3VQ8A

Hiv-1 in core domain in complex with (3r)-3,4-dihydro-2h-chromen-3-ylmethanol
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
153
structure length
136
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
total genus 51
structure length 136
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq8A00
3LDSA 3VQ6A 4FJ5A 1LWCA 1VSHA 3CFOA 3DLRA 3BGRA 4DG1A 3T3FA 5HP1A 4M3YA 4DTNA 4LSNA 4DU4A 1GOAA 2XY7A 4KRFA 3HPGA 3M8SA 1U4BA 4KO0A 3LANA 3SQ0A 4N5SA 3AO2A 3HXMA 2B6AA 2VG7A 4O55A 1N5YA 4FM0A 4YNQA 1RTHA 2D5RA 4C8MA 4DMNA 3L2WA 4FLYA 3ZSXA 5J1EA 4ELVA 4CJFA 4CFBA 4BACA 4FK2A 1HMVA 1D5AA 3EYZA 3LWLA 2XO7A 3VQQA 1J9AA 1U48A 3NH0A 3C94A 3I0RA 4BDZA 4QCLA 4LD0A 5K14A 4CEEA 4W5OA 3V81A 2G8IA 4Z4HA 3ZSZA 2QXFA 3DOKA 1I39A 1IKYA 1BQMA 1NOYA 4OPKA 3CQ8A 1RT4A 4DLEA 3V1RA 4J2BA 1WSIA 1FKPA 2O4GA 1NJYA 4I2PA 1LWFA 2QKKA 3L2RA 3NF7A 1CZ9A 1LW0A 3HPHA 1X9MA 4HCBA 4FLTA 3OYHA 2PYJA 3QESA 1SV5A 3CM6A 4KTWA 3AVBA 4F2SA 2WOMA 2IOCA 4FCYA 1TAQA 4MFBA 3SV4A 3QEPA 4DSEA 2OPSA 1GOBA 1YTUA 1SKWA 4FW1A 3D45A 4EP4A 2JGUA 4M3UA 3L8BA 3HVTA 4CHOA 2W42A 2KW4A 5EU7A 4CHNA 4CF0A 3NCIA 3LZJA 4DFJA 2G8WA 4CGGA 3V9XA 1BCOA 1J54A 2EX3A 1U04A 3WNHA 5CYMA 3QERA 3TAFA 4DTOA 4M3TA 2F8TA 3NF6A 3C95A 4NCGA 2HHVA 3T19A 1S9GA 1RDBA 3MXJA 1G15A 2YNFA 3QIOA 3OY9A 2PY5A 1C1AA 1HYVA 3HM9A 3HPOA 4M3XA 3AA2A 1QHTA 3O4NA 4M3ZA 4BDYA 1NOZA 2ITGA 3MECA 2HVHA 1SL1A 3TAPA 4B9UA 1RBRA 1RNHA 4O5BA 4DQQA 3LP0A 2HHTA 4CEOA 4CJ3A 4FLUA 4KB1A 1WAFA 1D9FA 1VSLA 3K58A 5SWMA 2G8VA 3RMAA 1LWEA 1QSLA 3TAQA 4RW7A 3D0PA 4NCBA 3OYCA 3OS0A 4LH5A 1R0AA 3VQ8A 3QEVA 1ASUA 3NGYA 3ZSQA 3S3OA 3PX0A 4HTUA 1JL2A 2RKIA 4GW6A 3QETA 4B9TA 2OPRA 1K6YA 4AILC 