2YJFA

Oligomeric assembly of actin bound to mrtf-a
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
371
structure length
352
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVKDSYVGDEAQSKRKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a pentavalent G-actin*MRTF-A complex reveals how G-actin controls nucleocytoplasmic shuttling of a transcriptional coactivator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Motor protein
source organism Oryctolagus cuniculus
total genus 111
structure length 352
sequence length 371
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yjfA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yjfA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2yjfA03
1ZBSA 1BWFO 1Y64A 3ID8A 3SMPA 4IXCA 4PKIA 5AQUA 4H5TA 3O1WA 3VEZA 5AQVA 3LDPA 3VGMA 2FSKA 3DAWA 3HSCA 3ZEUA 2Q1NA 2UYTA 4IWVA 3CI5A 3FZMA 2FF3B 3U8XA 4BROA 4XEIA 1OKJA 4KBOA 1KAYA 5AZJA 3WXIA 2ASMA 5AQKA 3MCPA 4PL7A 2AA4A 3BP8A 2ZGZA 3UKRA 4BR4A 1YUWA 2ZWHA 5AQLA 4BR0A 3WXKA 5AQQA 4B1UB 4BR5A 1NGAA 3VF4A 3VETA 3D2FA 3SJHA 3HI0A 2P9KB 3LDNA 2V7ZA 1T44A 5EXWA 4A2AA 3A5LC 5FPEA 3A8YA 3JXUA 1XUPO 3LM2A 4MO5A 1MA9B 2V52B 1GLJO 3AAPA 3A5NC 5BN9A 2ITMA 3VENA 5KPTA 3VEYA 4EAHD 2P9NA 4F9OA 2FSNA 1Z05A 5B8HA 3ZETB 5AR0A 1NGBA 4RTFD 3B8AX 1HUXA 1XQSC 2QWOA 2BTFA 1GLDG 2A6AA 2W40A 3CJCA 4QS9A 5AQMA 5EVZA 3R9PA 4IZ9A 4H0OA 5ELZA 5BRDA 2GUPA 1X3MA 1TUUA 2QW9A 4A2BA 4BC4A 4EHUA 3QMLA 2P9IA 4YDUC 4FWQA 3H45C 4PKGA 3CETA 3M6GA 1ATRA 4DB3A 3VF6A 2GELA 1S3XA 3ATVA 3FFKB 4BC3A 1MDUB 2OANA 1QQNA 5JLFA 1KAZA 2PBDA 1QQOA 1ZC6A 5BN8A 3S41A 3D7EO 3GE1A 4WQ5A 4B1WB 2YCHA 5I9EB 4B1XB 3TPQA 5TKYA 3QFUA 3VF2A 5AQZA 4H0TB 5BRFA 4I6MB 1EQYA 4M7XA 2YJFA 4GY2B 4BG8A 3H6EA 4AM7A 4MLHA 2CGJA 4MO4A 4YDUA 3ZX2A 2P9KA 2Q0RA 4EFHA 3A5OC 3WXJA 2E2NA 3MN7A 4B1YB 4Y0WA 4BC5A 2E1YA 1NGIA 2E2QA 4CJ7A 1GLCG 3D2FB 1TUYA 3CERA 3CJ1A 2FLOA 3A5MC 1NGFA 2HF3A 4CD3A 2P9UB 1WOQA 3ZX3A 1C0FA 5ADXA 3LDLA 3UE5A 3DXMB 3ZETA 2IVOA 3M1FA 5CE3A 4FO0A 3MMVA 3UKUA 1NGEA 3IFRA 4CBXA 3H3NO 4H0VB 1MWMA 1JCFA 4AM6A 