4JEPA

Crystal structure of toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 (ntpdase1)
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
597
structure length
574
Chain Sequence
GVDADTEKRINVGKTHLQTLRNLETRCHDSLQALVVIDAGSSSTRTNVFLAKTRSCPNKGRSIDPDSIQLIREGKRFTGLRVVLEEWLDTYAGKDWESRPVDARLLFQYVPQMHEGAKKLMQLLEEDTVAILDSQLNEEQKVQVKALGIPVMLCSTAGVRDFHEWYRDALFVLLRHLINNPSPAHGYKFFTNPFWTRPITGAEEGLFAFITLNHLSRRLGEDPARRNDLAGVVEVGGASAQIVFQEGTVLPSSVRAVNLQRERLLPERYPSADVVSVSFMQLGMASSAGLFLKELCSNDEFLQGGICSNPCLFKGFQQSCSAGEVEVRPDGSASVNEDVRKNRLKPLATYCVTNEMQCRENSIDPTKPLAERMKIENCSIIEGTGNFDKCVSQVESILVAPKLPLPANIEAASSGFESVDQVFRFASSTAPMFITGREMLASIDTLKDHRLLRSDFSGDVEELAEAAREFCSSEVIIRTDGPVIQLPNARGEQKLNSLNFDLCKTMALTVSLLRHMAAGENQPSFIKWEKSIAGPDGKPLADLGWQVGVILHHVLFTEEWGRTAYEAGYSHNLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Nucleoside-triphosphatase 2
publication title The crystal structure of Toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 represents a conformational intermediate in the reductive activation mechanism of the tetrameric enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Toxoplasma gondii
total genus 151
structure length 574
sequence length 597
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.15: Nucleoside-triphosphate phosphatase.
pdb deposition date 2013-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.530 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jepA01
3.30.420.540 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jepA02
4A5AA 4KH5A 3AGRA 4KH6A 4A59A 4A57A 4JEPA 4KH4A 4A5BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GELA 3DXKA 1W0HA 3Q7CA 4PL7A 3TAEA 4J2EA 1NMNA 1GLFO 2OANA 1NK5A 4M3ZA 3TTDA 4HCBA 1MDUB 3DLLL 4FJMA 4BRFA 4MLEA 4KRFA 3OVNA 4CFCA 2Q97A 1CLQA 4RW9A 3ID8A 3MK6A 3CPEA 5HOOA 1JLGA 5CE3A 2ZM6K 3JAMO 4ILJA 3ZT2A 2FBYA 3TABA 4CGHA 4QS9A 4O5BA 4DR7K 4H0YB 3I55N 2XO7A 4CFBA 3S3NA 2HHHK 3HOSA 1VSLA 1T03A 1BISA 3S3MA 3QEIA 4EP5A 5KQDA 3QNNA 5AFUA 2HHSA 4HTLA 2P51A 3HPOA 4NCAA 4CZLA 1E4GT 