4WQ4C

E. coli ygjd(e12a)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 72
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C02
1RFQA 4HWIA 3BF3A 4BRQA 1E4GT 2D1KA 2P9IA 3HI0A 4BVPA 4DCHA 1T6DA 2CH5A 3AAPA 3WUHA 2P9NB 4BRDA 4Y0WA 1SZ2A 4BC5A 5B8HA 4PL7A 2EWSA 3MN6A 2I7PA 3RSEB 1SAZA 1C0FA 5BN9A 1TUYA 2QWMA 5F1XA 3O5BA 4A62A 5AQKA 4BR4A 4H5WA 4BG9A 3A5LC 1EQYA 2FSKA 3W0LA 3UKUB 2IVNA 2FXUA 1NGGA 3WQUA 1X3MA 3FZKA 4BRMA 4XH1A 1XC3A 3F9MA 3FFKB 3DXKA 3LDQA 5AQSA 4B1WB 4I6MA 4CZJA 4H0VB 3ATVA 5AQIA 2PAVA 1ZC6A 3WXIA 1OKJA 2QM1A 2A42A 3FZFA 1MWKA 4BGAA 2IIRA 3CJ7A 3VF2A 1BA0A 3A5NC 3MDQA 5EX5A 2IVPA 4HTLA 2Q1NA 2QWLA 4IO8A 5AQWA 3VF6A 4BREA 3I8BA 3HZ6A 4IXCA 4IJAA 4PL8A 1G99A 1GLFO 4B9QA 2ZF5O 3MN9A 4H03B 4XH4A 5AZJB 1Z05A 3A5MC 3U4LA 3FR0A 4A61A 5JICA 3EN9A 1XQSC 3UE5A 5FPDA 4EFHA 4WQ5A 3H1VX 1KAYA 5BR9A 2I7NA 2D4WA 3VERA 5AFUA 3BP8A 3VEYA 3U9ZA 5AQNA 3AAQA 3M3ZA 2AA4A 3CIPA 2P9SB 4PKGA 4FWNA 3D2EB 1WOQA 2W41A 1TUUA 4H5VA 4IWVA 3KZBA 3O1WA 3ZX3A 4BGBA 2E88A 1DGKN 1C0GA 1YXQA 5AQHA 3LDOA 2VCPA 3LDLA 4QS8A 1BWFO 5AQXA 1HKCA 2W40A 3R6MA 2A40A 2GEMA 3VGMA 1JCEA 1DEJA 1GLBG 4BR2A 2E2NA 5AQMA 3MK6A 4CZHA 1IJJA 2E2QA 5E84A 4BVOA 3D2FB 1V4SA 3GBTA 3ULEB 2E2OA 5AR0A 1GLLO 1NLVA 4H0YB 3UKRA 2P9KA 1NGCA 3WEEA 2HMPA 3VGLA 2QW9A 4H0OA 4BC4A 4FWPA 4XEIA 1QQMA 3ZETB 1T44A 4CZKA 1NGIA 2KHOA 2D0OA 4C23A 4QS7A 4FWOA 5AQYA 2FLOA 3KVGA 2P9PB 3WXJA 2E1ZA 4ISGA 3VGKA 1MDUB 1BUPA 2VWBA 1P8ZA 1GLAG 1ZBSA 4B1UB 4EHUA 3EO3A 2P9IB 1KXPA 3O08A 2FF3B 2QWQA 3MN7A 1NM1A 2ZGZA 3VEOA 3M6GA 5LJWA 3ATUA 2BTFA 1YAGA 3EKUA 1HJOA 1HKGA 1GLEG 1RGIA 3R9PA 3SLCA 3CJBA 3JS6A 4FWLA 2A41A 4K25A 3VEXA 4CBUA 4WQ4A 3KHYA 3SMPA 2GUPA 1U6ZA 5I9EB 3GDQA 4K41A 4WYBA 3C0BA 3H46O 4B1ZA 3O4WA 3TPQA 3EL2A 2BUPA 2FF6A 5AFUH 4WQ4C 3A0IX 3O80A 3O1BA 1X9JA 4H5TA 4M7XA 3H45C 3MN5A 3BF1A 4FSVA 4E1JA 1NWKA 4RCHA 3VEVA 1KAZA 3I33A 5BRFA 2YJFA 1LOTB 3DXKB 5JMVA 3B8AX 