5FPDA

Structure of heat shock-related 70kda protein 2 with small-molecule ligand pyrazine-2-carboxamide (at513) in an alternate binding site.
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
381
structure length
378
Chain Sequence
GPAIGIDLGTTYSCVGVFQHGKVEIIANDQGNRTTPSYVAFTDTERLIGDAAKNQVAMNPTNTIFDAKRLIGRKFEDATVQSDMKHWPFRVVSEGGKPKVQVEYKGETKTFFPEEISSMVLTKMKEIAEAYLGGKVHSAVITVPAYFNDSQRQATKDAGTITGLNVLRIINEPTAAAIAYGLDKKGGEKNVLIFDLGGGTFDVSILTIEDGIFEVKSTAGDTHLGGEDFDNRMVSHLAEEFKRKHKKDIGPNKRAVRRLRTACERAKRTLSSSTQASIEIDSLYEGVDFYTSITRARFEELNADLFRGTLEPVEKALRDAKLDKGQIQEIVLVGGSTRIPKIQKLLQDFFNGKELNKSINPDEAVAYGAAVQAAILIG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Detection of Secondary Binding Sites in Proteins Using Fragment Screening.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEAT SHOCK-RELATED 70KDA PROTEIN 2
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 119
structure length 378
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5fpdA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5fpdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5fpdA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5fpdA04
1NGIA 4XH1A 3H1QA 2IIRA 2BTFA 2I7PA 5E84A 1QHAA 4FO0A 2FSNA 4FWRA 3VF6A 2IVPA 1HKCA 5CE3A 1YUWA 4A2BA 1ZXOA 3RSEA 4BGBA 1ESVA 3RSEB 4RWTA 4M7XA 5I9EB 4IJNA 4FWOA 4BRCA 1NGBA 2FF3B 3KZBA 4WQ4C 4DHYA 3ENHA 4CZHA 3D2EA 1S3XA 3SJHA 3VESA 4PKGA 3BF1A 3WXJA 5EXWA 4PL8A 4HTLA 3UKUA 5ADXA 3H45C 5FPNA 1HKGA 3VGMA 1NWKA 3UKUB 2QWOA 3VEWA 3QBWA 3ZX2A 4CZMA 3D7EO 3MN7A 1QQNA 1MDUB 1GLEG 2VYPA 4PKIA 4BR7A 3CHWA 5AQTA 2ITMA 5AQXA 1U2VA 3LM9A 1U2VB 5JLFA 4L3QA 4K41A 2NLXA 1GLCG 4BC3A 3LDPA 4JN4A 4HWIA 3DXMA 2ASOA 4BROA 2Q1NA 3ID8A 4BQLA 3DXMB 4BGAA 4B1XB 3C0BA 1NGHA 4O8KA 1U6ZA 1NGDA 5AQIA 5AQKA 1JCGA 4H0OA 4RCHA 4BRQA 2P9KA 1MWKA 4M7YA 3U9ZA 2P9KB 3CJ7A 3O08A 1JCFA 4QS8A 1NGCA 4NO7A 3IMXA 3SMSA 1DGKN 2E2QA 3CQYA 4MLHA 4EIAA 4CZKA 3HBTA 