3VA0A

Crystal structure of rnase t in complex with a di-nucleotide product (gg) with one mg in the active site
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
207
structure length
207
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 65
structure length 207
sequence length 207
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3va0A00
1QSYA 4KHWA 2BANA 4LD0A 2OPPA 2D5RA 1X9MA 3VA3A 2QK9A 1S1UA 4FLVA 3NF7A 3ZT2A 3NHGA 1C6VA 1RT3A 4GVMA 4LH4A 1U04A 3OYKA 3LWLA 3DRPA 1Q9YA 2WONA 1BL3A 1RDBA 3AO4A 2VG7A 3VQBA 3OY9A 3BGRA 3LZIA 1JLAA 1RILA 2HNDA 2YHAA 5KGXA 3BDPA 1WSEA 4FW1A 4KTZA 3AA4A 3CG7A 4BACA 1UA0A 3D45A 4M3RA 4ELVA 2HNYA 1ZBIA 4BE0A 1WSIA 3KLGA 3RRHA 3S3OA 1T7PA 2OZMA 4DSKA 3TAFA 3SUQA 2PYJA 1YTUA 4PQUA 1RT6A 1X1PA 1WSGA 4E19A 1TK0A 1RT4A 4O0JA 3VA0A 1S6QA 4CFDA 2IDOA 1NJXA 1N6QA 1U45A 4IFVA 3PUFA 2FBTA 3G10A 4MQ3A 4FJKA 3OYEA 4OKKA 3ZSOA 5SWMA 3CFRA 2R7YA 4CHPA 3E01A 3KLFA 1XI1A 3SJJA 1S6PA 4OPKA 3VQCA 5DMRA 4N5SA 3TAPA 3M8SA 3QEPA 2I5JA 4CJEA 4BWJA 1SL1A 3AO5A 3O4QA 2ZE2A 5HRRA 3V1OA 3VQAA 5C42A 3MXMA 1JLFA 4I9LA 3HP6A 5KI6A 3AV9A 4BDZA 3V9SA 2P5OA 2W42A 4O5BA 3QEIA 3OYGA 4OVLA 4KHSA 3TR8A 3DMJA 3ZCMA 4CFBA 1SKRA 2G8UA 3HP9A 5CYMA 1A5WA 3JYTA 1TK5A 5J2MA 3A2FA 3IRXA 3LP3A 2OPSA 2XO7A 4HCCA 3SQ0A 4E1MA 4KKOA 5CZ1A 1LV5A 2XY7A 1LAWA 1Y97A 4FJ7A 4M42A 1RDCA 4CERA 3V9XA 4W5TA 3V6DA 1J54A 1IKVA 1HMVA 2YNGA 3CM6A 3OS0A 2VWJA 4FLYA 1U47A 3HJFA 4EP4A 4M3YA 3LPTA 3L2VA 3SUNA 4O44A 4CJQA 5CYQA 1W9HA 3IS9A 2RKIA 3NGYA 1WNSA 3QEVA 4ID1A 4YFUA 5HBMA 4PA1A 4CEQA 1UAXA 4I2QA 3I0RA 4OPJA 1JLEA 2FBYA 1J5OA 4LY7A 4KPYA 4E0DA 2DY4A 4ICLA 2IAJA 1S9EA 1UWBA 1FK9A 4M45A 5DK5A 1IKWA 4AHSA 4F2RA 4M3XA 