5HL7L

The crystal structure of the large ribosomal subunit of staphylococcus aureus in complex with lefamulin
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
ISKIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 50S ribosomal protein L2
publication title A novel pleuromutilin antibacterial compound, its binding mode and selectivity mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 16
structure length 109
sequence length 109
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5hl7L01
3CCRN 4IO9L 3I55N 5H1SQ 1YJ9N 3I56N 1VQPN 4U67L 3CC7N 4UY8O 5MLCQ 1N8RO 5JVHL 1QVFM 3G71N 2ZJQL 4WFBL 3CD6N 2OTLN 3CXCM 1Q81O 4IOAL 3OW2M 3CPWM 5DM7L 1KC8O 1YHQN 1JJ2M 1VQ5N 1K9MO 2QA4N 1OVYA 1VQ7N 1YJNN 2QEXN 2OTJN 1VQMN 4WFAL 1Q82O 3CCUN 3CC2N 1M1KO 4WF9L 3CC4N 1Q86O 2ZJPL 5JVGL 3CCSN 1ILYA 4WFNL 1YITN 1K8AO 5HL7L 1Q7YO 1YIJN 1VQ4N 3G6EN 1NJIO 1YI2N 3CCQN 1W2BM 3PIPL 3CCEN 1VQON 3CMEN 1QVGM 3CCJN 3CF5L 3CCMN 5GAHP 3G4SN 1VQNN 3J7ZO 1KD1O 4IOCL 3PIOL 1K73O 1M90O 1S72N 4WCEL 1VQ9N 2ZJRL 1VQ6N 5GAEP 3CMAN 5GADP 3DLLL 1YJWN 3CCLN 5DM6L 5GAGP 1KQSM 1VQKN 3CCVN 1VQ8N 1VQLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KGWA 3ZETB 4B08A 3KLEA 3J81O 5HP1A 3DOLA 4KHPK 3FFIA 3ZX2A 3I56N 1VQPN 4V19S 5EU7A 2NUBA 1SAZA 4OKEA 4DTJA 4FJNA 2W40A 3WUHA 2HVHA 3DI6A 4BR9A 4B1XB 3G25A 2E5LK 1YTUA 3V9XA 4KTWA 2HB5A 4I2PA 1KXPA 1NK8A 2XY8A 3K9JA 1BQMA 4JK9A 4M3WA 3F73A 1WBDA 4Z4FA 3V9ZA 3AA4A 3I0SA 3OA9A 3HM9A 5J2PA 4JI7K 2EWSA 2HMIA 4UQGA 2EHGA 1NM1A 5ELZA 4YOTA 4JRQA 4WE1A 1D9DA 1BA0A 5J2QA 4LF8K 4CJTA 4FWPA 2A1RA 1WN7A 4CD1A 4Q0BA 1C6VA 1LAWA 1KAYA 3KK1A 4FLWA 2GX9A 4I6MB 1YITN 1K8AO 1NGBA 1YIJN 1L3VA 3D2FB 1JLFA 3VF2A 1E3MA 4GVEA 3IMXA 3AVHA 1YVUA 4F2SA 3PIPL 4LC9B 3DXMA 5FROA 5AQVA 3E9LA 3IFRA 3L2WA 4B9VA 3NDKA 2GWJA 1XQSC 1J54A 5I9EB 3ZCMA 3JAMO 3HOSA 4HCBA 4DU1A 2P9IB 4QAGA 4WCEL 1RDWX 1B9DA 5AFUH 3O6WA 3SI6A 2I5JA 3T1HK 3CMAN 4BR0A 3VEZA 2B4JA 4LFAK 1QHTA 2I7NA 5KGXA 3HP6A 4RG8A 3LDNA 5AQMA 2UU9K 4FLYA 1S1XA 2FBVA 1EXQA 1Z25A 3GL1A 3KHYA 4BDZA 1C1CA 4X64K 4KPYA 4ID5A 4X62K 3P39A 2HHQA 3FLCO 1X9WA 1EKEA 4BREA 2D0PA 4DV5K 2BUPA 