4JEPA

Crystal structure of toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 (ntpdase1)
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
597
structure length
574
Chain Sequence
b'GVDADTEKRINVGKTHLQTLRNLETRCHDSLQALVVIDAGSSSTRTNVFLAKTRSCPNKGRSIDPDSIQLIREGKRFTGLRVVLEEWLDTYAGKDWESRPVDARLLFQYVPQMHEGAKKLMQLLEEDTVAILDSQLNEEQKVQVKALGIPVMLCSTAGVRDFHEWYRDALFVLLRHLINNPSPAHGYKFFTNPFWTRPITGAEEGLFAFITLNHLSRRLGEDPARRNDLAGVVEVGGASAQIVFQEGTVLPSSVRAVNLQRERLLPERYPSADVVSVSFMQLGMASSAGLFLKELCSNDEFLQGGICSNPCLFKGFQQSCSAGEVEVRPDGSASVNEDVRKNRLKPLATYCVTNEMQCRENSIDPTKPLAERMKIENCSIIEGTGNFDKCVSQVESILVAPKLPLPANIEAASSGFESVDQVFRFASSTAPMFITGREMLASIDTLKDHRLLRSDFSGDVEELAEAAREFCSSEVIIRTDGPVIQLPNARGEQKLNSLNFDLCKTMALTVSLLRHMAAGENQPSFIKWEKSIAGPDGKPLADLGWQVGVILHHVLFTEEWGRTAYEAGYSHNLE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nucleoside-triphosphatase 2
publication title The crystal structure of Toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 represents a conformational intermediate in the reductive activation mechanism of the tetrameric enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Toxoplasma gondii
molecule tags Hydrolase
total genus 151
structure length 574
sequence length 597
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.15: Nucleoside-triphosphate phosphatase.
pdb deposition date 2013-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.530 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jepA01
3.30.420.540 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jepA02
4KH5A 3AGRA 4KH6A 4A59A 4A5AA 4KH4A 4A5BA 4A57A 4JEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGAA 4B9VA 4AHUA 1MWMA 1IKVA 3UB5A 4CJKA 3DRPA 3W0LA 3ENBA 1D4XA 4CJLA 4BRKA 4KREA 3CMAN 3AA3A 5HOOA 5BPNA 5AQOA 1S22A 1S1XA 3CJAA 2ZJRL 3SPYA 4KH5A 3KK3A 3NF8A 3EN9A 4DTOA 4GW6A 3R3LA 1HKCA 1GLEG 2GELA 3MWPA 4I2PA 1SKRA 3ITHA 3TAPA 2ETJA 4KRFA 1RDUA 4KHWA 4JD2B 4CJPA 2HHXA 4Y1DA 4CEQA 5AJ3K 1JL2A 1UOCA 4MFBA 2O4GA 2GUIA 3S3MA 5KTQA 1FXXA 1XC9A 1JCEA 1T8EA 4DU3A 