3ZX0A

Ntpdase1 in complex with heptamolybdate
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
404
structure length
385
Chain Sequence
KYGIVLDAGSSHTNLYIYKWVVQQLEECQVKGPGISKYAQKTDEIAAYLAECMKMSTERIPASKQHQTPVYLGATAGMRLLRMESKQSADEVLAAVSRSLKSYPFDFQGAKIITGQEEGAYGWITINYLLGRFKGSTFGALDLGGSSTQITFVPLNSTLEAPETSLQFRLYGTDYTVYTHSFLCYGKDQALWQKLAQDIQVSSGGILKDPCFYPGYKKVVNVSELYGTPCTKRFEKKLPFNQFQVQGTGDYEQCHQSILKIFNCPYSQCAFNGVFLPPLQGSFGAFSAFYFVMDFFKKMASSQEKMTEITKNFCSKPWEEVKASYPTVKEKYLSEYCFSGTYILSLLLQGYNFTGTSWDQIHFMGKIKDSNAGWTLGYMLNLTNM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
publication title Crystallographic evidence for a domain motion in rat nucleoside triphosphate diphosphohydrolase (NTPDase) 1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
total genus 117
structure length 385
sequence length 404
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zx0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3zx0A02
5AQYA 2P9PA 1LOTB 1X3MA 2ASPA 4GNIA 1JCEA 4O5FA 5EXWA 4H5NA 4XH1A 2OANA 1JCFA 4CZIA 2UYTA 3A5LC 1TYQB 5AQVA 1RGIA 1U2VA 3BUZB 3I33A 5BN8A 5BRDA 2DPNA 5TKYA 1U6ZA 4BRIA 3M3ZA 2PAVA 4CZMA 4CZGA 2P9PB 3LDNA 4WYBA 3HBTA 3CERA 5EY4A 1OKJA 4PL7A 1GLAG 2E2OA 4H5TA 2V51B 4ISEA 4ISGA 2Q31A 3W3DA 5AQZA 5F2RA 5AQXA 3D2EB 1QQOA 3FFKB 1T6CA 3SMSA 2YI1A 5AFUH 1BO5O 1ZXOA 4WQ5A 4CBWA 4BRMA 1GLJO 1NGGA 3FE1A 4WQ4C 2QWNA 1QHAA 2NLXA 3DJCA 4BRLA 2QXLA 1NGBA 5AQUA 3ZETB 5AFUA 1IJJA 2P9UA 2BUPA 3P4IA 1GLDG 1X9JA 4H0OA 5AQTA 3ZX2A 3VPZA 4FOIA 2YCHA 2E2QA 3HZ6A 5F0XA 4CZJA 3WXIA 3I8BA 2A6AA 3VF6A 1HKGA 4JAXA 2FSKA 1NGIA 4M7XA 4BVOA 1MWKA 5AQIA 3ZEUB 3TPQA 4BVPA 3LM9A 2V52B 3WQTA 2E2NA 3MMVA 2QWOA 3LL3A 3VGKA 2HMPA 3AAPA 4FWNA 2P9KB 5AQRA 3O80A 5AQPA 3R9PA 2Q0RA 3LDOA 2ITMA 2CGLA 3A5OC 3A8YA 2QM1A 3QMLA 1QZ5A 3CJCA 4NB4A 3DWLA 4JN4A 2J4RA 4JD2A 1NGDA 4BR9A 3ZX3A 4YDUC 2FSJA 3RSEA 5AQNA 3ATVA 3J8AA 2YJFA 4FWRA 2IVOA 3GL1A 3CQYA 1YUWA 2VWBA 5EX5A 5B8HA 2CH6A 4MO5A 3WEEA 3UKUA 4A61A 2VYPA 3FR0A 1DEJA 5AQWA 2P9IA 4FWQA 3WXJA 1NGHA 2E8AA 2GELA 4RTFD 5LJVA 2V7ZA 2YHYA 3VOVA 5F1XA 3WXLA 4BROA 2FF6A 3H46O 4FO0A 4A2BA 