4JEPA

Crystal structure of toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 (ntpdase1)
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
597
structure length
574
Chain Sequence
GVDADTEKRINVGKTHLQTLRNLETRCHDSLQALVVIDAGSSSTRTNVFLAKTRSCPNKGRSIDPDSIQLIREGKRFTGLRVVLEEWLDTYAGKDWESRPVDARLLFQYVPQMHEGAKKLMQLLEEDTVAILDSQLNEEQKVQVKALGIPVMLCSTAGVRDFHEWYRDALFVLLRHLINNPSPAHGYKFFTNPFWTRPITGAEEGLFAFITLNHLSRRLGEDPARRNDLAGVVEVGGASAQIVFQEGTVLPSSVRAVNLQRERLLPERYPSADVVSVSFMQLGMASSAGLFLKELCSNDEFLQGGICSNPCLFKGFQQSCSAGEVEVRPDGSASVNEDVRKNRLKPLATYCVTNEMQCRENSIDPTKPLAERMKIENCSIIEGTGNFDKCVSQVESILVAPKLPLPANIEAASSGFESVDQVFRFASSTAPMFITGREMLASIDTLKDHRLLRSDFSGDVEELAEAAREFCSSEVIIRTDGPVIQLPNARGEQKLNSLNFDLCKTMALTVSLLRHMAAGENQPSFIKWEKSIAGPDGKPLADLGWQVGVILHHVLFTEEWGRTAYEAGYSHNLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Toxoplasma gondii
publication title The crystal structure of Toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 represents a conformational intermediate in the reductive activation mechanism of the tetrameric enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nucleoside-triphosphatase 2
total genus 151
structure length 574
sequence length 597
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.15: Nucleoside-triphosphate phosphatase.
pdb deposition date 2013-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.530 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jepA01
3.30.420.540 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jepA02
4KH6A 4KH5A 3AGRA 4A5AA 4A5BA 4JEPA 4A59A 4A57A 4KH4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HTVA 4DR7K 2ATQA 1TL1A 2VG5A 2W41A 1RT7A 5E41A 3O08A 3LL3A 3SJHA 1JLAA 2Q0RA 3G0ZA 5AQKA 1NJXA 4IEEA 3O3FA 3VEOA 4I7FA 3AA3A 3SJJA 4RW8A 4H4OA 4DTUA 4O0JA 4Z4CA 1IH7A 2E2NA 4DV0K 3TAMA 1NK4A 1TKXA 1VQ8N 5KRTA 1KD1O 3ZETB 4O8KA 1UAXA 3P31A 5ELZA 2EWSA 3CG7A 3ENOA 1NJIO 3LANA 1KFDA 4KI6A 1UOCA 4UY8O 3BZCA 4KAZA 4FO0A 2Q36A 4CECA 2G8IA 1JLQA 5E26A 1S3XA 4DQQA 3VF2A 3HL8A 1ZBSA 1C0MA 