3CFOA 3CJ9A 1YUWA 3KLGA 5CYMA 1IBKK 4WFBL 3AY9A 4H5RA 1QTMA 4BDPA 4DQPA 5AQWA 3U8XA 5AR0A 3H3NO 3VQAA 1JJ2M 3CETA 1T7PA 4LF7K 2JWKA 4XH1A 4KHYA 3P38A 1NJXA 3UIQA 5HROA 2VWKA 3D7EO 4H4MA 4FOEA 1RTHA 4CJ3A 4E7JA 4CHQA 5LJVA 1ZBLA 1KVBA 1A5VA 5F2RA 4BR2A 4JI3K 4WYBA 1K8KA 4M3YA 4O5FA 1ATRA 3HTVA 4PY5A 4HWIA 5LMNK 4YORA 3FR0A 5JVGL 3BF3A 1U6ZA 4IG0A 5FPMA 5HLFA 4J8FA 3OY9A 5GIOA 4GV3A 3N4PA 2D5RA 3L2RA 1NJIO 1HNWK 4J2DA 3M8PA 5AJ3K 3H1QA 2OANA 3HYFA 4BG9A 2GUIA 3LWLA 4FM2A 1VRUA 1U49A 3KK2A 4M63C 2E1YA 2DFFA 4KV8A 4LSLA 3G4SN 3OS0A 1JXBA 3H45C 3E66A 3EL2A 2QWQA 2ZF5O 4BE1A 3TARA 5LY3A 2CH6A 1NGAA 4E3SA 2ZJRL 2F8TA 1IG8A 3VQCA 3VQ5A 3DLGA 1IG9A 5AQOA 3RSEB 5KRTA 4JI5K 1U45A 4DR5K 3LALA 4FK0A 3ZT1A 4GKKK 4IO8A 1YT3A 1TVRA 2R7YA 3UB5A 2RHKA 1CZBA 3DLRA 3C6HA 4EHTA 1XUPO 1T3VA 1BISA 4GKJK 4CJSA 4AHCA 2VQEK 2PZSA 4CGFA 5SWMA 1JCFA 1SL1A 3HT3A 1HUXA 3KWGA 1KFDA 3OBWA 4MO4A 4EHUA 3OYLA 1UA1A 2G8UA 4BDYA 3LP0A 1Q81O 5EXWA 3I33A 5KTQA 3QMLA 1YHQN 1SUQA 4BGAA 1ZBFA 4E7HA 2XHBA 1A5WA 3I8BA 4BRNA 3NGZA 3TSQA 4MFBA 2FF6A 3P5JA 4B1VA 3S3MA 1U4BA 3MMVA 2KQ2A 2BGGA 4FWMA 1RT2A 3D0PA 4FLVA 4KREA 3M1FA 1HKCA 4FJGA 2G8IA 2HNDA 4YOYA 3T1YK 3QLHA 1XC3A 4CEFA 3K59A 4DLEA 4FLZA 3M8SA 3SUQA 3LDSA 4NCBA 4LD0A 3SMSA 4BVOA 3VQ4A 3CIPA 1Q7YO 4JI1K 1HJOA 4LFCK 5HRRA 3PY8A 2YHWA 3V1QA 4RW8A 3WQUA 1X9MA 2QWPA 4FJLA 3CCQN 1C0TA 3VEOA 3NMUA 2E4LA 4B9TA 3CJ7A 1TYQA 4H0YB 4Q5VA 5K14A 4JRPA 4K43A 3A5OC 4Z4IA 3ZSZA 3THYB 2HBKA 1VSKA 4DR6K 4DKWA 4B3TK 4NO7A 3ASMA 3VQ6A 3GG4A 3ZETA 1A5XA 3QFUA 3O9TA 1N6QA 3A2FA 3ZX0A 3AVGA 3QNOA 2GWKA 2DFHA 2Z1GA 3KIOA 5GADP 4C1NK 1KVCA 4JKHA 5BPNA 3CQYA 2HHTA 4BROA 4OVLA 4JKGB 5D3GA 4I9LA 4JKFA 4DU3A 3K58A 1Q9XA 4PKGA 3HOTA 3KLHA 4B1WB 4O4GA 1HQEA 1RT3A 3WNFA 4M3XA 2HHHK 3VEWA 1O1WA 2P9LB 2QWNA 5AQPA 3I55N 4HUFA 1TKDA 2HHWA 4N56A 1HQUA 5E26A 4FSVA 2RKIA 1N8RO 4KRFA 3T7ZA 5LJWA 3MX2A 3SAFA 1XNQK 4DFJA 1IO2A 3AVNA 1RGIA 5AQTA 4M7YA 4BY9C 3OYIA 4CECA 4DTMA 3E1YA 1QQCA 2CGJA 4FL9A 4I6MA 3KJVA 4PWDA 3NGYA 3TTDA 4BC3A 4HCCA 3J80O 1D9FA 3D2FA 4AHRA 4JI0K 3HM8A 3AGKA 3HBTA 3NF9A 3MDQA 3CI5A 2G8KA 1Q82O 3VPZA 3AA5X 1WSGA 2E2QA 3OHRA 