5LY3A 3VGKA 5BPMA 3H1VX 3CQXA 4ISGA 2HOEA 4E1JA 2F9TA 4XH4A 2IIRA 3W3DA 4BG9A 4J8FA 3FZKA 2ZGYA 4BREA 2PAVA 2YHWA 4Z94A 3H3OB 1J6ZA 2CH5A 2KHOA 4FOIA 4DQ8A 3VPZA 1BOTO 3SLCA 4M7YA 2Q36A 3FZLA 3AY9A 3VEOA 1BUPA 2EWSA 2HMPA 2ZF5O 4BRFA 3GG4A 3WT0A 1JCGA 3U9DA 3RSEB 2GTDA 2QM1A 3QBXA 4FOEA 1RGIA 3L4IA 3VEVA 4I6MA 3EKUA 1GLLO 2WUSA 3FZFA 1MWKA 4QS7A 4BC2A 3BEXA 4O5FA 1SZ2A 3DXKB 1U6ZA 5BPNA 1KAXA 4JD2B 4LC9B 1HX1A 2YHYA 1NGJA 1LCUA 1HKCA 2Q2RA 5JICA 1NGDA 2QWQA 3CQYA 3GL1A 5FPDA 4CZIA 2E2OA 1GLFO 2NRHA 2P9UA 2I7PA 4FWKA 3JS6A 3C7NB 3DXMA 3EO3A 1NGCA 4WQ4A 2J4RA 2QWRA 1T6DA 4FWRA 3HZ6A 3GDQA 4WQ5C 3WQTA 4MLEA 2A5XA 3AARA 3UKUB 4DHYA 3AAQA 1SQKA 2DPNA 3DWLA 4BRDA 5AQSA 3EL2A 4PL8A 3EN9A 4BRKA 4RWTA 3ULEB 4ISFA 3U9ZA 3ENOA 4CBUA 4FWMA 4H0PA 1KXPA 2A40A 4HTLA 4BR2A 2F9WA 3VERA 3QDKA 1ZXOA 5E84A 1ESVA 2A42A 2V7YA 4BR9A 5BREA 3RSEA 1YXQA 1GLBG 3W0LA 3FZHA 4XH5A 5JMVA 1Q18A 1QQMA 1ATNA 4FPAA 3R8EA 2IVNA 4O8KA 5AQNA 3ZX0A 3FGUA 3MN5A 4GNIA 2A41A 4DCHA 3DXKA 3SMSA 3OHRA 3EZWA 4BRHA 3O5BA 1QZ5A 4K42A 3WQUA 4JD2A 3O4WA 5KPRA 5AFUA 4JNEA 4BQZA 1XC3A 4K43A 3D2EB 4EHTA 3GOIA 4HWIA 4IJAA 4A61A 3BF1A 2E88A 3C7NA 5AQWA 3R6MA 1SAZA 1CZAN 5ADXH 2QWPA 4H0XB 5LJVA 5AQXA 1NWKA 1X3NA 1U2VB 3O80A 2VCPA 1BO5O 3HM8A 4JAXA 2FXUA 5AQFA 1YVNA 1S22A 1RDWX 2QWNA 2GWKA 3I8BA 3ULEA 3IDHA 4XH1A 3FR0A 1LOTB 3WEEB 3QBWA 2ASPA 2H3GX 4H5VA 3I33A 3QB0A 1NM1A 1DKGD 2W41A 3HTVA 3L6QA 3O6WA 3O8MA 5FPMA 5KQDA 1K8KB 5EX5A 1T6CA 4NO7A 1IG8A 2AP1A 3EKSA 3WUHA 3U4LA 2YHXA 1BU6O 3VESA 3H46O 1V4SA 4H5WA 4WQ4C 3CHWA 4K41A 4BQLA 1IJJA 1NGGA 4RCHA 1QHAA 3BUZB 4CZEA 3BF3A 1YAGA 4BGAA 2CGKA 4CZLA 1WUAA 4FWOA 4H5RA 4BRNA 3SK3A 5BRHA 1C0GA 3D2EA 4FWPA 1ATSA 5BPLA 1G99A 5AQHA 4FWNA 4BRMA 4B9QA 2FSJA 1NGHA 1DGKN 4H5NA 2IVPA 3O1BA 3LL3A 2E8AA 4FL9A 4CZFA 1U2VA 3LDQA 4CZKA 3G25A 2CH6A 5KQ8A 4BRQA 4BVPA 5AQJA 4L3QA 3O08A 5BR9A 3QFPA 5FPNA 3FLCO 4CI6A 1BG3A 5F0XA 4NB4A 3CJ9A 3VEWA 1TYQB 2D0PA 1H1VA 5AQRA 3KHYA 1E4GT 1R59O 3LM9A 3WEEA 4CZHA 4IO8A 4EIAA 2P9SB 3UB5A 2E1ZA 4A62A 2P9LB 4BRCA 1K8KA 3A0IX 3CJ7A 5KPZA 5EY4A 