3ULEB 5AQLA 2F9TA 4CI6A 4WQ4A 5ADXA 4FPBA 4Z94A 1YVNA 2E1YA 1BA1A 4BGAA 4Y0WA 2IVNA 4BQZA 1E4GT 2P9LB 3WQUA 5BREA 4B1ZA 1NBWA 1NLVA 3L6QA 3GG4A 5JLHA 1EQYA 3IFRA 1MDUB 4EHTA 1ZC6A 3HI0A 1SAZA 4BRDA 2NZTA 4XH5A 4BR5A 5LJWA 2PBDA 2W41A 1XUPO 1NWKA 1C0FA 2QWPA 3VETA 3QICA 3LDLA 4MO4A 1WOQA 3DXMA 2GTDA 1S3XA 4A62A 3F9MA 2Q97A 3A5MC 3KHYA 3KVGA 4FWKA 3R6MA 3MN5A 2A42A 2I7PA 3O6WA 1KAYA 4CBUA 2ZF5O 4YDUA 3VEXA 3QDKA 4JHDB 5AQQA 4BRFA 3GE1A 4I6MB 1HJOA 1HKCA 1YAGA 1NGCA 2Q1NA 2QWQA 2HF3A 3L0QA 5AR0A 4AM7A 2HF4A 3QB0A 4BRCA 3MCPA 4PKHA 3D7EO 3CETA 1T6DA 4H5RA 4BGBA 4J8FA 3U8XA 3A0IX 1GLBG 4MLHA 1BOTO 3MN9A 4CZHA 3FZMA 3O8MA 5AZIA 4NO7A 3EO3A 1U2VB 3D2FA 4BRAA 5BRHA 1G99A 1QQNA 2H3GX 3DXKA 3UE5A 4BR2A 3MN6A 4IZ9A 4CJ7A 3CJ7A 3MN7A 1MWMA 1ZBSA 2E20A 3FGUA 3DAWA 3O5BA 1X3NA 1YXQA 2IVPA 3SLCA 1D4XA 3MK6A 3CJAA 3AARA 4CBXA 5BR9A 1HUXA 3M1FA 1JCGA 3L4IA 2P9NA 2E1ZA 5BRFA 1HX1A 2QWMA 4QS8A 4GY2B 4H0PA 2CGJA 4FWLA 4DCHA 3GDQA 4HWIA 3VEYA 2P9UB 4H0YB 3ZX0A 4FL9A 5FPMA 3VEZA 1CZAN 1XC3A 4F9OA 3SK3A 4FWPA 1V4SA 3EL2A 2E88A 2FLOA 5JICA 3IDHA 4B1UB 2YHWA 4FPAA 4BC3A 2D4WA 3BEXA 1T44A 3VEVA 3QBXA 3VF4A 5EVZA 2AP1A 5AQGA 1KAXA 4BR4A 2GWJA 1BA0A 5EOYA 4C23A 2YHXA 4IJNA 4MLEA 2P9SA 4HTLA 4BC5A 4FWOA 1NM1A 1GLCG 1QZ6A 2GUPA 3H3OB 4JD2B 4BRPA 4CZFA 3RSEB 1ATNA 3VENA 2HOEA 3AAQA 1DKGD 1KAZA 1QQMA 1KXPA 3O4WA 4M7YA 4RCHA 5AZJA 2QWLA 3VERA 3WEEB 5ELZA 3UKUB 4EHUA 4H0VB 4B1XB 3HM8A 3UKRA 2P9IB 4BR0A 2D1KA 3SJHA 5KPTA 4L3QA 4CD3A 4RWTA 4JNEA 3VF2A 3MDQA 3AY9A 4EAHD 2ZGYA 1HPMA 1J6ZA 1MA9B 3CJBA 3EN9A 3CIPA 4B1WB 1XQSC 3CJ1A 1E4FT 1BWFO 3C0BA 3ID8A 4LC9B 3FZHA 2FXUA 3BP8A 1NGJA 1BDGA 2W40A 4BC2A 5BPNA 2A5XA 2V7YA 5AQFA 5FPNA 3QFPA 1GLLO 1HLUA 2A3ZA 4FOEA 4QS9A 3FZFA 3ENHA 4IO8A 1BUPA 1RDWX 5KQDA 1TYQA 3S41A 3H3NO 4AM6A 4CZKA 2Q0UA 2VCPA 5JMVA 3VEWA 1V4TA 1S22A 5KQ8A 5BPLA 4BREA 1NMDA 4BC4A 4IXCA 3DXMB 3HTVA 4PKGA 3EZWA 4IJAA 1TUUA 2Q36A 4A2AA 1TUYA 5KPZA 4BRGA 1ESVA 1Q18A 1BG3A 2NRHA 3FZLA 2ZWHA 3D2EA 1RFQA 1SZ2A 4IWVA 4DHYA 3ZETA 1K8KA 1GLEG 3O08A 2E2PA 2GEMA 1WUAA 3LDPA 3TU5A 4BG9A 1H1VA 1Z6RA 4E1JA 1R59O 2YJEA 4BG8A 3H1QA 3GBTA 4H03B 