5HL7L

The crystal structure of the large ribosomal subunit of staphylococcus aureus in complex with lefamulin
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
ISKIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A novel pleuromutilin antibacterial compound, its binding mode and selectivity mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2
total genus 16
structure length 109
sequence length 109
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5hl7L01
4WFAL 3CXCM 3CCJN 1VQKN 1VQLN 1YIJN 5DM7L 3G4SN 1YJNN 2ZJRL 1YJ9N 1Q81O 1VQNN 1Q86O 1QVFM 2QEXN 3PIPL 4IOCL 1VQ8N 1K73O 3G71N 1YHQN 3CC2N 4UY8O 1VQPN 3CC7N 1KQSM 1OVYA 1W2BM 3G6EN 3CMAN 3CMEN 5GADP 2OTJN 3I55N 3CCMN 1VQ4N 4U67L 1VQ6N 5GAGP 5JVHL 3CF5L 1S72N 3CCRN 5MLCQ 4WFBL 1K9MO 2ZJPL 1VQ7N 3PIOL 2QA4N 3CCUN 5GAHP 1QVGM 1ILYA 5JVGL 1M1KO 3J7ZO 4WCEL 3CD6N 3CC4N 4IOAL 3OW2M 5DM6L 5H1SQ 1YITN 1M90O 1VQ5N 1KC8O 1VQON 1KD1O 5GAEP 1VQ9N 3DLLL 1K8AO 1N8RO 1Q82O 2OTLN 1NJIO 5HL7L 4IO9L 4WFNL 3CCEN 3CPWM 4WF9L 1JJ2M 3CCVN 3CCQN 1YI2N 3I56N 3CCSN 1Q7YO 3CCLN 1YJWN 1VQMN 2ZJQL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCJN 4YORA 1Q81O 2Z1GA 3AA2A 3ZSXA 2A41A 4PHTX 3LP2A 4DR2K 4A2AA 5CYMA 4CCHA 3A5OC 3MXMA 1GLDG 2IAJA 3M6GA 3ZLJA 1SZ2A 3OS2A 3TSQA 1GOBA 4KO0A 1GLFO 3ZX0A 4Q5VA 3VA0A 1VQPN 5CZ2A 1DLOA 3D7EO 1QQMA 3VPZA 3Q7CA 4DQIA 3U8XA 3DAWA 3F2KA 1VQ4N 3R3LA 2J4RA 5AQSA 3VERA 3ULDA 3MN9A 4AM6A 4DTPA 4FM0A 3TR8A 4DTJA 5AQQA 4OPJA 4BRHA 1LV5A 3CCRN 4O4GA 2O8FB 1RFQA 2OCEA 4B3RK 1LW2A 3U3YA 4W5TA 2QA4N 1R0AA 1MWMA 1NK7A 1ILYA 4W5OA 3KLFA 4DUZK 2ZF5O 3AVFA 2VWJA 5I42A 3C6AA 2BUPA 3TAGA 3OYMA 3OJSA 1SL0A 1LWEA 3S3NA 3HBTA 4C8KA 4CK1A 2KW4A 3T1AA 1N8RO 1TK8A 3H46O 1RDAA 1NJIO 1HYVA 3DXMA 3K2PA 3JSMA 2O8DB 5EOYA 3I33A 1TKZA 2A3ZA 3DM2A 3SUQA 4DG1A 2NZTA 2Z1HA 3CQYA 4JKFA 1P8ZA 4CJWA 4JD2B 5AQUA 2YHBA 3P39A 3K0SA 3RRHA 4FJ5A 4FJXA 2ITGA 1JLAA 4V19S 3HTVA 3OYNA 3OYAA 4BRNA 3SYZA 1IKVA 1X3NA 3MN7A 5AZJB 4CESA 3S41A 1KFSA 4FL9A 5FPNA 3H3OB 2HBKA 5AQKA 4M3TA 3O9TA 5KI6A 5F1XA 3NF7A 3L2RA 1E4FT 3HPGA 2HHSA 1ITGA 4NLBA 4ELUA 1C1AA 4BR4A 4M3YA 