5HL7L

The crystal structure of the large ribosomal subunit of staphylococcus aureus in complex with lefamulin
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
ISKIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title A novel pleuromutilin antibacterial compound, its binding mode and selectivity mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2
total genus 16
structure length 109
sequence length 109
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5hl7L01
2ZJRL 1KD1O 2QEXN 5GADP 3J7ZO 3CXCM 1ILYA 1Q86O 3I55N 5GAHP 4IOCL 1YI2N 1M1KO 2ZJQL 1YJWN 4WFAL 1K73O 4U67L 1M90O 1VQKN 5GAGP 3G6EN 2OTLN 3CCEN 4WFBL 1VQPN 5HL7L 1K8AO 1Q82O 1VQ4N 3CCJN 1YJNN 3CCQN 1VQLN 1VQON 2ZJPL 1YJ9N 1VQMN 3CCLN 2OTJN 3PIPL 1OVYA 5H1SQ 5DM6L 1K9MO 1QVGM 3OW2M 3G4SN 1YIJN 5GAEP 5JVGL 3PIOL 4IO9L 3CC2N 3CCUN 1VQ9N 4WF9L 3CPWM 1VQ6N 4WCEL 3CCRN 4IOAL 1VQ8N 3CC4N 1NJIO 1S72N 1QVFM 1W2BM 4WFNL 3CMEN 5DM7L 1YITN 3CC7N 1N8RO 1VQ5N 1Q81O 3G71N 3CCVN 5JVHL 3CMAN 3CCSN 5MLCQ 3DLLL 1Q7YO 1KC8O 1VQ7N 1KQSM 3CD6N 3I56N 3CCMN 3CF5L 1YHQN 4UY8O 2QA4N 1JJ2M 1VQNN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RRHA 4A59A 1XNRK 4IO8A 3W3DA 4CGHA 5EVZA 3R1XA 4DV3K 2VQEK 4FOEA 4QS8A 4WQ4C 5HBMA 3EYZA 3SMPA 3NGIA 5JICA 4OVLA 3WXMB 2D1KA 4RW8A 3O1BA 2HB5A 3GE1A 3O08A 4YDUA 3RRGA 4KB0A 1R0AA 3U9DA 5KPTA 1E3MA 4BE0A 4A5AA 4RTFD 5E26A 4Q5VA 3V1RA 1ASUA 2E2QA 1VQ4N 3OHRA 4M3WA 3TSQA 3ULEA 4E7LA 1VQON 2D5RA 4HUFA 3MX2A 2NNWA 3PIPL 3UB5A 2QWQA 4M3YA 4JI1K 1X9SA 4WQ5C 1T6CA 2ZM6K 5AQSA 2HHVA 3CQXA 1KVBA 4BG9A 5KPZA 4RW7A 2BGGA 1RFQA 4Z4HA 2ASMA 1KCFA 2QWMA 2I5JA 4BACA 3CFOA 1UOCA 3CPWM 4B9NA 2Q0UA 1WSEA 3UKUA 2E2OA 1WBDA 2A6AA 3AVMA 1X3NA 3C0BA 3NVMA 2QWOA 3D2FA 3LWLA 3LP2A 2P9SB 2V51B 4LC9B 4CJ3A 4B8AB 4PWDA 3AO4A 4IG3A 2GELA 2PY5A 1C0GA 4BRIA 3A5LC 3SBGA 4CBUA 1RDWX 3CM6A 3F5TA 5JVHL 3P31A 4DR3K 1XQSC 3L8BA 3QESA 2KKZA 5MLCQ 1T44A 4OKKA 4LF8K 3DLLL 4Z4IA 3ZT4A 2P9PB 1YVUA 4BROA 3WNGA 3L3UA 1W9HA 1U49A 2YKMA 3DOLA 1BQMA 3SQ4A 4B3TK 4FPBA 4JRQA 1NM1A 3OY9A 4GV6A 5SZTA 4AILC 4DV2K 3M8QA 3OYFA 4Z94A 3KJVA 3CG7A 3J80O 1L5UA 1CZAN 