4CEBA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cebA00
1DLOA 3NF8A 1SKRA 2RN2A 1LAWA 3RTVA 4DF4A 5T7BA 3U3YA 4MQ3A 1I39A 4CK2A 1T8EA 3KLFA 1RTHA 4KTQA 4E7KA 1B92A 4JRQA 3ZT4A 3H08A 3VA0A 2DTUA 1C6VA 4CHNA 5FRMA 3ZSWA 3SQ0A 4M45A 4CJEA 2IOCA 2G8WA 1C1CA 2HB5A 1CXQA 3THVA 4GMJB 1U4BA 4IKFA 4Y1DA 1HNVA 4FLYA 1G15A 1QQCA 4DTJA 3DLBA 4CJQA 1SKWA 4L8RB 1TAQA 4KTZA 1JL1A 3OYLA 3AA4A 4IFYA 3BDPA 3VQDA 4W5RA 3M8RA 4CFBA 4HUGA 3OS2A 5C24A 3DMJA 2W42A 3K5NA 3AA3A 4BDZA 3TAFA 4EP5A 4CF8A 2XO7A 3VQ8A 1F21A 3LDSA 2ZQBA 1TL3A 4LY7A 2AJQA 1BI4B 3VQ4A 4CFAA 4FJ9A 2VG5A 1J54A 4CCHA 2GV9A 4M3TA 1HQUA 1KCFA 4CJTA 3OYKA 4B8AB 3NAEA 3I8DA 4DSFA 3OYMA 4CEDA 3QEXA 3HT3A 1RT6A 3MECA 1QHTA 3NH2A 4Z4IA 1D9FA 3DRPA 3NBPA 3P83D 1A5WA 3E01A 3RWUA 4N47A 4BE2A 3QEPA 2YNGA 3C94A 1UOCA 4KV8A 4OGCA 4O0IA 4CHPA 3QEVA 3KTQA 3V9SA 1BISA 2FBXA 4CJUA 5HRNA 4CK3A 4DTXA 2F96A 4B9LA 1VSLA 2QKKA 1J5OA 1LWEA 3PX4A 3PV8A 3OY9A 4IG0A 4LD0A 4TSXA 1IKWA 3M8SA 2RKIA 1IKYA 1KVCA 4M41A 4CHQA 4JRPA 3RRGA 3L3VA 4BDPA 5HRRA 1QS4A 3B6OA 4GVMA 2YNIA 3LAKA 3NE6A 4CJLA 5E41A 3T3FA 1EP4A 3SNNA 3ZSYA 4CGIA 4KO0A 1C0MA 3TWHA 1LV5A 3HVRA 3OYBA 4DLEA 3I0RA 4E0DA 1RBTA 4CEZA 1EETA 4M3ZA 1GOCA 3T1AA 4DQRA 5SWMA 1LAVA 1HMVA 3PX0A 3CQ8A 1UAXA 1O1WA 3NF7A 3AO3A 3LALA 3KKSA 5K14A 3ASMA 5FROA 4W5TA 1CZBA 3AVKA 3QNNA 3TAGA 2P5GA 3HJFA 4B3OA 5DK5A 3K5LA 2JLEA 2IS3A 3IRXA 2QXFA 4CGJA 1D5AA 4QOZB 4O5BA 1UA1A 4C8OA 2X74A 3CYMA 4Z4HA 4FM1A 1RBUA 4DTOA 2G8VA 3OYAA 3V9WA 3K5MA 4JLHA 4M42A 4JS4A 3QIOA 2IC3A 3V1QA 3LZIA 4CECA 2VWKA 3PX6A 4FJGA 1HQEA 1KVAA 5KGWA 3KK3A 3QEIA 3VQ9A 4CEBA 3PO4A 3HXMA 1SUQA 4FLVA 3HO1A 4W5QA 3AVIA 2HHUA 1IO2A 4C8LA 4CFDA 1N5YA 4RW8A 4M3RA 4N41A 4FW2A 4RW9A 1TKXA 2DFEA 2KW4A 5HBMA 4CJ5A 4OGEA 1FKOA 1VSDA 1RTIA 4DS4A 2X78A 3PUFA 3ZT2A 3KIOA 2HNYA 3KJVA 3L2RA 5J2QA 2R7YA 1SL1A 3SV3A 4B9TA 1QTMA 4OLAA 4FJNA 2G8UA 3M8QA 4KHSA 1RTJA 4KRFA 1RNHA 4E7LA 4B9VA 5C25A 5CZ1A 3MAQA 3IAYA 3AA2A 1BQMA 4DSKA 1Z26A 1U48A 1FKPA 3EZ5A 1NK4A 4CGDA 1XI1A 2HW3A 4B9UA 1HYSA 4R5PA 1CLQA 1U49A 