3LAMA 3WQTA 4EZ9A 4G1QA 2A40A 3CMEN 4DSFA 4DS5A 4CD3A 1LWCA 3MMVA 4FJNA 3OS0A 1HMVA 2YJFA 3RR7A 1BWFO 4H0XB 3WNEA 4JKEA 5IWAK 4BE1A 3O4QA 4EZ6A 3O9RA 5EY4A 4A59A 5DK5A 1IKXA 5FLXO 2QKBA 4YY3K 3E9OA 3S3OA 2GUPA 2P9KB 3UKRA 5EX5A 1XNQK 1SAZA 2I5JA 2P9LB 3THVA 4AF1A 4EAHD 4FLUA 4B9TA 1WBBA 1LW0A 1BQNA 4CEDA 3UIQA 1KAXA 3V9SA 4CJRA 4B9VA 4U7BA 1SL2A 4DV3K 3HPOA 2VGNA 1XHZA 3WNGA 3W0LA 4FW1A 3LM9A 3CPWM 1JL2A 1XC3A 2P9IB 1I3AA 1XMOK 1VSFA 5D3GA 5C15A 4H5VA 3SPYA 1NKBA 4HVJA 2GX9A 4E7KA 3PY8A 3CIPA 2FLOA 1KAYA 5CY4A 2VG5A 3LM2A 2QI2A 2P9UB 4NXNK 4IJAA 1YJWN 3L2UA 1IJJA 2X6SA 1RBVA 3QFPA 3VQDA 5LL6Z 4BGBA 4DQSA 4WFAL 3K58A 4DQQA 1RTDA 3DLKA 4J2EA 5AQOA 2VYPA 4OGEA 1W7AA 1X9WA 4FWKA 1EP4A 3PO4A 3ID6A 3MX2A 1LOTB 4FLTA 4CZGA 3K59A 3M8RA 3A2FA 3QEPA 2YNHA 3VEVA 3DLHA 3G6EN 4FZXC 4KAZA 3LZJA 1ZBSA 4O5FA 3V9ZA 3GDQA 3FFKB 3VQQA 1RDUA 3RRGA 2GBZA 4KB1A 1C0TA 3CJCA 1VSJA 2OPSA 3L4IA 3U6FA 4LF7K 4ISFA 2HW3A 3D2FB 3PIOL 1A5WA 4X66K 2ZM6K 3BZCA 4YOXA 3IAYA 4OLAA 3CQ8A 3OYEA 3ITHA 4NCAA 1FKPA 2D4WA 1KCFA 5AQZA 2O8CB 1QS4A 3VQ4A 3J8AA 3PV8A 4GV6A 4BRGA 4B08A 2RKIA 3VQ7A 1VQ5N 4PUOA 4FVMA 4CK3A 3L3VA 3T69A 4WQ5A 4JI0K 3ZSQA 4DV5K 1ZBLA 5BRFA 3QBWA 2QWMA 4LFAK 5JMVA 3K9KA 5KQDA 2OTLN 2XY6A 3U9DA 1BA0A 4A61A 4AHCA 3K57A 2OANA 1SKWA 3PUFA 3P38A 4CERA 2QWOA 1RBSA 4BR7A 4KV8A 1DGKN 3WXIA 3PX6A 3C0BA 3D6RA 4BG9A 3KLGA 4WQ4A 4O0IA 3TAEA 1RT5A 5BPMA 1NJXA 3SQ0A 3ZSYA 4KHSA 3J80O 2RF2A 3NHGA 1C0UA 3OYGA 1WN7A 4BRFA 1MU2A 2CGKA 1VQNN 2JWLA 3TABA 1ASWA 4NXMK 4IOCL 3KLIA 5CZ1A 2QWPA 1Q9XA 1RT7A 4DB3A 2YHXA 2UXBK 4FJ9A 1KAZA 4RW6A 4AHVA 3TWHA 1TK0A 3A8YA 5FRMA 1TL1A 5ADXA 3ENBA 4XH1A 1KQSM 2QWRA 5AZJA 4E7HA 3T3FA 3OYBA 4IDHA 3QESA 3MEEA 5CYQA 2HOEA 3NBPA 4FJ7A 4BC4A 1TUUA 4FCYA 4Z4EA 2YCHA 2KFNA 4CJLA 1YTAA 2PAVA 4CF9A 5GAGP 4WQ4C 5AQNA 4KPYA 3DXMB 3I0RA 4Z4IA 3EZWA 3VGMA 4CFAA 2A1RA 3BGRA 1TYQB 3SMPA 1WSJA 3EO3A 2E2NA 4JNEA 4BC5A 1D5AA 5KGXA 2NLXA 4BRQA 5BN9A 3MEDA 2VQEK 4KI6A 4KHWA 3KK3A 3IMXA 4N56A 2G8UA 3CHWA 2E8AA 3A5MC 4QAGA 1ZYQA 4IJNA 4CJPA 1NK5A 4C23A 2ZGYA 5ELZA 4EP5A 5C24A 4FJLA 4IDKA 5AZIB 1Q82O 3EL2A 4N76A 4F2SA 