4CJ5A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj5A00
4FLXA 4OLAA 2IGIA 1KRPA 4FJ9A 1NJWA 4Z4HA 1NJXA 3OYBA 1GOBA 1BQNA 4CFBA 4KHYA 3AVFA 3AVJA 4FJ5A 3TI0A 1S1UA 2RKIA 4YFUA 3PY8A 4NCGA 3DLKA 4JS4A 3K5LA 1NK7A 1KCFA 2XY7A 5I3UA 4B9TA 1Q8IA 4DSLA 3EYZA 3QO9A 1L5UA 5K14A 4FJGA 4OKKA 4N41A 4Q0BA 2I5JA 1C6VA 1LWEA 3S3OA 4W5NA 4DSFA 5HLFA 1EX4A 3NCIA 3IS9A 4CJLA 3QEIA 4KTZA 4RW9A 4O0IA 1RT4A 3JYTA 1B9DA 3RMAA 4IG0A 1UA1A 1TKTA 3OYNA 3SCXA 3I0SA 3WNEA 1JLEA 3ZT0A 5HRSA 1WSGA 3AVAA 3KLIA 4IG3A 1LAVA 3SUNA 4ELTA 4FLZA 3SV4A 3ZT4A 1TK8A 1W9HA 4M3WA 2YHBA 4DS4A 4DQPA 1RBSA 1S9EA 3OYJA 1BCOA 2FBVA 3HVRA 1S1XA 3SUPA 4KPYA 3LZJA 1CZBA 4NCBA 1JLGA 1T03A 4RW6A 5FDLA 3C6UA 3DYAA 2HVHA 4CJQA 1XC9A 3ITHA 4ZTJA 2E4LA 2GUIA 1RDCA 4RW7A 4CGGA 3RRHA 3VQ5A 1VSIA 1JLCA 1BL3A 4B8AB 3V9XA 2XY8A 4H8KA 4DU3A 1U45A 1B92A 4KI4A 3DLGA 1NK4A 1N6QA 3VQBA 4DQIA 4EP4A 1BIZA 1YTAA 5HRNA 4E7IA 1R0AA 2P1JA 3V1RA 4CJ3A 4FJIA 3JSMA 2B5JA 4KB0A 3AO3A 1ASUA 4AHTA 4F2SA 3QEWA 3EZ5A 3QETA 4FLYA 2F8TA 1KVAA 2YNHA 3O3GA 3ALYA 3KD1E 2LSNA 3HP9A 3HPOA 1KSPA 3NGZA 4KKOA 3T19A 1YVUA 3NDKA 1BQMA 4CJTA 4DTXA 3RMBA 3TAPA 3MXIA 3TANA 1QSLA 2KW4A 4BDYA 1T05A 1EXQA 1K6YA 2KZZA 4CERA 4RG8A 3NF8A 3ZT3A 1HNVA 1LV5A 1RBTA 3TARA 1T7PA 3CFRA 3KLHA 1TVRA 2IC3A 2F96A 4ZTFA 4CIGA 4IBNA 4H4OA 4B9VA 4F4KA 3L2WA 1RBUA 3M8QA 3ZT2A 5KGXA 3ZSYA 1I39A 3NBPA 1TAUA 4C8NA 2GBZA 2B4JA 4FM0A 4FVMA 3SI6A 4NYNA 1IH7A 4FLUA 5T7BA 5HP1A 2OZSA 1KVCA 3HT3A 2XHBA 3OS1A 4DTMA 3L2RA 2DFEA 1CXQA 2HVIA 3OYDA 4HUGA 3V1OA 3TWHA 2ZD1A 4DSEA 1FKOA 3NF9A 4BWMA 3VQQA 2PYJA 2G8UA 1WLJA 4E7KA 3S3NA 4KTWA 4OGEA 3LP2A 3T1AA 3U6FA 4B9MA 3HYFA 4CEOA 3SPYA 3RR7A 4PWDA 4OJRA 4FZYA 3QNNA 1VRUA 3DLRA 3U3GA 3LAKA 4B8CA 4FK4A 4M3TA 1WNSA 3ZSQA 4BDPA 4M42A 3MECA 2X6SA 2VWJA 3VQDA 1S6PA 4CEAA 3HPHA 4EP5A 1HNIA 1RT7A 