4CEZA 3SYZA 1L3VA 3D0PA 3DOLA 3JSMA 5E41A 3DOKA 4DMNA 1HQUA 4CIFA 4FXDA 3L2WA 2HW3A 4CGGA 4KB1A 2X78A 2GV9A 4CJPA 1ZBLA 4KTQA 3OYAA 3OYHA 3PO4A 3OYFA 3AVCA 1QE1A 1WLJA 1VSFA 1WSFA 4CF0A 4B9LA 4H4OA 1JXEA 1RTHA 2ITGA 3AVMA 3AO2A 3AA5X 1KVCA 3KIOA 4AHUA 3F9KA 3KLHA 1CZ9A 1LW0A 2ETJA 4FM2A 1SUQA 1T03A 3ZSXA 1N5YA 3OYCA 4LSNA 4OLAA 1SKWA 2FBXA 3QO9A 1XC9A 4KHUA 2HHXA 3CQ8A 4CCHA 1JLGA 3CFPA 4Z0UA 4CEOA 1ASUA 4CJLA 4CJ4A 4CJFA 4E3SA 2QKKA 1RBTA 1BCOA 1S1XA 1BIZA 1NK8A 1LW2A 1O1WA 4IG0A 1FKPA 4DTPA 4B9SA 2RN2A 5C24A 2BGGA 2OYQA 3AVJA 4E7KA 3OYMA 4PY5A 1FXXA 2YNFA 4DG1A 3QNOA 2NUBA 4FJNA 1IH7A 5D3GA 3NH1A 1HRHA 4BWMA 4CK3A 4KTWA 4CIEA 1KCFA 2OPRA 3SQ1A 2OA8A 1EXQA 3LALA 3ISNC 5J1EA 3NF9A 5HRSA 3KJVA 3LDSA 3K5OA 1L5UA 3HO1A 4XIUA 5C25A 2KQ2A 3SUOA 3SPZA 4RW7A 1D8YA 3AVAA 1G15A 1BGXT 4DQRA 4B9NA 4FJ9A 3NF8A 2YNHA 5HRPA 1JL2A 4JS5A 4E7HA 4CF9A 3PO5A 2HHVA 2LSNA 1RT5A 3DRRA 3H08A 3P1GA 4DFMA 1EX4A 4CJVA 3ZSQA 3EY1A 4DQQA 5T7BA 2AJQA 3EZ5A 3RMDA 2D0AA 3V1RA 3MEGA 1IO2A 2Y1IA 3HPOA 1F21A 1KRPA 2HMIA 1U48A 2KZMA 3KK1A 1ITGA 3HM9A 3RMAA 1RBVA 3NFAA 3HT3A 4DQSA 4DS5A 3LP2A 4ELUA 1TAQA 3NGZA 4I7FA 3HSTB 4H4MA 3L3VA 4OKEA 4E7LA 1CXQA 4FLWA 2G8IA 4DTRA 3T19A 1RT7A 2HHSA 3K57A 3SV3A 5J2PA 1SL2A 2EX3A 2ZD1A 1TVRA 3LANA 4H8KA 4CESA 4CGDA 4DTNA 3QESA 1IKYA 4ZTJA 1NK9A 2XRIA 4RW9A 2HHQA 3V9UA 1ZBFA 4NYFA 3OYBA 4EP5A 3HXMA 4J2EA 4BDYA 2BE2A 2G8VA 4DF4A 1REVA 4O55A 4HTUA 2HB5A 4M41A 3QEXA 1QTMA 4PWDA 1NOYA 1JLCA 2IC3A 3NDKA 1WAJA 3MAQA 4BE2A 3SUPA 4F8RA 3TANA 4CGHA 4KHQA 2KFZA 1RNHA 4CFAA 1SKSA 4AHCA 1Z26A 3QLHA 4KI6A 2G8FA 4JLHA 4KHYA 3OYNA 3SCXA 3S3MA 2PZSA 1I39A 2G8WA 4DTJA 4JS4A 3V4IA 4CK2A 4CHNA 5FROA 1RTDA 3VQPA 4DSLA 