4GMJB

Structure of human not1 mif4g domain co-crystallized with caf1
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
271
structure length
264
Chain Sequence
QRICEVWACNLDEEMKKIRQVIRKYNYVAMDTEFPGVVARPIGEFRSNADYQYQLLRCNVDLLKIIQLGLTFMNEQGEYPPGTSTWQFNFKFNLTEDMYAQDSIELLTTSGIQFKKHEEEGIETQYFAELLMTSGVVLCEGVKWLSFHSGYDFGYLIKILTNSNLPEEELDFFEILRLFFPVIYDVKYLMKSCKNLKGGLQEVAEQLELERIGPQHQAGSDSLLTGMAFFKMREMFFEDHIDDAKYCGHLYGLGSGSGNAYEEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
publication title The structural basis for the interaction between the CAF1 nuclease and the NOT1 scaffold of the human CCR4-NOT deadenylase complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords CCR4-NOT transcription complex subunit 1
total genus 83
structure length 264
sequence length 271
chains with identical sequence D, F
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4gmjB00
3QLHA 3QEWA 1TKZA 1TL3A 5J1EA 3S9HA 4FJHA 4FLZA 2F8TA 4KI4A 2IDOA 5CYMA 1T8EA 3T19A 4Y1CA 3LZIA 4DLEA 3P1GA 3ITHA 3VN5A 1B9DA 3V1OA 1VK0A 1B92A 1WSGA 3KLFA 3DRSA 4NCAA 3PX6A 3OYJA 4B08A 3RR8A 5KRTA 2VG7A 3HJFA 3KKRA 4CFCA 3V81A 4DSIA 3CM5A 1RT6A 1ITGA 5J2NA 3LWLA 1SUQA 1LWEA 3AVNA 1NKEA 1JLGA 3K5OA 4I2PA 4WE1A 4AHVA 3K58A 3LANA 4PWDA 4E1NA 1QTMA 1BCOA 2X6SA 4DTSA 3TABA 3I0RA 2HVIA 5KGWA 2HHUA 1I39A 3E01A 1S1VA 4CJEA 2Z1GA 3C94A 2VWJA 4KO0A 3AVIA 5CZ2A 3HPOA 4CEZA 5KRSA 3OS2A 4B9UA 4KREA 5C24A 3AO2A 4BWJA 4CGDA 1KCFA 1KTQA 2F8SA 3SQ1A 3I8DA 4CESA 4OPKA 4F2SA 3CM6A 4OLAA 5DMRA 2FBYA 4FJXA 4PQUA 2KTQA 3QO9A 2JLEA 1TAUA 1JLFA 1S1XA 3OVNA 3VQQA 4DF8A 4Z4GA 1ASWA 4DQPA 3K57A 3TAFA 3F9KA 4MQ3A 4N76A 3QEVA 2Y1IA 4DQRA 4H4MA 2I5JA 2KW4A 1CZ9A 4RW6A 4LD0A 1T05A 3HPHA 2KQ2A 2EHGA 4DFMA 3SPZA 4E0DA 1RDBA 1Q9YA 3NH1A 1HQUA 2B5JA 1RTIA 2Q3SA 1ZBUA 3SI6A 