3L3VA 3V9ZA 3SJJA 1RBVA 1X9SA 4CK1A 3AO2A 1D5AA 1JLFA 3P1GA 4B9LA 4FCYA 4AHRA 1KLNA 3RR8A 3V9WA 1A5WA 4CJPA 4CIFA 1KFSA 4I7FA 3TAQA 4KHUA 3VA3A 2QK9A 4MQ3A 3MXMA 3AVBA 4Q5VA 1CXUA 4K8XA 3RMDA 1DTQA 3MEEA 4CF9A 3K5NA 3O3FA 1WAFA 3LZIA 4DTUA 2XY6A 1ZBLA 1UAXA 3ISNC 4CF1A 1NOYA 2YNFA 5CYQA 3KJVA 1RT2A 3NH0A 1HYVA 5E41A 3OYEA 2X74A 3SQ4A 3H08A 4OVLA 4M45A 3AA5X 1GOAA 3OS0A 3VQPA 1U04A 4CJFA 1J9AA 2E6MA 4RW8A 4CFAA 4Z4GA 2ZQBA 4DQSA 2JGUA 4GVMA 5HBMA 3M8RA 4HUFA 3PX4A 1QSYA 4O55A 1EETA 3WNFA 3ZT1A 3PO4A 1A5XA 4CHZA 2NUBA 4DTRA 3U3YA 2IS3A 3ZSXA 4CHNA 4CGHA 3THVA 4DTOA 2HHVA 3QERA 4CE9A 1WSFA 5I42A 3L2VA 2DFFA 1HJRA 1NK8A 1RTIA 3OYHA 3NAEA 1C1AA 3C6TA 1BHLA 1XWLA 2RF2A 3B6PA 4OKEA 3ZCMA 3OS2A 4C8KA 1IKWA 5C42A 1C0UA 4E89A 5FRMA 1W0HA 3SNNA 3G0ZA 4HCBA 3WNHA 4FM2A 1RILA 3AVIA 1Z25A 3VQ6A 4DF4A 1LAWA 3V81A 2HHUA 3UIQA 4CCHA 3C95A 1U48A 4CEBA 2XO7A 4OLBA 3NGYA 4DFJA 4FYDA 1SL2A 1HQEA 4DLEA 1RDDA 1SKRA 2A1RA 3M8SA 3T3FA 1S6QA 3QNOA 2BE2A 2E6LA 4DTNA 4CJ4A 3V6DA 4MFBA 1RT5A 1SKSA 4WE1A 2D0BA 1VK0A 3TABA 3NHGA 2KFZA 3V9UA 5CYMA 3I0RA 1NJZA 1XHZA 3KLFA 3DLBA 4DG1A 4M3YA 1EKEA 3AO4A 1F21A 4Z4EA 3OYFA 1IKXA 1JLBA 1S1WA 3NGIA 4UQGA 3AO1A 2D0AA 1BISA 2BANA 3QEVA 5DK5A 3S9HA 4FJXA 4FLVA 3KLGA 3HJFA 2HB5A 4CJEA 3ASMA 2YNIA 1C0MA 2Y1JA 2P51A 3LWMA 4ELUA 4M3UA 3QINA 1NKEA 2Z1HA 1C1CA 1LWFA 1UA0A 1L3VA 4FK0A 1RDAA 3LAMA 4LH4A 3TAFA 1CZ9A 4E1MA 4CECA 5HROA 4CJ5A 1X1PA 3RWUA 4G1QA 1HYZA 4HVJA 1BGXT 2PZSA 2QXFA 1FXXA 1BIUA 3K57A 4F3TA 4DS5A 1JKHA 5KRTA 1KVBA 3KIOA 4E3SA 5J2MA 4FW2A 3OYMA 4M41A 3PX0A 3HP6A 1JL2A 3NF6A 4Z4IA 1ZYQA 4E7JA 4NYFA 3LP0A 5J2NA 4DSJA 1ZBFA 1TKZA 1LWCA 3V9SA 4KHQA 4BE1A 1RT1A 1IKYA 1S1TA 1RTJA 1WSIA 3C94A 2D5RA 4CEQA 1D8YA 3SQ1A 4N5SA 3KK2A 1QS4A 4ICLA 4HUEA 2G8HA 3IAYA 3E01A 1HYSA 1A5VA 1U47A 1TAQA 4KB1A 1KTQA 2EX3A 4C8MA 