4WQ4C

E. coli ygjd(e12a)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 72
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C02
3A5MC 4A2BA 5AZIA 3GE1A 3WXLA 5BRHA 5BRFA 4FWOA 1YVNA 4NB4A 3BP8A 2D4WA 1DEJA 3DXMB 1E4FT 2IVOA 4BC4A 1GLDG 4H5NA 3A5OC 2A5XA 4JNEA 4BRFA 4F9OA 1Z6RA 2FXUA 1HLUA 3LM2A 1NGDA 5EY4A 2ASMA 2F9WA 4BR0A 3M3ZA 4FPBA 3IFRA 1BG3A 3QBWA 4CZJA 4GY2B 4MLHA 1V4SA 3ZX2A 4BC2A 5FPMA 2Q1NA 2Q36A 4BR7A 3FE1A 4H5WA 4FWQA 3KVGA 3B8AX 4QS9A 3VF2A 3S41A 4Z94A 4CZHA 4NO7A 3MCPA 2QWMA 2I7NA 1QQNA 2V52B 3EN9A 3C7NB 3SJHA 3OHRA 3ZX3A 4FOEA 1OKJA 5EVZA 3WXKA 1MA9B 4BQLA 5KPZA 3CHWA 1Y64A 1SQKA 2A3ZA 3H1QA 5AQFA 2V7YA 1BU6O 3CJ9A 2PAVA 4M63C 4CZEA 3VGMA 3FZLA 2F9TA 2NZTA 4K41A 1U2VA 4IZ9A 3SK3A 1BDGA 3P4IA 3DJCA 2HOEA 3BUZB 3ENOA 2AA4A 3FZMA 2P9PA 3RSEB 3UKRB 3VESA 1BO5O 4JHDA 4EIAA 1QZ5A 4FWNA 2AP1A 5AQPA 2BUPA 2QXLA 4FL9A 1NBWA 4JD2A 3VETA 2Q97A 4BRPA 2HF3A 3LDOA 2ITMA 3QMLA 3LDPA 4J8FA 1HX1A 4H0YB 3VEVA 4CJ7A 4EHTA 3ULEA 1BOTO 4BRHA 1BUPA 3M1FA 2YHXA 1SAZA 5AQHA 2FF3B 2YI1A 2FF6A 3CJCA 3G25A 4ISGA 3FGUA 3CERA 3I8BA 5BPLA 4BRGA 2P9KB 4BGAA 2QM1A 1NGIA 2V7ZA 3FFKB 4A62A 4MO4A 1ATSA 5AQIA 3R6MA 3CJ7A 2WUSA 5KQ8A 3U9ZA 3SMPA 5AQXA 4H0VB 5KPTA 2HF4A 4K43A 2KHOA 4B9QA 4M7YA 2P9SB 3QBXA 4BRMA 2YHWA 3MN9A 3BF1A 2CGJA 1RDWX 4L3QA 1TUUA 2A42A 3MMVA 4WQ5A 3GDQA 1BA1A 2E1ZA 4IO8A 4XH4A 1U6ZA 4BREA 4M7XA 3VEZA 5AQNA 2UYTA 3ID8A 2CGKA 3MN7A 3VEWA 2E8AA 3HM8A 1IJJA 3ZETB 5BR9A 4CBXA 5E26A 1ZC6A 3DWLA 1MDUB 3D2FB 4FPAA 1BWFO 5F1XA 1K8KB 3EL2A 3GL1A 3WQUA 3UE5A 3D2EB 2ZGYA 1S3XA 2EWSA 4MLEA 4IXCA 1X9JA 2GUPA 4KBOA 1Q18A 2P9LB 1XQSC 1TUYA 1X3MA 3SLCA 3H45C 3FR0A 5LJWA 4WYBA 1D4XA 5AQLA 5BPMA 3JXUA 4RTFD 4H0TB 4I6MB 4MO5A 5EOYA 1ATRA 2QWNA 2E88A 4LC9B 2QWPA 4FO0A 1ZXOA 3DXMA 2QWQA 2FSKA 5FPDA 3ENHA 3VF6A 4BQZA 3O6WA 5FPNA 5AQWA 5AFUA 2D0OA 3HSCA 4PL8A 4CD3A 5AQZA 3AAQA 3EZWA 3ZEUB 5E84A 3F9MA 4WQ5C 3UKUB 3CI5A 2GEMA 