2ATQA 3SUPA 3DOKA 4AHCA 3HPGA 4E1NA 3TABA 4K8XA 1RILA 4CF0A 3PY8A 1L3TA 4Z4GA 3V81A 3TR8A 3K2PA 4EZ6A 4CJVA 4IFVA 3O3HA 1BCMA 2HHSA 4IDKA 4CESA 2Q3SA 1NK5A 1T03A 1WAJA 5KGXA 3CFRA 1WSJA 3O3GA 4BDYA 2Y1JA 1HNIA 3MEEA 1S6QA 4DTPA 3SPZA 4FVMA 2BDPA 1S1WA 4FZXC 2F8TA 3LWLA 4NCGA 1RBSA 4DF8A 4KKOA 3ZSQA 3NGZA 4BACA 1JXEA 1W0HA 2D0AA 5CZ2A 3KLGA 2G8IA 1LW0A 4KREA 1NK9A 1Q9XA 4M3WA 5HRSA 3KD1E 2WONA 4CJFA 1NKBA 5D3GA 4B8CA 2QKBA 1S6PA 3F73A 1JL2A 3OYFA 5I42A 3L8BA 3AO5A 3LP3A 2XY5A 4KHWA 4CJWA 3L2VA 2KFZA 3HP6A 1ZBFA 1KLMA 2HHWA 2IGIA 3CM6A 4W5OA 1VSMA 3AVFA 4H4MA 3K59A 4DG1A 4HHTA 1FK9A 3I0SA 4CF9A 4ELVA 4CJ4A 1U04A 4DTRA 3TARA 4J2AA 3NH1A 1IG9A 4AH9A 3QESA 4NCBA 3TAMA 3L2WA 4DSLA 1JLBA 1S1XA 3VA3A 5FDLA 4CJSA 2KQ2A 1QSSA 4FJJA 1HYVA 4FJ5A 3OYNA 3TAEA 4DFJA 3NGIA 1NOZA 3KK2A 1JLAA 4ELTA 1TK0A 2G8HA 4CF2A 3OYIA 4ELUA 3NCIA 3LPTA 4OPJA 4DTUA 4NYFA 2G8FA 3O4QA 2OZSA 2HVIA 4DFKA 1RTDA 3RR7A 2E4LA 3ITHA 4CIGA 3S3MA 3V6DA 2FBYA 1EX4A 3L3UA 2D0CA 4JS5A 4HCCA 4J2DA 3SPYA 4KI6A 4O0JA 4DTSA 1RT7A 5J2MA 3MXJA 2P5OA 2KFNA 3RR8A 4PY5A 2HHQA 1RT3A 4DS5A 1TVRA 3AO4A 4F2RA 2DFFA 4Y1CA 4J2BA 3ZSRA 2HNDA 4BE1A 4KAZA 2HHVA 1REVA 2Z1JA 5J1EA 4FJ8A 2XRIA 1UA0A 1SKSA 2GUIA 3AVMA 1X1PA 3ZSVA 3OS0A 3V4IA 3AVHA 1X9WA 3T19A 1TKZA 1S9EA 4M3YA 3V9UA 4C8NA 1TGOA 1RDDA 4LH5A 1L5UA 4DSIA 2PYLA 4CJKA 4F3OA 4CJPA 1NKEA 2OYQA 5DMRA 3QLHA 1HRHA 4M3XA 3S9HA 2P51A 3RMDA 4O4GA 2ZE2A 1NK6A 4E7IA 2PY5A 4FJIA 1RT4A 3TANA 3WNGA 4Z0UA 3RMCA 4F3TA 1JKHA 1Y97A 3L2QA 1NJXA 2B4JA 2Z1IA 2WOMA 1VSHA 3OS1A 4B08A 1R0AA 3ZT3A 2O4IA 2Z1GA 5HROA 1C0UA 4CEQA 2YNFA 3DM2A 2Y1IA 4NCAA 3WNEA 4E1MA 1A5VA 4DFPA 3SZ2A 3ZCMA 1KVBA 1RDAA 4FK0A 4FLWA 5JS1A 4FZYA 4CHOA 4CHZA 3HP9A 1SV5A 3OYHA 3SYZA 5I3UA 3NFAA 4CEFA 4ZHRA 4DFMA 3VQ7A 4EZ9A 4CGHA 4GW6A 1S1VA 3L2UA 4FLXA 3AVBA 1DTQA 2NUBA 2YNHA 4CIFA 4HUEA 3VQAA 3QETA 4FJXA 2B5JA 3ZSOA 3PO5A 1YTUA 3CM5A 3ZT1A 1BGXT 2ITGA 1J53A 3DYAA 4FXDA 4BWJA 1ASVA 1XHXA 1TL1A 1LW2A 3ALYA 3C95A 4ID5A 1XC9A 1ZYQA 4FJ7A 1LWFA 5CYQA 3VQ5A 3VN5A 4YNQA 3KLHA 1RDCA 