1ZBIA

Bacillus halodurans rnase h catalytic domain mutant d132n in complex with 12-mer rna/dna hybrid
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
135
structure length
135
Chain Sequence
b'EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYGRK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3'
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
total genus 40
structure length 135
sequence length 135
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbiA00
1LAWA 2X6SA 4ID5A 2DTUA 2HNZA 3V9SA 1U04A 1FKPA 3SPYA 1XHXA 3ZSVA 4DQPA 1VSEA 3QIPA 4FVMA 3LAMA 2FBTA 1BGXT 1RT6A 4RW4A 4H8KA 4FLZA 3DRSA 3NF7A 1ZBFA 3DMJA 3LZJA 4ELTA 3NF8A 2PY5A 5KGWA 2P51A 4LH4A 1VRUA 4UQGA 3AV9A 3ZT3A 4G1QA 3K2PA 3AO3A 3AO1A 1JL1A 1TK5A 4CEEA 2YNFA 4DTRA 3TI0A 4HUGA 1S6PA 2YHAA 3K5NA 5DMRA 1S1VA 4CIFA 1ZBIA 4F3TA 2OPSA 2YNHA 4KB0A 4FK4A 3KD5E 1W9HA 3NGYA 3QINA 3V6DA 1D8YA 4CGGA 2QXFA 1WSHA 4DFKA 3L2RA 1C0TA 2WONA 1ZYQA 3TABA 4B9NA 4Z4FA 1S1WA 3SV3A 1KRPA 3TAPA 4YFUA 5J2MA 3HO1A 3NBPA 1ZBUA 1C1BA 2FBXA 4FLYA 1IKWA 3ULDA 2F8SA 4M41A 1QTMA 3QLHA 3ZSXA 3LP2A 2HNDA 3CM6A 3G10A 1D9DA 2HHWA 3I0RA 3B6OA 3P83D 3MXIA 3L2VA 1UAXA 4NCBA 4E0DA 4CJRA 3NF9A 3D0PA 3KJVA 2YKNA 1RCHA 3L3UA 3VQ7A 4AHVA 4W5QA 3HVRA 4CFBA 3V9ZA 4DTMA 3P1GA 3NGZA 1RT4A 2JLEA 4DTJA 3KLIA 3DLRA 3QEIA 1N6QA 3HM9A 1L5UA 4JS5A 3QNOA 3NFAA 3L2QA 2IC3A 2B5JA 4EP5A 4QAGA 3HP6A 4GVMA 2X78A 3SQ2A 4FM0A 3SUPA 2ZE2A 1L3TA 4KAZA 4O55A 2QK9A 4FJMA 2KTQA 3ZSOA 5HP1A 1B92A 1LWCA 2KW4A 4AHCA 5KTQA 4CE9A 3RRGA 1WSGA 3T3FA 2E6LA 4LSNA 3IG1A 3OYCA 4E7KA 3SQ0A 3TAQA 1X9WA 1RBSA 3AA4A 4FYDA 1J9AA 4N76A 2HVHA 3CYMA 4FJ8A 3AVLA 1IO2A 3M8RA 1SV5A 3CQ8A 1HYSA 2ZQBA 4HHTA 1S9GA 2D5RA 2XY7A 2F8TA 