDDALNSAKSDEPRLISTPDSRVTVLVVPTNEELAIARACVGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Acetate kinase
publication title Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium smegmatis
molecule tags Transferase
total genus 125
structure length 376
sequence length 376
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2012-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ijnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ijnA02
1E4FT 3JS6A 1BUPA 3RSEA 3LDPA 3CETA 3UKUB 3BF1A 2BUPA 4JHDB 2F9TA 4DB3A 2E88A 5BR9A 3B8AX 4MO5A 5EOYA 4YDUA 2YJEA 3LL3A 3FZLA 5I9EB 4PKGA 3QB0A 3D2FA 4PKIA 4BRLA 3VEWA 4Z94A 4FO0A 5KQ8A 2QWNA 5AQNA 5AQSA 5E84A 1U6ZA 1R59O 1NWKA 3WXLA 5AQVA 4AM7A 3VENA 4FPAA 1X3NA 4K25A 4H0VB 4NO7A 4RWTA 1LCUA 5FPNA 5BRFA 2QM1A 5AR0A 1JCEA 3FLCO 4HWIA 3C0BA 5LJVA 3H45C 2ASOA 5KPRA 5BRDA 3TPQA 3MN6A 5AQPA 1DEJA 3M6GA 3SJHA 4QS7A 2P9SB 2ITMA 3FZMA 1RFQA 5AQWA 4C23A 5BN8A 3MN9A 2Q36A 3U9DA 1KAYA 2HMPA 2VYPA 2QXLA 3W0LA 2ASMA 4QS8A 1QHAA 4BROA 3QICA 4B1VA 3U9ZA 2GTDA 3ZX2A 2E20A 2I7NA 1QQNA 2D0OA 3A5MC 3CJCA 3LM9A 3ULEA 1BU6O 4BRNA 3F9MA 4JD2B 3BEXA 2A40A 1XC3A 3DAWA 3FZFA 3WEEA 4BRDA 3CI5A 2A3ZA 2IVPA 1GLFO 3ZEUB 3VGKA 4MLHA 3O80A 4WQ4A 1BA1A 3GE1A 1MWKA 4WYBA 1U2VA 2D0PA 1RDWX 1YAGA 4DCHA 1NGFA 2FXUA 2E2QA 3R8EA 2QWLA 1ZBSA 4RCHA 5LJWA 2J4RA 1J6ZA 2YJFA 3QBWA 1SQKA 2GWKA 2P9KA 4BR0A 2Q31A 4CZKA 1IJJA 3WXJA 1C0FA 3WQTA 5AFUA 3D2EB 1K8KB 2QWPA 3OHRA 4CZIA 4CJ7A 4BQLA 4CZHA 1ZC6A 3TU5A 1DKGD 2QWMA 2P9NB 1NM1A 1SZ2A 1TUUA 2P9IB 5AQIA 2QWRA 3AAPA 5JICA 1QQOA 4XH5A 4CZMA 3A0IX 5AQRA 3KHYA 2GWJA 3U4LA 3ZETA 1NGDA 4BGBA 1LOTB 1TYQB 3SMSA 1P8ZA 5EY4A 5AZIA 5AQQA 2Q0RA 3QFUA 3GOIA 3HSCA 4BC5A 1ESVA 3DXMB 4CBXA 4PL7A 1KAZA 5AQZA 5AQOA 4CD1A 3EO3A 4I6MA 4FWOA 1YVNA 3VEYA 3UKUA 4B1ZA 3EL2A 4JHDA 3H46O 4FPBA 2P9UB 3GL1A 3WXIA 3UKRB 3UB5A 2GELA 2ZF5O 4JNEA 1T44A 4M7YA 5KPTA 1EQYA 4JAXA 5KPZA 2E2OA 4FSVA 2A42A 1ATRA 3A5LC 3DJCA 4LC9B 5EVZA 1Z05A 4A2AA 4PKHA 5CE3A 1YUWA 3BUZB 1X9JA 