5HL7L

The crystal structure of the large ribosomal subunit of staphylococcus aureus in complex with lefamulin
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
ISKIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 50S ribosomal protein L2
publication title A novel pleuromutilin antibacterial compound, its binding mode and selectivity mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 16
structure length 109
sequence length 109
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5hl7L01
4UY8O 1YJNN 1VQ7N 4WFNL 1JJ2M 3CCRN 3DLLL 3G71N 2QEXN 5GAEP 1M90O 1VQ6N 3CC4N 3CCSN 1K73O 2ZJPL 1YJ9N 1VQMN 3CCUN 1VQLN 1K8AO 3I55N 1VQ5N 1VQ9N 3CMEN 4U67L 5H1SQ 5GADP 3CCLN 1KC8O 5JVGL 3CCVN 1KQSM 3G4SN 1KD1O 1YI2N 1NJIO 1YHQN 3CXCM 3I56N 4IOCL 5HL7L 2QA4N 3CCEN 1QVGM 1S72N 4IOAL 1Q81O 5DM7L 1Q82O 3G6EN 3CC2N 4WFAL 2ZJRL 5DM6L 1QVFM 1YITN 5MLCQ 4WF9L 5JVHL 2OTLN 1ILYA 5GAHP 3J7ZO 3CC7N 1YJWN 1VQ4N 4IO9L 3CCQN 1VQ8N 3PIPL 3CD6N 1N8RO 3PIOL 2OTJN 3CCJN 4WCEL 3CPWM 2ZJQL 3OW2M 1K9MO 1W2BM 3CCMN 4WFBL 1OVYA 1Q7YO 1YIJN 1VQKN 1VQON 3CF5L 1Q86O 1VQNN 1M1KO 3CMAN 1VQPN 5GAGP
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B1XB 4N41A 2VG7A 3TARA 3DOLA 4E3SA 4JV5K 1ZBSA 2P9UA 4RW9A 4AHUA 3E66A 3AARA 3DLLL 1KVAA 4BDYA 3HXMA 3CCSN 3QDKA 2YKNA 4DQIA 4KHSA 4DU3A 4F8RA 3EO3A 1IKYA 1E4GT 3ZSZA 3U9DA 4DTPA 4DSKA 3DOKA 4JKFA 4DV7K 2YNGA 5HOOA 4OPAA 1FXXA 1FW6A 2D0CA 4CI6A 3MCAB 2QW9A 2F8SA 4M3YA 4H4OA 3VERA 3CXCM 1UA1A 4ISFA 4OPJA 2HVIA 4N5SA 3CYMA 3V1QA 2A40A 4DV3K 4LFAK 3GOIA 3LP2A 2HVHA 1TVRA 1T6CA 3IDHA 3LP0A 2FLOA 1IV0A 4B1VA 3CJ7A 4RW4A 2OPPA 1QVFM 3OYFA 4AM7A 2CGJA 3KK7A 4IG3A 1WB9A 2OTLN 1RBRA 4OPHA 5AQVA 4PKHA 3SAHA 2O8CA 5FPMA 4B1UB 4QS9A 1VQ8N 3PO4A 4C1NI 4FLWA 2UU9K 3CJ1A 4NB4A 1XMQK 4YHHK 2O8BB 4FM2A 1J9AA 5J1EA 4A59A 4CZKA 3CPWM 3J8AA 2RHKA 4HUGA 4B08A 3HP9A 1W97L 4JLHA 1KAZA 1CZBA 5AQOA 4KB1A 