3V9UA

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (aat) with two mg in the active site
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
NAQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease T
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 68
structure length 206
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9uA00
3HPGA 3HYFA 4ZHRA 4BDYA 1SL0A 1IO2A 4H4MA 4LD0A 4O0JA 4CK3A 4M45A 4F4KA 1QE1A 3QEIA 4NCAA 1TKDA 4CGIA 1C1BA 3RR7A 1BI4B 4M3TA 4KREA 3K5MA 2D0BA 3DLHA 1RT1A 1TK0A 4KHWA 1QSYA 3DRRA 3ZT3A 2Z1JA 1VSHA 1NJWA 3AVGA 3SV4A 1RTDA 5FDLA 4CJTA 4IBNA 3SCXA 4NYFA 4N5SA 3QERA 3TABA 3NH0A 3HT3A 4DF4A 3NGIA 4M3WA 4Z4EA 2YV0X 4I9LA 4CIEA 1S9GA 2G8FA 3V9SA 1IKWA 4DSLA 4CHZA 1NK9A 4HCCA 4FXDA 2AJQA 4ID1A 4B9VA 3AVNA 4M3XA 2OPSA 3HSTB 5JS1A 3RMAA 4PWDA 1RDCA 3MEEA 2HVHA 2X78A 2YNHA 1NK8A 1X9SA 4KTQA 4KHNA 3OYFA 1FXXA 4CJ5A 3VQEA 4M3ZA 1WSHA 3KD1E 3AV9A 5HRNA 1X9WA 1EETA 3AVIA 4CERA 5K14A 5KTQA 3M8QA 3V1QA 4HHTA 4BDZA 1QSLA 1VK0A 1DTQA 1RT6A 1KLNA 3I0RA 3AA4A 5C24A 1VSIA 1WSFA 4PQUA 4Z4CA 2HMIA 4DFMA 4DLGA 4CECA 1C0UA 1U04A 1XHZA 4B9TA 3SQ0A 3SNNA 3S3NA 1UA1A 3AVBA 5J2QA 3KLGA 1ITGA 3OJUA 1QTMA 5CYQA 3L2WA 1BQMA 2ATQA 5HROA 1BI4A 4OKJA 3LZIA 2A1RA 3QINA 4LH4A 4CF0A 2QKBA 2XY5A 5FRNA 4UQGA 1HYSA 2D0AA 4H8KA 4LH5A 4CEDA 3MAQA 4C8LA 1JL2A 4ELTA 4FJXA 3PX4A 1GOAA 3VQ4A 1ASWA 2P1JA 3C94A 2VG7A 3ZSRA 2RKIA 1ZBUA 1C0TA 4CF2A 5SZTA 3KK3A 2JGUA 4ELUA 4TSXA 3SYZA 1JLGA 4K8ZA 4OJRA 3U6FA 3K5NA 4DS4A 4EZ6A 4FJJA 1BL3A 3QEWA 3L2RA 1L3VA 1NOZA 4PY5A 4FJ9A 2FBXA 4AHVA 4GVMA 3O4QA 1X1PA 1YVUA 1X9MA 4DQIA 3VQCA 1SV5A 4DFJA 2YNIA 4ZTFA 2G8KA 1BISA 1JLEA 1W9HA 4EP5A 3K5LA 4FLYA 2Q3SA 2RN2A 1R0AA 1U49A 3PY8A 1HPZA 4FZYA 4QCLA 1TAUA 3K57A 1KTQA 3AVCA 2DFFA 4DQRA 1NK5A 3ZT2A 3NGYA 1QQCA 1B9FA 1Q9YA 2FBTA 3LPUA 4J2EA 4Z4HA 3TAFA 3G0ZA 5CYMA 2G8WA 3HXMA 1NJXA 3SQ1A 2FBYA 3LP1A 4AHRA 2OA8A 3KD5E 4B9SA 3DMJA 