1CZ9A 2E2PA 4WFNL 3SV3A 4CW7B 4AHUA 3THXB 4IEEA 3VTHA 3LPUA 5CHIA 4IO8A 2DFEA 3NH1A 3RMDA 1J53A 3VMFB 3O3HA 4I2QA 5AQVA 1IKWA 4FLXA 4OKJA 2KHOA 5KRSA 1YUWA 3MXIA 3S3MA 4RWTA 5C2FA 2UXDK 4HUGA 4DTOA 4CHZA 1P90A 4W5NA 1RGIA 3IFRA 4CGDA 3CFRA 4FJMA 4CEOA 1NK6A 3C6TA 1D9FA 1ZXOA 1JLCA 4CJEA 4B8CA 1YHQN 3O9QA 5JS1A 4B1XB 4JKAA 1ESVA 4CEFA 1Z6RA 4CGIA 3OYJA 1T05A 4NCBA 3ZT0A 3CCMN 2BE2A 5TKWA 2VCPA 5AQRA 1X9SA 4LFBK 4G9ZA 3O8MA 2JGUA 4CZEA 3OYHA 4BRLA 3ULEB 2NUBA 4A2BA 1YXQA 2NRHA 1HPZA 4KHQA 2BANA 2ETJA 5MLCQ 1MDUB 4K41A 2ZJPL 3KK1A 4LF9K 2IIRA 4H0TB 4ICLA 1JLFA 2Z1JA 3NH0A 3HYFA 1M1KO 3EY1A 1HJOA 3TAMA 3B8AX 1C6VA 3QNOA 1JLQA 4O8KA 4M41A 3S9HA 3O4WA 1S1XA 4FZZA 3SV4A 1ATRA 1YITN 1RT3A 2HBJA 4L8RB 5HRSA 4M3RA 3TPQA 4JS5A 2ASOA 1KD1O 4K25A 3IS9A 1K8KA 1NJWA 3AO1A 4DFMA 5E26A 1L3TA 1Q18A 4CEBA 2HNZA 1HYSA 1V4SA 4X64K 1GOAA 1DTTA 1ZBFA 3D0PA 4DR1K 3KLHA 1OH8A 5BN8A 2PY5A 3V6DA 1QSLA 1QHAA 3FZKA 1U48A 3F9MA 1CZBA 1RILA 2YJEA 2NRWA 1T8EA 3CCQN 3V9WA 1ASVA 5DMRA 3WEEB 4H0YB 1NOYA 4FWOA 2FSNA 3FZLA 4RTFD 1UA1A 4J2BA 2P9NA 1Q7YO 2KTQA 4H03B 3CCLN 2KFZA 3EYZA 4HTLA 1N5YA 3G25A 5J2QA 4MDAA 4E19A 5HRRA 5LJVA 4OLBA 3IUCA 3T19A 4CF0A 5DM7L 1GLBG 3SBGA 2CH5A 4CECA 1YJNN 2ZJRL 1VSHA 1GLJO 4GVMA 2NRZA 3AV9A 1RDDA 1YTUA 3VEYA 5AZIA 2XRIA 1YVNA 2ASPA 1K73O 3RVCA 3HSTB 2OA8A 1Q8IA 4BWMA 2V51B 1TKDA 3VF6A 3M8PA 1OH7A 4NB4A 3H3NO 3LAKA 4XIUA 3T7ZA 3VEXA 5GINA 3C7NB 1OH6A 1TGOA 4FXDA 3M3ZA 4BRKA 2D1KA 2O8DA 4YOYA 2KQ2A 2HHXA 4IG0A 3WUHA 3NGIA 2Q31A 1RBUA 4E7JA 4JI6K 2HBLA 3VQ6A 1L3UA 2EWSA 1BIZA 4BDPA 1BUPA 4FLYA 3AVBA 3SUOA 4FWLA 4WYBA 3DRRA 4B1WB 4DUYK 4BDYA 4RW4A 2F9TA 2P9UA 3KD5E 3O08A 4F9OA 1QQOA 4CGFA 2G8IA 2FSKA 4M3ZA 3HXMA 3EKUA 4LF8K 2NRXA 5JLHA 1FXXA 3HZ6A 1IBLK 1L3VA 3VOVA 3OJUA 4JRQA 3LWLA 3NDKA 4DR5K 1TYQA 3SAFA 4EFHA 2P5OA 2E6MA 4R5PA 5HL7L 2BGGA 2OZSA 1O13A 1TV6A 3UB5A 4NLCA 4RW9A 4JEPA 1TL3A 3CCVN 1S1WA 3SJJA 5AQWA 4JK9A 1MA9B 4L3QA 4E3SA 1NGEA 3UKRB 1WSEA 3C6HA 1NGHA 2B6AA 5F0XA 4M3UA 3MCAB 3RMCA 4E0DA 3EE9A 4JKDA 3CYMA 4YOWA 4CJUA 2O4IA 4F2RA 3AAPA 5J1EA 3G4SN 3NF6A 3C65A 1XUPO 3HRGA 3KKRA 4PY5A 1IH7A 