2CH5A 2OANA 1NGGA 3HM9A 4M42A 1ILYA 5AQTA 5BPMA 2F4VK 2WONA 3TU5A 4DCHA 1NLVA 4KH4A 3I0SA 4FL9A 1XMQK 4DTSA 4Z4FA 2W6KA 4N76A 1HNVA 3TTFA 3LP0A 3QEXA 2UUAK 1T8EA 1TYQB 3D2EA 2P9NB 2YNGA 1ZYQA 3RVCA 3AAQA 1HPZA 4M3ZA 3MN5A 3DI6A 2P5OA 4IEEA 2VGNA 3IS9A 4GKKK 3MN9A 1VQMN 4B1UB 3KLFA 5DM6L 3O4QA 4KTWA 3QEPA 4CEFA 3D6RA 2BANA 3G4SN 3QEWA 3MCAB 4CZGA 1NMDA 4DR6K 1C1AA 5FPMA 4CF2A 1S1UA 3C6UA 4XH1A 1T03A 3L2UA 1RT5A 1HRHA 3AV9A 4GNIA 3W0LA 2EHGA 5C15A 4G9ZA 1KVAA 3J7AP 3HSCA 3HP9A 5B8HA 3AA2A 1N33K 1UA1A 4KH6A 4H5TA 1JCEA 1CLQA 1RDBA 5AQJA 5EY4A 5DM7L 1VHXA 4OPAA 1H1VA 3CC7N 4BR5A 3K5OA 2ETJA 4CEEA 4DTNA 2DFHA 3CJ1A 3PY8A 3NGYA 5I9EB 2RF2A 3CMAN 4F3OA 2ITGA 4LF9K 3SJJA 1Y64A 3AVKA 2ZWHA 1BA1A 4DFMA 4BC3A 4DQQA 4J2BA 1RDCA 3G10A 5T7BA 2YHYA 4GW6A 3I56N 3HXMA 2X74A 3ZSRA 4JHDA 3ZETA 4JKBA 3WQTA 4HVJA 3LZJA 2HW3A 4FJHA 1J5OA 1NGFA 1HNXK 3MXJA 1JCFA 2RKIA 5KRTA 1BISA 2VYPA 2YHAA 2G8UA 1E4FT 1JL1A 1KD1O 5C12A 3ATUA 2QEXN 1NK8A 2YJEA 5FPEA 3BZKA 3O9TA 4JS5A 4FK2A 1NOZA 1NK5A 3SPYA 1S1VA 1QZ5A 5GAHP 5AQZA 4C8MA 3KLGA 4BRFA 4JI8K 5E84A 5DK5A 5FPDA 4IFVA 4BRLA 4CZKA 5C25A 1FW6A 2YNFA 2YCHA 3G6EN 1NK7A 4CFCA 1HNIA 1VQPN 4BRMA 1S6PA 4ISFA 5M1QA 3J7YP 3PX0A 2VWBA 3GDQA 4AH9A 3OTOK 3SPZA 5AZIA 4WQ5A 5J2MA 1LOTB 4KI4A 2D4WA 4DTOA 1VSDA 2CGKA 3M3ZA 3OYLA 1GLBG 3BP8A 4CCHA 3PIOL 1FKOA 4CIGA 4BR2A 1VQ6N 1MU2A 2QK9A 4DFPA 4BWJA 3O3GA 1V4TA 1Q18A 3DLBA 1NJXA 3DOKA 4OPKA 2UXCK 1VSFA 4BRDA 2HBJA 2IDOA 3IMXA 2H3GX 1WBBA 3MWPA 2Q0RA 3J8AA 4M41A 1ASWA 1TGOA 3DJCA 2E1YA 5EU7A 1XHXA 3VQ4A 2O4IA 1U45A 3H46O 4FLXA 4CW7B 4CD1A 4DS4A 1IV0A 4EIAA 4PL7A 4FWQA 1A5VA 4H4MA 1KC8O 3VESA 4NO7A 2KFZA 3THWA 1NK4A 3KK3A 2O8DB 3MX5A 3OYHA 4AF1A 2OCEA 4BR7A 5M1KA 4YHHK 4X66K 4K25A 4JD2B 3VQQA 3OYMA 4ID1A 3VF6A 4PKHA 3L2WA 1EP4A 1SL1A 3OBWA 3G0ZA 4LF4K 4DSJA 4JI2K 5HRSA 4BQLA 2IS3A 4CESA 3D2EB 1EETA 4KHWA 3LM2A 4A5BA 5BRDA 1SKRA 4LF6K 4H8KA 3LPTA 4I6MA 3K59A 1HJRA 2GEMA 4OJRA 3AA3A 3CERA 4KHSA 3LDQA 1QHAA 1EO1A 1HYVA 3CQYA 2IVPA 2F7TA 1BCOA 3KLHA 1YJ9N 4CJLA 5F1XA 1KXPA 1IBKK 4M7XA 1J5EK 3EE8A 5J2QA 3SI6A 3D7EO 2PYJA 1T05A 3ALYA 1UA0A 4OPHA 