1TYQB 2IVNA 3AARA 3CJAA 3A0IX 5JICA 3EKUA 3MN5A 5JLFA 5AQOA 2IVPA 5F2RA 4H0OA 2D0PA 4JN4A 4B1WB 1E4GT 4DHYA 5JMVA 4WQ4A 5LJVA 1C0FA 2P9IB 1S22A 2P9UB 2CGLA 3MK6A 4ISEA 4BRIA 4CI6A 3VENA 1GLBG 2E1YA 1WOQA 1J6ZA 3C7NA 3O08A 1NGBA 3VEXA 3EKSA 3BEXA 2Q31A 4BC3A 1JCGA 2FSNA 3W3DA 5BN9A 4RWTA 4HTLA 4H5RA 3FZHA 3WXIA 3A5LC 4AM6A 1IG8A 1NLVA 4B1ZA 1BA0A 2W41A 4BR9A 4FOIA 5AQUA 1YAGA 2P9NB 1WUAA 2IIRA 3LDNA 3RSEA 3TU5A 1LCUA 3UKRA 3KHYA 4FWMA 5AZJB 4YDUA 3H1VX 3O4WA 1HJOA 4IWVA 4AM7A 4BGBA 3LM9A 5KQDA 5BN8A 5BPNA 1NGEA 4H0PA 3O80A 1NGGA 5F0XA 5AR0A 3LDLA 3DXKB 3IUCA 3FZKA 3SMSA 4BR4A 4FWPA 4Y0WA 2NRHA 1SZ2A 4WQ4C 5AQSA 3WEEB 4BRQA 3WUHA 4DQ8A 4H5VA 3AY9A 1T44A 3H46O 4B1VA 1KXPA 4C23A 1H1VA 3L4IA 4IJAA 4BVOA 5AQTA 2D1KA 3GBTA 3R9PA 1NM1A 5AZIB 1LOTB 1GLFO 3ATVA 4PKHA 2P9KA 3O1WA 2DPNA 3MN6A 2YJEA 3CJBA 4XH1A 3CQYA 1GLJO 5BRDA 2VCPA 3QB0A 4A61A 3R8EA 2BTFA 3VF4A 4PKGA 3M6GA 2E2PA 1YUWA 1T6CA 2ZWHA 3QDKA 3QFPA 4CZFA 3O8MA 1G99A 4FWKA 4EAHD 3VERA 2P9SA 4A2AA 2E2QA 4CZLA 1HUXA 3I33A 3HTVA 1V4TA 5AQYA 4FWRA 5AFUH 4BG9A 3H3OB 4CBWA 2ZGZA 2GWKA 4YDUC 4EFHA 3H3NO 4DCHA 5BREA 3J8AA 3C0BA 4XH5A 1HKBA 2Q0RA 1C0GA 4RCHA 1NGJA 4CZMA 2HMPA 2Q0UA 2Q2RA 3WXJA 3GG4A 5ADXA 3ZETA 4JAXA 2QWOA 3TPQA 4QS8A 3D2FA 2QW9A 5EX5A 1K8KA 1GLEG 4BRAA 4B1XB 3VOVA 2ZF5O 2GWJA 2YHYA 3JS6A 3CETA 3VGLA 4BRLA 4BVPA 3D2EA 3CQXA 2P9LA 3HZ6A 2E2OA 2PBDA 3FLCO 3WT0A 3LDQA 1QZ6A 1YXQA 3EO3A 3HI0A 4PKIA 3IDHA 1HPMA 2GELA 4H5TA 3QFUA 4I6MA 2CH5A 5FPEA 2ASPA 3U9DA 1NGFA 1U2VB 5I9EB 4XEIA 5LY3A 1XC3A 2H3GX 2W40A 2P9PB 2A41A 4CD1A 4CZKA 4JHDB 4HWIA 1JCEA 3KZBA 2YJFA 5KPRA 2J4RA 1NGHA 3GOIA 3ZX0A 1GLLO 1KAYA 1GLCG 3ZEUA 4JD2B 2V51B 3IMXA 2A40A 4B1UB 5TKYA 3L6QA 5AQKA 5ELZA 3UKUA 1TYQA 3CIPA 3VPZA 3H6EA 5AQMA 4B1YB 1DKGD 4H03B 5AQQA 4BR2A 2E20A 5AQJA 4QS7A 1X3NA 3ULEB 3MDQA 4CBUA 3QICA 1DGKN 5AQRA 4FSVA 4CZGA 2P9IA 3W0LA 1KAZA 2P9UA 2NLXA 4GNIA 4BR5A 2QWLA 4BRNA 4CZIA 