3HPOA 3QESA 2BDPA 1LWFA 4O4GA 3NCIA 3SI6A 1U47A 1WLJA 5E41A 3VQ8A 2E4LA 5HRRA 3KJVA 4E7JA 1BIZA 1NKBA 1IH7A 4BE0A 1Z25A 4FCYA 4CF8A 4B9UA 4B8AB 1C1CA 3MXIA 3NF7A 3ZT0A 2X6SA 4CJ3A 3VQPA 4E0DA 1S6PA 1VRTA 1T05A 2IGIA 1YTAA 4DLEA 4E19A 3PX0A 1S1VA 3AVJA 2O4IA 3KTQA 4HTUA 1CLQA 1RBTA 2OYQA 4K8XA 4CJEA 2DY4A 4J2DA 2WONA 4FJKA 4JRPA 2B6AA 3OYKA 3V1OA 1EX4A 3TWHA 3PO5A 4W5RA 4RW9A 4FLVA 4YFUA 1REVA 4RW8A 5FRMA 1VSJA 3P83D 1RTIA 3ZSXA 4CJPA 4E89A 4OLBA 4OPJA 3AO2A 3ZSWA 1J54A 1WSGA 4KAZA 4CJKA 4FW1A 3QO9A 4FM0A 5EU7A 1NOYA 2VWKA 4IG0A 4CFAA 4LSLA 1WAJA 3V9XA 1JLBA 1U45A 4I7FA 2PYLA 2LSNA 1KVBA 3MEDA 3AVAA 4DTSA 4I2PA 4G1QA 4LSNA 2YKMA 2Z1GA 5DMRA 3F73A 3OYIA 3NAEA 1UA0A 1LV5A 1LAWA 5HBMA 3WNFA 1KCFA 3WNHA 3ZSZA 3S3MA 1WSJA 1JLCA 3M8SA 4M3RA 3AA2A 1S9EA 4KB1A 3AO1A 3NFAA 4AILC 1J5OA 2HNYA 4DU3A 1J53A 1SKRA 2Y1IA 4CEAA 2D5RA 1KFDA 2HHSA 3L8BA 1TV6A 3KLIA 1RTHA 3LWMA 2G8IA 3D0PA 3VQ9A 1RBUA 5JS2A 4Z4FA 4M3UA 3QNNA 1TKXA 2ZD1A 4CJWA 4C8MA 1SL2A 3F9KA 4CJUA 3LP0A 4CJLA 3TI0A 1LW2A 1I3AA 1VSDA 3AO5A 4E7HA 1HYVA 2R7YA 3L2VA 1VSMA 3OYLA 3DRPA 2PYJA 2OPPA 4DTXA 4IFVA 3ITHA 3E01A 4CFDA 1VSFA 4O44A 3V6DA 1ZBLA 4DU1A 2XRIA 4EZ9A 4FJIA 4J2AA 5DK5A 2HHTA 4MQ3A 2IDOA 4NCGA 3JSMA 3MXMA 4Y1DA 3UIQA 3LWLA 2HB5A 1S5JA 3RMCA 2G8HA 1U48A 4KTZA 3CM6A 4RW7A 1WNSA 3IG1A 1D8YA 1B92A 1T03A 4HCBA 1K6YA 4KV8A 3ZT1A 2PY5A 3HK2A 4FLUA 2HNZA 2IOCA 1EKEA 4KFBA 4CK1A 2GBZA 1JLAA 4DTUA 3VN5A 2YKNA 3SQ4A 2KFNA 3OYJA 4CEQA 5KGXA 3L3VA 1EXQA 3NBPA 4KI4A 3KK1A 1VSEA 3DLRA 5KI6A 3HL8A 1T8EA 3DM2A 2OZMA 1Q8IA 1HJRA 3V81A 4FYDA 1W0HA 3CFPA 3TAMA 4B08A 3L3UA 3I8DA 1NJZA 1KSPA 4FJ7A 1RT4A 3OYDA 3SPZA 2HHUA 1RBRA 3SUNA 4NCBA 4OKEA 3RMBA 4I2QA 3OYBA 1NKEA 1FKPA 2GV9A 1XI1A 3ISNC 1B9DA 1XWLA 2X74A 2DFHA 3ZSYA 3EYZA 4BDPA 2B4JA 2X6NA 3CM5A 4DG1A 3D45A 4XIUA 4DQQA 5J2MA 1KRPA 1TKTA 4DTOA 4JLHA 3K5OA 4FVMA 1C1AA 3O3FA 3HM9A 3S9HA 3HJFA 3IRXA 3K58A 3MECA 4C8OA 