4JEPA

Crystal structure of toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 (ntpdase1)
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
597
structure length
574
Chain Sequence
GVDADTEKRINVGKTHLQTLRNLETRCHDSLQALVVIDAGSSSTRTNVFLAKTRSCPNKGRSIDPDSIQLIREGKRFTGLRVVLEEWLDTYAGKDWESRPVDARLLFQYVPQMHEGAKKLMQLLEEDTVAILDSQLNEEQKVQVKALGIPVMLCSTAGVRDFHEWYRDALFVLLRHLINNPSPAHGYKFFTNPFWTRPITGAEEGLFAFITLNHLSRRLGEDPARRNDLAGVVEVGGASAQIVFQEGTVLPSSVRAVNLQRERLLPERYPSADVVSVSFMQLGMASSAGLFLKELCSNDEFLQGGICSNPCLFKGFQQSCSAGEVEVRPDGSASVNEDVRKNRLKPLATYCVTNEMQCRENSIDPTKPLAERMKIENCSIIEGTGNFDKCVSQVESILVAPKLPLPANIEAASSGFESVDQVFRFASSTAPMFITGREMLASIDTLKDHRLLRSDFSGDVEELAEAAREFCSSEVIIRTDGPVIQLPNARGEQKLNSLNFDLCKTMALTVSLLRHMAAGENQPSFIKWEKSIAGPDGKPLADLGWQVGVILHHVLFTEEWGRTAYEAGYSHNLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nucleoside-triphosphatase 2
publication title The crystal structure of Toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 represents a conformational intermediate in the reductive activation mechanism of the tetrameric enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Toxoplasma gondii
molecule tags Hydrolase
total genus 151
structure length 574
sequence length 597
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.15: Nucleoside-triphosphate phosphatase.
pdb deposition date 2013-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.530 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jepA01
3.30.420.540 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jepA02