2I7NA 1NMDA 4CBWA 5AZIB 3CJBA 3H1QA 1QZ6A 1HKBA 4IJNA 5E26A 3P4IA 1E4FT 1P8ZA 2D0OA 1BA1A 4FWSA 5AQOA 2P9PB 2VWBA 4PKHA 4BGBA 4H0YB 4CZMA 4QS8A 3VGLA 2E2PA 1GLEG 3KZBA 4FSVA 1HJOA 3CJAA 5AQTA 4JHDB 3LDOA 4H03B 2QXLA 3L0QA 5AFUH 2BUPA 4BRLA 3ATUA 2YJEA 4FWLA 4K25A 3KVGA 2D1KA 4BRAA 5AQIA 1D4XA 3CIPA 3C0BA 4C23A 3VOVA 1DEJA 3ZEUB 3IMXA 1GLAG 4JN4A 1JCEA 5AQGA 4M63C 5JLHA 2QWLA 3FE1A 2D4WA 5AZJB 4B1ZA 1NLVA 2VYPA 2QWMA 2Q31A 3ENHA 4CD1A 2GEMA 4B1VA 3UKRB 2V51B 1TYQA 2CGLA 4BRPA 2Q0UA 3MDQA 4BRGA 5LJWA 3MK6A 2Q97A 1HPMA 4BR7A 1NBWA 3WXLA 4WYBA 3DJCA 2P9SA 3MN9A 5AQPA 4CZJA 2P9LA 3MN6A 1V4TA 2NZTA 4ISEA 4CZGA 5AZIA 2GWJA 1BDGA 1Z6RA 4BVOA 2P9NB 2NLXA 3TU5A 5EOYA 2HF4A 4BRIA 2YI1A 1HKGA 3M3ZA 1BA0A 2FF6A 2P9PA 2A3ZA 1HLUA 3IUCA 1X9JA 3J8AA 3F9MA 2ASOA 4FPBA 3QICA 3VEXA 3HBTA 5F2RA 2E20A 5F1XA 3GBTA 1RFQA 4JHDA 5AQYA 2P9IB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZBSA 4O0IA 1W0HA 1Y64A 4IXCA 1N8RO 4BEBA 3VEZA 4DTMA 3RRHA 3CC2N 4C1NI 2Q1NA 4IWVA 2P5GA 2QXFA 3CCLN 1OH8A 4BE7B 4OPHA 1J5OA 3HPHA 3OYCA 4IEEA 2NRTA 1SL1A 3MCPA 3QNOA 2EX3A 2VGNA 2ZWHA 4BR0A 2YX6A 4B1UB 4GKJK 4BR5A 1RCHA 1BIUA 3SJHA 2NRWA 1T44A 1WNSA 2V7ZA 3G71N 1RT2A 3A8YA 4B9TA 3LM2A 4YOWA 1MA9B 1GLJO 4CFBA 3EZ5A 2ITMA 4JK9A 1X9SA 5KPTA 4EAHD 3NH2A 1U47A 3O9UA 3SUOA 4CEQA 5AR0A 2HHIA 2VWJA 3AO4A 1TKXA 2X74A 3LZJA 1QSSA 4OLAA 2O8CB 3T19A 1HNWK 1WB9A 1GLDG 1WSEA 2W40A 5AQMA 3RMDA 2VG7A 5BRDA 1X3MA 2QW9A 3QMLA 1EKEA 4YDUC 4FWQA 4LD0A 4DB3A 2ZJPL 4BC3A 1EETA 2OANA 3AVKA 3S3MA 1C0UA 1BCOA 1JLBA 2ZQBA 1KAZA 2PBDA 3M5RA 3U6FA 1RNHA 3TPQA 2HSTA 1Y97A 3SCXA 2W00A 5AQZA 1NK5A 1Q81O 1L3VA 1J9AA 3AVFA 4I6MB 4DTUA 4GY2B 1U48A 2OPRA 3OJSA 1U45A 3H6EA 3NVKA 4MLHA 4MO4A 1RBVA 4DQQA 2P9KA 3K57A 4B1YB 4Y0WA 1Q82O 3C6HA 5M1QA 2E2QA 4CJ7A 2OPQA 3CERA 3HVTA 3A5MC 1X9WA 4AHUA 4JKGB 5J2NA 2P9UB 1WOQA 1C0FA 3LDLA 5HBMA 3DXMB 3ZETA 2IVOA 4DTXA 3M1FA 4FO0A 3UKUA 3IFRA 3TARA 3HPGA 1MWMA 3UIQA 4WCEL 4FLZA 2I5JA 1UA0A 1G15A 4B3MK 4KTQA 4GV3A 2HOEA 1K9MO 1VSKA 2F9TA 2W6KA 1LWEA 1CXQA 4J8FA 3FZKA 3TAFA 3F5TA 1NJWA 