3VQ8A

Hiv-1 in core domain in complex with (3r)-3,4-dihydro-2h-chromen-3-ylmethanol
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
153
structure length
136
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL polyprotein
total genus 51
structure length 136
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq8A00
3S3OA 2A1SA 2YNFA 4CFDA 3KD1E 1CXUA 3VA3A 4DTUA 2Z1IA 4XIUA 1XHXA 4FJIA 1VSHA 3G10A 2G8KA 1BHLA 4M45A 4OPJA 2D5RA 1T8EA 5J1EA 4FK0A 4O0JA 3TWHA 1VSEA 3ITHA 4KTWA 3TR8A 3PO4A 3PY8A 4Q0BA 3LP1A 4CJKA 4FJJA 5CY4A 3VQ5A 1RDBA 3DI6A 3UIQA 1Z26A 3TI0A 2E6MA 3HYFA 4F2RA 1X9SA 3ZT4A 4M3ZA 5CYMA 5KI6A 2D0CA 4FJNA 4HVJA 5CYQA 1JL2A 3SUQA 1WLJA 3HPGA 4F8RA 3L2UA 1KLNA 3LDSA 4Y1CA 2G8UA 1KVCA 4CJSA 3MXJA 4GVMA 3AVNA 4OPKA 1UA1A 3ZT3A 2OZMA 2G8HA 2FBYA 4DTMA 1JLAA 4CK3A 3MAQA 4N41A 4CHPA 1RDCA 1TKXA 4KO0A 4CGDA 4CEBA 4FM0A 1RTDA 3LWMA 1S1VA 3KLFA 2XY6A 4KREA 4B9UA 3AO3A 1G15A 4DU1A 4HCBA 1CZBA 1Q9YA 4CIFA 4HUEA 3ZSXA 4ELUA 1SUQA 3ZSOA 5KGXA 3QINA 3OS1A 4FLWA 1A5VA 3O4QA 4FM1A 1YTUA 4AILC 4IG3A 1J5OA 1L3TA 1ZBUA 3QIOA 4FLTA 1NJZA 2D0BA 5KRSA 2LSNA 1VRUA 4M3WA 1WAFA 3WNEA 3SPYA 1L3SA 2YKNA 5HRSA 1WSHA 1J53A 4CGGA 2X6NA 2DFHA 4Z4FA 3QNNA 1WSJA 1LW2A 4CGJA 2KW4A 1ASUA 5FROA 4Q5VA 4ICLA 1BISA 3DOKA 1L3UA 1KVAA 3KK2A 3SJJA 4CGFA 3DRRA 4QAGA 4AHSA 3JYTA 4FJHA 2G8IA 1VRTA 3RWUA 3F73A 4BE2A 2OZSA 3G0ZA 1KSPA 2E6LA 4PA1A 4CJWA 3AVKA 3K57A 3MXMA 4CEZA 2Y1JA 3VQQA 3ASMA 4DU3A 3DLHA 4FJ5A 3JSMA 3QLHA 1SL1A 1TKTA 4DU4A 4B3OA 3PUFA 2XO7A 3IAYA 1B92A 1B9DA 1WNSA 3AVIA 4KAZA 1RT3A 2KZMA 3VQCA 4M3RA 4M3YA 4CF9A 4E19A 2P1JA 1TGOA 3K5MA 4FLZA 5FRNA 3C94A 4B9TA 3M8PA 1JLCA 3ZSZA 5JS2A 4DTXA 4DTRA 2VWJA 4KTZA 