4JEPA

Crystal structure of toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 (ntpdase1)
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
597
structure length
574
Chain Sequence
GVDADTEKRINVGKTHLQTLRNLETRCHDSLQALVVIDAGSSSTRTNVFLAKTRSCPNKGRSIDPDSIQLIREGKRFTGLRVVLEEWLDTYAGKDWESRPVDARLLFQYVPQMHEGAKKLMQLLEEDTVAILDSQLNEEQKVQVKALGIPVMLCSTAGVRDFHEWYRDALFVLLRHLINNPSPAHGYKFFTNPFWTRPITGAEEGLFAFITLNHLSRRLGEDPARRNDLAGVVEVGGASAQIVFQEGTVLPSSVRAVNLQRERLLPERYPSADVVSVSFMQLGMASSAGLFLKELCSNDEFLQGGICSNPCLFKGFQQSCSAGEVEVRPDGSASVNEDVRKNRLKPLATYCVTNEMQCRENSIDPTKPLAERMKIENCSIIEGTGNFDKCVSQVESILVAPKLPLPANIEAASSGFESVDQVFRFASSTAPMFITGREMLASIDTLKDHRLLRSDFSGDVEELAEAAREFCSSEVIIRTDGPVIQLPNARGEQKLNSLNFDLCKTMALTVSLLRHMAAGENQPSFIKWEKSIAGPDGKPLADLGWQVGVILHHVLFTEEWGRTAYEAGYSHNLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nucleoside-triphosphatase 2
publication title The crystal structure of Toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 represents a conformational intermediate in the reductive activation mechanism of the tetrameric enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Toxoplasma gondii
molecule tags Hydrolase
total genus 151
structure length 574
sequence length 597
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.15: Nucleoside-triphosphate phosphatase.
pdb deposition date 2013-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.530 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jepA01
3.30.420.540 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jepA02
4KH6A 4A5BA 4A57A 3AGRA 4JEPA 4A5AA 4KH5A 4KH4A 4A59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WNHA 4DV3K 2E1ZA 3U8XA 5DM7L 4I2PA 4DR5K 3EN9A 4JKDA 2W6LA 1Y64A 3LANA 1YVNA 3E9PA 4GMJB 2OA8A 1LOTB 3OYBA 4HVJA 4YOUA 4BR5A 3VQBA 1IH7A 1LAWA 4Z4GA 4RW6A 3NH0A 5BPNA 3TTDA 2QWNA 4G1QA 4BROA 4RCHA 1MWKA 3HVTA 1NK4A 3OJUA 3OHRA 2X6SA 4FZXC 5AQLA 4KKOA 3CQXA 3CXCM 1IKWA 3HRGA 1SL1A 3SAHA 1HLUA 1NG9A 2O4GA 4LF8K 3F73A 4DTPA 4E1MA 5BPLA 1NGGA 4R5PA 5JVGL 1VQON 1RTDA 