3MXIA 3OYGA 1WN7A 2G8KA 1TKTA 4LY7A 3V9ZA 4CGIA 4XIUA 1B9DA 2HHUA 4RW6A 3V1OA 1ZBLA 3AO5A 1HRHA 3P5JA 4LH4A 4FJ8A 4AHRA 1BI4B 3U3YA 4PUOA 1TKZA 1SL2A 1Q9YA 2AJQA 5CYQA 3AVMA 4IBNA 1QSYA 3TANA 2OZSA 3T1AA 2D0AA 3LALA 1Y97A 5SZTA 4FJ7A 4FJ9A 3CFPA 2BGGA 4DQSA 1NK0A 1NKEA 4EP5A 3RMDA 4B9MA 1S1WA 4KV8A 3NE6A 5FRMA 1RDDA 1S5JA 3DRSA 2Z1IA 1WAJA 2YV0X 3VQ4A 4IKFA 4KHUA 1J53A 3K2PA 1KVCA 3TARA 5C42A 4HVJA 1UWBA 4M3WA 3HJFA 3ZT2A 1KLMA 1TAUA 1ASVA 5KRSA 4B9NA 4CERA 5KGWA 4FJHA 1EP4A 4CECA 3KTQA 4I2QA 1WSGA 3SPYA 4H4OA 3KK1A 3KLHA 3QEIA 3M8RA 4E1MA 4AH9A 4KFBA 1JLCA 5I3UA 3SJJA 4CJLA 3E01A 3H08A 4CHQA 5FDLA 2FBXA 3SQ2A 2G8FA 1HYSA 3SI6A 2KZMA 5I42A 3S3MA 4FJGA 1JLAA 4OGEA 1IG9A 1C1CA 2I5JA 5HBMA 4IG0A 2HHQA 1RT2A 3C6UA 3IRXA 3QO9A 4FLXA 4DFPA 4DLGA 3LAKA 5E41A 1CXQA 4DTXA 4Z4IA 4CEFA 4BE2A 2RPIA 1RT5A 1JLQA 1RILA 3DLHA 1NKBA 3RRGA 4FLWA 4ICLA 3WNFA 3OYFA 1HQEA 5C24A 3M8PA 4Q5VA 1TL3A 1A5WA 4LSLA 3V9SA 4B9SA 5J2QA 1KCFA 2YNGA 5J2NA 1EX4A 3V4IA 2OZMA 1TK0A 3CM5A 1TKDA 4NCAA 1F21A 3KIOA 1RDCA 1C0MA 2BANA 2E6LA 3KLIA 4ZHRA 4M3RA 3ZT0A 4BE0A 1UOCA 3V9UA 1XHXA 3DM2A 3HO1A 3NDKA 1ZBFA 2Z1JA 2HMIA 4ZTJA 4KKOA 1VSMA 2Q3SA 4AHCA 4CGHA 4CJSA 3AV9A 4FM2A 1A5VA 3PUFA 2BDPA 4DSKA 5CZ1A 3ZT1A 3WNGA 4E7JA 5KI6A 4B8AB 1Q9XA 1LV5A 1BCMA 4JLHA 4CHPA 4DQPA 4ID5A 4OVLA 5D3GA 2IGIA 3K5NA 1WLJA 1U47A 1ASWA 1QE1A 1CLQA 4KHSA 4W5RA 4ID1A 1RT6A 4DFKA 2ZD1A 3CG7A 3K57A 4OKKA 4CIFA 2P51A 4FM1A 1S6PA 3LWMA 2NUBA 3CFRA 2XY6A 3SQ1A 2ATQA 1RT1A 2OPPA 3DI6A 2F96A 2EHGA 3OYNA 2R7YA 3NF9A 2DTUA 3OYEA 3RR8A 3AVJA 4KI6A 2DFFA 3ULDA 2OYQA 5CY4A 3DYAA 4Z4CA 4FJIA 1RTJA 5KTQA 1JKHA 4CEAA 1XHZA 3P83D 1BISA 4OGCA 4E89A 1JL1A 3O4QA 1L3SA 3L2VA 