3ZX0A

Ntpdase1 in complex with heptamolybdate
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
404
structure length
385
Chain Sequence
KYGIVLDAGSSHTNLYIYKWVVQQLEECQVKGPGISKYAQKTDEIAAYLAECMKMSTERIPASKQHQTPVYLGATAGMRLLRMESKQSADEVLAAVSRSLKSYPFDFQGAKIITGQEEGAYGWITINYLLGRFKGSTFGALDLGGSSTQITFVPLNSTLEAPETSLQFRLYGTDYTVYTHSFLCYGKDQALWQKLAQDIQVSSGGILKDPCFYPGYKKVVNVSELYGTPCTKRFEKKLPFNQFQVQGTGDYEQCHQSILKIFNCPYSQCAFNGVFLPPLQGSFGAFSAFYFVMDFFKKMASSQEKMTEITKNFCSKPWEEVKASYPTVKEKYLSEYCFSGTYILSLLLQGYNFTGTSWDQIHFMGKIKDSNAGWTLGYMLNLTNM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic evidence for a domain motion in rat nucleoside triphosphate diphosphohydrolase (NTPDase) 1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 117
structure length 385
sequence length 404
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zx0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3zx0A02
5EXWA 3WEEB 3LDLA 1QZ5A 1HUXA 5E26A 4BRFA 3VEOA 4CBUA 5AQHA 4NO7A 5AQQA 2EWSA 1X9JA 4DB3A 5EOYA 2A41A 3DXKA 4RCHA 3WT0A 4CZLA 1SZ2A 1ZBSA 2FF6A 4JN4A 3ZETA 4BC5A 2QM1A 1KXPA 3CHWA 5AQZA 1KAZA 3MN9A 4RTFD 3EO3A 1R59O 1EQYA 2CGJA 2DPNA 3EN9A 4XH4A 4CD1A 3VEVA 2OANA 1NMDA 3HM8A 4HWIA 2GTDA 2E1ZA 4K41A 1IG8A 3EKUA 3VEXA 5AQOA 4BG8A 1U2VB 5E84A 5AZJB 4FWRA 2CGLA 3DWLA 5BRFA 5LY3A 1E4FT 4EHUA 2PAVA 4PKGA 5EX5A 1YVNA 3GE1A 2Q31A 4H5WA 4IJNA 3LDPA 1ATNA 1NGDA 1YAGA 2GWKA 5I9EB 4MLEA 1NGAA 2ASMA 3MN5A 3M3ZA 2HF4A 3R6MA 4BR7A 5BN8A 3O8MA 1XC3A 4WQ5A 3H6EA 3ATVA 4B1UB 4WQ4A 5LJVA 3IDHA 2QWQA 1JCGA 4MO4A 1QQOA 4PL7A 4B1VA 3W0LA 3P4IA 3DJCA 1BWFO 3A5LC 3WEEA 2E88A 2QWNA 3O08A 4B9QA 3BUZB 2QW9A 2W40A 2AP1A 3AY9A 3D2FA 3LDNA 5BR9A 4A2AA 4FSVA 1BA0A 3QDKA 1ZXOA 3VOVA 2NZTA 3CJCA 2QXLA 2HOEA 4FWNA 2YCHA 5FPMA 4YDUC 4M7XA 4DCHA 3H3NO 3CQYA 3VEYA 4PKIA 3JXUA 2Q36A 4CBWA 2ASPA 3IFRA 3H1VX 3MDQA 4O8KA 4C23A 3VF4A 2W41A 2E2QA 3FZLA 3HTVA 3U8XA 3FZKA 1V4TA 1MDUB 2QWMA 4CI6A 3JS6A 3WXJA 4Z94A 1BDGA 2ZGZA 3BF3A 3ATUA 4E1JA 4BRAA 4B1XB 5AQYA 1RDWX 4NB4A 5KQDA 4JNEA 1MWKA 4H0TB 3CI5A 3VGMA 1H1VA 5AR0A 5BRHA 2ZF5O 3CJ1A 3CJ7A 1GLDG 5BRDA 3WQUA 1MA9B 