3KVGA 3M1FA 4E1JA 2A41A 3FGUA 5TKYA 4BC2A 1HUXA 3P4IA 4WQ5A 1DGKN 2AP1A 4IZ9A 3O08A 2E1YA 2DPNA 4FWSA 5FPEA 3GBTA 1NLVA 3VPZA 2YCHA 4IJAA 3H3NO 3EZWA 3WQUA 2W40A 2VCPA 3MN5A 5FPMA 5AQFA 3EKSA 4CZLA 4ISGA 3GG4A 3H1VX 4H0PA 4K42A 2YHYA 3D2FB 3MN7A 4BQZA 4CZGA 2FSJA 2P9SA 4H5RA 1GLJO 5AQMA 5FPDA 1NGIA 1HKBA 3CJ1A 4F9OA 3ATUA 2ASPA 4M7XA 4AM6A 1ATSA 4A61A 4RTFD 3G25A 4PL8A 5AQXA 1X3MA 2YI1A 1QZ5A 1XQSC 2WUSA 3VETA 4KBOA 2V51B 3QBXA 3C7NA 1E4GT 3QMLA 4H5WA 5JLHA 3AARA 5BREA 4K43A 2EWSA 1BG3A 4HTLA 2ZGYA 4A2BA 3LM2A 1T6CA 3AAQA 3ZEUA 4H03B 1ZXOA 2IVOA 4BG9A 2CH6A 4FWNA 3FFKB 4BGAA 3A5OC 3MK6A 2ZGZA 1GLAG 3S41A 4M63C 5JLFA 4XH4A 3I33A 4K41A 4BVPA 5AQYA 4FOIA 3SLCA 3IUCA 3O6WA 3IDHA 3VGLA 4MLEA 3LDOA 1KAXA 4B1WB 3O1BA 4BC4A 1BWFO 3CJ7A 3ZX0A 1HJOA 2P9LB 3O1WA 1GLEG 3VERA 5ELZA 1OKJA 3WT0A 4L3QA 4YDUC 3D2EA 5LY3A 1K8KA 1BA0A 2CGLA 2P9PB 2OANA 3ULEB 5AZJB 5F2RA 5AQJA 4BG8A 2P9NA 3CHWA 3HZ6A 4FOEA 2QWQA 3DXKB 3O5BA 2E8AA 3VF2A 1JCGA 3VF6A 1JCFA 1GLBG 4IO8A 2Q97A 4H5VA 3ATVA 2FF3B 1NBWA 4BRMA 1H1VA 2Q0UA 4BRKA 2E2NA 4QS9A 2V7ZA 1NGAA 2E2PA 3HI0A 1Q18A 2FLOA 3MMVA 5AQUA 3BP8A 3R9PA 4DHYA 5F0XA 1NGEA 4GY2B 2IVNA 4H5TA 1G99A 3UKRA 3U8XA 3CERA 1BDGA 2FSNA 4EFHA 4BRCA 4FL9A 3VESA 5ADXH 4EAHD 4IWVA 3AY9A 1BOTO 4MO4A 2HF3A 5EXWA 4CBUA 4CZFA 2ZWHA 4DQ8A 3UE5A 1SAZA 5AQTA 3L6QA 4NB4A 3H6EA 4H0YB 5B8HA 3QDKA 3ZX3A 1S22A 3VF4A 1BO5O 1GLCG 4CZEA 2F9WA 2NRHA 3HM8A 2PBDA 3O8MA 3QFPA 3SK3A 4B1UB 1NGJA 5AQGA 4FWQA 2Q1NA 2UYTA 3CQYA 1V4SA 4FWLA 1NMDA 4BR7A 1HLUA 4H0XB 4WQ4C 2Q2RA 1GLLO 3CQXA 3M3ZA 3RSEB 4O8KA 4BRIA 5KQDA 5AQHA 4BRPA 2GUPA 3SMPA 3JXUA 3H1QA 3LDQA 3VEVA 4BR2A 3LDLA 3D7EO 1HPMA 3A8YA 4BR5A 3MCPA 4EIAA 1D4XA 2YHXA 3W3DA 3WUHA 2CGJA 3VGMA 4CI6A 1TUYA 1Y64A 1C0GA 3BF3A 4XH1A 3L0QA 2QW9A 3ENHA 1MDUB 5F1XA 4BC3A 1QZ6A 1MA9B 4CZJA 2QWOA 4GNIA 2CH5A 3L4IA 3R6MA 2NZTA 4B1XB 4JD2A 4A62A 4BRGA 2AA4A 2FF6A 5AQKA 3FZHA 1CZAN 1IG8A 2V7YA 3LDNA 5BPNA 2CGKA 4FWRA 5BN9A 4B1YB 4BREA 2D1KA 2FSKA 5AQLA 3VEXA 3FE1A 1KXPA 