4QOZB 3CM6A 4ZHRA 3VQ7A 4FLWA 1QE1A 1ASWA 2O4GA 3QIOA 1C0TA 5DMRA 3L2UA 1HQUA 3AVHA 1JL1A 2OPRA 4QCLA 3CG7A 3K58A 2Z1GA 1Q9YA 3AVMA 3IG1A 4GW6A 5JS1A 2RPIA 2YV0X 2HNZA 5CZ2A 1EP4A 4CF8A 4DU1A 4DQQA 4FJLA 4AHSA 4CEFA 3KK1A 4R5PA 2OZMA 4DWIA 4J2BA 1S9GA 3D45A 4DLGA 3QEXA 4DTJA 4AILC 3OYKA 3KTQA 1RT3A 3VQCA 5KTQA 3O4NA 2F8SA 2HHXA 3WNGA 3VQEA 3DMJA 2QKKA 4OPKA 4PQUA 1FKPA 1J5OA 3M8PA 4B9NA 4FK2A 3HO1A 3HSTB 2ZE2A 3O4QA 5C24A 4FJ8A 3LP1A 4QAGA 1HRHA 4KHNA 1VSLA 3P83D 4CJWA 5SWMA 2HHTA 4CGFA 4H4MA 4CFCA 2W42A 1TL1A 1FK9A 4IDKA 4KV8A 2OPPA 3AVCA 2ETJA 1WN7A 2DTUA 1JXEA 4E19A 4CJVA 4CHYA 2XY5A 2HHQA 5FRNA 4OGCA 3L2QA 2QKBA 1REVA 2Z1JA 3DRPA 4IFYA 3NH1A 4CGIA 1JLQA 1WSHA 4Y1CA 1QSSA 4M3XA 3OYGA 1Y97A 3HXMA 1X9MA 2IOCA 4B9UA 4ID5A 2PY5A 3DM2A 3QESA 5SZTA 2G8VA 3MXJA 1SV5A 3TAEA 4DFMA 1RNHA 1NK9A 4W5OA 1D9FA 1ASVA 5EU7A 3NE6A 1YTUA 1S5JA 1TK5A 2VWKA 1SKWA 1RTDA 3K5OA 4LH5A 3HPGA 3AVKA 5HRPA 1C1BA 2JLEA 4I2PA 4AHCA 3DOLA 2VG5A 3HVTA 5J1EA 1IO2A 3RRGA 2B6AA 2G8FA 4OPJA 4KI6A 2FBTA 3MAQA 3LPTA 4XIUA 3SUOA 3BGRA 3CM5A 4F2RA 3L3UA 4LSLA 3DI6A 4FJNA 3F73A 2Y1IA 4CF0A 1Z26A 2YKMA 2OYQA 4KHSA 3DRSA 4E7LA 1J53A 3AVGA 2O4IA 1UWBA 3DOKA 2ATQA 3KLEA 1TV6A 4GMJB 3ZSRA 4DTSA 4FZXC 4BWJA 3SZ2A 2G8WA 5D3GA 4M3ZA 2HHSA 1DTTA 1CLQA 3TAGA 1WAJA 1O1WA 3B6OA 1XHXA 4FM1A 3LALA 4B08A 2YHAA 1DLOA 4B3OA 1VSJA 4CHQA 4YNQA 2VG6A 5CZ1A 3OJUA 1G15A 2IAJA 4CF2A 3SQ0A 4PUOA 5KGWA 3O3HA 4LY7A 4DSIA 1XI1A 3RMCA 1X9WA 3LPUA 3QEPA 3VN5A 1RT6A 3VQ8A 4EZ6A 3RTVA 3LWLA 3F9KA 3ZSZA 3TAMA 4O5BA 1KFDA 3K2PA 1BI4B 3NFAA 4JS5A 4FJMA 4FXDA 3QLHA 1S1VA 1IG9A 3PO5A 2HMIA 3DLEA 3NF7A 4BE0A 4LSNA 1TGOA 5KI6A 2OPQA 2X6NA 3ZSWA 1JLAA 3VA0A 1J54A 1SL0A 3DLHA 1LW0A 1LW2A 3AA2A 1L3TA 4I2QA 3OJSA 4KRFA 2BGGA 3AV9A 1KLMA 1WSJA 3PX6A 1HMVA 2EHGA 3OYIA 4Y1DA 1RDBA 4B9SA 4DSKA 4KHWA 3CYMA 