5BREA 3UB5A 2Q0RA 3FLCO 3UKRB 3KZBA 2IVOA 3AARA 2E2OA 5AQXA 1CZAN 5B8HA 5AQGA 3C7NB 2YI1A 1NM1A 4BC4A 1K8KB 3A5MC 4ISEA 4WYBA 3ZEUB 4FOEA 4B1YB 3D2EB 3FGUA 4H0PA 2A5XA 2P9PA 4IZ9A 3WXLA 2NRHA 3QBWA 1X3MA 4J8FA 4AM6A 4FWQA 5KPZA 3UKUB 4JHDA 3FR0A 4FOIA 3H3OB 1WUAA 1YUWA 3SLCA 3LDQA 3QBXA 1JCEA 1DGKN 2HMPA 2UYTA 1QQMA 3QICA 1NGCA 2V51B 3GL1A 2F9WA 3EKSA 2P9UB 5AQUA 1HX1A 3EL2A 3O80A 5ELZA 1DEJA 3WXIA 2P9KA 3WQTA 4CZMA 1HJOA 5AZIB 3MMVA 2H3GX 3CERA 3B8AX 4DQ8A 5JLFA 3L4IA 3TPQA 3H45C 2E8AA 3LL3A 1GLFO 3CJBA 4BR4A 3SMSA 4BGAA 4XH5A 2FLOA 3MN6A 5AQFA 2D0OA 5AQRA 3R8EA 4CZHA 5JLHA 2QWPA 3R9PA 3ENHA 1NBWA 3MK6A 2FSKA 4MLHA 3QFUA 1C0FA 4BREA 3LM9A 4M7YA 3H1QA 4XEIA 3VPZA 3MCPA 3RSEB 3UKRA 4CZEA 3F9MA 2E2PA 4A62A 3BP8A 3AAPA 3ENOA 5BPLA 4PL8A 2I7PA 1K8KA 3HI0A 4JD2A 1NGFA 4BG9A 2Q0UA 3ZEUA 4EHTA 5EVZA 1NLVA 3DAWA 4O5FA 1G99A 4H0VB 4WQ5C 3ULEB 4B1WB 2P9IB 1TYQB 3KHYA 4A2BA 4WQ4C 3O4WA 3LDOA 3UKUA 4BRPA 4BRKA 4BQZA 3HBTA 2ITMA 2V52B 4GNIA 5BPMA 4FPAA 1LOTB 4IJAA 5AQIA 5TKYA 2E1YA 1Z05A 4BQLA 4BC2A 2FSNA 1BU6O 4H5NA 1HKCA 2YHXA 3MN7A 2P9SB 5CE3A 3I33A 4H0YB 3WXKA 4CD3A 5AZIA 1GLBG 1NWKA 4B1ZA 3QFPA 2IVPA 1LCUA 1ZC6A 2VCPA 4BVOA 1NGGA 5F2RA 4BRLA 1U2VA 1GLAG 5AZJA 2QWOA 3D7EO 4BRQA 5AQPA 1ATSA 3FZFA 4CBXA 5AQNA 1MWMA 2Q97A 2CGKA 5AQJA 3BEXA 3DXKB 2F9TA 3ZETB 5FPEA 3TU5A 5KPTA 3SMPA 1ESVA 1BOTO 2NLXA 1WOQA 3RSEA 2FF3B 3A5OC 4CJ7A 3WUHA 5KPRA 4FWOA 5FPDA 1YXQA 4K43A 3BF1A 4FWSA 5KQ8A 2CH6A 5AQKA 4KBOA 4BR9A 4ISFA 2AA4A 2GEMA 2KHOA 3IUCA 5ADXA 3SK3A 2V7ZA 2ZGYA 5JICA 3S41A 1BG3A 3VEZA 4BR2A 4H0XB 3ULEA 1HKGA 4EIAA 2FXUA 1U6ZA 1IJJA 2GUPA 2A40A 2QWLA 3FE1A 3FZHA 1NGEA 2YJEA 5AFUA 3VENA 3O6WA 1RGIA 1SQKA 5AFUH 3M6GA 1TUUA 4QS9A 2Q2RA 3VF2A 1Q18A 4H03B 1BUPA 1P8ZA 2E2NA 1ATRA 2P9SA 3DXMB 1XQSC 4BRCA 2PBDA 4BGBA 4F9OA 3GBTA 3ZX0A 3O1BA 4BROA 3VEWA 5FPNA 1HKBA 4Y0WA 1NGBA 3O5BA 1S3XA 5F1XA 4CZFA 3D2FB 4IWVA 2BUPA 3HSCA 3KVGA 2GWJA 3VGLA 5AQMA 3VGKA 3CIPA 4LC9B 4DHYA 2D1KA 4H5RA 4BR5A 1DKGD 2A6AA 2WUSA 3ZX3A 4EFHA 3ID8A 5LJWA 1V4SA 5BPNA 4BC3A 1QZ6A 1QQNA 3O1WA 1BA1A 1T6CA 3HZ6A 4I6MB 3C7NA 2FSJA 2I7NA 1JCFA 4BRNA 