2XY6A 3MEDA 1IKXA 1KFDA 4M3TA 4DTMA 5CY4A 1BI4A 3M8PA 4O0IA 1HYZA 1R0AA 3MECA 4LSLA 4ZHRA 3PX4A 3OYDA 4CECA 2FC0A 3AVKA 4FZZA 4FLTA 3HPHA 4DLGA 4CHZA 1LAVA 3DLBA 4QOZB 1VSIA 3AVLA 3VQ7A 4NYNA 3PX0A 4EZ6A 4Z4FA 1GOBA 3FFIA 3KTQA 3NH0A 1LWEA 2O4IA 2RF2A 1Z25A 4KO0A 5JS2A 3ZT0A 4AHRA 1QSSA 1LWCA 4FK0A 1Q8IA 4B08A 4CGJA 5J2NA 1NJZA 3L8BA 4Q0BA 1J53A 4W5NA 4FK2A 2E6MA 2EHGA 4CJTA 3HK2A 4JRQA 1W0HA 4J2DA 3PX6A 3AO1A 1Q9XA 2G8HA 1DTQA 1TKXA 4DFJA 4K8XA 5SZTA 4NCAA 2KTQA 1KVAA 4L8RB 1HNVA 4OGEA 1S5JA 3DM2A 4CHQA 5HRNA 3V1QA 3RMCA 4RG8A 4NCBA 4HHTA 3SI6A 3THVA 4HUGA 3U3GA 4M3WA 3DLGA 3RMBA 1VK0A 4BE1A 2YKMA 1X9SA 3DYAA 3VQDA 1T05A 2KW4A 2B4JA 3KD1E 1JLBA 3O4NA 3DLEA 1UOCA 3VQ5A 4J2BA 3HYFA 1CLQA 4EZ9A 3OYIA 4F3OA 2QKBA 1TKDA 3NBPA 1VSJA 4DFKA 3S9HA 2GBZA 3ZSYA 3NE6A 1L3UA 3DLKA 3LPUA 3KKSA 1WAFA 4CF8A 1VRTA 1VSHA 5I3UA 2F8TA 2X6SA 4DLEA 1BHLA 1ZYQA 4FK4A 2HHTA 2OZSA 4Y1DA 4CJKA 3L2RA 3K58A 1KFSA 4DU3A 3B6PA 3M8QA 2YV0X 4B9UA 3DLRA 4CK1A 3V9ZA 3OVNA 4DQPA 2YNIA 4FZYA 1YTAA 2KZZA 2O4GA 3NH2A 3ALYA 1ASWA 1RTJA 4CEBA 1U49A 4FZXC 4IFYA 3NAEA 4DSEA 1LWFA 2VG6A 4Z4IA 4QAGA 1K6YA 1NJWA 4B9MA 3DLHA 1B92A 3K5NA 4FJ5A 2WOMA 4K8ZA 1L3TA 4C8KA 1XHZA 1MU2A 4CF2A 3K5MA 1U4BA 1EETA 3VQ6A 4AH9A 3HPGA 4F4KA 2RPIA 4N47A 4CF1A 1HQEA 2OPQA 4MFBA 4C8MA 4FJJA 4HCBA 1WN7A 1C0MA 1XWLA 4B9TA 3LAKA 4DWIA 4RW6A 3TAEA 4FVMA 1KTQA 4W5QA 1C0UA 2Z1IA 3DRSA 4HUFA 1VSKA 4FYDA 4M3UA 5KRTA 3QIPA 1C0TA 1VSDA 3K59A 3NCIA 1TAUA 1HYSA 3AVIA 3VQQA 1VSEA 4YNQA 3VQ8A 2F96A 3OJUA 2IOCA 3PV8A 2HVHA 3MXIA 3K5LA 3O3FA 4DS4A 3VQ9A 3SV4A 3AA2A 3U3YA 4DTSA 2IGIA 4KB0A 4Y1CA 1C1AA 4HVJA 4N56A 3QETA 1GOAA 2PYLA 3U6FA 1C1CA 2VG5A 1ASVA 3WNEA 4Q5VA 3TAGA 3P83D 