1L3VA 4FJLA 4KHYA 3HK2A 5CYMA 3SI6A 1ITGA 4F4KA 4H4OA 2B6AA 1S5JA 1Q9YA 1J9AA 4CJRA 3DLHA 4PWDA 1WLJA 1XWLA 1X9MA 1HPZA 3ISNC 4I9QA 3WNFA 4F2SA 2HVHA 1BQNA 2VG6A 3DOLA 2X6NA 3C6UA 1K6YA 2BANA 3AO2A 4Q5VA 4FYDA 1QSYA 1ZBLA 3SCXA 1UWBA 4CGGA 3K5OA 1WSEA 2IDOA 2G8KA 4B9MA 4KB1A 3KLEA 3DRRA 4ICLA 4C8MA 2XY7A 1RBRA 2X6SA 1S1UA 4F8RA 2YV0X 3DLRA 3OYEA 3RMAA 1RCHA 4DU4A 3TI0A 4DSJA 4Z4FA 4ZTJA 4E7HA 2RPIA 3OYDA 4DTNA 3OJSA 1KLNA 3SQ4A 1YVUA 4KB0A 3HPOA 2E6LA 1FXXA 1Q8IA 3DLEA 3HL8A 4KI4A 2Z1HA 4ID1A 1D9DA 1A5XA 4XIUA 4FJMA 4HVJA 1JLEA 2HNZA 4FLUA 3AVCA 5HLFA 1WSFA 3ZSXA 2QK9A 4W5NA 1RT2A 5KTQA 2DY4A 2D0BA 1VRTA 3CFOA 3MXMA 4MFBA 1IKXA 4ZTFA 4K8ZA 3LP1A 1C1BA 1LWCA 3HVTA 2OPQA 4HUFA 1D8YA 3VQBA 5JS2A 2LSNA 1VK0A 4IG3A 4FCYA 2RF2A 4QCLA 3AO1A 2HHXA 3TAPA 2ETJA 1CZ9A 1MU2A 4IBNA 1QSLA 3F9KA 4B9NA 4RG8A 3VQEA 2E6MA 1WAFA 4Q0BA 4PQUA 4AHTA 4DQIA 4E7JA 1U45A 3AVLA 3SV4A 1BL3A 3OYJA 1ZBIA 1KFSA 2A1RA 1JLGA 3V9ZA 3RMBA 4FW1A 3LP2A 2XHBA 3HM9A 3JSMA 3SQ1A 4DWIA 3NF9A 1WSIA 1ASWA 3DI6A 4UQGA 1B9FA 3HPHA 1NK8A 2EX3A 3TAQA 5FRNA 1WN7A 3UIQA 1BIUA 2A1SA 4E89A 4HTUA 4KHUA 3VQCA 1RBVA 3D45A 1GOBA 1BCOA 3WNHA 4FLTA 1KRPA 2OPPA 1TV6A 4CIEA 2P1JA 4DQSA 2I5JA 4QAGA 3MEDA 3K57A 5J2PA 1NJZA 4H8KA 1S1TA 3SJJA 4N56A 1ASUA 4RW4A 3VQPA 4E3SA 2YKMA 3SUQA 2PYJA 3MEGA 4DLGA 4I9LA 3OVNA 3OYGA 4OLBA 4J2EA 3V1RA 2YHAA 3AVNA 4CK1A 4N5SA 4DU1A 4OVLA 4EP4A 4PUOA 3JYTA 4FM2A 4KTWA 4CE9A 1VSIA 3P1GA 3ZSZA 3A2FA 3O4NA 2VWJA 2F8SA 4LSLA 3QIPA 1HJRA 3KK1A 3DLKA 4Z4CA 3IS9A 4I2QA 3AVAA 4AHVA 1U47A 4FJKA 1TK5A 2KTQA 3NF6A 1NJWA 3LP0A 2IAJA 2O4GA 3VQ6A 1VSJA 4KPYA 1DTTA 3OJUA 3AVJA 3LANA 4OKEA 1IH7A 1VSEA 1TAUA 4OKJA 3IG1A 5KI6A 4CEOA 2BGGA 3S3OA 1WSGA 4LH4A 3V1OA 5HP1A 1NOYA 1JLQA 1KTQA 1NKCA 1JXBA 4FJHA 1C1AA 3G0ZA 3QEWA 1CXUA 5KRSA 1WNSA 2VG7A 4Z4EA 2YHBA 4I2PA 4FZZA 3SUOA 2HHTA 1GOAA 3P5JA 4CEAA 4M3UA 4DQPA 1YTAA 4OPKA 5KRTA 4AHUA 1RDBA 1RT5A 4E19A 3EYZA 3OYCA 5CY4A 3D0PA 4LSNA 1KSPA 1EXQA 1QE1A 3DRSA 4CERA 3VQQA 3RRHA 5C42A 3KD5E 3EY1A 1TKTA 4CEEA 3S3NA 5SZTA 4CF1A 1C0TA 