3ZX0A

Ntpdase1 in complex with heptamolybdate
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
404
structure length
385
Chain Sequence
KYGIVLDAGSSHTNLYIYKWVVQQLEECQVKGPGISKYAQKTDEIAAYLAECMKMSTERIPASKQHQTPVYLGATAGMRLLRMESKQSADEVLAAVSRSLKSYPFDFQGAKIITGQEEGAYGWITINYLLGRFKGSTFGALDLGGSSTQITFVPLNSTLEAPETSLQFRLYGTDYTVYTHSFLCYGKDQALWQKLAQDIQVSSGGILKDPCFYPGYKKVVNVSELYGTPCTKRFEKKLPFNQFQVQGTGDYEQCHQSILKIFNCPYSQCAFNGVFLPPLQGSFGAFSAFYFVMDFFKKMASSQEKMTEITKNFCSKPWEEVKASYPTVKEKYLSEYCFSGTYILSLLLQGYNFTGTSWDQIHFMGKIKDSNAGWTLGYMLNLTNM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
publication title Crystallographic evidence for a domain motion in rat nucleoside triphosphate diphosphohydrolase (NTPDase) 1.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 117
structure length 385
sequence length 404
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zx0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3zx0A02
4EFHA 1DEJA 4MLHA 4CZHA 1HX1A 3C7NB 1V4TA 3LDOA 5AQFA 5AQVA 3VEOA 3FZFA 1Y64A 3LDLA 5EOYA 1J6ZA 1IG8A 1ZXOA 3C0BA 3CJAA 4QS8A 2P9NA 5AQSA 4GY2B 5KPRA 4IZ9A 4PKIA 3IFRA 2ASOA 4WQ5C 3DXMB 3GBTA 2ZF5O 1Q18A 4FWMA 3UKRA 2GWKA 3MN5A 4BRKA 2Q36A 3I33A 3SK3A 3MN6A 2GTDA 1D4XA 2Q0UA 1KAYA 4O5FA 4BRHA 2WUSA 4F9OA 1NMDA 2QWOA 3FZHA 4E1JA 4CZEA 2H3GX 4JAXA 5F0XA 2V7YA 1KAXA 4NB4A 3CJ1A 3VF6A 3I8BA 3A5OC 2QWPA 3RSEB 1YXQA 1U2VB 3BF3A 1BWFO 3VGLA 2I7NA 3ZEUB 3KZBA 1E4FT 4M63C 4L3QA 3FE1A 4A61A 2P9KA 2EWSA 2CGJA 3ENOA 4BRCA 4K25A 3VEXA 4H5NA 1QQNA 5KPZA 2DPNA 2E8AA 2A40A 3VETA 1SZ2A 4BC4A 1JCFA 2FSKA 2P9SB 3BUZB 3EZWA 5JLHA 3DAWA 5ADXA 1WUAA 3GOIA 4IJNA 4EAHD 1QZ6A 3AAQA 3M3ZA 4BG8A 4BR2A 5BR9A 4H0PA 2FSNA 3LDPA 1V4SA 4K43A 2ITMA 3TU5A 2IVNA 4BQLA 3ATVA 4CBUA 5AQJA 1X3NA 4IJAA 1HKCA 2YHYA 1CZAN 5AQQA 1RFQA 1QQOA 1YAGA 4M7XA 4A2BA 4EHTA 1HKGA 4JD2A 3HSCA 3DWLA 4H0OA 2HMPA 1U6ZA 2E1ZA 3WXLA 1NLVA 3FZLA 4H03B 3UKRB 1S22A 2P9LA 1LOTB 1T6DA 3GG4A 4WYBA 3WQTA 1HLUA 1T6CA 5E84A 3H3NO 4ISFA 4BR7A 2IIRA 5AQMA 3H46O 4NO7A 3VESA 4FOIA 4FWNA 4MO4A 4BGAA 1BU6O 2A41A 2P9IB 4FWSA 1BA0A 4MO5A 4BRLA 3D2FB 2HOEA 5FPMA 1JCEA 4AM6A 