3UIQA 3VOVA 3WEEB 4JKFA 2E20A 4LFCK 3TAGA 1TUUA 4WQ4A 3AVCA 3ZT1A 3THYA 3VQ9A 4EP4A 4ZHRA 2GBZA 1RDDA 2IVPA 3TTFA 2E2PA 4CZJA 2UU9K 4BRHA 4B9NA 5AR0A 2YHAA 3K2PA 5EX5A 2I5JA 2IC3A 4JKCA 1ITGA 4DV6K 1M90O 1HPMA 1C0MA 1DEJA 3VEOA 4BRIA 3BGRA 5F1XA 5SWMA 3E66A 3IUCA 5M1KA 3THXB 4XH4A 3LZIA 1WB9A 2IGIA 4GW6A 4FJ5A 3QFUA 4PKGA 3BEXA 1VHXA 4H5RA 4UQGA 3VPZA 2ZQBA 3SQ2A 1SZ2A 5KQDA 3SYZA 1BO5O 3FZHA 3RRHA 1NJWA 5EXWA 2CH6A 1SKSA 1LAVA 1TUYA 2VGMA 3KK3A 4RW9A 3C6AA 2W42A 1S9EA 3UE5A 4LF6K 1NMNA 3AA5X 4WQ5A 4Z94A 1HNZK 5AQGA 4B9UA 5CZ1A 1IKYA 2YKNA 3FFIA 3HP9A 2HSTA 4X64K 3G10A 3NDKA 2Q36A 3HPHA 1RFQA 3UKUB 2BUPA 4BY9C 2D4WA 5ELZA 2W41A 3FZMA 4YDUC 3K59A 2VG5A 1TL3A 4AHUA 1Q9XA 4JAXA 4M3UA 5GAHP 3K5LA 3K57A 4EFHA 2OCEA 1KAZA 1I94K 3TTCA 1NGFA 2B4JA 2CH5A 5GADP 3KTQA 2Q1NA 5M1OA 2XY5A 3K0SA 2VWKA 3CQ8A 1W0HA 4JKGB 3JYTA 4IFEA 5JVHL 2JWLA 1N34K 3LDNA 3OVNA 3DYAA 1GOBA 2CGLA 5BR8K 1HNIA 4BRKA 1D8YA 5E26A 4FPAA 4CI6A 3NHGA 2OPSA 4XH1A 3O3FA 1YHQN 3CC4N 1C0FA 2WC9A 3C65A 4CJUA 1EETA 3W0LA 2O8BA 4Q5VA 1SKWA 4KAZA 4CFDA 4JYAK 4KPYA 2VCPA 3O3GA 3I8BA 3VESA 1T8EA 2RPIA 4CJWA 1JLCA 3VQ4A 3EE9A 4BR9A 3G71N 4KI4A 4AM7A 1R59O 3CQYA 3MECA 3D2EB 2WBNA 1VRTA 4DQQA 4KB1A 4CJFA 5F2RA 4IZ9A 4DU1A 1HR0K 2P9UB 1BIZA 3LPUA 3OYJA 3RWUA 2FBTA 5CYMA 4H8KA 3TU5A 4A59A 4FZYA 4OGCA 1VQ9N 1WSFA 2O8FA 2QM1A 4CEZA 4LF7K 3BF1A 5C0YA 3LL3A 4DFPA 2IDOA 3ZLJA 4FM2A 4DQIA 3R9PA 2QKKA 4J8FA 2WFBA 3LWMA 2KW4A 4KHNA 4ID5A 1YITN 2V7ZA 1BQMA 4PL8A 5HRPA 4ID1A 5AFUA 3O4WA 2BDPA 2VWJA 1HQUA 1B92A 5DM6L 4FJMA 3OS2A 4DFMA 4DG1A 4H5VA 3DXKB 4PKIA 3SK3A 3O3HA 1YIJN 2O8DB 5FRMA 3OJSA 3CJBA 3DI6A 4B9VA 3EKUA 4QAGA 3SJJA 4M3RA 4FWKA 4JI0K 1C1AA 5AQTA 1EO1A 5EY4A 1GLLO 3MN7A 1BI4A 5GAGP 1QSLA 3PLAA 1NK8A 3KKRA 1NGCA 1NGHA 1TV6A 1JKHA 5C42A 3LP0A 3AVMA 2Z1HA 2HBLA 1OH7A 1GLDG 4IOAL 3MX5A 3P83D 4B9TA 1NGDA 2A6AA 4E89A 5AQOA 4JRQA 2B6AA 3CC7N 2YJEA 1EXQA 4DTXA 3VQEA 1VQ4N 3MX2A 1EX4A 2GELA 1GLAG 3L3VA 3V1OA 2HMPA 3TAFA 4GVMA 3NH2A 1EQYA 4H0YB 4C8KA 5HLFA 5GINA 3AVJA 4FWMA 3HOTA 5M1FA 1OH6A 1UOCA 5IT9O 