4H0XB 1T6DA 4K42A 1ATNA 1EQYA 1CZAN 1GLAG 1MWMA 2CH6A 2E2NA 4BG8A 2YCHA 3U4LA 5B8HA 3LL3A 3DAWA 4BC5A 1QQMA 1XUPO 3A5NC 4BRDA 3WQTA 2VYPA 4BROA 3BF3A 1P8ZA 5AQGA 3AAPA 5EXWA 3VGKA 1QQOA 4BRKA 1KAXA 4IJNA 1Z05A 4BRCA 2A6AA 2VWBA 2P9NA 1HKGA 1QHAA 3VEOA 1NGAA 5CE3A 4K25A 2OANA 5AZJA 4ISFA 3FZFA 2GTDA 3O5BA 3L0QA 2I7PA 5AQVA 2FLOA 1ESVA 3U8XA 3HBTA 1NGCA 1MWKA 3ATUA 4O5FA 5ADXH 4O8KA 2QWRA 3UB5A 3CJ1A 3DXKA 3A8YA 4DB3A 4EHUA 2ASOA 4FWSA 1JCFA 3VEYA 3WEEA 1NWKA 5JLHA 1ZBSA 1RFQA 1R59O 3O1BA 2FSJA 3D7EO 1NMDA 4PL7A 1RGIA 4FWLA 1HKCA 4E1JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A5MC 4A2BA 2OPQA 4CJPA 5AZIA 3RTVA 1NOZA 2RPIA 1DEJA 3DXMB 1E4FT 4PUOA 3VQ8A 4BC4A 1SV5A 3PY8A 1A5VA 3A5OC 1VSEA 1CLQA 1RILA 2FXUA 1NGDA 4FLYA 5JVGL 4F2SA 4BR0A 3IFRA 1BG3A 4YOWA 3QBWA 4CZJA 4J2BA 3KKSA 4DTXA 5E41A 1RT7A 1V4SA 3ZX2A 4LY7A 3AA3A 4HCCA 4BR7A 4JI5K 4H5WA 4OPHA 3L2QA 1NG9A 2EX3A 3O3FA 1S6QA 5CHIA 3TANA 1JKHA 3S41A 2D0AA 4FJKA 3MCPA 3THWA 4CJFA 3K5NA 3C7NB 2G8VA 3ZX3A 2D5RA 4FJ5A 3CCSN 3JSMA 3WXKA 1UA0A 3CHWA 3OYJA 3DLGA 4F8RA 5GADP 4OLAA 4KKOA 4M63C 3SQ0A 1DTQA 3VGMA 2HW3A 1VQPN 3LAKA 4QAGA 3K9KA 4K41A 1ILYA 3DJCA 3ENOA 3FZMA 2YKNA 3RSEB 3OBWA 1I94K 3E9LA 4DTPA 4DFJA 4F4KA 1NBWA 1QE1A 3E1YA 1QTMA 2UU9K 4ID1A 5KRTA 1KVAA 4GW6A 1I3AA 3QMLA 3LDPA 1HX1A 3VEVA 3MAQA 3CFPA 3LANA 4BRHA 4LSNA 1SAZA 4OKEA 3PX4A 3CJCA 4N5SA 4YOTA 3FGUA 1QVGM 3I8BA 5BPLA 2Y1JA 3IS9A 4G9ZA 4Y1DA 3KLHA 2B4JA 4IOAL 3DLEA 2BDPA 1FKPA 5KQ8A 2UUCK 3NF6A 3EY1A 3ZLJA 5AQXA 4CVNE 4DWIA 5KPTA 4OPKA 4DTMA 2P9SB 3C95A 1TKDA 2YHWA 4DF4A 3MN9A 1IBMK 1TUUA 1VSHA 3HP6A 3GDQA 2E1ZA 4XH4A 1KC8O 1UOCA 1XHXA 4B3MK 2P1JA 3VEWA 4RW7A 3HM8A 4Z4EA 1IJJA 3ZETB 3UIQA 4DR4K 1ZC6A 3DWLA 4CCHA 5D3GA 4O0IA 3V9XA 2WTUA 3S3NA 4YORA 3R3LA 3G71N 1HJRA 1Q18A 4KH6A 1XQSC 3ISNC 1NJZA 1D4XA 5AQLA 1E3MA 4RTFD 1RDAA 2GUIA 4I6MB 4MO5A 5EOYA 3G4SN 3U3YA 1BL3A 2O8EB 1S9EA 3CM5A 2E88A 