1KLMA 4CK2A 4CJUA 3JSMA 1NK8A 1C1AA 4CEDA 3EYZA 4B9NA 3RRHA 4Z4HA 1RBSA 3QERA 1QE1A 1VSFA 4KAZA 4KRFA 3V9WA 3OYHA 1RBRA 1RILA 1WSJA 1SL2A 1EXQA 3JYTA 3LP0A 1D5AA 3LPTA 3NH2A 1BI4A 4OGEA 2F96A 4BDYA 1KVAA 3TAMA 4E7LA 3B6PA 1JLAA 4OGCA 5HBMA 2KZZA 3LPUA 3L2QA 4OLBA 4FM1A 1RT3A 4AHTA 3O3GA 4J2DA 2BANA 2G8UA 4M3TA 1C1CA 2OA8A 1YTUA 4KTZA 4M42A 1G15A 4O0JA 3EZ5A 1RT7A 1TAQA 4JS4A 4CEQA 4B9MA 3ZT0A 2P51A 4CIGA 3HO1A 3LAKA 2O4GA 1U48A 2XHBA 3KKSA 4NYNA 4IBNA 2RN2A 3MXMA 3TARA 4FJ5A 4RG8A 4FZYA 4K8XA 3VA0A 2YKMA 3H08A 1J5OA 1L3VA 4KKOA 3NAEA 1U49A 4CECA 1W9HA 4CGHA 1Y97A 5C42A 4O55A 3CYMA 3G10A 3M8SA 1T7PA 4ELVA 2BGGA 5JS2A 2IC3A 3DLBA 1RBUA 4LSLA 2D5RA 4M3UA 2HHQA 1HNVA 4Y1DA 1TK5A 4B9LA 3CG7A 3VQCA 1SKRA 3QEPA 4CFDA 1HQEA 3ZSXA 3K59A 4JS5A 1SKSA 3VQ8A 1N6QA 1KFSA 1S6QA 4FJ8A 3DYAA 5J2MA 4NYFA 1IKXA 4E19A 3O3HA 1NK5A 2PYLA 3HK2A 5HROA 3NF6A 4FJJA 3SUNA 4K8ZA 1RTDA 4KHSA 2G8WA 5EU7A 1NK4A 2XY8A 4ID5A 4FK0A 4FJ7A 2VG6A 3V9UA 1JLQA 1TKDA 4C8LA 4LH4A 5KTQA 4DSLA 4DWIA 3O3FA 2Z1IA 4EP4A 3MXIA 4B9SA 2VWKA 1EX4A 1RBVA 4IKFA 4DQQA 4FLWA 2BDPA 5CYQA 2PZSA 2HHTA 4PA1A 1X9SA 4CF2A 3AA4A 4F8RA 2FBTA 4N56A 1S6PA 4E1MA 4Z4IA 3A2FA 3HL8A 3AVJA 1S5JA 4FW2A 4CF8A 3OYNA 3L8BA 4BACA 3SQ0A 3RTVA 4DS5A 1RTJA 3NGYA 4KHWA 3DMJA 1LAVA 1SL1A 5HRPA 3PO5A 4DS4A 2HW3A 2ETJA 2EX3A 3NHGA 1A5XA 1S9GA 4O4GA 1HYSA 3ZSZA 4CF0A 1RT4A 3AVKA 3TR8A 4NCGA 3LDSA 1HRHA 3L3UA 2E6LA 1HYVA 1LWFA 3PO4A 3ZT1A 4DU3A 1NK0A 3CFRA 4M3RA 1RDDA 3AVLA 3SUQA 1RDAA 3AO4A 3O4QA 4FM0A 4DU4A 2NUBA 3VQ4A 4DTPA 1D8YA 2D0CA 4I9LA 4DTJA 1QSYA 4ELUA 3KLEA 4F3TA 3MEGA 3ZSWA 4CJKA 4FM2A 3DLKA 3OYAA 3L2RA 4FJMA 1RT5A 1NOZA 1Q8IA 3U3YA 3AO5A 3DLGA 3LP3A 2JGUA 3DI6A 4IFYA 4LH5A 3OYKA 1JLEA 4CHQA 4BE2A 3V9XA 2ZE2A 4ZHRA 1BISA 3ZT4A 4N5SA 1L3UA 1FXXA 2ATQA 3HVTA 3PV8A 5D3GA 