3D2EA 5AQTA 4CZJA 3L6QA 2ASOA 3FZMA 2P9NB 3OHRA 3CQXA 4K42A 2QWRA 3FFKB 4HTLA 1OKJA 3GDQA 4H5TA 1D4XA 2A3ZA 3A8YA 1SAZA 5BN9A 4AM7A 3G25A 2YHYA 4FWKA 2E20A 3IMXA 3H46O 4IXCA 3DXMA 1GLLO 2P9LB 3CJAA 3GG4A 2ZWHA 3W3DA 3ZX2A 4FL9A 4L3QA 2Q1NA 2P9UA 4FO0A 3L0QA 5AQSA 3A5NC 2P9PB 4YDUA 3U4LA 1GLEG 4FWPA 3EZWA 1HLUA 4PKHA 2VYPA 2CH5A 3U9ZA 4BRHA 1S22A 5AQLA 4JHDB 3VF6A 3VESA 5JMVA 4QS7A 2GELA 3I8BA 4CZIA 1C0GA 1GLJO 2VWBA 3LM2A 3VETA 4JAXA 3VERA 1X3NA 1NGIA 4XH1A 2IVNA 1GLCG 1KAYA 5EY4A 1KAXA 2YJFA 4BRGA 2P9KB 3M1FA 4I6MA 4EAHD 4K25A 1Y64A 4BR0A 4RWTA 4CZGA 3UE5A 1Z6RA 3QMLA 4ISGA 2A42A 4QS8A 1XUPO 2P9NA 4H0OA 2YHWA 5ADXH 2IIRA 4GY2B 4FWLA 2P9IA 1TYQA 1J6ZA 4A61A 2D0PA 1E4GT 4BRMA 5F0XA 4BRDA 3SJHA 4MO5A 3GOIA 1BO5O 1T44A 4H5VA 3U9DA 2P9LA 4FWMA 2J4RA 2BTFA 3C0BA 3CJ9A 4BRIA 1TUYA 4JD2B 1NGHA 3A0IX 3J8AA 1QHAA 4IO8A 3AAQA 1T6DA 1HPMA 3QB0A 2V7YA 5AQVA 5AQWA 4BVPA 1NGJA 4CZKA 4FPBA 1RFQA 3CETA 2D4WA 4M63C 2HF3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P5JA 3HP9A 1VRTA 2YV0X 5HBMA 4BRFA 4JRPA 1WAJA 1KSPA 4DR6K 4DV0K 1QSSA 3SYZA 3WT0A 2FF6A 1N8RO 2HHVA 1TAUA 1BQNA 4E1MA 4BC5A 3CHWA 4ELTA 3CM5A 3PIPL 2IDOA 4CIEA 1RT1A 4JS4A 3MN9A 4DU4A 4RTFD 3DLHA 4G1QA 2OZSA 4JI8K 4KB0A 1RT4A 2XO7A 2DPNA 4XH4A 1NK9A 2Z1GA 4AHCA 1VQ5N 3ULDA 4Y1CA 1X9SA 4HWIA 3HM8A 1J53A 4FJGA 1ASUA 4EP4A 2O8FB 1S9GA 3EKUA 4BG8A 3SJJA 5E84A 4FWRA 4AHSA 3J7YP 4OPHA 1A5XA 4EHUA 3HVRA 3O4NA 4KFBA 5EX5A 4YY3K 4MQ3A 1YHQN 1NGDA 1YAGA 1KVBA 3EYZA 2HBLA 4MLEA 2ASMA 3OYCA 4BR7A 3NGYA 1XC3A 4WQ5A 3KWIA 2HW3A 3CCMN 3H6EA 5M1FA 4JK7A 4WQ4A 4MO4A 3TARA 4B1VA 4FJ7A 3DJCA 5C0YA 1VSLA 2QI2A 4CESA 3SQ1A 3I0RA 5DM6L 3OYJA 1T7PA 3O08A 4LF8K 3BUZB 3LDNA 2W40A 1DLOA 4CGGA 2HNZA 3HPHA 4A2AA 1BA0A 1OH6A 5FDLA 4E1NA 4DU3A 4DCHA 4PUOA 3SNNA 3AA3A 3CCEN 1YF5L 2ASPA 2UUAK 4CEEA 1VHXA 4C23A 4PHTX 1RDCA 2P5GA 3HTVA 4JI7K 4GKKK 4W5TA 3U8XA 4B3TK 3OYDA 4DV7K 1MDUB 3JSMA 4HUEA 4B1XB 2PFUA 4M3TA 1MWKA 2G8WA 1Q9XA 3SUQA 4DSIA 1VQNN 3P83D 2HNYA 4KKOA 3NGZA 4LFCK 1VQKN 4FW1A 4CJFA 3VMFB 3J7AP 4LFBK 5AQXA 3C7NB 2UUCK 3OS2A 2NUBA 4ISEA 4B1YB 4FOEA 2QA4N 1Z25A 3KLHA 