1HYZA 1T7PA 2D5RA 2JGUA 3HSTB 5HRPA 3QERA 2OPSA 3SUNA 3MXIA 1SL0A 4CFCA 3AV9A 2KZZA 3QO9A 4C8KA 4DQQA 4FLZA 1RT1A 3NH0A 1NJYA 2GBZA 3G10A 4CGFA 2PZSA 4PA1A 2HMIA 2FBTA 1JLCA 1JLFA 4I7FA 1W9HA 4FK2A 4WE1A 3U6FA 2XY8A 4OKKA 3DLGA 1KFDA 4HCBA 4CHYA 4YFUA 1IKVA 2BE2A 2DFHA 3NGYA 3NHGA 1ZBHA 3NDKA 1Z25A 1BI4A 1VSKA 1BIZA 1N6QA 4B9SA 1BHLA 3KKRA 4BWMA 4N76A 2YKNA 3SQ2A 1I3AA 3K58A 2KZMA 4O44A 1VRUA 3LZJA 1X9SA 3O3FA 3QNOA 1XHZA 1TK8A 4DMNA 2OA8A 4FK4A 1TKDA 3LWMA 3FFIA 1NK7A 2FC0A 4NYNA 2OZMA 4CJ3A 3AA5X 1B9DA 4KFBA 1T05A 2OPRA 1SL2A 1L3SA 4G1QA 1WSHA 5EU7A 1ZBUA 3U3GA 4AHRA 3CG7A 1EKEA 3KLIA 4O55A 4RW7A 4KHQA 1VSFA 4DSEA 3C6TA 3V9XA 3AVGA 3ULDA 4FM0A 3LPUA 1YT3A 3CFPA 4BE0A 4AILC 4RW6A 3LAMA 2EHGA 3QINA 2XY6A 3ZT0A 1L3UA 4AHSA 5J2NA 1NK0A 3HYFA 2ZD1A 4DU3A 3M8PA 4DTMA 4KHNA 2FBVA 1S9GA 3B6PA 3BGRA 4OJRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DLOA 1Z05A 3NF8A 3RTVA 4CK2A 1I39A 4KTQA 3SLCA 1X9JA 1B92A 3VA0A 2NRWA 2DTUA 1C6VA 5FRMA 1QQOA 1CXQA 1U4BA 2P9KB 1LOTB 1G15A 1QQCA 4JEPA 1TAQA 4KTZA 1JL1A 3OYLA 3A5LC 4W5RA 5AQWA 3TAFA 4JI1K 3AA3A 2ASMA 4LFAK 2XO7A 4NXNK 3FZKA 1C0GA 5TKWA 1J54A 4CBWA 4B8AB 4DV0K 5M1FA 3HT3A 3MECA 4Z4IA 3NH2A 4FPBA 2YNGA 3LDQA 4KV8A 4A59A 4O0IA 4CHPA 4IOXA 3KTQA 2E1YA 2FBXA 2HBLA 2F96A 2NZTA 1VSLA 3SMSA 4IZ9A 3RRGA 4BDPA 3DXMA 3H1QA 4LC9B 3SNNA 3K0SA 1EP4A 2GELA 3TWHA 1YJ9N 4E0DA 3ZETA 4Y0WA 4K41A 2W41A 3MN5A 3PX0A 3L6QA 3W0LA 5C2DA 1O1WA 3NF7A 3KKSA 3ASMA 4W5TA 3QNNA 3TAGA 3AVKA 3ZX3A 4JI0K 4CGJA 4LF6K 4CBUA 4DR4K 3CCQN 5C15A 1UA1A 4A61A 4MLEA 3ZYYX 3LZIA 4CECA 3PX6A 1M90O 4CW7B 3BP8A 2HHUA 4C8LA 4RW8A 5AQUA 3TU5A 1TKXA 1YJNN 5HBMA 3VMFB 4BG8A 2WFBA 4OGEA 3ZT2A 5ADXA 2R7YA 5BPNA 1QTMA 2YI1A 3GDQA 1E3MA 1JCFA 3M8QA 2G8UA 2O8DB 4FWOA 1XNQK 5C25A 3MAQA 3AA2A 1Z26A 1U48A 4CGDA 2HW3A 3UKUB 4ILGB 3SUPA 4K8XA 4CZHA 1RILA 1EWQA 3ID6A 4CJVA 1NGJA 4IDKA 4M7XA 4CESA 4X66K 4H5NA 3QDKA 4JKCA 5KGXA 1T03A 4K25A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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