4BR7A 2Y1IA 5ADXH 5HROA 3QDKA 4Y1CA 1RBTA 4O0JA 1JLBA 2FSKA 1T05A 3NFAA 2OCEA 4DG1A 4E1JA 2NRZA 1U2VB 5FRMA 3NE6A 3H3OB 5DK5A 1IBKK 3MEGA 3NGZA 3THVA 3C6HA 4JKFA 4Q0BA 3F73A 4IWVA 4DUZK 1LWFA 3CHWA 4JN4A 3VQQA 2A5XA 2WBNA 5SWMA 2G8UA 1TL3A 1HMVA 1ZBLA 3KWGA 1WSFA 5T7BA 4B3RK 3SMSA 4FLWA 1LOTB 1D9FA 1WSHA 3QESA 4BWMA 2Z1GA 1EX4A 3VGLA 1LWCA 4I2QA 4W5NA 1BCOA 3SPZA 1MU2A 1SQKA 4F2RA 4CEOA 3D7EO 5AZIA 4B9QA 3L3VA 4CJKA 3KKSA 4IOXA 1KFDA 2VYPA 1TK5A 4CI6A 3PIPL 4KPYA 2D1KA 3CETA 1VQ6N 4C23A 5C25A 3LM2A 1SAZA 4YOTA 2EX3A 5FPNA 1VRTA 1GOBA 3KTQA 2ZGYA 3PIOL 1I3AA 2FSNA 4E1MA 3E9PA 3PX0A 3VEWA 3SQ2A 4FJ5A 2P9IB 1IKXA 4N56A 4KHWA 1WLJA 3ZCMA 3ZEUA 4A2AA 1RDWX 4DB3A 3QBWA 2UXCK 1A5WA 2E2OA 3A5MC 3HT3A 4QS7A 1HNVA 4H5RA 2D0CA 5EU7A 1HYZA 4JKGA 5EXWA 4YDUC 3ZSXA 1TK0A 1QZ5A 5KRSA 4BRMA 3RMCA 3OTOK 3TPQA 2HHQA 1X1PA 3EZ5A 4H0TB 3LDOA 4B3MK 3M1FA 4V19S 3C6UA 4KHSA 3IG1A 4B3OA 4IFVA 3THWB 3C65A 4W5RA 3EZWA 5AQQA 4CIEA 3OYCA 3EY1A 1L3TA 1DTQA 3KVGA 3HOTA 4AM7A 1TUUA 3ZX3A 4CGDA 3L4IA 2ZJQL 3OS0A 2VCPA 3LPUA 3JSMA 1T6CA 1IKWA 1RTJA 4O8KA 3OW2M 3W0LA 2IDOA 1TAUA 4KH5A 4DTNA 3SBTA 4RG8A 4ELVA 3TI0A 1U49A 2B5JA 2VGNA 3EYZA 3VA0A 1IBMK 4WQ5C 2D5RA 4FJLA 3R1XA 4BR2A 4L3QA 3ENBA 4LF5K 5AQSA 4DTRA 4ILGB 4KTWA 3AO3A 1Q9YA 3LANA 1HX1A 2GUIA 4LSNA 3E9OA 4IJNA 2Y1JA 2KTQA 1KCFA 3G0ZA 1YHQN 4NCBA 3CYMA 3EL2A 1NGGA 2ZQBA 2RN2A 4NYFA 4CEAA 2F8SA 4CHQA 1SKWA 1TL1A 4LF6K 4IOAL 3PV8A 4ELTA 4IOCL 2AA4A 4CZJA 4MO5A 3SJHA 1BCMA 1KVCA 2IS3A 2ZJRL 1VQPN 3MECA 5DM7L 4HHTA 1U4BA 3MN5A 4OO1J 1ASVA 2QTDA 1WAFA 1Z25A 5AFUH 4CJTA 1BGXT 4OKJA 3H08A 1UOCA 5AZJB 5HLFA 5E26A 4WYBA 3MXIA 3CJAA 1HNIA 5M1OA 2P9NB 1IO2A 1T3VA 4DF4A 2B6AA 4DTXA 1K8KB 3CD6N 3HI0A 4DTMA 1S9GA 2CGJA 2QWLA 3FZFA 3NVKA 4B9SA 3MWTA 1ZXOA 1SL0A 3NH0A 5GAHP 1QHAA 4FJNA 4X62K 1BG3A 1OKJA 2P9PA 2BDPA 3SMPA 3AV9A 4MDBA 3ENOA 5AQZA 3L2UA 3M8SA 4EZ9A 2IGIA 1SZ2A 2KLAA 1A5XA 2Q31A 3VQDA 4YOXA 5A2QO 2PYJA 1GLLO 3NF9A 5KTQA 3I56N 2KFNA 3U4LA 3DOLA 4Y0WA 3CM6A 4M7XA 4JI0K 2Q36A 3QIPA 3AA3A 4X65K 1RILA 3ZLJA 1VSKA 3CM5A 