1S1XA 4CJVA 3SV3A 4W5NA 3V9WA 2G8UA 2VG6A 3PX4A 1NK6A 4NYFA 1WNSA 2D0BA 3LPUA 1ZBUA 4KTZA 4ELTA 3KD1E 5FRNA 2HNZA 3HT3A 3AO1A 4PA1A 4KHYA 2YKNA 3QNOA 1T03A 4CJWA 3JYTA 1T05A 1TL1A 1UAXA 3WNEA 4CIGA 4DTMA 3UIQA 5T7BA 4KPYA 3AVKA 1IH7A 4GMJB 4AHVA 3OYJA 4Z0UA 1RT7A 1HNIA 2Y1JA 4TSXA 4MQ3A 1JLFA 1NK7A 3SUOA 2IS3A 4BWJA 5HLFA 3OJSA 4W5TA 2JLEA 1QQCA 4H4MA 3ZSRA 3DMJA 4CESA 4EZ6A 4M42A 2HW3A 2XHBA 3KKSA 1XI1A 1X9SA 4CGJA 1T8EA 4PY5A 2GBZA 4W5QA 1U49A 3RWUA 1KVAA 1Z25A 3VA3A 4CEZA 1HPZA 1REVA 4L8RB 2GUIA 1TV6A 4CEBA 4E0DA 3EY1A 3K5MA 4FYDA 1QTMA 4N76A 1RBTA 3PO5A 1BI4A 3LPTA 5HRPA 3MAQA 2ZQBA 1ITGA 5DK5A 1QSSA 1W9HA 4F4KA 1X1PA 4KHQA 3OYLA 3U6FA 4Z4FA 4N56A 2IC3A 3CYMA 3P1GA 2D0CA 3U3GA 4WE1A 1RT3A 2PYLA 2Z1GA 3I0SA 3HL8A 2XY5A 3PY8A 4DWIA 3OYDA 1Q8IA 3AVIA 3OYAA 3EZ5A 1C0TA 1KRPA 1VK0A 3KKRA 4CK2A 1KLNA 1BIUA 1EKEA 4PWDA 2OPQA 2X6NA 3ZT4A 3MXMA 1BGXT 1XWLA 4CJPA 1TK5A 1RTDA 4FK0A 4CFCA 4J2EA 2KQ2A 1SUQA 4Y1DA 2KZZA 4PQUA 3AVGA 1LAVA 2WONA 3AVAA 2BE2A 3IAYA 4O0JA 3SPZA 3NAEA 4KREA 4GVMA 3ZSVA 4BWMA 4FJLA 1A5XA 2E4LA 3PV8A 4M45A 1W0HA 1I3AA 4RW8A 4CJ4A 2VWJA 4HUGA 3SCXA 1IKVA 3QEWA 4CJRA 4C8KA 1BL3A 2FBTA 3PO4A 1N6QA 3RR7A 1C0UA 5HRNA 2XRIA 3PX6A 1NK8A 3QLHA 3LAMA 4HCCA 1D8YA 1XC9A 4CGFA 3KD5E 4C8OA 4AHTA 2HHWA 2HNDA 1CXUA 1VSDA 3MEGA 4DS5A 1L3UA 2G8HA 4FXDA 1S1UA 4DSIA 2DY4A 3L3UA 4E7KA 1VSEA 2KFZA 3NFAA 1IO2A 3L3VA 4C8NA 4Z4GA 1TGOA 1L5UA 4FZZA 4O44A 4KAZA 4E19A 4CGDA 1MU2A 4CJTA 3O3GA 2A1SA 3OYBA 4BDPA 4B8CA 5JS1A 3DRRA 1RTIA 3KJVA 3TR8A 1YTAA 4B3OA 2Y1IA 5HROA 1NK5A 4CF1A 4CK1A 1JLEA 3VA0A 4DSFA 4DTSA 4CIEA 4OLAA 1LW2A 1KSPA 3MEDA 1VSKA 1NK4A 4I9QA 3OYKA 1ZBIA 1HQUA 2IAJA 5KGXA 3KK3A 2YHBA 1HYZA 