3O3GA 4AHTA 3AVLA 3KLHA 1GOBA 5KGWA 2B5JA 3S3OA 1BIUA 1TL1A 4AH9A 1XHXA 3JYTA 4CEEA 2F96A 4DQSA 3NGZA 1BCMA 1C0MA 1RCHA 3U3YA 1IKXA 2OPQA 1Y97A 1XC9A 3OYCA 1O1WA 4JS5A 3BGRA 4AHUA 3ZSOA 3PX6A 3OS1A 5I3UA 4KPYA 4B8CA 2ETJA 3O3HA 4RW6A 3QIOA 3AVFA 1L3TA 4DSIA 3TANA 4KHSA 3THVA 3OYEA 4JS4A 4CGFA 1FK9A 1HNVA 1IKVA 2YHAA 3K59A 4DFPA 2JLEA 2VWJA 4CEFA 3MXJA 3QLHA 1BQNA 4GW6A 4DMNA 5J1EA 4DSEA 3AO4A 3SUOA 3VQBA 4M3YA 1CZBA 2KQ2A 1KVCA 3T3FA 4L8RB 4RW4A 1HNIA 1JLQA 1LWCA 4CHQA 4N41A 2HHQA 1FKOA 4Z4GA 1KFSA 3IAYA 3PV8A 1JXBA 5HRSA 2EHGA 3NDKA 4B9NA 4HUGA 3TAQA 3KLFA 4ELVA 2HHXA 4BE2A 2F8TA 1D9DA 2Y1JA 2EX3A 4ZTJA 4Z4IA 2D0CA 3KKSA 3SZ2A 3HVRA 4CJFA 3PO4A 4E7IA 1C6VA 2BANA 4CGDA 4W5QA 1RDAA 1RT7A 3AO3A 3OJSA 2KZZA 1VRUA 4FK4A 4E3SA 3QNOA 2RF2A 2A1SA 4IDKA 4CFCA 3OYGA 4DTNA 1HQEA 1JKHA 2P5OA 4FJNA 4FK0A 4KI6A 1ZBIA 4FJMA 2KZMA 1F21A 1A5WA 1RDBA 2ZE2A 2IAJA 3LANA 5KRTA 4CJRA 3HP6A 4FJ5A 4IKFA 2QK9A 3VQQA 1JL1A 3DRSA 4KTWA 3FFIA 4QAGA 4CIGA 3NH2A 2OZSA 3LAKA 2KW4A 1L5UA 2ITGA 4DSFA 1TK5A 1SKWA 1VSKA 1NKCA 3RWUA 2HNDA 3OY9A 1A5XA 3OS0A 1I39A 2QKKA 3EZ5A 2I5JA 5C25A 1A5VA 2G8UA 3AA3A 4BACA 2PZSA 4CHOA 3LZJA 4O5BA 4BWMA 4B9LA 1ZYQA 3WNGA 5KRSA 5SWMA 2XHBA 4HUFA 3VA0A 2IS3A 1JXEA 3AA5X 2HHWA 2FBVA 4B9MA 4CEBA 4W5OA 3SV3A 3TAEA 4HVJA 5I42A 4KHQA 2E6LA 2G8VA 5D3GA 4ID5A 3WNEA 5T7BA 4F3TA 3TARA 2KTQA 1WSIA 3V9WA 2IC3A 2Z1HA 4FW2A 3DLEA 4OGEA 4OVLA 4FLWA 4CF1A 1CXQA 5HRPA 3NH1A 4E1NA 4E1MA 1KVAA 3VQDA 3DLGA 3T19A 1NK0A 4DSKA 3SJJA 3C95A 4KB0A 4CJ4A 1HMVA 3KK2A 2XY7A 3SPYA 1S1WA 1NK6A 4CK2A 1ZBHA 3LP2A 4W5TA 1QHTA 2OPRA 1TKZA 3OYNA 3V4IA 2Z1IA 2YNFA 4CHNA 1LW0A 3OYAA 3NF9A 4I9QA 4DTRA 3KIOA 1DTTA 1RBSA 2YNGA 1D5AA 5CY4A 1S1XA 3AVMA 4N56A 3RRGA 4KRFA 3U3GA 4QOZB 4DU4A 1Z26A 3K2PA 3PUFA 4KHYA 2FC0A 3TAGA 1HQUA 3CQ8A 3B6OA 1D9FA 4KKOA 4HUEA 1RDDA 3LDSA 4FLTA 2W42A 3SQ2A 4CF9A 4CJSA 4FLXA 1SKSA 3DYAA 1CZ9A 4OPKA 1RT2A 4C8NA 3TR8A 