3P4IA 4DQ8A 1NGGA 2J4RA 3A5MC 4PL7A 1JCEA 4XH5A 2GWJA 4ISGA 3VF4A 3EKSA 4BRKA 5F0XA 4BG9A 5F2RA 1Z6RA 2DPNA 4H0VB 3AAPA 3CJCA 1GLJO 1V4TA 3EL2A 2W40A 4J8FA 3WXKA 4AM6A 3LDQA 3FZKA 4EHUA 2D4WA 5BRDA 2E8AA 3W3DA 3FR0A 1R59O 2QWQA 3HZ6A 1IG8A 3A5NC 4BRLA 4BR9A 3MDQA 4CI6A 2V52B 3QFPA 4K25A 3VEYA 5BPLA 4DB3A 1S22A 4CZIA 1Y64A 1RGIA 1BU6O 5BRHA 3JS6A 3O5BA 5AQWA 5JMVA 3L4IA 5AQSA 5AQZA 2Q0RA 3O80A 4NB4A 3U8XA 3HI0A 5LJVA 5AQOA 3LM2A 5TKYA 3CI5A 2ZGYA 4FWMA 4Z94A 4H5NA 4E1JA 1G99A 3VENA 5BN9A 4H0TB 1YVNA 3DXKB 3MN5A 1HX1A 4BC5A 4WQ4A 3JXUA 2P9NA 2P9NB 1NGFA 4K42A 1Z05A 4ISEA 4FWSA 3VEZA 4BC2A 3CQXA 2YI1A 5AFUA 4IXCA 1TUYA 4F9OA 5JICA 2QWPA 4JAXA 3BUZB 2E1ZA 4ISFA 1MA9B 1XC3A 4IZ9A 4FWQA 3ZX0A 4H0PA 3LDLA 2PBDA 1XQSC 1ATNA 3HSCA 2P9IA 3DAWA 2P9IB 4B1ZA 3J8AA 3IDHA 2AP1A 1V4SA 4FL9A 1ZBSA 1GLAG 2GUPA 1T44A 2Q2RA 2FXUA 3SMPA 3BEXA 3OHRA 3I8BA 2HF3A 5EX5A 3EO3A 4BRDA 4FPAA 3MN6A 5LJWA 4CD1A 2HMPA 3ULEA 1NBWA 4IWVA 3FZLA 2QW9A 3ULEB 1LCUA 2IVOA 2YCHA 3M3ZA 4WYBA 2A5XA 2F9TA 3L0QA 3WUHA 1SAZA 3GE1A 4BRNA 5LY3A 3S41A 2QM1A 2E2OA 3ZETB 4BC4A 4B9QA 2CGJA 3D2FA 3D2FB 3FZMA 5AQRA 5AFUH 3QBXA 1MWMA 2D0OA 4H5WA 1BOTO 3ENOA 3EZWA 2GEMA 3W0LA 4BRAA 2E2NA 4YDUC 5AZJA 5AQUA 5AZJB 3VEOA 3L6QA 2Q31A 4Y0WA 4FOIA 5AQHA 3O6WA 4XH4A 3WXIA 4H0YB 2FSKA 3VOVA 1NGAA 3A8YA 4BREA 5AQFA 3HTVA 3SK3A 3QDKA 3WEEA 4JD2A 3WEEB 4JD2B 1HJOA 5AZIB 4B1WB 4CD3A 1YXQA 3KHYA 5BRFA 5BPNA 1T6CA 3SLCA 2IVNA 3UE5A 3VEXA 5ADXH 4H03B 3UKRA 3UKRB 3VF2A 3O1BA 5FPMA 3VETA 3BP8A 4A2AA 3WQTA 3LDNA 5KQ8A 3ATVA 4EHTA 4BQZA 5FPEA 4BR2A 3UB5A 2FSJA 1X9JA 2FF6A 2GWKA 4FWKA 1QZ5A 3TPQA 4MO4A 2HOEA 4LC9B 3FFKB 1KAZA 3GDQA 2QWNA 1HUXA 5AQLA 2QWRA 2BUPA 4B1YB 1TYQA 1GLLO 2AA4A 4WQ5A 4BVOA 1TYQB 4I6MA 1P8ZA 2GELA 2ASPA 4CJ7A 4I6MB 3ZEUA 5AQMA 2A3ZA 2V51B 3ZEUB 5BPMA 4A61A 2ZF5O 3CETA 5BR9A 3R8EA 2QXLA 2V7ZA 5KPZA 3QICA 1LOTB 4CBXA 2NZTA 4KBOA 1BWFO 3DXKA 1XUPO 2VCPA 3FZFA 4CBWA 3C7NA 1KAXA 2ZWHA 3C7NB 1WUAA 5ELZA 