5FRMA 2QWLA 3K57A 1S6QA 5D3GA 4A61A 5F0XA 2E5LK 3EL2A 1WUAA 3TSPA 1GLLO 5FLXO 1TL3A 4DUYK 3SAGA 2F96A 1BIUA 3HRGA 3U6FA 1B9FA 3ATVA 3V9ZA 4DQ8A 4ELTA 2PZSA 1VSJA 4J2EA 3I33A 2G8VA 3KK1A 3VF2A 4KHUA 3VF4A 4MLHA 1WAFA 3T1HK 1T7PA 2B5JA 3EN9A 4FW2A 5F2RA 3TTDA 3SUPA 3KWIA 4DHYA 4CGFA 3QMLA 4DTXA 2A42A 3DAWA 4EAHD 5LJWA 2OPPA 2A1SA 4IEIA 3AVHA 1RNHA 4JHDB 1HJOA 3ZETB 3ASMA 4F9OA 1LWCA 4CJQA 4CF0A 3CCMN 3L2RA 3P5JA 3SUOA 4FJGA 4FWMA 3I8BA 4PL8A 5AQMA 1S1XA 4AHVA 2V7YA 1NNEA 2I7NA 5AQFA 3TI0A 5KQ8A 4FCYA 1XMOK 4DTPA 5I3UA 2A3ZA 3K9KA 1BGXT 3FLCO 1Q86O 1DKGD 4O5FA 3ENOA 1WB9A 5AQGA 1BIZA 1KSPA 1XHZA 4FYDA 2HHQA 1T3VA 4KHNA 2GBZA 2YHBA 3ENHA 3QNOA 4KB1A 2NRWA 3VEWA 2FBYA 3PSFA 4J2DA 3MWTA 4DR5K 4DFKA 5C2DA 3EZ5A 1IG8A 1QVGM 1J9AA 3MEDA 4CEDA 1KLMA 5AQYA 4OGCA 3CC2N 3CM5A 4CF9A 1RTIA 3B6OA 3CCUN 4DF8A 3U3GA 3DLGA 3QIPA 3OBYA 1RT2A 2E6MA 2F9TA 3VA3A 2ZD1A 1TYQA 3L4QA 2P9NA 4CFAA 5C24A 4C1NK 4GVMA 4JKFA 4CEQA 3AO1A 1ATRA 5HRRA 4DV7K 4DTRA 3WXLA 3SBTA 1Q81O 3MXMA 3THVA 2HMIA 4FJKA 4B9QA 4YOXA 1HX1A 4E1NA 1Z25A 3ZT1A 3NH2A 3AO5A 3L0QA 3FFIA 5SWMA 4W5TA 1NGDA 3THWB 4RCHA 1O13A 3VOVA 4Z4CA 1WLJA 3ITHA 1L3VA 4F2SA 1CXUA 2IOCA 4CHZA 3NGZA 2E4LA 2FSNA 2YV0X 2KLAA 4NLCA 4OKJA 3KLEA 1L3UA 2VCPA 1GLDG 1B9DA 5AZJB 1KAZA 2QWRA 1P90A 1Z26A 2KTQA 5AQLA 4FK4A 2E2PA 4JYAK 4BE2A 3ZCMA 3C6AA 1IG9A 1K73O 3H3NO 2RN2A 2F8SA 4U67L 2E6LA 4I6MB 1QZ6A 3QETA 3S3OA 3AVFA 1NBWA 4CD3A 4NCGA 4WFBL 3HL8A 4FWNA 4DUZK 1QSSA 3C6TA 4E1MA 3HOTA 4BDYA 4LFCK 2GWKA 5AJ3K 3V4IA 1NJWA 2RHKA 1YJNN 3MDQA 1K8KB 1KLNA 2E88A 1NOYA 1NGAA 3WXKA 4JK8A 5CZ1A 4CJ5A 3LWMA 1RGIA 3NF6A 1L3TA 4BRGA 4ICLA 4Z4GA 3E9OA 3ID6A 4O0IA 5FRNA 4DLGA 1YIJN 3R3LA 2O8BA 3GL1A 2UU9K 5EX5A 4X62K 3OS2A 1C1CA 3MK6A 2NRVA 1S22A 3DWLA 1IKXA 3PO5A 2A41A 4Z0UA 1RT4A 5AQIA 3MAQA 2B4JA 4FLVA 4BVOA 3BGRA 1DTQA 4BRAA 4U7BA 5CYQA 3CMEN 3AVNA 1XNQK 3Q7CA 2WC9A 5AQPA 1XI1A 2E8AA 1HNWK 2YJFA 4FJ9A 3PV8A 4CZFA 3S3MA 1NG9A 4CE9A 4EP4A 4AHTA 4DQSA 3C6HA 1KAXA 4A2BA 5LJVA 1W97L 4KO0A 2HHHK 3ZSQA 2NRXA 3HJFA 4K8XA 3ZSVA 1D8YA 3THYA 3NDKA 1U48A 1SKSA 1HMVA 1E4GT 1JLQA 3AO2A 3CF5L 4L8RB 3CHWA 4I9LA 