3LPTA

Hiv integrase
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIPYNESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Rational design of small-molecule inhibitors of the LEDGF/p75-integrase interaction and HIV replication.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 45
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lptA00
4TSXA 4KAZA 1VSJA 3KK3A 3ZT0A 2F96A 4CGHA 1EETA 4DFMA 3CM6A 4OLAA 3RMBA 2G8IA 4W5TA 3V6DA 3ASMA 1RT2A 2VG5A 2XRIA 1WSHA 3ZT3A 4CIEA 4AHSA 4CEBA 5SWMA 3OJSA 3O3HA 1B92A 3NF7A 4CFCA 2LSNA 2Z1GA 1U48A 3HVRA 3QETA 2GUIA 2DFHA 3V1RA 4DWIA 4DTPA 4DMNA 5J2QA 4CF1A 4DSEA 1S1VA 4CJKA 4F2RA 4GW6A 5HRRA 4DU3A 2DFFA 1BIUA 1S6PA 3SPZA 3IAYA 3LP0A 1QSLA 1BGXT 4I9QA 4KI4A 3HSTB 4OKJA 1HMVA 1UAXA 4EP5A 3NH2A 3OYLA 3LWMA 4DQSA 4AH9A 4DU4A 5J2PA 1RT5A 4FZYA 3DLBA 4I9LA 1FK9A 2X78A 5KGWA 4JS4A 1JLEA 1NOYA 4CGFA 3DM2A 3ISNC 3NAEA 4CEFA 2G8WA 4CF8A 1RTJA 4AHUA 3K59A 4DSFA 3PUFA 2QKKA 1Q8IA 2OPPA 1KFDA 2F8TA 3ZSRA 3QEIA 1RDBA 2OZSA 5DK5A 1RILA 3NFAA 4FM2A 1RT1A 3A2FA 1Z26A 4BWJA 2Q3SA 3K5NA 4KHWA 1NJYA 1BQNA 3S3OA 4F3TA 4YFUA 1YVUA 4NCAA 1NK9A 4B8CA 3K2PA 3L2VA 4N5SA 3IG1A 4N47A 1TKTA 3HXMA 4JS5A 1ZYQA 1EX4A 1VSEA 5KTQA 3O3FA 4FJ7A 1EP4A 1RBVA 3I0RA 4M41A 4HCBA 4O55A 4CK3A 4FYDA 1JKHA 3RMCA 3SPYA 3M8PA 2OYQA 4FJMA 1QE1A 2YHBA 3K58A 3SCXA 3DRRA 4F3OA 1RBRA 1WSEA 3NF6A 4CJWA 4HUFA 4FJ9A 4BE2A 3AVCA 1UOCA 1F21A 2IGIA 1WSGA 3LANA 4JLHA 1K6YA 4DFJA 4RW7A 3L3UA 3RR8A 1IH7A 3SNNA 3CM5A 2IOCA 3LAKA 4CHPA 2PYJA 1A5XA 3OYGA 3TAQA 3QEPA 1T03A 4OKKA 4DTMA 2XY5A 1A5VA 2B6AA 3NDKA 3S9HA 4KHYA 5I42A 1SL2A 4AHRA 3LAMA 1T7PA 4B9UA 1TK5A 2HW3A 3O3GA 2HMIA 1HNVA 3B6PA 1C0TA 2KW4A 3LALA 4FM1A 4H4MA 4CEQA 4DTJA 1QSSA 2O4IA 4CJ5A 4N76A 2ATQA 1ZBUA 3P5JA 4Z4GA 1C0MA 