4AHSA 3KLEA 4FLZA 3AVFA 4G1QA 3QINA 1U45A 1NKCA 4CEQA 1VSIA 1JXBA 4CHZA 3NGZA 3DRPA 4H8KA 4IFYA 2F8SA 1DTQA 3LP2A 4CF9A 5KRTA 3NH2A 3O3FA 1VSFA 3KK2A 3S3NA 2OA8A 4FZYA 3G0ZA 1S1TA 3DLGA 2P5OA 2HHXA 2GV9A 3HYFA 3V1QA 4CFDA 2Z1HA 1HNVA 3SUNA 1SL0A 3OS1A 4KI4A 1IKXA 2KTQA 4I7FA 3TAMA 4CJEA 3ZSYA 4CJ5A 3VQDA 1WSHA 3K5OA 4FW2A 4OKEA 3I8DA 4B08A 1BQNA 1TKXA 2RF2A 4R5PA 1YT3A 4CJKA 2HB5A 3AVLA 3OYIA 3LP3A 1C6VA 3VQBA 1JXEA 4CJQA 4CEDA 2X6SA 3RRHA 4O4GA 3AA4A 4DTRA 4K8XA 4C8LA 1Z26A 5C25A 3K5LA 4DSLA 3NBPA 1TK8A 4OLBA 2YHAA 3AVCA 3HP6A 3RMBA 4HHTA 1RBUA 4CFAA 4JS4A 1BHLA 5CZ2A 2RN2A 3VQEA 1NK9A 4RG8A 4KHWA 4DTPA 1O1WA 3SYZA 3SUQA 1S9EA 3A2FA 3AO4A 4F8RA 1SKSA 4Q0BA 2DFHA 4CF8A 3TAEA 3THVA 1EETA 4Z4EA 4FVMA 3M8QA 3OYMA 4OJRA 4KB0A 4EZ9A 2A1RA 3IG1A 4DTJA 1HJRA 3B6OA 3VQPA 4ELUA 3F9KA 1RCHA 3V6DA 3ALYA 1LAWA 1NJXA 1QS4A 1L3TA 2VG5A 1J5OA 4FJMA 3S9HA 3ASMA 3BDPA 3VQ9A 4E1NA 4DQRA 2ZE2A 3ISNC 4F3OA 4DF4A 2O4IA 1WSEA 3ZCMA 1NJZA 2P1JA 3OJUA 1L3VA 1JLBA 2ETJA 2B5JA 3FFIA 1GOCA 1WSJA 4DTUA 1ZYQA 1ZBHA 2QK9A 1DLOA 5J2PA 4Y1CA 1B92A 1FXXA 4B9LA 4J2AA 4KHNA 4I9LA 2YKMA 3RTVA 4DQIA 3QEXA 1RBVA 2DFEA 3HK2A 3HVRA 4RW4A 4DU1A 4M41A 3NH1A 2XY8A 2FBYA 4DFMA 2YNHA 4F3TA 1TVRA 4KTQA 4CHYA 3ZT3A 3LZIA 3B6PA 3HSTB 1DTTA 2E6MA 4NYNA 4HUEA 3TABA 1JLGA 5JS2A 4E7LA 3NHGA 1NJWA 4QAGA 4CF2A 3NF8A 4IFVA 3ZSOA 3O3HA 4IDKA 3L2UA 3TWHA 5FROA 1B9FA 4BE1A 4O0IA 3TAGA 2B4JA 1X9WA 1IKWA 2QKBA 4N47A 1CZBA 4JRQA 3AVHA 4ZTFA 4JRPA 3SZ2A 3DOLA 5DMRA 3VQCA 2X78A 3DLEA 4OKJA 2X74A 4YFUA 3JSMA 4CK3A 4FJNA 3DLKA 3VQ5A 2IDOA 4DU3A 1YVUA 3AO3A 4E3SA 3DLBA 3QNNA 4IG3A 1VSJA 3ITHA 4J2DA 1KFDA 3VQAA 4CJUA 3AVNA 1VRUA 1KTQA 4E7IA 3TI0A 1C1BA 