4JD2A

Crystal structure of bos taurus arp2/3 complex binding with mus musculus gmf
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
414
structure length
398
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSGPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for regulation of Arp2/3 complex by GMF.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-related protein 3
total genus 124
structure length 398
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jd2A03
5KPZA 3CHWA 2V7ZA 3EKSA 4BR9A 1BO5O 3B8AX 2D0OA 3H45C 4BROA 1NGGA 4XH1A 4QS7A 1JCEA 1RGIA 1J6ZA 2HF4A 2PBDA 3DXMB 3VERA 2E20A 5BRFA 4FWSA 4NO7A 2P9SA 5CE3A 2ZF5O 2F9WA 2V52B 3ULEB 2PAVA 1S3XA 4MO5A 1KAZA 1HLUA 2J4RA 5AQOA 4CZEA 4H0PA 1TYQA 2E2NA 5LJWA 2BTFA 2NLXA 1ESVA 1HKGA 4EIAA 4RCHA 4BR5A 1X3MA 3WT0A 2OANA 2QWQA 3MMVA 1Z05A 5KQDA 4BRMA 1NWKA 2QWPA 4MLEA 4BR2A 4BRLA 1BA1A 2ASPA 1NMDA 3CJ1A 1KAYA 2VWBA 4EHTA 3C7NA 3D2FB 3MN5A 3CERA 2F9TA 3CJ9A 1EQYA 3CQYA 4K43A 4O8KA 4B1ZA 4BRQA 2W41A 1BA0A 5AZIA 2P9NB 4HTLA 1NBWA 3L0QA 4BVPA 5AQFA 3DJCA 2ZWHA 3WXIA 1S22A 2I7PA 2Q36A 1U6ZA 2GTDA 2E1YA 3GBTA 3H6EA 2YHWA 5AFUH 2BUPA 4PKGA 3VF6A 4XEIA 5KQ8A 3BP8A 3LDPA 2GWJA 3AY9A 4BQLA 3DAWA 5BRHA 3FFKB 4CZKA 4DB3A 1NGHA 5AQGA 3H1VX 3J8AA 4K41A 4B1WB 4BRGA 3O5BA 3QFPA 3EL2A 4XH5A 1T44A 2P9PA 4BR0A 2D4WA 3W0LA 1DGKN 1BOTO 3HM8A 4YDUC 3FR0A 3QMLA 4A2AA 3UB5A 3WUHA 4IJAA 5AQUA 2QWRA 1X9JA 4BRNA 4DHYA 3MN6A 3BF1A 3UKRB 1K8KA 5FPEA 1NLVA 3FZFA 1C0FA 2HOEA 4PKHA 2DPNA 5AQXA 2VYPA 4ISGA 4M63C 2ITMA 4FSVA 1GLDG 2Q0RA 5TKYA 4QS8A 4JNEA 3KVGA 3UE5A 5AZJB 1HUXA 4KBOA 1Q18A 1ZXOA 4F9OA 3I8BA 3SK3A 1NGCA 3WXJA 3EN9A 3WEEB 3R8EA 2ZGZA 2GWKA 4WQ5C 1TUUA 2A42A 5AQNA 2HF3A 5BPLA 3VF2A 3ENOA 4CBXA 5EVZA 1GLBG 4JHDB 4GNIA 3CJAA 1RDWX 3ZEUA 4WQ4C 4B1XB 4B1UB 4CI6A 3BF3A 4O5FA 3U4LA 4H5RA 1NGEA 1YVNA 2FF6A 3O08A 4ISFA 2WUSA 4BR4A 2CH6A 4JD2B 1IG8A 1X3NA 1SQKA 4MO4A 4Y0WA 4C23A 4CD3A 3GOIA 1ZC6A 1ATRA 2FXUA 4M7YA 1NGAA 3ENHA 2QM1A 2FF3B 2Q97A 1R59O 5FPDA 3KHYA 