4DCHA 4CJRA 3OYMA 3FE1A 5KPZA 1BQMA 4JHDA 3O9SA 4Y1DA 1HYSA 1X9JA 3O4NA 5M1NA 1DTTA 1QQMA 3K9KA 3VQCA 1B9DA 2NRXA 4FJXA 4ICLA 4Z4CA 2D0PA 3AARA 4EAHD 2P9UA 3NMUA 1RT2A 2P9KB 3ENHA 2O8CB 1RT6A 4WCEL 2P1JA 2KFZA 3GL1A 5BR8K 2VG7A 2KKZA 4ZTFA 4CJSA 3DOKA 3AY9A 3VF4A 2XY5A 3T3FA 2G8IA 4FWMA 4F8RA 3T1AA 1EXQA 3TAPA 4K25A 3L8BA 5GIOA 4DFJA 2A1SA 4XH4A 4FLYA 4J2DA 2HMPA 1NKEA 1HNXK 3P31A 2ZWHA 3VEOA 3THYB 1H1VA 4PKGA 3AVKA 4ILHA 3ASMA 1C1CA 3GOIA 4NB4A 2QA4N 2E4LA 3ULEB 4ZTJA 2OA8A 1NLVA 2BH1A 2AP1A 3DRPA 3MDQA 4O55A 3SI6A 4XH1A 4FZZA 5CY4A 1J5OA 3PSIA 4FOEA 4CJWA 4NXNK 4KH4A 4BY9C 4K43A 4B3SK 1RDBA 2XRIA 1W2BM 2V7YA 1X3MA 3HYFA 3ID6A 1KC8O 3THXA 3VF6A 4A59A 4CBUA 3OYJA 2HVIA 3CMAN 3DXMA 1HKBA 3TR8A 4CK2A 1U47A 3SBGA 3B6PA 2ITGA 4I6MA 1UWBA 1NNEA 1RBRA 1MA9B 3SUPA 4JYAK 4CJQA 5JLHA 2ZF5O 1CZ9A 3O1WA 3AA2A 4LFBK 5BPMA 4NXMK 4KBOA 4J8FA 1WBDA 3ZT0A 1Q81O 1K9MO 5ADXA 3SCXA 3A8YA 3DM2A 4DV3K 3KK1A 3J80O 3U3GA 3O3FA 2E1YA 4BG9A 3O9RA 1BI4A 5KQ8A 4DQ8A 4XIUA 3U3YA 3D2FB 1YF5L 3UKUB 4DQIA 4K8XA 1KTQA 1QQNA 4GW6A 1QSYA 3BEXA 1L5UA 3UKRB 3M8RA 1N8RO 2GX9A 3AGKA 1U6ZA 3L6QA 1OVYA 3QFPA 1LV5A 2DFHA 1YI2N 2JWKA 2IIRA 3MX2A 2F9WA 5C2FA 3OHRA 3QICA 1IH7A 5EY4A 1YVUA 3VN5A 2DFFA 3CCSN 4CCHA 4OPKA 4DFKA 4LF9K 3SV3A 2KZZA 5CHIA 1RCHA 4E7LA 2BE2A 1S3XA 4JKAA 3DLEA 5KGWA 3OBWA 2UUBK 2OZSA 3GG4A 2H3GX 4K8ZA 4FCYA 2W6KA 1P8ZA 4FYDA 1P90A 3TTFA 4BRDA 3LDNA 3K58A 4RW8A 3LDQA 2CH6A 3HL8A 3T1HK 3AVGA 1CXQA 4B1UB 5AJ3K 3VQEA 4A62A 3IAYA 1C1AA 3VF2A 4DLGA 1JCFA 3EKUA 3LP2A 5MLCQ 4KHPK 1O1WA 1V4TA 2NRHA 5FPMA 1UAXA 3I8BA 2P9LA 5CR4A 5FLXO 4BRLA 5AQNA 2P5GA 2PYLA 3QNOA 3VQAA 1JLAA 1IG9A 4CECA 5HP1A 2GEMA 4FVUA 4RWTA 4HUGA 1XHXA 3T1YK 1J6ZA 1KD1O 4BE0A 4RCHA 3VQ4A 3VTIA 4F2SA 4DS4A 4DV2K 3S3OA 4DSLA 2QKKA 1TUYA 5AQFA 1U48A 5EOYA 4WFNL 3M5RA 1T44A 2GWKA 1XMQK 1TYQA 1J54A 1NGCA 1U2VA 1QVGM 1YJWN 4FJ8A 1RBUA 4FWQA 3TAFA 5F1XA 1F21A 4BR4A 1ATSA 3VESA 3WXMB 1YJ9N 1JLEA 4DV7K 4RTFD 5F2RA 4JD2A 1FJGK 4FWRA 4W5OA 1VSFA 4H8KA 3K9JA 4FM1A 4JI6K 5C0YA 4OX9K 1KAXA 5AQYA 3VQ8A 3VQPA 4CZGA 