4WQ4C

E. coli ygjd(e12a)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 72
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C02
5AQIA 5JLHA 1T6DA 5AQKA 1V4TA 3EZWA 3BF1A 2UYTA 4PKHA 2P9NA 3ID8A 1QZ6A 2KHOA 1GLJO 4DQ8A 3VGLA 3GOIA 3VF2A 2CGLA 3UKRA 3VEVA 2HF4A 1DEJA 1ATNA 3CETA 4BRIA 2GWJA 5AQPA 4MLEA 2QW9A 2P9IB 3VEYA 3H1QA 2Q36A 4FWPA 3FZHA 5EXWA 2WUSA 4PL8A 2A5XA 5AR0A 2A6AA 3QBXA 4H0TB 3DXKB 4I6MA 5AZIB 4Y0WA 2E8AA 4JD2B 1ZC6A 5FPEA 3LDNA 5AQYA 3WQTA 1KAYA 3CJAA 2Q0RA 4GNIA 3UE5A 2P9PA 1ESVA 3FZMA 2E20A 2Q2RA 1JCFA 4EFHA 2A42A 1ATSA 2PAVA 4WQ4A 1DGKN 3U9ZA 3M3ZA 5AQHA 4CD3A 2D1KA 1TUUA 1NGEA 4XEIA 3P4IA 2F9TA 1Z6RA 4BC5A 5I9EB 1GLLO 1HKCA 1RFQA 2D4WA 4ISFA 3O4WA 2P9SA 4MO4A 5AQMA 3I33A 1U6ZA 2E88A 3ZEUA 5AQWA 4B1ZA 3DAWA 4BRAA 4B1XB 2QWMA 3QFUA 4RCHA 2EWSA 2Q1NA 4IJNA 4JN4A 4NB4A 1YUWA 3RSEB 3AY9A 4NO7A 2YJEA 3QBWA 4CZEA 2D0PA 3D7EO 4MO5A 1HKBA 5TKYA 2NLXA 4KBOA 3F9MA 1GLAG 1GLCG 1P8ZA 3B8AX 5EOYA 5BREA 3C0BA 1MA9B 3O8MA 3ULEB 4BG9A 4BRDA 3EKSA 4BRMA 2VWBA 4L3QA 1QQMA 3VEXA 2E2QA 5E84A 3VENA 2BTFA 2IVOA 3FZFA 1QZ5A 3QFPA 3SLCA 4IZ9A 4B1YB 1U2VB 4EIAA 3LDPA 2ASMA 3CJBA 2V52B 1MWMA 5E26A 2QWNA 4FWKA 3WT0A 5AFUH 3JS6A 4DHYA 2FF3B 1X3NA 2BUPA 3MDQA 4AM6A 2P9UB 2IVNA 3HTVA 1NMDA 2QWRA 1GLFO 5BPNA 2Q97A 3A5OC 3EKUA 3D2FB 3OHRA 3L0QA 4BC4A 3MK6A 2H3GX 3M1FA 4XH1A 4CBWA 4DB3A 3KVGA 5AQGA 3C7NA 2HF3A 3HI0A 1LCUA 3IDHA 4FSVA 4ISGA 3VEZA 5KPTA 4ISEA 5EX5A 2FLOA 3H3OB 4WQ4C 5ADXH 3O5BA 4H03B 2NRHA 3LDQA 1XQSC 5FPMA 3H1VX 5AQVA 2FSKA 3A5NC 1NGJA 5F0XA 1J6ZA 3U4LA 3HSCA 3RSEA 4H5WA 5BRFA 4FWNA 3TU5A 3FZLA 4BQZA 1YVNA 2E1YA 4BGBA 3D2EA 1BDGA 2Q0UA 5LY3A 3C7NB 3A0IX 1NGGA 1ATRA 4MLHA 2QWLA 3JXUA 3VF6A 4EHUA 4M63C 5BN9A 1YAGA 2FF6A 4BR4A 4B1WB 1NWKA 3QDKA 2QWOA 4BR2A 3SJHA 3H3NO 3BF3A 4BRFA 2D0OA 2GWKA 3O6WA 3IFRA 1HPMA 4PKGA 1NGIA 4PL7A 3VESA 3D2EB 3R8EA 5JICA 3L4IA 5KQ8A 4CD1A 4AM7A 2ZGYA 1HKGA 4H0XB 1IG8A 3D2FA 