1CZBA 3OYJA 3ZT2A 4FLUA 1LV5A 1S1TA 1ZBHA 3ZT0A 3OYEA 4Q0BA 1WNSA 4KKOA 5JS2A 4IG0A 1NJZA 4JRPA 1YVUA 1NK7A 3ZT4A 3QETA 4PA1A 5HRNA 3A2FA 5KRSA 1DLOA 4M3YA 3HPGA 3E01A 2HHVA 3OYAA 1JXEA 3PX0A 3AO4A 4N41A 3CFPA 2G8IA 2IAJA 3LPTA 4J2DA 3VQ8A 4CEZA 1RNHA 4M3RA 1CZ9A 2VWJA 4Z0UA 4PQUA 3V1RA 4DG1A 3RMCA 1RT3A 5FROA 4KTQA 1SKWA 1ASVA 3C95A 4E1MA 3NH0A 1IH7A 3U6FA 4FLWA 3LPUA 3PO4A 3VQ9A 1EETA 3D45A 4DTOA 5C42A 4KHUA 4HTUA 1QSSA 4KI4A 3QNNA 2R7YA 4XIUA 1BIZA 3HT3A 3SUQA 3ISNC 4AILC 3DM2A 4Z4CA 2HHSA 3AO5A 4CJTA 5FRMA 4HVJA 2QKKA 4RW7A 1VK0A 1WSEA 3K5OA 4OKKA 1Y97A 3RR8A 4B9LA 3KD1E 4EZ6A 4J2EA 1NKCA 1TKDA 1SL1A 3C6UA 1RDAA 3U3YA 3VA3A 3LP0A 3V81A 4ZTJA 4DTPA 4B08A 1HNVA 3HPOA 4IBNA 2D0AA 1TK8A 1RDBA 3K59A 3O4QA 2HVIA 2OYQA 4F2SA 1NK4A 1GOAA 3OS1A 4HCBA 4JS4A 3LWLA 3DOKA 3HPHA 1A5WA 5SZTA 3OY9A 3OYFA 5J1EA 3QEVA 3HJFA 1TKTA 4KREA 1BQNA 4IFVA 4B9VA 2Z1GA 3HYFA 3NH2A 3O3HA 4PUOA 3AVCA 4OGCA 3L3VA 4DQRA 1IKXA 1WSJA 3F73A 3QEPA 2JGUA 1RDDA 2HNYA 4BWMA 4C8NA 2FBVA 4DSFA 3PV8A 4CJSA 4OKJA 2G8HA 4CEBA 3TANA 1FK9A 1QSYA 4FK2A 3SZ2A 4M3WA 1XHZA 2E6MA 2I5JA 1WAJA 4CHOA 2YNIA 4GW6A 3FFIA 2BE2A 1T05A 4CF8A 1HJRA 1HYZA 3TR8A 1S1XA 4GMJB 3OS0A 2HHUA 4CFCA 4YNQA 4CK1A 5K14A 2KFZA 1X9MA 1BQMA 1MU2A 2PYLA 4FJNA 2E4LA 1XC9A 4F8RA 3SI6A 1SL2A 4FJKA 4B9UA 4F3OA 4FJIA 1NKBA 2IOCA 2OZSA 3QIOA 1TKZA 1S1UA 1UOCA 4HUEA 3BDPA 3OYMA 1VRTA 1I39A 4Z4GA 5FDLA 1WLJA 5KI6A 2D0CA 1RDCA 4KPYA 3V1OA 2OPRA 3WNHA 2OPPA 3AVIA 4RW9A 2VG7A 3NCIA 1QSLA 4B9TA 1RBTA 4E7JA 3HK2A 4CJ3A 3VQCA 2BDPA 4J2BA 4LH5A 1REVA 4NCAA 4LSLA 3WNEA 4B8CA 4CJWA 4EP4A 2XHBA 3K57A 4BDYA 1UA0A 4HCCA 4KHQA 2HB5A 5CYQA 3HP9A 1JLQA 3ZSQA 1A5XA 4K8XA 4DWIA 3KLFA 5KRTA 1HPZA 5HBMA 1TGOA 4BE2A 4DLEA 