4A5BA 4KH5A 4KH4A 3AGRA 4A5AA 4A59A 4KH6A 4JEPA 4A57A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WNSA 3CD6N 4XIUA 5BREA 1X3NA 1ZBUA 2NRRA 3NDKA 5JVHL 3AVMA 1VQ8N 1L3UA 4MQ3A 3SPYA 4CCHA 5FDLA 4DQPA 3ZSVA 4W5QA 3JXUA 1ZC6A 3VA0A 4DTNA 1N34K 3CM5A 3NH2A 2JWLA 4ELVA 4LF4K 4E7LA 4KH5A 3ZX0A 3P1GA 4JNEA 3DRSA 1KLMA 3OJSA 4AQYK 1EP4A 2F7TA 4JKCA 1BCMA 1WSIA 3TTDA 1S9GA 3ZX2A 1SKSA 1E3MA 4L3QA 1LWEA 3ZSOA 1HQEA 3NGIA 4Z4FA 3Q7BA 3OYHA 4CEEA 4OPJA 2HHSA 2Q0RA 4BREA 4EHTA 2HBKA 3SK3A 4BG9A 1GLEG 3SAHA 3DLBA 2PY5A 4DV3K 4DWIA 1KAYA 5M1OA 1YJNN 2QWOA 1KAXA 4BRAA 1HNXK 4JRPA 1WBBA 3QBXA 1YF5L 5AQJA 1KVAA 3NH1A 3CQYA 2YHXA 2Z1JA 2DFEA 5EX5A 4JS5A 4DUYK 3CJCA 1XMOK 4BDYA 1QS4A 3S41A 3QBWA 4IFVA 2P9KB 3ZSZA 2Q3SA 1ZBHA 1NMNA 3H1QA 4FLWA 3ALYA 4E7KA 3LDNA 2QK9A 1TVRA 3CCUN 3FLCO 1T6CA 2F9WA 3TSPA 5SWMA 4BRDA 3ZT3A 4BWJA 3AVNA 3U3GA 4DS5A 1ZBIA 4Z4CA 5CE3A 1TYQA 4NCBA 1H1VA 3K2PA 4UY8O 1CXUA 3VMFB 4IXCA 3DMJA 4B8CA 1VQLN 5AQHA 1NGAA 3LPTA 1HPMA 3IG1A 1VK0A 3SPZA 2P9NB 1VQKN 1QSYA 3SMPA 3HJFA 3NFAA 4LH4A 5DMRA 1ZBFA 4N47A 3WXLA 2R7YA 3U9DA 4FLUA 4KBOA 3ITHA 1Q18A 1D5AA 3OBWA 3P38A 4IO9L 4KHQA 2A5XA 3CCVN 1ITGA 3K9KA 4KREA 3CPEA 1U2VA 3A5OC 3RMAA 3M6GA 3S3NA 4A57A 1NK9A 4FZZA 1SQKA 4JK9A 5LL6Z 4IG0A 4E19A 3HVRA 1B9DA 2GTDA 1YUWA 4BR7A 3KLEA 2UU9K 3QICA 3CJBA 1KD1O 2ZGZA 4CVNE 3RMCA 1X3MA 1N8RO 4KI6A 3H45C 4IDHA 2ITGA 4F3TA 3A0IX 1CZBA 3V9UA 4GVEA 1SKRA 3V1RA 1VQMN 4A5BA 2XO7A 1JKHA 2XY5A 5AQWA 4BRFA 3PX4A 4FM1A 2WFBA 1NBWA 1KVCA 2D5RA 3TAGA 2YV0X 3UKUA 5HRSA 1WSHA 1JCGA 2P9IB 2YNHA 1XI1A 2QWRA 4O5BA 2BTFA 3SI6A 1MWKA 3L0QA 4GV3A 2PYJA 4GV6A 4E7HA 3MEEA 1VQ4N 3QETA 4FK4A 4RW8A 2NRVA 2RHKA 2HBJA 2VWJA 3SLCA 1RT7A 3M5RA 4CZGA 3OYLA 2G8HA 4CZMA 1G99A 2WUSA 2O8DA 4NCGA 4LF6K 4PKIA 4CEOA 4B9MA 3T1YK 3PX0A 4FVUA 4CFBA 4O5FA 1KSPA 2OTJN 2VWBA 1N33K 1RDAA 2KFZA 4U67L 3R9PA 3CM6A 3N4QA 2Q0UA 3IMXA 1W7AA 2CGLA 4BRLA 4XEIA 5EXWA 3THWA 4WFNL 1IKYA 1KVBA 3LM2A 4ZTFA 3G71N 2PYLA 4I6MB 4J2EA 4FXDA 3KLHA 1NKCA 3TARA 3OYJA 5C15A 3AA2A 2KLAA 3Q7CA 4FPBA 4H8KA 3QESA 