1ZBIA

Bacillus halodurans rnase h catalytic domain mutant d132n in complex with 12-mer rna/dna hybrid
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
135
structure length
135
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3'
total genus 40
structure length 135
sequence length 135
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbiA00
1WSJA 3WNEA 1C0TA 4DSIA 1B92A 5CYQA 3T19A 4DTRA 3H08A 5CY4A 3AVKA 2XRIA 1RTHA 4H4OA 2Q3SA 4CGGA 2KTQA 1ZBUA 3ASMA 3FFIA 3DLKA 3RTVA 4CFDA 4PUOA 3NGIA 1NK9A 3RWUA 4CCHA 4BE2A 4NCAA 5CZ1A 3LAKA 3LPUA 1T7PA 1B9DA 4CEBA 3L2WA 1BI4A 3LP0A 3QINA 3RRHA 4FLVA 5J2MA 1JLEA 2YV0X 4DMNA 4CEAA 4E7IA 4DSJA 1K6YA 2FBYA 3DLBA 3DLEA 1JLQA 4E1NA 1U49A 1KSPA 3LWMA 1IG9A 1C6VA 4JS4A 4W5NA 4FJHA 1SL0A 3AA3A 4JRPA 4KTWA 3VQBA 4DF8A 4M3XA 3HP9A 1RT7A 3VQ8A 3I0RA 4DFKA 4LH5A 3SUOA 4CFAA 2P51A 3ZT0A 1Y97A 4BDPA 3EY1A 4CJ5A 4E1MA 1UA0A 1TK5A 4B9VA 4FZZA 1RDBA 2HNYA 3OYMA 3OJUA 3KD5E 4CJTA 1RBVA 4DFJA 1IKVA 3AV9A 3KIOA 3VQ4A 3C95A 4N56A 2F8SA 4CFCA 4FVMA 4JS5A 4BACA 1EETA 3SV4A 3NAEA 5JS2A 3AVIA 2G8UA 1LV5A 4LH4A 2HB5A 3ZSQA 3A2FA 3SUQA 3S3NA 1BGXT 3DLHA 2RPIA 4B9SA 2KZZA 1XC9A 2ZD1A 1WAJA 1LAWA 3ALYA 3LDSA 4DU4A 1U47A 4MQ3A 1RBSA 1MU2A 4K8ZA 4CHNA 4KI4A 2GBZA 3OYDA 4KB0A 4CIFA 1FKPA 1IH7A 3LZJA 4FCYA 3TANA 4AILC 1EP4A 1CXUA 3V9WA 3DLRA 4B9NA 1NJWA 1ITGA 1BI4B 1RT1A 4CECA 3IAYA 1G15A 2FC0A 4FJ7A 3WNHA 5HRRA 3OYBA 4Z4FA 1LW2A 1T03A 3HL8A 2DTUA 4EP5A 1S1WA 4IG3A 3HK2A 4BDYA 3AVJA 4FLUA 1X9MA 4CF0A 3K59A 4O0JA 3B6OA 1RT3A 2RN2A 3V1RA 5SWMA 4HUGA 1NK0A 2HVIA 4DF4A 1NJZA 4OLAA 4QCLA 1A5XA 3AA4A 4CJWA 4M3ZA 1TAQA 2P5GA 2X74A 1UOCA 3AVCA 3K57A 1VSLA 2D0AA 3AVFA 1HQUA 1RTJA 2E6LA 1VSMA 1NOZA 1GOBA 4WE1A 3SI6A 4E7LA 3AO2A 5I42A 4DQPA 3NF7A 3LP2A 3QETA 4OKKA 4FJXA 4FLXA 3NGYA 4C8NA 4CFBA 1WSEA 3G10A 3OYLA 3JSMA 5HP1A 3TARA 4PQUA 4OGEA 1C1BA 4CJSA 1TKXA 2IS3A 1VRTA 1BQNA 5J2PA 3RMCA 3THVA 4ZHRA 