4F4KA 2G8KA 4KV8A 4CIGA 3KLHA 4B3OA 1KVCA 2YHBA 2GV9A 3CG7A 5HROA 3SNNA 3KK3A 2Z1IA 1EXQA 3TAMA 3LWMA 3DLGA 4NCGA 1HNIA 4FLTA 3VA0A 4DFPA 1WAFA 1D9FA 4TSXA 4M3XA 3KLEA 3QEWA 1EKEA 3M8PA 1QQCA 1KLMA 1C0MA 5HRSA 3OYBA 3DYAA 1BI4B 3SQ4A 4DQIA 3BGRA 4CHPA 2Z1HA 1EX4A 5I3UA 4KHWA 3VQPA 2DY4A 3MXJA 3ITHA 3S3MA 4Q5VA 1JLAA 3PO5A 4C8KA 3DLEA 4OVLA 5C25A 3EZ5A 4Z4IA 3OYKA 3DLHA 3TWHA 3RMBA 3QERA 1RBVA 4OPJA 3SCXA 4FCYA 1NOZA 2F96A 1KTQA 3HSTB 1TL1A 2P1JA 4CEAA 5CZ1A 3OYIA 4O0JA 2Y1JA 4CHYA 4OPKA 4Y1DA 3RMDA 3SV4A 1NKEA 1I3AA 4DF8A 3DLKA 1Z25A 1RTJA 3AVJA 1JL2A 1IKVA 1HMVA 4FM2A 1L3VA 2A1SA 4B9SA 4E1NA 4AHSA 3DRPA 4LD0A 4CIEA 5HLFA 4R5PA 3LANA 3VN5A 4Y1CA 3NAEA 4DQQA 3PY8A 1YTAA 4FJXA 5D3GA 5J2NA 4QOZB 3LDSA 3IAYA 4H4OA 1TV6A 3TAEA 2OZMA 2EX3A 1B9FA 3L8BA 2ITGA 3T19A 3KK2A 1T03A 1TKXA 3UIQA 1FXXA 1CXQA 3IS9A 1KVBA 3RTVA 5C24A 1RBUA 4M3TA 3OVNA 3O3FA 3OJSA 3U3GA 3IRXA 4DMNA 4W5NA 1NOYA 1JLBA 1HQUA 3JYTA 4O44A 3PX6A 3SYZA 1BL3A 5E41A 4DSKA 3MECA 4CGIA 2FC0A 1RT5A 1VSFA 1X1PA 2KZMA 4CHZA 1A5VA 4W5TA 1BHLA 4BDZA 1U4BA 3RMAA 1SUQA 1GOBA 4I9QA 3QEXA 2O4GA 5CY4A 1W0HA 4KFBA 3VQ6A 3LALA 4CJKA 3G0ZA 4E89A 1JLGA 1L3SA 2XY6A 3KLGA 2DFFA 4KB1A 4RW8A 1NK9A 2P5GA 1KVAA 3SQ1A 5J2QA 1NK6A 4O5BA 4IFYA 4AHTA 1T7PA 4FJ5A 4K8ZA 3OYLA 4FZYA 1YTUA 2BGGA 4FJHA 4CHQA 4N5SA 4CJ5A 4OGEA 1NK8A 3EYZA 2G8VA 2RPIA 4FZXC 1F21A 3I0SA 1XI1A 1VSHA 1UA1A 2O4IA 4CF1A 4AHRA 4E19A 3AVNA 1T8EA 4DSIA 4F2RA 2IDOA 4CESA 1KFDA 4E7LA 1TVRA 1SKRA 4CJUA 1RTIA 4ELVA 3CM5A 3VQEA 3CFOA 3AVBA 4W5OA 5HRRA 1U45A 3AVAA 4BE0A 3DOLA 3PUFA 2DFEA 3HL8A 4I7FA 4CEQA 3KKRA 4DU4A 3OS2A 4FJGA 1Q8IA 4FJ9A 3JSMA 5SWMA 2XRIA 2WOMA 3KIOA 4BWJA 2DFHA 3ZCMA 3V9XA 3TARA 3OYDA 1LAVA 3OYGA 2VG6A 2FBYA 