4WQ4C

E. coli ygjd(e12a)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 72
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C02
3M3ZA 3HI0A 5AZJB 5AQVA 2CGKA 1NGIA 5LY3A 2FSNA 3LDPA 4BR2A 2EWSA 4JHDA 4K42A 4QS7A 5KPRA 3VETA 3P4IA 3BUZB 1HJOA 5FPNA 5KPZA 1ZC6A 1MA9B 2E2OA 4ISGA 3RSEA 3A8YA 1IG8A 1KAYA 2GTDA 3C7NB 2YJFA 2WUSA 2A5XA 1XC3A 5AZIB 3A5MC 3LDLA 3QFUA 4BREA 3H46O 2QXLA 4H03B 3UB5A 1U2VA 3HZ6A 3SLCA 1WOQA 2E2NA 3EL2A 3WEEA 2A42A 5LJWA 4BROA 5AQRA 3RSEB 2I7PA 3DXKB 3A0IX 1MWMA 2NLXA 2HMPA 3HSCA 3MN6A 4BC5A 4FL9A 4PKIA 3U4LA 4CD1A 4EIAA 1NGBA 2VCPA 4FOEA 1QQNA 2BTFA 2ASPA 2W41A 4GNIA 5JICA 1IJJA 4FWNA 3TPQA 4BVOA 3VEOA 4BRHA 1K8KB 3QBWA 2YJEA 3L4IA 1LCUA 3O1WA 1H1VA 3VESA 2V7ZA 3EZWA 5KQ8A 3MMVA 3HBTA 4J8FA 4FWOA 2Q2RA 4YDUC 4CZFA 2CGLA 1GLCG 1YAGA 5ELZA 4FWSA 3GDQA 1Z6RA 3CJ9A 3MCPA 5EOYA 4CZIA 1E4FT 1BDGA 3A5LC 5EVZA 3VGMA 1NGCA 2CGJA 2P9KB 5AQIA 4M63C 4DHYA 2P9SB 2QWLA 3KVGA 1YVNA 2ZGYA 3MK6A 2FF3B 4PL8A 4BR4A 4CBWA 1BA1A 1BG3A 5AQLA 3WQTA 3KHYA 5BPLA 4BRLA 5BN8A 5FPDA 3ZETB 3CJ1A 4HWIA 4B9QA 2HOEA 2YHYA 1XUPO 4ISFA 3U9ZA 5LJVA 4B1ZA 1S22A 1QQOA 4FSVA 2OANA 4MO5A 4L3QA 3UE5A 5KPTA 3GL1A 3UKUA 4H5TA 3EKSA 1Q18A 3ZX3A 1KXPA 3EN9A 3H6EA 3AY9A 4WQ4A 4A2AA 4EHTA 1HLUA 5AQOA 4WQ5A 4RWTA 5BPNA 2A6AA 3FZKA 3VEWA 4CZMA 2IVPA 3I33A 3LM9A 1DEJA 3VOVA 3MN5A 5AQTA 1GLJO 2V52B 3CERA 2P9PA 3SMSA 3LDQA 3R8EA 4YDUA 5F0XA 3UKUB 2QWOA 2ASMA 2D1KA 4ISEA 3EKUA 4JD2A 3G25A 5E26A 1ESVA 1E4GT 3D2EA 3VF6A 3DWLA 5BRHA 1NGAA 1X9JA 5AQWA 1V4SA 3ZX2A 2GWKA 5AQJA 3H1QA 4F9OA 2IVNA 2NRHA 1MWKA 1SZ2A 2AP1A 3BP8A 3LDOA 4M7YA 1R59O 4BRCA 4NO7A 4O8KA 1RFQA 4MLHA 4M7XA 1HKGA 5AQPA 5AQUA 1HKCA 3ULEA 3W0LA 1MDUB 4H5WA 1HPMA 2GELA 1TUUA 3QBXA 1C0GA 3O5BA 5AQGA 1NWKA 1RDWX 2P9NA 3O08A 3WT0A 4FWMA 1SQKA 4JHDB 3ZX0A 4BRGA 2UYTA 3R6MA 2ZF5O 1KAZA 3CETA 3FZHA 2FSJA 3FE1A 5KQDA 2E1YA 2A3ZA 4QS9A 5AQZA 3VEXA 2IIRA 2A41A 2QWNA 3DJCA 3LL3A 