4JI1K 1IBLK 1RNHA 1X1PA 1ASUA 4YOVA 1IKXA 1NK5A 1S1WA 5J2QA 1EQYA 1RT6A 4NLCA 5I9EB 1J5OA 4K25A 2UXBK 5BRFA 3CC7N 3U9DA 3LP3A 2FSNA 1NJIO 3THXB 3FZMA 2HMPA 1VK0A 5FLXO 1HJRA 4FLUA 4G9ZA 4H5RA 3PUFA 2IS3A 3VQPA 3V81A 3MWTA 4IFEA 4JI2K 2HHHK 3CCEN 3RR8A 4WE1A 3CJCA 3LP2A 4RWTA 3ZT2A 4CZIA 4EHUA 1K8KB 5ADXA 3NH1A 3AVKA 5JS2A 4CHQA 4FLXA 3EO3A 3O8MA 3NGIA 1YF5L 5B8HA 3D2FA 2IAJA 3DAWA 1KAXA 3EL2A 1NK8A 3OYBA 3DLRA 3OS0A 1SS6A 5C2FA 3D45A 4BRQA 4A57A 1DKGD 4CJRA 1NMNA 2E2OA 2WC9A 3Q7BA 4KB1A 3EYZA 1JLAA 1C0TA 3VGLA 3KVGA 3CC4N 2OZSA 1ASVA 2AA4A 3O1BA 4NYNA 3TTFA 5AQMA 1NJWA 3AVFA 3K2PA 3NGZA 3THYA 2XRIA 3NMUA 1NKBA 4CF8A 3OYFA 2WTUA 4BWJA 1X9JA 3Q7CA 3WXKA 4B8CA 4FWQA 4ICLA 1TGOA 4RW7A 2O8CA 3T3FA 3HZ6A 3UKRA 5GAHP 2OTLN 3J8AA 4BRLA 4CFDA 4KHPK 3VEWA 3V1QA 3O9UA 2ASOA 4PKHA 3SAFA 2QW9A 1OH7A 3HSTB 4CEBA 3HYFA 2WUSA 2VGNA 3O9SA 4O44A 3PSFA 4O4GA 5H1SQ 2Q2RA 1S3XA 4ILJA 2YHYA 1U48A 4Y0WA 2D0PA 3I8DA 4E19A 3VEVA 4I7FA 3J7ZO 3VF4A 3O4QA 3VQ4A 1HQUA 4H5WA 1YVUA 5FPDA 2J4RA 4PL7A 2QEXN 5EU7A 4FJ7A 2VG6A 1QSSA 3NFAA 3B8AX 2CGKA 3AVGA 1TKXA 4AHTA 3L6QA 2W6KA 4IG3A 3CHWA 4FCYA 4BRNA 2BH1A 3ZSZA 4JKBA 4CIEA 1WAFA 4NB4A 3QNNA 1IBKK 4Z4IA 4CFBA 1H1VA 2FC0A 1Z05A 2FF3B 3MEGA 3PY8A 1VSMA 2RE2A 2KFZA 4OGEA 5J2PA 4K43A 4JRQA 4E1MA 2QTDA 1DGKN 4Z4CA 1FK9A 4CJ4A 2NZTA 2KQ2A 1VQ6N 3O9RA 5CR4A 4BE0A 4DQSA 4CESA 1LAWA 4H5NA 3VQ8A 3I33A 4FXDA 4FJMA 4JKEA 4LF5K 4O5FA 3BF1A 1VQNN 3HP9A 4BDYA 4BRIA 3L2QA 2UUAK 1D8YA 3NDKA 4X65K 2PZSA 3WEEB 3PX6A 4IBNA 1HYSA 1LCUA 1L3UA 4CF9A 3SAGA 1EWRA 1RDDA 4BR9A 1L3VA 4QCLA 3G6EN 1C0MA 1TK5A 4DUZK 4KPYA 5SZTA 1M1KO 3RRGA 1J9AA 4PHTX 2P5GA 4B3TK 2OTJN 4MLEA 1NU0A 4FJKA 4LC9B 4OO1J 4B3SK 3DYAA 1Q18A 1GLCG 2DY4A 3FZHA 1BOTO 4K0KK 5E41A 4R5PA 3L0QA 3HPHA 4BR4A 1BWFO 3MXMA 2BUPA 2XY6A 4H4OA 5M1FA 1N32K 4CZLA 5AQRA 2E2QA 5AZIA 3KD5E 3OYNA 4ELVA 2VQEK 3E1YA 3G0ZA 3K5MA 4EP4A 5J2MA 3MN6A 4OPJA 4CJ3A 5KGWA 4OLBA 1BGXT 2VG5A 2JGUA 1V4TA 1ATNA 1J6ZA 1KXPA 3ZSQA 5BRDA 5FPEA 4B9NA 2HOEA 2V52B 5AQVA 3HM8A 3CCRN 3AAPA 4BC2A 1RT1A 4LD0A 1ZXOA 2P1JA 