1XHZA 4H4OA 4Y1DA 3WNFA 1KLNA 4CJUA 4KTQA 3SUPA 4OLBA 3IRXA 2XO7A 4XIUA 3T3FA 4FZXC 4PWDA 4FLWA 1SL1A 2PZSA 3AVKA 4DSKA 1C0UA 1S1UA 4PQUA 1WN7A 4CEOA 3FFIA 3AO1A 3MEGA 3OS0A 3AVAA 2RKIA 4J2AA 4IFVA 4W5OA 3OYDA 3V9UA 1RBTA 3EZ5A 3KD1E 4JRPA 3RRHA 2P51A 3NGYA 4I2PA 4DS5A 1BCOA 4R5PA 1JLQA 3M8QA 1JLAA 2JGUA 3ITHA 3KIOA 2D0CA 4M45A 2BE2A 3OYAA 4DTOA 3T19A 5HRPA 4CF2A 3OYMA 3D0PA 1L3VA 5FRNA 4M3TA 4DF8A 3NE6A 1CXUA 3CFRA 3DOLA 1S6QA 1W9HA 2DFEA 1HQUA 4OKEA 2RN2A 2WONA 4NYNA 2YNFA 4C8MA 1I39A 3F73A 4CGJA 4OGEA 3V4IA 4ZTFA 3L2UA 2VWJA 4BDZA 4RG8A 3HJFA 4E7IA 3CG7A 3HL8A 1J53A 4W5QA 4KRFA 4IDKA 1ZBFA 4KB0A 3OYFA 2PY5A 2O4GA 5HROA 4FJJA 3HPGA 3NBPA 3K57A 4FLTA 2Z1HA 1FXXA 3VQ9A 2OA8A 3OYIA 4DFPA 3SUQA 1REVA 1JXBA 3WNHA 4Z4HA 4L8RB 3DOKA 2ZQBA 4CHQA 4CFBA 3PX4A 3AVNA 3AVGA 2OPQA 3KLIA 5C25A 3RWUA 2HHTA 1BI4B 1NOZA 1C1BA 3KLEA 1VSDA 5HRNA 3K5MA 1TV6A 3AVFA 3LZIA 4E7LA 3SUOA 2HNYA 4E89A 1VRUA 1D5AA 1N5YA 3VQCA 3NH0A 4CK2A 1T05A 4CE9A 4DSJA 1WNSA 2XY8A 4BE0A 3TAEA 4CCHA 5HLFA 3VN5A 4FJHA 3V9XA 5K14A 1TL3A 1BQMA 4CJTA 3PY8A 4KREA 4KTWA 3SQ4A 2BDPA 2EHGA 1ZBIA 5I3UA 3TR8A 3AO3A 3VQPA 4OVLA 1FKOA 3KK1A 2X6SA 1LWCA 3F9KA 4CHOA 1R0AA 2RPIA 1XI1A 3SV3A 3B6OA 4CHNA 1WSJA 4KFBA 1DTQA 4ZHRA 3E01A 3QIPA 5SZTA 3LZJA 4Z4CA 3DLHA 1VSMA 2Z1IA 3WNEA 1HYVA 1WSFA 2XHBA 1NJXA 5FDLA 4CHYA 4CK1A 4CJFA 1YT3A 2ETJA 2X6NA 2OPSA 3L8BA 4BWMA 1UA1A 4C8LA 3RRGA 4G1QA 1S1XA 4DTXA 1XC9A 2D5RA 4CGDA 1U47A 4FZZA 3MEDA 1NK6A 3TANA 1RDDA 4M42A 3TAMA 4M3ZA 5HBMA 4HVJA 3SJJA 4DSIA 3VQAA 4CJPA 3U6FA 3U3YA 3KJVA 3RR7A 1C1AA 3OYEA 3OVNA 1WAJA 3TARA 4RW4A 4FLYA 2QXFA 4DTNA 3PV8A 3O4NA 4CGIA 4E3SA 3AO5A 1X9MA 4M3UA 1YTAA 3QINA 2BGGA 1NK4A 2HHSA 3G0ZA 1LW2A 4IG3A 3KD5E 4ELTA 3P1GA 3ZSWA 4LSLA 4DSLA 4DQPA 1L3SA 3AVHA 2G8KA 