4H0PA 2A5XA 2P9PA 3LAKA 4IZ9A 3ZSOA 1X3MA 1NK7A 4CIGA 4J8FA 4AM6A 3OJUA 4M41A 5KPZA 3VQ6A 1S1WA 4CJ3A 1YJWN 3HT3A 3S3OA 4LF5K 3H3OB 1SL0A 5HLFA 3QBXA 4WCEL 2P51A 3G71N 4QCLA 4Q5VA 2UYTA 3OYIA 1NGCA 2V51B 1NK5A 3G4SN 4CEAA 1BIZA 1HX1A 1J5EK 4LF4K 5ELZA 3DLKA 1YITN 3WXIA 1YT3A 3WQTA 2NRWA 4FJHA 2H3GX 3B8AX 1B92A 2YNGA 3CCUN 3TAGA 2YNFA 3L4IA 3TSQA 3SCXA 3SAHA 1SL2A 3CMEN 4KHPK 3LL3A 3VQBA 3NAEA 3SMSA 3AVLA 4BGAA 5FRNA 1IKVA 4XH5A 4K8XA 3MN6A 3TWHA 3TAPA 4HUFA 4CZHA 3OJSA 4BWJA 3MK6A 2O8DA 2FSKA 3QFUA 4L8RB 3LM9A 4IEIA 4LD0A 3G10A 4J2BA 3MCPA 4FJXA 3UKRA 4CEFA 3F9MA 4A62A 3DI6A 4F3OA 2KLAA 5BPLA 2RHKA 4FM0A 3EEQA 1K8KA 3K5OA 3V1RA 3ZEUA 3DM2A 4WFAL 3OVNA 1FKPA 5EVZA 1RCHA 1NLVA 3OA9A 1TK5A 5M1KA 1RTHA 4B1WB 3QIPA 1K6YA 5FROA 4Z4GA 3EE8A 3MXIA 3THYA 4BRKA 1NJYA 2ITMA 1FXXA 3QEXA 4FPAA 4IJAA 4CHZA 1TL1A 5TKYA 2E1YA 2OPSA 1BU6O 3OY9A 1HKCA 1IKXA 2P9SB 5CE3A 4OKKA 4KH6A 3MEEA 3DYAA 3THWB 1NWKA 4N41A 4M42A 1WSEA 3AO4A 5I42A 3SPZA 4BVOA 1NGGA 1JLCA 1WSHA 5F2RA 2G8IA 4N5SA 3SAGA 2XHBA 2VWKA 3FZFA 2E4LA 1MWMA 3CQ8A 2Q97A 2RPIA 2CGKA 3VQ4A 3HOTA 3DXKB 2WBNA 3K0SA 3NH0A 2GX9A 4CFCA 2D0AA 1BOTO 3WNFA 1WOQA 3RSEA 3A5OC 4YOXA 2O8CB 3WUHA 5KPRA 1D9DA 4FWOA 3OYMA 1SUQA 5HL7L 4KBOA 2G8UA 3EE9A 3IUCA 1TAQA 4IG0A 2V7ZA 1S1TA 2OTLN 3VEZA 1BG3A 4BR2A 3ULEA 4ILGB 2FXUA 1IJJA 1DTQA 2A40A 3MWTA 4ZTJA 5AFUA 3V81A 3KWGA 1RGIA 3IRXA 5GIPA 3IS9A 4OLAA 4ILJA 2OYQA 4IDKA 4ELUA 3KD1E 1P8ZA 2HNDA 2PYLA 1ATRA 4EP5A 1XQSC 3PO5A 1GOAA 4BRCA 1ITGA 3N4QA 3RTVA 1I39A 3S3MA 3EY1A 3VEWA 3IAYA 3NF6A 1S3XA 4CZFA 3D2FB 4IWVA 1HYZA 3KVGA 3N4PA 2D1KA 3PSFA 3B6OA 1UA1A 1DKGD 2A6AA 1SS6A 2NRTA 2OCEA 3K5LA 3VQ7A 1VQ7N 2BGGA 3MECA 4KI6A 1QQNA 3NH1A 5HRSA 3AGKA 4DQPA 4DTJA 1WSIA 3C7NA 4LH4A 1LW2A 3S3NA 1QVGM 3A2FA 2BANA 1IH7A 4WFNL 3FZMA 3OHRA 4W5QA 1JXEA 3CQXA 4K42A 1UOCA 4HTLA 3I56N 1OKJA 4RW6A 4H5TA 1RBVA 3G25A 4KHNA 2XY5A 1VRUA 4MDAA 1U04A 1XWLA 3CFRA 4Z4CA 2P9LB 4GKJK 3W3DA 2ZWHA 4DF4A 1HRHA 4M3RA 4FO0A 1MU2A 3DOKA 5BR8K 3L0QA 4ID1A 4M3UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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