1XUPO 2A5XA 4O5FA 1NGGA 4JN4A 3DWLA 4BVOA 2W41A 2P9LA 4Y0WA 5EX5A 5BPMA 5JMVA 3C7NB 4BR9A 1HX1A 4FWKA 2P9PA 3CIPA 4CD3A 3VEOA 5AZJA 2I7PA 3FR0A 3ID8A 3IFRA 3O4WA 3VEZA 2IIRA 1MWMA 4BRFA 2BTFA 2VWBA 4EHTA 3FZKA 1ATNA 4H0OA 3DXKA 3WEEB 3A5NC 2A6AA 2P9IA 1RGIA 3EKUA 5ADXA 2HOEA 4WQ5C 3WXKA 3H3OB 3HBTA 2PAVA 4B9QA 4H5NA 1GLDG 3HTVA 3J8AA 1HKGA 1TYQA 1U2VB 1V4TA 1T6DA 1Z6RA 4FWPA 5BPLA 2YHWA 3DXMA 4XEIA 4J8FA 1HKCA 2P9KB 1NGHA 3MDQA 1QQMA 3KZBA 4ISFA 1NGBA 3IMXA 3I8BA 1YXQA 4CBWA 2P9UA 1NGCA 4FWMA 4BRQA 2D4WA 3CJ9A 5E26A 3CJBA 2KHOA 3GDQA 4BRAA 3EN9A 2E1ZA 2HF4A 2H3GX 4BRHA 2NLXA 4H0TB 3ZETB 1WOQA 4ISEA 1WUAA 4IXCA 5AZIB 3CJAA 4EHUA 2GEMA 4BR4A 2V52B 3ENOA 5AFUH 4IJNA 3VOVA 5BRHA 1S3XA 4I6MB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JS6A 2BUPA 4B8AB 4E0DA 4DB3A 4HVJA 5BR9A 3AO5A 2XY5A 2XY6A 3AA5X 3FZLA 1VSLA 5KRSA 4PKGA 4PKIA 4BRLA 4Z94A 5KQ8A 1R59O 3WXLA 4BDPA 3LANA 5AQVA 2UXDK 3VENA 3RMDA 2HNZA 4DQRA 4FPAA 1X3NA 3A2FA 4RWTA 3T1AA 5FPNA 1EXQA 4LFBK 2QM1A 5JS2A 2ZM6K 1U4BA 3AV9A 1DTQA 1JCEA 4M3UA 1KD1O 4W5NA 2ASOA 1OVQA 3HVRA 2E4LA 3SAGA 5C25A 1KLMA 4YOVA 3PSIA 1S1VA 5BN8A 1RBVA 4JI0K 1Q7YO 2HMPA 2JWLA 4CJRA 3K9KA 2ASMA 4NYNA 4RG8A 3U9ZA 2GTDA 3AA2A 2E20A 4FLTA 1SKSA 2O8FA 1WN7A 4BRDA 3VQ6A 2G8UA 1GLFO 4B9VA 3ZEUB 4Q0BA 3O80A 1EETA 1I94K 1RDBA 3T1YK 3AVJA 3ZT2A 1Z25A 4KB1A 2D0PA 1KVAA 3CCRN 2UUCK 1QSYA 5HRPA 2VWJA 4J2AA 2NRTA 1JLEA 4OKKA 4BR0A 2VQEK 4DFJA 1OH7A 1RTHA 3OW2M 3DRSA 4DTXA 4X66K 3QEPA 1UA1A 4CZKA 1IJJA 3WXJA 4U67L 4XIUA 3PIPL 3O3FA 1TKZA 3D2EB 4JKHA 4BQLA 1TK0A 3SUPA 2WBNA 3SNNA 1XHZA 4FK0A 1NM1A 1SZ2A 3V9WA 5AQIA 4CJ4A 1BGXT 3I0SA 4BY9C 4UQGA 4CZMA 2R7YA 2RF2A 2GWJA 3DLGA 1SUQA 3U4LA 4WFAL 1W2BM 3DYAA 3O9QA 1LOTB 4CESA 5AZIA 3QNNA 5AQQA 1HRHA 4DQIA 3QEWA 1GOCA 3SQ4A 5AQZA 5AQOA 4CVNE 4C8NA 3O4NA 4N56A 3EL2A 4JHDA 4FPBA 4R5PA 3V1RA 3AVIA 3UB5A 5CYMA 1T44A 4DTUA 4HUGA 4JYAK 5KPZA 4KV8A 2E2OA 4DSJA 2I5JA 4G1QA 4DV1K 1QSSA 4BACA 1FJGK 1NK9A 3A5LC 5EVZA 4KHQA 5CE3A 1CXUA 