2DTUA 4BGAA 4ELUA 4OKEA 5JLHA 4GV9A 1B9DA 2DFEA 3WNFA 4DU4A 3O4NA 2GBZA 1VQ8N 1KC8O 4Z4EA 5AQKA 1BHLA 1YVNA 3KK7A 2V7ZA 3T1HK 1XUPO 4HCCA 4GV3A 4FJ5A 2X6NA 3EY1A 2GWJA 4AHRA 3ZT3A 3L2RA 2P9PB 4B9UA 3SUQA 3EKSA 1WOQA 4DFPA 1BI4B 1C1AA 3E01A 2EWSA 2BTFA 3M1FA 3P83D 2HB5A 4DV0K 5HRNA 3B6OA 4OPKA 5FDLA 4FM1A 2CH5A 3CQXA 2VWKA 3QICA 5JMVA 4NXMK 3LPUA 4MO4A 4BR5A 3MAQA 3KLEA 1X3MA 3K5OA 1U2VA 3UKUA 3ZEUA 2PYLA 2XO7A 1BISA 2KFNA 4CZMA 2HBKA 4M3UA 3IMXA 1RBRA 2HHUA 1VRTA 3MECA 3IKMA 5AFUH 2H3GX 1QTMA 3MN9A 3VQ6A 2PY5A 4IG0A 3VQEA 1Q8IA 1NGJA 1KFSA 4DQRA 3WXIA 3QNOA 4B9LA 4KV8A 1FKPA 1YAGA 5GAGP 1GOAA 1VRUA 3ZYYX 2E2PA 3M8QA 4BRAA 3U9ZA 4E89A 4NCAA 4FZYA 4KHQA 2VWBA 4CI6A 5BR8K 2HVIA 4WFBL 3OBWA 4EHTA 4PY5A 3CFOA 4PUOA 2XHBA 3D6RA 2E2NA 4FZXC 1HPMA 1NK4A 3FZKA 1X3NA 1ZC6A 5KI6A 3MN7A 4WFNL 1KQSM 4M45A 5K14A 3PX0A 4BRCA 3CJ7A 4Y1CA 4MDBA 3EZWA 3AGKA 3J7AP 3F5TA 4ISFA 4RW9A 2OPPA 4IO8A 2P9NB 2VGMA 3AVCA 2HF4A 3VQBA 4JKGB 5CHIA 3KTQA 1TUYA 3A0IX 1SV5A 5BN8A 1TKTA 4H5TA 1JXEA 2WONA 4DSJA 5KRTA 3BZKA 1VHXA 5C12A 1JCFA 4CHOA 4J2AA 1T6DA 4IEIA 3ZETA 5KPTA 2P9SA 3D2EB 4Z4FA 3LAKA 3WXLA 1M90O 3CFPA 5F0XA 4B1VA 2WFBA 3G71N 5CE3A 1D5AA 4W5RA 3J7YP 3DXKB 3IRXA 4LF8K 2EX3A 3LWMA 3JS6A 4W5TA 1KLMA 2YNIA 5IWAK 4CZFA 1TKZA 2RPIA 2QK9A 1WBBA 4EZ9A 2V7YA 3ZX2A 3ZSVA 3CCLN 4CZJA 2KLAA 2YJFA 2QKBA 3LDNA 1DTTA 3AAQA 2PYJA 4ELTA 5DK5A 2GEMA 1MWKA 3TAMA 2PAVA 5LMUK 1RCHA 5LL6Z 3VERA 4KTQA 4CJEA 3VMFB 2Y1JA 2O8BB 4H0YB 4DR2K 4C1NI 5M1OA 3SUPA 1HYZA 1RDAA 2R7YA 5C2DA 1NK7A 4AHVA 4FZZA 5CYQA 3S3NA 4EIAA 5J2NA 3QBWA 4E7LA 2YKMA 2QKKA 1TYQA 2VQFK 1OH5A 4H5VA 1BDGA 4N56A 3DLLL 4I6MA 3LP1A 4FJHA 2O8FA 3AGRA 2D0AA 1Y97A 4I2QA 3SPZA 3RR7A 2IVOA 1RT7A 2PFUA 5TKYA 3SNNA 4XIUA 4CEDA 3CCUN 2Q31A 4LY7A 2EHGA 4R79A 4IOCL 1NGGA 5AQZA 4AM7A 4OLAA 4B1XB 2A1RA 2UU9K 4CZKA 2UYTA 4GVEA 4B1YB 2FF6A 5BRHA 4DTXA 4FWNA 2OCEA 4O55A 4LFBK 4DV4K 3OYLA 2G8FA 4FLTA 2E8AA 5LJVA 2P9KA 1E3MA 4JN4A 4ILHA 4BR7A 2Y1IA 2P9LA 5GINA 3ATUA 4M42A 1F21A 3CPWM 2YX6A 3MXJA 3CCSN 3F9MA 1SAZA 3QEPA 3F73A 3TSUA 1IKYA 