1Q86O 1NK9A 3OHRA 3OYDA 4ZHRA 1XNRK 3H1VX 1IG9A 1K6YA 4B3MK 1T6DA 4NYFA 5C10A 5KPTA 4PWDA 1S1UA 3DOLA 3THWB 4KHNA 1IO2A 3CI5A 1NKCA 1KVAA 4DSLA 5M1QA 4FYDA 2YKNA 4IFEA 1FK9A 4C8MA 1OVYA 3I8BA 1NJYA 3AA5X 4CZJA 2OTJN 1Y97A 4DF8A 4GV3A 3ZX2A 4Q0BA 4JI2K 2WUSA 2FF6A 4JKGA 3VQ8A 2YNIA 3THYA 4AHRA 1T6CA 4CJVA 4BQLA 1U47A 3U3GA 3TAFA 2BDPA 5JVGL 2E1ZA 3P83D 2OPRA 2KKZA 1J5EK 2FBTA 1D4XA 1YVUA 3O3GA 2NNWA 4HUEA 3BY5A 3NMUA 1HKCA 1S9GA 3H6EA 1QSSA 3V9UA 3AGKA 3ULEA 3VGKA 3HP9A 3J81O 3QEVA 1U49A 1KC8O 4O55A 3PX4A 3RWUA 4DCHA 3DLLL 4BDZA 2W42A 4JI8K 1IV0A 4KH5A 4M63C 1B92A 2B5JA 4Z4FA 2FC0A 5J2MA 5C0YA 3UKUB 2XY8A 3MN6A 1VSLA 4FOEA 1WSFA 3OS1A 1BA1A 2UUCK 2G8KA 4HWIA 1U04A 1EETA 4ISGA 1DEJA 3RMAA 4GY2B 2XO7A 3MX5A 4KB0A 4LSLA 4KFBA 1SKRA 2O8CA 1J9AA 3BEXA 3E9PA 4DV1K 1LCUA 3SMSA 4AHTA 4OKKA 5AQIA 4RCHA 4E89A 1G99A 4CJQA 3LPTA 3NH2A 4H5NA 3THXA 2I7PA 1XI1A 3F9KA 4JI5K 2FSJA 5KGWA 4JD2A 3V9XA 4DQPA 4M42A 5M1KA 5JLFA 4B8AB 1IBMK 2QM1A 3AVLA 1ZBIA 2E2OA 1VAZA 3L4QA 4H0OA 5BPNA 1WUAA 4CJ5A 4X65K 3MCPA 3SK3A 2UYTA 4MDBA 1BG3A 3AVJA 4DTRA 3ZSZA 1RDBA 2P9SB 2A6AA 1UOCA 1NGFA 1T7PA 4F8RA 3NGYA 3AO5A 4FWNA 3QMLA 4DU4A 4CJ4A 2OPPA 4H4OA 4FLVA 4AQYK 1R59O 1KLMA 3DI6A 2NRRA 3OY9A 2PZSA 3PLAA 1KSPA 2O8FA 2Y1JA 3LDOA 3NAEA 1HJRA 3UE5A 3E1YA 3H08A 4Z4GA 3AVIA 1QE1A 4N5SA 2HSTA 5LMUK 4O8UA 4CIGA 2YHAA 3SAHA 3MDQA 4LF5K 4XH4A 2G8WA 3KK7A 4QS7A 2R7YA 1W9HA 2XHBA 5M1FA 3CG7A 1NG9A 1RTHA 3NF9A 4IO9L 3EE8A 1I39A 1WAFA 5IT9O 1TAQA 2W6LA 4DR7K 3M8SA 3L6QA 5HRNA 1SS6A 1SUQA 4B3TK 4RW8A 4DR3K 1W0HA 3OYLA 1BHLA 4WE1A 4IEIA 4DTXA 3LZIA 4OPKA 3WQUA 1S6QA 4QOZB 1CLQA 2V52B 3VQPA 3QIOA 3BP8A 2QK9A 4B1VA 4I9QA 2ATQA 4DV7K 1TKXA 3P31A 3QETA 3OVNA 2E4LA 5C42A 2D0OA 1TAUA 3LDNA 1L3SA 2WONA 4FJ8A 4FPAA 5BR9A 4DQ8A 5FROA 4Y0WA 4BRCA 3KWIA 3NCIA 1QVFM 2YNFA 2RN2A 4OPAA 2GWJA 4KHPK 2PYLA 4FK4A 3DLEA 3VQBA 3TAPA 5FRNA 3CM5A 4LY7A 3CC2N 4BACA 3QFUA 3LWMA 3VA3A 4H5WA 4LH5A 3CC7N 3SBTA 3ZX3A 2G8FA 3BF1A 3DRSA 4BC3A 1RT6A 1JLBA 3FGUA 2F8TA 4CZKA 3I55N 2FF3B 3WXMB 4DSIA 2ZGZA 4AM7A 3NE6A 1NOZA 4RW7A 2ZD1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 