1TKDA 1IKVA 1UA0A 1LWEA 4E0DA 2KTQA 3BDPA 3D45A 3NHGA 3TWHA 4E7HA 3OS1A 4EZ6A 5FROA 4DQRA 2HHXA 1QSYA 1JLBA 4IFYA 1Z25A 1S9GA 1KLMA 4RW9A 3TAFA 3AA5X 1KVAA 5KGXA 1T8EA 3ZSQA 4F2SA 3HVTA 1RT4A 4CEZA 1MU2A 3LPUA 5HP1A 5CYMA 4B8AB 1SL0A 4FLXA 1N6QA 3RMDA 2A1SA 1UWBA 4CECA 3TI0A 2XY6A 1W0HA 2G8VA 3VQQA 4E19A 5T7BA 3S3MA 2HHWA 4QAGA 2Y1IA 2KFZA 4RW8A 4JRQA 1C6VA 3VQ4A 1NJWA 3O4QA 3OJUA 1D9DA 4I7FA 4CGGA 4DLGA 1WAFA 3SYZA 3V9SA 5KRSA 3TABA 3HO1A 1NK5A 4LH5A 1X9SA 1RBUA 1VK0A 3AVIA 4GMJB 4LSNA 4OGCA 1J5OA 3AA2A 1B9DA 1J54A 4LY7A 4MFBA 3VQEA 4AHCA 4FJXA 4W5NA 3SI6A 4FJ5A 1ITGA 1S1TA 1DTTA 3C6UA 3PX6A 1G15A 4ID1A 3CQ8A 1X9WA 2ZD1A 3HPOA 4DTRA 2E6LA 4E1NA 1J9AA 1CLQA 3PO4A 2E6MA 4HUEA 4M3RA 4OPKA 2G8HA 3HP6A 4C8NA 3SQ1A 1VSKA 2Z1JA 4IKFA 1WLJA 3G10A 2YHAA 4B9MA 4IG0A 1U04A 1JXEA 4KV8A 3V1OA 3KLFA 1RTDA 2PYLA 4FK0A 3U3GA 4PA1A 1HRHA 3MAQA 1JL1A 1IKWA 3WNGA 2EX3A 3M8RA 3RTVA 4B9VA 1DLOA 4WE1A 4M3YA 5C42A 2IDOA 2FBYA 3HT3A 4PY5A 3SUNA 4CJ4A 3LWLA 5KRTA 2XY7A 3DMJA 1A5WA 4M3WA 2OZMA 4DU1A 3IS9A 5CY4A 3CFPA 1HYSA 3MEEA 5DMRA 1TAQA 3BGRA 3VQ6A 1XWLA 4YNQA 3KLGA 1TKXA 1ZBHA 4I2QA 4FLVA 3ZSXA 1D9FA 2ITGA 1VSIA 3K5OA 4NCBA 3VQBA 3HPHA 3SQ0A 3KLHA 4FW2A 2IC3A 3M8SA 3OS2A 4CEDA 1YTUA 2G8FA 2HNDA 1HNIA 4KHQA 4B9LA 2A1RA 4FK4A 1S5JA 2JLEA 4ELUA 2X74A 5D3GA 1C1CA 3RMAA 1KRPA 1RT7A 1D8YA 2KZZA 2VG6A 1TAUA 4FLZA 5C24A 4KB1A 1JLGA 3ZSZA 4FW1A 3C6TA 5JS2A 3K5LA 4Z0UA 4Y1CA 3ZSOA 2B4JA 4CHZA 1RTIA 2GBZA 3NF8A 4ELVA 2YNGA 1BL3A 2HHUA 2B5JA 2GV9A 3QO9A 4KHNA 3NF9A 2RF2A 2FBXA 4EZ9A 4DLEA 1ASVA 4Q5VA 4CJ3A 3KTQA 1SKWA 1ASWA 4J2EA 5J1EA 4CF0A 3AO4A 4CJEA 1CZBA 1LV5A 2FBTA 3OYHA 1SV5A 1SKSA 1KTQA 1S9EA 3QIOA 1EKEA 3VA3A 4PUOA 2QKBA 3DLEA 4E1MA 3DRPA 2KFNA 2DTUA 3DLRA 2YV0X 3VQ8A 4B3OA 4FCYA 3V9WA 3UIQA 