3PV8A 1Q8IA 2KZZA 2IAJA 1BL3A 4O55A 2ATQA 3ZSYA 3KLGA 2YHAA 2XHBA 4FLYA 3I0RA 3V4IA 3SI6A 3TAPA 4B9SA 4EP4A 2FBVA 3WNFA 4C8LA 3AO1A 1QSSA 3DOLA 3CFRA 4AH9A 4H4MA 4CJ3A 1RBVA 3SPZA 4FYDA 2IS3A 1CZ9A 2IDOA 3U6FA 5EU7A 3ZT2A 1FXXA 3S9HA 1D9FA 4CIGA 5KRTA 2HHQA 3L3VA 1VK0A 4DF8A 2B4JA 5C42A 1KFSA 4C8KA 1WAJA 1HNIA 5FDLA 2RKIA 3IRXA 3OY9A 3KLHA 4J2EA 2WONA 4N5SA 2B6AA 2D0AA 5E41A 4CEDA 1JLQA 2JGUA 3K59A 1DTTA 4QOZB 1NKBA 5C25A 2O4GA 2OPSA 2HMIA 2XRIA 5KGWA 4AHVA 3T3FA 4W5OA 4PWDA 1IKWA 4TSXA 1IKXA 4CFAA 4FK4A 4RW9A 2HHTA 4CESA 3B6PA 1NK5A 3OYHA 1LV5A 3CM6A 4GW6A 3E01A 4KPYA 2GUIA 2ZD1A 1RT6A 3MECA 3K58A 3V6DA 4DFJA 2A1RA 2WOMA 1EETA 5CZ2A 3U3GA 4E1MA 4JS5A 2IC3A 4FJLA 2VG7A 1NK8A 4FLXA 3AO5A 4CJQA 1LWFA 1SV5A 3DMJA 1U45A 4CHYA 4Z4CA 4NCAA 3D45A 2HNYA 1RTIA 4DSEA 4CEOA 3L2WA 4JRQA 1ZBLA 1NK4A 1TAQA 4OKEA 4W5TA 3SUNA 1RT5A 1S1WA 1NJYA 2OPPA 4BWMA 4DQQA 4N76A 4FJ7A 3DLGA 3ZT1A 1GOAA 4OJRA 1TKDA 1FKPA 1LWEA 2GBZA 3MEDA 4NCBA 1TK8A 4IKFA 4CJRA 3AO4A 4CK1A 4LH4A 3BGRA 1GOCA 1S6QA 1TV6A 2EX3A 4BACA 1N6QA 3HPHA 1IKVA 1IG9A 4OLAA 5KTQA 2HNDA 3CFOA 4B08A 3PX4A 1BQMA 2YKMA 4E7LA 1T7PA 4I9QA 2X6SA 2YHBA 1REVA 3AVLA 3I8DA 1XC9A 4M42A 1RBTA 3ALYA 3KLEA 4J2AA 4DFKA 3DLRA 1U48A 3LZJA 2HHUA 3ZSWA 2QKKA 3M8QA 3ZSQA 1JXBA 2HB5A 4FZYA 3RRHA 2XY8A 4F3OA 4EZ6A 1YTAA 4LD0A 2F8TA 1VSFA 2F96A 4J2BA 1HQUA 4OGEA 3VQEA 3L2QA 2R7YA 4CIEA 4E7KA 4CJEA 4DTSA 3SQ2A 1D9DA 2FC0A 3AV9A 3DRPA 3KTQA 1RILA 1RBSA 2X74A 4KHWA 4CEQA 4CJFA 4OLBA 4FCYA 1TK5A 3VQPA 1R0AA 4FXDA 3KKSA 3V1OA 1KLMA 3V9SA 3B6OA 2KQ2A 2YNGA 4I2PA 4WE1A 4CGHA 3PX0A 3QEVA 4IBNA 5DK5A 1A5XA 4M3XA 2RN2A 1EP4A 2YNHA 4RW4A 4CERA 3LP2A 3AVFA 4CF1A 3CM5A 4LSLA 1C1BA 1ASWA 