4BRFA 1D4XA 2DFEA 3ZSXA 4FZZA 3C7NB 3OTOK 3MEDA 3T19A 3LZIA 1LW2A 4OPAA 3DXKB 3L0QA 2P9IA 1EETA 1EX4A 4O8KA 4BC4A 4BRCA 4PL8A 3L3VA 4CZHA 2A40A 3K5LA 3BUZB 4CZGA 3OJUA 3DLHA 3L2QA 1HRHA 3L2UA 1NBWA 4BR7A 4BR5A 1U04A 5AZJB 3WXJA 2F96A 4E7LA 3ISNC 5AZIB 2UXDK 4JD2B 3O9RA 3QO9A 4WQ4A 2OA8A 4KI4A 2ATQA 1H1VA 3VGKA 3J8AA 1ZBUA 1XHZA 1WB9A 4JHDB 3SJJA 4HUEA 5KPRA 4KHQA 2GBZA 3CFRA 4CF2A 1IKYA 4GV9A 2RPIA 3OYJA 4FJJA 3O4NA 4BC5A 4GVMA 2QWRA 1WNSA 2H3GX 3KD5E 4FK4A 1HR0K 2KKZA 2HHXA 4JI6K 3QEXA 3RTVA 3AO2A 4JS4A 4CFAA 3MN6A 1N32K 2HNZA 4DMNA 1RTIA 2HMPA 4IG3A 4CBWA 1SL0A 4DFMA 4FJIA 4JI2K 4JKEA 4K0KK 3JYTA 3QEVA 1SQKA 5DM7L 2QK9A 4A59A 5FRMA 2FC0A 4CF1A 4A5AA 3DJCA 4FWOA 1RBUA 4KTZA 2E20A 3BZCA 3O5BA 4G1QA 2O8FB 1CZ9A 1P8ZA 5AQJA 2QEXN 2OPPA 3MEEA 4FLTA 5C15A 2Q36A 3WNGA 4KI6A 3BP8A 3OYDA 3U9ZA 2GUPA 2F7TA 2YI1A 4BE0A 1SKRA 1XHXA 2HOEA 4ZHRA 3RMDA 3C65A 3U9DA 3FZMA 5TKYA 5AQIA 5BN8A 1YI2N 3SQ1A 3OYHA 2HF3A 3CJAA 1FKPA 3O4WA 3HSCA 3TR8A 1VQON 3HL8A 4A57A 3PX0A 3SUOA 3EZ5A 4Z0UA 3SYZA 1E4FT 1NK4A 2NZTA 3FGUA 2X6SA 3RSEA 2BDPA 3TPQA 5C10A 5CZ2A 1VQ6N 4CJ5A 2A5XA 2NLXA 2CGLA 2GV9A 1GLBG 3RR8A 1N33K 3SUPA 3O08A 3FZKA 4QS9A 1J6ZA 3EEQA 1DTTA 3O9UA 1NGJA 3A8YA 2IVPA 3JSMA 1P90A 2UUCK 3C95A 5SZTA 3RR7A 3V1RA 4DSJA 1UA0A 4KH4A 3LP3A 4IJAA 1F21A 1NGEA 5IWAK 2ZJQL 5C25A 1LW0A 5AQFA 4IOXA 4YOWA 4CBXA 2YHYA 3TU5A 1UAXA 2ZWHA 1KRPA 1TGOA 1KC8O 1MA9B 2QKBA 2QWMA 4DV7K 3OYAA 3TAMA 3AA2A 3P1GA 1GOAA 1NKBA 2OTJN 4FWSA 4OPKA 1N5YA 2E1ZA 4XIUA 2ZM6K 2RF2A 4B3MK 1JLCA 3UKUB 4EIAA 5C42A 4LH5A 5M1NA 1IBMK 1EP4A 4CHOA 1NKEA 1S1WA 3THYA 4B3RK 5FPDA 5DK5A 1IKVA 2VWBA 3CJ1A 3WNEA 2KZMA 2P5OA 1C1BA 1FXXA 5F1XA 1QQMA 2NRVA 1D8YA 4B9NA 1JLAA 2F9TA 3VQPA 2X6NA 3QDKA 1CLQA 4QS7A 4EP4A 3CCJN 3V4IA 4BE2A 4DTPA 1NNEA 1HKBA 4DTOA 2HVIA 4JKGA 1XC9A 3CFPA 1KAXA 1LWEA 3AVCA 4W5TA 3F9MA 1NK5A 2VGNA 1NJWA 2VCPA 3FZFA 2QXLA 3AAPA 2P9LA 5AQLA 3NHGA 5GAEP 4QCLA 3M5RA 4JKDA 1HYZA 4H5WA 3FFKB 5DM6L 4CHYA 2BTFA 3WXLA 4CFDA 3H6EA 1VSHA 3KZBA 3OJSA 2NRXA 4BGBA 3B6PA 4DTXA 5KPTA 5AQQA 1C0UA 4IO9L 1S1UA 4F2RA 4DV3K 3L6QA 2XY5A 1HNXK 1NGGA 4JS5A 5MLCQ 4FJ5A 1QVFM 2F4VK 3C94A 