4IOAL 4DR7K 3AVLA 1Q86O 3OW2M 4JHDB 4YNQA 4OGEA 2G8FA 3SMSA 2D4WA 4DV2K 2OA8A 1D8YA 4B9TA 3QFUA 3TAFA 4GKJK 3DLEA 4DSFA 3EZ5A 4PKHA 4AHRA 4CEAA 1IBKK 2Z1IA 1TKDA 1S9EA 3CERA 3ZSRA 3THYA 3WNHA 1RT5A 1T05A 1IO2A 1RDBA 3QMLA 4XH4A 1NNEA 1BQMA 3AA4A 5JICA 2OPRA 3VQ6A 1TK0A 2OANA 4XH5A 2HMIA 4FL9A 5KQ8A 4O55A 2YJFA 4OKJA 2IGIA 2BE2A 3LP1A 3CJ7A 1NK4A 2YKNA 3WEEA 3ZEUA 1ZXOA 3EE8A 1C1BA 1WLJA 4BE1A 4CI6A 3TWHA 3AVIA 2XY7A 4N76A 1S1WA 4H5NA 1K9MO 3LWLA 4UQGA 3TPQA 2NRXA 4FZYA 3AVHA 3HPHA 3BF1A 4CHQA 3MEGA 3M1FA 3I55N 2VWKA 1LAVA 2NLXA 5M1NA 3O3HA 3WNFA 3NGZA 3C94A 1YJWN 1EX4A 4JKGB 5ELZA 4I9QA 4FWQA 4B1WB 1TK5A 4E89A 4CZFA 4JAXA 4J2AA 1LCUA 4CEZA 3BF3A 5AQXA 3F73A 2A1SA 4O8UA 4WQ4A 1XHZA 4C8OA 4C1NI 4H0YB 4Y1DA 1BGXT 4BVOA 3E9PA 4CJSA 1JLEA 1P8ZA 3MMVA 3S3MA 3KLGA 3ULEA 3H6EA 1NGEA 3KK7A 1Z25A 4LFAK 4K8ZA 1T44A 5FRNA 3K5NA 4NXMK 3KHYA 4ID1A 1GLFO 1VHXA 2ZJPL 3MXIA 2ASOA 5BRFA 4O0IA 3CC7N 2E8AA 3DLHA 2YHYA 2V7ZA 1CZAN 1GOBA 2JGUA 2DFHA 3O9SA 4JKHA 3NBPA 3D2EA 5C2DA 4LF8K 3ATVA 4FLTA 3QEIA 1NK7A 3C6UA 4I2QA 4IOCL 1MWMA 1RDDA 3TSQA 4B9UA 1WSJA 2KQ2A 3CCRN 1MU2A 4RG8A 3EKSA 4YOTA 1NK8A 3WNGA 1XHXA 3ZT4A 3HOTA 2G8WA 2OPSA 4HCBA 1QE1A 3G6EN 5KTQA 3FGUA 1OVQA 2ZQBA 3KJVA 4B8AB 2HVHA 5C10A 4CF2A 4FWRA 4U7BA 4WQ5A 4JI8K 3R3LA 4CGJA 4CJ7A 4EHUA 2VYPA 1ILYA 3HBTA 4FJ9A 1RBVA 3VESA 2W41A 2KFNA 5E84A 2O8FB 3PO4A 1TL3A 1VQON 3RVCA 2RPIA 1XNQK 3A5MC 3ZYYX 1WBDA 1NMDA 1KCFA 2E88A 5BPLA 1BDGA 4DTXA 3VOVA 5GIOA 4CGFA 3ZLJA 1C0FA 3HM8A 1X9JA 3NHGA 3CCJN 1Z26A 3SCXA 4KHPK 3VPZA 2P9PB 3S9HA 1UA0A 3NVKA 2FBYA 5FPNA 4LF7K 1QZ5A 1TV6A 4HUGA 4W5RA 3O3FA 1S22A 4IFYA 1YJ9N 4DFJA 2QXLA 3SUNA 4M63C 3VQBA 1N6QA 3T1AA 3HP6A 4XH1A 4KTZA 3CI5A 4DR2K 1S5JA 2HB5A 4JK8A 4DR5K 3GBTA 1I3AA 4KHYA 2E2OA 5J1EA 4DUZK 4DTJA 1YIJN 2P9KA 1YXQA 3L3VA 4BGAA 