4WFA L;  3CXC M;  3CCJ N;  1VQK N;  1VQL N;  1YIJ N;  5DM7 L;  3G4S N;  1YJN N;  2ZJR L;  1YJ9 N;  1Q81 O;  1VQN N;  1Q86 O;  1QVF M;  2QEX N;  3PIP L;  4IOC L;  1VQ8 N;  1K73 O;  3G71 N;  1YHQ N;  3CC2 N;  4UY8 O;  1VQP N;  3CC7 N;  1KQS M;  1OVY A;  1W2B M;  3G6E N;  3CMA N;  3CME N;  5GAD P;  2OTJ N;  3I55 N;  3CCM N;  1VQ4 N;  4U67 L;  1VQ6 N;  5GAG P;  5JVH L;  3CF5 L;  1S72 N;  3CCR N;  5MLC Q;  4WFB L;  1K9M O;  2ZJP L;  1VQ7 N;  3PIO L;  2QA4 N;  3CCU N;  5GAH P;  1QVG M;  1ILY A;  5JVG L;  1M1K O;  3J7Z O;  4WCE L;  3CD6 N;  3CC4 N;  4IOA L;  3OW2 M;  5DM6 L;  5H1S Q;  1YIT N;  1M90 O;  1VQ5 N;  1KC8 O;  1VQO N;  1KD1 O;  5GAE P;  1VQ9 N;  3DLL L;  1K8A O;  1N8R O;  1Q82 O;  2OTL N;  1NJI O;  5HL7 L;  4IO9 L;  4WFN L;  3CCE N;  3CPW M;  4WF9 L;  1JJ2 M;  3CCV N;  3CCQ N;  1YI2 N;  3I56 N;  3CCS N;  1Q7Y O;  3CCL N;  1YJW N;  1VQM N;  2ZJQ L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CCJ N;  4YOR A;  1Q81 O;  2Z1G A;  3AA2 A;  3ZSX A;  2A41 A;  4PHT X;  3LP2 A;  4DR2 K;  4A2A A;  5CYM A;  4CCH A;  3A5O C;  3MXM A;  1GLD G;  2IAJ A;  3M6G A;  3ZLJ A;  1SZ2 A;  3OS2 A;  3TSQ A;  1GOB A;  4KO0 A;  1GLF O;  3ZX0 A;  4Q5V A;  3VA0 A;  1VQP N;  5CZ2 A;  1DLO A;  3D7E O;  1QQM A;  3VPZ A;  3Q7C A;  4DQI A;  3U8X A;  3DAW A;  3F2K A;  1VQ4 N;  3R3L A;  2J4R A;  5AQS A;  3VER A;  3ULD A;  3MN9 A;  4AM6 A;  4DTP A;  4FM0 A;  3TR8 A;  4DTJ A;  5AQQ A;  4OPJ A;  4BRH A;  1LV5 A;  3CCR N;  4O4G A;  2O8F B;  1RFQ A;  2OCE A;  4B3R K;  1LW2 A;  3U3Y A;  4W5T A;  2QA4 N;  1R0A A;  1MWM A;  1NK7 A;  1ILY A;  4W5O A;  3KLF A;  4DUZ K;  2ZF5 O;  3AVF A;  2VWJ A;  5I42 A;  3C6A A;  2BUP A;  3TAG A;  3OYM A;  3OJS A;  1SL0 A;  1LWE A;  3S3N A;  3HBT A;  4C8K A;  4CK1 A;  2KW4 A;  3T1A A;  1N8R O;  1TK8 A;  3H46 O;  1RDA A;  1NJI O;  1HYV A;  3DXM A;  3K2P A;  3JSM A;  2O8D B;  5EOY A;  3I33 A;  1TKZ A;  2A3Z A;  3DM2 A;  3SUQ A;  4DG1 A;  2NZT A;  2Z1H A;  3CQY A;  4JKF A;  1P8Z A;  4CJW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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