4CEBA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cebA00
4RG8A 1EP4A 3L2RA 5HRRA 4N5SA 3KLHA 1U4BA 1YT3A 4DU3A 3OYCA 4FJMA 4NCGA 3OYDA 3SCXA 3CFRA 4DSLA 3A2FA 2PYLA 2FBYA 3TAFA 4BACA 4Z4EA 4DTMA 4E19A 2HHXA 4IKFA 4CEDA 4Y1DA 3VN5A 5C42A 4FLVA 4DMNA 1S1WA 2OZSA 3VA3A 3KLFA 2P51A 5CZ1A 1WNSA 1X1PA 3KKSA 5KTQA 4YFUA 3MAQA 4HUFA 3QEIA 1X9WA 1NK6A 3HP9A 4AHTA 1BQNA 1NK8A 3KLIA 4PA1A 1TL3A 1CXUA 3S3OA 1NJXA 2X6NA 1BQMA 1CXQA 3AO4A 4DFKA 2OPQA 1RDCA 4DS5A 1WSJA 4M3WA 1TKZA 3DRPA 4C8NA 1HPZA 2B6AA 4EP5A 3DLBA 4KTWA 4CJUA 3O3GA 4M3UA 1NK7A 1TGOA 2VWJA 1HQEA 1S1XA 2YKMA 4O0IA 2RF2A 2KZMA 4DQRA 1O1WA 3QEPA 1NK0A 1L3TA 4AHRA 1Z26A 4OVLA 4RW6A 4FM0A 3QERA 1D5AA 2IDOA 3HL8A 4FVMA 1Q9YA 3P1GA 4CGDA 2HHSA 1IKXA 3KKRA 3B6PA 3CQ8A 3QIPA 4E7IA 4DTOA 3RRGA 2HHTA 4NCBA 2G8VA 4PQUA 3KK1A 3NF6A 3SUPA 4DTUA 2EX3A 4DSKA 3THVA 4PWDA 2X6SA 2PY5A 3VQAA 1LWFA 4CEQA 3VQ9A 1WAFA 3KK2A 2FBVA 3M8RA 1RT2A 3VQDA 3T1AA 4CJEA 3LDSA 3SPZA 3LZJA 2OZMA 4AHCA 3P83D 3HYFA 4Z4CA 3AVBA 3TAPA 1JLQA 3LAMA 1RBVA 4B9SA 3RMCA 2ITGA 4M42A 5CYQA 4B3OA 1NJYA 3ZCMA 1QSSA 1JLBA 2XO7A 1BGXT 2HHVA 3HPOA 3LP2A 4KHWA 1S5JA 4CGJA 1QSLA 4E89A 3QEXA 2A1RA 1QQCA 2I5JA 3K2PA 1L3UA 1TKXA 4E0DA 4HCBA 4EP4A 3LP1A 3ZSVA 4E1NA 5C25A 1J5OA 5I42A 3S3MA 3ISNC 3AVGA 4B8AB 3K58A 4DLEA 4FJ7A 3VQPA 1A5VA 1UAXA 1Y97A 3RMAA 4F8RA 2X74A 5FDLA 1TK5A 5CY4A 1RT6A 2IC3A 3MECA 3NBPA 3ZSQA 5JS2A 3QINA 4OGCA 3ASMA 4BDPA 4NCAA 4ID1A 3AO1A 4CJ5A 4M3YA 3AO5A 3TWHA 2P1JA 4IDKA 1QE1A 2A1SA 1ASUA 3HPHA 4B9TA 1ASWA 1NJWA 4BE1A 3K5OA 2Y1JA 4CCHA 4C8LA 3DM2A 3DLGA 3G0ZA 2YHBA 1ZBHA 2OPRA 4Z4HA 2KFNA 3DI6A 2D0AA 3DYAA 1X9SA 4CJFA 4CHOA 1NOYA 1KLNA 3CM5A 3B6OA 4N56A 4FXDA 4FW1A 2WONA 4B08A 4F2RA 5FRMA 3HK2A 2ATQA 3CFPA 1C1CA 1VSFA 1B9FA 3WNFA 1S1VA 3KTQA 1UOCA 3OYFA 3NDKA 1EXQA 3PX6A 1KVAA 3UIQA 3OYMA 3K59A 1N6QA 1KTQA 4KTQA 3F9KA 1CLQA 1VSEA 1SL0A 1RBUA 4DF4A 4FK0A 2F8TA 3NFAA 4YNQA 3TAGA 4DTRA 4L8RB 4CJTA 3PX0A 4FZZA 3DRSA 1I3AA 4HHTA 4G1QA 3AO3A 2NUBA 5C24A 1JLCA 3JYTA 4KHYA 4FK2A 1REVA 4BDYA 2GV9A 1UA0A 4J2EA 