4H5WA 4DQ8A 1OKJA 4AM6A 3HI0A 2P9UA 2FSNA 2P9IB 5F2RA 1DKGD 3QFUA 4H5NA 5AQJA 4BRIA 3EKUA 1QHAA 3MN7A 4BG8A 4BRFA 1HPMA 1BUPA 3A5OC 1YAGA 5BPNA 1NGFA 5AQZA 5AQHA 1KXPA 4BC2A 1T6DA 2V7YA 3CJCA 4J8FA 2H3GX 2FSKA 3R9PA 1G99A 4FWLA 5JICA 1GLEG 1U2VA 2E88A 3WQTA 4FO0A 3L4IA 5AQVA 1HJOA 1QQNA 4BC3A 3AARA 3O6WA 3MN9A 2ASMA 3VESA 4BG9A 3AAPA 3ATVA 3ATUA 3O4WA 4H5TA 2YHYA 3H3OB 3DWLA 2NZTA 1SAZA 4Z94A 1IJJA 3VEWA 5AZJA 4HWIA 3R6MA 5AQMA 4IO8A 2P9LB 3VEOA 4BC5A 5F1XA 2IVOA 1BWFO 5AQQA 5B8HA 1QQMA 4QS9A 4BQZA 4H0XB 3IFRA 3F9MA 3FZHA 1QZ6A 3HBTA 2P9KB 5AQPA 3A5MC 3RSEA 2NRHA 3VOVA 3LDNA 2Q2RA 3CI5A 4BR7A 4CZJA 4CZLA 4BC4A 2GEMA 4I6MB 2YHXA 3LDQA 3LM9A 1WUAA 4BREA 3EO3A 3IDHA 2E2PA 1TUYA 3D7EO 5EX5A 3MCPA 4PL7A 4E1JA 3DXMA 2CGJA 4FWQA 1WOQA 4H0YB 2Q31A 5AFUA 3ID8A 5AQYA 4CBUA 1T6CA 4H0TB 3WXLA 3ULEA 2YJFA 2W40A 1YXQA 1XC3A 3DXKB 4CZHA 1MWKA 4FWOA 2P9SB 3SJHA 5I9EB 1LCUA 3QB0A 5AQKA 5BPMA 5KPRA 4FWPA 4FL9A 4PKIA 3A5NC 1TYQB 4BRPA 1V4SA 2V51B 3O1BA 5AQTA 2IVPA 3MK6A 4M7XA 4FWMA 4CZMA 4YDUA 4RWTA 3M1FA 1KAXA 3S41A 5BR9A 3JXUA 5LY3A 3FLCO 3A0IX 3O8MA 4IZ9A 3I33A 4IWVA 4CZFA 4RTFD 3FE1A 2A5XA 1H1VA 4EHUA 3D2FA 5JLHA 1ATSA 1NGDA 1GLJO 2AA4A 3U8XA 3QBWA 3C7NB 4MLHA 2UYTA 2QW9A 2E2OA 2P9NA 4L3QA 1NGBA 1HX1A 3GL1A 4CD1A 1JCGA 1P8ZA 5ADXA 1D4XA 1BU6O 2FLOA 2A3ZA 4WQ5A 2GELA 5AQLA 4H5VA 3FZLA 4BRAA 2CGLA 3TU5A 3HTVA 2P9KA 3VEXA 3ZX0A 1MDUB 5JLFA 4BGAA 1NGJA 1GLFO 3ZX2A 4WQ4A 1YUWA 4H0OA 1Z6RA 4K25A 3LDLA 1BG3A 2E8AA 5ELZA 3U9DA 3SMSA 4JN4A 2VCPA 3TPQA 4CZGA 3GE1A 3FZKA 5AQIA 1GLAG 1E4GT 4B1VA 3DXKA 2GUPA 3FZMA 4BRKA 3P4IA 2P9PB 2Q0UA 4BRCA 1MWMA 3L6QA 4CBWA 2E1ZA 2E2QA 4WYBA 3VETA 3W3DA 4B9QA 4FWNA 3UKRA 5AQSA 3SLCA 2AP1A 1SZ2A 4FWKA 5FPNA 4FOIA 1NM1A 4FOEA 3VENA 1K8KB 4FPAA 3A8YA 2QWOA 1LOTB 4BRHA 3WQUA 3JS6A 4FPBA 4H03B 1XUPO 3GG4A 3VEVA 1Y64A 4EAHD 4H0VB 4JAXA 1ZBSA 3IMXA 3SMPA 1HKCA 1MA9B 3WEEA 3VGMA 3WXKA 4CZIA 2QWMA 1C0GA 4A62A 2KHOA 5FPMA 4JHDA 3UKUB 5F0XA 3H46O 2QXLA 3D2EB 2CH5A 3VEZA 4PL8A 1CZAN 3VF4A 3VEYA 