3QEXA 4KTQA 3DOLA 1VSIA 3VQ7A 4EZ6A 3OYLA 4CHZA 5FRMA 2D0BA 4Z4FA 2GUIA 2G8IA 2E4LA 1QQCA 3RMDA 5FROA 1C0MA 1Z25A 4QCLA 3M8QA 3DLRA 2Z1JA 1XHZA 4M41A 4BWMA 4AHRA 4NCBA 1BHLA 1WSHA 2OPPA 3ALYA 1S1WA 3C6TA 1D9FA 2HHWA 4FJLA 4CGGA 4H4OA 2HB5A 1N5YA 2OPRA 4CJLA 3QNNA 4CJ5A 3S3NA 4EZ9A 4M3WA 1BIZA 3K5MA 4B9TA 2DFFA 1XC9A 2W42A 4HCCA 3AVHA 3U3GA 2GBZA 3QINA 1MU2A 4OKKA 3AA3A 4R5PA 1JL2A 4UQGA 3DRPA 4IG3A 4O5BA 1FKOA 5DK5A 3OYBA 3MAQA 3TAEA 5HLFA 3HT3A 2G8KA 2HVHA 1WAFA 3NGZA 3IS9A 3CQ8A 4H8KA 3QEIA 4AILC 3SUPA 1U4BA 4CHYA 1C0TA 1KSPA 3KD5E 3K2PA 4DLGA 2HHSA 1WLJA 4CJTA 3LP2A 4CJSA 4FLYA 2OZMA 4W5NA 2PYJA 4CJQA 3L2UA 3SPYA 3RMCA 3C6UA 1XI1A 4ZTJA 1A5WA 3PX0A 3AVAA 2D0AA 4DTOA 4C8MA 3ZT2A 4N41A 2RKIA 4HUGA 4DFJA 4KHUA 3F73A 4HVJA 4CE9A 1QSSA 1ASUA 1TK0A 4CHPA 3ULDA 1SL0A 1BCMA 3HSTB 1VRUA 1WSEA 3MEDA 5HRSA 4FLUA 3TAPA 1TL1A 4KHNA 1HJRA 1VSDA 4OVLA 4BE1A 1J53A 2OZSA 4CGFA 4E7JA 1L5UA 1C1BA 3WNHA 2P5OA 3NDKA 4Z0UA 4GMJB 1EETA 1XHXA 4DSJA 3AVMA 4CHNA 1LWCA 3KLIA 2AJQA 3SNNA 3M8RA 1VSMA 1Z26A 4Z4CA 3SUOA 3B6OA 2YNFA 5KGXA 3HM9A 2HNYA 3VQAA 3DRRA 4GVMA 3OYFA 4C8OA 4OKJA 4DG1A 4CK3A 3KK2A 3SV3A 3S3OA 1IKVA 3OYMA 3LZJA 1L3SA 2XY7A 4XIUA 3VQBA 3ZCMA 3T1AA 1EP4A 4I7FA 1RCHA 1RDCA 4AHCA 3SQ2A 3AVBA 1WN7A 3TANA 1ZBIA 3TWHA 5CY4A 4CJRA 4JLHA 3V1QA 4RW9A 2VG5A 1TVRA 5HRNA 5T7BA 4CK1A 3T3FA 4DSEA 1GOBA 1LAWA 1ZYQA 4HUEA 3NGIA 1RNHA 3SQ4A 1YTAA 1JL1A 1NJXA 2X74A 1NJWA 3UIQA 1TKXA 4CEOA 1VRTA 3L3VA 4J2AA 2HNDA 4CGIA 4J2EA 4M3XA 4FK4A 1IG9A 3CFOA 1L3TA 3OYIA 4CCHA 4PY5A 1F21A 1IKWA 3ISNC 3OYCA 4MFBA 1J9AA 2YNGA 1BQNA 4CF9A 1J54A 1VSEA 3HYFA 4CEBA 3KIOA 4O0IA 4DTUA 4I2QA 2FC0A 4B8AB 1BIUA 4W5RA 2OPQA 3VQEA 4FVMA 2G8VA 2KFZA 1YT3A 3L2WA 4BDZA 4DFKA 4PUOA 5FDLA 4HTUA 4DFPA 3THVA 3NF8A 4DTMA 1C6VA 3IG1A 4CJFA 1TGOA 4KHYA 3NCIA 4B3OA 