4I6MB 4BR0A 3CQXA 3LM9A 2YI1A 5ADXA 3DAWA 2Q97A 3SJHA 4B1XB 4RTFD 3CERA 4BQLA 3S41A 1H1VA 3ZEUA 3VEWA 4H5RA 4CBWA 1HUXA 3CHWA 3J8AA 2Q0RA 2YHXA 2ASOA 2H3GX 3QFUA 4JNEA 4MO5A 4ISEA 4BQZA 3MMVA 4CD1A 3AY9A 2E8AA 4B1VA 1BG3A 1NBWA 2P9UB 3AARA 1JCGA 1D4XA 4DHYA 1HLUA 1Q18A 3U8XA 3U9DA 3QMLA 1RDWX 3QDKA 2P9LA 4PKHA 2HOEA 5TKYA 1ATNA 4AM7A 4CI6A 4JN4A 2A3ZA 2IVOA 5AQGA 2V52B 4FL9A 3TU5A 1IG8A 3VF4A 4WQ5C 3L6QA 2HF4A 2NLXA 2ZGYA 4O8KA 4EIAA 5KPTA 1ESVA 4MLHA 3ZX0A 3GOIA 1YVNA 5CE3A 2CGLA 4LC9B 3CQYA 4JD2A 1K8KA 4L3QA 1U2VA 4BRKA 1NGDA 3DXMA 3LM2A 3HSCA 5BPNA 1ATSA 1ZXOA 4XH5A 5KQDA 3L4IA 2GTDA 4EAHD 4PKIA 4CZGA 1BU6O 1KAXA 3A5OC 5AZIA 1GLCG 3C7NB 2YHWA 4YDUA 3ENOA 5BPMA 3CJ9A 1ATRA 3D2FA 5AQZA 1T6CA 4JHDB 1QQOA 2UYTA 3JXUA 5AQJA 2CGKA 3CETA 1TYQA 2Q31A 3UKRB 2F9TA 4M63C 2P9KB 1E4FT 4CBXA 4CZIA 3QFPA 3WEEB 4NB4A 4FWSA 1NGJA 4BRIA 5BRDA 1NGBA 4AM6A 4FWKA 3BEXA 4YDUC 4BRFA 5F2RA 5FPNA 4CZMA 5ADXH 4H0XB 2FSNA 4MO4A 3IMXA 3DJCA 3CJCA 2P9NA 3ZX2A 3WT0A 2GWJA 3HM8A 3IFRA 3H6EA 2CGJA 4JAXA 3O6WA 3RSEA 2F9WA 1BO5O 4BRCA 1S3XA 2DPNA 4GY2B 2QXLA 3W3DA 3VENA 4BG8A 4NO7A 2E2PA 3LDNA 3H1QA 3EZWA 3QICA 2AP1A 1S22A 2HF3A 5AQVA 3L0QA 1QZ5A 4BR5A 3FZMA 4FWMA 2V7YA 5FPEA 1QQNA 1XUPO 4B1YB 3UKUA 1NMDA 3CI5A 2A6AA 4H0PA 1JCFA 3A8YA 3DWLA 4BRNA 2Q36A 2YHYA 4DB3A 2QWNA 3FGUA 1BDGA 2Q0UA 3GG4A 1SQKA 3VPZA 2PBDA 1CZAN 1V4TA 1NGEA 1Z6RA 2YCHA 4BC2A 5FPMA 3UB5A 1NGAA 4FPAA 2QWOA 1NGFA 5EXWA 1BA1A 5EY4A 4RWTA 2YJEA 4GNIA 3GL1A 3HBTA 3O8MA 1NGHA 4ISFA 3FZLA 3LL3A 5LJVA 2GWKA 3QB0A 2NRHA 1YUWA 3H3NO 2A5XA 2ASMA 2V51B 3ZEUB 4BRAA 5AQOA 4BR9A 2NZTA 4BRLA 3SMSA 2J4RA 4FPBA 3FLCO 1GLDG 2QWRA 5AZJA 3VOVA 3VEZA 1GLJO 5KQ8A 4FWQA 5JLFA 1MA9B 2P9UA 4QS9A 3WXLA 4H5NA 5AQQA 4KBOA 1HPMA 3LDPA 2E20A 2Q2RA 4DQ8A 4K42A 3VETA 2P9LB 2ASPA 2ZWHA 3OHRA 5LY3A 3FZHA 4CZEA 2D0PA 2P9SA 4BRGA 4A2BA 2GELA 1QHAA 3D2EA 2ITMA 3SK3A 3QBXA 5AQPA 1HX1A 1LCUA 1R59O 4MLEA 5EOYA 