1JL1A 1JCGA 3L6QA 3HXMA 3AY9A 3IS9A 5FLXO 3QEIA 2V7ZA 4JKGB 3I8DA 5TKWA 3AA2A 4PQUA 2PFUA 3SAGA 1KVCA 2IIRA 3NAEA 3RSEA 3DMJA 4FJKA 5AZIA 4BR0A 5CYMA 2A5XA 3GG4A 4F3OA 3P39A 5BR9A 3TR8A 4PA1A 5FPNA 5KGWA 1RT3A 1B92A 3MEGA 2OZMA 3CJAA 4A2BA 1BISA 1RTIA 2HMPA 4E7LA 3VQ9A 2HVHA 1T8EA 3ZSWA 4JRPA 1TYQB 4JNEA 4CW7B 2HHXA 2VG7A 1W0HA 1TUYA 1HNVA 2D0AA 1BGXT 3FZFA 4BRPA 4RW9A 4DFJA 1C6VA 3O3HA 2JWLA 1JKHA 3KTQA 3HI0A 1QSYA 1C1AA 2AP1A 3WNHA 4MLEA 1RDBA 2E4LA 1K6YA 4GY2B 3WNFA 2YHYA 3O9SA 2RF2A 3ULDA 3AVLA 3P4IA 4KV8A 4O0IA 4CJ3A 1BOTO 5F2RA 4DR2K 1X3MA 4GMJB 4FLUA 3WQTA 4CZEA 3WXLA 3G10A 4HTUA 2FBTA 3O80A 4J2DA 2YHWA 5J2NA 3THXB 3NH0A 5HL7L 4RW6A 3DLHA 1E4FT 4MO4A 1RDUA 3CC4N 4FJ5A 2FBYA 1D5AA 4J2EA 3FFIA 2VCPA 1S1XA 4OGCA 4AHVA 1NK0A 3UE5A 1EWRA 4A62A 2BGGA 1HNXK 1T03A 3NF7A 4WE1A 4B1WB 3KK2A 4CF0A 2JWKA 2A3ZA 2D0BA 3KJVA 3S41A 4DR6K 4KHUA 4GKKK 3AAPA 2QI2A 4JAXA 2O8DB 3ZX2A 4B8AB 4WQ4C 3VA0A 3ID8A 1IKWA 5JMVA 4CJ4A 3LALA 3IRXA 1WSJA 4K42A 3AVIA 4BE2A 1X9WA 5GAGP 1SL1A 4B3MK 3Q7BA 3NCIA 4CZLA 4M7YA 3ZCMA 4JI4K 1L3UA 3O9UA 4A5BA 4O44A 1Z25A 2QEXN 3SMSA 2CGLA 3BY5A 3H3OB 3OYFA 3KK1A 4JN4A 1GOBA 2P51A 1ASVA 1N32K 4YDUC 3ENBA 1R59O 4DS4A 1W7AA 1P8ZA 2GUIA 3IDHA 1DT9A 4CZIA 3J81O 4CE9A 1FK9A 1HNIA 1VRTA 2VGNA 2CH6A 3SMPA 5DM6L 1XNRK 3O9RA 1RTJA 3HT3A 1YIJN 3OBYA 2X78A 4PKHA 4KHNA 2E2QA 2Y1IA 3TAFA 3NGZA 1ASWA 5AQHA 4M42A 3SUQA 3PUFA 4LF6K 3SPZA 1FKOA 1DGKN 1LWEA 2KZZA 4GVEA 4FWLA 3VEXA 2D0OA 3E01A 4KRFA 4C1NK 3MX5A 5CE3A 4B3SK 4L3QA 3D6RA 3VEVA 5KQDA 4B1YB 5H1SQ 2WTUA 5M1PA 3DRRA 4C8LA 3UB5A 1QVGM 3D45A 5JS2A 2VQFK 1SZ2A 2P1JA 4JK8A 1JLBA 3LP0A 3PSIA 3OJSA 3KLGA 1LCUA 3K5LA 3LM2A 1ZBUA 4FSVA 4DR4K 1J9AA 2YX6A 2O4GA 3RTVA 5DK5A 3TTCA 1TUUA 4CZFA 4M41A 1Q81O 4XH4A 1V4TA 2W6LA 4CJSA 2Y1JA 3M3ZA 4DLGA 3DOLA 4FL9A 4XIUA 4CBUA 4JI3K 3WXMB 4IWVA 3DXMB 1JLGA 2V7YA 3F9MA 3KIOA 3CCSN 1W97L 3KKSA 1T7PA 1JLEA 3VEWA 3ZSYA 4CJLA 3AVMA 1OKJA 3SQ1A 2QW9A 4M3RA 1D9FA 3LAKA 2KW4A 1LAVA 1S1UA 5GAHP 2DFFA 4B3OA 4CBWA 5M1QA 4DQ8A 1IG9A 1GLEG 4BREA 4F3TA 3OYAA 4N5SA 