1YUWA 4DV5K 3FGUA 5TKYA 1LWCA 2A1RA 2AP1A 1TKTA 3WNEA 3M8SA 1WNSA 3SV4A 3EZWA 1EWRA 3WQUA 4CK3A 2GUIA 3VQQA 3K9JA 3VQBA 4KAZA 3CMEN 3G10A 4B8CA 3KLIA 3QLHA 3CFRA 3MN7A 4CJVA 4KO0A 2PYJA 2DFHA 3NBPA 3ZSOA 5CHIA 4N76A 1QQCA 4H5RA 1N36K 1HKBA 1U47A 4M7XA 4AM6A 3PLAA 4A61A 3KLHA 3VA3A 3C95A 2B5JA 4F2SA 1QZ5A 1XQSC 1QVGM 4ILGB 3QBXA 3NVKA 2G8HA 4OPJA 2X78A 4E3SA 5BREA 1HJRA 3SJJA 4MQ3A 5KTQA 3MX5A 2ZGYA 1YHQN 3AAQA 4CJUA 4H03B 3M8RA 4BG9A 4FJ8A 2CH6A 4FWNA 4BGAA 3I56N 4CEBA 1WSHA 5JLFA 4K41A 1VQLN 4FOIA 4EZ9A 3VGLA 4MLEA 4AILC 4YORA 3CCQN 1KAXA 4NYFA 1RILA 4BC4A 3HXMA 2PY5A 3CJ7A 3LAKA 1L3TA 4YHHK 4DTOA 4E7IA 4WFNL 3O1WA 1BL3A 4L3QA 4YDUC 4AHVA 4H4MA 3HM9A 2W6LA 1TL3A 4FW1A 4E7KA 5AZJB 4DR3K 3B6OA 5AQJA 4H4OA 2BE2A 1ITGA 3LP2A 1O13A 3ZSVA 3O3HA 1TAUA 1JCFA 1C0UA 1GLBG 4OLAA 2Q97A 4ILJA 3ATVA 2FF3B 4DR2K 3U3GA 4BRMA 1HYZA 2HBMA 4QS9A 4N5SA 4M3XA 3TAEA 4DU3A 1T03A 2EHGA 1WSGA 1NGEA 4GY2B 4JI1K 3KK1A 1S72N 3CD6N 1BI4A 4EFHA 2WTUA 5C42A 3HPOA 2ZQBA 5ADXH 1BOTO 2HF3A 4NLCA 1LW0A 1NOZA 3AVNA 4BE0A 1SL0A 2VQFK 5B8HA 4H0YB 1KLNA 3KIOA 4F3OA 1GLCG 1HR0K 2NRHA 1M1KO 3SK3A 5D3GA 3QFPA 4F8RA 1NGJA 3MEEA 2Q1NA 3S9HA 4KHUA 1O1WA 2NRWA 4H0XB 4DSKA 3M3ZA 5AQHA 1HYSA 3VEVA 4BR2A 4AH9A 4IFEA 1HPMA 4B9SA 5T7BA 4RW4A 4BR5A 2WFBA 2JLEA 3WUHA 5HROA 4HHTA 3TI0A 5BR8K 3OYHA 5I42A 4FZXC 4HCBA 3CCVN 4CJ5A 1YJ9N 4XH1A 1N5YA 2O8EA 1JXBA 2QW9A 3OJUA 2E6LA 4GVMA 5F1XA 4W5RA 3HP6A 3SAHA 1TAQA 1TKDA 2OPPA 2HHWA 2QWOA 4O0JA 4A62A 5J2QA 1CZAN 2GX9A 1KVBA 3HK2A 3CFPA 4B1YB 4GV6A 3MWPA 4BREA 4DLGA 1VSIA 1JLCA 1NU0A 5CYQA 2IOCA 1XUPO 1A5VA 1EWQA 3K59A 2NRZA 3TAPA 5BPMA 1RT4A 1HX1A 4FWKA 4O8UA 3L2WA 3OA9A 3NHGA 1U48A 5JS1A 4WCEL 1W97L 3VEOA 2I7PA 1TVRA 3IFRA 3O4WA 1D5AA 4LF4K 4M42A 1MWMA 4DSIA 2BTFA 4EHTA 3FZKA 4WF9L 3PX6A 4FJ9A 1X9MA 3IKMA 2O8FB 2XY8A 3E1YA 1S1WA 4W5QA 4GV9A 4X65K 4AHSA 3NAEA 3PV8A 3SCXA 4YOYA 3H3OB 2PAVA 4DS5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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