3ZX0A

Ntpdase1 in complex with heptamolybdate
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
404
structure length
385
Chain Sequence
KYGIVLDAGSSHTNLYIYKWVVQQLEECQVKGPGISKYAQKTDEIAAYLAECMKMSTERIPASKQHQTPVYLGATAGMRLLRMESKQSADEVLAAVSRSLKSYPFDFQGAKIITGQEEGAYGWITINYLLGRFKGSTFGALDLGGSSTQITFVPLNSTLEAPETSLQFRLYGTDYTVYTHSFLCYGKDQALWQKLAQDIQVSSGGILKDPCFYPGYKKVVNVSELYGTPCTKRFEKKLPFNQFQVQGTGDYEQCHQSILKIFNCPYSQCAFNGVFLPPLQGSFGAFSAFYFVMDFFKKMASSQEKMTEITKNFCSKPWEEVKASYPTVKEKYLSEYCFSGTYILSLLLQGYNFTGTSWDQIHFMGKIKDSNAGWTLGYMLNLTNM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic evidence for a domain motion in rat nucleoside triphosphate diphosphohydrolase (NTPDase) 1.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
total genus 117
structure length 385
sequence length 404
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zx0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3zx0A02
2W40A 1BO5O 4I6MA 3VF4A 3ULEA 2CGKA 3VOVA 3U9DA 3LDOA 2OANA 1XQSC 4JD2A 5EVZA 1SAZA 4BC5A 3SJHA 3H1QA 2VCPA 1RGIA 2E20A 4A2BA 4CZGA 3VEOA 2CGLA 4EFHA 4HWIA 1NGEA 2P9PB 4FOIA 3FLCO 2P9SB 4H5TA 2CH6A 3GBTA 1NGJA 4M63C 4H0TB 5BN9A 4HTLA 4CZMA 3ZEUB 1ESVA 5AQIA 4BRPA 4H0YB 1NGHA 3WEEA 4CZHA 4FWOA 5F0XA 2J4RA 5AR0A 1XUPO 4K42A 4PL8A 3R9PA 3CJ1A 4BG9A 4EHTA 4MLEA 2Q2RA 2FF6A 3WXIA 1T6DA 2Q36A 1U2VA 2Q97A 1HKCA 3LDPA 1RFQA 5AQUA 5EX5A 4H03B 4H5RA 1GLBG 3L0QA 3DXKB 2E1ZA 5JLFA 5AQJA 5AFUH 4WQ5A 2D4WA 1BA0A 3FZKA 4BROA 1TUUA 3HTVA 3OHRA 4BR5A 3BF1A 4RTFD 3ZX3A 1NM1A 3DXMB 1G99A 4YDUC 3EKUA 4FSVA 3CJBA 2P9NB 4BRMA 3WXKA 3ENHA 1KAZA 2D1KA 5AQRA 3SK3A 4E1JA 2YJFA 1Z05A 2GEMA 1KXPA 3O6WA 5AQZA 4BRIA 5JLHA 5FPDA 2QM1A 3FZHA 1X3NA 4BREA 3VGKA 2QXLA 3SMSA 4BGBA 3O1WA 2P9PA 3QICA 3VEXA 2NLXA 2P9UA 4QS7A 4B1VA 2A3ZA 3KZBA 4MO5A 3VEZA 4A2AA 2E2QA 3LL3A 3ZEUA 2QWQA 1ATNA 2E2NA 2QWRA 1GLFO 3A5OC 3QBXA 2FSKA 2A6AA 1V4TA 3D7EO 3WT0A 4BRGA 4BRAA 4BR0A 2KHOA 2FLOA 4BVOA 4GY2B 5AQOA 3G25A 3QMLA 4O8KA 4ISGA 2FF3B 4BRLA 2V52B 4CBXA 1BDGA 2AA4A 3BP8A 1BG3A 3H3NO 2E1YA 4FO0A 1HJOA 3O08A 3VETA 3WQUA 4H0PA 1QZ6A 1DKGD 3L6QA 1U2VB 4FL9A 3VF2A 3M3ZA 