3V9ZA 1TL1A 2YNHA 3KKRA 4DG1A 3HK2A 2HVHA 2BANA 3QESA 4KO0A 3DI6A 4FJLA 1Q9YA 1RDCA 5J2MA 4F8RA 4N56A 3TAPA 1KVCA 4RW6A 4FK2A 2YKNA 1IKYA 2P5GA 3OYBA 1NK7A 3CFOA 2W42A 3L2QA 4CJVA 1U45A 1JLCA 4CJRA 1QTMA 1ASUA 4H8KA 3ZT4A 5FRMA 4QOZB 3AA4A 1TVRA 2FC0A 4AHVA 3NH1A 1LWFA 3DYAA 3I0SA 4Z4FA 4CFDA 4HTUA 3AV9A 3NGZA 1I3AA 1CXQA 1QHTA 1IG9A 5JS1A 1QS4A 2WOMA 3VA0A 4B9TA 3QEWA 1BIZA 4CESA 1KFSA 3LPTA 1BCMA 3PO5A 4FLUA 1GOCA 1RCHA 4BDYA 3OY9A 4QCLA 2HVIA 2HHVA 1X1PA 4OPJA 3DLKA 3QEXA 4BE1A 5HRSA 2HHQA 1JL2A 3ZSVA 4FM0A 1L3UA 1HQEA 3SZ2A 3NGIA 2D0AA 2E4LA 3ZSYA 3ZT2A 4GVMA 1O1WA 5KI6A 4KKOA 3QEVA 3EY1A 4DQQA 3VQ7A 1HJRA 4HUGA 3HM9A 1BHLA 5CZ2A 3VQDA 2P5OA 1RTHA 1NKEA 1GOAA 2KQ2A 4CIGA 3H08A 3TAGA 3ULDA 1Q9XA 1NKCA 1L5UA 1Y97A 4B08A 2OPRA 4BDPA 3ALYA 4O4GA 2I5JA 2D0BA 2FBVA 4O0JA 3AVLA 3DLGA 4DF4A 4NYFA 2R7YA 5CZ1A 4DFKA 4KHSA 4CERA 1LAWA 3AVBA 1TKZA 3EYZA 2G8UA 3AO2A 1NKBA 2YKMA 1NK0A 1NK8A 4J2DA 4KHUA 1RBSA 4DTSA 4CFAA 1ZBLA 1RNHA 3JSMA 1TK8A 1KVBA 3KK2A 1HPZA 1RT3A 3QLHA 4O44A 3QNOA 1EXQA 4KI6A 3MECA 3MXJA 4CIFA 2HB5A 3MXIA 4DQIA 1GOBA 2NUBA 1LAVA 4ICLA 1KCFA 3VQ5A 1QQCA 4CJLA 3SV4A 4Z4EA 4IBNA 3MXMA 4FJNA 2QK9A 3V1QA 4ZTJA 3ZCMA 3LP1A 3JYTA 4W5RA 3LDSA 4CEEA 1BISA 2ZE2A 4MQ3A 4CF9A 1VRTA 4DS4A 3V81A 1NJZA 1TK0A 2VWKA 4FVMA 1SKRA 3LP3A 4E7JA 4FJGA 3OYCA 4C8OA 1U49A 2IAJA 4K8XA 2DY4A 4KTZA 3L2RA 4LH4A 4CEAA 3OYNA 3ZT1A 3NCIA 4B9SA 4BACA 3QERA 4C8KA 1CZ9A 2YNIA 1KSPA 4B9NA 3SQ2A 4ID5A 3QNNA 4Q0BA 3AVMA 1L3TA 4FJKA 4HHTA 3C95A 1RT6A 4O5BA 4LD0A 4FXDA 1HYZA 5CYQA 2AJQA 3OYKA 4CJQA 4J2BA 2VG7A 5J2NA 4EP4A 3L2WA 1VSFA 5E41A 3OYJA 4N41A 1S1WA 1SUQA 1LW0A 3T1AA 3DRSA 1RDAA 3PX0A 4M3XA 4DTUA 3AA3A 3HYFA 4CJSA 3I8DA 3THVA 1IO2A 4F4KA 4FJIA 2HNZA 1VSHA 3AVJA 3LP2A 1XHXA 1B9FA 4NCGA 2Y1JA 