1ILYA 3DLLL 2PYJA 3AGKA 3VQ8A 4CIEA 4IG3A 1GLEG 1A5XA 1OVYA 2RE2A 4BRCA 4M41A 1RCHA 4IEIA 1L3UA 3D45A 3OYNA 3ENBA 3ENOA 2ASMA 3NFAA 3R8EA 3M6GA 4DR1K 3RRGA 1KD1O 4N41A 1Q82O 3CFRA 1FKPA 1S22A 2YHWA 5JLHA 4CJSA 1IV0A 2FXUA 2HBJA 1I39A 3R6MA 4CZEA 1REVA 4Y1CA 2A1RA 3JS6A 4IFVA 1UWBA 3PX0A 3QO9A 3AO3A 2KFNA 3CETA 1K8KA 4QS9A 3QIOA 3OY9A 3GDQA 1ATSA 3G4SN 1L5UA 3EE8A 1MU2A 4BRNA 5AQZA 1BG3A 2JGUA 1NK7A 1VSLA 2ZM6K 2XY7A 4FZZA 2ZF5O 1BA1A 1Q8IA 3DLEA 3RSEB 5JS1A 2RKIA 4N76A 2HHUA 3ZETA 4OX9K 3HPGA 4BC2A 2IOCA 1RT3A 4MLHA 4YY3K 2P9NA 3SLCA 4OKJA 2DPNA 4L3QA 5TKYA 2P9SA 4O4GA 4DV5K 1TKDA 3MWPA 2A5XA 1HJRA 4GKKK 3P38A 1NLVA 4BC3A 3PO4A 3MWTA 4H0XB 2HF4A 4FLVA 1RBTA 4MDAA 4B1XB 2BE2A 4IO8A 1RDCA 1HNVA 1T6DA 4DR6K 1S6PA 3L2QA 3ZSWA 3HSCA 3UKRB 3GL1A 4JI6K 1B9DA 2Q0UA 5E41A 1C0GA 4CW7B 4B3TK 3TARA 3SZ2A 3KLGA 3ID6A 2VG7A 3NCIA 4BR0A 1BCMA 4DTUA 3EY1A 3AO2A 2YJFA 4PL7A 2RF2A 3EKSA 3VENA 3FLCO 3WQTA 5BRDA 3AVHA 3MEDA 1K8AO 4DTSA 4OKKA 1NGBA 1KAXA 3AAPA 1BQNA 5AQMA 4JI3K 1RDWX 2GTDA 5HBMA 4BRAA 1FW6A 4CJ7A 1YJWN 2F4VK 1TGOA 4GVEA 4BACA 5CY4A 5BRHA 1JLEA 1JL2A 3ZSZA 1CXQA 5AJ3K 1RDBA 4BGBA 1RTHA 4E7LA 2OPQA 3OYLA 4CF1A 2HHWA 4AHSA 3PV8A 3A5OC 3HOSA 1R0AA 1UA0A 2VGNA 1XMOK 4J2DA 1C0TA 3LDSA 2Q2RA 2ZGYA 3L8BA 3BZKA 3J80O 4JRPA 4RTFD 5FRNA 1KLNA 3LDQA 3H6EA 3J8AA 1GOAA 4DTRA 4AILC 2WUSA 4OJRA 5HRSA 5GIOA 1O1WA 1L3TA 2YX6A 1NU0A 4FOIA 4AQYK 4CEOA 4FJ7A 3KIOA 1KFSA 2HHTA 2OPRA 4FCYA 5J1EA 4B9SA 3H1VX 2YV0X 3OYAA 1RT1A 4CZMA 3HM8A 3T1AA 2G8HA 2W40A 3H45C 4OPAA 5FROA 2E4LA 3ISNC 3O1WA 4FWNA 4LF9K 1NGIA 5MLCQ 1QVGM 5J2PA 3AVLA 2KZMA 2DFFA 4B1VA 3M8RA 5AQSA 4DQRA 2NLXA 1C1CA 3O8MA 3V9UA 1GLCG 1ZXOA 4M3ZA 4BC5A 3PUFA 4CK2A 4A2BA 4WFAL 4CJPA 1NM1A 2W6KA 4I6MA 3AVGA 1X9WA 1YUWA 4UY8O 3VQ6A 3ZX0A 4JKEA 3WNGA 4O44A 4LFBK 3O08A 4FJKA 5H1SQ 2O8EB 2KZZA 1Q86O 1SQKA 3T19A 2P9PA 3UKUA 4ILHA 4FWQA 2QWLA 2O4IA 1T3VA 5AQKA 1HRHA 3QEXA 3HL8A 1XC9A 4Z4FA 3D7EO 4ILJA 4OVLA 3SBGA 1IKXA 4A2AA 4DS4A 4B3MK 4KH6A 3K5NA 3A5NC 2NRZA 2HNDA 4DLGA 4CGDA 3THWA 1KSPA 4F2RA 5E84A 3ENHA 4JI5K 