2Z1HA 4FLTA 4CEZA 4QOZB 2FBXA 2WOMA 5EU7A 1LW2A 1UWBA 1EX4A 3QEWA 3H08A 1RT7A 2IOCA 3D45A 2IGIA 3HSTB 2P5GA 1TKDA 3ALYA 4E1MA 3QESA 4M3RA 4CFAA 3LP0A 1R0AA 3SNNA 3OS0A 2HHWA 4FLXA 4DQPA 2B5JA 4CHZA 2D0CA 3V9XA 4FJLA 4DG1A 4OLAA 3VQ5A 3AA3A 4JS4A 4KRFA 3NHGA 1BIUA 4IG0A 3PY8A 4DSEA 2XRIA 5KGWA 2FC0A 3OYHA 1C1AA 4KHUA 4H4OA 3NH0A 4BE2A 4M3XA 4C8OA 4I7FA 4KO0A 3KJVA 1HNVA 2HNYA 3WNGA 3OYEA 4B9VA 4ELTA 3O3FA 3RR8A 4PUOA 2DY4A 4CFBA 1SUQA 2FBTA 2JGUA 4OKJA 3DLEA 2XY5A 4FZXC 4LSNA 3AA5X 3AVHA 1C1BA 1CZBA 2E4LA 1RTIA 5FROA 4AH9A 3CYMA 4E7LA 3QNOA 4FW2A 4CHQA 3I8DA 1D9DA 3HJFA 3KD1E 3MEDA 3S3NA 1ASVA 1KLMA 5CZ2A 4JRQA 4KFBA 2D5RA 2BDPA 4DFPA 4F4KA 3OJUA 3AVNA 2RKIA 3ZSWA 3T3FA 3OYNA 3QEVA 2ETJA 3U3YA 4CJ3A 1JLFA 1S1UA 3LANA 3MXIA 4FJHA 4FJXA 4PY5A 4DQSA 3AV9A 2HHUA 4CEBA 1GOBA 4RW4A 3L8BA 1SKSA 3SPYA 3HO1A 1RBTA 4RW9A 3SJJA 1RT1A 4KPYA 1XHZA 2BE2A 3QO9A 1WLJA 1BI4A 1RTHA 1KVBA 5KRSA 1RT3A 4OKKA 1B92A 1TV6A 4W5RA 3V9UA 4DFJA 3TAQA 3LAKA 3AVLA 2R7YA 4FM2A 3SQ0A 4FJJA 3VQ8A 2DFEA 2HNZA 3C95A 3ZSYA 5J1EA 1U47A 2GBZA 3K5NA 3PO5A 1WSFA 3TARA 1RNHA 4DU4A 2BANA 3NF7A 3C94A 4OJRA 2XY7A 1RTDA 3DLHA 3P5JA 4CGIA 2PYJA 4F3OA 1L5UA 3SQ1A 2QK9A 4FJKA 3V1QA 4DSJA 1RT5A 4OPJA 1YTUA 4FZYA 4J2BA 4EZ9A 2YNHA 5I3UA 1TK8A 1J9AA 1GOAA 1KFDA 3HPGA 1C0TA 4QAGA 4FYDA 2YKNA 3CG7A 4GW6A 3AVFA 1ZBFA 2Z1JA 3HVTA 4N41A 3RTVA 4Q0BA 1D8YA 5HP1A 4M3TA 4N76A 1TVRA 4R5PA 1C6VA 4CECA 4CGHA 3HXMA 1D9FA 2KFZA 4AHVA 3NH2A 1WSHA 1J54A 1QHTA 3C6TA 4HCCA 1KCFA 3MXMA 4B9UA 1TAUA 4LH4A 1JLGA 1IKYA 2G8KA 3OJSA 2HHQA 4IFVA 1Q9XA 4I9QA 4CE9A 1BL3A 3O4QA 4AHUA 1HMVA 4CIFA 3L2QA 3EY1A 4FLZA 3QNNA 3SI6A 1HQUA 3WNHA 4CEAA 3ULDA 4CJPA 5K14A 1U04A 3K5MA 5E41A 2HVHA 4OPKA 1SL2A 3SQ4A 2VG7A 4FJIA 4FJGA 4J2DA 1BHLA 1KVCA 4CHNA 3TABA 2G8UA 5D3GA 4DSFA 4CEEA 4DTNA 3AA4A 4B9MA 1W9HA 2F96A 1T05A 4CJVA 3SV4A 3O4NA 4JRPA 4IG3A 3V6DA 1N5YA 2YNIA 4DF8A 3DOKA 1TKTA 3M8PA 3V1OA 1LW0A 3F73A 1JL1A 3V9SA 3V81A 1VK0A 3KD5E 2VWKA 4H4MA 4ELUA 4CK3A 3NF8A 4FLUA 4N47A 4ELVA 4ICLA 4O55A 2KW4A 2Z1IA 2G8IA 