3M1FA 4DCHA 5FPEA 5AQHA 1U2VB 2H3GX 2V51B 4IJAA 2ASOA 2FSKA 4KBOA 2E8AA 3MN7A 4JN4A 1T6DA 4BRMA 2E1ZA 1NM1A 3WEEB 2KHOA 3VGLA 4IJNA 1GLEG 4PL7A 1QQMA 4QS8A 2QWPA 3CJ7A 1NBWA 4BRQA 4EFHA 4BG9A 1CZAN 1RGIA 2QM1A 5AQSA 3TU5A 1ZBSA 2P9IA 4CZEA 3MN9A 1TUYA 4IXCA 3VENA 4H0OA 4BRDA 5EX5A 2QWQA 2QWMA 4K41A 4B1WB 4NB4A 3DXMA 3GG4A 3D2FA 3ATUA 4B1VA 2E88A 3O6WA 3H3OB 1S3XA 2HF3A 1WUAA 1BUPA 3J8AA 3OHRA 4FWLA 3DAWA 1BO5O 3AAQA 3IFRA 2Q0RA 1G99A 1DKGD 4RTFD 3GOIA 2D4WA 2FF6A 4FPAA 1NLVA 4WYBA 3CQYA 3WXIA 4B1UB 1BWFO 2P9UA 2NZTA 3AARA 3D2FB 1YXQA 3DXMB 4JNEA 4XH5A 3SMPA 4PKHA 1BA0A 5AQXA 4BRIA 3B8AX 1C0FA 1QZ6A 4XH1A 3W3DA 3BF1A 4BC2A 4XEIA 5BRFA 1NGFA 4CBUA 5AQFA 2HF4A 5BRDA 4H5VA 1JCEA 3C0BA 3UKRA 2CH6A 1JCGA 3FR0A 4CBXA 5BREA 3JS6A 5EXWA 4H0PA 4DB3A 3ENOA 3CI5A 3ENHA 3WUHA 4JAXA 3O80A 3SJHA 3IUCA 4AM7A 4GY2B 3VEYA 5AQYA 2E2PA 2P9PB 1GLLO 1U6ZA 2I7NA 4BRFA 3VF2A 4BQLA 4I6MA 4CZJA 4JD2B 5BN9A 4H0TB 2P9LA 4BVPA 3D2EB 4B1YB 5F2RA 3WXKA 1GLBG 1LOTB 4MLEA 3QDKA 5FPMA 4CD3A 2E2QA 1GLDG 3H1VX 1P8ZA 4H5NA 1JCFA 1HUXA 1HX1A 3IMXA 4I6MB 5AZIA 4XH4A 3WXLA 2DPNA 3BF3A 4FWPA 5BPMA 2YHWA 2P9LB 2Q0UA 1ZXOA 3IDHA 2VWBA 4CZGA 3HTVA 4C23A 3VERA 1ATRA 2ZGZA 3MDQA 4FO0A 1NMDA 3ULEB 1NGEA 3WQUA 3WXJA 4IWVA 4H5RA 2Q31A 3DXKA 4H0YB 5F1XA 2Q36A 1QZ5A 3EO3A 2P9NB 3CJAA 3GE1A 4A61A 4BR7A 3R9PA 3LDNA 3I8BA 1T44A 4CZLA 2GUPA 5JLFA 3CHWA 2GWJA 4FWRA 3O1BA 1HKBA 3D7EO 4IO8A 3FZLA 2PAVA 3U9DA 1TYQA 4PKGA 5AFUA 4BR0A 4K25A 5CE3A 5AFUH 1BU6O 5AQNA 4EHUA 2IVOA 1K8KA 3FZMA 2A40A 4AM6A 4Z94A 3FZFA 1QHAA 1Y64A 3QMLA 1T6CA 3JXUA 3VEVA 3O4WA 2D0PA 2CH5A 4WQ4C 4CI6A 3HM8A 5ADXA 2ITMA 3QICA 4WQ5C 3AAPA 2GEMA 5ADXH 1TYQB 2YCHA 3CJCA 3L0QA 4LC9B 4RCHA 4BC4A 5BR9A 2P9KA 3M6GA 4K43A 2P9SA 3BEXA 3A5OC 2E20A 3ATVA 2P9IB 1NGGA 2F9WA 5I9EB 4BC3A 1DGKN 5AQMA 4BRKA 3KZBA 4FWKA 4BRPA 2YI1A 3VPZA 1EQYA 3ZETA 2FXUA 3SK3A 1V4TA 2Q1NA 2PBDA 2ZWHA 4BG8A 3GBTA 4BR9A 1X3NA 1GLAG 