1HLUA 3CFPA 2AA4A 3F5TA 4PKGA 1ASVA 2FBVA 3O4WA 3NGYA 3EZWA 4EFHA 2QWLA 5LMUK 1WN7A 3O3GA 2NNWA 3LANA 3JSMA 1UA1A 3CETA 4NB4A 3C0BA 4GMJB 4BR5A 3S3OA 4DF4A 4HUEA 2WC9A 3FE1A 3D7EO 5JLFA 1Q8IA 2P9NA 3THVA 3RSEB 2YNIA 3OS2A 4RCHA 5FROA 1RFQA 3EL2A 2E6LA 3ID6A 3WT0A 2OYQA 5TKYA 3WXKA 1J9AA 2QKBA 4FJLA 3SUOA 1TKZA 2AP1A 1SZ2A 3QIPA 1BG3A 4FSVA 3G0ZA 5KPZA 1RBUA 3NVMA 4DV7K 1Q81O 4FW2A 1MDUB 2UUCK 4YOXA 1HQUA 2YI1A 4LFBK 1GOAA 4FWLA 4F9OA 1XNRK 2CGKA 3TABA 1YI2N 4BE0A 4AM7A 3KVGA 5AZJB 4OPAA 2QWQA 2V51B 3FZFA 3V4IA 4CHPA 1RTHA 4GV9A 1XQSC 4BE2A 4PUOA 2RN2A 4FJIA 4CF1A 3VETA 1OH7A 4AHUA 1JXEA 4GKKK 1TK8A 1LWFA 2E20A 3HXMA 4DU4A 4QCLA 3CQXA 3HP9A 1C1AA 2GWKA 1TKTA 1L3VA 4WFAL 5JVGL 4ILHA 1L3TA 3BGRA 3MCAB 3KLIA 3MXJA 4B1ZA 3CMEN 3L2UA 4CJ4A 3VQ5A 4OX9K 3KWIA 1T7PA 1RT3A 1YVNA 1UAXA 1RDCA 3HZ6A 1EWRA 4CW7B 3DLGA 4YDUC 3M8QA 3CC2N 4CZJA 1IJJA 4DQSA 2HW3A 5AQSA 3IAYA 4QAGA 1U48A 2IOCA 2V52B 2IS3A 3CJ1A 4FLXA 4OO1J 3MEDA 4ELUA 4H4MA 1XUPO 2ZGYA 1TKXA 4FZXC 4ZTJA 5FRMA 4BC5A 5KRSA 1NJYA 4CFAA 3LALA 4JI0K 4G9ZA 3SBGA 1REVA 4N56A 4Z4HA 3OYKA 3LWMA 3AVGA 3QEXA 2NRHA 4CJPA 3MWPA 3HSCA 2HBMA 1MA9B 4BVPA 2D0AA 4KHUA 3O8MA 4MO5A 1XWLA 4I6MA 4M7XA 4EP4A 5TKWA 4Z94A 4FK0A 2E2NA 3F2KA 3H3NO 1S72N 1A5WA 1U4BA 2E1YA 2FSJA 3O4NA 5B8HA 4BRCA 4JHDA 4O44A 3L2WA 1QQCA 1ZBSA 3VQCA 4KHWA 4DLEA 3K59A 5AZIA 3BDPA 1NGCA 3L8BA 4CFDA 3D2FB 1BQNA 2P5OA 3VF6A 1WUAA 2Q36A 3VQ4A 1M1KO 2P9UB 3D6RA 4CZHA 4DQQA 1VAZA 4B9LA 3HT3A 2UXDK 3LPUA 3HSTB 5AQZA 3WXIA 3NH0A 1SL1A 4JKEA 1QVFM 1D9DA 4B9SA 2D0OA 3A8YA 1VSMA 3ZT1A 2F8TA 4H0XB 3MECA 1V4SA 3SQ0A 4CZEA 4LSNA 1IG9A 1C0TA 4DTMA 2O4IA 1YAGA 4FK2A 2A41A 3R8EA 4JI4K 4KKOA 3G4SN 3DOKA 3VEWA 3K5MA 5AQYA 3GL1A 4A2BA 4RW9A 2W6LA 1JLBA 3RRGA 2KTQA 4JYAK 3C7NB 2UXBK 3MN6A 4X66K 4RTFD 1BIUA 4IO8A 5AQMA 3KLFA 5BN9A 