5AQHA 4BVOA 5JLFA 3O1WA 3WXJA 1ATSA 3H3OB 2P9PA 5JMVA 4FL9A 5BN9A 2Q31A 3A5MC 3CHWA 1ATRA 3QDKA 5E26A 2A3ZA 1NGIA 4RTFD 4XH4A 4A62A 4CZGA 1Z6RA 1H1VA 4BR4A 2NZTA 3L6QA 4BRIA 5LJVA 1C0FA 2P9UB 2AP1A 3FZMA 1QQMA 3VEZA 2A42A 2QWNA 4HTLA 1RGIA 1JCGA 2D1KA 1XC3A 4JN4A 3FR0A 4JHDB 1K8KB 2ZWHA 3O5BA 4RCHA 4FWOA 4JD2B 5AQZA 1BOTO 2J4RA 3D2EB 2E2PA 4K42A 3A8YA 2CH5A 5FPNA 2YCHA 3BP8A 3DXKB 4YDUC 1NGDA 1NGFA 3R9PA 3VEVA 3MMVA 4Z94A 3FFKB 3MCPA 3ATUA 3FLCO 3QBWA 3WEEA 5BN8A 5I9EB 3IMXA 5AZIB 4H0VB 2F9TA 3H6EA 2D0OA 1GLDG 1BA1A 3ZETA 1NGCA 3CJBA 4H5WA 4H5RA 4I6MA 4WQ4C 5AFUH 1QHAA 1GLBG 3H1QA 3WT0A 3A5LC 1GLCG 4CZIA 1ESVA 2ASMA 2CGLA 3MDQA 2NRHA 2QWLA 2FLOA 2FXUA 4FWPA 4EIAA 5AQWA 4CZFA 1X3MA 3ZX3A 3J8AA 2YHWA 1ZBSA 2W41A 5BPLA 4HWIA 3QMLA 1NWKA 2VYPA 5EVZA 4H0XB 2YI1A 1ZC6A 2IVPA 5BPMA 5AQXA 3H45C 2QWMA 5TKYA 2QXLA 1BUPA 4C23A 2A6AA 1QZ5A 1T44A 4B1ZA 4BGBA 5AZJA 4H0YB 2P9NB 3QFUA 4QS9A 4PKGA 3D7EO 3VEWA 4DHYA 3VENA 2YJFA 3JS6A 5FPDA 4BR9A 4BG9A 4H0TB 3CETA 3ULEA 3WEEB 4BQZA 3CJCA 4IXCA 1RDWX 1WOQA 5BRFA 4B1VA 1XUPO 3CI5A 3CJ9A 3GDQA 3U4LA 3ZX2A 3C7NA 1MWKA 3QICA 2GWJA 5JICA 5AFUA 4PL7A 5KQ8A 3ZX0A 2PAVA 3UKUA 3EO3A 2OANA 4DB3A 2V7ZA 1NBWA 3DXMA 3QB0A 3M1FA 5AQPA 2CGKA 4A2AA 2E88A 2P9KB 3O80A 4CZLA 5ELZA 5AR0A 4BR0A 4XH1A 1HJOA 3CERA 1TUYA 4J8FA 3SLCA 4BRNA 3IUCA 1BG3A 4ISGA 3GE1A 3MN9A 5BPNA 2V52B 3EKSA 5AQKA 4BRDA 3JXUA 3WXKA 5LY3A 1GLFO 2PBDA 5KQDA 3HTVA 4FWQA 2E1YA 4BREA 3EKUA 2YJEA 3UB5A 4KBOA 4Y0WA 1NGGA 1U2VA 4XEIA 2Q2RA 4CZKA 3L4IA 4B1XB 4B9QA 1P8ZA 3ZEUA 3S41A 4AM7A 5AQUA 3U9ZA 4CZJA 4BR5A 4IWVA 4WQ5A 1NGJA 4JNEA 3IDHA 3VF4A 3OHRA 3B8AX 2D4WA 2P9SA 2Q1NA 4B1WB 1NGHA 5ADXH 3FZKA 1MDUB 5CE3A 1GLLO 5AQOA 3TPQA 1IJJA 2P9LB 3ULEB 3W0LA 3WUHA 3O4WA 3W3DA 2GEMA 5AQGA 4ISEA 2F9WA 1BDGA 4BRFA 3O8MA 1Z05A 3SMPA 4CZMA 1NM1A 4H5VA 3EL2A 3UKUB 2FSJA 3SJHA 3VEYA 4BRGA 4EHUA 1GLEG 2AA4A 2YHXA 3CJ7A 1YVNA 3MK6A 3ID8A 3SMSA 1X9JA 1HKBA 2A5XA 1NGAA 4GNIA 3CQYA 2P9PB 1HPMA 3LL3A 1OKJA 3QBXA 4IO8A 4BROA 4CI6A 5EX5A 1EQYA 1G99A 3AY9A 1MA9B 2GUPA 5EY4A 2VWBA 5BREA 4O8KA 3VERA 3EN9A 3R8EA 3M6GA 3QFPA 3VF2A 5AQIA 3AARA 5FPEA 