5E84A 3F73A 1LV5A 2D0PA 3THWB 1TK8A 3THYA 1LOTB 4KKOA 4HCBA 3E1YA 1C1BA 2YHBA 2P9PB 4CJRA 4DR1K 1X1PA 4DLEA 1ZBFA 3B6OA 4BWJA 1U2VB 2P9KA 3MX2A 4Z4IA 3ZT0A 2ASPA 4CZGA 3LDNA 4CZKA 4CJPA 4WCEL 2GX9A 4KHSA 4MQ3A 3D2FA 4CHZA 1A5WA 2E20A 4FWQA 3CFRA 5BRDA 4DU1A 3H1VX 4FWSA 2O8FB 3QIPA 3CC7N 3QINA 3DYAA 3M6GA 4KTQA 2KTQA 2A1RA 2ZGZA 4NCGA 1UA0A 1LWFA 2I7PA 3O4QA 2QWLA 3AA5X 2PY5A 4FPAA 3T1YK 2F9TA 4OJRA 4QS9A 3EN9A 4H03B 2QWPA 4LH5A 4CK1A 5AQUA 3CCUN 2FLOA 3CETA 3NF9A 2F8TA 3LP1A 3KVGA 1IJJA 1NG9A 2A42A 2NRZA 1LWCA 4GKJK 3G6EN 1K9MO 1KCFA 3J7AP 1VQ6N 3UKUB 1SKRA 3ZT4A 4AHCA 3KHYA 1Q18A 3I0RA 5AZJA 1WSIA 3ZT3A 4BR2A 1BDGA 2D1KA 3ZSZA 1ILYA 1DEJA 3CCJN 2HSTA 4CBXA 4B9QA 2RN2A 3K0SA 3C6TA 5C10A 3MN6A 1MDUB 2P9SB 5AQMA 4Z4HA 3NMUA 1ASUA 3O1WA 4CJUA 2WC9A 4BR5A 1VQNN 4DTMA 2ZD1A 4KB1A 4FK0A 3AO4A 3VERA 1ITGA 3OHRA 4B3TK 3VEYA 1D8YA 2KFNA 3QMLA 3L0QA 4LF9K 4EFHA 4KREA 3AVJA 3EKUA 3SCXA 4NXNK 1GLDG 2I7NA 4FVMA 2IGIA 5AQOA 3A0IX 1EWQA 3AVAA 3A8YA 4IDKA 1SL0A 1SQKA 1IBLK 2D0CA 5AQJA 4AM6A 5ADXH 3AVCA 3VA3A 4JI5K 3S9HA 3MEDA 4IDHA 1O1WA 1N8RO 4YOVA 4IG3A 3V9WA 4H0YB 3MDQA 4NXMK 3BGRA 1DTTA 2B5JA 1GOAA 2PYLA 4FWRA 3WXJA 4EAHD 4Q0BA 1B9FA 1T6CA 4HHTA 3QNOA 2IVNA 4OX9K 1HNWK 4K8ZA 5J1EA 1BG3A 2HOEA 4CF1A 1WOQA 2PAVA 1IKYA 3NH1A 2XY8A 1GLBG 3QB0A 4CEFA 3S3NA 4FJHA 2HMIA 2OZSA 1XHZA 3QNNA 3CC2N 5HROA 1ZXOA 1IV0A 5AJ3K 1Z6RA 4CHOA 4MFBA 1K8KB 1BO5O 4JRQA 4OKJA 3R3LA 3EY1A 2Z1GA 3ITHA 3M8QA 2ZJRL 3AVGA 3WNEA 3L8BA 4KH6A 4IFVA 4LFCK 2P9IA 5HRSA 4F4KA 1YXQA 2O8CA 1KXPA 3JSMA 4FLVA 4IO8A 3V9XA 2HNYA 2KHOA 4B9NA 4YNQA 1ESVA 3LDPA 2ZGYA 3PX6A 3PLAA 4OPHA 4KHWA 1N34K 5CHIA 4IFYA 4OPKA 1CXUA 2CH5A 3C95A 5AQGA 3IG1A 3TSPA 4DTNA 1NGJA 1E4GT 4C8MA 1EKEA 5GIPA 5EX5A 1CLQA 4JD2A 3O1BA 4FPBA 1RTDA 4IO9L 4JLHA 3OYMA 3I8BA 4FJMA 3QFPA 4IOXA 1VQKN 5BPMA 1N36K 2OYQA 4B9TA 4BRIA 1BU6O 3ZSOA 2RHKA 4CJ5A 5HRPA 1YJWN 4M3UA 1N6QA 4JHDA 1JCFA 2B4JA 3T7ZA 3W3DA 3T1HK 4I2PA 4LFAK 3NVMA 4CJEA 5LJVA 1E3MA 4DF4A 4CJWA 4CEBA 3UKRA 3LZIA 3MECA 2GWJA 4YORA 3K57A 4FJIA 2HHHK 1C0TA 4DFPA 