2HHUA 2Q3SA 4B3OA 4M3ZA 3C6TA 1A5XA 3SZ2A 3B6OA 5FDLA 4AHTA 4KI4A 1UA1A 4KRFA 2IS3A 3HL8A 2PY5A 1YVUA 4IDKA 3C95A 3SQ2A 1WSHA 1WSJA 3LP0A 4FLXA 4FJ8A 4E7IA 1TL3A 2X6NA 1D5AA 1DLOA 3DI6A 3K2PA 3ASMA 4UQGA 3AO3A 1RTIA 3RWUA 2D0BA 3G0ZA 4E89A 4Z4CA 4CGFA 3RTVA 1HNIA 2P5GA 4B9VA 4KAZA 3L2QA 3QEWA 1QQCA 3IAYA 4KHNA 2G8KA 5HROA 3KK3A 3AVFA 3HVTA 4IKFA 5KRSA 2E4LA 1FKOA 1RT2A 3KLEA 2HVIA 3PY8A 1JKHA 3RRGA 4PUOA 2GUIA 3VN5A 3OJSA 1B9DA 3I0SA 4Z4HA 4DTXA 4DFPA 4C8NA 3QERA 4E7JA 4CEDA 3ZSRA 4CE9A 3KD5E 4FW2A 5KTQA 1RT1A 1S9GA 1VSMA 1QS4A 4CFCA 3M8RA 5FRMA 2Z1GA 3ZT3A 1NK0A 1BQMA 1EP4A 3UIQA 3O3HA 1NK4A 2DTUA 4OLBA 3ZSZA 1BCMA 3SQ4A 3V9WA 4KFBA 2YHBA 2HHWA 4AILC 4N76A 1RCHA 1VSLA 1QHTA 1B9FA 1TL1A 2B5JA 3LAMA 3L2UA 4DU4A 1L3SA 2P51A 2BDPA 5I42A 4DSIA 2P1JA 4N41A 3OS1A 1D9DA 5EU7A 4FJIA 3NGIA 3KLIA 4RW4A 1RBUA 1YT3A 3ZSVA 2F8SA 2YKNA 1SL0A 5FRNA 4CJ5A 2Z1HA 4QCLA 4FLZA 1NOZA 2VWKA 3KK2A 2KFNA 4GW6A 4NCGA 4JRPA 2HNZA 1HPZA 2DFEA 4R5PA 3QIOA 3LZJA 3L3UA 1BQNA 2E6LA 4FJMA 4TSXA 3RR7A 1XHXA 1RBRA 4CEEA 2JGUA 1TGOA 3VQEA 3TABA 1KSPA 1JXBA 4GMJB 1S1TA 1IG9A 1S1VA 3S3NA 1GOCA 1TKZA 4CEAA 4CHOA 4CJRA 3T3FA 2A1RA 1NK7A 1CXUA 4IG3A 4DF8A 1KLNA 4AHVA 5CZ2A 4ZTFA 1RDDA 4FJLA 3SNNA 4KV8A 3IG1A 4HUEA 1TKTA 3TWHA 4C8OA 4W5RA 1ZBHA 3SPYA 1SV5A 1HYVA 2D0CA 2FBVA 4CJWA 4Z4EA 1C1BA 5HP1A 3T1AA 1S1WA 3C6UA 4W5OA 4OGCA 1JLQA 1RBSA 3KKRA 4CIGA 3OYJA 2DFFA 3EYZA 4FM1A 4FM0A 5KGWA 4DTOA 1TK8A 4I2PA 3V81A 1TV6A 3RR8A 3WNFA 3QNNA 1NKEA 3ZSWA 1J9AA 3TAQA 4ID5A 4DQIA 3O3GA 1DTTA 3VQ4A 3ULDA 3CYMA 4B8AB 4ELTA 1T8EA 1X9WA 1CZBA 1NK6A 3AA3A 3MEEA 2XHBA 1BIUA 4J2AA 3WNHA 2XY8A 4FJXA 4FJHA 1EKEA 4CHYA 5J2QA 3AVGA 1NK5A 3CFOA 4KREA 4G1QA 3ZT4A 