1XHZA 3BDPA 5JS1A 4FJ9A 1WSHA 4I9LA 2HHTA 1S1XA 1L5UA 1S6PA 1WNSA 4GMJB 3ZT2A 3F73A 3U3YA 4DTNA 1YTUA 5CYMA 2IC3A 4DTPA 4DSKA 3KLGA 2E6MA 4EZ6A 4J2AA 1IO2A 1VSDA 4DTSA 2OPRA 1RTIA 2O4IA 4CK3A 1VSIA 2YNHA 3DOKA 4CF9A 1GOCA 1BIUA 3RRGA 5HRNA 1KVCA 4DU3A 5KRTA 4JLHA 1L3TA 3NDKA 1JLGA 1HMVA 2YKMA 4FJ8A 4IDKA 1S5JA 4KRFA 4J2EA 3G0ZA 4RW4A 3IG1A 1QTMA 4BDZA 3QIOA 3K5OA 4IG0A 1D9DA 3VQEA 3K58A 2VWJA 3DRRA 3TAMA 5HRPA 3M8PA 3CFPA 4ELVA 2VG6A 1YT3A 1BISA 3MXIA 2D0CA 4PY5A 4LSNA 5DMRA 5KRSA 2PZSA 1O1WA 1LWCA 3L3UA 4PA1A 4CERA 3T1AA 2Z1HA 3LP1A 3KKSA 1JLBA 4E7HA 4F2RA 4KAZA 3AO4A 4Q0BA 4C8LA 2HHSA 4CJRA 2Y1IA 4KKOA 3AVHA 4OPKA 1X9WA 3OYGA 3SPYA 1ZBIA 3NH1A 4FZXC 1S9GA 1L3SA 1I3AA 2FBTA 4O4GA 1EKEA 4M45A 3P5JA 3HXMA 1NJYA 1DTQA 1D5AA 3ZT1A 4E3SA 1RTDA 3QEPA 4CGDA 3KK1A 1JXBA 5C24A 4DTMA 3LZIA 4CJKA 1KLMA 3VQ6A 3ZT3A 3OJSA 4CIEA 4FJJA 3OYFA 4O5BA 5FRNA 2QKBA 1JLAA 1U48A 1C1AA 3SQ0A 3HO1A 3SCXA 4CJ3A 3DMJA 3V1QA 3LWLA 4DS4A 4CEDA 4J2BA 3VQCA 4DQSA 4CESA 2XY6A 5T7BA 4HUEA 1JKHA 1WN7A 3U3GA 3L2UA 4DFPA 2RF2A 1BL3A 1REVA 1VRUA 3D0PA 4DU1A 1U45A 3KKRA 4ZTFA 4AHVA 3PV8A 3HPHA 1WSGA 4DG1A 3MEGA 1KTQA 3VQDA 4DTJA 1R0AA 4YNQA 3VQ9A 1ZYQA 1KCFA 3CM5A 1SKRA 4FW2A 1SV5A 4Z4CA 4NCGA 1FKOA 3WNGA 3KLHA 2HHUA 3HYFA 2YKNA 3ZSOA 4TSXA 4CGFA 3HPGA 1J54A 3V81A 4M3YA 4AHCA 1HPZA 3V1OA 4FK2A 2F8TA 3KLFA 3CYMA 4DQIA 4HUFA 4ZTJA 5DK5A 4EZ9A 3AO1A 2XY8A 5KTQA 4RW7A 3HVRA 3L8BA 4E7KA 1NK4A 1SKWA 4I7FA 4FJMA 2BDPA 4OVLA 3K2PA 3I0SA 2QKKA 4Z4EA 2YHBA 4IBNA 3NE6A 5FRMA 1NKEA 1SL2A 3V9ZA 3PO4A 1B9FA 1KRPA 3MECA 4F4KA 2EX3A 4H8KA 1IKXA 3EYZA 3MXMA 2Z1IA 2B4JA 2VG5A 4F3TA 4UQGA 3OYJA 4N5SA 4FLYA 4B9MA 4OJRA 1NKCA 3OYAA 4CJEA 1Q9YA 1J53A 3VQ7A 3RMDA 2BANA 2FBXA 3QEIA 1QSYA 4FZYA 1S9EA 1WLJA 1UA1A 4FJGA 4B3OA 2HVHA 2HNDA 3ZSVA 1ASUA 2E4LA 3KD1E 5E41A 1HYZA 3SQ4A 4CJ4A 1SKSA 4FLWA 2A1SA 3V4IA 1BIZA 4CGIA 2ATQA 4RW9A 3OYCA 1NKBA 1C0MA 1HNIA 3KLEA 1CZBA 