3C94A 4FJ8A 4UQGA 3CYMA 4HCCA 2KZMA 2IS3A 1VSLA 1IKXA 4AILC 4K8ZA 1WSIA 2F8SA 3P83D 4OJRA 4AHTA 4Z4IA 3HP9A 3KKSA 3S3NA 1JLFA 1BI4A 1TGOA 4O0IA 4E7KA 5EU7A 1FKPA 3L3VA 4KPYA 1U4BA 2P1JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EIAA 1VSJA 4LF4K 4CGHA 4DFMA 5KQDA 4JK7A 4W5TA 1BOTO 4MDBA 4OPHA 4C1NI 3IFRA 3O3HA 1B92A 4BRHA 3NF7A 4CZEA 2NRRA 1NGHA 3HVRA 3AGKA 4ILGB 2DFHA 2QWRA 3V1RA 2E2QA 2RE2A 1NWKA 4DTPA 5J2QA 3TTDA 1S1VA 3CJBA 5HRRA 5IT9O 2DFFA 1S6PA 4KI4A 5CR4A 2NRZA 5AQJA 4BR0A 3OYLA 4JAXA 4EP5A 4DQSA 5J2PA 4LFBK 3MDQA 1RT5A 5AQNA 4XEIA 1FK9A 1QQOA 2X78A 3OW2M 1NOYA 3JXUA 3ZX2A 3ISNC 2G8WA 4IWVA 4BRLA 2IVNA 1JCEA 1RDBA 2OZSA 4FWOA 5DK5A 1NGEA 3M6GA 1RT1A 3WXMB 1Z26A 2V7YA 3L4QA 1NJYA 1NK9A 3CCLN 3IG1A 4JNEA 4PHTX 3O3FA 1RBVA 4M41A 2Q2RA 4O55A 3RMCA 3M8PA 4FJMA 2YHBA 4KH5A 1RBRA 1WSEA 4HUFA 4CJWA 4BE2A 3KHYA 2IGIA 1WSGA 3LANA 5C0YA 3RR8A 3OYGA 3TAQA 1T03A 4DTMA 2XY5A 4BG9A 4KHYA 4AHRA 5GIOA 4IDHA 2FSNA 4B9UA 1GLCG 3M1FA 1TK5A 3PSFA 4BRIA 4CEQA 4JD2B 1Q18A 3O9TA 1OH5A 3QICA 1XHZA 4Y1DA 3SUPA 4OLBA 3AVKA 5F0XA 2P9LB 1QQMA 1HJOA 3TSQA 4J2AA 1HNWK 4DS5A 1SZ2A 5AZIA 5KPRA 3AY9A 3ITHA 3KIOA 4DTOA 4GKKK 3T19A 1IV0A 3NE6A 3DOLA 4B1YB 2YNFA 3V4IA 4CGJA 2UXCK 2VWJA 4NXMK 1VQNN 1T44A 4E7IA 3HL8A 1J53A 4KRFA 1ZBFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4EIA A;  1VSJ A;  4LF4 K;  4CGH A;  4DFM A;  5KQD A;  4JK7 A;  4W5T A;  1BOT O;  4MDB A;  4OPH A;  4C1N I;  3IFR A;  3O3H A;  1B92 A;  4BRH A;  3NF7 A;  4CZE A;  2NRR A;  1NGH A;  3HVR A;  3AGK A;  4ILG B;  2DFH A;  2QWR A;  3V1R A;  2E2Q A;  2RE2 A;  1NWK A;  4DTP A;  5J2Q A;  3TTD A;  1S1V A;  3CJB A;  5HRR A;  5IT9 O;  2DFF A;  1S6P A;  4KI4 A;  5CR4 A;  2NRZ A;  5AQJ A;  4BR0 A;  3OYL A;  4JAX A;  4EP5 A;  4DQS