4HVJA 4KPYA 4N47A 1A5VA 4B9VA 4CD3A 1IBMK 1RFQA 1ZBIA 2P9LB 2QWMA 1NK9A 1NU0A 4B9LA 2W6KA 3CYMA 2QKKA 1TV6A 2EHGA 1Q9XA 2F9WA 4A59A 3CCLN 3DLLL 2ZJQL 3QBXA 3RMAA 1S5JA 3H3NO 3NGYA 1YTAA 1GLAG 2OPSA 2O8BB 3TAEA 4XEIA 4HUEA 1T44A 3WEEA 1HPMA 4M3TA 3SV3A 2AA4A 4B9UA 4OGEA 3L2RA 3SUOA 2PYJA 1GLFO 1Q9YA 4ILJA 2E6MA 1A5XA 3SUNA 1VQ7N 1GOCA 3A5LC 3R8EA 4KFBA 4ELVA 4Y1CA 4DR5K 5BRHA 1CZAN 1BCMA 2E2OA 4BC4A 3SAFA 3RMBA 4WF9L 5AFUH 4BDZA 3K58A 3TSQA 4EZ9A 3PX4A 2P5OA 5C12A 2YV0X 3HOSA 3JAMO 1I94K 1TL3A 3GE1A 4NYFA 1NOZA 1NGAA 1OVYA 1HLUA 3C7NA 1U04A 4JS5A 1RILA 3CFPA 2UUBK 3GOIA 2Q2RA 4LY7A 2YKNA 3EKSA 3H6EA 1CZBA 4O55A 2Q97A 3OYHA 1C1CA 3F2KA 1YF5L 1F21A 3D2EA 3QLHA 3CCQN 4I6MA 3CMEN 3EL2A 1T6DA 4E0DA 3MWTA 2XHBA 3C6AA 3FE1A 3I56N 2VYPA 4IJAA 3IFRA 3P5JA 4BC3A 4FCYA 2F7TA 3MWPA 1NK7A 4BRGA 3VQPA 3U6FA 5C25A 3CCVN 2PZSA 4M3WA 1JXBA 3CPWM 4PKIA 4LF8K 3MXMA 4HCCA 1HRHA 3E9PA 2HNZA 1NKBA 4O8UA 1TKZA 1NGGA 1S1TA 3VF6A 1QQOA 5GINA 4R5PA 1EETA 1NJWA 3MXJA 3VTHA 3ASMA 3ZX3A 4B8CA 4AHSA 4U7BA 3SZ2A 5BPLA 2O8EA 2NZTA 4OLAA 1I39A 1HUXA 4PL8A 3RMDA 3SPYA 3V9SA 2G8VA 3KWGA 4QS8A 4BDPA 5FDLA 1YT3A 1S9EA 2FSKA 1QSLA 5EOYA 2ASMA 4DUZK 1HYZA 3KK7A 4DV2K 4FW2A 1J5OA 3HP9A 1JXEA 1IKXA 5AQLA 2OPQA 3LM9A 3U4LA 3QETA 3NVKA 3ULEA 3O6WA 3H08A 1RBUA 3LDLA 1VSJA 4AF1A 1BI4A 1YI2N 3TI0A 2GUPA 3EZ5A 3RWUA 3CJCA 4M3XA 4B1XB 4B3RK 2KLAA 1SV5A 5AQFA 1DKGD 1J54A 2D4WA 1DLOA 4IBNA 3U9ZA 4FWPA 3QBWA 2OTLN 1BQMA 3DXMA 3W0LA 4ICLA 1WSEA 2IVPA 4EHUA 4ISFA 2W42A 1XNQK 1S6PA 3K9KA 4G1QA 4FK2A 2FF6A 3ZSXA 4H0PA 4A61A 2OTJN 3F5TA 2YNHA 5C42A 3LWLA 4AILC 3LPUA 2VWKA 4WFNL 1OH5A 3QEPA 3RSEB 4TSXA 2XO7A 5AZIB 3U9DA 5K14A 2E8AA 4LF5K 2BE2A 3L2QA 5FRNA 2P9NA 5A2QO 3NFAA 1SKSA 2E5LK 3C65A 1REVA 2GELA 4DUYK 4FWNA 1TKDA 2HW3A 3MK6A 3OA9A 2Q31A 3CERA 2A1SA 4WQ5C 2X6NA 1WUAA 4RW4A 1EP4A 2BTFA 2GWKA 2YCHA 5HBMA 4GVMA 3OYIA 1BA0A 3FFKB 3DXKA 5AQTA 4BE0A 2VWBA 3TARA 1K8AO 4BRKA 4DSIA 4DTXA 1U49A 1KVAA 3LPTA 4ZHRA 1VQLN 3AVFA 4IG0A 3U3YA 1NGIA 2UUAK 3KLHA 5M1NA 4HUFA 4K8XA 4BG8A 1S9GA 4N56A 1KAXA 3ZSQA 