1ATNA 3CETA 2A6AA 3EZWA 4A2BA 3ZEUB 3ZETB 3O1WA 2IVNA 3CJ7A 4JD2A 3ZX3A 5LJVA 2A40A 1BDGA 3M6GA 1HKBA 3BUZB 3C0BA 3MDQA 4EFHA 3OHRA 2YCHA 2Q1NA 4GY2B 2EWSA 3IUCA 2P9IA 4XH4A 5E84A 2IIRA 1JCFA 2A41A 3FGUA 1GLCG 4LC9B 1V4TA 2P9UB 4BGBA 3O80A 5EY4A 3KZBA 4IXCA 4NB4A 2ZGYA 5EXWA 3QICA 5KPTA 3U9ZA 2QWLA 3AAQA 2HMPA 5AQWA 2ASOA 4IJNA 3BEXA 4BRDA 1E4FT 2FSJA 3A5LC 1GLLO 3CIPA 1RFQA 3CJBA 3LM2A 4FWRA 5BREA 1U2VB 3G25A 5BN9A 3QBXA 2YI1A 5JMVA 1NGIA 5EOYA 1XQSC 1QQOA 1QZ5A 3H3NO 3CQXA 2QWNA 4DCHA 2D1KA 2YJEA 4BVOA 3QDKA 2P9LA 2D0PA 3LL3A 5BN8A 3HSCA 3GDQA 3VPZA 5AZIB 4CJ7A 5AQRA 1DEJA 4B1YB 2I7NA 2CGKA 5AR0A 3UKUA 4ISEA 5BRDA 3D2EA 3HZ6A 4K42A 3VGLA 4A61A 3LDOA 5E26A 4I6MA 3RSEB 3H1QA 5ADXH 3M3ZA 3ZETA 4AM7A 3VGKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KPZA 4BR9A 2G8KA 1X9WA 1L3UA 2RN2A 4QS7A 3HPHA 3QLHA 2D5RA 3ZSZA 4Z4GA 4IOAL 2PBDA 1C0MA 2E20A 1RTHA 5KI6A 4MO5A 4JKGA 3LANA 3CC2N 4H0PA 1S9GA 2E2NA 1U4BA 1WNSA 4DTPA 4EIAA 4RCHA 5J1EA 3CC4N 4OVLA 3I56N 2QWQA 2QEXN 3ZSYA 5KQDA 1HJRA 2QWPA 1XI1A 4Z4CA 1ZBLA 3P83D 1KC8O 3CFOA 4JEPA 4Y1DA 3CJ1A 1KAYA 3T7ZA 3K2PA 4ID5A 1O1WA 2HHHK 4GKKK 3U3YA 4IEIA 1S5JA 4JI0K 5FDLA 3MN5A 4L8RB 4KHNA 3I0SA 4B9UA 4BRQA 4CHNA 1NBWA 2UXDK 1JLFA 3VA0A 4PY5A 4N76A 3PX4A 1KD1O 2Q36A 1KCFA 5AFUH 4PKGA 2DTUA 3BP8A 4DS5A 3LDPA 2GWJA 3AY9A 3DAWA 3FFKB 4ELUA 4YY3K 3RR7A 1NGHA 5AQGA 4K41A 4B1WB 1C0TA 2HBLA 4XH5A 4BR0A 2D4WA 2OA8A 1DGKN 1BOTO 3PIPL 3C65A 1GOCA 4A2AA 3UB5A 1IO2A 1J53A 3THYA 2Z1JA 5AQUA 4HCCA 3UIQA 2E4LA 2OPSA 2ZM6K 1N32K 5C0YA 5FPEA 4MFBA 3AVKA 1EETA 4DU4A 2AJQA 3TR8A 4E3SA 2IGIA 2GUIA 4M63C 4CK3A 4IFYA 1QVGM 3THVA 4C8NA 2UXBK 2D0BA 4JNEA 3UE5A 5AZJB 4KBOA 3FFIA 4DV3K 2PYLA 4F9OA 3SK3A 1SV5A 4CEFA 2A42A 5M1OA 5C42A 1BCMA 4YOYA 4FLWA 2G8VA 3CJAA 4W5NA 4B1UB 4H5RA 2HW3A 1D8YA 4N56A 2FF6A 3O08A 3SBTA 4FZYA 4JI4K 2WUSA 4N47A 3VQPA 5EU7A 3IAYA 1Z26A 1KRPA 4I2QA 4M7YA 1NGAA 4E1NA 4KKOA 1R59O 2YHBA 3CG7A 4H5WA 3AO5A 3G4SN 2FSNA 1ASWA 3OYLA 2O8FB 3KK2A 1IKYA 3M8SA 1QHAA 