5AQTA 5AQNA 5AZJA 4BC3A 3CJ9A 2QXLA 2V7ZA 1K8KB 4HTLA 1K8KA 1V4SA 3WUHA 3WXLA 3O08A 4IWVA 4RTFD 1Q18A 1SZ2A 1HUXA 4PKIA 4CZLA 1KAXA 4Z94A 3CJ7A 1G99A 2VYPA 2P9UA 3AAQA 3AARA 2V7YA 5B8HA 3H45C 3LM2A 4HWIA 4FPAA 4BGAA 2YJFA 3HBTA 2QWPA 5AQUA 3VERA 4BRQA 3VEOA 4BRKA 5ADXA 1MWKA 3ULEA 4B9QA 3HM8A 3J8AA 3KHYA 4CZMA 1KXPA 1NGFA 1S3XA 4FWLA 2W41A 4H5RA 2VCPA 4BVPA 4BVOA 3GDQA 1OKJA 3LDOA 3BEXA 4BRPA 3MN7A 4FWQA 5EVZA 3AAPA 3H6EA 1U2VA 1BUPA 3CQYA 4CI6A 2E2OA 5BRDA 2CH5A 2OANA 1GLEG 3FR0A 4H5TA 1D4XA 5EY4A 4CZFA 5BR9A 3MN9A 5BPLA 4QS7A 2A3ZA 4JAXA 3EL2A 3G25A 2ZWHA 4A61A 3M6GA 1QHAA 5KPZA 1QQOA 3U8XA 4H5VA 1NGBA 4CZJA 2A41A 3DWLA 3TPQA 3A5MC 4CZKA 1E4FT 1RGIA 4XH5A 2CH6A 5F1XA 1IJJA 1LOTB 3VF4A 4B1UB 2DPNA 2CGKA 2IVPA 5AQRA 2P9NB 2ZF5O 1KAZA 3ATVA 3VOVA 3CHWA 3O80A 5FPDA 2CGJA 2J4RA 1JCGA 4H0PA 2GELA 4JHDB 3O1WA 3CJCA 5BRHA 3CJ1A 2A40A 2FXUA 4DCHA 2YHYA 3ZX2A 1TUYA 1X9JA 3ZX3A 4BRNA 4FWSA 3WQUA 4FWOA 4BRCA 3CIPA 4J8FA 3SMPA 2ITMA 2P9IA 4A62A 3ENOA 1WOQA 3LDLA 2P9KB 3LL3A 2AA4A 2QM1A 3CI5A 5F2RA 1ZXOA 3GL1A 5BN8A 3FFKB 3FZKA 3MMVA 2ZGZA 1Y64A 2YHXA 1SAZA 2P9SB 3VETA 1QQNA 2P9PB 4YDUC 3R9PA 3WEEB 4H0YB 3EO3A 4QS9A 3CQXA 2GUPA 3I8BA 1CZAN 1R59O 3A8YA 4QS8A 1GLBG 3BUZB 1JCEA 4O8KA 1T44A 3ZETA 1C0GA 3DXMB 4K25A 1MDUB 3UB5A 2E2NA 1DKGD 4XH4A 1TYQA 1NGCA 3QB0A 4CZIA 1BU6O 1HLUA 3W3DA 5AQFA 3ATUA 1ZBSA 3MCPA 1EQYA 4FL9A 4BREA 5AFUA 1E4GT 4I6MB 5AZIA 4CZGA 4YDUA 1WUAA 4CBUA 4FOIA 3FLCO 4BRGA 1XC3A 4EAHD 3UKUB 3ZEUB 2E1ZA 5LJVA 4A2BA 4BC2A 3BP8A 4CJ7A 1NGHA 3FE1A 4JNEA 3VPZA 3SK3A 1YXQA 4M7XA 1C0FA 2E2PA 2F9WA 5AQLA 3ZX0A 3W0LA 3R6MA 3QMLA 5CE3A 3UKRB 4FWMA 4BR7A 4FO0A 4O5FA 1NBWA 5AQSA 5FPNA 3DJCA 1H1VA 5KPRA 4RWTA 2FSJA 4A2AA 4IO8A 4CBXA 3SMSA 4K43A 4BR0A 4H0OA 2IIRA 4K41A 5JMVA 4F9OA 5KQDA 1NGAA 5AQZA 4FOEA 3GE1A 4BRLA 5LJWA 3WXKA 1NGDA 5AQXA 3ENHA 4WQ5C 5AQOA 3H46O 4BROA 3L6QA 3QICA 2Q31A 1T6CA 5ELZA 1HJOA 3VEWA 2GTDA 3O1BA 