4KV8A 4CF8A 4DSKA 3S3NA 2Z1JA 2GV9A 4C8NA 5J2QA 2QK9A 1SL0A 3OYIA 2RF2A 4CJVA 1O1WA 1KTQA 1F21A 3KIOA 1SKSA 1LAVA 3L2VA 2IOCA 4AHCA 4I7FA 4DFPA 5T7BA 2HHXA 4CEFA 4I9LA 3PO5A 3LAKA 3HSTB 2B5JA 4RW7A 4W5QA 4DS5A 3RMAA 1NOYA 1YT3A 3HVTA 4FLVA 4LSNA 2Z1HA 4E7IA 1RTJA 3OJSA 3O4NA 4BDPA 2HHWA 1NOZA 1WSGA 1LW0A 3L3UA 5CZ1A 4ZTJA 1T05A 4DWIA 1HJRA 1MU2A 4DLEA 3EZ5A 3CFPA 1S1TA 1DLOA 3V9XA 2OPRA 1W9HA 4KHSA 3QEIA 1EXQA 1RT7A 3NH1A 4DLGA 4DQPA 3FFIA 1B9FA 1NKCA 4CECA 1C1CA 1S9EA 1A5WA 3VQ6A 4DSLA 4KTQA 4B9NA 5HLFA 3O3FA 3OYFA 4IFVA 3V1QA 3LALA 3PX6A 4E0DA 2RPIA 4K8XA 4GMJB 4ID1A 4CHQA 3OYEA 1BI4A 1FKOA 4YFUA 3NF7A 4KB0A 1LWCA 3M8RA 3HJFA 4CJPA 1JXEA 3DM2A 4FJ9A 1VSDA 2DFFA 3NF8A 4ZTFA 1RCHA 3AO2A 3T19A 1U49A 2OYQA 3THVA 1EX4A 4DSJA 4PY5A 4DF4A 1N5YA 3QETA 2PYJA 1NK0A 1C6VA 4HUGA 4KHNA 5HBMA 4PUOA 2HVHA 5HRRA 4EP5A 4CF0A 3EY1A 1TKZA 1WSFA 3WNGA 5HRNA 4Y1DA 3KK1A 2HNZA 4IFYA 4CJUA 4LY7A 1X9WA 3DLKA 4FZXC 1YVUA 4KB1A 4CEAA 1IO2A 4ID5A 3SV3A 1QQCA 4E7JA 3VQ9A 3NGYA 4N56A 3O3GA 3QEPA 2E4LA 3RR7A 5K14A 3LP0A 2ZE2A 1CLQA 3NDKA 3F9KA 3NBPA 3AA5X 3QO9A 3OVNA 1C0UA 4UQGA 1ZYQA 3CQ8A 3SZ2A 4ZHRA 4C8OA 1ZBHA 3P5JA 3OYKA 3LZIA 2BE2A 2OA8A 4F2SA 3QESA 2BDPA 3D0PA 1HRHA 3VQAA 1QHTA 2EHGA 1KVBA 3OYAA 3NF9A 4MFBA 3AVJA 4CHZA 3AVGA 3QNOA 3QEWA 3DYAA 1J9AA 3MEEA 4RW8A 1X9MA 2XY7A 1HYSA 1NJWA 3K5NA 3NFAA 1U4BA 1X1PA 1NK6A 4KRFA 4FK2A 3L8BA 1D8YA 3EYZA 2I5JA 4CJ5A 4ELVA 2HW3A 4AHRA 3SQ1A 3SNNA 1QSYA 4OKJA 4KHQA 3WNHA 4KI4A 1JLBA 1HMVA 4FW2A 2YNIA 4MQ3A 4G1QA 1J54A 4FZZA 4BWJA 3ZSVA 2QKBA 4OKKA 3OYDA 1S1XA 1Z25A 1NJXA 2QXFA 1RDDA 4N47A 2DFEA 3HXMA 1QSLA 1RT1A 3P83D 5J2NA 5DMRA 3RMDA 3KLIA 4I2QA 3VQ4A 4E3SA 3K2PA 3HT3A 1UAXA 