A;  5J2P A;  4LFB K;  3MDQ A;  1RT5 A;  5AQN A;  4XEI A;  1FK9 A;  1QQO A;  2X78 A;  3OW2 M;  1NOY A;  3JXU A;  3ZX2 A;  3ISN C;  2G8W A;  4IWV A;  4BRL A;  2IVN A;  1JCE A;  1RDB A;  2OZS A;  4FWO A;  5DK5 A;  1NGE A;  3M6G A;  1RT1 A;  3WXM B;  1Z26 A;  2V7Y A;  3L4Q A;  1NJY A;  1NK9 A;  3CCL N;  3IG1 A;  4JNE A;  4PHT X;  3O3F A;  1RBV A;  4M41 A;  2Q2R A;  4O55 A;  3RMC A;  3M8P A;  4FJM A;  2YHB A;  4KH5 A;  1RBR A;  1WSE A;  4HUF A;  4CJW A;  4BE2 A;  3KHY A;  2IGI A;  1WSG A;  3LAN A;  5C0Y A;  3RR8 A;  3OYG A;  3TAQ A;  1T03 A;  4DTM A;  2XY5 A;  4BG9 A;  4KHY A;  4AHR A;  5GIO A;  4IDH A;  2FSN A;  4B9U A;  1GLC G;  3M1F A;  1TK5 A;  3PSF A;  4BRI A;  4CEQ A;  4JD2 B;  1Q18 A;  3O9T A;  1OH5 A;  3QIC A;  1XHZ A;  4Y1D A;  3SUP A;  4OLB A;  3AVK A;  5F0X A;  2P9L B;  1QQM A;  1HJO A;  3TSQ A;  4J2A A;  1HNW K;  4DS5 A;  1SZ2 A;  5AZI A;  5KPR A;  3AY9 A;  3ITH A;  3KIO A;  4DTO A;  4GKK K;  3T19 A;  1IV0 A;  3NE6 A;  3DOL A;  4B1Y B;  2YNF A;  3V4I A;  4CGJ A;  2UXC K;  2VWJ A;  4NXM K;  1VQN N;  1T44 A;  4E7I A;  3HL8 A;  1J53 A;  4KRF A;  1ZBF A;  3VGL A;  4CZH A;  2A40 A;  3NBP A;  4FWQ A;  2Z1H A;  1FXX A;  3C0B A;  1VQM N;  4DFP A;  3AVN A;  1BA1 A;  2OPQ A;  3AVG A;  1NGB A;  3K5M A;  4E7L A;  1HPM A;  4BC5 A;  1YI2 N;  3CC7 N;  4QS7 A;  4E89 A;  1VRU A;  1D5A A;  1HLU A;  1N5Y A;  2E8A A;  3VQC A;  3NH0 A;  2Q0R A;  4CE9 A;  4DSJ A;  1WNS A;  4BE0 A;  3TAE A;  1H1V A;  4IO9 L;  4FJH A;  3PY8 A;  5BR8 K;  5GIN A;  3EL2 A;  3TR8 A;  4OVL A;  3KK1 A;  3F9K A;  3HTV A;  2RPI A;  4CHN A;  4CZL A;  3ID6 A;  3E01 A;  4XH5 A;  4CI6 A;  4Z4C A;  3WNE A;  2XHB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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