4JD2A

Crystal structure of bos taurus arp2/3 complex binding with mus musculus gmf
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
414
structure length
398
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSGPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for regulation of Arp2/3 complex by GMF.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
molecule tags Structural protein
total genus 124
structure length 398
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jd2A03
3UB5A 5AQZA 4H0VB 1BA0A 1K8KB 1P8ZA 1V4TA 3VEXA 3VOVA 2FF6A 4K25A 1QZ6A 3ZX2A 5AQSA 2GEMA 1GLDG 3M1FA 3VEWA 4IJAA 4EAHD 2V7ZA 2P9UA 5AQTA 2CGLA 2P9SA 3GBTA 3D7EO 4BC5A 4BROA 4WQ4C 3FZLA 4CD3A 4CZGA 1NGFA 3QBXA 4B1VA 1BG3A 2P9IA 1X3NA 4BRIA 1DGKN 5AQHA 3SJHA 2VWBA 3U9DA 2IVNA 1DEJA 4CZKA 1K8KA 2QM1A 3DXKA 1XQSC 2E88A 3HSCA 1GLJO 4H0PA 2QWOA 2EWSA 1RDWX 2I7NA 3ENOA 3VESA 4H0YB 4M7XA 1NGJA 1Z6RA 4L3QA 4BGBA 3KZBA 1SAZA 4QS7A 5AQPA 3VERA 2ITMA 3UKRB 3QBWA 4YDUC 2YJFA 3AARA 3M6GA 2W41A 3O6WA 5AQKA 3P4IA 1RGIA 2E20A 3CJBA 3WXJA 2IVOA 3L0QA 5LJVA 5ELZA 4FWLA 2E1YA 2FXUA 4H5WA 1HJOA 4BRDA 2F9WA 4CBWA 1LOTB 5FPDA 3I8BA 3VETA 1WOQA 3CERA 3VEOA 1LCUA 1NLVA 2QW9A 2YJEA 5FPNA 4BRMA 3MK6A 4FWRA 1MA9B 3ID8A 3OHRA 5AQVA 4WYBA 2ASPA 3C7NB 5CE3A 3EL2A 4QS8A 3KVGA 3O80A 5EXWA 3ULEB 3HBTA 4PKGA 5JICA 4RTFD 4BR4A 2E2QA 3WT0A 1ZBSA 3BEXA 4B9QA 1KXPA 5AQFA 4H5NA 5KQDA 3CHWA 3SMSA 3CJ9A 1V4SA 2F9TA 3VGKA 1GLLO 1SZ2A 3TU5A 3GG4A 3H3OB 4FL9A 2I7PA 1HPMA 4CZMA 5BPMA 3WXIA 4FWQA 3SK3A 3HTVA 3WXKA 4K41A 3F9MA 3EN9A 4MLHA 3HI0A 2OANA 4BC3A 3FZFA 5AQMA 5EX5A 3BP8A 1KAZA 3I33A 5AZIA 2VCPA 4XEIA 3EKUA 2Q0UA 4BRHA 4NO7A 4CBXA 4JNEA 3TPQA 5BRDA 4EFHA 3D2FB 3A5MC 3ULEA 5AZJA 5LJWA 1BA1A 2Q97A 4H0TB 4K43A 4MLEA 2CH5A 3A5OC 4FO0A 2P9LA 1SQKA 2W40A 3LM2A 4LC9B 4BC2A 1GLFO 4HWIA 4CZIA 3SLCA 1JCFA 4NB4A 5E84A 2AP1A 3JXUA 4QS9A 3ZEUB 1QQNA 4C23A 2D1KA 1MWKA 4CJ7A 1T6CA 4Y0WA 4FOEA 5AQUA 3D2EB 5AQJA 4BVOA 3BF1A 4BR7A 4ISFA 4CZJA 3QMLA 4CI6A 2NLXA 3GDQA 