4FSVA 1SQKA 2P9IA 3VGKA 2HF3A 3LM9A 4LC9B 4BRAA 3D2FA 4BVPA 4PL8A 2E20A 4H5TA 2QWRA 4BRQA 3U8XA 4CJ7A 4FOEA 5AQTA 5F2RA 5LJWA 4DQ8A 2HF4A 2QW9A 1E4GT 3HBTA 2I7PA 3DJCA 3MN7A 4BC3A 4PKHA 2BUPA 3U9DA 1C0GA 3O1BA 4XH5A 3P4IA 2E2QA 2UYTA 3HZ6A 4FO0A 3WXIA 5BRHA 2W40A 4B1UB 4FPAA 1TYQA 3BF1A 2P9UA 2QWQA 5AQNA 4K41A 3HM8A 2E2NA 2ZGZA 2V51B 4CD3A 1LCUA 1GLJO 2FF3B 4FPBA 4JHDA 1K8KA 3ZETB 4DCHA 3CQXA 4I6MB 3D2EA 3HI0A 2CH6A 1GLAG 3A5NC 3DXKA 3BEXA 1KXPA 5EXWA 2E2OA 3ENHA 1S3XA 3AAPA 1KAZA 1R59O 2IVOA 1HUXA 2GELA 5AQLA 2VCPA 5AZIA 4FWLA 4QS7A 4CBXA 3O08A 1ATNA 5B8HA 5BRDA 4BRMA 3VOVA 1TUUA 3FGUA 3KHYA 3RSEA 3G25A 1NGBA 2NLXA 4CD1A 3F9MA 2BTFA 3CIPA 3LDQA 1MWMA 5AQRA 1XQSC 4RWTA 2D0PA 2FF6A 4FWRA 4YDUA 2Q0RA 3L0QA 3VPZA 2ZGYA 3LDNA 3O6WA 5AZJB 4BC5A 2QM1A 3A0IX 2ASPA 4FWKA 5KPTA 2KHOA 3VGMA 1YUWA 3GL1A 4M7YA 1NGEA 2Q97A 1SAZA 3UE5A 4BRPA 1DKGD 3WQUA 3H1VX 4BC2A 4MLEA 1BO5O 3R6MA 3KVGA 1TYQB 1DGKN 4B1YB 3LM2A 4CBWA 5AQYA 5F1XA 4WQ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PLAA 4MLHA 3P83D 2P51A 1V4TA 3DLHA 4J2BA 1Y64A 1KTQA 3E1YA 5EOYA 3LWMA 3WNEA 3CJAA 2P9NA 5KPRA 4Z4FA 4B3TK 4CIEA 4Z4HA 2VG7A 1L3VA 5GADP 4KTQA 5J2MA 3OYCA 2Q36A 3I33A 4LH4A 1OH7A 4AH9A 3QNOA 2GTDA 1NMDA 2QWOA 4DFJA 3AVIA 3FZHA 3LPUA 4E1JA 4DU3A 1S6QA 2H3GX 3MEGA 2QI2A 3AO4A 4ID5A 3A5OC 4DQRA 1YXQA 3CQ8A 2I7NA 1BI4A 4M63C 4GKJK 2YKMA 3C95A 2O8BB 3FE1A 1T7PA 2P9KA 2EWSA 2CGJA 3VEXA 4H5NA 3HOTA 4YOTA 2A40A 4BC4A 4DTSA 4E7IA 3BUZB 5JLHA 3PV8A 4FLTA 3M8RA 2HBMA 1QZ6A 3AVFA 4BR2A 1U48A 5BR9A 2P5OA 1VSLA 3LDPA 1BIZA 1V4SA 2IVNA 3QERA 2Z1GA 4IJAA 1HKCA 1L3SA 4FK2A 2KQ2A 3PUFA 2F4VK 4EHTA 1HKGA 4JD2A 2RKIA 3HSCA 3DWLA 3M8SA 4A5BA 1NU0A 1RBVA 2A1RA 3DLRA 3WXLA 1BISA 3FZLA 1K73O 1WSIA 3OJUA 4C1NK 4DV3K 1TL1A 1HLUA 4M3UA 5LMNK 4ISFA 1Q7YO 2OZMA 3H46O 3ZSOA 2PY5A 3TAEA 1IH7A 2VWKA 2HW3A 2P9IB 1K9MO 2HMIA 3MX2A 4BRLA 3K5LA 4CJUA 1C1CA 1QHTA 1KC8O 5SWMA 4H4MA 3O1WA 1ATSA 2O4GA 3H3OB 4JS4A 5JMVA 4GKKK 1XI1A 3K5NA 3SUOA 3T1HK 4CJKA 1S9EA 1CXUA 4Z0UA 4AHCA 1ILYA 3PX6A 1Z6RA 1W0HA 3LZIA 2NZTA 3K0SA 2QA4N 1QE1A 3HT3A 3CCJN 1C0FA 4I9QA 2UUAK 1JLFA 2OTJN 4DTJA 