3K58A 4DV4K 3AY9A 1VRTA 4E7HA 4LY7A 3MECA 5C42A 3CFRA 4YOTA 1JLGA 1ATNA 3SQ1A 3AVLA 2ZE2A 3GOIA 4DU4A 4YNQA 3S3NA 3I55N 3VETA 2YX6A 1YI2N 3SV4A 4DQIA 3OYIA 4TSXA 3NH0A 4ILGB 4JI4K 3O80A 1OH8A 4FPAA 1U47A 1IJJA 2XY6A 3LPUA 2GTDA 3HO1A 4JK7A 4JK9A 3L2VA 3TTCA 5M1FA 1SQKA 4NLBA 4W5NA 1YTAA 2O8DA 3LALA 2ZJPL 3F2KA 3PUFA 2DFEA 5CR4A 3KZBA 4OGEA 4O8KA 4JD2A 3TARA 4FJ5A 4XIUA 1NGJA 5EOYA 3O4NA 3ZX3A 4BRCA 4FJNA 3CJ9A 3O9RA 3G25A 2D0PA 4FLZA 4DFJA 3NMUA 3L6QA 3IFRA 3U3YA 4CGGA 1S1WA 1JLFA 4OKEA 1DTTA 4WCEL 4YOVA 1XWLA 4B1YB 2YNHA 4A57A 3TWHA 3V9UA 4CGJA 1DEJA 4BRPA 3D45A 4FLWA 1TAUA 3A5NC 4NXNK 1NJIO 4BQZA 5BRFA 1LCUA 4R5PA 3NH1A 4Y1DA 1VQ5N 4PKGA 5J2PA 3E66A 2Z1IA 2P9IB 1UWBA 1YT3A 3PO4A 2HBKA 3T69A 1KFSA 3FZHA 1NK0A 1SV5A 2DY4A 2G8WA 2YKNA 5IWAK 3BZCA 3BY5A 5AQOA 4BDPA 4IFYA 1O1WA 3K0SA 3TR8A 4BRQA 1VQ7N 1KQSM 4YOYA 2VGMA 1SL0A 4JI6K 3CD6N 1IO2A 1KAYA 2ATQA 2FBVA 1N36K 3RMBA 4RW4A 3EY1A 2Z1GA 3ULDA 4E0DA 3AAPA 3OJUA 4I9QA 4ZHRA 4DMNA 3LDLA 2ZJRL 4M3TA 5AQRA 3AGKA 4EP5A 4CJ4A 4OPJA 3CJBA 1GOAA 2FBTA 3KK2A 1TK8A 3VGMA 1SAZA 2VG5A 2KZMA 4FOIA 3V1OA 3TANA 4H4OA 2ZJQL 2V52B 3NVKA 3ZT3A 2AA4A 4DTMA 2OA8A 4FLYA 1SS6A 1XC3A 4V19S 1GLFO 4B1WB 4FWSA 3HI0A 2A5XA 3D0PA 4CJWA 3VQDA 3WNEA 4CHNA 1EXQA 1X9MA 3EZWA 4CZEA 4NCBA 3DYAA 1NU0A 1BI4B 1NGIA 4BC2A 2P51A 2ZF5O 2O8BB 1K9MO 3MCPA 1NJZA 5HRPA 2R7YA 4RG8A 4DLEA 1HYZA 2Y1IA 1IKWA 3DXKB 2FLOA 2HOEA 3RTVA 3LDPA 1C0UA 3M8SA 1MDUB 2XY5A 3UE5A 3ZLJA 1JXBA 3FZKA 3E01A 4O0JA 3QNNA 4FWRA 2RPIA 4DF4A 4CZHA 3RR8A 1S72N 3J81O 2HHTA 3VTIA 4H0XB 2OYQA 1IBLK 1ZBHA 1BQNA 4BWMA 4FJMA 3T1AA 2X6SA 3AVIA 3O8MA 1G99A 3C7NB 1ZBIA 3PX4A 5ADXH 3OVNA 2D0BA 3TAGA 3VQPA 4LFBK 2D0OA 3C65A 3LAKA 1SKWA 2HNYA 3THYB 4B9SA 1FJGK 3F9KA 1Q7YO 1BUPA 1FXXA 3PX6A 4DTUA 1C0TA 3QBWA 2IVNA 3HTVA 2UUCK 3VQ8A 1YHQN 4UY8O 4HHTA 1ZBSA 3QB0A 3NHGA 4J8FA 2QXLA 1OKJA 4DU1A 4KHQA 3L4IA 1RT1A 4YOUA 5GADP 4FSVA 1IBMK 4G1QA 2P9UB 4FLUA 4FW1A 1HNZK 3DXMB 3UKRB 4ELVA 4CVNE 1FKPA 3OYKA 3FGUA 1YJWN 1QSLA 4B9MA 3HVTA 3C94A 1VQKN 3PSIA 4M45A 5J2NA 1NKBA 1RT6A 2VWJA 4FJ7A 4DR4K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJR L;  1KD1 O;  2QEX N;  5GAD P;  3J7Z O;  3CXC M;  1ILY A;  1Q86 O;  3I55 N;  5GAH P;  4IOC L;  1YI2 N;  1M1K O;  2ZJQ L;  1YJW N;  4WFA L;  1K73 O;  4U67 L;  1M90 O;  1VQK N;  5GAG P;  3G6E N;  2OTL N;  3CCE N;  4WFB L;  1VQP N;  5HL7 L;  1K8A O;  1Q82 O;  1VQ4 N;  3CCJ N;  1YJN N;  3CCQ N;  1VQL N;  1VQO N;  2ZJP L;  1YJ9 N;  1VQM N;  3CCL N;  2OTJ N;  3PIP L;  1OVY A;  5H1S Q;  5DM6 L;  1K9M O;  1QVG M;  3OW2 M;  3G4S N;  1YIJ N;  5GAE P;  5JVG L;  3PIO L;  4IO9 L;  3CC2 N;  3CCU N;  1VQ9 N;  4WF9 L;  3CPW M;  1VQ6 N;  4WCE L;  3CCR N;  4IOA L;  1VQ8 N;  3CC4 N;  1NJI O;  1S72 N;  1QVF M;  1W2B M;  4WFN L;  3CME N;  5DM7 L;  1YIT N;  3CC7 N;  1N8R O;  1VQ5 N;  1Q81 O;  3G71 N;  3CCV N;  5JVH L;  3CMA N;  3CCS N;  5MLC Q;  3DLL L;  1Q7Y O;  1KC8 O;  1VQ7 N;  1KQS M;  3CD6 N;  3I56 N;  3CCM N;  3CF5 L;  1YHQ N;  4UY8 O;  2QA4 N;  1JJ2 M;  1VQN N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RRH A;  4A59 A;  1XNR K;  4IO8 A;  3W3D A;  4CGH A;  5EVZ A;  3R1X A;  4DV3 K;  2VQE K;  4FOE A;  4QS8 A;  4WQ4 C;  5HBM A;  3EYZ A;  3SMP A;  3NGI A;  5JIC A;  4OVL A;  3WXM B;  2D1K A;  4RW8 A;  3O1B A;  2HB5 A;  3GE1 A;  3O08 A;  4YDU A;  3RRG A;  4KB0 A;  1R0A A;  3U9D A;  5KPT A;  1E3M A;  4BE0 A;  4A5A A;  4RTF D;  5E26 A;  4Q5V A;  3V1R A;  1ASU A;  2E2Q A;  1VQ4 N;  3OHR A;  4M3W A;  3TSQ A;  3ULE A;  4E7L A;  1VQO N;  2D5R A;  4HUF A;  3MX2 A;  2NNW A;  3PIP L;  3UB5 A;  2QWQ A;  4M3Y A;  4JI1 K;  1X9S A;  4WQ5 C;  1T6C A;  2ZM6 K;  5AQS A;  2HHV A;  3CQX A;  1KVB A;  4BG9 A;  5KPZ A;  4RW7 A;  2BGG A;  1RFQ A;  4Z4H A;  2ASM A;  1KCF A;  2QWM A;  2I5J A;  4BAC A;  3CFO A;  1UOC A;  3CPW M;  4B9N A;  2Q0U A;  1WSE A;  3UKU A;  2E2O A;  1WBD A;  2A6A A;  3AVM A;  1X3N A;  3C0B A;  3NVM A;  2QWO A;  3D2F A;  3LWL A;  3LP2 A;  2P9S B;  2V51 B;  4LC9 B;  4CJ3 A;  4B8A B;  4PWD A;  3AO4 A;  4IG3 A;  2GEL A;  2PY5 A;  1C0G A;  4BRI A;  3A5L C;  3SBG A;  4CBU A;  1RDW X;  3CM6 A;  3F5T A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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