5SZTA 4DTOA 4FLUA 4FJXA 3U3YA 3SQ4A 1I3AA 3RMCA 1QTMA 1KRPA 3HPOA 1I39A 3LP3A 2PY5A 3V9WA 4B9MA 4IDKA 3NH2A 3OYMA 2JLEA 1HPZA 2DY4A 3V1RA 1C0MA 2FBTA 3NE6A 4FJMA 4JLHA 5C24A 4E89A 1VSKA 3AVMA 1LAWA 3QIPA 4O4GA 3NAEA 4B9VA 3MEGA 4B8AB 2Y1IA 1QS4A 3BDPA 4M41A 1QE1A 4DTNA 4FJKA 3HP6A 3HVRA 1C0TA 1JL1A 3SQ0A 4W5NA 4HHTA 1SKWA 5D3GA 2HHSA 4CFCA 1TL1A 2ZQBA 4CEEA 3VQDA 3OYNA 3OJUA 4RW6A 1ITGA 1XWLA 1RBUA 4O0IA 4CE9A 2VG5A 4NCGA 3TANA 2KTQA 2KFNA 3DRSA 4RG8A 3KJVA 3HP9A 3LWLA 1XHZA 1SL2A 1BQNA 3MXIA 3AVCA 4DQRA 3TAFA 2BGGA 3VQ8A 3V81A 3RR8A 3HL8A 4M3UA 1JLFA 2ETJA 3ZSRA 4JRPA 3HM9A 3SV4A 3HO1A 2VG6A 4YNQA 3LANA 4J2DA 3RRGA 4DSIA 3SYZA 1ASVA 4HTUA 4BDZA 3OS0A 4ELTA 3V9UA 2G8FA 4OGCA 1TL3A 3C6UA 3VQBA 1S6PA 2P5GA 4FJ8A 4JS4A 3VN5A 1RBRA 2IGIA 3LAMA 1DTQA 4DFMA 1TVRA 4Z4EA 1TAUA 3OS2A 3LPTA 4DMNA 3IG1A 4K8ZA 1U04A 3AVAA 4OVLA 4HUFA 4M3TA 3TARA 3NCIA 4R5PA 5I3UA 4DTJA 1NKEA 3I0SA 3S3MA 4IG0A 1Y97A 4Z4HA 3OYJA 3H08A 4NYNA 3AA3A 4E7HA 1U47A 3DLBA 3OYCA 3HK2A 2X78A 3C6TA 3KKRA 4BDYA 2AJQA 1RT2A 3P1GA 3LPUA 2BANA 3IS9A 1CXQA 1BCOA 1C1AA 1T03A 5FRMA 2HHVA 3QEXA 1GOBA 4FJGA 1JKHA 4DQIA 5HROA 4HCCA 1HYZA 3AVHA 3K5LA 3V9ZA 3QERA 4EZ9A 3AVBA 3OYBA 1VSIA 2OPQA 3L2RA 2W42A 2G8VA 1BIUA 3C95A 4W5RA 4PQUA 4CHNA 2ITGA 3NGIA 1RTHA 3CYMA 1BCMA 1UA0A 1S1UA 5J2MA 3RMBA 1IH7A 1WSEA 1BI4B 1S9GA 3ISNC 4BE1A 4CFBA 4CCHA 4CHOA 5SWMA 1RT4A 1VSJA 4AHTA 3CG7A 3KD5E 4Z4GA 5JS1A 4DQSA 1WSIA 4AHUA 3K5OA 1RDAA 2YV0X 5HP1A 3ZCMA 5I42A 1S5JA 2XY5A 4CGIA 4KHUA 1HYVA 2HVIA 4CJTA 4F3TA 2VWKA 4B8CA 3OYGA 4KFBA 2P5OA 2DTUA 1K6YA 3TABA 4DS4A 3A2FA 4CK2A 4FM2A 1HQEA 4BE0A 1D5AA 4CJ4A 3M8SA 2Z1GA 3ZT0A 3SUPA 3VQ7A 4C8MA 3RTVA 4DTPA 2Q3SA 2PYLA 