3DLBA 4B9UA 3LP3A 5M1KA 4WFAL 2IAJA 3P38A 4H4OA 4JI5K 4IOXA 4PWDA 5AQZA 2E2PA 3OBYA 2QTDA 5HRPA 1W9HA 5K14A 3DXKB 1NGFA 3R9PA 3MWTA 1HQUA 3ATUA 4NYFA 4F2SA 2BGGA 2B5JA 1U49A 5KTQA 5M1FA 1B9FA 2F7TA 3K9JA 3H6EA 5FRNA 3QESA 3I56N 1BA1A 3CJBA 1F21A 4CHZA 1KRPA 4I6MA 3MAQA 4Z4CA 5AFUH 1HMVA 1QTMA 1QHAA 4V19S 1GLBG 1W7AA 3WT0A 3VQCA 3A5LC 5FRMA 2QKKA 3ULDA 3F5TA 2ASMA 2CGLA 3NF6A 4FLZA 2FLOA 3HPGA 4YOXA 1X9WA 1TKXA 3OW2M 4GV3A 1WSFA 4EIAA 4CZFA 1YHQN 2P1JA 1RDBA 2YHWA 1VQ5N 4HWIA 3QMLA 5EVZA 3SNNA 1RTJA 2IVPA 2HHSA 3MX5A 5HP1A 3V1OA 2QXLA 4BE0A 4KHYA 1T44A 1N6QA 4BGBA 5AZJA 3T1YK 3D7EO 3VEWA 4DHYA 1LWCA 2YJFA 4WFNL 4BR9A 4DFMA 4DF4A 4YOVA 4BG9A 3KIOA 2XRIA 3CETA 1IKWA 3ULEA 1JJ2M 3CJCA 5BRFA 1WOQA 1TK5A 2KW4A 4HHTA 1XUPO 3EZ5A 3GDQA 4O4GA 5IT9O 5M1PA 3U4LA 4AQYK 3WXMB 5BR8K 4O55A 3CD6N 2DY4A 4JI1K 2GWJA 1WSHA 5JICA 5KQ8A 4DB3A 3ZLJA 2E88A 3KLEA 1X9MA 1VQ7N 5ELZA 1UOCA 4GMJB 4BRNA 4ISGA 1BG3A 3GE1A 3THYA 4CJLA 5BPNA 2V52B 3EKSA 5LY3A 1XHZA 5KQDA 5M1OA 4BDPA 4IOAL 3ZYYX 3UB5A 3QEPA 4KBOA 4XEIA 4B8CA 4CZKA 3L4IA 4B1XB 3S41A 3CYMA 3N4PA 3LAMA 4CZJA 3K5OA 4BR5A 3SI6A 4JNEA 5CYMA 4CHPA 3OHRA 3EY1A 2D4WA 1NGHA 2JGUA 5FLXO 1MDUB 1VQ9N 4NCAA 5AQOA 4JKEA 2GUIA 5M1QA 4Q0BA 2WONA 1IKXA 4JKGB 4CF0A 1U47A 3W3DA 2UXBK 4FCYA 3S3NA 4M42A 4FJ5A 4DR1K 1BDGA 2Y1JA 4MDAA 3SV4A 4DSEA 5IWAK 4ELUA 2QXFA 3CFPA 1ZYQA 3SMPA 4IG0A 2HHXA 3CC4N 3TTCA 4CJRA 3HL8A 4OJRA 2FSJA 3N4QA 1NOYA 3LP0A 3QETA 1DT9A 2YHXA 3LWLA 3OYBA 5KGWA 4W5OA 4GNIA 1HPMA 1N33K 4M3YA 1KFDA 4BWMA 3A2FA 5EX5A 3V9ZA 3TSUA 2XO7A 2GUPA 1BCOA 3VERA 1SL0A 2HBLA 4MQ3A 5AQIA 1XNQK 2HF3A 5KI6A 3KJVA 4KH4A 4BVPA 3MXJA 1BQNA 4AHUA 2E20A 1TAQA 4C8OA 2QWRA 3U8XA 4FOEA 2B6AA 3KLFA 2UU9K 4DQ8A 5I42A 4E89A 3L8BA 3MN7A 2HHHK 1C0UA 2Z1IA 3O9UA 1C0GA 3O1BA 2O8DB 3KK3A 2G8VA 3KLGA 4DMNA 3HZ6A 4B9SA 3WNGA 2P9UA 4AHRA 3SQ0A 3HM8A 2ZGZA 5KRSA 5JS1A 3VQ7A 1RT5A 4FPBA 2GV9A 4DU4A 2D0BA 1IV0A 1N32K 4GV9A 3O9RA 2XY7A 3G10A 1KXPA 3VQ9A 1HNXK 4BDYA 3ZT1A 3AVKA 3UIQA 1S3XA 3HVRA 1L5UA 1EO1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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