4XH1A 4AM6A 4BREA 2FSKA 4CZFA 3LDOA 2ZF5O 1GLEG 5KQ8A 3BUZB 4K42A 3IUCA 3U9ZA 4RWTA 1C0FA 5AQGA 1JCGA 2ASOA 3D2FA 3DWLA 4JD2B 4IXCA 2GUPA 4CZEA 3H1QA 4A2AA 4BQZA 3W3DA 5JLHA 1BUPA 2P9PB 5KPTA 4JN4A 2CGKA 3AAPA 4J8FA 2GWJA 2YHWA 4RCHA 5BR9A 5JLFA 2E2NA 2PAVA 2YI1A 3VGLA 3QDKA 2D4WA 1X9JA 4DQ8A 5BPNA 2BUPA 1CZAN 2AA4A 1EQYA 3AAQA 2E2PA 3GL1A 3DJCA 4IZ9A 1KAYA 4BRLA 1NWKA 2FLOA 2D0OA 1BU6O 3C0BA 3EZWA 4PKHA 1HKCA 3L6QA 3H45C 3UKUB 1S3XA 3ATUA 3R6MA 4BRQA 4BRNA 2ZGYA 4EHUA 4F9OA 2FSJA 2YCHA 4FOIA 1ZXOA 2ASMA 4EHTA 1J6ZA 3A8YA 4A62A 3O1BA 3VF2A 3LDNA 1TUYA 2QXLA 2KHOA 3HM8A 1MWMA 2HF4A 3CIPA 4BGAA 3VEZA 2CH6A 2WUSA 1ATRA 3O08A 3VF4A 3FLCO 2HMPA 4A61A 4PKIA 1TYQB 2BTFA 3R9PA 1T44A 1IG8A 4JHDB 1S22A 1NGDA 1Y64A 2P9KB 1HKBA 4DHYA 4FWPA 5B8HA 1U2VB 2P9NB 2NRHA 3UKRA 3DXMB 4CZLA 3RSEB 2YHXA 3A5NC 3LM9A 1GLCG 5AQYA 5BPLA 2ZWHA 2A5XA 2QWPA 4IO8A 4BG9A 2GTDA 3CETA 3WEEB 2GWKA 1U6ZA 1RFQA 4AM7A 4B1UB 1GLBG 4H5TA 1Z05A 4ISEA 3GE1A 1QZ5A 4FPAA 4BRAA 3AY9A 1YAGA 4BG8A 4I6MB 1TYQA 3S41A 1NGCA 4B1ZA 2P9KA 3MN9A 3MN7A 3U8XA 4CZHA 3EKSA 2NZTA 3G25A 5BREA 3ZETB 1HLUA 1U2VA 2ZGZA 3MN6A 1IJJA 3C7NA 3DXMA 5EOYA 1BOTO 1T6DA 4H03B 2QWRA 3FR0A 2E1ZA 3CQXA 4HTLA 4FWNA 5AQLA 4BRPA 4BC4A 3B8AX 4XH4A 3LDPA 3QICA 4FWMA 5AQXA 5E26A 2HOEA 3MMVA 3O5BA 3LDLA 4CBUA 1ESVA 3A5LC 3H3NO 3QFPA 4M7YA 2P9SB 3LDQA 1HX1A 3MDQA 5ADXA 3IMXA 5AR0A 4BRCA 2P9IB 1QQOA 2UYTA 5EY4A 4B1YB 2FSNA 4O8KA 4BR9A 4GY2B 3DXKB 1YUWA 4PL8A 3CQYA 3VEYA 3FE1A 3CJ1A 4DCHA 5AQRA 5AQIA 3MCPA 1XC3A 4B1WB 3VEVA 3H6EA 1D4XA 3MN5A 3FZKA 1BDGA 3ZEUA 5AQQA 3IFRA 4JAXA 2E2OA 3CJAA 1YXQA 4BR0A 3GOIA 2A6AA 3LL3A 5TKYA 3D2EA 3U4LA 4BR5A 1YVNA 3M3ZA 2D0PA 4IJNA 5FPMA 4CD1A 3IDHA 5F1XA 1Q18A 3W0LA 4A2BA 4FWKA 1TUUA 2QWLA 3QB0A 3ZX3A 3FFKB 5JMVA 3FZMA 3EO3A 2Q1NA 5AQWA 3O4WA 4BRFA 4XH5A 1MDUB 1C0GA 3CJ7A 4JD2A 4FWOA 4FPBA 2H3GX 5FPEA 4PL7A 3H46O 2IIRA 2P9PA 4O5FA 1NGHA 2FF3B 5AQOA 3VGMA 1NBWA 3WUHA 4BRGA 3ENHA 3J8AA 4IWVA 4Z94A 4WQ4A 3QFUA 4BVPA 3ZX0A 2Q31A 3A0IX 1ATNA 1NGBA 4BRKA 