1D8YA 1NK7A 4KHUA 3QEXA 4KHQA 4I2QA 1U4BA 1RT5A 1TL3A 3QIPA 1J5OA 1YVUA 4ELTA 2DY4A 4AHRA 4DS5A 1S1VA 1TL1A 2YNIA 1X9SA 4CJLA 4PWDA 1KVAA 3V6DA 3UIQA 4AHUA 1X1PA 4RG8A 4XIUA 1N6QA 4CK2A 4K8XA 2OPSA 3LP3A 3SJJA 4I9QA 1WSFA 2I5JA 4FXDA 4O44A 2RKIA 2YHAA 3QO9A 4DLGA 3SZ2A 4DFMA 1ZBLA 1ZBFA 1TK8A 3AVGA 4OGCA 3JYTA 3RMAA 3ZCMA 3O4QA 1SL1A 5HLFA 4AH9A 4C8OA 3P83D 3NGZA 4OPJA 1XWLA 3F9KA 3KK2A 1T05A 1TKZA 3OS1A 4KI6A 3DYAA 1WAFA 4FK4A 2BGGA 2IDOA 3HP6A 3KK3A 4M42A 3E01A 4FM1A 2OPPA 4M3UA 1JXEA 4NYFA 4W5RA 1BCMA 4KB1A 1HQEA 4DLEA 3LPTA 2HHQA 5C25A 4KO0A 3ZT4A 4C8KA 1LW0A 1S1TA 4RW6A 1RBTA 1RCHA 4ICLA 1KFSA 3M8QA 4ID1A 3NCIA 4OLBA 2KW4A 3HVTA 1DLOA 2B6AA 3C94A 3NH2A 3QNNA 4KHYA 3CG7A 1N5YA 2HMIA 2BE2A 4CK1A 4N76A 1T8EA 3U6FA 1NJXA 4FJKA 4KHSA 2IOCA 3WNFA 2G8VA 4I2PA 4FK0A 4OKEA 3HT3A 1VSKA 1WSIA 1KLNA 4DTUA 1NK6A 1YTAA 4CJQA 3CFOA 3VA0A 2G8KA 4RW8A 2DFEA 4MFBA 4FM2A 2G8WA 3KTQA 2R7YA 2HHWA 2AJQA 4CE9A 4BWJA 4F3OA 5HROA 2KQ2A 3ZSXA 2X6SA 3QLHA 4IFVA 3RMBA 2G8HA 3C6TA 4LY7A 1NK5A 3BGRA 4F2SA 1JLFA 3HPOA 4O55A 2KFZA 1U04A 4QOZB 1A5VA 1QS4A 3CM6A 4DQQA 1CZ9A 4FLTA 3LANA 2Z1GA 4AHSA 1ZBHA 3KJVA 2YNGA 1TKTA 3OS0A 3NFAA 1LWFA 4O0IA 1UAXA 3TAEA 3RR7A 1TK0A 1J9AA 5KGWA 3HSTB 5HRSA 3L2RA 1RBUA 4CJFA 2D0BA 1DTTA 4DTXA 4DQRA 2GUIA 3V9UA 1EXQA 1CXQA 3NBPA 4CGJA 1NK8A 3PO5A 1HYSA 3MXJA 5SZTA 1JLCA 4KPYA 3DRPA 3LAMA 1BHLA 3PY8A 2G8IA 3NF8A 1QE1A 4BE1A 2KZMA 1LAVA 4FM0A 4CHPA 2VWKA 3D45A 3TAPA 4DTOA 4BWMA 1I39A 4KFBA 1TGOA 3NHGA 1Z26A 3PX6A 1TAUA 2NUBA 4Y1DA 2HW3A 3MEDA 2OA8A 4BE0A 3AVNA 4IKFA 4CJPA 3RR8A 4JRQA 4CF2A 1HNVA 4C8MA 4IFYA 2B5JA 3VQAA 1Q9XA 3PUFA 4CHZA 1RT2A 1IKWA 2JGUA 3AA2A 2P1JA 3B6PA 3ZSRA 3CQ8A 1NOYA 3DI6A 3VA3A 2KFNA 2GV9A 3OVNA 4N47A 1EX4A 1IKYA 5FROA 5KGXA 1RT6A 2JLEA 4DSLA 1VSJA 3IS9A 4Z4IA 3AVAA 4KV8A 3VN5A 4FJNA 2VG7A 4W5QA 1W9HA 1TVRA 2OZMA 3OYHA 4LD0A 1QSSA 4CEEA 3T3FA 2HHXA 1VSFA 3V9XA 5HBMA 2HHVA 1A5WA 