4KO0A 2XY8A 4JHDA 4IOXA 5D3GA 1TYQB 3QBXA 4JI8K 4JD2A 1QZ5A 5JMVA 4EZ9A 3NF6A 1S9GA 4F8RA 2OTJN 3D6RA 3KK7A 1YT3A 2YKMA 1WSJA 1NKBA 4GNIA 1RTIA 4XH5A 2A1SA 5M1NA 1XWLA 3A5MC 1JXBA 5DK5A 3RTVA 1RGIA 4CJQA 5FPMA 1P8ZA 5M1QA 4DU3A 4IG0A 3ZSOA 5B8HA 4KHPK 3O9TA 4NB4A 3TSPA 2A41A 3KKSA 3D2EA 5LMUK 4HTLA 3QLHA 1S1XA 1TKTA 3N4PA 3SQ0A 1IG8A 4FJNA 2P9UA 3DM2A 4CECA 1LW2A 2RHKA 3SUPA 3QEPA 4B9LA 4FW1A 1IBKK 2E8AA 3KLFA 1VQPN 2JWKA 1KVBA 2V52B 3CYMA 3ZT0A 3DXMA 3DRRA 4NLBA 4CHYA 5AQIA 1SL2A 1X9SA 2QWMA 3AAQA 4FJ9A 1Z25A 3ZEUB 3SQ1A 4NXMK 3U9DA 1S1VA 3F9MA 4B08A 4CHNA 2E5LK 1VSDA 4XIUA 1E3MA 1MA9B 3MDQA 1S1TA 4PKHA 1ASVA 4BDYA 5FPEA 2NUBA 4JI7K 3SMPA 3SCXA 3DRSA 2IVOA 4CFCA 2KFZA 4CGHA 1NGAA 4FWPA 3A2FA 3LP1A 1NK0A 1D5AA 1J5EK 4JN4A 2NRVA 2P9KB 3DLHA 3FE1A 4BRQA 1IBMK 4BWJA 3RMAA 2JLEA 4BREA 1UAXA 3C6TA 1LWEA 3SQ4A 3CPWM 1EWQA 1W97L 1L3SA 1VQNN 4KTQA 4E7IA 2YHYA 2AP1A 2YI1A 1NNEA 3CCUN 2VWBA 2E2NA 3L0QA 3QERA 3MN6A 1YVUA 4KV8A 4C1NI 3QEVA 1N32K 4CBXA 3U3YA 3T7ZA 3CCJN 3PY8A 4CBUA 1ZYQA 1S5JA 4RW4A 3KK1A 1HKCA 1OVQA 4YHHK 4BDPA 4LFAK 4CEAA 1TAUA 4BQLA 2UXDK 1U49A 3CFOA 3O5BA 5SZTA 4B1WB 1VQ8N 4CIFA 4AHCA 3ID8A 2ITMA 1W9HA 4TSXA 4BRMA 4JK7A 4NO7A 4DV4K 1DGKN 3PIPL 2HHVA 3CI5A 2QK9A 5AQJA 5EVZA 5ADXH 2A3ZA 4F3OA 5C24A 4RW7A 1RTJA 4CJ5A 3BY5A 4IO9L 4JKBA 4CJRA 1BGXT 4Q0BA 1TKZA 5AZIB 1G15A 3KZBA 4BRGA 1N8RO 2YNGA 3C95A 4LSNA 1TK8A 3TAMA 3CCRN 4IBNA 3S3MA 4Z4IA 4CBWA 1KLMA 2CGKA 4LD0A 2WONA 2A40A 1H1VA 5BREA 3D2FB 2HVHA 4H4MA 3ASMA 1QHTA 2GUIA 4WQ4C 4CZLA 2J4RA 1C6VA 3S3NA 3MEGA 3ALYA 4FJXA 4IKFA 1BU6O 3WXMB 1S72N 4FO0A 4CD3A 1JLGA 3AVBA 3LDOA 4HTUA 3SMSA 3VEYA 3O4QA 3DMJA 1QTMA 4KFBA 4BC4A 1GLFO 5AQNA 4A61A 2HW3A 4QS7A 1QQMA 3BZCA 1WNSA 1HKBA 3MCAB 4E1NA 4WFBL 4Y1DA 1LW0A 3MN5A 4BR2A 1Y97A 2EX3A 3V4IA 2IVNA 4OO1J 3I55N 2UXCK 4NCBA 1QQOA 1JLQA 1C0UA 4WFNL 3V81A 4BVPA 4EZ6A 3P5JA 3VA3A 4C8LA 2FC0A 4WQ5C 3C94A 2D0BA 2E2OA 1BL3A 3U6FA 3M8QA 3UKRA 1O13A 3NGZA 3JXUA 3CF5L 1BDGA 4C8OA 1J53A 2KQ2A 1VQ6N 2VG6A 3OYFA 4FYDA 4YOTA 1VQKN 3MCPA 5I42A 5T7BA 2QXLA 3GG4A 