5BN8A 4CD3A 4O5FA 2V7ZA 3P4IA 5BRHA 5AQLA 3MCPA 3IUCA 5AQFA 1BOTO 2CH6A 2OANA 4FO0A 3WQTA 4IZ9A 4FOIA 1X3NA 1QZ6A 1K8KB 1Y64A 3BUZB 4JD2B 1U2VB 3GE1A 5ELZA 3IDHA 2E1YA 3EKSA 5AQRA 5E26A 1J6ZA 3DXMB 1DKGD 3WXKA 5EVZA 3M1FA 4CJ7A 4BROA 5KPZA 5KPRA 2FSJA 3FE1A 4H0TB 1MWMA 3ID8A 5BREA 3HTVA 3CJ1A 3H3OB 3ULEA 3CJAA 4FWRA 5AZIB 3C7NA 4BR7A 4BC3A 3VESA 5JLHA 5AQUA 3D7EO 2VYPA 4K43A 4BRPA 4BRHA 4FOEA 3ZETA 4JHDA 2QWPA 4J8FA 1WUAA 4IJNA 4M7YA 3R8EA 5BPLA 3QBWA 1TYQB 5AQTA 2WUSA 4Z94A 5F0XA 2P9PA 3G25A 4F9OA 3ENHA 4EHTA 4CZLA 1HKBA 4CZFA 4A2AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5GAGP 3F5TA 1E4GT 2D1KA 2W6KA 3ZSWA 3AAPA 1HNZK 3OBWA 4BRDA 4DU4A 1SZ2A 4BC5A 4PL7A 3WNHA 3VQPA 1IKYA 1XNRK 1RT7A 1SAZA 4FLZA 4B9NA 3VTHA 3AO3A 4RW4A 3E1YA 5F1XA 3O5BA 4JKFA 3OYBA 4JKCA 3ZT2A 3ENBA 3MECA 3LWMA 1L3VA 1EQYA 4X62K 3TAMA 4YFUA 2IVNA 3LDSA 3HOSA 4BRMA 3F9MA 3FFKB 4TSXA 2BH1A 1UOCA 3THWA 2PAVA 4FZXC 5C12A 2QM1A 4M45A 2GBZA 1VSDA 4BGAA 2ZJRL 3VF2A 4CF0A 3MEDA 4HTLA 2QWLA 5AQWA 3I8BA 4IXCA 4B9MA 4IJAA 1FXXA 2D0BA 4DV3K 1GLFO 3MN9A 4XH4A 3SV4A 4A61A 3DOLA 2GUIA 1CXUA 4CW7B 4JKGA 3K5LA 4KHQA 3OYNA 2OPPA 5C2DA 4WCEL 4DU3A 2D4WA 1O13A 4K0KK 3BP8A 2XHBA 5AQNA 4DTJA 1M1KO 3M3ZA 2HBKA 4EP5A 4U67L 4ILGB 4W5TA 1WOQA 1T8EA 3MEGA 4H5VA 3N4PA 4IWVA 3ZX3A 2O8DA 4DQRA 4OO1J 2XY6A 3L2VA 1IV0A 3CCMN 1C0GA 1ZBHA 3LDOA 4CF1A 4YOVA 3D6RA 1X9SA 1ZBUA 3LDLA 1VQ7N 2XY5A 1HKCA 1RTHA 4CEBA 3VGMA 1JCEA 2E2NA 4CZHA 2NRTA 1WB9A 3NFAA 5J2MA 4E7IA 4JK9A 3SYZA 4FM0A 3NBPA 4H0YB 4OLAA 1X9WA 3WEEA 3VGLA 4H0OA 1XMOK 1Y97A 3E9LA 4FWPA 4XEIA 4PQUA 2HMIA 1T44A 3VQ7A 4RW6A 3SZ2A 1XI1A 1KRPA 3CM6A 3HL8A 4ILHA 4Y1DA 4E7HA 4Z4GA 3OYIA 4CHOA 2FLOA 3KVGA 2F8SA 2UXDK 1VHXA 1SL0A 2E1ZA 5CR4A 1BUPA 3KLEA 1YI2N 4AH9A 1ZBSA 4EHUA 2ZGZA 4HUGA 1NJWA 3CC7N 1DLOA 1YHQN 1D8YA 3JS6A 3LP2A 1KC8O 2O4GA 5K14A 3VEXA 4PHTX 3O3HA 2EHGA 1U6ZA 3CXCM 4IG3A 5I9EB 3DRSA 2X6NA 4WYBA 