1YJNN 3HRGA 2O4IA 1FKPA 3OJUA 1NGBA 2P9UA 4FJJA 4DF8A 3CI5A 3MN7A 4AQYK 3M8RA 4DG1A 4W5TA 1VK0A 3C6UA 4BRNA 1W2BM 2HBLA 4CHYA 2HF4A 3DI6A 1VQMN 3GDQA 3S3OA 3TAPA 1VQ9N 1GLLO 1HPZA 4E89A 3SBTA 1VSEA 1KTQA 3ENHA 4FK4A 3CCMN 5HRRA 3OYKA 3HP6A 3OYLA 1Q86O 4CK3A 4CFCA 1RT6A 3FGUA 2V52B 3D0PA 4Z94A 3CJBA 4CZJA 4YOWA 3OYDA 2WFBA 4C8NA 4FWMA 4CFDA 5DM7L 3VGLA 3QEWA 4KB0A 5JLFA 5AQVA 3VN5A 1VSDA 1UWBA 4FWOA 5SWMA 4H4MA 2EX3A 1NGDA 3I33A 5BPNA 2P9SA 2DTUA 4DR3K 1MU2A 3HPGA 3OW2M 4CGIA 3FLCO 4QOZB 1KAZA 2HB5A 1I3AA 3L2UA 3PSFA 5C15A 2ZF5O 2H3GX 2RE2A 2BH1A 1VSHA 2QWQA 3NBPA 2JLEA 2F96A 2VWJA 4K0KK 1J53A 5AQXA 5F0XA 4QAGA 3MEEA 2E6LA 1RDCA 3IKMA 2HBMA 4CK2A 1TVRA 4CEEA 3O8MA 1OH8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KH6 A;  4KH5 A;  3AGR A;  4A5A A;  4A5B A;  4JEP A;  4A59 A;  4A57 A;  4KH4 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HTV A;  4DR7 K;  2ATQ A;  1TL1 A;  2VG5 A;  2W41 A;  1RT7 A;  5E41 A;  3O08 A;  3LL3 A;  3SJH A;  1JLA A;  2Q0R A;  3G0Z A;  5AQK A;  1NJX A;  4IEE A;  3O3F A;  3VEO A;  4I7F A;  3AA3 A;  3SJJ A;  4RW8 A;  4H4O A;  4DTU A;  4O0J A;  4Z4C A;  1IH7 A;  2E2N A;  4DV0 K;  3TAM A;  1NK4 A;  1TKX A;  1VQ8 N;  5KRT A;  1KD1 O;  3ZET B;  4O8K A;  1UAX A;  3P31 A;  5ELZ A;  2EWS A;  3CG7 A;  3ENO A;  1NJI O;  3LAN A;  1KFD A;  4KI6 A;  1UOC A;  4UY8 O;  3BZC A;  4KAZ A;  4FO0 A;  2Q36 A;  4CEC A;  2G8I A;  1JLQ A;  5E26 A;  1S3X A;  4DQQ A;  3VF2 A;  3HL8 A;  1ZBS A;  1C0M A;  1JL1 A;  1JCG A;  3L6Q A;  3HXM A;  3AY9 A;  3IS9 A;  5FLX O;  3QEI A;  2V7Z A;  4JKG B;  3I8D A;  5TKW A;  3AA2 A;  4PQU A;  2PFU A;  3SAG A;  1KVC A;  2IIR A;  3NAE A;  3RSE A;  3DMJ A;  4FJK A;  5AZI A;  4BR0 A;  5CYM A;  2A5X A;  3GG4 A;  4F3O A;  3P39 A;  5BR9 A;  3TR8 A;  4PA1 A;  5FPN A;  5KGW A;  1RT3 A;  1B92 A;  3MEG A;  2OZM A;  3CJA A;  4A2B A;  1BIS A;  1RTI A;  2HMP A;  4E7L A;  3VQ9 A;  2HVH A;  1T8E A;  3ZSW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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