3FZFA 3U4LA 3IFRA 1ZC6A 1ZXOA 4C23A 5ADXH 3SLCA 1GLLO 2GWJA 1TYQA 4CZJA 4ISEA 3DXMA 1E4GT 2QWMA 1LCUA 2P9NA 1HKGA 4J8FA 4B1ZA 4CD1A 1Y64A 3MCPA 3VGLA 1JCGA 2I7PA 2A40A 3A0IX 4DB3A 3IMXA 1YUWA 3CJCA 3CQXA 4H0XB 4CD3A 2IVOA 1NWKA 4CZKA 4WQ5C 3MK6A 2VYPA 3DWLA 4BGAA 3MMVA 1Z6RA 3M1FA 3P4IA 1S22A 3FGUA 4K25A 1Q18A 5EOYA 1NBWA 2AP1A 3UB5A 5AQMA 4WYBA 3FZMA 2QW9A 4QS9A 3ENOA 1D4XA 1BOTO 4CBWA 3MN5A 2P9UB 3C0BA 2HF4A 3FE1A 3F9MA 3CERA 2PBDA 2GWKA 3WXLA 5AQXA 1BWFO 2ZGYA 4CBUA 1KAYA 1NLVA 5AFUA 4F9OA 1SZ2A 3KVGA 5BPNA 5BRHA 2YJEA 3H1VX 1WOQA 4BC3A 4CZFA 3A5NC 1NGIA 1IG8A 4QS8A 2YI1A 5EY4A 5AQWA 3LDQA 5AQFA 2F9WA 3CJAA 3DJCA 2WUSA 4FWKA 2P9KB 3TU5A 2P9IB 1HX1A 3WQTA 1CZAN 2PAVA 5AZJB 5BR9A 4RCHA 5AQPA 2F9TA 4ISFA 5AQTA 2V51B 3VENA 4BR7A 5FPMA 1GLDG 1EQYA 3BUZB 1X9JA 3A8YA 2A5XA 3LDLA 1NGBA 3QFUA 3JXUA 3UKUA 1E4FT 3GG4A 1RDWX 3BF3A 1TYQB 1K8KB 2GTDA 1JCEA 3U9ZA 1NGDA 2DPNA 2Q0RA 2E2OA 3O5BA 5AQNA 3MDQA 4MO4A 5ELZA 3CIPA 4BQZA 3J8AA 1LOTB 5E84A 4RWTA 4FPBA 1NGAA 3ATUA 4BRNA 3GOIA 1H1VA 4Y0WA 3GE1A 1BUPA 4IXCA 3QB0A 2D0OA 2GUPA 5LJVA 4FOEA 4FWNA 3LDNA 5AQSA 4BR2A 4NO7A 3FZLA 5BREA 3KHYA 3M6GA 4Z94A 2A41A 2E88A 5KQDA 2Q0UA 2EWSA 5F2RA 2A42A 5KPZA 1BU6O 2CGJA 2YHXA 3HM8A 3H3OB 3HI0A 3R6MA 2YHWA 5JMVA 5ADXA 4BRQA 2H3GX 2ZWHA 4DCHA 2D0PA 5CE3A 5LJWA 3I8BA 4FWPA 5KPTA 4EIAA 1YVNA 2P9LA 2QWOA 3WUHA 2P9KA 4IJAA 3EL2A 4IO8A 5AQGA 3R8EA 3VF6A 2P9IA 4JAXA 3VEYA 3CETA 4CZIA 4PKHA 3S41A 4CZLA 3VPZA 4WQ4A 3QDKA 5JICA 2QWLA 5AZJA 1BA1A 1MDUB 1NGFA 3A5LC 3D2FB 1DGKN 1GLAG 5B8HA 3MN9A 5BPLA 4H0OA 4PL7A 1V4SA 4JHDB 1HPMA 4BC4A 3IDHA 1K8KA 4NB4A 4PKGA 1XC3A 3EKSA 3EO3A 1GLJO 1NMDA 1HLUA 2W41A 3UKUB 1IJJA 2NRHA 5F1XA 1YXQA 3DAWA 1DEJA 4FPAA 1TUYA 2HOEA 1JCFA 2Q31A 1C0FA 3RSEB 2YHYA 3W3DA 3QFPA 4A61A 3AAPA 4GNIA 3GDQA 4EHUA 4O5FA 4BG8A 4L3QA 3SMPA 4XEIA 2IVPA 4IZ9A 3CHWA 2VWBA 1YAGA 3ZX0A 3CI5A 4XH4A 3MN7A 4BRDA 2E2PA 1NGCA 3W0LA 3CJ7A 1MWKA 4KBOA 2ASOA 4BRCA 4CZEA 2ITMA 2QWNA 5AQQA 1GLEG 2CH5A 2ZGZA 4FWRA 2ASPA 2P9LB 3MN6A 3D2FA 3HZ6A 1WUAA 3VERA 1ZBSA 3BEXA 4B1XB 4H5VA 1HUXA 4JHDA 5I9EB 5AQVA 4CJ7A 4AM7A 4BR9A 3EZWA 1KAXA 