2P9LA 3HZ6A 3KZBA 3U9DA 1S22A 3UKUA 2NZTA 1XUPO 3A5LC 3LM9A 1TYQB 3VGMA 1BOTO 3GBTA 4FPBA 4BQLA 2V51B 2FSNA 2HMPA 4C23A 2AP1A 3FGUA 2W40A 4IXCA 4JD2A 3WXIA 4JHDA 4BG8A 1BA0A 1X3MA 2PBDA 4CZHA 3DXKA 2P9LB 5AQQA 3WXJA 2HOEA 1HX1A 1BO5O 3EN9A 4WQ5A 4WYBA 4BR5A 2QWQA 3ZETB 3IUCA 4LC9B 5AQJA 3CERA 4EHTA 2ASPA 1NM1A 1BA1A 5AZJB 4B1VA 1GLDG 3S41A 4IJAA 2GEMA 2YCHA 3IMXA 2P9KA 3GG4A 4H5NA 4K42A 4M7YA 2I7NA 3MN6A 3WEEA 4BRHA 5JLFA 4BR9A 1NLVA 4E1JA 4FWRA 1BG3A 4GY2B 1BWFO 1SQKA 5BPMA 1RDWX 2I7PA 4H0VB 2YHWA 2YI1A 3DXMA 1Z05A 3VGKA 2ASOA 3MN5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KCFA 5AQKA 1IBLK 3EZWA 4PKHA 1K73O 2E5LK 5M1PA 3NAEA 3V6DA 2KHOA 5I3UA 3QEPA 2QKKA 1ZYQA 1GLJO 4E7LA 2F7TA 3GOIA 3G0ZA 3CYMA 1L3UA 1TK5A 1ATNA 4OVLA 3V9SA 3O9SA 2DFHA 2E6LA 1HMVA 4CVNE 3IKMA 1TL1A 2Q36A 3J7ZO 3KD1E 5EXWA 3K0SA 1SL0A 4C8OA 2A6AA 3DXKB 4DWIA 1BIZA 4N56A 4I6MA 2OZSA 1ZBHA 4JD2B 1HNXK 3IS9A 4K8XA 4CFAA 1RTDA 3E9PA 1IV0A 5J2NA 4FCYA 3T69A 4M3TA 4JKGA 4HUEA 3S3NA 1BI4B 2Q2RA 1JCFA 2A42A 1ATSA 4N5SA 3U9ZA 3M3ZA 3ID6A 4C8NA 3M5RA 1TUUA 3TSUA 4XEIA 4CCHA 2F9TA 4DSIA 4FJHA 4BE0A 1HKCA 1NJYA 4B3TK 1I3AA 5AQMA 3RMAA 2NNWA 2DTUA 2HHHK 2YNFA 4PWDA 1VQPN 5M1OA 2XHBA 3OYBA 1VSIA 3PIOL 5TKYA 3LPUA 1GLAG 1P8ZA 5BREA 3K2PA 1B9FA 5JS1A 1QQMA 2E2QA 3N4QA 4I2PA 1QZ5A 3SLCA 4LF5K 4IZ9A 1LWCA 2KLAA 4CERA 3ZSXA 4E1MA 1SL1A 1X9WA 3VQEA 2V52B 1ASVA 2QWNA 5GIPA 4W5RA 1HNVA 3C6AA 4CK2A 1W2BM 3JS6A 4DHYA 3CFRA 5I42A 4M3WA 5BPNA 1W0HA 2Q97A 3A5OC 3EKUA 3D2FB 1XNRK 3VTHA 3MK6A 4XH1A 3MXIA 5KRTA 3CPWM 3HI0A 2HF3A 3TTCA 3PV8A 4H03B 3QINA 1XQSC 1NGJA 1TAQA 1J6ZA 3DMJA 4FK4A 3EZ5A 1FKOA 4CJUA 4PHTX 4CEQA 4O0JA 4NXNK 4ILJA 1VSFA 4CJ3A 1HYZA 3C95A 3RR7A 3A0IX 5KGWA 1EX4A 2FC0A 5BN9A 1YAGA 3V1QA 1JXEA 1NK5A 3UIQA 1NWKA 3QDKA 2G8UA 2HHVA 4BRFA 1N5YA 1G15A 5HBMA 4DS5A 4C8KA 4Q0BA 1NGIA 4PL7A 5HLFA 3L4IA 5KQ8A 4X62K 1QE1A 1HKGA 3SYZA 3SPZA 1OVYA 2O4GA 