4DSJA 1FKOA 3F73A 4K8ZA 1D9DA 1KFSA 1RDAA 3KLFA 2FBVA 3VN5A 1VRTA 1UA0A 3SUPA 2HHSA 2P5GA 4FZXC 4E7HA 3AA5X 5J2MA 4OPJA 1SKRA 3MEEA 4CCHA 2FC0A 1S6QA 4FJXA 3AA3A 2HNYA 3IS9A 3SNNA 3LP1A 2HVIA 1UA1A 2PZSA 4DF8A 4F2RA 2VWKA 1S1VA 1WSFA 4N41A 4FJKA 3VQ7A 3KLGA 4B9VA 4JS5A 4FJJA 4QOZB 3G10A 3K59A 1EXQA 1BIZA 4CE9A 3OVNA 3HP9A 1KVBA 2KFNA 3L2QA 1FK9A 3SQ4A 4HUFA 1T7PA 3QIPA 2YNIA 3OS2A 4FLVA 4DS4A 4FK4A 3NGIA 5HRSA 2LSNA 5HRRA 4RW9A 3C6TA 3RMCA 3ZSWA 4UQGA 1RBSA 4AHUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQ6A 4FJ5A 1LWCA 1VSHA 5FPMA 1XNQK 2O8EB 3SQ0A 3HXMA 2DPNA 2VG7A 2NRHA 4O55A 3L6QA 3JS6A 3IDHA 4FM0A 1N5YA 3KZBA 3MMVA 4IEEA 2D5RA 4DMNA 4ELVA 1ATSA 3WQUA 4NB4A 3NH0A 4BDZA 4QS9A 4W5OA 3ZSZA 1I39A 2QWLA 4JHDA 3H6EA 4BC3A 3LDNA 1RT4A 1X3MA 1WSIA 1FKPA 2WFBA 1DT9A 3L2RA 3WXMB 1X9MA 2NRVA 2WC9A 2PYJA 3QESA 3WT0A 4J8FA 3SV4A 3QEPA 5ADXH 4DSEA 2OPSA 3D45A 2JGUA 4M3UA 4CZJA 3L8BA 3LDQA 4CHOA 3LZJA 4CF0A 2G8WA 3V9XA 1J54A 1U04A 3WNHA 5CYMA 4WFNL 3TAFA 4DTOA 2F8TA 3C95A 4WQ5C 1S9GA 3QIOA 3OY9A 3O9UA 4BRPA 4B1UB 3O4NA 4M3ZA 3MECA 2HVHA 4DHYA 4X64K 1E4GT 2V51B 4O5BA 4DQQA 3LP0A 3ID8A 5AQOA 4FLUA 1C0GA 2W40A 4JI0K 3CIPA 3OS0A 4BRNA 3D7EO 1NLVA 3ZSQA 4GW6A 3QETA 4B9TA 1K6YA 3OYGA 3BUZB 2HHUA 1ZBLA 3AO5A 3P5JA 1BOTO 4FJ8A 1TUYA 3U3YA 1BI4B 1TKZA 1IBLK 1Q9YA 2AJQA 3CQYA 3I55N 2OZSA 4Z94A 5SZTA 2QWPA 3CFPA 2BGGA 4DQSA 5C10A 1ATRA 4EP5A 1HNWK 4ILJA 2Q0UA 3RMDA 3BY5A 5FRMA 4IFEA 3ZX3A 3THXA 1WAJA 2YV0X 4IKFA 3K2PA 5C42A 4HVJA 1UWBA 4M3WA 3SMPA 4B1ZA 3T7ZA 3ZX0A 4JI5K 3W0LA 1WSGA 1WB9A 5DM7L 1TYQB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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