4RCHA 4CFAA 4KAZA 4IG0A 1U2VB 2I7PA 2HMIA 1D8YA 4YNQA 2HF3A 3ENBA 4DG1A 4KO0A 3OVNA 3A5NC 1TKXA 3VEYA 3IMXA 3KK1A 4M42A 4OLAA 2HHWA 2YI1A 4LSLA 4JI3K 1KRPA 3O3HA 1TKTA 3SPYA 3HVTA 4JI6K 2E2NA 5LL6Z 4NCGA 4IZ9A 3NGYA 4JKEA 2QWOA 4CZEA 3KVGA 1NOZA 1A5WA 2JWLA 3BZKA 1HUXA 1S3XA 4JI4K 1KCFA 5SWMA 1XNRK 1X9WA 3KK2A 4DUZK 1QZ6A 3K9KA 5EXWA 2V7ZA 1KD1O 2KW4A 4CJEA 3D2FA 3TAMA 4BWMA 2QWQA 2CH5A 1SL1A 4B9SA 3TWHA 3FFIA 4KHNA 2HBJA 5DK5A 3NF7A 1Q81O 4KRFA 2FBYA 1GLJO 4HCCA 4W5NA 3HO1A 4KH4A 1Y97A 1RT5A 1GLFO 3OYCA 5E84A 4JI8K 4BRQA 1BL3A 5KPRA 4CK2A 2BDPA 3AVJA 1N6QA 1TAUA 1NJXA 1G99A 4IBNA 1YTUA 4I6MB 1GLBG 2XO7A 3B6PA 3SUQA 2CH6A 3D2EA 3EKUA 5ADXH 4CHQA 1OKJA 5AQZA 3VPZA 1RDAA 3L8BA 3GG4A 3M1FA 3NMUA 4A2BA 1RTJA 5BRHA 3DXKB 5E26A 4BR9A 4YOXA 4FZXC 4NO7A 4CJVA 4UQGA 3KHYA 4B3MK 3LPTA 2BE2A 1HPMA 3V9SA 3O9SA 1UWBA 1VQKN 1VQON 4M3UA 5CHIA 1E3MA 1NKBA 4CFBA 4B1YB 4BC5A 1VSLA 4F2SA 5HRSA 5GAGP 4JYAK 1EXQA 3I0SA 5KPZA 3VQ8A 4WFNL 5CR4A 5GINA 3EZ5A 3R6MA 3VQBA 4DR3K 4FW1A 1QHTA 1GLEG 1G15A 5AQMA 1K73O 4CJ5A 5M1NA 2YCHA 4C8OA 1K8AO 3HI0A 2HHSA 4DSIA 1LV5A 4CF1A 2YNIA 3SAGA 2OPSA 3CCLN 4CEQA 3J81O 5JVGL 1ASVA 4BGBA 5AJ3K 1RBVA 2F7TA 2BGGA 3V9ZA 4H0VB 3WUHA 4CHZA 3UKUB 3RVCA 2QKBA 3CM5A 1RT2A 3CERA 4AHRA 3LZIA 4DV5K 1VSKA 3VQAA 4JKGB 1RBSA 2RE2A 1JXEA 1RDBA 3D6RA 4PHTX 1JL1A 4C8NA 3H1QA 3RR7A 4AH9A 4FLZA 3VEZA 5J2NA 1TL3A 4CEZA 4PUOA 4EHTA 2P51A 4W5QA 3WNGA 4BR0A 1YITN 3EE9A 4WYBA 1S6QA 2WUSA 1HQEA 4H03B 3IUCA 3AO4A 4JKCA 3HP6A 1ZBUA 3L3VA 4O44A 4H5NA 4FJ9A 3PX4A 2GUPA 5DMRA 3DLEA 3BP8A 1DEJA 4FVUA 2GWJA 1YXQA 3AVLA 3EL2A 2P9KB 3CCMN 2UUBK 4WFBL 3AAQA 1WAFA 1QQOA 3L2VA 3QEVA 5AQUA 1HLUA 2W6LA 3ZYYX 2ITMA 3CF5L 4IFVA 1HYVA 4H0OA 4EZ6A 3VGKA 3QNNA 4FJ5A 1BG3A 1A5VA 1Q86O 2LSNA 4H4MA 3CMAN 1VAZA 4LF4K 3R1XA 4CGDA 4FK4A 4E19A 1RDCA 4IEEA 5AQHA 3QIOA 4QOZB 1NGJA 1WSEA 3HTVA 3TTDA 4ZHRA 1SKWA 3T1HK 3HJFA 4CEFA 4J2EA 