5AQTA 4CEZA 3CJ9A 2V7ZA 4FLTA 1K8KA 3QERA 4FJMA 5IWAK 4IWVA 4RTFD 2P5OA 3MXMA 4PKIA 2F96A 3CJ7A 1VQNN 1HYSA 3K9KA 4CEEA 2V7YA 5GADP 2UXDK 1C0MA 5B8HA 1RDCA 3VQPA 3CCQN 2IC3A 5ADXA 4BRKA 3AGKA 2YHBA 1MWKA 4DR3K 3HM8A 3J8AA 4OKEA 4C8LA 1K8AO 4B08A 3WNHA 4CZMA 4FWLA 3PUFA 4DMNA 4BVPA 1YF5L 3GDQA 1JLAA 1OKJA 1QTMA 2ETJA 2G8IA 3H6EA 1U2VA 4B9SA 1Q81O 4DV1K 5BRDA 1GLEG 3HL8A 5EY4A 3U3GA 5BPLA 5TKWA 4XIUA 4JKEA 1X9MA 2ZWHA 3M6GA 5KPZA 1QQOA 3C6UA 1YITN 1WSHA 5JVGL 4H5VA 2ATQA 3K5MA 4KHQA 4CHOA 1JLGA 4X65K 3VQBA 4DTSA 2G8HA 3TSQA 2CH6A 4WCEL 3RTVA 4DSJA 4NYNA 3OS2A 4KO0A 4LH5A 4B1UB 4O0IA 2IVPA 2O8DB 2O8BA 3TR8A 2O8EA 2ZF5O 2QK9A 3E01A 3NVMA 3O80A 4IOXA 4CJWA 3NF7A 4B9MA 2GELA 3AVGA 3CJCA 4YOWA 3CC7N 4OGEA 1HNZK 4DCHA 3OS0A 1TUYA 4FJ9A 2ZM6K 1SKWA 4LF6K 4IKFA 4FWSA 4Z4HA 4H4OA 3SMPA 3SQ0A 2P9IA 1C1CA 3ENOA 1WOQA 4FLVA 1UAXA 2QM1A 5FDLA 3QLHA 3AVIA 5BN8A 3PLAA 4W5TA 4AHUA 4CJKA 4I7FA 3MMVA 2ZGZA 3MCAB 1SAZA 4FJKA 4B9NA 4JKGB 4E7IA 4LF4K 4BE1A 4QS9A 3EO3A 4RW9A 3CCUN 4F8RA 4CIEA 4QS8A 3ZT0A 3NBPA 3NF9A 1JCEA 3QNOA 1T7PA 3ZETA 4C8MA 1MDUB 1RTIA 4J2AA 1JL2A 3W3DA 3ATUA 4OJRA 1EQYA 1HR0K 2E6MA 4RG8A 4KI6A 4I6MB 4CZGA 2XRIA 3NE6A 4DV6K 4X66K 1EETA 1CZBA 1SV5A 5LJVA 1RTHA 2RHKA 4Y1CA 3EY1A 4FJ8A 3ZSYA 3SZ2A 3F5TA 4YOXA 4PUOA 4HCBA 5FRMA 1YXQA 4QCLA 1VSJA 5C24A 3VQCA 5CE3A 4CF8A 4DV0K 4BR7A 4DF8A 4CF2A 4OPKA 4B9VA 4AHTA 1H1VA 3SUPA 1D8YA 4IO8A 3OYFA 4CF1A 1NK4A 2HNDA 4BR0A 3RRHA 2IIRA 1KVCA 3HVRA 4K41A 5JMVA 3SUQA 5GINA 1QVGM 1S6QA 1CZ9A 1NKBA 1I39A 1P90A 3GE1A 4BWMA 4BRLA 3WXKA 5LJWA 3J80O 3THXB 5AQXA 5AQOA 4BROA 4DR7K 2WFBA 3R3LA 2UUAK 3KK1A 3CG7A 3P31A 4Z4CA 1L3SA 4FVUA 4HUGA 2OPRA 3E1YA 2D0CA 3T7ZA 2P51A 4JKHA 3OBYA 1JLCA 2W6LA 3VGMA 3LM9A 3V9UA 3HJFA 4BQLA 3GBTA 3F73A 3K9JA 1WBDA 3PO5A 2HMPA 4IXCA 3AVKA 3WXMB 4FYDA 3NH1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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