4O55A 5CYQA 1QHTA 4BG8A 4YFUA 2XO7A 1YAGA 1S9EA 1TK8A 5AQZA 3VN5A 5AQHA 2BE2A 4ILGB 1ZBIA 1T3VA 4NLCA 4AHVA 3TAEA 4WFBL 2B4JA 5JICA 4FM0A 1U2VA 3L8BA 5AQVA 4ID1A 3HT3A 2ASMA 3VESA 3ATUA 3O4WA 3AO2A 4CGDA 1VRTA 3DLEA 5C15A 3VMFB 1JLBA 4RW8A 1EWQA 3K9KA 1MU2A 3AO3A 4CEOA 3CMEN 3VEWA 4BE0A 1CXUA 4HWIA 4PUOA 4BC5A 4M3TA 2IVOA 1LWEA 4IOCL 4QS9A 3IFRA 4OJRA 3F9MA 5MLCQ 1Q8IA 4E7LA 4FJNA 4DSIA 2NRHA 3VOVA 4CZJA 4BC4A 2ATQA 4I6MB 3LM9A 1RT7A 1NK5A 3EO3A 2OZMA 1KVBA 1S6PA 4DR5K 4PL7A 4CEBA 3DXMA 5AFUA 4FWQA 1Q7YO 5D3GA 4LF6K 3CFRA 4IG3A 1NOYA 4JS4A 4DFJA 2W40A 1YXQA 3D45A 1VSHA 4F2SA 1MWKA 3AVBA 1LAWA 2P9SB 4NYNA 4KB0A 4HVJA 3HK2A 5I9EB 5T7BA 3KWGA 3OS1A 5BPMA 3PLAA 4FL9A 4JLHA 3A5NC 4DMNA 2O8CA 1GOAA 2GX9A 3MK6A 4M7XA 4CHQA 2RE2A 3SQ0A 1N33K 1YJNN 4YDUA 4DTMA 3M1FA 1KAXA 3CC7N 2DY4A 3NH0A 4JKDA 5LY3A 2F8SA 3MEEA 2YNIA 3A0IX 4CIGA 3K5LA 3O8MA 3E9LA 3G10A 4IWVA 4CZFA 4MQ3A 2FC0A 4F3OA 1H1VA 4FLZA 4LH5A 1GLJO 3TAFA 1K73O 4GKJK 3T69A 5DM7L 4XIUA 4DV1K 1TKZA 1T8EA 2QW9A 5J2PA 3N4QA 5HRSA 4KHWA 4Z4IA 4L3QA 1NGBA 4IDHA 4NXMK 3PV8A 4J2AA 4JYAK 2A3ZA 2GELA 4H5VA 3FZLA 4BRAA 2CGLA 3VEXA 3HTVA 2P9KA 3LAKA 5CY4A 1FK9A 4DSEA 4DF8A 4WQ4A 4BACA 4I9LA 1BG3A 2GBZA 4B3OA 4JN4A 5KRTA 2VCPA 4KV8A 1Z25A 4CJLA 1RTIA 2UUBK 1L3TA 3GE1A 4DSLA 3RRHA 3KLFA 4CHOA 1VSFA 3R1XA 3K9JA 4CGJA 3P4IA 2Q0UA 2XY5A 1KTQA 4QCLA 1MWMA 3LP2A 5DMRA 2BDPA 1RBVA 4AHCA 5I42A 4CFDA 4B9QA 5HRPA 4DTSA 3P39A 2AP1A 4RW4A 1NK6A 5FPNA 2O8BB 4FOEA 3NGYA 1QTMA 1TKXA 3G6EN 1K8KB 4FPAA 2NNWA 3NMUA 3HYFA 4DV5K 3VEVA 1WLJA 4JAXA 4CESA 4R79A 2XY8A 5LL6Z 4RW7A 3VQ6A 3THXA 2IAJA 4DTRA 3LZIA 3DLHA 5JS2A 2KHOA 2ZJRL 4BECA 5F0XA 1NKEA 1LW0A 4OLAA 4DSFA 4DFPA 3BDPA 4FLXA 4A2BA 4CF0A 2HB5A 2E6MA 1LWFA 3SNNA 1VQMN 3ZX3A 1JLEA 2W42A 3HL8A 3ZT0A 1WAJA 3M6GA 3MDQA 3C0BA 3OJSA 2O4IA 1HNIA 4CJRA 4ILJA 3ID6A 5C10A 4F4KA 3V1QA 4GY2B 2EWSA 4C1NI 1XC9A 1Q81O 5GAEP 1I94K 4K8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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