1LW0A 4BRAA 4LF4K 3P1GA 4KTQA 2WUSA 3RSEA 2XHBA 2R7YA 3NH2A 4X66K 4FK0A 2HBKA 1RT3A 2YHYA 1OH7A 3I0RA 1GOAA 5AQTA 2F7TA 1TAQA 3CJBA 5M1FA 2AJQA 1ATNA 5AQUA 3CJ9A 4DTUA 2UXBK 3H3NO 5I3UA 3ZSWA 1LCUA 3V9ZA 2LSNA 3AVCA 1WAJA 1BIZA 2A3ZA 4FL9A 4DQRA 3SAHA 1DGKN 2W40A 5AQOA 4BG8A 2O4IA 4WE1A 3CJCA 3HXMA 1Q18A 3O80A 2O8FA 2HB5A 3OYBA 2P9IA 3SAFA 4B1XB 5AQWA 4RW4A 4YDUA 3L2RA 4DSJA 5D3GA 3GBTA 3O9QA 4DHYA 3D2EA 4JRQA 1JJ2M 4FJIA 3O08A 4DQQA 1JLCA 2Q0UA 4OKKA 4BACA 2QWOA 3AVIA 4JS5A 1QQOA 1RT1A 3B8AX 3OJUA 3AO4A 3BY5A 3B6OA 1C1BA 1NGDA 4FO0A 1XUPO 3MCAB 4FXDA 3THWA 4QS8A 3NF6A 1VAZA 1XI1A 4A5BA 2YNFA 5AQPA 2YNIA 3VGKA 3AAQA 1C6VA 1QS4A 1RDUA 4Z0UA 3SUQA 3H6EA 1VSHA 4M45A 2XY8A 2JWLA 3SQ4A 4BE1A 3EO3A 1EWQA 2RE2A 4WQ5A 5ELZA 4FLUA 5AQKA 4F9OA 4A5AA 4J2AA 2D0OA 4DSKA 2QXLA 5JICA 5HRPA 4FJJA 4IJAA 4TSXA 4CEBA 4FVMA 3PO4A 4JI3K 3WNEA 3RMAA 1S9EA 3H45C 2HBJA 3AA5X 1D8YA 4PKHA 3K5MA 1TVRA 3OYIA 3RMBA 4BROA 3QEPA 3KLEA 2YJEA 1YTUA 4CZEA 3WNHA 4FM2A 3OY9A 2P9SA 4OLBA 3KLHA 3EE9A 5I42A 4B9TA 2WOMA 1D4XA 3KD5E 4KO0A 5HRSA 1K73O 1LAWA 3D6RA 3KZBA 3V4IA 2YJFA 3WEEA 3QEVA 3OYDA 3EKSA 5K14A 2NRVA 4CGFA 4CJPA 4YOWA 1WOQA 2FBXA 5AQRA 3SUOA 3VOVA 5J2NA 1JKHA 4BGAA 3CC7N 3CPWM 5AZJA 1VRUA 4BRCA 1T6DA 4B9VA 1FW6A 3CJ7A 4EHTA 1NGIA 2P9NA 3E1YA 4CIFA 3HM9A 2ASOA 1SKRA 1KAYA 3F9MA 2QEXN 5HRRA 4CEEA 2F8TA 3VPZA 4OPHA 3S41A 2VQFK 5J2MA 2G8KA 4CJ4A 4E19A 1ILYA 2OPQA 3CFPA 5CZ1A 3OYEA 3KLGA 2V7ZA 4KV8A 3U6FA 2FF3B 4E7IA 3U9ZA 4GVMA 4DR3K 4JK8A 3VENA 4A2BA 4E7HA 3HTVA 2E2NA 4DTPA 1WUAA 3C7NA 4OGEA 1ASUA 4AHTA 4E3SA 1Z05A 3KK2A 4H0XB 5JVGL 4FZXC 4GKKK 2VGMA 4W5QA 3AO5A 4CD1A 1L3SA 1QSSA 2Z1IA 4CHOA 1NMDA 3AVBA 1BO5O 3L2VA 4PA1A 4BVPA 4FJHA 4JKCA 1X9MA 3R8EA 1J5EK 3ZSVA 3A2FA 3AGRA 5F0XA 3SZ2A 2CGLA 3T19A 3EN9A 3IMXA 3OBYA 4GV3A 3LL3A 3HP9A 3C95A 3E9LA 1KVAA 3HP6A 3M8QA 5BN9A 1B9FA 2RF2A 4NLCA 4CHPA 3JYTA 5DM6L 1I39A 5C2DA 2ZJPL 2O8CA 5DMRA 4CJ5A 1HRHA 2E1ZA 3TSQA 3SQ1A 1I94K 3LM9A 3N4QA 4JNEA 3D45A 1EETA 1NGAA 1E4FT 2DTUA 1L3UA 4F3OA 2KZMA 3BDPA 1YTAA 2J4RA 3V9UA 3KD1E 