4DQ8A 3QB0A 3U8XA 1KAXA 1ATNA 3CQXA 4CJ7A 4B1XB 4FWQA 3H45C 1Z05A 3L6QA 4H0VB 4Y0WA 4BRNA 4EAHD 2YHXA 4HTLA 5B8HA 4FOIA 3A5NC 2J4RA 3O8MA 2P9UB 1XQSC 4CZKA 3LM2A 2QW9A 4BRAA 1J6ZA 3VEZA 1OKJA 3QFPA 2FLOA 5E84A 3H3NO 3ZEUA 3FGUA 2F9TA 2W40A 4CZHA 1D4XA 1SAZA 2D0OA 4IZ9A 5AQQA 4E1JA 3CIPA 2AA4A 1BOTO 4BGAA 3UKRB 4BGBA 5AR0A 4H0XB 2BUPA 4FPBA 4O5FA 1X3MA 5AZJA 5TKYA 3S41A 5JMVA 3ZEUB 2QWRA 2Q97A 2V7YA 5AQKA 3FFKB 3FLCO 4A2BA 5EY4A 4A62A 5JLHA 3VF4A 1ATSA 1GLFO 3CJBA 1NGDA 3ID8A 4BR5A 3F9MA 3C7NA 1NGJA 1NGHA 4BQZA 4MO4A 2VYPA 3VGKA 1YUWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KB1A 4O5BA 3M3ZA 4YOYA 4BDZA 4WFBL 3M8PA 5AZJB 2UU9K 1UA0A 2HHSA 2FSNA 4DR1K 3O4NA 5KPRA 1HJOA 3BY5A 5KPZA 1ZC6A 4ISGA 3EY1A 1IG8A 3CCVN 1A5WA 1SKSA 2WFBA 3F73A 1YTAA 4CF2A 1U2VA 3SLCA 3HPHA 5CZ1A 3QETA 1XHZA 3EL2A 2A1RA 5AQRA 3I0SA 2I7PA 2OPSA 1OVYA 1L5UA 2HHHK 1JXEA 1MWMA 2HMPA 4Y1DA 3KD1E 4HHTA 1VQ5N 3T1HK 1BQNA 3ZSZA 1VSLA 2HHUA 3E1YA 5JICA 3MCAB 2OTJN 4U7BA 1SL0A 2YJEA 3L4IA 3VESA 3E01A 1H1VA 2HHTA 2QK9A 3AVFA 4KHUA 3MMVA 1M1KO 4CFCA 4YDUC 1GLCG 3MEDA 3V6DA 4B3TK 1JJ2M 4CZIA 4IOCL 3A5LC 5AQIA 2P9SB 2I5JA 2Z1JA 3P5JA 1XC9A 3MK6A 4PL8A 4DR5K 1BG3A 3TWHA 2GBZA 5BN8A 2WBNA 1NKCA 4HWIA 3U9ZA 3OYEA 4M45A 4FK0A 4B1ZA 3E66A 1JLBA 4MO5A 3UE5A 1N36K 1G15A 4WQ4A 3EN9A 4A2AA 3AY9A 1HLUA 3HP9A 4RWTA 5BPNA 4DS4A 2A6AA 3FZKA 1DEJA 3CYMA 4PY5A 2O8DB 3MN5A 3LAMA 1TAQA 4IEIA 2V52B 1LWEA 3R8EA 4FJNA 2QWOA 2DFEA 2D1KA 4DV4K 4C8KA 4DTXA 4NXMK 2O8CB 4FLZA 1E4GT 4DR7K 3VF6A 3DWLA 2RN2A 4KV8A 4JK7A 1X9JA 2D0AA 4CIEA 4X66K 4DQSA 2F4VK 1LW0A 2E6LA 4B3MK 1MWKA 4GV3A 1SZ2A 4WFNL 3LDOA 4JKBA 1NJYA 3CXCM 2W42A 4NLCA 4OGCA 1C6VA 4OGEA 4N47A 4FXDA 1ZBFA 4H5WA 1HPMA 1TUUA 3L2RA 3A2FA 1C0GA 4M3XA 4LSLA 5AQGA 2P9NA 3F2KA 1KVCA 4AHSA 1SQKA 2YNHA 4BE0A 4OPJA 3L4QA 3R6MA 3CQ8A 3PX4A 3FZHA 4CJFA 3CC4N 4DG1A 4A5AA 1YI2N 4AF1A 4QS9A 4OKKA 4E7HA 3LL3A 1HMVA 5AQHA 