4Z4CA 5C25A 4NCAA 2KTQA 3LANA 4CK2A 1VRTA 3P5JA 2HNYA 2BDPA 4O0JA 4E7HA 1U4BA 1YT3A 1QQCA 3BDPA 4FJJA 4KFBA 4HTUA 3AA4A 5JS2A 2X78A 2ITGA 4AHVA 4CHOA 4DU4A 3V1QA 4DF8A 4M3RA 3VQAA 4HHTA 3CFPA 3KKRA 4BACA 3L8BA 4Z4FA 1VSFA 4N56A 2WOMA 1SL1A 5J2PA 3G10A 4FLTA 1U49A 4J2EA 1ZBHA 1VSDA 3D0PA 4TSXA 1N5YA 2FC0A 2GV9A 2Z1IA 3OYCA 3ZSOA 1B9FA 2KQ2A 3FFIA 3ULDA 3K5MA 1QTMA 1VSMA 4N76A 2KFNA 1NK6A 4JRPA 4K8ZA 3SYZA 2RN2A 1TKDA 4BE2A 2XRIA 4Z0UA 3CQ8A 4CIEA 3S3MA 1HPZA 1RBRA 1QHTA 4CJRA 4DTPA 3CFOA 2HHWA 1MU2A 5CY4A 2R7YA 4CJUA 4HCCA 3SV3A 1TKXA 2FBXA 5FROA 3PUFA 4CGJA 4KAZA 3OYLA 4J2DA 2HW3A 4F8RA 2YKNA 4DFPA 1L3SA 1VSKA 3AA3A 2G8KA 4KREA 1NK0A 3QIPA 1L3UA 1VSEA 4CJSA 2A1SA 1TK0A 4ELVA 4KO0A 3HK2A 1IKVA 3A2FA 4W5QA 4FJ7A 3AO5A 3MEDA 3ZSVA 4CESA 4DFKA 1I3AA 1UOCA 1RTHA 3SUQA 2Q3SA 4L8RB 1RCHA 1ZBIA 3I8DA 3HM9A 3V4IA 4AH9A 4PY5A 1NK5A 1D9DA 4CGDA 1ITGA 4CK3A 4N47A 2VG7A 4W5TA 3TR8A 1NOZA 1BI4A 2HNDA 3MEGA 5KRSA 4O44A 1Q9XA 2DY4A 1ZBUA 1NKBA 1GOCA 2PYLA 2P5GA 4IKFA 4J2AA 4JLHA 2G8IA 3AVNA 1BCMA 3LP3A 4EZ9A 4CEEA 3OVNA 3DRRA 4DQRA 1SUQA 2DFHA 4I9LA 4W5RA 3OY9A 3SPZA 3KKSA 3KK3A 3PV8A 3NH2A 3VQ4A 4KTQA 4ID1A 4CJKA 3LDSA 2KZMA 1NJYA 4CHPA 2FBYA 4O4GA 4DMNA 3EY1A 4JRQA 3OYAA 4CEZA 2OA8A 4F3OA 2AJQA 4IFVA 4BDZA 4FZZA 4FW1A 5HRRA 4OKJA 4C8LA 2D0CA 5J2QA 1NKCA 4CEDA 4E1NA 3HL8A 2IDOA 4FJHA 3KD5E 4RW4A 3K59A 4I9QA 4C8OA 3IRXA 2WONA 1VSHA 4AHUA 4FJKA 4LD0A 1WSEA 2OPSA 3VQ9A 4CFDA 4E0DA 2YNGA 1TL3A 3SQ2A 2P5OA 4PA1A 1JXBA 1T8EA 3AVLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWRA 1XC3A 4KH6A 4Z4HA 1NJWA 4H0OA 3OYBA 1KXPA 1NJXA 4KHYA 2O8BB 3S41A 4JS4A 3K5LA 3K0SA 1IG8A 2VGMA 1Q8IA 4FJGA 5K14A 1J5EK 5TKYA 4CZMA 2I5JA 4W5NA 4PKHA 4CJLA 1HNWK 3O9SA 1UA1A 1RT4A 3VERA 4IG0A 3DXMB 5AQOA 1JLEA 3I55N 5HRSA 3VEOA 4IG3A 3SUNA 4FLZA 3SV4A 4AM7A 