4CEDA 1QHAA 3OYGA 2DY4A 2FBTA 5AQKA 3LP2A 4CIGA 4IOAL 3WQTA 4DQIA 3ZT2A 2HHVA 4MQ3A 3O9SA 3THWB 4M3ZA 1S5JA 3C7NA 4YNQA 3IUCA 2OYQA 3A5LC 3DLBA 3ID8A 2E8AA 3THVA 1S6QA 5JS2A 1Q9YA 2B5JA 1ZBHA 4O0IA 2VG5A 4E7KA 3CCUN 1RNHA 4M7XA 2O8BB 1ESVA 4LH4A 4CZJA 4BWJA 3TANA 4JKBA 1VSLA 3WXMB 2KZZA 2X78A 5AZIA 4JD2A 4FJKA 4YDUA 4JNEA 2XRIA 2UYTA 1NOYA 1O13A 4B1ZA 1W2BM 1BUPA 1NMDA 1ZXOA 2UUAK 5AQNA 4FZXC 4GY2B 4YHHK 1GOCA 3AAQA 2YCHA 3IKMA 3F5TA 4OLAA 1I39A 4G9ZA 2Q0RA 2BH1A 1KD1O 5M1PA 1KTQA 2CH5A 1W0HA 1RDAA 1NLVA 1LWFA 1RT7A 2CGKA 3VESA 3S9HA 1RBVA 2OCEA 5AQYA 3ZX3A 4DR7K 3FZLA 2YJEA 5JLFA 1MDUB 3LP1A 1IJJA 4WQ5C 4H5VA 2YHAA 3SV3A 3U6FA 2XY7A 3E9PA 1NGCA 2WOMA 4OKKA 3THXA 1BQNA 4OJRA 4CGDA 4CEAA 1BHLA 4ILHA 3L8BA 2Q3SA 3S3NA 4KH5A 3ZSOA 4RW6A 1X3MA 3UKRB 2O8FA 2V7ZA 3RMBA 2PYLA 3NFAA 2ZGZA 2V52B 3G71N 4IWVA 2O8EB 4K8ZA 3ZSQA 2P9UB 2OTLN 3CPEA 1GLAG 3HZ6A 2D4WA 3CPWM 4XH4A 1R0AA 1QSLA 2YKNA 3AVIA 3LPTA 4CD3A 1XNRK 2E88A 4N41A 3VENA 3KTQA 4HTUA 3O80A 4DS4A 2E2OA 2QI2A 3EKSA 4DV1K 1J5OA 1JL1A 5KI6A 1VSMA 4DB3A 1VSEA 2E2PA 4BVPA 4WF9L 4FVUA 4C8LA 2A41A 3AARA 5AQSA 3CJBA 3PX4A 3IRXA 3C6TA 5C2FA 3P4IA 4CGHA 4FCYA 3M3ZA 3K5NA 4KHNA 2UUBK 1YXQA 1BCMA 1YAGA 1FW6A 3V9WA 1TKTA 3RMAA 5FRNA 1N36K 2Z1HA 3MK6A 3J7AP 3R8EA 4FZYA 5CR4A 4LSNA 1ITGA 3ULEB 4B9LA 5LL6Z 4E89A 1C0FA 1BU6O 1MU2A 1I3AA 1QQOA 1QSYA 3PIOL 3ATUA 4FPBA 4DCHA 2NRWA 1DT9A 3BEXA 4M45A 4C1NI 4DF4A 1WUAA 3KLIA 2WUSA 4BR4A 1KCFA 2Q31A 3B8AX 4CJWA 1YJWN 1G15A 5BR8K 3PSIA 4DU4A 4FVMA 3L4IA 5M1OA 4DFKA 1D5AA 1BG3A 3PX6A 1GLLO 1YF5L 3VQ8A 1JLBA 5JICA 5GINA 1U2VB 4CJEA 3FE1A 4YOUA 3NF6A 2X74A 3O9QA 4J2BA 3K57A 4ELUA 4BRQA 1NGHA 4KHWA 3LWMA 1CXQA 2Z1IA 4M41A 2P9SB 4U7BA 3CXCM 3SPZA 2YKMA 2W6KA 4NCGA 1V4SA 5HBMA 4JV5K 1V4TA 1VSFA 1BOTO 3LM9A 4JYAK 3MAQA 5T7BA 1OVYA 3HPGA 3OYCA 4NYFA 1RBSA 4E7IA 4Y1DA 4C8NA 4CHPA 2FSJA 2IOCA 2YV0X 3VTHA 2ZE2A 4AM7A 4DR4K 3LAMA 3CHWA 1S1TA 2EX3A 2O8DB 2VGMA 5FPNA 1X1PA 1BIUA 2Q0UA 3MXIA 3AVJA 1TV6A 1N34K 1T6CA 3LDOA 4CEEA 2VWJA 2YHXA 1GLFO 2V7YA 5HRPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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