2ASPA 2OYQA 3WUHA 4NYFA 3NGIA 4GY2B 2QWPA 4EHUA 2ZJPL 4CGJA 4YOYA 4LH4A 4K8ZA 2WTUA 4LC9B 1T6CA 4LSLA 3VERA 2D0PA 4CHQA 3R1XA 4FJHA 4EP5A 4CGFA 4JKHA 3O9SA 3C7NA 3THYB 3SPYA 3TAQA 1RT2A 2UUAK 3HJFA 1VSJA 2QXFA 1RDUA 2QKBA 1HNXK 1YI2N 1SS6A 3AARA 4M63C 5CE3A 2G8UA 1NKEA 1U48A 4HCCA 4CHPA 1CZBA 5AZJA 4J2BA 2P1JA 3HI0A 4WYBA 4QS8A 4CFAA 2VQEK 3J7ZO 4O8UA 5DMRA 3QEIA 4A5BA 3H3OB 4X62K 3GE1A 1N6QA 4AHTA 3V1RA 3G25A 3O9UA 1BISA 1TL1A 4B3OA 4H4OA 2BTFA 4CEDA 5J2QA 5C2DA 2F96A 2ZWHA 2PY5A 4OLAA 4I9QA 2YNHA 3JSMA 1QZ6A 1OH8A 3VF4A 3IG1A 2E1YA 2NNWA 4CJVA 3IRXA 3L2RA 4MQ3A 4AH9A 2QWQA 4N5SA 2D5RA 2OTLN 4B1UB 4DMNA 2NRWA 4BVOA 3BF3A 3I0SA 3N4QA 3G6EN 4NCAA 4DCHA 4BE0A 4O5FA 3MN9A 3DJCA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KH6 A;  4A5B A;  4A57 A;  3AGR A;  4JEP A;  4A5A A;  4KH5 A;  4KH4 A;  4A59 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WNH A;  4DV3 K;  2E1Z A;  3U8X A;  5DM7 L;  4I2P A;  4DR5 K;  3EN9 A;  4JKD A;  2W6L A;  1Y64 A;  3LAN A;  1YVN A;  3E9P A;  4GMJ B;  2OA8 A;  1LOT B;  3OYB A;  4HVJ A;  4YOU A;  4BR5 A;  3VQB A;  1IH7 A;  1LAW A;  4Z4G A;  4RW6 A;  3NH0 A;  5BPN A;  3TTD A;  2QWN A;  4G1Q A;  4BRO A;  4RCH A;  1MWK A;  3HVT A;  1NK4 A;  3OJU A;  3OHR A;  2X6S A;  4FZX C;  5AQL A;  4KKO A;  3CQX A;  3CXC M;  1IKW A;  3HRG A;  1SL1 A;  3SAH A;  1HLU A;  1NG9 A;  2O4G A;  4LF8 K;  3F73 A;  4DTP A;  4E1M A;  5BPL A;  1NGG A;  4R5P A;  5JVG L;  1VQO N;  1RTD A;  3UIQ A;  3VOV A;  3WEE B;  4JKF A;  2E20 A;  4LFC K;  3TAG A;  1TUU A;  4WQ4 A;  3AVC A;  3ZT1 A;  3THY A;  3VQ9 A;  4EP4 A;  4ZHR A;  2GBZ A;  1RDD A;  2IVP A;  3TTF A;  2E2P A;  4CZJ A;  2UU9 K;  4BRH A;  4B9N A;  5AR0 A;  2YHA A;  3K2P A;  5EX5 A;  2I5J A;  2IC3 A;  4JKC A;  1ITG A;  4DV6 K;  1M90 O;  1HPM A;  1C0M A;  1DEJ A;  3VEO A;  4BRI A;  3BGR A;  5F1X A;  5SWM A;  3E66 A;  3IUC A;  5M1K A;  3THX B;  4XH4 A;  3LZI A;  1WB9 A;  2IGI A;  4GW6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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