1X3NA 1NGEA 1WOQA 4CZEA 1CZAN 1QZ6A 2KHOA 1SQKA 2A6AA 4H5TA 3G25A 1ATSA 2HF4A 4BRIA 2WUSA 4FWLA 5AQGA 4BR0A 4BRMA 1KAYA 1D4XA 2A40A 4BRFA 2Q97A 3H3OB 3A0IX 3ZX3A 3R9PA 3MK6A 3VEVA 4FSVA 3GG4A 4EAHD 3FE1A 3GOIA 5EY4A 3KVGA 1GLFO 4IJAA 5AQQA 2EWSA 4FOEA 4K43A 4BRHA 1X3MA 3LL3A 1EQYA 2P9UA 3VPZA 1NMDA 2OANA 3H6EA 4BG8A 2P9UB 2P9SA 4QS7A 1RFQA 2P9SB 3O4WA 3LDOA 4BR4A 3I33A 4H5VA 2QWLA 2ZGZA 3MMVA 5JLHA 3QFUA 3VGKA 2YJFA 3WXLA 3ZETA 2W41A 2P9PA 2P9PB 2PAVA 4QS9A 3A5OC 2QWMA 3D2EB 3F9MA 1DEJA 3M1FA 3MN9A 1H1VA 4CZGA 4BVPA 4FPBA 5BREA 2CGKA 3FZHA 4GY2B 3AARA 3FLCO 1NGJA 2YHYA 1GLBG 2Q36A 3TU5A 3U9DA 1TUUA 3GBTA 4RTFD 3VERA 4O5FA 3R6MA 3AY9A 1C0GA 3H3NO 3CIPA 3VGLA 1IJJA 2YJEA 3MCPA 2CH6A 4DCHA 5AQNA 5B8HA 5KPRA 3CJAA 5EVZA 5AZIA 4BR5A 5F1XA 1KXPA 3B8AX 4GNIA 1QQMA 5AR0A 1BA0A 3CJBA 3A5LC 3M6GA 1YAGA 5KQDA 2YHXA 2UYTA 5EOYA 4CZLA 4FWNA 2E1YA 3FGUA 2H3GX 3EN9A 4C23A 3HM8A 1RDWX 1DKGD 3GL1A 2D1KA 2A41A 1GLDG 5AQVA 3BF3A 4JNEA 1OKJA 2YHWA 2FLOA 4JHDA 3ATUA 1NLVA 2CGLA 2E2PA 4JHDB 1SZ2A 4IO8A 3IFRA 1C0FA 2A42A 1E4GT 1HKBA 2F9WA 3H1VX 2I7NA 4BRGA 3H46O 4CZFA 3EKUA 2V7YA 4CBUA 3IUCA 4EFHA 3DJCA 3DWLA 1BO5O 3O8MA 3WT0A 4FWPA 3CJ1A 1BDGA 5BN8A 1NM1A 1ATRA 2ASMA 4PKHA 2E20A 2CH5A 1Q18A 3CERA 4MLEA 3WQUA 3QB0A 2VWBA 5AQPA 4H5RA 2Q0UA 4B1UB 3O1WA 1HLUA 1BA1A 1ZC6A 3CJ9A 1QQOA 2NRHA 3U4LA 5AQYA 1K8KA 1BUPA 3AAQA 1K8KB 4MO5A 2GTDA 5AQJA 2E88A 2P9LA 2P9LB 4M63C 1E4FT 3QMLA 4BRPA 4B1VA 1J6ZA 2D0PA 1HPMA 5FPDA 4YDUA 4XEIA 4A62A 5E26A 4WQ5C 5KPTA 4H0XB 1T6DA 4AM7A 4CZJA 1BG3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KFNA 4FWRA 4JS4A 4AF1A 1HKCA 4RG8A 5KTQA 1C1CA 3J80O 4A2BA 1ZXOA 3L8BA 3RSEA 3AVKA 4RWTA 3E01A 3RSEB 3PY8A 4BRCA 1O13A 3ISNC 4FJMA 4DHYA 4DTPA 1S3XA 4DQIA 3SJHA 3H08A 2F8TA 3BF1A 4XIUA 1DT9A 5EXWA 4HTLA 1VNAA 4IFVA 3UKUA 5ADXA 1ZVEA 3H45C 4A5AA 1HKGA 3UKUB 4DR2K 3CMEN 2NY9X 2QWOA 3ALYA 4KHSA 1MDUB 4YY3K 2ITMA 3S9HA 4CGHA 3C94A 3TAPA 3LPTA 5JLFA 