3SUPA 1BHLA 1ASVA 1UOCA 4CHYA 4F3OA 4DTMA 4CE9A 5FROA 4R5PA 1QS4A 4CESA 1UAXA 2DFEA 3A2FA 4PA1A 4WE1A 4CFBA 3OYHA 3QETA 4FJLA 2HW3A 1RTJA 3LAMA 4C8KA 3VQAA 3ULDA 1IKYA 1L3SA 3G10A 3CYMA 4M42A 4W5NA 1G15A 4DTJA 4BE1A 4CCHA 4Q0BA 3LPTA 2XO7A 3QEXA 3AVKA 2DTUA 1RNHA 4MFBA 3VQ6A 4CJVA 3RTVA 1U4BA 5HP1A 3NF8A 1CXUA 1RT5A 3DOKA 4GMJB 1KLMA 1LWEA 1TGOA 1WAFA 1TK8A 1N6QA 4N47A 3ZCMA 4NYNA 4CHPA 3M8RA 2VG6A 4F8RA 1IG9A 3H08A 3O4NA 5CZ2A 4ICLA 4FM2A 1YTUA 3AVHA 4BWJA 4YNQA 3L2QA 1Q9XA 1BGXT 3ZSVA 3L2UA 4FLZA 3MEGA 3V9ZA 4FJHA 4Z0UA 5CZ1A 3QEVA 2XY8A 4DQPA 3RMDA 1VSLA 3EY1A 5J2PA 2YHBA 3TAPA 1NK7A 1SL1A 1HYZA 3P5JA 4FZXC 3NE6A 3CG7A 3V9UA 1NK4A 3ZT4A 1TVRA 4DTPA 2BGGA 1QSSA 2ZQBA 2O4GA 4B3OA 4JRQA 3CFRA 3SUQA 1BCOA 1NJYA 3ASMA 1TAQA 1SUQA 4CGGA 2E6MA 4H4OA 1LAVA 3DLKA 3LALA 4CIFA 3BDPA 1TL3A 3RR8A 4RG8A 4OGCA 3V1RA 1DLOA 1WN7A 3LP3A 4FJ8A 1GOCA 3C6UA 4CJQA 2KFZA 1WSEA 1N5YA 1RBVA 1YT3A 2RPIA 1S1TA 2F8SA 4CGJA 4AHSA 4FM1A 4IFYA 3VA3A 2P5GA 3DLBA 3ZSQA 4J2BA 4F2SA 4F2RA 1MU2A 4DS5A 3NHGA 3IS9A 5C42A 3ALYA 4DF8A 3C6TA 3DI6A 3KKRA 3HVTA 3M8PA 3B6PA 3OYMA 2QXFA 2WOMA 4M41A 4CEOA 2VG5A 2BE2A 4EP4A 5J2NA 4FJGA 2HHVA 4O0IA 5HLFA 3QIPA 4PUOA 2XY6A 3KLEA 1T7PA 4Y1CA 4FK2A 4N76A 4E7LA 3NF6A 4KO0A 1RILA 2NUBA 3I0SA 1J9AA 4E7KA 1UWBA 2P51A 3RRHA 3DOLA 4OLAA 1S6QA 3VQ5A 4CGHA 3HP9A 3OS2A 2GUIA 4DWIA 4KHUA 3OVNA 4DFKA 1ZBFA 1EP4A 3QEPA 1JLFA 4OKKA 4AHCA 4LY7A 1HRHA 3CFOA 2HVIA 3P1GA 4IG3A 3HPHA 4FZZA 4O55A 1L3UA 1RT3A 1S1UA 1ASUA 4CEZA 3T1AA 3VQ7A 3HO1A 4Q5VA 4DSJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AP1A 2DPNA 4F4KA 1IO2A 4H4MA 4M45A 4KREA 5IT9O 1C1BA 1BI4B 4JV5K 3K5MA 3ULEB 3VOVA 4K41A 3DLHA 3ZYYX 1VSHA 3SV4A 4NYFA 3T7ZA 4DF4A 4Z4EA 4I9LA 3JXUA 3MCAB 1IKWA 3Q7CA 1NK9A 4FXDA 3P38A 3G25A 5JS1A 2OPSA 2X78A 1NK8A 1Q82O 1FXXA 3VQEA 4M3ZA 1WSHA 5HRNA 1X9WA 4F9OA 4CJ7A 2E2QA 3AVIA 5JVHL 1QSLA 4BDZA 2PBDA 4KH5A 4KHPK 