3JXUA 5AZIB 1Z05A 4B1YB 5E84A 3D2FB 1C0GA 3ATUA 2QWRA 3ZEUA 1ATSA 2AA4A 3DXKB 4B1VA 1HKBA 1K8KB 1NGAA 3FLCO 4H0XB 1NGFA 4H5WA 4QS7A 2P9KA 2FSNA 1Y64A 4FSVA 5AQJA 4EIAA 1BU6O 2ASMA 4BQLA 2A41A 3CQXA 3VEOA 3H45C 2KHOA 3H6EA 5AQSA 3WT0A 2P9NB 3M6GA 3EKSA 4XH4A 5E26A 4BRNA 3A5NC 2WUSA 3B8AX 5JLFA 3U9DA 3C7NA 3QBWA 2ZGZA 5AQOA 4BR7A 2IIRA 4CZLA 1LCUA 3HSCA 4K43A 4BRHA 3WXKA 4K41A 3G25A 5FPEA 2I7NA 3FZKA 3SMPA 2CGKA 3VGLA 4ISFA 3OHRA 1GLFO 4BRQA 3GOIA 3O1WA 2Q2RA 4K42A 2D0PA 3EKUA 4O8KA 2CH5A 2D0OA 2A40A 3ULEA 1DGKN 2EWSA 3VGMA 1P8ZA 3LDQA 4H5VA 2QW9A 3LM2A 3C7NB 3U9ZA 2P9LA 3KZBA 1ATRA 3WUHA 5AQHA 4EFHA 1SQKA 3JS6A 4H0TB 3CHWA 3H1VX 2BTFA 4M63C 2P9SB 4CD1A 3CJ9A 4PKIA 5LY3A 4KBOA 3QFUA 5ADXH 5I9EB 4BRKA 4WQ5C 3O1BA 2ASOA 3U4LA 3CI5A 3W0LA 5CE3A 3IUCA 4FWSA 4PL8A 3UB5A 2FF3B 5AZJB 2F9WA 4XEIA 3VESA 5BN9A 4DB3A 4K25A 1NGEA 3UKRB 4DQ8A 3R8EA 3IMXA 1IG8A 4B9QA 3BF1A 2GWKA 5FPDA 4CZEA 5AQKA 3ENOA 4FWMA 5BPMA 5AQMA 4JHDA 5KPRA 4I6MA 3BF3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOYA 3AVCA 3P39A 4LH5A 4Q5VA 4CK2A 1NKBA 3ZYYX 4XH1A 3PIPL 3I33A 4F2SA 3QNOA 3M5RA 2OYQA 1L5UA 4FJXA 1XC9A 4CZGA 3ZSYA 4RW4A 3VA0A 3C6AA 4WE1A 3AVAA 4OJRA 4JKDA 4H4MA 5CYMA 2RN2A 5AQZA 5F2RA 1YTUA 4C8KA 3LZJA 1T6CA 3SMSA 5AFUH 3CXCM 2ETJA 2G8VA 4CBWA 1RT4A 1WAFA 3FE1A 4WQ4C 4BRLA 5AFUA 3DJCA 5AQUA 1NGBA 1IJJA 3VQPA 5HROA 4B9NA 5HBMA 5JS1A 2XY5A 2O8FA 4HUEA 1RTJA 3LZIA 3SQ2A 4Z4EA 3WXIA 3I8BA 3V1RA 3VF6A 5KGWA 4JAXA 3SUOA 1FKPA 4WFBL 4JI4K 3WNEA 1MWKA 4BVPA 3LM9A 3WQTA 3MMVA 1RCHA 1E3MA 2HMPA 3K2PA 1JLCA 1JLBA 3D0PA 2XRIA 5AQRA 4DTXA 3AVGA 2ITMA 4FZYA 2O8FB 3NH0A 2LSNA 1MU2A 2UXBK 1N36K 1HR0K 4B3TK 3M8PA 4CJVA 4JD2A 1D9FA 4FM0A 1KC8O 4YDUC 3P83D 2FSJA 2OPSA 2IVOA 4C8MA 3F5TA 4N5SA 3CQYA 3DLBA 3PSIA 2CH6A 3UKUA 3N4PA 3ZT2A 2VYPA 1W7AA 4B8CA 1LWEA 2W6LA 1HNWK 1J53A 1NGHA 2E8AA 1X9SA 4R79A 2P51A 3AGRA 1RDCA 5LJVA 2V7ZA 4AHTA 1NJXA 2FF6A 3H46O 3T3FA 5D3GA 3TANA 2B5JA 3ULEB 3UIQA 5EU7A 4FJKA 3M8SA 2O8DA 2E1YA 4BGAA 2P9LB 1CXQA 4MQ3A 4FW1A 1JLGA 3L6QA 1RT5A 3KLIA 5JLHA 1JLQA 1NOZA 4AHUA 3PX0A 4DV6K 4CJ3A 4DR6K 1BI4A 4YHHK 4DSLA 2BGGA 2PBDA 