1VSLA 2FBXA 3NH0A 4O5BA 4B9LA 1EKEA 1JLEA 5J2PA 1ZBFA 4NYFA 3ULDA 5HRPA 2O4IA 3AA4A 1RNHA 4F4KA 4FW1A 1Q9XA 1BIZA 3TAMA 3SUOA 3TAEA 3NF6A 2NUBA 4E1NA 3TAGA 1IKYA 1UOCA 4KKOA 1KCFA 4H4OA 3KK3A 3VA0A 1JLGA 4QCLA 4O44A 4CF2A 1W0HA 4LH5A 1L5UA 4DG1A 3O3HA 4FVMA 1SKRA 3NGZA 1NK7A 1KFDA 1UWBA 2F8SA 4KHYA 1XI1A 2G8WA 1VSMA 4DSFA 1ZBIA 1BGXT 3DLEA 3SCXA 1FK9A 4Z0UA 2KFZA 3OYLA 4CJLA 3T1AA 3TAQA 1NK9A 2P51A 3NHGA 3AA2A 1L3VA 4L8RB 1HNVA 4Z4IA 1WN7A 1TK0A 2PZSA 4H8KA 4KI6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A1SA 5M1QA 4CFDA 2Z1IA 3RSEA 1VSHA 3K9KA 3ID6A 4O0JA 3O1WA 4YHHK 1HUXA 1BDGA 3HI0A 4FJJA 3TI0A 2E6MA 3HYFA 5AQQA 3L2UA 2PAVA 3SBTA 4Y1CA 3QBXA 4LFBK 2BH1A 2G8UA 4YORA 2Q0RA 3MXJA 1UA1A 2OZMA 3D2EB 1YAGA 4DTMA 4G9ZA 4CK3A 3MAQA 4CGDA 1TKXA 4KO0A 1Q18A 3LWMA 1RTDA 1S1VA 2UU9K 4KREA 4B9UA 2P9UA 4DUZK 3MK6A 4AM6A 3ZSOA 1NLVA 1XNQK 3DXMB 3QIOA 5GIOA 4M3WA 3WNEA 1VQON 5HRSA 4I6MA 1TYQA 3H45C 1J53A 2Q1NA 2X6NA 2A41A 3QNNA 5FROA 5EY4A 5KPTA 3JYTA 2D4WA 4GY2B 3F73A 4PA1A 3K57A 3A5NC 3LM2A 3MXMA 4BG8A 5AQIA 3MN9A 1TKTA 3HSCA 4BRGA 3IAYA 1HNZK 1B92A 4KAZA 1YITN 5BR9A 3VQCA 4M3RA 4CF9A 3TSUA 4CZJA 4B9TA 3M8PA 1Y64A 1YJWN 5JS2A 2O8BB 3PV8A 1ATSA 1BL3A 3O5BA 3KLGA 2XHBA 4FLYA 4AH9A 4H4MA 3L4QA 3T7ZA 4BR2A 4CIGA 2YCHA 3L3VA 4DF8A 2B4JA 4BR4A 2RKIA 2QW9A 2IIRA 2AP1A 3EE9A 4CZHA 2B6AA 2D0AA 2WBNA 3LM9A 3E9OA 2O4GA 2CGJA 2OPSA 3O8MA 4BQZA 5BRDA 3T3FA 4PWDA 3B6PA 2ITMA 4GW6A 1RT6A 1VQKN 2D0OA 5AQFA 3VEYA 5BRHA 4O8KA 3CJ1A 2AA4A 4FJLA 4JAXA 1NK8A 1E4FT 1RTIA 4DSEA 4JRQA 1HJOA 1NK4A 4YOVA 1EWRA 4W5TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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