1NGAA 5AFUA 2E8AA 5BRHA 3HZ6A 4H5VA 1KAXA 4H5RA 3FGUA 3O1WA 5AFUH 5BRFA 2QWQA 2A3ZA 4H0XB 2A42A 2GELA 4MO5A 1HKGA 1ATSA 3WQTA 1E4GT 1OKJA 1H1VA 1JCEA 2QWNA 1NGGA 3UKUA 5BN9A 1R59O 4FWSA 4BR2A 2VYPA 3VPZA 3R8EA 1BWFO 4WQ5C 1DKGD 4YDUA 3WQUA 3VF6A 5EVZA 3VENA 2DPNA 2A40A 2V51B 5AZIB 1G99A 1XUPO 3KHYA 3UE5A 4JHDA 2QWMA 4MO4A 5AZJB 1NM1A 3CJCA 4E1JA 2V7YA 5F2RA 1NGIA 2YHYA 2P9NA 5AQNA 2IVPA 5KPRA 1NGEA 2P9LB 3FZHA 1GLAG 3DAWA 3RSEA 1X3MA 2Q2RA 1NMDA 1HUXA 1WUAA 2PBDA 5BN8A 3L4IA 1ZC6A 4H0OA 2A41A 4WQ5A 3WEEA 4DB3A 5LY3A 3H1VX 4FSVA 4B1XB 3ATVA 4KBOA 3BF3A 4M63C 1E4FT 4GNIA 4I6MA 3SMPA 4ISGA 2P9UB 2V52B 5I9EB 3WXLA 3O8MA 2HF3A 1BO5O 2J4RA 3CI5A 1QHAA 3JS6A 4BQLA 5ADXH 3ZETA 1QQMA 5F0XA 5KPZA 4EIAA 2Q36A 2Q0RA 2CGJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E1NA 1P8ZA 4O8UA 5LMUK 3QETA 1HNXK 3ZSQA 2KFNA 5I42A 3QIOA 5H1SQ 1WN7A 4CK2A 1EX4A 4IEIA 5FROA 4EAHD 2FBTA 3K59A 3B6PA 4CD3A 4M45A 1L5UA 3L2VA 1BG3A 4JI1K 1X3NA 4BRIA 4CEEA 3PLAA 4KFBA 5M1KA 3SJHA 4CGHA 2IVNA 1DEJA 3O4QA 1K8KA 4FZZA 1XQSC 4LF4K 1GLJO 1I39A 4H0PA 2EWSA 4LF9K 4ILJA 3NGZA 1Z6RA 4BGBA 3AVHA 3VERA 2ITMA 4B8CA 3THYB 2QXFA 3VA0A 3SBGA 4IFYA 1BGXT 2DTUA 3OY9A 4BE0A 4DR4K 4DTMA 4IOAL 2YJFA 4YORA 2PYJA 2O8FB 3VQEA 2W41A 1UA0A 3CCSN 2VG5A 2DFEA 1HQEA 4FWLA 4FJMA 4H5WA 1HJOA 4BRDA 2F9WA 4CBWA 3VETA 2O8DB 3ISNC 1NLVA 2YJEA 2YNGA 3MWTA 5FPNA 4DV7K 2X78A 3MK6A 3J7ZO 2IOCA 4GV9A 4FWRA 4GKJK 3ID8A 2RF2A 4NXMK 5CE3A 3SAFA 4JI0K 3O80A 3ULEB 4N5SA 4RTFD 4BR4A 2E2QA 4BY9C 1ZBSA 3VQ6A 4CEFA 4H5NA 3KLGA 3CJ9A 2NRZA 2AJQA 1S6QA 4FJ5A 1P90A 3CCQN 3GG4A 4FL9A 4Y1DA 1HPMA 5BPMA 4FWQA 4DV1K 4JV5K 4O55A 1KD1O 5HROA 4DTRA 3EN9A 2HHSA 4DTXA 2OANA 3MXIA 1VAZA 3ALYA 5AZIA 3SUQA 1RNHA 4NO7A 4EFHA 3D2FB 4DTPA 1NJYA 4J2BA 2JGUA 4MFBA 4BC2A 5C0YA 1JCFA 4C23A 3QO9A 1MWKA 2NRXA 4CJ7A 3PO5A 4Y0WA 3MECA 3HPHA 5AQJA 3AVLA 3HPGA 2FSKA 5GADP 2HHQA 4LF5K 2ZF5O 4N47A 3OS2A 4K42A 4CJTA 3IUCA 1C0FA 1JCGA 3LALA 1W9HA 4JD2B 2GUPA 5JVHL 4GV6A 4KPYA 2ETJA 2P9PB 3P39A 2ZM6K 