4GMJB 1NGDA 3UE5A 2E4LA 4FOEA 3CI5A 3ZSYA 5HROA 3VGLA 3OA9A 2O8EB 3WXLA 1K8KB 2A5XA 1SS6A 1IBLK 1LWCA 4FSVA 3O3FA 4BRHA 3SZ2A 1QE1A 1B9DA 2O8EA 4X65K 2VQEK 4KH6A 3OY9A 1W7AA 3R9PA 3A2FA 4DTSA 3DM2A 3ZSXA 3O9QA 4OKJA 2IGIA 4KBOA 4FWRA 2E1YA 1ZYQA 5CZ2A 4CZIA 1X1PA 2JLEA 3ZX0A 5CYMA 3DLKA 2KZZA 4BRCA 4BDZA 4BR2A 1U4BA 3VQ5A 1OH7A 4AQYK 3I8BA 1XQSC 3BY5A 4CIGA 1TL1A 4IO9L 3HSTB 4LF9K 3AA2A 5JS1A 4OO1J 3O9TA 4J2BA 1EETA 3KKSA 4LH4A 3ULEB 2P5GA 1SUQA 3K5LA 3B8AX 2YHYA 3CCJN 4QAGA 2QKKA 1N32K 5BN8A 2FSKA 4CEOA 2NNWA 1C0GA 3O4WA 1Q7YO 5AFUA 1YAGA 3T7ZA 1CZ9A 1GOCA 4IXCA 1L3TA 4K25A 1MU2A 1RTIA 1Y64A 3P4IA 4IDHA 3QINA 3T3FA 1HQUA 3AO2A 4OGCA 4CHYA 4GY2B 2O8DA 2G8VA 4N47A 1JCGA 4BRIA 3DXMB 3SQ2A 5BPMA 1TAQA 2AJQA 3CCUN 4RTFD 4JHDB 2FC0A 2HBKA 3LDLA 5GADP 1TGOA 4B3OA 4U7BA 3BGRA 3DLHA 5ELZA 3SCXA 2GTDA 3U4LA 3HZ6A 1NK9A 3AA4A 3M3ZA 4CIFA 4GW6A 4DU1A 5EX5A 4BRNA 3L2WA 4JKDA 1RDUA 4WE1A 1S6PA 5I9EB 4JI5K 1NMDA 4A5BA 1XI1A 1RGIA 1QSLA 5FLXO 2Q31A 5SZTA 3G6EN 5EU7A 3SJJA 1L3UA 2ZM6K 2GX9A 2P9SB 3V81A 5AZJB 5AQNA 2ATQA 3THXB 4BR7A 3I8DA 4FWQA 2HNYA 3C7NB 4CJUA 4FJKA 4CBWA 3OYAA 3D7EO 3KLEA 4A57A 2ZE2A 3J7ZO 5E41A 3THXA 4B9QA 1TUUA 3AAPA 4OJRA 3J7YP 4CBUA 4ID1A 4X66K 4BE1A 3ZT3A 1S9EA 1QSSA 2VG5A 4M41A 5HLFA 1WBDA 2RPIA 4YOWA 4K8ZA 3VQ4A 3MK6A 4E0DA 4EZ9A 4FJLA 3MEDA 4PA1A 3D0PA 3V9XA 3THWB 1WOQA 1BISA 3OS2A 4R79A 3U6FA 1QSYA 1U45A 4KHYA 3HL8A 5F1XA 4Z0UA 3PO5A 4N56A 1OH6A 4BRPA 4CESA 3N4QA 1IKWA 5FRMA 3HPHA 2OANA 1M1KO 1QZ5A 1BI4B 3SV4A 4H5VA 4WQ4C 3H08A 3LPUA 1XUPO 1K6YA 3LZJA 3DMJA 3H46O 4KPYA 2F9WA 2O4GA 3B6OA 4Z4CA 1WBBA 3ZEUA 3RMAA 4MQ3A 3AVCA 4JI7K 3FZKA 2FXUA 3VQ7A 4DMNA 4CD1A 3OJSA 2NUBA 4FCYA 2P9UB 4HTLA 3CJCA 3EE8A 2Y1IA 1GLLO 4Z4EA 4IJAA 4DFJA 1X9SA 3DAWA 4B3TK 4XH4A 2VWJA 4KTQA 4OKEA 3QFUA 1SKSA 5FDLA 4DR6K 4M3TA 4H0YB 4H0TB 4C8KA 3THVA 1NGFA 2VGMA 2ASOA 3G0ZA 4WFAL 1D9FA 3DLBA 3BF3A 2I5JA 3MCPA 