4IDKA 3K5LA 3OYGA 3M8PA 4GW6A 2XY6A 2IGIA 4CFBA 4E89A 2DTUA 4DU1A 3VQ9A 4DTXA 1X9WA 4Z4EA 1REVA 3NF9A 4DMNA 4YNQA 1D9DA 4B8CA 4FZXC 4FZZA 2HHXA 4CERA 1JLCA 4E7HA 4FW1A 4KI6A 2LSNA 2YNHA 3ZT3A 3OS0A 1WNSA 2B6AA 5I42A 1U45A 4B9VA 2BE2A 4FCYA 5C25A 4BDPA 1A5VA 2ZQBA 1X1PA 4KTWA 4M45A 4DSFA 1DTQA 2A1RA 1CXQA 2QKBA 1XWLA 4FXDA 2RPIA 3BGRA 3P83D 4CJPA 2X78A 3SJJA 1CZBA 1QHTA 4W5TA 1DTTA 3WNEA 4AHUA 3HPGA 1TV6A 4KHQA 3PX4A 3DOKA 5CZ1A 1LV5A 3MXJA 5K14A 1VSLA 1T03A 2FBVA 1WSFA 4CGJA 4CIFA 1KLNA 4O44A 3ZSOA 3IAYA 3RMBA 2HMIA 4OKEA 3DLHA 2Z1HA 1I3AA 1FKPA 3L2VA 4J2BA 4W5OA 1HYZA 1DLOA 4BE0A 4CEFA 1U47A 1TK8A 1FK9A 1UA1A 1ASVA 1WAJA 4M3ZA 2WONA 3KK1A 1HNIA 1X9MA 2ITGA 1QSLA 1HMVA 2DFHA 4CF1A 2HHVA 1UWBA 1IKYA 3C95A 3WNFA 1GOCA 4FLTA 1UA0A 2KFNA 1B9FA 1EKEA 1UOCA 1WSIA 2X6NA 3I0SA 4AHSA 3OY9A 3HP6A 1S9EA 4FJNA 2A1SA 2XRIA 3EY1A 2YHBA 4FYDA 4EP5A 5JS1A 5KI6A 4IG0A 3QIPA 4ID1A 3ZSVA 1ZBHA 4HHTA 4C8NA 3KLHA 4CIEA 2G8HA 3VQDA 1KVBA 1YVUA 3DLEA 1BI4B 4DQSA 3S3MA 1R0AA 4HCBA 5FRNA 1BL3A 1ZBFA 2E6MA 3AO3A 3OS1A 3KD1E 2XO7A 4FK2A 2G8FA 3TI0A 4FJ9A 3VQ5A 4FLVA 3OJSA 3KLGA 4TSXA 3LP1A 1CXUA 5E41A 4I9QA 3FFIA 3RWUA 4CJ3A 2O4IA 4KV8A 4AH9A 3P5JA 4IFVA 4DQIA 4F2RA 4KB0A 3O4NA 3AA2A 3VA3A 2KZMA 1NK6A 2IS3A 3ZSQA 1IO2A 3HXMA 4F4KA 3SYZA 4W5QA 2QKKA 4DSKA 3QIOA 1CLQA 3SZ2A 4YFUA 4Q5VA 2R7YA 4DTNA 4DF4A 3QETA 3V6DA 3RRGA 1K6YA 1U04A 3D45A 2QK9A 4KB1A 2FBXA 1JXBA 4OJRA 3AO1A 2YKNA 3SV4A 2PY5A 4DTRA 1SV5A 4G1QA 4FJGA 1VSJA 4E7KA 3NFAA 3OYEA 4M3YA 1Q9XA 4FJIA 3NF7A 3MEEA 4CJVA 4FLXA 1S1TA 2HNZA 3AA5X 3AV9A 1UAXA 4ELTA 4CEEA 1JLBA 4HUFA 4RW4A 3RMAA 1LW2A 3NH0A 1VSKA 3LAMA 3AVCA 3OYDA 3TAGA 3TAQA 1SKWA 3ASMA 4CFAA 4F3OA 4FJKA 5I3UA 3HVRA 3AVGA 2YNIA 3KJVA 1S1UA 3ZSYA 2IAJA 2Y1JA 4ZTFA 2OYQA 1JXEA 2P1JA 1RTHA 3NE6A 2IOCA 3AVFA 4E7IA 