3LP1A 4BDPA 3P5JA 4CJUA 2ATQA 4WE1A 4FLUA 4CJSA 2Z1JA 4OKJA 1HJRA 3HVRA 5K14A 4O4GA 4I9QA 4F3TA 3NF6A 3WNGA 4DSFA 4LH5A 4OJRA 3F73A 1BISA 5JS1A 2X74A 3TAMA 1VRUA 3LWMA 4CJ3A 2B6AA 2DFHA 4DU1A 1KLMA 2QXFA 1QSLA 2Y1JA 3QINA 2ZQBA 4RW8A 1BI4B 3C94A 4B8CA 4FCYA 4DTUA 1NKBA 1ZBUA 3ITHA 1D9FA 3CM5A 1RDAA 4IBNA 3OYLA 4FJGA 1I3AA 5HLFA 4DSJA 3AVHA 1A5VA 1NJYA 4C8LA 3AVBA 1JL1A 3I8DA 3OS2A 1NKCA 4Z4GA 2JLEA 4F2SA 4CGIA 1KVBA 3AVNA 3ZT1A 3MXJA 4E1NA 2XY5A 3TI0A 4CEFA 2A1SA 3TARA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MN6A 3UKUB 3CJ9A 4LD0A 4BRNA 3CMAN 1E4FT 2J4RA 3FR0A 4BRMA 1C6VA 1RT3A 4LH4A 3OYKA 3DRPA 2WONA 2W6KA 3VQBA 1JLAA 1GLCG 1RILA 2HNDA 4ILJA 4BGAA 3BDPA 5LJVA 1UA0A 1NGGA 3THYA 3KLGA 5GIOA 2OZMA 4K42A 1YTUA 2PYJA 1XMQK 4PQUA 2WC9A 5CE3A 1TK0A 4CZEA 1RT4A 1NJXA 1N6QA 4H5VA 4FJKA 3OYEA 3CJ1A 2HBLA 3CFRA 4CHPA 4B9QA 2YHYA 4ISFA 4N5SA 3J81O 5GAEP 4CJEA 1GLLO 3AO5A 2NNWA 5AQXA 2P5OA 5KI6A 3V9SA 4O5BA 5AQRA 4C1NK 1SKRA 1HR0K 2G8UA 1BOTO 3HP9A 1A5WA 3JYTA 1TK5A 5J2MA 2OPSA 4E1MA 1LV5A 2FF6A 3VENA 1RDCA 4CERA 1HMVA 3CM6A 4JKGA 2GUPA 2RE2A 2P9IB 4CJQA 2RKIA 1VQKN 4A59A 3D6RA 2DY4A 2ZJRL 2BTFA 5KQ8A 3R9PA 1S9EA 1UWBA 1FK9A 5DK5A 3MK6A 4LC9B 3VERA 3THXA 4BVOA 4DMNA 5LL6Z 2HW3A 4KB1A 2X78A 1ZBLA 4JI0K 4DR7K 4KTQA 4EFHA 1ZXOA 3OYFA 1QE1A 4CF0A 1VSFA 3OA9A 5DM6L 2A41A 3AVMA 3WXMB 2YCHA 3KLHA 4FM2A 3OYCA 3CFPA 3ENOA 4WQ5C 1S1XA 1BIZA 5EXWA 4IG0A 4CD3A 4DTPA 5C24A 2OYQA 3CCRN 5H1SQ 2ZF5O 2YNFA 3P39A 4FJNA 1U6ZA 2NUBA 3THWA 3D2FB 1JCEA 5GINA 3LALA 5AQMA 5J1EA 1VHXA 3NF9A 2E8AA 4XIUA 3EEQA 3SUOA 3SBGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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