1DLOA 1WSHA 4EAHD 4WF9L 4N76A 2WC9A 4IDKA 1NK7A 3CM6A 1C1BA 1I39A 4CHPA 3NE6A 2E2QA 3ENOA 4K0KK 3F9KA 4Z4FA 3SAFA 1NJYA 1OH8A 4B1WB 3L6QA 5I42A 4PY5A 3ZETA 4FVMA 4ILHA 5KPTA 4Y0WA 1Q9YA 3T1AA 4E1MA 2UXCK 2KKZA 3QETA 1SV5A 3R3LA 5BPLA 3C6UA 4B3RK 2O8CB 4CZFA 3L2RA 2EWSA 3QIPA 3N4PA 3ZSQA 4DS4A 4FJXA 4O4GA 4W5RA 3PUFA 1SQKA 4FZZA 1WUAA 4JNEA 2PYJA 5AQRA 2GWKA 4BRFA 4FLVA 3G71N 3QLHA 4IEIA 1E4FT 4W5OA 4FO0A 3KLHA 5AQTA 3MN7A 2NRWA 3O9UA 3DI6A 4HUFA 3BEXA 5AQKA 4RW8A 2Q2RA 3AO1A 3ATVA 4F3OA 2ASMA 4M3WA 4FXDA 2Z1GA 3M8SA 4LC9B 2HNDA 1MDUB 4CEDA 3K0SA 3OYNA 5JS2A 4FL9A 4BRDA 3G4SN 4DR1K 4BQLA 2P9IA 5B8HA 3GE1A 1QQNA 3VN5A 1QVGM 4JK9A 3CPEA 2O8FA 4IOAL 1L3SA 2G8IA 5KQDA 3V1OA 3WEEA 4PWDA 3RRHA 5C15A 1WSFA 3ZT4A 1JCFA 3KLIA 4GV3A 4CECA 2QWRA 3D2FB 3LDQA 4CK1A 3HK2A 3NDKA 4CFDA 5MLCQ 5JVHL 2BTFA 1NK6A 1XMOK 3FZLA 1HR0K 1QS4A 4DTXA 4AF1A 3H3NO 5BRFA 4KFBA 2V7YA 3RSEA 3PIPL 1XC9A 2QWNA 3KJVA 3BF1A 2D0BA 4EP5A 4G9ZA 4M63C 3L0QA 1WAJA 4LFCK 1S1UA 3SV3A 4CJ3A 3S9HA 1BA0A 1A5XA 4JD2A 4YORA 4E7HA 2IDOA 3DRPA 1C0TA 3IFRA 4ELUA 3O9RA 4WQ5C 3V9UA 3NVMA 1Q9XA 4CZGA 4CCHA 4BWJA 1KAYA 1R0AA 4CW7B 4HHTA 3D2EB 3W0LA 3LP1A 3DYAA 3JSMA 1BHLA 3H3OB 3RRGA 2HHXA 1XNQK 4JKHA 1TYQA 2NRZA 1U47A 3IRXA 1WN7A 4I2PA 4PL7A 3O4NA 3TSPA 1J54A 4ISEA 1HJOA 3CIPA 3O4QA 3VEWA 2A41A 4DLEA 3OYEA 2A1SA 1BWFO 1CXQA 3ASMA 4CFCA 4PKIA 4X64K 2W42A 3AA3A 4XH5A 1TK5A 1VQMN 1D4XA 1SAZA 4YOYA 4DV2K 3AVAA 3NF8A 1BUPA 4FJJA 2YJFA 1UAXA 1KFSA 3VF2A 3TSQA 2A3ZA 1KLNA 4JK7A 3GDQA 1WNSA 2FSNA 3FZFA 2ITGA 4HCBA 3C95A 3RWUA 5DM7L 4RWTA 1IJJA 4DV0K 1Q82O 3C6TA 4MLHA 1I94K 1NKEA 2ZF5O 4BC2A 1S1VA 3R8EA 4GNIA 3MXJA 1VRTA 2XY5A 4J8FA 2D1KA 4GKJK 1TKDA 3CHWA 3DLGA 1NMNA 1BOTO 5HP1A 1NJWA 1BU6O 3CC7N 4E7KA 4FJ8A 2CGKA 5A2QO 4FYDA 4NLBA 4G1QA 4Z4HA 3SYZA 4XH1A 4FM1A 1BGXT 4K43A 1NK8A 2WBNA 3OS0A 4MO4A 4GV9A 3AVGA 3ZX2A 1SL0A 4DLGA 4ISGA 2WFBA 4ILGB 4BR5A 4F9OA 1CZAN 