3G6EN 2NLXA 2VG6A 4R5PA 3AVBA 4UY8O 4JN4A 4GV9A 1VNBA 3F9KA 1S9GA 4BGAA 1NGDA 4H0OA 4GKJK 2C1GA 4JLHA 1WSFA 1MWKA 3KK3A 3O08A 2O8DA 4QS8A 1RCHA 2Z1GA 2O8DB 2F8SA 3ZT1A 4CEDA 1KFSA 4KH5A 1GOBA 1T7AA 4DFJA 2E2QA 3TAEA 3CQYA 5HRSA 1RNHA 3HBTA 4A57A 3K2PA 3P4IA 1NGGA 4FK4A 2YIOA 4YOWA 2O8BA 4DF4A 4FM1A 2ETJA 2O8BB 3HPGA 1DTQA 1W9HA 4OJRA 1KLMA 4BRKA 5F0XA 1HPZA 4BG9A 1Z6RA 4PUOA 2N2QA 3CJCA 2N2RA 4YOXA 2LI7A 3WXKA 4KTQA 3OYJA 3CPWM 4QAGA 2E8AA 2RPIA 4E1MA 3V6DA 2WC9A 5C2DA 2Q3SA 4FCYA 3NVKA 4BR9A 2NNWA 1FW6A 2XY8A 3VQPA 4CZIA 4O44A 1YIJN 4CEEA 1RT6A 4O8UA 3SQ4A 4YHHK 3NHGA 4LF6K 4Y1DA 5JMVA 1BGXT 5AQSA 3V1RA 4DV7K 5LJVA 3UIQA 4FJIA 2YKMA 1NK6A 3LM2A 1GOCA 4BDYA 4BWJA 4M3XA 4FWMA 3HL8A 3TSQA 4CJ4A 5BN9A 1KVBA 3DXKB 1HX1A 4MDAA 1RDDA 4WQ4A 2QA4N 2G2KA 4CHYA 3NGZA 1RDAA 4ISEA 5M1PA 3SYZA 4BC2A 3CQXA 2YI1A 2DFEA 1D5AA 1VQPN 1JL1A 4JI3K 1LAVA 3R1XA 2QWPA 2VGNA 3LP2A 4KHWA 4DR4K 4CEAA 1HNZK 3E7UX 2PYLA 1NU0A 3FFIA 4DTXA 3ZX0A 3LDLA 2GUIA 1ZBUA 4JKCA 2P9IA 2RHKA 2NRZA 2P9IB 3AVJA 4CFCA 3OTOK 2GUPA 3QINA 4WE1A 4LFCK 1XNQK 2O8CA 2O8CB 4JKGA 4J2AA 4JKGB 3KTQA 4BRDA 3PSFA 4HVJA 3AA2A 5LJWA 3ENBA 3M8PA 3ULEA 5JVHL 3FZLA 3ULEB 1LCUA 1SAZA 1QSLA 4LD0A 3KOWA 2XHBA 4BC4A 3HPOA 2CGJA 4OKKA 3D2FA 1T03A 2OPPA 3D2FB 4NCGA 5AQRA 5M1QA 3OYMA 4B8CA 2OZMA 4HUEA 4H5WA 4FJXA 2YBRC 3OBYA 2GEMA 3W0LA 4FJ5A 3NCIA 1QVFM 3Q7CA 3ZYYX 3L56A 1LWFA 2RE2A 4CEFA 3SV3A 1ZBLA 4OGCA 4EP4A 5AQHA 1I2VA 3L2UA 4XH4A 3WXIA 5FRMA 1K73O 1SL0A 5KRTA 3A8YA 3JYTA 1M1KO 3I56N 1NK4A 1EP4A 1IO2A 4CD3A 1YXQA 3KHYA 3CCLN 3SLCA 1RTJA 3GKUA 4CF0A 4H03B 1OMYA 3VF2A 3L2WA 5FDLA 2D0BA 3BP8A 3KP1A 3WQTA 1ZUTA 3ATVA 4DSIA 4BQZA 3PX6A 2FSJA 5J2NA 4FJHA 4FWKA 3K58A 1QZ5A 4MO4A 4FJLA 3N4PA 4LC9B 2KBJA 4IG0A 3KK2A 4B8AB 2GV9A 2UXDK 3KLFA 5AQLA 1WSJA 2BUPA 3VQBA 4GV3A 2AA4A 4J2EA 1RBUA 4B3OA 3ZCMA 1BIUA 4L8RB 2KJAA 3AA3A 2ZF5O 4JRPA 5BR9A 1LWCA 5HRNA 5KPZA 3QICA 4CIEA 2G8UA 2NZTA 4KBOA 1XUPO 2VCPA 3VQDA 4CEOA 2ZWHA 