4B1ZA 3BY5A 1X1PA 1FW6A 4UQGA 3MWPA 3C94A 1VQ9N 2A1SA 3HRGA 5M1FA 1X9JA 4DQPA 4IOCL 5JVHL 4FSVA 2ZQBA 1LAWA 4E1JA 3AVFA 4O8UA 3L2RA 3ZT4A 3ZT3A 4BR0A 3THWB 4BQLA 4A5AA 4JI8K 1H1VA 4KI4A 2AJQA 3CHWA 4FCYA 3J8AA 2YHXA 2ASOA 1M90O 5LL6Z 4BDZA 2IS3A 3MMVA 1JJ2M 3NGIA 2E8AA 3ZSXA 3AVNA 2P9UB 4CEFA 3NF8A 4CJVA 3V9XA 1TVRA 3HP9A 3AA3A 3U3YA 3B6PA 4M3TA 4DUYK 1RDWX 3QDKA 3OYJA 1EKEA 4CECA 1J53A 3KLFA 4CEOA 1ATNA 4AM7A 4KTWA 4JKGB 4CI6A 4JI0K 1IG8A 4WQ5C 3NH2A 1Q81O 1VQ4N 1C0TA 4EIAA 4FK0A 4I2QA 4DSEA 1BL3A 4CFCA 4CGJA 1ESVA 1RTJA 3RMCA 3ZX0A 1Q8IA 3JYTA 5CE3A 5HRNA 2HSTA 3CQYA 4JD2A 4L3QA 1TAUA 2O8DB 3WXMB 3SCXA 3BZKA 3HSCA 1ATSA 1TKXA 5J2PA 4AHSA 5KQDA 3K59A 1BI4A 3TI0A 1JL1A 1BQNA 2GTDA 4PKIA 2XO7A 1BU6O 1KAXA 4LSNA 4NCBA 1CXQA 1CLQA 3OYDA 4YDUA 2OTLN 4DTUA 2WC9A 4J2BA 4KHUA 1T6CA 4JHDB 1QQOA 3CETA 1T3VA 4CBXA 1HQEA 1I3AA 4OPAA 3WEEB 2HHQA 3OA9A 4BRIA 5BRDA 1WSIA 1NGBA 3SAHA 4KREA 1VSHA 3VA0A 3AO1A 3RR7A 2A1RA 3CCVN 2YKNA 4CEQA 4UY8O 2OTJN 4MO4A 1VQON 5HP1A 3DJCA 2WOMA 2X74A 1WN7A 2GWJA 3WT0A 3IFRA 4HVJA 3RTVA 3ZLJA 3E66A 3H6EA 2CGJA 3O6WA 1N32K 1S3XA 4QAGA 2IC3A 4JYAK 5SWMA 2E2PA 3LDNA 4NYFA 2P5GA 1RDUA 2AP1A 1S22A 1RDDA 2HF3A 1S1TA 3NVMA 4EZ6A 1NMDA 3VQ9A 3DWLA 3T1YK 3SI6A 5IT9O 1OVYA 1FKPA 3TAEA 1LW2A 1NGEA 1SKRA 1BA1A 4RWTA 4A59A 3IS9A 3AVCA 3H3NO 2ASMA 1U47A 1N33K 3RMAA 4DV4K 4FLUA 4DV1K 2QWRA 1GLJO 4M3YA 4FWQA 4YOWA 3HOTA 4KAZA 2YNGA 4KBOA 1I94K 1C0UA 3T1AA 4FLXA 4OPHA 2F4VK 1TK8A 4GKJK 3DI6A 3P83D 1ZBFA 4KTQA 4R5PA 3G10A 3ITHA 2VGNA 2I5JA 1MU2A 5LY3A 4LSLA 4CZEA 4AHRA 4GKKK 3D2EA 3SK3A 2OZMA 4IOXA 2ATQA 1HX1A 1R59O 1F21A 5EOYA 4PUOA 2HW3A 1S1WA 1NOYA 1VSEA 1WAFA 5AQLA 3NH0A 4FK2A 3G71N 4FO0A 4IZ9A 3NGZA 4DG1A 4JD2B 1Y64A 3SQ0A 3GE1A 5GAHP 5E26A 3SNNA 3K5OA 3I56N 3WXKA 3MX2A 3KK1A 3O9SA 2FBYA 4DFMA 4DFJA 5I3UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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