2ZGYA 4R5PA 3EE8A 4DFMA 3HYFA 4FJ8A 3IS9A 4F4KA 3L3VA 5GIPA 3VEOA 1IKWA 3IG1A 4FM1A 1WAJA 1VQ6N 4CJPA 2GTDA 3QBXA 3NF9A 3HOTA 4CE9A 3T3FA 2WUSA 3SAFA 1MWKA 4QS7A 3C94A 4U67L 2QEXN 1SZ2A 3DXKB 3ZSYA 2NRRA 1IBLK 4ILJA 1J53A 1D5AA 4CESA 4LC9B 2F8SA 1NJXA 1T8EA 3PY8A 5M1KA 3OS0A 1QVFM 1LCUA 3HRGA 3CCVN 3LAMA 5AJ3K 1VQ4N 1GLFO 2NRHA 2KZZA 1CZ9A 4FWKA 3TAQA 4KPYA 3SYZA 4DR1K 4DWIA 3NFAA 4ELVA 2BANA 4WQ4A 4M3TA 2J4RA 3AO5A 1XHXA 5C25A 3WQTA 4MLEA 3UKUB 3AARA 3AAQA 3DWLA 2HBLA 1NKCA 1U49A 1JJ2M 2C1IA 1HYVA 1BHLA 3ENOA 4CEDA 1C1BA 3B6PA 3KLEA 4L8RB 2F9WA 3VERA 3QDKA 3K5OA 3ZSZA 1ZXOA 3ZSVA 4JKAA 3QEXA 2O8EB 4FJKA 3THWB 3VQ6A 3OYLA 4Z4HA 1YXQA 4BE1A 3W0LA 1VSHA 1BL3A 4XH5A 1JXBA 3B6OA 4CJ5A 3R8EA 3CG7A 2IVNA 5MLCQ 3FGUA 2JWLA 1KC8O 4DCHA 3SMSA 1U04A 1IO2A 3NH1A 4LF8K 3WQUA 1DTQA 4FJ7A 1JLQA 4BQZA 3D2EB 4EHTA 4LF5K 3P5JA 3KK2A 5FRMA 4A61A 4M3YA 1NKEA 1CZAN 3VQAA 3VQ5A 2Y1JA 1X1PA 2O8BB 3S9HA 3AVAA 4CJEA 4LH4A 4JI3K 5D3GA 1BO5O 3DLRA 4DV3K 1RBRA 1FKPA 3VN5A 3PSIA 3SZ2A 3KLGA 4NCAA 1VQKN 3CFRA 3A2FA 3AVHA 3O6WA 5FPMA 4CEAA 3TAEA 4CHOA 3HT3A 3SUNA 3OVNA 4C8MA 4OX9K 3WUHA 4FYDA 1KSPA 3QLHA 3OS1A 3VESA 1NJYA 5C2FA 4BWJA 1S6PA 3Q7BA 2OTJN 3CHWA 4JKHA 5KI6A 3BUZB 4C8KA 3ALYA 3MWTA 4CZLA 1WUAA 2VG6A 4FZXC 1NK0A 3H08A 3SK3A 5BRHA 5BPLA 4M42A 5AQHA 5A2QO 4FWNA 1I94K 1YJ9N 2ZM6K 1NGHA 4FLYA 5LMUK 4NYFA 3LL3A 3MX2A 1U2VA 3LDQA 4B8AB 2CH6A 3OYFA 5KQ8A 2BE2A 2ITGA 4BRQA 4HUFA 5AQJA 5C42A 4HTUA 3QFPA 5JS1A 5FPNA 3ASMA 4KI4A 3CJ9A 2D0PA 4JKEA 1RTHA 4DTRA 4JEPA 4EIAA 2P9SB 1C1CA 4A62A 1ILYA 1R0AA 1SL0A 3K58A 5AZIB 2DTUA 3LAKA 4KH4A 4NLCA 3CJBA 4W5QA 4E7LA 3VTIA 4N76A 1P8ZA 3O3FA 1S1WA 3V1QA 4H0YB 2KZMA 2OZMA 3DRRA 4QS8A 3SUQA 3IKMA 2E2PA 3KZBA 4ELUA 1HJOA 1RDDA 4EP4A 5J2QA 5AQTA 2UUCK 4JHDB 3LDOA 4BRLA 2FBVA 2ZD1A 1OVQA 2HHVA 3SAGA 4O55A 3VQQA 3SBGA 1D4XA 4HUGA 3TR8A 2O8FB 2D0CA 3VOVA 1DEJA 3IMXA 1NOYA 4AILC 5CY4A 4JN4A 3PX4A 3KJVA 4BACA 5AQGA 5HOOA 3AA3A 3K5MA 4F8RA 4OKKA 2D4WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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