1IH7A 3NH0A 3LWMA 1HKCA 3AVIA 1GOAA 4BGAA 3FFKB 1VQNN 4KKOA 1L5UA 1WSGA 3UIQA 1RNHA 3CQ8A 3TTCA 4F2RA 1T6DA 1KLMA 2HBLA 4V19S 4DTOA 5AQJA 1ATSA 4DFMA 4A61A 4DFPA 3SPZA 1JLGA 1SZ2A 1JLBA 2JGUA 5AFUH 3K59A 3MXMA 4CJFA 3LM9A 3AVNA 4DTJA 2Q0UA 4JS5A 4BC3A 2QI2A 2NRHA 5AZIB 1BCOA 3E01A 4PL8A 4C1NK 2NZTA 3QBXA 4QS7A 1XC3A 4DSLA 5CY4A 5AZIA 3F73A 3NH1A 3I56N 1NGAA 3KTQA 2QA4N 1S72N 5HBMA 3QBWA 3CJBA 3EN9A 4CJRA 4FWSA 3MECA 4IFEA 3MMVA 1EP4A 3QEWA 3QICA 4KH5A 3K5MA 4JKAA 1TK8A 1FK9A 2D0AA 1CLQA 5DM6L 2WOMA 4DR4K 4GVEA 3VEVA 4BRLA 3LP3A 3UKRA 4J2DA 5GAHP 1ATRA 4FLUA 4CZHA 4I9LA 4B9NA 4O5FA 5AQLA 5IWAK 4JI2K 1RCHA 1ZBIA 4CZLA 1Z05A 1TUYA 2WONA 4KTWA 5IT9O 2GUIA 2P9NA 4KHUA 1W0HA 2NRTA 3CG7A 1HNXK 4HTUA 4EHUA 5JMVA 3VQEA 4IOXA 1QQCA 3L2UA 1DGKN 4DFKA 1P8ZA 4ZTFA 1N34K 4DF8A 3QB0A 1HYSA 2NLXA 3PLAA 2KTQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4DV6 K;  2HBM A;  2VWB A;  1S5J A;  1RT3 A;  2FBV A;  5J2P A;  3CQY A;  4FJG A;  4BRG A;  2OZS A;  2Q36 A;  4CF8 A;  2XY7 A;  2KFZ A;  4I7F A;  3KLG A;  3VTI A;  2ZGZ A;  3P5J A;  1C6V A;  1V4T A;  2IVO A;  3SK3 A;  1NK4 A;  3AVF A;  3K9J A;  3VQ6 A;  4BE2 A;  2X6S A;  3OBY A;  2NRX A;  2E88 A;  4DQQ A;  3THW A;  5BPN A;  3MX5 A;  1XHX A;  1HYZ A;  2E2P A;  2YNF A;  1RTD A;  3NHG A;  4Z4I A;  4IJN A;  3E9O A;  3OYG A;  2B5J A;  3HVR A;  4YY3 K;  1EWQ A;  4L3Q A;  3EYZ A;  2Q3S A;  3SQ0 A;  3A5O C;  2PYL A;  4FLX A;  1BI4 A;  2V52 B;  3OYM A;  1YF5 L;  3VF6 A;  1L3V A;  2W41 A;  4FK0 A;  4J2A A;  1B9F A;  4JI0 K;  2Q0R A;  4NYF A;  4CJK A;  3OJU A;  4H0X B;  3C94 A;  3E1Y A;  4Q5V A;  3HPO A;  4LF5 K;  3VGM A;  4NXM K;  1RDW X;  5HRP A;  4DR5 K;  1BQN A;  2OCE A;  3P38 A;  4DB3 A;  4OX9 K;  5BN9 A;  1IG8 A;  4FLY A;  1WLJ A;  3VMF B;  2FBX A;  2PAV A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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