4B8AB 3HM9A 4EP4A 2FBVA 4Z0UA 3M8SA 4Y1CA 3MAQA 3SQ1A 1HYVA 3IRXA 4CEOA 5C42A 3OYNA 5J2NA 1Z25A 4H4MA 3LALA 2QXFA 4KHWA 4NYNA 4CF1A 4E0DA 4Z4HA 4KHNA 1FK9A 2OPQA 4DWIA 3NF6A 3K5MA 2PYLA 1BQMA 1RBRA 1SUQA 2Y1JA 3NF9A 1S6QA 3P1GA 3S3OA 2OYQA 4J2DA 4ELUA 3DOLA 3OS2A 1TV6A 4B9UA 2Z1JA 2EHGA 4DSFA 4FW1A 3HJFA 4AHTA 4DSEA 1LWEA 3MEEA 2IGIA 1XI1A 2PY5A 3VQPA 4B8CA 3AO3A 1VSHA 4FJLA 4F8RA 3DLGA 3CFRA 2YNFA 4HHTA 5K14A 4B08A 3OYKA 4M3WA 2ETJA 3VQ5A 3M8RA 2X78A 4FJIA 3TR8A 1RDAA 1D9FA 3S3MA 3L2QA 2ITGA 4CJUA 3C6UA 4GW6A 4R5PA 3TI0A 1CLQA 4CGHA 3AA5X 3SUPA 3DRSA 2WONA 1KFDA 2G8FA 2DFHA 4W5TA 4LSLA 3I8DA 2A1RA 3L2VA 4B9LA 4OKJA 4QAGA 3TABA 3ZSZA 2IAJA 2XY7A 4KTZA 4KREA 1Q8IA 3OY9A 4CHQA 1UWBA 3QEWA 3PX0A 3K5NA 1S1UA 2XHBA 3V9SA 1HJRA 4FLZA 2ZE2A 3ULDA 1C0UA 2OZSA 1ASWA 1QSLA 3QNOA 4B9TA 3AVMA 3VQQA 1BCOA 2O4GA 2WOMA 4HVJA 1RDDA 5FDLA 1W0HA 1F21A 3L3VA 3PX4A 4Z4GA 4Q5VA 1L3UA 2D5RA 4E89A 2DFFA 4M41A 3O3HA 1QQCA 4HCBA 4CHYA 5CZ2A 3SQ2A 1HRHA 4CIGA 3QEVA 2XO7A 1JL2A 4ID5A 1VK0A 1FXXA 3ZSWA 3AVLA 3ITHA 4GVMA 3ZSYA 3NH0A 3O3GA 2QK9A 4CEZA 1KVBA 3KLIA 4YFUA 4CHOA 2PYJA 3TWHA 2LSNA 4M3TA 3TAFA 3SYZA 5KI6A 2W42A 4HTUA 3OYIA 2X6NA 1RNHA 4N41A 4L8RB 1C1CA 3SPZA 4E7JA 4E19A 3TAQA 5I3UA 4CEFA 1RT4A 1ASVA 4CEQA 1L3VA 4KTQA 1XHXA 2XY5A 2ZQBA 3S9HA 4HCCA 3DM2A 2P5OA 3ISNC 1RDCA 2HNZA 3SV3A 3SUNA 3K5LA 3O4NA 1VSEA 3O3FA 4FYDA 1RILA 3QESA 2F96A 4NCBA 3AVBA 4FJ5A 3AO5A 1TKDA 1QHTA 3SNNA 4G1QA 1GOAA 5EU7A 4M3RA 4CJVA 3EZ5A 1JL1A 5J2QA 3TAGA 3QERA 4CF8A 3OYEA 5D3GA 5J1EA 4W5OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WNEA 3DJCA 1MDUB 3C6AA 4DTRA 1O13A 5JLHA 3AVKA 2XRIA 1U2VB 3ASMA 3FFIA 3RWUA 4CCHA 3JXUA 3O1WA 1T7PA 4L3QA 1B9DA 3LP0A 3VMFB 3RRHA 5J2MA 2YV0X 5JVHL 4E7IA 1K6YA 3CJ1A 3DLBA 3P31A 2E1ZA 1HKCA 4BGBA 1C6VA 3HTVA 3VQBA 5AQVA 4M3XA 1NGEA 3I0RA 4JK9A 3SUOA 3MX2A 3ZT0A 4BDPA 4CJ5A 1K8AO 1UA0A 4B9VA 1RDBA 3OYMA 1RBVA 1IKVA 