3SV3A 3C65A 4KFBA 3DXMA 3MEDA 4OO1J 2FSKA 5FPDA 1BHLA 4KAZA 1T03A 3ENHA 3VF6A 4IOCL 2D0OA 4DLEA 3S3OA 2P51A 3I0SA 4PL8A 1SKSA 5AQZA 3O9SA 1VQKN 4M42A 4KI4A 3F9MA 4DV4K 2VGNA 3TARA 2GEMA 1OVQA 2XY7A 3CJAA 3A0IX 3G10A 3MN5A 5JLFA 4QOZB 4CK1A 4DS4A 4FJ9A 5KGXA 2X6SA 1RTJA 2LSNA 4JN4A 5HL7L 1E4GT 5JMVA 3HVTA 3KK7A 1NJWA 1C0FA 5J1EA 1K73O 2CGLA 3HRGA 4RG8A 4DQQA 4FVMA 4RW8A 1IKYA 1U04A 3C7NA 4JLHA 3CCJN 1IKWA 1VSMA 4IBNA 4DR3K 1TAUA 4A5AA 2IGIA 3LP0A 4KHNA 3MXMA 4HTUA 3FZHA 3QIPA 3A5LC 4KH5A 3V1OA 1IG8A 4CJKA 2IS3A 3NF9A 1C1CA 5FLXO 4FOIA 2KKZA 2VG7A 1ZYQA 1YAGA 3NVMA 3LDNA 4OPAA 3RSEA 4FWMA 5AZJB 3TSPA 3PIOL 1WNSA 1YVUA 3TTDA 1JLAA 2QXFA 2KLAA 4DU3A 3QERA 4IWVA 4AM7A 3LM9A 3P5JA 4O44A 5BR8K 1LW0A 4C8LA 3LWLA 3CMEN 3DRRA 4FJJA 3CMAN 4AQYK 4H0PA 1JLFA 2F96A 3DXKB 3FZKA 3SMSA 4Y0WA 1NMNA 4JKCA 4CJRA 2ZM6K 4O4GA 4H5VA 3AY9A 1N5YA 3AGRA 3OYGA 4C23A 4DTJA 3L4IA 3ZT0A 5C24A 2O4IA 5AQTA 2G8HA 1S6PA 2VQFK 1C0UA 2YJEA 4XH1A 4NLBA 3CQYA 5BRDA 2VCPA 3QB0A 2KTQA 4JI3K 4B9LA 4PKGA 4GVMA 3CCQN 1UAXA 3O8MA 1G99A 3TAEA 4FWKA 2P9SA 5J2MA 1SL1A 4MFBA 4IDHA 4CZLA 3I33A 1N33K 4X66K 3RMAA 1O13A 3EZ5A 4BG9A 4CBWA 1KTQA 5BREA 3DLKA 4CZMA 4FJNA 2RF2A 3D0PA 4LF6K 3HK2A 3SUOA 3NVKA 3ZETA 3RMDA 3V1RA 4QS8A 1RBRA 2RHKA 5EX5A 1GLEG 1FXXA 3VOVA 3JS6A 3T69A 4BVPA 3OJUA 3M5RA 3SPZA 3SI6A 2E2OA 2PBDA 2D0BA 3M8SA 4J2EA 1QZ6A 1YXQA 1RDBA 3EO3A 3O9UA 4PKIA 3K2PA 4CJEA 1HPMA 1T3VA 4I6MA 3NH0A 2ASPA 1K9MO 2O8EA 1NK8A 1RBTA 1U2VB 5I9EB 3SAHA 1WSEA 3DOKA 5LY3A 3RRGA 1L3SA 4NCAA 2HHTA 2P9PB 5C42A 4OKJA 3EE9A 1LW2A 4BE1A 1JCEA 3KZBA 3ZSXA 3CCEN 1D9FA 4CJ5A 4YFUA 4CFAA 4BE0A 1VQ9N 1GLLO 3N4QA 4CF1A 4TSXA 3IMXA 2A40A 4YY3K 5TKYA 5ELZA 4CK2A 4E7JA 4H03B 4BR2A 3ULEB 4A59A 4FZXC 5KRSA 2XY5A 2O8DB 4CEDA 3I0RA 3AA2A 4GNIA 2NLXA 1OH8A 4BR5A 4BRNA 2UXCK 4H0XB 4ID5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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