5AZIB 4WQ4C 1U6ZA 3L4IA 3UKRA 1MWMA 4BRKA 3JS6A 2ZF5O 3RSEA 3HBTA 2HMPA 4B1WB 5AQHA 4FWQA 3ID8A 3CQYA 3A5MC 1OKJA 1S3XA 3ZETB 4BRFA 5BPMA 3C7NB 1J6ZA 2BTFA 3O8MA 3QBWA 4BR4A 3EN9A 4H0VB 2ASMA 1ATRA 4DQ8A 4EAHD 4LC9B 3FFKB 3H6EA 1ATSA 4XH5A 5BRDA 3VGMA 4MLHA 3D2EB 5EXWA 1GLCG 5TKYA 3VEVA 2Q1NA 2FSNA 3TPQA 4DHYA 2V7YA 3LM9A 4I6MB 4M7YA 3UE5A 4JN4A 3ULEB 1HKBA 5FPEA 5BRFA 4IJNA 3FR0A 4PKIA 3GL1A 4JD2B 3O80A 2V7ZA 4IWVA 1SQKA 3VEWA 4B9QA 4BQLA 2GELA 2P9SA 3AAQA 1MA9B 2BUPA 3WXJA 5AQYA 3U8XA 2I7NA 4FWMA 2IVNA 4AM6A 5BN8A 2FSJA 3HSCA 1R59O 2QWPA 3O4WA 3CJ9A 5FPNA 2HF3A 4H5NA 3AY9A 2UYTA 1QQMA 4BVPA 1T44A 5LY3A 4M7XA 3WEEB 3LM2A 5AZIA 3IUCA 5KPRA 2IIRA 5KQ8A 1QZ5A 3H46O 5E26A 4K41A 3H45C 5AQLA 4BRHA 4B1UB 1C0GA 1NGGA 3UKRB 4CI6A 3VESA 4YDUA 4FWSA 4A62A 3ZETA 1P8ZA 3DXKA 2YCHA 1T6CA 3C7NA 5AQKA 4JNEA 3ZX2A 4BC2A 4FWLA 1QHAA 1X3MA 3ATVA 3I33A 3O1BA 2FXUA 1QQOA 4B1YB 2NZTA 3AARA 1QQNA 3B8AX 2E8AA 4XH1A 3D2EA 4K43A 4H5WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KB0A 4I6MA 4KHPK 2B4JA 3ULEA 1K8AO 2CGKA 3VOVA 1S1XA 3VQPA 3U9DA 3LDOA 4JD2A 4JI4K 3IRXA 1BIUA 4FCYA 1KSPA 2E20A 4DV0K 4OKEA 4HCCA 4E7IA 4A5BA 3AVKA 4JKGB 4Q0BA 4W5RA 2KKZA 2P9PB 1WLJA 3FLCO 4H5TA 2YV0X 1VQ7N 4YFUA 1O13A 4H0TB 3RR8A 4HTLA 5M1OA 4CZMA 1JLAA 1S6PA 3ZEUB 1BIZA 3O4NA 3CC4N 3NGIA 3QETA 3J7ZO 2J4RA 3PV8A 2G8VA 1HYZA 3VQ4A 2O8BB 1QS4A 3JYTA 1VRTA 2O8FB 4BG9A 4MLEA 4R5PA 2NRRA 4DUYK 3U3YA 4CJFA 2IS3A 4CFDA 5AQUA 3V9ZA 4H03B 4H5RA 4FJIA 3DXKB 5JS1A 1YIJN 5AQJA 1A5VA 1FXXA 3AA5X 4WQ5A 4FM2A 4DR4K 3ZYYX 1YI2N 1TUUA 3HTVA 3KKSA 1NMNA 4BR5A 3LWLA 3BF1A 3O9SA 4DV6K 1G99A 2WBNA 3EKUA 1VHXA 3TANA 4FSVA 2VQFK 1VQ8N 4LFAK 1Z05A 5JLHA 1D9FA 4NLCA 3FZHA 1GOAA 3LPUA 3VGKA 4U67L 2QXLA 4F3OA 3HPHA 3SMSA 3O9TA 4JYAK 3VEXA 3M8RA 4M42A 2E2QA 3LL3A 4I9LA 3SJJA 5JS2A 4YNQA 1TKXA 4KHNA 4DSEA 4J2BA 3CFOA 3LZIA 2E6LA 4DSLA 4FLYA 4BR0A 1K9MO 3V81A 3G25A 2KFNA 3QIPA 4BRLA 4OPKA 3DLKA 4KO0A 1C0TA 5T7BA 5I3UA 3WQUA 3L2WA 2DY4A 1ASUA 4JI2K 3OTOK 4FL9A 5M1KA 3V1RA 3DMJA 2XY6A 3DOKA 3B6PA 4N56A 4CZJA 3DXMA 2QWMA 1LWCA 2I7PA 4ID5A 1S1VA 4G1QA 1YT3A 2HW3A 1YUWA 4H0XB 