4JLHA 2B4JA 3LZIA 4CJ4A 4E7JA 1WSGA 1WSIA 3CM6A 4KREA 2O4IA 3NCIA 4ZTFA 4CJWA 3L2VA 4CIEA 1EETA 1JLAA 1WAJA 3RMDA 4FJNA 3AVJA 1T7PA 3SYZA 2QKKA 3QIOA 4F2SA 4FLWA 4HVJA 1ZBLA 4LD0A 1U45A 4JS5A 3U3GA 2IS3A 4LY7A 4HUGA 2ZQBA 3LWMA 1I39A 3HM9A 1TL1A 1DTQA 1MU2A 4DTJA 1UA1A 3NGIA 1SL1A 2DTUA 1GOCA 1CZ9A 3LP3A 4CJSA 2RN2A 4O5BA 2HW3A 1K6YA 5HBMA 4GMJB 3BDPA 1T03A 4KB1A 1LWCA 4NYFA 3KK3A 5HRPA 1C0UA 4W5QA 3DLKA 3EZ5A 4KKOA 3ZSZA 5SZTA 1L3SA 5J2MA 2YNGA 1RILA 1Q8IA 3U6FA 4O4GA 3OYJA 4W5TA 3WNEA 3VQ6A 5T7BA 3HVRA 1EKEA 1QS4A 4DTPA 2G8HA 4KB0A 4E7HA 1WSEA 3TAMA 5HROA 3L2UA 4DS4A 1ZYQA 3L2WA 1L3VA 3SUQA 3SUOA 1JXEA 1VSKA 4DTXA 4FJ5A 3DMJA 5CYMA 1NKEA 1S6QA 4CF9A 3OYBA 4GVMA 3NE6A 4F3TA 3MXJA 4K8ZA 1F21A 3JSMA 2DFHA 2YHAA 3LWLA 4FM1A 5HLFA 1BCMA 4DQQA 1ITGA 2VG5A 3VQ4A 4H8KA 4C8MA 4HUEA 4FCYA 1T8EA 1IKWA 3EYZA 4M45A 5JS1A 3V9ZA 3AVCA 4FLYA 2ZD1A 3TR8A 4M41A 1W0HA 3SV3A 3HP6A 1FXXA 3S9HA 1A5XA 2KQ2A 1BIZA 3NH1A 3DLRA 4KTZA 2QXFA 3MEEA 3ZT4A 3V9WA 3K57A 5HRNA 1ZBIA 5DMRA 4CIGA 4DWIA 5KI6A 1XC9A 2HVIA 1XHXA 2GUIA 3ZSRA 2IAJA 4CHPA 1RCHA 1KRPA 1JXBA 2D0BA 2E6MA 4ZTJA 3I0SA 1XI1A 3M8SA 4M3ZA 3AO2A 4DTSA 4CK1A 3IG1A 1LAVA 3BGRA 4W5NA 3OYGA 1G15A 1S6PA 4CF1A 3VQ7A 1IH7A 3AVMA 3VQEA 2OPSA 2Q3SA 3QLHA 1LWEA 3LALA 4CESA 5SWMA 2KZZA 4O44A 4CJLA 2HMIA 3NGYA 2E6LA 2HNDA 3T19A 4ZHRA 2W42A 2ZE2A 4CK2A 1QSYA 3OVNA 1NK4A 3LPTA 3OY9A 1VRUA 1FK9A 1S9EA 2YNFA 4CFCA 4CEOA 2XHBA 4DU1A 3TI0A 3IAYA 4BDZA 1SKRA 1VSLA 1U49A 1LAWA 1S1TA 2RPIA 4RW7A 4CF8A 3NGZA 3HT3A 3NAEA 2X78A 5J2PA 1TK0A 4BWMA 3SZ2A 5J2NA 5HRSA 3AVAA 4CJKA 3ZT3A 4EZ6A 4OKEA 4CF2A 3OYIA 4ID5A 3AVKA 3KIOA 4KV8A 4WE1A 3OS1A 3CFOA 3ZSOA 1HNIA 1SV5A 3NF9A 5KRTA 1DLOA 4QCLA 2Y1IA 1J53A 4I2QA 4I9LA 3MEGA 1XWLA 3RR7A 3SQ2A 1IKVA 1TAQA 5J2QA 3VA0A 5FRNA 1RDAA 4IFYA 3OYLA 2OA8A 4CGFA 1C0MA 3E01A 1VSJA 3LPUA 4CF0A 1NOZA 2EHGA 3VQQA 1SKWA 4B9LA 1IO2A 3TAEA 2O4GA 2PZSA 1HJRA 1RBSA 4Y1CA 4CJRA 2XY6A 2AJQA 1RDDA 1NKBA 2OYQA 4AILC 3ZSXA 4B9NA 1HRHA 3DOLA 4KI4A 3M8QA 4DFMA 2F8SA 2KTQA 3C6UA 1KFSA 2OPPA 4CEFA 4Z0UA 