3FLCO 2FBVA 2YHBA 3CD6N 1B92A 3AV9A 4LFAK 3HXMA 5LMNK 4WQ4A 3HJFA 4W5OA 2WOMA 1Q82O 5A2QO 3WXJA 4F2SA 3SI6A 5AQHA 2ASPA 2QM1A 4YORA 5AQUA 3VF2A 4K8ZA 2HBJA 3P31A 3M6GA 1ASWA 3KJVA 3DLGA 1KAZA 1RBTA 2JLEA 3OHRA 4FJ9A 5EX5A 5AQGA 4IFYA 1LWEA 3I56N 4GY2B 1YI2N 4YOTA 3V9XA 1JLFA 3RMAA 3EE9A 3L2UA 2NRZA 4MQ3A 1RBSA 3LWLA 3F2KA 4M3RA 5LY3A 4KI4A 2BE2A 3SMSA 4O0IA 1GOCA 2ZQBA 4C23A 1G99A 3AVHA 3H1VX 4YY3K 1D9DA 3ASMA 1WB9A 3JAMO 2Z1JA 5BPMA 1HLUA 2Q0UA 4BRPA 4LF9K 3CMEN 1VAZA 2NRTA 1W7AA 3AA5X 3RSEA 5JS1A 1Q86O 2A6AA 4X62K 4YOXA 3HVRA 4DLGA 4KBOA 4BROA 3D2FB 4JI5K 3THVA 3I0RA 2QXFA 4WFAL 4B9QA 5C0YA 1X9WA 3K58A 1NG9A 4JI8K 4KHUA 4JI7K 2BDPA 3QLHA 3I0SA 5TKWA 4CEZA 3AO5A 3SCXA 3MDQA 3HL8A 3V1OA 4JI0K 3IS9A 2Z1HA 4DUYK 3VN5A 4DF8A 1XMQK 2ASMA 1VQMN 2QXLA 4CJ5A 1U04A 3EZ5A 4OVLA 4JS5A 3THYB 1T3VA 1REVA 2HF3A 4B3MK 4C8OA 4BRHA 2A1SA 1L3SA 2A3ZA 4DTRA 3QETA 1D9FA 3J81O 4O8UA 4BY9C 5HRPA 4YOUA 3TTCA 2UUCK 4CEEA 3WQTA 3UKRB 2I5JA 3P4IA 3H3NO 2A41A 3LDLA 1KD1O 1GLJO 3VTHA 5HRSA 3CCVN 1NGCA 5AQYA 1IV0A 1L3TA 1XWLA 3RMCA 1TKDA 5EXWA 1RDCA 4JD2A 4FVUA 3C6TA 2HW3A 4XH4A 3TU5A 1U6ZA 4U7BA 4RTFD 4A61A 1LV5A 5F1XA 1RT4A 3C94A 4AM6A 2FLOA 4CFAA 3MEEA 4LFCK 4Z0UA 2UXDK 3HK2A 3OYHA 1K73O 4BC4A 4BG9A 1RTHA 5M1KA 1XNRK 2GUPA 3LM9A 3CCQN 4EFHA 2FSKA 3AO2A 1IG9A 4MDAA 3SK3A 4BR2A 1J54A 3THXA 1CLQA 4FPAA 1RT3A 3A5OC 3JSMA 1YTUA 2NLXA 3P1GA 4DV3K 5KQ8A 4CBXA 2YI1A 2RHKA 2QWPA 3A5LC 5I3UA 3FFKB 4DTJA 1NGDA 2E6MA 3CM5A 4NO7A 1U49A 3SMPA 4LH5A 3AVBA 2IC3A 5FRMA 1IH7A 4CVNE 2JWLA 1T6CA 3MCAB 1G15A 1KVAA 3LPTA 2F8TA 1J5EK 1VQ4N 1TK8A 1QHTA 2DFHA 3ZT0A 3VQAA 3DLEA 3ZT1A 5BN9A 5M1NA 4M3XA 3CC2N 3CF5L 1HJOA 1WN7A 1XQSC 3BGRA 4WCEL 4FWSA 5C15A 1Z26A 3MCPA 1OVQA 4KH4A 4E3SA 3OYAA 3NCIA 1T7PA 3TSPA 4BGBA 3IDHA 3NAEA 4AHCA 1LW0A 4PWDA 3AO1A 1ZBFA 3G4SN 1I3AA 2P9UB 3DXMA 4CHNA 3TAQA 3OYJA 3KLHA 1RTDA 1ZBSA 3M8RA 1TUUA 4E7IA 4LF7K 2QWLA 4GKJK 4JRPA 3QFPA 2FBYA 1K6YA 1VQ5N 1VQLN 5E84A 3CJ9A 4CHZA 4OPHA 4FJLA 3O6WA 4HUGA 5AQNA 3SAHA 2V51B 5AZIB 1IJJA 5T7BA 1RT5A 4BRMA 3TAFA 3QERA 2HNDA 