2P5OA 4G9ZA 3ZT1A 4JKHA 4CJUA 1ESVA 2F4VK 2XY7A 1ITGA 4FWOA 4OLAA 3CC4N 1VQ4N 2W42A 4DQSA 4N5SA 4G1QA 3BZCA 3QB0A 4E1NA 4KHYA 2O8EA 5C12A 2PAVA 3ZETB 2HSTA 4W5TA 1IKVA 3MAQA 3KIOA 1VQON 4DWIA 3FLCO 3ITHA 4YNQA 4DR4K 4LFCK 3WUHA 1X9WA 3NHGA 3TANA 3ZYYX 2BANA 3AO2A 2O8BA 1S1UA 4FZYA 4OPJA 2QW9A 3DLBA 1NBWA 3NH1A 3G4SN 1NGBA 3CXCM 3DJCA 2G8HA 4M7YA 4E0DA 3O3HA 2A42A 1JL2A 3RVCA 2WTUA 4BC5A 3HRGA 3KHYA 4DUYK 1HYVA 2A6AA 4DFPA 4JI2K 1A5VA 1RTHA 4C8OA 4H0PA 3M3ZA 4CK3A 5JS2A 5BPNA 1C0UA 3T69A 4BC4A 2HNZA 3CCUN 1SL1A 4RW6A 3RR8A 3V1QA 3CCLN 1JXBA 4FPBA 2ZE2A 1JXEA 4DMNA 1EWRA 3QLHA 3MN7A 2RKIA 2YHBA 2GV9A 2HHWA 5I9EB 2Z1JA 1GLBG 4N47A 4JLHA 4CZIA 2HBLA 4I2PA 4DSIA 4Z4IA 4CF2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4A5A A;  4KH5 A;  3AGR A;  4KH6 A;  4A59 A;  4A57 A;  4JEP A;  4KH4 A;  4A5B A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2GEL A;  3DXK A;  1W0H A;  3Q7C A;  4PL7 A;  3TAE A;  4J2E A;  1NMN A;  1GLF O;  2OAN A;  1NK5 A;  4M3Z A;  3TTD A;  4HCB A;  1MDU B;  3DLL L;  4FJM A;  4BRF A;  4MLE A;  4KRF A;  3OVN A;  4CFC A;  2Q97 A;  1CLQ A;  4RW9 A;  3ID8 A;  3MK6 A;  3CPE A;  5HOO A;  1JLG A;  5CE3 A;  2ZM6 K;  3JAM O;  4ILJ A;  3ZT2 A;  2FBY A;  3TAB A;  4CGH A;  4QS9 A;  4O5B A;  4DR7 K;  4H0Y B;  3I55 N;  2XO7 A;  4CFB A;  3S3N A;  2HHH K;  3HOS A;  1VSL A;  1T03 A;  1BIS A;  3S3M A;  3QEI A;  4EP5 A;  5KQD A;  3QNN A;  5AFU A;  2HHS A;  4HTL A;  2P51 A;  3HPO A;  4NCA A;  4CZL A;  1E4G T;  4BR7 A;  2Y1I A;  5ADX H;  5HRO A;  3QDK A;  4Y1C A;  1RBT A;  4O0J A;  1JLB A;  2FSK A;  1T05 A;  3NFA A;  2OCE A;  4DG1 A;  4E1J A;  2NRZ A;  1U2V B;  5FRM A;  3NE6 A;  3H3O B;  5DK5 A;  1IBK K;  3MEG A;  3NGZ A;  3THV A;  3C6H A;  4JKF A;  4Q0B A;  3F73 A;  4IWV A;  4DUZ K;  1LWF A;  3CHW A;  4JN4 A;  3VQQ A;  2A5X A;  2WBN A;  5SWM A;  2G8U A;  1TL3 A;  1HMV A;  1ZBL A;  3KWG A;  1WSF A;  5T7B A;  4B3R K;  3SMS A;  4FLW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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