1RT2A 2QXFA 3VQPA 1JKHA 4CJ4A 2B4JA 1ZBLA 4C8KA 2DY4A 3OJUA 3D0PA 3V4IA 1BQMA 2OPSA 2YHAA 4Q0BA 4ICLA 3HP9A 3NBPA 3MECA 4QAGA 3K5NA 1RT1A 4KFBA 4L8RB 2GV9A 1NOYA 4JRPA 2P5GA 3WNGA 1LW0A 4OPJA 3QNOA 2RF2A 5HRRA 1HPZA 2DFEA 4LSNA 1KRPA 1RBTA 1C0UA 1NK9A 4CEAA 1NKBA 2WOMA 3KK3A 5SWMA 3BDPA 1VSHA 1NK7A 4CHOA 4KPYA 1W0HA 2ZD1A 3DM2A 3LALA 3LWMA 4E3SA 1NJYA 3PUFA 4RW8A 3CFPA 5J2PA 4CJWA 3G0ZA 3PY8A 3IRXA 5J2QA 3KTQA 3VQ6A 1O1WA 2YV0X 4JRQA 1KVCA 3V9SA 3V9ZA 3U6FA 1TKTA 1BGXT 1NKCA 1KFDA 4QOZB 5SZTA 3ZSRA 3RR7A 4RW7A 3SCXA 4LY7A 1NJZA 2XY5A 3V1RA 3QESA 1IH7A 4N47A 5HP1A 1QS4A 1GOAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QEWA 3FE1A 2F8TA 4FLZA 2Q0UA 4H5WA 4BVPA 4Y1CA 3LZIA 5GAGP 3VN5A 2VCPA 4H5NA 3DRSA 3OYJA 5AFUH 5KRTA 3GG4A 1XC3A 3K9KA 4CZEA 2FSKA 5BR9A 2ASPA 2GWJA 1J5EK 1SUQA 4BG8A 1JLGA 4WQ5C 4E1NA 3TABA 3IDHA 4AQYK 2HHUA 1I39A 4FVUA 2Z1GA 3A5OC 3KHYA 4KH6A 5KRSA 4B9UA 4KREA 4JI8K 1KTQA 1NNEA 4OLAA 1KXPA 1NGDA 4F2SA 5DMRA 2FBYA 4PQUA 2KTQA 3QO9A 1VQ8N 2JLEA 3E9PA 1S1XA 4C23A 4O5FA 3T1HK 4N76A 2B5JA 3C65A 3JSMA 1QVGM 3WEEB 4KRFA 3MN6A 3L4QA 3I56N 1RBRA 1WSJA 2W6LA 5JMVA 3THXB 1KVAA 1JLAA 5GADP 1NGEA 4YDUA 4FM1A 2G8UA 2OA8A 5JVHL 4KTZA 5KQ8A 1Q82O 4F9OA 3G71N 2P51A 1N34K 4K8XA 3MXMA 2ZJPL 4FSVA 4WF9L 1HJOA 3J81O 5C2FA 4CECA 4EAHD 4O55A 4H0VB 3N4PA 3M8SA 2BGGA 5JS2A 5M1KA 4IO9L 1RBUA 3CETA 2HHQA 4Y1DA 1TK5A 3A5MC 1HNXK 3QEPA 4CFDA 1N6QA 4JS5A 3LDOA 3B8AX 1IKXA 2PYLA 3O3HA 3HK2A 3VTIA 1BO5O 4K8ZA 1U2VB 3RSEB 4ID5A 4DR3K 1XMOK 5KTQA 4U67L 4DWIA 1NM1A 2E2NA 1RBVA 4IKFA 4DQQA 4FLWA 3MMVA 4C1NK 1E4FT 2PZSA 4CF2A 1QHAA 4DUZK 4BC5A 4X64K 4Z4IA 3A2FA 3CCJN 3L8BA 3SQ0A 4WQ4A 3TTCA 2D1KA 2J4RA 2WUSA 3NHGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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