1IKYA 1U2VB 2V51B 4KBOA 4CFAA 3NGZA 4DSJA 1T6DA 2E1ZA 1NM1A 3VQPA 1HYVA 1WAJA 4DTSA 5JS2A 3U6FA 1ZBIA 1DTQA 2YHAA 4EFHA 2DFHA 3VQDA 1VSEA 4CJWA 3QEWA 1L3TA 2HHWA 2P9IA 1VQ9N 1YITN 1RBVA 4BY9C 3O4QA 4JV5K 5H1SQ 4IXCA 2YX6A 4K41A 1OH6A 1C0TA 2Y1IA 4NB4A 1RBRA 3DXMA 3GG4A 1L3VA 2KZMA 3ATUA 1BISA 4AHTA 3O6WA 4LH5A 1S3XA 1Q82O 5J2PA 4LF6K 3T69A 3AAQA 3EYZA 4DV1K 1EWQA 4X64K 4WYBA 1BWFO 2P9UA 3AARA 1QSYA 1YTUA 1YXQA 3SMPA 4DV5K 1U04A 1NK9A 4C8NA 4LF7K 4PKHA 4B3RK 4JI1K 4ELUA 1C0FA 3PLAA 1J54A 1NK6A 3I8DA 4BC2A 1S6PA 4AHVA 4HUFA 4FJ9A 4L8RB 4O55A 4XEIA 3AA2A 1NGFA 3O3HA 5SWMA 1S1TA 3C0BA 2IS3A 5BREA 5EXWA 4M42A 3V9ZA 3SJHA 3IUCA 1HPZA 4AM7A 1SL2A 4GY2B 3VEYA 1Q8IA 4JS4A 4I2PA 4AHCA 4F8RA 3LZJA 1D9FA 3KK2A 4HCBA 2IAJA 3VF2A 4FJJA 3OYLA 3G4SN 2VQEK 2G8HA 3QINA 1N32K 1T03A 5F2RA 4CJKA 1BIUA 4AQYK 4PUOA 1LOTB 3D6RA 3NDKA 3H1VX 1P8ZA 1JCFA 2HHXA 4I6MB 5AZIA 4XH4A 3WXLA 5IT9O 4YOWA 3BF3A 4FWPA 3RWUA 3LP1A 4CIGA 4CZGA 4M3RA 4DTJA 3CFRA 5HP1A 3O9SA 1NGEA 3OYKA 4IWVA 2Q31A 3DXKA 4B9SA 3V1QA 5LMNK 4E1MA 3O3GA 2P9NB 4ZHRA 3OYNA 1QVGM 4NYNA 2GWJA 2P5OA 2YHBA 5SZTA 1HKBA 4CHZA 2OPRA 3OS1A 5AFUA 3V9XA 3LWMA 3TSUA 1RT2A 3AGKA 3WNHA 4I7FA 3DYAA 2EHGA 4AM6A 1QVFM 3S3NA 3VEVA 4JS5A 1QHTA 4IDKA 4DTPA 4ID1A 2D0PA 2CH5A 4WQ4C 3E9PA 4KTWA 4CK1A 3QEVA 4NYFA 5ADXH 1TYQB 4K0KK 2QTDA 3DRRA 1TL3A 5BR9A 4CIFA 1IO2A 3LPTA 3J80O 5JVHL 2X74A 3BEXA 3OYMA 5CR4A 1ASWA 2P9IB 3HL8A 3KLGA 4J2BA 4FWKA 2YI1A 3L3UA 3ZETA 3T7ZA 3OBYA 1V4TA 2Q1NA 3V9WA 1RDCA 4BR9A 4CFDA 2B5JA 2NUBA 3KKSA 4JKGA 3U8XA 1KAXA 3CQXA 4F4KA 4IFVA 3KLHA 2IGIA 5DK5A 4B8AB 4LH4A 1VSFA 3PIOL 4DQRA 1S1WA 3M8RA 4DTOA 5B8HA 3KKRA 2YV0X 3KWGA 4DF4A 1U45A 2P9UB 1CZBA 3LM2A 2QW9A 4BRAA 3NMUA 5A2QO 3H3NO 1L3UA 3NF7A 1QTMA 3J7YP 3KLFA 1N5YA 4I9QA 2D0OA 4AHRA 5AQQA 4E1JA 1LAWA 1WSGA 4IOAL 4JI3K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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