1WSFA 3QB0A 2HMIA 5HL7L 3AVBA 3OJUA 3O4WA 5CYQA 3CF5L 4BC4A 4LH4A 3ZEUA 4CF0A 1GLCG 4UQGA 1HYSA 4C8LA 3JAMO 1TYQA 1GOAA 3GOIA 2P1JA 3CCJN 3C94A 5GAHP 2RKIA 4R79A 4B9QA 4TSXA 1JLGA 5GAEP 3K5NA 2A5XA 4B3RK 1BL3A 4BRAA 1VQ9N 4PY5A 1J6ZA 4FJ9A 3WXLA 1X1PA 1X9MA 4DB3A 3NVKA 1SV5A 4IOXA 4ZTFA 1YUWA 2RN2A 1U49A 4FZYA 1HPZA 1IG8A 2DFFA 4DQRA 3DLLL 3NGYA 3LPUA 3VEVA 3EKUA 3LP1A 4DV7K 3KD5E 3QESA 2BDPA 1HNWK 4O4GA 3SI6A 1BOTO 1WLJA 1NKBA 4E7JA 1BIZA 1QQNA 4G9ZA 4BE0A 4FCYA 3WQTA 4B9UA 1C1CA 3ZT0A 2X6SA 4CJ3A 4IWVA 5B8HA 4B3MK 1S1VA 4HTUA 2OYQA 3R9PA 4BRLA 2DY4A 2WONA 4DR7K 4JRPA 3BP8A 3OYKA 5DM7L 1EX4A 3PO5A 2QWMA 4RW9A 1REVA 1VQ4N 5FRMA 1DKGD 4OPJA 3AO2A 1J54A 1WUAA 4WFAL 4GV6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2AP1 A;  2DPN A;  4F4K A;  1IO2 A;  4H4M A;  4M45 A;  4KRE A;  5IT9 O;  1C1B A;  1BI4 B;  4JV5 K;  3K5M A;  3ULE B;  3VOV A;  4K41 A;  3DLH A;  3ZYY X;  1VSH A;  3SV4 A;  4NYF A;  3T7Z A;  4DF4 A;  4Z4E A;  4I9L A;  3JXU A;  3MCA B;  1IKW A;  3Q7C A;  1NK9 A;  4FXD A;  3P38 A;  3G25 A;  5JS1 A;  2OPS A;  2X78 A;  1NK8 A;  1Q82 O;  1FXX A;  3VQE A;  4M3Z A;  1WSH A;  5HRN A;  1X9W A;  4F9O A;  4CJ7 A;  2E2Q A;  3AVI A;  5JVH L;  1QSL A;  4BDZ A;  2PBD A;  4KH5 A;  4KHP K;  1WSF A;  3QB0 A;  2HMI A;  5HL7 L;  3AVB A;  3OJU A;  3O4W A;  5CYQ A;  3CF5 L;  4BC4 A;  4LH4 A;  3ZEU A;  4CF0 A;  1GLC G;  4UQG A;  1HYS A;  4C8L A;  3JAM O;  1TYQ A;  1GOA A;  3GOI A;  2P1J A;  3CCJ N;  3C94 A;  5GAH P;  2RKI A;  4R79 A;  4B9Q A;  4TSX A;  1JLG A;  5GAE P;  3K5N A;  2A5X A;  4B3R K;  1BL3 A;  4BRA A;  1VQ9 N;  4PY5 A;  1J6Z A;  4FJ9 A;  3WXL A;  1X1P A;  1X9M A;  4DB3 A;  3NVK A;  1SV5 A;  4IOX A;  4ZTF A;  1YUW A;  2RN2 A;  1U49 A;  4FZY A;  1HPZ A;  1IG8 A;  2DFF A;  4DQR A;  3DLL L;  3NGY A;  3LPU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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