3VQEA 4F3OA 2HW3A 3OS0A 2XY7A 4JI5K 2KKZA 1QZ6A 4OX9K 2XY5A 4RW9A 2HF4A 1E3MA 4JRQA 3AVHA 1D4XA 2A40A 4YFUA 3M8QA 1IKXA 2G8FA 4CEQA 3ZX3A 4PQUA 3VEVA 3C6UA 3U3GA 3FE1A 3GOIA 2BANA 3CCQN 4HHTA 2KBKA 2EWSA 4K43A 2HNZA 2O8FA 3LL3A 3AA5X 3HRGA 2O8FB 2NRWA 1EQYA 1SV5A 4BG8A 3HJFA 1C6VA 3VQ5A 2OCEA 2UU9K 3RR8A 3VGKA 4E7IA 5DM7L 4C8LA 1ASUA 2W41A 2P9PA 2P9PB 1ZBFA 3EE8A 3HYFA 4QS9A 3VQ4A 4JI2K 3RMAA 2QWMA 3D2EB 3E9LA 1FKOA 3F9MA 4CW7B 4DV6K 3QEXA 3AO5A 3NF6A 1TKDA 3MN9A 4BVPA 4FPBA 4W5QA 4DV3K 3FLCO 1GLBG 1HNIA 2W6LA 1OVYA 4C8MA 3RRHA 4RTFD 3R6MA 3AY9A 4FJ7A 2W6KA 3H3NO 3CIPA 3VGLA 4IOXA 5FRNA 3OYBA 4CJPA 4WF9L 4DCHA 3KLEA 1HYSA 3HP9A 2VWKA 3CJAA 2SN3A 1WSGA 1ZVGA 4CGIA 2HNYA 4K8ZA 2EX3A 3O3HA 4X66K 4DTRA 4CZLA 3CCJN 2Z1IA 4A59A 3DOLA 1NK8A 1VAZA 1JL2A 2P51A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2KFN A;  4FWR A;  4JS4 A;  4AF1 A;  1HKC A;  4RG8 A;  5KTQ A;  1C1C A;  3J80 O;  4A2B A;  1ZXO A;  3L8B A;  3RSE A;  3AVK A;  4RWT A;  3E01 A;  3RSE B;  3PY8 A;  4BRC A;  1O13 A;  3ISN C;  4FJM A;  4DHY A;  4DTP A;  1S3X A;  4DQI A;  3SJH A;  3H08 A;  2F8T A;  3BF1 A;  4XIU A;  1DT9 A;  5EXW A;  4HTL A;  1VNA A;  4IFV A;  3UKU A;  5ADX A;  1ZVE A;  3H45 C;  4A5A A;  1HKG A;  3UKU B;  4DR2 K;  3CME N;  2NY9 X;  2QWO A;  3ALY A;  4KHS A;  1MDU B;  4YY3 K;  2ITM A;  3S9H A;  4CGH A;  3C94 A;  3TAP A;  3LPT A;  5JLF A;  3G6E N;  2NLX A;  2VG6 A;  4R5P A;  3AVB A;  4UY8 O;  4JN4 A;  4GV9 A;  1VNB A;  3F9K A;  1S9G A;  4BGA A;  1NGD A;  4H0O A;  4GKJ K;  2C1G A;  4JLH A;  1WSF A;  1MWK A;  3KK3 A;  3O08 A;  2O8D A;  4QS8 A;  1RCH A;  2Z1G A;  2O8D B;  2F8S A;  3ZT1 A;  4CED A;  1KFS A;  4KH5 A;  1GOB A;  1T7A A;  4DFJ A;  2E2Q A;  3TAE A;  3CQY A;  5HRS A;  1RNH A;  3HBT A;  4A57 A;  3K2P A;  3P4I A;  1NGG A;  4FK4 A;  2YIO A;  4YOW A;  2O8B A;  4DF4 A;  4FM1 A;  2ETJ A;  2O8B B;  3HPG A;  1DTQ A; 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