1W9HA 1BUPA 4M3WA 2YHBA 4DQPA 3H46O 2FBVA 3SUPA 3FZLA 4GNIA 5AQTA 5FDLA 3H3NO 3DYAA 1ZXOA 2D1KA 1VSIA 3V9XA 4BY9C 1BWFO 3VQBA 4CD3A 4E7IA 4FJIA 2YI1A 2B5JA 3AO3A 1DT9A 1ASUA 3EZ5A 4O5FA 2YNHA 1VAZA 3HPOA 1HX1A 3VETA 3T19A 3NDKA 3TAPA 3EE8A 4BDYA 1T05A 2J4RA 2FSNA 3GG4A 4FWMA 1LV5A 3ZT3A 1HNVA 1M1KO 3U8XA 5DM6L 2UUCK 3KLHA 2IC3A 2D0OA 3T1YK 4H4OA 4H03B 3ZSYA 2GX9A 2GBZA 4FM0A 5T7BA 1TYQA 2DFEA 1CXQA 3CXCM 3THYA 3MK6A 4E7KA 3UKRA 4OGEA 4PWDA 3RR7A 3QBWA 3QDKA 4OJRA 3DLRA 3U3GA 1OH8A 4IEIA 4JKAA 4B8CA 3LDOA 4LF6K 3F9MA 2VWJA 1KQSM 4DUYK 1RT7A 3SJJA 1X9SA 4B9LA 1JLFA 5EY4A 1KLNA 1YAGA 3V9WA 1KFSA 1YUWA 4YDUA 1DTQA 1WAFA 3FGUA 3O80A 2YJEA 3O5BA 2QA4N 5LJWA 3KJVA 2GEMA 1HYVA 3SQ4A 3OYEA 2X74A 4M45A 3AA5X 1GOAA 3TSUA 1HJOA 2WC9A 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 3ZET A;  1B9F A;  3FFI A;  3I33 A;  4N76 A;  4JRP A;  4K8Z A;  3SYZ A;  2RN2 A;  4BE2 A;  3CQ8 A;  4NXN K;  4CIE A;  2KHO A;  4JD2 B;  4KHP K;  4FWQ A;  4CJR A;  2OTJ N;  4CJU A;  4NB4 A;  1TKX A;  3CJC A;  3N4Q A;  5FRO A;  4CGJ A;  2PFU A;  3SBT A;  3UB5 A;  5GAE P;  1T6D A;  3QIP A;  2UUA K;  1VSE A;  1NJI O;  3HK2 A;  4LFC K;  2W6K A;  3AO5 A;  1WOQ A;  4IEE A;  5AQQ A;  1OKJ A;  1UOC A;  3LDL A;  1M90 O;  1QVF M;  4L8R B;  1RCH A;  3PSI A;  4JKH A;  4IFE A;  1NK5 A;  1D9D A;  1Q81 O;  2HMP A;  5KRS A;  4O44 A;  2PYL A;  1GOC A;  1GLA G;  4CEE A;  3OVN A;  3PV8 A;  3VQ4 A;  1HKG A;  4NXM K;  3CCE N;  3ZLJ A;  4BC5 A;  4O4G A;  4JRQ A;  2AJQ A;  1U2V A;  4JKB A;  2QW9 A;  3R1X A;  4JAX A;  3TPQ A;  4FW1 A;  2D0C A;  5J2Q A;  4H5N A;  1NKC A;  3HL8 A;  2UU9 K;  3THW B;  3MCP A;  4FJH A;  3KD5 E;  3IRX A;  1VSH A;  3IKM A;  1TL3 A;  1JXB A;  4CBW A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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