3CF5L 4DTUA 3ZSQA 1GLCG 3R1XA 4A62A 1GLBG 2HHHK 4OJRA 4M42A 1A5XA 3VEZA 3WQUA 1HNIA 2VGNA 5CHIA 5C2FA 4KFBA 3VTIA 5HRNA 2QI2A 4JK7A 1VSIA 5C12A 4CF9A 3K0SA 1V4TA 4B1VA 2P5GA 2G8IA 1FXXA 1HKBA 2ZF5O 3J7YP 3FZKA 5JS1A 3RWUA 2O8BB 3C95A 1BA0A 4RW7A 5IT9O 1TGOA 3VF4A 4M3UA 4LF5K 1QQMA 2V7YA 3MN5A 4AM6A 3VGMA 3CCEN 1HJRA 4WCEL 3SAGA 5F0XA 1LAWA 1EQYA 3DJCA 2O8CA 4CIEA 1TL1A 2I7PA 2NRTA 4BG8A 5AFUA 3V9SA 1LOTB 2E5LK 1VSJA 4JN4A 4YHHK 1U6ZA 5HL7L 4LH5A 2HHQA 1VSDA 1T3VA 4E1NA 1HNWK 4C8KA 1RTDA 3M8PA 2G8VA 4A2AA 3CCMN 3G10A 1RNHA 2BDPA 2CH6A 1SAZA 3K57A 3C6AA 3QO9A 4FJJA 3PSFA 4CGHA 3NMUA 3NCIA 1QSSA 3J80O 4RWTA 3WXJA 3AVKA 3V9ZA 4CJ3A 2HBLA 4EAHD 3RR7A 1YHQN 1HNZK 3LAKA 4BACA 1RT1A 3OYEA 3AVAA 1A5VA 4BDZA 4DB3A 4DR1K 1S3XA 1S1XA 3DLRA 5E41A 2HHVA 4W5NA 2GUIA 4CIGA 4F4KA 5FPEA 3VQ7A 4LC9B 3TAQA 3ZSXA 1KFSA 2AJQA 2I5JA 1S6QA 3MN9A 3O1WA 2QM1A 3RMBA 2P9PA 1E4FT 3NF6A 2HHUA 4JKFA 2KKZA 4ELTA 4ICLA 4BR2A 1FKOA 4DTOA 2D1KA 1CXQA 1RT6A 2PBDA 4K0KK 4IFEA 5KQDA 5HRPA 5KGXA 4DSJA 1JJ2M 3EN9A 4AF1A 1X1PA 4KH6A 4BQLA 3O9UA 4CGGA 1NG9A 1J5EK 4JI5K 3JYTA 4FLYA 3SQ4A 5AQOA 2OPQA 3FR0A 1TAQA 3UB5A 3IDHA 3SV4A 3CC4N 4AH9A 4KPYA 5DK5A 3CCQN 1EWQA 2HHWA 3DXMB 1K8AO 1VQ7N 3NE6A 2OZMA 3KKSA 4EZ9A 3R6MA 3JS6A 4FVMA 4B3SK 1WSEA 3RSEA 1HUXA 1HKGA 2UYTA 4CJVA 2PZSA 1KFDA 2YHBA 5CY4A 3HL8A 4DV5K 5LMNK 1VSHA 2BGGA 3HPGA 4YOWA 3PUFA 3DLLL 4JRQA 1WSGA 2HF4A 3ZCMA 2ZJRL 3KD5E 4IOXA 2E2PA 2E2QA 1QHTA 3LAMA 2W42A 4BR9A 3E9OA 3TI0A 1BO5O 2VGMA 4BC4A 4CEDA 1SL0A 4PY5A 4NYNA 4CJLA 1J53A 4YFUA 4CBUA 4FWPA 4FPAA 4BR4A 3QB0A 1NLVA 4CFCA 3OYAA 4H0TB 3ENOA 2OTLN 3CQ8A 2X74A 5AZJA 4WE1A 4CJRA 1IBLK 3D45A 5BPNA 1I39A 2P51A 1BIZA 4FOEA 5GINA 2HNDA 3IS9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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