4I2PA 4UQGA 1A5WA 2LSNA 1BI4B 1FKOA 2VG6A 3IS9A 4AHSA 3AVIA 1VSDA 3K5LA 1BISA 3O3HA 3RMBA 4FK4A 3ZT2A 2QKBA 3OYKA 4Q5VA 1NKCA 3PO4A 1VSHA 3VQCA 1Z25A 4FJ8A 1JL2A 4OLBA 4KI6A 3L3VA 1ZBUA 1JLEA 2BGGA 1QTMA 3I0RA 4CERA 1KSPA 4Z4IA 1NK9A 4CJQA 4XIUA 1RT4A 3OYAA 4LH5A 1S9GA 1YVUA 4B8CA 3V1RA 4DLGA 3PUFA 4DSIA 4RW8A 1YTAA 1RBRA 4NYNA 3QETA 1HYSA 4Z4FA 4E7KA 4MQ3A 1B9DA 3G10A 1WN7A 4CFDA 4KAZA 4W5OA 1NJZA 1FKPA 4BWJA 2DFFA 4KHNA 3ZT1A 3SUNA 4FJ9A 4O0JA 2JLEA 3OS2A 2G8WA 1VSIA 4KHSA 4Z4GA 1HYZA 1HYVA 3PX4A 3AA2A 4CHYA 2XY8A 3TANA 3IRXA 2P5OA 4OGEA 1JKHA 1IG9A 1RTJA 1X9MA 3KLGA 3RRHA 4IBNA 3KLEA 1VSMA 1NK5A 4HTUA 2HB5A 3FFIA 4LSLA 3ITHA 4J2AA 4K8XA 1BCOA 3D0PA 2Z1GA 4C8KA 4TSXA 1RDBA 4MFBA 5KGXA 4E3SA 4CGGA 3L3UA 3RWUA 2YV0X 3DRRA 1DTTA 3V4IA 4BE0A 1LV5A 1VRTA 1U48A 5DK5A 4DQIA 3VQBA 3ZT0A 3PV8A 4KHQA 2G8FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AY9A 5HRRA 4DU3A 5A2QO 3OYCA 4NCGA 3SCXA 4FJMA 5JVGL 2KKZA 3TAFA 4NO7A 1NGIA 2P9KA 4FOEA 5AQUA 3VERA 1HNZK 4DMNA 1WBDA 4MO5A 2E1YA 3CIPA 3N4PA 3KLFA 2P51A 1WNSA 1X1PA 3MAQA 1YI2N 1X9WA 3JXUA 1BQNA 3KLIA 3A5OC 4ILJA 1TL3A 1NJXA 3VF4A 3FR0A 1BQMA 4CVNE 3D2FA 3EE9A 1XMOK 1QVFM 2JWLA 4C8NA 4PHTX 2O8EA 2RF2A 5M1PA 2ZF5O 1L3TA 3QERA 4RW6A 4F8RA 1HPMA 3C7NA 4FVMA 3P1GA 2BUPA 4IDHA 3KKRA 2HHSA 3B6PA 3J81O 3QIPA 4E7IA 3R6MA 3NF6A 4DTUA 3VQAA 1Q7YO 4B9TA 3M8RA 2FBVA 5IWAK 1RT2A 3VQDA 2HBMA 3T1AA 3LZJA 5IT9O 5C12A 3HTVA 4Z4CA 4B9SA 1J5EK 3RMCA 4K41A 3LM9A 3ZCMA 3LDQA 2XO7A 1BGXT 4JI8K 2HOEA 4FWQA 4IO8A 1S3XA 2I5JA 1L3UA 3LP1A 3ZSVA 4WQ4A 2HBKA 3ISNC 4DKWA 3S3MA 4FJ7A 2QI2A 1SS6A 4A2AA 1RT6A 2IC3A 1DKGD 3QMLA 5C2FA 3MWPA 4BR2A 4LF6K 3ASMA 4NCAA 1OVYA 3AO5A 3J7YP 2P1JA 4BRAA 2A1SA 4MO4A 4BY9C 3KWIA 3O9SA 1ZBHA 4FWRA 3TTCA 2KFNA 4BR0A 1X9JA 4FWLA 3B6OA 3C6AA 3CFPA 1VSFA 1NLVA 1S1VA 3KTQA 1UOCA 3PX6A 1JCFA 4CW7B 1N6QA 3VGKA 1CLQA 3UKUB 4JKGA 1QHAA 2W41A 4L8RB 1I3AA 3CCMN 4H0YB 3JYTA 3VF2A 1REVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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