2W41A 1XUPO 3VETA 2QWPA 4FLTA 3QLHA 3QICA 1HNXK 1SKRA 4MO4A 2GTDA 4UQGA 3F9MA 1IBMK 3E9PA 4IG3A 4NLBA 3A5MC 3KVGA 2F7TA 3PLAA 3MN5A 2I7PA 5IWAK 5AQQA 2F8TA 1WB9A 3O9QA 4FXDA 2HB5A 1BIZA 1IKYA 3OS0A 3QB0A 4BRCA 3VQAA 3D7EO 3OS1A 3A0IX 1BL3A 3DM2A 4MLHA 3ZT0A 4N56A 2G8WA 4FJIA 4FLXA 2HBJA 1D9DA 4CJLA 4BE2A 1BHLA 4JK7A 4NO7A 1VSJA 1G99A 1QQNA 5J2MA 2H3GX 3DXKA 4FLYA 3OBYA 3TSPA 4CJ7A 3MN7A 1ZBSA 2E20A 4NLCA 4DR3K 5C15A 3ZSQA 3PO5A 3CJAA 4CJSA 3E01A 1HUXA 5J2QA 3L4IA 3MEDA 1WSJA 4K8XA 1T05A 4A5AA 5BRFA 1HX1A 1XNQK 1ASVA 2EX3A 1LW0A 2CGJA 4DCHA 3VEYA 4H0YB 3ZX0A 4Z4CA 4FL9A 5FPMA 1CZAN 4F9OA 4F4KA 2W42A 3IDHA 4B1UB 4FPAA 4U7BA 4KHQA 3BEXA 5C42A 3TSUA 4YOVA 3L2VA 3HP6A 3NF8A 4F8RA 4IOAL 5FRNA 2BDPA 4OPAA 4BR4A 1BA0A 4CEBA 4K0KK 1RTHA 1SKSA 1VRTA 4FWOA 1BIUA 1NM1A 1F21A 1QZ6A 3V9SA 3L8BA 1O13A 3HJFA 3RRGA 3AAQA 2OPRA 1DTTA 1KAZA 1QQMA 4M7YA 2QWLA 3LP0A 3WEEB 4EHUA 1HNVA 1QS4A 2A1SA 1ZBFA 3C94A 1ZBUA 4RWTA 3MDQA 3HO1A 1TV6A 3CJBA 4KHPK 3CIPA 4B1WB 4LSLA 4KO0A 3CJ1A 2QKBA 2DFHA 4DV1K 4LC9B 2VQEK 4IBNA 3TWHA 3TAQA 4H4OA 2V7YA 1HLUA 2WBNA 4O44A 4QS9A 4O0IA 3FZFA 3CMAN 4QAGA 3H3NO 1K9MO 2VCPA 3V9XA 1S9GA 3CCMN 4CF9A 4JI8K 5JMVA 1Q7YO 3KLEA 4G1QA 2G8UA 1NK9A 1HJRA 1HQUA 3DXMB 1N32K 4EZ6A 2Q36A 5CZ1A 1TUYA 5KPZA 4NXNK 1XI1A 4JYAK 2XY8A 1TAQA 4DFPA 1RTIA 1RFQA 2GV9A 4M3YA 4RG8A 4IWVA 4W5OA 4KI4A 2NRVA 1EKEA 4DU3A 4FZZA 1GLEG 2WFBA 1H1VA 1TKZA 4E1JA 4JI3K 2YJEA 4BG8A 5DK5A 4O5BA 5AZIB 3LWLA 3CCUN 4DQSA 1NK7A 1C0GA 1RDBA 3ATUA 4CF0A 3ZEUA 3KK1A 5HRPA 3EE8A 4YY3K 2NRRA 3OVNA 1NGFA 4H5WA 1YJNN 3K9KA 4IG0A 3KIOA 2YKMA 3JSMA 2OCEA 1HPZA 5AQJA 4BQLA 3VEOA 3KD5E 3H45C 3H6EA 3T7ZA 2GBZA 4FJMA 5LL6Z 4NCGA 3M6GA 4E7KA 3OYLA 2O8EB 3PSFA 3VTHA 3DLHA 2ZGZA 5KRSA 1M90O 1U49A 4CZLA 1LCUA 5SZTA 4K43A 3WXKA 2I7NA 3NCIA 3FZKA 4YOXA 4ISFA 4CJPA 3OHRA 3THXB 1ZBHA 4BRQA 3O1WA 2D0PA 4UY8O 3KLFA 3LP2A 3BZCA 1DGKN 3VGMA 4WFNL 4DU4A 1NK4A 1NG9A 4KAZA 3KZBA 3WUHA 4KPYA 3U6FA 3AA5X 3JS6A 3CHWA 4TSXA 3CD6N 5C24A 1XMQK 4BRKA 3K5OA 4WQ5C 3W0LA 1EWRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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