2NRVA 4LSNA 1O1WA 1FW6A 1NKEA 3VEZA 5M1PA 1O13A 1X9MA 4CZHA 4DR4K 4DSEA 3N4QA 1IKWA 2VWJA 4DV1K 3AA4A 2E88A 3C6UA 2BANA 3SJJA 3CI5A 4GNIA 1RILA 4DB3A 4W5NA 4N47A 1C6VA 3QIPA 4DS5A 1WSIA 1YJWN 5AFUA 4FJGA 2PBDA 4YFUA 1U4BA 4CBUA 4DTPA 3ZLJA 1TK0A 2QWNA 3RWUA 3H08A 1ATSA 2F9TA 3C7NA 1SL2A 1QQMA 3GL1A 3WNEA 4A2AA 1S1UA 5HROA 1TV6A 3SBGA 4H0TB 1X9SA 3LDSA 4B8AB 2ZGYA 3M5RA 4PA1A 3V4IA 5F2RA 4HTUA 3LALA 2QWRA 4ZTFA 3BDPA 3M8SA 3VEOA 4DSLA 5AQPA 4PKGA 3QIOA 4FWMA 3KWGA 3O08A 4CJUA 3NGYA 5CZ1A 2G8KA 1BA0A 3T19A 2E20A 4X66K 1N5YA 4Z94A 4DTSA 1NGFA 2D0BA 3THWB 3H3OB 3EEQA 3QB0A 4DQ8A 4FWOA 4DV2K 3H1QA 4C8KA 3OYIA 3CPEA 2P9IB 3TANA 4FO0A 3S41A 3VA0A 3W3DA 4XEIA 3LZIA 5AQWA 1RDBA 1NM1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KH5 A;  3AGR A;  4KH6 A;  4A59 A;  4A5A A;  4KH4 A;  4A5B A;  4A57 A;  4JEP A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NGA A;  4B9V A;  4AHU A;  1MWM A;  1IKV A;  3UB5 A;  4CJK A;  3DRP A;  3W0L A;  3ENB A;  1D4X A;  4CJL A;  4BRK A;  4KRE A;  3CMA N;  3AA3 A;  5HOO A;  5BPN A;  5AQO A;  1S22 A;  1S1X A;  3CJA A;  2ZJR L;  3SPY A;  4KH5 A;  3KK3 A;  3NF8 A;  3EN9 A;  4DTO A;  4GW6 A;  3R3L A;  1HKC A;  1GLE G;  2GEL A;  3MWP A;  4I2P A;  1SKR A;  3ITH A;  3TAP A;  2ETJ A;  4KRF A;  1RDU A;  4KHW A;  4JD2 B;  4CJP A;  2HHX A;  4Y1D A;  4CEQ A;  5AJ3 K;  1JL2 A;  1UOC A;  4MFB A;  2O4G A;  2GUI A;  3S3M A;  5KTQ A;  1FXX A;  1XC9 A;  1JCE A;  1T8E A;  4DU3 A;  4JI1 K;  1IBL K;  1RNH A;  1X1P A;  1ASU A;  4YOV A;  1IKX A;  1NK5 A;  1S1W A;  5J2Q A;  1EQY A;  1RT6 A;  4NLC A;  5I9E B;  1J5O A;  4K25 A;  2UXB K;  5BRF A;  3CC7 N;  3U9D A;  3LP3 A;  2FSN A;  1NJI O;  3THX B;  3FZM A;  2HMP A;  1VK0 A;  5FLX O;  1HJR A;  4FLU A;  4G9Z A;  4H5R A;  3PUF A;  2IS3 A;  3VQP A;  3V81 A;  3MWT A;  4IFE A;  4JI2 K;  2HHH K;  3CCE N;  3RR8 A;  4WE1 A;  3CJC A;  3LP2 A;  4RWT A;  3ZT2 A;  4CZI A;  4EHU A;  1K8K B;  5ADX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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