4JS5A 1RT5A 2JWKA 4Z4GA 4CECA 2CGKA 4CHNA 3AAPA 1L3VA 3BY5A 2D0AA 4EP5A 2BGGA 4ZTFA 4CFAA 3QDKA 5D3GA 1X9JA 4Z4IA 3DJCA 4IZ9A 1KAYA 1S1VA 4O0IA 4C8MA 4DMNA 2FLOA 3K57A 2FBVA 4J2AA 1HNIA 1HKCA 1S3XA 3ATUA 1JXBA 1VQLN 3QEWA 3CMAN 1ZXOA 4EHTA 1RBSA 4DR2K 3VF2A 4B3RK 3LDNA 3L2UA 3OYGA 1SV5A 2OPRA 3PIOL 2KHOA 4BGAA 1TL1A 3VEZA 2CH6A 2WUSA 2W42A 1DLOA 3O08A 4A61A 4PKIA 2BTFA 4FM0A 1A5XA 1T44A 1Y64A 4WCEL 1EO1A 3VTIA 2P1JA 5HLFA 4YFUA 2HNZA 3DXMB 4CJQA 3LM9A 3EY1A 3DOKA 1GLCG 5AQYA 1WLJA 4IO8A 3S3NA 3P38A 4BG9A 4CJVA 2XO7A 2GTDA 2GWKA 2C1IA 4DUZK 3TTDA 4F8RA 1RFQA 1VRTA 3QNNA 1SL1A 3DLEA 1QZ5A 4FPAA 5KI6A 4CJKA 4AHTA 4CF2A 4XJXA 4GMJB 3THXB 1Q9YA 1FJGK 4B1ZA 1OVQA 5BREA 3P5JA 1HLUA 2BE2A 3RWUA 2ZGZA 1JL2A 1RDDA 2F4VK 1BOTO 2QWRA 5EU7A 3QERA 2G8FA 4GVMA 3CQXA 1QSYA 3UIQA 4BRPA 2W00A 3MX2A 3TAGA 3KWIA 1Q7YO 1ZBLA 3IRXA 5E26A 5AQXA 4KTZA 5GIPA 4V19S 4JKCA 5A2QO 3CXCM 1ZBIA 1NJIO 3A5LC 4M7YA 2RPIA 3LDQA 1HX1A 4E0DA 1S6PA 3J7AP 4OGCA 5IWAK 4DR3K 3SNNA 3NVMA 2Z1HA 4FLZA 4M3ZA 4B1YB 2QI2A 4O8KA 3CCEN 3NDKA 4JI2K 2ZJQL 3EE8A 4OKJA 4HVJA 5CY4A 3BZKA 3OYEA 1TK5A 4Q5VA 3RR7A 4JI7K 2KQ2A 1RDBA 5AQIA 2HMIA 1X9WA 3O3GA 3BDPA 5SWMA 2HBKA 3OJSA 3C6AA 4Q0BA 2UUCK 3NGIA 5TKYA 1RTHA 4AH9A 5CHIA 3M3ZA 2Z1GA 3WNGA 1VQ9N 4B3TK 5HRSA 1RBUA 3SQ4A 3I0SA 1J5OA 3SV4A 2Q1NA 5AQWA 1VQ7N 2IDOA 4JI3K 4XH5A 2OPSA 3RMAA 4FWOA 1TKTA 2WFBA 3K9JA 1QSSA 4PL7A 1BQNA 3VQ8A 3LZIA 3D45A 3KD5E 3WUHA 3ENHA 1EETA 1VSIA 4O44A 1RTDA 3SUPA 4M3UA 3QFUA 3A0IX 1UA1A 1ATNA 3VTHA 2HNDA 1NGAA 1WSHA 2E8AA 5BRHA 5M1NA 3C6TA 4B9VA 5BRFA 1TK0A 2QWQA 2A42A 4K0KK 3OS1A 1OKJA 4W5OA 1FK9A 4CJPA 2WTUA 1RBRA 4DSEA 2QKBA 4DV2K 1JL1A 1EXQA 3VPZA 2BDPA 1BWFO 4BWJA 4YDUA 4CGGA 3VENA 2DPNA 1YITN 2V51B 3E01A 4FLUA 5AZIB 1YJNN 3OYJA 4M42A 3DOLA 3UE5A 4FLTA 3O3HA 4DTSA 1G15A 3CFOA 5F2RA 4YOXA 2YHYA 5AQNA 2IVPA 4JKDA 3QEPA 1WSJA 1NGEA 3TANA 1U48A 4C8LA 1GLAG 1K73O 1HUXA 1WUAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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