4CJVA 1S5JA 2NUBA 4FLXA 3QESA 2IGIA 4DSLA 1KCFA 1RTHA 2YNGA 3V1QA 1QHTA 4B8AB 1TAQA 1J53A 1DTTA 1LW0A 3VQ4A 4DS4A 4AHUA 1CXUA 1RT2A 1TAUA 3AVMA 1FKOA 4KHSA 3T1AA 1BCOA 4E7IA 4CCHA 3S3NA 1VSMA 2P5OA 1WSFA 2G8WA 5JS1A 4KO0A 3ZSWA 3AA2A 4DS5A 1Z26A 2XY5A 1IG9A 1U49A 4ELUA 2B6AA 4C8MA 4M42A 1BIUA 3DI6A 2HHTA 4ID1A 3VQAA 3K5LA 4FXDA 3AA5X 1C1AA 2G8FA 4RG8A 3C6TA 1JLCA 4WE1A 4FK0A 1G15A 4Z4EA 3ALYA 4PWDA 1RT1A 1RT7A 1QS4A 4ZTFA 3NDKA 3SUOA 4I9LA 4M3ZA 4IKFA 2GBZA 2XY8A 3C94A 1RBRA 3V9UA 3SJJA 3H08A 2HHQA 2VG5A 3K5MA 5EU7A 4OLAA 1RTDA 3KKSA 1VSKA 3RWUA 4I2QA 1QE1A 3MEEA 3ZT1A 3V9WA 4CK3A 3S9HA 1BCMA 2Q3SA 3VQBA 1NJYA 1C1CA 4DTNA 1VSJA 3AVKA 5DK5A 4E7HA 2A1RA 3M8QA 1NJWA 1C6VA 1ASWA 1JLEA 3ZSYA 4CEDA 1LWEA 2PYJA 4N56A 5I42A 2HHXA 4FJLA 3ASMA 4FJ7A 2OPQA 4E3SA 3QO9A 1S9EA 1EP4A 4MQ3A 4CJEA 4CJPA 3NE6A 3K58A 1ZBLA 1Q9XA 1RILA 3HXMA 4IDKA 3F9KA 1KLNA 3ZSZA 2RN2A 3SPZA 1NJXA 3TAFA 2ATQA 4LY7A 3MEGA 1J54A 4ICLA 3KK1A 4M3UA 1Q9YA 3L2WA 5T7BA 1YT3A 4DSEA 4DTSA 4CGHA 3LZIA 1NK5A 4BDPA 2HMIA 2GUIA 1XWLA 1JLFA 2EHGA 1BISA 4O4GA 4HUFA 4C8LA 4W5RA 3AO2A 3WNFA 3M8SA 4JLHA 1D5AA 2W42A 4NYFA 3THVA 4C8OA 3ZSRA 2LSNA 2D0BA 4QCLA 3MEDA 3MAQA 4ZHRA 2IS3A 4DF4A 1L3UA 4PY5A 4DFJA 4CHNA 1HQEA 1JKHA 4J2AA 2ZD1A 4FW2A 1X9SA 1UWBA 4RW6A 1N5YA 3L2UA 2HW3A 4MFBA 4DQSA 3PX4A 4FJJA 3AVGA 1O1WA 2QKBA 1ASUA 3MXMA 2PZSA 3AVFA 1VSDA 3O4NA 4OJRA 3VQQA 1VSIA 1B9DA 3NF6A 4CF2A 3OJUA 3NGIA 4BACA 1WN7A 2BANA 2Z1JA 4FM1A 1TK0A 4I2PA 4CERA 4CK2A 1SL0A 4CFDA 4IG3A 3OYNA 4CGFA 2AJQA 1LWFA 3DRRA 4DU1A 3KTQA 4KHYA 3NH1A 1BI4A 5HRPA 1KSPA 1HYVA 2VWKA 4CF0A 4KTZA 4CGDA 3O3GA 5FRNA 4OLBA 1CLQA 4O0IA 1WSIA 3SUNA 1IKYA 4OKEA 1DTQA 2RF2A 2RKIA 5CYMA 4CJ4A 4H4MA 3CFRA 2Y1IA 3VQ5A 