2IVOA 1NWKA 2E6MA 3CG7A 4CZKA 4WQ5C 5CZ1A 3VQDA 4E1MA 3OYBA 3I55N 4CGJA 1IKVA 1RT4A 3MMVA 1S22A 4HUEA 4AHVA 1NBWA 4MDAA 4FJGA 5FLXO 2O8EA 5AQMA 2KTQA 3FZMA 2QW9A 3KK1A 1D4XA 4ZHRA 1QVFM 2HNZA 3P31A 3L2QA 4J2EA 1BHLA 4CBUA 4FJ7A 4N5SA 1SZ2A 5BPNA 2YJEA 3H1VX 4DV4K 1EXQA 1KRPA 3JSMA 4B3RK 1FKOA 4CZFA 1IG8A 1QSYA 4CECA 2YI1A 4IFYA 4O44A 5AQFA 1CZ9A 1NJIO 3DJCA 3TAGA 1S1TA 4B9SA 4FWKA 1KLMA 2YHBA 2P9KB 4YOVA 4MFBA 2P9IB 1HX1A 3VN5A 1CZAN 2PAVA 4GV3A 2X78A 1TL3A 4KH5A 3VENA 4BR7A 4HVJA 5FPMA 4E7KA 2HBKA 3LDSA 1B9FA 1CXUA 1EQYA 3LZJA 1X9JA 4AF1A 3HJFA 3LDLA 1NGBA 4M3TA 4DR1K 3SQ0A 1SL1A 1E4FT 3IG1A 1RDWX 4FJLA 4CK3A 1JLFA 1JCEA 2E2OA 1L3TA 1NJXA 3DLHA 1EETA 2YNFA 3J8AA 3KTQA 3ATUA 3GOIA 3MX5A 3OYKA 1RT7A 4M3ZA 2UUAK 4FK4A 3EYZA 4YOWA 2D0OA 3G71N 4NLBA 4O0JA 5LJVA 3FFIA 1TVRA 2HHVA 1N5YA 2PZSA 1RDAA 4IDHA 5AQSA 1O1WA 4RW7A 4MQ3A 4Z94A 4HUFA 3E9PA 2RE2A 3CD6N 4ICLA 4DV7K 3HM8A 4KHSA 3VQBA 1LW0A 3MWTA 3R6MA 1DLOA 4BRQA 4CGDA 2OPQA 5LJWA 3TR8A 3I8BA 1K6YA 4IJAA 3VEYA 3S41A 3HK2A 4QAGA 1NGFA 4GW6A 3R1XA 1YTAA 3H08A 4JI0K 1S9EA 3L2RA 2G8UA 3E9LA 4JHDB 3PX6A 1VQ6N 4NB4A 4PKGA 1XC3A 4GV6A 2HHQA 1IJJA 4KV8A 4FVUA 1JCFA 2Q31A 1C0FA 3CFRA 4ILGB 3SUNA 1MU2A 4KFBA 4EZ6A 3NF6A 3OVNA 4L8RB 3C95A 4NYNA 3F73A 4O5FA 4L3QA 4C8MA 3T7ZA 3OYHA 1RTJA 4W5NA 2G8FA 2GX9A 4DFJA 1U04A 4NCAA 1ZBIA 3TABA 3O4QA 2VWBA 1G15A 4DTNA 2NRWA 4XH4A 4FW1A 1S1WA 1LWEA 4CGIA 3AA3A 1RCHA 3RMDA 1ZBUA 5AQQA 3T69A 3V9UA 4FLWA 5DMRA 4X64K 1WUAA 5J2PA 3SAGA 3EEQA 4H5VA 5HRPA 1HUXA 3MX2A 5I9EB 3BZCA 3TAMA 4K8XA 1U6ZA 4N47A 2PFUA 3V1QA 4B3OA 4BRKA 4XIUA 4CF0A 4JKDA 4C8OA 4B1WB 5C15A 3ID8A 4CEQA 3A5MC 1S3XA 3ZETB 1J6ZA 2BTFA 1GOBA 3S3MA 3EN9A 2ASMA 2F8SA 3FFKB 1NJZA 4XH5A 3SAFA 1XNRK 3AVMA 4M3XA 5TKYA 3VEVA 2Q1NA 4E7JA 3RMAA 1XHZA 4I6MB 3UE5A 3ULEB 4DU4A 4JI5K 5GAHP 4DR6K 1RDUA 3FR0A 3GL1A 4JD2B 4DQQA 3QLHA 1FW6A 3C65A 3SNNA 1RDCA 2XHBA 3SQ2A 1MA9B 3HO1A 3JAMO 3WXJA 4FLZA 1XHXA 5M1QA 3T3FA 5C10A 4JS5A 1B92A 1W2BM 4CF2A 1TK5A 2ATQA 4E1NA 1U4BA 4CFCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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