3J8AA 3AV9A 3KIOA 5EX5A 3VQ4A 3C95A 4CFCA 3C0BA 3QICA 1D4XA 1BGXT 1XC9A 2ZD1A 1U47A 1MU2A 4KI4A 4CHNA 5DM6L 3OYDA 4KB0A 2P9NB 3CPEA 1EP4A 3CETA 1ITGA 3IAYA 4A2BA 2FC0A 4M63C 3WNHA 4Z4FA 2VGMA 4IFEA 3THXA 5M1QA 2DTUA 1ATRA 1S1WA 1VQ8N 2HF3A 3AVJA 4A61A 4CF0A 5AQJA 2VWBA 4DF4A 4YY3K 1A5XA 3AA4A 4CJWA 4DR5K 1TAQA 2P5GA 4FWPA 3MWTA 3K57A 1VSLA 2D0AA 1HQUA 4WE1A 3SI6A 1DGKN 1IBLK 5I42A 2WBNA 3NF7A 1M90O 2QXLA 3WQUA 5AQZA 3QBWA 3G10A 5AQQA 3TSUA 1TYQB 4ISFA 2IS3A 4ZHRA 5JS1A 1WSHA 3C7NA 3EO3A 5M1PA 1S6PA 1WNSA 1XQSC 4GMJB 4IO9L 1YJNN 4DTNA 1YTUA 4DTSA 2OPRA 4BVPA 2O4IA 4CF9A 4K43A 5BPNA 4GVEA 1L3TA 4FJ8A 2YKMA 3G0ZA 4RW4A 2P9LA 4IG0A 1D9DA 3I8BA 3VQEA 2P9UB 2FXUA 4H0XB 4JKEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3RMB A;  4FO0 A;  3HPO A;  4O55 A;  5JVG L;  1A5V A;  3CM6 A;  1CZ9 A;  2Z1G A;  3SBG A;  4AHS A;  2Q2R A;  2D4W A;  3ZET A;  4CZG A;  1TUY A;  1TK0 A;  4CJF A;  1NNE A;  4BGA A;  2GUI A;  4CBW A;  3NBP A;  3DRP A;  4B3R K;  4BE1 A;  1P90 A;  3RSE A;  4DTO A;  4BWM A;  4I6M A;  3BUZ B;  4YOT A;  4FWR A;  1Z26 A;  2NUB A;  4BG9 A;  4EHU A;  2HW3 A;  2OA8 A;  2QWR A;  4A62 A;  4IKF A;  3RR8 A;  3ENB A;  3GL1 A;  4CZH A;  1HR0 K;  3CQ8 A;  3AA2 A;  5KPT A;  1NOY A;  4MLE A;  4BRQ A;  1T6D A;  2FLO A;  2FSN A;  3CJC A;  4H0T B;  4N47 A;  5KGX A;  1RT6 A;  3CCV N;  3EE8 A;  1IV0 A;  4RCH A;  5GAE P;  1HPM A;  1W2B M;  3NVK A;  5LJV A;  3OTO K;  3T3F A;  1BOT O;  2HHV A;  3HM9 A;  4EP4 A;  4DUZ K;  2QK9 A;  2OAN A;  1Z25 A;  4CF1 A;  3SMP A;  3RVC A;  1FK9 A;  4DWI A;  3WEE B;  4JKC A;  4JEP A;  3K5M A;  3L4I A;  1RBR A;  5GIN A;  1S6Q A;  5GIP A;  3OS2 A;  4B1X B;  3KWG A;  2O8F A;  3MEE A;  2IGI A;  2PY5 A;  3AO3 A;  1VSH A;  4FJL A;  1RDW X;  2P9S B;  4F8R A;  1OH6 A;  4BRN A;  4EHT A;  4M3W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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