4L8RB 3AA3A 3LAKA 5CZ2A 4CECA 3OYHA 4EZ9A 4CEOA 3I8DA 3NHGA 2XO7A 4BE1A 1VSLA 2KZZA 4N47A 1LW2A 4CJQA 1U48A 1SKSA 3HVTA 1KFSA 3WNGA 5J2PA 4FZZA 1J5OA 4FW1A 4FLVA 4KHNA 3EY1A 2G8UA 1S6QA 3RRHA 4DTUA 2X6NA 4DTXA 4DU3A 5KGXA 4M45A 4CJLA 4DSJA 1C0UA 4CF9A 2OA8A 3TAGA 3LP3A 4KRFA 1TL3A 4CEFA 4Z4HA 3RR7A 4CGJA 2KFNA 2X74A 3V4IA 4KI6A 4DFMA 4B9MA 2YV0X 2ETJA 4JRQA 2YKMA 2B4JA 3P5JA 1K6YA 4AH9A 4KTWA 4CJFA 1ITGA 3B6PA 1JXBA 3S3OA 1NK0A 4CFAA 3DLBA 1HRHA 3LP1A 3VQDA 1GOCA 1U47A 1R0AA 2KQ2A 3AVHA 4NYNA 4DLGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ID5A 2AP1A 3V9SA 5KQDA 3SPYA 4DQPA 4RWTA 4LFAK 4FVMA 4FLZA 2Q31A 4BVPA 1ZBFA 3DMJA 5LY3A 1OKJA 5KGWA 2P51A 4CBXA 4FOEA 5M1NA 3ENOA 3G25A 4DTRA 4CZLA 5AQJA 4MDAA 2I7NA 1S6PA 3MCAB 4F3TA 1BWFO 4KH6A 2YNHA 2E8AA 1TUYA 2QXFA 1WSHA 3SV3A 1KRPA 1VQ6N 1VQ4N 1IBLK 5AQMA 4FLYA 1IKWA 3ULEB 3OA9A 3LP2A 2HNDA 3CM6A 2ASPA 4NCBA 4CJRA 5LMNK 3KJVA 2DTUA 1XNQK 3NGZA 3QICA 3C65A 2UXDK 5LJWA 2B5JA 2YX6A 4QAGA 1NNEA 3WXLA 3SQ2A 2QK9A 5DM6L 3ZSOA 1B92A 4CZIA 5KPZA 3O1BA 3THWB 4V19S 3SQ0A 1Z6RA 3CYMA 1MA9B 5BPLA 2GX9A 4BRQA 5AZIB 3PSFA 1LV5A 1KD1O 1ZBHA 5LMUK 3OYEA 5JS2A 5AQLA 1GLJO 1NK7A 4BRGA 4O8UA 3QETA 1DLOA 3HPGA 3OYAA 3ULEA 4GKJK 4CEZA 5IWAK 3VMFB 4FWPA 4PQUA 4DR3K 3V1RA 4DG1A 3RMCA 5FROA 4KTQA 1ASVA 3A5NC 3IDHA 3NH0A 3FZMA 2ZF5O 3U6FA 3F9MA 5BR8K 4FWNA 2J4RA 1X3MA 2A3ZA 4KHUA 4KI4A 2F9WA 3SUQA 4BG9A 3AO5A 1YJNN 2QKKA 1WSEA 3THWA 3RR8A 2BH1A 3CJ7A 3MN9A 1RDAA 1BA1A 3VA3A 3LP0A 4ZTJA 4B08A 3HPOA 5AZIA 4U7BA 1RDBA 4XEIA 2OYQA 1NK4A 4WQ4A 1GOAA 4BC3A 4JS4A 2QEXN 3QEVA 4CZEA 1P8ZA 2GELA 1VQPN 1BQNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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